NA ----> NA
Intron 1 GTAAGTGCAC ... CTTCCTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.81 | 188 | 48 | 28 |
| A2 | 15.99 | 134 | 27 | 24 |
| A3 | 16.67 | 145 | 37 | 21 |
| A4 | 18.89 | 161 | 37 | 38 |
| A5 | 17.88 | 62 | 18 | 9 |
| A6 | 15.66 | 70 | 22 | 4 |
| A7 | 17.79 | 164 | 41 | 30 |
| A8 | 13.28 | 111 | 19 | 15 |
| A9 | 16.33 | 164 | 37 | 27 |
| A10 | 18.34 | 167 | 41 | 34 |
>TRINITY_DN106529_c0_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoformTATATTTGTTTGTTTAGCATTTTCTTCCTTCCTACCTTCTATGCAAGAAGTGTTGGTGATACAATAGCGTTTACAAAAGAGATTTTCATACATAAGAGAAGCATCTCTGCATCGATTTTTATTTTTAAGAAACATCACCGATTCTCAAATCTCGTTTTTATGTGAGAGAAGCACTTCTGATCGAAACCCCGTCACTTTTG
TATGAAACACCATCTATTCTCGAATATAAAACTACCATTGTTGGTTGAAGGGCCGTTTGAGGAAAAGAGATGCAGAGAGGCTACTGAAACCTCGAGGAATAGTAGGGTTTTAGATTCGAAGGTCCTTGTAATGGAGACGTGGTGGGTGTTTCTGCTGTTGGTTACATGCCTGGCAGTAGGCGCTGCTGCGGACGGTATTA
ACGGATGCGGAGGTTTCATCGAGGCAAGTCCATCTTTGACAAGGTCGAGGAAGCCGTCGGATCCGAAGCTCGACTACTCTCACATTGTTGTTGAGCTTCATACCATTGATGGTTTGGTCAAGGATAGTACACAGTGTGCTCCAAACGGATATTATTTCATTCCTGTATATGACAAGGGATCTTTTATAATCCGACTCAAA
GGTCCAGATGGATGGTCATGGGAACCGGATCAGGTTCCTGTATCAGTGGATCATAGTGGTTGCAATGGCAATGAAGACATCAATTTTCGCTTCACTGGGTTCACTATTTCTGGAAGAGTGCTGGGAGCTGTTGGAGCTGAAAGTTGTCCAGAGATAAATGGAGGTCCTGCCAATGTGAAGGTTGAACTCATTTCCACCAA
CAATGGCCTAACTAATGCTGTGCTTACGTCACAGGGAGGCAGTTACAGGTTTACAAACATTACTTCAGGGGGACTGAATAGCAATTTTGCAGGGAAATATAAGCTGGTTGCTTCCCATCCAATGTTAACAATTGTGCAAAGAGGCTTTCCAGAGATAGAGTTGGGCTTTGGAAATCTGGTAGTAGATGACATCTTTTCTG
TCCCTGGTTATGATATGGATGGCTTGGTTGTTTCTCAGGGTAATGCTGTTTTGGGTGTTCATGTATACCTTTATTCAGATGATGTCCATGAGGTGAATTGCCCTCAGGGTTCTGGAGCAGCTCCTTGGGCAAAGCAAGCACTTTGTCATGCAATATCTGATGCAAATGGGAAATTTACTTTTAAATTTATTCCATGTGGA
AAATACAGGTTGTTGCCGTTCTACAAGGGTGAGAATACAATATTTGATGTTTCACCTCCGTCTATGGAGGTTCTGGTTGGGCACAGTCATGTTACTATATCGCAACCATTTCAGGTCACAGGTTTCTCAGTTGGAGGACGTGTCGTGACTTCTGAAGGTGTTGGGGTTGAAGGTGTTAAGATATTAGTTGATGGACGGGA
AAGGGCTGCAACAGACATCCAGGGATATTACAAACTTGATCAGGTAACATCCACACAATACACAATCAAGGCTGAGAAGGATCACTTCAAGTTTAGCAGTTTAGAGAATTTCATGGTTCTGCCAAACATGGCTTCCATCCCAGAGATAAAAGCAACACATTATAATATTTGTGGTTCCATCAAATTTGTGACAGATGGCT
ATTCTGGCAAGCGTCAGGTTGCCTTGACACATGGGCCAGAGAATGTTAAGCCTCAAGTAAAGAGGATTGATGATACGGGAAACTTCTGCTTTGAGGTTCAACCAGGTGACTATCGAATATCCCCACTGACCACAACAGCAGAGCATGATTCTGGTCTTCAATTCTCACCATCACTTATTGACGTCACAGTAAATGGACCA
GCGCTTGGCATTGAATTTGAACAGGCACTTGTTGATATTCGTGGATCAGTGATATGCAAGGAAGGATGTGACTCCTCGGTTTCTATTTCACTTACTTCACTGGCTGTCAAAGGTTCAGAGAAGTTAAACTCTATAAGTTTGACAGATGACAGCAGTAACTTCATATTTGAGAAACTCTTACCCGGTGCATGGCGTCTTGA
GGTAAAACATGGACCTTCATCTGATTTGCTAAACTGGGATGATGACTGGTGTTGGGAGAAAAAGGTTATCGATGTCAGTGTTGGTGTTTCTGATCATACAGAGATAACGTTTATCCAAAAAGGTTATTGGTTGCGTATTAAGTCTACTCATTCTGTGGCTTCTTACATCTTAAAGCCAAACCAAGAACCCATGAATTTGC
TGATTGAGAAAGGATGGCAGCAAATCTGCTTAGAAGCTCCTGGTGTGCACATGCTTCATTTCTTGAACTCATGCATTTTCTTCGGAATGTCTTCTTTGGAATTCAACATATTGAACCTTAAGCCTATATATTTGACTGGCGAAAAATATCAACTGGGTGGCGAAATCCACATTGATTCAAGCTCTTATCCTGAAGCAAAC
GAGTTGCCTGGAAGCATTGTTGTAGACATCTGGCAAGAGGAGGGTGCATTTGTAGATACGATCAATGATGTCAAACTTGTTTCAAGTGCTAATGGACCAAGCGAGATTGCTGTATATCAGTACACTCTCTGGGCCAATCTTGAAGATGAACTGGTCTTTGTTCCTAGAGATACAAGGAATGGGAGTGAGCAAAGCAATTT
CGAAAAGGTCTTGTTTTATCCGAGAAGTCAACATGTTGCTGTTAAAACTGATGGGTGCCAACCTGCTATTCCTCCTTTTGTGGGCCGCCCAGGACGGTACATTCAGGGATCAGTTCTGCCAGCTATACCAGGTGTTGACATTAAAATACTTGCTCAAAATGATAGTAGCAATGGCCTTCTGAAAAAGGGTGACTTGGTTC
TTCAAACTTCAACAGGATCAGATGGTTTGTTTTTGGGTGGCCCTCTGTATGATGATACTGAGTACTATGTTGAGGCTTCCAAGATGGGATATCATTTAAAAGCACTTGGGGAATATTCATTCTCTTGTCAGAAACTCAGCCAAATTGTGGTTCATATTCATGCGGGAGAAGGAGCTGAAAAATCATTGCCATCTGTTCTT
TTATCGCTTAGTGGTGAGGATGGGTATAGAAACAATGCTATAACTAGTCCTGGTGAAGCCTTCAACTTTGACAATCTATTTCCTGGAAGCTTCTTCCTTCGTCCACTCATGAAGGAATATTCATTTTCACCATCAGCACAGGCGATAGAACTAGAATCTGGAGAAGTTAAAGAAGTGACATTTGTTGCTCATCGCATTGC
TTACAGTGTGTTGGGAAGTGTAACATCCCTTTCGGGGCAGCCTAGGGAAGGCATTTCTCTGGAGGCAAGATCACTCTCAAAAGGCTATTATGAGGAAACAACAACAGACAATTCAGGGAAATATCGTCTTAGGGGCCTTCTACCGAACACAAGCTATTCTATAAAAGTTGTAGTGAAGGAAGATTCAGGAAGACATTCAA
GAATTGAGCGGGCATCTCCAAATTTTGTTAACATCCAGGTTGGTTCAACAGATATCAATGATTTGGACTTTGTTGTCTTTGACCAACCAGAAACAACCATTATAACTGGTCATGTTGAAGGAATCAACCTTGACAAACTTCATCCTCATTTGGAAGTTCAAATCAAATCAATGAGTGAACCTTTTAAAATAGAGTCCATC
ATTCCATTGCCAATGACGTATTTTTTTGAAGTTCAAAATCTGCCAAAGGGAAGATACCTAGTACAACTTCTATCTGGACTTTCTTCTCGGACGCACAAATTTAAATCTAATATTGTTGAAGCTGACTTAGAGAAACACACACAAATACATGTTGGACCTTTAAGTTACGAAGTAGAGGAGCATCATCAGAAGCAGGATTT
GACACCAGCACCTGCTTTTCCTCTCATTGTTGGAGTTTTAGTGATAGCTGTTTTTGCAAGCATGCCTAGGCTTAGGGATGCATATCAATGGGCAGCAGGATTGGCACCCTCGGCAATGACCGCAGTTGCATCCAAGAAGGATATTCGCAAACTTACTGTGAGAAAGAGGACATACTAAATGCTACTATGTTGGTGCCCTA
ATTGCAATTAGCCAACACACTGGATGAAGCTAACATTTCCCCTAGTTTTTCTTACTTCAACTTTGAGATGACACCACAATGTTGATAGCTTTTTCCAATTGCTACTGAAGTCATCATAGGTTGCCGTAGGTTTCCTAATCTCTATCCCATATTAGATGACAGCACAGAATTGGATTCACCTTTTAACATACCATGGGATG
TATGATGTTTACATAAATCCTCATGTGACAGATGAACACTGTACATGAGCTACCTTGAGTTGATTCAACATAACCCTACAATAAATAGGGCATTGGTAATGTACATCTTCCAATTTATCTTTAGTAGAGAAGAATTTTGCATAGCATGAGCATTCTTTGAGCTTGTGCATGAGTGAATCACAGAACAGACGTCCCC
>TRINITY_DN106529_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:TATATTTGTTTGTTTAGCATTTTCTTCCTTCCTACCTTCTATGCAAGAAGTGTTGGTGATACAATAGCGTTTACAAAAGAGATTTTCATACATAAGAGAAGCATCTCTGCATCGATTTTTATTTTTAAGAAACATCACCGATTCTCAAATCTCGTTTTTATGTGAGAGAAGCACTTCTGATCGAAACCCCGTCACTTTTG
TATGAAACACCATCTATTCTCGAATATAAAACTACCATTGTTGGTTGAAGGGCCGTTTGAGGAAAAGAGATGCAGAGAGGCTACTGAAACCTCGAGGAATAGTAGGGTTTTAGATTCGAAGGTCCTTGTAATGGAGACGTGGTGGGTGTTTCTGCTGTTGGTTACATGCCTGGCAGTAGGCGCTGCTGCGGACGGTATTA
ACGGATGCGGAGGTTTCATCGAGGCAAGTCCATCTTTGACAAGGTCGAGGAAGCCGTCGGATCCGAAGCTCGACTACTCTCACATTGTTGTTGAGCTTCATACCATTGATGGTTTGGTCAAGGATAGTACACAGTGTGCTCCAAACGGATATTATTTCATTCCTGTATATGACAAGGGATCTTTTATAATCCGACTCAAA
GGTCCAGATGGATGGTCATGGGAACCGGATCAGGTTCCTGTATCAGTGGATCATAGTGGTTGCAATGGCAATGAAGACATCAATTTTCGCTTCACTGGGTTCACTATTTCTGGAAGAGTGCTGGGAGCTGTTGGAGCTGAAAGTTGTCCAGAGATAAATGGAGGTCCTGCCAATGTGAAGGTTGAACTCATTTCCACCAA
CAATGGCCTAACTAATGCTGTGCTTACGTCACAGGGAGGCAGTTACAGGTTTACAAACATTACTTCAGGGAAATATAAGCTGGTTGCTTCCCATCCAATGTTAACAATTGTGCAAAGAGGCTTTCCAGAGATAGAGTTGGGCTTTGGAAATCTGGTAGTAGATGACATCTTTTCTGTCCCTGGTTATGATATGGATGGCT
TGGTTGTTTCTCAGGGTAATGCTGTTTTGGGTGTTCATGTATACCTTTATTCAGATGATGTCCATGAGGTGAATTGCCCTCAGGGTTCTGGAGCAGCTCCTTGGGCAAAGCAAGCACTTTGTCATGCAATATCTGATGCAAATGGGAAATTTACTTTTAAATTTATTCCATGTGGAAAATACAGGTTGTTGCCGTTCTAC
AAGGGTGAGAATACAATATTTGATGTTTCACCTCCGTCTATGGAGGTTCTGGTTGGGCACAGTCATGTTACTATATCGCAACCATTTCAGGTCACAGGTTTCTCAGTTGGAGGACGTGTCGTGACTTCTGAAGGTGTTGGGGTTGAAGGTGTTAAGATATTAGTTGATGGACGGGAAAGGGCTGCAACAGACATCCAGGG
ATATTACAAACTTGATCAGGTAACATCCACACAATACACAATCAAGGCTGAGAAGGATCACTTCAAGTTTAGCAGTTTAGAGAATTTCATGGTTCTGCCAAACATGGCTTCCATCCCAGAGATAAAAGCAACACATTATAATATTTGTGGTTCCATCAAATTTGTGACAGATGGCTATTCTGGCAAGCGTCAGGTTGCCT
TGACACATGGGCCAGAGAATGTTAAGCCTCAAGTAAAGAGGATTGATGATACGGGAAACTTCTGCTTTGAGGTTCAACCAGGTGACTATCGAATATCCCCACTGACCACAACAGCAGAGCATGATTCTGGTCTTCAATTCTCACCATCACTTATTGACGTCACAGTAAATGGACCAGCGCTTGGCATTGAATTTGAACAG
GCACTTGTTGATATTCGTGGATCAGTGATATGCAAGGAAGGATGTGACTCCTCGGTTTCTATTTCACTTACTTCACTGGCTGTCAAAGGTTCAGAGAAGTTAAACTCTATAAGTTTGACAGATGACAGCAGTAACTTCATATTTGAGAAACTCTTACCCGGTGCATGGCGTCTTGAGGTAAAACATGGACCTTCATCTGA
TTTGCTAAACTGGGATGATGACTGGTGTTGGGAGAAAAAGGTTATCGATGTCAGTGTTGGTGTTTCTGATCATACAGAGATAACGTTTATCCAAAAAGGTTATTGGTTGCGTATTAAGTCTACTCATTCTGTGGCTTCTTACATCTTAAAGCCAAACCAAGAACCCATGAATTTGCTGATTGAGAAAGGATGGCAGCAAA
TCTGCTTAGAAGCTCCTGGTGTGCACATGCTTCATTTCTTGAACTCATGCATTTTCTTCGGAATGTCTTCTTTGGAATTCAACATATTGAACCTTAAGCCTATATATTTGACTGGCGAAAAATATCAACTGGGTGGCGAAATCCACATTGATTCAAGCTCTTATCCTGAAGCAAACGAGTTGCCTGGAAGCATTGTTGTA
GACATCTGGCAAGAGGAGGGTGCATTTGTAGATACGATCAATGATGTCAAACTTGTTTCAAGTGCTAATGGACCAAGCGAGATTGCTGTATATCAGTACACTCTCTGGGCCAATCTTGAAGATGAACTGGTCTTTGTTCCTAGAGATACAAGGAATGGGAGTGAGCAAAGCAATTTCGAAAAGGTCTTGTTTTATCCGAG
AAGTCAACATgtaagtgcacttggaaattattcttgttagacaatcttattcaatggttccattgtgtgtaggaatacccttcactattgtttctgacaagatacaatacttcctccagGTTGCTGTTAAAACTGATGGGTGCCAACCTGCTATTCCTCCTTTTGTGGGCCGCCCAGGACGGTACATTCAGGGATCAGTT
CTGCCAGCTATACCAGGTGTTGACATTAAAATACTTGCTCAAAATGATAGTAGCAATGGCCTTCTGAAAAAGGGTGACTTGGTTCTTCAAACTTCAACAGGATCAGATGGTTTGTTTTTGGGTGGCCCTCTGTATGATGATACTGAGTACTATGTTGAGGCTTCCAAGATGGGATATCATTTAAAAGCACTTGGGGAATA
TTCATTCTCTTGTCAGAAACTCAGCCAAATTGTGGTTCATATTCATGCGGGAGAAGGAGCTGAAAAATCATTGCCATCTGTTCTTTTATCGCTTAGTGGTGAGGATGGGTATAGAAACAATGCTATAACTAGTCCTGGTGAAGCCTTCAACTTTGACAATCTATTTCCTGGAAGCTTCTTCCTTCGTCCACTCATGAAGG
AATATTCATTTTCACCATCAGCACAGGCGATAGAACTAGAATCTGGAGAAGTTAAAGAAGTGACATTTGTTGCTCATCGCATTGCTTACAGTGTGTTGGGAAGTGTAACATCCCTTTCGGGGCAGCCTAGGGAAGGCATTTCTCTGGAGGCAAGATCACTCTCAAAAGGCTATTATGAGGAAACAACAACAGACAATTCA
GGGAAATATCGTCTTAGGGGCCTTCTACCGAACACAAGCTATTCTATAAAAGTTGTAGTGAAGGAAGATTCAGGAAGACATTCAAGAATTGAGCGGGCATCTCCAAATTTTGTTAACATCCAGGTTGGTTCAACAGATATCAATGATTTGGACTTTGTTGTCTTTGACCAACCAGAAACAACCATTATAACTGGTCATGT
TGAAGGAATCAACCTTGACAAACTTCATCCTCATTTGGAAGTTCAAATCAAATCAATGAGTGAACCTTTTAAAATAGAGTCCATCATTCCATTGCCAATGACGTATTTTTTTGAAGTTCAAAATCTGCCAAAGGGAAGATACCTAGTACAACTTCTATCTGGACTTTCTTCTCGGACGCACAAATTTAAATCTAATATTG
TTGAAGCTGACTTAGAGAAACACACACAAATACATGTTGGACCTTTAAGTTACGAAGTAGAGGAGCATCATCAGAAGCAGGATTTGACACCAGCACCTGCTTTTCCTCTCATTGTTGGAGTTTTAGTGATAGCTGTTTTTGCAAGCATGCCTAGGCTTAGGGATGCATATCAATGGGCAGCAGGATTGGCACCCTCGGCA
ATGACCGCAGTTGCATCCAAGAAGGATATTCGCAAACTTACTGTGAGAAAGAGGACATACTAAATGCTACTATGTTGGTGCCCTAATTGCAATTAGCCAACACACTGGATGAAGCTAACATTTCCCCTAGTTTTTCTTACTTCAACTTTGAGATGACACCACAATGTTGATAGCTTTTTCCAATTGCTACTGAAGTCATC
ATAGGTTGCCGTAGGTTTCCTAATCTCTATCCCATATTAGATGACAGCACAGAATTGGATTCACCTTTTAACATACCATGGGATGTATGATGTTTACATAAATCCTCATGTGACAGATGAACACTGTACATGAGCTACCTTGAGTTGATTCAACATAACCCTACAATAAATAGGGCATTGGTAATGTACATCTTCCAATT
TATCTTTAGTAGAGAAGAATTTTGCATAGCATGAGCATTCTTTGAGCTTGTGCATGAGTGAATCACAGAACAGACGTCCCC
Intron 2 GTGAGAGAAG ... TTGGTTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 73.74 | 26 | 38 | 108 |
| A2 | 72.44 | 31 | 47 | 116 |
| A3 | 70.2 | 38 | 45 | 134 |
| A4 | 71.14 | 29 | 44 | 99 |
| A5 | 67.83 | 23 | 25 | 72 |
| A6 | 54.55 | 5 | 3 | 9 |
| A7 | 62.79 | 24 | 17 | 64 |
| A8 | 87.5 | 1 | 6 | 8 |
| A9 | 60 | 15 | 10 | 35 |
| A10 | 69.81 | 16 | 22 | 52 |
>TRINITY_DN43537_c1_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoformGATTTTCATACATAAGAGAAGCATCTCTGCATCGATTTTTATTTTTAAGAAACATCACCGATTCTCAAATCTCGTTTTTATGGCCGTTTGAGGAAAAGAGATGCAGAGAGGCTACTGAAACCTCGAGGAATAGTAGGGTTTTAGATTCGAAGGTCCTTGTAATGGAGACGTGGTGGGTGTTTCTGCTGTTGGTTACATGC
CTGGCAGTAGGCGCTGCTGCGGACGGTATTAACGGATGCGGAGGTTTCATCGAGGCAAGTCCATCTTTGACAAGGTCGAGGAAGCCGTCGGATCCGAAGCTCGACTACTCTCACATTGTTGTTGAGCTTCATACCATTGATGGTTTGGTCAAGGATAGTACACAGTGTGCTCCAAACGGATATTATTTCATTCCTGTATA
TGACAAGGGATCTTTTATAATCCGACTCAAAGGTCCAGATGGATGGTCATGGGAACCGGATCAGGTTCCTGTATCAGTGGATCATAGTGGTTGCAATGGCAATGAAGACATCAATTTTCGCTTCACTGGGTTCACTATTTCTGGGAGAGTGCTGGGAGCTGTTGGAGCTGAAAGTTGTCCAGAGATAAATGGAGGTCCTG
CCAATGTGAAGGTTGAACTCATTTCCACCAACAATGGCCTAACTAATGCTGTGCTTACGTCACAGGGAGGCAGTTACAGGTTTACAAACATTACTTCAGGGGGACTGAATAGCAATTTTGCAGGGAAATATAAGCTGGTTGCTTCCCATCCAATGTTAACAATTGTGCAAAGAGGCTCTCCAGAGATAGAGTTGGGCTTT
GGAAATCTGGTAGTAGATGACATCTTTTCTGTCCCTGGTTATGATATGGATGGCTTGGTTGTTTCTCAGGGTAATGCTGTTTTGGGTGTTCATGTATACCTTTATTCAGATGATGTCCATGAGGTGAATTGCCCTCAGGGTTCTGGAGCAGCTCCTTGGGCAAAGCAAGCACTTTGTCATGCAATATCTGATGCAAATGG
GAAATTTACTTTTAAATTTATTCCATGTGGAAAATACAGGTTGTTGCCGTTCTACAAGGGTGAGAATACAATATTTGATGTTTCACCTCCGTCTATGGAGGTTCTGGTTGGGCACAGTCATGTTACTATATCGCAACCATTTCAGGTCACAGGTTTCTCAGTTGGAGGACGTGTCGTGACTTCTGAAGGTGTTGGGGTTG
AAGGTGTTAAGATATTAGTTGATGGACGGGAAAGGGCTGCAACAGACATCCAGGGATATTACAAACTTGATCAGGTAACATCCACACAATACACAATCAAGGCTGAGAAGGATCACTTCAAGTTTAGCAGTTTAGAGAATTTCATGGTTCTGCCAAACATGGCTTCCATCCCAGAGATAAAAGCAACACATTATAATATT
TGTGGTTCCATCAAATTTGTGACAGATGGCTATTCTGGCAAGCGTCAGGTTGCCTTGACACATGGGCCAGAGAATGTTAAGCCTCAAGTAAAGAGGATTGATGATACGGGAAACTTCTGCTTTGAGGTTCAACCAGGTGACTATCGAATATCCCCACTGACCACAACAGCAGAGCATGATTCTGGTCTTCAATTCTCACC
ATCACTTATTGACGTCACAGTAAATGGACCAGCGCTTGGCATTGAATTTGAACAGGCACTTGTTGATATTCGTGGATCAGTGATATGCAAGGAAGGATGTGACTCCTCGGTTTCTATTTCACTTACTTCACTGACTGTCAAAGGTTCAGAGAAGTTAAACTCTATAAGTTTGACAGATGACAGCAGTAACTTCATATTTG
AGAAACTCTTACCCGGTGCATGGCGTCTTGAGGTAAAACATGGACCTTCATCTGATTTGCTAAACTGGGATGATGACTGGTGTTGGGAGAAAAAGGTTATCGATGTCAGTGTTGGTGTTTCTGATCATACAGAGATAACGTTTATCCAAAAAGGTTATTGGTTGCGTATTAAGTCTACTCATTCTGTGGCTTCTTACATC
TTAAAGCCAAACCAAGAACCCATGAATTTGCTGATTGAGAAAGGATGGCAGCAAATCTGCTTAGAAGCTCCTGGTGTGCACATGCTTCATTTCTTGAACTCATGCATTTTCTTCGGAATGTCTTCTTTGGAATTCAACATATTGAACCTTAAGCCTATATATTTGACTGGCGAAAAATATCAACTGGGTGGCGAAATCCA
CATTGATTCAAGCTCTTATCCTGAAGCAAACGAGTTGCCTGGAAGCATTGTTGTAGACATCTGGCAAGAGGAGGGTGCATTTGTAGATACGATCAATGATGTCAAACTTGTTTCAAGTGCTAATGGACCAAGCGAGATTGCTGTATATCAGTACACTCTCTGGGCCAATCTTGAAGATGAACTGGTCTTTGTTCCTAGAG
ATACAAGGAATGGGAGTGAGCAAAGCAATTTCGAAAAGGTCTTGTTTTATCCGAGAAGTCAACATGTTGCTGTTAAAACTGATGGGTGCCAACCTGCTATTCCTCCTTTTGTGGGCCGCCCAGGACGGTACATTCAGGGATCAGTTCTGCCAGCTATACCAGGTGTTGACATTAAAATACTTGCTCAAAATGATAGTAGC
AATGGCCTTCTGAAAAAGGGTGACTTGGTTCTTCAAACTTCAACAGGATCAGATGGTTTGTTTTTGGGTGGCCCTCTGTATGATGATACTGAGTACTATGTTGAGGCTTCCAAGATGGGATATCATTTAAAAGCACTTGGGGAATATTCATTCTCTTGTCAGAAACTCAGCCAAATTGTGGTTCATATTCATGCGGGAGA
AGGAGCTGAAAAATCATTGCCATCTGTTCTTTTATCGCTTAGTGGTGAGGATGGGTATAGAAACAATGCTATAACTAGTCCTGGTGAAGCCTTCAACTTTGACAATCTATTTCCTGGAAGCTTCTTCCTTCGTCCACTCATGAAGGAATATTCATTTTCACCATCAGCACAGGCGATAGAACTAGACTCTGGAGAAGTTA
AAGAAGTGACATTTGTTGCTCACCGCATTGCTTACAGTGTGTTGGGAAGTGTAACATCCCTTTCGGGGCAGCCTAGGGAAGGCATTTCTCTGGAGGCAAGATCACTCTCAAAAGGCTATTATGAGGAAACAACAACAGACAATTCAGGGAAATATCGTCTTAGGGGCCTTCTACCGAACACAAGCTATTCTATAAAAGTT
GTAGTGAAGGAAGATTCAGGAAGACATTCAAGAATTGAGCGGGCATCTCCAAATTTTGTTAACATCCAGGTTGGTTCAACAGATATCAATGATTTGGACTTTGTTGTCTTTGACCAACCAGAAACAACCATTATAACTGGTCATGTTGAAGGAATCAACCTTGACAAACTTCATCCTCATTTGGAAGTTCAAATCAAATC
AATGAGTGAACCTTTTAAAATAGAGTCCATCATTCCATTGCCAATGACGTATTTTTTTGAAGTTCAAAATCTGCCAAAGGGAAGATACCTAGTACAACTTCTATCTGGACTTTCTTCTCGGACGCACAAATTTAAATCTAATATTGTTGAAGCTGACTTAGAGAAACACACACAAATACATGTTGGACCTTTAAGTTACG
AAGTAGAGGAGCATCATCAGAAGCAGGATTTGACACCAGCACCTGCTTTTCCTCTCATTGTTGGAGTTTTAGTGATAGCTGTTTTTGCAAGCATGCCTAGGCTTAGGGATGCATATCAATGGGCAGCAGGATTGGCACCCTCGGCAATGACCGCAGTTGCATCCAAGAAGGATATTCGCAAACTTACTGTGAGAAAGAGG
ACATACTAAATGCTACTATGTTGGTGCCCTAATTGCAATTAGCCAACACACTGGATGAAGCTAACATTCCCCTAGTTTTTCTTACTTCAACTTTGAGATGACACCACAATGTTGATAGCTTTTTCCAATTGCTACTGAAGTCATCATAGGTTGCCGTAGGTTTCCTAATCTCTATCCCATATTAGATGACAGCACAGGAT
TGGATTCACCTTTTAACATACCATGGGATGTATGATGTTTACATAAATCCTCATGTGACAGATGAACAATGTAGATGAGCTACCTTGAGTTGATTCAACATAACCCTACAATAAATAGGGCATTGGTAATGTACATCTTCCAATTTATCTTTAGTAGAGAAGAATTTTGCATAGCATGAGCATTCTTTGAGCTTGTGCAT
GAGTGAATCACAGAACAGACATCCCTCTTATTAAATCATGTTTTGGTTAAGCTGTCCTCTGGAAGCCTTCAAGGATTCAATTTAAGCTGTCCTATTCCTCTTTCGTCCATTTTATAACCAGCAGTCTCCAAAAGCATGTAGGTGCTTGACCCCCTTATCTACAACCAATTTTAATAGTGTCGTTAATGCCATCAACTCAG
CAAAAATATTTGTTCCAAAACCCAGTCCAGTTTTAAATTTAGAAAATGATTGTCAGATAATGACAGTGAAATGAACAAAGTTCATTTCTCAAATGTGAACATAGTTCATTTACTGAATATCCAATGTAAGGATAGTAAGCAGAAACACATATAGGGCTAATACTTATATTTAATACTGAATAGATAGATATGATTTGCAA
TGACCACTGTGACGGTATATATACACATTGACTGGTCACGTGGTTGAATAGGCATGCCCCTTAGTTAAGACGTGCCCCTTCATTAATTAATGTTTATTATTATTATTCATTGTTATTTATTTATTTATTCTTTACATGTATATTGTATTCATTACATTGCCTGCCCTTTTAAAATGCTGTCCTCAAAGCATACAAAAATC
ATATCTTCATTCTGGTTTGTATTGCCTTCTCGTGATTCTTAATTTTTAAGTTCGTCATGGTTGAGGACATGAGACAATATGACCTTCTAAGTGTTGAGCAAAGTTACCGAATTGTGTAAGGGTTAGATCACCCTAATTCATTCCCTAGTGGCATTGTGCTACTATAGGGTTTCCAATGTGAACTTCTATTTTGAGACTCA
ATATAGACTAATTGCTTTTGTTCATAATGATATTGATACACTAATTGGCCA
>TRINITY_DN43537_c1_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:GATTTTCATACATAAGAGAAGCATCTCTGCATCGATTTTTATTTTTAAGAAACATCACCGATTCTCAAATCTCGTTTTTATgtgagagaagcacttctgatcgaaaccccgtcacttttgtatgaaacaccatctattctcgaatataaaactaccattgttggttgaagGGCCGTTTGAGGAAAAGAGATGCAGAGAGG
CTACTGAAACCTCGAGGAATAGTAGGGTTTTAGATTCGAAGGTCCTTGTAATGGAGACGTGGTGGGTGTTTCTGCTGTTGGTTACATGCCTGGCAGTAGGCGCTGCTGCGGACGGTATTAACGGATGCGGAGGTTTCATCGAGGCAAGTCCATCTTTGACAAGGTCGAGGAAGCCGTCGGATCCGAAGCTCGACTACTCT
CACATTGTTGTTGAGCTTCATACCATTGATGGTTTGGTCAAGGATAGTACACAGTGTGCTCCAAACGGATATTATTTCATTCCTGTATATGACAAGGGATCTTTTATAATCCGACTCAAAGGTCCAGATGGATGGTCATGGGAACCGGATCAGGTTCCTGTATCAGTGGATCATAGTGGTTGCAATGGCAATGAAGACAT
CAATTTTCGCTTCACTGGGTTCACTATTTCTGGGAGAGTGCTGGGAGCTGTTGGAGCTGAAAGTTGTCCAGAGATAAATGGAGGTCCTGCCAATGTGAAGGTTGAACTCATTTCCACCAACAATGGCCTAACTAATGCTGTGCTTACGTCACAGGGAGGCAGTTACAGGTTTACAAACATTACTTCAGGGGGACTGAATA
GCAATTTTGCAGGGAAATATAAGCTGGTTGCTTCCCATCCAATGTTAACAATTGTGCAAAGAGGCTCTCCAGAGATAGAGTTGGGCTTTGGAAATCTGGTAGTAGATGACATCTTTTCTGTCCCTGGTTATGATATGGATGGCTTGGTTGTTTCTCAGGGTAATGCTGTTTTGGGTGTTCATGTATACCTTTATTCAGAT
GATGTCCATGAGGTGAATTGCCCTCAGGGTTCTGGAGCAGCTCCTTGGGCAAAGCAAGCACTTTGTCATGCAATATCTGATGCAAATGGGAAATTTACTTTTAAATTTATTCCATGTGGAAAATACAGGTTGTTGCCGTTCTACAAGGGTGAGAATACAATATTTGATGTTTCACCTCCGTCTATGGAGGTTCTGGTTGG
GCACAGTCATGTTACTATATCGCAACCATTTCAGGTCACAGGTTTCTCAGTTGGAGGACGTGTCGTGACTTCTGAAGGTGTTGGGGTTGAAGGTGTTAAGATATTAGTTGATGGACGGGAAAGGGCTGCAACAGACATCCAGGGATATTACAAACTTGATCAGGTAACATCCACACAATACACAATCAAGGCTGAGAAGG
ATCACTTCAAGTTTAGCAGTTTAGAGAATTTCATGGTTCTGCCAAACATGGCTTCCATCCCAGAGATAAAAGCAACACATTATAATATTTGTGGTTCCATCAAATTTGTGACAGATGGCTATTCTGGCAAGCGTCAGGTTGCCTTGACACATGGGCCAGAGAATGTTAAGCCTCAAGTAAAGAGGATTGATGATACGGGA
AACTTCTGCTTTGAGGTTCAACCAGGTGACTATCGAATATCCCCACTGACCACAACAGCAGAGCATGATTCTGGTCTTCAATTCTCACCATCACTTATTGACGTCACAGTAAATGGACCAGCGCTTGGCATTGAATTTGAACAGGCACTTGTTGATATTCGTGGATCAGTGATATGCAAGGAAGGATGTGACTCCTCGGT
TTCTATTTCACTTACTTCACTGACTGTCAAAGGTTCAGAGAAGTTAAACTCTATAAGTTTGACAGATGACAGCAGTAACTTCATATTTGAGAAACTCTTACCCGGTGCATGGCGTCTTGAGGTAAAACATGGACCTTCATCTGATTTGCTAAACTGGGATGATGACTGGTGTTGGGAGAAAAAGGTTATCGATGTCAGTG
TTGGTGTTTCTGATCATACAGAGATAACGTTTATCCAAAAAGGTTATTGGTTGCGTATTAAGTCTACTCATTCTGTGGCTTCTTACATCTTAAAGCCAAACCAAGAACCCATGAATTTGCTGATTGAGAAAGGATGGCAGCAAATCTGCTTAGAAGCTCCTGGTGTGCACATGCTTCATTTCTTGAACTCATGCATTTTC
TTCGGAATGTCTTCTTTGGAATTCAACATATTGAACCTTAAGCCTATATATTTGACTGGCGAAAAATATCAACTGGGTGGCGAAATCCACATTGATTCAAGCTCTTATCCTGAAGCAAACGAGTTGCCTGGAAGCATTGTTGTAGACATCTGGCAAGAGGAGGGTGCATTTGTAGATACGATCAATGATGTCAAACTTGT
TTCAAGTGCTAATGGACCAAGCGAGATTGCTGTATATCAGTACACTCTCTGGGCCAATCTTGAAGATGAACTGGTCTTTGTTCCTAGAGATACAAGGAATGGGAGTGAGCAAAGCAATTTCGAAAAGGTCTTGTTTTATCCGAGAAGTCAACATGTTGCTGTTAAAACTGATGGGTGCCAACCTGCTATTCCTCCTTTTG
TGGGCCGCCCAGGACGGTACATTCAGGGATCAGTTCTGCCAGCTATACCAGGTGTTGACATTAAAATACTTGCTCAAAATGATAGTAGCAATGGCCTTCTGAAAAAGGGTGACTTGGTTCTTCAAACTTCAACAGGATCAGATGGTTTGTTTTTGGGTGGCCCTCTGTATGATGATACTGAGTACTATGTTGAGGCTTCC
AAGATGGGATATCATTTAAAAGCACTTGGGGAATATTCATTCTCTTGTCAGAAACTCAGCCAAATTGTGGTTCATATTCATGCGGGAGAAGGAGCTGAAAAATCATTGCCATCTGTTCTTTTATCGCTTAGTGGTGAGGATGGGTATAGAAACAATGCTATAACTAGTCCTGGTGAAGCCTTCAACTTTGACAATCTATT
TCCTGGAAGCTTCTTCCTTCGTCCACTCATGAAGGAATATTCATTTTCACCATCAGCACAGGCGATAGAACTAGACTCTGGAGAAGTTAAAGAAGTGACATTTGTTGCTCACCGCATTGCTTACAGTGTGTTGGGAAGTGTAACATCCCTTTCGGGGCAGCCTAGGGAAGGCATTTCTCTGGAGGCAAGATCACTCTCAA
AAGGCTATTATGAGGAAACAACAACAGACAATTCAGGGAAATATCGTCTTAGGGGCCTTCTACCGAACACAAGCTATTCTATAAAAGTTGTAGTGAAGGAAGATTCAGGAAGACATTCAAGAATTGAGCGGGCATCTCCAAATTTTGTTAACATCCAGGTTGGTTCAACAGATATCAATGATTTGGACTTTGTTGTCTTT
GACCAACCAGAAACAACCATTATAACTGGTCATGTTGAAGGAATCAACCTTGACAAACTTCATCCTCATTTGGAAGTTCAAATCAAATCAATGAGTGAACCTTTTAAAATAGAGTCCATCATTCCATTGCCAATGACGTATTTTTTTGAAGTTCAAAATCTGCCAAAGGGAAGATACCTAGTACAACTTCTATCTGGACT
TTCTTCTCGGACGCACAAATTTAAATCTAATATTGTTGAAGCTGACTTAGAGAAACACACACAAATACATGTTGGACCTTTAAGTTACGAAGTAGAGGAGCATCATCAGAAGCAGGATTTGACACCAGCACCTGCTTTTCCTCTCATTGTTGGAGTTTTAGTGATAGCTGTTTTTGCAAGCATGCCTAGGCTTAGGGATG
CATATCAATGGGCAGCAGGATTGGCACCCTCGGCAATGACCGCAGTTGCATCCAAGAAGGATATTCGCAAACTTACTGTGAGAAAGAGGACATACTAAATGCTACTATGTTGGTGCCCTAATTGCAATTAGCCAACACACTGGATGAAGCTAACATTCCCCTAGTTTTTCTTACTTCAACTTTGAGATGACACCACAATG
TTGATAGCTTTTTCCAATTGCTACTGAAGTCATCATAGGTTGCCGTAGGTTTCCTAATCTCTATCCCATATTAGATGACAGCACAGGATTGGATTCACCTTTTAACATACCATGGGATGTATGATGTTTACATAAATCCTCATGTGACAGATGAACAATGTAGATGAGCTACCTTGAGTTGATTCAACATAACCCTACAA
TAAATAGGGCATTGGTAATGTACATCTTCCAATTTATCTTTAGTAGAGAAGAATTTTGCATAGCATGAGCATTCTTTGAGCTTGTGCATGAGTGAATCACAGAACAGACATCCCTCTTATTAAATCATGTTTTGGTTAAGCTGTCCTCTGGAAGCCTTCAAGGATTCAATTTAAGCTGTCCTATTCCTCTTTCGTCCATT
TTATAACCAGCAGTCTCCAAAAGCATGTAGGTGCTTGACCCCCTTATCTACAACCAATTTTAATAGTGTCGTTAATGCCATCAACTCAGCAAAAATATTTGTTCCAAAACCCAGTCCAGTTTTAAATTTAGAAAATGATTGTCAGATAATGACAGTGAAATGAACAAAGTTCATTTCTCAAATGTGAACATAGTTCATTT
ACTGAATATCCAATGTAAGGATAGTAAGCAGAAACACATATAGGGCTAATACTTATATTTAATACTGAATAGATAGATATGATTTGCAATGACCACTGTGACGGTATATATACACATTGACTGGTCACGTGGTTGAATAGGCATGCCCCTTAGTTAAGACGTGCCCCTTCATTAATTAATGTTTATTATTATTATTCATT
GTTATTTATTTATTTATTCTTTACATGTATATTGTATTCATTACATTGCCTGCCCTTTTAAAATGCTGTCCTCAAAGCATACAAAAATCATATCTTCATTCTGGTTTGTATTGCCTTCTCGTGATTCTTAATTTTTAAGTTCGTCATGGTTGAGGACATGAGACAATATGACCTTCTAAGTGTTGAGCAAAGTTACCGAA
TTGTGTAAGGGTTAGATCACCCTAATTCATTCCCTAGTGGCATTGTGCTACTATAGGGTTTCCAATGTGAACTTCTATTTTGAGACTCAATATAGACTAATTGCTTTTGTTCATAATGATATTGATACACTAATTGGCCA
Intron 3 GTTTGTTTTT ... GCATGCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 4.74 | 180.8 | 10 | 8 |
| A2 | 1.45 | 205 | 2 | 4 |
| A3 | 0.79 | 189.4 | 1 | 2 |
| A4 | 1.59 | 185.2 | 6 | 0 |
| A5 | 0 | 96 | 0 | 0 |
| A6 | 0 | 21 | 0 | 0 |
| A7 | 0 | 89.2 | 0 | 0 |
| A8 | 0 | 22 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 84.4 | 0 | 0 |
| A10 | 1.04 | 142.4 | 1 | 2 |
>TRINITY_DN131356_c0_g4_i6 from sample A1 / Example spliced isoformCTTCAGCCCAATTGACCTGGTTCTGGTCATTAGTATCCATTAATATAATTTCTTTATTCTATTTATAAAAATGTAATTTCTCTTTTTTTAATGCATTATTTTCTATAAATTATGGAGCTCACCTGCAGAATTAAATGTAGATTAACATTTGTTTAAATTAATTAAAATCTGTCCATGATTGGCACTGTAAGGCAGATTCT
AAATTGAGGAGCATATTTGCAGGTTCCTGTATCAGTGGATCATAGTGGTTGCAATGGCAATGAAGACATCAATTTTCGCTTCACTGGGTTCACTATTTCTGGGAGAGTGCTGGGAGCTGTTGGAGCTGAAAGTTGTCCAGAGATAAATGGAGGTCCTGCCAATGTGAAGGTTGAACTCATTTCCACCAACAATGGCCTAA
CTAATGCTGTGCTTACGTCACAGGGAGGCAGTTACAGGTTTACAAACATTACTTCAGGGAAATATAAGCTGGTTGCTTCCCATCCAATGTTAACAATTGTGCAAAGAGGCTCTCCAGAGATAGAGTTGGGCTTTGGAAATCTGGTAGTAGATGACATCTTTTCTGTCCCTGGTTATGATATGGATGGCTTGGTTGTTTCT
CAGGGTAATGCTGTTTTGGGTGTTCATGTATACCTTTATTCAGATGATGTCCATGAGGTGAATTGCCCTCAGGGTTCTGGAGCAGCTCCTTGGGCAAAGCAAGCACTTTGTCATGCAATATCTGATGCAAATGGGAAATTTACTTTTAAATTTATTCCATGTGGAAAATACAGGTTGTTGCCGTTCTACAAGGGTGAGAA
TACAATATTTGATGTTTCACCTCCGTCTATGGAGGTTCTGGTTGGGCACAGTCATGTTACTATATCGCAGCCATTTCAGGTCACAGGTTTCTCAGTTGGAGGACGTGTCGTGACTTCTGAAGGTGTTGGGGTTGAAGGTGTTAAGATATTAGTTGATGGACGGGAAAGGGCTGCAACAGACATCCAGGGATATTACAAAC
TTGATCAGGTAACATCCACACAATACACAATCAAGGCTGAGAAGGATCACTTCAAGTTTAGCAGTTTAGAGAATTTCATGGTTCTGCCAAACATGGCTTCCATCCCAGAGATAAAAGCAACACATTATAATATTTGTGGTTCCATCAAATTTGTGACAGATGGCTATTCTGGCAAGCGTCAGGTTGCCTTGACACATGGG
CCAGAGAATGTTAAGCCTCAAGTAAAGAGGATTGATGATACGGGAAACTTCTGCTTTGAGGTTCAACCAGGTGACTATCGAATATCCCCACTGACCACAACAGCAGAGCATGATTCTGGTCTTCAATTCTCACCATCACTTATTGACGTCACAGTAAATGGACCAGCGCTTGGCATTGAATTTGAACAGGCACTTGTTGA
TATTCGTGGATCAGTGATATGCAAGGAAGGATGTGACTCCTCGGTTTCTATTTCACTTACTTCACTGGCTGTCAAAGGTTCAGAGAAGTTAAACTCTATAAGTTTGACAGATGACAGCAGTAACTTCATATTTGAGAAACTCTTACCCGGTGCATGGCGTCTTGAGGTAAAACATGGACCTTCATCTGATTTGCTAAACT
GGGATGATGACTGGTGTTGGGAGAAAAAGGTTATCGATGTCAGTGTTGGTGTTTCTGATCATACAGAGATAACGTTTATCCAAAAAGGTTATTGGTTGCGTATTAAGTCTACTCATTCTGTGGCTTCTTACATCTTAAAGCCAAACCAAGAACCCATGAATTTGCTGATTGAGAAAGGATGGCAGCAAATCTGCTTAGAA
GCTCCTGGTGTGCACATGCTTCATTTCTTGAACTCATGCATTTTCTTCGGAATGTCTTCATTGGAATTCAACATATTGAACCTTAAGCCTATATATTTGACTGGCGAAAAATATCAACTGGGTGGCGAAATCCACATTGATTCAAGCTCTTATCCTGAAGCAAACGAGTTGCCTGGAAGCATTGTTGTAGACATCTGGCA
AGAGGAGGGTGCATTTGTAGATACGATCAATGATGTCAAACTTGTTTCAAGTGCTAATGGACCAAGCGAGATTGCTGTATATCAGTACACTCTCTGGGCCAATCTTGAAGATGAACTGGTCTTTGTTCCTAGAGATACAAGGAATGGGAGTGAGCAAAGCAATTTCGAAAAGGTCTTGTTTTATCCGAGAAGTCAACATG
TTGCTGTTAAAACTGATGGGTGCCAACCTGCTATTCCTCCTTTTGTGGGCCGCCCAGGACGGTACATTCAGGGATCAGTTCTGCCAGCTATACCAGGTGTTGACATTAAAATACTTGCTCAAAATGATAGTAGCAATGGCCTTCTGAAAAAGGGTGACTTGGTTCTTCAAACTTCAACAGGATCAGATGGTTTGTTTTTG
GGTGGCCCTCTGTATGATGATACTGAGTACTATGTTGAGGCTTCCAAGATGGGATATCATTTAAAAGCACTTGGGGAATATTCATTCTCTTGTCAGAAACTCAGCCAAATTGTGGTTCATATTCATGCGGGAGAAGGAGCTGAAAAATCATTGCCATCTGTTCTTTTATCGCTTAGTGGTGAGGATGGGTATAGAAACAA
TGCTATAACTAGTCCTGGTGAAGCCTTCAACTTTGACAATCTATTTCCTGGAAGCTTCTTCCTTCGTCCACTCATGAAGGAATATTCATTTTCACCATCAGCACAGGCGATAGAACTAGAATCTGGAGAAGTTAAAGAAGTGACATTTGTTGCTCATCGCATTGCTTACAGTGTGTTGGGAAGTGTAACATCCCTTTCGG
GGCAGCCTAGGGAAGGCATTTCTCTGGAGGCAAGATCACTCTCAAAAGGCTATTATGAGGAAACAACAACAGACAATTCAGGGAAATATCGTCTTAGGGGCCTTCTACCGAACACAAGCTATTCTATAAAAGTTGTAGTGAAGGAAGATTCAGGAAGACATTCAAGAATTGAGCGGGCATCTCCAAATTTTGTTAACATC
CAGGTTGGTTCAACAGATATCAATGATTTGGACTTTGTTGTCTTTGACCAACCAGAAACAACCATTATAACTGGTCATGTTGAAGGAATCAACCTTGACAAACTTCATCCTCATTTGGAAGTTCAAATCAAATCAATGAGTGAACCTTTTAAAATAGAGTCCATCATTCCATTGCCAATGACGTATTTTTTTGAAGTTCA
AAATCTGCCAAAGGGAAGATACCTAGTACAACTTCTATCTGGACTTTCTTCTCGGACGCACAAATTTAAATCTAATATTGTTGAAGCTGACTTAGAGAAACACACACAAATACATGTTGGACCTTTAAGTTATGAAGTAGAGGAGCATCATCAGAAGCAGGATTTGACACCAGCACCTGCTTTTCCTCTCATTGTTGGAG
TTTTAGTGATAGCTGTTTTTGCAAGCATGCCTAGGCTTAGGGATGCATATCAATGGGCAGCAGGATTGGCACCCTCGGCAATGACCGCAGTTGCATCCAAGAAGGATATTCGCAAACTTACTGTGAGAAAGAGGACATACTAAATGCTACTATGTTGGTGCCCTAATTGCAATTAGCCAACACACTGGATGAAGCTAACA
TTTCCCCTAGTTTTTCTTACTTCAACTTTGAGATGACACCACAATGTTGATAGCTTTTTCCAATTGCTACTGAAGTCATCATAGGTTGCCGTAGGTTTCCTAATCTCTATCCCATATTAGATGACAGCACAGAATTGGATTCACCTTTT
>TRINITY_DN131356_c0_g4_i22 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTCCTGTATCAGTGGATCATAGTGGTTGCAATGGCAATGAAGACATCAATTTTCGCTTCACTGGGTTCACTATTTCTGGGAGAGTGCTGGGAGCTGTTGGAGCTGAAAGTTGTCCAGAGATAAATGGAGGTCCTGCCAATGTGAAGGTTGAACTCATTTCCACCAACAATGGCCTAACTAATGCTGTGCTTACGTCACAG
GGAGGCAGTTACAGGTTTACAAACATTACTTCAGGGGGACTGAATAGCAATTTTGCAGGTTTGTTGTGTGCTTCATGATGGTTTCTTAATTCATGTTTCTTGGTGTTTCTTGGATATTACTGATACTTGTATATTTTTCATCTATAGGGAAATATAAGCTGGTTGCTTCCCATCCAATGTTAACAATTGTGCAAAGAGGC
TCTCCAGAGgtttgttttttacaaatgttatatttgtactgaatccgaatctcaaatcgatttctctgaccttgtgttatgttggcatgcacagATAGAGTTGGGCTTTGGAAATCTGGTAGTAGATGACATCTTTTCTGTCCCTGGTTATGATATGGATGGCTTGGTTGTTTCTCAGG
Intron 4 GTTTGTTGTG ... TCATCTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.47 | 214 | 11.7 | 60.7 |
| A2 | 20.98 | 217.3 | 12.3 | 64.3 |
| A3 | 21.58 | 192.3 | 4.3 | 60.7 |
| A4 | 21.84 | 202 | 7.3 | 63.3 |
| A5 | 17.92 | 97 | 3.7 | 23 |
| A6 | 19.61 | 24 | 0 | 6.7 |
| A7 | 19.12 | 96.7 | 2.7 | 26 |
| A8 | 19.75 | 19 | 0.7 | 5.3 |
| A9 | 19.72 | 82 | 1.3 | 22.7 |
| A10 | 20.56 | 157 | 6.7 | 46.3 |
>TRINITY_DN131356_c0_g4_i1 from sample A1 / Example spliced isoformTAGCATTTTCTTCCTTCTTACCTTCTATGCAAGAAGTGTTGGTGATACAATAGCGTTTACAAAAGAGATTTTCATACATAAGAGAAGCATCTCTGCATCGATTTTTATTTTTAAGAAACATCACCGATTCTCAAATCTCGTTTTTATGTGAGAGAAGCACTTCTGATCGAAACCCCGTCACTTTTGTATGAAACACCATC
TATTCTCGAATATAAAACTACCATTGTTGGTTGAAGGGCCGTTTGAGGAAAAGAGATGCAGAGAGGCTACTGAAACCTCGAGGAATAGTAGGGTTTTAGATTCGAAGGTCCTTGTAATGGAGACGTGGTGGGTGTTTCTGCTGTTGGTTACATGCCTGGCAGTAGGCGCTGCTGCGGACGGTATTAACGGATGCGGAGGT
TTCATCGAGGCAAGTCCATCTTTGACAAGGTCGAGGAAGCCGTCGGATCCGAAGCTCGACTACTCTCACATTGTTGTTGAGCTTCATACCATTGATGGTTTGGTCAAGGATAGTACACAGTGTGCTCCAAACGGATATTATTTCATTCCTGTATATGACAAGGGATCTTTTATAATCCGACTCAAAGGTCCAGATGGATG
GTCATGGGAACCGGATCAGGTTCCTGTATCAGTGGATCATAGTGGTTGCAATGGCAATGAAGACATCAATTTTCGCTTCACTGGGTTCACTATTTCTGGGAGAGTGCTGGGAGCTGTTGGAGCTGAAAGTTGTCCAGAGATAAATGGAGGTCCTGCCAATGTGAAGGTTGAACTCATTTCCACCAACAATGGCCTAACTA
ATGCTGTGCTTACGTCACAGGGAGGCAGTTACAGGTTTACAAACATTACTTCAGGGGGACTGAATAGCAATTTTGCAGGGAAATATAAGCTGGTTGCTTCCCATCCAATGTTAACAATTGTGCAAAGAGGCTCTCCAGAGATAGAGTTGGGCTTTGGAAATCTGGTAGTAGATGACATCTTTTCTGTCCCTGGTTATGAT
ATGGATGGCTTGGTTGTTTCTCAGGGTAATGCTGTTTTGGGTGTTCATGTATACCTTTATTCAGATGATGTCCATGAGGTGAATTGCCCTCAGGGTTCTGGAGCAGCTCCTTGGGCAAAGCAAGCACTTTGTCATGCAATATCTGATGCAAATGGGAAATTTACTTTTAAATTTATTCCATGTGGAAAATACAGGTTGTT
GCCGTTCTACAAGGGTGAGAATACAATATTTGATGTTTCACCTCCGTCTATGGAGGTTCTGGTTGGGCACAGTCATGTTACTATATCGCAGCCATTTCAGGTCACAGGTTTCTCAGTTGGAGGACGTGTCGTGACTTCTGAAGGTGTTGGGGTTGAAGGTGTTAAGATATTAGTTGATGGACGGGAAAGGGCTGCAACAG
ACATCCAGGGATATTACAAACTTGATCAGGTAACATCCACACAATACACAATCAAGGCTGAGAAGGATCACTTCAAGTTTAGCAGTTTAGAGAATTTCATGGTTCTGCCAAACATGGCTTCCATCCCAGAGATAAAAGCAACACATTATAATATTTGTGGTTCCATCAAATTTGTGACAGATGGCTATTCTGGCAAGCGT
CAGGTTGCCTTGACACATGGGCCAGAGAATGTTAAGCCTCAAGTAAAGAGGATTGATGATACGGGAAACTTCTGCTTTGAGGTTCAACCAGGTGACTATCGAATATCCCCACTGACCACAACAGCAGAGCATGATTCTGGTCTTCAATTCTCACCATCACTTATTGACGTCACAGTAAATGGACCAGCGCTTGGCATTGA
ATTTGAACAGGCACTTGTTGATATTCGTGGATCAGTGATATGCAAGGAAGGATGTGACTCCTCGGTTTCTATTTCACTTACTTCACTGGCTGTCAAAGGTTCAGAGAAGTTAAACTCTATAAGTTTGACAGATGACAGCAGTAACTTCATATTTGAGAAACTCTTACCCGGTGCATGGCGTCTTGAGGTAAAACATGGAC
CTTCATCTGATTTGCTAAACTGGGATGATGACTGGTGTTGGGAGAAAAAGGTTATCGATGTCAGTGTTGGTGTTTCTGATCATACAGAGATAACGTTTATCCAAAAAGGTTATTGGTTGCGTATTAAGTCTACTCATTCTGTGGCTTCTTACATCTTAAAGCCAAACCAAGAACCCATGAATTTGCTGATTGAGAAAGGA
TGGCAGCAAATCTGCTTAGAAGCTCCTGGTGTGCACATGCTTCATTTCTTGAACTCATGCATTTTCTTCGGAATGTCTTCATTGGAATTCAACATATTGAACCTTAAGCCTATATATTTGACTGGCGAAAAATATCAACTGGGTGGCGAAATCCACATTGATTCAAGCTCTTATCCTGAAGCAAACGAGTTGCCTGGAAG
CATTGTTGTAGACATCTGGCAAGAGGAGGGTGCATTTGTAGATACGATCAATGATGTCAAACTTGTTTCAAGTGCTAATGGACCAAGCGAGATTGCTGTATATCAGTACACTCTCTGGGCCAATCTTGAAGATGAACTGGTCTTTGTTCCTAGAGATACAAGGAATGGGAGTGAGCAAAGCAATTTCGAAAAGGTCTTGT
TTTATCCGAGAAGTCAACATGTTGCTGTTAAAACTGATGGGTGCCAACCTGCTATTCCTCCTTTTGTGGGCCGCCCAGGACGGTACATTCAGGGATCAGTTCTGCCAGCTATACCAGGTGTTGACATTAAAATACTTGCTCAAAATGATAGTAGCAATGGCCTTCTGAAAAAGGGTGACTTGGTTCTTCAAACTTCAACA
GGATCAGATGGTTTGTTTTTGGGTGGCCCTCTGTATGATGATACTGAGTACTATGTTGAGGCTTCCAAGATGGGATATCATTTAAAAGCACTTGGGGAATATTCATTCTCTTGTCAGAAACTCAGCCAAATTGTGGTTCATATTCATGCGGGAGAAGGAGCTGAAAAATCATTGCCATCTGTTCTTTTATCGCTTAGTGG
TGAGGATGGGTATAGAAACAATGCTATAACTAGTCCTGGTGAAGCCTTCAACTTTGACAATCTATTTCCTGGAAGCTTCTTCCTTCGTCCACTCATGAAGGAATATTCATTTTCACCATCAGCACAGGCGATAGAACTAGAATCTGGAGAAGTTAAAGAAGTGACATTTGTTGCTCATCGCATTGCTTACAGTGTGTTGG
GAAGTGTAACATCCCTTTCGGGGCAGCCTAGGGAAGGCATTTCTCTGGAGGCAAGATCACTCTCAAAAGGCTATTATGAGGAAACAACAACAGACAATTCAGGGAAATATCGTCTTAGGGGCCTTCTACCGAACACAAGCTATTCTATAAAAGTTGTAGTGAAGGAAGATTCAGGAAGACATTCAAGAATTGAGCGGGCA
TCTCCAAATTTTGTTAACATCCAGGTTGGTTCAACAGATATCAATGATTTGGACTTTGTTGTCTTTGACCAACCAGAAACAACCATTATAACTGGTCATGTTGAAGGAATCAACCTTGACAAACTTCATCCTCATTTGGAAGTTCAAATCAAATCAATGAGTGAACCTTTTAAAATAGAGTCCATCATTCCATTGCCAAT
GACGTATTTTTTTGAAGTTCAAAATCTGCCAAAGGGAAGATACCTAGTACAACTTCTATCTGGACTTTCTTCTCGGACGCACAAATTTAAATCTAATATTGTTGAAGCTGACTTAGAGAAACACACACAAATACATGTTGGACCTTTAAGTTATGAAGTAGAGGAGCATCATCAGAAGCAGGATTTGACACCAGCACCTG
CTTTTCCTCTCATTGTTGGAGTTTTAGTGATAGCTGTTTTTGCAAGCATGCCTAGGCTTAGGGATGCATATCAATGGGCAGCAGGATTGGCACCCTCGGCAATGACCGCAGTTGCATCCAAGAAGGATATTCGCAAACTTACTGTGAGAAAGAGGACATACTAAATGCTACTATGTTGGTGCCCTAATTGCAATTAGCCA
ACACACTGGATGAAGCTAACATTCCCCTAGTTTTTCTTACTTCAACTTTGAGATGACACCACAATGTTGATAGCTTTTTCCAATTGCTACTGAAGTCATCATAGGTTGCCGTAGGTTTCCTAATCTCTATCCCATATTAGATGACAGCACAGGATTGGATTCACCTTTTAACATACCATGGGATGTATGATGTTTACATA
AATCCTCATGTGACAGATGAACAATGTAGATGAGCTACCTTGAGTTGATTCAACATAACCCTACAATAAATAGGGCATTGGTAATGTACATCTTCCAATTTATCTTTAGTAGAGAAGAATTTTGCATAGCATGAGCATTCTTTGAGCTTGTGCATGAGTGAATCACAGAACAGACATCCCTCTTATTAAATCATGTTTTG
GTTAAGCTGTCCTCTGGAAGCCTTCAAGGATTCAATTTAAGCTGTCCTATTCCTCTTTCGTCCATTTTATAACCAGCAGTCTCCAAAAGCATGTAGGTGCTTGACCCCCTTATCTACAACCAATTTTAATAGTGTCGTTAATGCCATCAACTCAGCAAAAATATTTGTTCCAAAACCCAGTCCAGTTTTAAATTTAGAAA
ATGATTGTCAGATAATGACAGTGAAATGAACAAAGTTCATTTCTCAAATGTGAACATAGTTCATTTACTGAATATCCAATATAAGGATAGTAAACAGAAACACATATAGGGCTAATACTTATATTTAATACTGAATAGATAGATATGATTTGCAATGACCACTGTGACG
>TRINITY_DN131356_c0_g4_i22 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTCCTGTATCAGTGGATCATAGTGGTTGCAATGGCAATGAAGACATCAATTTTCGCTTCACTGGGTTCACTATTTCTGGGAGAGTGCTGGGAGCTGTTGGAGCTGAAAGTTGTCCAGAGATAAATGGAGGTCCTGCCAATGTGAAGGTTGAACTCATTTCCACCAACAATGGCCTAACTAATGCTGTGCTTACGTCACAG
GGAGGCAGTTACAGGTTTACAAACATTACTTCAGGGGGACTGAATAGCAATTTTGCAGgtttgttgtgtgcttcatgatggtttcttaattcatgtttcttggtgtttcttggatattactgatacttgtatatttttcatctatagGGAAATATAAGCTGGTTGCTTCCCATCCAATGTTAACAATTGTGCAAAGAGGC
TCTCCAGAGGTTTGTTTTTTACAAATGTTATATTTGTACTGAATCCGAATCTCAAATCGATTTCTCTGACCTTGTGTTATGTTGGCATGCACAGATAGAGTTGGGCTTTGGAAATCTGGTAGTAGATGACATCTTTTCTGTCCCTGGTTATGATATGGATGGCTTGGTTGTTTCTCAGG
Intron 5 GTAAATTTCA ... TGTGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.49 | 420 | 77 | 3 |
| A2 | 13.06 | 426 | 64 | 6 |
| A3 | 13.16 | 462 | 70 | 1 |
| A4 | 11.95 | 457 | 62 | 0 |
| A5 | 17.26 | 254 | 53 | 3 |
| A6 | 12.5 | 42 | 6 | 0 |
| A7 | 11.31 | 196 | 25 | 0 |
| A8 | 15.63 | 27 | 5 | 0 |
| A9 | 17.13 | 150 | 31 | 0 |
| A10 | 13.4 | 252 | 39 | 0 |
>TRINITY_DN118742_c0_g1_i7 from sample A2 / Example spliced isoformATTTTCTTCCTTCCTACCTTCTATGCAAGAAGTGTTGGTGATACAATAGTGTGATACAATAGCGTTTACAAAAGAGATTTTCATACATAAGAGAAGCATCTCTGCATCGATTTTTATTTTTAAGAAACATCACCGATTCTCAAATCTCGTTTTTATGTGAGAGAAGCACTTCTGATCGAAACCCCGTCACTTTTGTATGA
AACACCATCTATTCTCGAATATAAAACTACCATTGTTGGTTGAAGGGCCGTTTGAGGAAAAGAGATGCAGAGAGGCTACTGAAACCTCGAGGAATAGTAGGGTTTTAGATTCGAAGGTCCTTGTAATGGAGACGTGGTGGGTGTTTCTGCTGTTGGTTACATGCCTGGCAGTAGGCGCTGCTGCGGACGGTATTAACGGA
TGCGGAGGTTTCATCGAGGCAAGTCCATCTTTGACAAGGTCGAGGAAGCCGTCGGATCCGAAGCTCGACTACTCTCACATTGTTGTTGAGCTTCATACCATTGATGGTTTGGTCAAGGATAGTACACAGTGTGCTCCAAACGGATATTATTTCATTCCTGTATATGACAAGGGATCTTTTATAATCCGACTCAAAGGTCC
AGATGGATGGTCATGGGAACCGGATCAGGTTCCTGTATCAGTGGATCATAGTGGTTGCAATGGCAATGAAGACATCAATTTTCGCTTCACTGGGTTCACTATTTCTGGGAGAGTGCTGGGAGCTGTTGGAGCTGAAAGTTGTCCAGAGATAAATGGAGGTCCTGCCAATGTGAAGGTTGAACTCATTTCCACCAACAATG
GCCTAACTAATGCTGTGCTTACGTCACAGGGAGGCAGTTACAGGTTTACAAACATTACTTCAGGGAAATATAAGCTGGTTGCTTCCCATCCAATGTTAACAATTGTGCAAAGAGGCTTTCCAGAGATAGAGTTGGGCTTTGGAAATCTGGTAGTAGATGACATCTTTTCTGTCCCTGGTTATGATATGGATGGCTTGGTT
GTTTCTCAGGGTAATGCTGTTTTGGGTGTTCATGTATACCTTTATTCAGATGATGTCCATGAGGTGAATTGCCCTCAGGGTTCTGGAGCAGCTCCTTGGGCAAAGCAAGCACTTTGTCATGCAATATCTGATGCAAATGGGAAATTTACTTTTAAATTTATTCCATGTGGAAAATACAGGTTGTTGCCGTTCTACAAGGG
TGAGAATACAATATTTGATGTTTCACCTCCGTCTATGGAGGTTCTGGTTGGGCACAGTCATGTTACTATATCGCAACCATTTCAGGTCACAGGTTTCTCAGTTGGAGGACGTGTCGTGACTTCTGAAGGTGTTGGGGTTGAAGGTGTTAAGATATTAGTTGATGGACGGGAAAGGGCTGCAACAGACATCCAGGGATATT
ACAAACTTGATCAGGTAACATCCACACAATACACAATCAAGGCTGAGAAGGATCACTTCAAGTTTAGCAGTTTAGAGAATTTCATGGTTCTGCCAAACATGGCTTCCATCCCAGAGATAAAAGCAACACATTATAATATTTGTGGTTCCATCAAATTTGTGACAGATGGCTATTCTGGCAAGCGTCAGGTTGCCTTGACA
CATGGGCCAGAGAATGTTAAGCCTCAAGTAAAGAGGATTGATGATACGGGAAACTTCTGCTTTGAGGTTCAACCAGGTGACTATCGAATATCCCCACTGACCACAACAGCAGAGCATGATTCTGGTCTTCAATTCTCACCATCACTTATTGACGTCACAGTAAATGGACCAGCGCTTGGCATTGAATTTGAACAGGCACT
TGTTGATATTCGTGGATCAGTGATATGCAAGGAAGGATGTGACTCCTCGGTTTCTATTTCACTTACTTCACTGACTGTCAAAGGTTCAGAGAAGTTAAACTCTATAAGTTTGACAGATGACAGCAGTAACTTCATATTTGAGAAACTCTTACCCGGTGCATGGCGTCTTGAGGTAAAACATGGACCTTCATCTGATTTGC
TAAACTGGGATGATGACTGGTGTTGGGAGAAAAAGGTTATCGATGTCAGTGTTGGTGTTTCTGATCATACAGAGATAACGTTTATCCAAAAAGGTTATTGGTTGCGTATTAAGTCTACTCATTCTGTGGCTTCTTACATCTTAAAGCCAAACCAAGAACCCATGAATTTGCTGATTGAGAAAGGATGGCAGCAAATCTGC
TTAGAAGCTCCTGGTGTGCACATGCTTCATTTCTTGAACTCATGCATTTTCTTCGGAATGTCTTCTTTGGAATTCAACATATTGAACCTTAAGCCTATATATTTGACTGGCGAAAAATATCAACTGGGTGGCGAAATCCACATTGATTCAAGCTCTTATCCTGAAGCAAACGAGTTGCCTGGAAGCATTGTTGTAGACAT
CTGGCAAGAGGAGGGTGCATTTGTAGATACGATCAATGATGTCAAACTTGTTTCAAGTGCTAATGGACCAAGCGAGATTGCTGTATATCAGTACACTCTCTGGGCCAATCTTGAAGATGAACTGGTCTTTGTTCCTAGAGATACAAGGAATGGGAGTGAGCAAAGCAATTTCGAAAAGGTCTTGTTTTATCCGAGAAGTC
AACATGTTGCTGTTAAAACTGATGGGTGCCAACCTGCTATTCCTCCTTTTGTGGGCCGCCCAGGACGGTACATTCAGGGATCAGTTCTGCCAGCTATACCAGGTGTTGACATTAAAATACTTGCTCAAAATGATAGTAGCAATGGCCTTCTGAAAAAGGGTGACTTGGTTCTTCAAACTTCAACAGGATCAGATGGTTTG
TTTTTGGGTGGCCCTCTGTATGATGATACTGAGTACTATGTTGAGGCTTCCAAGGTTGGTACATATGACTTCGAACTTGAAAAATGTGTGGATATTGTAGTTGTAATTTGTTGTTTCACTATTCATTCACGTTGTCATTACTGCAGATGATCAATCTGAAGGATAGAGAAGAATTTTTCTAGACAGTTTGATTTTAAGGC
TCACTGTTGCTTGTTTCAATGGCGATGTGAAGGTTTTAGCTAAAGTTAGACCTTCTTTTACGACTCAAAA
>TRINITY_DN118742_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:ATTTTCTTCCTTCCTACCTTCTATGCAAGAAGTGTTGGTGATACAATAGTGTGATACAATAGCGTTTACAAAAGAGATTTTCATACATAAGAGAAGCATCTCTGCATCGATTTTTATTTTTAAGAAACATCACCGATTCTCAAATCTCGTTTTTATGTGAGAGAAGCACTTCTGATCGAAACCCCGTCACTTTTGTATGA
AACACCATCTATTCTCGAATATAAAACTACCATTGTTGGTTGAAGGGCCGTTTGAGGAAAAGAGATGCAGAGAGGCTACTGAAACCTCGAGGAATAGTAGGGTTTTAGATTCGAAGGTCCTTGTAATGGAGACGTGGTGGGTGTTTCTGCTGTTGGTTACATGCCTGGCAGTAGGCGCTGCTGCGGACGGTATTAACGGA
TGCGGAGGTTTCATCGAGgtaaatttcaatttctttattcagatctgattgatccttttgctgtaatcacttcatgctttcatttatttactgtgatgcagGCAAGTCCATCTTTGACAAGGTCGAGGAAGCCGTCGGATCCGAAGCTCGACTACTCTCACATTGTTGTATGTACTCCCCCTTTCCCCTTTGCCCTTTCA
CCTTCAGTTCATTCATATCAACTGTAAATCATTCAAATCAGAAGAATTTGATTTAGCTTTGATGGTGATCAGCAGCTTAATGAGTTCAAGTTCATTACGGAATTAGTCTACCACACTATTCACCCCACTGGGTATTAGTTCATTGCTGAGGTCAACAAAGTGTTAATCCATCCTCGAAGTTCCTTTCTCTATGTAGTTTG
CCCTACTTGTATGACATGCGTTTCACAGGAACGAGGCCAAGTGCAGATCCCAGGCACATACACGCAATCAAGTATTTATTAGAGGGAGGCCTGACCAAG
Intron 6 GTAAGGAGTC ... TGTGTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.29 | 144 | 21 | 18.5 |
| A2 | 11.7 | 95 | 14.5 | 13 |
| A3 | 8.56 | 92 | 9.5 | 13.5 |
| A4 | 8.08 | 83 | 8 | 13.5 |
| A5 | 12.14 | 53 | 8.5 | 9.5 |
| A6 | 10.91 | 124 | 17 | 18 |
| A7 | 10.06 | 246 | 31 | 35 |
| A8 | 11.41 | 293 | 43 | 40.5 |
| A9 | 11.52 | 264 | 39.5 | 35 |
| A10 | 10.96 | 196 | 27.5 | 33 |
>TRINITY_DN43792_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoformCATCGATTCTCAAATCTCGTTTTTATGTAAGAGAAGCACTTCTGATCGAAACCCCGTCACTTTTGTATGAAACACCATCTATTCTCGAATATAAAACTACCATTGTTGGTTGAAGGGCCGTTTGAGGAAAAGAGATGCAGAGAGGCTACTGAAACCTCGAGGAATAGTAGGGTTTTAGATTCGAAGGTCCTTGTAATGGA
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>TRINITY_DN43792_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:AGAGGAGCATCATCAGAAGCAGgtaaagagtcacttcaaaagctatcaggggtgataaactctttccccaactctgttctagtcacaagatggcataataataagttggaaattgtattctgtatcgttctaattttcatcctgatctaaatgcggtttctgtgtttcagGATTTGACACCAGCACCTGCTTTTCCTCTC
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GAAGCTAACATTCCCCTAGTTTTTCTTACTTCAACTTTGAGATGACACCACAATGTTGATAGCTTTTTCCAATTGCTACTGAAGTCATCATAGGTTGCCGTAGGTTTCCTAATCTCTATCCCATATTAGATGACAGCACAGAATTGGATTCACCTTTTAACATACCATGGGATGTATGATGTTTACATAAATCCTCATGT
GACAGATGAACAATGTAGATGAGCTACCTTGAGTTGATTCAACATAACCCTACAATAAATAGGGCATTGGTAATGTACATCTTCCAATTTATCTTTAGTAGAGAAGAATTTTGCATAGCATGAGCATTCTTTGAGCTTGTGCATGAGTGAATCACAGAACAGACATCCCTCTTATTAAATCATGTTTTGGTTAAGCTGTC
CTCTGGAAGCCTTCAAGGATTCAATTTAAGCTGTCCTATTCCTCTTTCGTCCATTTTATAACCAGCAGTCTCCAAAAGCATGTAGGTGCTTGACCCCCTTATCTACAACCAATTTTAATAGTGTCGTTAATGCCATCAACTCAGCAAAAATATTTGTTCCAAAACCCAGTCCAGTTTTAAATTTAGAAAATGATTGTCAG
ATAATGACAGTGAAATGAACAAAGTTCATTTCTCAAATGTGAACATAGTTCATTTACTGAATATCCAATGTAAGGATAGTAAGCAGAAACACATATAGGGCTAATACTTATATTTAATACTGAATAGATAGATATGATTTGCAATGACCACTGTGACGGTATATATACACATTGACTGGTCACGTGGTTGAATAGGCATG
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ATGGTTGAGGACATGAGACAATATGACCTTCTAAGTGTTGAGCAAAGTTACCGAATTGTGTAAGGGTTAGATCACCCTAATTCATTCCCTAGTGGCATTGTGCTACTATAGGGTTTCCAATGTG