NA ----> NA

Intron 1 GTAAGTAAAA ... AACGTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.14	11	4	3
A2	22.45	19	7	4
A3	30.8	20.3	5	13
A4	39.8	8.3	10	1
A5	23.08	10	6	0
A6	19.38	52	19	6
A7	13.89	93	25	5
A8	12.81	81.7	15	9
A9	17.29	81.3	23	11
A10	16.01	60.3	19	4

>TRINITY_DN108062_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

CGGGGATTGTGCAAAGCAGCCGGCGCGGACGAGAAAGGAATAATTAGAAGCGCTGTTTGGGATTCGAACGTTGTATCTTCTGAAATGCTATCTAAGGAACTGATAATATGCAATGCGTTGTGTACGTGTGTGTCCGTAATTGCCGAGTCGGTGAAATTAATGGTAGACCTCAAATTGATATCGTTTGTAATGCTTCGAGT
GCAATACAATGGTTCGCACCTCGTGGAGGAGAGAAGAAAGAATTGGAAATGGAGAAACGGATGGTTGAGTTGGGACTGTGATAAGGAGCCTGGGGGTGATGGTTTGCTAGGTCGAACCCACATGCCAATACAAAGATGAACGACAGAGCACCGAAGGGGTGAAATTAATTGTCCCTCTCTGCAAGCAAGCCACGCCCTCT
CTTCAAGCAAACCAGTTTGATGGGGAAGATAAAACTGAAATGCTTAAGAAGGCCTTCTTTAATTTCTTGTATATCAGATTCTACAGTTCCAACTCTTTCCATGCCTTCTGATATGAGCTTGCTTCGCGCGATTCAGGGTTGGACTCCATAAAAGCAGGCAAAGGCGGCTATCTCACACAAATAATTTTCTGTTTTGGGGC
AAAGTGGCAAGACACTTCAAGATGGAAGACGGATACATAGGGAGGCACAGTAGGCAAACTGAGACCAAGAGTAGCAAAAAAGCATATCCATGGAGAGTCTGCATGTGTGTGGAGTCTGTTGCCAATGGAGATTCTTGAAATGATTCTTCTATGGGTTTCTTTTTCAACATTGATTCGATTTCGATCAATTTCCAGGCATG
GTGAAGGATTATTGTGGAGACCATCTTTTATCAGTGATTGACAAAATAATCACATAACAGAAACTGGAATTTTGGTTGAGCTGTGGGGACAC

>TRINITY_DN108062_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGGGGATTGTGCAAAGCAGCCGGCGCGGACGAGAAAGGAATAATTAGAAGCGCTGTTTGGGATTCGAACGTTGTATCTTCTGAAATGCTATCTAAGGAACTGATAATATGCAATGCGTTGTGTACGTGTGTGTCCGTAATTGCCGAGTCGGTGAAATTAATGGTAGACCTCAAATTGATATCGTTTGTAATGCTTCGAGT
GCAATACAATGGTTCGCACCTCGTGGAGGAGAGAAGAAAGAATTGGAAATGGAGAAACGGATGGTTGAGTTGGGACTGTGATAAGGAGCCTGGGGGTGATGGTTTGCTAGGTCGAACCCACATGCCAATACAAAGATGAACGACAGAGCACCGAAGGGGTGAAATTAATTGTCCCTCTCTGCAAGCAAGCCACGCCCTCT
CTTCAAGCAAACCAGTTTGATGGGGAAGATAAAACTGAAATGCTTAAGAAGGCCTTCTTTAATTTCTTGTATATCAGATTCTACAGTTCCAACTCTTTCCATGCCTTCTGATATGAGCTTGCTTCGCGCGATTCAGGGTTGGACTCCATAAAAGCAGGCAAAGGCGGCTATCTCACACAAATAATTTTCTgtaagtaaaa
aaatgcacttctgtatttttttccatgtgtccaaccctaaattcatcaaaaggaaatttagtacttatttgtttctcgtgtccaaacctaaattcatcaaaagcaagtccacttctgttttttttctccttccagccctaaattcatcaaaagcaaaagcagagggttgattgattcgtgtttaaaagagatgtatcgta
ctcagcgtaggtacatagttatcaatctaggacatctgtctgtcaacaatcaataatattattttgaaacctgcctttggttgggaacgttttagGTTTTGGGGCAAAGTGGCAAGACACTTCAAGATGGAAGACGGATACATAGGGAGGCACAGTAGGCAAACTGAGACCAAGAGTAGCAAAAAAGCATATCCATGGAG
AGTCTGCATGGTAACGTTAATCTAACCTTTAGAACCAAAGTTGGCTAGATAAAACATCATTGAGCATGCCATAGGACTTGTTAATTTCTTTATAACAAGGCAGTTAATCATATTTTCATTAATTTTTAACTTGTTTTTGGGTTGATCCAAAGTTAAAATCTGAT

Intron 2 GTAACGTTAA ... TTTTTCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.35	3	17	11
A2	100	0	5	2
A3	48.15	7	12	1
A4	83.33	1	6	4
A5	60	1	0	3
A6	64.84	16	27	32
A7	67.74	15	38	25
A8	62	36.3	45.3	73
A9	74.13	20.3	55	61
A10	61.38	18.3	29	29

>TRINITY_DN44904_c0_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GGAGAGTGCATGGGAATCGGGGATTGTGCAAAGCAGCCGGCGCGGACGAGAAAGGAATAATTAGAAGCGCTGTTTGGGATTCGAACGTTGTATCTTCTGAAATGCTATCTAAGGAACTGATAATATGCAATGCGTTGTGTACGTGTGTGTCCGTAATTGCCGAGTCGGTGAAATTAATGGTAGACCTCAAATTGATATCG
TTTGTAATGCTTCGAGTGCAATACAATGGTTCGCACCTCGTGGAGGAGAGAAGAAAGAATTGGAAATGGAGAAACGGATGGTTGAGTTGGGACTGTGATAAGGAGCCTGGGGGTGATGGTTTGCTAGGTCGAACCCACATGCCAATACAAAGATGAACGACAGAGCACCGAAGGGGTGAAATTAATTGTCCCTCTCTGCA
AGCAAGCCACGCCCTCTCTTCAAGCAAACCAGTTTGATGGGGAAGATAAAACTGAAATGCTTAAGAAGGCCTTCTTTAATTTCTTGTATATCAGATTCTACAGTTCCAACTCTTTCCATGCCTTCTGATATGAGCTTGCTTCGCGCGATTCAGGGTTGGACTCCATAAAAGCAGGCAAAGGCGGCTATCTCACACAAATA
ATTTTCTGTTTTGGGGCAAAGTGGCAAGACACTTCAAGATGGAAGACGGATACATAGGGAGGCACGGTAGGCAAACTGAGACCAAGAGTAGCAAAAAAGCATATCCATGGAGAGTCTGCATGGGATGCATCAGTAACCTTTTCCACATCCTACTTGGACATATTTGGAATATGTTCCGTGAGTTCTATAATAGTTCTGAA
ATTGTTTGTATAATCAGGGGTTAGGAAGCTGATTAACAATTCTTTCAAGATCCTTTGTTAGCTCTTTAACAACTGATATATATTTATTTGAAAAGTGAACAATGCAGATCTCTAGAAAACTTCAACCCTTTTTTCAATACGTTAAGGATTTTTTGACATCTGATCAACCTTTCTGCAACACATTGTCTCCATAATTTGTT
TGTAACCGTTGACAGACCAACC

>TRINITY_DN44904_c0_g2_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGAGAGTGCATGGGAATCGGGGATTGTGCAAAGCAGCCGGCGCGGACGAGAAAGGAATAATTAGAAGCGCTGTTTGGGATTCGAACGTTGTATCTTCTGAAATGCTATCTAAGGAACTGATAATATGCAATGCGTTGTGTACGTGTGTGTCCGTAATTGCCGAGTCGGTGAAATTAATGGTAGACCTCAAATTGATATCG
TTTGTAATGCTTCGAGTGCAATACAATGGTTCGCACCTCGTGGAGGAGAGAAGAAAGAATTGGAAATGGAGAAACGGATGGTTGAGTTGGGACTGTGATAAGGAGCCTGGGGGTGATGGTTTGCTAGGTCGAACCCACATGCCAATACAAAGATGAACGACAGAGCACCGAAGGGGTGAAATTAATTGTCCCTCTCTGCA
AGCAAGCCACGCCCTCTCTTCAAGCAAACCAGTTTGATGGGGAAGATAAAACTGAAATGCTTAAGAAGGCCTTCTTTAATTTCTTGTATATCAGATTCTACAGTTCCAACTCTTTCCATGCCTTCTGATATGAGCTTGCTTCGCGCGATTCAGGGTTGGACTCCATAAAAGCAGGCAAAGGCGGCTATCTCACACAAATA
ATTTTCTGTTTTGGGGCAAAGTGGCAAGACACTTCAAGATGGAAGACGGATACATAGGGAGGCACGGTAGGCAAACTGAGACCAAGAGTAGCAAAAAAGCATATCCATGGAGAGTCTGCATGgtaacgttaatctaacctttagaaccaaagttggctagataaaacatcattgagcatgccataggacttgttaatttc
tttataacaaggcagttaaatcatattttcattaatttgtaacttgtttttgggttgatccaaagttaaaatctgattgggtcataagttttttcccagGGATGCATCAGTAACCTTTTCCACATCCTACTTGGACATATTTGGAATATGTTCCGTGAGTTCTATAATAGTTCTGAAATTGTTTGTATAATCAGGGGTTA
GGAAGCTGATTAACAATTCTTTCAAGATCCTTTGTTAGCTCTTTAACAACTGATATATATTTATTTGAAAAGTGAACAATGCAGATCTCTAGAAAACTTCAACCCTTTTTTCAATACGTTAAGGATTTTTTGACATCTGATCAACCTTTCTGCAACACATTGTCTCCATAATTTGTTTGTAACCGTTGACAGACCAACC

Intron 3 GTTTTGGGGC ... CAATTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84.62	2	11	8
A2	76	6	19	6
A3	82.61	4	19	7
A4	57.14	6	8	0
A5	71.43	4	10	0
A6	68.21	24	51.5	19
A7	78.81	25	93	20
A8	79.61	21	82	19
A9	69.23	36	81	28
A10	71.76	24	61	13

>TRINITY_DN42190_c0_g1_i11 from sample A9 / Example spliced isoform

ATCGGGGATTGTGCAAAGCAGCCGGCGCGGACGAGAAAGGAATAATTAGAAGCGCTGTTTGGGATTCGAACGTTGTATCTTCTGAAATGCTATCTAAGGAACTGATAATATGCAATGCGTTGTGTACGTGTGTGTCCGTAATTGCCGAGTCGGTGAAATTAATGGTAGACCTCAAATTGATATCGTTTGTAATGCTTCGA
GTGCAATACAATGGTTCGCACCTCGTGGAGGAGAGAAGAAAGAATTGGAAATGGAGAAACGGATGGTTGAGTTGGGACTGTGATAAGGAGCCTGGGGGTGATGGTTTGCTAGGTCGAACCCACATGCCAATACAAAGATGAACGACAGAGCACCGAAGGGGTGAAATTAATTGTCCCTCTCTGCAAGCAAGCCACGCCCT
CTCTTCAAGCAAACCAGTTTGATGGGGAAGATAAAACTGAAATGCTTAAGAAGGCCTTCTTTAATTTCTTGTATATCAGATTCTACAGTTCCAACTCTTTCCATGCCTTCTGATATGAGCTTGCTTCGCGCGATTCAGGGTTGGACTCCATAAAAGCAGGCAAAGGCGGCTATCTCACACAAATAATTTTCTGCATGGTG
AAGGATTATTGTGGAGACCATCTTTTATCAGTGATTGACAAAATAATCACATAACAGAAACTGGAATTTTGGTTGAGCTGTGGGGACACTATGAGAATCACATCGTATATAAATTTATCAATTGTATAAGGCATACATCTCTATTGCATATCCCGTGTCCAGAATATAGGTACACAATTGAGTTTGCTATTGGGTCAATC
GTTTTGTTGACAGCTTATTCTCCATTGCTGGGGCATAAAGAATATTACCTGGTGAACCCATTTATAAAGCGTTTTTCACGCATAAGTGTCATTGAAATAGGAGTTGCTGGTTTCTTTTCATTCATAGGAAATGTCGGTCAACATAAGTATGGATGGATAGTTGTTCGTTACCAACATGATCATGATGGTTCTAATTTTTT
TACCTTTAGCAGTGCTAGAAGTGTTGGAGAGAAACAATTGGTGTTGATGGTGCACCTACCCCTCCAAATGTTGCAGTGTTCTACAAAAGTAAAATATATTGGCTATCTTTAAGAATCATTTCGGAGGAAGATGCCTTGTATGTGTACAAGATGTACTCACTGAACATTGATTTGAGCACATGGGGGGGTGTCCACTCAAT
TCACACTTGACGTATCAAATGATTTATGTGTCTTACTATACATTCCAACCAACTACTATGCGTTGTGAATGATGGCTCTACAAAAGTATGGTGCATAAATGAGATAAAAGACTTCAAATGTGGTCAACATCCAAGTTAACAAAGAGAGGGATATTTTGAAAATGGAAAAATCTTAAAGTGGAGTAGTTTACAAGACTTGA
CAACACGAATAAATACACATTGTCCAGAATATCTCCCATTCCGTGCCGTGGGGAGTTTTA

>TRINITY_DN42190_c0_g1_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATCGGGGATTGTGCAAAGCAGCCGGCGCGGACGAGAAAGGAATAATTAGAAGCGCTGTTTGGGATTCGAACGTTGTATCTTCTGAAATGCTATCTAAGGAACTGATAATATGCAATGCGTTGTGTACGTGTGTGTCCGTAATTGCCGAGTCGGTGAAATTAATGGTAGACCTCAAATTGATATCGTTTGTAATGCTTCGA
GTGCAATACAATGGTTCGCACCTCGTGGAGGAGAGAAGAAAGAATTGGAAATGGAGAAACGGATGGTTGAGTTGGGACTGTGATAAGGAGCCTGGGGGTGATGGTTTGCTAGGTCGAACCCACATGCCAATACAAAGATGAACGACAGAGCACCGAAGGGGTGAAATTAATTGTCCCTCTCTGCAAGCAAGCCACGCCCT
CTCTTCAAGCAAACCAGTTTGATGGGGAAGATAAAACTGAAATGCTTAAGAAGGCCTTCTTTAATTTCTTGTATATCAGATTCTACAGTTCCAACTCTTTCCATGCCTTCTGATATGAGCTTGCTTCGCGCGATTCAGGGTTGGACTCCATAAAAGCAGGCAAAGGCGGCTATCTCACACAAATAATTTTCTgttttggg
gcaaagtggcaagacacttcaagatggaagacggatacatagggaggcacggtaggcaaactgagaccaagagtagcaaaaaagcatatccatggagagtctgcatgttttcttgaaatggatcccagtgtgtggagtctgttgccaatggagattcttgaaatgattcttctatgggtttctttttcaacattgattcg
atttcgatcaatttccagGCATGGTGAAGGATTATTGTGGAGACCATCTTTTATCAGTGATTGACAAAATAATCACATAACAGAAACTGGAATTTTGGTTGAGCTGTGGGGACACTATGAGAATCACATCGTATATAAATTTATCAATTGTATAAGGCATACATCTCTATTGCATATCCCGTGTCCAGAATATAGGTACA
CAATTGAGTTTGCTATTGGGTCAATCGTTTTGTTGACAGCTTATTCTCCATTGCTGGGGCATAAAGAATATTACCTGGTGAACCCATTTATAAAGCGTTTTTCACGCATAAGTGTCATTGAAATAGGAGTTGCTGGTTTCTTTTCATTCATAGGAAATGTCGGTCAACATAAGTATGGATGGATAGTTGTTCGTTACCAA
CATGATCATGATGGTTCTAATTTTTTTACCTTTAGCAGTGCTAGAAGTGTTGGAGAGAAACAATTGGTGTTGATGGTGCACCTACCCCTCCAAATGTTGCAGTGTTCTACAAAAGTAAAATATATTGGCTATCTTTAAGAATCATTTCGGAGGAAGATGCCTTGTATGTGTACAAGATGTACTCACTGAACATTGATTTG
AGCACATGGGGGGGTGTCCACTCAATTCACACTTGACGTATCAAATGATTTATGTGTCTTACTATACATTCCAACCAACTACTATGCGTTGTGAATGATGGCTCTACAAAAGTATGGTGCATAAATGAGATAAAAGACTTCAAATGTGGTCAACATCCAAGTTAACAAAGAGAGGGATATTTTGAAAATGGAAAAATCTT
AAAGTGGAGTAGTTTACAAGACTTGACAACACGAATAAATACACATTGTCCAGAATATCTCCCATTCCGTGCCGTGGGGAGTTTTA

Intron 4 GTTTTGGGGC ... TGGATCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84.62	2	11	2
A2	76	6	19	5
A3	76	6	19	7
A4	50	8	8	0
A5	71.43	4	10	0
A6	64.56	28	51	6
A7	69.92	40	93	9
A8	82	18	82	9
A9	68.07	38	81	16
A10	77.22	18	61	4

>TRINITY_DN42451_c0_g1_i12 from sample A8 / Example spliced isoform

TGTTTCCGTGGGAACAGTGATCCAACATAAATTTTCCGTTTGTTAGCGTAAAATGCGGATGAGTGGGAGCGGGGAGTGCATGGGGATTGTACAAAACACGCGTGGAGGGAGAGGAGAGTGCATGGGAATCGGGGATTGTGCAAAGCAGCCGGCGCGGACGAGAAAGGAATAATTAGAAGCGCTGTTTGGGATTCGAACGT
TGTATCTTCTGAAATGCTATCTAAGGAACTGATAATATGCAATGCGTTGTGTACGTGTGTGTCCGTAATTGCCGAGTCGGTGAAATTAATGGTAGACCTCAAATTGATATCGTTTGTAATGCTTCGAGTGCAATACAATGGTTCGCACCTCGTGGAGGAGAGAAGAAAGAATTGGAAATGGAGAAACGGATGGTTGAGTT
GGGACTGTGATAAGGAGCCTGGGGGTGATGGTTTGCTAGGTCGAACCCACATGCCAATACAAAGATGAACGACAGAGCACCGAAGGGGTGAAATTAATTGTCCCTCTCTGCAAGCAAGCCACGCCCTCTCTTCAAGCAAACCAGTTTGATGGGGAAGATAAAACTGAAATGCTTAAGAAGGCCTTCTTTAATTTCTTGTA
TATCAGATTCTACAGTTCCAACTCTTTCCATGCCTTCTGATATGAGCTTGCTTCGCGCGATTCAGGGTTGGACTCCATAAAAGCAGGCAAAGGCGGCTATCTCACACAAATAATTTTCTTGTGTGGAGTCTGTTGCCAATGGAGATTCTTGAAATGATTCTTCTATGGGTTTCTTTTTCAACATTGATTCGATTTCGATC
AATTTCCAGGCATGGTGAAGGATTATTGTGGAGACCATCTTTTATCAGTGATTGACAAAATAATCACATAACAGAAACTGGAATTTTGGTTGAGCTGTGGGGACACTATGAGAATCACATCGTATATAAATTTATCAATTGTATAAGGCATACATCTCTATTGCATATCCCGTGTCCAGAATATAGGTACACAATTGAGT
TTGCTATTGGGTCAATCGTTTTGTTGACAGCTTATTCTCCATTGCTGGGGCATAAAGAATATTACCTGGTGAACCCATTTATAAAGCGTTTTTCACGCATAAGTGTCATTGAAATAGGAGTTGCTGGTTTCTTTTCATTCATAGGAAATGTCGGTCAACATAAGTATGGATGGATAGTTGTTCGTTACCAACATGATCAT
GATGGTTCTAATTTTTTTACCTTTAGCAGTGCTAGAAGTGTTGGAGAGAAACAATTGGTGTTGATGGTGCACCTACCCCTCCAAATGTTGCAGTGTTCTACAAAAGTAAAATATATTGGCTATCTTTAAGAATCATTTCGGAGGAAGATGCCTTGTATGTGTACAAGATGTACTCACTGAACATTGATTTGAGCACATGG
GGGGGTGTCCACTCAATTCACACTTGACGTATCAAATGATTTATGTGTCTTACTATACATTCCAACCAACTACTATGCGTTGTGAATGATGGCTCTACAAAAGTATGGTGCATAAATGAGATAAAAGACTTCAAATGTGGTCAACATCCAAGTTAACAAAGAGAGGGATATTTTGAA

>TRINITY_DN42451_c0_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGTTTCCGTGGGAACAGTGATCCAACATAAATTTTCCGTTTGTTAGCGTAAAATGCGGATGAGTGGGAGCGGGGAGTGCATGGGGATTGTACAAAACACGCGTGGAGGGAGAGGAGAGTGCATGGGAATCGGGGATTGTGCAAAGCAGCCGGCGCGGACGAGAAAGGAATAATTAGAAGCGCTGTTTGGGATTCGAACGT
TGTATCTTCTGAAATGCTATCTAAGGAACTGATAATATGCAATGCGTTGTGTACGTGTGTGTCCGTAATTGCCGAGTCGGTGAAATTAATGGTAGACCTCAAATTGATATCGTTTGTAATGCTTCGAGTGCAATACAATGGTTCGCACCTCGTGGAGGAGAGAAGAAAGAATTGGAAATGGAGAAACGGATGGTTGAGTT
GGGACTGTGATAAGGAGCCTGGGGGTGATGGTTTGCTAGGTCGAACCCACATGCCAATACAAAGATGAACGACAGAGCACCGAAGGGGTGAAATTAATTGTCCCTCTCTGCAAGCAAGCCACGCCCTCTCTTCAAGCAAACCAGTTTGATGGGGAAGATAAAACTGAAATGCTTAAGAAGGCCTTCTTTAATTTCTTGTA
TATCAGATTCTACAGTTCCAACTCTTTCCATGCCTTCTGATATGAGCTTGCTTCGCGCGATTCAGGGTTGGACTCCATAAAAGCAGGCAAAGGCGGCTATCTCACACAAATAATTTTCTgttttggggcaaagtggcaagacacttcaagatggaagacggatacatagggaggcacggtaggcaaactgagaccaagag
tagcaaaaaagcatatccatggagagtctgcatgttttcttgaaatggatcccagTGTGTGGAGTCTGTTGCCAATGGAGATTCTTGAAATGATTCTTCTATGGGTTTCTTTTTCAACATTGATTCGATTTCGATCAATTTCCAGGCATGGTGAAGGATTATTGTGGAGACCATCTTTTATCAGTGATTGACAAAATAAT
CACATAACAGAAACTGGAATTTTGGTTGAGCTGTGGGGACACTATGAGAATCACATCGTATATAAATTTATCAATTGTATAAGGCATACATCTCTATTGCATATCCCGTGTCCAGAATATAGGTACACAATTGAGTTTGCTATTGGGTCAATCGTTTTGTTGACAGCTTATTCTCCATTGCTGGGGCATAAAGAATATTA
CCTGGTGAACCCATTTATAAAGCGTTTTTCACGCATAAGTGTCATTGAAATAGGAGTTGCTGGTTTCTTTTCATTCATAGGAAATGTCGGTCAACATAAGTATGGATGGATAGTTGTTCGTTACCAACATGATCATGATGGTTCTAATTTTTTTACCTTTAGCAGTGCTAGAAGTGTTGGAGAGAAACAATTGGTGTTGA
TGGTGCACCTACCCCTCCAAATGTTGCAGTGTTCTACAAAAGTAAAATATATTGGCTATCTTTAAGAATCATTTCGGAGGAAGATGCCTTGTATGTGTACAAGATGTACTCACTGAACATTGATTTGAGCACATGGGGGGGTGTCCACTCAATTCACACTTGACGTATCAAATGATTTATGTGTCTTACTATACATTCCA
ACCAACTACTATGCGTTGTGAATGATGGCTCTACAAAAGTATGGTGCATAAATGAGATAAAAGACTTCAAATGTGGTCAACATCCAAGTTAACAAAGAGAGGGATATTTTGAA

Intron 5 GTAACGTTAA ... TTTTTCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.35	3	17	11
A2	100	0	5	2
A3	48.15	7	12	1
A4	83.33	1	6	4
A5	60	1	0	3
A6	64.84	16	27	32
A7	67.74	15	38	25
A8	61.66	37	46	73
A9	73.42	21	55	61
A10	60.42	19	29	29

>TRINITY_DN43192_c0_g2_i8 from sample A6 / Example spliced isoform

CGGGGATTGTGCAAAGCAGCCGGCGCGGACGAGAAAGGAATAATTAGAAGCGCTGTTTGGGATTCGAACGTTGTATCTTCTGAAATGCTATCTAAGGAACTGATAATATGCAATGCGTTGTGTACGTGTGTGTCCGTAATTGCCGAGTCGGTGAAATTAATGGTAGACCTCAAATTGATATCGTTTGTAATGCTTCGAGT
GCAATACAATGGTTCGCACCTCGTGGAGGAGAGAAGAAAGAATTGGAAATGGAGAAACGGATGGTTGAGTTGGGACTGTGATAAGGAGCCTGGGGGTGATGGTTTGCTAGGTCGAACCCACATGCCAATACAAAGATGAACGACAGAGCACCGAAGGGGTGAAATTAATTGTCCCTCTCTGCAAGCAAGCCACGCCCTCT
CTTCAAGCAAACCAGTTTGATGGGGAAGATAAAACTGAAATGCTTAAGAAGGCCTTCTTTAATTTCTTGTATATCAGATTCTACAGTTCCAACTCTTTCCATGCCTTCTGATATGAGCTTGCTTCGCGCGATTCAGGGTTGGACTCCATAAAAGCAGGCAAAGGCGGCTATCTCACACAAATAATTTTCTGTTTTGGGGC
AAAGTGGCAAGACACTTCAAGATGGAAGACGGATACATAGGGAGGCACAGTAGGCAAACTGAGACCAAGAGTAGCAAAAAAGCATATCCATGGAGAGTCTGCATGGGATGCATCAGTAACCTTTTCCACATCCTACTTGGACATATTTGGAATATGTTCCGTGAGTTCTATAATAGTTCTGAAATTGTTTGTATAATCAG
GGGTTAGGAAGCTGATTAACAATTCTTTCAAGATCCTTTGTTAGCTCTTTAACAACTGATATATATTTATTTGAAAAGTGAACAATGCAGATCTCTAGAAAACTTCAACCCTTTTTTCAATACGTTAAGGATTTTTTGACATCTGATCAACCTTTCTGCAACACATTGTCTC

>TRINITY_DN43192_c0_g2_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CGGGGATTGTGCAAAGCAGCCGGCGCGGACGAGAAAGGAATAATTAGAAGCGCTGTTTGGGATTCGAACGTTGTATCTTCTGAAATGCTATCTAAGGAACTGATAATATGCAATGCGTTGTGTACGTGTGTGTCCGTAATTGCCGAGTCGGTGAAATTAATGGTAGACCTCAAATTGATATCGTTTGTAATGCTTCGAGT
GCAATACAATGGTTCGCACCTCGTGGAGGAGAGAAGAAAGAATTGGAAATGGAGAAACGGATGGTTGAGTTGGGACTGTGATAAGGAGCCTGGGGGTGATGGTTTGCTAGGTCGAACCCACATGCCAATACAAAGATGAACGACAGAGCACCGAAGGGGTGAAATTAATTGTCCCTCTCTGCAAGCAAGCCACGCCCTCT
CTTCAAGCAAACCAGTTTGATGGGGAAGATAAAACTGAAATGCTTAAGAAGGCCTTCTTTAATTTCTTGTATATCAGATTCTACAGTTCCAACTCTTTCCATGCCTTCTGATATGAGCTTGCTTCGCGCGATTCAGGGTTGGACTCCATAAAAGCAGGCAAAGGCGGCTATCTCACACAAATAATTTTCTGTTTTGGGGC
AAAGTGGCAAGACACTTCAAGATGGAAGACGGATACATAGGGAGGCACAGTAGGCAAACTGAGACCAAGAGTAGCAAAAAAGCATATCCATGGAGAGTCTGCATGgtaacgttaatctaacctttagaaccaaagttggctagataaaacatcattgagcatgccataggacttgttaatttctttataacaaggcagtt
aatcatattttcattaatttttaacttgtttttgggttgatccaaagttaaaatctgattgggtcataagttttttcccagGGATGCATCAGTAACCTTTTCCACATCCTACTTGGACATATTTGGAATATGTTCCGTGAGTTCTATAATAGTTCTGAAATTGTTTGTATAATCAGGGGTTAGGAAGCTGATTAACAATT
CTTTCAAGATCCTTTGTTAGCTCTTTAACAACTGATATATATTTATTTGAAAAGTGAACAATGCAGATCTCTAGAAAACTTCAACCCTTTTTTCAATACGTTAAGGATTTTTTGACATCTGATCAACCTTTCTGCAACACATTGTCTC