sp|F4JP48|MSH4_ARATH ----> DNA mismatch repair protein MSH4
Intron 1 GTAAATTATG ... TTTTCCCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50 | 1.5 | 0 | 1 |
| A2 | 0 | 5.8 | 0 | 0 |
| A3 | 14.93 | 6.5 | 0 | 1 |
| A4 | 0 | 2.3 | 0 | 0 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 30.61 | 9.3 | 1 | 4 |
| A7 | 12.52 | 21.3 | 0 | 3 |
| A8 | 22.99 | 20.3 | 0 | 6 |
| A9 | 31.27 | 15.5 | 0 | 7 |
| A10 | 20 | 4 | 0 | 1 |
>TRINITY_DN40639_c0_g2_i9 from sample A9 / Example spliced isoformGCGGGGGGAATTATTTGTGAGGGTAGGGGATTTAATTTTAGAACAGCACTGAAGCGACATTGTGGACAGTGTCTTGTCTACATATTTTCTCCAACGACAAAATGGACAGCAAATTGGGTGATCGTTCGAGCTTTATTGTTGGAGTCATCGAAAACAGAGCTAAGGAGGTCGGTTTAGCGGCATTTGATTTGAGGACTGCT
GCACTCCATCTTTCACAATTCATTGAAACAAGTCGCTCGTATCAGAATACGAAAACGCTCTTACATTATTATGATCCGACGCATATCATTGTTCCGCCGTTTAAGATGGCTTCAGAGGGAATGGCTGGCGTGTCTGCTCTTGTTGACACTTCTTACTCTTTGACTAACAAGGTGATAATGGCGAGAGGTTGCTTTGATGA
CACTAAGGGAGCTATAATGGTTAAAAGTTTGGCTGCGAAGGAGCCCTCTGCACTAATTCTAGATACGTATTCCAAACAATACTATCTCTGCCTTGCAGCAGCTGCAGCTTGTATAAAATGGGTGGAAGCTGAAAAAGGCATTTCCATAACTAACCACTCGCTATTGGTAACTTTTAATGGATCCTTTGATCATATGAACA
TTGATGTTACAAGTGTCCAGAACCTGGAATTAATTGAACCCTTAGCTTCTACTCCTGGACTTCCAAATAACAAGAAGAACAGCGTTTTCCGCTTGCTCAACTCTACAAAAACTACTGGAGGCTCAAGACTTCTTAGAGCTAATCTGCTTCAGCCATTGAAGGATATTGAGACTATTGATGCTCGACTTGACTGCCTGGAT
GAGCTAACTAGTAATGAGACGCTCTTCTTTGGGTTATCCCAAGTTCTTCAAAAATTTCCTAAAGACATTGATAGGGTTCTTTGCCACTTTTGCTTCAAACCAAATAGAGTTTCAGTTGAAAGTTCAACCTTTTCAAGAGCAAAGGGGAGCCAAATTATTGTGGCAAGCATTATTCTTCTAAAAGAAGCTCTAGAGGCATT
GCCTTCACTCTCAGAGGTTTTGAGGAATGCAAAAAGCTTCCTTCTTTCCAAGATCTACAGTTCAATTTGTGAAAACAAAATTTATGGCCTCATAAAAACAAGGATTGAGGAGGTTATTGATGAAGATATCCTGCATGCAAGGGCACCCTTTGTTGTTCGCACCCAACACTGCTTTGCTGTCAAGCCTAAATTAGATGGAT
TTCTTGATGTTGCAAGAAAATCATTCTGTGATACAACTGAAGCCATACATGTTCTCGCAAAGAAATATCGTGAAGATATGGAACTGCCAAACTTGAAGATGCCCTTTAACAATAGGCAAGGTTTCTATATCACCATACCACAGAAGGATTTACCTGAGGGAGGTTTGCCTGAGATATTTATTCAGGTCCTTAAACAAGGG
AAAAACATACATTGTTCCACTCAAGAATTGATTTCTCTAAATTGTAGGAACAAGTCAGCTGCTGAAGAATGCTACCTAAGAACAAAACATTGTCTGGAAGGACTAATTGATTCTGTACAACAGGATATCTCTCTCCTTACTCTTCTTTCAGAATCTTTGTGCCTCTTAGACATGATTGTAAATTCTTTTGCGCATACAAT
ATTAAGTAAACCTGTTGACAGTTACACCCGACCTGAATTCACTGAAAATGGTCCCATAGCAATAGAGGCGGGGAGGCACCCTATTCTTGAATGCATTCGTCCTGAAGAATTTGTTGCAAACAATACCTTCCTGTCAGAAGCATCCAATATGGTTATTGTCATGGGACCAAATATGAGTGGGAAGAGTACTTACCTTAGAC
AAGTATGTCTTATGACAGTCTTTGCTCAAATTGGTTGCTATGTTCCTGCCCATTTCGCTTCCTTTAGAGTTGTGGACTGTTTGTTTACACGAATTGGAACTGGAGACAGTTTGGAGTCCAACTCTAGCACTGTTATTCGCTTAGCAGTGAGTTCTAAAGGAAAGGTCAATTGGTTGAGAAGACACACATTCATTCCGACA
GAGATTGAGAGAGCAGTTTTGTGAGGAAGAGAGTTTTTTCGAAGAAGACTGAGGAGTGAGATTTGGAAGATACCTGAATTGACAGAGAAAGAGACAGGGCAGATTTGGTGGAGGCATTCAGCGCAGCAGCAGGGGGGCGTACAACAGGCCGTACAGGTACGGATCCGTACAGCAGGCCGTACGGATTCCGTATAGGCCAT
ACAACAGGGCCGTACAGTAGCTTCAGCTGCCTCGTTTTCCGTGCCAATCATACAGTTTATGACGGAGATGAAGGAAACTGCATTTATTATGCAAAATATCTCACCTCGGAGCCTAATCGTAATTGATGAACTCGGACGATCTACTTCTTCATTAGATGGCCTTGCAATGGCATGGAGTTGTTGCGAATATTTGTTGTCAC
TTCAAGTGTAATTTCTTATAACCTTTTCTATCTAAAATGAGGTCAATACGCATTGAGAAATTCCATGGAAGGAAAACGTTATGCTATTTTGAACAGTTTTTTATTTCTAGGCCTACAAGGCAAGCTATGTTCCTTTAAATAGGACAAATATTCTTCGATTGGGATAAGTTGTCTAATAAAATAAAATGTCATAATTGTAT
TCTTAGTTTTAAATCAAATTTTAATTTAGTTAACATAATAAACAAATTGTCTATGAGAAAATACAGGACACCCAAAAATCCCAATTACTCGTTATTTGTGCATTTATAAGATAGTGTGGTGTCTTTTACCAAGGATGTTTTCTTCTGAATTTCCTTTTAAACTCCTAATAGTCAAAGCATACACGCTACCCCAAAAAATC
TCCCACTAATAATCTGTCTTCAATTATTGTATATGGAAAGGGAGTATTGTGCTCTCATCAATT
>TRINITY_DN40639_c0_g2_i17 from sample A9 / Example unspliced isoform:TTATGCAAAATATCTCACCTCGgtaaattatgaaacaaaatcctcgttgattttttgggcaccaattgaaactgttgcagactgacaatttaatcttcatatatgcatgtcttctttttccctagGAGCCTAATCGTAATTGATGAACTCGGACGATCTACTTCTTCATTAGATGGCCTTGCAATGGCATGGAGTTGTTG
CGAATATTTGTTGTCACTTCAAGTGTAATTTCTTATAACCTTTTCTATCTAAAATGAGGTCAATACGCATTGAGAAATTCCATGGAAGGAAAACGTTATGCTATTTTGAACAGTTTTTTATTTCTAGGCCTACAAGGCAAGCTATGTTCCTTTAAATAGGACAAATATTCTTCGATTGGGATAAGTTGTCTAATAAAATA
AAATGTCATAATTGTATTCTTAGTTTTAAATCAAATTTTAATTTAGTTAACATAATAAACAAATTGTCTATGAGAAAATACAGGACACCCAAAAATCCCAATTACTCGTTATTTGTGCATTTATAAGATAGTGTGGTGTCTTTTACCAAGGATGTTTTCTTCTGAATTTCCTTTTAAACTCCTAATAGTCAAAGCATACA
CGCTACCCCAAAAAATCTCCCACTAATAATCTGTCTTCAATTATTGTATATGGAAAGGGAGTATTGTGCTCTCATCAATT
Intron 2 GCAAACAATA ... TGATTTTCAG
Found issues: Low number of reads
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 85.71 | 1 | 8 | 4 |
| A2 | 75 | 1 | 5 | 1 |
| A3 | 100 | 0 | 2 | 1 |
| A4 | 66.67 | 1 | 2 | 2 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 100 | 0 | 4 | 3 |
| A7 | 69.23 | 2 | 7 | 2 |
| A8 | 77.78 | 2 | 9 | 5 |
| A9 | 100 | 0 | 4 | 4 |
| A10 | 100 | 0 | 3 | 1 |
>TRINITY_DN40639_c0_g2_i3 from sample A9 / Example spliced isoformATGAGCTAACTAGTAATGAGACGCTCTTCTTTGGGTTATCCCAAGTTCTTCAAAAATTTCCTAAAGACATTGATAGGGTTCTTTGCCACTTTTGCTTCAAACCAAATAGAGTTTCAGTTGAAAGTTCAACCTTTTCAAGAGCAAAGGGGAGCCAAATTATTGTGGCAAGCATTATTCTTCTAAAAGAAGCTCTAGAGGCA
TTGCCTTCACTCTCAGAGGTTTTGAGGAATGCAAAAAGCTTCCTTCTTTCCAAGATCTACAGTTCAATTTGTGAAAACAAAATTTATGGCCTCATAAAAACAAGGATTGAGGAGGTTATTGATGAAGATATCCTGCATGCAAGGGCACCCTTTGTTGTTCGCACCCAACACTGCTTTGCTGTCAAGCCTAAATTAGATGG
ATTTCTTGATGTTGCAAGAAAATCATTCTGTGATACAACTGAAGCCATACATGTTCTCGCAAAGAAATATCGTGAAGATATGGAACTGCCAAACTTGAAGATGCCCTTTAACAATAGGCAAGGTTTCTATATCACCATACCACAGAAGGATTTACCTGAGGGAGGTTTGCCTGAGATATTTATTCAGGTCCTTAAACAAG
GGAAAAACATACATTGTTCCACTCAAGAATTGATTTCTCTAAATTGTAGGAACAAGTCAGCTGCTGAAGAATGCTACCTAAGAACAAAACATTGTCTGGAAGGACTAATTGATTCTGTACAACAGGATATCTCTCTCCTTACTCTTCTTTCAGAATCTTTGTGCCTCTTAGACATGATTGTAAATTCTTTTGCGCATACA
ATATTAAGTAAACCTGTTGACAGTTACACCCGACCTGAATTCACTGGTATGCATACATATGAATCTCTACATAATCATGTTTTGAGGCAAGTTATTAACTGGATAAAATTATTACTATTGTGTTTTGATACTGTTGGAACTATAAGAAAATGGTCCCATAGCAATAGAGGCGGGGAGGCACCCTATTCTTGAATGCATTC
GTCCTGAAGAATTTGTTGAGTGGGAAGAGTACT
>TRINITY_DN40639_c0_g2_i21 from sample A9 / Example unspliced isoform:GCGGGGGGAATTATTTGTGAGGGTAGGGGATTTAATTTTAGAACAGCACTGAAGCGACATTGTGGACAGTGTCTTGTCTACATATTTTCTCCAACGACAAAATGGACAGCAAATTGGGTGATCGTTCGAGCTTTATTGTTGGAGTCATCGAAAACAGAGCTAAGGAGGTCGGTTTAGCGGCATTTGATTTGAGGACTGCT
GCACTCCATCTTTCACAATTCATTGAAACAAGTCGCTCGTATCAGAATACGAAAACGCTCTTACATTATTATGATCCGACGCATATCATTGTTCCGCCGTTTAAGATGGCTTCAGAGGGAATGGCTGGCGTGTCTGCTCTTGTTGACACTTCTTACTCTTTGACTAACAAGGTGATAATGGCGAGAGGTTGCTTTGATGA
CACTAAGGGAGCTATAATGGTTAAAAGTTTGGCTGCGAAGGAGCCCTCTGCACTAATTCTAGATACGTATTCCAAACAATACTATCTCTGCCTTGCAGCAGCTGCAGCTTGTATAAAATGGGTGGAAGCTGAAAAAGGCATTTCCATAACTAACCACTCGCTATTGGTAACTTTTAATGGATCCTTTGATCATATGAACA
TTGATGTTACAAGTGTCCAGAACCTGGAATTAATTGAACCCTTAGCTTCTACTCCTGGACTTCCAAATAACAAGAAGAACAGCGTTTTCCGCTTGCTCAACTCTACAAAAACTACTGGAGGCTCAAGACTTCTTAGAGCTAATCTGCTTCAGCCATTGAAGGATATTGAGACTATTGATGCTCGACTTGACTGCCTGGAT
GAGCTAACTAGTAATGAGACGCTCTTCTTTGGGTTATCCCAAGTTCTTCAAAAATTTCCTAAAGACATTGATAGGGTTCTTTGCCACTTTTGCTTCAAACCAAATAGAGTTTCAGTTGAAAGTTCAACCTTTTCAAGAGCAAAGGGGAGCCAAATTATTGTGGCAAGCATTATTCTTCTAAAAGAAGCTCTAGAGGCATT
GCCTTCACTCTCAGAGGTTTTGAGGAATGCAAAAAGCTTCCTTCTTTCCAAGATCTACAGTTCAATTTGTGAAAACAAAATTTATGGCCTCATAAAAACAAGGATTGAGGAGGTTATTGATGAAGATATCCTGCATGCAAGGGCACCCTTTGTTGTTCGCACCCAACACTGCTTTGCTGTCAAGCCTAAATTAGATGGAT
TTCTTGATGTTGCAAGAAAATCATTCTGTGATACAACTGAAGCCATACATGTTCTCGCAAAGAAATATCGTGAAGATATGGAACTGCCAAACTTGAAGATGCCCTTTAACAATAGGCAAGGTTTCTATATCACCATACCACAGAAGGATTTACCTGAGGGAGGTTTGCCTGAGATATTTATTCAGGTCCTTAAACAAGGG
AAAAACATACATTGTTCCACTCAAGAATTGATTTCTCTAAATTGTAGGAACAAGTCAGCTGCTGAAGAATGCTACCTAAGAACAAAACATTGTCTGGAAGGACTAATTGATTCTGTACAACAGGATATCTCTCTCCTTACTCTTCTTTCAGAATCTTTGTGCCTCTTAGACATGATTGTAAATTCTTTTGCGCATACAAT
ATTAAGTAAACCTGTTGACAGTTACACCCGACCTGAATTCACTGAAAATGGTCCCATAGCAATAGAGGCGGGGAGGCACCCTATTCTTGAATGCATTCGTCCTGAAGAATTTGTTgcaaacaataccttcctgtcagaagcatccaatatggttattgtcatgggaccaaatatgtatgtgattgtggtagtaatttcta
tctttttggcacttgtttctttcttgctctgtcctagttatagtagatggggcttctattctttgaccctattaaatgttgtgtaaaaatctagtagtgaaaaatccaggctatataaactgatctgcaacagtgcataaactcttaaccactgaactttgtacaaatgacactggtctaagaagttttaatgaatgatt
tgtctgttgattttcagGAGTGGGAAGAGTACTTACCTTAGACAAGTATGTCTTATGACAGTCTTTGCTCAAATTGGTTGCTATGTTCCTGCCCATTTCGCTTCCTTTAGAGTTGTGGACTGTTTGTTTACACGAATTGGAACTGGAGACAGTTTGGAGTCCAACTCTAGCACTTTTATGACGGAGATGAAGGAAACTGC
ATTTATTATGCAAAATATCTCACCTCGGAGCCTAATCGTAATTGATGAACTCGGACGATCTACTTCTTCATTAGATGGCCTTGCAATGGCATGGAGTTGTTGCGAATATTTGTTGTCACTTCAAGTGTAATTTCTTATAACCTTTTCTATCTAAAATGAGGTCAATACGCATTGAGAAATTCCATGGAAGGAAAACGTTA
TGCTATTTTGAACAGTTTTTTATTTCTAGGCCTACAAGGCAAGCTATGTTCCTTTAAATAGGACAAATATTCTTCGATTGGGATAAGTTGTCTAATAAAATAAAATGTCATAATTGTATTCTTAGTTTTAAATCAAATTTTAATTTAGTTAACATAATAAACAAATTGTCTATGAGAAAATACAGGACACCCAAAAATCC
CAATTACTCGTTATTTGTGCATTTATAAGATAGTGTGGTGTCTTTTACCAAGGATGTTTTCTTCTGAATTTCCTTTTAAACTCCTAATAGTCAAAGCATACACGCTACCCCAAAAAATCTCCCACTAATAATCTGTCTTCAATTATTGTATATGGAAAGGGAGTATTGTGCTCTCATCAATT
Intron 3 GTGAGGGCAT ... CTCGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.59 | 12.6 | 1 | 11.8 |
| A2 | 32.96 | 16 | 0 | 15.8 |
| A3 | 38.51 | 19 | 11 | 12.8 |
| A4 | 35.83 | 23 | 13 | 12.7 |
| A5 | 40 | 3 | 2 | 2 |
| A6 | 41.77 | 4 | 0 | 5.8 |
| A7 | 25 | 6 | 3 | 1 |
| A8 | 40.01 | 5 | 2 | 4.8 |
| A9 | 17.65 | 7 | 0 | 3 |
| A10 | 29.6 | 5 | 0 | 4 |
>TRINITY_DN104325_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoformGGGTAGGGGATTTAATTTTAGAACAGCACTGAAGCGACATTGTGGACAGTGTCTTGTCTACATATTTTCTCCAACGACAAAATGGACAGCAAATTGGGTGATCGTTCGAGCTTTATTGTTGGAGTCATCGAAAACAGAGCTAAGGAGGTCGGTTTAGCGGCATTTGATTTGAGGACTGCTGCACTCCATCTTTCACAATT
CATTGAAACAAGTCGCTCGTATCAGAATACGAAAACGCTCTTACATTATTATGATCCGACGCATATCATTGTTCCGCCGTTTAAGATGGCTTCAGAGGGAATGGCTGGCGTGTCTACTCTTGTTGACACTTCTTACTCTTTGACTAACAAGGTGATAATGGCGAGAGGTTGCTTTGATGACACTAAGGGAGCTATAATGG
TTAAAAGTTTGGCTGCGAAGGAGCCCTCTGCACTAATTCTAGATACGTATTCCAAACAATACTATCTCTGCCTTGCAGCAGCTGCAGCTTGTATAAAATGGGTGGAAGCTGAAAAAGGCATTTCCATAACTAACCACTCGCTATTGGTAACTTTTAATGGATCCTTTGATCATATGAACATTGATGTTACAAGTGTCCAG
AACCTGGAATTAATTGAACCCTTAGCCTCTACTCCTGGACTTCCAAATAACAAGAAGAACAGCGTTTTCCGCTTGCTCAACTCTACAAAAACTACTGGAGGGTATGTTCCTCAACTGACATTGGTGTTGCTTTTTTTCTGTTTTGTACAGCTTTTTATTTGTCTGGAGCTG
>TRINITY_DN104325_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:GGGTAGGGGATTTAATTTTAGAACAGCACTGAAGCGACATTGTGGACAGTGTCTTGTCTACATATTTTCTCCAACGACgtgagggcattctcattcaaataacacgaattatattgttcttacatgtagaaattgtccgcctacgcggttcgaatctttgacaagccttggacagttgttctttctcgttgcagAAAATG
GACAGCAAATTGGGTGATCGTTCGAGCTTTATTGTTGGAGTCATCGAAAACAGAGCTAAGGAGGTCGGTTTAGCGGCATTTGATTTGAGGACTGCTGCACTCCATCTTTCACAATTCATTGAAACAAGTCGCTCGTATCAGAATACGAAAACGCTCTTACATTATTATGATCCGACGCATATCATTGTTCCGCCGTTTAA
GATGGCTTCAGAGGGAATGGCTGGCGTGTCTACTCTTGTTGACACTTCTTACTCTTTGACTAACAAGGTGATAATGGCGAGAGGTTGCTTTGATGACACTAAGGGAGCTATAATGGTTAAAAGTTTGGCTGCGAAGGAGCCCTCTGCACTAATTCTAGATACGTATTCCAAACAATACTATCTCTGCCTTGCAGCAGCTG
CAGCTTGTATAAAATGGGTGGAAGCTGAAAAAGGCATTTCCATAACTAACCACTCGCTATTGGTAACTTTTAATGGATCCTTTGATCATATGAACATTGATGTTACAAGTGTCCAGAACCTGGAATTAATTGAACCCTTAGCCTCTACTCCTGGACTTCCAAATAACAAGAAGAACAGCGTTTTCCGCTTGCTCAACTCT
ACAAAAACTACTGGAGGGTATGTTCCTCAACTGACATTGGTGTTGCTTTTTTTCTGTTTTGTACAGCTTTTTATTTGTCTGGAGCTG
Intron 4 GTTATTCGCT ... AATCATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 37.5 | 5 | 6 | 0 |
| A2 | 36.36 | 7 | 5 | 3 |
| A3 | 41.46 | 12 | 13 | 4 |
| A4 | 34.62 | 17 | 16 | 2 |
| A5 | 33.33 | 1 | 1 | 0 |
| A6 | 44.19 | 12 | 9 | 10 |
| A7 | 18.81 | 15 | 5 | 2 |
| A8 | 31.06 | 27 | 14 | 10.3 |
| A9 | 28.21 | 14 | 6 | 5 |
| A10 | 23.08 | 5 | 3 | 0 |
>TRINITY_DN40639_c0_g2_i16 from sample A9 / Example spliced isoformGCGGGGGGAATTATTTGTGAGGGTAGGGGATTTAATTTTAGAACAGCACTGAAGCGACATTGTGGACAGTGTCTTGTCTACATATTTTCTCCAACGACAAAATGGACAGCAAATTGGGTGATCGTTCGAGCTTTATTGTTGGAGTCATCGAAAACAGAGCTAAGGAGGTCGGTTTAGCGGCATTTGATTTGAGGACTGCT
GCACTCCATCTTTCACAATTCATTGAAACAAGTCGCTCGTATCAGAATACGAAAACGCTCTTACATTATTATGATCCGACGCATATCATTGTTCCGCCGTTTAAGATGGCTTCAGAGGGAATGGCTGGCGTGTCTGCTCTTGTTGACACTTCTTACTCTTTGACTAACAAGGTGATAATGGCGAGAGGTTGCTTTGATGA
CACTAAGGGAGCTATAATGGTTAAAAGTTTGGCTGCGAAGGAGCCCTCTGCACTAATTCTAGATACGTATTCCAAACAATACTATCTCTGCCTTGCAGCAGCTGCAGCTTGTATAAAATGGGTGGAAGCTGAAAAAGGCATTTCCATAACTAACCACTCGCTATTGGTAACTTTTAATGGATCCTTTGATCATATGAACA
TTGATGTTACAAGTGTCCAGAACCTGGAATTAATTGAACCCTTAGCTTCTACTCCTGGACTTCCAAATAACAAGAAGAACAGCGTTTTCCGCTTGCTCAACTCTACAAAAACTACTGGAGGCTCAAGACTTCTTAGAGCTAATCTGCTTCAGCCATTGAAGGATATTGAGACTATTGATGCTCGACTTGACTGCCTGGAT
GAGCTAACTAGTAATGAGACGCTCTTCTTTGGGTTATCCCAAGTTCTTCAAAAATTTCCTAAAGACATTGATAGGGTTCTTTGCCACTTTTGCTTCAAACCAAATAGAGTTTCAGTTGAAAGTTCAACCTTTTCAAGAGCAAAGGGGAGCCAAATTATTGTGGCAAGCATTATTCTTCTAAAAGAAGCTCTAGAGGCATT
GCCTTCACTCTCAGAGGTTTTGAGGAATGCAAAAAGCTTCCTTCTTTCCAAGATCTACAGTTCAATTTGTGAAAACAAAATTTATGGCCTCATAAAAACAAGGATTGAGGAGGTTATTGATGAAGATATCCTGCATGCAAGGGCACCCTTTGTTGTTCGCACCCAACACTGCTTTGCTGTCAAGCCTAAATTAGATGGAT
TTCTTGATGTTGCAAGAAAATCATTCTGTGATACAACTGAAGCCATACATGTTCTCGCAAAGAAATATCGTGAAGATATGGAACTGCCAAACTTGAAGATGCCCTTTAACAATAGGCAAGGTTTCTATATCACCATACCACAGAAGGATTTACCTGAGGGAGGTTTGCCTGAGATATTTATTCAGGTCCTTAAACAAGGG
AAAAACATACATTGTTCCACTCAAGAATTGATTTCTCTAAATTGTAGGAACAAGTCAGCTGCTGAAGAATGCTACCTAAGAACAAAACATTGTCTGGAAGGACTAATTGATTCTGTACAACAGGATATCTCTCTCCTTACTCTTCTTTCAGAATCTTTGTGCCTCTTAGACATGATTGTAAATTCTTTTGCGCATACAAT
ATTAAGTAAACCTGTTGACAGTTACACCCGACCTGAATTCACTGAAAATGGTCCCATAGCAATAGAGGCGGGGAGGCACCCTATTCTTGAATGCATTCGTCCTGAAGAATTTGTTGCAAACAATACCTTCCTGTCAGAAGCATCCAATATGGTTATTGTCATGGGACCAAATATGAGTGGGAAGAGTACTTACCTTAGAC
AAGTATGTCTTATGACAGTCTTTGCTCAAATTGGTTGCTATGTTCCTGCCCATTTCGCTTCCTTTAGAGTTGTGGACTGTTTGTTTACACGAATTGGAACTGGAGACAGTTTGGAGTCCAACTCTAGCACTTTTATGACGGAGATGAAGGAAACTGCATTTATTATGCAAAATATCTCACCTCGGAGCCTAATCGTAATT
GATGAACTCGGACGATCTACTTCTTCATTAGATGGCCTTGCAATGGCATGGAGTTGTTGCGAATATTTGTTGTCACTTCAAGTGTATACAATATTCGCAACACATATGGAGCGCCTTTCCGAACTAGCAAGTATTTATCCAAATGTCAAAGTTTGTCATTTTCAAGTCATTGTTAGAGATAACAGAATGGATTTCAAGTT
TTTACTTAAAGAAGGTCATTTGAGTGTCCCTCACTATGGCCTACTACTAGCTGGTGTTTCTGGGCTACCAAACTCTGTTGTCGAAGAAGCTAGGAGCATTACAAGTAAAATTGTGGAGGAGGAGTCTCGGAGGTTGGAACTCAACCACGCGCAGTATCTTTCAATTCGAAAGGAGTATCGTGTTGCACAAAGACTGCTGT
GCTTAAAATATGGAAATTTGACAGAAGAAGATCTTCGTGCATCTCTAGAAAATCTGAAGGAAAGTTTCATGGATGGGAGATTATAGTGAGTTTAGCACGAGGCTTAAATACAAATTGACCTTGATTTAACTCTCGACTTTCAGAGGTGGTGTCAAGTCATGCCTTCACAAACTGAAACATTCTAGTAATTCAATAATGAT
ACCATTTCTTCGTTTTTTTCTTTAGTTTCTAAATTTTGCAAGATCAGTGGTTTAGATGTGCATCTATTCCCAATGATATGTGAATTGGCCCATAGAGCCTCCACACAAACATCGGTTTATTCAAACATCTGTTTTATTAATGATTTTCTCTGAATTAGCCATGGTGGAATGTTACATCCTGATTTGGTTGACTGCAAAGC
CATCCCCGGGTATAGCTCTTTCAAAGACTAAAAGATTTTCAAATTGGTCTCACAATATCCATGAGCCATAAGGCATATTGAAGCCTCCGAAGAATTGACATGGTGTGTAAAATGACGTTCTTTGGAAGATCAATAATAAAATCAATTCATTGG
>TRINITY_DN40639_c0_g2_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:GCGGGGGGAATTATTTGTGAGGGTAGGGGATTTAATTTTAGAACAGCACTGAAGCGACATTGTGGACAGTGTCTTGTCTACATATTTTCTCCAACGACAAAATGGACAGCAAATTGGGTGATCGTTCGAGCTTTATTGTTGGAGTCATCGAAAACAGAGCTAAGGAGGTCGGTTTAGCGGCATTTGATTTGAGGACTGCT
GCACTCCATCTTTCACAATTCATTGAAACAAGTCGCTCGTATCAGAATACGAAAACGCTCTTACATTATTATGATCCGACGCATATCATTGTTCCGCCGTTTAAGATGGCTTCAGAGGGAATGGCTGGCGTGTCTGCTCTTGTTGACACTTCTTACTCTTTGACTAACAAGGTGATAATGGCGAGAGGTTGCTTTGATGA
CACTAAGGGAGCTATAATGGTTAAAAGTTTGGCTGCGAAGGAGCCCTCTGCACTAATTCTAGATACGTATTCCAAACAATACTATCTCTGCCTTGCAGCAGCTGCAGCTTGTATAAAATGGGTGGAAGCTGAAAAAGGCATTTCCATAACTAACCACTCGCTATTGGTAACTTTTAATGGATCCTTTGATCATATGAACA
TTGATGTTACAAGTGTCCAGAACCTGGAATTAATTGAACCCTTAGCTTCTACTCCTGGACTTCCAAATAACAAGAAGAACAGCGTTTTCCGCTTGCTCAACTCTACAAAAACTACTGGAGGCTCAAGACTTCTTAGAGCTAATCTGCTTCAGCCATTGAAGGATATTGAGACTATTGATGCTCGACTTGACTGCCTGGAT
GAGCTAACTAGTAATGAGACGCTCTTCTTTGGGTTATCCCAAGTTCTTCAAAAATTTCCTAAAGACATTGATAGGGTTCTTTGCCACTTTTGCTTCAAACCAAATAGAGTTTCAGTTGAAAGTTCAACCTTTTCAAGAGCAAAGGGGAGCCAAATTATTGTGGCAAGCATTATTCTTCTAAAAGAAGCTCTAGAGGCATT
GCCTTCACTCTCAGAGGTTTTGAGGAATGCAAAAAGCTTCCTTCTTTCCAAGATCTACAGTTCAATTTGTGAAAACAAAATTTATGGCCTCATAAAAACAAGGATTGAGGAGGTTATTGATGAAGATATCCTGCATGCAAGGGCACCCTTTGTTGTTCGCACCCAACACTGCTTTGCTGTCAAGCCTAAATTAGATGGAT
TTCTTGATGTTGCAAGAAAATCATTCTGTGATACAACTGAAGCCATACATGTTCTCGCAAAGAAATATCGTGAAGATATGGAACTGCCAAACTTGAAGATGCCCTTTAACAATAGGCAAGGTTTCTATATCACCATACCACAGAAGGATTTACCTGAGGGAGGTTTGCCTGAGATATTTATTCAGGTCCTTAAACAAGGG
AAAAACATACATTGTTCCACTCAAGAATTGATTTCTCTAAATTGTAGGAACAAGTCAGCTGCTGAAGAATGCTACCTAAGAACAAAACATTGTCTGGAAGGACTAATTGATTCTGTACAACAGGATATCTCTCTCCTTACTCTTCTTTCAGAATCTTTGTGCCTCTTAGACATGATTGTAAATTCTTTTGCGCATACAAT
ATTAAGTAAACCTGTTGACAGTTACACCCGACCTGAATTCACTGAAAATGGTCCCATAGCAATAGAGGCGGGGAGGCACCCTATTCTTGAATGCATTCGTCCTGAAGAATTTGTTGCAAACAATACCTTCCTGTCAGAAGCATCCAATATGGTTATTGTCATGGGACCAAATATGAGTGGGAAGAGTACTTACCTTAGAC
AAGTATGTCTTATGACAGTCTTTGCTCAAATTGGTTGCTATGTTCCTGCCCATTTCGCTTCCTTTAGAGTTGTGGACTGTTTGTTTACACGAATTGGAACTGGAGACAGTTTGGAGTCCAACTCTAGCACTgttattcgcttagcagtgagttctaaaggaaaggtcaattggttgagaagacacacattcattccgaca
gagattgagagagcagttttgtgaggaagagagttttttcgaagaagactgaggagtgagatttggaagatacctgaattgacagagaaagagacagggcagatttggtggaggcattcagcgcagcagcaggggggcgtacaacaggccgtacaggtacggatccgtacagcaggccgtacggattccgtataggccat
acaacagggccgtacagtagcttcagctgcctcgttttccgtgccaatcatacagTTTATGACGGAGATGAAGGAAACTGCATTTATTATGCAAAATATCTCACCTCGGAGCCTAATCGTAATTGATGAACTCGGACGATCTACTTCTTCATTAGATGGCCTTGCAATGGCATGGAGTTGTTGCGAATATTTGTTGTCAC
TTCAAGTGTAATTTCTTATAACCTTTTCTATCTAAAATGAGGTCAATACGCATTGAGAAATTCCATGGAAGGAAAACGTTATGCTATTTTGAACAGTTTTTTATTTCTAGGCCTACAAGGCAAGCTATGTTCCTTTAAATAGGACAAATATTCTTCGATTGGGATAAGTTGTCTAATAAAATAAAATGTCATAATTGTAT
TCTTAGTTTTAAATCAAATTTTAATTTAGTTAACATAATAAACAAATTGTCTATGAGAAAATACAGGACACCCAAAAATCCCAATTACTCGTTATTTGTGCATTTATAAGATAGTGTGGTGTCTTTTACCAAGGATGTTTTCTTCTGAATTTCCTTTTAAACTCCTAATAGTCAAAGCATACACGCTACCCCAAAAAATC
TCCCACTAATAATCTGTCTTCAATTATTGTATATGGAAAGGGAGTATTGTGCTCTCATCAATT
Intron 5 GTGAGGGCAT ... CCTTGGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.33 | 10 | 1 | 9 |
| A2 | 33.33 | 12 | 0 | 12 |
| A3 | 40.2 | 17.2 | 11 | 12 |
| A4 | 36.99 | 19.6 | 13 | 10 |
| A5 | 28.57 | 5 | 2 | 2 |
| A6 | 33.33 | 4 | 0 | 4 |
| A7 | 29.41 | 6 | 3 | 2 |
| A8 | 33.33 | 8 | 2 | 6 |
| A9 | 15.79 | 8 | 0 | 3 |
| A10 | 14.29 | 9 | 0 | 3 |
>TRINITY_DN104325_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformGGGTAGGGGATTTAATTTTAGAACAGCACTGAAGCGACATTGTGGACAGTGTCTTGTCTACATATTTTCTCCAACGACTTGTTCTTTCTCGTTGCAGAAAATGGACAGCAAATTGGGTGATCGTTCGAGCTTTATTGTTGGAGTCATCGAAAACAGAGCTAAGGAGGTCGGTTTAGCGGCATTTGATTTGAGGACTGCTG
CACTCCATCTTTCACAATTCATTGAAACAAGTCGCTCGTATCAGAATACGAAAACGCTCTTACATTATTATGATCCGACGCATATCATTGTTCCGCCGTTTAAGATGGCTTCAGAGGGAATGGCTGGCGTGTCTACTCTTGTTGACACTTCTTACTCTTTGACTAACAAGGTGATAATGGCGAGAGGTTGCTTTGATGAC
ACTAAGGGAGCTATAATGGTTAAAAGTTTGGCTGCGAAGGAGCCCTCTGCACTAATTCTAGATACGTATTCCAAACAATACTATCTCTGCCTTGCAGCAGCTGCAGCTTGTATAAAATGGGTGGAAGCTGAAAAAGGCATTTCCATAACTAACCACTCGCTATTGGTAACTTTTAATGGATCCTTTGATCATATGAACAT
TGATGTTACAAGTGTCCAGAACCTGGAATTAATTGAACCCTTAGCCTCTACTCCTGGACTTCCAAATAACAAGAAGAACAGCGTTTTCCGCTTGCTCAACTCTACAAAAACTACTGGAGGGTATGTTCCTCAACTGACATTGGTGTTGCTTTTTTTCTGTTTTGTACAGCTTTTTATTTGTCTGGAGCTG
>TRINITY_DN104325_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:GGGTAGGGGATTTAATTTTAGAACAGCACTGAAGCGACATTGTGGACAGTGTCTTGTCTACATATTTTCTCCAACGACgtgagggcattctcattcaaataacacgaattatattgttcttacatgtagaaattgtccgcctacgcggttcgaatctttgacaagccttggacagTTGTTCTTTCTCGTTGCAGAAAATG
GACAGCAAATTGGGTGATCGTTCGAGCTTTATTGTTGGAGTCATCGAAAACAGAGCTAAGGAGGTCGGTTTAGCGGCATTTGATTTGAGGACTGCTGCACTCCATCTTTCACAATTCATTGAAACAAGTCGCTCGTATCAGAATACGAAAACGCTCTTACATTATTATGATCCGACGCATATCATTGTTCCGCCGTTTAA
GATGGCTTCAGAGGGAATGGCTGGCGTGTCTACTCTTGTTGACACTTCTTACTCTTTGACTAACAAGGTGATAATGGCGAGAGGTTGCTTTGATGACACTAAGGGAGCTATAATGGTTAAAAGTTTGGCTGCGAAGGAGCCCTCTGCACTAATTCTAGATACGTATTCCAAACAATACTATCTCTGCCTTGCAGCAGCTG
CAGCTTGTATAAAATGGGTGGAAGCTGAAAAAGGCATTTCCATAACTAACCACTCGCTATTGGTAACTTTTAATGGATCCTTTGATCATATGAACATTGATGTTACAAGTGTCCAGAACCTGGAATTAATTGAACCCTTAGCCTCTACTCCTGGACTTCCAAATAACAAGAAGAACAGCGTTTTCCGCTTGCTCAACTCT
ACAAAAACTACTGGAGGGTATGTTCCTCAACTGACATTGGTGTTGCTTTTTTTCTGTTTTGTACAGCTTTTTATTTGTCTGGAGCTG
Intron 6 GTATGTGATT ... TGATTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.22 | 14 | 4 | 4 |
| A2 | 9.09 | 5 | 0 | 1 |
| A3 | 75 | 1 | 5 | 1 |
| A4 | 33.33 | 4 | 2 | 2 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 20 | 8 | 1 | 3 |
| A7 | 20 | 14 | 5 | 2 |
| A8 | 41.67 | 7 | 5 | 5 |
| A9 | 38.46 | 8 | 6 | 4 |
| A10 | 33.33 | 1 | 0 | 1 |
>TRINITY_DN40639_c0_g2_i16 from sample A9 / Example spliced isoformGCGGGGGGAATTATTTGTGAGGGTAGGGGATTTAATTTTAGAACAGCACTGAAGCGACATTGTGGACAGTGTCTTGTCTACATATTTTCTCCAACGACAAAATGGACAGCAAATTGGGTGATCGTTCGAGCTTTATTGTTGGAGTCATCGAAAACAGAGCTAAGGAGGTCGGTTTAGCGGCATTTGATTTGAGGACTGCT
GCACTCCATCTTTCACAATTCATTGAAACAAGTCGCTCGTATCAGAATACGAAAACGCTCTTACATTATTATGATCCGACGCATATCATTGTTCCGCCGTTTAAGATGGCTTCAGAGGGAATGGCTGGCGTGTCTGCTCTTGTTGACACTTCTTACTCTTTGACTAACAAGGTGATAATGGCGAGAGGTTGCTTTGATGA
CACTAAGGGAGCTATAATGGTTAAAAGTTTGGCTGCGAAGGAGCCCTCTGCACTAATTCTAGATACGTATTCCAAACAATACTATCTCTGCCTTGCAGCAGCTGCAGCTTGTATAAAATGGGTGGAAGCTGAAAAAGGCATTTCCATAACTAACCACTCGCTATTGGTAACTTTTAATGGATCCTTTGATCATATGAACA
TTGATGTTACAAGTGTCCAGAACCTGGAATTAATTGAACCCTTAGCTTCTACTCCTGGACTTCCAAATAACAAGAAGAACAGCGTTTTCCGCTTGCTCAACTCTACAAAAACTACTGGAGGCTCAAGACTTCTTAGAGCTAATCTGCTTCAGCCATTGAAGGATATTGAGACTATTGATGCTCGACTTGACTGCCTGGAT
GAGCTAACTAGTAATGAGACGCTCTTCTTTGGGTTATCCCAAGTTCTTCAAAAATTTCCTAAAGACATTGATAGGGTTCTTTGCCACTTTTGCTTCAAACCAAATAGAGTTTCAGTTGAAAGTTCAACCTTTTCAAGAGCAAAGGGGAGCCAAATTATTGTGGCAAGCATTATTCTTCTAAAAGAAGCTCTAGAGGCATT
GCCTTCACTCTCAGAGGTTTTGAGGAATGCAAAAAGCTTCCTTCTTTCCAAGATCTACAGTTCAATTTGTGAAAACAAAATTTATGGCCTCATAAAAACAAGGATTGAGGAGGTTATTGATGAAGATATCCTGCATGCAAGGGCACCCTTTGTTGTTCGCACCCAACACTGCTTTGCTGTCAAGCCTAAATTAGATGGAT
TTCTTGATGTTGCAAGAAAATCATTCTGTGATACAACTGAAGCCATACATGTTCTCGCAAAGAAATATCGTGAAGATATGGAACTGCCAAACTTGAAGATGCCCTTTAACAATAGGCAAGGTTTCTATATCACCATACCACAGAAGGATTTACCTGAGGGAGGTTTGCCTGAGATATTTATTCAGGTCCTTAAACAAGGG
AAAAACATACATTGTTCCACTCAAGAATTGATTTCTCTAAATTGTAGGAACAAGTCAGCTGCTGAAGAATGCTACCTAAGAACAAAACATTGTCTGGAAGGACTAATTGATTCTGTACAACAGGATATCTCTCTCCTTACTCTTCTTTCAGAATCTTTGTGCCTCTTAGACATGATTGTAAATTCTTTTGCGCATACAAT
ATTAAGTAAACCTGTTGACAGTTACACCCGACCTGAATTCACTGAAAATGGTCCCATAGCAATAGAGGCGGGGAGGCACCCTATTCTTGAATGCATTCGTCCTGAAGAATTTGTTGCAAACAATACCTTCCTGTCAGAAGCATCCAATATGGTTATTGTCATGGGACCAAATATGAGTGGGAAGAGTACTTACCTTAGAC
AAGTATGTCTTATGACAGTCTTTGCTCAAATTGGTTGCTATGTTCCTGCCCATTTCGCTTCCTTTAGAGTTGTGGACTGTTTGTTTACACGAATTGGAACTGGAGACAGTTTGGAGTCCAACTCTAGCACTTTTATGACGGAGATGAAGGAAACTGCATTTATTATGCAAAATATCTCACCTCGGAGCCTAATCGTAATT
GATGAACTCGGACGATCTACTTCTTCATTAGATGGCCTTGCAATGGCATGGAGTTGTTGCGAATATTTGTTGTCACTTCAAGTGTATACAATATTCGCAACACATATGGAGCGCCTTTCCGAACTAGCAAGTATTTATCCAAATGTCAAAGTTTGTCATTTTCAAGTCATTGTTAGAGATAACAGAATGGATTTCAAGTT
TTTACTTAAAGAAGGTCATTTGAGTGTCCCTCACTATGGCCTACTACTAGCTGGTGTTTCTGGGCTACCAAACTCTGTTGTCGAAGAAGCTAGGAGCATTACAAGTAAAATTGTGGAGGAGGAGTCTCGGAGGTTGGAACTCAACCACGCGCAGTATCTTTCAATTCGAAAGGAGTATCGTGTTGCACAAAGACTGCTGT
GCTTAAAATATGGAAATTTGACAGAAGAAGATCTTCGTGCATCTCTAGAAAATCTGAAGGAAAGTTTCATGGATGGGAGATTATAGTGAGTTTAGCACGAGGCTTAAATACAAATTGACCTTGATTTAACTCTCGACTTTCAGAGGTGGTGTCAAGTCATGCCTTCACAAACTGAAACATTCTAGTAATTCAATAATGAT
ACCATTTCTTCGTTTTTTTCTTTAGTTTCTAAATTTTGCAAGATCAGTGGTTTAGATGTGCATCTATTCCCAATGATATGTGAATTGGCCCATAGAGCCTCCACACAAACATCGGTTTATTCAAACATCTGTTTTATTAATGATTTTCTCTGAATTAGCCATGGTGGAATGTTACATCCTGATTTGGTTGACTGCAAAGC
CATCCCCGGGTATAGCTCTTTCAAAGACTAAAAGATTTTCAAATTGGTCTCACAATATCCATGAGCCATAAGGCATATTGAAGCCTCCGAAGAATTGACATGGTGTGTAAAATGACGTTCTTTGGAAGATCAATAATAAAATCAATTCATTGG
>TRINITY_DN40639_c0_g2_i21 from sample A9 / Example unspliced isoform:GCGGGGGGAATTATTTGTGAGGGTAGGGGATTTAATTTTAGAACAGCACTGAAGCGACATTGTGGACAGTGTCTTGTCTACATATTTTCTCCAACGACAAAATGGACAGCAAATTGGGTGATCGTTCGAGCTTTATTGTTGGAGTCATCGAAAACAGAGCTAAGGAGGTCGGTTTAGCGGCATTTGATTTGAGGACTGCT
GCACTCCATCTTTCACAATTCATTGAAACAAGTCGCTCGTATCAGAATACGAAAACGCTCTTACATTATTATGATCCGACGCATATCATTGTTCCGCCGTTTAAGATGGCTTCAGAGGGAATGGCTGGCGTGTCTGCTCTTGTTGACACTTCTTACTCTTTGACTAACAAGGTGATAATGGCGAGAGGTTGCTTTGATGA
CACTAAGGGAGCTATAATGGTTAAAAGTTTGGCTGCGAAGGAGCCCTCTGCACTAATTCTAGATACGTATTCCAAACAATACTATCTCTGCCTTGCAGCAGCTGCAGCTTGTATAAAATGGGTGGAAGCTGAAAAAGGCATTTCCATAACTAACCACTCGCTATTGGTAACTTTTAATGGATCCTTTGATCATATGAACA
TTGATGTTACAAGTGTCCAGAACCTGGAATTAATTGAACCCTTAGCTTCTACTCCTGGACTTCCAAATAACAAGAAGAACAGCGTTTTCCGCTTGCTCAACTCTACAAAAACTACTGGAGGCTCAAGACTTCTTAGAGCTAATCTGCTTCAGCCATTGAAGGATATTGAGACTATTGATGCTCGACTTGACTGCCTGGAT
GAGCTAACTAGTAATGAGACGCTCTTCTTTGGGTTATCCCAAGTTCTTCAAAAATTTCCTAAAGACATTGATAGGGTTCTTTGCCACTTTTGCTTCAAACCAAATAGAGTTTCAGTTGAAAGTTCAACCTTTTCAAGAGCAAAGGGGAGCCAAATTATTGTGGCAAGCATTATTCTTCTAAAAGAAGCTCTAGAGGCATT
GCCTTCACTCTCAGAGGTTTTGAGGAATGCAAAAAGCTTCCTTCTTTCCAAGATCTACAGTTCAATTTGTGAAAACAAAATTTATGGCCTCATAAAAACAAGGATTGAGGAGGTTATTGATGAAGATATCCTGCATGCAAGGGCACCCTTTGTTGTTCGCACCCAACACTGCTTTGCTGTCAAGCCTAAATTAGATGGAT
TTCTTGATGTTGCAAGAAAATCATTCTGTGATACAACTGAAGCCATACATGTTCTCGCAAAGAAATATCGTGAAGATATGGAACTGCCAAACTTGAAGATGCCCTTTAACAATAGGCAAGGTTTCTATATCACCATACCACAGAAGGATTTACCTGAGGGAGGTTTGCCTGAGATATTTATTCAGGTCCTTAAACAAGGG
AAAAACATACATTGTTCCACTCAAGAATTGATTTCTCTAAATTGTAGGAACAAGTCAGCTGCTGAAGAATGCTACCTAAGAACAAAACATTGTCTGGAAGGACTAATTGATTCTGTACAACAGGATATCTCTCTCCTTACTCTTCTTTCAGAATCTTTGTGCCTCTTAGACATGATTGTAAATTCTTTTGCGCATACAAT
ATTAAGTAAACCTGTTGACAGTTACACCCGACCTGAATTCACTGAAAATGGTCCCATAGCAATAGAGGCGGGGAGGCACCCTATTCTTGAATGCATTCGTCCTGAAGAATTTGTTGCAAACAATACCTTCCTGTCAGAAGCATCCAATATGGTTATTGTCATGGGACCAAATATgtatgtgattgtggtagtaatttcta
tctttttggcacttgtttctttcttgctctgtcctagttatagtagatggggcttctattctttgaccctattaaatgttgtgtaaaaatctagtagtgaaaaatccaggctatataaactgatctgcaacagtgcataaactcttaaccactgaactttgtacaaatgacactggtctaagaagttttaatgaatgatt
tgtctgttgattttcagGAGTGGGAAGAGTACTTACCTTAGACAAGTATGTCTTATGACAGTCTTTGCTCAAATTGGTTGCTATGTTCCTGCCCATTTCGCTTCCTTTAGAGTTGTGGACTGTTTGTTTACACGAATTGGAACTGGAGACAGTTTGGAGTCCAACTCTAGCACTTTTATGACGGAGATGAAGGAAACTGC
ATTTATTATGCAAAATATCTCACCTCGGAGCCTAATCGTAATTGATGAACTCGGACGATCTACTTCTTCATTAGATGGCCTTGCAATGGCATGGAGTTGTTGCGAATATTTGTTGTCACTTCAAGTGTAATTTCTTATAACCTTTTCTATCTAAAATGAGGTCAATACGCATTGAGAAATTCCATGGAAGGAAAACGTTA
TGCTATTTTGAACAGTTTTTTATTTCTAGGCCTACAAGGCAAGCTATGTTCCTTTAAATAGGACAAATATTCTTCGATTGGGATAAGTTGTCTAATAAAATAAAATGTCATAATTGTATTCTTAGTTTTAAATCAAATTTTAATTTAGTTAACATAATAAACAAATTGTCTATGAGAAAATACAGGACACCCAAAAATCC
CAATTACTCGTTATTTGTGCATTTATAAGATAGTGTGGTGTCTTTTACCAAGGATGTTTTCTTCTGAATTTCCTTTTAAACTCCTAATAGTCAAAGCATACACGCTACCCCAAAAAATCTCCCACTAATAATCTGTCTTCAATTATTGTATATGGAAAGGGAGTATTGTGCTCTCATCAATT
Intron 7 GTATGCATAC ... GAACTGTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 35.38 | 21 | 16 | 7 |
| A2 | 47.83 | 6 | 2 | 9 |
| A3 | 46.67 | 4 | 6 | 1 |
| A4 | 26.32 | 7 | 1 | 4 |
| A5 | 33.33 | 1 | 1 | 0 |
| A6 | 26.32 | 7 | 3 | 2 |
| A7 | 41.18 | 5 | 1 | 6 |
| A8 | 38.78 | 15 | 11 | 8 |
| A9 | 25 | 6 | 2 | 2 |
| A10 | 28.57 | 5 | 2 | 2 |
>TRINITY_DN45241_c6_g2_i12 from sample A7 / Example spliced isoformAGGGGATTTAATTTTAGAACAGCACTGAAGCGACATTGTGGACAGTGTCTTGTCTACATATTTTCTCCAACGACTTGTTCTTTCTCGTTGCAGAAAATGGACAGCAAATTGGGTGATCGTTCGAGCTTTATTGTTGGAGTCATCGAAAACAGAGCTAAGGAGGTCGGTTTAGCGGCATTTGATTTGAGGACTGCTGCACT
CCATCTTTCACAATTCATTGAAACAAGTCGCTCGTATCAGAATACGAAAACGCTCTTACATTATTATGATCCGACGCATATCATTGTTCCGCCGTTTAAGATGGCTTCAGAGGGAATGGCTGGCGTGTCTACTCTTGTTGACACTTCTTACTCTTTGACTAACAAGGTGATAATGGCGAGAGGTTGCTTTGATGACACTA
AGGGAGCTATAATGGTTAAAAGTTTGGCTGCGAAGGAGCCCTCTGCACTAATTCTAGATACGTATTCCAAACAATACTATCTCTGCCTTGCAGCAGCTGCAGCTTGTATAAAATGGGTGGAAGCTGAAAAAGGCATTTCCATAACTAACCACTCGCTATTGGTAACTTTTAATGGATCCTTTGATCATATGAACATTGAT
GTTACAAGTGTCCAGAACCTGGAATTAATTGAACCCTTAGCCTCTACTCCTGGACTTCCAAATAACAAGAAGAACAGTGTTTTCCGCTTGCTCAACTCTACAAAAACTACTGGAGGCTCAAGACTTCTTAGAGCTAATCTGCTTCAGCCATTGAAGGATATTGAGACTATTGATGCTCGACTTGACTGCCTGGATGAGCT
AACTAGTAATGAGACGCTCTTCTTTGGGTTATCCCAAGTTCTTCAAAAATTTCCTAAAGACATTGATAGGGTTCTTTGCCACTTTTGCTTCAAACCAAATAGAGTTTCAGTTGAAAGTTCAACCTTTTCAAGAGCAAAGGGGAGCCAAATTATTGTGGCAAGCATTATTCTTCTAAAAGAAGCTCTAGAGGCATTGCCTT
CACTCTCAGAGGTTTTGAGGAATGCAAAAAGCTTCCTTCTTTCCAAGATCTACAGTTCAATTTGTGAAAACAAAATTTATGGCCTCATAAAAACAAGGATTGAGGAGGTTATTGATGAAGATATCCTGCATGCAAGGGCACCCTTTGTTGTTCGCACCCAACACTGCTTTGCTGTCAAGCCTAAATTAGATGGATTTCTT
GATGTTGCAAGAAAATCATTCTGTGATACAACTGAAGCCATACATGTTCTCGCAAAGAAATATCGTGAAGATATGGAACTGCCAAACTTGAAGATGCCCTTTAACAATAGGCAAGGTTTCTATATCACCATACCACAGAAGGATTTACCTGAGGGAGGTTTGCCTGAGATATTTATTCAGGTCCTTAAACAAGGGAAAAA
CATACATTGTTCCACTCAAGAATTGATTTCTCTAAATTGTAGGAACAAGTCAGCTGCTGAAGAATGCTACCTAAGAACAAAACATTGTCTGGAAGGACTAATTGATTCTGTACAACAGGATATCTCTCTCCTTACTCTTCTTTCAGAATCTTTGTGCCTCTTAGACATGATTGTAAATTCTTTTGCGCATACAATATTAA
GTAAACCTGTTGACAGTTACACCCGACCTGAATTCACTGAAAATGGTCCCATAGCAATAGAGGCGGGGAGGCACCCTATTCTTGAATGCATTCGTCCTGAAGAATTTGTTGCAAACAATACCTTCCTGTCAGAAGCATCCAATATGGTTATTGTCATGGGACCAAATATGAGTGGGAAGAGTACTTACCTTAGACAAGTA
TGTCTTATGACAGTCTTTGCTCAAATTGGTTGCTATGTTCCTGCCCATTTCGCTTCCTTTAGAGTTGTGGACCGTTTGTTTACACGAATTGGAACTGGAGACAGTTTGGAGTCCAACTCTAGCACTTTTATGACGGAGATGAAGGAAACTGCATTTATTATGCAAAATATCTCACCTCGGAGCCTAATCGTAATTGATGA
ACTCGGACGATCTACTTCTTCATTAGATGGCCTTGCAATGGCATGGAGTTGTTGCGAATATTTGTTGTCACTTCAAGTGTATACAATATTCGCAACACATATGGAGCGCCTTTCCGAACTAGCAAGTATTTATCCAAATGTCAAAGTTTGTCATTTTCAAGTCATTGTTAGAGATAACAGAATGGATTTCAAGTTTTTAC
TTAAAGAAGGTCATTTGAGTGTCCCTCACTATGGCCTACTACTAGCTGGTGTTTCTGGGCTACCAAACTCTGTTGTCGAAGAAGCTAGGAGCATTACAAGTAAAATTGTGGAGGAGGAGTCTCGGAGGTTGGAACTCAACCACGCGCAGTATCTTTCAATTCGAAAGGAGTATCGTGTTGCACAAAGACTGCTGTGCTTA
AAATATGGAAATTTGACAGAAGAAGATCTTCGTGCATCTCTAGAAAATCTGAAGGAAAGTTTCATGGATGGGAGATTATAGTGAGTTTAGCACGAGGCTTAAATACAAATTGACCTTGATTTAACTCTCGACTTTCAGAGGTGGTGTCAAGTCATGCCTTCACAAACTGAAACATTCTAGTAATTCAATAATGATACCAT
TTCTTCGTTTTTTTCTTTAGTTTCTAAATTTTGCAAGATCAGTGGTTTAGATGTGCATCTATTCCCAATGATATGTGAATTGGCCCATAGAGCCTCCACACAAACATCGGTTTATTCAAACATCTGTTTTATTAATGATTTTCTCTGAATTAGCCATGGTGGAATGTTACATCCTGATTTGGTTGACTGCAAAGCCATCC
CCGGGTATAGCTCTTTCAAAGACTAAAAGATTTTCAAATTGGTCTCACAATATCCATGAGCCATAAGGCATATTGAAGCCTCCGAAGAATTGACATGGTGTGTAAAATGACGTTCTTTGGAAGATCAATAATAAAATCAATTCATTGGTATTCATGGTTACTTTATTTAGATTTTGTATTCCATAAATTGAGAGATACCT
TAATGGCTAGAAAGGGATGGTGATTACTAGCTATAGCCACCTGATAGTTTATTCTACTACAATTTTCTATATATATTTTTATATAGATCCATTTTAAATCCAAAAAAA
>TRINITY_DN45241_c6_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:AGGGGATTTAATTTTAGAACAGCACTGAAGCGACATTGTGGACAGTGTCTTGTCTACATATTTTCTCCAACGACAAAATGGACAGCAAATTGGGTGATCGTTCGAGCTTTATTGTTGGAGTCATCGAAAACAGAGCTAAGGAGGTCGGTTTAGCGGCATTTGATTTGAGGACTGCTGCACTCCATCTTTCACAATTCATT
GAAACAAGTCGCTCGTATCAGAATACGAAAACGCTCTTACATTATTATGATCCGACGCATATCATTGTTCCGCCGTTTAAGATGGCTTCAGAGGGAATGGCTGGCGTGTCTACTCTTGTTGACACTTCTTACTCTTTGACTAACAAGGTGATAATGGCGAGAGGTTGCTTTGATGACACTAAGGGAGCTATAATGGTTAA
AAGTTTGGCTGCGAAGGAGCCCTCTGCACTAATTCTAGATACGTATTCCAAACAATACTATCTCTGCCTTGCAGCAGCTGCAGCTTGTATAAAATGGGTGGAAGCTGAAAAAGGCATTTCCATAACTAACCACTCGCTATTGGTAACTTTTAATGGATCCTTTGATCATATGAACATTGATGTTACAAGTGTCCAGAACC
TGGAATTAATTGAACCCTTAGCCTCTACTCCTGGACTTCCAAATAACAAGAAGAACAGTGTTTTCCGCTTGCTCAACTCTACAAAAACTACTGGAGGCTCAAGACTTCTTAGAGCTAATCTGCTTCAGCCATTGAAGGATATTGAGACTATTGATGCTCGACTTGACTGCCTGGATGAGCTAACTAGTAATGAGACGCTC
TTCTTTGGGTTATCCCAAGTTCTTCAAAAATTTCCTAAAGACATTGATAGGGTTCTTTGCCACTTTTGCTTCAAACCAAATAGAGTTTCAGTTGAAAGTTCAACCTTTTCAAGAGCAAAGGGGAGCCAAATTATTGTGGCAAGCATTATTCTTCTAAAAGAAGCTCTAGAGGCATTGCCTTCACTCTCAGAGGTTTTGAG
GAATGCAAAAAGCTTCCTTCTTTCCAAGATCTACAGTTCAATTTGTGAAAACAAAATTTATGGCCTCATAAAAACAAGGATTGAGGAGGTTATTGATGAAGATATCCTGCATGCAAGGGCACCCTTTGTTGTTCGCACCCAACACTGCTTTGCTGTCAAGCCTAAATTAGATGGATTTCTTGATGTTGCAAGAAAATCAT
TCTGTGATACAACTGAAGCCATACATGTTCTCGCAAAGAAATATCGTGAAGATATGGAACTGCCAAACTTGAAGATGCCCTTTAACAATAGGCAAGGTTTCTATATCACCATACCACAGAAGGATTTACCTGAGGGAGGTTTGCCTGAGATATTTATTCAGGTCCTTAAACAAGGGAAAAACATACATTGTTCCACTCAA
GAATTGATTTCTCTAAATTGTAGGAACAAGTCAGCTGCTGAAGAATGCTACCTAAGAACAAAACATTGTCTGGAAGGACTAATTGATTCTGTACAACAGGATATCTCTCTCCTTACTCTTCTTTCAGAATCTTTGTGCCTCTTAGACATGATTGTAAATTCTTTTGCGCATACAATATTAAGTAAACCTGTTGACAGTTA
CACCCGACCTGAATTCACTGgtatgcatacatatgaatctctacataatcatgttttgaggcaagttattaactggataaaattattactattgtgttttgatactgttggaactgtaagAAAATGGTCCCATAGCAATAGAGGCGGGGAGGCACCCTATTCTTGAATGCATTCGTCCTGAAGAATTTGTTGCAAACAAT
ACCTTCCTGTCAGAAGCATCCAATATGGTTATTGTCATGGGACCAAATATGAGTGGGAAGAGTACTTACCTTAGACAAGTATGTCTTATGACAGTCTTTGCTCAAATTGGTTGCTATGTTCCTGCCCATTTCGCTTCCTTTAGAGTTGTGGACCGTTTGTTTACACGAATTGGAACTGGAGACAGTTTGGAGTCCAACTC
TAGCACTTTTATGACGGAGATGAAGGAAACTGCATTTATTATGCAAAATATCTCACCTCGGAGCCTAATCGTAATTGATGAACTCGGACGATCTACTTCTTCATTAGATGGCCTTGCAATGGCATGGAGTTGTTGCGAATATTTGTTGTCACTTCAAGTGTATACAATATTCGCAACACATATGGAGCGCCTTTCCGAAC
TAGCAAGTATTTATCCAAATGTCAAAGTTTGTCATTTTCAAGTCATTGTTAGAGATAACAGAATGGATTTCAAGTTTTTACTTAAAGAAGGTCATTTGAGTGTCCCTCACTATGGCCTACTACTAGCTGGTGTTTCTGGGCTACCAAACTCTGTTGTCGAAGAAGCTAGGAGCATTACAAGTAAAATTGTGGAGGAGGAG
TCTCGGAGGTTGGAACTCAACCACGCGCAGTATCTTTCAATTCGAAAGGAGTATCGTGTTGCACAAAGACTGCTGTGCTTAAAATATGGAAATTTGACAGAAGAAGATCTTCGTGCATCTCTAGAAAATCTGAAGGAAAGTTTCATGGATGGGAGATTATAGTGAGTTTAGCACGAGGCTTAAATACAAATTGACCTTGA
TTTAACTCTCGACTTTCAGAGGTGGTGTCAAGTCATGCCTTCACAAACTGAAACATTCTAGTAATTCAATAATGATACCATTTCTTCGTTTTTTTCTTTAGTTTCTAAATTTTGCAAGATCAGTGGTTTAGATGTGCATCTATTCCCAATGATATGTGAATTGGCCCATAGAGCCTCCACACAAACATCGGTTTATTCAA
ACATCTGTTTTATTAATGATTTTCTCTGAATTAGCCATGGTGGAATGTTACATCCTGATTTGGTTGACTGCAAAGCCATCCCCGGGTATAGCTCTTTCAAAGACTAAAAGATTTTCAAATTGGTCTCACAATATCCATGAGCCATAAGGCATATTGAAGCCTCCGAAGAATTGACATGGTGTGTAAAATGACGTTCTTTG
GAAGATCAATAATAAAATCAATTCATTGGTATTCATGGTTACTTTATTTAGATTTTGTATTCCATAAATTGAGAGATACCTTAATGGCTAGAAAGGGATGGTGATTACTAGCTATAGCCACCTGATAGTTTATTCTACTACAATTTTCTATATATATTTTTATATAGATCCATTTTAAATCCAAAAAAA