sp|Q3B724|CALS5_ARATH ----> Callose synthase 5
Intron 1 GTACGTGACA ... TCCGTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.47 | 711 | 25 | 256 |
| A2 | 24.64 | 529 | 13 | 173 |
| A3 | 24.97 | 643 | 12 | 214 |
| A4 | 22.12 | 669 | 4 | 190 |
| A5 | 28.32 | 281 | 11 | 111 |
| A6 | 44 | 28 | 1 | 22 |
| A7 | 23.7 | 132 | 0 | 41 |
| A8 | 22.86 | 27 | 0 | 8 |
| A9 | 32.21 | 101 | 0 | 48 |
| A10 | 28.13 | 138 | 0 | 54 |
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoformGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
CATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAATG
TTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATA
TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGA
ATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGCA
CTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGT
CTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTC
ATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCACGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTATACTGTAT
TCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTGATCTATTTCATGGATACC
CAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCC
AAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCAACAGGCAATAAAATTTGAATATTGGATATAGATAACAATATATAATTTGTATATATTCCCTTGTAAAAAATGTTCTTATGCATGTCATGCATATACTTTCCAAATTCCATATACATC
TTCCATGCAATTAATATCATGTTATTGACATGCATGCAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATACCTATAGCATTGGAGATGGCCAAAGATTTCAGAGGAAGGGATGCAGATTTGAAGAAAAAAATCATTGCTGATG
AATACATGCGATGTGC
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:GAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
CATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAATG
TTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATA
TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGA
ATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGCA
CTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGT
CTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTC
ATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGGTATCCTGACAAACCTTAATGAATCCATACATGCAATATGAAAGCAACTTTGTTTGATAGAATT
TTTGTCATCATCTATGTTTGTTAATGGAGAAATATTTTTCAAATAGATTTACTTTTACAGTATAGATGATGGTCATCAACCTCAGTTAAAGATGATCTATTTAAAAACCTATCTTTTATGTCAGTAACTTGTTTTTGAGGTGACTAACCTAGCAGAGGATGCTACATGTAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCA
CGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTGAGTTTCCATGCTGCCTTTGGGATATTTGAGTAATGGTAGGAAGCATTTTGTTAATCTTACTTTTATCTATTTATTTTTTAAAGTTCTTCCTTTACACTCGAGGGAAGCATTACAACTGCCCCAAAGGCAGTATAACTGGCTTGAGGAGGTGAGGCACCACAAATGGCCCTCTT
ACACAAGAAAAATGGAATTCAAGGGGAAACCCAATCATCACAAGCATTTCTGTTCAGCTAAGCTGCCATGACAAGGGGTGTACTATTCTGTCAAATTCACCCAGGATTTGCTCCTGGCCCCAACTGCTTATTCGTGTCTCTGGGGGGAATATAATCTTGATGAGTTCCCTGACATGCCACCAATTTCACTGCTGAACCAC
GTACCCATTGACAAGTTCATATTTATTAATATAATAGTCATGGTATTCAGGTGAAATTAAAATCAACTGGATCTGTACATGAAAGATAATTTGTTCATCCTCTGTACTTGCAGGTATACTGTATTCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAA
GGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGGTAGTGCATTGGAAGTTTAAAATTTGTTCCATTATAGTTATCCTTGTTTTATATTTATGCATTAGTTCTCATCTGCTACTAGAACATTATTAAAAGTTCGTTTCCCTTGCAGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTC
TGGGGTCCTGTCATATTGgtacgtgacattcaatgcatcgtactgcttcaaaatattatagaatttattccctttgggtaaaaatactaccctccaaaacgtgtcagtagctgtaatagtcacatctttgcagaaagggaagtataaaatcctctcatttgtacaaaacgtctgctcgagagggatcatgtattgaacaa
tgctatagaaaaattctattatagatcaattctgttctttctgaaatataatctaggtaggattgaagattttagcaatgacttgtgcttccgttacagATCTATTTCATGGATACCCAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAG
CATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCCAAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCA
ACAGGCAATAAAATTTGAATATTGGATATAGATAACAATATATAATTTGTATATATTCCCTTGTAAAAAATGTTCTTATGCATGTCATGCATATACTTTCCAAATTCCATATACATCTTCCATGCAATTAATATCATGTTATTGACATGCATGCAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCC
TGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATACCTATAGCATTGGAGATGGCCAAAGATTTCAGAGGAAGGGATGCAGATTTGAAGAAAAAAATCATTGCTGATGAATACATGCGATGTGC
Intron 2 GTAATGATAT ... ACTTTCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.25 | 1055 | 244 | 196 |
| A2 | 17.34 | 982 | 232 | 180 |
| A3 | 17.31 | 1154 | 252 | 231 |
| A4 | 18.58 | 896 | 233 | 176 |
| A5 | 17.1 | 555 | 113 | 116 |
| A6 | 21.74 | 45 | 16 | 9 |
| A7 | 14.37 | 143 | 29 | 19 |
| A8 | 24.39 | 31 | 8 | 12 |
| A9 | 16.95 | 98 | 27 | 13 |
| A10 | 15.76 | 171 | 35 | 29 |
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoformGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
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CATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAATG
TTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATA
TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGA
ATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGCA
CTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGT
CTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTC
ATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCACGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTATACTGTAT
TCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTGATCTATTTCATGGATACC
CAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCC
AAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCAACAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATTCCAATAGCATTGGATATGGCAGCTC
AATTTAAAGCTAAAGACACAGATCTCTGGAAACGGA
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i15 from sample A2 / Example unspliced isoform:GAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
CATTATGCAGCAGGAGGAGgtaatgatattcagaaagaaattacaaaagaaatgtgttgtgactactaattattcaccagtccatatttcattcaagtagatactgcaccttttgagtgtacatacttaatgtcatatccttgtgaaggtaagctatgcaacaaacatattctggtgcattgttaggttgtatatatttt
agctcatatgtttgaaaatgatggacaactttctcagATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAA
TATTATTGCTGGCCAATGTTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATG
GGACTCTACCTGCTAATATGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTA
TGGCATAGTTGAGGAGGAATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAA
AGGTCACAGTAAAAGGCACTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATT
ACAGCAGCAATACTTCGTCTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCA
AACAGGAAATATGCCTTCATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCACGAGAGTCAATTCACAC
TCTTAAAGTATACTGTATTCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTG
ATCTATTTCATGGATACCCAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCG
CTTTGAAGAGGTTTCTCCAAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCAACAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATTCCAATAG
CATTGGATATGGCAGCTCAATTTAAAGCTAAAGACACAGATCTCTGGAAACGGA
Intron 3 GTATGCATGA ... TTGTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.89 | 799 | 9 | 211 |
| A2 | 19.24 | 533 | 7 | 127 |
| A3 | 15.82 | 596 | 1 | 112 |
| A4 | 16.55 | 605 | 12 | 120 |
| A5 | 22.25 | 276 | 2 | 79 |
| A6 | 14.29 | 24 | 0 | 4 |
| A7 | 22.81 | 88 | 0 | 26 |
| A8 | 22.73 | 17 | 0 | 5 |
| A9 | 7.69 | 60 | 0 | 5 |
| A10 | 11.2 | 111 | 1 | 14 |
>TRINITY_DN104774_c1_g2_i2 from sample A4 / Example spliced isoformAGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCT
CCAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGTATGTGTAATGTCTCAGATCCTTCCACTTTTCTGGTATGTGTAATGTCTCAGATCCTTCCATCTTTCTTTTTAAAATTTTAAAGCTGTTTTGCTTCCCGAAAATG
TTTGGGGGCCCATTTCGTTATAGATTTGGATTTCAGAATGTCTGTCTTTGCCCATTTCGTTAAAGAGCTTGATTTCAGTCTGTCTGGGCAATGCAGTTGGGATTTTAATCGTTAAATTCTAGTTTGTAGAATCTTGTTCCCAGAAGAATGTGTATCTTGAAATTCAGCTTGAATTCCTTTAAATTCACTTTAGATGAAAC
GTTTTCCTTATATTTAATATAACTGCATTCATTCACTGCGCTTGAAAAGCCCATCATTTAGTTGAAATTCATTTATTTCGCTCATTTATGTTATTAAGGTTCATTCATGTCGAAATTCTGTAAGATTCGTCAAGATTTAATTAGATATATGCAAGATTTAATTCATTGAAATTCAGTCCAACTTCTTCAGGATTCTTTAA
AGACTTTCTTGAATGCCAACGAGCTTCGAACTCTTGCTTAGCTAATGGCGGGAACTCATGGTTAACTAAGTTTCCCGTAATTTACTGGTCGCAGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACAT
CCACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTAT
GCTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGA
ACAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAG
CCATTATGCAGCAGGAGGAGGTAATGATATTCAGAAAGAAATTACAAAAGAAATGTGTTGTGACTACTAATTATTCACCAGTCCATATTTCATTCAAGTAGATACTGCACCTTTTGAGTGTACATACTTAATGTCATATCCTTGTGAAGGTAAGCTATGCAACAAACATATTCTGGTGCATTGTTAGGTTGTATATATTT
TAGCTCATATGTTTGAAAATGATGGACAACTTTCTCAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTA
ATATTATTGCTGGCCAATGTTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACAT
GGGACTCTACCTGCTAATATGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTT
ATGGCATAGTTGAGGAGGAATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATA
AAGGTCACAGTAAAAGGCACTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCAT
TACAGCAGCAATACTTCGTCTTGTTCAGGGTAAATATGTCAAACTGAGCCTAAGAGTTTGCTCCTGAATTCCCAATCTCTAAGACTATTTATCAAAGCCAAGCCATCCTGGAGCTTCAAAATATTACATCTATTTGTAACAAGTTATCCTGTTTAATAATCTCTAGTTTACATCTATAGTTTTTACATATATCAGTGTTG
ATGCATTTTCACAACTTGTCCCTATCGGATGAATGTATTATGTTTGCTTTCATCATCACAATTTCTTGTATTTCTAATTCTATCTCTAGTTTACAATGTACATGTATAGTTTTTACATAGATCAGTGTTGATACATTTTCACAACTTGTCCCTATCGGATGAATGTATTATGTTTGCTTTCATCATCACAATTTCTTGTA
TTTCTAATTCTTAAGATAATCAACATTCTAGAAATTTAAGCATGACATAGTTAAATAAGTAATCTGCTTAATTTTTTTAAATTGTTTATTTGGACCGACG
>TRINITY_DN104774_c1_g2_i16 from sample A4 / Example unspliced isoform:AGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCT
CCAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACAT
CCACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTAT
GCTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGA
ACAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAG
CCATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAAT
GTTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAAT
ATGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGG
TGCCTCATTGCTCATTTTTTATGTCAGAACTTGTATAGATTAGATGATGTTGATGCCAGGATCATAACTGGATTAGATGTGTGCTAATCATTTTGATATTTTAGGAATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTTTGTAGAAAATTGGTAG
TTGTTTTTTTATGCGAAATGTATCTCATATTACATTACTGCACAAAATAGTACATTAGAGTATATAAGGCATACACATGGATATACTAGGCTGTGATTATAAAGTAAAAACAAGCAGCTTTGCAATGCTGATATTTATTGCAATTTTGGATGCAATCCATTGGTTTTTAACCTTATATCTATTTTATGTTATTTTACAGG
TCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATgtatgcatgaatttctaatccaaaaggtacattaatatgaggttaaggtattgatgtgaagtagttctaaaatccacgagtgtttacttgtttgcagTGCCAGAAGGCATCTA
TAAAGGTCACAGTAAAAGGCACTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTC
ATTACAGCAGCAATACTTCGTCTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGG
GCAAACAGGAAATATGCCTTCATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCACGAGAGTCAATTCA
CACTCTTAAAGTATACTGTATTCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATA
TTGATCTATTTCATGGATACCCAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCG
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TAGCATTGGATATGGCAGCTCAATTTAAAGCTAAAGACACA
Intron 4 GTGCCTCATT ... GATATTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.81 | 1233 | 406.8 | 74.4 |
| A2 | 26.47 | 1165 | 419.4 | 67.7 |
| A3 | 25.67 | 1350 | 466.3 | 61.1 |
| A4 | 23.98 | 1103 | 348 | 77.5 |
| A5 | 26.32 | 599 | 214 | 42.9 |
| A6 | 31.46 | 61 | 28 | 3 |
| A7 | 28.74 | 244 | 98.4 | 26 |
| A8 | 34.55 | 36 | 19 | 7.1 |
| A9 | 25 | 129 | 43 | 4 |
| A10 | 24.39 | 279 | 90 | 13.3 |
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoformGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
CATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAATG
TTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATA
TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGA
ATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGCA
CTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGT
CTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTC
ATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCACGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTATACTGTAT
TCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTGATCTATTTCATGGATACC
CAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCC
AAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCAACAGGCAATAAAATTTGAATATTGGATATAGATAACAATATATAATTTGTATATATTCCCTTGTAAAAAATGTTCTTATGCATGTCATGCATATACTTTCCAAATTCCATATACATC
TTCCATGCAATTAATATCATGTTATTGACATGCATGCAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATACCTATAGCATTGGAGATGGCCAAAGATTTCAGAGGAAGGGATGCAGATTTGAAGAAAAAAATCATTGCTGATG
AATACATGCGATGTGC
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:GAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
CATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAATG
TTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATA
TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGgt
gcctcattgctcattttttatgtcagaacttgtatagattagatgatgttgatgccaggatcataactggattagatgtgtgctaatcattttgatattttagGAATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTTTGTAGAAAATTGGTAGT
TGTTTTTTTATGCGAAATGTATCTCATATTACATTACTGCACAAAATAGTACATTAGAGTATATAAGGCATACACATGGATATACTAGGCTGTGATTATAAAGTAAAAACAAGCAGCTTTGCAATGCTGATATTTATTGCAATTTTGGATGCAATCCATTGGTTTTTAACCTTATATCTATTTTATGTTATTTTACAGGT
CAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGCACTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTAC
ATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGTCTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAA
GCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTCATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGC
GGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCACGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTATACTGTATTCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAG
GACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTGATCTATTTCATGGATACCCAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGAC
TCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCCAAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCA
TAAGCAACAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATTCCAATAGCATTGGATATGGCAGCTCAATTTAAAGCTAAAGACACAGATCTCTGGAAACGGA
Intron 5 GTATGTGTAA ... CTGGTCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.8 | 676 | 178 | 199 |
| A2 | 20.41 | 657 | 168 | 169 |
| A3 | 19.71 | 819 | 193 | 209 |
| A4 | 20.54 | 731 | 180 | 198 |
| A5 | 20.25 | 378 | 94 | 98 |
| A6 | 15.56 | 38 | 8 | 6 |
| A7 | 18.8 | 95 | 18 | 26 |
| A8 | 16.13 | 13 | 2 | 3 |
| A9 | 19.75 | 63 | 12 | 19 |
| A10 | 21.74 | 108 | 32 | 28 |
>TRINITY_DN104774_c1_g2_i9 from sample A4 / Example spliced isoformAGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCT
CCAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACAT
CCACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTAT
GCTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGA
ACAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAG
CCATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAAT
GTTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAAT
ATGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGG
AATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGC
ACTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCG
TCTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTT
CATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGGTATCCTGACAAACCTTAATGAATCCATACATGCAATATGAAAGCAACTTTGTTTGATAGAAT
TTTTGTCATCATCTATGTTTGTTAATGGAGAAATATTTTTCAAATAGATTTACTTTTACAGTATAGATGATGGTCATCAACCTCAGTTAAAGATGATCTATTTAAAAACCTATCTTTTATGTCAGTAACTTGTTTTTGAGGTGACTAACCTAGCAGAGGATGCTACATGTAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGC
ACGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTGAGTTTCCATGCTGCCTTTGGGATATTTGAGTAATGGTAGGAAGCATTTTGTTAATCTTACTTTTATCTATTTATTTTTTAAAGTTCTTCCTTTACACTCGAGGGAAGCATTACAACTGCCCCAAAGGCAGTATAACTGGCTTGAGGAGGTGAGGCACCACAAATGGCCCTCT
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CGTACCCATTGACAAGTTCATATTTATTAATATAATAGTCATGGTATTCAGGTGAAATTAAAATCAACTGGATCTGTACATGAAAGATAATTTGTTCATCCTCTGTACTTGCAGGTATACTGTATTCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAGTAAATAGCAAACTTCTCATATGTT
TAGGCTCTTGGAAAAGTATTGTAATGGTACATCTTTTGAGAAAACAGCTATTAAGTTTTAACCTTTTCAGAGCACTTTGGCAATGCAGATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGGTAGTGCATTGGAAGTTTAAAATTTGTTCC
ATTATAGTTATCCTTGTTTTATATTTATGCATTAGTTCTCATCTGCTACTAGAACATTATTAAAAGTTCGTTTCCCTTGCAGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTGATCTATTTCATGGATACCCAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGC
TGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCCAAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTA
TTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCAACAG
>TRINITY_DN104774_c1_g2_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:AGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCT
CCAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGgtatgtgtaatgtctcagatccttccacttttctggtatgtgtaatgtctcagatccttccatctttctttttaaaattttaaagctgttttgcttcccgaaaatg
tttgggggcccatttcgttatagatttggatttcagaatgtctgtctttgcccatttcgttaaagagcttgatttcagtctgtctgggcaatgcagttgggattttaatcgttaaattctagtttgtagaatcttgttcccagaagaatgtgtatcttgaaattcagcttgaattcctttaaattcactttagatgaaac
gttttccttatatttaatataactgcattcattcactgcgcttgaaaagcccatcatttagttgaaattcatttatttcgctcatttatgttattaaggttcattcatgtcgaaattctgtaagattcgtcaagatttaattagatatatgcaagatttaattcattgaaattcagtccaacttcttcaggattctttaa
agactttcttgaatgccaacgagcttcgaactcttgcttagctaatggcgggaactcatggttaactaagtttcccgtaatttactggtcgcagGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACAT
CCACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTAT
GCTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGA
ACAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAG
CCATTATGCAGCAGGAGGAGGTAATGATATTCAGAAAGAAATTACAAAAGAAATGTGTTGTGACTACTAATTATTCACCAGTCCATATTTCATTCAAGTAGATACTGCACCTTTTGAGTGTACATACTTAATGTCATATCCTTGTGAAGGTAAGCTATGCAACAAACATATTCTGGTGCATTGTTAGGTTGTATATATTT
TAGCTCATATGTTTGAAAATGATGGACAACTTTCTCAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTA
ATATTATTGCTGGCCAATGTTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACAT
GGGACTCTACCTGCTAATATGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTT
ATGGCATAGTTGAGGAGGAATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATA
AAGGTCACAGTAAAAGGCACTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCAT
TACAGCAGCAATACTTCGTCTTGTTCAGGGTAAATATGTCAAACTGAGCCTAAGAGTTTGCTCCTGAATTCCCAATCTCTAAGACTATTTATCAAAGCCAAGCCATCCTGGAGCTTCAAAATATTACATCTATTTGTAACAAGTTATCCTGTTTAATAATCTCTAGTTTACATCTATAGTTTTTACATATATCAGTGTTG
ATGCATTTTCACAACTTGTCCCTATCGGATGAATGTATTATGTTTGCTTTCATCATCACAATTTCTTGTATTTCTAATTCTATCTCTAGTTTACAATGTACATGTATAGTTTTTACATAGATCAGTGTTGATACATTTTCACAACTTGTCCCTATCGGATGAATGTATTATGTTTGCTTTCATCATCACAATTTCTTGTA
TTTCTAATTCTTAAGATAATCAACATTCTAGAAATTTAAGCATGACATAGTTAAATAAGTAATCTGCTTAATTTTTTTAAATTGTTTATTTGGACCGACG
Intron 6 GTTTGTAGAA ... TATTTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.85 | 938.1 | 46 | 211.5 |
| A2 | 12.27 | 950.1 | 20 | 137.5 |
| A3 | 13.94 | 1059.6 | 32 | 179.3 |
| A4 | 16.72 | 961.1 | 45 | 201 |
| A5 | 14.5 | 467.2 | 30 | 83.3 |
| A6 | 13.99 | 39.5 | 1 | 6.8 |
| A7 | 13.75 | 171.3 | 5 | 28.3 |
| A8 | 12.01 | 28.7 | 3 | 4 |
| A9 | 16.91 | 106.6 | 2 | 23.3 |
| A10 | 15.12 | 228.2 | 7 | 42.3 |
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoformGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
CATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAATG
TTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATA
TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGT
GCCTCATTGCTCATTTTTTATGTCAGAACTTGTATAGATTAGATGATGTTGATGCCAGGATCATAACTGGATTAGATGTGTGCTAATCATTTTGATATTTTAGGAATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATC
TTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGCACTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCA
ATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGTCTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGC
ATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTCATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTT
CAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCACGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTATACTGTATTCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACA
GATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTGATCTATTTCATGGATACCCAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATC
AAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCCAAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCAACAGAGAAATGG
ACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATTCCAATAGCATTGGATATGGCAGCTCAATTTAAAGCTAAAGACACAGATCTCTGGAAACGGA
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:GAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
CATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAATG
TTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATA
TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGT
GCCTCATTGCTCATTTTTTATGTCAGAACTTGTATAGATTAGATGATGTTGATGCCAGGATCATAACTGGATTAGATGTGTGCTAATCATTTTGATATTTTAGGAATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGgtttgtagaaaattggtagt
tgtttttttatgcgaaatgtatctcatattacattactgcacaaaatagtacattagagtatataaggcatacacatggatatactaggctgtgattataaagtaaaaacaagcagctttgcaatgctgatatttattgcaattttggatgcaatccattggtttttaaccttatatctattttatgttattttacagGT
CAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGCACTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTAC
ATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGTCTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAA
GCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTCATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGC
GGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCACGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTATACTGTATTCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAG
GACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTGATCTATTTCATGGATACCCAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGAC
TCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCCAAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCA
TAAGCAACAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATTCCAATAGCATTGGATATGGCAGCTCAATTTAAAGCTAAAGACACAGATCTCTGGAAACGGA
Intron 7 GTCAAATCTT ... TTGTATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 4.48 | 683 | 6 | 32 |
| A2 | 1.81 | 651 | 3 | 12 |
| A3 | 3.43 | 732 | 3 | 26 |
| A4 | 2.47 | 632.2 | 4 | 16 |
| A5 | 1.87 | 315 | 3 | 6 |
| A6 | 2.78 | 35 | 0 | 1 |
| A7 | 0 | 95 | 0 | 0 |
| A8 | 0 | 31 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 71 | 2 | 0 |
| A10 | 1.52 | 130 | 0 | 2 |
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoformGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
CATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAATG
TTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATA
TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGA
ATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGCA
CTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGT
CTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTC
ATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCACGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTATACTGTAT
TCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTGATCTATTTCATGGATACC
CAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCC
AAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCAACAGGCAATAAAATTTGAATATTGGATATAGATAACAATATATAATTTGTATATATTCCCTTGTAAAAAATGTTCTTATGCATGTCATGCATATACTTTCCAAATTCCATATACATC
TTCCATGCAATTAATATCATGTTATTGACATGCATGCAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATACCTATAGCATTGGAGATGGCCAAAGATTTCAGAGGAAGGGATGCAGATTTGAAGAAAAAAATCATTGCTGATG
AATACATGCGATGTGC
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:TACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGgtcaaatctttcagtaatgttgacactagaattgacaagcctatataagcattcttatgtttcatgttcaatgaaaatattgttcatttggaaagatgtgacatatcatttctttctatgattatttcttgtattcagAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTA
TTGCTGGCCAATGTTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGGTAGGTATCGTCCTATTTTGACAGAAATATCTAGGTGTCAATTTTGTATGATCAAGGTGGACATTGTGACGAAAGTTTCTTTGCCTAAATATTTCTCTTACATTTTCAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATC
TGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGGTCTGTTATGGCATAATTTGTTTTTGGTATTTATTGTTCAGGATGTTATTCAGTATTCGTTTTAAATTTCTTCAATACAAGAGAGCTCTTTTATGCAGTTTAAAGACCTTCAAGGTCGTGTCTGAATTGATGGGGTTTGAATTGT
TTGACTTTTGTCTGTACCTTATCAGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATATGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATGTAAGTATGCTGATCACATGTTCCTATAAATTTTTCCTAGATATTATC
TTAGAATTCTTCTTTTCTCGAAGTTTCAAATATCTTTTCCTCTATCATTTGGTATCTGGTATTTACAATATTAACAGTGTAAATAACTTCATTAGTTATACAGCATTGGTTGTGAAATTTGAAGAAGTTGTTTTTATTTCTCTGTAGATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGG
AGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGTGCCTCATTGCTCATTTTTTATGTCAGAACTTGTATAGATTAGATGATGTTGATGCCAGGATCATAACTGGATTAGATGTGTGCTAATCATTTTGATATTTTAGGAATCTAAGA
AGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTTTGTAGAAAATTGGTAGTTGTTTTTTTATGCGAAATGTATCTCATATTACATTACTGCACAAAATAGTACATTAGAGTATATAAGGCATACACATGGATATACTAGGCTGTGATTATAAAGTAAAAACAAG
CAGCTTTGCAATGCTGATATTTATTGCAATTTTGGATGCAATCCATTGGTTTTTAACCTTATATCTATTTTATGTTATTTTACAGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACA
GTAAAAGGCACTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGG
Intron 8 GCAATAAAAT ... ATGCATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 4.32 | 892.5 | 174.3 | 43.6 |
| A2 | 5.12 | 626.7 | 114.1 | 36.2 |
| A3 | 4.05 | 638.2 | 123 | 29.7 |
| A4 | 4.12 | 734.5 | 139.6 | 34.7 |
| A5 | 4.39 | 314 | 53.5 | 15.8 |
| A6 | 3.03 | 59 | 10.9 | 2.2 |
| A7 | 3.57 | 204 | 43.3 | 8.5 |
| A8 | 5.54 | 65 | 5.1 | 4.6 |
| A9 | 5.13 | 129 | 28.6 | 7.7 |
| A10 | 3.84 | 206 | 39.7 | 8.7 |
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoformGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
CATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAATG
TTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATA
TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGT
GCCTCATTGCTCATTTTTTATGTCAGAACTTGTATAGATTAGATGATGTTGATGCCAGGATCATAACTGGATTAGATGTGTGCTAATCATTTTGATATTTTAGGAATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATC
TTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGCACTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCA
ATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGTCTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGC
ATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTCATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTT
CAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCACGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTATACTGTATTCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACA
GATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTGATCTATTTCATGGATACCCAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATC
AAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCCAAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCAACAGAGAAATGG
ACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATTCCAATAGCATTGGATATGGCAGCTCAATTTAAAGCTAAAGACACAGATCTCTGGAAACGGA
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:GAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
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CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
CATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAATG
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TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGA
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CTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGT
CTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTC
ATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGGTATCCTGACAAACCTTAATGAATCCATACATGCAATATGAAAGCAACTTTGTTTGATAGAATT
TTTGTCATCATCTATGTTTGTTAATGGAGAAATATTTTTCAAATAGATTTACTTTTACAGTATAGATGATGGTCATCAACCTCAGTTAAAGATGATCTATTTAAAAACCTATCTTTTATGTCAGTAACTTGTTTTTGAGGTGACTAACCTAGCAGAGGATGCTACATGTAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCA
CGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTGAGTTTCCATGCTGCCTTTGGGATATTTGAGTAATGGTAGGAAGCATTTTGTTAATCTTACTTTTATCTATTTATTTTTTAAAGTTCTTCCTTTACACTCGAGGGAAGCATTACAACTGCCCCAAAGGCAGTATAACTGGCTTGAGGAGGTGAGGCACCACAAATGGCCCTCTT
ACACAAGAAAAATGGAATTCAAGGGGAAACCCAATCATCACAAGCATTTCTGTTCAGCTAAGCTGCCATGACAAGGGGTGTACTATTCTGTCAAATTCACCCAGGATTTGCTCCTGGCCCCAACTGCTTATTCGTGTCTCTGGGGGGAATATAATCTTGATGAGTTCCCTGACATGCCACCAATTTCACTGCTGAACCAC
GTACCCATTGACAAGTTCATATTTATTAATATAATAGTCATGGTATTCAGGTGAAATTAAAATCAACTGGATCTGTACATGAAAGATAATTTGTTCATCCTCTGTACTTGCAGGTATACTGTATTCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAA
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TGGGGTCCTGTCATATTGGTACGTGACATTCAATGCATCGTACTGCTTCAAAATATTATAGAATTTATTCCCTTTGGGTAAAAATACTACCCTCCAAAACGTGTCAGTAGCTGTAATAGTCACATCTTTGCAGAAAGGGAAGTATAAAATCCTCTCATTTGTACAAAACGTCTGCTCGAGAGGGATCATGTATTGAACAA
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Intron 9 GTGAGTTTCC ... GTACTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.79 | 903 | 42 | 241 |
| A2 | 17.72 | 634 | 6 | 138.6 |
| A3 | 18.68 | 695 | 12 | 162.3 |
| A4 | 16.35 | 768 | 25 | 152.3 |
| A5 | 14.55 | 307 | 10 | 52.8 |
| A6 | 10.87 | 37 | 0 | 4.6 |
| A7 | 16.64 | 178 | 5 | 36 |
| A8 | 19.8 | 48 | 1 | 12 |
| A9 | 19.64 | 110 | 0 | 27.5 |
| A10 | 12.66 | 125 | 11 | 18.3 |
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoformGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
CATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAATG
TTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATA
TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGA
ATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGCA
CTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGT
CTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTC
ATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCACGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTATACTGTAT
TCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTGATCTATTTCATGGATACC
CAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCC
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TTCCATGCAATTAATATCATGTTATTGACATGCATGCAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATACCTATAGCATTGGAGATGGCCAAAGATTTCAGAGGAAGGGATGCAGATTTGAAGAAAAAAATCATTGCTGATG
AATACATGCGATGTGC
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i13 from sample A2 / Example unspliced isoform:GAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
CATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAATG
TTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATA
TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGA
ATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGCA
CTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGT
CTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTC
ATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGGTATCCTGACAAACCTTAATGAATCCATACATGCAATATGAAAGCAACTTTGTTTGATAGAATT
TTTGTCATCATCTATGTTTGTTAATGGAGAAATATTTTTCAAATAGATTTACTTTTACAGTATAGATGATGGTCATCAACCTCAGTTAAAGATGATCTATTTAAAAACCTATCTTTTATGTCAGTAACTTGTTTTTGAGGTGACTAACCTAGCAGAGGATGCTACATGTAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCA
CGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAgtgagtttccatgctgcctttgggatatttgagtaatggtaggaagcattttgttaatcttacttttatctatttattttttaaagttcttcctttacactcgagggaagcattacaactgccccaaaggcagtataactggcttgaggaggtgaggcaccacaaatggccctctt
acacaagaaaaatggaattcaaggggaaacccaatcatcacaagcatttctgttcagctaagctgccatgacaaggggtgtactattctgtcaaattcacccaggatttgctcctggccccaactgcttattcgtgtctctggggggaatataatcttgatgagttccctgacatgccaccaatttcactgctgaaccac
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GGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGGTAGTGCATTGGAAGTTTAAAATTTGTTCCATTATAGTTATCCTTGTTTTATATTTATGCATTAGTTCTCATCTGCTACTAGAACATTATTAAAAGTTCGTTTCCCTTGCAGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTC
TGGGGTCCTGTCATATTGGTACGTGACATTCAATGCATCGTACTGCTTCAAAATATTATAGAATTTATTCCCTTTGGGTAAAAATACTACCCTCCAAAACGTGTCAGTAGCTGTAATAGTCACATCTTTGCAGAAAGGGAAGTATAAAATCCTCTCATTTGTACAAAACGTCTGCTCGAGAGGGATCATGTATTGAACAA
TGCTATAGAAAAATTCTATTATAGATCAATTCTGTTCTTTCTGAAATATAATCTAGGTAGGATTGAAGATTTTAGCAATGACTTGTGCTTCCGTTACAGATCTATTTCATGGATACCCAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAG
CATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCCAAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCA
ACAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATTCCAATAGCATTGGATATGGCAGCTCAATTTAAAGCTAAAGACACAGATCTCTGGAAACGGA
Intron 10 GTAGTGCATT ... TCCCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 7.86 | 615.9 | 117.4 | 56.9 |
| A2 | 6.09 | 477.2 | 96.4 | 33.6 |
| A3 | 4.6 | 554.4 | 92.4 | 31.1 |
| A4 | 4.62 | 616.1 | 97.6 | 34.6 |
| A5 | 4.74 | 212.9 | 44.9 | 12.8 |
| A6 | 2.79 | 15.7 | 5.1 | 0.5 |
| A7 | 3.77 | 109.7 | 20.2 | 5.1 |
| A8 | 4.11 | 20.8 | 2.5 | 1.1 |
| A9 | 3.11 | 79.9 | 16.8 | 2.8 |
| A10 | 3.21 | 104.4 | 28.3 | 3.8 |
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoformGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
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TTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATA
TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGA
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CTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTC
ATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCACGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTATACTGTAT
TCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTGATCTATTTCATGGATACC
CAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCC
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TTCCATGCAATTAATATCATGTTATTGACATGCATGCAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATACCTATAGCATTGGAGATGGCCAAAGATTTCAGAGGAAGGGATGCAGATTTGAAGAAAAAAATCATTGCTGATG
AATACATGCGATGTGC
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:GAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
CATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAATG
TTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATA
TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGA
ATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGCA
CTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGT
CTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTC
ATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGGTATCCTGACAAACCTTAATGAATCCATACATGCAATATGAAAGCAACTTTGTTTGATAGAATT
TTTGTCATCATCTATGTTTGTTAATGGAGAAATATTTTTCAAATAGATTTACTTTTACAGTATAGATGATGGTCATCAACCTCAGTTAAAGATGATCTATTTAAAAACCTATCTTTTATGTCAGTAACTTGTTTTTGAGGTGACTAACCTAGCAGAGGATGCTACATGTAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCA
CGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTGAGTTTCCATGCTGCCTTTGGGATATTTGAGTAATGGTAGGAAGCATTTTGTTAATCTTACTTTTATCTATTTATTTTTTAAAGTTCTTCCTTTACACTCGAGGGAAGCATTACAACTGCCCCAAAGGCAGTATAACTGGCTTGAGGAGGTGAGGCACCACAAATGGCCCTCTT
ACACAAGAAAAATGGAATTCAAGGGGAAACCCAATCATCACAAGCATTTCTGTTCAGCTAAGCTGCCATGACAAGGGGTGTACTATTCTGTCAAATTCACCCAGGATTTGCTCCTGGCCCCAACTGCTTATTCGTGTCTCTGGGGGGAATATAATCTTGATGAGTTCCCTGACATGCCACCAATTTCACTGCTGAACCAC
GTACCCATTGACAAGTTCATATTTATTAATATAATAGTCATGGTATTCAGGTGAAATTAAAATCAACTGGATCTGTACATGAAAGATAATTTGTTCATCCTCTGTACTTGCAGGTATACTGTATTCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAA
GGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGgtagtgcattggaagtttaaaatttgttccattatagttatccttgttttatatttatgcattagttctcatctgctactagaacattattaaaagttcgtttcccttgcagTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTC
TGGGGTCCTGTCATATTGGTACGTGACATTCAATGCATCGTACTGCTTCAAAATATTATAGAATTTATTCCCTTTGGGTAAAAATACTACCCTCCAAAACGTGTCAGTAGCTGTAATAGTCACATCTTTGCAGAAAGGGAAGTATAAAATCCTCTCATTTGTACAAAACGTCTGCTCGAGAGGGATCATGTATTGAACAA
TGCTATAGAAAAATTCTATTATAGATCAATTCTGTTCTTTCTGAAATATAATCTAGGTAGGATTGAAGATTTTAGCAATGACTTGTGCTTCCGTTACAGATCTATTTCATGGATACCCAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAG
CATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCCAAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCA
ACAGGCAATAAAATTTGAATATTGGATATAGATAACAATATATAATTTGTATATATTCCCTTGTAAAAAATGTTCTTATGCATGTCATGCATATACTTTCCAAATTCCATATACATCTTCCATGCAATTAATATCATGTTATTGACATGCATGCAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCC
TGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATACCTATAGCATTGGAGATGGCCAAAGATTTCAGAGGAAGGGATGCAGATTTGAAGAAAAAAATCATTGCTGATGAATACATGCGATGTGC
Intron 11 GTCTGTTATG ... ACCTTATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.85 | 616 | 18 | 116 |
| A2 | 15.15 | 515.2 | 24 | 92 |
| A3 | 14.84 | 597 | 9 | 104 |
| A4 | 18.71 | 517 | 18 | 119 |
| A5 | 11.87 | 245 | 12 | 33 |
| A6 | 12.5 | 28 | 0 | 4 |
| A7 | 19.4 | 108 | 6 | 26 |
| A8 | 11.11 | 16 | 0 | 2 |
| A9 | 15.49 | 60 | 0 | 11 |
| A10 | 16.07 | 94 | 1 | 18 |
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoformGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
CATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAATG
TTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATA
TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGA
ATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGCA
CTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGT
CTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTC
ATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCACGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTATACTGTAT
TCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTGATCTATTTCATGGATACC
CAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCC
AAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCAACAGGCAATAAAATTTGAATATTGGATATAGATAACAATATATAATTTGTATATATTCCCTTGTAAAAAATGTTCTTATGCATGTCATGCATATACTTTCCAAATTCCATATACATC
TTCCATGCAATTAATATCATGTTATTGACATGCATGCAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATACCTATAGCATTGGAGATGGCCAAAGATTTCAGAGGAAGGGATGCAGATTTGAAGAAAAAAATCATTGCTGATG
AATACATGCGATGTGC
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:TACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGGTCAAATCTTTCAGTAATGTTGACACTAGAATTGACAAGCCTATATAAGCATTCTTATGTTTCATGTTCAATGAAAATATTGTTCATTTGGAAAGATGTGACATATCATTTCTTTCTATGATTATTTCTTGTATTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTA
TTGCTGGCCAATGTTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGGTAGGTATCGTCCTATTTTGACAGAAATATCTAGGTGTCAATTTTGTATGATCAAGGTGGACATTGTGACGAAAGTTTCTTTGCCTAAATATTTCTCTTACATTTTCAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATC
TGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGgtctgttatggcataatttgtttttggtatttattgttcaggatgttattcagtattcgttttaaatttcttcaatacaagagagctcttttatgcagtttaaagaccttcaaggtcgtgtctgaattgatggggtttgaattgt
ttgacttttgtctgtaccttatcagCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATATGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATGTAAGTATGCTGATCACATGTTCCTATAAATTTTTCCTAGATATTATC
TTAGAATTCTTCTTTTCTCGAAGTTTCAAATATCTTTTCCTCTATCATTTGGTATCTGGTATTTACAATATTAACAGTGTAAATAACTTCATTAGTTATACAGCATTGGTTGTGAAATTTGAAGAAGTTGTTTTTATTTCTCTGTAGATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGG
AGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGTGCCTCATTGCTCATTTTTTATGTCAGAACTTGTATAGATTAGATGATGTTGATGCCAGGATCATAACTGGATTAGATGTGTGCTAATCATTTTGATATTTTAGGAATCTAAGA
AGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTTTGTAGAAAATTGGTAGTTGTTTTTTTATGCGAAATGTATCTCATATTACATTACTGCACAAAATAGTACATTAGAGTATATAAGGCATACACATGGATATACTAGGCTGTGATTATAAAGTAAAAACAAG
CAGCTTTGCAATGCTGATATTTATTGCAATTTTGGATGCAATCCATTGGTTTTTAACCTTATATCTATTTTATGTTATTTTACAGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACA
GTAAAAGGCACTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGG
Intron 12 GTTAATCAAA ... TGCCATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 0.55 | 550 | 6 | 3 |
| A2 | 3.58 | 409 | 0 | 15 |
| A3 | 2.1 | 423 | 0 | 9 |
| A4 | 1.68 | 473.8 | 2 | 8 |
| A5 | 4.09 | 189 | 3 | 8 |
| A6 | 0 | 36 | 0 | 0 |
| A7 | 1.62 | 125 | 0 | 2 |
| A8 | 0 | 19.8 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 85 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 136.3 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN104774_c1_g2_i9 from sample A4 / Example spliced isoformAGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCT
CCAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACAT
CCACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTAT
GCTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGA
ACAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAG
CCATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAAT
GTTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAAT
ATGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGG
AATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGC
ACTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCG
TCTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTT
CATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGGTATCCTGACAAACCTTAATGAATCCATACATGCAATATGAAAGCAACTTTGTTTGATAGAAT
TTTTGTCATCATCTATGTTTGTTAATGGAGAAATATTTTTCAAATAGATTTACTTTTACAGTATAGATGATGGTCATCAACCTCAGTTAAAGATGATCTATTTAAAAACCTATCTTTTATGTCAGTAACTTGTTTTTGAGGTGACTAACCTAGCAGAGGATGCTACATGTAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGC
ACGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTGAGTTTCCATGCTGCCTTTGGGATATTTGAGTAATGGTAGGAAGCATTTTGTTAATCTTACTTTTATCTATTTATTTTTTAAAGTTCTTCCTTTACACTCGAGGGAAGCATTACAACTGCCCCAAAGGCAGTATAACTGGCTTGAGGAGGTGAGGCACCACAAATGGCCCTCT
TACACAAGAAAAATGGAATTCAAGGGGAAACCCAATCATCACAAGCATTTCTGTTCAGCTAAGCTGCCATGACAAGGGGTGTACTATTCTGTCAAATTCACCCAGGATTTGCTCCTGGCCCCAACTGCTTATTCGTGTCTCTGGGGGGAATATAATCTTGATGAGTTCCCTGACATGCCACCAATTTCACTGCTGAACCA
CGTACCCATTGACAAGTTCATATTTATTAATATAATAGTCATGGTATTCAGGTGAAATTAAAATCAACTGGATCTGTACATGAAAGATAATTTGTTCATCCTCTGTACTTGCAGGTATACTGTATTCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAGTAAATAGCAAACTTCTCATATGTT
TAGGCTCTTGGAAAAGTATTGTAATGGTACATCTTTTGAGAAAACAGCTATTAAGTTTTAACCTTTTCAGAGCACTTTGGCAATGCAGATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGGTAGTGCATTGGAAGTTTAAAATTTGTTCC
ATTATAGTTATCCTTGTTTTATATTTATGCATTAGTTCTCATCTGCTACTAGAACATTATTAAAAGTTCGTTTCCCTTGCAGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTGATCTATTTCATGGATACCCAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGC
TGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCCAAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTA
TTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCAACAG
>TRINITY_DN104774_c1_g2_i15 from sample A4 / Example unspliced isoform:TTGCTCGGCGCTTTGAAGAGgttaatcaaaatctcacacttcctctacattgcttccatagaaaatcactttgaactttatcaaaatattgtctttcgacaacattttctactaaattgattgtaatcttatgtatccaccattgccattcagGTTTCTCCAAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTG
GAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCAACAGGCAATAAAATTTGAATATTGGATATAGATAACAATATATAATTTGTATATATTCCCTTGTAAAAAATGTTCTTATGCATGTCATGCATATACTTTCCAAATTCCATATACATCTTCCATGCAATTAATATCATGTTATTGACATGCATGCAG
AGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATTCCAATAGCATTGGATATGGCAGCTCAATTTAAAGCTAAAGACACA
Intron 13 GTAAATAGCA ... GGCAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12.77 | 628.5 | 20 | 95.5 |
| A2 | 9.65 | 412 | 13 | 46 |
| A3 | 11.37 | 504.5 | 6 | 67 |
| A4 | 11.12 | 510 | 15 | 66 |
| A5 | 10.25 | 189 | 3 | 20.5 |
| A6 | 10.3 | 24.5 | 0 | 3 |
| A7 | 5.78 | 102 | 2 | 6 |
| A8 | 8.41 | 27.5 | 0 | 2.5 |
| A9 | 7.7 | 80 | 0 | 7 |
| A10 | 10.89 | 87 | 0 | 10.5 |
>TRINITY_DN104774_c1_g2_i16 from sample A4 / Example spliced isoformAGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCT
CCAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACAT
CCACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTAT
GCTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGA
ACAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAG
CCATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAAT
GTTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAAT
ATGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGG
TGCCTCATTGCTCATTTTTTATGTCAGAACTTGTATAGATTAGATGATGTTGATGCCAGGATCATAACTGGATTAGATGTGTGCTAATCATTTTGATATTTTAGGAATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTTTGTAGAAAATTGGTAG
TTGTTTTTTTATGCGAAATGTATCTCATATTACATTACTGCACAAAATAGTACATTAGAGTATATAAGGCATACACATGGATATACTAGGCTGTGATTATAAAGTAAAAACAAGCAGCTTTGCAATGCTGATATTTATTGCAATTTTGGATGCAATCCATTGGTTTTTAACCTTATATCTATTTTATGTTATTTTACAGG
TCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATGTATGCATGAATTTCTAATCCAAAAGGTACATTAATATGAGGTTAAGGTATTGATGTGAAGTAGTTCTAAAATCCACGAGTGTTTACTTGTTTGCAGTGCCAGAAGGCATCTA
TAAAGGTCACAGTAAAAGGCACTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTC
ATTACAGCAGCAATACTTCGTCTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGG
GCAAACAGGAAATATGCCTTCATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCACGAGAGTCAATTCA
CACTCTTAAAGTATACTGTATTCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATA
TTGATCTATTTCATGGATACCCAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCG
GCGCTTTGAAGAGGTTTCTCCAAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCAACAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATTCCAA
TAGCATTGGATATGGCAGCTCAATTTAAAGCTAAAGACACA
>TRINITY_DN104774_c1_g2_i9 from sample A4 / Example unspliced isoform:AGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCT
CCAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACAT
CCACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTAT
GCTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGA
ACAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAG
CCATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAAT
GTTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAAT
ATGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGG
AATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGC
ACTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCG
TCTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTT
CATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGGTATCCTGACAAACCTTAATGAATCCATACATGCAATATGAAAGCAACTTTGTTTGATAGAAT
TTTTGTCATCATCTATGTTTGTTAATGGAGAAATATTTTTCAAATAGATTTACTTTTACAGTATAGATGATGGTCATCAACCTCAGTTAAAGATGATCTATTTAAAAACCTATCTTTTATGTCAGTAACTTGTTTTTGAGGTGACTAACCTAGCAGAGGATGCTACATGTAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGC
ACGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTGAGTTTCCATGCTGCCTTTGGGATATTTGAGTAATGGTAGGAAGCATTTTGTTAATCTTACTTTTATCTATTTATTTTTTAAAGTTCTTCCTTTACACTCGAGGGAAGCATTACAACTGCCCCAAAGGCAGTATAACTGGCTTGAGGAGGTGAGGCACCACAAATGGCCCTCT
TACACAAGAAAAATGGAATTCAAGGGGAAACCCAATCATCACAAGCATTTCTGTTCAGCTAAGCTGCCATGACAAGGGGTGTACTATTCTGTCAAATTCACCCAGGATTTGCTCCTGGCCCCAACTGCTTATTCGTGTCTCTGGGGGGAATATAATCTTGATGAGTTCCCTGACATGCCACCAATTTCACTGCTGAACCA
CGTACCCATTGACAAGTTCATATTTATTAATATAATAGTCATGGTATTCAGGTGAAATTAAAATCAACTGGATCTGTACATGAAAGATAATTTGTTCATCCTCTGTACTTGCAGGTATACTGTATTCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAgtaaatagcaaacttctcatatgtt
taggctcttggaaaagtattgtaatggtacatcttttgagaaaacagctattaagttttaaccttttcagagcactttggcaatgcagATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGGTAGTGCATTGGAAGTTTAAAATTTGTTCC
ATTATAGTTATCCTTGTTTTATATTTATGCATTAGTTCTCATCTGCTACTAGAACATTATTAAAAGTTCGTTTCCCTTGCAGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTGATCTATTTCATGGATACCCAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGC
TGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCCAAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTA
TTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCAACAG
Intron 14 GTAAGTATGC ... TTCTCTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.05 | 870 | 145 | 319 |
| A2 | 19.92 | 778 | 95 | 292 |
| A3 | 21.93 | 815 | 117 | 341 |
| A4 | 18.78 | 757 | 121 | 229 |
| A5 | 21.95 | 368 | 54 | 153 |
| A6 | 18.99 | 32 | 2 | 13 |
| A7 | 24.4 | 172 | 28 | 83 |
| A8 | 20.83 | 19 | 3 | 7 |
| A9 | 20.65 | 73 | 9 | 29 |
| A10 | 23.64 | 168 | 27 | 77 |
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoformGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
CATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAATG
TTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATA
TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGA
ATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGCA
CTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGT
CTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTC
ATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCACGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTATACTGTAT
TCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTGATCTATTTCATGGATACC
CAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCC
AAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCAACAGGCAATAAAATTTGAATATTGGATATAGATAACAATATATAATTTGTATATATTCCCTTGTAAAAAATGTTCTTATGCATGTCATGCATATACTTTCCAAATTCCATATACATC
TTCCATGCAATTAATATCATGTTATTGACATGCATGCAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATACCTATAGCATTGGAGATGGCCAAAGATTTCAGAGGAAGGGATGCAGATTTGAAGAAAAAAATCATTGCTGATG
AATACATGCGATGTGC
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:TACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGGTCAAATCTTTCAGTAATGTTGACACTAGAATTGACAAGCCTATATAAGCATTCTTATGTTTCATGTTCAATGAAAATATTGTTCATTTGGAAAGATGTGACATATCATTTCTTTCTATGATTATTTCTTGTATTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTA
TTGCTGGCCAATGTTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGGTAGGTATCGTCCTATTTTGACAGAAATATCTAGGTGTCAATTTTGTATGATCAAGGTGGACATTGTGACGAAAGTTTCTTTGCCTAAATATTTCTCTTACATTTTCAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATC
TGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGGTCTGTTATGGCATAATTTGTTTTTGGTATTTATTGTTCAGGATGTTATTCAGTATTCGTTTTAAATTTCTTCAATACAAGAGAGCTCTTTTATGCAGTTTAAAGACCTTCAAGGTCGTGTCTGAATTGATGGGGTTTGAATTGT
TTGACTTTTGTCTGTACCTTATCAGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATATGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATgtaagtatgctgatcacatgttcctataaatttttcctagatattatc
ttagaattcttcttttctcgaagtttcaaatatcttttcctctatcatttggtatctggtatttacaatattaacagtgtaaataacttcattagttatacagcattggttgtgaaatttgaagaagttgtttttatttctctgtagATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGG
AGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGTGCCTCATTGCTCATTTTTTATGTCAGAACTTGTATAGATTAGATGATGTTGATGCCAGGATCATAACTGGATTAGATGTGTGCTAATCATTTTGATATTTTAGGAATCTAAGA
AGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTTTGTAGAAAATTGGTAGTTGTTTTTTTATGCGAAATGTATCTCATATTACATTACTGCACAAAATAGTACATTAGAGTATATAAGGCATACACATGGATATACTAGGCTGTGATTATAAAGTAAAAACAAG
CAGCTTTGCAATGCTGATATTTATTGCAATTTTGGATGCAATCCATTGGTTTTTAACCTTATATCTATTTTATGTTATTTTACAGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACA
GTAAAAGGCACTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGG
Intron 15 GTAGGTATCG ... ACATTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 2.22 | 704 | 26 | 6 |
| A2 | 2.29 | 576.5 | 14 | 13 |
| A3 | 2.5 | 663 | 18 | 16 |
| A4 | 2.43 | 562.2 | 15 | 13 |
| A5 | 2.03 | 290 | 1 | 11 |
| A6 | 0 | 30 | 0 | 0 |
| A7 | 2.18 | 112 | 0 | 5 |
| A8 | 0 | 25 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 76 | 0 | 0 |
| A10 | 0.84 | 118 | 2 | 0 |
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoformGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
CATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAATG
TTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATA
TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGA
ATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGCA
CTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGT
CTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTC
ATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCACGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTATACTGTAT
TCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTGATCTATTTCATGGATACC
CAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCC
AAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCAACAGGCAATAAAATTTGAATATTGGATATAGATAACAATATATAATTTGTATATATTCCCTTGTAAAAAATGTTCTTATGCATGTCATGCATATACTTTCCAAATTCCATATACATC
TTCCATGCAATTAATATCATGTTATTGACATGCATGCAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATACCTATAGCATTGGAGATGGCCAAAGATTTCAGAGGAAGGGATGCAGATTTGAAGAAAAAAATCATTGCTGATG
AATACATGCGATGTGC
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:TACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGGTCAAATCTTTCAGTAATGTTGACACTAGAATTGACAAGCCTATATAAGCATTCTTATGTTTCATGTTCAATGAAAATATTGTTCATTTGGAAAGATGTGACATATCATTTCTTTCTATGATTATTTCTTGTATTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTA
TTGCTGGCCAATGTTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGgtaggtatcgtcctattttgacagaaatatctaggtgtcaattttgtatgatcaaggtggacattgtgacgaaagtttctttgcctaaatatttctcttacattttcagCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATC
TGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGGTCTGTTATGGCATAATTTGTTTTTGGTATTTATTGTTCAGGATGTTATTCAGTATTCGTTTTAAATTTCTTCAATACAAGAGAGCTCTTTTATGCAGTTTAAAGACCTTCAAGGTCGTGTCTGAATTGATGGGGTTTGAATTGT
TTGACTTTTGTCTGTACCTTATCAGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATATGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATGTAAGTATGCTGATCACATGTTCCTATAAATTTTTCCTAGATATTATC
TTAGAATTCTTCTTTTCTCGAAGTTTCAAATATCTTTTCCTCTATCATTTGGTATCTGGTATTTACAATATTAACAGTGTAAATAACTTCATTAGTTATACAGCATTGGTTGTGAAATTTGAAGAAGTTGTTTTTATTTCTCTGTAGATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGG
AGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGTGCCTCATTGCTCATTTTTTATGTCAGAACTTGTATAGATTAGATGATGTTGATGCCAGGATCATAACTGGATTAGATGTGTGCTAATCATTTTGATATTTTAGGAATCTAAGA
AGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTTTGTAGAAAATTGGTAGTTGTTTTTTTATGCGAAATGTATCTCATATTACATTACTGCACAAAATAGTACATTAGAGTATATAAGGCATACACATGGATATACTAGGCTGTGATTATAAAGTAAAAACAAG
CAGCTTTGCAATGCTGATATTTATTGCAATTTTGGATGCAATCCATTGGTTTTTAACCTTATATCTATTTTATGTTATTTTACAGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACA
GTAAAAGGCACTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGG
Intron 16 GTATGGGTTC ... TATTGCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.28 | 714.3 | 229 | 6 |
| A2 | 18.5 | 594.8 | 135 | 3 |
| A3 | 18.17 | 527 | 117 | 1 |
| A4 | 18.51 | 629.3 | 143 | 6 |
| A5 | 22.23 | 269.3 | 77 | 1 |
| A6 | 26.09 | 17 | 6 | 0 |
| A7 | 19.69 | 102 | 25 | 0 |
| A8 | 26.45 | 13.9 | 5 | 0 |
| A9 | 14.67 | 64 | 11 | 0 |
| A10 | 14.63 | 105 | 18 | 0 |
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoformGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
CATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAATG
TTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATA
TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGA
ATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGCA
CTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGT
CTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTC
ATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCACGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTATACTGTAT
TCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTGATCTATTTCATGGATACC
CAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCC
AAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCAACAGGCAATAAAATTTGAATATTGGATATAGATAACAATATATAATTTGTATATATTCCCTTGTAAAAAATGTTCTTATGCATGTCATGCATATACTTTCCAAATTCCATATACATC
TTCCATGCAATTAATATCATGTTATTGACATGCATGCAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATACCTATAGCATTGGAGATGGCCAAAGATTTCAGAGGAAGGGATGCAGATTTGAAGAAAAAAATCATTGCTGATG
AATACATGCGATGTGC
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i11 from sample A2 / Example unspliced isoform:ACCCCACACATATTGATAAATTCGACTTTACAATAATCAATACATTAACAAACCGACAAATCTAACAAGCTCCTAAAACTTAGAATCAAACCCCACACATATTGATAAATTCGACTTTACAATAATCAATACATTAACAAACCGACAAATCTAACAAGCTCCTAAAACTTAGAATCAAACCCCACACATATTGATAAATT
CTACTTTACAATAACCAATAAATTAACAAACCACAACCTTATGGTATGATCTGAAGATATTTTGATGTTTTTGAGGGGTAATTTTAATACTTGATGTAATGGTGTAAAATTTCTTTAATTTTGACAGTGGGGAATGCATTATGGAGTTAATAATTCCAACAAATAATTATATCTGAAGATATTTTGATGTTTTTGAGGGG
TAATTTTAATACTTGATGTAATGGTGTAAATTTCTTTAATTTTGACAGTGGGGAATGCATTATGGTCTCTGAATGTTTCTTCTAGTCCAGTTAGAACGAGCAGTTCATTTGTAATAATTTCCGTTTATTTGAATTACATCTGAAATCGGATCCTACCAAATATTTTTTTTTGTGCAGTACCGACTTCTTTCATAACTTTA
TACTTATCTGCTTACTGCTTTCTTGGCTGTTCTTAACAGGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAACAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCT
TTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGCCATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACA
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ATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGCACTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGA
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Intron 17 GTATCCTGAC ... CTACATGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.52 | 829 | 241 | 40 |
| A2 | 23.86 | 603 | 189 | 18 |
| A3 | 20.35 | 591 | 151 | 7 |
| A4 | 23.64 | 730 | 226 | 14 |
| A5 | 21.91 | 335 | 94 | 13 |
| A6 | 17.95 | 32 | 7 | 0 |
| A7 | 20.67 | 165 | 43 | 4 |
| A8 | 24.56 | 43 | 14 | 0 |
| A9 | 20.47 | 101 | 26 | 0 |
| A10 | 25.25 | 148 | 50 | 2 |
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoformGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
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TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGA
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CTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGT
CTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTC
ATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCACGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTATACTGTAT
TCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAAGGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTCTGGGGTCCTGTCATATTGATCTATTTCATGGATACC
CAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAGCATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCC
AAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCAACAGGCAATAAAATTTGAATATTGGATATAGATAACAATATATAATTTGTATATATTCCCTTGTAAAAAATGTTCTTATGCATGTCATGCATATACTTTCCAAATTCCATATACATC
TTCCATGCAATTAATATCATGTTATTGACATGCATGCAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATACCTATAGCATTGGAGATGGCCAAAGATTTCAGAGGAAGGGATGCAGATTTGAAGAAAAAAATCATTGCTGATG
AATACATGCGATGTGC
>TRINITY_DN125345_c0_g1_i13 from sample A2 / Example unspliced isoform:GAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCTC
CAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACATC
CACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTATG
CTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAA
CAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAGC
CATTATGCAGCAGGAGGAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTAATATTATTGCTGGCCAATG
TTCACATCAGATTAGTACCAAAGCCAGAGCCTCTGAACAAGCTTGATGAGCGTTCCGTAGATTCAATAATGAAAAATCTGTTCAAGAACTACAAGAACTGGTGCAAATTCCTTGGTCGCAAGCACAGTTTATGCTTACCAAAAGTACAACAGGAAGTACAACAGCGTAAATTACTTTACATGGGACTCTACCTGCTAATA
TGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTTATGGCATAGTTGAGGAGGA
ATCTAAGAAGAACAGGAATGGAACAGCACCCCATTCAGCTTGGTGCAACTATGATGACCTGAATGAATATTTCTGGTCAATTGATTGTTTTCATCTTGGTTGGCCTATGCGTGATGACAGTGATTTCTTCAGAACATCAGCAAATCCAGGATCTTTGACACATTGCCAGAAGGCATCTATAAAGGTCACAGTAAAAGGCA
CTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCATTACAGCAGCAATACTTCGT
CTTGTTCAGGGTGTCTTGGATATTGTTCTCAACTTTAAAGCTATGAGACTGTTTGATATGTTCAGGCACTTTCTAAAGCTACTTGTTGCTATTGCATGGTTTATTATCCTTCTGACATGCTATGTGCATACCTGGGAAAATCCATCTGGGATAATCAAGACTGTCAAGTTGTGGCTTGGGCAAACAGGAAATATGCCTTC
ATTGTATATATTGGCTGTTGTTGTATATTTGCTCCCAAATATACTGGCTGCTGTCTTTTTTATATTTCCATTGTTGCGGCGATGGATTGAAAGTTCAGATTGGCTCATTATAAGGTTTCTCCTCTGGTGGTCACAGgtatcctgacaaaccttaatgaatccatacatgcaatatgaaagcaactttgtttgatagaatt
tttgtcatcatctatgtttgttaatggagaaatatttttcaaatagatttacttttacagtatagatgatggtcatcaacctcagttaaagatgatctatttaaaaacctatcttttatgtcagtaacttgtttttgaggtgactaacctagcagaggatgctacatgtagCCAAGAATTTACGTCGGAAGAGGGATGCA
CGAGAGTCAATTCACACTCTTAAAGTGAGTTTCCATGCTGCCTTTGGGATATTTGAGTAATGGTAGGAAGCATTTTGTTAATCTTACTTTTATCTATTTATTTTTTAAAGTTCTTCCTTTACACTCGAGGGAAGCATTACAACTGCCCCAAAGGCAGTATAACTGGCTTGAGGAGGTGAGGCACCACAAATGGCCCTCTT
ACACAAGAAAAATGGAATTCAAGGGGAAACCCAATCATCACAAGCATTTCTGTTCAGCTAAGCTGCCATGACAAGGGGTGTACTATTCTGTCAAATTCACCCAGGATTTGCTCCTGGCCCCAACTGCTTATTCGTGTCTCTGGGGGGAATATAATCTTGATGAGTTCCCTGACATGCCACCAATTTCACTGCTGAACCAC
GTACCCATTGACAAGTTCATATTTATTAATATAATAGTCATGGTATTCAGGTGAAATTAAAATCAACTGGATCTGTACATGAAAGATAATTTGTTCATCCTCTGTACTTGCAGGTATACTGTATTCTGGGTGCTTCTACTAATCAGCAAATTGACTTTCAGCTACTATATACAAATAAAACCTCTTGTGCAACCAACAAA
GGACATAATGAATGTAACAGATGTTCATTACCAATGGCATGAGTTATTCCCAAATGGTAGTGCATTGGAAGTTTAAAATTTGTTCCATTATAGTTATCCTTGTTTTATATTTATGCATTAGTTCTCATCTGCTACTAGAACATTATTAAAAGTTCGTTTCCCTTGCAGTACCAGGAAACATGGGTGCAGTTATATCTCTC
TGGGGTCCTGTCATATTGGTACGTGACATTCAATGCATCGTACTGCTTCAAAATATTATAGAATTTATTCCCTTTGGGTAAAAATACTACCCTCCAAAACGTGTCAGTAGCTGTAATAGTCACATCTTTGCAGAAAGGGAAGTATAAAATCCTCTCATTTGTACAAAACGTCTGCTCGAGAGGGATCATGTATTGAACAA
TGCTATAGAAAAATTCTATTATAGATCAATTCTGTTCTTTCTGAAATATAATCTAGGTAGGATTGAAGATTTTAGCAATGACTTGTGCTTCCGTTACAGATCTATTTCATGGATACCCAGATATGGTATGCAATATTCTCCACATTATCTGGTGGTATTTCTGGAGCTGTTCGACGACTTGGAGAGATTCGGACTCTGAG
CATGTTGAGATCAAGATTTCAGTCTTTACCTGGTGCTTTCAATGCTAATTTAGTTCCATGTGAAAGACCACTACGTAAAGGATTTTCTCTTGCTCGGCGCTTTGAAGAGGTTTCTCCAAGCAGGAGGACAGAAGCTGCCAAGTTTGCACAACTGTGGAATGAAGTTATTTCTAGTTTTCGTGAGGAAGACCTCATAAGCA
ACAGAGAAATGGACCTTTTACTTGTTCCATATTCATCAGATCCAAGCCTGAAGCTAATACAATGGCCACCATTTTTACTTGCCAGCAAGATTCCAATAGCATTGGATATGGCAGCTCAATTTAAAGCTAAAGACACAGATCTCTGGAAACGGA
Intron 18 GTAAGTAGGT ... GTCATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.41 | 693 | 94 | 178 |
| A2 | 18.3 | 652 | 122 | 170 |
| A3 | 17.82 | 655 | 119 | 165 |
| A4 | 17.05 | 642.2 | 119 | 145 |
| A5 | 16.79 | 404 | 74 | 89 |
| A6 | 23.08 | 35 | 8 | 13 |
| A7 | 17.46 | 78 | 15 | 18 |
| A8 | 14.29 | 12 | 1 | 3 |
| A9 | 14.29 | 42 | 8 | 6 |
| A10 | 16.48 | 109 | 16 | 27 |
>TRINITY_DN104774_c1_g2_i2 from sample A4 / Example spliced isoformAGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCT
CCAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGTATGTGTAATGTCTCAGATCCTTCCACTTTTCTGGTATGTGTAATGTCTCAGATCCTTCCATCTTTCTTTTTAAAATTTTAAAGCTGTTTTGCTTCCCGAAAATG
TTTGGGGGCCCATTTCGTTATAGATTTGGATTTCAGAATGTCTGTCTTTGCCCATTTCGTTAAAGAGCTTGATTTCAGTCTGTCTGGGCAATGCAGTTGGGATTTTAATCGTTAAATTCTAGTTTGTAGAATCTTGTTCCCAGAAGAATGTGTATCTTGAAATTCAGCTTGAATTCCTTTAAATTCACTTTAGATGAAAC
GTTTTCCTTATATTTAATATAACTGCATTCATTCACTGCGCTTGAAAAGCCCATCATTTAGTTGAAATTCATTTATTTCGCTCATTTATGTTATTAAGGTTCATTCATGTCGAAATTCTGTAAGATTCGTCAAGATTTAATTAGATATATGCAAGATTTAATTCATTGAAATTCAGTCCAACTTCTTCAGGATTCTTTAA
AGACTTTCTTGAATGCCAACGAGCTTCGAACTCTTGCTTAGCTAATGGCGGGAACTCATGGTTAACTAAGTTTCCCGTAATTTACTGGTCGCAGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACAT
CCACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTGTAGATTTTAT
GCTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTAGCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGA
ACAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGAGATTATTGCAGCTGCCAGGGATGTCCAAGAGAAGAAGGAAATATATGCACCTTATAATATCCTTCCTCTTGATGCTGCCGGTTCTTCACAAG
CCATTATGCAGCAGGAGGAGGTAATGATATTCAGAAAGAAATTACAAAAGAAATGTGTTGTGACTACTAATTATTCACCAGTCCATATTTCATTCAAGTAGATACTGCACCTTTTGAGTGTACATACTTAATGTCATATCCTTGTGAAGGTAAGCTATGCAACAAACATATTCTGGTGCATTGTTAGGTTGTATATATTT
TAGCTCATATGTTTGAAAATGATGGACAACTTTCTCAGATAAAAGCTGTTGTAGCATCTCTACGCAACATTCGTGGCTTGAATTTCCCTCCCTTGCTTGAACAGCAGCAACAGAAGACAGGAGAGCTAGACCTTCTTGATTGGCTACAGGCTATGTTTGGCTTTCAGAAGGACAATGTTAGAAACCAAAGAGAACATTTA
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GGGACTCTACCTGCTAATATGGGGTGAAGCTGCAAATATCCGCTTTATGCCGGAGTGCCTTTGTTACATTTTTCACAATATGGCCTATGAACTGCATGGCATGTTGGTGGGAAATGTAAGTGTTGTTACAGGAGAGAACATCAAACCTGCATATGGTGGAGATGAAGAATCTTTTCTCAGAAAAATTATAACACCTCTTT
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AAGGTCACAGTAAAAGGCACTGGAAAGACAAACTTTGTGGAGATGCGTACATTCTGGCACATCTTTCGAAGTTTTGATCGAATGTGGACATTCTACATTCTAGCATTGCAGGCAATGGTTATTGTTGCTTGGAATGGATCTGGTTCTCCAATGGATATTTTTCAAAAGGACCTTTTTGAGCAGGCCTTGAGTATATTCAT
TACAGCAGCAATACTTCGTCTTGTTCAGGGTAAATATGTCAAACTGAGCCTAAGAGTTTGCTCCTGAATTCCCAATCTCTAAGACTATTTATCAAAGCCAAGCCATCCTGGAGCTTCAAAATATTACATCTATTTGTAACAAGTTATCCTGTTTAATAATCTCTAGTTTACATCTATAGTTTTTACATATATCAGTGTTG
ATGCATTTTCACAACTTGTCCCTATCGGATGAATGTATTATGTTTGCTTTCATCATCACAATTTCTTGTATTTCTAATTCTATCTCTAGTTTACAATGTACATGTATAGTTTTTACATAGATCAGTGTTGATACATTTTCACAACTTGTCCCTATCGGATGAATGTATTATGTTTGCTTTCATCATCACAATTTCTTGTA
TTTCTAATTCTTAAGATAATCAACATTCTAGAAATTTAAGCATGACATAGTTAAATAAGTAATCTGCTTAATTTTTTTAAATTGTTTATTTGGACCGACG
>TRINITY_DN104774_c1_g2_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:AGAAATAGTAGCTTGCTCCAAGTTCCAACCCGCAACCTCTTCGGTCACGCGCCACCCGCCACGAAGGTTGTTTCTTTATGTTTCACTTGATAAGGATTCAGATGCCCACCTCCCGATCACATGAAGGAGCTTTTCGTCATTGTATTTACGGTGCACTTATTAATCACATTGCTCTGCTGCGATAATTGAGTCTTACTGCT
CCAATTTATATATCTTCTTTCGTTTCCGAGTTTTCTTACAACTCTTTCCTGCCTTTCCGGACGCCGAGCAGTTTCAGATCCTTCCACTTTGCTGGGATCGACCTGGACACTATCACTGAAAAGAGAGCCTTCTAAGGTTTTGCATGCAGCGAAGATTATTCGAGAAAATGATGCATAATCATTGACAGTTATCATGACAT
CCACTAGTTAAAAAGTCTTTAAAATGGCGAGTTCAAGGCGTTTATCTCGAAATACGAGTGTAACAGGCGGCACATTTTCGACAGAGGTATTTGACACAGAAATCGTGCCTTCGTCTCTTGCAAGCATTGCTCCAATTCTTCGGGTCGCCAACGAAATAGAAACGGAGCGCCCACGTGTTGCTTACCTCTgtaagtaggtt
gtgaaataaatacctaagaccgttatcagccttatgaattcattggtacttaactttctgtttgcattttcgtcatttcagGTAGATTTTATGCTTTTGAGAAAGCACACAGGCTTGATCCAACCTCTGGTGGGAGAGGCGTACGCCAATTCAAGACTGCTCTCCTGCAACGTCTGGAAAGAGATAATGTGCCAACACTA
GCTGTGAGAATTAAAAAGAGTGATGCACGAGAAATTGCGGGCTTTTATAGAGAGTATTATGAACAATATGTCAGGGCACTTGATAGTGTGGAACAGGCTGACAGGGCTCAACTTGCAAAAGCTTATCAGACTGCAGGAGTTCTTTTTGAGGTGTTATGTGCTGTCAACAGAAGTGAAAAAATTGAAGAAGTGGCACCAGA
GGTAAACAGAATGACTATATAAATAATTCTGATTATGATGTACATAGGGCATTCTTTTATTTTAATGGCAGTCTATTATTTATTTATTTACAGAAATGGTTACCTTTTTGTAGTAAAATTAAAGGAGAGGCACCCAGCCTTTCAATACAAACAACAAAGGGGCAACACTGTCAAAAATCCTCAAAAGAGTTCAGAATATG
TTGAGGACTGTTTCCTATTTGCCATATTTTCAAAATTACACTGCCATTATTAACTATTTGGCTTGTGTAGGGCAGCCTTACATATTGGCCAGTAAAAAATATCTAGGTTTTTGCTCCAGCTTCAAATACCTTACTTTCTCCTGCAGTTCCTTTATCGTATCTTCTTCCTCCTCCAATTTCTCCCTGTTGCTTTCTTCCAC
TACCTTCAAAATGGCGTTCACATCTCCAAATTGAGTCTGGGAGAGTGGAGTGTTCACAGAACGCAGAGAAATTCAGATGATCATAGTTATCCATAACACCAATTCCTAAATACCTTTCAAAACAGAGTCCCAAGGGGCCTCTAGCTGCTCAGAATGAGAAGTGCTGATGTGGAAGACAGAAATCTGGTGATAGCCCATTA
AAGTTTCTAGTGCTCTTAATCAACCAACCAGTGATGTGAAATTCCTGAGATATACACAAGGAATGGCTAAGATAACTCCCTGCTATATGATTTTTCACAGGTCCCCCAAAGTATTACAATTATTCAACTGAAGAAAATTATACCCTTCAAAGCTGGAAAGGTTTTCTTAAACCAAGCAGACATAAAGGTTTAGGATTGAT
TGGTCATATGAATACCTGAATTCGGCGCTTGAGGTCAACAGTTAACCTAAGACTAATTCTAAGAACCACAGCCAAACGACTGCCCTCTGATTTCAGGGTTCCAGGCAATGTCCAGTGAGGATTTAAGAGAGCATCTGCTTCCAGAGTCCACACTAGAACTTGAAATCTGACAACAAATCCCTCCATCCACTGGAAAAGCA
TTCCAGCTTAACAGAAAAAAGAGGATGCTAATCCTTAATCCTCTCGTCAGAAAACAATACCGAGACTTCCAGATGCCAATCCAAAGCAAAGTAAAAATCCTACACGCTCTGCGCCATCCCATCCTGCCAGTATTAATAAAGATGAATGCCCATGAATTCGAGTGAGCAACACGACAAACTGTGCTATTATTCAAGTGCTA
TTGCATGTTGTCTTGGCTTTGCCACTTGTCTTGGTGTGTTAATGGGATCATTTAATAATATGAATTGGATTATTAACTTTGGGGAGGTTACAAAATTCCTCACCCCTTTGCCACTTGTCTTGTTGTGTTAATGGGATCTTTTAATAATATGAAGTGGATTATTAACTTTGGGGAGGTTACAAAATTCCTCATCCCACATT
TTTCCATAGTGTTCCAAGTGGTAAATTGCAGGCCTTGTTGGGCATTGCATTGGACAAGGAATTTAACCCTCTCAGAGAATGATAAAACTTGATGTTTTTGAATCCTTCTATCAGTTTTTGAATGTGACAAAGCAACCTGTTCAGATGTGGCTCTTTGGGTAGAGTTCTAAAGACCATGTGGCATTATGGCGATCATTGAG
TCTCCAACCATTGTCATATTTTTTATTCCTTGACTCTTCATAATCAATATTTATTTCCATAGGGCCAAAACTTCAGCCTGATTGTTTGTGGTTTTGCCAATTCCCCATACAAATGAATTTTCTTGATTTCCTTCAGTGTCAAAGAAGACACACCCTGTGCCTGCCACCCCTAGTATATAACTAGAAGTAATATTCTTCTT
TATTCATTATACCACATTATAAGGGTTTTCTTTGAAAACAGCTTCTCAATGATGTTTTCGGTTCATGAGCAGATTATTGCAGCTGCCAGGGG