sp|P56820|EIF3D_ARATH ----> Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D

Intron 1 GTTGGTAATT ... GGGTTTCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.62	73	16	9
A2	19.69	102	26	24
A3	20.27	120	34	27
A4	21.4	90	37	12
A5	20	48	10	14
A6	17.41	102	27	16
A7	19.87	121	39	21
A8	17.07	51	12	9
A9	21.84	161	44	46
A10	20.82	173	49	42

>TRINITY_DN114895_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

CAATCTCCCTTAGCGTTAAACGCTAAACTGCCCTGACCACCCAGGATCGTCCCGATATTCTTCATGTTTATCTTTTCGAATAAAACATTCTAAATTAACAAAATAACCAAAGTGCAATCATGGTTTAATCACATCATCTGCTGCGCGTCTCAAATTTCTCTCTGCATTCAGCCAGGGTTACCTCTAGGCAAGCCGACTGT
AAGTGGGCTATCGTCATCACTAACATCTTCTTTTTCTGCTATCAGCAACTAGCTCATCTCGGAAACAGATATCTGAAAACATGGTTGGAACGAAGCAACCACAATTAAATGTCCCGAATGTTGCAGACAATCCAGATGGCTGGGGGCCTCTGGAGGACCATGTTATGCTAGAAAACCAACTGCAGAATGTGCCTTATGCC
CCTTTCTCTAAAAATGAGCGGCTTGGAAGGGTGGCAGATTGGACCCGCAACTACAATGCTCGGCCCAATGCGAGGGGTGGGCAAGAGAGTAGTGTCTTCGATTTTGTTTTTGATGAGGCAGATGAGGAATCATTTCGTTTGGTGGATGGGAAGCCCCCTCCAAAGCCCAGGTTTGGCCCCAGGTGGAGGTTCCAACAACA
GAGGCAGCTCCCTCAGAGAAAGGATGAAGAAGTTGAGGCCAAAAAGCGGGAAGCTGAGAAGGAGCGCCAGCGCCGGGATCGGTTTTACAATCAAAACAGGAACAATATGCAACGTAGGGAAGCTGCTGTGTTAAAGAGTTCTGTAGATATTCAGCCTGAGTGGACCATGCTCGATCAGATTCCATTCACTACTTTTTCCA
AATTGAGTTTTAGTGTTGGTGAACCGGAGGATCTAGTGATGTGTGGTGCTCTCGAATATTATGATAGGGTATATGATCGAGTTGCACCGAAGAGTGAGAAGCGCCTGGAGCGTTTTAAGAACCGGAACTTCTTCAAGGTAACCACTACTGACGATCCTGTTATCAGGCGACTTGCAAGTGAGGATAAGGCTACTGTATTT
GCCACAGATACAATCCTGGCTACGTTGATGTGCTGTCCACGGTCAGTCTATTCATGGGACATTATAGTCCAGAAGGTGGGCAATAAGCTATTCTTTGACAAGCGAGATGGGTCTCAGTTGGATTTGTTGTCTGTAAATGAGACATCCCAGGAGCCTCTGCCTGAAGCAAAGGAAGATATCAACTCTGCACATTCTTTAAG
TGTTGAGGCAGCATATATCAACCAGAACTTCTCACAGCAGGTCCTGATTAGAGATGGCAATAAGGTGGAGTTTGAGGAGCCTAATCCATTTGCCTCTGAAGGAGAGGAGGTGGCATCTGTTGCTTATCGGTACAGGCGCTGGAAATTGGATGAGGACGTAGCACTGGTTGCAAGATGTGAAGTCCACAGTGTTTTGGATT
TAAGAGGGCAATCACAATTCCTCACTTTAAATGCTTTGAATGAATTTGATCCAAAGTATTCTGGAGTTGATTGGCGCCAGAAACTAGAAACTCAACGAGGTGCTGTTTTAGCTACTGAGCTCAAGAACAACGCAAACAAACTTGCAAAATGGACAGCGCAAGCCCTTCTTGCAAGTGCAGATGTCATGAAGCTGGGTTAT
GTGTCGCGAATTCACCCTCGCGATCACTTCAACCATGTTATTTTGAGTGTTCAGGGATACAAGCCCAAGGAATTTGCCATGCAGATTAATTTGAACACTTCCAATATGTGGGGTATTGTGAAATCGATTGTTGATCTCTTTCTAAAACTAAATGAAGGAAAATATGTACTTGTTAAAGATCCTTCAAAGCCTCAGGTGAG
AATATATGAGGTTCCTCCTGATGCATTTGAGAATGATTATGTGGAGGAACCTCTTCCCGAGGAAGAGCAGGTGCCCCCTCCAGCAGAGGAAGAAACTGCTGCTAAGCCAGATGAAGAGAAGGATGTTGATGCAGATGTGTAGGTGAGAGTCCATTGGGCACGGTGGTTTTATTTTAAGATGGTCTTGAGGTTTTGTTTTT
GCTTGACATGTCATCAGTGGTATAAGTGTTTAAGGTAGTAATTAACAGGATGCTCATGTGGTCTCTTAGTTAGTACCTGTCCTCGTTGATGGCACTAAGACAAAAAAAATGCAAGCTTAAACTGCAAAAACATTTAACATACTATATGCTATTTTGCTGCAAGGTTAATGCCAGCCACTTTTGTGAATGCATTTAGACTG
CGATGTTGTTTTCTTATATGGACAGACCTAGTTTAAGGGATTGTAACTTTTTGTTTAAGCCAATAGCAGACTACATTTCTGGGAGCGCCCTTTGCTGCAGGAATTTTATCACTAGATTTTCTTTGTGGCATGCCTTTCATGCCTTTGGAAATCACAGGTACCAGTTCCAATTTATTCCCTTCATTGGACCTTGGGCACTT
ACTGGGATTCTATATGCAATAGTTGTAATGCTTTCAAACCTTGGGCACTTACTGGGATTCTATATGCAATAGTTGTAATGCTTTCAATTTATGCTCATCACATAGTGACATTGGCTAGCTTGTTTGTGATGCAGTCCTTCTCATTCTGTACTTTGGGATATTTTTCTTTACATCCATTGCTGTGTCAGATTTCTGAAAAC
CCCATATCCAGTTTGTCACACAGCCATTTACAACATCCAGCAACAATTTTTGAACTTGCAATAGCTGTTGTCGTAGGAAGCTTTGGTGCTGACTTAGAGCAAGCCATATTGGCAAAACAATGGGACCTTCAATTGAGGTACTAGTCTTACTGTTATTACTTTAGTCTATGCCGTTCTTGCTTTGAAGAAAAAGTGGTTTG
GATAAGTTGTAATTCAAATCTTGTAAGCTTTGTAGCAGTTTGATTAATTGATTCAGTGGGTGGTGGAGGTATTAACTTAGTAACAGATGCTTATGGATTAGTTTTTGTGATAATGATATGTTGATAAGATATTTCATAGTTGTACTGTATTTCACGATCCATAATCTAATGAGGTTTGTCAATGAGGATCACGATTTACA
TAAGATAGGTAAATCACGC

>TRINITY_DN114895_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CAATCTCCCTTAGCGTTAAACGCTAAACTGCCCTGACCACCCAGGATCGTCCCGATATTCTTCATGTTTATCTTTTCGAATAAAACATTCTAAATTAACAAAATAACCAAAGTGCAATCATGGTTTAATCACATCATCTGCTGCGCGTCTCAAATTTCTCTCTGCATTCAGCCAGGGTTACCTCTAGGCAAGCCGACTGT
AAGTGGGCTATCGTCATCACTAACATCTTCTTTTTCTGCTATCAGCAACTAGCTCATCTCGGAAACAGgttggtaattttatgtacttgttttcttcgggtttgcaaagttacagacaaagggtttcgctaatagtacttgcctgcaaaccaaggttttacaatttgggtgttctatgcatatagggttttgatacttag
gggttctatacacctggacaccttaatcgacagctagggtttcaagATATCTGAAAACATGGTTGGAACGAAGCAACCACAATTAAATGTCCCGAATGTTGCAGACAATCCAGATGGCTGGGGGCCTCTGGAGGACCATGTTATGCTAGAAAACCAACTGCAGAATGTGCCTTATGCCCCTTTCTCTAAAAATGAGCGGC
TTGGAAGGGTGGCAGATTGGACCCGCAACTACAATGCTCGGCCCAATGCGAGGGGTGGGCAAGAGAGTAGTGTCTTCGATTTTGTTTTTGATGAGGCAGATGAGGAATCATTTCGTTTGGTGGATGGGAAGCCCCCTCCAAAGCCCAGGTTTGGCCCCAGGTGGAGGTTCCAACAACAGAGGCAGCTCCCTCAGAGAAAG
GATGAAGAAGTTGAGGCCAAAAAGCGGGAAGCTGAGAAGGAGCGCCAGCGCCGGGATCGGTTTTACAATCAAAACAGGAACAATATGCAACGTAGGGAAGCTGCTGTGTTAAAGAGTTCTGTAGATATTCAGCCTGAGTGGACCATGCTCGATCAGATTCCATTCACTACTTTTTCCAAATTGAGTTTTAGTGTTGGTGA
ACCGGAGGATCTAGTGATGTGTGGTGCTCTCGAATATTATGATAGGGTATATGATCGAGTTGCACCGAAGAGTGAGAAGCGCCTGGAGCGTTTTAAGAACCGGAACTTCTTCAAGGTAACCACTACTGACGATCCTGTTATCAGGCGACTTGCAAGTGAGGATAAGGCTACTGTATTTGCCACAGATACAATCCTGGCTA
CGTTGATGTGCTGTCCACGGTCAGTCTATTCATGGGACATTATAGTCCAGAAGGTGGGCAATAAGCTATTCTTTGACAAGCGAGATGGGTCTCAGTTGGATTTGTTGTCTGTAAATGAGACATCCCAGGAGCCTCTGCCTGAAGCAAAGGAAGATATCAACTCTGCACATTCTTTAAGTGTTGAGGCAGCATATATCAAC
CAGAACTTCTCACAGCAGGTCCTGATTAGAGATGGCAATAAGGTGGAGTTTGAGGAGCCTAATCCATTTGCCTCTGAAGGAGAGGAGGTGGCATCTGTTGCTTATCGGTACAGGCGCTGGAAATTGGATGAGGACGTAGCACTGGTTGCAAGATGTGAAGTCCACAGTGTTTTGGATTTAAGAGGGCAATCACAATTCCT
CACTTTAAATGCTTTGAATGAATTTGATCCAAAGTATTCTGGAGTTGATTGGCGCCAGAAACTAGAAACTCAACGAGGTGCTGTTTTAGCTACTGAGCTCAAGAACAACGCAAACAAACTTGCAAAATGGACAGCGCAAGCCCTTCTTGCAAGTGCAGATGTCATGAAGCTGGGTTATGTGTCGCGAATTCACCCTCGCG
ATCACTTCAACCATGTTATTTTGAGTGTTCAGGGATACAAGCCCAAGGAATTTGCCATGCAGATTAATTTGAACACTTCCAATATGTGGGGTATTGTGAAATCGATTGTTGATCTCTTTCTAAAACTAAATGAAGGAAAATATGTACTTGTTAAAGATCCTTCAAAGCCTCAGGTGAGAATATATGAGGTTCCTCCTGAT
GCATTTGAGAATGATTATGTGGAGGAACCTCTTCCCGAGGAAGAGCAGGTGCCCCCTCCAGCAGAGGAAGAAACTGCTGCTAAGCCAGATGAAGAGAAGGATGTTGATGCAGATGTGTAGGTGAGAGTCCATTGGGCACGGTGGTTTTATTTTAAGATGGTCTTGAGGTTTTGTTTTTGCTTGACATGTCATCAGTGGTA
TAAGTGTTTAAGGTAGTAATTAACAGGATGCTCATGTGGTCTCTTAGTTAGTACCTGTCCTCGTTGATGGCACTAAGACAAAAAAAATGCAAGCTTAAACTGCAAAAACATTTAACATACTATATGCTATTTTGCTGCAAGGTTAATGCCAGCCACTTTTGTGAATGCATTTAGACTGCGATGTTGTTTTCTTATATGGA
CAGACCTAGTTTAAGGGATTGTAACTTTTTGTTTAAGCCAATAGCAGACTACATTTCTGGGAGCGCCCTTTGCTGCAGGAATTTTATCACTAGATTTTCTTTGTGGCATGCCTTTCATGCCTTTGGAAATCACAGGTACCAGTTCCAATTTATTCCCTTCATTGGACCTTGGGCACTTACTGGGATTCTATATGCAATAG
TTGTAATGCTTTCAAACCTTGGGCACTTACTGGGATTCTATATGCAATAGTTGTAATGCTTTCAATTTATGCTCATCACATAGTGACATTGGCTAGCTTGTTTGTGATGCAGTCCTTCTCATTCTGTACTTTGGGATATTTTTCTTTACATCCATTGCTGTGTCAGATTTCTGAAAACCCCATATCCAGTTTGTCACACA
GCCATTTACAACATCCAGCAACAATTTTTGAACTTGCAATAGCTGTTGTCGTAGGAAGCTTTGGTGCTGACTTAGAGCAAGCCATATTGGCAAAACAATGGGACCTTCAATTGAGGTACTAGTCTTACTGTTATTACTTTAGTCTATGCCGTTCTTGCTTTGAAGAAAAAGTGGTTTGGATAAGTTGTAATTCAAATCTT
GTAAGCTTTGTAGCAGTTTGATTAATTGATTCAGTGGGTGGTGGAGGTATTAACTTAGTAACAGATGCTTATGGATTAGTTTTTGTGATAATGATATGTTGATAAGATATTTCATAGTTGTACTGTATTTCACGATCCATAATCTAATGAGGTTTGTCAATGAGGATCACGATTTACATAAGATAGGTAAATCACGC

Intron 2 GTAGGGTTTG ... TTTTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.9	144	21.3	40
A2	14.35	131.3	22	25
A3	16.74	124.3	25	37
A4	29.61	90.3	38	30.3
A5	3.85	75	3	15.7
A6	7.58	325.3	26.7	66.7
A7	11.97	277	37.7	60.3
A8	12.33	128	18	32
A9	17.93	256.3	56	68.3
A10	11.19	246	31	68

>TRINITY_DN117676_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

TTAGTATTTAAGGTTTTCAAGGTTTTCCTTTTAATATTTTAAGATTTCTACATTGCATTTGTGTTTGGTTTCTTCTGGGTATCGACATTTTCGCTCGTTTAGAGTTCGCTGCATTTTGGATGACCGAGATCTTGGTTATCAGTTTAACATATCTGAAAACATGGTTGGAACAGTGCAACCGCAATTGAGAGTCCCAAATG
TTGCAGACAATCCAGATGGTTGGGGTCCTCCGGAGGGCTTTGTTATGCTAGAAAACCAACTGCAGAATGTGCCTTATGCCCCTTTCTCTAAAAATGAGAGGGTTGGAAGGGTTGCAGATTGGACCCGCAACTATAATGCTCGGCCCAATGCGAGGAGTGGGCAAGAAAGTAGTGTCTTCGATTTTGTTTTCGATGAGGCG
GACGAGGAATCATTTCGTTTGGTGGATGGGAAACCCCCTCCAAAGCCCAGATTTGGCCCCAGATGGAGGTTCCAGCAGCAGAGGCAGCTTCCTCAGAGGAAGGATGAAGAGGTTGAGGCCAAGAAGCGGGAGGCTGAGAAGGATCGCCAACGTCGGGATCGGTTTTACCATCAAAACAGGAACAATATGCAACGCAGGGA
AGCGGCCGTCTTCAAGAGTTCTGTCGATATTCAGCCCGAGTGGACCATGCTCGATCAGATTCCGTTCACCACTTTTTCCAAATTGAGTTACAGTGTTGGTGAACCGGAGGATATAGTGATGTGTGGTGCTCTTGAATATTATGACAGGGTATATGATCGAGTCACACCTAAGAGTGAGAAGCGGCTGGAGCGTTTCAAGA
ACCGGAACTTCTTCAAGGTAACCACTACTGACGATCCTGTTATCAGGCGACTTGCAAGCGAGGATAAGGCCACTGTATTTGCCACAGATGCAATACTGGCTACATTGATGTGTGCTCCAAGGTCAGTCTATTCATGGGACATTGTAGTTCAAAAGGTGGGCAGCAAGTTGTTCTTTGACAAGAGAGATGGCTCTCAGCTG
GATTTGTTGTCTGTAAATGAGACATCTCAGGAGCCTTTGCCAGAGGCAAAAGAAGATATCAACTCTGCACATTCTCTGAGTGTGGAAGCGGCGTATATCAACCAGAACTTCTCACAGCAGGTTTTGATTAGAGATGGCAATAAGGTGGAGTTTGAGGAGCCCAATCCATTTGCTTCAGAGGGAGAGGAGGTAGCATCTGT
TGCCTATCGGTACAGGCGCTGGAAATTGGATGAGGATGTATCCCTGATTGCAAGGTGTGAAGTCCACAGTGTTTTGGATTTAAGGGGCAATACACAATTCTTCACTTTGAATGCTCTGAATGAATTTGATCCAAAGTATTCTGGAGTTGATTGGCGTCAGAAACTGGAAACTCAACGAGGTGCTGTTTTGGCAACTGAGC
TCAAGAACAATGCAAACAAACTTGCAAAATGGACAGCACAAGCTCTTCTTGCAAGTGCAGATGTTATGAAGCTGGGTTACGTGTCGCGAATTCACCCCCGTGATCACTTCAACCATGTTATTTTGAGTGTTCAGGGATACAAGCCGAAGGAATTTGCTATGCAGATTAATTTGAACACTTCCAATATGTGGGGTATTGTG
AAATCTATTGTCGATCTATGTCTTAAATTGAATGAAGGAAAATATGTATTTGTTAAAGATCCTTCAAAGCCTCAGGTGAGAATATACGAGGTTCCTACTGATTCGTTTGAGAACGATTATGTGGAGGAACCACTTCCCGAGGAAGAACAGGTGCCCCCTCCAGCAGAGGAAGAAACTGCTGCTAAGCCAGATGAAGAGAA
GGATGTTGATGTAGATGTGTAGGAGCGAGTCCCTTGGGCACGGTGGTCATTATTTTTAAATTTGCTTTAGGTTTTGTTTTTGCAATACAAGTTTTTAGTTGTGGAAGTCTTAGTTAGGGAATTTAAGGGGACGCTTATGCGATCTCTTATTGGGAAATTAAATGTTGTTTTGCTGCATGGTTAAGGCAGCCACTTTGTGA
ATTCATGTTGACCGTGCTATTGTTCTCTCATTTGGACAGACCTAGTTTAAGGGATCAGAAATTTTGTGTTCAAGCTAATGGCATATTGCTTTTTCTGGGAGTGCTTCTTGCTTCAGAAATTTTATCATTAGATTTTCTTGCGGCACACCTTTGGAATCTACTGGTACCAATTCCATTTATTCGTTTCATTGGGACTCGGG
CTCTAATTAGTCTTTAATATGCAATATTTTGATGTTTTCATATTCACTCTCCTTCACAGGTTTGCATGTTATAGCTGTAATGAAGAATTTGTTGGAGTTGACTGGTTGCAGGCCTTAAACACCTCA

>TRINITY_DN117676_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TTAGTATTTAAGGTTTTCAAGGTTTTCCTTTTAATATTTTAAGATTTCTACATTGCATTTGTGTTTGGTTTCTTCTGGGTATCGACATTTTCGCTCGTTTAGAGTTCGCTGCATTTTGGATGACCGAGATCTAGGTTATCAGTTTAACgtagggtttgtggctttctgtttcactgagatctagggtttcagtttaaact
agggtttgttagtagcactgataaatcttgattagggtttgctggtagcattgataaatctcgttttgtatgtttttttccagATATCTGAAAACATGGTTGGAACAGTGCAACCGCAATTGAGAGTCCCAAATGTTGCAGACAATCCAGATGGTTGGGGTCCTCCGGAGGGCTTTGTTATGCTAGAAAACCAACTGCAG
AATGTGCCTTATGCCCCTTTCTCTAAAAATGAGAGGGTTGGAAGGGTTGCAGATTGGACCCGCAACTATAATGCTCGGCCCAATGCGAGGAGTGGGCAAGAAAGTAGTGTCTTCGATTTTGTTTTCGATGAGGCGGACGAGGAATCATTTCGTTTGGTGGATGGGAAACCCCCTCCAAAGCCCAGATTTGGCCCCAGATG
GAGGTTCCAGCAGCAGAGGCAGCTTCCTCAGAGGAAGGATGAAGAGGTTGAGGCCAAGAAGCGGGAGGCTGAGAAGGATCGCCAACGTCGGGATCGGTTTTACCATCAAAACAGGAACAATATGCAACGCAGGGAAGCGGCCGTCTTCAAGAGTTCTGTCGATATTCAGCCCGAGTGGACCATGCTCGATCAGATTCCGT
TCACCACTTTTTCCAAATTGAGTTACAGTGTTGGTGAACCGGAGGATATAGTGATGTGTGGTGCTCTTGAATATTATGACAGGGTATATGATCGAGTCACACCTAAGAGTGAGAAGCGGCTGGAGCGTTTCAAGAACCGGAACTTCTTCAAGGTAACCACTACTGACGATCCTGTTATCAGGCGACTTGCAAGCGAGGAT
AAGGCCACTGTATTTGCCACAGATGCAATACTGGCTACATTGATGTGTGCTCCAAGGTCAGTCTATTCATGGGACATTGTAGTTCAAAAGGTGGGCAGCAAGTTGTTCTTTGACAAGAGAGATGGCTCTCAGCTGGATTTGTTGTCTGTAAATGAGACATCTCAGGAGCCTTTGCCAGAGGCAAAAGAAGATATCAACTC
TGCACATTCTCTGAGTGTGGAAGCGGCGTATATCAACCAGAACTTCTCACAGCAGGTTTTGATTAGAGATGGCAATAAGGTGGAGTTTGAGGAGCCCAATCCATTTGCTTCAGAGGGAGAGGAGGTAGCATCTGTTGCCTATCGGTACAGGCGCTGGAAATTGGATGAGGATGTATCCCTGATTGCAAGGTGTGAAGTCC
ACAGTGTTTTGGATTTAAGGGGCAATACACAATTCTTCACTTTGAATGCTCTGAATGAATTTGATCCAAAGTATTCTGGAGTTGATTGGCGTCAGAAACTGGAAACTCAACGAGGTGCTGTTTTGGCAACTGAGCTCAAGAACAATGCAAACAAACTTGCAAAATGGACAGCACAAGCTCTTCTTGCAAGTGCAGATGTT
ATGAAGCTGGGTTACGTGTCGCGAATTCACCCCCGTGATCACTTCAACCATGTTATTTTGAGTGTTCAGGGATACAAGCCGAAGGAATTTGCTATGCAGATTAATTTGAACACTTCCAATATGTGGGGTATTGTGAAATCTATTGTCGATCTATGTCTTAAATTGAATGAAGGAAAATATGTATTTGTTAAAGATCCTTC
AAAGCCTCAGGTGAGAATATACGAGGTTCCTACTGATTCGTTTGAGAACGATTATGTGGAGGAACCACTTCCCGAGGAAGAACAGGTGCCCCCTCCAGCAGAGGAAGAAACTGCTGCTAAGCCAGATGAAGAGAAGGATGTTGATGTAGATGTGTAGGAGCGAGTCCCTTGGGCACGGTGGTCATTATTTTTAAATTTGC
TTTAGGTTTTGTTTTTGCAATACAAGTTTTTAGTTGTGGAAGTCTTAGTTAGGGAATTTAAGGGGACGCTTATGCGATCTCTTATTGGGAAATTAAATGTTGTTTTGCTGCATGGTTAAGGCAGCCACTTTGTGAATTCATGTTGACCGTGCTATTGTTCTCTCATTTGGACAGACCTAGTTTAAGGGATCAGAAATTTT
GTGTTCAAGCTAATGGCATATTGCTTTTTCTGGGAGTGCTTCTTGCTTCAGAAATTTTATCATTAGATTTTCTTGCGGCACACCTTTGGAATCTACTGGTACCAATTCCATTTATTCGTTTCATTGGGACTCGGGCTCTAATTAGTCTTTAATATGCAATATTTTGATGTTTTCATATTCACTCTCCTTCACAGGTTTGC
ATGTTATAGCTGTAATGAAGAATTTGTTGGAGTTGACTGGTTGCAGGCCTTAAACACCTCA

Intron 3 GTTGGTAATT ... ATGCATATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	41.03	23	16	3
A2	39.39	40	26	6.5
A3	48.92	35.5	34	4.5
A4	43.53	48	37	7.5
A5	55.56	8	10	2
A6	42.52	36.5	27	0
A7	42.86	52	39	1.5
A8	48	13	12	0
A9	46.81	50	44	2.5
A10	43.17	64.5	49	1.5

>TRINITY_DN114895_c0_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoform

CAATCTCCCTTAGCGTTAAACGCTAAACTGCCCTGACCACCCAGGATCGTCCCGATATTCTTCATGTTTATCTTTTCGAATAAAACATTCTAAATTAACAAAATAACCAAAGTGCAATCATGGTTTAATCACATCATCTGCTGCGCGTCTCAAATTTCTCTCTGCATTCAGCCAGGGTTACCTCTAGGCAAGCCGACTGT
AAGTGGGCTATCGTCATCACTAACATCTTCTTTTTCTGCTATCAGCAACTAGCTCATCTCGGAAACAGGGTTTTGATACTTAGGGGTTCTATACACCTGGACACCTTAATCGACAGCTAGGGTTTCAAGATATCTGAAAACATGGTTGGAACGAAGCAACCACAATTAAATGTCCCGAATGTTGCAGACAATCCAGATGG
CTGGGGGCCTCTGGAGGACCATGTTATGCTAGAAAACCAACTGCAGAATGTGCCTTATGCCCCTTTCTCTAAAAATGAGCGGCTTGGAAGGGTGGCAGATTGGACCCGCAACTACAATGCTCGGCCCAATGCGAGGGGTGGGCAAGAGAGTAGTGTCTTCGATTTTGTTTTTGATGAGGCAGATGAGGAATCATTTCGTT
TGGTGGATGGGAAGCCCCCTCCAAAGCCCAGGTTTGGCCCCAGGTGGAGGTTCCAACAACAGAGGCAGCTCCCTCAGAGAAAGGATGAAGAAGTTGAGGCCAAAAAGCGGGAAGCTGAGAAGGAGCGCCAGCGCCGGGATCGGTTTTACAATCAAAACAGGAACAATATGCAACGTAGGGAAGCTGCTGTGTTAAAGAGT
TCTGTAGATATTCAGCCTGAGTGGACCATGCTCGATCAGATTCCATTCACTACTTTTTCCAAATTGAGTTTTAGTGTTGGTGAACCGGAGGATCTAGTGATGTGTGGTGCTCTCGAATATTATGATAGGGTATATGATCGAGTTGCACCGAAGAGTGAGAAGCGCCTGGAGCGTTTTAAGAACCGGAACTTCTTCAAGGT
AACCACTACTGACGATCCTGTTATCAGGCGACTTGCAAGTGAGGATAAGGCTACTGTATTTGCCACAGATACAATCCTGGCTACGTTGATGTGCTGTCCACGGTCAGTCTATTCATGGGACATTATAGTCCAGAAGGTGGGCAATAAGCTATTCTTTGACAAGCGAGATGGGTCTCAGTTGGATTTGTTGTCTGTAAATG
AGACATCCCAGGAGCCTCTGCCTGAAGCAAAGGAAGATATCAACTCTGCACATTCTTTAAGTGTTGAGGCAGCATATATCAACCAGAACTTCTCACAGCAGGTCCTGATTAGAGATGGCAATAAGGTGGAGTTTGAGGAGCCTAATCCATTTGCCTCTGAAGGAGAGGAGGTGGCATCTGTTGCTTATCGGTACAGGCGC
TGGAAATTGGATGAGGACGTAGCACTGGTTGCAAGATGTGAAGTCCACAGTGTTTTGGATTTAAGAGGGCAATCACAATTCCTCACTTTAAATGCTTTGAATGAATTTGATCCAAAGTATTCTGGAGTTGATTGGCGCCAGAAACTAGAAACTCAACGAGGTGCTGTTTTAGCTACTGAGCTCAAGAACAACGCAAACAA
ACTTGCAAAATGGACAGCGCAAGCCCTTCTTGCAAGTGCAGATGTCATGAAGCTGGGTTATGTGTCGCGAATTCACCCTCGCGATCACTTCAACCATGTTATTTTGAGTGTTCAGGGATACAAGCCCAAGGAATTTGCCATGCAGATTAATTTGAACACTTCCAATATGTGGGGTATTGTGAAATCGATTGTTGATCTCT
TTCTAAAACTAAATGAAGGAAAATATGTACTTGTTAAAGATCCTTCAAAGCCTCAGGTGAGAATATATGAGGTTCCTCCTGATGCATTTGAGAATGATTATGTGGAGGAACCTCTTCCCGAGGAAGAGCAGGTGCCCCCTCCAGCAGAGGAAGAAACTGCTGCTAAGCCAGATGAAGAGAAGGATGTTGATGCAGATGTG
TAGGTGAGAGTCCATTGGGCACGGTGGTTTTATTTTAAGATGGTCTTGAGGTTTTGTTTTTGCTTGACATGTCATCAGTGGTATAAGTGTTTAAGGTAGTAATTAACAGGATGCTCATGTGGTCTCTTAGTTAGTACCTGTCCTCGTTGATGGCACTAAGACAAAAAAAATGCAAGCTTAAACTGCAAAAACATTTAACA
TACTATATGCTATTTTGCTGCAAGGTTAATGCCAGCCACTTTTGTGAATGCATTTAGACTGCGATGTTGTTTTCTTATATGGACAGACCTAGTTTAAGGGATTGTAACTTTTTGTTTAAGCCAATAGCAGACTACATTTCTGGGAGCGCCCTTTGCTGCAGGAATTTTATCACTAGATTTTCTTTGTGGCATGCCTTTCA
TGCCTTTGGAAATCACAGGTACCAGTTCCAATTTATTCCCTTCATTGGACCTTGGGCACTTACTGGGATTCTATATGCAATAGTTGTAATGCTTTCAAACCTTGGGCACTTACTGGGATTCTATATGCAATAGTTGTAATGCTTTCAATTTATGCTCATCACATAGTGACATTGGCTAGCTTGTTTGTGATGCAGTCCTT
CTCATTCTGTACTTTGGGATATTTTTCTTTACATCCATTGCTGTGTCAGATTTCTGAAAACCCCATATCCAGTTTGTCACACAGCCATTTACAACATCCAGCAACAATTTTTGAACTTGCAATAGCTGTTGTCGTAGGAAGCTTTGGTGCTGACTTAGAGCAAGCCATATTGGCAAAACAATGGGACCTTCAATTGAGGT
ACTAGTCTTACTGTTATTACTTTAGTCTATGCCGTTCTTGCTTTGAAGAAAAAGTGGTTTGGATAAGTTGTAATTCAAATCTTGTAAGCTTTGTAGCAGTTTGATTAATTGATTCAGTGGGTGGTGGAGGTATTAACTTAGTAACAGATGCTTATGGATTAGTTTTTGTGATAATGATATGTTGATAAGATATTTCATAG
TTGTACTGTATTTCACGATCCATAATCTAATGAGGTTTGTCAATGAGGATCACGATTTACATAAGATAGGTAAATCACGC

>TRINITY_DN114895_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CAATCTCCCTTAGCGTTAAACGCTAAACTGCCCTGACCACCCAGGATCGTCCCGATATTCTTCATGTTTATCTTTTCGAATAAAACATTCTAAATTAACAAAATAACCAAAGTGCAATCATGGTTTAATCACATCATCTGCTGCGCGTCTCAAATTTCTCTCTGCATTCAGCCAGGGTTACCTCTAGGCAAGCCGACTGT
AAGTGGGCTATCGTCATCACTAACATCTTCTTTTTCTGCTATCAGCAACTAGCTCATCTCGGAAACAGgttggtaattttatgtacttgttttcttcgggtttgcaaagttacagacaaagggtttcgctaatagtacttgcctgcaaaccaaggttttacaatttgggtgttctatgcatatagGGTTTTGATACTTAG
GGGTTCTATACACCTGGACACCTTAATCGACAGCTAGGGTTTCAAGATATCTGAAAACATGGTTGGAACGAAGCAACCACAATTAAATGTCCCGAATGTTGCAGACAATCCAGATGGCTGGGGGCCTCTGGAGGACCATGTTATGCTAGAAAACCAACTGCAGAATGTGCCTTATGCCCCTTTCTCTAAAAATGAGCGGC
TTGGAAGGGTGGCAGATTGGACCCGCAACTACAATGCTCGGCCCAATGCGAGGGGTGGGCAAGAGAGTAGTGTCTTCGATTTTGTTTTTGATGAGGCAGATGAGGAATCATTTCGTTTGGTGGATGGGAAGCCCCCTCCAAAGCCCAGGTTTGGCCCCAGGTGGAGGTTCCAACAACAGAGGCAGCTCCCTCAGAGAAAG
GATGAAGAAGTTGAGGCCAAAAAGCGGGAAGCTGAGAAGGAGCGCCAGCGCCGGGATCGGTTTTACAATCAAAACAGGAACAATATGCAACGTAGGGAAGCTGCTGTGTTAAAGAGTTCTGTAGATATTCAGCCTGAGTGGACCATGCTCGATCAGATTCCATTCACTACTTTTTCCAAATTGAGTTTTAGTGTTGGTGA
ACCGGAGGATCTAGTGATGTGTGGTGCTCTCGAATATTATGATAGGGTATATGATCGAGTTGCACCGAAGAGTGAGAAGCGCCTGGAGCGTTTTAAGAACCGGAACTTCTTCAAGGTAACCACTACTGACGATCCTGTTATCAGGCGACTTGCAAGTGAGGATAAGGCTACTGTATTTGCCACAGATACAATCCTGGCTA
CGTTGATGTGCTGTCCACGGTCAGTCTATTCATGGGACATTATAGTCCAGAAGGTGGGCAATAAGCTATTCTTTGACAAGCGAGATGGGTCTCAGTTGGATTTGTTGTCTGTAAATGAGACATCCCAGGAGCCTCTGCCTGAAGCAAAGGAAGATATCAACTCTGCACATTCTTTAAGTGTTGAGGCAGCATATATCAAC
CAGAACTTCTCACAGCAGGTCCTGATTAGAGATGGCAATAAGGTGGAGTTTGAGGAGCCTAATCCATTTGCCTCTGAAGGAGAGGAGGTGGCATCTGTTGCTTATCGGTACAGGCGCTGGAAATTGGATGAGGACGTAGCACTGGTTGCAAGATGTGAAGTCCACAGTGTTTTGGATTTAAGAGGGCAATCACAATTCCT
CACTTTAAATGCTTTGAATGAATTTGATCCAAAGTATTCTGGAGTTGATTGGCGCCAGAAACTAGAAACTCAACGAGGTGCTGTTTTAGCTACTGAGCTCAAGAACAACGCAAACAAACTTGCAAAATGGACAGCGCAAGCCCTTCTTGCAAGTGCAGATGTCATGAAGCTGGGTTATGTGTCGCGAATTCACCCTCGCG
ATCACTTCAACCATGTTATTTTGAGTGTTCAGGGATACAAGCCCAAGGAATTTGCCATGCAGATTAATTTGAACACTTCCAATATGTGGGGTATTGTGAAATCGATTGTTGATCTCTTTCTAAAACTAAATGAAGGAAAATATGTACTTGTTAAAGATCCTTCAAAGCCTCAGGTGAGAATATATGAGGTTCCTCCTGAT
GCATTTGAGAATGATTATGTGGAGGAACCTCTTCCCGAGGAAGAGCAGGTGCCCCCTCCAGCAGAGGAAGAAACTGCTGCTAAGCCAGATGAAGAGAAGGATGTTGATGCAGATGTGTAGGTGAGAGTCCATTGGGCACGGTGGTTTTATTTTAAGATGGTCTTGAGGTTTTGTTTTTGCTTGACATGTCATCAGTGGTA
TAAGTGTTTAAGGTAGTAATTAACAGGATGCTCATGTGGTCTCTTAGTTAGTACCTGTCCTCGTTGATGGCACTAAGACAAAAAAAATGCAAGCTTAAACTGCAAAAACATTTAACATACTATATGCTATTTTGCTGCAAGGTTAATGCCAGCCACTTTTGTGAATGCATTTAGACTGCGATGTTGTTTTCTTATATGGA
CAGACCTAGTTTAAGGGATTGTAACTTTTTGTTTAAGCCAATAGCAGACTACATTTCTGGGAGCGCCCTTTGCTGCAGGAATTTTATCACTAGATTTTCTTTGTGGCATGCCTTTCATGCCTTTGGAAATCACAGGTACCAGTTCCAATTTATTCCCTTCATTGGACCTTGGGCACTTACTGGGATTCTATATGCAATAG
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