sp|Q01593|ABI3_ARATH ----> B3 domain-containing transcription factor ABI3

Intron 1 GTGAGTGGGC ... CATGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.18	86.8	14.2	14.8
A2	16.04	86.6	14.6	19
A3	11.38	106	17	11.2
A4	14.45	69.8	13.2	11
A5	18.92	43.6	5.4	15
A6	14.37	997.6	165	179.2
A7	16.24	1182	255.6	216.2
A8	18.87	1262.4	289.8	309.2
A9	13.62	1292.6	198	220
A10	17.07	1010.8	215	211.6

>TRINITY_DN49032_c2_g1_i8 from sample A7 / Example spliced isoform

GAAGCAGAAACCCATTTTCCCCGTCTTACTTCGAATGACGGAATTCAGATATCAATGCTAGACATGGGTGACTTAAAAATATGGGAGTTCAAATACAGGTGTAATTGATGTAGTACAAATGTATTAAAATATTGTACATTTTAAAAATTATGATTAACGATGAAGATGTATTGTATAAATATTACCGCAGGATTTGGCAA
AGCAAACGCAACAAGTGGCACGTTTTACGGAAGATGGGAGAATTTCAGGAACTCCACCTCCTTAAATGTGGTGATTCCATAGAGTTTTACAAAGACACGATCACTGGCAAATTTCTGATTACACGGAACAAGCAGCTCTTCAACATATTCTCCGTGTAGACGGAATCCAACATTGCCCGGCAATAGAGGCAATTCCTAGC
TTCGGATATTGAAGCACAGTAATTTTTGTCAATTTTTTAATAATTTGTCATCTATGTTCCACTCTCGTCGGATTCTGTTATTTTATTAAAGATGATCTTTTCTGGTCCGTTTCAGTTTTATCGGATTCTACCAGCTAAGATGTTGAGGTGTTACCATATTAAAGATTTTGAGGTGTTACTTTATT

>TRINITY_DN49032_c2_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAAGCAGAAACCCATTTTCCCCGTCTTACTTCGAATGACGGAATTCAGATATCAATGCTAGACATGGGTGACTTAAAAATATGGGAGTTCAAATACAGGATTTGGCAAAGCAAACGCAACAAGTGGCACGTTTTACGGAAGATGGGAGAATTTCAGGAACTCCACCTCCTTAAATGTGGTGATTCCATAGAGTTTTACAA
AGACACGATCACTGGCAAATTTgtgagtgggcttagtttctgactttttatttttttgaaaacttaagagaaaaacaatgatgcattgtagtatctgatgagactgtggagtcatgtttcagCTGATTACACGGAACAAGCAGCTCTTCAACATATTCTCCGTGTAGACGGAATCCAACATTGCCCGGCAATAGAGGCAA
TTCCTAGCTTCGGATATTGAAGCACAGTAATTTTTGTCAATTTTTTAATAATTTGTCATCTATGTTCCACTCTCGTCGGATTCTGTTATTTTATTAAAGATGATCTTTTCTGGTCCGTTTCAGTTTTATCGGATTCTACCAGCTAAGATGTTGAGGTGTTACCATATTAAAGATCATCGGTTTCTGAA

Intron 2 GTGTAATTGA ... ATTACCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.4	64.3	7	19
A2	23.08	57.5	13	18
A3	18.3	62.5	11	16.8
A4	35.23	49.3	23	26
A5	30.41	23.8	7	10.3
A6	12.75	695	56	127.5
A7	18.7	878	105	221
A8	17.36	807	97	188.8
A9	16.39	823.5	99	184
A10	14.48	773.8	57	157.3

>TRINITY_DN49032_c2_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

GAAGCAGAAACCCATTTTCCCCGTCTTACTTCGAATGACGGAATTCAGATATCAATGCTAGACATGGGTGACTTAAAAATATGGGAGTTCAAATACAGGATTTGGCAAAGCAAACGCAACAAGTGGCACGTTTTACGGAAGATGGGTACGTGTGCTTTTATATCGTAAATTTTATGAGTTTAGGATCCGTGGCTGTGCTA
TTTTTGAAATGAAAAAAAAGAATGACTAAACATATTAGTTTTTATAAAATTATGATTTATATTAATGTTTATATACACACATTTTAATAAATTTTATGTGTGAAGTTCTTGAAGATTTGATCCAAATGGATTGCATAATAACTCTTCTGAATTGTTCTATCCCTGCATTATAATGCATGATCTGATTTCTTAAATTCCAG
GAGAATTTCAGGAACTCCACCTCCTTAAATGTGGTGATTCCATAGAGTTTTACAAAGACACGATCACTGGCAAATTTGTGAGTGGGCTTAGTTTCTGACTTTTTATTTTTTTGAAAACTTAAGAGAAAAACAATGATGCATAGTAGTATTTGATGAGACTGTGGAATCATGTTTCAGCTTATTACACGGAACAAGCAGCT
CTTCAACATATTCTCCGTGTAGATGGAATCCAAGATTGCCCGGCAATAGACGCAATTCCTAGCTTCGGATATTGAAGCACAGTAATTTTTGTCAATTTTTTAATAATTTGTCATCTATGTTCCACTCTCGTCGGATTCTGTTATTTTATTAAAGATGATCTTTTCTGGTCCGTTTCAGTTTTATCGGATTCTACCAGCTA
AGATGTTGAGGTGTTACCATATTAAAGATCATCGGTTTCTGAA

>TRINITY_DN49032_c2_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAAGCAGAAACCCATTTTCCCCGTCTTACTTCGAATGACGGAATTCAGATATCAATGCTAGACATGGGTGACTTAAAAATATGGGAGTTCAAATACAGgtgtaattgatgtagtacaaatgtattaaaatattgtacattttaaaaattatgattaacgatgaagatgtattgtataaatattaccgcagGATTTGGCAA
AGCAAACGCAACAAGTGGCACGTTTTACGGAAGATGGGTACGTGTGCTTTTATATCGTAAATTTTATGAGTTTAGGATCCGTGGCTGTGCTATTTTTGAAATGAAAAAAAAGAATGACTAAACATATTAGTTTTTATAAAATTATGATTTATATTAATGTTTATATACACACATTTTAATAAATTTTATGTGTGAAGTTC
TTGAAGATTTGATCCAAATGGATTGCATAATAACTCTTCTGAATTGTTCTATCCCTGCATTATAATGCATGATCTGATTTCTTAAATTCCAGGAGAATTTCAGGAACTCCACCTCCTTAAATGTGGTGATTCCATAGAGTTTTACAAAGACACGATCACTGGCAAATTTGTGAGTGGGCTTAGTTTCTGACTTTTTATTT
TTTTGAAAACTTAAGAGAAAAACAATGATGCATTGTAGTATCTGATGAGACTGTGGAGTCATGTTTCAGCTGATTACACGGAACAAGCAGCTCTTCAACATATTCTCCGTGTAGACGGAATCCAACATTGCCCGGCAATAGAGGCAATTCCTAGCTTCGGATATTGAAGCACAGTAATTTTTGTCAATTTTTTAATAATT
TGTCATCTATGTTCCACTCTCGTCGGATTCTGTTATTTTATTAAAGATGATCTTTTCTGGTCCGTTTCAGTTTTATCGGATTCTACCAGCTAAGATGTTGAGGTGTTACCATATTAAAGATTTTGAGGTGTTACTTTATT

Intron 3 GTAAGTAACG ... GTTTTGGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	1	1	0
A2	100	0	1	1.2
A3	40	1	1	0.6
A4	100	0	2	0
A5	0	2	0	0
A6	37.89	7	5	3.6
A7	46.86	33	31	27.2
A8	38.13	24	11	18.6
A9	28.57	14	5	6.2
A10	47.9	20	15	21.8

>TRINITY_DN42177_c0_g3_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

AATACACTGAGCAGCGCTTCGTAACAGATTTGCCGAGGGGAGTTCAATTGCCGAGGGGATTTTGCCGCTGGAGGGGCTGCTCGAATTTTGCTGAAGATTTCGTGATGTTAAGACTGCTCTTCGATCTTGACCACTCGAGATTGCCAACTCTGCTAAAAGTAGGTGAGGCCATGTGATGGCTTAATCACCGTAACATGTAC
TCGCTGAGCCTCCCTTGCGTGGCAATGCTAGGAGCGTTGATCACAATCCTCGAGATCATAACGGGTTTCCATGAGGGTTTAGTTGAGCTGCGAGGTAAGTTGTTGTTCATTTATTCTTCGACGGTGCAACGTTATGATGCTGCGATGAGGGTGGCTCTGCGTAGAGGTTTCCCATCCCTGCTATCGCCATGGTGAAGTGT
AACAGGTTTAAAGCCTGTTATGACCTCCTTCTATGGAGTGCTTATGAGAGCTTTCCCTCAAGGTCTTTGGTGCTCAGTGTTTGTCTTTCTGATTTTCGCTTGTTAAGCATTTGGGTGTTTTGGGCTCTCTTTGACGGGTTAAGAGTTTACTCTTGAATCCCGGTGGGATTGTAATGTTGGAAGCAAATGGTGAGAGAGAG
CATGGAGGCTCAGCTCTCGCCATCTCTCTTTGTTCTTCAGGGTATATACTCACTACGTTGTTGATTCAGGGGACATGACGGCCACCATATCCCTTCTCGAAAGACTTCCACTTGAGTACATTAATTGCTTCATGTTTCAAGATTTCAGGTGGCTGAAATAGCCACTGCAATTTCATTAAGGAATTACTTGTTAATTATCA
AGACGGTCGTCTCTCTTATCTATTTACAAGATTATTAATAAAGAAAGCCTATCGGCTCTGTTCCAG

>TRINITY_DN42177_c0_g3_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AATACACTGAGCAGCGCTTCGTAACAGATTTGCCGAGGGGAGTTCAATTGCCGAGGGGATTTTGCCGCTGGAGGGGCTGCTCGAATTTTGCTGAAGATTTCGTGATGTTAAGACTGCTCTTCGATCTTGACCACTCGAGATTGCCAACTCTGCTAAAAGTAGGTGAGGCCATGTGATGGCTTAATCACCGTAACATGTAC
TCGCTGAGCCTCCCTTGCGTGGCAATGCTAGGAGCGTTGATCACAATCCTCGAGATCATAACGGGTTTCCATGAGGGTTTAGTTGAGCTGCGAGGTAAGTTGTTGTTCATTTATTCTTCGACGGTGCAACGTTATGATGCTGCGATGAGGGTGGCTCTGCGTAGAGGTTTCCCATCCCTGCTATCGCCATGGTGAAGTGT
AACAGGTTTAAAGCCTGTTATGACCTCCTTCTATGGAGTGCTTATGAGAGCTTTCCCTCAAGGTCTTTGGTGCTCAGTGTTTGTCTTTCTGATTTTCGCTTGTTAAGCATTTGGGTGTTTTGGGCTCTCTTTGACGGGTTAAGAGTTTACTCTTGAATCCCGGTGGGATTGTAATGTTGGAAGCAAATGGTGAGAGAGAG
CATGGAGGCTCAGCTCTCGCCATCTCTCTTTGTTCTTCAGGgtaagtaacgaaatattaaacccttaatactttatgtagtaaaccaagatgttatttgtaacttgtctttcatagagtttttgctttaaagttacgtatatatttatagtataaccatactgatattatttatgtgttttggtagGTATATACTCACTA
CGTCGTTGATTAAGGGGACATGACGACCACCATAACTCTCGTAAGCATTCTCCCACTATCTTAT

Intron 4 GTACGTGTGC ... TAAATTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.45	88	19	6
A2	13.79	76.3	12.5	3
A3	7.96	96.8	8.5	1
A4	14.57	62.8	10.8	4
A5	7.91	34.3	3	3
A6	5.34	883.8	58.3	28
A7	9.68	1140.5	128	56
A8	5.97	1131	78.8	62
A9	6.91	1101.5	88.8	25
A10	7.08	967.8	79.3	39

>TRINITY_DN49032_c2_g1_i8 from sample A7 / Example spliced isoform

GAAGCAGAAACCCATTTTCCCCGTCTTACTTCGAATGACGGAATTCAGATATCAATGCTAGACATGGGTGACTTAAAAATATGGGAGTTCAAATACAGGTGTAATTGATGTAGTACAAATGTATTAAAATATTGTACATTTTAAAAATTATGATTAACGATGAAGATGTATTGTATAAATATTACCGCAGGATTTGGCAA
AGCAAACGCAACAAGTGGCACGTTTTACGGAAGATGGGAGAATTTCAGGAACTCCACCTCCTTAAATGTGGTGATTCCATAGAGTTTTACAAAGACACGATCACTGGCAAATTTCTGATTACACGGAACAAGCAGCTCTTCAACATATTCTCCGTGTAGACGGAATCCAACATTGCCCGGCAATAGAGGCAATTCCTAGC
TTCGGATATTGAAGCACAGTAATTTTTGTCAATTTTTTAATAATTTGTCATCTATGTTCCACTCTCGTCGGATTCTGTTATTTTATTAAAGATGATCTTTTCTGGTCCGTTTCAGTTTTATCGGATTCTACCAGCTAAGATGTTGAGGTGTTACCATATTAAAGATTTTGAGGTGTTACTTTATT

>TRINITY_DN49032_c2_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAAGCAGAAACCCATTTTCCCCGTCTTACTTCGAATGACGGAATTCAGATATCAATGCTAGACATGGGTGACTTAAAAATATGGGAGTTCAAATACAGGTGTAATTGATGTAGTACAAATGTATTAAAATATTGTACATTTTAAAAATTATGATTAACGATGAAGATGTATTGTATAAATATTACCGCAGGATTTGGCAA
AGCAAACGCAACAAGTGGCACGTTTTACGGAAGATGGgtacgtgtgcttttatatcgtaaattttatgagtttaggatccgtggctgtgctatttttgaaatgaaaaaaaagaatgactaaacatattagtttttataaaattatgatttatattaatgtttatatacacacattttaataaattttatgtgtgaagttc
ttgaagatttgatccaaatggattgcataataactcttctgaattgttctatccctgcattataatgcatgatctgatttcttaaattccagGAGAATTTCAGGAACTCCACCTCCTTAAATGTGGTGATTCCATAGAGTTTTACAAAGACACGATCACTGGCAAATTTGTGAGTGGGCTTAGTTTCTGACTTTTTATTT
TTTTGAAAACTTAAGAGAAAAACAATGATGCATTGTAGTATCTGATGAGACTGTGGAGTCATGTTTCAGCTGATTACACGGAACAAGCAGCTCTTCAACATATTCTCCGTGTAGACGGAATCCAACATTGCCCGGCAATAGAGGCAATTCCTAGCTTCGGATATTGAAGCACAGTAATTTTTGTCAATTTTTTAATAATT
TGTCATCTATGTTCCACTCTCGTCGGATTCTGTTATTTTATTAAAGATGATCTTTTCTGGTCCGTTTCAGTTTTATCGGATTCTACCAGCTAAGATGTTGAGGTGTTACCATATTAAAGATTTTGAGGTGTTACTTTATT