sp|Q8RWU5|FBL3_ARATH ----> F-box/LRR-repeat protein 3


Intron 1 GTAGCAGATA ... ATTTGCCAAG

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A942.6743132
A1044.0733726



>TRINITY_DN110105_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform
CTTACAGCAAGGAAATTTGACTAAAATATCACCTGCAGCCTCGGAGGCTTCACGCTTCTTGAATGAAATGATACACTTCCTCGTCGTTCTTAAAGTACTCCTCTCCTAACTTGCATGGCATTGTCGTCTTAGCTTCATTATGATTTTCATCCAGTGGGTCATTCAATTATTTAACTTCTCCATTGAATTTGAGTAAAGCT
GATTGCGTTTGGGTATTTCTACGGTGCTCATTTTCTTGGCTTTATCGTGTAAGCTTGATTCCGATTTTCAGCCAGTGGGTCATTCACTTATTCAACTTCTCCATTCAATTCGAGGTTTTAAGCTTCTGCAACAAGCTTTTACAGCTTCTGTAATGAGCCCTCTGGTTCCAGATTTGGAACCATGTCTCTGATACCATATG
TAAGACCCCAACCTAGGTCTCCTTTAACTCTTAATAAGATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGA
GAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAGTTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAG
TGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTC
GACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATA
TGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGTATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAA
CCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCT
GGCGTGTTCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATG
CCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCCAAATTGAAGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTT
CTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAGTGATGTTATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGGTTGTTAGCCAAAGTGATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATT
GCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGCTGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAATGGCTTTGCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTT
AAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGGACTAAACGTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAG
CACAAAAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTGTCATTGAAGCATATTGCAATGGCAATTCAGTCAGTGGACTATTTGTCAGAGCTTGATGTTACCTTGTTCAATGGCTGCCAGTCTTCCATACACGGAAACGCAACATGTTTCATATATGTTCAGAATTTCAGCTCTACTTGTT
ATTATGCAAAGCTTTTGGTTGGGTATTGAAATAGTGCAGCATTTGAGCTCTCTGCTAATGGAATGATCTTGAGCATGGACTTCGTTTTGTAATGATGAGGGTGGTTTGAAGATGGCTTTTGCAGTCTGACATATAGGAATCATGTTAGATGGGTTTAATTGGTACAAACCAAAATAATTGTAGGTCTATATTGCTGCTGG
CATAAATGGTGCATAATCTGCTGATATTGATGACAGTTGAGATACACAGTATGATGTTCCTGTTGTTGATCAACTTGATGGAATATATTTTACTGTTCATGCGTTTATATGATTTAGCATGCAGTTGATGTCTTACTTCCTGCTTATCACACCATATTTTCTATGCACAAGACTGTCAGCATGCAAGCAGGAGATGCTTC
TACAAATAAAATTCCTGACTTGAGAGGCTTGATGTTTCAAAGTGTCGGAATGTTAGCTGCGCAGGAATAATTTCCCTTGCAAGTGGTTCCTCAGATTTGCGTCAATTTACTCTTGCCTATTGCATACCAATTTCTGATGATCTTC


>TRINITY_DN110105_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GGAATAGGTTATGTTATTCTACTTTGCAGTTTCAGTTTGTTGAAATCCAATTTTTATGCTCTGTTTGTCGAAATCCAATTTTCATGTTCTTTTCGTCTTCTGGATAGATTAGTACTAATTTATTTTTTAACCGTGAAGTTCAACGTTTGAGGGTATTCTTTTGCAGTAAAGCTGATTGCGTTTGGGTATTTCTACGGTGC
TCATTTTCTTGGCTTTATCGTGTAAGCTTGATTCCGATTTTCAGCCAGTGGGTCATTCACTTATTCAACTTCTCCATTCAATTCGAGGTTTTAAGCTTCTGCAACAAGCTTTTACAGCTTCTGTAATGAGCCCTCTGGTTCCAGATTTGGAACCATGTCTCTGATACCATATGTAAGACCCCAACCTAGGTCTCCTTTAA
CTCTTAATAAGgtagcagatataataacagcatatcaacttttgaaattaaattaaaacagaatttgccaagATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCAT
TCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAGTTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTA
GCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGG
TTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGA
GCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGT
ATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGG
TGTGTCTTTTCAGCCTTTTGCATATGATTTGAGTCTATAGTTGTAATCAATTGAAGGAATCCTTTTAAGATCATAATTTGCTGTTCAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTTCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAG
CGCCTTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAG



Intron 2 GTAAGTTAAT ... ACATGTCTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A79.72241.3126
A87.43174.4014
A915.14201.8136
A1013.44186.8129



>TRINITY_DN48533_c0_g2_i1 from sample A7 / Example spliced isoform
AAAGGGAACACACTGCTGCTCGGCAACTAAGTTTGGAAGGCTAGTCTTCGGCAACCTTGTCCGTCTATTCACTCCCAAATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTTCCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGC
TCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAATTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTC
GGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGATTGGTTCTCCTTGCCATGGACAACTTGATCGCAAGGCCATTGGA
ACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCAATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCTAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGAC
ATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGGTATTTTATTACTAAGGTTCATCTGATACAGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAAAT
TTAAGGTTTGTGTATGCTTCTTATTTTCATTCGTTTACTCAGAAGGCATGTGAAAGATCCATGGAAACGATGACCTTGTCCATTTCCTATGCAGTATCCATTTTTTACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGG
GAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTCCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATG
TTGAAGCGCCTTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCAT
TGAAGCATACCATTCCAAATTGAAGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCAC
TGTACATTGCTGACAGTGATGTTATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGGTTGTTAGCCAAAGTAATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGCTGGTATGGTTTGTCATGATCGTCAG
GTGGCTAGACCATCAATGGCTTTGCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGT
TTGCAAGAAGAGTAGGACTAAACGTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAAAAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTGTCAT


>TRINITY_DN48533_c0_g2_i11 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GATGGTTATCTTGAATACATTTTgtaagttaatttttttattgcatcacaatcagaactgttttatgcttgtgatggaaataatttcgtacctctggttttgatcagcccacatatttctttgtacatgtctagATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTG
TATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGATTGGTTCTCCTTGCCATGGACAACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATG
CTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCAATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCTAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCA
AATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGGTATTTTATTACTAAGGTTCATCTGATACAGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAAATTTAAGGTTTGTGTATG
CTTCTTATTTTCATTCGTTTACTCAGAAGGCATGTGAAAGATCCATGGAAACGATGACCTTGTCCATTTCCTATGCAGTATCCATTTTTTACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAG
AATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTCCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGC
ACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCC
AAATTGAAGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAG
TGATGTTATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGGTTGTTAGCCAAAGTAATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGCTGGTATGGTTTGTCATGATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAA
TGGCTTTGCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGG
ACTAAACGTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAAAAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTGTCAT



Intron 3 GTTTTAAGCT ... TCTTAATAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A132.031045543
A221.311203035
A327.181385449
A419.531384225
A519.8812515
A626.42391315
A733.711166355
A830.6134822
A931.97833543
A1028.16883633



>TRINITY_DN110105_c0_g1_i12 from sample A4 / Example spliced isoform
CTTACAGCAAGGAAATTTGACTAAAATATCACCTGTAGGCTCGGAGGCTTCACGCTTCTTGAATGAAATGATACACTTCCTCGTCGTTCTTAAAGTACTCCTCTCCTAACTTGCATGGCATTGTCGTCTTAGCTTCATTCTGATTTTCATCCTGTGGGTCATTCAATTATTTAACTTCTCCATTGAATTTGAGTAAAGCT
GATGCGTTTGGGTATTTCTACGGTGCTCATTTTCTTGGCTTTATCGTGTAAGCTTGATTCCGATTTTCAGCCAGTGGGTCATTCACTTATTCAACTTCTCCATTCAATTCGAGATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAG
GTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAGTTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTA
TGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTC
CTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTAT
GTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATCT
AATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGTATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCT
TTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTTCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTG
GATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCCAAATTGAAGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGG
TGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAGTGATGTTATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTA
AGGTTGTTAGCCAAAGTGATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGCTGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAATGGCTTTGCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTG
TTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGGACTAAACGTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGA
TGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAACAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTGTCAGAGAAGCACAACAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTG
TCAT


>TRINITY_DN110105_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CTTACAGCAAGGAAATTTGACTAAAATATCACCTGCAGCCTCGGAGGCTTCACGCTTCTTGAATGAAATGATACACTTCCTCGTCGTTCTTAAAGTACTCCTCTCCTAACTTGCATGGCATTGTCGTCTTAGCTTCATTATGATTTTCATCCAGTGGGTCATTCAATTATTTAACTTCTCCATTGAATTTGAGTAAAGCT
GATTGCGTTTGGGTATTTCTACGGTGCTCATTTTCTTGGCTTTATCGTGTAAGCTTGATTCCGATTTTCAGCCAGTGGGTCATTCACTTATTCAACTTCTCCATTCAATTCGAGgttttaagcttctgcaacaagcttttacagcttctgtaatgagccctctggttccagatttggaaccatgtctctgataccatatg
taagaccccaacctaggtctcctttaactcttaataagATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGA
GAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAGTTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAG
TGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTC
GACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATA
TGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGTATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAA
CCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCT
GGCGTGTTCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATG
CCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCCAAATTGAAGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTT
CTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAGTGATGTTATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGGTTGTTAGCCAAAGTGATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATT
GCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGCTGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAATGGCTTTGCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTT
AAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGGACTAAACGTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAG
CACAAAAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTGTCATTGAAGCATATTGCAATGGCAATTCAGTCAGTGGACTATTTGTCAGAGCTTGATGTTACCTTGTTCAATGGCTGCCAGTCTTCCATACACGGAAACGCAACATGTTTCATATATGTTCAGAATTTCAGCTCTACTTGTT
ATTATGCAAAGCTTTTGGTTGGGTATTGAAATAGTGCAGCATTTGAGCTCTCTGCTAATGGAATGATCTTGAGCATGGACTTCGTTTTGTAATGATGAGGGTGGTTTGAAGATGGCTTTTGCAGTCTGACATATAGGAATCATGTTAGATGGGTTTAATTGGTACAAACCAAAATAATTGTAGGTCTATATTGCTGCTGG
CATAAATGGTGCATAATCTGCTGATATTGATGACAGTTGAGATACACAGTATGATGTTCCTGTTGTTGATCAACTTGATGGAATATATTTTACTGTTCATGCGTTTATATGATTTAGCATGCAGTTGATGTCTTACTTCCTGCTTATCACACCATATTTTCTATGCACAAGACTGTCAGCATGCAAGCAGGAGATGCTTC
TACAAATAAAATTCCTGACTTGAGAGGCTTGATGTTTCAAAGTGTCGGAATGTTAGCTGCGCAGGAATAATTTCCCTTGCAAGTGGTTCCTCAGATTTGCGTCAATTTACTCTTGCCTATTGCATACCAATTTCTGATGATCTTC



Intron 4 GTACTCCTCT ... TGAATTTGAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A168.93322171
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A370.394531107
A470423698
A568.25201543
A66014121
A768.99401589
A864.29519
A966.67271754
A1068.75351377



>TRINITY_DN123102_c3_g1_i10 from sample A3 / Example spliced isoform
TTAATAGGAGAAAGCAGAACATAGTGTCATCTTACAGCAAGGAAATTTGACTAAAATATCACCTGCAGCCTCGGAGGCTTCACGCTTCTTGAATGAAATGATACACTTCCTCGTCGTTCTTAAATAAAGCTGATTGCGTTTGGGTATTTCTACGGTGCTCATTTTCTTGGCTTTATCGTGTAAGCTTGATTCCGATTTTC
AGCCAGTGGGTCATTCACTTATTCAACTTCTCCATTCAATTCGAGATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGT
GAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAATTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGA
AAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAG
GAGCTTCGACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGT
TAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAATTACAGCAAATGATTCGTTTCGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGTATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTG
ATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTA
TGCCTCTGGCGTGTCCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACA
GTGGATGCCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCCAAATTGAAGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTG
ACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAGTGATGTTATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGGTTGTTAGCCAAAGTAATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATT
TGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGCTGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAATGGCTTTGCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCA
GGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGGACTAAACGTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTG
AGAGAAGCACAAAAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTGTCATTGAAGCATATTGCAATGGCAATTCAGTCAGTGGACTATTTGTCAGAGCTTGATGTTACCTTGTTCAATGGCTGCCAGTCTTCCATACACGGAAACGCAACATGTTTCATATATGTTCAGAATTTCAGCTCT
ACTTGTTATTATGCAAAGCTTTTGGTTGGGTATTGAAATAGTGCAGCATTTGAGCTCTCTGCTAATGGAATGATCTTGAGCATGGACTTCGTTTTGTAATGATGAGGGTGGTTTGAAGATGGCTTTTGCAGTCTGACATATAGGAATCATGTTAGATGGGTTTAATTGGTACAATCCAAAATGT


>TRINITY_DN123102_c3_g1_i26 from sample A3 / Example unspliced isoform:
TTAATAGGAGAAAGCAGAACATAGTGTCATCTTACAGCAAGGAAATTTGACTAAAATATCACCTGCAGCCTCGGAGGCTTCACGCTTCTTGAATGAAATGATACACTTCCTCGTCGTTCTTAAAgtactcctctcctaacttgcatggcattgtcgtcttagcttcattatgattttcatccagtgggtcattcaattat
ttaacttctccattgaatttgagTAAAGCTGATTGCGTTTGGGTATTTCTACGGTGCTCATTTTCTTGGCTTTATCGTGTAAGCTTGATTCCGATTTTCAGCCAGTGGGTCATTCACTTATTCAACTTCTCCATTCAATTCGAGATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGA
GTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAATTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTT
ATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAAC
CAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAG
TAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAATTAC
AGCAAATGATTCGTTTCGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGTATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGT
GCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTCCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGCACATTAT
GTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCCAAATTGA
AGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAGTGATGTT
ATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGGTTGTTAGCCAAAGTAATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGCTGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAATGGCTTT
GCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGGACTAAAC
GTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAAAAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTGTCATTGAAGCATATTGCAATGGCAATTCAGTCAGTG
GACTATTTGTCAGAGCTTGATGTTACCTTGTTCAATGGCTGCCAGTCTTCCATACACGGAAACGCAACATGTTTCATATATGTTCAGAATTTCAGCTCTACTTGTTATTATGCAAAGCTTTTGGTTGGGTATTGAAATAGTGCAGCATTTGAGCTCTCTGCTAATGGAATGATCTTGAGCATGGACTTCGTTTTGTAATG
ATGAGGGTGGTTTGAAGATGGCTTTTGCAGTCTGACATATAGGAATCATGTTAGATGGGTTTAATTGGTACAATCCAAAATGTATGCAAAATTTGTTCATTTATAAATGATGTTTAGTATAGTTGAAGCAGTTAGCTTCTGTTGGATATTTAGATGGCCATGTCTGAAGCTTTTTCCCTGACAACATTGTATTTTAGAAT
TGTAGGTCTATATTGCTGCTGGCATAAATGGTGCATAATCTGCTGATATTGATGACAGTTGAGATACACAGTATGATGTTCCTGTTGTTGATCAACTTGATGGAATATATTTTACTGTTCATGCGTTTATATGATTTAGCATGCAGTTGATGTCTTACTTCCTGCTTATCACACCATATTTTCTATGCACAAGACTGTCA
GCATGCAAGCAGGAGATGCTTCTACAAATAAAATTCCTGACTTGAGAGGCTTGATGTTTCAAAGTGTCGGAATGTTAGCTGCGCAGGAATAATTTCCCTTGCAAGTGGTTCCTCAGATTTGCGTCAATTTACTCTTGCCTATTGCATACCG



Intron 5 GTATGCAAAA ... TGTATTTTAG

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>TRINITY_DN46392_c0_g2_i10 from sample A8 / Example spliced isoform
CAGAGATCCATGGGGAGCTCTGGTGGCCGAAGGTGACACAGAGAATGCTGCCTACGATATCTTCCAGGGCCATCTTTTCTTTTAGTGCTGAAATTTTCCCAGTTAAAGATGGTGTCGGTTTACTGATGGTCATTGCCAAAGAGGAGTCACTCAGCAACATTTATAGTTCCATTTTCTCCCCGAAAACATCCACATTGCGA
TTTCTCTCCTAATTACGCGGAATCGAACCGACCAGCTTTTTGCATCTTGAAGTCGGCACCACCACAAACAGAAGCAGGGAAAATGGACTTCAACAAGAGGAGGAGCTGATTCAGATATTAGTTCGTTTCTGCATACTTAGGAGAGAAAATTGCTATATAGATGTTTGTCGGTGATAGTTCTGATGAAGACGGATCTGAGC
CCGATGTGACGGATAACAATGAGGATTCTGAAATCGACTGGCTTATTGCTCAGAGGTTCCAGAAAAGCTCTACTAAGAGCGAATGCAGATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTG
ATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTATGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAATTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGT
GGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAA
GGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCAATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCTAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTA
GAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGG
GGTAAAAGATTTAAGTATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGA
AATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTCCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAG
ATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCCAAATTGAAGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGCATATCAACGAATTGATTGGTTG
GTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAGTGATGTTATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGGTTGTTAGCCAAAGTAATCGTTC
ACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGCTGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAATGGCTTTGCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAA
TTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGGACTAAACGTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTC
AATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAAAAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTGTCATTGAAGCATATTGCAATGGCAATTCAGTCAGTGGACTATTTGTCAGAGCTTGATGTTACCTTGTTCAATGGCTGCCAGTCTTCCATACA
CGGAAACGCAACATGTTTCATATATGTTCAGAATTTCAGCTCTACTTGTTATTATGCAAAGCTTTTGGTTGGGTATTGAAATAGTGCAGCATTTGAGCTCTCTGCTAATGGAATGATCTTGAGCATGGACTTCGTTTTGTAATGATGAGGGTGGTTTGAAGATGGCTTTTGCAGTCTGACATATAGGAATCATGTTAGAT
GGGTTTAATTGGTACAATCCAAAATAATTGTAGGTCTATATTGCTGCTGGCATAAATGGTGCATAATCTGCTGATATTGATGACAGTTGAGATACACAGTATGATGTTCCTGTTGTTGATCAACTTGATGGAATATATTTTACTGTTCATGCGTTTATATGATTTAGCATGCAGTTGATGTCTTACTTCCTGCTTATCAC
ACCATATTTTCTATGCACAAGACTGTCAGCACGCAAGCAGGAGATGCTTCTACAAATAAAATTCCTGACTTGAGAGGCTTGATGTTTCAAAGTGTCGGAATGTTAGCTGCGCAGGAATAATTTCCCTTGCAAGTGGTTCCTCAGATTTGCGTCAATTTACTCTTGCCTATTGCATACCAATTTCTGATGCTCTTCTTAAG
AGCTTCCAAAACTGTGACAGACTACAAACGATCAAATTTGATGGTTG


>TRINITY_DN46392_c0_g2_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:
CAGAGATCCATGGGGAGCTCTGGTGGCCGAAGGTGACACAGAGAATGCTGCCTACGATATCTTCCAGGGCCATCTTTTCTTTTAGTGCTGAAATTTTCCCAGTTAAAGATGGTGTCGGTTTACTGATGGTCATTGCCAAAGAGGAGTCACTCAGCAACATTTATAGTTCCATTTTCTCCCCGAAAACATCCACATTGCGA
TTTCTCTCCTAATTACGCGGAATCGAACCGACCAGCTTTTTGCATCTTGAAGTCGGCACCACCACAAACAGAAGCAGGGAAAATGGACTTCAACAAGAGGAGGAGCTGATTCAGATATTAGTTCGTTTCTGCATACTTAGGAGAGAAAATTGCTATATAGATGTTTGTCGGTGATAGTTCTGATGAAGACGGATCTGAGC
CCGATGTGACGGATAACAATGAGGATTCTGAAATCGACTGGCTTATTGCTCAGAGGTTCCAGAAAAGCTCTACTAAGAGCGAATGCAGATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTG
ATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTATGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAATTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGT
GGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAA
GGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCAATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCTAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTA
GAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGG
GGTAAAAGATTTAAGTATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGA
AATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTCCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAG
ATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCCAAATTGAAGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGCATATCAACGAATTGATTGGTTG
GTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAGTGATGTTATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGGTTGTTAGCCAAAGTAATCGTTC
ACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGCTGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAATGGCTTTGCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAA
TTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGGACTAAACGTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTC
AATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAAAAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTGTCATGTGGGTTTTAATGATTTATATATTTTTGATATTCTCTGTTTTAATTGCCAGCTTCAAAATGTCGATGATTTTGCTGATTCTAGTTTGC
TGTTTTAACCGTCAGTTTTACTGCATTACCTTTTGTAGTGAAGCATATTGCAATGGCAATTCAGTCAGTGGACTATTTGTCAGAGCTTGATGTTACCTTGTTCAATGGCTGCCAGTCTTCCATACACGGAAACGCAACATGTTTCATATATGTTCAGAATTTCAGCTCTACTTGTTATTATGCAAAGCTTTTGGTTGGGT
ATTGAAATAGTGCAGCATTTGAGCTCTCTGCTAATGGAATGATCTTGAGCATGGACTTCGTTTTGTAATGATGAGGGTGGTTTGAAGATGGCTTTTGCAGTCTGACATATAGGAATCATGTTAGATGGGTTTAATTGGTACAATCCAAAATgtatgcaaaatttgttcatttataaatgatgtttagtatagttgaagca
gttagcttctgttggatatttagatggccatgtctgaagctttttccctgacaacattgtattttagAATTGTAGGTCTATATTGCTGCTGGCATAAATAGTGCATAATCTACTGATATTGATGACAGTTGAGATACACAGTATGATGTTCCTGTTGTTGATCAACTTGATGGAATATATTTTACTGTTCATGCGTTTAT
ATGATTTAGCATGCAGTTGATGTCTTACTTCCTGCTTATCACACCATATTTTCTATGCACAAGACTGTCAGCACGCAAGCAGGAGATGCTTCTACAAATAAAATTCCTGACTTGAGAGGCTTGATGTTTCAAAGTGTCGGAATGTTAGCTGCGCAGGAATAATTTCCCTTGCAAGTGGTTCCTCAGATTTGCGTCAATTT
ACTCTTGCCTATTGCATACCAATTTCTGATGCTCTTCTTAAGAGCTTCCAAAACTGTGACAGACTACAAACGATCAAATTTGATGGTTGTGTAATTTCCAGCACAGCATTGGAACCAGTTGGGAAAATCTGCAAATCTTTGAGGGAATTGAGCTTAAGCAAGTGTATTGGAGTTACAGATGAAGGTGGCATGCTGTAGAG
AGCTTAACAAGTTAGATCTCACCTGCTGCCGTGATCTAACTGATGTTGCTTTCTCGGCCATTGCAACATCATGCAGATATCTTTCATCTCTTAAGATGGAATCCTGCAGCTTGGTCACAGAAAGAAGTTTGACTATGTTAGGAGAGGGTTGTCCTTTCATGGAAGAGCTTGACCTTACCGACTGTAGCATAAACAACACA
GGATTGAAATCCCTTTCTAAGTGCTCGGAATTGGTCACGTTGAAACGAGGATTCTGCCCAAATATATCCAATGAAGGGATTGTCCATGTTGGAGCCCGTTTCTCATGTCTGCAAGAACTTGATTTGTACAGATCTGTAGCAGTTGGGGATGTTGGATTAGCAGCAATTGCAAATGGTTGCCCGAGGTTAAAGAGTATTAA
TGTTTATTACTGCATACATGTCACTGACAATGGTCTGAGATCTCTCGCTCAACTGCAAAAACTTCATCAGCTTGGAATTCGAGGTTGTTCAGGGATTTCCTCTGCTGGTCTTTCTGCAATCGCTTTAGGATATAAGCGTATCGTTGAATTGGATATCAAAAGGTGCTACGGTGTTGATGATGTCGGAAATTCGGAATATT
GGCCGTAGCCGAGTCATGTCAAAATTTGCGTCAGATGAATGTCTCATATTGTCCAATCACAGATGTTGGGTTGTTAGCATTGGCAAGTCTTAGATGCTTACAGGACATTAAGTTAGTTTATTTGAGGAATGTAACGGTCAATGGTTTCATGTCTGCTCTGCTGGCTTGCTCAAGCTTCTTCAATTATTAAATTTCAATTT
ACCGCGAGGTCTGATTGAGATGTTGGAAGCCCGTGGGTGCAATATTCGATGGATGGACAAGCCTTTTGTGATACAGGATGCCCATCTCAAATAATTCAGTACTTGATTTTTTCCCGGAAAATGTAATATATAACTCAGAGTTCCATTTAGCGGTTGTTGTTGTCCAACTCTAAACAAATCAAATTTGTGTGTTCATGAAT
TTCTGTTTAAACCTCGTGAATTTGTGGGGTTTAATTCCATCTTCTGAGAGATGAAATGAGCACCTATGATATCATAGGTACATTTGTATATTGAAGAGTCCTGTGTTTATTCTGAATGGTATCGTTTACATTTGTATATTGAAGAGTCCTGTGTTTATTCTGAATGGTATCGTTTACATTTGTATATTGAAGAGTCC



Intron 6 GTTCCATACA ... CTTCATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A116.672062
A225361212
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A726.73371413
A824.0349922
A922.48501217
A1022.0830710



>TRINITY_DN46392_c0_g2_i11 from sample A8 / Example spliced isoform
CAGAGATCCATGGGGAGCTCTGGTGGCCGAAGGTGACACAGAGAATGCTGCCTACGATATCTTCCAGGGCCATCTTTTCTTTTAGTGCTGAAATTTTCCCAGTTAAAGATGGTGTCGGTTTACTGATGGTCATTGCCAAAGAGGAGTCACTCAGCAACATTTATAGTTCCATTTTCTCCCCGAAAACATCCACATTGCGA
TTTCTCTCCTAATTACGCGGAATCGAACCGACCAGCTTTTTGCATCTTGAAGTCGGCACCACCACAAACAGAAGCAGGGAAAATGGACTTCAACAAGAGGAGGAGCTGATTCAGATATTAGTTCGTTTCTGCATACTTAGGAGAGAAAATTGCTATATAGATGTTTGTCGGTGATAGTTCTGATGAAGACGGATCTGAGC
CCGATGTGACGGATAACAATGAGGATTCTGAAATCGACTGGCTTATTGCTCAGAGGTTCCAGAAAAGCTCTACTAAGAGCGAATGCAGATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTG
ATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTATGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAATTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGT
GGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAA
GGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCAATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCTAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTA
GAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGGTATTTTATTACTAAGGTTCATCTGATACAGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGG
GGTAAAAAATTTAAGGTTTGTGTATGCTTCTCATTTTCATTCGTTTACTCAGAAGGCATGTGAAAGATCCATGGAAACAATGACCTTGTCCATTTCCTATGTAGTATCCATTTTTTATTCTTCTTGTATTTGATTCAAACGAAATTGCAATTCCCGTAGCTTGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTAAAGTCATGATGTATAT
GTATTCTTCCTCATTTTCATTCTTTTACTTAGAAGGCATGTGAAAGACCCCTGGAAAGTATGACCTTGTCCATTTCTTATGTAGTATCCAGTTAATACGCTTCATGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCA
TGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTCCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCC
TTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATAC
CATTCCAAATTGAAGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGC
TGACAGTGATGTTATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGGTTGTTAGCCAAAGTAATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGCTGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGAC
CATCAATGGCTTTGCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAG
AGTAGGACTAAACGTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAAAAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTGTCATGTGGGTTTTAATGATTTAT
ATATTTTTGATATTCTCTGTTTTAATTGCCAGCTTCAAAATGTCGATGATTTTGCTGATTCTAGTTTGCTGTTTTAACCGTCAGTTTTACTGCATTACCTTTTGTAGTGAAGCATATTGCAATGGCAATTCAGTCAGTGGACTATTTGTCAGAGCTTGATGTTACCTTGTTCAATGGCTGCCAGTCTTCCATACACGGAA
ACGCAACATGTTTCATATATGTTCAGAATTTCAGCTCTACTTGTTATTATGCAAAGCTTTTGGTTGGGTATTGAAATAGTGCAGCATTTGAGCTCTCTGCTAATGGAATGATCTTGAGCATGGACTTCGTTTTGTAATGATGAGGGTGGTTTGAAGATGGCTTTTGCAGTCTGACATATAGGAATCATGTTAGATGGGTT
TAATTGGTACAATCCAAAATGTATGCAAAATTTGTTCATTTATAAATGATGTTTAGTATAGTTGAAGCAGTTAGCTTCTGTTGGATATTTAGATGGCCATGTCTGAAGCTTTTTCCCTGACAACATTGTATTTTAGAATTGTAGGTCTATATTGCTGCTGGCATAAATAGTGCATAATCTACTGATATTGATGACAGTTG
AGATACACAGTATGATGTTCCTGTTGTTGATCAACTTGATGGAATATATTTTACTGTTCATGCGTTTATATGATTTAGCATGCAGTTGATGTCTTACTTCCTGCTTATCACACCATATTTTCTATGCACAAGACTGTCAGCACGCAAGCAGGAGATGCTTCTACAAATAAAATTCCTGACTTGAGAGGCTTGATGTTTCA
AAGTGTCGGAATGTTAGCTGCGCAGGAATAATTTCCCTTGCAAGTGGTTCCTCAGATTTGCGTCAATTTACTCTTGCCTATTGCATACCAATTTCTGATGCTCTTCTTAAGAGCTTCCAAAACTGTGACAGACTACAAACGATCAAATTTGATGGTTGTGTAATTTCCAGCACAGCATTGGAACCAGTTGGGAAAATCTG
CAAATCTTTGAGGGAATTGAGCTTAAGCAAGTGTATTGGAGTTACAGATGAAGGTGGCATGCTGTAGAGAGCTTAACAAGTTAGATCTCACCTGCTGCCGTGATCTAACTGATGTTGCTTTCTCGGCCATTGCAACATCATGCAGATATCTTTCATCTCTTAAGATGGAATCCTGCAGCTTGGTCACAGAAAGAAGTTTG
ACTATGTTAGGAGAGGGTTGTCCTTTCATGGAAGAGCTTGACCTTACCGACTGTAGCATAAACAACACAGGATTGAAATCCCTTTCTAAGTGCTCGGAATTGGTCACGTTGAAACGAGGATTCTGCCCAAATATATCCAATGAAGGGATTGTCCATGTTGGAGCCCGTTTCTCATGTCTGCAAGAACTTGATTTGTACAG
ATCTGTAGCAGTTGGGGATGTTGGATTAGCAGCAATTGCAAATGGTTGCCCGAGGTTAAAGAGTATTAATGTTTATTACTGCATACATGTCACTGACAATGGTCTGAGATCTCTCGCTCAACTGCAAAAACTTCATCAGCTTGGAATTCGAGGTTGTTCAGGGATTTCCTCTGCTGGTCTTTCTGCAATCGCTTTAGGAT
ATAAGCGTATCGTTGAATTGGATATCAAAAGGTGCTACGGTGTTGATGATGTCGGAAATTCGGAATATTGGCCGTAGCCGAGTCATGTCAAAATTTGCGTCAGATGAATGTCTCATATTGTCCAATCACAGATGTTGGGTTGTTAGCATTGGCAAGTCTTAGATGCTTACAGGACATTAAGTTAGTTTATTTGAGGAATG
TAACGGTCAATGGTTTCATGTCTGCTCTGCTGGCTTGCTCAAGCTTCTTCAATTATTAAATTTCAATTTACCGCGAGGTCTGATTGAGATGTTGGAAGCCCGTGGGTGCAATATTCGATGGATGGACAAGCCTTTTGTGATACAGGATGCCCATCTCAAATAATTCAGTACTTGATTTTTTCCCGGAAAATGTAATATAT
AACTCAGAGTTCCATTTAGCGGTTGTTGTTGTCCAACTCTAAACAAATCAAATTTGTGTGTTCATGAATTTCTGTTTAAACCTCGTGAATTTGTGGGGTTTAATTCCATCTTCTGAGAGATGAAATGAGCACCTATGATATCATAGGTACATTTGTATATTGAAGAGTCCTGTGTTTATTCTGAATGGTATCGTTTACAT
TTGTATATTGAAGAGTCCTGTGTTTATTCTGAATGGTATCGTTTACATTTGTATATTGAAGAGTCC


>TRINITY_DN46392_c0_g2_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:
CAGAGATCCATGGGGAGCTCTGGTGGCCGAAGGTGACACAGAGAATGCTGCCTACGATATCTTCCAGGGCCATCTTTTCTTTTAGTGCTGAAATTTTCCCAGTTAAAGATGGTGTCGGTTTACTGATGGTCATTGCCAAAGAGGAGTCACTCAGCAACATTTATAGTTCCATTTTCTCCCCGAAAACATCCACATTGCGA
TTTCTCTCCTAATTACGCGGAATCGAACCGACCAGCTTTTTGCATCTTGAAGTCGGCACCACCACAAACAGAAGCAGGGAAAATGGACTTCAACAAGAGGAGGAGCTGATTCAGATATTAGTTCGTTTCTGCATACTTAGGAGAGAAAATTGCTATATAGATGTTTGTCGGTGATAGTTCTGATGAAGACGGATCTGAGC
CCGATGTGACGGATAACAATGAGGATTCTGAAATCGACTGGCTTATTGCTCAGAGGTTCCAGAAAAGCTCTACTAAGAGCGAATGCAGATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTG
ATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTATGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAATTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGT
GGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAA
GGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCAATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCTAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTA
GAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGGTATTTTATTACTAAGGTTCATCTGATACAGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGG
GGTAAAAAATTTAAGGTTTGTGTATGCTTCTCATTTTCATTCGTTTACTCAGAAGGCATGTGAAAGATCCATGGAAACAATGACCTTGTCCATTTCCTATGTAGTATCCATTTTTTATTCTTCTTGTATTTGATTCAAACGAAATTGCAATTCCCGTAGCTTGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTAAAGTCATGATGTATAT
GTATTCTTCCTCATTTTCATTCTTTTACTTAGAAGGCATGTGAAAGACCCCTGGAAAGTATGACCTTGTCCATTTCTTATGTAGTATCCAGTTAATACGCTTCATGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCA
TGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTCCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCC
TTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATAC
CATTCCAAATTGAAGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGC
TGACAGTGATGTTATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGGTTGTTAGCCAAAGTAATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGCTGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGAC
CATCAATGGCTTTGCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAG
AGTAGGACTAAACGTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAAAAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTGTCATTGAAGCATATTGCAATGGC
AATTCAGTCAGTGGACTATTTGTCAGAGCTTGATGTTACCTTGTTCAATGGCTGCCAGTCTTCCATACACGGAAACGCAACATGTTTCATATATGTTCAGAATTTCAGCTCTACTTGTTATTATGCAAAGCTTTTGGTTGGGTATTGAAATAGTGCAGCATTTGAGCTCTCTGCTAATGGAATGATCTTGAGCATGGACT
TCGTTTTGTAATGATGAGGGTGGTTTGAAGATGGCTTTTGCAGTCTGACATATAGGAATCATGTTAGATGGGTTTAATTGGTACAATCCAAAATGTATGCAAAATTTGTTCATTTATAAATGATGTTTAGTATAGTTGAAGCAGTTAGCTTCTGTTGGATATTTAGATGGCCATGTCTGAAGCTTTTTCCCTGACAACAT
TGTATTTTAGAATTGTAGGTCTATATTGCTGCTGGCATAAATAGTGCATAATCTACTGATATTGATGACAGTTGAGATACACAGTATGATGTTCCTGTTGTTGATCAACTTGATGGAATATATTTTACTGTTCATGCGTTTATATGATTTAGCATGCAGTTGATGTCTTACTTCCTGCTTATCACACCATATTTTCTATG
CACAAGACTGTCAGCACGCAAGCAGGAGATGCTTCTACAAATAAAATTCCTGACTTGAGAGGCTTGATGTTTCAAAGTGTCGGAATGTTAGCTGCGCAGGAATAATTTCCCTTGCAAGTGGTTCCTCAGATTTGCGTCAATTTACTCTTGCCTATTGCATACCAATTTCTGATGCTCTTCTTAAGAGCTTCCAAAACTGT
GACAGACTACAAACGATCAAATTTGATGGTTGTGTAATTTCCAGCACAGCATTGGAACCAGTTGGGAAAATCTGCAAATCTTTGAGGGAATTGAGCTTAAGCAAGTGTATTGGAGTTACAGATGAAGGTGGCATGCTGTAGAGAGCTTAACAAGTTAGATCTCACCTGCTGCCGTGATCTAACTGATGTTGCTTTCTCGG
CCATTGCAACATCATGCAGATATCTTTCATCTCTTAAGATGGAATCCTGCAGCTTGGTCACAGAAAGAAGTTTGACTATGTTAGGAGAGGGTTGTCCTTTCATGGAAGAGCTTGACCTTACCGACTGTAGCATAAACAACACAGgttccatacattgtttagctatgaagagaattttgacactaacgatgttaattgta
attgttattattttttggagattattttattgtcttctctgcttcttgtatttaccctatcccttcatgcagGATTGAAATCCCTTTCTAAGTGCTCGGAATTGGTCACGTTGAAACGAGGATTCTGCCCAAATATATCCAATGAAGGGATTGTCCATGTTGGAGCCCGTTTCTCATGTCTGCAAGAACTTGATTTGTAC
AGATCTGTAGGAGTTCGGGATGTTGGATTAGCAGCAATTGCAAATGGTTGCCCGAGGTTAAAGAGTATTAATGGTTATTACTGCGTACATGTCACTGACAATGGTCTGAGATCTCTCGCTCAACTGCAAAAACTTCATCAGCTTGAAATTCAAGGTTGTTCAGGGATTTCCTCTGCTGGTCTTTCTGCAATCGCTTTAGG
ATATAAGCGTATCGTTGAATTGGATATCAAAAGGTGCTACGGTGTTGATGATGTCGGAAATTCGGAATATTGGCCGTAGCCGAGTCATGTCAAAATTTGCGTCAGATGAATGTCTCATATTGTCCAATCACAGATGTTGGGTTGTTAGCATTGGCAAGTCTTAGATGCTTACAGGACATTAAGTTAGTTTATTTGAGGAA
TGTAACGGTCAATGGTTTCATGTCTGCTCTGCTGGCTTGCTCAAGCTTCTTCAATTATTAAATTTCAATTTACCGCGAGGTCTGATTGAGATGTTGGAAGCCCGTGGGTGCAATATTCGATGGATGGACAAGCCTTTTGTGATACAGGATGCCCATCTCAAATAATTCAGTACTTGATTTTTTCCCGGAAAATGTAATAT
ATAACTCAGAGTTCCATTTAGCGGTTGTTGTTGTCCAACTCTAAACAAATCAAATTTGTGTGTTCATGAATTTCTGTTTAAACCTCGTGAATTTGTGGGGTTTAATTCCATCTTCTGAGAGATGAAATGAGCACCTATGATATCATAGGTACATTTGTATATTGAAGAGTCCTGTGTTTATTCTGAATGGTATCGTTTAC
ATTTGTATATTGAAGAGTCCTGTGTTTATTCTGAATGGTATCGTTTACATTTGTATATTGAAGAGTCC



Intron 7 GTAAGTTAAT ... ACATGTCTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A115.63131.935.411.1
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A915.16195.838.530.7
A1016.03180.93730.9



>TRINITY_DN123102_c3_g1_i28 from sample A3 / Example spliced isoform
TTAATAGGAGAAAGCAGAACATAGTGTCATCTTACAGCAAGGAAATTTGACTAAAATATCACCTGCAGCCTCGGAGGCTTCACGCTTCTTGAATGAAATGATACACTTCCTCGTCGTTCTTAAAGTACTCCTCTCCTAACTTGCATGGCATTGTCGTCTTAGCTTCATTATGATTTTCATCCAGTGGGTCATTCAATTAT
TTAACTTCTCCATTGAATTTGAGTAAAGCTGATTGCGTTTGGGTATTTCTACGGTGCTCATTTTCTTGGCTTTATCGTGTAAGCTTGATTCCGATTTTCAGCCAGTGGGTCATTCACTTATTCAACTTCTCCATTCAATTCGAGATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGA
GTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAATTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTT
ATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAAC
CAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAG
TAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAATTAC
AGCAAATGATTCGTTTCGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGTATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGT
GCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTCCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGCACATTAT
GTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCCAAATTGA
AGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAGTGATGTT
ATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGGTTGTTAGCCAAAGTAATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGCTGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAATGGCTTT
GCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGGACTAAAC
GTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAAAAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTGTCATTGAAGCATATTGCAATGGCAATTCAGTCAGTG
GACTATTTGTCAGAGCTTGATGTTACCTTGTTCAATGGCTGCCAGTCTTCCATACACGGAAACGCAACATGTTTCATATATGTTCAGAATTTCAGCTCTACTTGTTATTATGCAAAGCTTTTGGTTGGGTATTGAAATAGTGCAGCATTTGAGCTCTCTGCTAATGGAATGATCTTGAGCATGGACTTCGTTTTGTAATG
ATGAGGGTGGTTTGAAGATGGCTTTTGCAGTCTGACATATAGGAATCATGTTAGATGGGTTTAATTGGTACAATCCAAAATGTCTATATTGCTGCTGGCATAAATAGTGCATAATCTACTGATATTGATGACAGTTGAGATACACAGTATGATGTTCCTGTTGTTGATCAACTTGATGGAATATATTTTACTGTTCATGC
GTTTATATGATTTAGCATGCAGTTGATGTCTTACTTCCTGCTTATCACACCATATTTTCTATGCACAAGACTGTCAGCATGCAAGCAGGAGATGCTTCTACAAATAAAATTCCTGACTTGAGAGGCTTGATGTTTCAAAGTGTCGGAATGTTAGCTGCGCAGGAATAATTTCCCTTGCAAGTGGTTCCTCAGATTTGCGT
CAATTTACTCTTGCCTATTGCATACCG


>TRINITY_DN123102_c3_g1_i22 from sample A3 / Example unspliced isoform:
ATAGTAGTTCAGGTAGTAATGTCAAAACGGGGTGTTACAGAGGAATTGATTATATCTTCTCAAAGTTTTCCACTACTAGTAAGTTCTGTCTCTCATCTTGCAACTGGAGGAATTGATTTTACTTTTTCTCACCGTTCACCAACTTGGCTCTTATTATTTTGGTGTTATAGACTGAATATTTGATGATGCTATCTGCTAGC
TATTGCAGTCATTAAATCTTCAGCAAACTTTGTGGTTTTGTTTCATTCACCAATTGGCAATATGAGTACAAAAGCAAAACAATTGATATGCTTTAATTCCCTGATTCCTAATTTCCGAACGAGTGCCACACCCACACCAAATTCTCCTGCCAATTCTGATTGCACCCACCGTTCTTGTAACTTTGGGTTTAATAATATTT
TTTAAATCCCCAGTTAAGGCTTTTCAGAAAATTGTGAAATTAGGTATATTTGATTAGTACTCCTTTAGGCTGTGCTGCTGGAGGGAAATGTTGAGATTCGACACTTTGCCTATGAATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATA
AGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTCCATGTTGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAATTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTgtaagttaatttt
ttttattgcatcacaatcagaactgttttatgcttgtgatggaaataatttcgtacctctggttttgatcagcccacatatttctttgtacatgtctagATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGAC
CACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATA
ACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAA
TCATCGAAGCCAG



Intron 8 GTTTGTGTAT ... TCTTATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A121.611072930
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A750.5812718080
A861.277920347
A946.7513116268
A1036.4612210040



>TRINITY_DN110105_c0_g1_i17 from sample A4 / Example spliced isoform
TTGGATCGTCCTGCAGCCGAGCCGAGTCAAACTCGGATTAATCACGAGTTGACTCACGAGTCGCGTTTCGCTGGTTTTGTCTCTCCTCCTGCACTTAGAAGAAATGATTTTACTTCCTCTCAATGTTCTCCATATAGGCTCGTATTATTTTGGTGTTATAGCTTGAATATTTGATGATGCTATCTGCTAGCTATTGCAGT
CATTAAATCTTCAGCAAACTTTGTGGTTTTGTTTCATTCACCAATTGGCAATATGAGTACAAAAGCAAAACAATTGATATGCTTTAATTCCCTGATTCCTAATTTCCGAACGAGTGCCACACCCACACCAAATTCTCCTGCCAATTCTGATTGCACCCACCGTTCTTGTAACTTTGGGTTTAATAATATTTTTTAAATCC
CCAGTTAAGGCTTTTCAGAAAATTGTGAAATTAGGTATATTTGATTAGTACTCCTTTAGGCTGTGCTGCTGGAGGGAAATGTTGAGATTCGACACTTTGCCTATGAATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGG
GTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAGTTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCT
GATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCA
TGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGA
AATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATCTAATAGCA
GTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGTATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGT
TGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTTCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTA
TGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGGTGTGAAACCTTATTTTCAAGGTTTGATGTATATCAGGGCAATCTCATTTTCCAACTAAAACTAAAGTGGTTTTCTGTGTTTGTAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAG
CTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCCAAATTGAAGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTT
GCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAGTGATGTTATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGGTTGTTAGCCAAAGTGATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGC
TGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAATGGCTTTGCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCAC
TTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGGACTAAACGTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAA


>TRINITY_DN110105_c0_g1_i11 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CTTACAGCAAGGAAATTTGACTAAAATATCACCTGCAGCCTCGGAGGCTTCACGCTTCTTGAATGAAATGATACACTTCCTCGTCGTTCTTAAAGTACTCCTCTCCTAACTTGCATGGCATTGTCGTCTTAGCTTCATTATGATTTTCATCCAGTGGGTCATTCAATTATTTAACTTCTCCATTGAATTTGAGTAAAGCT
GATTGCGTTTGGGTATTTCTACGGTGCTCATTTTCTTGGCTTTATCGTGTAAGCTTGATTCCGATTTTCAGCCAGTGGGTCATTCACTTATTCAACTTCTCCATTCAATTCGAGATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAA
GGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAGTTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTT
ATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCT
CCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTA
TGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATC
TAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGgtttgtgtatgcttcttattttcattcgtttactcagaaggcatgtgaaagatccatggaaacgatgaccttgtccatttcctatgcagtatccattttatactcttcttgtatttgattcaaaccaaattgcaattcccgtagcatgggtcatttctg
caagttttaaaagtcatgatgtatatgtatgcttcctcattttcattctttttcttagaaggcatgtgaaagacccctggaaagtatgaccttgtccatttcttatgcagTATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGAT
GTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGG



Intron 9 GTAAGACCCC ... ATTTGCCAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A141.82321432
A238.4632733
A336.11461537
A435.42311222
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A835.2922420
A935.0937832
A1035.14361326



>TRINITY_DN110105_c0_g1_i9 from sample A4 / Example spliced isoform
CTTACAGCAAGGAAATTTGACTAAAATATCACCTGCAGCCTCGGAGGCTTCACGCTTCTTGAATGAAATGATACACTTCCTCGTCGTTCTTAAAGTACTCCTCTCCTAACTTGCATGGCATTGTCGTCTTAGCTTCATTATGATTTTCATCCAGTGGGTCATTCAATTATTTAACTTCTCCATTGAATTTGAGTAAAGCT
GATTGCGTTTGGGTATTTCTACGGTGCTCATTTTCTTGGCTTTATCGTGTAAGCTTGATTCCGATTTTCAGCCAGTGGGTCATTCACTTATTCAACTTCTCCATTCAATTCGAGGTTTTAAGCTTCTGCAACAAGCTTTTACAGCTTCTGTAATGAGCCCTCTGGTTCCAGATTTGGAACCATGTCTCTGATACCATATA
TGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTC
GAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAGTTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCA
TTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTG
TAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAA
GGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGTATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAG
TTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTTCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGA
AATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTT
CCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCCAAATTGAAGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGG
AGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAGTGATGTTATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGGTTGTTAGCCAAAGTGATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTA
TCAAGGCTGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAATGGCTTTGCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGAC
CCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGGACTAAACGTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAAAAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACA
TGATGGCCGAGAAGACCTGTCATTGAAGCATATTGCAATGGCAATTCAGTCAGTGGACTATTTGTCAGAGCTTGATGTTACCTTGTTCAATGGCTGCCAGTCTTCCATACACGGAAACGCAACATGTTTCATATATGTTCAGAATTTCAGCTCTACTTGTTATTATGCAAAGCTTTTGGTTGGGTATTGAAATAGTGCAG
CATTTGAGCTCTCTGCTAATGGAATGATCTTGAGCATGGACTTCGTTTTGTAATGATGAGGGTGGTTTGAAGATGGCTTTTGCAGTCTGACATATAGGAATCATGTTAGATGGGTTTAATTGGTACAATCCAAAATGTATGCAAAATTTGTTCATTTATAAATGATGTTTAGTACAGTTGAAGCAGTTAGCTTCTGTTGG
ATATTTAGATGGCCATGTCTGAAGCTTTTTCCCTGACAACATTGTATTTTAGAATTGTAGGTCTATATTGCTGCTGGCATAAATAGTGCATAATCTACTGATATTGATGACAGTTGAGAT


>TRINITY_DN110105_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GGAATAGGTTATGTTATTCTACTTTGCAGTTTCAGTTTGTTGAAATCCAATTTTTATGCTCTGTTTGTCGAAATCCAATTTTCATGTTCTTTTCGTCTTCTGGATAGATTAGTACTAATTTATTTTTTAACCGTGAAGTTCAACGTTTGAGGGTATTCTTTTGCAGTAAAGCTGATTGCGTTTGGGTATTTCTACGGTGC
TCATTTTCTTGGCTTTATCGTGTAAGCTTGATTCCGATTTTCAGCCAGTGGGTCATTCACTTATTCAACTTCTCCATTCAATTCGAGGTTTTAAGCTTCTGCAACAAGCTTTTACAGCTTCTGTAATGAGCCCTCTGGTTCCAGATTTGGAACCATGTCTCTGATACCATATgtaagaccccaacctaggtctcctttaa
ctcttaataaggtagcagatataataacagcatatcaacttttgaaattaaattaaaacagaatttgccaagATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCAT
TCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAGTTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTA
GCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGG
TTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGA
GCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGT
ATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGG
TGTGTCTTTTCAGCCTTTTGCATATGATTTGAGTCTATAGTTGTAATCAATTGAAGGAATCCTTTTAAGATCATAATTTGCTGTTCAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTTCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAG
CGCCTTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAG



Intron 10 GTGGGTTTTA ... CCTTTTGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN132749_c2_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform
GAAATGTTGAGATTCGACACTTTGCCTATGAGTACGTAGTTTATACTAAAGTGAGCTGTTGTTCTAGTGCAACTGTAGTTTATTCTTGTTGTTGTTTGTGCAATATGTTCATGGCACATTGCATCAGTGAGCTTTTTATGAGTCTTTGTTCTTCACGTAATGTTTGATATCTTATATGCAGATGGCAAGATGGGATGATA
TTCTGACACTTCCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAA
GCAGAAGGCAGTTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTT
ATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAA
AACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGTGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGAT
GCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAATTACAGCAAATGATTCGTTTCGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTAAAAGTCATGATGTATATGTATGCTTCCTCATTTTCATTCTTTTTCTTAGAAGGCATGTGAAAGA
CCCCTGGAAAGTATGACCTTGTCCATTTCTTATGCAGTATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTA
TTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTCCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGAT
GCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCCAAATTGAAGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGC
ATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAGTGATGTTATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGG
TTGTTAGCCAAAGTAATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGCTGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAATGGCTTTGCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTG
CAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGGACTAAACGTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGT
AGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAAAAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTGTCATTGAAGCATATTGCAATGGCAATTCAGTCAGTGGACTATTTGTCAGAGCTTGATGTTACCTTGTTCA
ATGGCTGCCAGTCTTCCATACACGGAAACGCAACATGTTTCATATATGTTCAGAATTTCAGCTCTACTTGTTATTATGCAAAGCTTTTGGTTGGGTATTGAAATAGTGCAGCATTTGAGCTCTCTGCTAATGGAATGATCTTGAGCATGGACTTCGTTTTGTAATGATGAGGGTGGTTTGAAGATGGCTTTTGCAGTCTG
ACATATAGGAATCATGTTAGATGGGTTTAATTGGTACAAACCAAAATAATTGTAGGTCTATATTGCTGCTGGCATAAATGGTGCATAATCTGCTGATATTGATGACAGTTGAGATACACAGTATGATGTTCCTGTTGTTGATCAACTTGATGGAATATATTTTACTGTTCATGCGTTTATATGATTTAGCATGCAGTTGA
TGTCTTACTTCCTGCTTATCACACCATATTTTCTATGCACAAGACTGTCAGCACGCAAGCAGGAGATGCTTCTACAAATAAAATTCCTGACTTGAGAGGCTTGATGTTTCAAAGTGTCGGAATGTTAGCTGCGCAGGAATAATTTCCCTTGCAAGTGGTTCCTCAGATTTGCGTCAATTTACTCTTGCCTATTGCATACC
AATT


>TRINITY_DN132749_c2_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AATAGACGCTTAAGCGCATAGCCCCTTAAACGCACTCACGGCATCCGGCAGAGATCCATGGGGAGCTCTGGTGGCCGAAGGCGACACAGAGAATGCTGCCTACGATATCTTCCAGGGCCATCTTTTCTTTTAGTGCTGAAATTTTCCCAGTTAAAGATGGTGTCGGTTTACTGATGGTCATTGCCAAAGAGGAGTCACTC
AGCAACATTTATAGTTCCATTTTCTCCCCGAAAACATCCACATTGCGATTTCTCTCCTAATTACGCGGAATCGAACCGACCAGCTTTTTGCATCTTGAAGTCGGCACCACCACAAACAGAAGCAGGGAAAATGGACTTCAACAAGAGGAGGAGCTGATTCAGATATTAGTTCGTTTCTGCATACTTAGGAGAGAAAATTG
CTATATAGATGTTTGTCGGTGATAGTTCTGATGAAGACGGATCTGAGCCCGATGTGACGGATAACAATGAGGATTCTGAAATCGACTGGCTTATTGCTCAGAGGTTCCAGAAAAGCTCTACTAAGAGCGAATGCAGATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTTCCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCAT
CATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAGTTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAA
TACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAA
GCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAGTAATCGTG
ATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGTGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAATTACAGCAAATG
ATTCGTTTCGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTAAAAGTCATGATGTATATGTATGCTTCCTCATTTTCATTCTTTTTCTTAGAAGGCATGTGAAAGACCCCTGGAAAGTATGACCTTGTCCATTTCTTATGCAGTATCCAGT
TAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGT
TTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTCCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTC
TTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCCAAATTGAAGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGT
GCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAGTGATGTTATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGGTTGTTAGCCAAAGTAATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATC
CTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGCTGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAATGGCTTTGCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCA
CTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGGACTAAACGTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAAT
TGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAAAAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTGTCATgtgggttttaatgatttacatattttttatattctctgttttaattgccagcttcaaaatgtcgatgattttgctgattctagtttgctgttttaaccgtcagttttactg
cattaccttttgcagTGAAGCATATTGCAATGGCAATTCAGTCAGTGGACTATTTGTCAGAGCTTGATGTTACCTTGTTCAATGGCTGCCAGTCTTCCATACACGGAAACGCAACATGTTTCATATATGTTCAGAATTTCAGCTCTACTTGTTATTATGCAAAGCTTTTGGTTGGGTATTGAAATAGTGCAGCATTTGAG
CTCTCTGCTAATGGAATGATCTTGAGCATGGACTTCGTTTTGTAATGATGAGGGTGGTTTGAAGATGGCTTTTGCAGTCTGACATATAGGAATCATGTTAGATGGGTTTAATTGGTACAATCCAAAATGTATGCAAAATTTGTTCATTTATAAATGATGTTTAGTACAGTTGAAGCAGTTAGCTTCTGTTGGATATTTAG
ATGGCCATGTCTGAAGCTTTTTCCCTGACAACATTGTATTTTAGAATTGTAGGTCTATATTGCTGCTGGCATAAATAGTGCATAATCTACTGATATTGATGACAGTTGAGATACACAGTATGATGTTCCTGTTGTTGATCAACTTGATGGAATATATTTTACTGTTCATGCGTTTATATGATTTAGCATGCAGTTGATGT
CTTACTTCCTGCTTATCACACCATATTTTCTATGCACAAGACTGTCAGCACGCAAGCAGGAGATGCTTCTACAAATAAAATTCCTGACTTGAGAGGCTTGATGTTTCAAAGTGTCGGAATGTTAGCTGCGCAGGAATAATTTCCCTTGCAAGTGGTTCCTCAGATTTGCGTCAATTTACTCTTGCCTATTGCATACCAAT
T



Intron 11 GTGTGTCTTT ... TGCTGTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A121.431542955
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>TRINITY_DN110105_c0_g1_i17 from sample A4 / Example spliced isoform
TTGGATCGTCCTGCAGCCGAGCCGAGTCAAACTCGGATTAATCACGAGTTGACTCACGAGTCGCGTTTCGCTGGTTTTGTCTCTCCTCCTGCACTTAGAAGAAATGATTTTACTTCCTCTCAATGTTCTCCATATAGGCTCGTATTATTTTGGTGTTATAGCTTGAATATTTGATGATGCTATCTGCTAGCTATTGCAGT
CATTAAATCTTCAGCAAACTTTGTGGTTTTGTTTCATTCACCAATTGGCAATATGAGTACAAAAGCAAAACAATTGATATGCTTTAATTCCCTGATTCCTAATTTCCGAACGAGTGCCACACCCACACCAAATTCTCCTGCCAATTCTGATTGCACCCACCGTTCTTGTAACTTTGGGTTTAATAATATTTTTTAAATCC
CCAGTTAAGGCTTTTCAGAAAATTGTGAAATTAGGTATATTTGATTAGTACTCCTTTAGGCTGTGCTGCTGGAGGGAAATGTTGAGATTCGACACTTTGCCTATGAATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGG
GTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAGTTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCT
GATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCA
TGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGA
AATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATCTAATAGCA
GTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGTATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGT
TGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTTCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTA
TGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGGTGTGAAACCTTATTTTCAAGGTTTGATGTATATCAGGGCAATCTCATTTTCCAACTAAAACTAAAGTGGTTTTCTGTGTTTGTAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAG
CTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCCAAATTGAAGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTT
GCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAGTGATGTTATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGGTTGTTAGCCAAAGTGATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGC
TGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAATGGCTTTGCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCAC
TTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGGACTAAACGTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAA


>TRINITY_DN110105_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GGAATAGGTTATGTTATTCTACTTTGCAGTTTCAGTTTGTTGAAATCCAATTTTTATGCTCTGTTTGTCGAAATCCAATTTTCATGTTCTTTTCGTCTTCTGGATAGATTAGTACTAATTTATTTTTTAACCGTGAAGTTCAACGTTTGAGGGTATTCTTTTGCAGTAAAGCTGATTGCGTTTGGGTATTTCTACGGTGC
TCATTTTCTTGGCTTTATCGTGTAAGCTTGATTCCGATTTTCAGCCAGTGGGTCATTCACTTATTCAACTTCTCCATTCAATTCGAGGTTTTAAGCTTCTGCAACAAGCTTTTACAGCTTCTGTAATGAGCCCTCTGGTTCCAGATTTGGAACCATGTCTCTGATACCATATGTAAGACCCCAACCTAGGTCTCCTTTAA
CTCTTAATAAGGTAGCAGATATAATAACAGCATATCAACTTTTGAAATTAAATTAAAACAGAATTTGCCAAGATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCAT
TCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAGTTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTA
GCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGG
TTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGA
GCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGT
ATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGg
tgtgtcttttcagccttttgcatatgatttgagtctatagttgtaatcaattgaaggaatccttttaagatcataatttgctgttcagGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTTCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAG
CGCCTTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAG



Intron 12 GTATGCAAAA ... AGAATTGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A150.62404133
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>TRINITY_DN123102_c3_g1_i28 from sample A3 / Example spliced isoform
TTAATAGGAGAAAGCAGAACATAGTGTCATCTTACAGCAAGGAAATTTGACTAAAATATCACCTGCAGCCTCGGAGGCTTCACGCTTCTTGAATGAAATGATACACTTCCTCGTCGTTCTTAAAGTACTCCTCTCCTAACTTGCATGGCATTGTCGTCTTAGCTTCATTATGATTTTCATCCAGTGGGTCATTCAATTAT
TTAACTTCTCCATTGAATTTGAGTAAAGCTGATTGCGTTTGGGTATTTCTACGGTGCTCATTTTCTTGGCTTTATCGTGTAAGCTTGATTCCGATTTTCAGCCAGTGGGTCATTCACTTATTCAACTTCTCCATTCAATTCGAGATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGA
GTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAATTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTT
ATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAAC
CAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAG
TAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAATTAC
AGCAAATGATTCGTTTCGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGTATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGT
GCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTCCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGCACATTAT
GTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCCAAATTGA
AGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAGTGATGTT
ATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGGTTGTTAGCCAAAGTAATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGCTGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAATGGCTTT
GCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGGACTAAAC
GTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAAAAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTGTCATTGAAGCATATTGCAATGGCAATTCAGTCAGTG
GACTATTTGTCAGAGCTTGATGTTACCTTGTTCAATGGCTGCCAGTCTTCCATACACGGAAACGCAACATGTTTCATATATGTTCAGAATTTCAGCTCTACTTGTTATTATGCAAAGCTTTTGGTTGGGTATTGAAATAGTGCAGCATTTGAGCTCTCTGCTAATGGAATGATCTTGAGCATGGACTTCGTTTTGTAATG
ATGAGGGTGGTTTGAAGATGGCTTTTGCAGTCTGACATATAGGAATCATGTTAGATGGGTTTAATTGGTACAATCCAAAATGTCTATATTGCTGCTGGCATAAATAGTGCATAATCTACTGATATTGATGACAGTTGAGATACACAGTATGATGTTCCTGTTGTTGATCAACTTGATGGAATATATTTTACTGTTCATGC
GTTTATATGATTTAGCATGCAGTTGATGTCTTACTTCCTGCTTATCACACCATATTTTCTATGCACAAGACTGTCAGCATGCAAGCAGGAGATGCTTCTACAAATAAAATTCCTGACTTGAGAGGCTTGATGTTTCAAAGTGTCGGAATGTTAGCTGCGCAGGAATAATTTCCCTTGCAAGTGGTTCCTCAGATTTGCGT
CAATTTACTCTTGCCTATTGCATACCG


>TRINITY_DN123102_c3_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:
TTAATAGGAGAAAGCAGAACATAGTGTCATCTTACAGCAAGGAAATTTGACTAAAATATCACCTGCAGCCTCGGAGGCTTCACGCTTCTTGAATGAAATGATACACTTCCTCGTCGTTCTTAAAGTACTCCTCTCCTAACTTGCATGGCATTGTCGTCTTAGCTTCATTATGATTTTCATCCAGTGGGTCATTCAATTAT
TTAACTTCTCCATTGAATTTGAGTAAAGCTGATTGCGTTTGGGTATTTCTACGGTGCTCATTTTCTTGGCTTTATCGTGTAAGCTTGATTCCGATTTTCAGCCAGTGGGTCATTCACTTATTCAACTTCTCCATTCAATTCGAGATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGA
GTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAATTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTT
ATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAAC
CAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAG
TAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAATTAC
AGCAAATGATTCGTTTCGGAAATAATAATCTAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGTATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGT
GCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTCCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGCACATTAT
GTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCCAAATTGA
AGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAGTGATGTT
ATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGGTTGTTAGCCAAAGTAATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGCTGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAATGGCTTT
GCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGGACTAAAC
GTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAAAAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTGTCATTGAAGCATATTGCAATGGCAATTCAGTCAGTG
GACTATTTGTCAGAGCTTGATGTTACCTTGTTCAATGGCTGCCAGTCTTCCATACACGGAAACGCAACATGTTTCATATATGTTCAGAATTTCAGCTCTACTTGTTATTATGCAAAGCTTTTGGTTGGGTATTGAAATAGTGCAGCATTTGAGCTCTCTGCTAATGGAATGATCTTGAGCATGGACTTCGTTTTGTAATG
ATGAGGGTGGTTTGAAGATGGCTTTTGCAGTCTGACATATAGGAATCATGTTAGATGGGTTTAATTGGTACAATCCAAAATgtatgcaaaatttgttcatttataaatgatgtttagtatagttgaagcagttagcttctgttggatatttagatggccatgtctgaagctttttccctgacaacattgtattttagaat
tgtagGTCTATATTGCTGCTGGCATAAATGGTGCATAATCTGCTGATATTGATGACAGTTGAGATACACAGTATGATGTTCCTGTTGTTGATCAACTTGATGGAATATATTTTACTGTTCATGCGTTTATATGATTTAGCATGCAGTTGATGTCTTACTTCCTGCTTATCACACCATATTTTCTATGCACAAGACTGTCA
GCATGCAAGCAGGAGATGCTTCTACAAATAAAATTCCTGACTTGAGGTTGGTTCCTTCCCCAAAGGCCTTAACGGGGCAATATCACTTTTTTTCTTCAAATGGTTCAAGTTTTCTGGATGCCGCTTTAAACTGATTCGACTTCAAATTACTTTGAATGATACAAGAAATGTTTTGATGCCAATGGGTACAACCAGTGTCT
TAATAACCGGTCCGGTTCGAACCGGAACCGGCCGGTTTGACCGGCCAAAGGAAATGGAGCACCGAAC



Intron 13 GTGTGAAACC ... GTGTTTGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN110105_c0_g1_i13 from sample A4 / Example spliced isoform
CTTACAGCAAGGAAATTTGACTAAAATATCACCTGCAGCCTCGGAGGCTTCACGCTTCTTGAATGAAATGATACACTTCCTCGTCGTTCTTAAAGTACTCCTCTCCTAACTTGCATGGCATTGTCGTCTTAGCTTCATTATGATTTTCATCCAGTGGGTCATTCAATTATTTAACTTCTCCATTGAATTTGAGTAAAGCT
GATTGCGTTTGGGTATTTCTACGGTGCTCATTTTCTTGGCTTTATCGTGTAAGCTTGATTCCGATTTTCAGCCAGTGGGTCATTCACTTATTCAACTTCTCCATTCAATTCGAGATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAA
GGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAGTTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTT
ATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCT
CCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTA
TGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATC
TAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGTATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGC
TTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTTCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTT
GGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCCAAATTGAAGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAG
GTGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAGTGATGTTATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCT
AAGGTTGTTAGCCAAAGTGATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGCTGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAATGGCTTTGCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCT
GTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGGACTAAACGTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATG
ATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAACAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTGTCAGAGAAGCACAACAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCT
GTCATGTGGGTTTTAATGATTTATATATTTTTGATATTCTCTGTTTTAATTGCCAGCTTCAAAATGTCGATGATTTTGCTGATTCTAGTTTGCTGTTTTAACCGTCAGTTTTACTGCATTACCTTTTGTAGTGAAGCATATTGCAATGGCAATTCAGTCAGTGGACTATTTGTCAGAGCTTGATGTTACCTTGTTCAATG
GCTGCCAGTCTTCCATACACGGAAACGCAACATGTTTCATATATGTTCAGAATTTCAGCTCTACTTGTTATTATGCAAAGCTTTTGGTTGGGTATTGAAATAGTGCAGCATTTGAGCTCTCTGCTAATGGAATGATCTTGAGCATGGACTTCGTTTTGTAATGATGAGGGTGGTTTGAAGATGGCTTTTGCAGTCTGACA
TATAGGAATCATGTTAGATGGGTTTAATTGGTACAATCCAAAATGTATGCAAAATTTGTTCATTTATAAATGATGTTTAGTACAGTTGAAGCAGTTAGCTTCTGTTGGATATTTAGATGGCCATGTCTGAAGCTTTTTCCCTGACAACATTGTATTTTAGAATTGTAGGTCTATATTGCTGCTGGCATAAATGGTGCATA
ATCTGCTGATATTGATGACAGTTGAGATACACAGTATGATGTTCCTGTTGTTGATCAACTTGATGGAATATATTTTACTGTTCATGCGTTTATATGATTTAGCATGCAGTTGATGTCTTACTTCCTGCTTATCACACCATATTTTCTATGCACAAGACTGTCAGCATGCAAGCAGGAGATGCTTCTACAAATAAAATTCC
TGACTTGAGAGGCTTGATGTTTCAAAGTGTCGGAATGTTAGCTGCGCAGGAATAATTTCCCTTGCAAGTGGTTCCTCAGATTTGCGTCAATTTACTCTTGCCTATTGCATACCAATTTCTGATGATCTTC


>TRINITY_DN110105_c0_g1_i17 from sample A4 / Example unspliced isoform:
TTGGATCGTCCTGCAGCCGAGCCGAGTCAAACTCGGATTAATCACGAGTTGACTCACGAGTCGCGTTTCGCTGGTTTTGTCTCTCCTCCTGCACTTAGAAGAAATGATTTTACTTCCTCTCAATGTTCTCCATATAGGCTCGTATTATTTTGGTGTTATAGCTTGAATATTTGATGATGCTATCTGCTAGCTATTGCAGT
CATTAAATCTTCAGCAAACTTTGTGGTTTTGTTTCATTCACCAATTGGCAATATGAGTACAAAAGCAAAACAATTGATATGCTTTAATTCCCTGATTCCTAATTTCCGAACGAGTGCCACACCCACACCAAATTCTCCTGCCAATTCTGATTGCACCCACCGTTCTTGTAACTTTGGGTTTAATAATATTTTTTAAATCC
CCAGTTAAGGCTTTTCAGAAAATTGTGAAATTAGGTATATTTGATTAGTACTCCTTTAGGCTGTGCTGCTGGAGGGAAATGTTGAGATTCGACACTTTGCCTATGAATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGG
GTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAGTTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTTATGGCCCT
GATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCA
TGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTATGTACGGA
AATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATCTAATAGCA
GTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGTATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGCTTTATTGT
TGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTTCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTTGGATGCTA
TGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGgtgtgaaaccttattttcaaggtttgatgtatatcagggcaatctcattttccaactaaaactaaagtggttttctgtgtttgtagAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAG
CTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCCAAATTGAAGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAGGTGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTT
GCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAGTGATGTTATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCTAAGGTTGTTAGCCAAAGTGATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGC
TGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAATGGCTTTGCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCTGTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCAC
TTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGGACTAAACGTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATGATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAA



Intron 14 GTTTTAAGCT ... ATTTGCCAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A928.14833332
A1025.5187.63426



>TRINITY_DN110105_c0_g1_i13 from sample A4 / Example spliced isoform
CTTACAGCAAGGAAATTTGACTAAAATATCACCTGCAGCCTCGGAGGCTTCACGCTTCTTGAATGAAATGATACACTTCCTCGTCGTTCTTAAAGTACTCCTCTCCTAACTTGCATGGCATTGTCGTCTTAGCTTCATTATGATTTTCATCCAGTGGGTCATTCAATTATTTAACTTCTCCATTGAATTTGAGTAAAGCT
GATTGCGTTTGGGTATTTCTACGGTGCTCATTTTCTTGGCTTTATCGTGTAAGCTTGATTCCGATTTTCAGCCAGTGGGTCATTCACTTATTCAACTTCTCCATTCAATTCGAGATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAA
GGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCATTCCATTCTCCAGAGTTGAGGACTTTGTGAAGGGAGAGTGTTCCAGTGTTGAATGTCCTACAAGGTTTCGTGTCGAAGCAAGACGGAAAAAAGCAGAAGGCAGTTCATATAAGCCAAGAGTTGATGGTTATCTTGAATACATTTTATATTGGTGCTCTT
ATGGCCCTGATGACCACAGGAAGGGTGGAACCTCTCGGCCTAGCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCT
CCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGGTTCATGTATGCTCCCTATATCTCAGAGGAGCTTCGACTACGGATAACATCGATGCTATATGCAGGATTTTCTGTAGAGAGCATAATGCAAAAACATACAAAAGCTATTGAGAGACATGGTGGTCCAAGTAATCGTGATGATCTCCTTTCTCACATTTA
TGTACGGAAATTAGAGAGGGATATTAGAAGGTCGACATATGAGCTGGACTCAAATGATGCATCGAGCGTTAAGATATGGGTTGAAAATCATCGAAGCCAGATATTTTATTACCAAGGTTCATCTGATACGGATGCCTTTATTTTGGGAATTCAGACAGAGTGGCAACTACAGCAAATGATTCGTTTTGGAAATAATAATC
TAATAGCAGTGGATTCGAGTTTTGGGGGTAAAAGATTTAAGTATCCAGTTAATACTCTTCTTGTATTTGATTCAAACCAAATTGCAATTCCCGTAGCATGGGTCATTTCTGCAAGTTTTTCAAGTCATGATGTTCACAAGTGGATGGGAGCACTCCATGATAGAATTTGTGCGAAGGATTCCACGTGGAGGTTGAATGGC
TTTATTGTTGATGATGCATTGACAGAAATGACTAAAATTAGGGATGTGTTTCAGTGTTCGACTCTGTTATGCCTCTGGCGTGTTCGTCGTGCATGGCATAGAAATGTCATAAAGAAATGCACCAACTCTGAGATGCAACGGGAGATGTTGAAGCGCCTTGGGCACATTATGTACAGTACATGGAGTGGGTCAAATGTTTT
GGATGCTATGGAGGAGTTTATGGAAGATTTTATAGATCATAGTGCCTTCTTGGAGTACCTCAAATCACAGTGGATGCCGAAAATAGAGATCTGGGTCACTGCAATGAGGACTCTTCCGCTAGCTAGTCAGGAAACATATGCTGCCATTGAAGCATACCATTCCAAATTGAAGTCTAAGCTGTTTAATGAAGCAGACACAG
GTGCATATCAACGAATTGATTGGTTGGTGCACAAATTGACCACTGAGGTGCATTCGTATTATTGGTTTGACCACTTCTCAGAGGAAAATGACTTATGTGGATATATGAGAGATGGAGAACTTGCTTCCAGTTCATGGCATAGAGCACTGTACATTGCTGACAGTGATGTTATTTTGAATGACAAAGATCTTCAGTTTGCT
AAGGTTGTTAGCCAAAGTGATCGTTCACAGACACATACTGTGTGGAATCCTGGTACAGAGTTTGCTATTTGTGATTGCTCGTGGTCTATGTCGGGAAATCTCTGTAAACATGTTATCAAGGCTGGTATGGTTTGTCACAATCGTCAGGTGGCTAGACCATCAATGGCTTTGCAGACTTATCATCAAGCTCTACATAGTCT
GTTGCAGTGTCCACCGAATGGTTCAATTGTTCTTGACCATGCTATAGCACTAGCCATTCATATGCAGCAGGATCTTAAGAGACTGTTGAGACCATCAAACCACAGAGGCATGGACCCTCCACTTGCTCTGGTTCCTGGGAATTGGGTTTGCAAGAAGAGTAGGACTAAACGTAGAATGAGTACTGCAAAAGAAAATAATG
ATGTAGTATGTGGGAATAGAGTTTTCAATGAAGCTGACAGTCACAAAATTGCCTCAAGCGAAAAGGTTGAGAGAAGCACAACAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCTGTCAGAGAAGCACAACAGTAGAAGGATGAGATTCATGAAGATGGGAACATGATGGCCGAGAAGACCT
GTCATGTGGGTTTTAATGATTTATATATTTTTGATATTCTCTGTTTTAATTGCCAGCTTCAAAATGTCGATGATTTTGCTGATTCTAGTTTGCTGTTTTAACCGTCAGTTTTACTGCATTACCTTTTGTAGTGAAGCATATTGCAATGGCAATTCAGTCAGTGGACTATTTGTCAGAGCTTGATGTTACCTTGTTCAATG
GCTGCCAGTCTTCCATACACGGAAACGCAACATGTTTCATATATGTTCAGAATTTCAGCTCTACTTGTTATTATGCAAAGCTTTTGGTTGGGTATTGAAATAGTGCAGCATTTGAGCTCTCTGCTAATGGAATGATCTTGAGCATGGACTTCGTTTTGTAATGATGAGGGTGGTTTGAAGATGGCTTTTGCAGTCTGACA
TATAGGAATCATGTTAGATGGGTTTAATTGGTACAATCCAAAATGTATGCAAAATTTGTTCATTTATAAATGATGTTTAGTACAGTTGAAGCAGTTAGCTTCTGTTGGATATTTAGATGGCCATGTCTGAAGCTTTTTCCCTGACAACATTGTATTTTAGAATTGTAGGTCTATATTGCTGCTGGCATAAATGGTGCATA
ATCTGCTGATATTGATGACAGTTGAGATACACAGTATGATGTTCCTGTTGTTGATCAACTTGATGGAATATATTTTACTGTTCATGCGTTTATATGATTTAGCATGCAGTTGATGTCTTACTTCCTGCTTATCACACCATATTTTCTATGCACAAGACTGTCAGCATGCAAGCAGGAGATGCTTCTACAAATAAAATTCC
TGACTTGAGAGGCTTGATGTTTCAAAGTGTCGGAATGTTAGCTGCGCAGGAATAATTTCCCTTGCAAGTGGTTCCTCAGATTTGCGTCAATTTACTCTTGCCTATTGCATACCAATTTCTGATGATCTTC


>TRINITY_DN110105_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GGAATAGGTTATGTTATTCTACTTTGCAGTTTCAGTTTGTTGAAATCCAATTTTTATGCTCTGTTTGTCGAAATCCAATTTTCATGTTCTTTTCGTCTTCTGGATAGATTAGTACTAATTTATTTTTTAACCGTGAAGTTCAACGTTTGAGGGTATTCTTTTGCAGTAAAGCTGATTGCGTTTGGGTATTTCTACGGTGC
TCATTTTCTTGGCTTTATCGTGTAAGCTTGATTCCGATTTTCAGCCAGTGGGTCATTCACTTATTCAACTTCTCCATTCAATTCGAGgttttaagcttctgcaacaagcttttacagcttctgtaatgagccctctggttccagatttggaaccatgtctctgataccatatgtaagaccccaacctaggtctcctttaa
ctcttaataaggtagcagatataataacagcatatcaacttttgaaattaaattaaaacagaatttgccaagATGGCAAGATGGGATGATATTCTGACACTACCTGTGCAAGAGCCATCCACTATGGAGTTCTCATCATCCGACCTTAATTGGTATAAGGTGGAGGGTTGGCGTCAAAATGTTGATGATGTTGCTCTCAT
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GCAGAAAGTGTATTAAACCATCAAAGAAAAAAAGTGCTGGACGACCACATACAAAGAGAGGCTGTTTGTGTCATTTTATTGTTAAACGCTTATATGCTCGGCCATCTGTTGCTCTTATCATATACAACCAACGAAAGCATGTTGATAAGACTGGTTCTCCTTGCCATGGACCACTTGATCGCAAGGCCATTGGAACACGG
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