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Intron 1 GTTGTTAAGG ... CTTTCTCAAG

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>TRINITY_DN106538_c0_g2_i7 from sample A4 / Example spliced isoform
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AATTGGGAGAAGGGTTTTCGTGTCGAGTTCGAGTTTATGGCACTCGTAGTCATACTGACATGAAAATCTCAGAAATTTCGACGCAGCATCAGTTGGTTTCTTTTGTGCAGTGGGAGATGGCAACTCGGGAAAATCAGTCATCAGAAGTGGGATGCTAGGGTAAAACTTGACGTTTTGCCGTTGGGACCCGCGCTTGTTCT
TTTTTCATGTCTGCTGCCTACGAGAGGCATGTCTTGATTTTAATATTAACCTTGGGAATAAAGGCAGGGTTGCCCAGAAAGTGTCAACTTCTCCAGCAGAGTCGGGATTCATTATGATCATGCGTTTGGCATGTATTGGATGAATGCATGCTCCCCTTCGAACATTTTTGTGGTAGGTGAAATTCACTTGGGCAGTCAAA
CCTTATAACTTTTAAGGGACTCTCATGTCATGACTTGGGGTAAAGAACAGAACTTGGAGCTGGAAGCAGGATTTGCAGGGACTGAAGAGACTAAAGAAAAAGTAAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGTATGGTAGGGGAGGATGCAGATGTCGATGGGGATAACAAGGGAGAATGCCAAATTCCAAATGTTCGGAAGACGTTT
TGGAGGTCTGTCTCATGGTCGTCATCTCGCTCTGCACCTACAAGTCCTGCCGGGTGCAACTATGCAAACGGACAGTCTTCTTTTCGGCTTCCAGCAGAAGTGCCCAACATCGCAAACCGGGGGCCTCCTCTTACTCCTCGGTCACAGCAACTGAGTAAAGTGAGGTCAGCACTACCACCGTTGCAGCCCCTGTCCATCGC
TAGAAGAAGCTTGGATGAGTGGCCAAAAGCGGGGTCAGATGACATTGGAGAATGGTTAACTCCAGCAACACCTCGGGAGAAGAAGGATGCTAGTTATTTGAGAAATGGGGCAGAGATGAGGCTTGATTTATGTTCTGTTCAAAGAAATGCAGCGCCCACAGAATTACAGGTCAAGAGGGAGAAATTTGCCTTCTTTGATA
AGGATTGCTCAAGGGTGGCTGATCATATTTATTTAGGTAGTGATGCAGTCGCCAGAAACAGAGAGATTCTTGAAGAGAATGGCATTACTCATGTGCTGAACTGTGTTGGATTTGTATGCCCGGAATATTTCAAAAAAGATTTGACATATAAGACATTGTGGTTGCAAGATTCTCCATGCGAAGATATCACGAGTATACTG
TATGATGTGTTTGATTATTTTGAGGAGGTAAGTGAGCAAGGTGGTAGAGTGTTTGTCCATTGTTATCAGGGTGTATCCCGCTCAACTTCTTTGGTTATTGCTTATCTCATGTGGCGGAAAGGTCAGAGCTTTGAAGATGCTTTTCAGTATGTAAAGTCTCAACGGGGTACCACAAATCCAAATATGGGTTTCGCATGCCA
GTTATTGCAGTGTCAAAAGAGGGTGCATGCAGCTCCATTGAGTCCAAACTCTGTGCTAAGATTGTATAGAATGGCCCCACATTCACCATACGATCCGTTACATTTAGTTCCAAAGATTATAAATAATCCTTCACCAGCTGCATTGGATTCCAGAGGTGCATTTATTGTTCATGTGCCTTCTGCAATATATGTGTGGATTG
GACAATGTTGCGAGGGTACGATGGCTTCAGCAGCAAAGGCTTCTGCATCCCAAGTTGTAAGATATGAGCGAGCCCAGGGGCCAGTTATTCTTGTCTATGAAGGAAAAGAAAACCCTGAATTTTGGAATGCTCTCAGCAAGACCCCTATTCATTTAGACAAGCCTGGAATGGGTACACAGGAAGCTGAGGAACTTTTAAAA
GTTCATGCAGAAGAATTTCGGCTTTCTGCCGGGAATAAGAGGGTAGAATCATATGATGTAGACTTTGAGTTGTTCCGAAGGGCAACTGTTGGAGGGGTTGTGCCCCCAGTTCCATCTTCAGGAGCTGTATCGGAAACTCGTCTACCTGCAAGAGAAAATGGTTGGGGAATTCTGCGTCGTCAATTTGAAGCAGGAAACAT
GAAAGAATTGGCAGCTTCAAATACAGTTTCCCGGGCAGAAATGCAAAAAGATATCGAGCCTGCCAAGCAGGACATCAAACTCTCTTCCATGGATCTTTCAACATCTTCGTCTTCTCCTCAGTCTTCTCCAAGTTCTATTTCCTCAGATTCTAAATTTAGCTCAAAATCTCCTTCACCCTCTCCATCATCTCTTCCATTTA
CTCCCTCTTCCAGTTCCTCTGTTTCTTGGTCCCCATCCTTTTCTTCTCATTCACAATCTCCAGTGCCAGATTCAATGGAAACTTTTGAGAGATCTGTGAATCCTTCGCAGATCAGTACAAAGACTTTTCCTTCAAAAGACTCTCCAGTGTCTTTGGCACAAAGAAGGGGGAGTGTTTCCCCTTCTTTACAAGTGCCAGTG
TTAGGCAATAATTCTTTTCTTAGTTCCAGAGTTTTGTTAAAAGGGATTCAAGTTCATCCTGCTGTTGACGAGAGGGAGACAGTTTGGAAGGAAGGAATTCAAAATTCTGGTGCGCAATATGATCTGCCTCATGAACCATGTGGTAGATCATGCTATGAGAGAGAAGATCATGGTTTAGACTCCTGTAATTCAAGGTTCCC
AAAATTTGGCCTGAATACAGATGGTACCTGGGAAGGAAATTCAGTTAGTCCCGTTGGAGTTATGATTAATACTTGTATTGAAGACAATAAATCACCTTGTCCTATTAAGTCAGAGCAGAAGAATAGCTGTAAATGGACACGGCCAATGTTGTATGATTGGCCCAAGATAGAAAGCATAGACATGTTTGATGCAGATGATC
TTGATTCTAGTTCAGTTTTCCTTCTTTTAGTACCTAGACAAGGACATGAAGATCCACATTATTTGGAAGAAGTCTATGTGTGGGTGGGTTGTGATTTGGTTGCTGATAAACAAAGGAATGGGCTCAGCAGCATCAATGACGGGGGAGAAATAAGGGAAGTGTATTGGACACAAATTGGACATCAATTCCTTGAGCAAATG
GCTTTAAAGAAGGATACTCCTATCACGAATCTATGGCAAAAGTGATTTTGGTGTATATTACTGGCAATCGCCGACTTACTAGACTTTACTGAAGGAAAAAAACTGGAAAGCGGTTATGGTGACCCATTTTTAGTGATTCTGTTCCTTCATCAGTATGAAGATACAACTCAATTGTTGGAGAGAGATTGTTTCAACACCTA
AGGTGTTATTTCAGGGATTTCCTTTGTACTTACATTTGCAAAAAGAGAAGCAAATGGATCCTAGTTTCTCTCTTTATACCAAAAATGAAATGTATCTCCAACGGCCCAGTTTCTATAATTTCTTATGCTTACATGGAGACACTACAAATTGGCGAAGGGTTGTAACTTGACAATTGACATGAGTTGTTACTGGGAAACTA
CTGCATTTATATTTTTTGCCTCTTTATTGATTCTTTGAATTTTGTCCCCGTTCTAGGTGAACTTTAGAAGTTCATATGCACTCAGC


>TRINITY_DN106538_c0_g2_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:
ACCGACCAGCGGCGGCCACTTCCCATTTGGTGTGAAAATCACTGTTTGTTTTTGTCATTTCACTTCTCCGTTATGATCGATCCATCCACGCATCTATGCTGCTGCTTCAATCAGAGGGACCGTGTTCGAATCGCCGCATTTTCAAGAAGATATAGGTCGAGGGCACAGAGGTTTGAGGTGATAGCTGCTGAAGAAGTAAA
AATTGGGAGAAGGGTTTTCGTGTCGAGTTCGAGTTTATGGCACTCGTAGTCATACTGACATGAAAATCTCAGAAATTTCGACGCAGCATCAGTTGGTTTCTTTTGTGCAGTGGGAGATGGCAACTCGGGAAAATCAGTCATCAGAAGTGGGATGCTAGGGTAAAACTTGACGTTTTGCCGTTGGGACCCGCGCTTGTTCT
TTTTTCATGTCTGCTGCCTACGAGAGGCATGTCTTGATTTTAATATTAACCTTGGGAATAAAGGCAGGGTTGCCCAGAAAGTGTCAACTTCTCCAGCAGAGTCGGGATTCATTATGATCATGCGTTTGGCATGTATTGGATGAATGCATGCTCCCCTTCGAACATTTTTGTGGTAGGTGAAATTCACTTGGGCAGTCAAA
CCTTATAACTTTTAAGGGACTCTCATGTCATGACTTGGGGTAAAGAACAGAACTTGGAGCTGGAAGCAGGATTTGCAGGGACTGAAGAGACTAAAGAAAAAGTAAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGTATGGTAGGGGAGGATGCAGATGTCGATGGGGATAACAAGGGAGAATGCCAAATTCCAAATGTTCGGAAGACGTTT
TGGAGGTCTGTCTCATGGTCGTCATCTCGCTCTGCACCTACAAGTCCTGCCGGGTGCAACTATGCAAACGGACAGTCTTCTTTTCGGCTTCCAGCAGAAGTGCCCAACATCGCAAACCGGGGGCCTCCTCTTACTCCTCGGTCACAGCAACTGAGTAAAGTGAGGTCAGCACTACCACCGTTGCAGCCCCTGTCCATCGC
TAGAAGAAGCTTGGATGAGTGGCCAAAAGCGGGGTCAGATGACATTGGAGAATGGTTAACTCCAGCAACACCTCGGGAGAAGAAGGATGCTAGTTATTTGAGAAATGGGGCAGAGATGAGGCTTGATTTATGTTCTGTTCAAAGAAATGCAGCGCCCACAGAATTACAGGTCAAGAGGGAGAAATTTGCCTTCTTTGATA
AGGATTGCTCAAGGGTGGCTGATCATATTTATTTAGGTAGTGATGCAGTCGCCAGAAACAGAGAGATTCTTGAAGAGAATGGCATTACTCATGTGCTGAACTGTGTTGGATTTGTATGCCCGGAATATTTCAAAAAAGATTTGACATATAAGACATTGTGGTTGCAAGATTCTCCATGCGAAGATATCACGAGTATACTG
TATGATGTGTTTGATTATTTTGAGGAGGTAAGTGAGCAAGGTGGTAGAGTGTTTGTCCATTGTTATCAGGGTGTATCCCGCTCAACTTCTTTGGTTATTGCTTATCTCATGTGGCGGAAAGGTCAGAGCTTTGAAGATGCTTTTCAGTATGTAAAGTCTCAACGGGGTACCACAAATCCAAATATGGGTTTCGCATGCCA
GTTATTGCAGTGTCAAAAGAGGGTGCATGCAGCTCCATTGAGTCCAAACTCTGTGCTAAGATTGTATAGAATGGCCCCACATTCACCATACGATCCGTTACATTTAGTTCCAAAGATTATAAATAATCCTTCACCAGCTGCATTGGATTCCAGAGGTGCATTTATTGTTCATGTGCCTTCTGCAATATATGTGTGGATTG
GACAATGTTGCGAGGGTACGATGGCTTCAGCAGCAAAGGCTTCTGCATCCCAAGTTGTAAGATATGAGCGAGCCCAGGGGCCAGTTATTCTTGTCTATGAAGGAAAAGAAAACCCTGAATTTTGGAATGCTCTCAGCAAGACCCCTATTCATTTAGACAAGCCTGGAATGGGTACACAGGAAGCTGAGGAACTTTTAAAA
GTTCATGCAGAAGAATTTCGGCTTTCTGCCGGGAATAAGAGGGTAGAATCATATGATGTAGACTTTGAGTTGTTCCGAAGGGCAACTGTTGGAGGGGTTGTGCCCCCAGTTCCATCTTCAGGAGCTGTATCGGAAACTCGTCTACCTGCAAGAGAAAATGGTTGGGGAATTCTGCGTCGTCAATTTGAAGCAGGAAACAT
GAAAGAATTGGCAGCTTCAAATACAGTTTCCCGGGCAGAAATGCAAAAAGATATCGAGCCTGCCAAGCAGGACATCAAACTCTCTTCCATGGATCTTTCAACATCTTCGTCTTCTCCTCAGTCTTCTCCAAGTTCTATTTCCTCAGATTCTAAATTTAGCTCAAAATCTCCTTCACCCTCTCCATCATCTCTTCCATTTA
CTCCCTCTTCCAGTTCCTCTGTTTCTTGGTCCCCATCCTTTTCTTCTCATTCACAATCTCCAGTGCCAGATTCAATGGAAACTTTTGAGAGATCTGTGAATCCTTCGCAGATCAGTACAAAGACTTTTCCTTCAAAAGACTCTCCAGTGTCTTTGGCACAAAGAAGGGGGAGTGTTTCCCCTTCTTTACAAGTGCCAGTG
TTAGGCAATAATTCTTTTCTTAGTTCCAGAGTTTTGTTAAAAGGGATTCAAGTTCATCCTGCTGTTGACGAGAGGGAGACAGTTTGGAAGGAAGGAATTCAAAATTCTGGTGCGCAATATGATCTGCCTCATGAACCATGTGGTAGATCATGCTATGAGAGAGAAGATCATGGTTTAGACTCCTGTAATTCAAGGTTCCC
AAAATTTGGCCTGAATACAGATGGTACCTGGGAAGGAAATTCAGTTAGTCCCGTTGGAGTTATGATTAATACTTGTATTGAAGACAATAAATCACCTTGTCCTATTAAGTCAGAGCAGAAGAATAGCTGTAAATGGACACGGCCAATGTTGTATGATTGGCCCAAGATAGAAAGCATAGACATGTTTGATGCAGATGATC
TTGATTCTAGTTCAGTTTTCCTTCTTTTAGTACCTAGACAAGGACATGAAGATCCACATTATTTGGAAGAAGTCTATGTGTGGGTGGGTTGTGATTTGGTTGCTGATAAACAAAGGAATGGGCTCAGCAGCATCAATGACGGGGGAGAAATAAGGGAAGTGTATTGGACACAAATTGGACATCAATTCCTTGAGCAAATG
GCTTTAAAGAAGGATACTCCTATCACGgttgttaaggagggggaagaaccagacaagttctgggcaaattttgttagtggttgagttcctcagcatgtaccatggttgttgtctaggcaagtgcagtaaatgaatgaaaatgttattagtttaggatttttcccaaatgtagtttcatctgattggaaggatacacagaa
tctctttctcaag
AATCTATGGCAAAAGTGATTTTGGTGTATATTACTGGCAATCGCCGACTTACTAGACTTTACTGAAGGAAAAAAACTGGAAAGCGGTTATGGTGACCCATTTTTAGTGATTCTGTTCCTTCATCAGTATGAAGATACAACTCAATTGTTGGAGAGAGATTGTTTCAACACCTAAGGTGTTATTTCAG
GGATTTCCTTTGTACTTACATTTGCAAAAAGAGAAGCAAATGGATCCTAGTTTCTCTCTTTATACCAAAAATGAAATGTATCTCCAACGGCCCAGTTTCTATAATTTCTTATGCTTACATGGAGACACTACAAATTGGCGAAGGGTTGTAACTTGACAATTGACATGAGTTGTTACTGGGAAACTACTGCATTTATATTT
TTTGCCTCTTTATTGATTCTTTGAATTTTGTCCCCGTTCTAGGTGAACTTTAGAAGTTCATATGCACTCAGC




Intron 2 GTTGTTAAGG ... TTTTTGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN42167_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform
CCACTTCCCATTTGGTGTGAAAATCACTGTTTGTTTTTGTCATTTCACTTCTCCGTTATGATCGATCCATCCACGCATCTATGCTGCTGCTTCAATCAGAGGGACCGTGTTCGAATCGCCGCATTTTCAAGAAGATATAGGTCGAGGGCACAGAGGTTTGAGGTGATAGCTGCTGAAGAAGTAAAAATTGGGAGAAGGGT
TTTCGTGTCGAGTTCGAGTTTATGGCACTCGTAGTCATACTGACATGAAAATCTCAGAAATTTCGACGCAGCATCAGTTGGTTTCTTTTGTGCAGTGGGAGATGGCAACTCGGGAAAATCAGTCATCAGAAGTGGGATGCTAGGGTAAAACTTGACGTTTTGCCGTTGGGACCCGCGCTTGTTCTTTTTTCATGTCTGCT
GCCTACGAGAGGCATGTCTTGATTTTAATATTAACCTTGGGAATAAAGGCAGGGTTGCCCAGAAAGTGTCAACTTCTCCAGCAGAGTCGGGATTCATTATGATCATGCGTTTGGCATGTATTGGATGAATGCATGCTCCCCTTCGAACATTTTTGTGGTAGGTGAAATTCACTTGGGCAGTCAAACCTTATAACTTTTAA
GGGACTCTCATGTCATGACTTGGGGTAAAGAACAGAACTTGGAGCTGGAAGCAGGATTTGCAGGGACTGAAGAGACTAAAGAAAAAGTAAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGTATGGTAGGGGAGGATGCAGATGTCGATGGGGATAACAAGGGAGAATGCCAAATTCCAAATGTTCGGAAGACGTTTTGGAGGTCTGTCTCA
TGGTCGTCATCTCGCTCTGCACCTACAAGTCCTGCCGGGTGCAACTATGCAAACGGACAGTCTTCTTTTCGGCTTCCAGCAGAAGTGCCCAACATCGCAAACCGGGGGCCTCCTCTTACTCCTCGGTCACAGCAACTGAGTAAAGTGAGGTCAGCACTACCACCGTTGCAGCCCCTGTCCATCGCTAGAAGAAGCTTGGA
TGAGTGGCCAAAAGCGGGGTCAGATGACATTGGAGAATGGTTAACTCCAGCAACACCTCGGGAGAAGAAGGATGCTAGTTATTTGAGAAATGGGGCAGAGATGAGGCTTGATTTATGTTCTGTTCAAAGAAATGCAGCGCCCACAGAATTACAGGTCAAGAGGGAGAAATTTGCCTTCTTTGATAAGGATTGCTCAAGGG
TGGCTGATCATATTTATTTAGGTAGTGATGCAGTCGCCAGAAACAGAGAGATTCTTGAAGAGAATGGCATTACTCATGTGCTGAACTGTGTTGGATTTGTATGCCCGGAATATTTCAAAAAAGATTTGACATATAAGACATTGTGGTTGCAAGATTCTCCATGCGAAGATATCACGAGTATACTGTATGATGTGTTTGAT
TATTTTGAGGAGGTAAGTGAGCAAGGTGGTAGAGTGTTTGTCCATTGTTATCAGGGTGTATCCCGCTCAACTTCTTTGGTTATTGCTTATCTCATGTGGCGGAAAGGTCAGAGCTTTGAAGATGCTTTTCAGTATGTAAAGTCTCAACGGGGTACCACAAATCCAAATATGGGTTTCGCATGCCAGTTATTGCAGTGTCA
AAAGAGGGTGCATGCAGCTCCATTGAGTCCAAACTCTGTGCTAAGATTGTATAGAATGGCCCCACATTCACCATACGATCCGTTACATTTAGTTCCAAAGATTATAAATAATCCTTCACCAGCTGCATTGGATTCCAGAGGTGCATTTATTGTTCATGTGCCTTCTGCAATATATGTGTGGATTGGACAATGTTGCGAGG
GTACGATGGCTTCAGCAGCAAAGGCTTCTGCATCCCAAGTTGTAAGATATGAGCGAGCCCAGGGGCCAGTTATTCTTGTCTATGAAGGAAAAGAAAACCCTGAATTTTGGAATGCTCTCAGCAAGACCCCTATTCATTTAGACAAGCCTGGAATGGGTACACAGGAAGCTGAGGAACTTTTAAAAGTTCATGCAGAAGAA
TTTCGGCTTTCTGCCGGGAATAAGAGGGTAGAATCATATGATGTAGACTTTGAGTTGTTCCGAAGGGCAACTGTTGGAGGGGTTGTGCCCCCAGTTCCATCTTCAGGAGCTGTATCGGAAACTCGTCTACCTGCAAGAGAAAATGGTTGGGGAATTCTGCGTCGTCAATTTGAAGCAGGAAACATGAAAGAATTGGCAGC
TTCAAATACAGTTTCCCGGGCAGAAATGCAAAAAGATATCGAGCCTGCCAAGCAGGACATCAAACTCTCTTCCATGGATCTTTCAACATCTTCGTCTTCTCCTCAGTCTTCTCCAAGTTCTATTTCCTCAGATTCTAAATTTAGCTCAAAATCTCCTTCACCCTCTCCATCATCTCTTCCATTTACTCCCTCTTCCAGTT
CCTCTGTTTCTTGGTCCCCATCCTTTTCTTCTCATTCACAATCTCCAGTGCCAGATTCAATGGAAACTTTTGAGAGATCTGTGAATCCTTCGCAGATCAGTACAAAGACTTTTCCTTCAAAAGACTCTCCAGTGTCTTTGGCACAAAGAAGGGGGAGTGTTTCCCCTTCTTTACAAGTGCCAGTGTTAGGCAATAATTCT
TTTCTTAGTTCCAGAGTTTTGTTAAAAGGGATTCAAGTTCATCCTGCTGTTGACGAGAGGGAGACAGTTTGGAAGGAAGGAATTCAAAATTCTGGTGCGCAATATGATCTGCCTCATGAACCATGTGGTAGATCATGCTATGAGAGAGAAGATCATGGTTTAGACTCCTGTAATTCAAGGTTCCCAAAATTTGGCCTGAA
TACAGATGGTACCTGGGAAGGAAATTCAGTTAGTCCCGTTGGAGTTATGATTAATACTTGTATTGAAGACAATAAATCACCTTGTCCTATTAAGTCAGAGCAGAAGAATAGCTGTAAATGGACACGGCCAATGTTGTATGATTGGCCCAAGATAGAAAGCATAGACATGTTTGATGCAGATGATCTTGATTCTAGTTCAG
TTTTCCTTCTTTTAGTACCTAGACAAGGACATGAAGATCCACATTATTTGGAAGAAGTCTATGTGTGGGTGGGTTGTGATTTGGTTGCTGATAAACAAAGGAATGGGCTCAGCAGCATCAATGACGGGGGAGAAATAAGGGAAGTGTATTGGACACAAATTGGACATCAATTCCTTGAGCAAATGGCTTTAAAGAAGGAT
ACTCCTATCACGAATCTATGGCAAAAGTGATTTTGGTGTATATTACTGGCAATCGCCGACTTACTAGACTTTACTGAAGGAAAAAAACTGGAAAGCGGTTATGGTGACCCATTTTTAGTGATTCTGTTCCTTCATCAGTATGAAGATACAACTCAATTGTTGGAGAGAGATTGTTTCAACACCTAAGGTGTTATTTCAGG
GATTTCCTTTGTACTTACATTTGCAAAAAGAGAAGCAAATGGATCCTAGTTTCTCTCTTTATACCAAAAATGAAATGTATCTCCAACGGCCCAGTTTCTATAATTTCTTATGCTTACATGGAGACACTACAAATTGGCGAAGGGTTGTAACTTGACAATTGACATGAGTTGTTACTGGGAAACTACTGCATTTATATTTT
TTGCCTCTTTATTGATTCTTTGAATTTTGTCCCCGTTCTAGGTGAACTTTAGAAGTTCATATGCACTCAGCTAGTTTCATGGTGGCCTTGAAACTATGCTTAGACATGCTTAGACCGTGTTCCAAATCTAACAGAAATATGAAAGCAGTTCTTCGAAAGGAACCTTCCATTTAGAAGGCTCTCAGTGTTTTTCCTAAGTC
GTACATCTGTTTCCTGTTTCTCTCAGTAAGGTTTCAAAATAGCTTCAAGTTATTTTCGGCACCTTCCAGGCCTTGTATGTTTAAAGTTTCATTTCAGAATGTTGCCTAGTTGTTCGTAAACATATCACCAACTATCGAATTTGCATAACTTAGCTACATATTGTCAACAGATTGTTGAGGTTTGCTTATGCTGCAAATGC
TGTTAATAAACAAATTGTATGGGGCCAACCTCTGGTTTGACCTAAAGGCCACATGAAGAAATTACTAGGAATTGTAAACATTTGCTGTGCTTTTCCATGTGGAACAAACTTATGGCCATCCTGTGTGTACTGATGACTTTCTAACATTCAACTTTATATTAAAAATGAC


>TRINITY_DN42167_c0_g1_i9 from sample A6 / Example unspliced isoform:
ATTTTTTGATTGTTATTCCTATTTAATATAAGGGTTCTTTATTCCTATTGAATGTTAGGGTTTGACAATTTCTCGTTGAAAAAAAAAATGTATTGGATGAATTCATGCTCCCCTTTGAGCATTTTTGTGGTAGGTGAAATTCACTTGGGCAGTCAAACCTTATAACTTTTAAGGGACTCTCATGTCATGACTTGGGGTAA
AGAACAGAACTTGGAGCTGGAAGCAGGATTTGCAGGGACTGAAGAGACTAAAGAAAAAGTAAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGTATGGTAGGGGAGGATGCAGATGTCGATGGGGATAACAAGGGAGAATGCCAAATTCCAAATGTTCGGAAGACGTTTTGGAGGTCTGTCTCATGGTCGTCATCTCGCTCTGCACCTACAA
GTCCTGCCGGGTGCAACTATGCAAACGGACAGTCTTCTTTTCGGCTTCCAGCAGAAGTGCCCAACATCGCAAACCGGGGGCCTCCTCTTACTCCTCGGTCACAGCAACTGAGTAAAGTGAGGTCAGCACTACCACCGTTGCAGCCCCTGTCCATCGCTAGAAGAAGCTTGGATGAGTGGCCAAAAGCGGGGTCAGATGAC
ATTGGAGAATGGTTAACTCCAGCAACACCTCGGGAGAAGAAGGATGCTAGTTATTTGAGAAATGGGGCAGAGATGAGGCTTGATTTATGTTCTGTTCAAAGAAATGCAGCGCCCACAGAATTACAGGTCAAGAGGGAGAAATTTGCCTTCTTTGATAAGGATTGCTCAAGGGTGGCTGATCATATTTATTTAGGTAGTGA
TGCAGTCGCCAGAAACAGAGAGATTCTTGAAGAGAATGGCATTACTCATGTGCTGAACTGTGTTGGATTTGTATGCCCGGAATATTTCAAAAAAGATTTGACATATAAGACATTGTGGTTGCAAGATTCTCCATGCGAAGATATCACGAGTATACTGTATGATGTGTTTGATTATTTTGAGGAGGTAAGTGAGCAAGGTG
GTAGAGTGTTTGTCCATTGTTATCAGGGTGTATCCCGCTCAACTTCTTTGGTTATTGCTTATCTCATGTGGCGGAAAGGTCAGAGCTTTGAAGATGCTTTTCAGTATGTAAAGTCTCAACGGGGTACCACAAATCCAAATATGGGTTTCGCATGCCAGTTATTGCAGTGTCAAAAGAGGGTGCATGCAGCTCCATTGAGT
CCAAACTCTGTGCTAAGATTGTATAGAATGGCCCCACATTCACCATACGATCCGTTACATTTAGTTCCAAAGATTATAAATAATCCTTCACCAGCTGCATTGGATTCCAGAGGTGCATTTATTGTTCATGTGCCTTCTGCAATATATGTGTGGATTGGACAATGTTGCGAGGGTACGATGGCTTCAGCAGCAAAGGCTTC
TGCATCCCAAGTTGTAAGATATGAGCGAGCCCAGGGGCCAGTTATTCTTGTCTATGAAGGAAAAGAAAACCCTGAATTTTGGAATGCTCTCAGCAAGACCCCTATTCATTTAGACAAGCCTGGAATGGGTACACAGGAAGCTGAGGAACTTTTAAAAGTTCATGCAGAAGAATTTCGGCTTTCTGCCGGGAATAAGAGGG
TAGAATCATATGATGTAGACTTTGAGTTGTTCCGAAGGGCAACTGTTGGAGGGGTTGTGCCCCCAGTTCCATCTTCAGGAGCTGTATCGGAAACTCGTCTACCTGCAAGAGAAAATGGTTGGGGAATTCTGCGTCGTCAATTTGAAGCAGGAAACATGAAAGAATTGGCAGCTTCAAATACAGTTTCCCGGGCAGAAATG
CAAAAAGATATCGAGCCTGCCAAGCAGGACATCAAACTCTCTTCCATGGATCTTTCAACATCTTCGTCTTCTCCTCAGTCTTCTCCAAGTTCTATTTCCTCAGATTCTAAATTTAGCTCAAAATCTCCTTCACCCTCTCCATCATCTCTTCCATTTACTCCCTCTTCCAGTTCCTCTGTTTCTTGGTCCCCATCCTTTTC
TTCTCATTCACAATCTCCAGTGCCAGATTCAATGGAAACTTTTGAGAGATCTGTGAATCCTTCGCAGATCAGTACAAAGACTTTTCCTTCAAAAGACTCTCCAGTGTCTTTGGCACAAAGAAGGGGGAGTGTTTCCCCTTCTTTACAAGTGCCAGTGTTAGGCAATAATTCTTTTCTTAGTTCCAGAGTTTTGTTAAAAG
GGATTCAAGTTCATCCTGCTGTTGACGAGAGGGAGACAGTTTGGAAGGAAGGAATTCAAAATTCTGGTGCGCAATATGATCTGCCTCATGAACCATGTGGTAGATCATGCTATGAGAGAGAAGATCATGGTTTAGACTCCTGTAATTCAAGGTTCCCAAAATTTGGCCTGAATACAGATGGTACCTGGGAAGGAAATTCA
GTTAGTCCCGTTGGAGTTATGATTAATACTTGTATTGAAGACAATAAATCACCTTGTCCTATTAAGTCAGAGCAGAAGAATAGCTGTAAATGGACACGGCCAATGTTGTATGATTGGCCCAAGATAGAAAGCATAGACATGTTTGATGCAGATGATCTTGATTCTAGTTCAGTTTTCCTTCTTTTAGTACCTAGACAAGG
ACATGAAGATCCACATTATTTGGAAGAAGTCTATGTGTGGGTGGGTTGTGATTTGGTTGCTGATAAACAAAGGAATGGGCTCAGCAGCATCAATGACGGGGGAGAAATAAGGGAAGTGTATTGGACACAAATTGGACATCAATTCCTTGAGCAAATGGCTTTAAAGAAGGATACTCCTATCACGgttgttaaggaggggg
aagaaccagacaagttctgggcaaattttgttagtggttgagttcctcagcatgtaccatggttgttgtctaggcaagtgcagtaaatgaatgaaaatgttattagtttaggatttttcccaaatgtagtttcatctgattggaaggatacacagaatctctttctcaaggtaagattttgatctccatgcaatctaatg
tccttcccccgcccccctccccccctcgttcctttgatttcatcctttattattgcatgtgtatgtctgatgttggatgtttatatgggttcacacgtatcattaatatagtgttatgtacctcacaatttttcctttatttgacatctgcaatttaatctaaatttttggcag
AATCTATGGCAAAAGTGATTTTGGTG
TATATTACTGGCAATCGCCGACTTACTAGACTTTACTGAAGGAAAAAAACTGGAAAGCGGTTATGGTGACCCATTTTTAGTGATTCTGTTCCTTCATCAGTATGAAGATACAACTCAATTGTTGGAGAGAGATTGTTTCAACACCTAAGGTGTTATTTCAGGGATTTCCTTTGTACTTACATTTGCAAAAAGAGAAGCAA
ATGGATCCTAGTTTCTCTCTTTATACCAAAAATGAAATGTATCTCCAACGGCCCAGTTTCTATAATTTCTTATGCTTACATGGAGACACTACAAATTGGCGAAGGGTTGTAACTTGACAATTGACATGAGTTGTTACTGGGAAACTACTGCATTTATATTTTTTGCCTCTTTATTGATTCTTTGAATTTTGTCCCCGTTC
TAGGTGAACTTTAGAAGTTCATATGCACTCAGCTAGTTTCATGGTGGCCTTGAAACTATGCTTAGACATGCTTAGACCGTGTTCCAAATCTAACAGAAATATGAAAGCAGTTCTTCGAAAGGAACCTTCCATTTAGAAGGCTCTCAGTGTTTTTCCTAAGTCGTACATCTGTTTCCTGTTTCTCTCAGTAAGGTTTCAAA
ATAGCTTCAAGTTATTTTCGGCACCTTCCAGGCCTTGTATGTTTAAAGTTTCATTTCAGAATGTTGCCTAGTTGTTCGTAAACATATCACCAACTATCGAATTTGCATAACTTAGCTACATATTGTCAACAGATTGTTGAGGTTTGCTTATGCTGCAAATGCTGTTAATAAACAAATTGTATGGGGCCAACCTCTGGTTT
GACCTAAAGGCCACATGAAGAAATTACTAGGAATTGTAAACATTTGCTGTGCTTTTCCATGTGGAACAAACTTATGGCCATCCTGTGTGTACTGATGACTTTCTAACATTCAACTTTATATTAAAAATGAC




Intron 3 GCAAGTGCAG ... CTTTCTCAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A157.613457.935
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>TRINITY_DN106538_c0_g2_i2 from sample A4 / Example spliced isoform
ACCGACCAGCGGCGGCCACTTCCCATTTGGTGTGAAAATCACTGTTTGTTTTTGTCATTTCACTTCTCCGTTATGATCGATCCATCCACGCATCTATGCTGCTGCTTCAATCAGAGGGACCGTGTTCGAATCGCCGCATTTTCAAGAAGATATAGGTCGAGGGCACAGAGGTTTGAGGTGATAGCTGCTGAAGAAGTAAA
AATTGGGAGAAGGGTTTTCGTGTCGAGTTCGAGTTTATGGCACTCGTAGTCATACTGACATGAAAATCTCAGAAATTTCGACGCAGCATCAGTTGGTTTCTTTTGTGCAGTGGGAGATGGCAACTCGGGAAAATCAGTCATCAGAAGTGGGATGCTAGGGTAAAACTTGACGTTTTGCCGTTGGGACCCGCGCTTGTTCT
TTTTTCATGTCTGCTGCCTACGAGAGGCATGTCTTGATTTTAATATTAACCTTGGGAATAAAGGCAGGGTTGCCCAGAAAGTGTCAACTTCTCCAGCAGAGTCGGGATTCATTATGATCATGCGTTTGGCATGTATTGGATGAATGCATGCTCCCCTTCGAACATTTTTGTGGTAGGTGAAATTCACTTGGGCAGTCAAA
CCTTATAACTTTTAAGGGACTCTCATGTCATGACTTGGGGTAAAGAACAGAACTTGGAGCTGGAAGCAGGATTTGCAGGGACTGAAGAGACTAAAGAAAAAGTAAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGTATGGTAGGGGAGGATGCAGATGTCGATGGGGATAACAAGGGAGAATGCCAAATTCCAAATGTTCGGAAGACGTTT
TGGAGGTCTGTCTCATGGTCGTCATCTCGCTCTGCACCTACAAGTCCTGCCGGGTGCAACTATGCAAACGGACAGTCTTCTTTTCGGCTTCCAGCAGAAGTGCCCAACATCGCAAACCGGGGGCCTCCTCTTACTCCTCGGTCACAGCAACTGAGTAAAGTGAGGTCAGCACTACCACCGTTGCAGCCCCTGTCCATCGC
TAGAAGAAGCTTGGATGAGTGGCCAAAAGCGGGGTCAGATGACATTGGAGAATGGTTAACTCCAGCAACACCTCGGGAGAAGAAGGATGCTAGTTATTTGAGAAATGGGGCAGAGATGAGGCTTGATTTATGTTCTGTTCAAAGAAATGCAGCGCCCACAGAATTACAGGTCAAGAGGGAGAAATTTGCCTTCTTTGATA
AGGATTGCTCAAGGGTGGCTGATCATATTTATTTAGGTAGTGATGCAGTCGCCAGAAACAGAGAGATTCTTGAAGAGAATGGCATTACTCATGTGCTGAACTGTGTTGGATTTGTATGCCCGGAATATTTCAAAAAAGATTTGACATATAAGACATTGTGGTTGCAAGATTCTCCATGCGAAGATATCACGAGTATACTG
TATGATGTGTTTGATTATTTTGAGGAGGTAAGTGAGCAAGGTGGTAGAGTGTTTGTCCATTGTTATCAGGGTGTATCCCGCTCAACTTCTTTGGTTATTGCTTATCTCATGTGGCGGAAAGGTCAGAGCTTTGAAGATGCTTTTCAGTATGTAAAGTCTCAACGGGGTACCACAAATCCAAATATGGGTTTCGCATGCCA
GTTATTGCAGTGTCAAAAGAGGGTGCATGCAGCTCCATTGAGTCCAAACTCTGTGCTAAGATTGTATAGAATGGCCCCACATTCACCATACGATCCGTTACATTTAGTTCCAAAGATTATAAATAATCCTTCACCAGCTGCATTGGATTCCAGAGGTGCATTTATTGTTCATGTGCCTTCTGCAATATATGTGTGGATTG
GACAATGTTGCGAGGGTACGATGGCTTCAGCAGCAAAGGCTTCTGCATCCCAAGTTGTAAGATATGAGCGAGCCCAGGGGCCAGTTATTCTTGTCTATGAAGGAAAAGAAAACCCTGAATTTTGGAATGCTCTCAGCAAGACCCCTATTCATTTAGACAAGCCTGGAATGGGTACACAGGAAGCTGAGGAACTTTTAAAA
GTTCATGCAGAAGAATTTCGGCTTTCTGCCGGGAATAAGAGGGTAGAATCATATGATGTAGACTTTGAGTTGTTCCGAAGGGCAACTGTTGGAGGGGTTGTGCCCCCAGTTCCATCTTCAGGAGCTGTATCGGAAACTCGTCTACCTGCAAGAGAAAATGGTTGGGGAATTCTGCGTCGTCAATTTGAAGCAGGAAACAT
GAAAGAATTGGCAGCTTCAAATACAGTTTCCCGGGCAGAAATGCAAAAAGATATCGAGCCTGCCAAGCAGGACATCAAACTCTCTTCCATGGATCTTTCAACATCTTCGTCTTCTCCTCAGTCTTCTCCAAGTTCTATTTCCTCAGATTCTAAATTTAGCTCAAAATCTCCTTCACCCTCTCCATCATCTCTTCCATTTA
CTCCCTCTTCCAGTTCCTCTGTTTCTTGGTCCCCATCCTTTTCTTCTCATTCACAATCTCCAGTGCCAGATTCAATGGAAACTTTTGAGAGATCTGTGAATCCTTCGCAGATCAGTACAAAGACTTTTCCTTCAAAAGACTCTCCAGTGTCTTTGGCACAAAGAAGGGGGAGTGTTTCCCCTTCTTTACAAGTGCCAGTG
TTAGGCAATAATTCTTTTCTTAGTTCCAGAGTTTTGTTAAAAGGGATTCAAGTTCATCCTGCTGTTGACGAGAGGGAGACAGTTTGGAAGGAAGGAATTCAAAATTCTGGTGCGCAATATGATCTGCCTCATGAACCATGTGGTAGATCATGCTATGAGAGAGAAGATCATGGTTTAGACTCCTGTAATTCAAGGTTCCC
AAAATTTGGCCTGAATACAGATGGTACCTGGGAAGGAAATTCAGTTAGTCCCGTTGGAGTTATGATTAATACTTGTATTGAAGACAATAAATCACCTTGTCCTATTAAGTCAGAGCAGAAGAATAGCTGTAAATGGACACGGCCAATGTTGTATGATTGGCCCAAGATAGAAAGCATAGACATGTTTGATGCAGATGATC
TTGATTCTAGTTCAGTTTTCCTTCTTTTAGTACCTAGACAAGGACATGAAGATCCACATTATTTGGAAGAAGTCTATGTGTGGGTGGGTTGTGATTTGGTTGCTGATAAACAAAGGAATGGGCTCAGCAGCATCAATGACGGGGGAGAAATAAGGGAAGTGTATTGGACACAAATTGGACATCAATTCCTTGAGCAAATG
GCTTTAAAGAAGGATACTCCTATCACGGTTGTTAAGGAGGGGGAAGAACCAGACAAGTTCTGGGCAAATTTTGTTAGTGGTTGAGTTCCTCAGCATGTACCATGGTTGTTGTCTAGAATCTATGGCAAAAGTGATTTTGGTGTATATTACTGGCAATCGCCGACTTACTAGACTTTACTGAAGGAAAAAAACTGGAAAGC
GGTTATGGTGACCCATTTTTAGTGATTCTGTTCCTTCATCAGTATGAAGATACAACTCAATTGTTGGAGAGAGATTGTTTCAACACCTAAGGTGTTATTTCAGGGATTTCCTTTGTACTTACATTTGCAAAAAGAGAAGCAAATGGATCCTAGTTTCTCTCTTTATACCAAAAATGAAATGTATCTCCAACGGCCCAGTT
TCTATAATTTCTTATGCTTACATGGAGACACTACAAATTGGCGAAGGGTTGTAACTTGACAATTGACATGAGTTGTTACTGGGAAACTACTGCATTTATATTTTTTGCCTCTTTATTGATTCTTTGAATTTTGTCCCCGTTCTAGGTGAACTTTAGAAGTTCATATGCACTCAGC


>TRINITY_DN106538_c0_g2_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:
ACCGACCAGCGGCGGCCACTTCCCATTTGGTGTGAAAATCACTGTTTGTTTTTGTCATTTCACTTCTCCGTTATGATCGATCCATCCACGCATCTATGCTGCTGCTTCAATCAGAGGGACCGTGTTCGAATCGCCGCATTTTCAAGAAGATATAGGTCGAGGGCACAGAGGTTTGAGGTGATAGCTGCTGAAGAAGTAAA
AATTGGGAGAAGGGTTTTCGTGTCGAGTTCGAGTTTATGGCACTCGTAGTCATACTGACATGAAAATCTCAGAAATTTCGACGCAGCATCAGTTGGTTTCTTTTGTGCAGTGGGAGATGGCAACTCGGGAAAATCAGTCATCAGAAGTGGGATGCTAGGGTAAAACTTGACGTTTTGCCGTTGGGACCCGCGCTTGTTCT
TTTTTCATGTCTGCTGCCTACGAGAGGCATGTCTTGATTTTAATATTAACCTTGGGAATAAAGGCAGGGTTGCCCAGAAAGTGTCAACTTCTCCAGCAGAGTCGGGATTCATTATGATCATGCGTTTGGCATGTATTGGATGAATGCATGCTCCCCTTCGAACATTTTTGTGGTAGGTGAAATTCACTTGGGCAGTCAAA
CCTTATAACTTTTAAGGGACTCTCATGTCATGACTTGGGGTAAAGAACAGAACTTGGAGCTGGAAGCAGGATTTGCAGGGACTGAAGAGACTAAAGAAAAAGTAAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGTATGGTAGGGGAGGATGCAGATGTCGATGGGGATAACAAGGGAGAATGCCAAATTCCAAATGTTCGGAAGACGTTT
TGGAGGTCTGTCTCATGGTCGTCATCTCGCTCTGCACCTACAAGTCCTGCCGGGTGCAACTATGCAAACGGACAGTCTTCTTTTCGGCTTCCAGCAGAAGTGCCCAACATCGCAAACCGGGGGCCTCCTCTTACTCCTCGGTCACAGCAACTGAGTAAAGTGAGGTCAGCACTACCACCGTTGCAGCCCCTGTCCATCGC
TAGAAGAAGCTTGGATGAGTGGCCAAAAGCGGGGTCAGATGACATTGGAGAATGGTTAACTCCAGCAACACCTCGGGAGAAGAAGGATGCTAGTTATTTGAGAAATGGGGCAGAGATGAGGCTTGATTTATGTTCTGTTCAAAGAAATGCAGCGCCCACAGAATTACAGGTCAAGAGGGAGAAATTTGCCTTCTTTGATA
AGGATTGCTCAAGGGTGGCTGATCATATTTATTTAGGTAGTGATGCAGTCGCCAGAAACAGAGAGATTCTTGAAGAGAATGGCATTACTCATGTGCTGAACTGTGTTGGATTTGTATGCCCGGAATATTTCAAAAAAGATTTGACATATAAGACATTGTGGTTGCAAGATTCTCCATGCGAAGATATCACGAGTATACTG
TATGATGTGTTTGATTATTTTGAGGAGGTAAGTGAGCAAGGTGGTAGAGTGTTTGTCCATTGTTATCAGGGTGTATCCCGCTCAACTTCTTTGGTTATTGCTTATCTCATGTGGCGGAAAGGTCAGAGCTTTGAAGATGCTTTTCAGTATGTAAAGTCTCAACGGGGTACCACAAATCCAAATATGGGTTTCGCATGCCA
GTTATTGCAGTGTCAAAAGAGGGTGCATGCAGCTCCATTGAGTCCAAACTCTGTGCTAAGATTGTATAGAATGGCCCCACATTCACCATACGATCCGTTACATTTAGTTCCAAAGATTATAAATAATCCTTCACCAGCTGCATTGGATTCCAGAGGTGCATTTATTGTTCATGTGCCTTCTGCAATATATGTGTGGATTG
GACAATGTTGCGAGGGTACGATGGCTTCAGCAGCAAAGGCTTCTGCATCCCAAGTTGTAAGATATGAGCGAGCCCAGGGGCCAGTTATTCTTGTCTATGAAGGAAAAGAAAACCCTGAATTTTGGAATGCTCTCAGCAAGACCCCTATTCATTTAGACAAGCCTGGAATGGGTACACAGGAAGCTGAGGAACTTTTAAAA
GTTCATGCAGAAGAATTTCGGCTTTCTGCCGGGAATAAGAGGGTAGAATCATATGATGTAGACTTTGAGTTGTTCCGAAGGGCAACTGTTGGAGGGGTTGTGCCCCCAGTTCCATCTTCAGGAGCTGTATCGGAAACTCGTCTACCTGCAAGAGAAAATGGTTGGGGAATTCTGCGTCGTCAATTTGAAGCAGGAAACAT
GAAAGAATTGGCAGCTTCAAATACAGTTTCCCGGGCAGAAATGCAAAAAGATATCGAGCCTGCCAAGCAGGACATCAAACTCTCTTCCATGGATCTTTCAACATCTTCGTCTTCTCCTCAGTCTTCTCCAAGTTCTATTTCCTCAGATTCTAAATTTAGCTCAAAATCTCCTTCACCCTCTCCATCATCTCTTCCATTTA
CTCCCTCTTCCAGTTCCTCTGTTTCTTGGTCCCCATCCTTTTCTTCTCATTCACAATCTCCAGTGCCAGATTCAATGGAAACTTTTGAGAGATCTGTGAATCCTTCGCAGATCAGTACAAAGACTTTTCCTTCAAAAGACTCTCCAGTGTCTTTGGCACAAAGAAGGGGGAGTGTTTCCCCTTCTTTACAAGTGCCAGTG
TTAGGCAATAATTCTTTTCTTAGTTCCAGAGTTTTGTTAAAAGGGATTCAAGTTCATCCTGCTGTTGACGAGAGGGAGACAGTTTGGAAGGAAGGAATTCAAAATTCTGGTGCGCAATATGATCTGCCTCATGAACCATGTGGTAGATCATGCTATGAGAGAGAAGATCATGGTTTAGACTCCTGTAATTCAAGGTTCCC
AAAATTTGGCCTGAATACAGATGGTACCTGGGAAGGAAATTCAGTTAGTCCCGTTGGAGTTATGATTAATACTTGTATTGAAGACAATAAATCACCTTGTCCTATTAAGTCAGAGCAGAAGAATAGCTGTAAATGGACACGGCCAATGTTGTATGATTGGCCCAAGATAGAAAGCATAGACATGTTTGATGCAGATGATC
TTGATTCTAGTTCAGTTTTCCTTCTTTTAGTACCTAGACAAGGACATGAAGATCCACATTATTTGGAAGAAGTCTATGTGTGGGTGGGTTGTGATTTGGTTGCTGATAAACAAAGGAATGGGCTCAGCAGCATCAATGACGGGGGAGAAATAAGGGAAGTGTATTGGACACAAATTGGACATCAATTCCTTGAGCAAATG
GCTTTAAAGAAGGATACTCCTATCACGGTTGTTAAGGAGGGGGAAGAACCAGACAAGTTCTGGGCAAATTTTGTTAGTGGTTGAGTTCCTCAGCATGTACCATGGTTGTTGTCTAGgcaagtgcagtaaatgaatgaaaatgttattagtttaggatttttcccaaatgtagtttcatctgattggaaggatacacagaa
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AATCTATGGCAAAAGTGATTTTGGTGTATATTACTGGCAATCGCCGACTTACTAGACTTTACTGAAGGAAAAAAACTGGAAAGCGGTTATGGTGACCCATTTTTAGTGATTCTGTTCCTTCATCAGTATGAAGATACAACTCAATTGTTGGAGAGAGATTGTTTCAACACCTAAGGTGTTATTTCAG
GGATTTCCTTTGTACTTACATTTGCAAAAAGAGAAGCAAATGGATCCTAGTTTCTCTCTTTATACCAAAAATGAAATGTATCTCCAACGGCCCAGTTTCTATAATTTCTTATGCTTACATGGAGACACTACAAATTGGCGAAGGGTTGTAACTTGACAATTGACATGAGTTGTTACTGGGAAACTACTGCATTTATATTT
TTTGCCTCTTTATTGATTCTTTGAATTTTGTCCCCGTTCTAGGTGAACTTTAGAAGTTCATATGCACTCAGC




Intron 4 GTTGTTAAGG ... TGTTGTCTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN106538_c0_g2_i7 from sample A4 / Example spliced isoform
ACCGACCAGCGGCGGCCACTTCCCATTTGGTGTGAAAATCACTGTTTGTTTTTGTCATTTCACTTCTCCGTTATGATCGATCCATCCACGCATCTATGCTGCTGCTTCAATCAGAGGGACCGTGTTCGAATCGCCGCATTTTCAAGAAGATATAGGTCGAGGGCACAGAGGTTTGAGGTGATAGCTGCTGAAGAAGTAAA
AATTGGGAGAAGGGTTTTCGTGTCGAGTTCGAGTTTATGGCACTCGTAGTCATACTGACATGAAAATCTCAGAAATTTCGACGCAGCATCAGTTGGTTTCTTTTGTGCAGTGGGAGATGGCAACTCGGGAAAATCAGTCATCAGAAGTGGGATGCTAGGGTAAAACTTGACGTTTTGCCGTTGGGACCCGCGCTTGTTCT
TTTTTCATGTCTGCTGCCTACGAGAGGCATGTCTTGATTTTAATATTAACCTTGGGAATAAAGGCAGGGTTGCCCAGAAAGTGTCAACTTCTCCAGCAGAGTCGGGATTCATTATGATCATGCGTTTGGCATGTATTGGATGAATGCATGCTCCCCTTCGAACATTTTTGTGGTAGGTGAAATTCACTTGGGCAGTCAAA
CCTTATAACTTTTAAGGGACTCTCATGTCATGACTTGGGGTAAAGAACAGAACTTGGAGCTGGAAGCAGGATTTGCAGGGACTGAAGAGACTAAAGAAAAAGTAAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGTATGGTAGGGGAGGATGCAGATGTCGATGGGGATAACAAGGGAGAATGCCAAATTCCAAATGTTCGGAAGACGTTT
TGGAGGTCTGTCTCATGGTCGTCATCTCGCTCTGCACCTACAAGTCCTGCCGGGTGCAACTATGCAAACGGACAGTCTTCTTTTCGGCTTCCAGCAGAAGTGCCCAACATCGCAAACCGGGGGCCTCCTCTTACTCCTCGGTCACAGCAACTGAGTAAAGTGAGGTCAGCACTACCACCGTTGCAGCCCCTGTCCATCGC
TAGAAGAAGCTTGGATGAGTGGCCAAAAGCGGGGTCAGATGACATTGGAGAATGGTTAACTCCAGCAACACCTCGGGAGAAGAAGGATGCTAGTTATTTGAGAAATGGGGCAGAGATGAGGCTTGATTTATGTTCTGTTCAAAGAAATGCAGCGCCCACAGAATTACAGGTCAAGAGGGAGAAATTTGCCTTCTTTGATA
AGGATTGCTCAAGGGTGGCTGATCATATTTATTTAGGTAGTGATGCAGTCGCCAGAAACAGAGAGATTCTTGAAGAGAATGGCATTACTCATGTGCTGAACTGTGTTGGATTTGTATGCCCGGAATATTTCAAAAAAGATTTGACATATAAGACATTGTGGTTGCAAGATTCTCCATGCGAAGATATCACGAGTATACTG
TATGATGTGTTTGATTATTTTGAGGAGGTAAGTGAGCAAGGTGGTAGAGTGTTTGTCCATTGTTATCAGGGTGTATCCCGCTCAACTTCTTTGGTTATTGCTTATCTCATGTGGCGGAAAGGTCAGAGCTTTGAAGATGCTTTTCAGTATGTAAAGTCTCAACGGGGTACCACAAATCCAAATATGGGTTTCGCATGCCA
GTTATTGCAGTGTCAAAAGAGGGTGCATGCAGCTCCATTGAGTCCAAACTCTGTGCTAAGATTGTATAGAATGGCCCCACATTCACCATACGATCCGTTACATTTAGTTCCAAAGATTATAAATAATCCTTCACCAGCTGCATTGGATTCCAGAGGTGCATTTATTGTTCATGTGCCTTCTGCAATATATGTGTGGATTG
GACAATGTTGCGAGGGTACGATGGCTTCAGCAGCAAAGGCTTCTGCATCCCAAGTTGTAAGATATGAGCGAGCCCAGGGGCCAGTTATTCTTGTCTATGAAGGAAAAGAAAACCCTGAATTTTGGAATGCTCTCAGCAAGACCCCTATTCATTTAGACAAGCCTGGAATGGGTACACAGGAAGCTGAGGAACTTTTAAAA
GTTCATGCAGAAGAATTTCGGCTTTCTGCCGGGAATAAGAGGGTAGAATCATATGATGTAGACTTTGAGTTGTTCCGAAGGGCAACTGTTGGAGGGGTTGTGCCCCCAGTTCCATCTTCAGGAGCTGTATCGGAAACTCGTCTACCTGCAAGAGAAAATGGTTGGGGAATTCTGCGTCGTCAATTTGAAGCAGGAAACAT
GAAAGAATTGGCAGCTTCAAATACAGTTTCCCGGGCAGAAATGCAAAAAGATATCGAGCCTGCCAAGCAGGACATCAAACTCTCTTCCATGGATCTTTCAACATCTTCGTCTTCTCCTCAGTCTTCTCCAAGTTCTATTTCCTCAGATTCTAAATTTAGCTCAAAATCTCCTTCACCCTCTCCATCATCTCTTCCATTTA
CTCCCTCTTCCAGTTCCTCTGTTTCTTGGTCCCCATCCTTTTCTTCTCATTCACAATCTCCAGTGCCAGATTCAATGGAAACTTTTGAGAGATCTGTGAATCCTTCGCAGATCAGTACAAAGACTTTTCCTTCAAAAGACTCTCCAGTGTCTTTGGCACAAAGAAGGGGGAGTGTTTCCCCTTCTTTACAAGTGCCAGTG
TTAGGCAATAATTCTTTTCTTAGTTCCAGAGTTTTGTTAAAAGGGATTCAAGTTCATCCTGCTGTTGACGAGAGGGAGACAGTTTGGAAGGAAGGAATTCAAAATTCTGGTGCGCAATATGATCTGCCTCATGAACCATGTGGTAGATCATGCTATGAGAGAGAAGATCATGGTTTAGACTCCTGTAATTCAAGGTTCCC
AAAATTTGGCCTGAATACAGATGGTACCTGGGAAGGAAATTCAGTTAGTCCCGTTGGAGTTATGATTAATACTTGTATTGAAGACAATAAATCACCTTGTCCTATTAAGTCAGAGCAGAAGAATAGCTGTAAATGGACACGGCCAATGTTGTATGATTGGCCCAAGATAGAAAGCATAGACATGTTTGATGCAGATGATC
TTGATTCTAGTTCAGTTTTCCTTCTTTTAGTACCTAGACAAGGACATGAAGATCCACATTATTTGGAAGAAGTCTATGTGTGGGTGGGTTGTGATTTGGTTGCTGATAAACAAAGGAATGGGCTCAGCAGCATCAATGACGGGGGAGAAATAAGGGAAGTGTATTGGACACAAATTGGACATCAATTCCTTGAGCAAATG
GCTTTAAAGAAGGATACTCCTATCACGAATCTATGGCAAAAGTGATTTTGGTGTATATTACTGGCAATCGCCGACTTACTAGACTTTACTGAAGGAAAAAAACTGGAAAGCGGTTATGGTGACCCATTTTTAGTGATTCTGTTCCTTCATCAGTATGAAGATACAACTCAATTGTTGGAGAGAGATTGTTTCAACACCTA
AGGTGTTATTTCAGGGATTTCCTTTGTACTTACATTTGCAAAAAGAGAAGCAAATGGATCCTAGTTTCTCTCTTTATACCAAAAATGAAATGTATCTCCAACGGCCCAGTTTCTATAATTTCTTATGCTTACATGGAGACACTACAAATTGGCGAAGGGTTGTAACTTGACAATTGACATGAGTTGTTACTGGGAAACTA
CTGCATTTATATTTTTTGCCTCTTTATTGATTCTTTGAATTTTGTCCCCGTTCTAGGTGAACTTTAGAAGTTCATATGCACTCAGC


>TRINITY_DN106538_c0_g2_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:
ACCGACCAGCGGCGGCCACTTCCCATTTGGTGTGAAAATCACTGTTTGTTTTTGTCATTTCACTTCTCCGTTATGATCGATCCATCCACGCATCTATGCTGCTGCTTCAATCAGAGGGACCGTGTTCGAATCGCCGCATTTTCAAGAAGATATAGGTCGAGGGCACAGAGGTTTGAGGTGATAGCTGCTGAAGAAGTAAA
AATTGGGAGAAGGGTTTTCGTGTCGAGTTCGAGTTTATGGCACTCGTAGTCATACTGACATGAAAATCTCAGAAATTTCGACGCAGCATCAGTTGGTTTCTTTTGTGCAGTGGGAGATGGCAACTCGGGAAAATCAGTCATCAGAAGTGGGATGCTAGGGTAAAACTTGACGTTTTGCCGTTGGGACCCGCGCTTGTTCT
TTTTTCATGTCTGCTGCCTACGAGAGGCATGTCTTGATTTTAATATTAACCTTGGGAATAAAGGCAGGGTTGCCCAGAAAGTGTCAACTTCTCCAGCAGAGTCGGGATTCATTATGATCATGCGTTTGGCATGTATTGGATGAATGCATGCTCCCCTTCGAACATTTTTGTGGTAGGTGAAATTCACTTGGGCAGTCAAA
CCTTATAACTTTTAAGGGACTCTCATGTCATGACTTGGGGTAAAGAACAGAACTTGGAGCTGGAAGCAGGATTTGCAGGGACTGAAGAGACTAAAGAAAAAGTAAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGTATGGTAGGGGAGGATGCAGATGTCGATGGGGATAACAAGGGAGAATGCCAAATTCCAAATGTTCGGAAGACGTTT
TGGAGGTCTGTCTCATGGTCGTCATCTCGCTCTGCACCTACAAGTCCTGCCGGGTGCAACTATGCAAACGGACAGTCTTCTTTTCGGCTTCCAGCAGAAGTGCCCAACATCGCAAACCGGGGGCCTCCTCTTACTCCTCGGTCACAGCAACTGAGTAAAGTGAGGTCAGCACTACCACCGTTGCAGCCCCTGTCCATCGC
TAGAAGAAGCTTGGATGAGTGGCCAAAAGCGGGGTCAGATGACATTGGAGAATGGTTAACTCCAGCAACACCTCGGGAGAAGAAGGATGCTAGTTATTTGAGAAATGGGGCAGAGATGAGGCTTGATTTATGTTCTGTTCAAAGAAATGCAGCGCCCACAGAATTACAGGTCAAGAGGGAGAAATTTGCCTTCTTTGATA
AGGATTGCTCAAGGGTGGCTGATCATATTTATTTAGGTAGTGATGCAGTCGCCAGAAACAGAGAGATTCTTGAAGAGAATGGCATTACTCATGTGCTGAACTGTGTTGGATTTGTATGCCCGGAATATTTCAAAAAAGATTTGACATATAAGACATTGTGGTTGCAAGATTCTCCATGCGAAGATATCACGAGTATACTG
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GTTATTGCAGTGTCAAAAGAGGGTGCATGCAGCTCCATTGAGTCCAAACTCTGTGCTAAGATTGTATAGAATGGCCCCACATTCACCATACGATCCGTTACATTTAGTTCCAAAGATTATAAATAATCCTTCACCAGCTGCATTGGATTCCAGAGGTGCATTTATTGTTCATGTGCCTTCTGCAATATATGTGTGGATTG
GACAATGTTGCGAGGGTACGATGGCTTCAGCAGCAAAGGCTTCTGCATCCCAAGTTGTAAGATATGAGCGAGCCCAGGGGCCAGTTATTCTTGTCTATGAAGGAAAAGAAAACCCTGAATTTTGGAATGCTCTCAGCAAGACCCCTATTCATTTAGACAAGCCTGGAATGGGTACACAGGAAGCTGAGGAACTTTTAAAA
GTTCATGCAGAAGAATTTCGGCTTTCTGCCGGGAATAAGAGGGTAGAATCATATGATGTAGACTTTGAGTTGTTCCGAAGGGCAACTGTTGGAGGGGTTGTGCCCCCAGTTCCATCTTCAGGAGCTGTATCGGAAACTCGTCTACCTGCAAGAGAAAATGGTTGGGGAATTCTGCGTCGTCAATTTGAAGCAGGAAACAT
GAAAGAATTGGCAGCTTCAAATACAGTTTCCCGGGCAGAAATGCAAAAAGATATCGAGCCTGCCAAGCAGGACATCAAACTCTCTTCCATGGATCTTTCAACATCTTCGTCTTCTCCTCAGTCTTCTCCAAGTTCTATTTCCTCAGATTCTAAATTTAGCTCAAAATCTCCTTCACCCTCTCCATCATCTCTTCCATTTA
CTCCCTCTTCCAGTTCCTCTGTTTCTTGGTCCCCATCCTTTTCTTCTCATTCACAATCTCCAGTGCCAGATTCAATGGAAACTTTTGAGAGATCTGTGAATCCTTCGCAGATCAGTACAAAGACTTTTCCTTCAAAAGACTCTCCAGTGTCTTTGGCACAAAGAAGGGGGAGTGTTTCCCCTTCTTTACAAGTGCCAGTG
TTAGGCAATAATTCTTTTCTTAGTTCCAGAGTTTTGTTAAAAGGGATTCAAGTTCATCCTGCTGTTGACGAGAGGGAGACAGTTTGGAAGGAAGGAATTCAAAATTCTGGTGCGCAATATGATCTGCCTCATGAACCATGTGGTAGATCATGCTATGAGAGAGAAGATCATGGTTTAGACTCCTGTAATTCAAGGTTCCC
AAAATTTGGCCTGAATACAGATGGTACCTGGGAAGGAAATTCAGTTAGTCCCGTTGGAGTTATGATTAATACTTGTATTGAAGACAATAAATCACCTTGTCCTATTAAGTCAGAGCAGAAGAATAGCTGTAAATGGACACGGCCAATGTTGTATGATTGGCCCAAGATAGAAAGCATAGACATGTTTGATGCAGATGATC
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GCTTTAAAGAAGGATACTCCTATCACGgttgttaaggagggggaagaaccagacaagttctgggcaaattttgttagtggttgagttcctcagcatgtaccatggttgttgtctagAATCTATGGCAAAAGTGATTTTGGTGTATATTACTGGCAATCGCCGACTTACTAGACTTTACTGAAGGAAAAAAACTGGAAAGC
GGTTATGGTGACCCATTTTTAGTGATTCTGTTCCTTCATCAGTATGAAGATACAACTCAATTGTTGGAGAGAGATTGTTTCAACACCTAAGGTGTTATTTCAGGGATTTCCTTTGTACTTACATTTGCAAAAAGAGAAGCAAATGGATCCTAGTTTCTCTCTTTATACCAAAAATGAAATGTATCTCCAACGGCCCAGTT
TCTATAATTTCTTATGCTTACATGGAGACACTACAAATTGGCGAAGGGTTGTAACTTGACAATTGACATGAGTTGTTACTGGGAAACTACTGCATTTATATTTTTTGCCTCTTTATTGATTCTTTGAATTTTGTCCCCGTTCTAGGTGAACTTTAGAAGTTCATATGCACTCAGC




Intron 5 GTAAGATTTT ... TTTTTGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A114.633557
A230.62415.26
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A527.271254
A629.63573018
A726.53722626
A825.32873326
A921.78792321
A1022.52431213



>TRINITY_DN114608_c0_g2_i3 from sample A2 / Example spliced isoform
GAGAATGGTTAACTCCAGCAACACCTCGGGAGAAGAAGGATGCTAGTTATTTGAGAAATGGGGCAGAGATGAGGCTTGATTTATGTTCTGTTCAAAGAAATGCAGCGCCCACAGAATTACAGGTCAAGAGGGAGAAATTTGCCTTCTTTGATAAGGATTGCTCAAGGGTGGCTGATCATATTTATTTAGGTAGTGATGCA
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AGTGTTTGTCCATTGTTATCAGGGTGTATCCCGCTCAACTTCTTTGGTTATTGCTTATCTCATGTGGCGGAAAGGTCAGAGCTTTGAAGATGCTTTTCAGTATGTAAAGTCTCAACGGGGTACCACAAATCCAAATATGGGTTTCGCATGCCAGTTATTGCAGTGTCAAAAGAGGGTGCATGCAGCTCCATTGAGTCCAA
ACTCTGTGCTAAGATTGTATAGAATGGCCCCACATTCACCATACGATCCGTTACATTTAGTTCCAAAGATTATAAATAATCCTTCACCAGCTGCATTGGATTCCAGAGGTGCATTTATTGTTCATGTGCCTTCTGCAATATATGTGTGGATTGGACAATGTTGCGAGGGTACGATGGCTTCAGCAGCAAAGGCTTCTGCA
TCCCAAGTTGTAAGATATGAGCGAGCCCAGGGGCCAGTTATTCTTGTCTATGAAGGAAAAGAAAACCCTGAATTTTGGAATGCTCTCAGCAAGACCCCTATTCATTTAGACAAGCCTGGAATGGGTACACAGGAAGCTGAGGAACTTTTAAAAGTTCATGCAGAAGAATTTCGGCTTTCTGCCGGGAATAAGAGGGTAGA
ATCATATGATGTAGACTTTGAGTTGTTCCGAAGGGCAACTGTTGGAGGGGTTGTGCCCCCAGTTCCATCTTCAGGAGCTGTATCGGAAACTCGTCTACCTGCAAGAGAAAATGGTTGGGGAATTCTGCGTCGTCAATTTGAAGCAGGAAACATGAAAGAATTGGCAGCTTCAAATACAGTTTCCCGGGCAGAAATGCAAA
AAGATATCGAGCCTGCCAAGCAGGACATCAAACTCTCTTCCATGGATCTTTCAACATCTTCGTCTTCTCCTCAGTCTTCTCCAAGTTCTATTTCCTCAGATTCTAAATTTAGCTCAAAATCTCCTTCACCCTCTCCATCATCTCTTCCATTTACTCCCTCTTCCAGTTCCTCTGTTTCTTGGTCCCCATCCTTTTCTTCT
CATTCACAATCTCCAGTGCCAGATTCAATGGAAACTTTTGAGAGATCTGTGAATCCTTCGCAGATCAGTACAAAGACTTTTCCTTCAAAAGACTCTCCAGTGTCTTTGGCACAAAGAAGGGGGAGTGTTTCCCCTTCTTTACAAGTGCCAGTGTTAGGCAATAATTCTTTTCTTAGTTCCAGAGTTTTGTTAAAAGGGAT
TCAAGTTCATCCTGCTGTTGACGAGAGGGAGACAGTTTGGAAGGAAGGAATTCAAAATTCTGGTGCGCAATATGATCTGCCTCATGAACCATGTGGTAGATCATGCTATGAGAGAGAAGATCATGGTTTAGACTCCTGTAATTCAAGGTTCCCAAAATTTGGCCTGAATACAGATGGTACCTGGGAAGGAAATTCAGTTA
GTCCCGTTGGAGTTATGATTAATACTTGTATTGAAGACAATAAATCACCTTGTCCTATTAAGTCAGAGCAGAAGAATAGCTGTAAATGGACACGGCCAATGTTGTATGATTGGCCCAAGATAGAAAGCATAGACATGTTTGATGCAGATGATCTTGATTCTAGTTCAGTTTTCCTTCTTTTAGTACCTAGACAAGGACAT
GAAGATCCACATTATTTGGAAGAAGTCTATGTGTGGGTGGGTTGTGATTTGGTTGCTGATAAACAAAGGAATGGGCTCAGCAGCATCAATGACGGGGGAGAAATAAGGGAAGTGTATTGGACACAAATTGGACATCAATTCCTTGAGCAAATGGCTTTAAAGAAGGATACTCCTATCACGGTTGTTAAGGAGGGGGAAGA
ACCAGACAAGTTCTGGGCAAATTTTGTTAGTGGTTGAGTTCCTCAGCATGTACCATGGTTGTTGTCTAGGCAAGTGCAGTAAATGAATGAAAATGTTATTAGTTTAGGATTTTTCCCAAATGTAGTTTCATCTGATTGGAAGGATACACAGAATCTCTTTCTCAAGAATCTATGGCAAAAGTGATTTTGGTGTATATTAC
TGGCAATCGCCGACTTACTAGACTTTACTGAAGGAAAAAAACTGGAAAGCGGTTATGGTGACCCATTTTTAGTGATTCTGTTCCTTCATCAGTATGAAGATACAACTCAATTGTTGGAGAGAGATTGTTTCAACACCTAAGGTGTTATTTCAGGGATTTCCTTTGTACTTACATTTGCAAAAAGAGAAGCAAATGGATCC
TAGTTTCTCTCTTTATACCAAAAATGAAATGTATCTCCAACGGCCCAGTTTCTATAATTTCTTATGCTTACATGGAGACACTACAAATTGGCGAAGGGTTGTAACTTGACAATTGACATGAGTTGTTACTGGGAAACTACTGCATTTATATTTTTTGCCTCTTTATTGATTCTTTGAATTTTGTCCCCGTTCTAGGTGAA
CTTTAGAAGTTCATATGCACTCAGCTAGTTTCATGGTGGCCTTGAAACTATGCTTAGACATGCTTAGACCGTGTTCCAAATCTAACAGAAATATGAAA


>TRINITY_DN114608_c0_g2_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GAGAATGGTTAACTCCAGCAACACCTCGGGAGAAGAAGGATGCTAGTTATTTGAGAAATGGGGCAGAGATGAGGCTTGATTTATGTTCTGTTCAAAGAAATGCAGCGCCCACAGAATTACAGGTCAAGAGGGAGAAATTTGCCTTCTTTGATAAGGATTGCTCAAGGGTGGCTGATCATATTTATTTAGGTAGTGATGCA
GTCGCCAGAAACAGAGAGATTCTTGAAGAGAATGGCATTACTCATGTGCTGAACTGTGTTGGATTTGTATGCCCGGAATATTTCAAAAAAGATTTGACATATAAGACATTGTGGTTGCAAGATTCTCCATGCGAAGATATCACGAGTATACTGTATGATGTGTTTGATTATTTTGAGGAGGTAAGTGAGCAAGGTGGTAG
AGTGTTTGTCCATTGTTATCAGGGTGTATCCCGCTCAACTTCTTTGGTTATTGCTTATCTCATGTGGCGGAAAGGTCAGAGCTTTGAAGATGCTTTTCAGTATGTAAAGTCTCAACGGGGTACCACAAATCCAAATATGGGTTTCGCATGCCAGTTATTGCAGTGTCAAAAGAGGGTGCATGCAGCTCCATTGAGTCCAA
ACTCTGTGCTAAGATTGTATAGAATGGCCCCACATTCACCATACGATCCGTTACATTTAGTTCCAAAGATTATAAATAATCCTTCACCAGCTGCATTGGATTCCAGAGGTGCATTTATTGTTCATGTGCCTTCTGCAATATATGTGTGGATTGGACAATGTTGCGAGGGTACGATGGCTTCAGCAGCAAAGGCTTCTGCA
TCCCAAGTTGTAAGATATGAGCGAGCCCAGGGGCCAGTTATTCTTGTCTATGAAGGAAAAGAAAACCCTGAATTTTGGAATGCTCTCAGCAAGACCCCTATTCATTTAGACAAGCCTGGAATGGGTACACAGGAAGCTGAGGAACTTTTAAAAGTTCATGCAGAAGAATTTCGGCTTTCTGCCGGGAATAAGAGGGTAGA
ATCATATGATGTAGACTTTGAGTTGTTCCGAAGGGCAACTGTTGGAGGGGTTGTGCCCCCAGTTCCATCTTCAGGAGCTGTATCGGAAACTCGTCTACCTGCAAGAGAAAATGGTTGGGGAATTCTGCGTCGTCAATTTGAAGCAGGAAACATGAAAGAATTGGCAGCTTCAAATACAGTTTCCCGGGCAGAAATGCAAA
AAGATATCGAGCCTGCCAAGCAGGACATCAAACTCTCTTCCATGGATCTTTCAACATCTTCGTCTTCTCCTCAGTCTTCTCCAAGTTCTATTTCCTCAGATTCTAAATTTAGCTCAAAATCTCCTTCACCCTCTCCATCATCTCTTCCATTTACTCCCTCTTCCAGTTCCTCTGTTTCTTGGTCCCCATCCTTTTCTTCT
CATTCACAATCTCCAGTGCCAGATTCAATGGAAACTTTTGAGAGATCTGTGAATCCTTCGCAGATCAGTACAAAGACTTTTCCTTCAAAAGACTCTCCAGTGTCTTTGGCACAAAGAAGGGGGAGTGTTTCCCCTTCTTTACAAGTGCCAGTGTTAGGCAATAATTCTTTTCTTAGTTCCAGAGTTTTGTTAAAAGGGAT
TCAAGTTCATCCTGCTGTTGACGAGAGGGAGACAGTTTGGAAGGAAGGAATTCAAAATTCTGGTGCGCAATATGATCTGCCTCATGAACCATGTGGTAGATCATGCTATGAGAGAGAAGATCATGGTTTAGACTCCTGTAATTCAAGGTTCCCAAAATTTGGCCTGAATACAGATGGTACCTGGGAAGGAAATTCAGTTA
GTCCCGTTGGAGTTATGATTAATACTTGTATTGAAGACAATAAATCACCTTGTCCTATTAAGTCAGAGCAGAAGAATAGCTGTAAATGGACACGGCCAATGTTGTATGATTGGCCCAAGATAGAAAGCATAGACATGTTTGATGCAGATGATCTTGATTCTAGTTCAGTTTTCCTTCTTTTAGTACCTAGACAAGGACAT
GAAGATCCACATTATTTGGAAGAAGTCTATGTGTGGGTGGGTTGTGATTTGGTTGCTGATAAACAAAGGAATGGGCTCAGCAGCATCAATGACGGGGGAGAAATAAGGGAAGTGTATTGGACACAAATTGGACATCAATTCCTTGAGCAAATGGCTTTAAAGAAGGATACTCCTATCACGGTTGTTAAGGAGGGGGAAGA
ACCAGACAAGTTCTGGGCAAATTTTGTTAGTGGTTGAGTTCCTCAGCATGTACCATGGTTGTTGTCTAGGCAAGTGCAGTAAATGAATGAAAATGTTATTAGTTTAGGATTTTTCCCAAATGTAGTTTCATCTGATTGGAAGGATACACAGAATCTCTTTCTCAAGgtaagattttgatctccatgcaatctaatgtcct
tcccccgcccccctccccccctcgttcctttgatttcatcctttattattgcatgtgtatgtctgatgttggatgtttatatgggttcacacgtatcattaatatagtgttatgtacctcacaatttttcctttatttgacatctgcaatttaatctaaatttttggcag
AATCTATGGCAAAAGTGATTTTGGTGTATA
TTACTGGCAATCGCCGACTTACTAGACTTTACTGAAGGAAAAAAACTGGAAAGCGGTTATGGTGACCCATTTTTAGTGATTCTGTTCCTTCATCAGTATGAAGATACAACTCAATTGTTGGAGAGAGATTGTTTCAACACCTAAGGTGTTATTTCAGGGATTTCCTTTGTACTTACATTTGCAAAAAGAGAAGCAAATGG
ATCCTAGTTTCTCTCTTTATACCAAAAATGAAATGTATCTCCAACGGCCCAGTTTCTATAATTTCTTATGCTTACATGGAGACACTACAAATTGGCGAAGGGTTGTAACTTGACAATTGACATGAGTTGTTACTGGGAAACTACTGCATTTATATTTTTTGCCTCTTTATTGATTCTTTGAATTTTGTCCCCGTTCTAGG
TGAACTTTAGAAGTTCATATGCACTCAGCTAGTTTCATGGTGGCCTTGAAACTATGCTTAGACATGCTTAGACCGTGTTCCAAATCTAACAGAAATATGAAA




Intron 6 GCAAGTGCAG ... TTTTTGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN42167_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform
CATTTTTGTGGTAGGTGAAATTCACTTGGGCAGTCAAACCTTATAACTTTTAAGGGACTCTCATGTCATGACTTGGGGTAAAGAACAGAACTTGGAGCTGGAAGCAGGATTTGCAGGGACTGAAGAGACTAAAGAAAAAGTAAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGTATGGTAGGGGAGGATGCAGATGTCGATGGGGATAACA
AGGGAGAATGCCAAATTCCAAATGTTCGGAAGACGTTTTGGAGGTCTGTCTCATGGTCGTCATCTCGCTCTGCACCTACAAGTCCTGCCGGGTGCAACTATGCAAACGGACAGTCTTCTTTTCGGCTTCCAGCAGAAGTGCCCAACATCGCAAACCGGGGGCCTCCTCTTACTCCTCGGTCACAGCAACTGAGTAAAGTG
AGGTCAGCACTACCACCGTTGCAGCCCCTGTCCATCGCTAGAAGAAGCTTGGATGAGTGGCCAAAAGCGGGGTCAGATGACATTGGAGAATGGTTAACTCCAGCAACACCTCGGGAGAAGAAGGATGCTAGTTATTTGAGAAATGGGGCAGAGATGAGGCTTGATTTATGTTCTGTTCAAAGAAATGCAGCGCCCACAGA
ATTACAGGTCAAGAGGGAGAAATTTGCCTTCTTTGATAAGGATTGCTCAAGGGTGGCTGATCATATTTATTTAGGTAGTGATGCAGTCGCCAGAAACAGAGAGATTCTTGAAGAGAATGGCATTACTCATGTGCTGAACTGTGTTGGATTTGTATGCCCGGAATATTTCAAAAAAGATTTGACATATAAGACATTGTGGT
TGCAAGATTCTCCATGCGAAGATATCACGAGTATACTGTATGATGTGTTTGATTATTTTGAGGAGGTAAGTGAGCAAGGTGGTAGAGTGTTTGTCCATTGTTATCAGGGTGTATCCCGCTCAACTTCTTTGGTTATTGCTTATCTCATGTGGCGGAAAGGTCAGAGCTTTGAAGATGCTTTTCAGTATGTAAAGTCTCAA
CGGGGTACCACAAATCCAAATATGGGTTTCGCATGCCAGTTATTGCAGTGTCAAAAGAGGGTGCATGCAGCTCCATTGAGTCCAAACTCTGTGCTAAGATTGTATAGAATGGCCCCACATTCACCATACGATCCGTTACATTTAGTTCCAAAGATTATAAATAATCCTTCACCAGCTGCATTGGATTCCAGAGGTGCATT
TATTGTTCATGTGCCTTCTGCAATATATGTGTGGATTGGACAATGTTGCGAGGGTACGATGGCTTCAGCAGCAAAGGCTTCTGCATCCCAAGTTGTAAGATATGAGCGAGCCCAGGGGCCAGTTATTCTTGTCTATGAAGGAAAAGAAAACCCTGAATTTTGGAATGCTCTCAGCAAGACCCCTATTCATTTAGACAAGC
CTGGAATGGGTACACAGGAAGCTGAGGAACTTTTAAAAGTTCATGCAGAAGAATTTCGGCTTTCTGCCGGGAATAAGAGGGTAGAATCATATGATGTAGACTTTGAGTTGTTCCGAAGGGCAACTGTTGGAGGGGTTGTGCCCCCAGTTCCATCTTCAGGAGCTGTATCGGAAACTCGTCTACCTGCAAGAGAAAATGGT
TGGGGAATTCTGCGTCGTCAATTTGAAGCAGGAAACATGAAAGAATTGGCAGCTTCAAATACAGTTTCCCGGGCAGAAATGCAAAAAGATATCGAGCCTGCCAAGCAGGACATCAAACTCTCTTCCATGGATCTTTCAACATCTTCGTCTTCTCCTCAGTCTTCTCCAAGTTCTATTTCCTCAGATTCTAAATTTAGCTC
AAAATCTCCTTCACCCTCTCCATCATCTCTTCCATTTACTCCCTCTTCCAGTTCCTCTGTTTCTTGGTCCCCATCCTTTTCTTCTCATTCACAATCTCCAGTGCCAGATTCAATGGAAACTTTTGAGAGATCTGTGAATCCTTCGCAGATCAGTACAAAGACTTTTCCTTCAAAAGACTCTCCAGTGTCTTTGGCACAAA
GAAGGGGGAGTGTTTCCCCTTCTTTACAAGTGCCAGTGTTAGGCAATAATTCTTTTCTTAGTTCCAGAGTTTTGTTAAAAGGGATTCAAGTTCATCCTGCTGTTGACGAGAGGGAGACAGTTTGGAAGGAAGGAATTCAAAATTCTGGTGCGCAATATGATCTGCCTCATGAACCATGTGGTAGATCATGCTATGAGAGA
GAAGATCATGGTTTAGACTCCTGTAATTCAAGGTTCCCAAAATTTGGCCTGAATACAGATGGTACCTGGGAAGGAAATTCAGTTAGTCCCGTTGGAGTTATGATTAATACTTGTATTGAAGACAATAAATCACCTTGTCCTATTAAGTCAGAGCAGAAGAATAGCTGTAAATGGACACGGCCAATGTTGTATGATTGGCC
CAAGATAGAAAGCATAGACATGTTTGATGCAGATGATCTTGATTCTAGTTCAGTTTTCCTTCTTTTAGTACCTAGACAAGGACATGAAGATCCACATTATTTGGAAGAAGTCTATGTGTGGGTGGGTTGTGATTTGGTTGCTGATAAACAAAGGAATGGGCTCAGCAGCATCAATGACGGGGGAGAAATAAGGGAAGTGT
ATTGGACACAAATTGGACATCAATTCCTTGAGCAAATGGCTTTAAAGAAGGATACTCCTATCACGGTTGTTAAGGAGGGGGAAGAACCAGACAAGTTCTGGGCAAATTTTGTTAGTGGTTGAGTTCCTCAGCATGTACCATGGTTGTTGTCTAGAATCTATGGCAAAAGTGATTTTGGTGTATATTACTGGCAATCGCCG
ACTTACTAGACTTTACTGAAGGAAAAAAACTGGAAAGCGGTTATGGTGACCCATTTTTAGTGATTCTGTTCCTTCATCAGTATGAAGATACAACTCAATTGTTGGAGAGAGATTGTTTCAACACCTAAGGTGTTATTTCAGGGATTTCCTTTGTACTTACATTTGCAAAAAGAGAAGCAAATGGATCCTAGTTTCTCTCT
TTATACCAAAAATGAAATGTATCTCCAACGGCCCAGTTTCTATAATTTCTTATGCTTACATGGAGACACTACAAATTGGCGAAGGGTTGTAACTTGACAATTGACATGAGTTGTTACTGGGAAACTACTGCATTTATATTTTTTGCCTCTTTATTGATTCTTTGAATTTTGTCCCCGTTCTAGGTGAACTTTAGAAGTTC
ATATGCACTCAGCTAGTTTCATGGTGGCCTTGAAACTATGCTTAGACATGCTTAGACCGTGTTCCAAATCTAACAGAAATATGAAAGCAGTTCTTCGAAAGGAACCTTCCATTTAGAAGGCTCTCAGTGTTTTTCCTAAGTCGTACATCTGTTTCCTGTTTCTCTCAGTAAGGTTTCAAAATAGCTTCAAGTTATTTTCG
GCACCTTCCAGGCCTTGTATGTTTAAAGTTTCATTTCAGAATGTTGCCTAGTTGTTCGTAAACATATCACCAACTATCGAATTTGCATAACTTAGCTACATATTGTCAACAGATTGTTGAGGTTTGCTTATGCTGCAAATGCTGTTAATAAACAAATTGTATGGGGCCAACCTCTGGTTTGACCTAAAGGCCACATGAAG
AAATTACTAGGAATTGTAAACATTTGCTGTGCTTTTCCATGTGGAACAAACTTATGGCCATCCTGTGTGTACTGATGACTTTCTAACATTCAACTTTATATTAAAAATGAC


>TRINITY_DN42167_c0_g1_i13 from sample A6 / Example unspliced isoform:
CCACTTCCCATTTGGTGTGAAAATCACTGTTTGTTTTTGTCATTTCACTTCTCCGTTATGATCGATCCATCCACGCATCTATGCTGCTGCTTCAATCAGAGGGACCGTGTTCGAATCGCCGCATTTTCAAGAAGATATAGGTCGAGGGCACAGAGGTTTGAGGTGATAGCTGCTGAAGAAGTAAAAATTGGGAGAAGGGT
TTTCGTGTCGAGTTCGAGTTTATGGCACTCGTAGTCATACTGACATGAAAATCTCAGAAATTTCGACGCAGCATCAGTTGGTTTCTTTTGTGCAGTGGGAGATGGCAACTCGGGAAAATCAGTCATCAGAAGTGGGATGCTAGGGTAAAACTTGACGTTTTGCCGTTGGGACCCGCGCTTGTTCTTTTTTCATGTCTGCT
GCCTACGAGAGGCATGTCTTGATTTTAATATTAACCTTGGGAATAAAGGCAGGGTTGCCCAGAAAGTGTCAACTTCTCCAGCAGAGTCGGGATTCATTATGATCATGCGTTTGGCATGTATTGGATGAATGCATGCTCCCCTTCGAACATTTTTGTGGTAGGTGAAATTCACTTGGGCAGTCAAACCTTATAACTTTTAA
GGGACTCTCATGTCATGACTTGGGGTAAAGAACAGAACTTGGAGCTGGAAGCAGGATTTGCAGGGACTGAAGAGACTAAAGAAAAAGTAAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGTATGGTAGGGGAGGATGCAGATGTCGATGGGGATAACAAGGGAGAATGCCAAATTCCAAATGTTCGGAAGACGTTTTGGAGGTCTGTCTCA
TGGTCGTCATCTCGCTCTGCACCTACAAGTCCTGCCGGGTGCAACTATGCAAACGGACAGTCTTCTTTTCGGCTTCCAGCAGAAGTGCCCAACATCGCAAACCGGGGGCCTCCTCTTACTCCTCGGTCACAGCAACTGAGTAAAGTGAGGTCAGCACTACCACCGTTGCAGCCCCTGTCCATCGCTAGAAGAAGCTTGGA
TGAGTGGCCAAAAGCGGGGTCAGATGACATTGGAGAATGGTTAACTCCAGCAACACCTCGGGAGAAGAAGGATGCTAGTTATTTGAGAAATGGGGCAGAGATGAGGCTTGATTTATGTTCTGTTCAAAGAAATGCAGCGCCCACAGAATTACAGGTCAAGAGGGAGAAATTTGCCTTCTTTGATAAGGATTGCTCAAGGG
TGGCTGATCATATTTATTTAGGTAGTGATGCAGTCGCCAGAAACAGAGAGATTCTTGAAGAGAATGGCATTACTCATGTGCTGAACTGTGTTGGATTTGTATGCCCGGAATATTTCAAAAAAGATTTGACATATAAGACATTGTGGTTGCAAGATTCTCCATGCGAAGATATCACGAGTATACTGTATGATGTGTTTGAT
TATTTTGAGGAGGTAAGTGAGCAAGGTGGTAGAGTGTTTGTCCATTGTTATCAGGGTGTATCCCGCTCAACTTCTTTGGTTATTGCTTATCTCATGTGGCGGAAAGGTCAGAGCTTTGAAGATGCTTTTCAGTATGTAAAGTCTCAACGGGGTACCACAAATCCAAATATGGGTTTCGCATGCCAGTTATTGCAGTGTCA
AAAGAGGGTGCATGCAGCTCCATTGAGTCCAAACTCTGTGCTAAGATTGTATAGAATGGCCCCACATTCACCATACGATCCGTTACATTTAGTTCCAAAGATTATAAATAATCCTTCACCAGCTGCATTGGATTCCAGAGGTGCATTTATTGTTCATGTGCCTTCTGCAATATATGTGTGGATTGGACAATGTTGCGAGG
GTACGATGGCTTCAGCAGCAAAGGCTTCTGCATCCCAAGTTGTAAGATATGAGCGAGCCCAGGGGCCAGTTATTCTTGTCTATGAAGGAAAAGAAAACCCTGAATTTTGGAATGCTCTCAGCAAGACCCCTATTCATTTAGACAAGCCTGGAATGGGTACACAGGAAGCTGAGGAACTTTTAAAAGTTCATGCAGAAGAA
TTTCGGCTTTCTGCCGGGAATAAGAGGGTAGAATCATATGATGTAGACTTTGAGTTGTTCCGAAGGGCAACTGTTGGAGGGGTTGTGCCCCCAGTTCCATCTTCAGGAGCTGTATCGGAAACTCGTCTACCTGCAAGAGAAAATGGTTGGGGAATTCTGCGTCGTCAATTTGAAGCAGGAAACATGAAAGAATTGGCAGC
TTCAAATACAGTTTCCCGGGCAGAAATGCAAAAAGATATCGAGCCTGCCAAGCAGGACATCAAACTCTCTTCCATGGATCTTTCAACATCTTCGTCTTCTCCTCAGTCTTCTCCAAGTTCTATTTCCTCAGATTCTAAATTTAGCTCAAAATCTCCTTCACCCTCTCCATCATCTCTTCCATTTACTCCCTCTTCCAGTT
CCTCTGTTTCTTGGTCCCCATCCTTTTCTTCTCATTCACAATCTCCAGTGCCAGATTCAATGGAAACTTTTGAGAGATCTGTGAATCCTTCGCAGATCAGTACAAAGACTTTTCCTTCAAAAGACTCTCCAGTGTCTTTGGCACAAAGAAGGGGGAGTGTTTCCCCTTCTTTACAAGTGCCAGTGTTAGGCAATAATTCT
TTTCTTAGTTCCAGAGTTTTGTTAAAAGGGATTCAAGTTCATCCTGCTGTTGACGAGAGGGAGACAGTTTGGAAGGAAGGAATTCAAAATTCTGGTGCGCAATATGATCTGCCTCATGAACCATGTGGTAGATCATGCTATGAGAGAGAAGATCATGGTTTAGACTCCTGTAATTCAAGGTTCCCAAAATTTGGCCTGAA
TACAGATGGTACCTGGGAAGGAAATTCAGTTAGTCCCGTTGGAGTTATGATTAATACTTGTATTGAAGACAATAAATCACCTTGTCCTATTAAGTCAGAGCAGAAGAATAGCTGTAAATGGACACGGCCAATGTTGTATGATTGGCCCAAGATAGAAAGCATAGACATGTTTGATGCAGATGATCTTGATTCTAGTTCAG
TTTTCCTTCTTTTAGTACCTAGACAAGGACATGAAGATCCACATTATTTGGAAGAAGTCTATGTGTGGGTGGGTTGTGATTTGGTTGCTGATAAACAAAGGAATGGGCTCAGCAGCATCAATGACGGGGGAGAAATAAGGGAAGTGTATTGGACACAAATTGGACATCAATTCCTTGAGCAAATGGCTTTAAAGAAGGAT
ACTCCTATCACGGTTGTTAAGGAGGGGGAAGAACCAGACAAGTTCTGGGCAAATTTTGTTAGTGGTTGAGTTCCTCAGCATGTACCATGGTTGTTGTCTAGgcaagtgcagtaaatgaatgaaaatgttattagtttaggatttttcccaaatgtagtttcatctgattggaaggatacacagaatctctttctcaaggt
aagattttgatctccatgcaatctaatgtccttcccccgcccccctccccccctcgttcctttgatttcatcctttattattgcatgtgtatgtctgatgttggatgtttatatgggttcacacgtatcattaatatagtgttatgtacctcacaatttttcctttatttgacatctgcaatttaatctaaatttttggc
ag
AATCTATGGCAAAAGTGATTTTGGTGTATATTACTGGCAATCGCCGACTTACTAGACTTTACTGAAGGAAAAAAACTGGAAAGCGGTTATGGTGACCCATTTTTAGTGATTCTGTTCCTTCATCAGTATGAAGATACAACTCAATTGTTGGAGAGAGATTGTTTCAACACCTAAGGTGTTATTTCAGGGATTTCCTTT
GTACTTACATTTGCAAAAAGAGAAGCAAATGGATCCTAGTTTCTCTCTTTATACCAAAAATGAAATGTATCTCCAACGGCCCAGTTTCTATAATTTCTTATGCTTACATGGAGACACTACAAATTGGCGAAGGGTTGTAACTTGACAATTGACATGAGTTGTTACTGGGAAACTACTGCATTTATATTTTTTGCCTCTTT
ATTGATTCTTTGAATTTTGTCCCCGTTCTAGGTGAACTTTAGAAGTTCATATGCACTCAGCTAGTTTCATGGTGGCCTTGAAACTATGCTTAGACATGCTTAGACCGTGTTCCAAATCTAACAGAAATATGAAAGCAGTTCTTCGAAAGGAACCTTCCATTTAGAAGGCTCTCAGTGTTTTTCCTAAGTCGTACATCTGT
TTCCTGTTTCTCTCAGTAAGGTTTCAAAATAGCTTCAAGTTATTTTCGGCACCTTCCAGGCCTTGTATGTTTAAAGTTTCATTTCAGAATGTTGCCTAGTTGTTCGTAAACATATCACCAACTATCGAATTTGCATAACTTAGCTACATATTGTCAACAGATTGTTGAGGTTTGCTTATGCTGCAAATGCTGTTAATAAA
CAAATTGTATGGGGCCAACCTCTGGTTTGACCTAAAGGCCACATGAAGAAATTACTAGGAATTGTAAACATTTGCTGTGCTTTTCCATGTGGAACAAACTTATGGCCATCCTGTGTGTACTGATGACTTTCTAACATTCAACTTTATATTAAAAATGAC