NA ----> NA

Intron 1 GTAAGTTCCG ... TGACTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.58	59.5	54	3
A2	52.06	72.8	79	1
A3	50.49	51	52	2
A4	48.91	40.8	39	0
A5	49.02	26	25	0
A6	48.71	406.5	386	0
A7	48.63	314.8	298	0
A8	49.78	285.5	283	5
A9	48.82	400.5	382	1
A10	48.57	238.3	225	0

>TRINITY_DN41798_c7_g4_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

GAGGACGAGGAGCGTAAAGCCAGTAAGTGCAATGCAATGCAATGTTAGCTGAACTGAATTGAAGATCATATGGTTATAGATATGATATGACATTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTTAGCAGATACTTTGAACAATGTCGGGAGCTAAGCCTGATAAAAAAGGCGGAGGAGGGAATGGCAAGGGCAAAGATACGTTTGTTG
CCACAACAGCAGGATTTGTGGTCTTTACAGGGATTGCGGTGAGTCTGTTCAAGGCCTTTAAGTCTAAAAAGCTTGTTGAAGAAGTTTCCCCTCCCCAACCTTCAGATGAGGCTGTTGGAGATGTCGGGGGTCAGCTCCAGACTGAAGCGACGGAGAAAACCAACGATGTTGTAAAAGAAGTGAACATATTCGGGTTTCAT
AAGGGGGGCAACAAGAAGAAGTCGAGCCAAACGATTGAGGTATTCAAAGGAGATACTCTTTGGAGTCTCTCTCGGAAGTATGGGGTTGAGCTGGTGAAGATCAGGACTCCATGCTTGCTTATTAGGCACCTGCGTTTTCACCATGGCTTGCGAGGTCCACTGTCCCAGGGTCTAACTGTTACGAAATTTCAATCATCTTG
GTTTAACTTTCTAATTACAATGGTTTAACTACATGCAATTTCTCAAAGGATTTAATGTACAGTGGAGATGTGGTCGGATTGCTTAAACATATTTATCTTAATGATGGGTTGAGGAAGTTAGGGTTTGTTCGAGTCGGTAAGTAGTCTTGGAGGCACTAGATGAATATATATTTGTGTCCACCCTGTAGATTTCCCTTCAT
CTTATGGTGGTTAGTTACTCTGATTTTCCAGAGTATCTCTATGACCTTAGATTAGCTATGATTAGAGGCAACTCTGCAGTGTGGATAGGAATGCCTATTGTTTGGTTACTATGGAGTCTCATTACATAGGCTGCCCTAAGGTTACCTGTTATCAATTAAAACGAACCTATGTGAAAACAAAATTGAGTTATACGTAGTTC
CACTTCTCACAAATGATTGTAATTTGTTAACTCATTTCAACATATTATATTGTTTTTTTAATTAGTTGTCAAATTGGTATTACCAGAATTTTCCATGTTTGGATTAAAGGGTTGCATGTAGAAGAGCTTTTAGCGATGGTTAAATCGTTGTTACTGTTAATAAGGGAATACATGTATTGGCCAAACTTGATTTTGGTAGT
AGATTTCTGTGAGTGGATTATGTTAGAGTTTAAGGAATTTGATGTTTTGAGTGGACACTCCACCCATCTTCAGGGGAAACTATGAAAATGTTTAAAAGTTAGAAA

>TRINITY_DN41798_c7_g4_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GGCTTTTTCTACGCAAACACAAATTCGACACAAATGCCAAGCATTTTCTACGCCAACAAACATGCGAAACGTGTACTGAATTTTGTAAACAACAAATACCTGATAAACCTCTTAACGGAAGATTGATTTCCCTTGTATTTCCGTGGCTGCGGCTACGAGAGGCTCGATACGCAGGTTCGGGATAGGCTCGGATGAGTAAT
GACTGGCTGGTCCTATATGTCGGTTCCATTAATGTACAATCGCAATCCACAGCCCTGATGCAAATCAAGAGGAGGACGAGGAGCGTAAAGCCAATACTTTGAACAATGTCGGGAGCTAAGCCTGATAAAAAAGGCGGAGGAGGGAATGGCAAGGGCAAAGATACGTTTGTTGCCACAACAGCAGGATTTGTGGTCTTTAC
AGGGATTGCGGTGAGTCTGTTCAAGGCCTTTAAGTCTAAAAAGCTTGTTGAAGAAGTTTCCCCTCCCCAACCTTCAGATGAGGCTGTTGGAGATGTCGGGGGTCAGCTCCAGACTGAAGCGACGGAGAAAACCAACGATGTTGTAAAAGAAGTGAACATATTCGGGTTTCATAAGGGGGGCAACAAGAAGAAGTCGAGCC
AAACGATTGAGGTATTCAAAGGAGATACTCTTTGGAGTCTCTCTCGGAAGTATGGGgtaagttccgagtcttccagtaacatgaagaatgggatttcacctttctgcagataagataagaatgtttcctattacccatgaaattgttaaattttctgacttttagGTTGAGCTGGTGAAGATCAG

Intron 2 GTAAGTGCAA ... CTGTTAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.67	101	7	92
A2	52.14	123	1	134
A3	44.48	166	3	133
A4	44	126	4	99
A5	43.46	108	2	83
A6	47.6	655	6	595
A7	48.27	597	7	557
A8	46.62	497	11	434
A9	46.94	711	15	629
A10	48.24	575	5	536

>TRINITY_DN41798_c7_g4_i8 from sample A9 / Example spliced isoform

GGCTTTTTCTACGCAAACACAAATTCGACACAAATGCCAAGCATTTTCTACGCCAACAAACATGCGAAACGTGTACTGAATTTTGTAAACAACAAATACCTGATAAACCTCTTAACGGAAGATTGATTTCCCTTGTATTTCCGTGGCTGCGGCTACGAGAGGCTCGATACGCAGGTTCGGGATAGGCTCGGATGAGTAAT
GACTGGCTGGTCCTATATGTCGGTTCCATTAATGTACAATCGCAATCCACAGCCCTGATGCAAATCAAGAGGAGGACGAGGAGCGTAAAGCCAATACTTTGAACAATGTCGGGAGCTAAGCCTGATAAAAAAGGCGGAGGAGGGAATGGCAAGGGCAAAGATACGTTTGTTGCCACAACAGCAGGATTTGTGGTCTTTAC
AGGGATTGCGGTGAGTCTGTTCAAGGCCTTTAAGTCTAAAAAGCTTGTTGAAGAAGTTTCCCCTCCCCAACCTTCAGATGAGGCTGTTGGAGATGTCGGGGGTCAGCTCCAGACTGAAGCGACGGAGAAAACCAACGATGTTGTAAAAGAAGTGAACATATTCGGGTTTCATAAGGGGGGCAACAAGAAGAAGTCGAGCC
AAACGATTGAGGTATTCAAAGGAGATACTCTTTGGAGTCTCTCTCGGAAGTATGGGGTTTCAGTTGATAAAATAAAAGCTGCAAATAAATATGCTGATGACACCATCTATGCTGGAGAGAAACTTATAATTCCTTGACAGGGATATGCGAGCTCAGATCATATTTGAAATCTTGTACTACAGATTATCATGGAATGTTTC
CATGTATGCAGTCATTTGTACGACAACTCTCGAGTCCCCAGTCTTGTTTAGATATAAGAGGCCTTCCTTCCATTTTGAGTTTTGGATTGTTTATGGTAGTGCGTCTGTCACAGATTTCAAGGAAAAATGTGATAAGCCAGTTGGAAATGTATTTGTTGTGTTTATACATATATCCTTTAGATTTGCCACTGGAGGCATGA
TGTCATATTCCAGATATACCTTTTCCATGTATCTTATCTCTTAAAATATAAGTTGAATGCTAAACATGTCAGACTCCAGTGATGCTTTTGAAACTCAAACTTAGAAGCAAATGGCTGACTGGTGTTCCTTGCATGGCAATGCTATCCTGCATATTATTAATAACCTTACCGTTGTAATGAACTCTTGCATTTGGTGCCTT
CTCAATTGTTACTTTAACAAGTATGAT

>TRINITY_DN41798_c7_g4_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GAGGACGAGGAGCGTAAAGCCAgtaagtgcaatgcaatgcaatgttagctgaactgaattgaagatcatatggttatagatatgatatgacattgctctctctctctctctctgttagcagATACTTTGAACAATGTCGGGAGCTAAGCCTGATAAAAAAGGCGGAGGAGGGAATGGCAAGGGCAAAGATACGTTTGTTG
CCACAACAGCAGGATTTGTGGTCTTTACAGGGATTGCGGTGAGTCTGTTCAAGGCCTTTAAGTCTAAAAAGCTTGTTGAAGAAGTTTCCCCTCCCCAACCTTCAGATGAGGCTGTTGGAGATGTCGGGGGTCAGCTCCAGACTGAAGCGACGGAGAAAACCAACGATGTTGTAAAAGAAGTGAACATATTCGGGTTTCAT
AAGGGGGGCAACAAGAAGAAGTCGAGCCAAACGATTGAGGTATTCAAAGGAGATACTCTTTGGAGTCTCTCTCGGAAGTATGGGGTTGAGCTGGTGAAGATCAGGACTCCATGCTTGCTTATTAGGCACCTGCGTTTTCACCATGGCTTGCGAGGTCCACTGTCCCAGGGTCTAACTGTTACGAAATTTCAATCATCTTG
GTTTAACTTTCTAATTACAATGGTTTAACTACATGCAATTTCTCAAAGGATTTAATGTACAGTGGAGATGTGGTCGGATTGCTTAAACATATTTATCTTAATGATGGGTTGAGGAAGTTAGGGTTTGTTCGAGTCGGTAAGTAGTCTTGGAGGCACTAGATGAATATATATTTGTGTCCACCCTGTAGATTTCCCTTCAT
CTTATGGTGGTTAGTTACTCTGATTTTCCAGAGTATCTCTATGACCTTAGATTAGCTATGATTAGAGGCAACTCTGCAGTGTGGATAGGAATGCCTATTGTTTGGTTACTATGGAGTCTCATTACATAGGCTGCCCTAAGGTTACCTGTTATCAATTAAAACGAACCTATGTGAAAACAAAATTGAGTTATACGTAGTTC
CACTTCTCACAAATGATTGTAATTTGTTAACTCATTTCAACATATTATATTGTTTTTTTAATTAGTTGTCAAATTGGTATTACCAGAATTTTCCATGTTTGGATTAAAGGGTTGCATGTAGAAGAGCTTTTAGCGATGGTTAAATCGTTGTTACTGTTAATAAGGGAATACATGTATTGGCCAAACTTGATTTTGGTAGT
AGATTTCTGTGAGTGGATTATGTTAGAGTTTAAGGAATTTGATGTTTTGAGTGGACACTCCACCCATCTTCAGGGGAAACTATGAAAATGTTTAAAAGTTAGAAA

Intron 3 GTAAGTGCAA ... TCTCTGTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.52	96	6	98
A2	54.63	103	1	124
A3	46.21	149	3	128
A4	45.24	115	4	95
A5	43.41	103	1	79
A6	48.65	591	6	560
A7	49.14	534	6	516
A8	47.25	450	11	403
A9	47.58	639	15	580
A10	49.17	519	5	502

>TRINITY_DN41763_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

TTCCGAGGCTGCGGCTACGAGAGGCTCGATACGCAGGTTCGGGATAGGCTCGGATGAGTAATGACTGGCTGGTCCTTATATGTCGGTTCCATTAATGTAGAATCGCAATCCACAGCCCTGATGCAAATCAAGAGGAGGACGAGGAGCGTAAAGCCACAGATACTTTGAACAATGTCGGGAGCTAAGCCTGATAAAAAAGG
CGGAGGAGGGAATGGCAAGGGCAAAGATACGTTTGTTGCCACAACAGCGGGATTTGTGGTCTTTACAGGGATTGCGGAGAAAACCAACGATGTTGTAAAAGAAGTGAACATATTCGGGTTTCATAAGGGGGGCAAAAAGAAGAAGTCGAGCCAAACGATTGAGGTATTCAAAGGAGATACTCTTTGGAGTCTCTCTCGGA
AGTATGGGGTTTCAGTTGATAAAATAAAAGCTGCAAATAAATATGCTGATGACACCATCTATGCTGGAGAGAAACTTATAATTCCTTGACAGGGATATGCGCGCTCAGATCATATTTGAAATCTTGTACTACAGATTATCATGGAATGTTTCCATGTATGCAGTCATTTGTACGACAACTCTCGAGTCCCCAGTCTTGTT
TAGATATAAGAGGCCTTCCTTCCATTTTGAGTTTTGGATTGTTTATGGTAGTGCGTCTGTCACAGATTTCAAGGAAAAATGTGATAAGCCAGTTGGAAATGTATTTGTTGTGTTTATACATATATCCTTTAGATTTGCCACTGGAGGCATGATGTCATATTCCAGATATACCTTTTCCATGTATCTTATCTCTTAAAATA
TAAGTTGAATGCTAAACATGTCAGACTCCAGTGATGCTTTTGAAACTCAAACTTAGAAGCAAATGGCTGACTGGTGTTCCTTGCATGGCAATGCTATCCTGCATATTATTAATAACCTTACCGTTGTAATGAACTCTTGCATTTGGTGCCTTCTCAATTGTTACTTTAACAAGTATGATGCATATGCTTCTTTGATAAAA
TACTTGTTACAAATGATGTTTGGAACCAAGAAACAGTTTGTAAATGTTCATTAGTATTTCCAAT

>TRINITY_DN41763_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGCGTAAAGCCAgtaagtgcaatgcaatgcaatgttagctgaactgaattgaagatcatatggttatagatatgatatgacattgctctctctctctctctgttagCAGATACTTTGAACAATGTCGGGAGCTAAGCCTGATAAAAAAGGCGGAGGAGGGAATGGCAAGGGCAAAGATACGTTTGTTGCCACAACAGCGG
GATTTGTGGTCTTTACAGGGATTGCGGTGAGTCTGTTCAAGGCCTTTAAGTCTAAAAAGCTTGTTGAAGAAGTTTCCCCTCCCCAACCTTCAGATGAGGCTGTTGGAGATGTCGGGGGTCAGCTCCAGACTGAAGCGACGGAGAAAACCAACGATGTTGTAAAAGAAGTGAACATATTCGGGTTTCATAAGGGGGGCAAA
AAGAAGAAGTCGAGCCAAACGATTGAGGTATTCAAAGGAGATACTCTTTGGAGTCTCTCTCGGAAGTATGGGGTTTCAGTTGATAAAATAAAAGCTGCAAATAAATATGCTGATGACACCATCTATGCTGGAGAGAAACTTATAATTCCTTGACAGGGATATGCGCGCTCAGATCATATTTGAAATCTTGTACTACAGAT
TATCATGGAATGTTTCCATGTATGCAGTCATTTGTACGACAACTCTCGAGTCCCCAGTCTTGTTTAGATATAAGAGGCCTTCCTTCCATTTTGAGTTTTGGATTGTTTATGGTAGTGCGTCTGTCACAGATTTCAAGGAAAAATGTGATAAGCCAGTTGGAAATGTATTTGTTGTGTTTATACATATATCCTTTAGATTT
GCCACTGGAGGCATGATGTCATATTCCAGATATACCTTTTCCATGTATCTTATCTCTTAAAATATAAGTTGAATGCTAAACATGTCAGACTCCAGTGATGCTTTTGAAACTCAAACTTAGAAGCAAATGGCTGACTGGTGTTCCTTGCATGGCAATGCTATCCTGCATATTATTAATAACCTTACCGTTGTAATGAACTC
TTGCATTTGGTGCCTTCTCAATTGTTACTTTAACAAGTATGATGCATATGCTTCTTTGATAAAATACTTGTTACAAATGATGTTTGGAACCAAGAAACAGTTTGTAAATGTTCATTAGTATTTCCAAT

Intron 4 GTAAGTGCAA ... CTGTTAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.39	100.5	7.7	98.1
A2	52.77	122.1	1.6	136.4
A3	45.72	165.4	3.4	139.4
A4	44.38	125.1	4.4	99.8
A5	43.76	107	3.9	83.2
A6	47.87	652.9	8.5	599.6
A7	48.74	594.9	11.5	565.6
A8	47.11	495.4	17.7	441.1
A9	47.13	711.1	19.3	633.6
A10	48.63	576.7	11	546.1

>TRINITY_DN119928_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GCGGCTACGAGAGGCTCGATACGCAGGTTCGGGATAGGCTCGGATGAGTAATGACTGGCTGGTCCTTATATGTCGGTTCCATTAATGTAGAATCGCAATCCACAGCCCTGATGCAAATCAAGAGGAGGACGAGGAGCGTAAAGCCAATACTTTGAACAATGTCGGGAGCTAAGCCTGATAAAAAAGGCGGAGGAGGGAAT
GGCAAGGGCAAAGATACGTTTGTTGCCACAACAGCGGGATTTGTGGTCTTTACAGGGATTGCGGTGAGTCTGTTCAAGGCCTTTAAGTCTAAAAAGCTTGTTGAAGAGGTTTCCCCTCCCCAACCTTCAGATGAGGCTGTTGGAGATGTCGGGGGTCAGCTCCAGACTGAAGCGACGGAGAAAACCAACGATGTTGTAAA
AGAAGTGAACATATTCGGGTTTCATAAGGGGGGCAAAAAGAAGAAGTCGAGCCAAACGATTGAGGTATTCAAAGGAGATACTCTTTGGAGTCTCTCTCGGAAGTATGGGGTTTCAGTTGATAAAATAAAAGCTGCAAATAAATATGCTGATGACACCATCTATGCTGGAGAGAAACTTATAATTCCTCGACAGGGATATG
CGAGCTCAGATCATATTTGAAATCTTGTACTACAGATTATCATGGAATGTTTCCATGTATGCAGTCATTTGTACGACAACTCTCGAGTCCCCAGTCTTGTTTAGATATAAGAGGCCTTCCTTCCACCATTTTGAGTTTTGGATTGTTTATGGTAGTGCGTCTGTCACAGATTTCAAGGAAAAATGTGATAAGCCAGTTGG
AAATGTATTTGTTGTGTTTATACATATATCCTTTAGATTTGCCACTCTGAGGCATGATGTCATATTCCAGATATACCTTTTCCATGTATCTTATCTCTTAAAATATAAGTTGAATGCTAAACATGTCAGACTCCAGTGATGCTTTTGAAACTCAAACTTAGAAGCAAATGGCTGACTGGTGTTCCTTGCATGGCAATGCT
ATCCTGCATATTATTAATAACCTTACCGTTGTAATGAACTCTTGCATTTGGTGCC

>TRINITY_DN119928_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCGGCTACGAGAGGCTCGATACGCAGGTTCGGGATAGGCTCGGATGAGTAATGACTGGCTGGTCCTTATATGTCGGTTCCATTAATGTAGAATCGCAATCCACAGCCCTGATGCAAATCAAGAGGAGGACGAGGAGCGTAAAGCCAgtaagtgcaatgcaatgcaatgttagctgaactgaattgaagatcatatggtta
tagatatgatatgacattgctctctctctctctctgttagcagATACTTTGAACAATGTCGGGAGCTAAGCCTGATAAAAAAGGCGGAGGAGGGAATGGCAAGGGCAAAGATACGTTTGTTGCCACAACAGCGGGATTTGTGGTCTTTACAGGGATTGCGGTGAGTCTGTTCAAGGCCTTTAAGTCTAAAAAGCTTGTTG
AAGAGGTTTCCCCTCCCCAACCTTCAGATGAGGCTGTTGGAGATGTCGGGGGTCAGCTCCAGACTGAAGCGACGGAGAAAACCAACGATGTTGTAAAAGAAGTGAACATATTCGGGTTTCATAAGGGGGGCAAAAAGAAGAAGTCGAGCCAAACGATTGAGGTATTCAAAGGAGATACTCTTTGGAGTCTCTCTCGGAAG
TATGGGGTTTCAGTTGATAAAATAAAAGCTGCAAATAAATATGCTGATGACACCATCTATGCTGGAGAGAAACTTATAATTCCTCGACAGGGATATGCGCGCTCAGATCATATTTGAAATCTTGTACTACAGATTATCATGGAATGTTTCCATGTATGCAGTCATTTGTACGACAACTCTCGAGTCCCCAGTCTTGTTTA
GATATAAGAGGCCTTCCTTCCATTTTGAGTTTTGGATTGTTTATGGTAGTGCGTCTGTCACAGATTTCAAGGAAAAATGTGATAAGCCAGTTGGAAATGTATTTGTTGTGTTTATACATATATCCTTTAGATTTGCCACTCTGAGGCATGATGTCATATTCCAGATATACCTTTTCCATGTATCTTATCTCTTAAAATAT
AAGTTGAATGCTAAACATGTCAGACTCCAGTGATGCTTTTGAAACTCAAACTTAGAAGCAAATGGCTGACTGGTGTTCCTTGCATGGCAATGCTATCCTGCATATTATTAATAACCTTACCGTTGTAATGAACTCTTGCATTTGGTGCC