NA ----> NA

Intron 1 GTCGTTTCCA ... TTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.96	4.4	15.4	5.8
A2	93.08	0.2	2.4	0
A3	68.69	2.5	5	6
A4	61.67	3.4	3.2	7.4
A5	100	0	1	1.8
A6	42.54	31.8	30.5	15.6
A7	51.35	5.8	6.8	5
A8	60.08	7.8	17.5	5
A9	63.43	11.5	21.6	15.8
A10	52.62	6.2	4.5	9

>TRINITY_DN45580_c1_g1_i6 from sample A6 / Example spliced isoform

CTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCAGATTGTTTCAGCTTCGATCCATGATAGAAATTCAGGCAATTGGCGTTGCAGGGTTTTTCGACAAGCTGATAATTCTTCGAGTCCAGACGCACAGTCCGCGACGCTCTTAGAGTTCACAGGGGCTCTTAGAATAAATCTGTGATATTGAGGCCCAGGGTTCGCAAAGGTCT
GCTTCTTGTGCAGAACGAACTAAATCAAAGGATTACACTGATTCCGGTTGTTTTCTTATTTTAGGAAAGAAATTAATTTAGGTTATCAGTGTTAGTGCTTTGATGTTGCTAGTTAAAAGCAATTAACTCTTTGGTGTAAACCTGAATGCTTTTTGGTCATGTAGATCATCATATTTTACACTACATATCTACATACTGGA
AATAAGTTTGTCCGATGATGTAAGCATAAACTGGTCAGAGTGGTTGTATGTGCCTTCTTTGTAAGCCTCAGCTTATATGCCTTGTTTCTAAGCCCCAGATCCATCTCAACTTTCATCTTAACCCTTTATCAAACCTCATATTTAATCTGTCTTAAATCAGGTATTTATTAAGTTTT

>TRINITY_DN45580_c1_g1_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCAGATTGTTTCAGCTTCGATCCATGATAGAAATTCAGGCAATTGGCGTTGCAGGGTTTTTCGACAAGCTGATAATTCTTCGAGTCCAGGCATGCTTTCCCATGGTTTTAAGACGCACAGTCCGCGACGCTCTTAGAGTTCACAGGGGCTCTTAGAATAAATCTGTGATATTG
AGGCCCAGGGTTCGCAAAGgtcgtttccatacattttactctccatctgatgctgtaatattgatgctcttgaatcctcagattttgtttccatccattttcgcctcaacatccatgtgttgagtagcataattcttgcctatatggcaataaactgcttattgttgtttgcagGTCTGCTTCTTGTGCAGAACGAACTA
AATCAAAGGATTACACTGATTCCGGTTGTTTTCTTATTTTAGGAAAGAAATTAATTTAGGTTATCAGTGTTAGTGCTTTGATGTTGCTAGTTAAAAGCAATTAACTCTTTGGTGTAAACCTGAATGCTTTTTGGTCATGTAGATCATCATATTTTACACTACATATCTACATACTGGAAATAAGTTTGTCCGATGATGTA
AGCATAAACTGGTCAGAGTGGTTGTATGTGCCTTCTTTGTAAGCCTCAGCTTATATGCCTTGTTTCTAAGCCCCAGATCCATCTCAACTTTCATCTTAACCCTTTATCAAACCTCATATTTAATCTGTCTTAAATCAGGTATTTATTAAGTTTT

Intron 2 GCATGCTTTC ... ATCCGGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	85.19	2	8	15
A2	54.55	5	1	11
A3	76	3	4	15
A4	44.44	5	0	8
A5	39.13	7	0	9
A6	70.37	8	32	6
A7	52.73	13	21	8
A8	72.73	3	14	2
A9	60	13	37	2
A10	60	5	15	0

>TRINITY_DN46242_c1_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

CTCTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCAGATTGTTTCAGCTTCGATCCATGATAGAAATTCAGGCAATTGGCGTTGCAGGGTTTTTCGACAAGCTGATAATTCTTCGAGTCCAGATGATGTATGCCTCGTTATCAGCGTCCCAGGGGCCGGCGGCGCGCTGACCTAAGCATATCTTCTTCCCAGATTTGGTGCAGC
ACTGGATCTGCAGTGTGGTTTGATATATGTGCCTGTGCCTGCCTACGTGTCCAGCTCGTCCCAGTGAGGACTTCTGAGACTCTAATTAGGGGGAGTACACAGATTCAGAGCAACTCGTGGGAGCAAGGCCTGGAATTTCAAATTTTCACTGCCCGTCAAGTCAAAATTTAATGACGGTTACTAATTTTGATTGCCTATCA
TTTTACGTTTGATTAAACTTCATAAAGTGTCAAATTTTTTTATGTTATATTCAAATATTTGCAATTTGTTTT

>TRINITY_DN46242_c1_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTCTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCAGATTGTTTCAGCTTCGATCCATGATAGAAATTCAGGCAATTGGCGTTGCAGGGTTTTTCGACAAGCTGATAATTCTTCGAGTCCAGgcatgctttcccatggttttaagacgcacagtccgcgacgctcttagagttcacaggggctcttagaataaatctgtgatat
tgaggcccagggttcgcaaaggtcgtttccatacattttactctccatctgatgctgtaatattgatgctcttgaatcctcagattttgtttccatccattttcgcctcaacatccatgtgttgagtagcataattcttgcttatatggcaataaactacttattgttgtttgcaggtctgcttcttgtgcagaacgaac
taaatcaaaggattacactgattccggttgttttcttattttagaaaagaaattaatttaggttatcagtgttagtgctttgatgttgctagttaaaagcaattaactctttggtgtaaacctgaatgctttttggtcatgtagatcatcatattttacactacatatctacatactggaaataagtttgtccgatgatg
taagcataaactggtcagagtggttgtatgtgccttctttgtaagcctcagcttatatgccttgtttctaagccccagatccatctcaactttcatcttaaccctttatcaaacctcatatttaatctgtcttaaatcagatatttattaagttttaagccacatagcacagattcatcttaaacctggatttttactta
gcttacacactgttccccattattatcaacaaaaaaatattaggatgaaatgatccatctttcagttcatcttaacgttgttccccattattatgtccttgacctgttgtttttgagcactaggattaatcccgtgtcggatgaaatgtttagcaaagactatggcccaaacatttgtggaaagtttttagtattaattt
tttattattaaacgaacctttttttcaccatctgattggatccggacagATGATGTATGCCTCGTTATCAGCGTCCCAGGGGCCGGCGGCGCGCTGACCTAAGCATATCTTCTTCCCAGATTTGGTGCAGCACTGGATCTGCAGTGTGGTTTGATATATGTGCCTGTGCCTGCCTACGTGTCCAGCTCGTCCCAGTGAGG
ACTTCTGAGACTCTAATTAGGGGGAGTACACAGATTCAGAGCAACTCGTGGGAGCAAGGCCTGGAATTTCAAATTTTCACTGCCCGTCAAGTCAAAATTTAATGACGGTTACTAATTTTGATTGCCTATCATTTTACGTTTGATTAAACTTCATAAAGTGTCAAATTTTTTTATGTTATATTCAAATATTTGCAATTTGT
TTT

Intron 3 GCATGCTTTC ... TGGTTTTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.27	5.4	7	7
A2	-1	0.3	0.8	1.6
A3	48.48	5.3	4.2	5.8
A4	19.23	3.7	0.4	1.7
A5	-1	0.2	0	0.8
A6	48.35	40.7	33.2	42.9
A7	45.64	24.2	21	19.7
A8	50.82	15	13.9	17
A9	49.44	35.9	36.2	33.9
A10	51.72	14.3	15.2	15.4

>TRINITY_DN45580_c1_g1_i6 from sample A6 / Example spliced isoform

CTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCAGATTGTTTCAGCTTCGATCCATGATAGAAATTCAGGCAATTGGCGTTGCAGGGTTTTTCGACAAGCTGATAATTCTTCGAGTCCAGACGCACAGTCCGCGACGCTCTTAGAGTTCACAGGGGCTCTTAGAATAAATCTGTGATATTGAGGCCCAGGGTTCGCAAAGGTCT
GCTTCTTGTGCAGAACGAACTAAATCAAAGGATTACACTGATTCCGGTTGTTTTCTTATTTTAGGAAAGAAATTAATTTAGGTTATCAGTGTTAGTGCTTTGATGTTGCTAGTTAAAAGCAATTAACTCTTTGGTGTAAACCTGAATGCTTTTTGGTCATGTAGATCATCATATTTTACACTACATATCTACATACTGGA
AATAAGTTTGTCCGATGATGTAAGCATAAACTGGTCAGAGTGGTTGTATGTGCCTTCTTTGTAAGCCTCAGCTTATATGCCTTGTTTCTAAGCCCCAGATCCATCTCAACTTTCATCTTAACCCTTTATCAAACCTCATATTTAATCTGTCTTAAATCAGGTATTTATTAAGTTTT

>TRINITY_DN45580_c1_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCAGATTGTTTCAGCTTCGATCCATGATAGAAATTCAGGCAATTGGCGTTGCAGGGTTTTTCGACAAGCTGATAATTCTTCGAGTCCAGgcatgctttcccatggttttaagACGCACAGTCCGCGACGCTCTTAGAGTTCACAGGGGCTCTTAGAATAAATCTGTGATATTG
AGGCCCAGGGTTCGCAAAGGTCTGCTTCTTGTGCAGAACGAACTAAATCAAAGGATTACACTGATTCCGGTTGTTTTCTTATTTTAGGAAAGAAATTAATTTAGGTTATCAGTGTTAGTGCTTTGATGTTGCTAGTTAAAAGCAATTAACTCTTTGGTGTAAACCTGAATGCTTTTTGGTCATGTAGATCATCATATTTT
ACACTACATATCTACATACTGGAAATAAGTTTGTCCGATGATGTAAGCATAAACTGGTCAGAGTGGTTGTATGTGCCTTCTTTGTAAGCCTCAGCTTATATGCCTTGTTTCTAAGCCCCAGATCCATCTCAACTTTCATCTTAACCCTTTATCAAACCTCATATTTAATCTGTCTTAAATCAGGTATTTATTAAGTTTT

Intron 4 GTCGTTTCCA ... ATCCGGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	88.57	2	16	15
A2	58.33	5	3	11
A3	83.33	2	5	15
A4	83.33	1	2	8
A5	41.67	7	1	9
A6	77.78	5	29	6
A7	55.56	6	7	8
A8	90.91	1	18	2
A9	77.78	3	19	2
A10	100	0	5	0

>TRINITY_DN46242_c1_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

ATGCTTTCCCATGGTTTTAAGACGCACAGTCCGCGACGCTCTTAGAGTTCACAGGGGCTCTTAGAATAAATCTGTGATATTGAGGCCCAGGGTTCGCAAAGATGATGTATGCCTCGTTATCAGCGTCCCAGGGGCCGGCGGCGCGCTGACCTAAGCATATCTTCTTCCCAGATTTGGTGCAGCACTGGATCTGCAGTGTG
GTTTGATATATGTGCCTGTGCCTGCCTACGTGTCCAGCTCGTCCCAGTGAGGACTTCTGAGACTCTAATTAGGGGGAGTACACAGATTCAGAGCAACTCGTGGGAGCAAGGCCTGGAATTTCAAATTTTCACTGCCCGTCAAGTCAAAATTTAATGACGGTTACTAATTTTGATTGCCTATCATTTTACGTTTGATTAAA
CTTCATAAAGTGTCAAATTTTTTTATGTTATATTCAAATATTTGCAATTTGTTTT

>TRINITY_DN46242_c1_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTCTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCAGATTGTTTCAGCTTCGATCCATGATAGAAATTCAGGCAATTGGCGTTGCAGGGTTTTTCGACAAGCTGATAATTCTTCGAGTCCAGGCATGCTTTCCCATGGTTTTAAGACGCACAGTCCGCGACGCTCTTAGAGTTCACAGGGGCTCTTAGAATAAATCTGTGATAT
TGAGGCCCAGGGTTCGCAAAGgtcgtttccatacattttactctccatctgatgctgtaatattgatgctcttgaatcctcagattttgtttccatccattttcgcctcaacatccatgtgttgagtagcataattcttgcttatatggcaataaactacttattgttgtttgcaggtctgcttcttgtgcagaacgaac
taaatcaaaggattacactgattccggttgttttcttattttagaaaagaaattaatttaggttatcagtgttagtgctttgatgttgctagttaaaagcaattaactctttggtgtaaacctgaatgctttttggtcatgtagatcatcatattttacactacatatctacatactggaaataagtttgtccgatgatg
taagcataaactggtcagagtggttgtatgtgccttctttgtaagcctcagcttatatgccttgtttctaagccccagatccatctcaactttcatcttaaccctttatcaaacctcatatttaatctgtcttaaatcagatatttattaagttttaagccacatagcacagattcatcttaaacctggatttttactta
gcttacacactgttccccattattatcaacaaaaaaatattaggatgaaatgatccatctttcagttcatcttaacgttgttccccattattatgtccttgacctgttgtttttgagcactaggattaatcccgtgtcggatgaaatgtttagcaaagactatggcccaaacatttgtggaaagtttttagtattaattt
tttattattaaacgaacctttttttcaccatctgattggatccggacagATGATGTATGCCTCGTTATCAGCGTCCCAGGGGCCGGCGGCGCGCTGACCTAAGCATATCTTCTTCCCAGATTTGGTGCAGCACTGGATCTGCAGTGTGGTTTGATATATGTGCCTGTGCCTGCCTACGTGTCCAGCTCGTCCCAGTGAGG
ACTTCTGAGACTCTAATTAGGGGGAGTACACAGATTCAGAGCAACTCGTGGGAGCAAGGCCTGGAATTTCAAATTTTCACTGCCCGTCAAGTCAAAATTTAATGACGGTTACTAATTTTGATTGCCTATCATTTTACGTTTGATTAAACTTCATAAAGTGTCAAATTTTTTTATGTTATATTCAAATATTTGCAATTTGT
TTT

Intron 5 GTCTGCTTCT ... ATCCGGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	83.33	2	5	15
A2	52.38	5	0	11
A3	81.82	2	3	15
A4	85.71	1	4	8
A5	39.13	7	0	9
A6	81.13	5	37	6
A7	55.56	6	7	8
A8	84.62	1	9	2
A9	73.91	3	15	2
A10	100	0	7	0

>TRINITY_DN46242_c1_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

ATGCTTTCCCATGGTTTTAAGACGCACAGTCCGCGACGCTCTTAGAGTTCACAGGGGCTCTTAGAATAAATCTGTGATATTGAGGCCCAGGGTTCGCAAAGATGATGTATGCCTCGTTATCAGCGTCCCAGGGGCCGGCGGCGCGCTGACCTAAGCATATCTTCTTCCCAGATTTGGTGCAGCACTGGATCTGCAGTGTG
GTTTGATATATGTGCCTGTGCCTGCCTACGTGTCCAGCTCGTCCCAGTGAGGACTTCTGAGACTCTAATTAGGGGGAGTACACAGATTCAGAGCAACTCGTGGGAGCAAGGCCTGGAATTTCAAATTTTCACTGCCCGTCAAGTCAAAATTTAATGACGGTTACTAATTTTGATTGCCTATCATTTTACGTTTGATTAAA
CTTCATAAAGTGTCAAATTTTTTTATGTTATATTCAAATATTTGCAATTTGTTTT

>TRINITY_DN46242_c1_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTCTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCAGATTGTTTCAGCTTCGATCCATGATAGAAATTCAGGCAATTGGCGTTGCAGGGTTTTTCGACAAGCTGATAATTCTTCGAGTCCAGACGCACAGTCCGCGACGCTCTTAGAGTTCACAGGGGCTCTTAGAATAAATCTGTGATATTGAGGCCCAGGGTTCGCAAAGgt
ctgcttcttgtgcagaacgaactaaatcaaaggattacactgattccggttgttttcttattttagaaaagaaattaatttaggttatcagtgttagtgctttgatgttgctagttaaaagcaattaactctttggtgtaaacctgaatgctttttggtcatgtagatcatcatattttacactacatatctacatactg
gaaataagtttgtccgatgatgtaagcataaactggtcagagtggttgtatgtgccttctttgtaagcctcagcttatatgccttgtttctaagccccagatccatctcaactttcatcttaaccctttatcaaacctcatatttaatctgtcttaaatcagatatttattaagttttaagccacatagcacagattcat
cttaaacctggatttttacttagcttacacactgttccccattattatcaacaaaaaaatattaggatgaaatgatccatctttcagttcatcttaacgttgttccccattattatgtccttgacctgttgtttttgagcactaggattaatcccgtgtcggatgaaatgtttagcaaagactatggcccaaacatttgt
ggaaagtttttagtattaattttttattattaaacgaacctttttttcaccatctgattggatccggacagATGATGTATGCCTCGTTATCAGCGTCCCAGGGGCCGGCGGCGCGCTGACCTAAGCATATCTTCTTCCCAGATTTGGTGCAGCACTGGATCTGCAGTGTGGTTTGATATATGTGCCTGTGCCTGCCTACG
TGTCCAGCTCGTCCCAGTGAGGACTTCTGAGACTCTAATTAGGGGGAGTACACAGATTCAGAGCAACTCGTGGGAGCAAGGCCTGGAATTTCAAATTTTCACTGCCCGTCAAGTCAAAATTTAATGACGGTTACTAATTTTGATTGCCTATCATTTTACGTTTGATTAAACTTCATAAAGTGTCAAATTTTTTTATGTTA
TATTCAAATATTTGCAATTTGTTTT

Intron 6 GTAATATTGA ... TTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	93.1	1	14	6
A2	77.78	1	7	0
A3	76.19	2	6	6
A4	91.66	0.5	2	7.5
A5	100	0	2	2
A6	53.54	17.3	22.5	15.5
A7	64.66	3	5.5	5
A8	69.7	4.3	14	5
A9	77.9	5.5	22	16
A10	86.95	1.5	8	9

>TRINITY_DN46242_c1_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

CTCTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCAGATTGTTTCAGCTTCGATCCATGATAGAAATTCAGGCAATTGGCGTTGCAGGGTTTTTCGACAAGCTGATAATTCTTCGAGTCCAGACGCACAGTCCGCGACGCTCTTAGAGTTCACAGGGGCTCTTAGAATAAATCTGTGATATTGAGGCCCAGGGTTCGCAAAGGT
CGTTTCCATACATTTTACTCTCCATCTGATGCTGTCTGCTTCTTGTGCAGAACGAACTAAATCAAAGGATTACACTGATTCCGGTTGTTTTCTTATTTTAGAAAAGAAATTAATTTAGGTTATCAGTGTTAGTGCTTTGATGTTGCTAGTTAAAAGCAATTAACTCTTTGGTGTAAACCTGAATGCTTTTTGGTCATGTA
GATCATCATATTTTACACTACATATCTACATACTGGAAATAAGTTTGTCCGATGATGTAAGCATAAACTGGTCAGAGTGGTTGTATGTGCCTTCTTTGTAAGCCTCAGCTTATATGCCTTGTTTCTAAGCCCCAGATCCATCTCAACTTTCATCTTAACCCTTTATCAAACCTCATATTTAATCTGTCTTAAATCAGATA
TTTATTAAGTTTTAAGCCACATAGCACAGATTCATCTTAAACCTGGATTTTTACTTAGCTTACACACTGTTCCCCATTATTATCAACAAAAAAATATTAGGATGAAATGATCCATCTTTCAGTTCATCTTAACGTTGTTCCCCATTATTATGTCCTTGACCTGTTGTTTTTGAGCACTAGGATTAATCCCGTGTCGGATG
AAATGTTTAGCAAAGACTATGGCCCAAACATTTGTGGAAAGTTTTTAGTATTAATTTTTTATTATTAAACGAACCTTTTTTTCACCATCTGATTGGATCCGGACAG

>TRINITY_DN46242_c1_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTCTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCAGATTGTTTCAGCTTCGATCCATGATAGAAATTCAGGCAATTGGCGTTGCAGGGTTTTTCGACAAGCTGATAATTCTTCGAGTCCAGGCATGCTTTCCCATGGTTTTAAGACGCACAGTCCGCGACGCTCTTAGAGTTCACAGGGGCTCTTAGAATAAATCTGTGATAT
TGAGGCCCAGGGTTCGCAAAGGTCGTTTCCATACATTTTACTCTCCATCTGATGCTgtaatattgatgctcttgaatcctcagattttgtttccatccattttcgcctcaacatccatgtgttgagtagcataattcttgcttatatggcaataaactacttattgttgtttgcagGTCTGCTTCTTGTGCAGAACGAAC
TAAATCAAAGGATTACACTGATTCCGGTTGTTTTCTTATTTTAGAAAAGAAATTAATTTAGGTTATCAGTGTTAGTGCTTTGATGTTGCTAGTTAAAAGCAATTAACTCTTTGGTGTAAACCTGAATGCTTTTTGGTCATGTAGATCATCATATTTTACACTACATATCTACATACTGGAAATAAGTTTGTCCGATGATG
TAAGCATAAACTGGTCAGAGTGGTTGTATGTGCCTTCTTTGTAAGCCTCAGCTTATATGCCTTGTTTCTAAGCCCCAGATCCATCTCAACTTTCATCTTAACCCTTTATCAAACCTCATATTTAATCTGTCTTAAATCAGATATTTATTAAGTTTTAAGCCACATAGCACAGATTCATCTTAAACCTGGATTTTTACTTA
GCTTACACACTGTTCCCCATTATTATCAACAAAAAAATATTAGGATGAAATGATCCATCTTTCAGTTCATCTTAACGTTGTTCCCCATTATTATGTCCTTGACCTGTTGTTTTTGAGCACTAGGATTAATCCCGTGTCGGATGAAATGTTTAGCAAAGACTATGGCCCAAACATTTGTGGAAAGTTTTTAGTATTAATTT
TTTATTATTAAACGAACCTTTTTTTCACCATCTGATTGGATCCGGACAGATGATGTATGCCTCGTTATCAGCGTCCCAGGGGCCGGCGGCGCGCTGACCTAAGCATATCTTCTTCCCAGATTTGGTGCAGCACTGGATCTGCAGTGTGGTTTGATATATGTGCCTGTGCCTGCCTACGTGTCCAGCTCGTCCCAGTGAGG
ACTTCTGAGACTCTAATTAGGGGGAGTACACAGATTCAGAGCAACTCGTGGGAGCAAGGCCTGGAATTTCAAATTTTCACTGCCCGTCAAGTCAAAATTTAATGACGGTTACTAATTTTGATTGCCTATCATTTTACGTTTGATTAAACTTCATAAAGTGTCAAATTTTTTTATGTTATATTCAAATATTTGCAATTTGT
TTT