sp|Q9SF09|ANT1_ARATH ----> Amino acid transporter ANT1

Intron 1 GTGTGTTACT ... ATTCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.78	1	5	2
A2	75	1	4	2
A3	59.08	4	9	2
A4	50	2	3	1
A5	-1	0	0	0
A6	48.96	60	59	56
A7	60.3	18.3	27	28
A8	51.07	50.3	36	69
A9	53.31	30.7	20	50
A10	60.95	18.3	29	28

>TRINITY_DN38518_c0_g2_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

GAAATCTCCGTGATTGTGTTCCGTCTTACCTTAGCAGTCCTCCAAAGGGCCCCAATCCTTAGTAGATTGACCCACACCGAACAAATACAAATTTGGGAATTTCTGAATTTGCACAATACAAATGCAACTCTCTCATACCTTTTAAGGTATCACTCCAATCTGAGCCTGGCCCCATCATCTCCAATCTGAGCCTGGTCCCT
TGCGTGAAATCGGCCTCGATATTGCTACTTTGCCGTGTAATCTGAGTATGGGAGTGGATGAAGAAGTGGCATTGCTGGGAGGCAGTGCAGGGAGGAGAGGCAGCGCTTCTGTGTCACAAACATTTGGAAATATAATAGTATCCATCGTGGGCACGGGCGTTCTAGGACTGCCCTACGCTTACAAGCTCAGCGGATGGGCA
CCAGCTTCAGCAGCCATACTTCTCTCTGCCCTCTTCACATATTACTGTATGATGCTTCTGGTTAGCTGCAGGAAAAAGCTAAAGCAGATGGGGAATTTTGACGTTTCCAGTTATGGCGATATTGGAGGGGAGGCCTATGGAAAAGTAGGTCGATATGCTGCAGAGACAATGGTAATCATATGTCAGTGCGGAGGATGTGT
GGCATACATGGTGTTCATAGCTCAAAACTTATCCTCCATCTTCACAGGATCAATTGATAAATACCCATTAATTATATATCTTCTGATTCCCATAGAAATTGCACTGTCATGGATCCGTTCCTTGTCATCACTTGCCCCTCTCAGCATTTTGGCCGATGCCTGCAATGTTTTGGCCATGGCCATGGTCATCAAGGATGATT
TTCAGAGCTTTAGAGGATGGAATGAAGTCTCGGCCTTCACTGAGTGGAGAGGTTTGCTCTTTGCTGCGGGAGTTGCAGTGTTTTCTTATGAGGGATTCAGCATGACTCTTCCTCTGGAATCCTCAATGAGGAAGCCCGAGGAGTTTGGGAGGGTGCTGGGCCTGTCGTTTCTCGTCCTCAGTACCGTCTACACAGGCTTT
GGGTTCAGTGGATATGCTGCATATGGCAGCAAGACTCTGGAAATCATAACGTTGAATCTGCCAAATGACTGGTGTACCGTTGGTGTGAAGGTAGGGCTATGCATTGCCCTTGCTTTGACATATCCTGTGATGATGCATCCTGTACATGAAATGTTTAATGACAAGCTCGTGGCCACAAGTTGGTTTCAGAAGCTCTGTCT
CTCGTCCCAGCTAATGGAAAAATTGGTAATATATTCTCTTCGTGGGAGCAGTGTTGTTTTGCTTGCTATTGTGGCTTCCTCTGTACCAGGTTTTGCTGTTTTTATTTCCTTGGTGGGAAGTACAGTTAGTGCAATGCTTGCATTTGTTTTCCCCACGTTATTTCACATGAAGATTCTGAGTGGCTGTTTAAGTTTCTCTT
CCAGAGCTCTGGACATCCTTATTCTTTGCTCTGGCATAGCCTTTGCTCTTTATGGATCCTTCACAGCTTTCAATAATGTTTTTGGACACCCAGACACTTGACGATTTGTAATTTCGTAGCAAGACACAGTATATACCAATGGTGTCATGACTTGTGGGCCATCTTTGACATGTGGTTGTAATCTATGTGACCAGTACATT
ACTATCTTACTGCAATGTCATATTCTTACAGTGAGATGCCATTCCATATTAATATTATACTTTCTTCTTGCATACACATTATATACAACTGGTGTCATGATTTGTGGGACATCTTTGGCTTGTGGTTGTACTTTATGTAATGTCTACAATGTTATCTTATTGCAATGACATATTCCTATAATAAGATTTCATTCCACATT
ATTATTCTTCTTCCTTTATTGCAAT

>TRINITY_DN38518_c0_g2_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GAAATCTCCGTGATTGTGTTCCGTCTTACCTTAGCAGTCCTCCAAAGGGCCCCAATCCTTAGTAGATTGACCCACACCGAACAAATACAAATTTGGGAATTTCTGAATTTGCACAATACAAATGCAACTCTCTCATACCTTTTAAGGTATCACTCCAATCTGAGCCTGGCCCCATCATCTCCAATCTGAGCCTGGTCCCT
TGCGTGAAATCGGCCTCGATATTGCTACTTTGCCGTGTAATCTGAGTATGGGAGTGGATGAAGAAGTGGCATTGCTGGGAGGCAGTGCAGGGAGGAGAGGCAGCGCTTCTGTGTCACAAACATTTGGAAATATAATAGTATCCATCGTGGGCACGGGCGTTCTAGGACTGCCCTACGCTTACAAGCTCAGCGGATGGGCA
CCAGCTTCAGCAGCCATACTTCTCTCTGCCCTCTTCACATATTACTGTATGATGCTTCTGGTTAGCTGCAGGAAAAAGCTAAAGCAGATGGGGAATTTTGACGTTTCCAGTTATGGCGATATTGGAGGGGAGGCCTATGGAAAAGTAGGTCGATATGCTGCAGAGACAATGGTAATCATATGTCAGTGCGGAGGATGTGT
GGCATACATGGTGTTCATAGCTCAAAACTTATCCTCCATCTTCACAGGATCAATTGATAAATACCCATTAATTATATATCTTCTGATTCCCATAGAAATTGCACTGTCATGGATCCGTTCCTTGTCATCACTTGCCCCTCTCAGCATTTTGGCCGATGCCTGCAATGTTTTGGCCATGGCCATGGTCATCAAGGATGATT
TTCAGAGCTTTAGAGGATGGAATGAAGTCTCGGCCTTCACTGAGTGGAGAGGTTTGCTCTTTGCTGCGGGAGTTGCAGTGTTTTCTTATGAGGGATTCAGCATGACTCTTCCTCTGGAATCCTCAATGAGGAAGCCCGAGGAGTTTGGGAGGGTGCTGGGCCTGTCGTTTCTCGTCCTCAGTACCGTCTACACAGGCTTT
GGGTTCAGTGGATATGCTGCATATGGCAGCAAGACTCTGGAAATCATAACGTTGAATCTGCCAAATGACTGGTGTACCGTTGGTGTGAAGGTAGGGCTATGCATTGCCCTTGCTTTGACATATCCTGTGATGATGCATCCTGTACATGAAATGTTTAATGACAAGCTCGTGGCCACAAGTTGGTTTCAGAAGCTCTGTCT
CTCGTCCCAGCTAATGGAAAAATTGGTAATATATTCTCTTCGTGGGAGCAGTGTTGTTTTGCTTGCTATTGTGGCTTCCTCTGTACCAGGTTTTGCTGTTTTTATTTCCTTGGTGGGAAGTACAGTTAGTGCAATGCTTGCATTTGTTTTCCCCACGTTATTTCACATGAAGATTCTGAGTGGCTGTTTAAGTTTCTCTT
CCAGAGCTCTGGACATCCTTATTCTTTGCTCTGGCATAGCCTTTGCTCTTTATGGATCCTTCACAGCTTTCAATAATGTTTTTGGACACCCAGACACTTGACGATTTGTAATTTCGTAGCAAGgtgtgttactcacagagctgctgattatttatgtttcatttttacaaaatatatagagattccttataatgggttat
ctaatctctcttttccaatgagcaaagctggcatttgagatgggagaccccatgttgatgttgatatgatagcatcatccctcactccagtactaacattcatttttgggcagttttaggatgatcactattcactctgtcacagagtttaactgtagtgtggggttggtgtgtacatctttggatctaaagtatcttaa
attcaatggcatacacacgacccaacgccgcatttaatgctgtgcagcagggtggataatgcttgcccagttacagtgtcatgacttgtgggccatttcgatttgtagttataatctaagagatgtgtactatactatcttactgcaatctcatattcttataatgagatttcattccacattaatattttccttgttat
tcttgcaattcttgcagACACAGTATATACCAATGGTGTCATGACTTGTGGGCCATCTTTGACATGTGGTTGTAATCTATGTGACCAGTACATTACTATCTTACTGCAATGTCATATTCTTACAGTGAGATGCCATTCCATATTAATATTATACTTTCTTCTTGCATACACATTATATACAACTGGTGTCATGATTTGTG
GGACATCTTTGGCTTGTGGTTGTACTTTATGTAATGTCTACAATGTTATCTTATTGCAATGACATATTCCTATAATAAGATTTCATTCCACATTATTATTCTTCTTCCTTTATTGCAAT

Intron 2 GTAATATATT ... TCTCTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	91.67	1	7	15
A2	77.78	1	4	3
A3	58.08	9.4	4	22
A4	100	0	5	8
A5	66.67	1	3	1
A6	55.35	61.4	59	93.3
A7	58.39	19	25	28
A8	60.88	32.7	28	73.7
A9	66.05	14.1	21	34
A10	61.27	20.6	30	35

>TRINITY_DN92009_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

GCCCCAATCCTTAGTAGATTGACCCACACCGAACAAATACAAATTTGGGAATTTCTGAATTTGCACAATACAAATGCAACTCTCTCATACCTTTTAAGGTATCACTCCAATCTGAGCCTGGCCCCATCATCTCCAATCTGAGCCTGGTCCCTTGCGTGAAATCGGCCTCGATATTGCTACTTTGCCGTGTAATCTGAGTA
TGGGAGTGGATGAAGAAGTGGCATTGCTGGGAGGCAGTGCAGGGAGGAGAGGCAGCGCTTCTGTGTCACAAACATTTGGAAATATAATAGTATCCATCGTGGGCACGGGCGTTCTAGGACTGCCCTACGCTTACAAGCTCAGCGGATGGGCACCAGCTTCAGCAGCCATACTTCTCTCTGCCCTCTTCACATATTACTGT
ATGATGCTTCTGGTTAGCTGCAGGAAAAAGCTAAAGCAGATGGGGAATTTTGACGTTTCCAGTTATGGCGATATTGGAGGGGAGGCCTATGGAAAAGTAGGTCGATATGCTGCAGAGACAATGGTAATCATATGTCAGTGCGGAGGATGTGTGGCATACATGGTGTTCATAGCTCAAAACTTATCCTCCATCTTCACAGG
ATCAATTGATAAATACCCATTAATTATATATCTTCTGATTCCCATAGAAATTGCACTGTCATGGATCCGTTCCTTGTCATCACTTGCCCCTCTCAGCATTTTGGCCGATGCCTGCAATGTTTTGGCCATGGCCATGGTCATCAAGGATGATTTTCAGAGCTTTAGAGGATGGAATGAAGTCTCGGCCTTCACTGAGTGGA
GAGGTTTGCTCTTTGCTGCGGGAGTTGCAGTGTTTTCTTATGAGGGATTCAGCATGACTCTTCCTCTGGAATCCTCAATGAGGAAGCCCGAGGAGTTTGGGAGGGTGCTGGGCCTGTCGTTTCTCGTCCTCAGTACCGTCTACACAGGCTTTGGGTTCAGTGGATATGCTGCATATGGCAGCAAGACTCTGGAAATCATA
ACGTTGAATCTGCCAAATGACTGGTGTACCGTTGGTGTGAAGGTAGGGCTATGCATTGCCCTTGCTTTGACATATCCTGTGATGATGCATCCTGTACATGAAATGTTTAATGACAAGCTCGTGGCCACAAGTTGGTTTCAGAAGCTCTGTCTCTCGTCCCAGCTAATGGAAAAATTGAGCTCTGGACATCCTTATTCTTT
GCTCTGGCATAGCCTTTGCTCTTTATGGATCCTTCACAGCTTTCAATAATGTTTTTGGACACCCAGACACTTGACGATTTGTAATTTCGTAGCAAGGTGTGTTACTCACAGAGCTGCTGATTATTTATGTTTCATTTTTTCAAAATATATAGAGATTCCTTATAATGGGTTATCTAATCTCTCTTTGCCAATGAGCAAAG
CTGGCATTTGAGATGGGAGACCCCATGTTGATGTTGATATGATAGCATCATCCCTCACTCCAGTACTAACATTCATTTTTGGGCAGTTTTAGGATGATCACTATTCACTCTGTCACAGAGTTTAACTGTAGTGTGGGG

>TRINITY_DN92009_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GCCCCAATCCTTAGTAGATTGACCCACACCGAACAAATACAAATTTGGGAATTTCTGAATTTGCACAATACAAATGCAACTCTCTCATACCTTTTAAGGTATCACTCCAATCTGAGCCTGGCCCCATCATCTCCAATCTGAGCCTGGTCCCTTGCGTGAAATCGGCCTCGATATTGCTACTTTGCCGTGTAATCTGAGTA
TGGGAGTGGATGAAGAAGTGGCATTGCTGGGAGGCAGTGCAGGGAGGAGAGGCAGCGCTTCTGTGTCACAAACATTTGGAAATATAATAGTATCCATCGTGGGCACGGGCGTTCTAGGACTGCCCTACGCTTACAAGCTCAGCGGATGGGCACCAGCTTCAGCAGCCATACTTCTCTCTGCCCTCTTCACATATTACTGT
ATGATGCTTCTGGTTAGCTGCAGGAAAAAGCTAAAGCAGATGGGGAATTTTGACGTTTCCAGTTATGGCGATATTGGAGGGGAGGCCTATGGAAAAGTAGGTCGATATGCTGCAGAGACAATGGTAATCATATGTCAGTGCGGAGGATGTGTGGCATACATGGTGTTCATAGCTCAAAACTTATCCTCCATCTTCACAGG
ATCAATTGATAAATACCCATTAATTATATATCTTCTGATTCCCATAGAAATTGCACTGTCATGGATCCGTTCCTTGTCATCACTTGCCCCTCTCAGCATTTTGGCCGATGCCTGCAATGTTTTGGCCATGGCCATGGTCATCAAGGATGATTTTCAGAGCTTTAGAGGATGGAATGAAGTCTCGGCCTTCACTGAGTGGA
GAGGTTTGCTCTTTGCTGCGGGAGTTGCAGTGTTTTCTTATGAGGGATTCAGCATGACTCTTCCTCTGGAATCCTCAATGAGGAAGCCCGAGGAGTTTGGGAGGGTGCTGGGCCTGTCGTTTCTCGTCCTCAGTACCGTCTACACAGGCTTTGGGTTCAGTGGATATGCTGCATATGGCAGCAAGACTCTGGAAATCATA
ACGTTGAATCTGCCAAATGACTGGTGTACCGTTGGTGTGAAGGTAGGGCTATGCATTGCCCTTGCTTTGACATATCCTGTGATGATGCATCCTGTACATGAAATGTTTAATGACAAGCTCGTGGCCACAAGTTGGTTTCAGAAGCTCTGTCTCTCGTCCCAGCTAATGGAAAAATTGgtaatatattctcttcgtgggag
cagtgttgttttgcttgctattgtggcttcctctgtaccaggttttgctgtttttatttccttggtgggaagtacagttagtgcaatgcttgcatttgttttccccacgttatttcacatgaagattctgagtggctgtttaagtttctcttccagAGCTCTGGACATCCTTATTCTTTGCTCTGGCATAGCCTTTGCTC
TTTATGGATCCTTCACAGCTTTCAATAATGTTTTTGGACACCCAGACACTTGACGATTTGTAATTTCGTAGCAAGGTGTGTTACTCACAGAGCTGCTGATTATTTATGTTTCATTTTTTCAAAATATATAGAGATTCCTTATAATGGGTTATCTAATCTCTCTTTGCCAATGAGCAAAGCTGGCATTTGAGATGGGAGAC
CCCATGTTGATGTTGATATGATAGCATCATCCCTCACTCCAGTACTAACATTCATTTTTGGGCAGTTTTAGGATGATCACTATTCACTCTGTCACAGAGTTTAACTGTAGTGTGGGG