sp|P93736|SYVM1_ARATH ----> Valine--tRNA ligase, mitochondrial 1

Intron 1 GTAGGCCATG ... GTGAAACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.19	93	29	21
A2	22.86	54	21	11
A3	21.25	63	21	13
A4	21.57	40	11	11
A5	13.95	37	5	7
A6	17.65	224	47	49
A7	19.45	265	63	65
A8	21.56	382	91	119
A9	19.94	253	56	70
A10	19.83	188	49	44

>TRINITY_DN39840_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

GCAGCACTATAACTAGTAATTTTACAAAATAGGTTTGCTATAAAAAAAACCTTATTTTTGTGAAGACGGGGGACACTTGAACCCACGATATTCATTCTATATCTGCTCTGCTATAGCAGCACTATAACTAGTAATTTTTTCTCATATCTGTCCCGGTTTTCTTTCGTATTTTCTTAGTTGCGCGCCTCGGATTAATTGTT
TCCCAAGGAGCTTAATGTAACAGAGAGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGGGGTTCTTTCCTCTTCGTCCGGCCTTGGATATTCTATGTTGTTGGGTTCCATGGCCTTCGAAGAGCACAGAAGATTGCAAATTTGATCACAAAACATCTAGAAATACCGGCTACAGCAGAAGAAATACAACACAAATATCCACAGCAGAGG
CTACTTTTTTCCAAGCTCTGCTCGTCCACGTCACTATCTGATATGGCCCCACCGGAGGAAACACAGCAACTTAATGGTGCCAAGGAAGAAGACCAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGGAAAAGGCCAGGGAAAAGGAGCTAAAAAAACTCAAAGCAGCACAGAAAGCTGAAGCAGCAAAAGCACAGGCTGAAAAGGGATC
ACAGCCATCAAAGAAAGCTGAGCAAAAAGCAGCAAAGAAGGCTGCGGCAGATGAAAATCAAGAAGAGTATCAAGATCCCCCAACTCCTCTTGGTGAGAAGAAAAGGCTTGCTCCAGAAATGGCCAAAGCATACAATCCAAGTGCTGTGGAAGCTGCATGGTATCAATGGTGGGAAAAGTCTGGCTTCTTTGTAGCCGATG
CTAACAGCAAAAAGCCTCCATTTATAATTGTATTGCCACCACCAAATGTTACAGGTGCACTACACATTGGGCATGGTCTTACGTGTTCTATTGAGGATACTATCATCAGGTGGCGTAGAATGAGTGGTTACAATGCTCTTTGGGTGCCTGGAGTGGACCATGCTGGTATAGCAACGCAGGTGGTGGTTGAAAAGAAACTG
ATGCGTGAAAGAGGATTAACAAGGCACGATCTTGGACGTGAGCAATTTACAGCTGAGGTGTGGAAGTGGAAAGACGAATCTGGAGGACAAATTTTGAATCAGTTACGTCGTCTGGGTGCCTCACTTGATTGGTCTCGAGAGTGCTTCACTATGGATGATAAAAGATCTAAAGCCGTAACTGAGACCTTTGTTCGACTGTA
TAAAGAAGGCCTTATTTACAGGGATCATCGACTTGTGAATTGGGATTGTATCCTAAGAACGGCCATCTCTGATATTGAAGTGGACTACGTTGATATCAAAGCACGAACGCTACTCAAAGTGCCTGGGTATAAATCCCCAGTGGAGTTTGGTGTTCTAACATCTTTTGCTTATCCTTTAGAGGAGGATTTGGGGGAGATCG
TTGTGGCAACAACAAGGCCTGAAACAATGCTAGGGGACACTGCAATTGCAGTTCACCCCGAAGATCAGAGATATATGCATTTGCACAATAAGTTTGCCGTTCACCCTTTCAACAGAAGAAAACTTCCTATCATCTGTGATGCAGAGCTTGTTGATCCAAACTTTGGAACTGGTGCTGTTAAGATAACTCCAGCTCATGAT
CCAAATGATTTTCTTGTGGGGAAGCGCCACAATTTGGAATTCATTAACATATTTAGTGATGAAGGTATGATTAATGGCAATGGGGGGAAGGATTTTGAAGGATTGAAGCGCTTTGATGCTCGAGTTGCCGTGATTGAAGCTTTGAAAAGCAAGGGTCTTTACAGAGGTGCTGAAAACAATGAGATGCGCCTTGGCACGTG
TTCTCGAAGTAACGATATTGTAGAACCAATGGTAAAGCCACAATGGTTCGTCAACTGCAATGATATGGGAAGAGAAGCCTGTGAAGCTGTGGAAGATGGTAGACTTGAGATTATTCCAAAGCAGTCTGAAGCTGAATGGTTCAGATGGTTGAGGAACATTCGAGATTGGTGTATATCAAGGCAATTATGGTGGGGTCATC
GTGTTCCAGCATGGTATGTCAGATTGGAGGATGACGACCTTAAAGAGTTTGGGGTATATGCTGATCACTGGGTAGTTGGAAGAAATGAGGCAGAAGCTCTGACTGAGGCAAGTGATAAATTTCCAGGAAAGAAATATCACATTGAACAAGATCCAGATGTGCTGGACACATGGTTCTCATCTGGTCTCTTCCCTTTTTCA
GTAATGTGTTGGCCCGAAGATACTGCTGATATGAAGACCTTTTATCCAACGTCCCTGCTTGAAACAGGACATGATATTCTTTTTTTTTGGGTAGCTCGCATGGTAATGCTAGGAATGCGGCTTACAGGAGAAGTTCCTTTTAAGCAGGTTTATTTGCATCCAATGGTACGTGATGCACATGGTCGTAAAATGTCCAAGTC
GTTAGGCAATGTGATTGATCCTTTGGAAATTATAAATGGTATAACGCTGGAGGGTCTGCATAAAAGGCTGGACCAGGGTAATTTAGATAGAAATGAACTTGACATTGCAAAAGCAGGACAAGTGAAAGACTTCCCAAATGGCATAGCAGAGTGTGGGACAGATGCCCTTCGTTTTTCTCTTGTCGCCTACACTGCTCAGT
CAGATAAAATAAATTTGGATATCCAGCGGGTAGTTGGTTATAGATATTGGTGTAATAAATTATGGAATGCTACCCGCTTTGCTATGCTCAACTTGGGAAAAGATTTTGTGCCTTCTGAGAATTTGCATGTGAAATCTCTGCCATGTGGCTGCAAGTGGATACTTTCTGTTCTAAATAAAGCTATCTCAAAGACTGTCACA
GGCATGGAAGTATACGACTTCTCCAGTGCGACCAGTGCAGTTTACTCTTGGTGGCAATATCAATTATGTGATGTTTTCATTGAGATAATCAAGCCAGTCATGATGGCAGATGATAATAATTCAACATCTGCATCAATAAAACGTGTTACAAGGGATACATTATGGATATGCCTGGACAACGGATTGCGGTTATTGCATCC
ATTCATGCCCTTTGTTACTGAGGAGTTGTGGCAACGCTTACCGCAAAGACGAGGGGATACTTCAAGGAAAGAGTCAATTATGATTTCTGATTATCCTACGGTTGTGGAGGAGTGGACAGATGATGAAATTGAATCCCAGATGGTTCTTATTGAATCATCAGTGAGGTCAATAAGATCTCTTCGTATGGCTTATTTATTAC
TTCCAAAGCAAAGGCCCGAGGCTTTCCTTCTATGCAAAACAGATGAAGTGGCCACAGTAGTTGAAAAGGGTGCTACAGAGATTTGCACCCTTGCCTCCTTAGCATCACTGAAGGTACTGCGAGAGAGTGATGTGCCCCCTGTTGGCTGTGCGGTGAATATTGTGAATGAGCATCTATCTGTATACTTGTTACTTCGAGGC
ATTGTAGATGCAGAGCTCGAACTTTCAAAACTGGAAAAAAAGAAAGAAGAACTTATCCGGCAACATGAAGCAGTGACAAAGAAAATGAACCTTCCTGGGTATATAGACAAAGTACCAGCCAATATACAAGAAGAAAATCTTTCTAAGTTGAATAAACTTATGGCTGAACTGAACATCGTTGAAGAGGCAAATGAGAATTT
TGAAAAACTTTTGGCAGATAGCAAATGAGTTGAATTGCTGTTTGTTATCACTATTGATTTTCAATGAATGATATATCACAGTTTGTCACTGTAAAATGTTATGCGCATTCGTTTATTCAGAAAATTGAAAGAATTCTTGTCTCATGCTTGGCAAGAAACAAAATTCCATTCTTGGTATGTCAGTTAATATTTTATTATTT
CTGCTTTGGTGCTGTCTCAAGTAGACATTTAAATGAAATCTATATCAGCTTTGCCGACATTTCTCAATTTCTGTCGTAAGTCGATCGATCCTTCAGTCACTCTAGCTCTTAAAACACATCTTTCTGAATGTAGAGAATTTGTTGATGCAAGAATAAAAAATGATATGTTGCATTATGCGAACAGCTCTACACAAAAAATG
AATTTCACAGGTTATAGTGTTCCGCAAGAGATAAAAGAACTGGCAGGATATGATATTTTCCCTTGTGGTTTCTCTAGTTGTATAACAGTTTTATAAAAATGTATTGGGTTTATATGCTGGCGTGCTTAAATTCTACCACAAAGACATCGGCATATTCCCTTGATGGTTTTCCAATTTTGTGGACAGAAATAGTTGACTAT
GCAACATTTTAAATATCAGTAAGATGCTTACTCTGTATTTCAAATATCTTTAAAAGATGCACAAGTCTTGCCCAACCGTGATGTTTTTCTATACAAGAGTGATTGGTTCGAC

>TRINITY_DN39840_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GCAGCACTATAACTAGTAATTTTACAAAATAGGTTTGCTATAAAAAAAACCTTATTTTTGTGAAGACGGGGGACACTTGAACCCACGATATTCATTCTATATCTGCTCTGCTATAGCAGCACTATAACTAGTAATTTTTTCTCATATCTGTCCCGGTTTTCTTTCGTATTTTCTTAGTTGCGCGCCTCGGATTAATTGTT
TCCCAAGGAGCTTAATGTAACAGAGAGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGGGGTTCTTTCCTCTTCGTCCGGCCTTGGATATTCTATGTTGTTGGGTTCCATGGCCTTCGAAGAGCACAGAAGATTGCAAATTTGATCACAAAACATCTAGAAATACCGGCTACAGCAGAAGAAATACAACACAAATATCCACAGCAGAGG
CTACTTTTTTCCAAGCTCTGCTCGTCCACGTCACTATCTGATATGGCCCCACCGGAGGAAACACAGCAACTTAATGGTGCCAAGGAAGAAGACCAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGGAAAAGGCCAGGGAAAAGGAGCTAAAAAAACTCAAAGCAGCACAGAAAGCTGAAGCAGCAAAAGCACAGGCTGAAAAGGGATC
ACAGCCATCAAAGAAAGCTGAGCAAAAAGCAGCAAAGAAGGCTGCGGCAGATGAAAATCAAGAAGAGTATCAAGATCCCCCAACTCCTCTTGGTGAGAAGAAAAGGCTTGCTCCAGAAATGGCCAAAGCATACAATCCAAGTGCTGTGGAAGCTGCATGGTATCAATGGTGGGAAAAGTCTGGCTTCTTTGTAGCCGATG
CTAACAGCAAAAAGCCTCCATTTATAATTGTATTGCCACCACCAAATGTTACAGGTGCACTACACATTGGGCATGGTCTTACGTGTTCTATTGAGGATACTATCATCAGGTGGCGTAGAATGAGTGGTTACAATGCTCTTTGGGTGCCTGGAGTGGACCATGCTGGTATAGCAACGCAGGTGGTGGTTGAAAAGAAACTG
ATGCGTGAAAGAGGATTAACAAGGCACGATCTTGGACGTGAGCAATTTACAGCTGAGGTGTGGAAGTGGAAAGACGAATCTGGAGGACAAATTTTGAATCAGTTACGTCGTCTGGGTGCCTCACTTGATTGGTCTCGAGAGTGCTTCACTATGGATGATAAAAGATCTAAAGCCGTAACTGAGACCTTTGTTCGACTGTA
TAAAGAAGGCCTTATTTACAGGGATCATCGACTTGTGAATTGGGATTGTATCCTAAGAACGGCCATCTCTGATATTGAAGTGGACTACGTTGATATCAAAGCACGAACGCTACTCAAAGTGCCTGGGTATAAATCCCCAGTGGAGTTTGGTGTTCTAACATCTTTTGCTTATCCTTTAGAGGAGGATTTGGGGGAGATCG
TTGTGGCAACAACAAGGCCTGAAACAATGCTAGGGGACACTGCAATTGCAGTTCACCCCGAAGATCAGAGATATATGCATTTGCACAATAAGTTTGCCGTTCACCCTTTCAACAGAAGAAAACTTCCTATCATCTGTGATGCAGAGCTTGTTGATCCAAACTTTGGAACTGGTGCTGTTAAGATAACTCCAGCTCATGAT
CCAAATGATTTTCTTGTGGGGAAGCGCCACAATTTGGAATTCATTAACATATTTAGTGATGAAGGTATGATTAATGGCAATGGGGGGAAGGATTTTGAAGGATTGAAGCGCTTTGATGCTCGAGTTGCCGTGATTGAAGCTTTGAAAAGCAAGGGTCTTTACAGAGGTGCTGAAAACAATGAGATGCGCCTTGGCACGTG
TTCTCGAAGTAACGATATTGTAGAACCAATGGTAAAGCCACAATGGTTCGTCAACTGCAATGATATGGGAAGAGAAGCCTGTGAAGCTGTGGAAGATGGTAGACTTGAGATTATTCCAAAGCAGTCTGAAGCTGAATGGTTCAGATGGTTGAGGAACATTCGAGATTGGTGTATATCAAGGCAATTATGGTGGGGTCATC
GTGTTCCAGCATGGTATGTCAGATTGGAGGATGACGACCTTAAAGAGTTTGGGGTATATGCTGATCACTGGGTAGTTGGAAGAAATGAGGCAGAAGCTCTGACTGAGGCAAGTGATAAATTTCCAGGAAAGAAATATCACATTGAACAAGATCCAGATGTGCTGGACACATGGTTCTCATCTGGTCTCTTCCCTTTTTCA
GTAATGTGTTGGCCCGAAGATACTGCTGATATGAAGACCTTTTATCCAACGTCCCTGCTTGAAACAGGACATGATATTCTTTTTTTTTGGGTAGCTCGCATGGTAATGCTAGGAATGCGGCTTACAGGAGAAGTTCCTTTTAAGCAGGTTTATTTGCATCCAATGGTACGTGATGCACATGGTCGTAAAATGTCCAAGTC
GTTAGGCAATGTGATTGATCCTTTGGAAATTATAAATGGTATAACGCTGGAGGGTCTGCATAAAAGGCTGGACCAGGGTAATTTAGATAGAAATGAACTTGACATTGCAAAAGCAGGACAAGTGAAAGACTTCCCAAATGGCATAGCAGAGTGTGGGACAGATGCCCTTCGTTTTTCTCTTGTCGCCTACACTGCTCAGT
CAGATAAAATAAATTTGGATATCCAGCGGGTAGTTGGTTATAGATATTGGTGTAATAAATTATGGAATGCTACCCGCTTTGCTATGCTCAACTTGGGAAAAGATTTTGTGCCTTCTGAGAATTTGCATGTGAAATCTCTGCCATGTGGCTGCAAGTGGATACTTTCTGTTCTAAATAAAGCTATCTCAAAGACTGTCACA
GGCATGGAAGTATACGACTTCTCCAGTGCGACCAGTGCAGTTTACTCTTGGTGGCAATATCAATTATGTGATGTTTTCATTGAGATAATCAAGCCAGTCATGATGGCAGATGATAATAATTCAACATCTGCATCAATAAAACGTGTTACAAGGGATACATTATGGATATGCCTGGACAACGGATTGCGGTTATTGCATCC
ATTCATGCCCTTTGTTACTGAGGAGTTGTGGCAACGCTTACCGCAAAGACGAGGGGATACTTCAAGGAAAGAGTCAATTATGATTTCTGATTATCCTACGGTTGTGGAGGAGTGGACAGATGATGAAATTGAATCCCAGATGGTTCTTATTGAATCATCAGTGAGGTCAATAAGATCTCTTCGTATGGCTTATTTATTAC
TTCCAAAGCAAAGGCCCGAGGCTTTCCTTCTATGCAAAACAGATGAAGTGGCCACAGTAGTTGAAAAGGGTGCTACAGAGATTTGCACCCTTGCCTCCTTAGCATCACTGAAGGTACTGCGAGAGAGTGATGTGCCCCCTGTTGGCTGTGCGGTGAATATTGTGAATGAGCATCTATCTGTATACTTGTTACTTCGAGGC
ATTGTAGATGCAGAGCTCGAACTTTCAAAACTGGAAAAAAAGAAAGAAGAACTTATCCGgtaggccatgctttttattattttacacagtaaatcattgctgtctatttcttcatctgatgaagtttttgtgaaaccagGCAACATGAAGCAGTGACAAAGAAAATGAACCTTCCTGGGTATATAGACAAAGTACCAGCC
AATATACAAGAAGAAAATCTTTCTAAGTTGAATAAACTTATGGCTGAACTGAACATCGTTGAAGAGGCAAATGAGAATTTTGAAAAACTTTTGGCAGATAGCAAATGAGTTGAATTGCTGTTTGTTATCACTATTGATTTTCAATGAATGATATATCACAGTTTGTCACTGTAAAATGTTATGCGCATTCGTTTATTCAG
AAAATTGAAAGAATTCTTGTCTCATGCTTGGCAAGAAACAAAATTCCATTCTTGGTATGTCAGTTAATATTTTATTATTTCTGCTTTGGTGCTGTCTCAAGTAGACATTTAAATGAAATCTATATCAGCTTTGCCGACATTTCTCAATTTCTGTCGTAAGTCGATCGATCCTTCAGTCACTCTAGCTCTTAAAACACATC
TTTCTGAATGTAGAGAATTTGTTGATGCAAGAATAAAAAATGATATGTTGCATTATGCGAACAGCTCTACACAAAAAATGAATTTCACAGGTTATAGTGTTCCGCAAGAGATAAAAGAACTGGCAGGATATGATATTTTCCCTTGTGGTTTCTCTAGTTGTATAACAGTTTTATAAAAATGTATTGGGTTTATATGCTGG
CGTGCTTAAATTCTACCACAAAGACATCGGCATATTCCCTTGATGGTTTTCCAATTTTGTGGACAGAAATAGTTGACTATGCAACATTTTAAATATCAGTAAGATGCTTACTCTGTATTTCAAATATCTTTAAAAGATGCACAAGTCTTGCCCAACCGTGATGTTTTTCTATACAAGAGTGATTGGTTCGAC

Intron 2 GTTAGGAATT ... ATGAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.01	110.8	17.4	9
A2	7.22	98.9	7.8	2
A3	5.12	133.7	7.5	1
A4	13.94	76.3	12.5	1
A5	5.47	51.9	3.2	2
A6	6.02	16.7	1.2	0
A7	6.34	63.8	4.7	0
A8	7.97	17.5	1.8	0
A9	4.85	65.9	3.7	0
A10	5.83	83.8	5.6	2

>TRINITY_DN129419_c2_g1_i15 from sample A1 / Example spliced isoform

GCAGCACTATAACTAGTAATTTTACAAAATAGGTTTGCTATAAAAAAAACCTTATTTTTGTGAAGACGGGGGACACTTGAACCCACGATATTCATTCTATATCTGCTCTGCTATAGCAGCACTATAACTAGTAATTTTTTCTCATATCTGTCCCGGTTTTCTTTCGTATTTTCTTAGTTGCGCGCCTCGGATTAATTGTT
TCCCAAGGAGCTTAATGTAACAGAGAGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGGGGTTCTTTCCTCTTCGTCCGGCCTTGGATATTCTATGTTGTTGGGTTCCATGGCCTTCGAAGAGCACAGAAGATTGCAAATTTGATCACAAAACATCTAGAAATACCGGCTACAGCAGAAGAAATACAACACAAATATCCACAGCAGAGG
CTACTTTTTTCCAAGCTCTGCTCGTCCACGTCACTATCTGATATGGCCCCACCGGAGGAAACACAGCAACTTAATGGTGCCAAGGAAGAAGACCAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGGAAAAGGCCAGGGAAAAGGAGCTAAAAAAACTCAAAGCAGCACAGAAAGCTGAAGCAGCAAAAGCACAGGCTGAAAAGGGATC
ACAGCCATCAAAGAAAGCTGAGCAAAAAGCAGCAAAGAAGGCTGCGGCAGATGAAAATCAAGAAGAGTATCAAGATCCCCCAACTCCTCTTGGTGAGAAGAAAAGGCTTGCTCCAGAAATGGCCAAAGCATACAATCCAAGTGCTGTGGAAGCTGCATGGTATCAATGGTGGGAAAAGTCTGGCTTCTTTGTAGCCGATG
CTAACAGCAAAAAGCCTCCATTTATAATTGTATTGCCACCACCAAATGTTACAGGTGCACTACACATTGGGCATGGTCTTACGTGTTCTATTGAGGATACTATCATCAGGTGGCGTAGAATGAGTGGTTACAATGCTCTTTGGGTGCCTGGAGTGGACCATGCTGGTATAGCAACGCAGGTGGTGGTTGAAAAGAAACTG
ATGCGTGAAAGAGGATTAACAAGGCACGATCTTGGACGTGAGCAATTTACAGCTGAGGTGTGGAAGTGGAAAGACGAATCTGGAGGACAAATTTTGAATCAGTTACGTCGTCTGGGTGCCTCACTTGATTGGTCTCGAGAGTGCTTCACTATGGATGATAAAAGATCTAAAGCCGTAACTGAGACCTTTGTTCGACTGTA
TAAAGAAGGCCTTATTTACAGGTATGCCCTTAATTATCTATTTATTCATTTATGTCTTTTAGAGAGCAGATAATTACATTTACATTGTGGTTGTTGAGTCAAAGGTTAATTTCACTCTTGGCAACGTTGCCGATTCCTGAACAATTACTTACAAAACCGAGTCGATGTTGAAGAACATAAATGCCACCCATTTCTGTTGA
TGTCATTATCACATGTTCCTGTGGTTAAGCTCTTCTTGTCATTCTTCCTTTTCAGTTTGATTCAAATATGTTCAGTTTCTGTTTGATATAGGTCTCAAAATCAGTTGTTTCCTTTCTCCCTGAAATATCATGCATGTTAAACTTGTCAATCAACAAAATGACAAAATGTGAATCCAGAATGCTTTTTGCAGCATGTTCAA
GTGTGAGGGTGAGTGTAATAAATCCCACATTGGCAACAATTTTGAGAGAAAGTTGGTTTTCAACCTGATGCACCAAAAGCTTTGCCATCCATAAGCTGGCTTTGGGGTGGAAGTCTTTTGGTTGTTGTGATAGCATCTTCCCTTTCTTTGGTACTAACATTACCTACAGATGCTTGTGTGCTTTGTGGGTCCCATTCCCT
GTAGTGTGCTCCTTGGCACTATGCCAATTAAATCCTACATAACAGCCAAGTTGGAATTTATA

>TRINITY_DN129419_c2_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGACATGGGTTGTCACATGTTCAAGCAAAATATTTGAACCTTTTTGAAATTAAAAGTGGACAAGATTGACCTATTGCCGCTGTTTTCTGCTGTCTTATGGTAGGTCTTTTTTTGTTTGATTAATTGCTGCAACTATTTGCTTTAACTTGCCTTCTGTTGCTGTCAAATTTGCAGGTGGTGGTTGAAAAGAAACTGATGC
GTGAAAGAGGATTAACAAGGCACGATCTTGGACGTGAGCAATTTACAGCTGAGGTAAGTAGTGTAACACCAAGAATTTGTTTCGACATTTAGTTGAATGGTGATGATATGTCGCCGATGTCGGAGATGGTTGAACAGAAACAATAACTGGAAAGAACTAATACGAGGTCAAGGATCTGGTCGATTGGTACATCCTTATCT
AATGACTTTCGACCTATAATCTTAGGCTGTTTGAGGTGTTTTCAGCTGATTGTTTATTCTGTTTGTAGGTGTGGAAGTGGAAAGACGAATCTGGAGGACAAATTTTGAATCAGTTACGTCGTCTGGGTGCCTCACTTGATTGGTCTCGAGAGgttaggaatttctattgtactggtaactgtaatgttgcaagctggaaa
tgatgcataacaatagaatgattttacatcgtagatttaatataaaatgtactctacatatgcacgcacattttctaaatgagtcatgaatgcagTGCTTCACTATGGATGATAAAAGATCTAAAGCCGTAACTGAGACCTTTGTTCGACTGTATAAAGAAGGCCTTATTTACAGGTATGCCCTTAATTATCTATTTATT
CATTTATGTCTTTTAGAGAGCAGATAATTACATTTACATTGTGGTTGTTGAGTCAAAGGTTAATTTCACTCTTGGCAACGTTGCCGATTCCTGAACAATTACTTACAAAACCGAGTCGATGTTGAAGAACATAAATGCCACCCATTTCTGTTGATGTCATTATCACATGTTCCTGTGGTTAAGCTCTTCTTGTCATTCTT
CCTTTTCAGTTTGATTCAAATATGTTCAGTTTCTGTTTGATATAGGTCTCAAAATCAGTTGTTTCCTTTCTCCCTGAAATATCATGCATGTTAAACTTGTCAATCAACAAAATGACAAAATGTGAATCCAGAATGCTTTTTGCAGCATGTTCAAGTGTGAGGGTGAGTGTAATAAATCCCACATTGGCAACAATTTTGAG
AGAAAGTTGGTTTTCAACCTGATGCACCAAAAGCTTTGCCATCCATAAGCTGGCTTTGGGGTGGAAGTCTTTTGGTTGTTGTGATAGCATCTTCCCTTTCTTTGGTACTAACATTACCTACAGATGCTTGTGTGCTTTGTGGGTCCCATTCCCTGTAGTGTGCTCCTTGGCACTATGCCAATTAAATCCTACATAACAGC
CAAGTTGGAATTTATA

Intron 3 GTAAGTTACC ... TAATTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	2.7	72.8	0	2
A2	1.86	53.4	1	1
A3	0	58.9	0	0
A4	3.76	25.6	0	1
A5	0	31.8	0	0
A6	0	7.8	0	0
A7	0	46.8	0	0
A8	-1	0	0	0
A9	0	35.8	0	0
A10	0	41.8	0	0

>TRINITY_DN129419_c2_g1_i14 from sample A1 / Example spliced isoform

GCAGCACTATAACTAGTAATTTTACAAAATAGGTTTGCTATAAAAAAAACCTTATTTTTGTGAAGACGGGGGACACTTGAACCCACGATATTCATTCTATATCTGCTCTGCTATAGCAGCACTATAACTAGTAATTTTTTCTCATATCTGTCCCGGTTTTCTTTCGTATTTTCTTAGTTGCGCGCCTCGGATTAATTGTT
TCCCAAGGAGCTTAATGTAACAGAGAGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGGGGTTCTTTCCTCTTCGTCCGGCCTTGGATATTCTATGTTGTTGGGTTCCATGGCCTTCGAAGAGCACAGAAGATTGCAAATTTGATCACAAAACATCTAGAAATACCGGCTACAGCAGAAGAAATACAACACAAATATCCACAGCAGAGG
CTACTTTTTTCCAAGCTCTGCTCGTCCACGTCACTATCTGATATGGCCCCACCGGAGGAAACACAGCAACTTAATGGTGCCAAGGAAGAAGACCAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGGAAAAGGCCAGGGAAAAGGAGCTAAAAAAACTCAAAGCAGCACAGAAAGCTGAAGCAGCAAAAGCACAGGCTGAAAAGGGATC
ACAGCCATCAAAGAAAGCTGAGCAAAAAGCAGCAAAGAAGGCTGCGGCAGATGAAAATCAAGAAGAGTATCAAGATCCCCCAACTCCTCTTGGTGAGAAGAAAAGGCTTGCTCCAGAAATGGCCAAAGCATACAATCCAAGTGCTGTGGAAGCTGCATGGTATCAATGGTGGGAAAAGTCTGGCTTCTTTGTAGCCGATG
CTAACAGCAAAAAGCCTCCATTTATAATTGTATTGCCACCACCAAATGTTACAGGTGCACTACACATTGGGCATGGTCTTACGTGTTCTATTGAGGTAGTACTGTAATTCCTTTGTTTTTATATCGGCCTTGTCATAACAATTTCCTCTTTCCACTTTGTATGCCATTTTCTTTTTCTTTTCAGTTTTTTGTGGTAACAT
ATTATTTTCATCTAGGATACTATCATCAGGTGGCGTAGAATGAGTGGTTACAATGCTCTTTGGGTGCCTGGAGTGGACCATGCTGGTATAGCAACGCAGGTTTGAGTGTTTGTGAATTCTTCCAGTAAAATTTTATTTTCTCATGGTGCCAATTTGTATAAGCAACACAATATATGCAAAAAGCTTTTATAGAAAGTGGG
GATTAGTGGCTTGTGCTGGTTTTGTTTAATGTTAAGTAGATGTAGTGCACTTTGAT

>TRINITY_DN129419_c2_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGTCACTATCTGATATGGCCCCAgtaagttaccttttctgagttgcaatcactttttctattataataaattttgtttcatcttaaatgctctgctttggattaattggcagCCGGAGGAAACACAGCAACTTAATGGTGCCAAGGAAGAAGACCAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGGAAAAGGTACACAATTTTAGTG
CATGCTTACAATAACAATCATCTTGTATGTTGCGATTGATATAAATTCAGTGTTATATGGGGTTGCACTCCCCCAGGGTTGGGGATGCACCCCTGGGATGGTGGGATGCCCTACAAAGTGTTTCACTGCCGAAACATACAGCAAAACGTTTGCAGGGAATGGGGTGTGTTTTACACTTGCAGGGGGGGAGTTCTCCCCAT
GAAAAGCAGGATGCCTAGATGCTCCACCATGATATCTTCCTTGAAACATTCAAGGAAGCGTTCGAAAAGGTTAAAAAAATAGTAGTGTTTGTATCATTTCCAAATTTGAAATTACAACTCCAAGTAGTCTTTAAGATGGTATCATTTTGATTTATGCTTTTTTTTGTTTTATGATTTTAGAGATGGGGTCTCCTATGCCA
GGTGCCCCAACATAGCCCATGTGCCCCTTGGTGCTCCTTAAAATTTGGGGTGTGTATCCACATGTCCCCTGGGTGTGC

Intron 4 GTAAGTGCTG ... GTTCTTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	7.22	90	0	7
A2	12.5	56	0	8
A3	15.05	79	0	14
A4	9.38	29	0	3
A5	27.78	39	4	15
A6	60	2	0	3
A7	13.51	32	0	5
A8	0	5	0	0
A9	5.41	35	0	2
A10	4.05	71	0	3

>TRINITY_DN104339_c0_g1_i6 from sample A5 / Example spliced isoform

GCAGCACTATAACTAGTAATTTTACAAAATAGGTTTGCTATAAAAAAAACCTTATTTTTGTGAAGACGGGGGACACTTGAACCCACGATATTCATTCTATATCTGCTCTGCTATAGCAGCACTATAACTAGTAATTTTACAAAATAGGTTTGCTATAAAAAAAACCTTATTTTTGTGAAGACGGGGGACACTTGAACCCA
CGATATTCATTCTATATCTGCTCTGCTATAGCAGCACTATAACTAGTAATTTTTTCTCATATCTGTCCCGGTTTTCTTTCGTATTTTCTTAGTTGCGCGCCTCGGATTAATTGTTTCCCAAGGAGCTTAATGTAACAGAGAGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGGGGTTCTTTCCTCTTCGTCCGGCCTTGGATATTCTA
TGTTGTTGGGTTCCATGGCCTTCGAAGAGCACAGAAGATTGCAAATTTGATCACAAAACATCTAGAAATACCGGCTACAGCAGAAGAAATACAACACAAATATCCACAGCAGAGGCTACTTTTTTCCAAGCTCTGCTCGTCCACGTCACTATCTGATATGGCCCCACCGGAGGAAACACAGCAACTTAATGGTGCCAAGG
AAGAAGACCAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGGAAAAGGCCAGGGAAAAGGAGCTAAAAAAACTCAAAGCAGCACAGAAAGCTGAAGCAGCAAAAGCACAGGCTGAAAAGGGATCACAGCCATCAAAGAAAGCTGAGCAAAAAGCAGCAAAGAAGGCTGCGGCAGATGAAAATCAAGAAGAGTATCAAGATCCCCCAACT
CCTCTTGGTGAGAAGAAAAGGCTTGCTCCAGAAATGGCCAAAGCATACAATCCAAGTGCTGTGGAAGCTGCATGGTATCAATGGTGGGAAAAGTCTGGCTTCTTTGTAGCCGATGCTAACAGCAAAAAGCCTCCATTTATAATTGTATTGCCACCACCAAATGTTACAGGTGCACTACACATTGGGCATGGTCTTACGTG
TTCTATTGAGGATACTATCATCAGGTGGCGTAGAATGAGTGGTTACAATGCTCTTTGGGTGCCTGGAGTGGACCATGCTGGTATAGCAACGCAGGTGGTGGTTGAAAAGAAACTGATGCGTGAAAGAGGATTAACAAGGCACGATCTTGGACGTGAGCAATTTACAGCTGAGGTGTGGAAGTGGAAAGACGAATCTGGAG
GACAAATTTTGAATCAGTTACGTCGTCTGGGTGCCTCACTTGATTGGTCTCGAGAGTGCTTCACTATGGATGATAAAAGATCTAAAGCCGTAACTGAGACCTTTGTTCGACTGTATAAAGAAGGCCTTATTTACAGGGATCATCGACTTGTGAATTGGGATTGTATCCTAAGAACGGCCATCTCTGATATTGAAGTGGAC
TACGTTGATATCAAAGCACGAACGCTACTCAAAGTGCCTGGGTATAAATCCCCAGTGGAGTTTGGTGTTCTAACATCTTTTGCTTATCCTTTAGAGGAGGATTTGGGGGAGATCGTTGTGGCAACAACAAGGCCTGAAACAATGCTAGGGGACACTGCAATTGCAGTTCACCCCGAAGATCAGAGATATATGCATTTGCA
CAATAAGTTTGCCGTTCACCCTTTCAACAGAAGAAAACTTCCTATCATCTGTGATGCAGAGCTTGTTGATCCAAACTTTGGAACTGGTGCTGTTAAGATAACTCCAGCTCATGATCCAAATGATTTTCTTGTGGGGAAGCGCCACAATTTGGAATTCATTAACATATTTAGTGATGAAGGTATGATTAATGGCAATGGGG
GGAAGGATTTTGAAGGATTGAAGCGCTTTGATGCTCGAGTTGCCGTGATTGAAGCTTTGAAAAGCAAGGGTCTTTACAGAGGTGCTGAAAACAATGAGATGCGCCTTGGCACGTGTTCTCGAAGTAACGATATTGTAGAACCAATGGTAAAGCCACAATGGTTCGTCAACTGCAATGATATGGGAAGAGAAGCCTGTGAA
GCTGTGGAAGATGGTAGACTTGAGATTATTCCAAAGCAGTCTGAAGCTGAATGGTTCAGATGGTTGAGGAACATTCGAGATTGGTGTATATCAAGGCAATTATGGTGGGGTCATCGTGTTCCAGCATGGTATGTCAGATTGGAGGATGACGACCTTAAAGAGTTTGGGGTATATGCTGATCACTGGGTAGTTGGAAGAAA
TGAGGCAGAAGCTCTGACTGAGGCAAGTGATAAATTTCCAGGAAAGAAATATCACATTGAACAAGATCCAGATGTGCTGGACACATGGTTCTCATCTGGTCTCTTCCCTTTTTCAGTAATGTGTTGGCCCGAAGATACTGCTGATATGAAGACCTTTTATCCAACGTCCCTGCTTGAAACAGGACATGATATTCTTTTTT
TTTGGGTAGCTCGCATGGTAATGCTAGGAATGCGGCTTACAGGAGAAGTTCCTTTTAAGCAGGTTTATTTGCATCCAATGGTACGTGATGCACATGGTCGTAAAATGTCCAAGTCGTTAGGCAATGTGATTGATCCTTTGGAAATTATAAATGGTATAACGCTGGAGGGTCTGCATAAAAGGCTGGACCAGGGTAATTTA
GATAGAAATGAACTTGACATTGCAAAAGCAGGACAAGTGAAAGACTTCCCAAATGGCATAGCAGAGTGTGGGACAGATGCCCTTCGTTTTTCTCTTGTCGCCTACACTGCTCAGTCAGATAAAATAAATTTGGATATCCAGCGGGTAGTTGGTTATAGATATTGGTGTAATAAATTATGGAATGCTACCCGCTTTGCTAT
GCTCAACTTGGGAAAAGATTTTGTGCCTTCTGAGAATTTGCATGTGAAATCTCTGCCATGTGGCTGCAAGTGGATACTTTCTGTTCTAAATAAAGCTATCTCAAAGACTGTCACAGGCATGGAAGTATACGACTTCTCCAGTGCGACCAGTGCAGTTTACTCTTGGTGGCAATATCAATTATGTGATGTTTTCATTGAGA
TAATCAAGCCAGTCATGATGGCAGATGATAATAATTCAACATCTGCATCAATAAAACGTGTTACAAGGGATACATTATGGATATGCCTGGACAACGGATTGCGGTTATTGCATCCATTCATGCCCTTTGTTACTGAGGAGTTGTGGCAACGCTTACCGCAAAGACGAGGGGATACTTCAAGGAAAGAGTCAATTATGATT
TCTGATTATCCTACGGTTGTGGAGGAGTGGACAGATGATGAAATTGAATCCCAGATGGTTCTTATTGAATCATCAGTGAGGTCAATAAGATCTCTTCGTATGGCTTATTTATTACTTCCAAAGCAAAGGCCCGAGGCTTTCCTTCTATGCAAAACAGATGAAGTGGCCACAGTAGTTGAAAAGGGTGCTACAGAGATTTG
CACCCTTGCCTCCTTAGCATCACTGAAGGTACTGCGAGAGAGTGATGTGCCCCCTGTTGGCTGTGCGGTGAATATTGTGAATGAGCATCTATCTGTATACTTGTTACTTCGAGGCATTGTAGATGCAGAGCTCGAACTTTCAAAACTGGAAAAAAAGAAAGAAGAACTTATCCGGCAACATGAAGCAGTGACAAAGAAAA
TGAACCTTCCTGGGTATATAGACAAAGTACCAGCCAATATACAAGAAGAAAATCTTTCTAAGTTGAATAAACTTATGGCTGAACTGAACATCGTTGAAGAGGCAAATGAGAATTTTGAAAAACTTTTGGCAGATAGCAAATGAGTTGAATTGCTGTTTGTTATCACTATTGATTTTCAATGAATGATATATCACAGTTTG
TCACTGTAAAATGTTATGCGCATTCGTTTATTCAGAAAATTGAAAGAATTCTTGTCTCATGCTTGGCAAGAAACAAAATTCCATTCTTGGTATGTCAGTTAATATTTTATTATTTCTGCTTTGGTGCTGTCTCAAGTAGACATTTAAATGAAATCTATATCAGCTTTGCCGACATTTCTCAATTTCTGTCGTAAGTCGAT
CGATCCTTCAGTCACTCTAGCTCTTAAAACAC

>TRINITY_DN104339_c0_g1_i4 from sample A5 / Example unspliced isoform:

CCAAGTGCTGTGGAAGCTGCgtaagtgctgatgagctgcccatgtgtgtttgagccttgtagttagtgtttattgtgtctgatgcaaatgctgtattacgcttttgttgtatctttttgttcttatagATGGTATCAATGGTGGGAAAAGTCTGGCTTCTTTGTAGCCGATGCTAACAGCAAAAAGCCTCCATTTATAAT
TGTATTGCCACCACCAAATGTTACAGGTGCACTACACATTGGGCATGGTCTTACGTGTTCTATTGAGGATACTATCATCAGGTGGCGTAGAATGAGTGGTTACAATGCTCTTTGGGTGCCTGGAGTGGACCATGCTGGTATAGCAACGCAGGTGGTGGTTGAAAAGAAACTGATGCGTGAAAGAGGATTAACAAGGCACG
ATCTTGGACGTGAGCAATTTACAGCTGAGGTGTGGAAGTGGAAAGACGAATCTGGAGGACAAATTTTGAATCAGTTACGTCGTCTGGGTGCCTCACTTGATTGGTCTCGAGAGTGCTTCACTATGGATGATAAAAGATCTAAAGCCGTAACTGAGACCTTTGTTCGACTGTATAAAGAAGGCCTTATTTACAGGGATCAT
CGACTTGTGAATTGGGATTGTATCCTAAGAACGGCCATCTCTGATATTGAAGTGGACTACGTTGATATCAAAGCACGAACGCTACTCAAAGTGCCTGGGTATAAATCCCCAGTGGAGTTTGGTGTTCTAACATCTTTTGCTTATCCTTTAGAGGAGGATTTGGGGGAGATCGTTGTGGCAACAACAAGGCCTGAAACAAT
GCTAGGGGACACTGCAATTGCAGTTCACCCCGAAGATCAGAGATATATGCATTTGCACAATAAGTTTGCCGTTCACCCTTTCAACAGAAGAAAACTTCCTATCATCTGTGATGCAGAGCTTGTTGATCCAAACTTTGGAACTGGTGCTGTTAAGATAACTCCAGCTCATGATCCAAATGATTTTCTTGTGGGGAAGCGCC
ACAATTTGGAATTCATTAACATATTTAGTGATGAAGGTATGATTAATGGCAATGGGGGGAAGGATTTTGAAGGATTGAAGCGCTTTGATGCTCGAGTTGCCGTGATTGAAGCTTTGAAAAGCAAGGGTCTTTACAGAGGTGCTGAAAACAATGAGATGCGCCTTGGCACGTGTTCTCGAAGTAACGATATTGTAGAACCA
ATGGTAAAGCCACAATGGTTCGTCAACTGCAATGATATGGGAAGAGAAGCCTGTGAAGCTGTGGAAGATGGTAGACTTGAGATTATTCCAAAGCAGTCTGAAGCTGAATGGTTCAGATGGTTGAGGAACATTCGAGATTGGTGTATATCAAGGCAATTATGGTGGGGTCATCGTGTTCCAGCATGGTATGTCAGATTGGA
GGATGACGACCTTAAAGAGTTTGGGGTATATGCTGATCACTGGGTAGTTGGAAGAAATGAGGCAGAAGCTCTGACTGAGGCAAGTGATAAATTTCCAGGAAAGAAATATCACATTGAACAAGATCCAGATGTGCTGGACACATGGTTCTCATCTGGTCTCTTCCCTTTTTCAGTAATGTGTTGGCCCGAAGATACTGCTG
ATATGAAGACCTTTTATCCAACGTCCCTGCTTGAAACAGGACATGATATTCTTTTTTTTTGGGTAGCTCGCATGGTAATGCTAGGAATGCGGCTTACAGGAGAAGTTCCTTTTAAGCAGGTTTATTTGCATCCAATGGTACGTGATGCACATGGTCGTAAAATGTCCAAGTCGTTAGGCAATGTGATTGATCCTTTGGAA
ATTATAAATGGTATAACGCTGGAGGGTCTGCATAAAAGGCTGGACCAGGGTAATTTAGATAGAAATGAACTTGACATTGCAAAAGCAGGACAAGTGAAAGACTTCCCAAATGGCATAGCAGAGTGTGGGACAGATGCCCTTCGTTTTTCTCTTGTCGCCTACACTGCTCAGTCAGATAAAATAAATTTGGATATCCAGCG
GGTAGTTGGTTATAGATATTGGTGTAATAAATTATGGAATGCTACCCGCTTTGCTATGCTCAACTTGGGAAAAGATTTTGTGCCTTCTGAGAATTTGCATGTGAAATCTCTGCCATGTGGCTGCAAGTGGATACTTTCTGTTCTAAATAAAGCTATCTCAAAGACTGTCACAGGCATGGAAGTATACGACTTCTCCAGTG
CGACCAGTGCAGTTTACTCTTGGTGGCAATATCAATTATGTGATGTTTTCATTGAGATAATCAAGCCAGTCATGATGGCAGATGATAATAATTCAACATCTGCATCAATAAAACGTGTTACAAGGGATACATTATGGATATGCCTGGACAACGGATTGCGGTTATTGCATCCATTCATGCCCTTTGTTACTGAGGAGTTG
TGGCAACGCTTACCGCAAAGACGAGGGGATACTTCAAGGAAAGAGTCAATTATGATTTCTGATTATCCTACGGTTGTGGAGGAGTGGACAGATGATGAAATTGAATCCCAGATGGTTCTTATTGAATCATCAGTGAGGTCAATAAGATCTCTTCGTATGGCTTATTTATTACTTCCAAAGCAAAGGCCCGAGGCTTTCCT
TCTATGCAAAACAGATGAAGTGGCCACAGTAGTTGAAAAGGGTGCTACAGAGATTTGCACCCTTGCCTCCTTAGCATCACTGAAGGTACTGCGAGAGAGTGATGTGCCCCCTGTTGGCTGTGCGGTGAATATTGTGAATGAGCATCTATCTGTATACTTGTTACTTCGAGGCATTGTAGATGCAGAGCTCGAACTTTCAA
AACTGGAAAAAAAGAAAGAAGAACTTATCCGGCAACATGAAGCAGTGACAAAGAAAATGAACCTTCCTGGGTATATAGACAAAGTACCAGCCAATATACAAGAAGAAAATCTTTCTAAGTTGAATAAACTTATGGCTGAACTGAACATCGTTGAAGAGGCAAATGAGAATTTTGAAAAACTTTTGGCAGATAGCAAATGA
GTTGAATTGCTGTTTGTTATCACTATTGATTTTCAATGAATGATATATCACAGTTTGTCACTGTAAAATGTTATGCGCATTCGTTTATTCAGAAAATTGAAAGAATTCTTGTCTCATGCTTGGCAAGAAACAAAATTCCATTCTTGGTATGTCAGTTAATATTTTATTATTTCTGCTTTGGTGCTGTCTCAAGTAGACAT
TTAAATGAAATCTATATCAGCTTTGCCGACATTTCTCAATTTCTGTCGTAAGTCGATCGATCCTTCAGTCACTCTAGCTCTTAAAACAC

Intron 5 GTATGGCTGA ... TGTTGTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.31	96	6	26
A2	17.65	56	2	12
A3	16.49	81	0	16
A4	18.31	58	1	13
A5	25.64	29	2	10
A6	28.57	5	0	2
A7	28.33	43	0	17
A8	21.43	11	0	3
A9	24.56	43	0	14
A10	18.31	58	0	13

>TRINITY_DN129419_c2_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoform

GCAGCACTATAACTAGTAATTTTACAAAATAGGTTTGCTATAAAAAAAACCTTATTTTTGTGAAGACGGGGGACACTTGAACCCACGATATTCATTCTATATCTGCTCTGCTATAGCAGCACTATAACTAGTAATTTTTTCTCATATCTGTCCCGGTTTTCTTTCGTATTTTCTTAGTTGCGCGCCTCGGATTAATTGTT
TCCCAAGGAGCTTAATGTAACAGAGAGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGGGGTTCTTTCCTCTTCGTCCGGCCTTGGATATTCTATGTTGTTGGGTTCCATGGCCTTCGAAGAGCACAGAAGATTGCAAATTTGATCACAAAACATCTAGAAATACCGGCTACAGCAGAAGAAATACAACACAAATATCCACAGCAGAGG
CTACTTTTTTCCAAGCTCTGCTCGTCCACGTCACTATCTGATATGGCCCCACCGGAGGAAACACAGCAACTTAATGGTGCCAAGGAAGAAGACCAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGGAAAAGGCCAGGGAAAAGGAGCTAAAAAAACTCAAAGCAGCACAGAAAGCTGAAGCAGCAAAAGCACAGGCTGAAAAGGGATC
ACAGCCATCAAAGAAAGCTGAGCAAAAAGCAGCAAAGAAGGCTGCGGCAGATGAAAATCAAGAAGAGTATCAAGATCCCCCAACTCCTCTTGGTGAGAAGAAAAGGCTTGCTCCAGAAATGGCCAAAGCATACAATCCAAGTGCTGTGGAAGCTGCATGGTATCAATGGTGGGAAAAGTCTGGCTTCTTTGTAGCCGATG
CTAACAGCAAAAAGCCTCCATTTATAATTGTATTGCCACCACCAAATGTTACAGGTGCACTACACATTGGGCATGGTCTTACGTGTTCTATTGAGGATACTATCATCAGGTGGCGTAGAATGAGTGGTTACAATGCTCTTTGGGTGCCTGGAGTGGACCATGCTGGTATAGCAACGCAGGTGGTGGTTGAAAAGAAACTG
ATGCGTGAAAGAGGATTAACAAGGCACGATCTTGGACGTGAGCAATTTACAGCTGAGGTGTGGAAGTGGAAAGACGAATCTGGAGGACAAATTTTGAATCAGTTACGTCGTCTGGGTGCCTCACTTGATTGGTCTCGAGAGTGCTTCACTATGGATGATAAAAGATCTAAAGCCGTAACTGAGACCTTTGTTCGACTGTA
TAAAGAAGGCCTTATTTACAGGGATCATCGACTTGTGAATTGGGATTGTATCCTAAGAACGGCCATCTCTGATATTGAAGTGGACTACGTTGATATCAAAGCACGAACGCTACTCAAAGTGCCTGGGTATAAATCCCCAGTGGAGTTTGGTGTTCTAACATCTTTTGCTTATCCTTTAGAGGAGGATTTGGGGGAGATCG
TTGTGGCAACAACAAGGCCTGAAACAATGCTAGGGGACACTGCAATTGCAGTTCACCCCGAAGATCAGAGATATATGCATTTGCACAATAAGTTTGCCGTTCACCCTTTCAACAGAAGAAAACTTCCTATCATCTGTGATGCAGAGCTTGTTGATCCAAACTTTGGAACTGGTGCTGTTAAGATAACTCCAGCTCATGAT
CCAAATGATTTTCTTGTGGGGAAGCGCCACAATTTGGAATTCATTAACATATTTAGTGATGAAGGTATGATTAATGGCAATGGGGGGAAGGATTTTGAAGGATTGAAGCGCTTTGATGCTCGAGTTGCCGTGATTGAAGCTTTGAAAAGCAAGGGTCTTTACAGAGGTGCTGAAAACAATGAGATGCGCCTTGGCACGTG
TTCTCGAAGTAACGATATTGTAGAACCAATGGTAAAGCCACAATGGTTCGTCAACTGCAATGATATGGGAAGAGAAGCCTGTGAAGCTGTGGAAGATGGTAGACTTGAGATTATTCCAAAGCAGTCTGAAGCTGAATGGTTCAGATGGTTGAGGAACATTCGAGATTGGTGTATATCAAGGCAATTATGGTGGGGTCATC
GTGTTCCAGCATGGTATGTCAGATTGGAGGATGACGACCTTAAAGAGTTTGGGGTATATGCTGATCACTGGGTAGTTGGAAGAAATGAGGCAGAAGCTCTGACTGAGGCAAGTGATAAATTTCCAGGAAAGAAATATCACATTGAACAAGATCCAGATGTGCTGGACACATGGTTCTCATCTGGTCTCTTCCCTTTTTCA
GTAATGTGTTGGCCCGAAGATACTGCTGATATGAAGACCTTTTATCCAACGTCCCTGCTTGAAACAGGACATGATATTCTTTTTTTTTGGGTAGCTCGCATGGTAATGCTAGGAATGCGGCTTACAGGAGAAGTTCCTTTTAAGCAGGTTTATTTGCATCCAATGGTACGTGATGCACATGGTCGTAAAATGTCCAAGTC
GTTAGGCAATGTGATTGATCCTTTGGAAATTATAAATGGTATAACGCTGGAGGGTCTGCATAAAAGGCTGGACCAGGGTAATTTAGATAGAAATGAACTTGACATTGCAAAAGCAGGACAAGTGAAAGACTTCCCAAATGGCATAGCAGAGTGTGGGACAGATGCCCTTCGTTTTTCTCTTGTCGCCTACACTGCTCAGT
CAGATAAAATAAATTTGGATATCCAGCGGGTAGTTGGTTATAGATATTGGTGTAATAAATTATGGAATGCTACCCGCTTTGCTATGCTCAACTTGGGAAAAGATTTTGTGCCTTCTGAGAATTTGCATGTGAAATCTCTGCCATGTGGCTGCAAGTGGATACTTTCTGTTCTAAATAAAGCTATCTCAAAGACTGTCACA
GGCATGGAAGTATACGACTTCTCCAGTGCGACCAGTGCAGTTTACTCTTGGTGGCAATATCAATTATGTGATGTTTTCATTGAGATAATCAAGCCAGTCATGATGGCAGATGATAATAATTCAACATCTGCATCAATAAAACGTGTTACAAGGGATACATTATGGATATGCCTGGACAACGGATTGCGGTTATTGCATCC
ATTCATGCCCTTTGTTACTGAGGAGTTGTGGCAACGCTTACCGCAAAGACGAGGGGATACTTCAAGGAAAGAGTCAATTATGATTTCTGATTATCCTACGGTTGTGGAGGTTTGCAATGCAAAGCTTTTATGTTTATATCAGCTTGAAGAAATCTCTTATATTTCACTATTTTTTGTAGCAACTTTGTTAGATTTTCCTT
TTTAACAAATCTTCATAGAAATATTGTAGACATTAATAGTTGTAGATCTTATTAAAGTTTCCTGTGTATTGCAGGAGTGGACAGATGATGAAATTGAATCCCAGATGGTTCTTATTGAATCATCAGTGAGGTCAATAAGATCTCTTCGTATGGCTTATTTATTACTTCCAAAGCAAAGGCCCGAGGCTTTCCTTCTATGC
AAAACAGATGAAGTGGCCACAGTAGTTGAAAAGGGTGCTACAGAGATTTGCACCCTTGCCTCCTTAGCATCACTGAAGGTACTGCGAGAGAGTGATGTGCCCCCTGTTGGCTGTGCGGTGAATATTGTGAATGAGCATCTATCTGTATACTTGTTACTTCGAGGCATTGTAGATGCAGAGCTCGAACTTTCAAAACTGGA
AAAAAAGAAAGAAGAACTTATCCGGCAACATGAAGCAGTGACAAAGAAAATGAACCTTCCTGGGTATATAGACAAAGTACCAGCCAATATACAAGAAGAAAATCTTTCTAAGTTGAATAAACTTATGGCTGAACTGAACATCGTTGAAGAGGCAAATGAGAATTTTGAAAAACTTTTGGCAGATAGCAAATGAGTTGAAT
TGCTGTTTGTTATCACTATTGATTTTCAATGAATGATATATCACAGTTTGTCACTGTAAAATGTTATGCGCATTCGTTTATTCAGAAAATTGAAAGAATTCTTGTCTCATGCTTGGCAAGAAACAAAATTCCATTCTTGGTATGTCAGTTAATATTTTATTATTTCTGCTTTGGTGCTGTCTCAAGTAGACATTTAAATG
AAATCTATATCAGCTTTGCCGACATTTCTCAATTTCTGTCGTAAGTCGATCGATCCTTCAGTCACTCTAGCTCTTAAAACACATCTTTCTGAATGTAGAGAATTTGTTGATGCAAGAATAAAAAATGATATGTTGCATTATGCGAACAGCTCTACACAAAAAATGAATTTCACAGGTTATAGTGTTCCGCAAGAGATAAA
AGAACTGGCAGGATATGATATTTTCCCTTGTGGTTTCTCTAGTTGTATAACAGTTTTATAAAAATGTATTGGGTTTATATGCTGGCGTGCTTAAATTCTACCACAAAGACATCGGCATATTCCCTTGATGGTTTTCCAATTTTGTGGACAGAAATAGTTGACTATGCAACATTTTAAATATCAGTAAGATGCTTACTCTG
TATTTCAAATATCTTTAAAAGATGCACAAGTCTTGCCCAACCGTGATGTTTTTCTATACAA

>TRINITY_DN129419_c2_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGTTACATTGTTCCTTATTTTGTCAGTTGCAATAACTTATATGTTCTGATAGAATTTTCATTTCTCAGGGATCATCGACTTGTGAATTGGGATTGTATCCTAAGAACGGCCATCTCTGATATTGAAgtatggctgatattctgtgctattgtaacttttttgctttcttatgtagtttctaggacatatttcaaagcttc
atgcagataacattaaatctaattaggtctttggcatttttttttcctgttgtacagGTGGACTACGTTGATATCAAAGCACGAACGCTACTCAAAGTGCCTGGGTATAAATCCCCAGTGGAGTTTGGTGTTCTAACATCTTTTGCTTATCCTTTAGAGGAGGATTTGGGGGAGATCGTTGTGGCAACAACAAGGCCTGA
AACAATGCTAGGGGACACTGCAATTGCAGTTCACCCCGAAGATCAGAGATATATGCATTTGCACAATAAGTTTGCCGTTCACCCTTTCAACAGAAGAAAACTTCCTATCATCTGTGATGCAGAGCTTGTTGATCCAAACTTTGGAACTGGTGCTGTTAAGGTAATACTATAGATTTTTCTGCACTGTTATTGACTGCTGG
TTTGTGCTAACAGTTTGTGGTTTTC

Intron 6 GTAATTTTTT ... AATGTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	69.08	8	11	25
A2	86.94	4	27	26.3
A3	76.2	19	48	74
A4	76.78	10	28	38.3
A5	61.87	18	20	38.8
A6	100	0	9	7
A7	62.14	7	8	15.3
A8	100	0	0	1
A9	71.65	6	10	20.5
A10	83.58	4	17	24

>TRINITY_DN102951_c1_g2_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

GCAGCACTATAACTAGTAATTTTACAAAATAGGTTTGCTATAAAAAAAACCTTATTTTTGTGAAGACGGGGGACACTTGAACCCACGATATTCATTCTATATCTGCTCTGCTATAGCAGCACTATAACTAAGAGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGGGGTTCTTTCCTCTTCGTCCGGCCTTGGATATTCTATGTTGTTG
GGTTCCATGGCCTTCGAAGAGCACAGAAGATTGCAAATTTGATCACAAAACATCTAGAAATACCGGCTACAGCAGAAGAAATACAACACAAATATCCACAGCAGAGGCTACTTTTTTCCAAGCTCTGCTCGTCCACGTCACTATCTGATATGGCCCCACCGGAGGAAACACAGCAACTTAATGGTGCCAAGGAAGAAGAC
CAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGGAAAAGGCCAGGGAAAAGGAGCTAAAAAAACTCAAAGCAGCACAGAAAGCTGAAGCAGCAAAAGCACAGGCTGAAAAGGGATCACAGCCATCAAAGAAAGCTGAGCAAAAAGCAGCAAAGAAGGCTGCGGCAGATGAAAATCAAGAAGAGTATCAAGATCCCCCAACTCCTCTTGG
TGAGAAGAAAAGGCTTGCTCCAGAAATGGCCAAAGCATACAATCCAAGTGCTGTGGAAGCTGCATGGTATCAATGGTGGGAAAAGTCTGGCTTCTTTGTAGCCGATGCTAACAGCAAAAAGCCTCCATTTATAATTGTATTGCCACCACCAAATGTTACAGGTGCACTACACATTGGGCATGGTCTTACGTGTTCTATTG
AGGATACTATCATCAGGTGGCGTAGAATGAGTGGTTACAATGCTCTTTGGGTGCCTGGAGTGGACCATGCTGGTATAGCAACGCAGGTGGTGGTTGAAAAGAAACTGATGCGTGAAAGAGGATTAACAAGGCACGATCTTGGACGTGAGCAATTTACAGCTGAGGTGTGGAAGTGGAAAGACGAATCTGGAGGACAAATT
TTGAATCAGTTACGTCGTCTGGGTGCCTCACTTGATTGGTCTCGAGAGTGCTTCACTATGGATGATAAAAGATCTAAAGCCGTAACTGAGACCTTTGTTCGACTGTATAAAGAAGGCCTTATTTACAGGGATCATCGACTTGTGAATTGGGATTGTATCCTAAGAACGGCCATCTCTGATATTGAAGTGGACTACGTTGA
TATCAAAGCACGAACGCTACTCAAAGTGCCTGGGTATAAATCCCCAGTGGAGTTTGGTGTTCTAACATCTTTTGCTTATCCTTTAGAGGAGGATTTGGGGGAGATCGTTGTGGCAACAACAAGGCCTGAAACAATGCTAGGGGACACTGCAATTGCAGTTCACCCCGAAGATCAGAGATATATGCATTTGCACAATAAGT
TTGCCGTTCACCCTTTCAACAGAAGAAAACTTCCTATCATCTGTGATGCAGAGCTTGTTGATCCAAACTTTGGAACTGGTGCTGTTAAGATAACTCCAGCTCATGATCCAAATGATTTTCTTGTGGGGAAGCGCCACAATTTGGAATTCATTAACATATTTAGTGATGAAGGTATGATTAATGGCAATGGGGGGAAGGAT
TTTGAAGGATTGAAGCGCTTTGATGCTCGAGTTGCCGTGATTGAAGCTTTGAAAAGCAAGGGTCTTTACAGAGGTGCTGAAAACAATGAGATGCGCCTTGGCACGTGTTCTCGAAGTAACGATATTGTAGAACCAATGGTAAAGCCACAATGGTTCGTCAACTGCAATGATATGGGAAGAGAAGCCTGTGAAGCTGTGGA
AGATGGTAGACTTGAGATTATTCCAAAGCAGTCTGAAGCTGAATGGTTCAGATGGTTGAGGAACATTCGAGATTGGTGTATATCAAGGCAATTATGGTGGGGTCATCGTGTTCCAGCATGGTATGTCAGATTGGAGGATGACGACCTTAAAGAGTTTGGGGTATATGCTGATCACTGGGTAGTTGGAAGAAATGAGGCAG
AAGCTCTGACTGAGGCAAGTGATAAATTTCCAGGAAAGAAATATCACATTGAACAAGATCCAGATGTGCTGGACACATGGTTCTCATCTGGTCTCTTCCCTTTTTCAGTAATGTGTTGGCCCGAAGATACTGCTGATATGAAGACCTTTTATCCAACGTCCCTGCTTGAAACAGGACATGATATTCTTTTTTTTTGGGTA
GCTCGCATGGTAATGCTAGGAATGCGGCTTACAGGAGAAGTTCCTTTTAAGCAGGTTTATTTGCATCCAATGGTACGTGATGCACATGGTCGTAAAATGTCCAAGTCGTTAGGCAATGTGATTGATCCTTTGGAAATTATAAATGGTATAACGCTGGAGGGTCTGCATAAAAGGCTGGACCAGGGTAATTTAGATAGAAA
TGAACTTGACATTGCAAAAGCAGGACAAGTGAAAGACTTCCCAAATGGCATAGCAGAGTGTGGGACAGATGCCCTTCGTTTTTCTCTTGTCGCCTACACTGCTCAGTCAGATAAAATAAATTTGGATATCCAGCGGGTAGTTGGTTATAGATATTGGTGTAATAAATTATGGAATGCTACCCGCTTTGCTATGCTCAACT
TGGGAAAAGATTTTGTGCCTTCTGAGAATTTGCATGTGAAATCTCTGCCATGTGGCTGCAAGTGGATACTTTCTGTTCTAAATAAAGCTATCTCAAAGACTGTCACAGGCATGGAAGTATACGACTTCTCCAGTGCGACCAGTGCAGTTTACTCTTGGTGGCAATATCAATTATGTGATGTTTTCATTGAGATAATCAAG
CCAGTCATGATGGCAGATGATAATAATTCAACATCTGCATCAATAAAACGTGTTACAAGGGATACATTATGGATATGCCTGGACAACGGATTGCGGTTATTGCATCCATTCATGCCCTTTGTTACTGAGGAGTTGTGGCAACGCTTACCGCAAAGACGAGGGGATACTTCAAGGAAAGAGTCAATTATGATTTCTGATTA
TCCTACGGTTGTGGAGGAGTGGACAGATGATGAAATTGAATCCCAGATGGTTCTTATTGAATCATCAGTGAGGTCAATAAGATCTCTTCGTATGGCTTATTTATTACTTCCAAAGCAAAGGCCCGAGGCTTTCCTTCTATGCAAAACAGATGAAGTGGCCACAGTAGTTGAAAAGGGTGCTACAGAGATTTGCACCCTTG
CCTCCTTAGCATCACTGAAGGTACTGCGAGAGAGTGATGTGCCCCCTGTTGGCTGTGCGGTGAATATTGTGAATGAGCATCTATCTGTATACTTGTTACTTCGAGGCATTGTAGATGCAGAGCTCGAACTTTCAAAACTGGAAAAAAAGAAAGAAGAACTTATCCGGCAACATGAAGCAGTGACAAAGAAAATGAACCTT
CCTGGGTATATAGACAAAGTACCAGCCAATATACAAGAAGAAAATCTTTCTAAGTTGAATAAACTTATGGCTGAACTGAACATCGTTGAAGAGGCAAATGAGAATTTTGAAAAACTTTTGGCAGATAGCAAATGAGTTGAATTGCTGTTTGTTATCACTATTGATTTTCAATGAATGATATATCACAGTTTGTCACTGTA
AAATGTTATGCGCATTCGTTTATTCAGAAAATTGAAAGAATTCTTGTCTCATGCTTGGCAAGAAACAAAATTCCATTCTTGGTATGTCAGTTAATATTTTATTATTTCTGCTTTGGTGCTGTCTCAAGTAGACATTTAAATGAAATCTATATCAGCTTTGCCGACATTTCTCAATTTCTGTCGTAAGTCGATCGATCCTT
CAGTCACTCTAGCTCTTAAAACACATCTTTCTGAATGTAGAGAATTTGTTGATGCAAGAATAAAAAATGATATGTTGCATTATGCGAACAGCTCTACACAAAAAATGAATTTCACAGGTTATAGTGTTCCGCAAGAGATAAAAGAACTGGCAGGATATGATATTTTCCCTTGTGGTTTCC

>TRINITY_DN102951_c1_g2_i10 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GCAGCACTATAACTAGTAATTTTACAAAATAGGTTTGCTATAAAAAAAACCTTATTTTTGTGAAGACGGGGGACACTTGAACCCACGATATTCATTCTATATCTGCTCTGCTATAGCAGCACTATAACTAgtaattttttctcatatctgtcccggttttctttcgtattttcttagttgcgcgcctcggattaattgtt
tcccaaggagcttaatgtaacagAGAGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGGGGTTCTTTCCTCTTCGTCCGGCCTTGGATATTCTATGTTGTTGGGTTCCATGGCCTTCGAAGAGCACAGAAGATTGCAAATTTGATCACAAAACATCTAGAAATACCGGCTACAGCAGAAGAAATACAACACAAATATCCACAGCAGAGG
CTACTTTTTTCCAAGCTCTGCTCGTCCACGTCACTATCTGATATGGCCCCACCGGAGGAAACACAGCAACTTAATGGTGCCAAGGAAGAAGACCAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGGAAAAGGCCAGGGAAAAGGAGCTAAAAAAACTCAAAGCAGCACAGAAAGCTGAAGCAGCAAAAGCACAGGCTGAAAAGGGATC
ACAGCCATCAAAGAAAGCTGAGCAAAAAGCAGCAAAGAAGGCTGCGGCAGATGAAAATCAAGAAGAGTATCAAGATCCCCCAACTCCTCTTGGTGAGAAGAAAAGGCTTGCTCCAGAAATGGCCAAAGCATACAATCCAAGTGCTGTGGAAGCTGCATGGTATCAATGGTGGGAAAAGTCTGGCTTCTTTGTAGCCGATG
CTAACAGCAAAAAGCCTCCATTTATAATTGTATTGCCACCACCAAATGTTACAGGTGCACTACACATTGGGCATGGTCTTACGTGTTCTATTGAGGATACTATCATCAGGTGGCGTAGAATGAGTGGTTACAATGCTCTTTGGGTGCCTGGAGTGGACCATGCTGGTATAGCAACGCAGGTTTGAGTGTTTGTGAATTCT
TCCAGTAAAATTTTATTTTCTCATGGTGCCAATTTGTATAAGCAACACAATATATGCAAAAAGCTTTTATAGAAAGTGGGGATTAGTGGCTTGTGCTGGTTTTGTTTAATGTTAAGTAGATGTAGTGCACTTTGATTGATATTTTTGGTTTGTTTTTTTGTTATGAGATTGACTTATGATGGTGAATATCTTTGGAGTAT
AAATTATTGAGGCATTTTAGATGCAAATGTAATTATGGGATAGAGTTACTTAAATGCTGAAATATGGGTGA

Intron 7 GTGACTTTCC ... CATTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.45	82	37	19
A2	17.75	95	12	29
A3	20.55	87	13	32
A4	15.18	81	10	19
A5	16.28	36	8	6
A6	11.76	30	1	7
A7	17.01	100	11	30
A8	14.75	26	5	4
A9	15.15	84	11	19
A10	13.04	90	5	22

>TRINITY_DN129419_c2_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoform

GCAGCACTATAACTAGTAATTTTACAAAATAGGTTTGCTATAAAAAAAACCTTATTTTTGTGAAGACGGGGGACACTTGAACCCACGATATTCATTCTATATCTGCTCTGCTATAGCAGCACTATAACTAGTAATTTTTTCTCATATCTGTCCCGGTTTTCTTTCGTATTTTCTTAGTTGCGCGCCTCGGATTAATTGTT
TCCCAAGGAGCTTAATGTAACAGAGAGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGGGGTTCTTTCCTCTTCGTCCGGCCTTGGATATTCTATGTTGTTGGGTTCCATGGCCTTCGAAGAGCACAGAAGATTGCAAATTTGATCACAAAACATCTAGAAATACCGGCTACAGCAGAAGAAATACAACACAAATATCCACAGCAGAGG
CTACTTTTTTCCAAGCTCTGCTCGTCCACGTCACTATCTGATATGGCCCCACCGGAGGAAACACAGCAACTTAATGGTGCCAAGGAAGAAGACCAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGGAAAAGGCCAGGGAAAAGGAGCTAAAAAAACTCAAAGCAGCACAGAAAGCTGAAGCAGCAAAAGCACAGGCTGAAAAGGGATC
ACAGCCATCAAAGAAAGCTGAGCAAAAAGCAGCAAAGAAGGCTGCGGCAGATGAAAATCAAGAAGAGTATCAAGATCCCCCAACTCCTCTTGGTGAGAAGAAAAGGCTTGCTCCAGAAATGGCCAAAGCATACAATCCAAGTGCTGTGGAAGCTGCATGGTATCAATGGTGGGAAAAGTCTGGCTTCTTTGTAGCCGATG
CTAACAGCAAAAAGCCTCCATTTATAATTGTATTGCCACCACCAAATGTTACAGGTGCACTACACATTGGGCATGGTCTTACGTGTTCTATTGAGGATACTATCATCAGGTGGCGTAGAATGAGTGGTTACAATGCTCTTTGGGTGCCTGGAGTGGACCATGCTGGTATAGCAACGCAGGTGGTGGTTGAAAAGAAACTG
ATGCGTGAAAGAGGATTAACAAGGCACGATCTTGGACGTGAGCAATTTACAGCTGAGGTGTGGAAGTGGAAAGACGAATCTGGAGGACAAATTTTGAATCAGTTACGTCGTCTGGGTGCCTCACTTGATTGGTCTCGAGAGTGCTTCACTATGGATGATAAAAGATCTAAAGCCGTAACTGAGACCTTTGTTCGACTGTA
TAAAGAAGGCCTTATTTACAGGGATCATCGACTTGTGAATTGGGATTGTATCCTAAGAACGGCCATCTCTGATATTGAAGTGGACTACGTTGATATCAAAGCACGAACGCTACTCAAAGTGCCTGGGTATAAATCCCCAGTGGAGTTTGGTGTTCTAACATCTTTTGCTTATCCTTTAGAGGAGGATTTGGGGGAGATCG
TTGTGGCAACAACAAGGCCTGAAACAATGCTAGGGGACACTGCAATTGCAGTTCACCCCGAAGATCAGAGATATATGCATTTGCACAATAAGTTTGCCGTTCACCCTTTCAACAGAAGAAAACTTCCTATCATCTGTGATGCAGAGCTTGTTGATCCAAACTTTGGAACTGGTGCTGTTAAGATAACTCCAGCTCATGAT
CCAAATGATTTTCTTGTGGGGAAGCGCCACAATTTGGAATTCATTAACATATTTAGTGATGAAGGTATGATTAATGGCAATGGGGGGAAGGATTTTGAAGGATTGAAGCGCTTTGATGCTCGAGTTGCCGTGATTGAAGCTTTGAAAAGCAAGGGTCTTTACAGAGGTGCTGAAAACAATGAGATGCGCCTTGGCACGTG
TTCTCGAAGTAACGATATTGTAGAACCAATGGTAAAGCCACAATGGTTCGTCAACTGCAATGATATGGGAAGAGAAGCCTGTGAAGCTGTGGAAGATGGTAGACTTGAGATTATTCCAAAGCAGTCTGAAGCTGAATGGTTCAGATGGTTGAGGAACATTCGAGATTGGTGTATATCAAGGCAATTATGGTGGGGTCATC
GTGTTCCAGCATGGTATGTCAGATTGGAGGATGACGACCTTAAAGAGTTTGGGGTATATGCTGATCACTGGGTAGTTGGAAGAAATGAGGCAGAAGCTCTGACTGAGGCAAGTGATAAATTTCCAGGAAAGAAATATCACATTGAACAAGATCCAGATGTGCTGGACACATGGTTCTCATCTGGTCTCTTCCCTTTTTCA
GTAATGTGTTGGCCCGAAGATACTGCTGATATGAAGACCTTTTATCCAACGTCCCTGCTTGAAACAGGACATGATATTCTTTTTTTTTGGGTAGCTCGCATGGTAATGCTAGGAATGCGGCTTACAGGAGAAGTTCCTTTTAAGCAGGTTTATTTGCATCCAATGGTACGTGATGCACATGGTCGTAAAATGTCCAAGTC
GTTAGGCAATGTGATTGATCCTTTGGAAATTATAAATGGTATAACGCTGGAGGGTCTGCATAAAAGGCTGGACCAGGGTAATTTAGATAGAAATGAACTTGACATTGCAAAAGCAGGACAAGTGAAAGACTTCCCAAATGGCATAGCAGAGTGTGGGACAGATGCCCTTCGTTTTTCTCTTGTCGCCTACACTGCTCAGT
CAGATAAAATAAATTTGGATATCCAGCGGGTAGTTGGTTATAGATATTGGTGTAATAAATTATGGAATGCTACCCGCTTTGCTATGCTCAACTTGGGAAAAGATTTTGTGCCTTCTGAGAATTTGCATGTGAAATCTCTGCCATGTGGCTGCAAGTGGATACTTTCTGTTCTAAATAAAGCTATCTCAAAGACTGTCACA
GGCATGGAAGTATACGACTTCTCCAGTGCGACCAGTGCAGTTTACTCTTGGTGGCAATATCAATTATGTGATGTTTTCATTGAGATAATCAAGCCAGTCATGATGGCAGATGATAATAATTCAACATCTGCATCAATAAAACGTGTTACAAGGGATACATTATGGATATGCCTGGACAACGGATTGCGGTTATTGCATCC
ATTCATGCCCTTTGTTACTGAGGAGTTGTGGCAACGCTTACCGCAAAGACGAGGGGATACTTCAAGGAAAGAGTCAATTATGATTTCTGATTATCCTACGGTTGTGGAGGTTTGCAATGCAAAGCTTTTATGTTTATATCAGCTTGAAGAAATCTCTTATATTTCACTATTTTTTGTAGCAACTTTGTTAGATTTTCCTT
TTTAACAAATCTTCATAGAAATATTGTAGACATTAATAGTTGTAGATCTTATTAAAGTTTCCTGTGTATTGCAGGAGTGGACAGATGATGAAATTGAATCCCAGATGGTTCTTATTGAATCATCAGTGAGGTCAATAAGATCTCTTCGTATGGCTTATTTATTACTTCCAAAGCAAAGGCCCGAGGCTTTCCTTCTATGC
AAAACAGATGAAGTGGCCACAGTAGTTGAAAAGGGTGCTACAGAGATTTGCACCCTTGCCTCCTTAGCATCACTGAAGGTACTGCGAGAGAGTGATGTGCCCCCTGTTGGCTGTGCGGTGAATATTGTGAATGAGCATCTATCTGTATACTTGTTACTTCGAGGCATTGTAGATGCAGAGCTCGAACTTTCAAAACTGGA
AAAAAAGAAAGAAGAACTTATCCGGCAACATGAAGCAGTGACAAAGAAAATGAACCTTCCTGGGTATATAGACAAAGTACCAGCCAATATACAAGAAGAAAATCTTTCTAAGTTGAATAAACTTATGGCTGAACTGAACATCGTTGAAGAGGCAAATGAGAATTTTGAAAAACTTTTGGCAGATAGCAAATGAGTTGAAT
TGCTGTTTGTTATCACTATTGATTTTCAATGAATGATATATCACAGTTTGTCACTGTAAAATGTTATGCGCATTCGTTTATTCAGAAAATTGAAAGAATTCTTGTCTCATGCTTGGCAAGAAACAAAATTCCATTCTTGGTATGTCAGTTAATATTTTATTATTTCTGCTTTGGTGCTGTCTCAAGTAGACATTTAAATG
AAATCTATATCAGCTTTGCCGACATTTCTCAATTTCTGTCGTAAGTCGATCGATCCTTCAGTCACTCTAGCTCTTAAAACACATCTTTCTGAATGTAGAGAATTTGTTGATGCAAGAATAAAAAATGATATGTTGCATTATGCGAACAGCTCTACACAAAAAATGAATTTCACAGGTTATAGTGTTCCGCAAGAGATAAA
AGAACTGGCAGGATATGATATTTTCCCTTGTGGTTTCTCTAGTTGTATAACAGTTTTATAAAAATGTATTGGGTTTATATGCTGGCGTGCTTAAATTCTACCACAAAGACATCGGCATATTCCCTTGATGGTTTTCCAATTTTGTGGACAGAAATAGTTGACTATGCAACATTTTAAATATCAGTAAGATGCTTACTCTG
TATTTCAAATATCTTTAAAAGATGCACAAGTCTTGCCCAACCGTGATGTTTTTCTATACAA

>TRINITY_DN129419_c2_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCAGCACTATAACTAGTAATTTTACAAAATAGGTTTGCTATAAAAAAAACCTTATTTTTGTGAAGACGGGGGACACTTGAACCCACGATATTCATTCTATATCTGCTCTGCTATAGCAGCACTATAACTAGTAATTTTTTCTCATATCTGTCCCGGTTTTCTTTCGTATTTTCTTAGTTGCGCGCCTCGGATTAATTGTT
TCCCAAGGAGCTTAATGTAACAGAGAGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGGGGTTCTTTCCTCTTCGTCCGGCCTTGGATATTCTATGTTGTTGGGTTCCATGGCCTTCGAAGAGCACAGAAGATTGCAAATTTGATCACAAAACATCTAGAAATACCGGCTACAGCAGAAGAAATACAACACAAATATCCACAGCAGAGG
CTACTTTTTTCCAAGCTCTGCTCGTCCACGTCACTATCTGATATGGCCCCACCGGAGGAAACACAGCAACTTAATGGTGCCAAGGAAGAAGACCAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGGAAAAGGCCAGGGAAAAGGAGCTAAAAAAACTCAAAGCAGCACAGAAAGCTGAAGCAGCAAAAGCACAGGCTGAAAAGGGATC
ACAGCCATCAAAGAAAGCTGAGCAAAAAGCAGCAAAGAAGGCTGCGGCAGATGAAAATCAAGAAGAGTATCAAGATCCCCCAACTCCTCTTGGTGAGAAGAAAAGGCTTGCTCCAGAAATGGCCAAAGCATACAATCCAAGTGCTGTGGAAGCTGCATGGTATCAATGGTGGGAAAAGTCTGGCTTCTTTGTAGCCGATG
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ATGCGTGAAAGAGGATTAACAAGGCACGATCTTGGACGTGAGCAATTTACAGCTGAGGTGTGGAAGTGGAAAGACGAATCTGGAGGACAAATTTTGAATCAGTTACGTCGTCTGGGTGCCTCACTTGATTGGTCTCGAGAGTGCTTCACTATGGATGATAAAAGATCTAAAGCCGTAACTGAGACCTTTGTTCGACTGTA
TAAAGAAGGCCTTATTTACAGGGATCATCGACTTGTGAATTGGGATTGTATCCTAAGAACGGCCATCTCTGATATTGAAGTGGACTACGTTGATATCAAAGCACGAACGCTACTCAAAGTGCCTGGGTATAAATCCCCAGTGGAGTTTGGTGTTCTAACATCTTTTGCTTATCCTTTAGAGGAGGATTTGGGGGAGATCG
TTGTGGCAACAACAAGGCCTGAAACAATGCTAGGGGACACTGCAATTGCAGTTCACCCCGAAGATCAGAGATATATGCATTTGCACAATAAGTTTGCCGTTCACCCTTTCAACAGAAGAAAACTTCCTATCATCTGTGATGCAGAGCTTGTTGATCCAAACTTTGGAACTGGTGCTGTTAAGATAACTCCAGCTCATGAT
CCAAATGATTTTCTTGTGGGGAAGCGCCACAATTTGGAATTCATTAACATATTTAGTGATGAAGGTATGATTAATGGCAATGGGGGGAAGGATTTTGAAGGATTGAAGCGCTTTGATGCTCGAGTTGCCGTGATTGAAGCTTTGAAAAGCAAGGGTCTTTACAGAGGTGCTGAAAACAATGAGATGCGCCTTGGCACGTG
TTCTCGAAGTAACGATATTGTAGAACCAATGGTAAAGCCACAATGGTTCGTCAACTGCAATGATATGGGAAGAGAAGCCTGTGAAGCTGTGGAAGATGGTAGACTTGAGATTATTCCAAAGCAGTCTGAAGCTGAATGGTTCAGgtgactttcctgattttgcttacttgagctgttaatttaaaatttaaatggcatca
tgaacatgtgccccttagatagttggatggttgcattgggttccttttttaatgttctacattttacagATGGTTGAGGAACATTCGAGATTGGTGTATATCAAGGCAATTATGGTGGGGTCATCGTGTTCCAGCATGGTATGTCAGATTGGAGGATGACGACCTTAAAGAGTTTGGGGTATATGCTGATCACTGGGTAG
TTGGAAGAAATGAGGCAGAAGCTCTGACTGAGGCAAGTGATAAATTTCCAGGAAAGAAATATCACATTGAACAAGATCCAGATGTGCTGGACACATGGTTCTCATCTGGTCTCTTCCCTTTTTCAGTAATGTGTTGGCCCGAAGATACTGCTGATATGAAGACCTTTTATCCAACGTCCCTGCTTGAAACAGGACATGAT
ATTCTTTTTTTTTGGGTAGCTCGCATGGTAATGCTAGGAATGCGGCTTACAGGAGAAGTTCCTTTTAAGCAGGTTTATTTGCATCCAATGGTACGTGATGCACATGGTCGTAAAATGTCCAAGTCGTTAGGCAATGTGATTGATCCTTTGGAAATTATAAATGGTATAACGCTGGAGGGTCTGCATAAAAGGCTGGACCA
GGGTAATTTAGATAGAAATGAACTTGACATTGCAAAAGCAGGACAAGTGAAAGACTTCCCAAATGGCATAGCAGAGTGTGGGACAGATGCCCTTCGTTTTTCTCTTGTCGCCTACACTGCTCAGTCAGATAAAATAAATTTGGATATCCAGCGGGTAGTTGGTTATAGATATTGGTGTAATAAATTATGGAATGCTACCC
GCTTTGCTATGCTCAACTTGGGAAAAGATTTTGTGCCTTCTGAGAATTTGCATGTGAAATCTCTGCCATGTGGCTGCAAGTGGATACTTTCTGTTCTAAATAAAGCTATCTCAAAGACTGTCACAGGCATGGAAGTATACGACTTCTCCAGTGCGACCAGTGCAGTTTACTCTTGGTGGCAATATCAATTATGTGATGTT
TTCATTGAGATAATCAAGCCAGTCATGATGGCAGATGATAATAATTCAACATCTGCATCAATAAAACGTGTTACAAGGGATACATTATGGATATGCCTGGACAACGGATTGCGGTTATTGCATCCATTCATGCCCTTTGTTACTGAGGAGTTGTGGCAACGCTTACCGCAAAGACGAGGGGATACTTCAAGGAAAGAGTC
AATTATGATTTCTGATTATCCTACGGTTGTGGAGGAGTGGACAGATGATGAAATTGAATCCCAGATGGTTCTTATTGAATCATCAGTGAGGTCAATAAGATCTCTTCGTATGGCTTATTTATTACTTCCAAAGCAAAGGCCCGAGGCTTTCCTTCTATGCAAAACAGATGAAGTGGCCACAGTAGTTGAAAAGGGTGCTA
CAGAGATTTGCACCCTTGCCTCCTTAGCATCACTGAAGGTACTGCGAGAGAGTGATGTGCCCCCTGTTGGCTGTGCGGTGAATATTGTGAATGAGCATCTATCTGTATACTTGTTACTTCGAGGCATTGTAGATGCAGAGCTCGAACTTTCAAAACTGGAAAAAAAGAAAGAAGAACTTATCCGGCAACATGAAGCAGTG
ACAAAGAAAATGAACCTTCCTGGGTATATAGACAAAGTACCAGCCAATATACAAGAAGAAAATCTTTCTAAGTTGAATAAACTTATGGCTGAACTGAACATCGTTGAAGAGGCAAATGAGAATTTTGAAAAACTTTTGGCAGATAGCAAATGAGTTGAATTGCTGTTTGTTATCACTATTGATTTTCAATGAATGATATA
TCACAGTTTGTCACTGTAAAATGTTATGCGCATTCGTTTATTCAGAAAATTGAAAGAATTCTTGTCTCATGCTTGGCAAGAAACAAAATTCCATTCTTGGTATGTCAGTTAATATTTTATTATTTCTGCTTTGGTGCTGTCTCAAGTAGACATTTAAATGAAATCTATATCAGCTTTGCCGACATTTCTCAATTTCTGTC
GTAAGTCGATCGATCCTTCAGTCACTCTAGCTCTTAAAACACATCTTTCTGAATGTAGAGAATTTGTTGATGCAAGAATAAAAAATGATATGTTGCATTATGCGAACAGCTCTACACAAAAAATGAATTTCACAGGTTATAGTGTTCCGCAAGAGATAAAAGAACTGGCAGGATATGATATTTTCCCTTGTGGTTTCTCT
AGTTGTATAACAGTTTTATAAAAATGTATTGGGTTTATATGCTGGCGTGCTTAAATTCTACCACAAAGACATCGGCATATTCCCTTGATGGTTTTCCAATTTTGTGGACAGAAATAGTTGACTATGCAACATTTTAAATATCAGTAAGATGCTTACTCTGTATTTCAAATATCTTTAAAAGATGCACAAGTCTTGCCCAA
CCGTGATGTTTTTCTATACAA

Intron 8 GTTTGCAATG ... TGTATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A4	21.21	91	15	34
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A6	17.86	138	23	37
A7	15.98	205	22	56
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A9	18.71	189	36	51
A10	20.22	144	28	45

>TRINITY_DN129419_c2_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

GCAGCACTATAACTAGTAATTTTACAAAATAGGTTTGCTATAAAAAAAACCTTATTTTTGTGAAGACGGGGGACACTTGAACCCACGATATTCATTCTATATCTGCTCTGCTATAGCAGCACTATAACTAGTAATTTTTTCTCATATCTGTCCCGGTTTTCTTTCGTATTTTCTTAGTTGCGCGCCTCGGATTAATTGTT
TCCCAAGGAGCTTAATGTAACAGAGAGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGGGGTTCTTTCCTCTTCGTCCGGCCTTGGATATTCTATGTTGTTGGGTTCCATGGCCTTCGAAGAGCACAGAAGATTGCAAATTTGATCACAAAACATCTAGAAATACCGGCTACAGCAGAAGAAATACAACACAAATATCCACAGCAGAGG
CTACTTTTTTCCAAGCTCTGCTCGTCCACGTCACTATCTGATATGGCCCCACCGGAGGAAACACAGCAACTTAATGGTGCCAAGGAAGAAGACCAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGGAAAAGGCCAGGGAAAAGGAGCTAAAAAAACTCAAAGCAGCACAGAAAGCTGAAGCAGCAAAAGCACAGGCTGAAAAGGGATC
ACAGCCATCAAAGAAAGCTGAGCAAAAAGCAGCAAAGAAGGCTGCGGCAGATGAAAATCAAGAAGAGTATCAAGATCCCCCAACTCCTCTTGGTGAGAAGAAAAGGCTTGCTCCAGAAATGGCCAAAGCATACAATCCAAGTGCTGTGGAAGCTGCATGGTATCAATGGTGGGAAAAGTCTGGCTTCTTTGTAGCCGATG
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ATGCGTGAAAGAGGATTAACAAGGCACGATCTTGGACGTGAGCAATTTACAGCTGAGGTGTGGAAGTGGAAAGACGAATCTGGAGGACAAATTTTGAATCAGTTACGTCGTCTGGGTGCCTCACTTGATTGGTCTCGAGAGTGCTTCACTATGGATGATAAAAGATCTAAAGCCGTAACTGAGACCTTTGTTCGACTGTA
TAAAGAAGGCCTTATTTACAGGGATCATCGACTTGTGAATTGGGATTGTATCCTAAGAACGGCCATCTCTGATATTGAAGTGGACTACGTTGATATCAAAGCACGAACGCTACTCAAAGTGCCTGGGTATAAATCCCCAGTGGAGTTTGGTGTTCTAACATCTTTTGCTTATCCTTTAGAGGAGGATTTGGGGGAGATCG
TTGTGGCAACAACAAGGCCTGAAACAATGCTAGGGGACACTGCAATTGCAGTTCACCCCGAAGATCAGAGATATATGCATTTGCACAATAAGTTTGCCGTTCACCCTTTCAACAGAAGAAAACTTCCTATCATCTGTGATGCAGAGCTTGTTGATCCAAACTTTGGAACTGGTGCTGTTAAGATAACTCCAGCTCATGAT
CCAAATGATTTTCTTGTGGGGAAGCGCCACAATTTGGAATTCATTAACATATTTAGTGATGAAGGTATGATTAATGGCAATGGGGGGAAGGATTTTGAAGGATTGAAGCGCTTTGATGCTCGAGTTGCCGTGATTGAAGCTTTGAAAAGCAAGGGTCTTTACAGAGGTGCTGAAAACAATGAGATGCGCCTTGGCACGTG
TTCTCGAAGTAACGATATTGTAGAACCAATGGTAAAGCCACAATGGTTCGTCAACTGCAATGATATGGGAAGAGAAGCCTGTGAAGCTGTGGAAGATGGTAGACTTGAGATTATTCCAAAGCAGTCTGAAGCTGAATGGTTCAGGTGACTTTCCTGATTTTGCTTACTTGAGCTGTTAATTTAAAATTTAAATGGCATCA
TGAACATGTGCCCCTTAGATAGTTGGATGGTTGCATTGGGTTCCTTTTTTAATGTTCTACATTTTACAGATGGTTGAGGAACATTCGAGATTGGTGTATATCAAGGCAATTATGGTGGGGTCATCGTGTTCCAGCATGGTATGTCAGATTGGAGGATGACGACCTTAAAGAGTTTGGGGTATATGCTGATCACTGGGTAG
TTGGAAGAAATGAGGCAGAAGCTCTGACTGAGGCAAGTGATAAATTTCCAGGAAAGAAATATCACATTGAACAAGATCCAGATGTGCTGGACACATGGTTCTCATCTGGTCTCTTCCCTTTTTCAGTAATGTGTTGGCCCGAAGATACTGCTGATATGAAGACCTTTTATCCAACGTCCCTGCTTGAAACAGGACATGAT
ATTCTTTTTTTTTGGGTAGCTCGCATGGTAATGCTAGGAATGCGGCTTACAGGAGAAGTTCCTTTTAAGCAGGTTTATTTGCATCCAATGGTACGTGATGCACATGGTCGTAAAATGTCCAAGTCGTTAGGCAATGTGATTGATCCTTTGGAAATTATAAATGGTATAACGCTGGAGGGTCTGCATAAAAGGCTGGACCA
GGGTAATTTAGATAGAAATGAACTTGACATTGCAAAAGCAGGACAAGTGAAAGACTTCCCAAATGGCATAGCAGAGTGTGGGACAGATGCCCTTCGTTTTTCTCTTGTCGCCTACACTGCTCAGTCAGATAAAATAAATTTGGATATCCAGCGGGTAGTTGGTTATAGATATTGGTGTAATAAATTATGGAATGCTACCC
GCTTTGCTATGCTCAACTTGGGAAAAGATTTTGTGCCTTCTGAGAATTTGCATGTGAAATCTCTGCCATGTGGCTGCAAGTGGATACTTTCTGTTCTAAATAAAGCTATCTCAAAGACTGTCACAGGCATGGAAGTATACGACTTCTCCAGTGCGACCAGTGCAGTTTACTCTTGGTGGCAATATCAATTATGTGATGTT
TTCATTGAGATAATCAAGCCAGTCATGATGGCAGATGATAATAATTCAACATCTGCATCAATAAAACGTGTTACAAGGGATACATTATGGATATGCCTGGACAACGGATTGCGGTTATTGCATCCATTCATGCCCTTTGTTACTGAGGAGTTGTGGCAACGCTTACCGCAAAGACGAGGGGATACTTCAAGGAAAGAGTC
AATTATGATTTCTGATTATCCTACGGTTGTGGAGGAGTGGACAGATGATGAAATTGAATCCCAGATGGTTCTTATTGAATCATCAGTGAGGTCAATAAGATCTCTTCGTATGGCTTATTTATTACTTCCAAAGCAAAGGCCCGAGGCTTTCCTTCTATGCAAAACAGATGAAGTGGCCACAGTAGTTGAAAAGGGTGCTA
CAGAGATTTGCACCCTTGCCTCCTTAGCATCACTGAAGGTACTGCGAGAGAGTGATGTGCCCCCTGTTGGCTGTGCGGTGAATATTGTGAATGAGCATCTATCTGTATACTTGTTACTTCGAGGCATTGTAGATGCAGAGCTCGAACTTTCAAAACTGGAAAAAAAGAAAGAAGAACTTATCCGGCAACATGAAGCAGTG
ACAAAGAAAATGAACCTTCCTGGGTATATAGACAAAGTACCAGCCAATATACAAGAAGAAAATCTTTCTAAGTTGAATAAACTTATGGCTGAACTGAACATCGTTGAAGAGGCAAATGAGAATTTTGAAAAACTTTTGGCAGATAGCAAATGAGTTGAATTGCTGTTTGTTATCACTATTGATTTTCAATGAATGATATA
TCACAGTTTGTCACTGTAAAATGTTATGCGCATTCGTTTATTCAGAAAATTGAAAGAATTCTTGTCTCATGCTTGGCAAGAAACAAAATTCCATTCTTGGTATGTCAGTTAATATTTTATTATTTCTGCTTTGGTGCTGTCTCAAGTAGACATTTAAATGAAATCTATATCAGCTTTGCCGACATTTCTCAATTTCTGTC
GTAAGTCGATCGATCCTTCAGTCACTCTAGCTCTTAAAACACATCTTTCTGAATGTAGAGAATTTGTTGATGCAAGAATAAAAAATGATATGTTGCATTATGCGAACAGCTCTACACAAAAAATGAATTTCACAGGTTATAGTGTTCCGCAAGAGATAAAAGAACTGGCAGGATATGATATTTTCCCTTGTGGTTTCTCT
AGTTGTATAACAGTTTTATAAAAATGTATTGGGTTTATATGCTGGCGTGCTTAAATTCTACCACAAAGACATCGGCATATTCCCTTGATGGTTTTCCAATTTTGTGGACAGAAATAGTTGACTATGCAACATTTTAAATATCAGTAAGATGCTTACTCTGTATTTCAAATATCTTTAAAAGATGCACAAGTCTTGCCCAA
CCGTGATGTTTTTCTATACAA

>TRINITY_DN129419_c2_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCAGCACTATAACTAGTAATTTTACAAAATAGGTTTGCTATAAAAAAAACCTTATTTTTGTGAAGACGGGGGACACTTGAACCCACGATATTCATTCTATATCTGCTCTGCTATAGCAGCACTATAACTAGTAATTTTTTCTCATATCTGTCCCGGTTTTCTTTCGTATTTTCTTAGTTGCGCGCCTCGGATTAATTGTT
TCCCAAGGAGCTTAATGTAACAGAGAGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGGGGTTCTTTCCTCTTCGTCCGGCCTTGGATATTCTATGTTGTTGGGTTCCATGGCCTTCGAAGAGCACAGAAGATTGCAAATTTGATCACAAAACATCTAGAAATACCGGCTACAGCAGAAGAAATACAACACAAATATCCACAGCAGAGG
CTACTTTTTTCCAAGCTCTGCTCGTCCACGTCACTATCTGATATGGCCCCACCGGAGGAAACACAGCAACTTAATGGTGCCAAGGAAGAAGACCAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGGAAAAGGCCAGGGAAAAGGAGCTAAAAAAACTCAAAGCAGCACAGAAAGCTGAAGCAGCAAAAGCACAGGCTGAAAAGGGATC
ACAGCCATCAAAGAAAGCTGAGCAAAAAGCAGCAAAGAAGGCTGCGGCAGATGAAAATCAAGAAGAGTATCAAGATCCCCCAACTCCTCTTGGTGAGAAGAAAAGGCTTGCTCCAGAAATGGCCAAAGCATACAATCCAAGTGCTGTGGAAGCTGCATGGTATCAATGGTGGGAAAAGTCTGGCTTCTTTGTAGCCGATG
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TAAAGAAGGCCTTATTTACAGGGATCATCGACTTGTGAATTGGGATTGTATCCTAAGAACGGCCATCTCTGATATTGAAGTGGACTACGTTGATATCAAAGCACGAACGCTACTCAAAGTGCCTGGGTATAAATCCCCAGTGGAGTTTGGTGTTCTAACATCTTTTGCTTATCCTTTAGAGGAGGATTTGGGGGAGATCG
TTGTGGCAACAACAAGGCCTGAAACAATGCTAGGGGACACTGCAATTGCAGTTCACCCCGAAGATCAGAGATATATGCATTTGCACAATAAGTTTGCCGTTCACCCTTTCAACAGAAGAAAACTTCCTATCATCTGTGATGCAGAGCTTGTTGATCCAAACTTTGGAACTGGTGCTGTTAAGATAACTCCAGCTCATGAT
CCAAATGATTTTCTTGTGGGGAAGCGCCACAATTTGGAATTCATTAACATATTTAGTGATGAAGGTATGATTAATGGCAATGGGGGGAAGGATTTTGAAGGATTGAAGCGCTTTGATGCTCGAGTTGCCGTGATTGAAGCTTTGAAAAGCAAGGGTCTTTACAGAGGTGCTGAAAACAATGAGATGCGCCTTGGCACGTG
TTCTCGAAGTAACGATATTGTAGAACCAATGGTAAAGCCACAATGGTTCGTCAACTGCAATGATATGGGAAGAGAAGCCTGTGAAGCTGTGGAAGATGGTAGACTTGAGATTATTCCAAAGCAGTCTGAAGCTGAATGGTTCAGATGGTTGAGGAACATTCGAGATTGGTGTATATCAAGGCAATTATGGTGGGGTCATC
GTGTTCCAGCATGGTATGTCAGATTGGAGGATGACGACCTTAAAGAGTTTGGGGTATATGCTGATCACTGGGTAGTTGGAAGAAATGAGGCAGAAGCTCTGACTGAGGCAAGTGATAAATTTCCAGGAAAGAAATATCACATTGAACAAGATCCAGATGTGCTGGACACATGGTTCTCATCTGGTCTCTTCCCTTTTTCA
GTAATGTGTTGGCCCGAAGATACTGCTGATATGAAGACCTTTTATCCAACGTCCCTGCTTGAAACAGGACATGATATTCTTTTTTTTTGGGTAGCTCGCATGGTAATGCTAGGAATGCGGCTTACAGGAGAAGTTCCTTTTAAGCAGGTTTATTTGCATCCAATGGTACGTGATGCACATGGTCGTAAAATGTCCAAGTC
GTTAGGCAATGTGATTGATCCTTTGGAAATTATAAATGGTATAACGCTGGAGGGTCTGCATAAAAGGCTGGACCAGGGTAATTTAGATAGAAATGAACTTGACATTGCAAAAGCAGGACAAGTGAAAGACTTCCCAAATGGCATAGCAGAGTGTGGGACAGATGCCCTTCGTTTTTCTCTTGTCGCCTACACTGCTCAGT
CAGATAAAATAAATTTGGATATCCAGCGGGTAGTTGGTTATAGATATTGGTGTAATAAATTATGGAATGCTACCCGCTTTGCTATGCTCAACTTGGGAAAAGATTTTGTGCCTTCTGAGAATTTGCATGTGAAATCTCTGCCATGTGGCTGCAAGTGGATACTTTCTGTTCTAAATAAAGCTATCTCAAAGACTGTCACA
GGCATGGAAGTATACGACTTCTCCAGTGCGACCAGTGCAGTTTACTCTTGGTGGCAATATCAATTATGTGATGTTTTCATTGAGATAATCAAGCCAGTCATGATGGCAGATGATAATAATTCAACATCTGCATCAATAAAACGTGTTACAAGGGATACATTATGGATATGCCTGGACAACGGATTGCGGTTATTGCATCC
ATTCATGCCCTTTGTTACTGAGGAGTTGTGGCAACGCTTACCGCAAAGACGAGGGGATACTTCAAGGAAAGAGTCAATTATGATTTCTGATTATCCTACGGTTGTGGAGgtttgcaatgcaaagcttttatgtttatatcagcttgaagaaatctcttatatttcactattttttgtagcaactttgttagattttcctt
tttaacaaatcttcatagaaatattgtagacattaatagttgtagatcttattaaagtttcctgtgtattgcagGAGTGGACAGATGATGAAATTGAATCCCAGATGGTTCTTATTGAATCATCAGTGAGGTCAATAAGATCTCTTCGTATGGCTTATTTATTACTTCCAAAGCAAAGGCCCGAGGCTTTCCTTCTATGC
AAAACAGATGAAGTGGCCACAGTAGTTGAAAAGGGTGCTACAGAGATTTGCACCCTTGCCTCCTTAGCATCACTGAAGGTACTGCGAGAGAGTGATGTGCCCCCTGTTGGCTGTGCGGTGAATATTGTGAATGAGCATCTATCTGTATACTTGTTACTTCGAGGCATTGTAGATGCAGAGCTCGAACTTTCAAAACTGGA
AAAAAAGAAAGAAGAACTTATCCGGCAACATGAAGCAGTGACAAAGAAAATGAACCTTCCTGGGTATATAGACAAAGTACCAGCCAATATACAAGAAGAAAATCTTTCTAAGTTGAATAAACTTATGGCTGAACTGAACATCGTTGAAGAGGCAAATGAGAATTTTGAAAAACTTTTGGCAGATAGCAAATGAGTTGAAT
TGCTGTTTGTTATCACTATTGATTTTCAATGAATGATATATCACAGTTTGTCACTGTAAAATGTTATGCGCATTCGTTTATTCAGAAAATTGAAAGAATTCTTGTCTCATGCTTGGCAAGAAACAAAATTCCATTCTTGGTATGTCAGTTAATATTTTATTATTTCTGCTTTGGTGCTGTCTCAAGTAGACATTTAAATG
AAATCTATATCAGCTTTGCCGACATTTCTCAATTTCTGTCGTAAGTCGATCGATCCTTCAGTCACTCTAGCTCTTAAAACACATCTTTCTGAATGTAGAGAATTTGTTGATGCAAGAATAAAAAATGATATGTTGCATTATGCGAACAGCTCTACACAAAAAATGAATTTCACAGGTTATAGTGTTCCGCAAGAGATAAA
AGAACTGGCAGGATATGATATTTTCCCTTGTGGTTTCTCTAGTTGTATAACAGTTTTATAAAAATGTATTGGGTTTATATGCTGGCGTGCTTAAATTCTACCACAAAGACATCGGCATATTCCCTTGATGGTTTTCCAATTTTGTGGACAGAAATAGTTGACTATGCAACATTTTAAATATCAGTAAGATGCTTACTCTG
TATTTCAAATATCTTTAAAAGATGCACAAGTCTTGCCCAACCGTGATGTTTTTCTATACAA

Intron 9 GTAAGTAGTG ... CTGTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.41	106.5	3	15
A2	12.24	79.4	11	11.4
A3	11.2	111.9	8	15.4
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>TRINITY_DN129419_c2_g1_i15 from sample A1 / Example spliced isoform

GCAGCACTATAACTAGTAATTTTACAAAATAGGTTTGCTATAAAAAAAACCTTATTTTTGTGAAGACGGGGGACACTTGAACCCACGATATTCATTCTATATCTGCTCTGCTATAGCAGCACTATAACTAGTAATTTTTTCTCATATCTGTCCCGGTTTTCTTTCGTATTTTCTTAGTTGCGCGCCTCGGATTAATTGTT
TCCCAAGGAGCTTAATGTAACAGAGAGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGGGGTTCTTTCCTCTTCGTCCGGCCTTGGATATTCTATGTTGTTGGGTTCCATGGCCTTCGAAGAGCACAGAAGATTGCAAATTTGATCACAAAACATCTAGAAATACCGGCTACAGCAGAAGAAATACAACACAAATATCCACAGCAGAGG
CTACTTTTTTCCAAGCTCTGCTCGTCCACGTCACTATCTGATATGGCCCCACCGGAGGAAACACAGCAACTTAATGGTGCCAAGGAAGAAGACCAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGGAAAAGGCCAGGGAAAAGGAGCTAAAAAAACTCAAAGCAGCACAGAAAGCTGAAGCAGCAAAAGCACAGGCTGAAAAGGGATC
ACAGCCATCAAAGAAAGCTGAGCAAAAAGCAGCAAAGAAGGCTGCGGCAGATGAAAATCAAGAAGAGTATCAAGATCCCCCAACTCCTCTTGGTGAGAAGAAAAGGCTTGCTCCAGAAATGGCCAAAGCATACAATCCAAGTGCTGTGGAAGCTGCATGGTATCAATGGTGGGAAAAGTCTGGCTTCTTTGTAGCCGATG
CTAACAGCAAAAAGCCTCCATTTATAATTGTATTGCCACCACCAAATGTTACAGGTGCACTACACATTGGGCATGGTCTTACGTGTTCTATTGAGGATACTATCATCAGGTGGCGTAGAATGAGTGGTTACAATGCTCTTTGGGTGCCTGGAGTGGACCATGCTGGTATAGCAACGCAGGTGGTGGTTGAAAAGAAACTG
ATGCGTGAAAGAGGATTAACAAGGCACGATCTTGGACGTGAGCAATTTACAGCTGAGGTGTGGAAGTGGAAAGACGAATCTGGAGGACAAATTTTGAATCAGTTACGTCGTCTGGGTGCCTCACTTGATTGGTCTCGAGAGTGCTTCACTATGGATGATAAAAGATCTAAAGCCGTAACTGAGACCTTTGTTCGACTGTA
TAAAGAAGGCCTTATTTACAGGTATGCCCTTAATTATCTATTTATTCATTTATGTCTTTTAGAGAGCAGATAATTACATTTACATTGTGGTTGTTGAGTCAAAGGTTAATTTCACTCTTGGCAACGTTGCCGATTCCTGAACAATTACTTACAAAACCGAGTCGATGTTGAAGAACATAAATGCCACCCATTTCTGTTGA
TGTCATTATCACATGTTCCTGTGGTTAAGCTCTTCTTGTCATTCTTCCTTTTCAGTTTGATTCAAATATGTTCAGTTTCTGTTTGATATAGGTCTCAAAATCAGTTGTTTCCTTTCTCCCTGAAATATCATGCATGTTAAACTTGTCAATCAACAAAATGACAAAATGTGAATCCAGAATGCTTTTTGCAGCATGTTCAA
GTGTGAGGGTGAGTGTAATAAATCCCACATTGGCAACAATTTTGAGAGAAAGTTGGTTTTCAACCTGATGCACCAAAAGCTTTGCCATCCATAAGCTGGCTTTGGGGTGGAAGTCTTTTGGTTGTTGTGATAGCATCTTCCCTTTCTTTGGTACTAACATTACCTACAGATGCTTGTGTGCTTTGTGGGTCCCATTCCCT
GTAGTGTGCTCCTTGGCACTATGCCAATTAAATCCTACATAACAGCCAAGTTGGAATTTATA

>TRINITY_DN129419_c2_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGACATGGGTTGTCACATGTTCAAGCAAAATATTTGAACCTTTTTGAAATTAAAAGTGGACAAGATTGACCTATTGCCGCTGTTTTCTGCTGTCTTATGGTAGGTCTTTTTTTGTTTGATTAATTGCTGCAACTATTTGCTTTAACTTGCCTTCTGTTGCTGTCAAATTTGCAGGTGGTGGTTGAAAAGAAACTGATGC
GTGAAAGAGGATTAACAAGGCACGATCTTGGACGTGAGCAATTTACAGCTGAGgtaagtagtgtaacaccaagaatttgtttcgacatttagttgaatggtgatgatatgtcgccgatgtcggagatggttgaacagaaacaataactggaaagaactaatacgaggtcaaggatctggtcgattggtacatccttatct
aatgactttcgacctataatcttaggctgtttgaggtgttttcagctgattgtttattctgtttgtagGTGTGGAAGTGGAAAGACGAATCTGGAGGACAAATTTTGAATCAGTTACGTCGTCTGGGTGCCTCACTTGATTGGTCTCGAGAGGTTAGGAATTTCTATTGTACTGGTAACTGTAATGTTGCAAGCTGGAAA
TGATGCATAACAATAGAATGATTTTACATCGTAGATTTAATATAAAATGTACTCTACATATGCACGCACATTTTCTAAATGAGTCATGAATGCAGTGCTTCACTATGGATGATAAAAGATCTAAAGCCGTAACTGAGACCTTTGTTCGACTGTATAAAGAAGGCCTTATTTACAGGTATGCCCTTAATTATCTATTTATT
CATTTATGTCTTTTAGAGAGCAGATAATTACATTTACATTGTGGTTGTTGAGTCAAAGGTTAATTTCACTCTTGGCAACGTTGCCGATTCCTGAACAATTACTTACAAAACCGAGTCGATGTTGAAGAACATAAATGCCACCCATTTCTGTTGATGTCATTATCACATGTTCCTGTGGTTAAGCTCTTCTTGTCATTCTT
CCTTTTCAGTTTGATTCAAATATGTTCAGTTTCTGTTTGATATAGGTCTCAAAATCAGTTGTTTCCTTTCTCCCTGAAATATCATGCATGTTAAACTTGTCAATCAACAAAATGACAAAATGTGAATCCAGAATGCTTTTTGCAGCATGTTCAAGTGTGAGGGTGAGTGTAATAAATCCCACATTGGCAACAATTTTGAG
AGAAAGTTGGTTTTCAACCTGATGCACCAAAAGCTTTGCCATCCATAAGCTGGCTTTGGGGTGGAAGTCTTTTGGTTGTTGTGATAGCATCTTCCCTTTCTTTGGTACTAACATTACCTACAGATGCTTGTGTGCTTTGTGGGTCCCATTCCCTGTAGTGTGCTCCTTGGCACTATGCCAATTAAATCCTACATAACAGC
CAAGTTGGAATTTATA

Intron 10 GCAAGTGATA ... CTTGAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.94	41	113	53
A2	66.67	35	86	54
A3	73.83	28	93	65
A4	64.4	34	78	45
A5	71.43	12	43	17
A6	63.78	23	43	38
A7	69.41	39	100	77
A8	79.49	12	53	40
A9	74.86	22	76	55
A10	73	32	102	71

>TRINITY_DN44147_c1_g2_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GATCATCGACTTGTGAATTGGGATTGTATCCTAAGAACGGCCATCTCTGATATTGAAGTGGACTACGTTGATATCAAAGCACGAACGCTACTCAAAGTGCCTGGGTATAAATCCCCAGTGGAGTTTGGTGTTCTAACATCTTTTGCTTATCCTTTAGAGGAGGATTTGGGGGAGATCGTTGTGGCAACAACAAGGCCTGA
AACAATGCTAGGGGACACTGCAATTGCAGTTCACCCCGAAGATCAGAGATATATGCATTTGCACAATAAGTTTGCCGTTCACCCTTTCAACAGAAGAAAACTTCCTATCATCTGTGATGCAGAGCTTGTTGATCCAAACTTTGGAACTGGTGCTGTTAAGATAACTCCAGCTCATGATCCAAATGATTTTCTTGTGGGGA
AGCGCCACAATTTGGAATTCATTAACATATTTAGTGATGAAGGTATGATTAATGGCAATGGGGGGAAGGATTTTGAAGGATTGAAGCGCTTTGATGCTCGAGTTGCCGTGATTGAAGCTTTGAAAAGCAAGGGTCTTTACAGAGGTGCTGAAAACAATGAGATGCGCCTTGGCACGTGTTCTCGAAGTAACGATATTGTA
GAACCAATGGTAAAGCCACAATGGTTCGTCAACTGCAATGATATGGGAAGAGAAGCCTGTGAAGCTGTGGAAGATGGTAGACTTGAGATTATTCCAAAGCAGTCTGAAGCTGAATGGTTCAGATGGTTGAGGAACATTCGAGATTGGTGTATATCAAGGCAATTATGGTGGGGTCATCGTGTTCCAGCATGGTATGTCAG
ATTGGAGGATGACGACCTTAAAGAGTTTGGGGTATATGCTGATCACTGGGTAGTTGGAAGAAATGAGGCAGAAGCTCTGACTGAGGACATGATATTCTTTTTTTTTGGGTAGCTCGCATGGTAATGCTAGGAATGCGGCTTACAGGAGAAGTTCCTTTTAAGCAGGTTTATTTGCATCCAATGGTACGTGATGCACATGG
TCGTAAAATGTCCAAGTCGTTAGGCAATGTGATTGATCCTTTGGAAATTATAAATGGTATAACGCTGGAGGGTCTGCATAAAAGGCTGGACCAGGGTAATTTAGATAGAAATGAACTTGACATTGCAAAAGCAGGACAAGTGAAAGACTTCCCAAATGGCATAGCAGAGTGTGGGACAGATGCCCTTCGTTTTTCTCTTG
TCGCCTACACTGCTCAGTCAGATAAAATAAATTTGGATATCCAGCGGGTAGTTGGTTATAGATATTGGTGTAATAAATTATGGAATGCTACCCGCTTTGCTATGCTCAACTTGGGAAAAGATTTTGTGCCTTCTGAGAATTTGCATGTGAAATCTCTGCCATGTGGCTGCAAGTGGATACTTTCTGTTCTAAATAAAGCT
ATCTCAAAGACTGTCACAGGCATGGAAGTATACGACTTCTCCAGTGCGACCAGTGCAGTTTACTCTTGGTGGCAATATCAATTATGTGATGTTTTCATTGAGATAATCAAGCCAGTCATGATGGCAGATGATAATAATTCAACATCTGCATCAATAAAACGTGTTACAAGGGATACATTATGGATATGCCTGGACAACGG
ATTGCGGTTATTGCATCCATTCATGCCCTTTGTTACTGAGGAGTTGTGGCAACGCTTACCGCAAAGACGAGGGGATACTTCAAGGAAAGAGTCAATTATGATTTCTGATTATCCTACGGTTGTGGAGGAGTGGACAGATGATGAAATTGAATCCCAGATGGTTCTTATTGAATCATCAGTGAGGTCAATAAGATCTCTTC
GTATGGCTTATTTATTACTTCCAAAGCAAAGGCCCGAGGCTTTCCTTCTATGCAAAACAGATGAAGTGGCCACAGTAGTTGAAAAGGGTGCTACAGAGATTTGCACCCTTGCCTCCTTAGCATCACTGAAGGTACTGCGAGAGAGTGATGTGCCCCCTGTTGGCTGTGCGGTGAATATTGTGAATGAGCATCTATCTGTA
TACTTGTTACTTCGAGGCATTGTAGATGCAGAGCTCGAACTTTCAAAACTGGAAAAAAAGAAAGAAGAACTTATCCGGCAACATGAAGCAGTGACAAAGAAAATGAACCTTCCTGGGTATATAGACAAAGTACCAGCCAATATACAAGAAGAAAATCTTTCTAAGTTGAATAAACTTATGGCTGAACTGAACATCGTTGA
AGAGGCAAATGAGAATTTTGAAAAACTTTTGGCAGATAGCAAATGAGTTGAATTGCTGTTTGTTATCACTATTGATTTTCAATGAATGATATATCACAGTTTGTCACTGTAAAATGTTATGCGCATTCGTTTATTCAGAAAATTGAAAGAATTCTTGTCTCATGCTTGGCAAGAAACAAAATTCCATTCTTGGTATGTCA
GTTAATATTTTATTATTTCTGCTTTGGTGCTGTCTCAAGTAGACATTTAAATGAAATCTATATCAGCTTTGCCGACATTTCTCAATTTCTGTCGTAAGTCGATCGATCCTTCAGTCACTCTAGCTCTTAAAACACATCTTTCTGAATGTAGAGAATTTGTTGATGCAAGAATAAAAAATGATATGTTGCATTATGCGAAC
AGCTCTACACAAAAAATGAATTTCACAGGTTATAGTGTTCCGCAAGAGATAAAAGAACTGGCAGGATATGATATTTTCCCTTGTGGTTTCTCTAGTTGTATAACAGTTTTATAAAAATGTATTGGGTTTATATGCTGGCGTGCTTAAATTCTACCACAAAGACATCGGCATATTCCCTTGATGGTTTTCCAATTTTGTGG
ACAGAAATAGTTGACTATGCAACATTTTAAATATCAGTAAGATGCTTACTCTGTATTTCAAATATCTTTAAAAGATGCACAAGTCTTGCCCAACCGTGATGTTTTTCTATACAAGAGTGATTGGTTCGACTTGTTAATGTTCTTGCACTACA

>TRINITY_DN44147_c1_g2_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GGGACACTTGAACCCACGATATTCATTCTATATCTGCTCTGCTATAGCAGCACTATAACTAGTAATTTTTTCTCATATCTGTCCCGGTTTTCTTTCGTATTTTCTTAGTTGCGCGCCTCGGATTAATTGTTTCCCAAGGAGCTTAATGTAACAGAGAGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGGGGTTCTTTCCTCTTCGTCC
GGCCTTGGATATTCTATGTTGTTGGGTTCCATGGCCTTCGAAGAGCACAGAAGATTGCAAATTTGATCACAAAACATCTAGAAATACCGGCTACAGCAGAAGAAATACAACACAAATATCCACAGCAGAGGCTACTTTTTTCCAAGCTCTGCTCGTCCACGTCACTATCTGATATGGCCCCACCGGAGGAAACACAGCAA
CTTAATGGTGCCAAGGAAGAAGACCAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGGAAAAGGCCAGGGAAAAGGAGCTAAAAAAACTCAAAGCAGCACAGAAAGCTGAAGCAGCAAAAGCACAGGCTGAAAAGGGATCACAGCCATCAAAGAAAGCTGAGCAAAAAGCAGCAAAGAAGGCTGCGGCAGATGAAAATCAAGAAGAGTA
TCAAGATCCCCCAACTCCTCTTGGTGAGAAGAAAAGGCTTGCTCCAGAAATGGCCAAAGCATACAATCCAAGTGCTGTGGAAGCTGCATGGTATCAATGGTGGGAAAAGTCTGGCTTCTTTGTAGCCGATGCTAACAGCAAAAAGCCTCCATTTATAATTGTATTGCCACCACCAAATGTTACAGGTGCACTACACATTG
GGCATGGTCTTACGTGTTCTATTGAGGATACTATCATCAGGTGGCGTAGAATGAGTGGTTACAATGCTCTTTGGGTGCCTGGAGTGGACCATGCTGGTATAGCAACGCAGGTGGTGGTTGAAAAGAAACTGATGCGTGAAAGAGGATTAACAAGGCACGATCTTGGACGTGAGCAATTTACAGCTGAGGTGTGGAAGTGG
AAAGACGAATCTGGAGGACAAATTTTGAATCAGTTACGTCGTCTGGGTGCCTCACTTGATTGGTCTCGAGAGTGCTTCACTATGGATGATAAAAGATCTAAAGCCGTAACTGAGACCTTTGTTCGACTGTATAAAGAAGGCCTTATTTACAGGGATCATCGACTTGTGAATTGGGATTGTATCCTAAGAACGGCCATCTC
TGATATTGAAGTGGACTACGTTGATATCAAAGCACGAACGCTACTCAAAGTGCCTGGGTATAAATCCCCAGTGGAGTTTGGTGTTCTAACATCTTTTGCTTATCCTTTAGAGGAGGATTTGGGGGAGATCGTTGTGGCAACAACAAGGCCTGAAACAATGCTAGGGGACACTGCAATTGCAGTTCACCCCGAAGATCAGA
GATATATGCATTTGCACAATAAGTTTGCCGTTCACCCTTTCAACAGAAGAAAACTTCCTATCATCTGTGATGCAGAGCTTGTTGATCCAAACTTTGGAACTGGTGCTGTTAAGATAACTCCAGCTCATGATCCAAATGATTTTCTTGTGGGGAAGCGCCACAATTTGGAATTCATTAACATATTTAGTGATGAAGGTATG
ATTAATGGCAATGGGGGGAAGGATTTTGAAGGATTGAAGCGCTTTGATGCTCGAGTTGCCGTGATTGAAGCTTTGAAAAGCAAGGGTCTTTACAGAGGTGCTGAAAACAATGAGATGCGCCTTGGCACGTGTTCTCGAAGTAACGATATTGTAGAACCAATGGTAAAGCCACAATGGTTCGTCAACTGCAATGATATGGG
AAGAGAAGCCTGTGAAGCTGTGGAAGATGGTAGACTTGAGATTATTCCAAAGCAGTCTGAAGCTGAATGGTTCAGATGGTTGAGGAACATTCGAGATTGGTGTATATCAAGGCAATTATGGTGGGGTCATCGTGTTCCAGCATGGTATGTCAGATTGGAGGATGACGACCTTAAAGAGTTTGGGGTATATGCTGATCACT
GGGTAGTTGGAAGAAATGAGGCAGAAGCTCTGACTGAGgcaagtgataaatttccaggaaagaaatatcacattgaacaagatccagatgtgctggacacatggttctcatctggtctcttccctttttcagtaatgtgttggcccgaagatactgctgatatgaagaccttttatccaacgtccctgcttgaaacagGA
CATGATATTCTTTTTTTTTGGGTAGCTCGCATGGTAATGCTAGGAATGCGGCTTACAGGAGAAGTTCCTTTTAAGCAGGTTTATTTGCATCCAATGGTACGTGATGCACATGGTCGTAAAATGTCCAAGTCGTTAGGCAATGTGATTGATCCTTTGGAAATTATAAATGGTATAACGCTGGAGGGTCTGCATAAAAGGCT
GGACCAGGGTAATTTAGATAGAAATGAACTTGACATTGCAAAAGCAGGACAAGTGAAAGACTTCCCAAATGGCATAGCAGAGTGTGGGACAGATGCCCTTCGTTTTTCTCTTGTCGCCTACACTGCTCAGTCAGATAAAATAAATTTGGATATCCAGCGGGTAGTTGGTTATAGATATTGGTGTAATAAATTATGGAATG
CTACCCGCTTTGCTATGCTCAACTTGGGAAAAGATTTTGTGCCTTCTGAGAATTTGCATGTGAAATCTCTGCCATGTGGCTGCAAGTGGATACTTTCTGTTCTAAATAAAGCTATCTCAAAGACTGTCACAGGCATGGAAGTATACGACTTCTCCAGTGCGACCAGTGCAGTTTACTCTTGGTGGCAATATCAATTATGT
GATGTTTTCATTGAGATAATCAAGCCAGTCATGATGGCAGATGATAATAATTCAACATCTGCATCAATAAAACGTGTTACAAGGGATACATTATGGATATGCCTGGACAACGGATTGCGGTTATTGCATCCATTCATGCCCTTTGTTACTGAGGAGTTGTGGCAACGCTTACCGCAAAGACGAGGGGATACTTCAAGGAA
AGAGTCAATTATGATTTCTGATTATCCTACGGTTGTGGAGGAGTGGACAGATGATGAAATTGAATCCCAGATGGTTCTTATTGAATCATCAGTGAGGTCAATAAGATCTCTTCGTATGGCTTATTTATTACTTCCAAAGCAAAGGCCCGAGGCTTTCCTTCTATGCAAAACAGATGAAGTGGCCACAGTAGTTGAAAAGG
GTGCTACAGAGATTTGCACCCTTGCCTCCTTAGCATCACTGAAGGTACTGCGAGAGAGTGATGTGCCCCCTGTTGGCTGTGCGGTGAATATTGTGAATGAGCATCTATCTGTATACTTGTTACTTCGAGGCATTGTAGATGCAGAGCTCGAACTTTCAAAACTGGAAAAAAAGAAAGAAGAACTTATCCGGCAACATGAA
GCAGTGACAAAGAAAATGAACCTTCCTGGGTATATAGACAAAGTACCAGCCAATATACAAGAAGAAAATCTTTCTAAGTTGAATAAACTTATGGCTGAACTGAACATCGTTGAAGAGGCAAATGAGAATTTTGAAAAACTTTTGGCAGATAGCAAATGAGTTGAATTGCTGTTTGTTATCACTATTGATTTTCAATGAAT
GATATATCACAGTTTGTCACTGTAAAATGTTATGCGCATTCGTTTATTCAGAAAATTGAAAGAATTCTTGTCTCATGCTTGGCAAGAAACAAAATTCCATTCTTGGTATGTCAGTTAATATTTTATTATTTCTGCTTTGGTGCTGTCTCAAGTAGACATTTAAATGAAATCTATATCAGCTTTGCCGACATTTCTCAATT
TCTGTCGTAAGTCGATCGATCCTTCAGTCACTCTAGCTCTTAAAACACATCTTTCTGAATGTAGAGAATTTGTTGATGCAAGAATAAAAAATGATATGTTGCATTATGCGAACAGCTCTACACAAAAAATGAATTTCACAGGTTATAGTGTTCCGCAAGAGATAAAAGAACTGGCAGGATATGATATTTTCCCTTGTGGT
TTCTCTAGTTGTATAACAGTTTTATAAAAATGTATTGGGTTTATATGCTGGCGTGCTTAAATTCTACCACAAAGACATCGGCATATTCCCTTGATGGTTTTCCAATTTTGTGGACAGAAATAGTTGACTATGCAACATTTTAAATATCAGTAAGATGCTTACTCTGTATTTCAAATATCTTTAAAAGATGCACAAGTCTT
GCCCAACCGTGATGTTTTTCTATACAAGAGTGATTGGTTCGACTTGTTAATGTTCTTGCACTACA

Intron 11 GTAGTACTGT ... TTTCATCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.59	63	24	5
A2	28.26	66	26	8
A3	26.32	112	40	6
A4	28.31	48.1	19	3
A5	20	28	7	1
A6	16.67	10	2	1
A7	23.4	36	11	0
A8	16.67	5	1	0
A9	23.08	30	9	0
A10	22.95	47	14	0

>TRINITY_DN129419_c2_g1_i15 from sample A1 / Example spliced isoform

GCAGCACTATAACTAGTAATTTTACAAAATAGGTTTGCTATAAAAAAAACCTTATTTTTGTGAAGACGGGGGACACTTGAACCCACGATATTCATTCTATATCTGCTCTGCTATAGCAGCACTATAACTAGTAATTTTTTCTCATATCTGTCCCGGTTTTCTTTCGTATTTTCTTAGTTGCGCGCCTCGGATTAATTGTT
TCCCAAGGAGCTTAATGTAACAGAGAGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGGGGTTCTTTCCTCTTCGTCCGGCCTTGGATATTCTATGTTGTTGGGTTCCATGGCCTTCGAAGAGCACAGAAGATTGCAAATTTGATCACAAAACATCTAGAAATACCGGCTACAGCAGAAGAAATACAACACAAATATCCACAGCAGAGG
CTACTTTTTTCCAAGCTCTGCTCGTCCACGTCACTATCTGATATGGCCCCACCGGAGGAAACACAGCAACTTAATGGTGCCAAGGAAGAAGACCAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGGAAAAGGCCAGGGAAAAGGAGCTAAAAAAACTCAAAGCAGCACAGAAAGCTGAAGCAGCAAAAGCACAGGCTGAAAAGGGATC
ACAGCCATCAAAGAAAGCTGAGCAAAAAGCAGCAAAGAAGGCTGCGGCAGATGAAAATCAAGAAGAGTATCAAGATCCCCCAACTCCTCTTGGTGAGAAGAAAAGGCTTGCTCCAGAAATGGCCAAAGCATACAATCCAAGTGCTGTGGAAGCTGCATGGTATCAATGGTGGGAAAAGTCTGGCTTCTTTGTAGCCGATG
CTAACAGCAAAAAGCCTCCATTTATAATTGTATTGCCACCACCAAATGTTACAGGTGCACTACACATTGGGCATGGTCTTACGTGTTCTATTGAGGATACTATCATCAGGTGGCGTAGAATGAGTGGTTACAATGCTCTTTGGGTGCCTGGAGTGGACCATGCTGGTATAGCAACGCAGGTGGTGGTTGAAAAGAAACTG
ATGCGTGAAAGAGGATTAACAAGGCACGATCTTGGACGTGAGCAATTTACAGCTGAGGTGTGGAAGTGGAAAGACGAATCTGGAGGACAAATTTTGAATCAGTTACGTCGTCTGGGTGCCTCACTTGATTGGTCTCGAGAGTGCTTCACTATGGATGATAAAAGATCTAAAGCCGTAACTGAGACCTTTGTTCGACTGTA
TAAAGAAGGCCTTATTTACAGGTATGCCCTTAATTATCTATTTATTCATTTATGTCTTTTAGAGAGCAGATAATTACATTTACATTGTGGTTGTTGAGTCAAAGGTTAATTTCACTCTTGGCAACGTTGCCGATTCCTGAACAATTACTTACAAAACCGAGTCGATGTTGAAGAACATAAATGCCACCCATTTCTGTTGA
TGTCATTATCACATGTTCCTGTGGTTAAGCTCTTCTTGTCATTCTTCCTTTTCAGTTTGATTCAAATATGTTCAGTTTCTGTTTGATATAGGTCTCAAAATCAGTTGTTTCCTTTCTCCCTGAAATATCATGCATGTTAAACTTGTCAATCAACAAAATGACAAAATGTGAATCCAGAATGCTTTTTGCAGCATGTTCAA
GTGTGAGGGTGAGTGTAATAAATCCCACATTGGCAACAATTTTGAGAGAAAGTTGGTTTTCAACCTGATGCACCAAAAGCTTTGCCATCCATAAGCTGGCTTTGGGGTGGAAGTCTTTTGGTTGTTGTGATAGCATCTTCCCTTTCTTTGGTACTAACATTACCTACAGATGCTTGTGTGCTTTGTGGGTCCCATTCCCT
GTAGTGTGCTCCTTGGCACTATGCCAATTAAATCCTACATAACAGCCAAGTTGGAATTTATA

>TRINITY_DN129419_c2_g1_i14 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCAGCACTATAACTAGTAATTTTACAAAATAGGTTTGCTATAAAAAAAACCTTATTTTTGTGAAGACGGGGGACACTTGAACCCACGATATTCATTCTATATCTGCTCTGCTATAGCAGCACTATAACTAGTAATTTTTTCTCATATCTGTCCCGGTTTTCTTTCGTATTTTCTTAGTTGCGCGCCTCGGATTAATTGTT
TCCCAAGGAGCTTAATGTAACAGAGAGGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGGGGTTCTTTCCTCTTCGTCCGGCCTTGGATATTCTATGTTGTTGGGTTCCATGGCCTTCGAAGAGCACAGAAGATTGCAAATTTGATCACAAAACATCTAGAAATACCGGCTACAGCAGAAGAAATACAACACAAATATCCACAGCAGAGG
CTACTTTTTTCCAAGCTCTGCTCGTCCACGTCACTATCTGATATGGCCCCACCGGAGGAAACACAGCAACTTAATGGTGCCAAGGAAGAAGACCAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAGAGGAAAAGGCCAGGGAAAAGGAGCTAAAAAAACTCAAAGCAGCACAGAAAGCTGAAGCAGCAAAAGCACAGGCTGAAAAGGGATC
ACAGCCATCAAAGAAAGCTGAGCAAAAAGCAGCAAAGAAGGCTGCGGCAGATGAAAATCAAGAAGAGTATCAAGATCCCCCAACTCCTCTTGGTGAGAAGAAAAGGCTTGCTCCAGAAATGGCCAAAGCATACAATCCAAGTGCTGTGGAAGCTGCATGGTATCAATGGTGGGAAAAGTCTGGCTTCTTTGTAGCCGATG
CTAACAGCAAAAAGCCTCCATTTATAATTGTATTGCCACCACCAAATGTTACAGGTGCACTACACATTGGGCATGGTCTTACGTGTTCTATTGAGgtagtactgtaattcctttgtttttatatcggccttgtcataacaatttcctctttccactttgtatgccattttctttttcttttcagttttttgtggtaacat
attattttcatctagGATACTATCATCAGGTGGCGTAGAATGAGTGGTTACAATGCTCTTTGGGTGCCTGGAGTGGACCATGCTGGTATAGCAACGCAGGTTTGAGTGTTTGTGAATTCTTCCAGTAAAATTTTATTTTCTCATGGTGCCAATTTGTATAAGCAACACAATATATGCAAAAAGCTTTTATAGAAAGTGGG
GATTAGTGGCTTGTGCTGGTTTTGTTTAATGTTAAGTAGATGTAGTGCACTTTGAT