sp|P0C2F6|RNHX1_ARATH ----> Putative ribonuclease H protein At1g65750
Intron 1 ATTCATTGCA ... TGAATGCCAC
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 57.25 | 28 | 31 | 44 |
| A2 | 53.12 | 30 | 23 | 45 |
| A3 | 53.85 | 27 | 25 | 38 |
| A4 | 53.57 | 13 | 9 | 21 |
| A5 | 56.25 | 21 | 20 | 34 |
| A6 | 54.29 | 8 | 8 | 11 |
| A7 | 61.82 | 21 | 30 | 38 |
| A8 | 60 | 6 | 9 | 9 |
| A9 | 62.96 | 5 | 8 | 9 |
| A10 | 47.5 | 21 | 15 | 23 |
>TRINITY_DN43420_c0_g2_i5 from sample A7 / Example spliced isoformGGGCTTGAACTAGTTCAGTTGGTTGAGGATGCTCGGAGGACTGGAAAGGTTCTGGGTGATGTGAATGCTACATTCATTGCATTGATCTGGAAGACATCCAATCCGGATACTTTTTAGGATTTCCGTGGTGCCTAGGATATTTTTGGATCAGGATTGTATTTGCTATTGGTTGTCATATTACTCTAACAGAGATTAAGGGC
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ATTACACTCTGATAACAGAGATTGAGGGTATATAGAGGAGTATGGAGAAAGATAAGAGTCCGGGTCCAGATGGATGTACCTGTAAGTTTTTCATTCAATTCTTTGATATTATAGGGCTTGAACTAGTTCAGTTGGTTGAGGATGCTCGGAGGACTGGAAAGGTTCTGGGTGATGTGAATGCTACATTCATTGCATTGATC
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GGCCTATTCCATGAGATATCGAAGGAACAATTTGGGTTTTTAAACCAGAGACTGTTATCTGATGCAATCGGGACTGCGCAGGAGACTCTATATTTAGCAAAGATTAAGAAATTGGATGCTCTAATCTTGATCGATTTGGTAAATGCATACGACTTGGTTGATTGGTCTTTTCTGCAACTATTGCTGTAAAATGCGAGGCT
GGATTACAAAATCACTTTTGGATCATGGGATGTGTCTCTTCTGCGAACTTTGCAGTTATCCTTAATCCCAGTCCTACTGTATTCTTCACGACAGGGTTGCCCTATGTCTCCACTATTATTTATCCTGGTTATAGGAGGACTCAGTCGCCTTATCCAACAGGCTAAGGTGGAAGGTAAGATAAATGGTATTAAATTTTCTC
ATAATCATTTTATAACTCTGCTGTTTCTCGATGACGTGCTCATATTCGGCATTGGTGATGAACAAGAGTGGTTACATTCTAAATTCATACTGGATACATTTTGCTGTGCATCGGGGATGATGATTAGCTACCCTAAATCTGGTATGTATTCTCTCAATCTGGCGGGGGAGGACCTTGTATTCATTTATCCTTTGGATATT
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GACTTCCATCGTCCATCCTGTGTAAGATTAGAAAATATTTCTTCAATTTTCTATGGAAGGGGTGTCATTCGGTCTCCTGGGAACGCATTTCTTCAAAGATCAGAGGTTGTTGGGGCATCCGAAACATATACTGGGTTCACAGAGCATTGCATTTAAAGAGTCTATGGAGAGGCCGCACAAATCAAGGATTATGGGGGAAG
ATCATGAGAGATAAATACCTCTATCAGACGTTGGTGATTAACTGGATAAGAATGGGGTATAAGAAGGTGAAACTCTGCTCATCCATTTGGACTGGATTGTTGTTATTGAAGAGATGGTTAACATGGCAAGTTGGTATGGATACCAAGTGAGTGTGGGTATCGACGTGATACTTGGTACATCACATTCTGGCATTTTATCG
CCTTCTCTTCTGCAGACATTACAGCATCTCGGGATTAATTATCTTTATCAGGTATTAAATGGCTTTGTGGTTCAACATGAGATTAATTCTTGGATTCCGGCACATGAATTGCATCTTTCAGGTTCTGTGGCTATAGAATGGAACTTATATATCTCTGGATTGTCGCATGCGGGCATTTATCTTAATGAAGATCTTGATCA
GATTTATTGGTCCTTTGGTTCTGGTGAGGGGACGGTATCTACAAAATTGGCTTATGAGGCAATAGCAACAGAGTACAATTTATTGTGGAAATGGAACATTCCAGTAAAGATCATGGTTTTCTGGTAGTGCTCTAAATAATCGGATCAATACAGGGGAGCGTTATAGAAGACATGGCAGCATGGGGTCTACTGTTTTTTCA
CTTTGTTTAATGGCAGATGAAACTGTAGACCATCTATTTTCGCAATGTACAGTCACCCTACAGCTCGGGGCCTGGCGTCTGCGCAATTCGGTATTATTTGACAATATGTCTTAGATGGGGCTGTTGTATTCATCCTTGGTTTTATGAAAGATTTTCAAAGGAAAAAACCAGCTTATATATCGATTCACAGAAGGCCTCCG
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TCATTATTATTATAAAAATTAGATATCACAAACATAAAAATTA
>TRINITY_DN43420_c0_g2_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:GGGCTTGAACTAGTTCAGTTGGTTGAGGATGCTCGGAGGACTGGAAAGGTTCTGGGTGATGTGAATGCTACATTCATTGCATTGATCTGGAAGACATCCAATCCGGATACTTTTTAGGATTTCCGTGGTGCCTAGGATATTTTTGGATCAGGATTGTATTTGCTATTGGTTGTCATATTACTCTAACAGAGATTAAGGGC
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GGCAAGACCTAGTGAGAAAAATGGATAATGGATACATTGAGAATATACGGGAACTGGAATGTAAGAAGCACAACTTAAGACCGAAGAGGATATATGGAGACTCAAAACCGTGCACTCTGGCTCTTGAGTGGGGACTAGAGTGCACTCTGGCTCTTGAGTGGGGACTAGAATACGAAGTTTTTCCATACGTATGCACAAAA
TCGGGGGAAGTAGGAAATTAAGGACTGCACAGGTAAGGATATCAGAACCTGTTGGTATTGCTGAGGCTATTAAACATTTCTACAACTTATTTAAGAAGCCTCAGATTAATAATCTGGAGATTTAGCTAAATATTCTTCAGGTGATGCCTAGGATATTTTCGGATCAGAATTGTATTTGCTATTGGTCGTCCTATTACACT
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catctaatctggacaatttttaggatgctcggaggactggaaaggttctgggtgatgtgaatgccacATTCATTGCATTGATCTGGAAGACATCCAATCCGGACACTTTTTAGGATTTTCGTGGTGCCTAGGATATTTTTGGATCAGGATTGTATTTGCTATTGGTTGTCATATTACTCTAACAGAGATTAAGGGCATAT
TGAGGAGTAGGAGAAAGATAAGAGCCTGGGTCCGGATGGATGGACCTGTGAGTTTTTCATTCAATTCTTCCATATTATGGGGCCTGAATTAGTTCAGTTGGTTGATGGTGTTTGGAGGACTGGAAAGGTTCTGGGTGATGTGAATGCTACCTTCATTGCATTGATCCCGACCATTGCTCTCAGGATTAAAGGAGGCCTAT
TCCATGAGATATCGAAGGAACAATTTGGGTTTTTAAACCAGAGACTGTTATCTGATGCAATCGGGACTGCGCAGGAGACTCTATATTTAGCAAAGATTAAGAAATTGGATGCTCTAATCTTGATCGATTTGGTAAATGCATACGACTTGGTTGATTGGTCTTTTCTGCAACTATTGCTGTAAAATGCGAGGCTGGATTAC
AAAATCACTTTTGGATCATGGGATGTGTCTCTTCTGCGAACTTTGCAGTTATCCTTAATCCCAGTCCTACTGTATTCTTCACGACAGGGTTGCCCTATGTCTCCACTATTATTTATCCTGGTTATAGGAGGACTCAGTCGCCTTATCCAACAGGCTAAGGTGGAAGGTAAGATAAATGGTATTAAATTTTCTCATAATCA
TTTTATAACTCTGCTGTTTCTCGATGACGTGCTCATATTCGGCATTGGTGATGAACAAGAGTGGTTACATTCTAAATTCATACTGGATACATTTTGCTGTGCATCGGGGATGATGATTAGCTACCCTAAATCTGGTATGTATTCTCTCAATCTGGCGGGGGAGGACCTTGTATTCATTTATCCTTTGGATATTTAGGACC
TTAATTCTGGATTGTCATACTTGACTACTTTTTAAAACCGAATGCAGATGTAGTCACAGACTGGATATGGCTGGTGAATAAGGTTGAGAAGAAGATATCCTGTTGGATGCATTGAAAATTGACTATGGGAGGAGGATTGACATTATTAACTCTGTCCTGGCAAACTTACCTATCTATTGGTTTTCTCTTGCTAGACTTCC
ATCGTCCATCCTGTGTAAGATTAGAAAATATTTCTTCAATTTTCTATGGAAGGGGTGTCATTCGGTCTCCTGGGAACGCATTTCTTCAAAGATCAGAGGTTGTTGGGGCATCCGAAACATATACTGGGTTCACAGAGCATTGCATTTAAAGAGTCTATGGAGAGGCCGCACAAATCAAGGATTATGGGGGAAGATCATGA
GAGATAAATACCTCTATCAGACGTTGGTGATTAACTGGATAAGAATGGGGTATAAGAAGGTGAAACTCTGCTCATCCATTTGGACTGGATTGTTGTTATTGAAGAGATGGTTAACATGGCAAGTTGGTATGGATACCAAGTGAGTGTGGGTATCGACGTGATACTTGGTACATCACATTCTGGCATTTTATCGCCTTCTC
TTCTGCAGACATTACAGCATCTCGGGATTAATTATCTTTATCAGGTATTAAATGGCTTTGTGGTTCAACATGAGATTAATTCTTGGATTCCGGCACATGAATTGCATCTTTCAGGTTCTGTGGCTATAGAATGGAACTTATATATCTCTGGATTGTCGCATGCGGGCATTTATCTTAATGAAGATCTTGATCAGATTTAT
TGGTCCTTTGGTTCTGGTGAGGGGACGGTATCTACAAAATTGGCTTATGAGGCAATAGCAACAGAGTACAATTTATTGTGGAAATGGAACATTCCAGTAAAGATCATGGTTTTCTGGTAGTGCTCTAAATAATCGGATCAATACAGGGGAGCGTTATAGAAGACATGGCAGCATGGGGTCTACTGTTTTTTCACTTTGTT
TAATGGCAGATGAAACTGTAGACCATCTATTTTCGCAATGTACAGTCACCCTACAGCTCGGGGCCTGGCGTCTGCGCAATTCGGTATTATTTGACAATATGTCTTAGATGGGGCTGTTGTATTCATCCTTGGTTTTATGAAAGATTTTCAAAGGAAAAAACCAGCTTATATATCGATTCACAGAAGGCCTCCGATCATTG
ATTTTACAACTACGGTGGGCTTCTTCGACGGTGTTGCCCAGAAGGGCATTTGTGGGGCTGGTTGCTTGACAGATTTAGAAGTAGTAGTTATTTCAGATATATGATATAATTTTTGTATGAAAGGATGCATTGTAAACAGTCAAACAGTTATAGCAAGAAACTCTTTTATCTTTTGAAAAAAAATAAACGTTTATCATTAT
TATTATAAAAATTAGATATCACAAACATAAAAATTA
Intron 2 GTATGTATTC ... CCGAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 98.08 | 0.3 | 8 | 16 |
| A2 | 93.75 | 0.3 | 5 | 1 |
| A3 | 100 | 0 | 4 | 6 |
| A4 | 100 | 0 | 2 | 3 |
| A5 | 100 | 0 | 5 | 4 |
| A6 | 100 | 0 | 2 | 3 |
| A7 | 90.56 | 2.3 | 10 | 33 |
| A8 | 93.18 | 0.8 | 6 | 10 |
| A9 | 84.12 | 1.3 | 3 | 10 |
| A10 | 90.91 | 1 | 5 | 9 |
>TRINITY_DN43420_c0_g2_i1 from sample A7 / Example spliced isoformTGATTAGCTACCCTAAATCTGATGTAGTCACAGACTGGATATGGCTGGTGAATAAGGTTGAGAAGAAGATATCCTGTTGGATGCATTGAAAATTGACTATGGGAGGAGGATTGACATTATTAACTCTGTCCTGGCAAACTTACCTATCTATTGGTTTTCTCTTGCTAGACTTCCATCGTCCATCCTGTGTAAGATTAGAA
AATATTTCTTCAATTTTCTATGGAAGGGGTGTCATTCGGTCTCCTGGGAACGCATTTCTTCAAAGATCAGAGGTTGTTGGGGCATCCGAAACATATACTGGGTTCACAGAGCATTGCATTTAAAGAGTCTATGGAGAGGCCGCACAAATCAAGGATTATGGGGGAAGATCATGAGAGATAAATACCTCTATCAGACGTTG
GTGATTAACTGGATAAGAATGGGGTATAAGAAGGTGAAACTCTGCTCATCCATTTGGACTGGATTGTTGTTATTGAAGAGATGGTTAACATGGCAAGTTGGTATGGATACCAAGTGAGTGTGGGTATCGACGTGATACTTGGTACATCACATTCTGGCATTTTATCGCCTTCTCTTCTGCAGACATTACAGCATCTCGGG
ATTAATTATCTTTATCAGGTATTAAATGGCTTTGTGGTTCAACATGAGATTAATTCTTGGATTCCGGCACATGAATTGCATCTTTCAGGTTCTGTGGCTATAGAATGGAACTTATATATCTCTGGATTGTCGCATGCGGGCATTTATCTTAATGAAGATCTTGATCAGATTTATTGGTCCTTTGGTTCTGGTGAGGGGAC
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GACGGTGTTGCCCAGAAGGGCATTTGTGGGGCTGGTTGCTTGACAGATTTAGAAGTAGTAGTTATTTCAGATATATGATATAATTTTTGTATGAAAGGATGCATTGTAAACAGTCAAACAGTTATAGCAAGAAACTCTTTTATCTTTTGAAAAAAAATAAACGTTTATCATTATTATTATAAAAATTAGATATCACAAAC
ATAAAAATTA
>TRINITY_DN43420_c0_g2_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:GGGCTTGAACTAGTTCAGTTGGTTGAGGATGCTCGGAGGACTGGAAAGGTTCTGGGTGATGTGAATGCTACATTCATTGCATTGATCTGGAAGACATCCAATCCGGATACTTTTTAGGATTTCCGTGGTGCCTAGGATATTTTTGGATCAGGATTGTATTTGCTATTGGTTGTCATATTACTCTAACAGAGATTAAGGGC
ATATTGAGGAGTAGGAGAAAGATAAGAGCCATCCGGCTTAAGGTTTTCCATGATAGGGTTTACCTGGTTCAGAAAATAGACGGGGGTGGTTTGAGAGTGAGCCGAGCATTGGTAGCGGACTGACTTTCTACCTACCTTAGGTGTTTTTAGGTTTTACAGATTATCAATGCTTCGGTTTTATATTTATAGCTTTGAACGGT
GGCAAGACCTAGTGAGAAAAATGGATAATGGATACATTGAGAATATACGGGAACTGGAATGTAAGAAGCACAACTTAAGACCGAAGAGGATATATGGAGACTCAAAACCGTGCACTCTGGCTCTTGAGTGGGGACTAGAGTGCACTCTGGCTCTTGAGTGGGGACTAGAATACGAAGTTTTTCCATACGTATGCACAAAA
TCGGGGGAAGTAGGAAATTAAGGACTGCACAGGTAAGGATATCAGAACCTGTTGGTATTGCTGAGGCTATTAAACATTTCTACAACTTATTTAAGAAGCCTCAGATTAATAATCTGGAGATTTAGCTAAATATTCTTCAGGTGATGCCTAGGATATTTTCGGATCAGAATTGTATTTGCTATTGGTCGTCCTATTACACT
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TGAGGAGTAGGAGAAAGATAAGAGCCTGGGTCCGGATGGATGGACCTGTGAGTTTTTCATTCAATTCTTCCATATTATGGGGCCTGAATTAGTTCAGTTGGTTGATGGTGTTTGGAGGACTGGAAAGGTTCTGGGTGATGTGAATGCTACCTTCATTGCATTGATCCCGACCATTGCTCTCAGGATTAAAGGAGGCCTAT
TCCATGAGATATCGAAGGAACAATTTGGGTTTTTAAACCAGAGACTGTTATCTGATGCAATCGGGACTGCGCAGGAGACTCTATATTTAGCAAAGATTAAGAAATTGGATGCTCTAATCTTGATCGATTTGGTAAATGCATACGACTTGGTTGATTGGTCTTTTCTGCAACTATTGCTGTAAAATGCGAGGCTGGATTAC
AAAATCACTTTTGGATCATGGGATGTGTCTCTTCTGCGAACTTTGCAGTTATCCTTAATCCCAGTCCTACTGTATTCTTCACGACAGGGTTGCCCTATGTCTCCACTATTATTTATCCTGGTTATAGGAGGACTCAGTCGCCTTATCCAACAGGCTAAGGTGGAAGGTAAGATAAATGGTATTAAATTTTCTCATAATCA
TTTTATAACTCTGCTGTTTCTCGATGACGTGCTCATATTCGGCATTGGTGATGAACAAGAGTGGTTACATTCTAAATTCATACTGGATACATTTTGCTGTGCATCGGGGATGATGATTAGCTACCCTAAATCTGgtatgtattctctcaatctggcgggggaggaccttgtattcatttatcctttggatatttaggacc
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GAGATAAATACCTCTATCAGACGTTGGTGATTAACTGGATAAGAATGGGGTATAAGAAGGTGAAACTCTGCTCATCCATTTGGACTGGATTGTTGTTATTGAAGAGATGGTTAACATGGCAAGTTGGTATGGATACCAAGTGAGTGTGGGTATCGACGTGATACTTGGTACATCACATTCTGGCATTTTATCGCCTTCTC
TTCTGCAGACATTACAGCATCTCGGGATTAATTATCTTTATCAGGTATTAAATGGCTTTGTGGTTCAACATGAGATTAATTCTTGGATTCCGGCACATGAATTGCATCTTTCAGGTTCTGTGGCTATAGAATGGAACTTATATATCTCTGGATTGTCGCATGCGGGCATTTATCTTAATGAAGATCTTGATCAGATTTAT
TGGTCCTTTGGTTCTGGTGAGGGGACGGTATCTACAAAATTGGCTTATGAGGCAATAGCAACAGAGTACAATTTATTGTGGAAATGGAACATTCCAGTAAAGATCATGGTTTTCTGGTAGTGCTCTAAATAATCGGATCAATACAGGGGAGCGTTATAGAAGACATGGCAGCATGGGGTCTACTGTTTTTTCACTTTGTT
TAATGGCAGATGAAACTGTAGACCATCTATTTTCGCAATGTACAGTCACCCTACAGCTCGGGGCCTGGCGTCTGCGCAATTCGGTATTATTTGACAATATGTCTTAGATGGGGCTGTTGTATTCATCCTTGGTTTTATGAAAGATTTTCAAAGGAAAAAACCAGCTTATATATCGATTCACAGAAGGCCTCCGATCATTG
ATTTTACAACTACGGTGGGCTTCTTCGACGGTGTTGCCCAGAAGGGCATTTGTGGGGCTGGTTGCTTGACAGATTTAGAAGTAGTAGTTATTTCAGATATATGATATAATTTTTGTATGAAAGGATGCATTGTAAACAGTCAAACAGTTATAGCAAGAAACTCTTTTATCTTTTGAAAAAAAATAAACGTTTATCATTAT
TATTATAAAAATTAGATATCACAAACATAAAAATTA