NA ----> NA

Intron 1 GTAATTCCAT ... ATTGTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.02	7	5.6	3
A2	17.89	39	7	10
A3	22.39	26	6	9
A4	50	2	3	1
A5	13.89	4	1.3	0
A6	16.53	227.1	30.9	59
A7	17.27	151.8	25.4	38
A8	20.07	231	42	74
A9	21.5	172.5	30.5	64
A10	16.01	105	15.1	25

>TRINITY_DN45382_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

TCGAACTCATAGCAATATACACTTTCCACATCATCCAACCCATTTAAGGGCCACGTATCATGACATCATAGCGTATCCGACAATGTTAGCTAAAGGTCGAACAGGCTATTCGCGGAGATTCTTGACATCCTCAGGCTCTCCCCATCCCACATCAAATCCACCCAATAAGTCCTTGGATTGAAGAATTCATCGGACATTCT
CTAGATCCCAGACCCAAAATCAAAACCAGGGCATCGAAAATACTCAGCAGTGTTTAACGTTTTCTTACTTATTAAAATCGATAGGATGCTGCTCCTCCAATGTTCAGAGGAACGAGGTCTTTAGGGCAAGCGTAGAATGGAGAAACACATGAGTACGGGTTTTGCAGCGGTGGCTGTAGAAATCAGACTGCTCTGTGTTG
TTTTCTTGTGTATATTCCAGGTTGGAGGCCTTGCACAGGAACTGCAAGAGTTTGCAGCTGTAAGAGCACAACAGGACAGTGTTGTACACTCTTACGAAACACATTGTTCTAGGGAAAGAAGCAGGACAGCTTGGAAAATAATTGAGGAGTATTTGATGCCATTTGTGGAACAAGAGAATTACAATATCTCAAGAACGTGC
AGGCTTCACGTGGAGAATGATATGTTCAGAGAGCAGGAGTTACACAAGGATCATCTGCAAGTTAATGAATGGCAGTGTGGCTTTTGCAGGAAAATATTTATTTCAGAGAAGTTACTTGACCAACATTTTGATAATCGTCATCTTAACTTGTTGAACATTAGCCGGAGTAGATGTTTGGCAGATGTGTGTGGTGCATTACA
TTGTGATTCTATGGATAAGTCCAAGCCGCTAAAAACAAAATGCAAACCTGCTGCTGCTGACAAGAATCGCCATCTTTGTGAGGGTCTTGCAAATAGTTGCTTTCCTCCTAAAGAGAGTCCTTCTGCAAGGCGCCTTCATGACTTCTTCTTACGGCAATTTTGTGATGCCCATACTTGCAAACGAGGCACTCAACCATTTG
CAAGGGGGAGTGGGAAGACAACAAATTTGTTCTACTATGCCATTTGCATCTTGTTGATGATGATGCTTCCTGTATTTTACTGTGTGGTTTATGCCCATCAAAGGGAAATGGGCAAGAAAATAAAAAATTTCAAACGCATTCCTAAAATGAATCAAAAGAAATCCTATTGAGAATTGTGATCGTATTTCTTCTTTAAATTT
ATCTCCCAATGATGCTTATTTTTTTTAATCGTCAAAGCTGTTTCACCTTGCTGAACGCAATCTATTCTTTTGAAGTTTGGATTTTGTATAGTTTCCAACTTAATATTATCAGCATTTCATCTTGCATATGTAAGTGTCTGCAGTGATTTTTTTCTTATAAAGCATATTGACATTAAGCAGTTTAGAAAGTTGTTTGATCG
TTCCCTTACAATTAGTGCTCCGATCTTGTGTACAGTTACAATTAGATATTCT

>TRINITY_DN45382_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TCGAACTCATAGCAATATACACTTTCCACATCATCCAACCCATTTAAGGGCCACGTATCATGACATCATAGCGTATCCGACAATGTTAGCTAAAGGTCGAACAGGCTATTCGCGGAGATTCTTGACATCCTCAGGCTCTCCCCATCCCACATCAAATCCACCCAATAAGTCCTTGGATTGAAGAATTCATCGGACATTCT
CTAGATCCCAGACCCAAAATCAAAACCAGGGCATCGAAAATACTCAGCAGTGTTTAACGTTTTCTTACTTATTAAAATCGATAGGATGCTGCTCCTCCAATGTTCAGAGGAACGAGGTCTTTAGGGCAAGCGTAGAATGGAGAAACACATGAGTACGGGTTTTGCAGCGGTGGCTGTAGAAATCAGACTGCTCTGTGTTG
TTTTCTTGTGTATATTCCAGGTTGGAGGCCTTGCACAGGAACTGCAAGAGTTTGCAGCTGTAAGAGCACAACAGGACAGTGTTGTACACTCTTACGAAACACATTGTTCTAGGGAAAGAAGCAGGACAGCTTGGAAAATAATTGAGGAGTATTTGATGCCATTTGTGGAACAAGAGAATTACAATATCTCAAGAACGTGC
AGGCTTCACGTGGAGAATGATATGTTCAGAGAGCAGGAGTTACACAAGGATCATCTGCAAGTTAATGAATGGCAGTGTGGCTTTTGCAGGAAAATATTTATTTCAGAGAAGTTACTTGACCAACATTTTGATAATCGTCATCTTAACTTGTTGAACATTAGCCGGAGTAGATGTTTGGCAGATGTGTGTGGTGCATTACA
TTGTGATTCTATGGATAAGTCCAAGCCGCTAAAAACAAAATGCAAACCTGCTGCTGCTGACAAGAATCGCCATCTTTGTGAGGGTCTTGCAAATAGTTGCTTTCCTCCTAAAGAGAGTCCTTCTGCAAGGCGCCTTCATGACTTCTTCTTACGGCAATTTTGTGATGCCCATACTTGCAAACGAGGCACTCAACCATTTG
CAAGGGGGAGTGGGAAGACAACAAATTTGTTCTACTATGCCATTTGCATCTTGTTGATGATGATGCTTCCTGTATTTTACTGTGTGGTTTATGCCCATCAAAGgtaattccataccattctctctctaaactatgggtaatgattggcacagaaggcttcatttacaagcctactgtccagcagcaaaatcaatgttctg
ctaagatacatacaggacataattgcttttttttttcttctgtcaacaccagcgtggttaactttattctggggagggtaggatcccacgaggttttccttgttgtctctctctctctctctctatgtatatatacacacactgttagacacacacacaccgtaagactggaagtatagttgataggattagaatgttgt
aaaatccttgttctcttttcataatttcaatttttgcaatgatttgtaattgactgttgtttttcaattgttacagGGAAATGGGCAAGAAAATAAAAAATTTCAAACGCATTCCTAAAATGAATCAAAAGAAATCCTATTGAGAATTGTGATCGTATTTCTTCTTTAAATTTATCTCCCAATGATGCTTATTTTTTTTA
ATCGTCAAAGCTGTTTCACCTTGCTGAACGCAATCTATTCTTTTGAAGTTTGGATTTTGTATAGTTTCCAACTTAATATTATCAGCATTTCATCTTGCATATGTAAGTGTCTGCAGTGATTTTTTTCTTATAAAGCATATTGACATTAAGCAGTTTAGAAAGTTGTTTGATCGTTCCCTTACAATTAGTGCTCCGATCTT
GTGTACAGTTACAATTAGATATTCT

Intron 2 GTAAGTTTGA ... TGAATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.71	16.3	3.7	5
A2	1.69	29	0.4	2
A3	7.47	34.3	3	0
A4	11.43	11	1.7	0.6
A5	6.46	5.9	0.4	0
A6	8.39	171	16.7	4.1
A7	10.94	128.6	15.9	1.6
A8	8.62	174	16.7	2.6
A9	11.07	138.1	19.7	0.6
A10	10.96	97.3	12	0

>TRINITY_DN116402_c10_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

ACCACAGGTCAGAAAAATGTGTTTTTTCATGGTGTTAACTCTCTATTATTAATGAAGTTCAACTTTGCAATGGGTTAAATGTCCAAGTAATGCACCTAAATCTCTTCCTCGTTTGACTTGAAAAGCCTTGTAAAATATATCACAGGAAAAGTCTTGTAAAGAAATGCAACTGAAATGGATCTTGTGGTGCTTGAAAATAT
ATAATGAAACATGGGAGATAAGTTTTACGTTGATAACCATGTTTCTGGTCATTTCAATATATGGATTTGTTTCCATTCTCTTTCATTAAATGTTACTATGATCTGAATAATGTGGCTAATTTCTTTGCTAATGATAAGAAGGCCAACAAAATGTTTTGTGCCTGGATGTCGCATTTTAATAGTTCTTGTGTATGTTGCTT
TGAATATAATGACTATATTAAGAATCGAGATCTTTTGTTATATTCTTCTCTGACTGGTACAGTTCCTTATTGCTTTGTGTGATCCAGGAATTGCAAGAGTTTGCAGCTGTAAGGTATGGCTTGATTATATAAAGGTCAACCGAAGGTGGTTGAAATGTAAATAATTAACTTTCATGTTCTATGTTTGGTAATGTCCCTGC
ACTTTGTTATGAATGGGACCAGGAAACCATTGCATAAGTTATTTCTGTATTTGTTGTCTGTATCCCATGTGAGTTATTGGTTCTATTTGGTCTTAGTTGCTCTGCCACAGGACTAGCTTGATTACACAATCTGCCTTATCACAGTGATCTAATTTTTCTTTTGACTTTTAACCTATGTGTCTGACCACAATACAAAGTGA
CGCAGAACCAAATATATGTAAATTGCAATGACGTGTTGAATAATAACAATATATATATGCCAGTAAGTAATAACAATATATGTGCCAGTAAGTAGAAAGCAAAATAAAAACAAAATAAAGCTCTTTATTGCTTTGTGTGATCCAGGAATTGCAAGAGTTTGCAGCTGTAAGGTATGACCTGATTATATAAAGGTCAACTG
AAGGTGGTTGAAATGTAAACAATTAACTTTCATGTTTTATATTTATGTTTGTTCATGCTATTGCACTTGTTATGAATGGGACCAGGAAGCTATTGCATATGTTATTTTATATTTGCTGTGTGTATCCAAGTCATGACCTTTGGTCTCTTGGTTATGCTTGGTCTTAATTGCTCTGCTACAGGACTAGTTTGAATACACAA
TTTGTGTCTTAAAAAAGTGATGTGATTTTTCTTTTGACCTTTTACCATTGTGTCTGACGACAATATAAAATGCTGCAGTACCAAATATATGTGAATTGCAATGACTTGTTGAATAATAATGATATATATGTCAATATTTAGAAAGCAAAATCATAAACAAAATAAATTTCAATTACAGCCTAATGTAGTAGCAAATGCTG
TGGGCCTTATTTTTGTCTTGAAGTTTCTGTTTGCTTGTTAATGCTTGATTTTGTTGTTTTAAAGAGCACAACAGGACAGTGTTGTACACTCTTACGAAACACATTGTTCTAGGGAAAGAAGCAGGACAGCTTGGAAAATAATTGAGGAGTATTTGATGCCATTTGTGGAACAAGAGAATTACAATATCTCAAGAACGTGC
AGGCTTCACGTGGAGAATGATATGTTCAGAGAGCAGGAGTTACACAAGGATCATCTGCAAGTTAATGAATGGCAGTGTGGCTTTTGCAGGAAAATATTTATTTCAGAGAAGTTACTTGACCAACATTTTGATAATCGTCATCTTAACTTGTTGAACATTAGCCGGAGTAGATGTTTGGCAGATGTGTGTGGTGCATTACA
TTGTGATTCTATGGATAAGTCCAAGCCGCTAAAAACAAAATGCAAACCTGCTGCTGCTGACAAGAATCGCCATCTTTGTGAGGGTCTTGCAAATAGTTGCTTTCCTCCTAAAGAGAGTCCTTCTGCAAGGCGCCTTCATGACTTCTTCTTACGGCAATTTTGTGATGCCCATACTTGCAAACGAGGCACTCAACCATTTG
CAAGGGGGAGTGGGAAGACAACAAATTTGTTCTACTATGCCATTTGCATCTTGTTGATGATGATGCTTCCTGTATTTTACTGTGTGGTTTATGCCCATCAAAGGGAAATGGGCAAGAAAATAAAAAAGTTCAAACGCATTCCTAAAATGAATCAAAAGAAATCCTATTGAGAATTGTGATCGTATTTCTTCTTTAAATTT
ATCTCCCAATGATGCTTATTTTTTTTAATCGTCAAAGCTGTTTCACCTTGCTGAACGCAATCTATTCTTTTGAAGTATGGATTTTGTATAGTTTCCAACTTAATATTATCAGCATTTCATCTTGCATATGTAAGTGTCTGCAGTGATTTTTTTCTTATAAAGCATATTGACATTAAGCAGTTTAGAAAGTTGTTTGATCG
TTCCCTTACAATTAGTGCTCCGATCTTGTGTACAGTTACAATTAGATATTCTGTATAAGAGCACCGCAAA

>TRINITY_DN116402_c10_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ACCACAGGTCAGAAAAATGTGTTTTTTCATGGTGTTAACTCTCTATTATTAATGAAGTTCAACTTTGCAATGGGTTAAATGTCCAAGTAATGCACCTAAATCTCTTCCTCGTTTGACTTGAAAAGCCTTGTAAAATATATCACAGGAAAAGTCTTGTAAAGAAATGCAACTGAAATGGATCTTGTGGTGCTTGAAAATAT
ATAATGAAACATGGGAGATAAGTTTTACGTTGATAACCATGTTTCTGGTCATTTCAATATATGGATTTGTTTCCATTCTCTTTCATTAAATGTTACTATGATCTGAATAATGTGGCTAATTTCTTTGCTAATGATAAGAAGGCCAACAAAATGTTTTGTGCCTGGATGTCGCATTTTAATAGTTCTTGTGTATGTTGCTT
TGAATATAATGACTATATTAAGAATCGAGATCTTTTGTTATATTCTTCTCTGACTGGTACAGTTCCTTATTGCTTTGTGTGATCCAGGAATTGCAAGAGTTTGCAGCTGTAAGGTATGGCTTGATTATATAAAGGTCAACCGAAGGTGGTTGAAATGTAAATAATTAACTTTCATGTTCTATGTTTGGTAATGTCCCTGC
ACTTTGTTATGAATGGGACCAGGAAACCATTGCATAAGTTATTTCTGTATTTGTTGTCTGTATCCCATGTGAGTTATTGGTTCTATTTGGTCTTAGTTGCTCTGCCACAGGACTAGCTTGATTACACAATCTGCCTTATCACAGTGATCTAATTTTTCTTTTGACTTTTAACCTATGTGTCTGACCACAATACAAAGTGA
CGCAGAACCAAATATATGTAAATTGCAATGACGTGTTGAATAATAACAATATATATATGCCAGTAAGTAATAACAATATATGTGCCAGTAAGTAGAAAGCAAAATAAAAACAAAATAAAGCTCTTTATTGCTTTGTGTGATCCAGGAATTGCAAGAGTTTGCAGCTGTAAGGTATGACCTGATTATATAAAGGTCAACTG
AAGGTGGTTGAAATGTAAACAATTAACTTTCATGTTTTATATTTATGTTTGTTCATGCTATTGCACTTGTTATGAATGGGACCAGGAAGCTATTGCATATGTTATTTTATATTTGCTGTGTGTATCCAAGTCATGACCTTTGGTCTCTTGGTTATGCTTGGTCTTAATTGCTCTGCTACAGGACTAGTTTGAATACACAA
TTTGTGTCTTAAAAAAGTGATGTGATTTTTCTTTTGACCTTTTACCATTGTGTCTGACGACAATATAAAATGCTGCAGTACCAAATATATGTGAATTGCAATGACTTGTTGAATAATAATGATATATATGTCAATATTTAGAAAGCAAAATCATAAACAAAATAAATTTCAATTACAGCCTAATGTAGTAGCAAATGCTG
TGGGCCTTATTTTTGTCTTGAAGTTTCTGTTTGCTTGTTAATGCTTGATTTTGTTGTTTTAAAGAGCACAACAGGACAGTGTTGTACACTCTTACGAAACACATTGTTCTAGGGAAAGAAGCAGGACAGCTTGGAAAATAATTGAGGAGTATTTGATGCCATTTGTGGAACAAGAGAATTACAATATCTCAAGAACGTGC
AGGCTTCACGTGGAGAATGATATGTTCAGAGAGCAGGAGTTACACAAGGATCATCTGCAAGTTAATGAATGGCAGTGTGGCTTTTGCAGGAAAATATTTATTTCAGAGAAGTTACTTGACCAACATTTTGATAATCGTCATCTTAACTTGTTGAACATTAGCCGGAGTAGATGTTTGGCAGATGTGTGTGGTGCATTACA
TTGTGATTCTATGGATAAGTCCAAGCCGCTAAAAACAAAATGCAAACCTGCTGCTGCTGACAAGAATCGCCATCTTTGTGAGGGTCTTGCAAATAGTTGCTTTCCTCCTAAAGAGAGTCCTTCTGCAAGGCGCCTTCATGACTTCTTCTTACGGCAATTTTGTGATGCCCATACTTGCAAACGAGGCACTCAACCATTTG
CAAGGGGGAGTGGGgtaagtttgaatctctttgacaaactacctattaatagtggttcatccataattttacaccatgcttaatacttttctgttgtgattatctttgaattgcagAAGACAACAAATTTGTTCTACTATGCCATTTGCATCTTGTTGATGATGATGCTTCCTGTATTTTACTGTGTGGTTTATGCCCAT
CAAAGGTAATTCCATACCATTCTCTCTCTAAACTAT

Intron 3 GTAAACAATT ... TGTTTTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	14	6	21
A2	64.86	13	11	24
A3	47.06	9	5	8
A4	62.07	11	8	18
A5	53.57	13	6	15
A6	48.33	31	2	29
A7	50	24	1	24
A8	50	32	5	32
A9	48.98	25	4	24
A10	45.83	26	5	22

>TRINITY_DN115932_c10_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTAGCTAAAGGTCGAACAGGCTATTCGCGGAGATTCTTGACATCCTCAGGCTCTCCCCATCCCACATCAAATCCACCCAATAAGTCCTTGGATTGAAGAATTCATCGGACATTCTCTAGATCCCAGACCCAAAATCAAAACCAGGGCATCGAAAATACTCAGCAGTGTTTAACGTTTTCTTACTTATTAAAATCGATAG
GATGCTGCTCCTCCAATGTTCAGAGGAACGAGGTCTTTAGGGCAAGCGTAGAATGGAGAAACACATGAGTACGGGTTTTGCAGCGGTGGCTGTAGAAATCAGACTGCTCTGTGTTGTTTTCTTGTGTATATTCCAGGTTGGAGGCCTTGCACAGGAACTGCAAGAGTTTGCAGCTGTAAGGAATTGCAAGAGTTTGCAGC
TGTAAGGTATGACCTGATTATATAAAGGTCAACTGAAGGTGGTTGAAATAGCACAACAGGACAGTGTTGTACACTCTTACGAAACACATTGTTCTAGGGAAAGAAGCAGGACAGCTTGGAAAATAATTGAGGAGTATTTGATGCCATTTGTGGAACAAGAGAATTACAATATCTCAAGAACGTGCAGGCTTCACGTGGAG
AATGATATGTTCAGAGAGCAGGAGTTACACAAGGATCATCTGCAAGTTAATGAATGGCAGTGTGGCTTTTGCAGGAAAATATTTATTTCAGAGAAGTTACTTGACCAACATTTTGATAATCGTCATCTTAACTTGTTGAACATT

>TRINITY_DN115932_c10_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGATCAGGAACCATGGCTGCCAAACTTAAGCAACATCTCTTGCGTGCAAAAAACTTGGACAGCTCTTCTTCCTTTTTTCCAAAAAAATAAAAATAAAAAGCCAATATCCTGACTATCTCTTAACAACATGGAGAAAGTAGCTTTAAATAGGATGCTACTAGCCAAAAACCATTTGTGAATAGCCATGATATACTTTTTTC
CTGCATACTATACAAGACCAGAATAGATGTAGGAGTCAAGCTGGGGCTCCCCTAAGGGACAGTGGTGACTTGGATGCCTCAACTATTTAATAAAGGTAGCTTCCCTAAAGGATGCTGTCTTTTTTGTGAAGGATTATAGTAGTGGAACTCCTGATGTGGGTGTGCTTAGTTAAGAATTTCTATGAAAATAGCCTGTAACT
TTTTAGTAAAACACAACATTCTAACAGCAGAAACCTTGCAAAATCACAGAACTACAAGTAAGAATGAGTTCGTTTTGGTGTTTACAAATTAATTTTCTGCAAAACATGTTTCAGAAAATATAAACTGTTTAGGTAATACATTTATGTTCATCAAGCATTTTAAGGAGGATGAACTGAAAATGCTTGAGAATGTGTTTGAA
AATTAAAACAGAATATCATAGAATATAGTTGGCCTGAAATCTTTAAATTTCTCATCCAAGCTTTGGAAGCTCTGACATAAGAAATACAAGACCACAGGTCAGAAAAATGTGTTTTTTCATGGTGTTAACTCTCTATTATTAATGAAGTTCAACTTTGCAATGGGTTAAATGTCCAAGTAATGCACCTAAATCTCTTCCTC
GTTTGACTTGAAAAGCCTTGTAAAATATATCACAGGAAAAGTCTTGTAAAGAAATGCAACTGAAATGGATCTTGTGGTGCTTGAAAATATATAATGAAACATGGGAGATAAGTTTTACGTTGATAACCATGTTTCTGGTCATTTCAATATATGGATTTGTTTCCATTCTCTTTCATTAAATGTTACTATGATCTGAATAA
TGTGGCTAATTTCTTTGCTAATGATAAGAAGGCCAACAAAATGTTTTGTGCCTGGATGTCGCATTTTAATAGTTCTTGTGTATGTTGCTTTGAATATAATGACTATATTAAGAATCGAGATCTTTTGTTATATTCTTCTCTGACTGGTACAGTTCCTTATTGCTTTGTGTGATCCAGGAATTGCAAGAGTTTGCAGCTGT
AAGGTATGGCTTGATTATATAAAGGTCAACCGAAGGTGGTTGAAATGTAAATAATTAACTTTCATGTTCTATGTTTGGTAATGTCCCTGCACTTTGTTATGAATGGGACCAGGAAACCATTGCATAAGTTATTTCTGTATTTGTTGTCTGTATCCCATGTGAGTTATTGGTTCTATTTGGTCTTAGTTGCTCTGCCACAG
GACTAGCTTGATTACACAATCTGCCTTATCACAGTGATCTAATTTTTCTTTTGACTTTTAACCTATGTGTCTGACCACAATACAAAGTGATGCAGAACCAAATATATGTAAATTGCAATGACGTGTTGAATAATAACAATATATATATGCCAGTAAGTAATAACAATATATGTGCCAGTAAGTAGAAAGCAAAATAAAAA
CAAAATAAAGCTCTTTATTGCTTTGTGTGATCCAGGAATTGCAAGAGTTTGCAGCTGTAAGGTATGACCTGATTATATAAAGGTCAACTGAAGGTGGTTGAAATgtaaacaattaactttcatgttttatatttatgtttgttcatgctattgcacttgttatgaatgggaccaggaagctattgcatatgttattttat
atttgctgtgtgtatccaagtcatgacctttggtctcttggttatgcttggtcttaattgctctgctacaggactagtttgaatacacaatttgtgtcttaaaaaagtgatgtgatttttcttttgaccttttaccattgtgtctgacgacaatataaaatgctgcagtaccaaatatatgtgaattgcaatgacttgtt
gaataataatgatatatatgtcaatatttagaaagcaaaatcataaacaaaataaatttcaattacagcctaatgtagtagcaaatgctgtgggccttatttttgtcttgaagtttctgtttgcttgttaatgcttgattttgttgttttaaagAGCACAACAGGACAGTGTTGTACACTCTTACGAAACACATTGTTCT
AGGGAAAGAAGCAGGACAGCTTGGAAAATAATTGAGGAGTATTTGATGCCATTTGTGGAACAAGAGAATTACAATATCTCAAGAACGTGCAGGCTTCACGTGGAGAATGATATGTTCAGAGAGCAGGAGTTACACAAGGATCATCTGCAAGTTAATGAATGGCAGTGTGGCTTTTGCAGGAAAATATTTATTTCAGAGAA
GTTACTTGACCAACATTTTGATAATCGTCATCTTAACTTGTTGAACATTACTTCTTCTTACGGCAATTTTGTGATGCCCATACTTGCAAACGAGGCACTCAACCATTTGCAAGGGGGAGTGGGAATACAACAAATTTGTTCTACTATGCCATTTGCATCTTGTTGATGATGATGCTTCCTGTATTTTACTGTGTGGTTTA
TGCCCATCAAAGGGAAATGGGCAAGAAAATAAAAAATTTCAAACGCATTCCTAAAATGAATCAAAAGAAATCCTATTGAGAATTGTGATCGTATTTCTTCTTTAAATTTATCTCCCAATGATGCTTATTTTTTTTAATCGTCAAAGCTGTTTCACCTTGCTGAACGCAATCTATTCTTTTGAAGTATGGATTTTGTATAG
TTTCCAACTTAATATTATCAGC

Intron 4 GTTTTCATTT ... TCTCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.77	46	14.1	4.6
A2	14.71	15	2.6	1.6
A3	11.11	30	3.8	5.2
A4	12.86	41	6.2	2.6
A5	13.93	16	2.6	3.2
A6	15.88	247	47.8	25.9
A7	15.92	178	34.5	13.2
A8	15.07	200	36.3	19
A9	14.71	196	34.5	22.2
A10	9.15	147	15	11.1

>TRINITY_DN113573_c2_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

GCGTATCCGACAATGTTAGCTAAAGGTCGAACAGGCTATTCGCGGAGATTCTTGACATCCTCAGGCTCTCCCCATCCCACATCAAATCCACCCAATAAGTCCTTGGATTGAAGAATTCATCGGACATTCTCTAGATCCCAGACCCAAAATCAAAACCAGGGCATCGAAAATACTCAGCAGTGTTTAACGTTTTCTTACTT
ATTAAAATCGATAGGATGCTGCTCCTCCAATGTTCAGAGGAACGAGGTCTTTAGGGCAAGCGTAGAATGGAGAAACACATGAGTACGGGTTTTGCAGCGGTGGCTGTAGAAATCAGACTGCTCTGTGTTGTTTTCTTGTGTATATTCCAGGTTGGAGGCCTTGCACAGGAACTGCAAGAGTTTGCAGCTGTAAGAGCACA
ACAGGACAGTGTTGTACACTCTTACGAAACACATTGTTCTAGGGAAAGAAGCAGGACAGCTTGGAAAATAATTGAGGAGTATTTGATGCCATTTGTGGAACAAGAGAATTACAATATCTCAAGAACGTGCAGGCTTCACGTGGAGAATGATATGTTCAGAGAGCAGGAGTTACACAAGGATCATCTGCAAGTTAATGAAT
GGCAGTGTGGCTTTTGCAGGAAAATATTTATTTCAGAGAAGTTACTTGACCAACATTTTGATAATCGTCATCTTAACTTGTTGAACATTAGCCGGAGTAGATGTTTGGCAGATGTGTGTGGTGCATTACATTGTGATTCTATGGATAAGTCCAAGCCGCTAAAAACAAAATGCAAACCTGCTGCTGCTGACAAGAATCGC
CATCTTTGTGAGGGTCTTGCAAATAGTTGCTTTCCTCCTAAAGAGAGTCCTTCTGCAAGGCGCCTTCATGACTTCTTCTTACGGCAATTTTGTGATGCCCATACTTGCAAACGAGGCACTCAACCATTTGCAAGGGGGAGTGGGAATACAACAAATTTGTTCTACTATGCCATTTGCATCTTGTTGATGATGATGCTTCC
TGTATTTTACTGTGTGGTTTATGCCCATCAAAGGGAAATGGGCAAGAAAATAAAAAATTTCAAACGCATTCCTAAAATGAATCAAAAGAAATCCTATTGAGAATTGTGATCGTATTTCTTCTTTAAATTTATCTCCCAATGATGCTTATTTTTTTTAATCGTCAAAGCTGTTTCACCTTGCTGAACGCAATCTATTCTTT
TGAAGTTTGGATTTTGTATAGTTTCCAACTTAATATTATCAGCATTTCATCTTGCATATGTAAGTGTCTGCAGTGATTTTTTTCTTATAAAGCATATTGACATTAAGCAG

>TRINITY_DN113573_c2_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CAAGAATCGCCATCTTTGTGAGgttttcatttaataccactttatatagtagcttttcaaatgtgctgtgattatcttaagaatataacaagctgtacacatctattgtacttgagaaacaatgttttgtgatgtgcaaatgctctcttgcagGGTCTTGCAAATAGTTGCTTTCCTCCTAAAGAGAGTCCTTCTGCAAG
GCGCCTTCATGACTTCTTCTTACGGCAATTTTGTGATGCCCATACTTGCAAACGAGGCACTCAACCATTTGCAAGGGGGAGTGGGAATACAACAAATTTGTTCTACTATGCCATTTGCATCTTGTTGATGATGATGCTTCCTGTATTTTACTGTGTGGTTTATGCCCATCAAAGGGAAATGGGCAAGAAAATAAAAAATT
TCAAACGCATTCCTAAAATGAATCAAAAGAAATCCTATTGAGAATTGTGATCGTATTTCTTCTTTAAATTTATCTCCCAATGATGCTTATTTTTTTTAATCGTCAAAGCTGTTTCACCTTGCTGAACGCAATCTATTCTTTTGAAGTTTGGATTTTGTATAGTTTCCAACTTAATATTATCAGCATTTCATCTTGCATAT
GTAAGTGTCTGCAGTGATTTTTTTCTTATAAAGCATATTGACATTAAGCAG

Intron 5 GTATGGCTTG ... TGTTTTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.87	41	14	21
A2	43.64	31	8	24
A3	30.77	18	10	8
A4	36.73	31	16	18
A5	41.67	21	1	15
A6	24.79	88	4	29
A7	18.05	109	4	24
A8	28.32	81	4	32
A9	15.79	128	6	24
A10	17.89	101	3	22

>TRINITY_DN115932_c10_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTAGCTAAAGGTCGAACAGGCTATTCGCGGAGATTCTTGACATCCTCAGGCTCTCCCCATCCCACATCAAATCCACCCAATAAGTCCTTGGATTGAAGAATTCATCGGACATTCTCTAGATCCCAGACCCAAAATCAAAACCAGGGCATCGAAAATACTCAGCAGTGTTTAACGTTTTCTTACTTATTAAAATCGATAG
GATGCTGCTCCTCCAATGTTCAGAGGAACGAGGTCTTTAGGGCAAGCGTAGAATGGAGAAACACATGAGTACGGGTTTTGCAGCGGTGGCTGTAGAAATCAGACTGCTCTGTGTTGTTTTCTTGTGTATATTCCAGGTTGGAGGCCTTGCACAGGAACTGCAAGAGTTTGCAGCTGTAAGAGCACAACAGGACAGTGTTG
TACACTCTTACGAAACACATTGTTCTAGGGAAAGAAGCAGGACAGCTTGGAAAATAATTGAGGAGTATTTGATGCCATTTGTGGAACAAGAGAATTACAATATCTCAAGAACGTGCAGGCTTCACGTGGAGAATGATATGTTCAGAGAGCAGGAGTTACACAAGGATCATCTGCAAGTTAATGAATGGCAGTGTGGCTTT
TGCAGGAAAATATTTATTTCAGAGAAGTTACTTGACCAACATTTTGATAATCGTCATCTTAACTTGTTGAACATTAGCCGGAGTAGATGTTTGGCAGATGTGTGTGGTGCATTACATTGTGATTCTATGGATAAGTCCAAGCCGCTAAAAACAAAATGCAAACCTGCTGCTGCTGACAAGAATCGCCATCTTTGTGAGGG
TCTTGCAAATAGTTGCTTTCCTCCTAAAGAGAGTCCTTCTGCAAGGCGCCTTCATGACTTCTTCTTACGGCAATTTTGTGATGCCCATACTTGCAAACGAGGCACTCAACCATTTGCAAGGGGGAGTGGGAATACAACAAATTTGTTCTACTATGCCATTTGCATCTTGTTGATGATGATGCTTCCTGTATTTTACTGTG
TGGTTTATGCCCATCAAAGGGAAATGGGCAAGAAAATAAAAAATTTCAAACGCATTCCTAAAATGAATCAAAAGAAATCCTATTGAGAATTGTGATCGTATTTCTTCTTTAAATTTATCTCCCAATGATGCTTATTTTTTTTAATCGTCAAAGCTGTTTCACCTTGCTGAACGCAATCTATTCTTTTGAAGTATGGATTT
TGTATAGTTTCCAACTTAATATTATCAGC

>TRINITY_DN115932_c10_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGATCAGGAACCATGGCTGCCAAACTTAAGCAACATCTCTTGCGTGCAAAAAACTTGGACAGCTCTTCTTCCTTTTTTCCAAAAAAATAAAAATAAAAAGCCAATATCCTGACTATCTCTTAACAACATGGAGAAAGTAGCTTTAAATAGGATGCTACTAGCCAAAAACCATTTGTGAATAGCCATGATATACTTTTTTC
CTGCATACTATACAAGACCAGAATAGATGTAGGAGTCAAGCTGGGGCTCCCCTAAGGGACAGTGGTGACTTGGATGCCTCAACTATTTAATAAAGGTAGCTTCCCTAAAGGATGCTGTCTTTTTTGTGAAGGATTATAGTAGTGGAACTCCTGATGTGGGTGTGCTTAGTTAAGAATTTCTATGAAAATAGCCTGTAACT
TTTTAGTAAAACACAACATTCTAACAGCAGAAACCTTGCAAAATCACAGAACTACAAGTAAGAATGAGTTCGTTTTGGTGTTTACAAATTAATTTTCTGCAAAACATGTTTCAGAAAATATAAACTGTTTAGGTAATACATTTATGTTCATCAAGCATTTTAAGGAGGATGAACTGAAAATGCTTGAGAATGTGTTTGAA
AATTAAAACAGAATATCATAGAATATAGTTGGCCTGAAATCTTTAAATTTCTCATCCAAGCTTTGGAAGCTCTGACATAAGAAATACAAGACCACAGGTCAGAAAAATGTGTTTTTTCATGGTGTTAACTCTCTATTATTAATGAAGTTCAACTTTGCAATGGGTTAAATGTCCAAGTAATGCACCTAAATCTCTTCCTC
GTTTGACTTGAAAAGCCTTGTAAAATATATCACAGGAAAAGTCTTGTAAAGAAATGCAACTGAAATGGATCTTGTGGTGCTTGAAAATATATAATGAAACATGGGAGATAAGTTTTACGTTGATAACCATGTTTCTGGTCATTTCAATATATGGATTTGTTTCCATTCTCTTTCATTAAATGTTACTATGATCTGAATAA
TGTGGCTAATTTCTTTGCTAATGATAAGAAGGCCAACAAAATGTTTTGTGCCTGGATGTCGCATTTTAATAGTTCTTGTGTATGTTGCTTTGAATATAATGACTATATTAAGAATCGAGATCTTTTGTTATATTCTTCTCTGACTGGTACAGTTCCTTATTGCTTTGTGTGATCCAGGAATTGCAAGAGTTTGCAGCTGT
AAGgtatggcttgattatataaaggtcaaccgaaggtggttgaaatgtaaataattaactttcatgttctatgtttggtaatgtccctgcactttgttatgaatgggaccaggaaaccattgcataagttatttctgtatttgttgtctgtatcccatgtgagttattggttctatttggtcttagttgctctgccacag
gactagcttgattacacaatctgccttatcacagtgatctaatttttcttttgacttttaacctatgtgtctgaccacaatacaaagtgatgcagaaccaaatatatgtaaattgcaatgacgtgttgaataataacaatatatatatgccagtaagtaataacaatatatgtgccagtaagtagaaagcaaaataaaaa
caaaataaagctctttattgctttgtgtgatccaggaattgcaagagtttgcagctgtaaggtatgacctgattatataaaggtcaactgaaggtggttgaaatgtaaacaattaactttcatgttttatatttatgtttgttcatgctattgcacttgttatgaatgggaccaggaagctattgcatatgttattttat
atttgctgtgtgtatccaagtcatgacctttggtctcttggttatgcttggtcttaattgctctgctacaggactagtttgaatacacaatttgtgtcttaaaaaagtgatgtgatttttcttttgaccttttaccattgtgtctgacgacaatataaaatgctgcagtaccaaatatatgtgaattgcaatgacttgtt
gaataataatgatatatatgtcaatatttagaaagcaaaatcataaacaaaataaatttcaattacagcctaatgtagtagcaaatgctgtgggccttatttttgtcttgaagtttctgtttgcttgttaatgcttgattttgttgttttaaagAGCACAACAGGACAGTGTTGTACACTCTTACGAAACACATTGTTCT
AGGGAAAGAAGCAGGACAGCTTGGAAAATAATTGAGGAGTATTTGATGCCATTTGTGGAACAAGAGAATTACAATATCTCAAGAACGTGCAGGCTTCACGTGGAGAATGATATGTTCAGAGAGCAGGAGTTACACAAGGATCATCTGCAAGTTAATGAATGGCAGTGTGGCTTTTGCAGGAAAATATTTATTTCAGAGAA
GTTACTTGACCAACATTTTGATAATCGTCATCTTAACTTGTTGAACATTGTAAGTAAATTTCTTGCTTACATCTTACTTTGGTATTACTGATGTGCCACTTAACCTGTTATCCTACCTATGCTTTACAGATGTACACATTGCTCTGAGTTCCTTCCAGAGTTAACAGAGTCTTAGATTTGCTATCTTTTAGCAGTTAACT
TCTTCCAGGAGCCCAAGATCAGGGGGTCCGTATGACAGTGATATTTGTGCATTGATGCTTCTTTAAAACAAAAGTGGATTCTAGTGAGGCTGCTTTTTTTTTGCATTTTTCTTGATTGCAAGCTAGACTGATGCTCTTTTCCTTCAAGATCGGTATATCCCGCTTTTTGCTTTTTTTACTTCTACTTTGGTATTACTGAT
GTGCCACTTAAACTGTTATCCGACTTATGCTTTAATTGCTAGGCTCTAGCATGCCCTGTATTGTGTGAAGGAAATGAAGAAAAACTTCTTGAAACAAATTCCCATTCACCATCTTAAGTTCCAAATAATTCCTTGGATTCAATGGAGCTACATATCACATTCCAAACTAGATTTGTTTCTATTCTGAGATGAGTCAAATG
GTTGTAGACTACTAGACAGAGCTTGTTTGTGATAGTTATGGTCACTCCAGAGTCCAGTAATCTCCTATCAAGTGTCTTGACTTGTAGGGTTGTTAACCCCCAGTTGTGCATGCACTCATGGAGAGTTCAGATCCAACGAGATTCAATCATGCTGCTTCCACTATACATTGATCCAGATATACACATTGCTCCGAGTTCCT
TCCAGAGCTAGTAGAGTCTGAGATTTGCTGTTTTTAGCAGTTGACTTCTTCCAAGAGCCCAAGATCAGGGGAACCTGCATGACAGTGATATTTGTGCATTCATGCTTGTAAAACAAAAGTGGAGTCCAGTGAGGCTGCTTTTTTGCTTTTTGCAAGCTAGACTAATGCTCTTTTCCTTCATGATCGGTATTACCCACCTT
TTTGCTTTTTGCTTTTTTCAGGAAAGATTGTTTTTTTGGGCATGTCTATTACTAGTGGTTTCTATGTATGGTAGGTACAGGTTGAATGTTATATTTCTGA

Intron 6 GTGAGCATTA ... TTTGGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.24	31.3	6	10
A2	28.52	42.7	20	17
A3	35.64	34.3	2	19
A4	31.42	43.7	6	20
A5	28.35	28	3	11
A6	23.15	117	2	35
A7	24.13	79.3	1	25
A8	22.69	89	3	26
A9	23.8	97.7	0	30
A10	27.45	82.7	4	31

>TRINITY_DN116402_c10_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

ACCACAGGTCAGAAAAATGTGTTTTTTCATGGTGTTAACTCTCTATTATTAATGAAGTTCAACTTTGCAATGGGTTAAATGTCCAAGTAATGCACCTAAATCTCTTCCTCGTTTGACTTGAAAAGCCTTGTAAAATATATCACAGGAAAAGTCTTGTAAAGAAATGCAACTGAAATGGATCTTGTGGTGCTTGAAAATAT
ATAATGAAACATGGGAGATAAGTTTTACGTTGATAACCATGTTTCTGGTCATTTCAATATATGGATTTGTTTCCATTCTCTTTCATTAAATGTTACTATGATCTGAATAATGTGGCTAATTTCTTTGCTAATGATAAGAAGGCCAACAAAATGTTTTGTGCCTGGATGTCGCATTTTAATAGTTCTTGTGTATGTTGCTT
TGAATATAATGACTATATTAAGAATCGAGATCTTTTGTTATATTCTTCTCTGACTGGTACAGTTCCTTATTGCTTTGTGTGATCCAGGAATTGCAAGAGTTTGCAGCTGTAAGGTATGGCTTGATTATATAAAGGTCAACCGAAGGTGGTTGAAATGTAAATAATTAACTTTCATGTTCTATGTTTGGTAATGTCCCTGC
ACTTTGTTATGAATGGGACCAGGAAACCATTGCATAAGTTATTTCTGTATTTGTTGTCTGTATCCCATGTGAGTTATTGGTTCTATTTGGTCTTAGTTGCTCTGCCACAGGACTAGCTTGATTACACAATCTGCCTTATCACAGTGATCTAATTTTTCTTTTGACTTTTAACCTATGTGTCTGACCACAATACAAAGTGA
CGCAGAACCAAATATATGTAAATTGCAATGACGTGTTGAATAATAACAATATATATATGCCAGTAAGTAATAACAATATATGTGCCAGTAAGTAGAAAGCAAAATAAAAACAAAATAAAGCTCTTTATTGCTTTGTGTGATCCAGGAATTGCAAGAGTTTGCAGCTGTAAGGTATGACCTGATTATATAAAGGTCAACTG
AAGGTGGTTGAAATGTAAACAATTAACTTTCATGTTTTATATTTATGTTTGTTCATGCTATTGCACTTGTTATGAATGGGACCAGGAAGCTATTGCATATGTTATTTTATATTTGCTGTGTGTATCCAAGTCATGACCTTTGGTCTCTTGGTTATGCTTGGTCTTAATTGCTCTGCTACAGGACTAGTTTGAATACACAA
TTTGTGTCTTAAAAAAGTGATGTGATTTTTCTTTTGACCTTTTACCATTGTGTCTGACGACAATATAAAATGCTGCAGTACCAAATATATGTGAATTGCAATGACTTGTTGAATAATAATGATATATATGTCAATATTTAGAAAGCAAAATCATAAACAAAATAAATTTCAATTACAGCCTAATGTAGTAGCAAATGCTG
TGGGCCTTATTTTTGTCTTGAAGTTTCTGTTTGCTTGTTAATGCTTGATTTTGTTGTTTTAAAGAGCACAACAGGACAGTGTTGTACACTCTTACGAAACACATTGTTCTAGGGAAAGAAGCAGGACAGCTTGGAAAATAATTGAGGAGTATTTGATGCCATTTGTGGAACAAGAGAATTACAATATCTCAAGAACGTGC
AGGCTTCACGTGGAGAATGATATGTTCAGAGAGCAGGAGTTACACAAGGATCATCTGCAAGTTAATGAATGGCAGTGTGGCTTTTGCAGGAAAATATTTATTTCAGAGAAGTTACTTGACCAACATTTTGATAATCGTCATCTTAACTTGTTGAACATTAGCCGGAGTAGATGTTTGGCAGATGTGTGTGGTGCATTACA
TTGTGATTCTATGGATAAGTCCAAGCCGCTAAAAACAAAATGCAAACCTGCTGCTGCTGACAAGAATCGCCATCTTTGTGAGGGTCTTGCAAATAGTTGCTTTCCTCCTAAAGAGAGTCCTTCTGCAAGGCGCCTTCATGACTTCTTCTTACGGCAATTTTGTGATGCCCATACTTGCAAACGAGGCACTCAACCATTTG
CAAGGGGGAGTGGGAAGACAACAAATTTGTTCTACTATGCCATTTGCATCTTGTTGATGATGATGCTTCCTGTATTTTACTGTGTGGTTTATGCCCATCAAAGGGAAATGGGCAAGAAAATAAAAAAGTTCAAACGCATTCCTAAAATGAATCAAAAGAAATCCTATTGAGAATTGTGATCGTATTTCTTCTTTAAATTT
ATCTCCCAATGATGCTTATTTTTTTTAATCGTCAAAGCTGTTTCACCTTGCTGAACGCAATCTATTCTTTTGAAGTATGGATTTTGTATAGTTTCCAACTTAATATTATCAGCATTTCATCTTGCATATGTAAGTGTCTGCAGTGATTTTTTTCTTATAAAGCATATTGACATTAAGCAGTTTAGAAAGTTGTTTGATCG
TTCCCTTACAATTAGTGCTCCGATCTTGTGTACAGTTACAATTAGATATTCTGTATAAGAGCACCGCAAA

>TRINITY_DN116402_c10_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ACCACAGGTCAGAAAAATGTGTTTTTTCATGGTGTTAACTCTCTATTATTAATGAAGTTCAACTTTGCAATGGGTTAAATGTCCAAGTAATGCACCTAAATCTCTTCCTCGTTTGACTTGAAAAGCCTTGTAAAATATATCACAGGAAAAGTCTTGTAAAGAAATGCAACTGAAATGGATCTTGTGGTGCTTGAAAATAT
ATAATGAAACATGGGAGATAAGTTTTACGTTGATAACCATGTTTCTGGTCATTTCAATATATGGATTTGTTTCCATTCTCTTTCATTAAATGTTACTATGATCTGAATAATGTGGCTAATTTCTTTGCTAATGATAAGAAGGCCAACAAAATGTTTTGTGCCTGGATGTCGCATTTTAATAGTTCTTGTGTATGTTGCTT
TGAATATAATGACTATATTAAGAATCGAGATCTTTTGTTATATTCTTCTCTGACTGGTACAGTTCCTTATTGCTTTGTGTGATCCAGGAATTGCAAGAGTTTGCAGCTGTAAGGTATGGCTTGATTATATAAAGGTCAACCGAAGGTGGTTGAAATGTAAATAATTAACTTTCATGTTCTATGTTTGGTAATGTCCCTGC
ACTTTGTTATGAATGGGACCAGGAAACCATTGCATAAGTTATTTCTGTATTTGTTGTCTGTATCCCATGTGAGTTATTGGTTCTATTTGGTCTTAGTTGCTCTGCCACAGGACTAGCTTGATTACACAATCTGCCTTATCACAGTGATCTAATTTTTCTTTTGACTTTTAACCTATGTGTCTGACCACAATACAAAGTGA
CGCAGAACCAAATATATGTAAATTGCAATGACGTGTTGAATAATAACAATATATATATGCCAGTAAGTAATAACAATATATGTGCCAGTAAGTAGAAAGCAAAATAAAAACAAAATAAAGCTCTTTATTGCTTTGTGTGATCCAGGAATTGCAAGAGTTTGCAGCTGTAAGGTATGACCTGATTATATAAAGGTCAACTG
AAGGTGGTTGAAATGTAAACAATTAACTTTCATGTTTTATATTTATGTTTGTTCATGCTATTGCACTTGTTATGAATGGGACCAGGAAGCTATTGCATATGTTATTTTATATTTGCTGTGTGTATCCAAGTCATGACCTTTGGTCTCTTGGTTATGCTTGGTCTTAATTGCTCTGCTACAGGACTAGTTTGAATACACAA
TTTGTGTCTTAAAAAAGTGATGTGATTTTTCTTTTGACCTTTTACCATTGTGTCTGACGACAATATAAAATGCTGCAGTACCAAATATATGTGAATTGCAATGACTTGTTGAATAATAATGATATATATGTCAATATTTAGAAAGCAAAATCATAAACAAAATAAATTTCAATTACAGCCTAATGTAGTAGCAAATGCTG
TGGGCCTTATTTTTGTCTTGAAGTTTCTGTTTGCTTGTTAATGCTTGATTTTGTTGTTTTAAAGAGCACAACAGGACAGTGTTGTACACTCTTACGAAACACATTGTTCTAGGGAAAGAAGCAGGACAGCTTGGAAAATAATTGAGGAGgtgagcattagaaattattgaaatattactttcataaacagatactataat
gtgtctaggcacttttcatattgtattgagaacatgtatgcaaatattaactatttacaaatgtgtatctatttgtttggtgtagTATTTGATGCCATTTGTGGAACAAGAGAATTACAATATCTCAAGAACGTGCAGGCTTCACGTGGAGAATGATATGTTCAGAGAGCAGGAGTTACACAAGGATCATCTGCAAGTTA
ATGAATGGCAGTGTGGCTTTTGCAGGAAAATATTTATTTCAGAGAAGTTACTTGACCAACATTTTGATAATCGTCATCTTAACTTGTTGAACATTAGCCGGAGTAGATGTTTGGCAGATGTGTGTGGTGCATTACATTGTGATTCTATGGATAAGTCCAAGCCGCTAAAAACAAAATGCAAACCTGCTGCTGCTGACAAG
AATCGCCATCTTTGTGAGGGTCTTGCAAATAGTTGCTTTCCTCCTAAAGAGAGTCCTTCTGCAAGGCGCCTTCATGACTTCTTCTTACGGCAATTTTGTGATGCCCATACTTGCAAACGAGGCACTCAACCATTTGCAAGGGGGAGTGGGAAGACAACAAATTTGTTCTACTATGCCATTTGCATCTTGTTGATGATGAT
GCTTCCTGTATTTTACTGTGTGGTTTATGCCCATCAAAGGGAAATGGGCAAGAAAATAAAAAAGTTCAAACGCATTCCTAAAATGAATCAAAAGAAATCCTATTGAGAATTGTGATCGTATTTCTTCTTTAAATTTATCTCCCAATGATGCTTATTTTTTTTAATCGTCAAAGCTGTTTCACCTTGCTGAACGCAATCTA
TTCTTTTGAAGTATGGATTTTGTATAGTTTCCAACTTAATATTATCAGCATTTCATCTTGCATATGTAAGTGTCTGCAGTGATTTTTTTCTTATAAAGCATATTGACATTAAGCAGTTTAGAAAGTTGTTTGATCGTTCCCTTACAATTAGTGCTCCGATCTTGTGTACAGTTACAATTAGATATTCTGTATAAGAGCAC
CGCAAA

Intron 7 GTAATTCCAT ... ATTGTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30	7	3	3
A2	20.41	39	2	10
A3	25.71	26	0	9
A4	33.33	2	2	1
A5	0	4	0	0
A6	20.7	226	7	59
A7	20	152	3	38
A8	24.26	231	5	74
A9	27.12	172	1	64
A10	19.23	105	1	25

>TRINITY_DN44651_c2_g3_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

TGTTAGCTAAAGGTCGAACAGGCTATTCGCGGAGATTCTTGACATCCTCAGGCTCTCCCCATCCCACATCAAATCCACCCAATAAGTCCTTGGATTGAAGAATTCATCGGACATTCTCTAGATCCCAGACCCAAAATCAAAACCAGGGCATCGAAAATACTCAGCAGTGTTTAACGTTTTCTTACTTATTAAAATCGATA
GGATGCTGCTCCTCCAATGTTCAGAGGAACGAGGTCTTTAGGGCAAGCGTAGAATGGAGAAACACATGAGTACGGGTTTTGCAGCGGTGGCTGTAGAAATCAGACTGCTCTGTGTTGTTTTCTTGTGTATATTCCAGGTTGGAGGCCTTGCACAGGAACTGCAAGAGTTTGCAGCTGTAAGAGCACAACAGGACAGTGTT
GTACACTCTTACGAAACACATTGTTCTAGGGAAAGAAGCAGGACAGCTTGGAAAATAATTGAGGAGTATTTGATGCCATTTGTGGAACAAGAGAATTACAATATCTCAAGAACGTGCAGGCTTCACGTGGAGAATGATATGTTCAGAGAGCAGGAGTTACACAAGGATCATCTGCAAGTTAATGAATGGCAGTGTGGCTT
TTGCAGGAAAATATTTATTTCAGAGAAGTTACTTGACCAACATTTTGATAATCGTCATCTTAACTTGTTGAACATTAGCCGGAGTAGATGTTTGGCAGATGTGTGTGGTGCATTACATTGTGATTCTATGGATAAGTCCAAGCCGCTAAAAACAAAATGCAAACCTGCTGCTGCTGACAAGAATCGCCATCTTTGTGAGG
GTCTTGCAAATAGTTGCTTTCCTCCTAAAGAGAGTCCTTCTGCAAGGCGCCTTCATGACTTCTTCTTACGGCAATTTTGTGATGCCCATACTTGCAAACGAGGCACTCAACCATTTGCAAGGGGGAGTGGGAATACAACAAATTTGTTCTACTATGCCATTTGCATCTTGTTGATGATGATGCTTCCTGTATTTTACTGT
GTGGTTTATGCCCATCAAAGGGAAATGGGCAAGAAAATAAAAAATTTCAAACGCATTCCTAAAATGAATCAAAAGAAATCCTATTGAGAATTGTGATCGTATTTCTTCTTTAAATTTATCTCCCAATGATGCTTATTTTTTTTAATCGTCAAAGCTGTTTCACCTTGCTGAACGCAATCTATTCTTTTGAAGTATGGATT
TTGTATAGTTTCCAACTTAATATTATCAGCATTTCATCTTGCATATGTAAGTGTCTGCAGTGATTTTTTTCTTATAAAGCATATTGACATTAAGCAGTTTAGAAAGTTGTTTGATCGTTCCCTTACAATTAGTGCTCCGATCTTGTGTACAGTTACAATTAGATATTCTGTATAAGAGCACCGCAAAAGCATGATTTCAT
GTAATCTGGTGCTTTTCTTTCTTTAATGTGGCCACTGTTACATGCT

>TRINITY_DN44651_c2_g3_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGCCCTCCTTTGCATCTGCCTTATCGATCCTATCTTAGGGATACCCCCCTTGAGTTGGAGAAGAGCCAACCTGAAGCGAGAGGAGAGGAGTGTGGTGACATTGGCCTCTCTCCTGATAGTTGTCATCCAGTTGGTGTGTTACATTTTGGGATTCAGCACACGCATGTCAGTTTTGGGCGACAACAGAATGTACTTCTCTA
CTTAAGCCATTCATTCTGATACTGTACTTATTATTTTGCATGCATGCTAAACCATGTATCTTGCAAGGAGAAACACAAAAAACAAGCTTTGCAATGAAAATCTCTTAAGAACAGTAATGTTCTGTGATGGTAGTGTATTAGGATTGACATAATAATTCATCTCCTTATAAATTGCATTCATAATAAAATATTCAGTTTGA
CAAACAGAAGTTCTTTCTGCTCAAGGACATAGGCTTTCAACTCATATCCTGTGGTCCTGCTTTGTTGTTGTTAATGATGCCCTGATTTTGTTAGTTTATTGCACAGTTTACTTATTATTCTTATCTTTGTAGACTTCTTCTTACGGCAATTTTGTGATGCCCATACTTGCAAACGAGGCACTCAACCATTTGCAAGGGGG
AGTGGGGTAAGTTTGAATCTCTTTGACAAACTACCTATTAATAGTGGTTCATCCATAATTTTACACCATGCTTAATACTTTTCTGTTGTGATTATCTTTGAATTGCAGAATACAACAAATTTGTTCTACTATGCCATTTGCATCTTGTTGATGATGATGCTTCCTGTATTTTACTGTGTGGTTTATGCCCATCAAAGgta
attccataccattctctctctaaactatgggtaatgattggcacagaaggcttcatttacaagcctactgtccagcagcaaaatcaatgttctgctaagatacatacaggacataattgcttttttttttcttctgtcaacaccagcgtggttaactttattctggggagggtaggatcccacgaggttttccttgttgt
ctctctctctctctctatgtatatatacacacactgttagacacacacacaccgtaagactggaagtatagttgataggattagaatgttgtaaaatccttgttctcttttcataatttcaatttttgcaatgatttgtaattgactgttgtttttcaattgttacagGGAAATGGGCAAGAAAATAAAAAATTTCAAAC
GCATTCCTAAAATGAATCAAAAGAAATCCTATTGAGAATTGTGATCGTATTTCTTCTTTAAATTTATCTCCCAATGATGCTTATTTTTTTTAATCGTCAAAGCTGTTTCACCTTGCTGAACGCAATCTATTCTTTTGAAGTATGGATTTTGTATAGTTTCCAACTTAATATTATCAGCATTTCATCTTGCATATGTAAGT
GTCTGCAGTGATTTTTTTCTTATAAAGCATATTGACATTAAGCAGTTTAGAAAGTTGTTTGATCGTTCCCTTACAATTAGTGCTCCGATCTTGTGTACAGTTACAATTAGATATTCTGTATAAGAGCACCGCAAAAGCATGATTTCATGTAATCTGGTGCTTTTCTTTCTTTAATGTGGCCACTGTTACATGCT