sp|O80644|ACR9_ARATH ----> ACT domain-containing protein ACR9

Intron 1 GTAAGCATTG ... TTTTATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.67	165	43	5
A2	19.1	144	34	6
A3	27.52	187	71	10
A4	15.66	167	31	11
A5	25.38	97	33	5
A6	17.23	245	51	11
A7	21.16	488	131	17
A8	25.48	313	107	19
A9	22.83	382	113	15
A10	21.34	424	115	16

>TRINITY_DN45202_c0_g2_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

CTTGAGTGATCATTTCCAGCAATGGGCCCCCTCCCAGAGACGAGATTGGATATCACGCTTGGTCAGAATCATAGTGATCCGAGTGTGATTACAGTAAACTGTGCTGACAAGATTGGCCTTAGTTGCGATCTGTTGCACATTATCTCTGATGTCGGTCTCGGTGTTGTTAGAGGAGATCTGTTGACCAATGGAATTGGCGC
TATTTACTATTTTGGGTACTTTCGTGCACCGGATCGCCTTGGCCTATATGATGGGCGAACCTCAAGAGGAATATTTTGCCTGCTTGCCCTCCAAATCCTGTTCACATTTTCTTTATGAACATACTAGAGCCGAGGTCCAAGAATGTATATATCTTGCATTTTTGTTCCTTGGATCGAGCAGGTCTTCTAAATGGTAGGTT
GCTTCACAGTCTGAGCATTATTTTTTGGTAGCAATCTGGCTACATGTATTTGTCCTCAAGATTGTGGCACGCTTGAGGTTTGCTGATGTAGATGTGTCTCAAGTACTGTGGGAGCTCGAGCTTGCTGTTCAGAAAGTGAAGGTTTCGACAACTCCTGAAGGCAAAGTGATGGACATCTTCTTCATCATTGATAACAGGTC
AGGATTTTGAAGTGCATTATTATTACTTGATTAGTAGTTGTATTTTG

>TRINITY_DN45202_c0_g2_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CTTGAGTGATCATTTCCAGCAATGGGCCCCCTCCCAGAGACGAGATTGGATATCACGCTTGGTCAGAATCATAGTGATCCGAGTGTGATTACAGTAAACTGTGCTGACAAGATTGGCCTTAGTTGCGATCTGTTGCACATTATCTCTGATGTCGGTCTCGGTGTTGTTAGAGGAGgtaagcattgttgattggattttac
tcagttgtgaattgatacttaatgaaggtgtgattgtatggcctgaaatttgggatccaatttttatgtagATCTGTTGACCAATGGAATTGGCGCTATTTACTATTTTGGGTACTTTCGTGCACCGGATCGCCTTGGCCTATATGATGGGCGAACCTCAAGAGGAATATTTTGCCTGCTTGCCCTCCAAATCCTGTTCA
CATTTTCTTTATGAACATACTAGAGCCGAGGTCCAAGAATGTATATATCTTGCATTTTTGTTCCTTGGATCGAGCAGGTCTTCTAAATGGTAGGTTGCTTCACAGTCTGAGCATTATTTTTTGGTAGCAATCTGGCTACATGTATTTGTCCTCAAGATTGTGGCACGCTTGAGGTTTGCTGATGTAGATGTGTCTCAAGT
ACTGTGGGAGCTCGAGCTTGCTGTTCAGAAAGTGAAGGTTTCGACAACTCCTGAAGGCAAAGTGATGGACATCTTCTTCATCATTGATAACAGGTCAGGATTTTGAAGTGCATTATTATTACTTGATTAGTAGTTGTATTTTG

Intron 2 GTAGGTTGCA ... GCTGATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.44	245	52	98
A2	19.13	205	32	65
A3	20.88	233	38	85
A4	27.85	158	43	79
A5	21.89	132	19	55
A6	17.39	418	55	121
A7	17.3	760	77	241
A8	18.79	754	115	234
A9	14.7	699	82	159
A10	18.06	549	82	160

>TRINITY_DN45202_c0_g2_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

CCTTATGTCTGCTTGCCCTCCAAATCCTGCTCACATTTTCTTTATGAACATACCAGAGCCGAAGCCCAAGACTGTATATATCTTGCATATTTGTTCCTTGGATCGAGCAGGTCTTCTAAATGACGTATCTCAAGTACTGTGGGATCTCGAGCTTGCTGTTCAGAAAGTGAAGGTTTCGACAACTCCTGAAGGCAAAGTGA
TGGACATCTTCTTCATCATTGATAACAGGTCAGGATTTTGAAGTGCATTATTATTACTTGATTAGTAGTTGTATTTTG

>TRINITY_DN45202_c0_g2_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CCTTATGTCTGCTTGCCCTCCAAATCCTGCTCACATTTTCTTTATGAACATACCAGAGCCGAAGCCCAAGACTGTATATATCTTGCATATTTGTTCCTTGGATCGAGCAGGTCTTCTAAATGgtaggttgcataacagtccacgcatcgttttttggtagcaatctggttatatgtatttgtcctcaaaattgtggcacg
ctcgtggtttgctgatgtagACGTATCTCAAGTACTGTGGGATCTCGAGCTTGCTGTTCAGAAAGTGAAGGTTTCGACAACTCCTGATGGCAAAGTGATGGACCTCTTCTTCATCATTGATAACAGGGATCTGTTGCATACTACAAAGAGGCAAGAAGATGTTTGTGATAATTTAAAATCTGTCATTGGTGAATCTAGTA
CTCATTGTGAACTCCGGTTAGCTCCTCCTGAGCTTATGGCACCGGAATATGCACCGATTTCTTTACTCTCACCGTCAATTGTCGCTGAGTTATTCAACTTAGAATTAACGCAATTTCAGGCAGATTCTAATAGTTTACAAGCTAGGAACACTCTCATCAACAAAGTTTATGTTACAATGGATAATTCATTAAGCCCTGCC
CATACCTTGCTACAAATATCATGCAAAGATCGCAGGGGCCTTCTTTA

Intron 3 GTATGTGACC ... TCTCTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	94.74	1	23	13
A2	76.19	5	19	13
A3	78.57	3	14	8
A4	54.84	7	7	10
A5	75	1	4	2
A6	67.57	12	27	23
A7	85.19	6	40	29
A8	88.57	4	44	18
A9	96	1	37	11
A10	100	0	41	21

>TRINITY_DN107916_c0_g3_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

TCAGGATTGTATTTGTGGCTGTTTTAAATTTGTTTATTGTTTTATGAAATGGGTGTTGAGGATTTGAACTCAGGGCTTTCTGTTCTTAGGAGAAACAAAAAATTGAGAGCCAGGTGCAGCTGGCCTCCTCCATTCGCTTGGTCAGAACATAGCAATCCGAGTGTGATTACAGTAAACTGTGCTGACAAGATTGGCCTTAG
TTGCGATCTGTTGCACATTATCTCTGATGTCGGTCTCGGTGTTGTTAGAGGAGATCTGTTGACCAATGGAATTGGCGCTATTTACTATTTTGGGTACTTTCGTGCACCGGATCGCCTTGGCCTATATGATGGGCGAACCTCAAGAGGAATATTTTGCCTGCTTGCCCTCCAAATCCTGTTCACATTTTCTTTATGAACAT
ACTAGAGCCGAGGTCCAAGAATGTATATATCTTGCATTTTTGTTCCTTGGATCGAGCAGGT

>TRINITY_DN107916_c0_g3_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TCAGGATTGTATTTGTGGCTGTTTTAAATTTGTTTATTGTTTTATGAAATGGGTGTTGAGGATTTGAACTCAGGGCTTTCTGTTCTTAGGAGAAACAAAAAATTGAGAGCCAGgtatgtgaccgagattttttatttataatttttacgccataaggcgttttctctatggtgaatcagatgtttttttggacctgagga
aagagtgtaagcggtccgatcttgttagtcgaccatccgaagattgtcttccgttgattacgggtgcattcaattctctgacagGTGCAGCTGGCCTCCTCCATTCGCTTGGTCAGAACATAGCAATCCGAGTGTGATTACAGTAAACTGTGCTGACAAGATTGGCCTTAGTTGCGATCTGTTGCACATTATCTCTGATG
TCGGTCTCGGTGTTGTTAGAGGAGATCTGTTGACCAATGGAATTGGCGCTATTTACTATTTTGGGTACTTTCGTGCACCGGATCGCCTTGGCCTATATGATGGGCGAACCTCAAGAGGAATATTTTGCCTGCTTGCCCTCCAAATCCTGTTCACATTTTCTTTATGAACATACTAGAGCCGAGGTCCAAGAATGTATATA
TCTTGCATTTTTGTTCCTTGGATCGAGCAGGT

Intron 4 GTAAGTGATT ... GATGAATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.4	42	100	66
A2	73.41	23	75	52
A3	66.67	32	66	62
A4	77.36	18	77	46
A5	57.02	26	37	32
A6	82.21	46	351	74
A7	75.26	84	359	152
A8	78.87	90	519	153
A9	72.6	80	297	127
A10	66.82	105	263	160

>TRINITY_DN132341_c0_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

CTTGATTCAACCGCCGTTAACTGGGTAGAGGTACATTCATAAATCGGGTTATAGTATTCCTATTAACAATGTCTAGATCATAGAGGGTTTGGAAGAAATTAAGCTATATCTGTCGACTGATGGGAAATGGTGCTATTTAATATTTTGGGTACTTCCGTGCATCGGATCGCTCCGACCTATATGATGGAAGAACCTCGAGG
AACCTTATGTCTGCCTTCCCTCCAAATCATGCTCACACTGTCTTTATGAACATACCATAGCGAAGCCCAAGACTGTATATATCTTGCATATTTGTTCCTTAGATCGAGAAGGTCGTCTAAATGACGTATCTCAAGTACTGTGGGATATCGAGCTTGTTGTTCAGAAAGTGAAGGTTTCAACAACTCCTGATGGCAAAGTG
ATGGACCTCTTCTTCATTATTGATAACAGATGGTTGAGATGCATGATATGATTCCAGGAAAATGTTTTGATCGGCATCATGAGTTGGGGCAGTAGGATTTTGGCGTTGCAACAATTGATAATTGAAATTGGTGC

>TRINITY_DN132341_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGGTTTTACCTCATTTGATGATACTGCTCCATTTTCCAGTGCCGAGCCTTTTAGTTTGGAAGGACAAACACCAAGACACATCTGATGGTTGGAGTGCATTCTAATGCTGGTGTTGGAAATTTATTTGTTGCAATTTTTGTGTTGTTTTTGTAGGTAGAGGTACATTCATAAATCGGGTTATAGTATTCCTATTAACAATG
TCTAGATCATAGAGGGTTTGGAAGAAATTAAGCTATgtaagtgatttttttgtaagttggatactgtattttttgagagattatattgattatttatattgcatatgatttggtgagaaattatgttgaagtgatgaatcagATCTGTCGACTGATGGGAAATGGTGCTATTTAATATTTTGGGTACTTCCGTGCATCGG
ATCGCTCCGACCTATATGATGGAAGAACCTCGAGGAACCTTATGTCTGCCTTCCCTCCAAATCATGCTCACACTGTCTTTATGAACATACCATAGCGAAGCCCAAGACTGTATATATCTTGCATATTTGTTCCTTAGATCGAGAAGGTCGTCTAAATGACGTATCTCAAGTACTGTGGGATATCGAGCTTGTTGTTCAGA
AAGTGAAGGTTTCAACAACTCCTGATGGCAAAGTGATGGACCTCTTCTTCATTATTGATAACAGATGGTTGAGATGCATGATATGATTCCAGGAAAATGTTTTGATCGGCATCATGAGTTGGGGCAGTAGGATTTTGGCGTTGCAACAATTGATAATTGAAATTGGTGC

Intron 5 GTAGGTTGCT ... GTTGATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.26	275	84	48.5
A2	12.79	213	36.5	26
A3	15.61	256.5	66.5	28.5
A4	19.2	164	45.8	32
A5	17.33	141.8	35.3	24.5
A6	14.54	436.8	87.8	61.3
A7	14.98	790.3	174.5	105.8
A8	17.43	774.3	170	159.5
A9	12.27	746	161.5	50.3
A10	14.31	569	127.3	64

>TRINITY_DN132341_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGGTCTTGAGTGATCATTTCCAGCAATGGGCCCCCTCCCAGAGACGAGATTGGATATCACGCTTGGTCAGAATCATAGTGATCCGAGTGTGATTACAGTAAACTGTGCTAACAAGATTGACCTCAGTTGCGATCTGTCGCGCATTATCTTTGATGATGGCCTCGGTGTTGTTAGAGGAGATCTTTCGATTGATGGGAAA
TGGTGCTATTTAATATTTTGGGTACTTTCGTCCACCGGATCGCCTCGACCTATACGATGGAAGAACCTTGAGGAACCTTATGTCTGCCTTCCCTCCAAATCATGATCACACTTTCTTTATGAACATACCAGAGCGAAGCCCAAGACTGTATATATCTTGCATATTTGTTCCTTAGATCGAGAAGGTCTTCTAAATGACGT
ATCTCAAGTACTGTGGGATATCGAGCTTGTTGTTCAGAAAGTGAAGGTTTCGACAACTCCTGATGGCAAAGTGATGGACCTCTTCTTCATTATTGATAACATGTCAGGATTTTGAAGTGAATTATTATTACTTGATTAGTAGTTGTATTTTGAATGATCAACATTTCTACAAATGTTTCTTTAGACAATTAATTTACTTT
GGAAAAATCCAAATCGCAATGACATGGGGCTTGACACTGTTCATGTTTCCATCAATCTGGATAACCATTGAACATGTTATTTAGTCAATTGGAAATATTTTATGTTTAAAAAATTACTTTTATCGTACAAGGATCTGTTGCATTCAAAGAGGCAAGAAGATGTCTGTGGTAATTTAAAATATGTCATTGGTGAATCCAGT
ACTCATTGTGAACTCCGGTTAGCTCCTCCTAAGCTTATGGCACCGGAATATGCATTGATTTCCTTACTCTCACCGTCAATTGTCGCTGAGTTATTAAACTTAGAATTAACGCAATTTCGGGTAGATTCTAATAGTTTACAAGCTAGGAACACTCTCATCAACAAAGTTTCTGTTACAATGGATAATTCATTAAGCCCTGC
CCATACCTTGCTACAAATATCATGCAAAGATCGCAGGGGCCTTCTTTATGATGTTCTGAGAACCTTGAAGGACTACAATATCAAGGTAAGTGGTCATTTTATTGTGCATTGTATGTGCTTGTTTTAGATATTGTGTTTATTTGGTTTGTTTTTCTTACTTTACCATCATTCAGATATCATATGGACGTCTCTCTACAAAT
CCCAAAGGAATCTCTGAGGTGGATTTATTTTCCTTGCAAGCTGACGGAAGGAAGATAATAGACCCACAAAAGCAAAGTTCTCTTTGTCGACGCCTGCAACAGGAAATTTCCCACCCCATACGAGTGATGATTGTTGATCGTGGTCCTGACACAGAATTGCTGGTTGCATCTCGAATAGAGTTATCTGGAAGGGGTAGACC
CAGAGTTCTACTTGATGTAACGCTGGTGTTAAAGATGCTCGATATTTGTATTTTCTCGGCTGATATTGGAAGACATGTAATAGGTGATCTCCATTGGGAAGTCTACAGATTTCTTCTAATTGATAGATCAGATCTTTCGCTCGGGAGCAGTCGTACAAGAAGCCATATAACAGAGCGTGTTAAGAATATGTTGATTGGTT
GAGAGGGAGCCTCTTCTTGAAGTATTATTTGCTATCAAGATTAATGCTTCATGTCAGATAATCCCTTCCATTATTATAATTGAAACGGGGTAAAGCTGAGGTATTGCCTTCTATGACTGATTTGGAATCAAGGATTTGGTCATGGTTGAATGATTGCATTAGAGGATTTGGTTTGCAGAGGGCTATTTTTATATTTGAAC
ACGACGCCTGGAATGATGCATAAATTCCTTTTGCTTGCAAGGAACCTGAAAATACATCAGTTCTTGGAGTTGAGCCCTTGGTCAAGTTGTCCTATTGGTCACGCAGGAAGGAACTGAGGAATTTGCCATGATCAGATATTGCTTGCATGTGGCAGGAACATGGGTCCCCCGAGCTTATTTGATTCCGTTATAAGGTTTTC
TGCAACGCGTTTTATATTATCCTTAAAGAACTGTTGCAGAATCAGGACGTGGAATTTTTCAATTTACAGCTACCATCTATTGCTGGATAAGTTGGTAGTATCAGTAATGGAGTTTGAAACACCTGTCTAAACTCGTTACTACACCCGTCCTTCTAATGCTGATTGGTTAAAATGAAATTTGTCTTTTGACATGTGATAGT
CCTGACTTACATATAATTTTTTTGAAAATGTTAGTCTGCATCAAAAA

>TRINITY_DN132341_c0_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGGTCTTGAGTGATCATTTCCAGCAATGGGCCCCCTCCCAGAGACGAGATTGGATATCACGCTTGGTCAGAATCATAGTGATCCGAGTGTGATTACAGTAAACTGTGCTAACAAGATTGACCTCAGTTGCGATCTGTCGCGCATTATCTTTGATGATGGCCTCGGTGTTGTTAGAGGAGATCTTTCGATTGATGGGAAA
TGGTGCTATTTAATATTTTGGGTACTTTCGTCCACCGGATCGCCTCGACCTATACGATGGAAGAACCTTGAGGAACCTTATGTCTGCCTTCCCTCCAAATCATGCTCACACTGTCTTTATGAACATACCATAGCGAAGCCCAAGACTGTATATATCTTGCATATTTGTTCCTTAGATCGAGAAGGTCTTCTAAATGgtag
gttgcttcacagtccacgcatcgttttttggtagcaatctggttatatgtatttttcctcaaaattgtggcacgcttgtggtttgttgatgtagACGTATCTCAAGTACTGTGGGATATCGAGCTTGTTGTTCAGAAAGTGAAGGTTTCGACAACTCCTGATGGCAAAGTGATGAACCTCTTCTTCATTATTGATAACAG
GTCAGGATTTTGAAGTGAATTATTATTACTTGATTAGTAGTTGTATTTTGAACGATCAACATTTCTACAAATGTTTCTTTAGACAATTAATTTGCTTTGGAAAAATCCAAACAGCAATGACATGGGACTTGACACTGTTCATGTTTCCATCAATCTGGATAACCATTGAACATGTTATTTAGTCAATTGGAAATATTTTA
TGTTTAAAAAATTACTTTTATCGTACAAGGATCTGTTGCATTCAAAGAGGCAAGAAGATGTCTGTGGTAATTTAAAATATGTCATTGGTGAATCCAGTACTCATTGTGAACTCCGGTTAGCTCCTCCTAAGCTTATGGCACCGGAATATGCATTGATTTCCTTACTCTCACCGTCAATTGTCGCTGAGTTATTAAACTTA
GAATTAACGCAATTTCGGGTAGATTCTAATAGTTTACAAGCTAGGAACACTCTCATCAACAAAGTTTCTGTTACAATGGATAATTCATTAAGCCCTGCCCATACCTTGCTACAAATATCATGCAAAGATCGCAGGGGCCTTCTTTATGATGTTCTGAGAACCTTGAAGGACTACAATATCAAGGTAAGTGGTCATTTTAT
TGTGCATTGTATGTGCTTGTTTTAGATATTGTGTTTATTTGGTTTGTTTTTCTTACTTTACCATCATTCAGATATCATATGGACGTCTCTCTACAAATCCCAAAGGAATCTCTGAGGTGGATTTATTTTCCTTGCAAGCTGACGGAAGGAAGATAATAGACCCACAAAAGCAAAGTTCTCTTTGTCGACGCCTGCAACAG
GAAATTTCCCACCCCATACGAGTGATGATTGTTGATCGTGGTCCTGACACAGAATTGCTGGTTGCATCTCGAATAGAGTTATCTGGAAGGGGTAGACCCAGAGTTCTACTTGATGTAACGCTGGTGTTAAAGATGCTCGATATTTGTATTTTCTCGGCTGATATTGGAAGACATGTAATAGGTGATCTCCATTGGGAAGT
CTACAGATTTCTTCTAATTGATAGATCAGATCTTTCGCTCGGGAGCAGTCGTACAAGAAGCCATATAACAGAGCGTGTTAAGAATATGTTGATTGGTTGAGAGGGAGCCTCTTCTTGAAGTATTATTTGCTATCAAGATTAATGCTTCATGTCAGATAATCCCTTCCATTATTATAATTGAAACGGGGTAAAGCTGAGGT
ATTGCCTTCTATGACTGATTTGGAATCAAGGATTTGGTCATGGTTGAATGATTGCATTAGAGGATTTGGTTTGCAGAGGGCTATTTTTATATTTGAACACGACGCCTGGAATGATGCATAAATTCCTTTTGCTTGCAAGGAACCTGAAAATACATCAGTTCTTGGAGTTGAGCCCTTGGTCAAGTTGTCCTATTGGTCAC
GCAGGAAGGAACTGAGGAATTTGCCATGATCAGATATTGCTTGCATGTGGCAGGAACATGGGTCCCCCGAGCTTATTTGATTCCGTTATAAGGTTTTCTGCAACGCGTTTTATATTATCCTTAAAGAACTGTTGCAGAATCAGGACGTGGAATTTTTCAATTTACAGCTACCATCTATTGCTGGATAAGTTGGTAGTATC
AGTAATGGAGTTTGAAACACCTGTCTAAACTCGTTACTACACCCGTCCTTCTAATGCTGATTGGTTAAAATGAAATTTGTCTTTTGACATGTGATAGTCCTGACTTACATATAATTTTTTTGAAAATGTTAGTCTGCATCAAAAA