sp|O22042|M3K3_ARATH ----> Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3
Intron 1 GTACATCCTC ... TGCTTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.66 | 115.3 | 35.3 | 28 |
| A2 | 25.45 | 63.3 | 7.3 | 21 |
| A3 | 18.01 | 55.6 | 9.3 | 12 |
| A4 | 20.61 | 54.3 | 8.7 | 14 |
| A5 | 28.39 | 28 | 6.7 | 11 |
| A6 | 23.71 | 157.4 | 20 | 48 |
| A7 | 19.82 | 258.9 | 43.3 | 63 |
| A8 | 24.86 | 286.8 | 41 | 93 |
| A9 | 25.35 | 203.7 | 35.3 | 68 |
| A10 | 18.12 | 156.2 | 22.7 | 34 |
>TRINITY_DN124014_c1_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoformATTTTATTTTTCATTGAAATAATGTGTTTTAACATCATAACTTTGACTTATAAATTTCTTACTCCCCCATTTCCTCTGTTTTTTAAAGCACTCCATAATCCTTTGCTGTAATTTCATTTTTACTGAAAGGTGATGGGTGTTGTCTGACCAATTTTGTAATCATTGCTTAGGTCTGCAGATATATGGAGCGTTGGTTGTAC
TGTAATTGAAATGGCAACAGGAAAACCTCCATGGAGCCAGCAATTTCAAGAGGTAGCTGCATTGTTTCATATTGGGACAACAAAGTCACACCCACCGATTCCAGATCATCTCTCACCGGAGGCAAAAGATTTTCTACTGAAATGTTTGAAGAAAGAACCAAATTTGAGGCCCACTGCAACTGAATTGCTTCAGCATCCTT
TTGTTGTTGGCAACTACCGTGATACACATCCACTTGTTAGGTCCTCTGTTATGAGGGACTACCGAGATCCACCTCCTCTTGTTAGATCCTCTACTCTCGGACGCTACCGAGATCCACCTGCTTCTGTTAGGTCCTCTGCTCTGGAACGCTCTATGAATCTTTTACGCCAGTCAACTTCTTACATCAGAAACTCCTTTGAT
ATTAGTAGTATGCTAAGTACAACTAGAAGCATACAAGATATGCCAAATCTTGGGAGCGTGAGGAGCTCACTTGGAAGAGTATTTTCTGTACGGCAGTCAACTTTGAAAGGTATAGAAGCACCAAATTTGAGAAATGAGATGTCTAATAACTTCCCTTTGGAAGAGGATTTGAATTGTTCTGTACGGCTTGACTCGTTCAA
ATCGGATTGCTTTACAAAGAGTTTTAATCCTTTATCGGAGCCATCAGATGAAGATGAGTGGCAATGCAAATTCAGGGAAAGTGAGGATATAAGGGCTTCACGGGGACTTCGTAATATCATGCCTGAATCAACAATACATCGTGAGGCTCCTGTAAAAAATGAAAATGATTTTACGTTTCAATGTGCGCGTCCACTGTATG
ATGATGATGAAGAGGTTACTGAGTCTAAAATAAGAGCCTTTTTGGATGAGAAGGCTTTAGAACTGAAAAAGTTACAAACACCACTATATGAGGAGTTTTACAATACCATGAATGCAGCTCTAGATTCAGAAAATGACATTGGTGGAAGTGACAATGCTTTGACCCTTGTGAGATGCAAGTCACATAGTAAAGGTTCAAAT
GTTGCTTCACTTGACATGAGCAAACGTGATAGTGATGCAAGCATAAACTCAGGTAGTCCAGCAGGAGCTGCTTCTAGTGCTAATGTCAATCCACTAAGAGAGGTTCCCTCACCACGACTAAATGAATGGAATGGTGTCCAGGAAACTCAGAAAGCATCAGCCAGCCCTAGTTTGAGTTCCGAGCTTCAGAGAGCCTGGAA
AGAAGAGCTTTATCAGGAACTTGAGAGAAAGCGAGAAGAAATGAGGAAGCGTTTTGCAGCAAATAGTGGCAGGACATTGTCACCTAAAGGTAAATTGACGCAACGTCATAGGGACCATTTGGCTTGCCCCTCTCCAGCAAAATGAATTTCTATGGACCAAAGAAATTTCTCATCAATCAGTCCACCTCATTTTGTTGATC
AAGTCAAAGTGGTGAAATCAATCAAGAGCCTTTCTATGCAGTTGAAGAAGTCCTTACACTGCCTGCTGCATATAATGTAATTGTACATGGCTTGCCTAAGTTTTTCAGGAAGAGTTTCTCATTTGCATGTATCAGCAGGTCGTTGTGTATATGACTTATATGTATTAGATAACCGAGCAGTCACTGCTAATGATGCCTGC
TGCATATATTGGCAAGCATTTTGGTAAAATGGATTTCTTTGGTCACAGGCTAGCATTGTCTTTGTCAATTCTGGATGGCAGAGGAGTGGTGATTAAGGATTTATTTGTAACAAAGTGTGATTGTTCAAGTTATATTTGGCAATAAATAAATGTAATAAAGTTCTTAGACTGGAGAAAATATGTTTAAAGGTAACTACAAT
GGTGGAGCATGGCAATGTTTAGCGACGTAATGGAAGTAATTTGTTGTGCCTTTTGACCATTTGGATAGGTTATAGTCGTAGTTTGTAACATAGGTATCAAATTTTGAATGTTGTATGTGGTTTAATAAGGTATCAGGATTGCTTGCTGTCAATTGTCCCAGTTACTGTCACCAAATTTAGCTATAATATGAG
>TRINITY_DN124014_c1_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAAAGTCTTAATAACAATTATTTCCCACTCGAAACACGAAGAATCTGGTCCCTTAGATACGGGAATCCAACGGCGAAGATGGCCCCAGCGGATGACCGTTAATGCCGCAGCAAATTCAAATGCAAAGGAAGGCAATCTCTTTGGTTTCTCTTCTCGCATTTCTCCTCTGTTTCTCATCATTGTGATCTTCAAACCTCCAT
ATTTCATCACGCGGAATCCACTCAGACCAAGCCCTTTCCAGTTGCATTCGATCGAAATATTCCGATCGTCAATAGAACGCAGTGATTTGCCATTAGTCTTGCAGAAACTGGTGCAATCGGAGCTCCTGAGGTTTGATACCGGTTCGTGGATTGGGCACAGTTTGTCCCATCTGGGCATGATCAGAATTAGGGTTATATGA
AGTGTTAAAACATGCAGGACGGATATGGGTCTTTCAGGAGTTCATTGGTGTTCAGGAGCCCTGAGGTCAACAATGGAGGTTTTGGGCGCGGGATGAATTCGAGTTTCAGGTCGCCTCGGGCGAGTTCTGTTTATAAAATGACTAGGGAAAGCGGTTGCCCGGCTATTAGGTGGAAGAAAGGGGAGCTTATTGGCTCTGGG
GCTTACGGGAGGGTTTATATGGGCATGAATTTGGACTCTGGGGAGCTTTTGGCTGTCAAGCAGGTTTTGATTGCTGCTAACAACGGATCAAAGGAGAAGGCTCAGGCTCATATCAGAGAGCTTGAGGAGGAGGTTAAATTGCTTCGGAACTTATCCCATCCAAACATAGTGCGATATCTGGGAACTGCTAGAGAAGAGGA
AGCTTTGAATATCCTTCTGGAGTTTGTTCCTGGTGGATCTATTTCTTCTCTTCTTGGCAAATTTGGTTCTTTCACAGAGCCGGTTATTAGAATGTACACAAAACAACTTCTCCAGGGGCTCGAATATCTCCATAAGAATGGTATCATGCACAGAGATATCAAGGGGGCAAATATTCTCGTGGACAACAAGGGCTGTATTA
AGTTAGCAGACTTTGGTGCATCCAAGCAAGTGGTTGAGCTGGCAACAGTCTCTGGGGCAAAGTCAATGAAGGGAACACCATATTGGATGGCACCTGAAGTCATTCGTCAAACTGGACATGGCCTGTCTGCAGATATATGGAGCGTTGGTTGTACTGTAATTGAAATGGCAACAGGAAAACCTCCATGGAGCCAGCAATTT
CAAGAGGTAGCTGCATTGTTTCATATTGGGACAACAAAGTCACACCCACCGATTCCAGATCATCTCTCACCGGAGGCAAAAGATTTTCTACTGAAATGTTTGAAGAAAGAACCAAATTTGAGGCCCACTGCAACTGAATTGCTTCAGCATCCTTTTGTTGTTGGCAACTACCGTGATACACATCCACTTGTTAGGTCCTC
TGTTATGAGGGACTACCGAGATCCACCTCCTCTTGTTAGATCCTCTACTCTCGGACGCTACCGAGATCCACCTGCTTCTGTTAGGTCCTCTGCTCTGGAACGCTCTATGAATCTTTTACGCCAGTCAACTTCTTACATCAGAAACTCCTTTGATATTAGTAGTATGCTAAGTACAACTAGAAGCATACAAGATATGCCAA
ATCTTGGGAGCGTGAGGAGCTCACTTGGAAGAGTATTTTCTGTACGGCAGTCAACTTTGAAAGGTATAGAAGCACCAAATTTGAGAAATGAGATGTCTAATAACTTCCCTTTGGAAGAGGATTTGAATTGTTCTGTACGGCTTGACTCGTTCAAATCGGATTGCTTTACAAAGAGTTTTAATCCTTTATCGGAGCCATCA
GATGAAGATGAGTGGCAATGCAAATTCAGGGAAAGTGAGGATATAAGGGCTTCACGGGGACTTCGTAATATCATGCCTGAATCAACAATACATCGTGAGGCTCCTGTAAAAAATGAAAATGATTTTACGTTTCAATGTGCGCGTCCACTGTATGATGATGATGAAGAGGTTACTGAGTCTAAAATAAGAGCCTTTTTGGA
TGAGAAGGCTTTAGAACTGAAAAAGTTACAAACACCACTATATGAGGAGTTTTACAATACCATGAATGCAGCTCTAGATTCAGAAAATGACATTGGTGGAAGTGACAATGCTTTGACCCTTGTGAGATGCAAGTCACATAGTAAAGGTTCAAATGTTGCTTCACTTGACATGAGCAAACGTGATAGTGATGCAAGCATAA
ACTCAGGTAGTCCAGCAGGAGCTGCTTCTAGTGCTAATGTCAATCCACTAAGAGAGGTTCCCTCACCACGACTAAATGAATGGAATGGTGTCCAGGAAACTCAGAAAGCATCAGCCAGCCCTAGgtacatcctctgatcaattatgtaaatgctcatttgggtgtgaacgtgtgttgtacatatgttcaaatcaatgtat
atgttgtatacacatgcagtggtttgtcagatggctttattgtatgtgttgtatacacacacagtggtttgtcagatggctttagagtcgatagttgtatgtctgtctctgtatgcacttctcagttacttggtttgaggaaacttttgtacatgctcatttgatggagttgtttgacttgtactaattgatttcgtccg
acttgctaaatagtcgatttgtttctttttaaaatattgttatctatctactaaaactttaagtgctttgtagTTTGAGTTCCGAGCTTCAGAGAGCCTGGAAAGAAGAGCTTTATCAGGAACTTGAGAGAAAGCGAGAAGAAATGAGGAAGCGTTTTGCAGCAAATAGTGGCAGGACATTGTCACCTAAAGGTAAATTG
ACGCAACGTCATAGGGACCATTTGGCTTGCCCCTCTCCAGCAAAATGAATTTCTATGGACCAAAGAAATTTCTCATCAATCAGTCCACCTCATTTTGTTGATCAAGTCAAAGTGGTGAAATCAATCAAGAGCCTTTCTATGCAGTTGAAGAAGTCCTTACACTGCCTGCTGCATATAATGTAATTGTACATGGCTTGCCT
AAGTTTTTCAGGAAGAGTTTCTCATTTGCATGTATCAGCAGGTCGTTGTGTATATGACTTATATGTATTAGATAACCGAGCAGTCACTGCTAATGATGCCTGCTGCATATATTGGCAAGCATTTTGGTAAAATGGATTTCTTTGGTCACAGGCTAGCATTGTCTTTGTCAATTCTGGATGGCAGAGGAGTGGTGATTAAG
GATTTATTTGTAACAAAGTGTGATTGTTCAAGTTATATTTGGCAATAAATAAATGTAATAAAGTTCTTAGACTGGAGAAAATATGTTTAAAGGTAACTACAATGGTGGAGCATGGCAATGTTTAGCGACGTAATGGAAGTAATTTGTTGTGCCTTTTGACCATTTGGATAGGTTATAGTCGTAGTTTGTAACATAGGTAT
CAAATTTTGAATGTTGTATGTGGTTTAATAAGGTATCAGGATTGCTTGCTGTCAATTGTCCCAGTTACTGTCACCAAATTTAGCTATAATATGAG
Intron 2 GTAAGTTATT ... TTTAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.26 | 63 | 7.6 | 30 |
| A2 | 40.43 | 56 | 4.4 | 38 |
| A3 | 20.34 | 47 | 6.8 | 12 |
| A4 | 36.08 | 62 | 5.2 | 35 |
| A5 | 29.73 | 26 | 2.4 | 11 |
| A6 | 24.44 | 34 | 4.6 | 11 |
| A7 | 23.48 | 88 | 9.2 | 27 |
| A8 | 26.88 | 68 | 8.6 | 25 |
| A9 | 30.56 | 75 | 10 | 33 |
| A10 | 18.99 | 64 | 9.6 | 15 |
>TRINITY_DN124014_c1_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoformATTTTATTTTTCATTGAAATAATGTGTTTTAACATCATAACTTTGACTTATAAATTTCTTACTCCCCCATTTCCTCTGTTTTTTAAAGCACTCCATAATCCTTTGCTGTAATTTCATTTTTACTGAAAGGTGATGGGTGTTGTCTGACCAATTTTGTAATCATTGCTTAGGTCTGCAGATATATGGAGCGTTGGTTGTAC
TGTAATTGAAATGGCAACAGGAAAACCTCCATGGAGCCAGCAATTTCAAGAGGTAGCTGCATTGTTTCATATTGGGACAACAAAGTCACACCCACCGATTCCAGATCATCTCTCACCGGAGGCAAAAGATTTTCTACTGAAATGTTTGAAGAAAGAACCAAATTTGAGGCCCACTGCAACTGAATTGCTTCAGCATCCTT
TTGTTGTTGGCAACTACCGTGATACACATCCACTTGTTAGGTCCTCTGTTATGAGGGACTACCGAGATCCACCTCCTCTTGTTAGATCCTCTACTCTCGGACGCTACCGAGATCCACCTGCTTCTGTTAGGTCCTCTGCTCTGGAACGCTCTATGAATCTTTTACGCCAGTCAACTTCTTACATCAGAAACTCCTTTGAT
ATTAGTAGTATGCTAAGTACAACTAGAAGCATACAAGATATGCCAAATCTTGGGAGCGTGAGGAGCTCACTTGGAAGAGTATTTTCTGTACGGCAGTCAACTTTGAAAGGTATAGAAGCACCAAATTTGAGAAATGAGATGTCTAATAACTTCCCTTTGGAAGAGGATTTGAATTGTTCTGTACGGCTTGACTCGTTCAA
ATCGGATTGCTTTACAAAGAGTTTTAATCCTTTATCGGAGCCATCAGATGAAGATGAGTGGCAATGCAAATTCAGGGAAAGTGAGGATATAAGGGCTTCACGGGGACTTCGTAATATCATGCCTGAATCAACAATACATCGTGAGGCTCCTGTAAAAAATGAAAATGATTTTACGTTTCAATGTGCGCGTCCACTGTATG
ATGATGATGAAGAGGTTACTGAGTCTAAAATAAGAGCCTTTTTGGATGAGAAGGCTTTAGAACTGAAAAAGTTACAAACACCACTATATGAGGAGTTTTACAATACCATGAATGCAGCTCTAGATTCAGAAAATGACATTGGTGGAAGTGACAATGCTTTGACCCTTGTGAGATGCAAGTCACATAGTAAAGGTTCAAAT
GTTGCTTCACTTGACATGAGCAAACGTGATAGTGATGCAAGCATAAACTCAGGTAGTCCAGCAGGAGCTGCTTCTAGTGCTAATGTCAATCCACTAAGAGAGGTTCCCTCACCACGACTAAATGAATGGAATGGTGTCCAGGAAACTCAGAAAGCATCAGCCAGCCCTAGTTTGAGTTCCGAGCTTCAGAGAGCCTGGAA
AGAAGAGCTTTATCAGGAACTTGAGAGAAAGCGAGAAGAAATGAGGAAGCGTTTTGCAGCAAATAGTGGCAGGACATTGTCACCTAAAGGTAAATTGACGCAACGTCATAGGGACCATTTGGCTTGCCCCTCTCCAGCAAAATGAATTTCTATGGACCAAAGAAATTTCTCATCAATCAGTCCACCTCATTTTGTTGATC
AAGTCAAAGTGGTGAAATCAATCAAGAGCCTTTCTATGCAGTTGAAGAAGTCCTTACACTGCCTGCTGCATATAATGTAATTGTACATGGCTTGCCTAAGTTTTTCAGGAAGAGTTTCTCATTTGCATGTATCAGCAGGTCGTTGTGTATATGACTTATATGTATTAGATAACCGAGCAGTCACTGCTAATGATGCCTGC
TGCATATATTGGCAAGCATTTTGGTAAAATGGATTTCTTTGGTCACAGGCTAGCATTGTCTTTGTCAATTCTGGATGGCAGAGGAGTGGTGATTAAGGATTTATTTGTAACAAAGTGTGATTGTTCAAGTTATATTTGGCAATAAATAAATGTAATAAAGTTCTTAGACTGGAGAAAATATGTTTAAAGGTAACTACAAT
GGTGGAGCATGGCAATGTTTAGCGACGTAATGGAAGTAATTTGTTGTGCCTTTTGACCATTTGGATAGGTTATAGTCGTAGTTTGTAACATAGGTATCAAATTTTGAATGTTGTATGTGGTTTAATAAGGTATCAGGATTGCTTGCTGTCAATTGTCCCAGTTACTGTCACCAAATTTAGCTATAATATGAG
>TRINITY_DN124014_c1_g2_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCAACTTCTTACATCAGAAACTCgtaagttattaccatatcaagttctttataatagttcatttatagaacatatgaagtctaatccagttattggatgtaaagatgatttttttaaagctgtttgggcatttttgaaggaatctctataagagatttctgattgagcacttgtcttaagatttacatttggcatcattc
cttttcttgtcatgttgcacttttacttgtagctactttgatttagttctttttatttcattagcaaatgcttactcatattactagtgaagctaggatcaatgtttgtgccttgacccttactttatttcaatcaaagatgcacccttctttaatgcagCTTTGATATTAGTAGTATGCTAAGTACAACTAGAAGCATA
CAAGATATGCCAAATCTTGGGAGCGTGAGGAGCTCACTTGGAAGAGTATTTTCTGTACGGCAGTCAACTTTGAAAGGTATAGAAGCACCAAATTTGAGAAATGAGATGTCTAATAACTTCCCTTTGGAAGAGGATTTGAATTGTTCTGTACGGCTTGACTCGTTCAAATCGGATTGCTTTACAAAGGTGGGTTCACTTGT
CATAAGTGTCTGTTTTCACTAAACTAATGAGTTTCTTGTGATCAACTAGATAATGCTATACACACTTCTAAATATTGATTGCCTTGTATGGTGTTGATTATAGAGTTTTAATCCTTTATCGGAGCCATCAGATGAAGATGAGTGGCAATGCAAATTCAGGGAAAGTGAGGATATAAGGGCTTCACGGGGACTTCGTAATA
TCATGCCTGAATCAACAATACATCGTGAGGCTCCTGTAAAAAATGAAAATGATTTTACGTTTCAATGTGCGCGTCCACTGTATGATGATGATGAAGAGGTTACTGAGTCTAAAATAAGAGCCTTTTTGGATGAGAAGGCTTTAGAACTGAAAAAGTTACAAACACCACTATATGAGGAGTTTTACAATACCATGAATGCA
GCTCTAGATTCAGAAAATGACATTGGTGGAAGTGACAATGCTTTGACCCTTGTGAGATGCAAGTCACATAGTAAAGGTTCAAATGTTGCTTCACTTGACATGAGCAAACGTGATAGTGATGCAAGCATAAACTCAGGTAGTCCAGCAGGAGCTGCTTCTAGTGCTAATGTCAATCCACTAAGAGAGGTTCCCTCACCACG
ACTAAATGAATGGAATGGTGTCCAGGAAACTCAGAAAGCATCAGCCAGCCCTAGTTTGAGTTCCGAGCTTCAGAGAGCCTGGAAAGAAGAGCTTTATCAGGAACTTGAGAGAAAGCGAGAAGAAATGAGGAAGCGTTTTGCAGCAAATAGTGGCAGGACATTGTCACCTAAAGGTAAATTGACGCAACGTCATAGGGACC
ATTTGGCTTGCCCCTCTCCAGCAAAATGAATTTCTATGGACCAAAGAAATTTCTCATCAATCAGTCCACCTCATTTTGTTGATCAAGTCAAAGTGGTGAAATCAATCAAGAGCCTTTCTATGCAGTTGAAGAAGTCCTTACACTGCCTGCTGCATATAATGTAATTGTACATGGCTTGCCTAAGTTTTTCAGGAAGAGTT
TCTCATTTGCATGTATCAGCAGGTCGTTGTGTATATGACTTATATGTATTAGATAACCGAGCAGTCACTGCTAATGATGCCTGCTGCATATATTGGCAAGCATTTTGGTAAAATGGATTTCTTTGGTCACAGGCTAGCATTGTCTTTGTCAATTCTGGATGGCAGAGGAGTGGTGATTAAGGATTTATTTGTAACAAAGT
GTGATTGTTCAAGTTATATTTGGCAATAAATAAATGTAATAAAGTTCTTAGACTGGAGAAAATATGTTTAAAGGTAACTACAATGGTGGAGCATGGCAATGTTTAGCGACGTAATGGAAGTAATTTGTTGTGCCTTTTGACCATTTGGATAGGTTATAGTCGTAGTTTGTAACATAGGTATCAAATTTTGAATGTTGTAT
GTGGTTTAATAAGGTATCAGGATTGCTTGCTGTCAATTGTCCCAGTTACTGTCACCAAATTTAGCTATAATATGAG
Intron 3 GTGAGTTATT ... TGTCATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 8.97 | 122.4 | 10 | 0 |
| A2 | 13.91 | 102.6 | 14 | 0 |
| A3 | 13.04 | 126.6 | 17 | 1 |
| A4 | 26.56 | 103.8 | 35 | 0 |
| A5 | 15.64 | 62.4 | 10 | 0 |
| A6 | 13.7 | 58.2 | 8 | 0 |
| A7 | 10.99 | 151.2 | 14 | 0 |
| A8 | 19.47 | 55.2 | 12 | 0 |
| A9 | 12.42 | 112.2 | 13 | 0 |
| A10 | 12.19 | 142 | 16 | 0 |
>TRINITY_DN124014_c1_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoformCAAAGTCTTAATAACAATTATTTCCCACTCGAAACACGAAGAATCTGGTCCCTTAGATACGGGAATCCAACGGCGAAGATGGCCCCAGCGGATGACCGTTAATGCCGCAGCAAATTCAAATGCAAAGGAAGGCAATCTCTTTGGTTTCTCTTCTCGCATTTCTCCTCTGTTTCTCATCATTGTGATCTTCAAACCTCCAT
ATTTCATCACGCGGAATCCACTCAGACCAAGCCCTTTCCAGTTGCATTCGATCGAAATATTCCGATCGTCAATAGAACGCAGTGATTTGCCATTAGTCTTGCAGAAACTGGTGCAATCGGAGCTCCTGAGGTTTGATACCGGTTCGTGGATTGGGCACAGTTTGTCCCATCTGGGCATGATCAGAATTAGGGTTATATGA
AGTGTTAAAACATGCAGGACGGATATGGGTCTTTCAGGAGTTCATTGGTGTTCAGGAGCCCTGAGGTCAACAATGGAGGTTTTGGGCGCGGGATGAATTCGAGTTTCAGGTCGCCTCGGGCGAGTTCTGTTTATAAAATGACTAGGGAAAGCGGTTGCCCGGCTATTAGGTGGAAGAAAGGGGAGCTTATTGGCTCTGGG
GCTTACGGGAGGGTTTATATGGGCATGAATTTGGACTCTGGGGAGCTTTTGGCTGTCAAGCAGGTTTTGATTGCTGCTAACAACGGATCAAAGGAGAAGGCTCAGGCTCATATCAGAGAGCTTGAGGAGGAGGTTAAATTGCTTCGGAACTTATCCCATCCAAACATAGTGCGATATCTGGGAACTGCTAGAGAAGAGGA
AGCTTTGAATATCCTTCTGGAGTTTGTTCCTGGTGGATCTATTTCTTCTCTTCTTGGCAAATTTGGTTCTTTCACAGAGCCGGTTATTAGAATGTACACAAAACAACTTCTCCAGGGGCTCGAATATCTCCATAAGAATGGTATCATGCACAGAGATATCAAGGGGGCAAATATTCTCGTGGACAACAAGGGCTGTATTA
AGTTAGCAGACTTTGGTGCATCCAAGCAAGTGGTTGAGCTGGCAACAGTCTCTGGGGCAAAGTCAATGAAGGGAACACCATATTGGATGGCACCTGAAGTCATTCGTCAAACTGGACATGGCCTGTCTGCAGATATATGGAGCGTTGGTTGTACTGTAATTGAAATGGCAACAGGAAAACCTCCATGGAGCCAGCAATTT
CAAGAGGTAGCTGCATTGTTTCATATTGGGACAACAAAGTCACACCCACCGATTCCAGATCATCTCTCACCGGAGGCAAAAGATTTTCTACTGAAATGTTTGAAGAAAGAACCAAATTTGAGGCCCACTGCAACTGAATTGCTTCAGCATCCTTTTGTTGTTGGCAACTACCGTGATACACATCCACTTGTTAGGTCCTC
TGTTATGAGGGACTACCGAGATCCACCTCCTCTTGTTAGATCCTCTACTCTCGGACGCTACCGAGATCCACCTGCTTCTGTTAGGTCCTCTGCTCTGGAACGCTCTATGAATCTTTTACGCCAGTCAACTTCTTACATCAGAAACTCCTTTGATATTAGTAGTATGCTAAGTACAACTAGAAGCATACAAGATATGCCAA
ATCTTGGGAGCGTGAGGAGCTCACTTGGAAGAGTATTTTCTGTACGGCAGTCAACTTTGAAAGGTATAGAAGCACCAAATTTGAGAAATGAGATGTCTAATAACTTCCCTTTGGAAGAGGATTTGAATTGTTCTGTACGGCTTGACTCGTTCAAATCGGATTGCTTTACAAAGAGTTTTAATCCTTTATCGGAGCCATCA
GATGAAGATGAGTGGCAATGCAAATTCAGGGAAAGTGAGGATATAAGGGCTTCACGGGGACTTCGTAATATCATGCCTGAATCAACAATACATCGTGAGGCTCCTGTAAAAAATGAAAATGATTTTACGTTTCAATGTGCGCGTCCACTGTATGATGATGATGAAGAGGTTACTGAGTCTAAAATAAGAGCCTTTTTGGA
TGAGAAGGCTTTAGAACTGAAAAAGTTACAAACACCACTATATGAGGAGTTTTACAATACCATGAATGCAGCTCTAGATTCAGAAAATGACATTGGTGGAAGTGACAATGCTTTGACCCTTGTGAGATGCAAGTCACATAGTAAAGGTTCAAATGTTGCTTCACTTGACATGAGCAAACGTGATAGTGATGCAAGCATAA
ACTCAGGTAGTCCAGCAGGAGCTGCTTCTAGTGCTAATGTCAATCCACTAAGAGAGGTTCCCTCACCACGACTAAATGAATGGAATGGTGTCCAGGAAACTCAGAAAGCATCAGCCAGCCCTAGTTTGAGTTCCGAGCTTCAGAGAGCCTGGAAAGAAGAGCTTTATCAGGAACTTGAGAGAAAGCGAGGTAACCCTTTT
CTTTGAAAGATGCACTTGCTTTTTTGACATGCAAGTTATTGTTGTATTCTATAGAATTTTGCCTTTATACAAGAATCCAGTATATGGCATCCTTTTGATGAATACTTTCCTGCAGAAGAAATGAGGAAGCGTTTTGCAGCAAATAGTGGCAGGACATTGTCACCTAAAGGTAAATTGACGCAACGTCATAGGGACCATTT
GGCTTGCCCCTCTCCAGCAAAATGAATTTCTATGGACCAAAGAAATTTCTCATCAATCAGTCCACCTCATTTTGTTGATCAAGTCAAAGTGGTGAAATCAATCAAGAGCCTTTCTATGCAGTTGAAGAAGTCCTTACACTGCCTGCTGCATATAATGTAATTGTACATGGCTTGCCTAAGTTTTTCAGGAAGAGTTTCTC
ATTTGCATGTATCAGCAGGTCGTTGTGTATATGACTTATATGTATTAGATAACCGAGCAGTCACTGCTAATGATGCCTGCTGCATATATTGGCAAGCATTTTGGTAAAATGGATTTCTTTGGTCACAGGCTAGCATTGTCTTTGTCAATTCTGGATGGCAGAGGAGTGGTGATTAAGGATTTATTTGTAACAAAGTGTGA
TTGTTCAAGTTATATTTGGCAATAAATAAATGTAATAAAGTTCTTAGACTGGAGAAAATATGTTTAAAGGTAACTACAATGGTGGAGCATGGCAATGTTTAGCGACGTAATGGAAGTAATTTGTTGTGCCTTTTGACCATTTGGATAGGTTATAGTCGTAGTTTGTAACATAGGTATCAAATTTTGAATGTTGTATGTGG
TTTAATAAGGTATCAGGATTGCTTGCTGTCAATTGTCCCAGTTACTGTCACCAAATTTAGCTATAATATGAG
>TRINITY_DN124014_c1_g2_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAAAGTCTTAATAACAATTATTTCCCACTCGAAACACGAAGAATCTGGTCCCTTAGATACGGGAATCCAACGGCGAAGATGGCCCCAGCGGATGACCGTTAATGCCGCAGCAAATTCAAATGCAAAGGAAGGCAATCTCTTTGGTTTCTCTTCTCGCATTTCTCCTCTGTTTCTCATCATTGTGATCTTCAAACCTCCAT
ATTTCATCACGCGGAATCCACTCAGACCAAGCCCTTTCCAGTTGCATTCGATCGAAATATTCCGATCGTCAATAGAACGCAGTGATTTGCCATTAGTCTTGCAGAAACTGGTGCAATCGGAGCTCCTGAGGTTTGATACCGGTTCGTGGATTGGGCACAGTTTGTCCCATCTGGGCATGATCAGAATTAGGGTTATATGA
AGTGTTAAAACATGCAGGACGGATATGGGTCTTTCAGGAGTTCATTGGTGTTCAGGAGCCCTGAGGTCAACAATGGAGGTTTTGGGCGCGGGATGAATTCGAGTTTCAGGTCGCCTCGGGCGAGTTCTGTTTATAAAATGACTAGGGAAAGCGGTTGCCCGGCTATTAGGTGGAAGAAAGGGGAGCTTATTGGCTCTGGG
GCTTACGGGAGGGTTTATATGGGCATGAATTTGGACTCTGGGGAGCTTTTGGCTGTCAAGCAGgtgagttattaataattttgtaaagcgattttaatggctgggcctagtttggatctgggcttttgttggaaaatctcagttttgaattcagttgttgatgggtttcgccgagaacctggattttaataaggttttta
aaggtctaaggttttggaagattccaactctcgtttgagtttttgattttttgtggtaaaactctgtcatgcagGTTTTGATTGCTGCTAACA
Intron 4 GTATCCTTTA ... AAATATCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 52.38 | 20 | 22 | 0 |
| A2 | 55 | 18 | 22 | 7 |
| A3 | 56.41 | 17 | 22 | 3 |
| A4 | 52 | 12 | 13 | 3 |
| A5 | 57.58 | 14 | 19 | 1 |
| A6 | 50 | 82 | 82 | 2 |
| A7 | 52.87 | 74 | 83 | 23 |
| A8 | 52.29 | 73 | 80 | 10 |
| A9 | 51.98 | 97 | 105 | 16 |
| A10 | 55.17 | 39 | 48 | 3 |
>TRINITY_DN42202_c0_g1_i8 from sample A9 / Example spliced isoformGTGGGAGTGACACTCAACGGTGAGGCGATTTTGATTCACTCTTTCAGTGGTTCCAACTATATTTTGACGTTGAAATATCTGCTGCAATATAACTCTGTAAGGGTTTTGCAAGGGTTTTATACAGTAAGCTCGCATTGGAAGCCTCTGTTTCTTAAAAATGGGCTTGACTGCCATCACAGAGCGGGACGGAGAACCCCGTT
TGGATACAGAAAGCGGCGAAGAGACCAGACATGTACAGCCGCAGACCGCAATAGTGCTGGGGAATCGGACCCCGGAGCAACTTGGAACGCTCTACGTCACAACAAAGAGATTAATTTGGCTGAGCGACGTAGACAAACAGAAGGGCTATGGCGTCGATTTCTTATCAATTTCTCTGCATGCTGTTTCCAGAGATCCCGAG
GCATACCCACTTCCTTGCATTTATGCACAGATTGAGACTGCAGAATCAGATGGCTATGGAGATGAGTTGGAGGAGAATTCAACAAATGGTGAAAACATAGATCTGTCACAGGTTACTGAGATACGTCTTGTTCCGTCTGATCCAAGCACACATGCCTGTATACTGAGCAACCATCATGAGGTTTCTGACATTGTGAATTA
TGACCTTGTGTTGTGCGCCTGTGCAGAATTAAACCCTGAACCAGATGGAGAGCTAGAGGGGGAAGGTGACTGGATATTCAGTGTGGAGGATATGATGAATTCAAATCTAGGTGCAGTAAATGGCATTTCAGTGCACAATGGCGAAGGTGATTGGGAATACGAGGAAGAGGAGTTGGATAACCATATTGGTCATTCCAACG
GCTTGGCTCATAGCCTACATGAGAATATTTTAGAGCTTCAAATTGATGATGCACGTTTTGAGGATGCATTGGAGCCAGAAGATGAAGTACAAAGATCCAGGACTTAAAATTGAGAGTTATCTAACATGTTGAAAACCAGATAAGCGTAAAAACAAACCGAGGATATTATGACAGTACATGGAAGACTTCATTTGTTTCTC
ATACGGCAGTTTCAAAGCACGTACAATAAAATGTTTAACTTATATGTGATATTCTATGCGATCTGTAATAACCTGTCCTATTACTTACGCTGGTTGTCTTTGTGCTTATTGAAGTTATAGGACACAATACTGGAAAGGTGTTTTTACCTTTTTACCTTATGTGCATAGCCCTCAGCTTCAATACTAGGTTTAGTTACAAA
TGGCCTGGCCAGGATGGTTAGCATTGGTTAGCCATAATGAAGTTTGATTAGCCCCATTTTGAGATTATAACTATAGTTAGTTAATCCAATCTGACTATTTTCCCAATGGGCAGAGTTATTGTTAGGTCTCCTAGAGAGAGGAGATTCAGATTGTGATCTTATTTTAGGCTTGACAGTTTCACCCCAAATATGACCGAAGA
CTTCATAGCTTGTTCAACGAGTTTTTTTGCTAATTTTGGTTCACATTTGCATCATTATTTTAGAGTATTTTTTATATCCTAGTTCTTCACATTTTTGTTTTACTTTACTATTTTAGAATATTTTAAACAAGGTTCGCTGAACACTCCGATGGGGGAAAGCATTGGAAGGTTCTTATGTTTTTGAAGAGTTCTCCATGGAT
ATATCAAAATGAGCAAGGATACAAGATTTGGAGTTAAGATTTATACCTGTTCAAGTTGGT
>TRINITY_DN42202_c0_g1_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:GTGGGAGTGACACTCAACGGTGAGGCGATTTTGATTCACTCTTTCAGTGGTTCCAACTATATTTTGACGTTGAAATATCTGCTGCAATATAACTCTGTAAGGGTTTTGCAAGGGTTTTATACAGTAAGCTCGCATTGGAAGCCTCTGTTTCTTAAAAATGGGCTTGACTGCCATCACAGAGCGGGACGGAGAACCCCGTT
TGGATACAGAAAGCGGCGAAGAGACCAGACATGTACAGCCGCAGACCGCAATAGTGCTGGGGAATCGGACCCCGGAGCAACTTGGAACGCTCTACGTCACAACAAAGAGATTAATTTGGCTGAGCGACGTAGACAAACAGAAGGGCTATGGCGTCGATTTCTTATCAATTTCTCTGCATGCTGTTTCCAGAGATCCCGAG
GCATACCCACTTCCTTGCATTTATGCACAGATTGAGACTGCAGAATCAGATGGCTATGGAGATGAGTTGGAGGAGAATTCAACAAATGGTGAAAACATAGATCTGTCACAGGTTACTGAGATACGTCTTGTTCCGTCTGATCCAAGCACACgtatcctttaacattcaagttttcatgaatgccaagtattggtctcttc
agtttttaattttatattttgagctcttcaaattgttttattctgtatgtctttcagagccaaatgaacagaattttattcaagcttgaatgatttgaaaatttagtacgtcatttctaaaggaacatgtaactctctctagttaaccttaaaagacattttacattgccaatatccatctcttcttggtaatgattaaa
cttgacacacactaactagtacagagttttgctcctcccctcccgcgtttcttaatttttactgtttactgttaacttcactatttcatacattctggtctttgtaagtgatgttttagaatgctaattattatatttaggagttttgcatttgactgtcttgttgtaaacatggggctaggtaagtattgcatcttttc
atgaatatggtagaattttataacttttaagcagggaaggaaaatgctaaatatttgatttgtgtgtataataaggcgctgagtttttacatgcaggcttaagaaggaattgcctctgcttagtgcagatttttattttcagttaaaacttaaaattcagaccaatcatagaatgctgtattaaatgttaagaaattaat
tgcttctatattttgagctactgttcagatatgcagcaatgtgccagcctgccaggcaaaattttcatttgtgtattaaatcaagtacacaatttttgttgtggtcctttaaaccgtttatttcttactgcatttcacgcttcagccttatatttcattacatgttatctgtgtatgtgttttgatgcaagcaacaaagt
tcgcaactttttggactttgaatagtctcatggtagtgttttttgggataagaggactgactttatctcattctgttatttttagcaactaatgcatcatttaattttttaacttcctttttgacctactaaaattttgaaatatccagATGCCTGTATACTGAGCAACCATCATGAGGTTTCTGACATTGTGAATTATG
ACCTTGTAAGTTTATTGTTTCTTCATTTTTGGAAACAGTGCTACACAATCTATTAAAGTTCAGCATTTGCTACTTCTGTCCCCGCTTTCTCCTCAATGTAATTAAATGCACATTTAAGGATAATTTTTAAGGTTAATACTCTTTTTCTTTTGTTTCTAAGATTCAGAAAAATACTCTCATTTCCAATGTTGCATGTGGCA
TTTTTACTTAATGTTACATTCTTTTGTTTGTCTTCAACTTCTGAACTCATATTTTCTTTACTTTTCAAAAATCACTTAAAAATGCACAGTGCGGTCTGGGGGTTTTTGTTCTTAACCAGTTTCCTTGACATAATCTATTTGCTAAAAGTGGATATTCTCTTTAAGGTGTTGTGCGCCTGTGCAGAATTAAACCCTGAACC
AGATGGAGAGCTAGAGGGGGAAGGTGACTGGATATTCAGTGTGGAGGATATGATGAATTCAAATCTAGGTGCAGTAAATGGCATTTCAGTGCACAATGGCGAAGGTGATTGGGAATACGAGGAAGAGGAGTTGGATAACCATATTGGTCATTCCAACGGCTTGGCTCATAGCCTACATGAGAATATTTTAGAGCTTCAAA
TTGATGATGCACGTTTTGAGGATGCATTGGAGCCAGAAGATGAAGTACAAAGATCCAGGACTTAAAATTGAGAGTTATCTAACATGTTGAAAACCAGATAAGCGTAAAAACAAACCGAGGATATTATGACAGTACATGGAAGACTTCATTTGTTTCTCATACGGCAGTTTCAAAGCACGTACAATAAAATGTTTAACTTA
TATGTGATATTCTATGCGATCTGTAATAACCTGTCCTATTACTTACGCTGGTTGTCTTTGTGCTTATTGAAGTTATAGGACACAATACTGGAAAGGTGTTTTTACCTTTTTACCTTATGTGCATAGCCCTCAGCTTCAATACTAGGTTTAGTTACAAATGGCCTGGCCAGGATGGTTAGCATTGGTTAGCCATAATGAAG
TTTGATTAGCCCCATTTTGAGATTATAACTATAGTTAGTTAATCCAATCTGACTATTTTCCCAATGGGCAGAGTTATTGTTAGGTCTCCTAGAGAGAGGAGATTCAGATTGTGATCTTATTTTAGGCTTGACAGTTTCACCCCAAATATGACCGAAGACTTCATAGCTTGTTCAACGAGTTTTTTTGCTAATTTTGGTTC
ACATTTGCATCATTATTTTAGAGTATTTTTTATATCCTAGTTCTTCACATTTTTGTTTTACTTTACTATTTTAGAATATTTTAAACAAGGTTCGCTGAACACTCCGATGGGGGAAAGCATTGGAAGGTTCTTATGTTTTTGAAGAGTTCTCCATGGATATATCAAAATGAGCAAGGATACAAGATTTGGAGTTAAGATTT
ATACCTGTTCAAGTTGGT
Intron 5 GTAACCCTTT ... TTTCCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.1 | 80.8 | 13.8 | 20 |
| A2 | 8.73 | 74.4 | 6.6 | 7 |
| A3 | 20.17 | 61 | 11 | 15 |
| A4 | 23.19 | 60.4 | 9 | 18 |
| A5 | 23.01 | 27.2 | 5.4 | 8 |
| A6 | 19.79 | 164.6 | 18 | 40 |
| A7 | 19.19 | 275.6 | 39 | 64 |
| A8 | 17.59 | 343.6 | 46.2 | 72 |
| A9 | 20.28 | 210.6 | 24.6 | 53 |
| A10 | 24.21 | 179.6 | 26.4 | 56 |
>TRINITY_DN124014_c1_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoformATTTTATTTTTCATTGAAATAATGTGTTTTAACATCATAACTTTGACTTATAAATTTCTTACTCCCCCATTTCCTCTGTTTTTTAAAGCACTCCATAATCCTTTGCTGTAATTTCATTTTTACTGAAAGGTGATGGGTGTTGTCTGACCAATTTTGTAATCATTGCTTAGGTCTGCAGATATATGGAGCGTTGGTTGTAC
TGTAATTGAAATGGCAACAGGAAAACCTCCATGGAGCCAGCAATTTCAAGAGGTAGCTGCATTGTTTCATATTGGGACAACAAAGTCACACCCACCGATTCCAGATCATCTCTCACCGGAGGCAAAAGATTTTCTACTGAAATGTTTGAAGAAAGAACCAAATTTGAGGCCCACTGCAACTGAATTGCTTCAGCATCCTT
TTGTTGTTGGCAACTACCGTGATACACATCCACTTGTTAGGTCCTCTGTTATGAGGGACTACCGAGATCCACCTCCTCTTGTTAGATCCTCTACTCTCGGACGCTACCGAGATCCACCTGCTTCTGTTAGGTCCTCTGCTCTGGAACGCTCTATGAATCTTTTACGCCAGTCAACTTCTTACATCAGAAACTCCTTTGAT
ATTAGTAGTATGCTAAGTACAACTAGAAGCATACAAGATATGCCAAATCTTGGGAGCGTGAGGAGCTCACTTGGAAGAGTATTTTCTGTACGGCAGTCAACTTTGAAAGGTATAGAAGCACCAAATTTGAGAAATGAGATGTCTAATAACTTCCCTTTGGAAGAGGATTTGAATTGTTCTGTACGGCTTGACTCGTTCAA
ATCGGATTGCTTTACAAAGAGTTTTAATCCTTTATCGGAGCCATCAGATGAAGATGAGTGGCAATGCAAATTCAGGGAAAGTGAGGATATAAGGGCTTCACGGGGACTTCGTAATATCATGCCTGAATCAACAATACATCGTGAGGCTCCTGTAAAAAATGAAAATGATTTTACGTTTCAATGTGCGCGTCCACTGTATG
ATGATGATGAAGAGGTTACTGAGTCTAAAATAAGAGCCTTTTTGGATGAGAAGGCTTTAGAACTGAAAAAGTTACAAACACCACTATATGAGGAGTTTTACAATACCATGAATGCAGCTCTAGATTCAGAAAATGACATTGGTGGAAGTGACAATGCTTTGACCCTTGTGAGATGCAAGTCACATAGTAAAGGTTCAAAT
GTTGCTTCACTTGACATGAGCAAACGTGATAGTGATGCAAGCATAAACTCAGGTAGTCCAGCAGGAGCTGCTTCTAGTGCTAATGTCAATCCACTAAGAGAGGTTCCCTCACCACGACTAAATGAATGGAATGGTGTCCAGGAAACTCAGAAAGCATCAGCCAGCCCTAGTTTGAGTTCCGAGCTTCAGAGAGCCTGGAA
AGAAGAGCTTTATCAGGAACTTGAGAGAAAGCGAGAAGAAATGAGGAAGCGTTTTGCAGCAAATAGTGGCAGGACATTGTCACCTAAAGGTAAATTGACGCAACGTCATAGGGACCATTTGGCTTGCCCCTCTCCAGCAAAATGAATTTCTATGGACCAAAGAAATTTCTCATCAATCAGTCCACCTCATTTTGTTGATC
AAGTCAAAGTGGTGAAATCAATCAAGAGCCTTTCTATGCAGTTGAAGAAGTCCTTACACTGCCTGCTGCATATAATGTAATTGTACATGGCTTGCCTAAGTTTTTCAGGAAGAGTTTCTCATTTGCATGTATCAGCAGGTCGTTGTGTATATGACTTATATGTATTAGATAACCGAGCAGTCACTGCTAATGATGCCTGC
TGCATATATTGGCAAGCATTTTGGTAAAATGGATTTCTTTGGTCACAGGCTAGCATTGTCTTTGTCAATTCTGGATGGCAGAGGAGTGGTGATTAAGGATTTATTTGTAACAAAGTGTGATTGTTCAAGTTATATTTGGCAATAAATAAATGTAATAAAGTTCTTAGACTGGAGAAAATATGTTTAAAGGTAACTACAAT
GGTGGAGCATGGCAATGTTTAGCGACGTAATGGAAGTAATTTGTTGTGCCTTTTGACCATTTGGATAGGTTATAGTCGTAGTTTGTAACATAGGTATCAAATTTTGAATGTTGTATGTGGTTTAATAAGGTATCAGGATTGCTTGCTGTCAATTGTCCCAGTTACTGTCACCAAATTTAGCTATAATATGAG
>TRINITY_DN124014_c1_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAAAGTCTTAATAACAATTATTTCCCACTCGAAACACGAAGAATCTGGTCCCTTAGATACGGGAATCCAACGGCGAAGATGGCCCCAGCGGATGACCGTTAATGCCGCAGCAAATTCAAATGCAAAGGAAGGCAATCTCTTTGGTTTCTCTTCTCGCATTTCTCCTCTGTTTCTCATCATTGTGATCTTCAAACCTCCAT
ATTTCATCACGCGGAATCCACTCAGACCAAGCCCTTTCCAGTTGCATTCGATCGAAATATTCCGATCGTCAATAGAACGCAGTGATTTGCCATTAGTCTTGCAGAAACTGGTGCAATCGGAGCTCCTGAGGTTTGATACCGGTTCGTGGATTGGGCACAGTTTGTCCCATCTGGGCATGATCAGAATTAGGGTTATATGA
AGTGTTAAAACATGCAGGACGGATATGGGTCTTTCAGGAGTTCATTGGTGTTCAGGAGCCCTGAGGTCAACAATGGAGGTTTTGGGCGCGGGATGAATTCGAGTTTCAGGTCGCCTCGGGCGAGTTCTGTTTATAAAATGACTAGGGAAAGCGGTTGCCCGGCTATTAGGTGGAAGAAAGGGGAGCTTATTGGCTCTGGG
GCTTACGGGAGGGTTTATATGGGCATGAATTTGGACTCTGGGGAGCTTTTGGCTGTCAAGCAGGTTTTGATTGCTGCTAACAACGGATCAAAGGAGAAGGCTCAGGCTCATATCAGAGAGCTTGAGGAGGAGGTTAAATTGCTTCGGAACTTATCCCATCCAAACATAGTGCGATATCTGGGAACTGCTAGAGAAGAGGA
AGCTTTGAATATCCTTCTGGAGTTTGTTCCTGGTGGATCTATTTCTTCTCTTCTTGGCAAATTTGGTTCTTTCACAGAGCCGGTTATTAGAATGTACACAAAACAACTTCTCCAGGGGCTCGAATATCTCCATAAGAATGGTATCATGCACAGAGATATCAAGGGGGCAAATATTCTCGTGGACAACAAGGGCTGTATTA
AGTTAGCAGACTTTGGTGCATCCAAGCAAGTGGTTGAGCTGGCAACAGTCTCTGGGGCAAAGTCAATGAAGGGAACACCATATTGGATGGCACCTGAAGTCATTCGTCAAACTGGACATGGCCTGTCTGCAGATATATGGAGCGTTGGTTGTACTGTAATTGAAATGGCAACAGGAAAACCTCCATGGAGCCAGCAATTT
CAAGAGGTAGCTGCATTGTTTCATATTGGGACAACAAAGTCACACCCACCGATTCCAGATCATCTCTCACCGGAGGCAAAAGATTTTCTACTGAAATGTTTGAAGAAAGAACCAAATTTGAGGCCCACTGCAACTGAATTGCTTCAGCATCCTTTTGTTGTTGGCAACTACCGTGATACACATCCACTTGTTAGGTCCTC
TGTTATGAGGGACTACCGAGATCCACCTCCTCTTGTTAGATCCTCTACTCTCGGACGCTACCGAGATCCACCTGCTTCTGTTAGGTCCTCTGCTCTGGAACGCTCTATGAATCTTTTACGCCAGTCAACTTCTTACATCAGAAACTCCTTTGATATTAGTAGTATGCTAAGTACAACTAGAAGCATACAAGATATGCCAA
ATCTTGGGAGCGTGAGGAGCTCACTTGGAAGAGTATTTTCTGTACGGCAGTCAACTTTGAAAGGTATAGAAGCACCAAATTTGAGAAATGAGATGTCTAATAACTTCCCTTTGGAAGAGGATTTGAATTGTTCTGTACGGCTTGACTCGTTCAAATCGGATTGCTTTACAAAGAGTTTTAATCCTTTATCGGAGCCATCA
GATGAAGATGAGTGGCAATGCAAATTCAGGGAAAGTGAGGATATAAGGGCTTCACGGGGACTTCGTAATATCATGCCTGAATCAACAATACATCGTGAGGCTCCTGTAAAAAATGAAAATGATTTTACGTTTCAATGTGCGCGTCCACTGTATGATGATGATGAAGAGGTTACTGAGTCTAAAATAAGAGCCTTTTTGGA
TGAGAAGGCTTTAGAACTGAAAAAGTTACAAACACCACTATATGAGGAGTTTTACAATACCATGAATGCAGCTCTAGATTCAGAAAATGACATTGGTGGAAGTGACAATGCTTTGACCCTTGTGAGATGCAAGTCACATAGTAAAGGTTCAAATGTTGCTTCACTTGACATGAGCAAACGTGATAGTGATGCAAGCATAA
ACTCAGGTAGTCCAGCAGGAGCTGCTTCTAGTGCTAATGTCAATCCACTAAGAGAGGTTCCCTCACCACGACTAAATGAATGGAATGGTGTCCAGGAAACTCAGAAAGCATCAGCCAGCCCTAGTTTGAGTTCCGAGCTTCAGAGAGCCTGGAAAGAAGAGCTTTATCAGGAACTTGAGAGAAAGCGAGgtaaccctttt
ctttgaaagatgcacttgcttttttgacatgcaagttattgttgtattctatagaattttgcctttatacaagaatccagtatatggcatccttttgatgaatactttcctgcagAAGAAATGAGGAAGCGTTTTGCAGCAAATAGTGGCAGGACATTGTCACCTAAAGGTAAATTGACGCAACGTCATAGGGACCATTT
GGCTTGCCCCTCTCCAGCAAAATGAATTTCTATGGACCAAAGAAATTTCTCATCAATCAGTCCACCTCATTTTGTTGATCAAGTCAAAGTGGTGAAATCAATCAAGAGCCTTTCTATGCAGTTGAAGAAGTCCTTACACTGCCTGCTGCATATAATGTAATTGTACATGGCTTGCCTAAGTTTTTCAGGAAGAGTTTCTC
ATTTGCATGTATCAGCAGGTCGTTGTGTATATGACTTATATGTATTAGATAACCGAGCAGTCACTGCTAATGATGCCTGCTGCATATATTGGCAAGCATTTTGGTAAAATGGATTTCTTTGGTCACAGGCTAGCATTGTCTTTGTCAATTCTGGATGGCAGAGGAGTGGTGATTAAGGATTTATTTGTAACAAAGTGTGA
TTGTTCAAGTTATATTTGGCAATAAATAAATGTAATAAAGTTCTTAGACTGGAGAAAATATGTTTAAAGGTAACTACAATGGTGGAGCATGGCAATGTTTAGCGACGTAATGGAAGTAATTTGTTGTGCCTTTTGACCATTTGGATAGGTTATAGTCGTAGTTTGTAACATAGGTATCAAATTTTGAATGTTGTATGTGG
TTTAATAAGGTATCAGGATTGCTTGCTGTCAATTGTCCCAGTTACTGTCACCAAATTTAGCTATAATATGAG
Intron 6 GTATTGAACC ... GAATGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 8.95 | 107.4 | 6 | 14 |
| A2 | 3.43 | 72.7 | 1 | 4 |
| A3 | 7.13 | 113.6 | 4 | 13 |
| A4 | 3.37 | 45.3 | 0 | 3 |
| A5 | 0 | 31.9 | 0 | 0 |
| A6 | 5.55 | 37.1 | 2 | 2 |
| A7 | 0 | 116.4 | 0 | 0 |
| A8 | 0 | 44 | 0 | 0 |
| A9 | 0.47 | 114 | 0 | 1 |
| A10 | 0 | 140.6 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN124014_c1_g2_i13 from sample A1 / Example spliced isoformGTTACTGTTAGACATGAGGTCTATATGTTGCATTGCAAAGAAAGGATGCTTCTTAAATTTGTAATTTATATGATGATATGGTCTTTTTTAGGCTCATATCAGAGAGCTTGAGGAGGAGGTTAAATTGCTTCGGAACTTATCCCATCCAAACATAGTGCGATATCTGGGAACTGCTAGAGAAGAGGAAGCTTTGAATATCC
TTCTGGAGTTTGTTCCTGGTGGATCTATTTCTTCTCTTCTTGGCAAATTTGGTTCTTTCACAGAGCCGGTTATTAGAATGTACACAAAACAACTTCTCCAGGGGCTCGAATATCTCCATAAGAATGGTATCATGCACAGAGATATCAAGGTAATACATTCAATGGCCAGTCATTTCAAATTTGATATCATAAGGTGAAAC
ATGTAAGAAGCAAAATAAAGAAATGATTCTTTTGAGAGCACCTAGATTAAGCATTCTATCTGGACTCTGAGATTAGTGCTTGATGGGTATTATTCTTCTTTAAGAGAGCACTTGGGAGCAGCATATGGTGGTGGCAAGCGTTAGTTGGACATCATTGGCTGACTCAAATTGCCACCCATTGTATGCTAGCTTGCGTTGAT
TTTTATACAATGTTAGCTGTTGAATATGTTTTTATACAGCAGAATCTGATAATTGAAAAAAGTAACTCTTGATTTTTATACAATGTTAGCTTTTGAATATGTTTTTATACAGCAGAATCTGATAATTGAAAAAAGTAACTCTGATAATTGAAAAAAGTATCTCTTGATTTTTATACAATGTTAGCTTTTGAATATGTTTT
TATACAGCAGAATCTGATAATTGAAAAAAGTAACTCTTGATTTATTGGATGCTGTGTGTTGACATGATTAGAAGAATTTACATTTGTTGAGGTAGGTATGCATGTAGGAATAGAGTTCTTTTCAGTTGTACAACTATATATAAGGCAAAATTATTTAAATTTCATAAATGTGGCAGTGAGCGATAACATGGTTTTTGAGT
TGCAGGGGGCAAATATTCTCGTGGACAACAAGGGCTGTATTAAGTTAGCAGACTTTGGTGCATCCAAGCAAGTGGTTGAGCTGGCAACAGTCTCTGGGGCAAAGTCAATGAAGGGAACACCATATTGGATGGCACCTGAAGTCATTCGTCAAACTGGACATGGCCTGTCTGCAGATATATGGAGCGTTGGTTGTACTGTA
ATTGAAATGGCAACAGGAAAACCTCCATGGAGCCAGCAATTTCAAGAGGTAGCTGCATTGTTTCATATTGGGACAACAAAGTCACACCCACCGATTCCAGATCATCTCTCACCGGAGGCAAAAGATTTTCTACTGAAATGTTTGAAGAAAGAACCAAATTTGAGGCCCACTGCAACTGAATTGCTTCAGCATCCTTTTGT
TGTTGGCAACTACCGTGATACACATCCACTTGTTAGGTCCTCTGTTATGAGGGACTACCGAGATCCACCTCCTCTTGTTAGATCCTCTACTCTCGGACGCTACCGAGATCCACCTGCTTCTGTTAGGTCCTCTGCTCTGGAACGCTCTATGAATCTTTTACGCCAGTCAACTTCTTACATCAGAAACTCCTTTGATATTA
GTAGTATGCTAAGTACAACTAGAAGCATACAAGATATGCCAAATCTTGGGAGCGTGAGGAGCTCACTTGGAAGAGTATTTTCTGTACGGCAGTCAACTTTGAAAGGTATAGAAGCACCAAATTTGAGAAATGAGATGTCTAATAACTTCCCTTTGGAAGAGGATTTGAATTGTTCTGTACGGCTTGACTCGTTCAAATCG
GATTGCTTTACAAAGAGTTTTAATCCTTTATCGGAGCCATCAGATGAAGATGAGTGGCAATGCAAATTCAGGGAAAGTGAGGATATAAGGGCTTCACGGGGACTTCGTAATATCATGCCTGAATCAACAATACATCGTGAGGCTCCTGTAAAAAATGAAAATGATTTTACGTTTCAATGTGCGCGTCCACTGTATGATGA
TGATGAAGAGGTTACTGAGTCTAAAATAAGAGCCTTTTTGGATGAGAAGGCTTTAGAACTGAAAAAGTTACAAACACCACTATATGAGGAGTTTTACAATACCATGAATGCAGCTCTAGATTCAGAAAATGACATTGGTGGAAGTGACAATGCTTTGACCCTTGTGAGATGCAAGTCACATAGTAAAGGTTCAAATGTTG
CTTCACTTGACATGAGCAAACGTGATAGTGATGCAAGCATAAACTCAGGTAGTCCAGCAGGAGCTGCTTCTAGTGCTAATGTCAATCCACTAAGAGAGGTTCCCTCACCACGACTAAATGAATGGAATGGTGTCCAGGAAACTCAGAAAGCATCAGCCAGCCCTAGTTTGAGTTCCGAGCTTCAGAGAGCCTGGAAAGAA
GAGCTTTATCAGGAACTTGAGAGAAAGCGAGAAGAAATGAGGAAGCGTTTTGCAGCAAATAGTGGCAGGACATTGTCACCTAAAGGTAAATTGACGCAACGTCATAGGGACCATTTGGCTTGCCCCTCTCCAGCAAAATGAATTTCTATGGACCAAAGAAATTTCTCATCAATCAGTCCACCTCATTTTGTTGATCAAGT
CAAAGTGGTGAAATCAATCAAGAGCCTTTCTATGCAGTTGAAGAAGTCCTTACACTGCCTGCTGCATATAATGTAATTGTACATGGCTTGCCTAAGTTTTTCAGGAAGAGTTTCTCATTTGCATGTATCAGCAGGTCGTTGTGTATATGACTTATATGTATTAGATAACCGAGCAGTCACTGCTAATGATGCCTGCTGCA
TATATTGGCAAGCATTTTGGTAAAATGGATTTCTTTGGTCACAGGCTAGCATTGTCTTTGTCAATTCTGGATGGCAGAGGAGTGGTGATTAAGGATTTATTTGTAACAAAGTGTGATTGTTCAAGTTATATTTGGCAATAAATAAATGTAATAAAGTTCTTAGACTGGAGAAAATATGTTTAAAGGTAACTACAATGGTG
GAGCATGGCAATGTTTAGCGACGTAATGGAAGTAATTTGTTGTGCCTTTTGACCATTTGGATAGGTTATAGTCGTAGTTTGTAACATAGGTATCAAATTTTGAATGTTGTATGTGGTTTAATAAGGTATCAGGATTGCTTGCTGTCAATTGTCCCAGTTACTGTCACCAAATTTAGCTATAATATGAG
>TRINITY_DN124014_c1_g2_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATCCAAGCAAGTGGTTGAGCTGgtattgaaccacacaagacttctgtatgcagtttcttctcttgtattagtcatgaattttattgacattgcttctgaatgtgcagGCAACAGTCTCTGGGGCAAAGTCAATGAAGGGAACACCATATTGGATGGCACCTGAAGTCATTCGTCAAACTGGACATGGCCTGTATGTCTTG
TATTTCCTTTACAGTCCTACGTAGGCTTTTGATATGGTTTTCTATAATTGCTCTGGTAAATCTCCAAGTGAGAATAAGACTAAATATTCTGGTTTTCATGGATAATTGTGGCAGAGTTGAGTCACATACTTCAGGTTAATGGCCTTTTTATATCATTTTCCTATATTCCCTTGAACATTCACTTCTGCATACATAAAGGA
ATATCGGTCTCCTTACCTAATAACTCTTTTCTTGCCTTTTCATAGCTGAGTGCTCAGTATCCGTTTAGGTCATTGTTTATGGCAGTCATCATTTCATGGAGCTATTGTGACCTCAACACATTGAATGGTTACCCCACATGTACATAGGCCCATCTAAGGGCGCTTTTTTCCTGAAGGATCAGGAATATATGACTGGCA
Intron 7 GTATCCTTTA ... TTGCTAAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.44 | 161 | 22 | 28 |
| A2 | 12.18 | 155 | 22 | 21 |
| A3 | 14.02 | 184 | 22 | 38 |
| A4 | 15.05 | 127 | 13 | 32 |
| A5 | 15.46 | 82 | 19 | 11 |
| A6 | 9.79 | 673 | 82 | 64 |
| A7 | 11.36 | 710 | 83 | 99 |
| A8 | 12.78 | 495 | 80 | 65 |
| A9 | 12.04 | 661 | 105 | 76 |
| A10 | 10.75 | 544 | 48 | 83 |
>TRINITY_DN42202_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoformGTGGGAGTGACACTCAACGGTGAGGCGATTTTGATTCACTCTTTCAGTGGTTCCAACTATATTTTGACGTTGAAATATCTGCTGCAATATAACTCTGTAAGGGTTTTGCAAGGGTTTTATACAGTAAGCTCGCATTGGAAGCCTCTGTTTCTTAAAAATGGGCTTGACTGCCATCACAGAGCGGGACGGAGAACCCCGTT
TGGATACAGAAAGCGGCGAAGAGACCAGACATGTACAGCCGCAGACCGCAATAGTGCTGGGGAATCGGACCCCGGAGCAACTTGGAACGCTCTACGTCACAACAAAGAGATTAATTTGGCTGAGCGACGTAGACAAACAGAAGGGCTATGGCGTCGATTTCTTATCAATTTCTCTGCATGCTGTTTCCAGAGATCCCGAG
GCATACCCACTTCCTTGCATTTATGCACAGATTGAGACTGCAGAATCAGATGGCTATGGAGATGAGTTGGAGGAGAATTCAACAAATGGTGAAAACATAGATCTGTCACAGGTTACTGAGATACGTCTTGTTCCGTCTGATCCAAGCACACTGGATATTCTCTTTAAGGTGTTGTGCGCCTGTGCAGAATTAAACCCTGA
ACCAGATGGAGAGCTAGAGGGGGAAGGTGACTGGATATTCAGTGTGGAGGATATGATGAATTCAAATCTAGGTGCAGTAAATGGCATTTCAGTGCACAATGGCGAAGGTGATTGGGAATACGAGGAAGAGGAGTTGGATAACCATATTGGTCATTCCAACGGCTTGGCTCATAGCCTACATGAGAATATTTTAGAGCTTC
AAATTGATGATGCACGTTTTGAGGATGCATTGGAGCCAGAAGATGAAGTACAAAGATCCAGGACTTAAAATTGAGAGTTATCTAACATGTTGAAAACCAGATAAGCGTAAAAACAAACCGAGGATATTATGACAGTACATGGAAGACTTCATTTGTTTCTCATACGGCAGTTTCAAAGCACGTACAATAAAATGTTTAAC
TTATATGTGATATTCTATGCGATCTGTAATAACCTGTCCTATTACTTACGCTGGTTGTCTTTGTGCTTATTGAAGTTATAGGACACAATACTGGAAAGGTGTTTTTACCTTTTTACCTTATGTGCATAGCCCTCAGCTTCAATACTAGGTTTAGTTACAAATGGCCTGGCCAGGATGGTTAGCATTGGTTAGCCATAATG
AAGTTTGATTAGCCCCATTTTGAGATTATAACTATAGTTAGTTAATCCAATCTGACTATTTTCCCAATGGGCAGAGTTATTGTTAGGTCTCCTAGAGAGAGGAGATTCAGATTGTGATCTTATTTTAGGCTTGACAGTTTCACCCCAAATATGACCGAAGACTTCATAGCTTGTTCAACGAGTTTTTTTGCTAATTTTGG
TTCACATTTGCATCATTATTTTAGAGTATTTTTTATATCCTAGTTCTTCACATTTTTGTTTTACTTTACTATTTTAGAATATTTTAAACAAGGTTCGCTGAACACTCCGATGGGGGAAAGCATTGGAAGGTTCTTATGTTTTTGAAGAGTTCTCCATGGATATATCAAAATGAGCAAGGATACAAGATTTGGAGTTAAGA
TTTATACCTGTTCAAGTTGGT
>TRINITY_DN42202_c0_g1_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:GTGGGAGTGACACTCAACGGTGAGGCGATTTTGATTCACTCTTTCAGTGGTTCCAACTATATTTTGACGTTGAAATATCTGCTGCAATATAACTCTGTAAGGGTTTTGCAAGGGTTTTATACAGTAAGCTCGCATTGGAAGCCTCTGTTTCTTAAAAATGGGCTTGACTGCCATCACAGAGCGGGACGGAGAACCCCGTT
TGGATACAGAAAGCGGCGAAGAGACCAGACATGTACAGCCGCAGACCGCAATAGTGCTGGGGAATCGGACCCCGGAGCAACTTGGAACGCTCTACGTCACAACAAAGAGATTAATTTGGCTGAGCGACGTAGACAAACAGAAGGGCTATGGCGTCGATTTCTTATCAATTTCTCTGCATGCTGTTTCCAGAGATCCCGAG
GCATACCCACTTCCTTGCATTTATGCACAGATTGAGACTGCAGAATCAGATGGCTATGGAGATGAGTTGGAGGAGAATTCAACAAATGGTGAAAACATAGATCTGTCACAGGTTACTGAGATACGTCTTGTTCCGTCTGATCCAAGCACACgtatcctttaacattcaagttttcatgaatgccaagtattggtctcttc
agtttttaattttatattttgagctcttcaaattgttttattctgtatgtctttcagagccaaatgaacagaattttattcaagcttgaatgatttgaaaatttagtacgtcatttctaaaggaacatgtaactctctctagttaaccttaaaagacattttacattgccaatatccatctcttcttggtaatgattaaa
cttgacacacactaactagtacagagttttgctcctcccctcccgcgtttcttaatttttactgtttactgttaacttcactatttcatacattctggtctttgtaagtgatgttttagaatgctaattattatatttaggagttttgcatttgactgtcttgttgtaaacatggggctaggtaagtattgcatcttttc
atgaatatggtagaattttataacttttaagcagggaaggaaaatgctaaatatttgatttgtgtgtataataaggcgctgagtttttacatgcaggcttaagaaggaattgcctctgcttagtgcagatttttattttcagttaaaacttaaaattcagaccaatcatagaatgctgtattaaattttaagactatatt
ttgacctactgttcagatatgcagcaatgtgccagcctgccaggcaaaattttcatttgtgtattaaatcaagtacacaatttttgttgtggtcctttaaaccgtttatttcttactgcatttcacgcttcagccttatatttcattacatgttatctgtgtatgtgttttgatgcaagcaacaaagttcgcaacttttt
ggactttgaatagtctcatggtagtgttttttgggataagaggactgactttatctcattctgttatttttagcaactaatgcatcatttaattttttaacttcctttttgacctactaaaattttgaaatatccagatgcctgtatactgagcaaccatcatgaggtttctgacattgtgaattatgaccttgtaagtt
tattgtttcttcatttttggaaacagtgctacacaatctattaaagttcagcatttgctacttctgtccccgctttctcctcaatgtaattaaatgcacatttaaggataatttttaaggttaatactctttttcttttgtttctaagattcagaaaaatactctcatttccaatgttgcatgtggcatttttacttaat
gttacattcttttgtttgtcttcaacttctgaactcatattttctttacttttcaaaaatcacttaaaaatgcacagtgcggtctgggggtttttgttcttaaccagtttccttgacataatctatttgctaaaagTGGATATTCTCTTTAAGGTGTTGTGCGCCTGTGCAGAATTAAACCCTGAACCAGATGGAGAGCT
AGAGGGGGAAGGTGACTGGATATTCAGTGTGGAGGATATGATGAATTCAAATCTAGGTGCAGTAAATGGCATTTCAGTGCACAATGGCGAAGGTGATTGGGAATACGAGGAAGAGGAGTTGGATAACCATATTGGTCATTCCAACGGCTTGGCTCATAGCCTACATGAGAATATTTTAGAGCTTCAAATTGATGATGCAC
GTTTTGAGGATGCATTGGAGCCAGAAGATGAAGTACAAAGATCCAGGACTTAAAATTGAGAGTTATCTAACATGTTGAAAACCAGATAAGCGTAAAAACAAACCGAGGATATTATGACAGTACATGGAAGACTTCATTTGTTTCTCATACGGCAGTTTCAAAGCACGTACAATAAAATGTTTAACTTATATGTGATATTC
TATGCGATCTGTAATAACCTGTCCTATTACTTACGCTGGTTGTCTTTGTGCTTATTGAAGTTATAGGACACAATACTGGAAAGGTGTTTTTACCTTTTTACCTTATGTGCATAGCCCTCAGCTTCAATACTAGGTTTAGTTACAAATGGCCTGGCCAGGATGGTTAGCATTGGTTAGCCATAATGAAGTTTGATTAGCCC
CATTTTGAGATTATAACTATAGTTAGTTAATCCAATCTGACTATTTTCCCAATGGGCAGAGTTATTGTTAGGTCTCCTAGAGAGAGGAGATTCAGATTGTGATCTTATTTTAGGCTTGACAGTTTCACCCCAAATATGACCGAAGACTTCATAGCTTGTTCAACGAGTTTTTTTGCTAATTTTGGTTCACATTTGCATCA
TTATTTTAGAGTATTTTTTATATCCTAGTTCTTCACATTTTTGTTTTACTTTACTATTTTAGAATATTTTAAACAAGGTTCGCTGAACACTCCGATGGGGGAAAGCATTGGAAGGTTCTTATGTTTTTGAAGAGTTCTCCATGGATATATCAAAATGAGCAAGGATACAAGATTTGGAGTTAAGATTTATACCTGTTCAA
GTTGGT
Intron 8 GTAAGTTTAT ... TCTCTTTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.67 | 20 | 0 | 40 |
| A2 | 62.5 | 15 | 2 | 25 |
| A3 | 71.01 | 20 | 3 | 49 |
| A4 | 70.37 | 16 | 1 | 38 |
| A5 | 65 | 7 | 3 | 13 |
| A6 | 55.31 | 122 | 2 | 151 |
| A7 | 56.82 | 155 | 7 | 204 |
| A8 | 60 | 76 | 13 | 114 |
| A9 | 57.1 | 130 | 10 | 173 |
| A10 | 57.26 | 103 | 2 | 138 |
>TRINITY_DN42202_c0_g1_i8 from sample A9 / Example spliced isoformGTGGGAGTGACACTCAACGGTGAGGCGATTTTGATTCACTCTTTCAGTGGTTCCAACTATATTTTGACGTTGAAATATCTGCTGCAATATAACTCTGTAAGGGTTTTGCAAGGGTTTTATACAGTAAGCTCGCATTGGAAGCCTCTGTTTCTTAAAAATGGGCTTGACTGCCATCACAGAGCGGGACGGAGAACCCCGTT
TGGATACAGAAAGCGGCGAAGAGACCAGACATGTACAGCCGCAGACCGCAATAGTGCTGGGGAATCGGACCCCGGAGCAACTTGGAACGCTCTACGTCACAACAAAGAGATTAATTTGGCTGAGCGACGTAGACAAACAGAAGGGCTATGGCGTCGATTTCTTATCAATTTCTCTGCATGCTGTTTCCAGAGATCCCGAG
GCATACCCACTTCCTTGCATTTATGCACAGATTGAGACTGCAGAATCAGATGGCTATGGAGATGAGTTGGAGGAGAATTCAACAAATGGTGAAAACATAGATCTGTCACAGGTTACTGAGATACGTCTTGTTCCGTCTGATCCAAGCACACATGCCTGTATACTGAGCAACCATCATGAGGTTTCTGACATTGTGAATTA
TGACCTTGTGTTGTGCGCCTGTGCAGAATTAAACCCTGAACCAGATGGAGAGCTAGAGGGGGAAGGTGACTGGATATTCAGTGTGGAGGATATGATGAATTCAAATCTAGGTGCAGTAAATGGCATTTCAGTGCACAATGGCGAAGGTGATTGGGAATACGAGGAAGAGGAGTTGGATAACCATATTGGTCATTCCAACG
GCTTGGCTCATAGCCTACATGAGAATATTTTAGAGCTTCAAATTGATGATGCACGTTTTGAGGATGCATTGGAGCCAGAAGATGAAGTACAAAGATCCAGGACTTAAAATTGAGAGTTATCTAACATGTTGAAAACCAGATAAGCGTAAAAACAAACCGAGGATATTATGACAGTACATGGAAGACTTCATTTGTTTCTC
ATACGGCAGTTTCAAAGCACGTACAATAAAATGTTTAACTTATATGTGATATTCTATGCGATCTGTAATAACCTGTCCTATTACTTACGCTGGTTGTCTTTGTGCTTATTGAAGTTATAGGACACAATACTGGAAAGGTGTTTTTACCTTTTTACCTTATGTGCATAGCCCTCAGCTTCAATACTAGGTTTAGTTACAAA
TGGCCTGGCCAGGATGGTTAGCATTGGTTAGCCATAATGAAGTTTGATTAGCCCCATTTTGAGATTATAACTATAGTTAGTTAATCCAATCTGACTATTTTCCCAATGGGCAGAGTTATTGTTAGGTCTCCTAGAGAGAGGAGATTCAGATTGTGATCTTATTTTAGGCTTGACAGTTTCACCCCAAATATGACCGAAGA
CTTCATAGCTTGTTCAACGAGTTTTTTTGCTAATTTTGGTTCACATTTGCATCATTATTTTAGAGTATTTTTTATATCCTAGTTCTTCACATTTTTGTTTTACTTTACTATTTTAGAATATTTTAAACAAGGTTCGCTGAACACTCCGATGGGGGAAAGCATTGGAAGGTTCTTATGTTTTTGAAGAGTTCTCCATGGAT
ATATCAAAATGAGCAAGGATACAAGATTTGGAGTTAAGATTTATACCTGTTCAAGTTGGT
>TRINITY_DN42202_c0_g1_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:GTGGGAGTGACACTCAACGGTGAGGCGATTTTGATTCACTCTTTCAGTGGTTCCAACTATATTTTGACGTTGAAATATCTGCTGCAATATAACTCTGTAAGGGTTTTGCAAGGGTTTTATACAGTAAGCTCGCATTGGAAGCCTCTGTTTCTTAAAAATGGGCTTGACTGCCATCACAGAGCGGGACGGAGAACCCCGTT
TGGATACAGAAAGCGGCGAAGAGACCAGACATGTACAGCCGCAGACCGCAATAGTGCTGGGGAATCGGACCCCGGAGCAACTTGGAACGCTCTACGTCACAACAAAGAGATTAATTTGGCTGAGCGACGTAGACAAACAGAAGGGCTATGGCGTCGATTTCTTATCAATTTCTCTGCATGCTGTTTCCAGAGATCCCGAG
GCATACCCACTTCCTTGCATTTATGCACAGATTGAGACTGCAGAATCAGATGGCTATGGAGATGAGTTGGAGGAGAATTCAACAAATGGTGAAAACATAGATCTGTCACAGGTTACTGAGATACGTCTTGTTCCGTCTGATCCAAGCACACGTATCCTTTAACATTCAAGTTTTCATGAATGCCAAGTATTGGTCTCTTC
AGTTTTTAATTTTATATTTTGAGCTCTTCAAATTGTTTTATTCTGTATGTCTTTCAGAGCCAAATGAACAGAATTTTATTCAAGCTTGAATGATTTGAAAATTTAGTACGTCATTTCTAAAGGAACATGTAACTCTCTCTAGTTAACCTTAAAAGACATTTTACATTGCCAATATCCATCTCTTCTTGGTAATGATTAAA
CTTGACACACACTAACTAGTACAGAGTTTTGCTCCTCCCCTCCCGCGTTTCTTAATTTTTACTGTTTACTGTTAACTTCACTATTTCATACATTCTGGTCTTTGTAAGTGATGTTTTAGAATGCTAATTATTATATTTAGGAGTTTTGCATTTGACTGTCTTGTTGTAAACATGGGGCTAGGTAAGTATTGCATCTTTTC
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TTGACCTACTGTTCAGATATGCAGCAATGTGCCAGCCTGCCAGGCAAAATTTTCATTTGTGTATTAAATCAAGTACACAATTTTTGTTGTGGTCCTTTAAACCGTTTATTTCTTACTGCATTTCACGCTTCAGCCTTATATTTCATTACATGTTATCTGTGTATGTGTTTTGATGCAAGCAACAAAGTTCGCAACTTTTT
GGACTTTGAATAGTCTCATGGTAGTGTTTTTTGGGATAAGAGGACTGACTTTATCTCATTCTGTTATTTTTAGCAACTAATGCATCATTTAATTTTTTAACTTCCTTTTTGACCTACTAAAATTTTGAAATATCCAGATGCCTGTATACTGAGCAACCATCATGAGGTTTCTGACATTGTGAATTATGACCTTgtaagtt
tattgtttcttcatttttggaaacagtgctacacaatctattaaagttcagcatttgctacttctgtccccgctttctcctcaatgtaattaaatgcacatttaaggataatttttaaggttaatactctttttcttttgtttctaagattcagaaaaatactctcatttccaatgttgcatgtggcatttttacttaat
gttacattcttttgtttgtcttcaacttctgaactcatattttctttacttttcaaaaatcacttaaaaatgcacagtgcggtctgggggtttttgttcttaaccagtttccttgacataatctatttgctaaaagtggatattctctttaagGTGTTGTGCGCCTGTGCAGAATTAAACCCTGAACCAGATGGAGAGCT
AGAGGGGGAAGGTGACTGGATATTCAGTGTGGAGGATATGATGAATTCAAATCTAGGTGCAGTAAATGGCATTTCAGTGCACAATGGCGAAGGTGATTGGGAATACGAGGAAGAGGAGTTGGATAACCATATTGGTCATTCCAACGGCTTGGCTCATAGCCTACATGAGAATATTTTAGAGCTTCAAATTGATGATGCAC
GTTTTGAGGATGCATTGGAGCCAGAAGATGAAGTACAAAGATCCAGGACTTAAAATTGAGAGTTATCTAACATGTTGAAAACCAGATAAGCGTAAAAACAAACCGAGGATATTATGACAGTACATGGAAGACTTCATTTGTTTCTCATACGGCAGTTTCAAAGCACGTACAATAAAATGTTTAACTTATATGTGATATTC
TATGCGATCTGTAATAACCTGTCCTATTACTTACGCTGGTTGTCTTTGTGCTTATTGAAGTTATAGGACACAATACTGGAAAGGTGTTTTTACCTTTTTACCTTATGTGCATAGCCCTCAGCTTCAATACTAGGTTTAGTTACAAATGGCCTGGCCAGGATGGTTAGCATTGGTTAGCCATAATGAAGTTTGATTAGCCC
CATTTTGAGATTATAACTATAGTTAGTTAATCCAATCTGACTATTTTCCCAATGGGCAGAGTTATTGTTAGGTCTCCTAGAGAGAGGAGATTCAGATTGTGATCTTATTTTAGGCTTGACAGTTTCACCCCAAATATGACCGAAGACTTCATAGCTTGTTCAACGAGTTTTTTTGCTAATTTTGGTTCACATTTGCATCA
TTATTTTAGAGTATTTTTTATATCCTAGTTCTTCACATTTTTGTTTTACTTTACTATTTTAGAATATTTTAAACAAGGTTCGCTGAACACTCCGATGGGGGAAAGCATTGGAAGGTTCTTATGTTTTTGAAGAGTTCTCCATGGATATATCAAAATGAGCAAGGATACAAGATTTGGAGTTAAGATTTATACCTGTTCAA
GTTGGT
Intron 9 GTATCCTTTA ... AAATATCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 52.38 | 20 | 22 | 0 |
| A2 | 55 | 18 | 22 | 7 |
| A3 | 56.41 | 17 | 22 | 3 |
| A4 | 52 | 12 | 13 | 3 |
| A5 | 57.58 | 14 | 19 | 1 |
| A6 | 50 | 82 | 82 | 2 |
| A7 | 52.87 | 74 | 83 | 23 |
| A8 | 52.29 | 73 | 80 | 10 |
| A9 | 51.98 | 97 | 105 | 16 |
| A10 | 55.17 | 39 | 48 | 3 |
>TRINITY_DN42202_c0_g1_i8 from sample A9 / Example spliced isoformGTGGGAGTGACACTCAACGGTGAGGCGATTTTGATTCACTCTTTCAGTGGTTCCAACTATATTTTGACGTTGAAATATCTGCTGCAATATAACTCTGTAAGGGTTTTGCAAGGGTTTTATACAGTAAGCTCGCATTGGAAGCCTCTGTTTCTTAAAAATGGGCTTGACTGCCATCACAGAGCGGGACGGAGAACCCCGTT
TGGATACAGAAAGCGGCGAAGAGACCAGACATGTACAGCCGCAGACCGCAATAGTGCTGGGGAATCGGACCCCGGAGCAACTTGGAACGCTCTACGTCACAACAAAGAGATTAATTTGGCTGAGCGACGTAGACAAACAGAAGGGCTATGGCGTCGATTTCTTATCAATTTCTCTGCATGCTGTTTCCAGAGATCCCGAG
GCATACCCACTTCCTTGCATTTATGCACAGATTGAGACTGCAGAATCAGATGGCTATGGAGATGAGTTGGAGGAGAATTCAACAAATGGTGAAAACATAGATCTGTCACAGGTTACTGAGATACGTCTTGTTCCGTCTGATCCAAGCACACATGCCTGTATACTGAGCAACCATCATGAGGTTTCTGACATTGTGAATTA
TGACCTTGTGTTGTGCGCCTGTGCAGAATTAAACCCTGAACCAGATGGAGAGCTAGAGGGGGAAGGTGACTGGATATTCAGTGTGGAGGATATGATGAATTCAAATCTAGGTGCAGTAAATGGCATTTCAGTGCACAATGGCGAAGGTGATTGGGAATACGAGGAAGAGGAGTTGGATAACCATATTGGTCATTCCAACG
GCTTGGCTCATAGCCTACATGAGAATATTTTAGAGCTTCAAATTGATGATGCACGTTTTGAGGATGCATTGGAGCCAGAAGATGAAGTACAAAGATCCAGGACTTAAAATTGAGAGTTATCTAACATGTTGAAAACCAGATAAGCGTAAAAACAAACCGAGGATATTATGACAGTACATGGAAGACTTCATTTGTTTCTC
ATACGGCAGTTTCAAAGCACGTACAATAAAATGTTTAACTTATATGTGATATTCTATGCGATCTGTAATAACCTGTCCTATTACTTACGCTGGTTGTCTTTGTGCTTATTGAAGTTATAGGACACAATACTGGAAAGGTGTTTTTACCTTTTTACCTTATGTGCATAGCCCTCAGCTTCAATACTAGGTTTAGTTACAAA
TGGCCTGGCCAGGATGGTTAGCATTGGTTAGCCATAATGAAGTTTGATTAGCCCCATTTTGAGATTATAACTATAGTTAGTTAATCCAATCTGACTATTTTCCCAATGGGCAGAGTTATTGTTAGGTCTCCTAGAGAGAGGAGATTCAGATTGTGATCTTATTTTAGGCTTGACAGTTTCACCCCAAATATGACCGAAGA
CTTCATAGCTTGTTCAACGAGTTTTTTTGCTAATTTTGGTTCACATTTGCATCATTATTTTAGAGTATTTTTTATATCCTAGTTCTTCACATTTTTGTTTTACTTTACTATTTTAGAATATTTTAAACAAGGTTCGCTGAACACTCCGATGGGGGAAAGCATTGGAAGGTTCTTATGTTTTTGAAGAGTTCTCCATGGAT
ATATCAAAATGAGCAAGGATACAAGATTTGGAGTTAAGATTTATACCTGTTCAAGTTGGT
>TRINITY_DN42202_c0_g1_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:GTGGGAGTGACACTCAACGGTGAGGCGATTTTGATTCACTCTTTCAGTGGTTCCAACTATATTTTGACGTTGAAATATCTGCTGCAATATAACTCTGTAAGGGTTTTGCAAGGGTTTTATACAGTAAGCTCGCATTGGAAGCCTCTGTTTCTTAAAAATGGGCTTGACTGCCATCACAGAGCGGGACGGAGAACCCCGTT
TGGATACAGAAAGCGGCGAAGAGACCAGACATGTACAGCCGCAGACCGCAATAGTGCTGGGGAATCGGACCCCGGAGCAACTTGGAACGCTCTACGTCACAACAAAGAGATTAATTTGGCTGAGCGACGTAGACAAACAGAAGGGCTATGGCGTCGATTTCTTATCAATTTCTCTGCATGCTGTTTCCAGAGATCCCGAG
GCATACCCACTTCCTTGCATTTATGCACAGATTGAGACTGCAGAATCAGATGGCTATGGAGATGAGTTGGAGGAGAATTCAACAAATGGTGAAAACATAGATCTGTCACAGGTTACTGAGATACGTCTTGTTCCGTCTGATCCAAGCACACgtatcctttaacattcaagttttcatgaatgccaagtattggtctcttc
agtttttaattttatattttgagctcttcaaattgttttattctgtatgtctttcagagccaaatgaacagaattttattcaagcttgaatgatttgaaaatttagtacgtcatttctaaaggaacatgtaactctctctagttaaccttaaaagacattttacattgccaatatccatctcttcttggtaatgattaaa
cttgacacacactaactagtacagagttttgctcctcccctcccgcgtttcttaatttttactgtttactgttaacttcactatttcatacattctggtctttgtaagtgatgttttagaatgctaattattatatttaggagttttgcatttgactgtcttgttgtaaacatggggctaggtaagtattgcatcttttc
atgaatatggtagaattttataacttttaagcagggaaggaaaatgctaaatatttgatttgtgtgtataataaggcgctgagtttttacatgcaggcttaagaaggaattgcctctgcttagtgcagatttttattttcagttaaaacttaaaattcagaccaatcatagaatgctgtattaaattttaagactatatt
ttgacctactgttcagatatgcagcaatgtgccagcctgccaggcaaaattttcatttgtgtattaaatcaagtacacaatttttgttgtggtcctttaaaccgtttatttcttactgcatttcacgcttcagccttatatttcattacatgttatctgtgtatgtgttttgatgcaagcaacaaagttcgcaacttttt
ggactttgaatagtctcatggtagtgttttttgggataagaggactgactttatctcattctgttatttttagcaactaatgcatcatttaattttttaacttcctttttgacctactaaaattttgaaatatccagATGCCTGTATACTGAGCAACCATCATGAGGTTTCTGACATTGTGAATTATGACCTTGTAAGTT
TATTGTTTCTTCATTTTTGGAAACAGTGCTACACAATCTATTAAAGTTCAGCATTTGCTACTTCTGTCCCCGCTTTCTCCTCAATGTAATTAAATGCACATTTAAGGATAATTTTTAAGGTTAATACTCTTTTTCTTTTGTTTCTAAGATTCAGAAAAATACTCTCATTTCCAATGTTGCATGTGGCATTTTTACTTAAT
GTTACATTCTTTTGTTTGTCTTCAACTTCTGAACTCATATTTTCTTTACTTTTCAAAAATCACTTAAAAATGCACAGTGCGGTCTGGGGGTTTTTGTTCTTAACCAGTTTCCTTGACATAATCTATTTGCTAAAAGTGGATATTCTCTTTAAGGTGTTGTGCGCCTGTGCAGAATTAAACCCTGAACCAGATGGAGAGCT
AGAGGGGGAAGGTGACTGGATATTCAGTGTGGAGGATATGATGAATTCAAATCTAGGTGCAGTAAATGGCATTTCAGTGCACAATGGCGAAGGTGATTGGGAATACGAGGAAGAGGAGTTGGATAACCATATTGGTCATTCCAACGGCTTGGCTCATAGCCTACATGAGAATATTTTAGAGCTTCAAATTGATGATGCAC
GTTTTGAGGATGCATTGGAGCCAGAAGATGAAGTACAAAGATCCAGGACTTAAAATTGAGAGTTATCTAACATGTTGAAAACCAGATAAGCGTAAAAACAAACCGAGGATATTATGACAGTACATGGAAGACTTCATTTGTTTCTCATACGGCAGTTTCAAAGCACGTACAATAAAATGTTTAACTTATATGTGATATTC
TATGCGATCTGTAATAACCTGTCCTATTACTTACGCTGGTTGTCTTTGTGCTTATTGAAGTTATAGGACACAATACTGGAAAGGTGTTTTTACCTTTTTACCTTATGTGCATAGCCCTCAGCTTCAATACTAGGTTTAGTTACAAATGGCCTGGCCAGGATGGTTAGCATTGGTTAGCCATAATGAAGTTTGATTAGCCC
CATTTTGAGATTATAACTATAGTTAGTTAATCCAATCTGACTATTTTCCCAATGGGCAGAGTTATTGTTAGGTCTCCTAGAGAGAGGAGATTCAGATTGTGATCTTATTTTAGGCTTGACAGTTTCACCCCAAATATGACCGAAGACTTCATAGCTTGTTCAACGAGTTTTTTTGCTAATTTTGGTTCACATTTGCATCA
TTATTTTAGAGTATTTTTTATATCCTAGTTCTTCACATTTTTGTTTTACTTTACTATTTTAGAATATTTTAAACAAGGTTCGCTGAACACTCCGATGGGGGAAAGCATTGGAAGGTTCTTATGTTTTTGAAGAGTTCTCCATGGATATATCAAAATGAGCAAGGATACAAGATTTGGAGTTAAGATTTATACCTGTTCAA
GTTGGT
Intron 10 GTAATACATT ... TGAGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.81 | 138 | 29 | 48 |
| A2 | 27.66 | 68 | 26 | 26 |
| A3 | 24.32 | 98 | 26 | 37 |
| A4 | 23.26 | 66 | 24 | 16 |
| A5 | 30 | 35 | 18 | 12 |
| A6 | 20.33 | 49 | 17 | 8 |
| A7 | 17.38 | 123.6 | 27 | 25 |
| A8 | 15.66 | 35 | 8 | 5 |
| A9 | 19.08 | 112.4 | 27 | 26 |
| A10 | 20.23 | 140 | 30 | 41 |
>TRINITY_DN124014_c1_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoformCAAAGTCTTAATAACAATTATTTCCCACTCGAAACACGAAGAATCTGGTCCCTTAGATACGGGAATCCAACGGCGAAGATGGCCCCAGCGGATGACCGTTAATGCCGCAGCAAATTCAAATGCAAAGGAAGGCAATCTCTTTGGTTTCTCTTCTCGCATTTCTCCTCTGTTTCTCATCATTGTGATCTTCAAACCTCCAT
ATTTCATCACGCGGAATCCACTCAGACCAAGCCCTTTCCAGTTGCATTCGATCGAAATATTCCGATCGTCAATAGAACGCAGTGATTTGCCATTAGTCTTGCAGAAACTGGTGCAATCGGAGCTCCTGAGGTTTGATACCGGTTCGTGGATTGGGCACAGTTTGTCCCATCTGGGCATGATCAGAATTAGGGTTATATGA
AGTGTTAAAACATGCAGGACGGATATGGGTCTTTCAGGAGTTCATTGGTGTTCAGGAGCCCTGAGGTCAACAATGGAGGTTTTGGGCGCGGGATGAATTCGAGTTTCAGGTCGCCTCGGGCGAGTTCTGTTTATAAAATGACTAGGGAAAGCGGTTGCCCGGCTATTAGGTGGAAGAAAGGGGAGCTTATTGGCTCTGGG
GCTTACGGGAGGGTTTATATGGGCATGAATTTGGACTCTGGGGAGCTTTTGGCTGTCAAGCAGGTTTTGATTGCTGCTAACAACGGATCAAAGGAGAAGGCTCAGGCTCATATCAGAGAGCTTGAGGAGGAGGTTAAATTGCTTCGGAACTTATCCCATCCAAACATAGTGCGATATCTGGGAACTGCTAGAGAAGAGGA
AGCTTTGAATATCCTTCTGGAGTTTGTTCCTGGTGGATCTATTTCTTCTCTTCTTGGCAAATTTGGTTCTTTCACAGAGCCGGTTATTAGAATGTACACAAAACAACTTCTCCAGGGGCTCGAATATCTCCATAAGAATGGTATCATGCACAGAGATATCAAGGGGGCAAATATTCTCGTGGACAACAAGGGCTGTATTA
AGTTAGCAGACTTTGGTGCATCCAAGCAAGTGGTTGAGCTGGCAACAGTCTCTGGGGCAAAGTCAATGAAGGGAACACCATATTGGATGGCACCTGAAGTCATTCGTCAAACTGGACATGGCCTGTCTGCAGATATATGGAGCGTTGGTTGTACTGTAATTGAAATGGCAACAGGAAAACCTCCATGGAGCCAGCAATTT
CAAGAGGTAGCTGCATTGTTTCATATTGGGACAACAAAGTCACACCCACCGATTCCAGATCATCTCTCACCGGAGGCAAAAGATTTTCTACTGAAATGTTTGAAGAAAGAACCAAATTTGAGGCCCACTGCAACTGAATTGCTTCAGCATCCTTTTGTTGTTGGCAACTACCGTGATACACATCCACTTGTTAGGTCCTC
TGTTATGAGGGACTACCGAGATCCACCTCCTCTTGTTAGATCCTCTACTCTCGGACGCTACCGAGATCCACCTGCTTCTGTTAGGTCCTCTGCTCTGGAACGCTCTATGAATCTTTTACGCCAGTCAACTTCTTACATCAGAAACTCCTTTGATATTAGTAGTATGCTAAGTACAACTAGAAGCATACAAGATATGCCAA
ATCTTGGGAGCGTGAGGAGCTCACTTGGAAGAGTATTTTCTGTACGGCAGTCAACTTTGAAAGGTATAGAAGCACCAAATTTGAGAAATGAGATGTCTAATAACTTCCCTTTGGAAGAGGATTTGAATTGTTCTGTACGGCTTGACTCGTTCAAATCGGATTGCTTTACAAAGAGTTTTAATCCTTTATCGGAGCCATCA
GATGAAGATGAGTGGCAATGCAAATTCAGGGAAAGTGAGGATATAAGGGCTTCACGGGGACTTCGTAATATCATGCCTGAATCAACAATACATCGTGAGGCTCCTGTAAAAAATGAAAATGATTTTACGTTTCAATGTGCGCGTCCACTGTATGATGATGATGAAGAGGTTACTGAGTCTAAAATAAGAGCCTTTTTGGA
TGAGAAGGCTTTAGAACTGAAAAAGTTACAAACACCACTATATGAGGAGTTTTACAATACCATGAATGCAGCTCTAGATTCAGAAAATGACATTGGTGGAAGTGACAATGCTTTGACCCTTGTGAGATGCAAGTCACATAGTAAAGGTTCAAATGTTGCTTCACTTGACATGAGCAAACGTGATAGTGATGCAAGCATAA
ACTCAGGTAGTCCAGCAGGAGCTGCTTCTAGTGCTAATGTCAATCCACTAAGAGAGGTTCCCTCACCACGACTAAATGAATGGAATGGTGTCCAGGAAACTCAGAAAGCATCAGCCAGCCCTAGTTTGAGTTCCGAGCTTCAGAGAGCCTGGAAAGAAGAGCTTTATCAGGAACTTGAGAGAAAGCGAGGTAACCCTTTT
CTTTGAAAGATGCACTTGCTTTTTTGACATGCAAGTTATTGTTGTATTCTATAGAATTTTGCCTTTATACAAGAATCCAGTATATGGCATCCTTTTGATGAATACTTTCCTGCAGAAGAAATGAGGAAGCGTTTTGCAGCAAATAGTGGCAGGACATTGTCACCTAAAGGTAAATTGACGCAACGTCATAGGGACCATTT
GGCTTGCCCCTCTCCAGCAAAATGAATTTCTATGGACCAAAGAAATTTCTCATCAATCAGTCCACCTCATTTTGTTGATCAAGTCAAAGTGGTGAAATCAATCAAGAGCCTTTCTATGCAGTTGAAGAAGTCCTTACACTGCCTGCTGCATATAATGTAATTGTACATGGCTTGCCTAAGTTTTTCAGGAAGAGTTTCTC
ATTTGCATGTATCAGCAGGTCGTTGTGTATATGACTTATATGTATTAGATAACCGAGCAGTCACTGCTAATGATGCCTGCTGCATATATTGGCAAGCATTTTGGTAAAATGGATTTCTTTGGTCACAGGCTAGCATTGTCTTTGTCAATTCTGGATGGCAGAGGAGTGGTGATTAAGGATTTATTTGTAACAAAGTGTGA
TTGTTCAAGTTATATTTGGCAATAAATAAATGTAATAAAGTTCTTAGACTGGAGAAAATATGTTTAAAGGTAACTACAATGGTGGAGCATGGCAATGTTTAGCGACGTAATGGAAGTAATTTGTTGTGCCTTTTGACCATTTGGATAGGTTATAGTCGTAGTTTGTAACATAGGTATCAAATTTTGAATGTTGTATGTGG
TTTAATAAGGTATCAGGATTGCTTGCTGTCAATTGTCCCAGTTACTGTCACCAAATTTAGCTATAATATGAG
>TRINITY_DN124014_c1_g2_i14 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTTACTGTTAGACATGAGGTCTATATGTTGCATTGCAAAGAAAGGATGCTTCTTAAATTTGTAATTTATATGATGATATGGTCTTTTTTAGGCTCATATCAGAGAGCTTGAGGAGGAGGTTAAATTGCTTCGGAACTTATCCCATCCAAACATAGTGCGATATCTGGGAACTGCTAGAGAAGAGGAAGCTTTGAATATCC
TTCTGGAGTTTGTTCCTGGTGGATCTATTTCTTCTCTTCTTGGCAAATTTGGTTCTTTCACAGAGCCGGTTATTAGAATGTACACAAAACAACTTCTCCAGGGGCTCGAATATCTCCATAAGAATGGTATCATGCACAGAGATATCAAGgtaatacattcaatggccagtcatttcaaatttgatatcataaggtgaaac
atgtaagaagcaaaataaagaaatgattcttttgagagcacctagattaagcattctatctggactctgagattagtgcttgatgggtattattcttctttaagagagcacttgggagcagcatatggtggtggcaagcgttagttggacatcattggctgactcaaattgccacccattgtatgctagcttgcgttgat
ttttatacaatgttagctgttgaatatgtttttatacagcagaatctgataattgaaaaaagtaactcttgatttttatacaatgttagcttttgaatatgtttttatacagcagaatctgataattgaaaaaagtaactctgataattgaaaaaagtatctcttgatttttatacaatgttagcttttgaatatgtttt
tatacagcagaatctgataattgaaaaaagtaactcttgatttattggatgctgtgtgttgacatgattagaagaatttacatttgttgaggtaggtatgcatgtaggaatagagttcttttcagttgtacaactatatataaggcaaaattatttaaatttcataaatgtggcagtgagcgataacatggtttttgagt
tgcagGGGGCAAATATTCTCGTGGACAACAAGGGCTGTATTAAGTTAGCAGACTTTGGTGCATCCAAGCAAGTGGTTGAGCTGGCAACAGTCTCTGGGGCAAAGTCAATGAAGGGAACACCATATTGGATGGCACCTGAAGTCATTCGTCAAACTGGACATGGCCTGTATGTCTTGTATTTCCTTTACAGTCCTACGTAG
GCTTTTGATATGGTTTTCTATAATTGCTCTGGTAAATCTCCAAGTGAGAATAAGACTAAATATTCTGGTTTTCATGGATAATTGTGGCAGAGTTGAGTCACATACTTCAGGTTAATGGCCTTTTTATATCATTTTCCTATATTCCCTTGAACATTCACTTCTGCATACATAAAGGAATATCGGTCTCCTTACCTAATAAC
TCTTTTCTTGCCTTTTCATAGCTGAGTGCTCAGTATCCGTTTAGGTCATTGTTTATGGCAGTCATCATTTCATGGAGCTATTGTGACCTCAACACATTGAATGGTTACCCCACATGTACATAGGCCCATCTAAGGGCGCTTTTTTCCTGAAGGATCAGGAATATATGACTGGCA
Intron 11 GTGGGTTCAC ... TTGATTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.53 | 103 | 25 | 18.3 |
| A2 | 11.65 | 91 | 12 | 21 |
| A3 | 20.24 | 67 | 17 | 8.3 |
| A4 | 11.65 | 91 | 12 | 18 |
| A5 | 13.33 | 26 | 4 | 3.8 |
| A6 | 16.67 | 60 | 12 | 12.5 |
| A7 | 21.03 | 154 | 41 | 24.8 |
| A8 | 14.62 | 111 | 19 | 22.5 |
| A9 | 13.21 | 138 | 21 | 22.8 |
| A10 | 12.77 | 123 | 18 | 18.8 |
>TRINITY_DN124014_c1_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoformATTTTATTTTTCATTGAAATAATGTGTTTTAACATCATAACTTTGACTTATAAATTTCTTACTCCCCCATTTCCTCTGTTTTTTAAAGCACTCCATAATCCTTTGCTGTAATTTCATTTTTACTGAAAGGTGATGGGTGTTGTCTGACCAATTTTGTAATCATTGCTTAGGTCTGCAGATATATGGAGCGTTGGTTGTAC
TGTAATTGAAATGGCAACAGGAAAACCTCCATGGAGCCAGCAATTTCAAGAGGTAGCTGCATTGTTTCATATTGGGACAACAAAGTCACACCCACCGATTCCAGATCATCTCTCACCGGAGGCAAAAGATTTTCTACTGAAATGTTTGAAGAAAGAACCAAATTTGAGGCCCACTGCAACTGAATTGCTTCAGCATCCTT
TTGTTGTTGGCAACTACCGTGATACACATCCACTTGTTAGGTCCTCTGTTATGAGGGACTACCGAGATCCACCTCCTCTTGTTAGATCCTCTACTCTCGGACGCTACCGAGATCCACCTGCTTCTGTTAGGTCCTCTGCTCTGGAACGCTCTATGAATCTTTTACGCCAGTCAACTTCTTACATCAGAAACTCCTTTGAT
ATTAGTAGTATGCTAAGTACAACTAGAAGCATACAAGATATGCCAAATCTTGGGAGCGTGAGGAGCTCACTTGGAAGAGTATTTTCTGTACGGCAGTCAACTTTGAAAGGTATAGAAGCACCAAATTTGAGAAATGAGATGTCTAATAACTTCCCTTTGGAAGAGGATTTGAATTGTTCTGTACGGCTTGACTCGTTCAA
ATCGGATTGCTTTACAAAGAGTTTTAATCCTTTATCGGAGCCATCAGATGAAGATGAGTGGCAATGCAAATTCAGGGAAAGTGAGGATATAAGGGCTTCACGGGGACTTCGTAATATCATGCCTGAATCAACAATACATCGTGAGGCTCCTGTAAAAAATGAAAATGATTTTACGTTTCAATGTGCGCGTCCACTGTATG
ATGATGATGAAGAGGTTACTGAGTCTAAAATAAGAGCCTTTTTGGATGAGAAGGCTTTAGAACTGAAAAAGTTACAAACACCACTATATGAGGAGTTTTACAATACCATGAATGCAGCTCTAGATTCAGAAAATGACATTGGTGGAAGTGACAATGCTTTGACCCTTGTGAGATGCAAGTCACATAGTAAAGGTTCAAAT
GTTGCTTCACTTGACATGAGCAAACGTGATAGTGATGCAAGCATAAACTCAGGTAGTCCAGCAGGAGCTGCTTCTAGTGCTAATGTCAATCCACTAAGAGAGGTTCCCTCACCACGACTAAATGAATGGAATGGTGTCCAGGAAACTCAGAAAGCATCAGCCAGCCCTAGTTTGAGTTCCGAGCTTCAGAGAGCCTGGAA
AGAAGAGCTTTATCAGGAACTTGAGAGAAAGCGAGAAGAAATGAGGAAGCGTTTTGCAGCAAATAGTGGCAGGACATTGTCACCTAAAGGTAAATTGACGCAACGTCATAGGGACCATTTGGCTTGCCCCTCTCCAGCAAAATGAATTTCTATGGACCAAAGAAATTTCTCATCAATCAGTCCACCTCATTTTGTTGATC
AAGTCAAAGTGGTGAAATCAATCAAGAGCCTTTCTATGCAGTTGAAGAAGTCCTTACACTGCCTGCTGCATATAATGTAATTGTACATGGCTTGCCTAAGTTTTTCAGGAAGAGTTTCTCATTTGCATGTATCAGCAGGTCGTTGTGTATATGACTTATATGTATTAGATAACCGAGCAGTCACTGCTAATGATGCCTGC
TGCATATATTGGCAAGCATTTTGGTAAAATGGATTTCTTTGGTCACAGGCTAGCATTGTCTTTGTCAATTCTGGATGGCAGAGGAGTGGTGATTAAGGATTTATTTGTAACAAAGTGTGATTGTTCAAGTTATATTTGGCAATAAATAAATGTAATAAAGTTCTTAGACTGGAGAAAATATGTTTAAAGGTAACTACAAT
GGTGGAGCATGGCAATGTTTAGCGACGTAATGGAAGTAATTTGTTGTGCCTTTTGACCATTTGGATAGGTTATAGTCGTAGTTTGTAACATAGGTATCAAATTTTGAATGTTGTATGTGGTTTAATAAGGTATCAGGATTGCTTGCTGTCAATTGTCCCAGTTACTGTCACCAAATTTAGCTATAATATGAG
>TRINITY_DN124014_c1_g2_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCAACTTCTTACATCAGAAACTCGTAAGTTATTACCATATCAAGTTCTTTATAATAGTTCATTTATAGAACATATGAAGTCTAATCCAGTTATTGGATGTAAAGATGATTTTTTTAAAGCTGTTTGGGCATTTTTGAAGGAATCTCTATAAGAGATTTCTGATTGAGCACTTGTCTTAAGATTTACATTTGGCATCATTC
CTTTTCTTGTCATGTTGCACTTTTACTTGTAGCTACTTTGATTTAGTTCTTTTTATTTCATTAGCAAATGCTTACTCATATTACTAGTGAAGCTAGGATCAATGTTTGTGCCTTGACCCTTACTTTATTTCAATCAAAGATGCACCCTTCTTTAATGCAGCTTTGATATTAGTAGTATGCTAAGTACAACTAGAAGCATA
CAAGATATGCCAAATCTTGGGAGCGTGAGGAGCTCACTTGGAAGAGTATTTTCTGTACGGCAGTCAACTTTGAAAGGTATAGAAGCACCAAATTTGAGAAATGAGATGTCTAATAACTTCCCTTTGGAAGAGGATTTGAATTGTTCTGTACGGCTTGACTCGTTCAAATCGGATTGCTTTACAAAGgtgggttcacttgt
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TCATGCCTGAATCAACAATACATCGTGAGGCTCCTGTAAAAAATGAAAATGATTTTACGTTTCAATGTGCGCGTCCACTGTATGATGATGATGAAGAGGTTACTGAGTCTAAAATAAGAGCCTTTTTGGATGAGAAGGCTTTAGAACTGAAAAAGTTACAAACACCACTATATGAGGAGTTTTACAATACCATGAATGCA
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TCTCATTTGCATGTATCAGCAGGTCGTTGTGTATATGACTTATATGTATTAGATAACCGAGCAGTCACTGCTAATGATGCCTGCTGCATATATTGGCAAGCATTTTGGTAAAATGGATTTCTTTGGTCACAGGCTAGCATTGTCTTTGTCAATTCTGGATGGCAGAGGAGTGGTGATTAAGGATTTATTTGTAACAAAGT
GTGATTGTTCAAGTTATATTTGGCAATAAATAAATGTAATAAAGTTCTTAGACTGGAGAAAATATGTTTAAAGGTAACTACAATGGTGGAGCATGGCAATGTTTAGCGACGTAATGGAAGTAATTTGTTGTGCCTTTTGACCATTTGGATAGGTTATAGTCGTAGTTTGTAACATAGGTATCAAATTTTGAATGTTGTAT
GTGGTTTAATAAGGTATCAGGATTGCTTGCTGTCAATTGTCCCAGTTACTGTCACCAAATTTAGCTATAATATGAG
Intron 12 GTATCCTTTA ... TTGCTAAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.44 | 161 | 22 | 28 |
| A2 | 12.18 | 155 | 22 | 21 |
| A3 | 14.02 | 184 | 22 | 38 |
| A4 | 15.05 | 127 | 13 | 32 |
| A5 | 15.46 | 82 | 19 | 11 |
| A6 | 9.79 | 673 | 82 | 64 |
| A7 | 11.36 | 710 | 83 | 99 |
| A8 | 12.78 | 495 | 80 | 65 |
| A9 | 12.04 | 661 | 105 | 76 |
| A10 | 10.75 | 544 | 48 | 83 |
>TRINITY_DN42202_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoformGTGGGAGTGACACTCAACGGTGAGGCGATTTTGATTCACTCTTTCAGTGGTTCCAACTATATTTTGACGTTGAAATATCTGCTGCAATATAACTCTGTAAGGGTTTTGCAAGGGTTTTATACAGTAAGCTCGCATTGGAAGCCTCTGTTTCTTAAAAATGGGCTTGACTGCCATCACAGAGCGGGACGGAGAACCCCGTT
TGGATACAGAAAGCGGCGAAGAGACCAGACATGTACAGCCGCAGACCGCAATAGTGCTGGGGAATCGGACCCCGGAGCAACTTGGAACGCTCTACGTCACAACAAAGAGATTAATTTGGCTGAGCGACGTAGACAAACAGAAGGGCTATGGCGTCGATTTCTTATCAATTTCTCTGCATGCTGTTTCCAGAGATCCCGAG
GCATACCCACTTCCTTGCATTTATGCACAGATTGAGACTGCAGAATCAGATGGCTATGGAGATGAGTTGGAGGAGAATTCAACAAATGGTGAAAACATAGATCTGTCACAGGTTACTGAGATACGTCTTGTTCCGTCTGATCCAAGCACACTGGATATTCTCTTTAAGGTGTTGTGCGCCTGTGCAGAATTAAACCCTGA
ACCAGATGGAGAGCTAGAGGGGGAAGGTGACTGGATATTCAGTGTGGAGGATATGATGAATTCAAATCTAGGTGCAGTAAATGGCATTTCAGTGCACAATGGCGAAGGTGATTGGGAATACGAGGAAGAGGAGTTGGATAACCATATTGGTCATTCCAACGGCTTGGCTCATAGCCTACATGAGAATATTTTAGAGCTTC
AAATTGATGATGCACGTTTTGAGGATGCATTGGAGCCAGAAGATGAAGTACAAAGATCCAGGACTTAAAATTGAGAGTTATCTAACATGTTGAAAACCAGATAAGCGTAAAAACAAACCGAGGATATTATGACAGTACATGGAAGACTTCATTTGTTTCTCATACGGCAGTTTCAAAGCACGTACAATAAAATGTTTAAC
TTATATGTGATATTCTATGCGATCTGTAATAACCTGTCCTATTACTTACGCTGGTTGTCTTTGTGCTTATTGAAGTTATAGGACACAATACTGGAAAGGTGTTTTTACCTTTTTACCTTATGTGCATAGCCCTCAGCTTCAATACTAGGTTTAGTTACAAATGGCCTGGCCAGGATGGTTAGCATTGGTTAGCCATAATG
AAGTTTGATTAGCCCCATTTTGAGATTATAACTATAGTTAGTTAATCCAATCTGACTATTTTCCCAATGGGCAGAGTTATTGTTAGGTCTCCTAGAGAGAGGAGATTCAGATTGTGATCTTATTTTAGGCTTGACAGTTTCACCCCAAATATGACCGAAGACTTCATAGCTTGTTCAACGAGTTTTTTTGCTAATTTTGG
TTCACATTTGCATCATTATTTTAGAGTATTTTTTATATCCTAGTTCTTCACATTTTTGTTTTACTTTACTATTTTAGAATATTTTAAACAAGGTTCGCTGAACACTCCGATGGGGGAAAGCATTGGAAGGTTCTTATGTTTTTGAAGAGTTCTCCATGGATATATCAAAATGAGCAAGGATACAAGATTTGGAGTTAAGA
TTTATACCTGTTCAAGTTGGT
>TRINITY_DN42202_c0_g1_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:GTGGGAGTGACACTCAACGGTGAGGCGATTTTGATTCACTCTTTCAGTGGTTCCAACTATATTTTGACGTTGAAATATCTGCTGCAATATAACTCTGTAAGGGTTTTGCAAGGGTTTTATACAGTAAGCTCGCATTGGAAGCCTCTGTTTCTTAAAAATGGGCTTGACTGCCATCACAGAGCGGGACGGAGAACCCCGTT
TGGATACAGAAAGCGGCGAAGAGACCAGACATGTACAGCCGCAGACCGCAATAGTGCTGGGGAATCGGACCCCGGAGCAACTTGGAACGCTCTACGTCACAACAAAGAGATTAATTTGGCTGAGCGACGTAGACAAACAGAAGGGCTATGGCGTCGATTTCTTATCAATTTCTCTGCATGCTGTTTCCAGAGATCCCGAG
GCATACCCACTTCCTTGCATTTATGCACAGATTGAGACTGCAGAATCAGATGGCTATGGAGATGAGTTGGAGGAGAATTCAACAAATGGTGAAAACATAGATCTGTCACAGGTTACTGAGATACGTCTTGTTCCGTCTGATCCAAGCACACgtatcctttaacattcaagttttcatgaatgccaagtattggtctcttc
agtttttaattttatattttgagctcttcaaattgttttattctgtatgtctttcagagccaaatgaacagaattttattcaagcttgaatgatttgaaaatttagtacgtcatttctaaaggaacatgtaactctctctagttaaccttaaaagacattttacattgccaatatccatctcttcttggtaatgattaaa
cttgacacacactaactagtacagagttttgctcctcccctcccgcgtttcttaatttttactgtttactgttaacttcactatttcatacattctggtctttgtaagtgatgttttagaatgctaattattatatttaggagttttgcatttgactgtcttgttgtaaacatggggctaggtaagtattgcatcttttc
atgaatatggtagaattttataacttttaagcagggaaggaaaatgctaaatatttgatttgtgtgtataataaggcgctgagtttttacatgcaggcttaagaaggaattgcctctgcttagtgcagatttttattttcagttaaaacttaaaattcagaccaatcatagaatgctgtattaaatgttaagaaattaat
tgcttctatattttgagctactgttcagatatgcagcaatgtgccagcctgccaggcaaaattttcatttgtgtattaaatcaagtacacaatttttgttgtggtcctttaaaccgtttatttcttactgcatttcacgcttcagccttatatttcattacatgttatctgtgtatgtgttttgatgcaagcaacaaagt
tcgcaactttttggactttgaatagtctcatggtagtgttttttgggataagaggactgactttatctcattctgttatttttagcaactaatgcatcatttaattttttaacttcctttttgacctactaaaattttgaaatatccagatgcctgtatactgagcaaccatcatgaggtttctgacattgtgaattatg
accttgtaagtttattgtttcttcatttttggaaacagtgctacacaatctattaaagttcagcatttgctacttctgtccccgctttctcctcaatgtaattaaatgcacatttaaggataatttttaaggttaatactctttttcttttgtttctaagattcagaaaaatactctcatttccaatgttgcatgtggca
tttttacttaatgttacattcttttgtttgtcttcaacttctgaactcatattttctttacttttcaaaaatcacttaaaaatgcacagtgcggtctgggggtttttgttcttaaccagtttccttgacataatctatttgctaaaagTGGATATTCTCTTTAAGGTGTTGTGCGCCTGTGCAGAATTAAACCCTGAACC
AGATGGAGAGCTAGAGGGGGAAGGTGACTGGATATTCAGTGTGGAGGATATGATGAATTCAAATCTAGGTGCAGTAAATGGCATTTCAGTGCACAATGGCGAAGGTGATTGGGAATACGAGGAAGAGGAGTTGGATAACCATATTGGTCATTCCAACGGCTTGGCTCATAGCCTACATGAGAATATTTTAGAGCTTCAAA
TTGATGATGCACGTTTTGAGGATGCATTGGAGCCAGAAGATGAAGTACAAAGATCCAGGACTTAAAATTGAGAGTTATCTAACATGTTGAAAACCAGATAAGCGTAAAAACAAACCGAGGATATTATGACAGTACATGGAAGACTTCATTTGTTTCTCATACGGCAGTTTCAAAGCACGTACAATAAAATGTTTAACTTA
TATGTGATATTCTATGCGATCTGTAATAACCTGTCCTATTACTTACGCTGGTTGTCTTTGTGCTTATTGAAGTTATAGGACACAATACTGGAAAGGTGTTTTTACCTTTTTACCTTATGTGCATAGCCCTCAGCTTCAATACTAGGTTTAGTTACAAATGGCCTGGCCAGGATGGTTAGCATTGGTTAGCCATAATGAAG
TTTGATTAGCCCCATTTTGAGATTATAACTATAGTTAGTTAATCCAATCTGACTATTTTCCCAATGGGCAGAGTTATTGTTAGGTCTCCTAGAGAGAGGAGATTCAGATTGTGATCTTATTTTAGGCTTGACAGTTTCACCCCAAATATGACCGAAGACTTCATAGCTTGTTCAACGAGTTTTTTTGCTAATTTTGGTTC
ACATTTGCATCATTATTTTAGAGTATTTTTTATATCCTAGTTCTTCACATTTTTGTTTTACTTTACTATTTTAGAATATTTTAAACAAGGTTCGCTGAACACTCCGATGGGGGAAAGCATTGGAAGGTTCTTATGTTTTTGAAGAGTTCTCCATGGATATATCAAAATGAGCAAGGATACAAGATTTGGAGTTAAGATTT
ATACCTGTTCAAGTTGGT