sp|A3RCV9|IF4E3_WHEAT ----> Eukaryotic translation initiation factor NCBP

Intron 1 GTATATAGAT ... TCTGGATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.58	270	0	88
A2	22.46	214	0	62
A3	15	238	0	42
A4	14.53	200	0	34
A5	16.78	119	0	24
A6	24.06	505	0	160
A7	18.71	678	0	156
A8	20.03	611	0	153
A9	19.14	655	1	155
A10	17.5	627	0	133

>TRINITY_DN32601_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

GAAAAATACCACTCAAACACAAAAAAACATGTGTGATACAACTCAAACGCCGAAAAAAATGTGTGAAAGTATTTTATCAGACTAGAGGTCTACCTAGTTATTTCCTTTTCCATGTCTATTTTTTTATGGGCATCTGAGAGACAATATTCCCCTCTGTTTTCTTAACAAACCGTTGGAGCAAAACAGCGAAGTTGATCGCC
ATAACAAATCCCAAATTCGTCTGGGAAATCTGAAACGCAATGGAGCTTTCAGAAAAATCCGATGGCAGAGGACTCGTAAGGACTCCATCTCGTCCTGAATTGATACCCAACGACCGCCCGCCATTGTTACCCCTCACTGCAGAAATGATCAACAAAGAAAAAGACGACAGAGCCCGCCGCGAGAAAGAAGCAGAAGAAAG
GGAACGACATAGCAGAGAGCTAAAAGCCGGACTCCATTCATTACAGCATCGATTTGTTTTCTGGTACCTTCGTCGACAACCTGGAGTTAGATCACAAGCATCATATGAAGAAAACATGAAAAAAATTGTGGAGTTCAGCACTGTGGAAGGCTTTTGGGTTTGTTATTGCCATTTTGCTCGGGTTTCTTCTATGCCAAACC
CAACGAATTTGCACCTTTTCAAAGAGGGTATTCGGCCTTTATGGGAGGACCCAGGAAATCGCAATGGTGGGAAGTGGATAATTCGGATGAATAAGGCCGTCTCAGGCCGGTTTTGGGAAGATTTGGTACTAGCACTGGTAGGAGATCAGCTGGATTATGGCGATGATGTTTGTGGTATTGTGTTAAGTGTTCGCTTTGGG
GAGGACATTCTCAGTGTTTGGAATAGGAATGCTTCTGATGGCCAGGCAGTAATGGTATTAAGAGATTCAATCAAGAAACATCTTCACCTTCCTGCTAGCTACCTGATGGAGTACAAGCCACACGATGCAGCATTACGAGATAATTCATCTTACAGAAATACTTGGTTGAGGGGATGATTCAGGTGTTCAGCATGCTGTTA
AATATTGCTATTCTAAATCATCGATGCTGTAGTCATTTCAGTTCAGTTTTTCAGAAGTTCAGGGGAGTATTCGGGTTCTCCTCAAATCTGCTTCATGTTGATGGGTAATCTTTCAGAGCAGCATGTTTTTCTTTGTATCACATCGATTGTATTCACCGGCTTACTGCCAAACTCTGGATCACACTGTTTGAAATACTCAC
TATTCATTTTTCTAACCATCTAGTATCTAATTGCTGGTCCATGTGGCAGTATAGCTTTAGTCATGAACTCAACTTGTGATTCAGAGGTTCAAACTCGGTTGTGTTTTCCTCTGAAGACATATTTACTATTACTGGGAATGTAACAGAAGAGACCATGGACAGCGATAGGCACAGTGGCCTTTCAAATCTGAACTAAAACC
AACTAGATTTTAAACTAGTAACTAAGCGGACAATTAATCTTAGTTCTATTTTGAAATTGAATTTCCTAAATTGTTGGAGCATACCTTGACATGGATTGTTGTATTCCTGTCACAAAGTTGGTTTAATGCAATTCGAGAGTGAACCTTTCCAGAAACAGTGAAATCATATCTTTTGCAATTTCACATTTGCATTAAACTGA
CCAACTATTATTTTTTGCCATTACTTCTTTGCTATAGAAATGAATTGTTATTTGCTATTAGTTTGCTATGGAAATGAATTGGTGGGATCTGATTGCAATGGACCAAGATCCATGTTTGATTTTTTTTAACTTCTATGGATATGAATTGATGAAATCTGAATGCAATGGACCAAG

>TRINITY_DN32601_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GGGTATTCGGCCTTTATGGGAGgtatatagatgaataaatgtctattttgggcagattctagaaaaaaaaaagcttcattcagatgacctaattgaaagaagaaatgtgtattttctggatcagGACCCAGGAAATCGCAATGGTGGGAAGTGGATAATTCGGATGAATAAGGCCGTCTCAGGCCGGTTTTGGGAAGATT
TGGTACTAGCACTGGTAGGAGATCAGCTGGATTATGGCGATGATGTTTGTGGTATTGTGTTAAGTGTTCGCTTTGGGGAGGACATTCTCAGTGTTTGGAATAGGAATGCTTCTGATGGCCAGGCAGTAATGGTATTAAGAGATTCAATCAAGAAACATCTTCACCTTCCTGCTAGCTACCTGATGGAGTACAAGCCACAC
GATGCAGCATTACGAGATAATTCATCTTACAGAAATACTTGGTTGAGGGGATGATTCAGGTGTTCAGCATGCTGTTAAATATTGCTATTCTAAATCATCGATGCTGTAGTCATTTCAGTTCAGTTTTTCAGAAGTTCAGGGGAGTATTCGGGTTCTCCTCAAATCTGCTTCATGTTGATGGGTAATCTTTCAGAGCAGCA
TGTTTTTCTTTGTATCACATCGATTGTATTCACCGGCTTACTGCCAAACTCTGGATCACACTGTTTGAAATACTCACTATTCATTTTTCTAACCATCTAGTATCTAATTGCTGGTCCATGTGGCAGTATAGCTTTAGTCATGAACTCAACTTGTGATTCAGAGGTTCAAACTCGGTTGTGTTTTCCTCTGAAGACATATT
TACTATTACTGGGAATGTAACAGAAGAGACCATGGACAGCGATAGGCACAGTGGCCTTTCAAATCTGAACTAAAACCAACTAGATTTTAAACTAGTAACTAAGCGGACAATTAATCTTAGTTCTATTTTGAAATTGAATTTCCTAAATTGTTGGAGCATACCTTGACATGGATTGTTGTATTCCTGTCACAAAGTTGGTT
TAATGCAATTCGAGAGTGAACCTTTCCAGAAACAGTGAAATCATATCTTTTGCAATTTCACATTTGCATTAAACTGACCAACTATTATTTTTTGCCATTACTTCTTTGCTATAGAAATGAATTGTTATTTGCTATTAGTTTGCTATGGAAATGAATTGGTGGGATCTGATTGCAATGGACCAAGATCCATGTTTGATTTT
TTTTAACTTCTATGGATATGAATTGATGAAATCTGAATGCAATGGACCAAG

Intron 2 GTAAGTATGA ... AAAATCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.18	174	33	78
A2	25.27	176	63	56
A3	23.45	204	42	83
A4	23.62	173	43	64
A5	21.74	90	18	32
A6	24.81	388	122	134
A7	25.05	618	193	220
A8	24.8	476	146	168
A9	23.36	625	179	202
A10	23.6	578	169	188

>TRINITY_DN110421_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CGAAAAAAATGTGTGAAAGTATTTTATCAGACTAGAGGTCTACCTAGTTATTTCCTTTTCCATGTCTATTTTTTTATGGGCATCTGAGAGACAATATTCCCCTCTGTTTTCTTAACAAACCGTTGGAGCAAAACAGCGAAGTTGATCGCCATAACAAATCCCAAATTCGTCTGGGAAATCTGAAACGCAATGGAGCTTTC
AGAAAAATCCGATGGCAGAGGACTCGTAAGGACTCCATCTCGTCCTGAATTGATACCCAACGACCGCCCGCCATTGTTACCCCTCACTGCAGAAATGATCAACAAAGAAAAAGACGACAGAGCCCGCCGCGAGAAAGAAGCAGAAGAAAGGGAACGACATAGCAGAGAGCTAAAAGCCGGACTCCATTCATTACAGCATC
GATTTGTTTTCTGGTACCTTCGTCGACAACCTGGAGTTAGATCACAAGCATCATATGAAGAAAACATGAAAAAAATTGTGGAGTTCAGCACTGTGGAAGGCTTTTGGGTTTGTTATTGCCATTTTGCTCGGGTTTCTTCTATGCCAAACCCAACGAATTTGCACCTTTTCAAAGAGGGTATTCGGCCTTTATGGGAGGAC
CCAGGAAATCGCAATGGTGGGAAGTGGATAATTCGGATGAATAAGGCCGTCTCAGGCCGGTTTTGGGAAGATTTGGTACTGGCACTGGTAGGAGATCAGCTGGATTATGGCGATGATGTTTGTGGTATTGTGTTAAGTGTTCGCTTTGGGGAGGACATTCTCAGTGTTTGGAATAGGAATGCTTCTGATGGCCAGGCAGT
AATGGTATTAAGAGATTCAATCAAGAAACATCTTCACCTTCCTGCTAGCTACCTGATGGAGTACAAGCCACACGATGCAGCATTACGAGATAATTCATCTTACAGAAATACTTGGTTGAGGGGATGATTCAGGTGTTCAGCATGCTGTTAAATATTGCTATTCTAAATCATCGATGCTGTAGTCATTTCAGTTCAGTTTT
TCAGAAGTTCAGGGGAGTATTCGGGTTCTCCTCAAATCTGCTTCATGTTGATGGGTAATCTTTCAGAGCAGCATGTTTTTCTTTGTATCACATCGATTGTATTCACCGGCTTACTGCCAAACTCTGGATCACACTGTTTGAAATACTCACTATTCATTTTTCTAACCATCTAGTATCTAATTGCTGGTCCATGTGGCAGT
ATAGCTTTAGTCATGAACTCAACTTGTGATTCAGAGGTTCAAACTCGGTTGTGTTTTCCTCTGAAGACATATTTACTATTACTGGGAATGTAACAGAAGAGACCATGGACAGCGATAGGCACAGTGGCCTTTCAAATCTGAACTAAAACCAACTAGATTTTAAACTAGTAACTAAGCGGACAATTAATCTTAGTTCTATT
TTGAAATTGAATTTCCTAAATTGTTGGAGCATACCTTGACATGGATTGTTGTATTCCTGTCACAAAGTTGGTTTAATGCAATTCGAGAGTGAACCTTTCCAGAAACAGTGAAATCATATCTTTTGCAATTTCACATTTGCATTAAACTGACCAACTATTATTTTTTGC

>TRINITY_DN110421_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGAAAAAAATGTGTGAAAGTATTTTATCAGACTAGAGGTCTACCTAGTTATTTCCTTTTCCATGTCTATTTTTTTATGGGCATCTGAGAGACAATATTCCCCTCTGTTTTCTTAACAAACCGTTGGAGCAAAACAGCGAAGTTGATCGCCATAACAAATCCCAAATTCGTCTGGGAAATCTGAAACGCAATGGAGCTTTC
AGAAAAATCCGATGGCAGAGGACTCGTAAGGACTCCATCTCGTCCTGAATTGATACCCAACGACCGCCCGCCATTGTTACCCCTCACTGCAGAAATGATCAACAAAGAAAAAGACGACAGAGCCCGCCGCGAGAAAGAAGCAGAAGAAAGGGAACGACATAGCAGAGAGCTAAAAGCCGGACTCCATTCATTACAGCATC
GATTTGTTTTCTGGTACCTTCGTCGACAACCTGGAGTTAGATCACAAGCATCATATGAAGAAAACATGAAAAAAATTGTGGAGTTCAGCACTgtaagtatgatgttattttttttcctgtgtagataataaaatgtttctggttgttctctgtggatcttgtttgcatgaatgtaaaccattaatgtcatctaaagctgg
agaattaaaaaatctcagGTGGAAGGCTTTTGGGTTTGTTATTGCCATTTTGCTCGGGTTTCTTCTATGCCAAACCCAACGAATTTGCACCTTTTCAAAGAGGGTATTCGGCCTTTATGGGAGGACCCAGGAAATCGCAATGGTGGGAAGTGGATAATTCGGATGAATAAGGCCGTCTCAGGCCGGTTTTGGGAAGATTT
GGTACTGGCACTGGTAGGAGATCAGCTGGATTATGGCGATGATGTTTGTGGTATTGTGTTAAGTGTTCGCTTTGGGGAGGACATTCTCAGTGTTTGGAATAGGAATGCTTCTGATGGCCAGGCAGTAATGGTATTAAGAGATTCAATCAAGAAACATCTTCACCTTCCTGCTAGCTACCTGATGGAGTACAAGCCACACG
ATGCAGCATTACGAGATAATTCATCTTACAGAAATACTTGGTTGAGGGGATGATTCAGGTGTTCAGCATGCTGTTAAATATTGCTATTCTAAATCATCGATGCTGTAGTCATTTCAGTTCAGTTTTTCAGAAGTTCAGGGGAGTATTCGGGTTCTCCTCAAATCTGCTTCATGTTGATGGGTAATCTTTCAGAGCAGCAT
GTTTTTCTTTGTATCACATCGATTGTATTCACCGGCTTACTGCCAAACTCTGGATCACACTGTTTGAAATACTCACTATTCATTTTTCTAACCATCTAGTATCTAATTGCTGGTCCATGTGGCAGTATAGCTTTAGTCATGAACTCAACTTGTGATTCAGAGGTTCAAACTCGGTTGTGTTTTCCTCTGAAGACATATTT
ACTATTACTGGGAATGTAACAGAAGAGACCATGGACAGCGATAGGCACAGTGGCCTTTCAAATCTGAACTAAAACCAACTAGATTTTAAACTAGTAACTAAGCGGACAATTAATCTTAGTTCTATTTTGAAATTGAATTTCCTAAATTGTTGGAGCATACCTTGACATGGATTGTTGTATTCCTGTCACAAAGTTGGTTT
AATGCAATTCGAGAGTGAACCTTTCCAGAAACAGTGAAATCATATCTTTTGCAATTTCACATTTGCATTAAACTGACCAACTATTATTTTTTGC