sp|Q9LYK6|APRF1_ARATH ----> Protein ANTHESIS POMOTING FACTOR 1

Intron 1 GTGAGTTGTA ... ATTCCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.5	3	4	6
A2	77.14	4	15	12
A3	70.73	6	13	16
A4	61.54	5	8	8
A5	62.5	3	6	4
A6	59.89	74	73	148
A7	61.11	42	37	95
A8	65.29	42	46	112
A9	60.55	43	30	102
A10	63.4	28	28	69

>TRINITY_DN36435_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

CGCGGATATTGCTCTATGAAGTTATGACGGTTTTCGACAGGCAAAACCTCGGCGAAGATAGACTTGCGAGCCTGCAGCTATTATTGATTCCCGGGTTTTTGGTATTATATCAAATTCTGTCGCGCCATTGACTGGCTTTCAAAATCATGAATTTCAGGCCTTCATATCGTGTAAATTCGATTGGAGTGGCTGGGATCTTA
TGTACCCTTTAAATATCCTTAGACATTAGACATTAAGTACACACAGGGGAGGAAACCTGGCCGGTTTAAGAGTTTGCAGGGTTCGAAGGAGTGCTGGATAATCAACTGTGCCTATAAGAAATGCCAGGGGGGCAAGGTGAAGGGGAAGAGAAATTATCCATGGAACTCACAGAAGATGTCATGAAAAGCATGGAGATTGG
TGTTGTCTATAAAGATTATAATGGGAAAATTAATTCATTGGATTTTCACAGAACAAACAATTATTTGGTCACAGCTAGTGATGACGAGTCTATTCGTCTTTTCGACACTGGAAATGCAACATTGCAGAAGACCATATATAGTAAAAAGTATGGTGTTGACTTGATTTGCTTCACCAATCATGCAACATCAGTACTGTACT
CTTCAAAAAATGGCTGGGATGAATCATTGCGACATCTTTCCCTCATGGACAATAAATATTTGCGTTATTTCAAAGGTCACCATGATAGGGTGGTTTCCCTTTGTATGTCTCCAAGGAGTGAGTGCTTTATGTCAGGCTCCTTGGATCGCACTGTGCTTCTTTGGGATCTACGAGTTGATAAGTGTCAGGGTTTGATCCGA
GTACGAGGAAGACCTGCTGTGGCATATGATGAACAAGGGCTTGTCTTTGCTATTTCCAATGAAGGGGGTTTAATAAAAATGTTTGATGCTCGCTTATATGATAAGGGACCATTTGATACCTTTGATGTGGAAGGAGACAAATCTGAGGCATCAGGGATAAAATTTAGCACTGATGGGAAGCTAATTCTTTTGTCTACCAT
GGATAGCAATATACATGTCTTGGATTCATATCAAGGGACAACGGTGCGTAGTTTCAGTGTGGAAGCTGTTCCCAACAGTGGAGAAGCTGTTCCCAATGGTGGAACTCTGGAGGCATCTTTCAGCCCAGATGGCAAATTTGTGATTTCAGGTTCAGGGAATGGTAATATACATGCTTGGAGTGTCAACTGTGGCAAAGAAG
TATGGTTTTATGAGTCAATTTCTGCTTTCAGAACTAAATTTCTGCTTTGAATTCCTTGAAAAATGGTAAAATGGGCTCCAAGGCGCTTAATGTTTGCTAGTGGATCTTCTGTTCTGTCATTATGGGTACCAAATTTATCGAAGTTGGTTTCTCTCGCTGGTTCCAGTTCTAATATTGCTTATTGATAACATTCAATGGCC
CAAGAGAGACAGATCAGCAATCCTCGAGCTTGGGATACACCTTAGACTTTGGGATGACAACAGCACTTCATTTCTTTCATTGATATATATAATAATATATTGCTCCCTACTTCTAGGGTCTTCTGCCTTCTCTGCCGTTTGTAACTTTATGTTCATTGTGGTGGAATCATCCTCTCTTCTTTTTGACTCACTATCATGTA
TTTGAATTTGTACCTATAAATTTTTTATTTTTTACATAATTATCCCTTTAATCTCTTAGATGTGGCACAAGGCCCTAGCACCTCAGTTCCTCTGCAGCTGGAATGTTATGATGGCACTTTCAGTGTCATTAGCCATTTTTGGTTACCTGTGAACATAAATATATTTGTTCATTCATTCTTTTTTTTTGTTAATCTCAGTA
ATGTACTTGTAGGATTCTTGTCATAAATTTGATCCTTGAGGTG

>TRINITY_DN36435_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CGCGGATATTGCTCTATGAAGTTATGACGGTTTTCGACAGGCAAAACCTCGGCGAAGATAGACTTGCGAGCCTGCAGCTATTATTGATTCCCGGGTTTTTGGTATTATATCAAATTCTGTCGCGCCATTGACTGGCTTTCAAAATCATGAATTTCAGGCCTTCATATCGTGTAAATTCGATTGGAGTGGCTGGGATCTTA
TGTACCCTTTAAATATCCTTAGACATTAGACATTAAGTACACACAGGGGAGGAAACCTGGCCGGTTTAAGAGTTTGCAGGGTTCGAAGGAGTGCTGGATAATCAACTGTGCCTATAAGAAATGCCAGGGGGGCAAGGTGAAGGGGAAGAGAAATTATCCATGGAACTCACAGAAGATGTCATGAAAAGCATGGAGATTGG
TGTTGTCTATAAAGATTATAATGGGAAAATTAATTCATTGGATTTTCACAGAACAAACAATTATTTGGTCACAGCTAGTGATGACGAGTCTATTCGTCTTTTCGACACTGGAAATGCAACATTGCAGAAGACCATATATAGTAAAAAGTATGGTGTTGACTTGATTTGCTTCACCAATCATGCAACATCAGTACTGTACT
CTTCAAAAAATGGCTGGGATGAATCATTGCGACATCTTTCCCTCATGGACAATAAATATTTGCGTTATTTCAAAGGTCACCATGATAGGGTGGTTTCCCTTTGTATGTCTCCAAGGAGTGAGTGCTTTATGTCAGGCTCCTTGGATCGCACTGTGCTTCTTTGGGATCTACGAGTTGATAAGTGTCAGGGTTTGATCCGA
GTACGAGGAAGACCTGCTGTGGCATATGATGAACAAGGGCTTGTCTTTGCTATTTCCAATGAAGGGGGTTTAATAAAAATGTTTGATGCTCGCTTATATGATAAGGGACCATTTGATACCTTTGATGTGGAAGGAGACAAATCTGAGGCATCAGGGATAAAATTTAGCACTGATGGGAAGCTAATTCTTTTGTCTACCAT
GGATAGCAATATACATGTCTTGGATTCATATCAAGGGACAACGGTGCGTAGTTTCAGTGTGGAAGCTGTTCCCAACAGTGGAGAAGCTGTTCCCAATGGTGGAACTCTGGAGGCATCTTTCAGCCCAGATGGCAAATTTGTGATTTCAGGTTCAGGGAATGGTAATATACATGCTTGGAGTGTCAACTGTGGCAAAGAAG
TATGGTTTTATGAGTCAATTTCTGCTTTCAGAACTAAATTTCTGCTTTGAATTCCTTGAAAAAgtgagttgtatctgtttgtgaaactggtgattggattattacttttattgttctctaggttgcttgttggacaaatgatggagtcattcctgcagTGGTAAAATGGGCTCCAAGGCGCTTAATGTTTGCTAGTGGAT
CTTCTGTTCTGTCATTATGGGTACCAAATTTATCGAAGTTGGTTTCTCTCGCTGGTTCCAGTTCTAATATTGCTTATTGATAACATTCAATGGCCCAAGAGAGACAGATCAGCAATCCTCGAGCTTGGGATACACCTTAGACTTTGGGATGACAACAGCACTTCATTTCTTTCATTGATATATATAATAATATATTGCTC
CCTACTTCTAGGGTCTTCTGCCTTCTCTGCCGTTTGTAACTTTATGTTCATTGTGGTGGAATCATCCTCTCTTCTTTTTGACTCACTATCATGTATTTGAATTTGTACCTATAAATTTTTTATTTTTTACATAATTATCCCTTTAATCTCTTAGATGTGGCACAAGGCCCTAGCACCTCAGTTCCTCTGCAGCTGGAATG
TTATGATGGCACTTTCAGTGTCATTAGCCATTTTTGGTTACCTGTGAACATAAATATATTTGTTCATTCATTCTTTTTTTTTGTTAATCTCAGTAATGTACTTGTAGGATTCTTGTCATAAATTTGATCCTTGAGGTG

Intron 2 GTTATAACTA ... GGCGGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.54	34.1	6.1	4.9
A2	5	36	9.4	2.3
A3	17.48	51.7	12.3	11.1
A4	2.92	37.7	9.4	1.4
A5	17.85	21.3	11.3	4.7
A6	3.54	97.6	18	4.7
A7	5.44	137.3	30	9.3
A8	2.98	74	12	2.9
A9	4.96	147	36.1	8.9
A10	3.89	157.1	36.1	7.9

>TRINITY_DN114769_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

CACGGATATTGCTCTATGAAGTTATGACGGTTTTCGACAGGCAAAACCTCGGCGAAGATAGACTTGCGAGCCTGCAGCTATTATTGATTCCCGGGTTTTTGGTATTATATCAAATTCTGTCGCGCCATTGACTGGCTTTCAAAATCATGAATTTCAGGCCTTCATATCGTGTAAATTCGATTGGAGTGGCTGGGATCTTA
TGTACCCTTTAAATATCCTTAGACATTAGACATTAAGTACACACAGGGGAGGAAACCTGGCCGGTTTAAGAGTTTGCAGGGTTCGAAGGAGTGCTGGATAATCAACTGTGCCTATAAGAAATGCCAGGGGGGCAAGGTGAAGGGGAAGAGAAATTATCCATGGAACTCACAGAAGATGTCATGAAAAGCATGGAGATTGG
TGTTGTCTATAAAGATTATAATGGGAAAATTAATTCATTGGATTTTCACAGAACAAACAATTATTTGGTCACAGCTAGTGATGACGAGTCTATTCGTCTTTTCGACACTGGAAATGCAACGTATATTTCCTGCCTTGCCTTCTTTACCTTGAAGCAAATTGAGAATATTGCAGAAGACCATATATAGTAAAAAGTATGGT
GTTGACTTGATTTGCTTCACCAATCATGCAACATCAGTACTGTACTCTTCAAAAAATGGCTGGGATGAATCATTGCGACATCTTTCCCTCATGGACAATAAATATTTGCGTTATTTCAAAGGTCACCATGATAGGGTGGTTTCCCTTTGTATGTCTCCAAGGAGTGAGTGCTTTATGTCAGGCTCCTTGGATCGCACTGT
GCTTCTTTGGGATCTACGAGTTGATAAGTGTCAGGGTTTGATCCGAGTACGAGGAAGACCTGCTGTGGCATATGATGAACAAGGGCTTGTCTTTGCTATTTCCAATGAAGGGGGTTTAATAAAAATGTTTGATGCTCGCTTATATGATAAGGGACCATTTGATACCTTTGATGTGGAAGGAGACAAATCTGAGGCATCAG
GGATAAAATTTAGCACTGATGGGAAGCTAATTCTTTTGTCTACCATGGATAGCAATATACATGTCTTGGATTCATATCAAGGGACAACGGTGCGTAGTTTCAGTGTGGAAGCTGTTCCCAACAGTGGAGAAGCTGTTCCCAATGGTGGAACTCTGGAGGCATCTTTCAGCCCAGATGGCAAATTTGTGATTTCAGGTTCA
GGGAATGGTAATATACATGCTTGGAGTGTCAACTGTGGCAAAGAAGTTGCTTGTTGGACAAATGATGGAGTCATTCCTGCAGTGGTAAAATGGGCTCCAAGGCGCTTAATGTTTGCTAGTGGATCTTCTGTTCTGTCATTATGGGTACCAAATTTATCGAAGTTGGTTTCTCTCGCTGGTTCCAGTTCTAATATTGCTTA
TTGATAACATTCAATGGCCCAAGAGAGACAGATCAGCAATCCTCGAGCTTGGGATACACCTTAGACTTTGGGATGACAACAGCACTTCATTTCTTTCATTGATATATATAATAATATATTGCTCCCTACTTCTAGGGTCTTCTGCCTTCTCTGCCGTTTGTAACTTTATGTTCATTGTGGTGGAATCATCCTCTCTTCTT
TTTGACTCACTATCATGTATTTGAATTTGTACCTATAAATTTTTTATTTTTTACATAATTATCCCTTTAATCTCTTAGATGTGGCACAAGGCCCTAGCACCTCAGTTCCTCTGCAGCTGGAATGTTATGATGGCACTTTCAGTGTCATTAGCCATTTTTGGTTACCTGTGAACATAAATATATTTGTTCATTCATTCTTT
TTTTTTGTTAATCTCAGTAATGTACTTGTAGGATTCTTGTCATAAATTTGATCCTTGAGGTGGTTTGTTTAGTGTCCTTGTCATGGTTGAAAGTGAATGGTTACACTGACAGTGATGCATCTTGTTATCAG

>TRINITY_DN114769_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CACGGATATTGCTCTATGAAGTTATGACGGTTTTCGACAGGCAAAACCTCGGCGAAGATAGACTTGCGAGCCTGCAGCTATTATTGATTCCCGGGTTTTTGGTATTATATCAAATTCTGTCGCGCCATTGACTGGCTTTCAAAATCATGAATTTCAGGCCTTCATATCGTGTAAATTCGATTGGAGTGGCTGGGATCTTA
TGTACCCTTTAAATATCCTTAGACATTAGACATTAAGTACACACAGGGGAGGAAACCTGGCCGGTTTAAGAGTTTGCAGGGTTCGAAGGAGTGCTGGATAATCAACTGTGCCTATAAGAAATGCCAGgttataactatgtctttcctctatttacaaattgacccagctatattacatgtctgctagtaatcagcttaag
cattggcggtgcagGGGGGCAAGGTGAAGGGGAAGAGAAATTATCCATGGAACTCACAGAAGATGTCATGAAAAGCATGGAGATTGGTGTTGTCTATAAAGATTATGTACGCATGTTTCCCAATTTTCACCTTTTGGAATTAGTTTTTGCTTTCATCTGTTTGTCACGGAACCATGATATTCATTTTTAGGCTCAGGTCG
TGTTTGTGTCTTCTAAGATAGAATTTAAAATGAAATTCAAATTAAATCGACCAAACCTTACTAGTCACGATTCTTCAACCTTCATTCATGACTTTATTCTGTAATTTGTAATTGTCAAAGAATGTGATGACTAGTTTTGCTAGGGTTCGAAATGGAAGTGCGTATAAAAATTGTCCTCCATTTTCCCTCAATTGTGGTTT
GAAATGGAAGTGCGTATAAAAATTATCCTCCATTATCCCTCAGTTTTTAATTCATAGAGATATTGCGGAGTCTATATAAACATGACTCTTAATAACTATGCAAGTTCTCCCGAGTTACTCTGCTCTCCAAGCCTACCAGACGGTGTCAAAACTTTACCCTTAGTCAAACTCAGTTTTGAGCAATACTTTTGCAGACTTCT
CTTTGGGTTGGCAAGCCCTGGACAAACT

Intron 3 GTATGGGGTT ... CTCTATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.94	39.9	5.3	17.9
A2	25	45	7.8	15
A3	24.62	49	9.1	16
A4	28.92	59	10.2	24
A5	35.41	25.6	3.2	14
A6	29.32	188	16.9	78
A7	36.57	170	10.7	98
A8	29.56	143	12.9	60
A9	29.3	181	17.8	75
A10	30.99	147	10.7	66

>TRINITY_DN114769_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

CACGGATATTGCTCTATGAAGTTATGACGGTTTTCGACAGGCAAAACCTCGGCGAAGATAGACTTGCGAGCCTGCAGCTATTATTGATTCCCGGGTTTTTGGTATTATATCAAATTCTGTCGCGCCATTGACTGGCTTTCAAAATCATGAATTTCAGGCCTTCATATCGTGTAAATTCGATTGGAGTGGCTGGGATCTTA
TGTACCCTTTAAATATCCTTAGACATTAGACATTAAGTACACACAGGGGAGGAAACCTGGCCGGTTTAAGAGTTTGCAGGGTTCGAAGGAGTGCTGGATAATCAACTGTGCCTATAAGAAATGCCAGGGGGGCAAGGTGAAGGGGAAGAGAAATTATCCATGGAACTCACAGAAGATGTCATGAAAAGCATGGAGATTGG
TGTTGTCTATAAAGATTATAATGGGAAAATTAATTCATTGGATTTTCACAGAACAAACAATTATTTGGTCACAGCTAGTGATGACGAGTCTATTCGTCTTTTCGACACTGGAAATGCAACGTATATTTCCTGCCTTGCCTTCTTTACCTTGAAGCAAATTGAGAATATTGCAGAAGACCATATATAGTAAAAAGTATGGT
GTTGACTTGATTTGCTTCACCAATCATGCAACATCAGTACTGTACTCTTCAAAAAATGGCTGGGATGAATCATTGCGACATCTTTCCCTCATGGACAATAAATATTTGCGTTATTTCAAAGGTCACCATGATAGGGTGGTTTCCCTTTGTATGTCTCCAAGGAGTGAGTGCTTTATGTCAGGCTCCTTGGATCGCACTGT
GCTTCTTTGGGATCTACGAGTTGATAAGTGTCAGGGTTTGATCCGAGTACGAGGAAGACCTGCTGTGGCATATGATGAACAAGGGCTTGTCTTTGCTATTTCCAATGAAGGGGGTTTAATAAAAATGTTTGATGCTCGCTTATATGATAAGGGACCATTTGATACCTTTGATGTGGAAGGAGACAAATCTGAGGCATCAG
GGATAAAATTTAGCACTGATGGGAAGCTAATTCTTTTGTCTACCATGGATAGCAATATACATGTCTTGGATTCATATCAAGGGACAACGGTGCGTAGTTTCAGTGTGGAAGCTGTTCCCAACAGTGGAGAAGCTGTTCCCAATGGTGGAACTCTGGAGGCATCTTTCAGCCCAGATGGCAAATTTGTGATTTCAGGTTCA
GGGAATGGTAATATACATGCTTGGAGTGTCAACTGTGGCAAAGAAGTTGCTTGTTGGACAAATGATGGAGTCATTCCTGCAGTGGTAAAATGGGCTCCAAGGCGCTTAATGTTTGCTAGTGGATCTTCTGTTCTGTCATTATGGGTACCAAATTTATCGAAGTTGGTTTCTCTCGCTGGTTCCAGTTCTAATATTGCTTA
TTGATAACATTCAATGGCCCAAGAGAGACAGATCAGCAATCCTCGAGCTTGGGATACACCTTAGACTTTGGGATGACAACAGCACTTCATTTCTTTCATTGATATATATAATAATATATTGCTCCCTACTTCTAGGGTCTTCTGCCTTCTCTGCCGTTTGTAACTTTATGTTCATTGTGGTGGAATCATCCTCTCTTCTT
TTTGACTCACTATCATGTATTTGAATTTGTACCTATAAATTTTTTATTTTTTACATAATTATCCCTTTAATCTCTTAGATGTGGCACAAGGCCCTAGCACCTCAGTTCCTCTGCAGCTGGAATGTTATGATGGCACTTTCAGTGTCATTAGCCATTTTTGGTTACCTGTGAACATAAATATATTTGTTCATTCATTCTTT
TTTTTTGTTAATCTCAGTAATGTACTTGTAGGATTCTTGTCATAAATTTGATCCTTGAGGTGGTTTGTTTAGTGTCCTTGTCATGGTTGAAAGTGAATGGTTACACTGACAGTGATGCATCTTGTTATCAG

>TRINITY_DN114769_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTGCAGAAGACCATATATAGTAAAAAGTATGGTGTTGACTTGATTTGCTTCACCAATCATGCAACATCAGTACTGTACTCTTCAAAAAATGGCTGGGATGAATCATTGCGACATCTTTCCCTCATGGACAATAAATATTTGCGTTATTTCAAAGGTCACCATGATAGGGTGGTTTCCCTTTGTATGTCTCCAAGGAGTG
AGTGCTTTATGTCAGGCTCCTTGGATCGCACTGTGCTTCTTTGGGATCTACGAGTTGATAAGTGTCAGGGTTTGATCCGAGTACGAGGAAGACCTGCTGTGGCATATGATGAACAAGGGCTTGTCTTTGCTATTTCCAATGAAGGGGGTTTAATAAAAATGTTTGATGCTCGCTTATATGATAAGgtatggggtttgact
aaaaggtgcctgttagatatctagttcattgtcaatttgtgatttgattatacaatttgtctgctctattcagGGACCATTTGATACCTTTGATGTGGAAGGAGACAAATCTGAGGCATCAGGGATAAAATTTAGCACTGATGGGAAGCTAATTCTTTTGTCTACCATGGATAGCAATATACATGTCTTGGATTCATATC
AAGGGACAACGGTG

Intron 4 GTATGGTTTT ... TGTTCTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.17	13	6.7	4
A2	43.8	19	11.6	18
A3	40.65	27	20.1	17
A4	36.69	15	10.5	7
A5	51.66	5	4.7	6
A6	33.82	215	99	121
A7	30.86	145	61.7	68
A8	27.52	212	66.4	95
A9	29.81	139	44.3	74
A10	27.97	105	31.7	50

>TRINITY_DN107748_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

ACGGATATTGCTCTATGAAGTTATGACGGTTTTCGACAGGCAAAACCTCGGCGAAGATAGACTTGCGAGCCTGCAGCTATTATTGATTCCCGGGTTTTTGGTATTATATCAAATTCTGTCGCGCCATTGACTGGCTTTCAAAATCATGAATTTCAGGCCTTCATATCGTGTAAATTCGATTGGAGTGGCTGGGATCTTAT
GTACCCTTTAAATATCCTTAGACATTAGACATTAAGTACACACAGGGGAGGAAACCTGGCCGGTTTAAGAGTTTGCAGGGTTCGAAGGAGTGCTGGATAATCAACTGTGCCTATAAGAAATGCCAGGGGGGCAAGGTGAAGGGGAAGAGAAATTATCCATGGAACTCACAGAAGATGTCATGAAAAGCATGGAGATTGGT
GTTGTCTATAAAGATTATAATGGGAAAATTAATTCATTGGATTTTCACAGAACAAACAATTATTTGGTCACAGCTAGTGATGACGAGTCTATTCGTCTTTTCGACACTGGAAATGCAACGTATATTTCCTGCCTTGCCTTCTTTACCTTGAAGCAAATTGAGAATATTGCAGAAGACCATATATAGTAAAAAGTATGGTG
TTGACTTGATTTGCTTCACCAATCATGCAACATCAGTACTGTACTCTTCAAAAAATGGCTGGGATGAATCATTGCGACATCTTTCCCTCATGGACAATAAATATTTGCGTTATTTCAAAGGTCACCATGATAGGGTGGTTTCCCTTTGTATGTCTCCAAGGAGTGAGTGCTTTATGTCAGGCTCCTTGGATCGCACTGTG
CTTCTTTGGGATCTACGAGTTGATAAGTGTCAGGGTTTGATCCGAGTACGAGGAAGACCTGCTGTGGCATATGATGAACAAGGGCTTGTCTTTGCTATTTCCAATGAAGGGGGTTTAATAAAAATGTTTGATGCTCGCTTATATGATAAGGGACCATTTGATACCTTTGATGTGGAAGGAGACAAATCTGAGGCATCAGG
GATAAAATTTAGCACTGATGGGAAGCTAATTCTTTTGTCTACCATGGATAGCAATATACATGTCTTGGATTCATATCAAGGGACAACGGTGCGTAGTTTCAGTGTGGAAGCTGTTCCCAACAGTGGAGAAGCTGTTCCCAATGGTGGAACTCTGGAGGCATCTTTCAGCCCAGATGGCAAATTTGTGATTTCAGGTTCAG
GGAATGGTAATATACATGCTTGGAGTGTCAACTGTGGCAAAGAAGTTGCTTGTTGGACAAATGATGGAGTCATTCCTGCAGTGGTAAAATGGGCTCCAAGGCGCTTAATGTTTGCTAGTGGATCTTCTGTTCTGTCATTATGGGTACCAAATTTATCGAAGTTGGTTTCTCTCGCTGGTTCCAGTTCTAATATTGCTTAT
TGATAACATTCAATGGCCCAAGAGAGACAGATCAGCAATCCTCGAGCTTGGGATACACCTTAGACTTTGGGATGACAACAGCACTTCATTTCTTTCATTGATATATATAATAATATATTGCTCCCTACTTCTAGGGTCTTCTGCCTTCTCTGCCGTTTGTAACTTTATGTTCATTGTGGTGGAATCATCCTCTCTTCTTT
TTGACTCACTATCATGTATTTGAATTTGTACCTATAAATTTTTTATTTTTTACATAATTATCCCTTTAATCTCTTAGATGTGGCACAAGGCCCTAGCACCTCAGTTCCTCTGCAGCAGGAATGTTATGATGGCACTTTCAGTGTCATTAGCCATTTTTGGTTACCTG

>TRINITY_DN107748_c0_g1_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ACGGATATTGCTCTATGAAGTTATGACGGTTTTCGACAGGCAAAACCTCGGCGAAGATAGACTTGCGAGCCTGCAGCTATTATTGATTCCCGGGTTTTTGGTATTATATCAAATTCTGTCGCGCCATTGACTGGCTTTCAAAATCATGAATTTCAGGCCTTCATATCGTGTAAATTCGATTGGAGTGGCTGGGATCTTAT
GTACCCTTTAAATATCCTTAGACATTAGACATTAAGTACACACAGGGGAGGAAACCTGGCCGGTTTAAGAGTTTGCAGGGTTCGAAGGAGTGCTGGATAATCAACTGTGCCTATAAGAAATGCCAGGGGGGCAAGGTGAAGGGGAAGAGAAATTATCCATGGAACTCACAGAAGATGTCATGAAAAGCATGGAGATTGGT
GTTGTCTATAAAGATTATAATGGGAAAATTAATTCATTGGATTTTCACAGAACAAACAATTATTTGGTCACAGCTAGTGATGACGAGTCTATTCGTCTTTTCGACACTGGAAATGCAACATTGCAGAAGACCATATATAGTAAAAAGTATGGTGTTGACTTGATTTGCTTCACCAATCATGCAACATCAGTACTGTACTC
TTCAAAAAATGGCTGGGATGAATCATTGCGACATCTTTCCCTCATGGACAATAAATATTTGCGTTATTTCAAAGGTCACCATGATAGGGTGGTTTCCCTTTGTATGTCTCCAAGGAGTGAGTGCTTTATGTCAGGCTCCTTGGATCGCACTGTGCTTCTTTGGGATCTACGAGTTGATAAGTGTCAGGGTTTGATCCGAG
TACGAGGAAGACCTGCTGTGGCATATGATGAACAAGGGCTTGTCTTTGCTATTTCCAATGAAGGGGGTTTAATAAAAATGTTTGATGCTCGCTTATATGATAAGGGACCATTTGATACCTTTGATGTGGAAGGAGACAAATCTGAGGCATCAGGGATAAAATTTAGCACTGATGGGAAGCTAATTCTTTTGTCTACCATG
GATAGCAATATACATGTCTTGGATTCATATCAAGGGACAACGGTGCGTAGTTTCAGTGTGGAAGCTGTTCCCAACAGTGGAGAAGCTGTTCCCAATGGTGGAACTCTGGAGGCATCTTTCAGCCCAGATGGCAAATTTGTGATTTCAGGTTCAGGGAATGGTAATATACATGCTTGGAGTGTCAACTGTGGCAAAGAAgt
atggttttatgagtcaatttctgctttcagaactaaatttctgctttgaattccttgaaaaagtgagttgtatctgtttgtgaaactggtgattggattattacttttattgttctctagGTTGCTTGTTGGACAAATGATGGAGTCATTCCTGCAGTGGTAAAATGGGCTCCAAGGCGCTTAATGTTTGCTAGTGGATC
TTCTGTTCTGTCATTATGGGTACCAAATTTATCGAAGTTGGTTTCTCTCGCTGGTTCCAGTTCTAATATTGCTTATTGATAACATTCAATGGCCCAAGAGAGACAGATCAGCAATCCTCGAGCTTGGGATACACCTTAGACTTTGGGATGACAACAGCACTTCATTTCTTTCATTGATATATATAATAATATATTGCTCC
CTACTTCTAGGGTCTTCTGCCTTCTCTGCCGTTTGTAACTTTATGTTCATTGTGGTGGAATCATCCTCTCTTCTTTTTGACTCACTATCATGTATTTGAATTTGTACCTATAAATTTTTTATTTTTTACATAATTATCCCTTTAATCTCTTAGATGTGGCACAAGGCCCTAGCACCTCAGTTCCTCTGCAGCAGGAATGT
TATGATGGCACTTTCAGTGTCATTAGCCATTTTTGGTTACCTG

Intron 5 GTTATTTTTT ... ATGTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25	24	8	8
A2	30.3	23	3	17
A3	26.21	38	10	17
A4	23.81	16	2	8
A5	15.38	22	5	3
A6	21.82	86	11	37
A7	19.88	64	7	24.8
A8	24.22	57.5	11.8	25
A9	19.53	86	12	29.8
A10	18.23	83	9	28

>TRINITY_DN107748_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

ACGGATATTGCTCTATGAAGTTATGACGGTTTTCGACAGGCAAAACCTCGGCGAAGATAGACTTGCGAGCCTGCAGCTATTATTGATTCCCGGGTTTTTGGTATTATATCAAATTCTGTCGCGCCATTGACTGGCTTTCAAAATCATGAATTTCAGGCCTTCATATCGTGTAAATTCGATTGGAGTGGCTGGGATCTTAT
GTACCCTTTAAATATCCTTAGACATTAGACATTAAGTACACACAGGGGAGGAAACCTGGCCGGTTTAAGAGTTTGCAGGGTTCGAAGGAGTGCTGGATAATCAACTGTGCCTATAAGAAATGCCAGGGGGGCAAGGTGAAGGGGAAGAGAAATTATCCATGGAACTCACAGAAGATGTCATGAAAAGCATGGAGATTGGT
GTTGTCTATAAAGATTATAATGGGAAAATTAATTCATTGGATTTTCACAGAACAAACAATTATTTGGTCACAGCTAGTGATGACGAGTCTATTCGTCTTTTCGACACTGGAAATGCAACGTATATTTCCTGCCTTGCCTTCTTTACCTTGAAGCAAATTGAGAATATTGCAGAAGACCATATATAGTAAAAAGTATGGTG
TTGACTTGATTTGCTTCACCAATCATGCAACATCAGTACTGTACTCTTCAAAAAATGGCTGGGATGAATCATTGCGACATCTTTCCCTCATGGACAATAAATATTTGCGTTATTTCAAAGGTCACCATGATAGGGTGGTTTCCCTTTGTATGTCTCCAAGGAGTGAGTGCTTTATGTCAGGCTCCTTGGATCGCACTGTG
CTTCTTTGGGATCTACGAGTTGATAAGTGTCAGGGTTTGATCCGAGTACGAGGAAGACCTGCTGTGGCATATGATGAACAAGGGCTTGTCTTTGCTATTTCCAATGAAGGGGGTTTAATAAAAATGTTTGATGCTCGCTTATATGATAAGGGACCATTTGATACCTTTGATGTGGAAGGAGACAAATCTGAGGCATCAGG
GATAAAATTTAGCACTGATGGGAAGCTAATTCTTTTGTCTACCATGGATAGCAATATACATGTCTTGGATTCATATCAAGGGACAACGGTGCGTAGTTTCAGTGTGGAAGCTGTTCCCAACAGTGGAGAAGCTGTTCCCAATGGTGGAACTCTGGAGGCATCTTTCAGCCCAGATGGCAAATTTGTGATTTCAGGTTCAG
GGAATGGTAATATACATGCTTGGAGTGTCAACTGTGGCAAAGAAGTTGCTTGTTGGACAAATGATGGAGTCATTCCTGCAGTGGTAAAATGGGCTCCAAGGCGCTTAATGTTTGCTAGTGGATCTTCTGTTCTGTCATTATGGGTACCAAATTTATCGAAGTTGGTTTCTCTCGCTGGTTCCAGTTCTAATATTGCTTAT
TGATAACATTCAATGGCCCAAGAGAGACAGATCAGCAATCCTCGAGCTTGGGATACACCTTAGACTTTGGGATGACAACAGCACTTCATTTCTTTCATTGATATATATAATAATATATTGCTCCCTACTTCTAGGGTCTTCTGCCTTCTCTGCCGTTTGTAACTTTATGTTCATTGTGGTGGAATCATCCTCTCTTCTTT
TTGACTCACTATCATGTATTTGAATTTGTACCTATAAATTTTTTATTTTTTACATAATTATCCCTTTAATCTCTTAGATGTGGCACAAGGCCCTAGCACCTCAGTTCCTCTGCAGCAGGAATGTTATGATGGCACTTTCAGTGTCATTAGCCATTTTTGGTTACCTG

>TRINITY_DN107748_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ACGGATATTGCTCTATGAAGTTATGACGGTTTTCGACAGGCAAAACCTCGGCGAAGATAGACTTGCGAGCCTGCAGCTATTATTGATTCCCGGGTTTTTGGTATTATATCAAATTCTGTCGCGCCATTGACTGGCTTTCAAAATCATGAATTTCAGGCCTTCATATCGTGTAAATTCGATTGGAGTGGCTGGGATCTTAT
GTACCCTTTAAATATCCTTAGACATTAGACATTAAGTACACACAGGGGAGGAAACCTGGCCGGTTTAAGAGTTTGCAGGGTTCGAAGGAGTGCTGGATAATCAACTGTGCCTATAAGAAATGCCAGGGGGGCAAGGTGAAGGGGAAGAGAAATTATCCATGGAACTCACAGAAGATGTCATGAAAAGCATGGAGATTGGT
GTTGTCTATAAAGATTATAATGGGAAAATTAATTCATTGGATTTTCACAGAACAAACAATTATTTGGTCACAGCTAGTGATGACGAGTCTATTCGTCTTTTCGACACTGGAAATGCAACATTGCAGAAGACCATATATAGTAAAAAGTATGGTGTTGACTTGATTTGCTTCACCAATCATGCAACATCAGTACTGTACTC
TTCAAAAAATGGCTGGGATGAATCATTGCGACATCTTTCCCTCATGGACAATAAATATTTGCGTTATTTCAAAGGTCACCATGATAGGGTGGTTTCCCTTTGTATGTCTCCAAGGAGTGAGTGCTTTATGTCAGGCTCCTTGGATCGCACTGTGCTTCTTTGGGATCTACGAGTTGATAAGTGTCAGgttattttttaaa
ccattgattctttttcaagagatgaaccatctacttggctgtaatgaagttctgttgatttggagttaatgtctgcagGGTTTGATCCGAGTACGAGGAAGACCTGCTGTGGCATATGATGAACAAGGGCTTGTCTTTGCTATTTCCAATGAAGGGGGTTTAATAAAAATGTTTGATGCTCGCTTATATGATAAGGGACC
ATTTGATACCTTTGATGTGGAAGGAGACAAATCTGAGGCATCAGGGATAAAATTTAGCACTGATGGGAAGCTAATTCTTTTGTCTACCATGGATAGCAATATACATGTCTTGGATTCATATCAAGGGACAACGGTGCGTAGTTTCAGTGTGGAAGCTGTTCCCAACAGTGGAGAAGCTGTTCCCAATGGTGGAACTCTGG
AGGCATCTTTCAGCCCAGATGGCAAATTTGTGATTTCAGGTTCAGGGAATGGTAATATACATGCTTGGAGTGTCAACTGTGGCAAAGAAGT