sp|A9LLI8|RP6L3_ARATH ----> Protein RRP6-like 3

Intron 1 GTTGGACTTC ... CTTCTTCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.27	16	6	6
A2	39.29	17	18	4
A3	33.33	12	8	4
A4	23.33	23	9	5
A5	14.29	3	0	1
A6	20	4	2	0
A7	25	6	3	1
A8	16.67	10	4	0
A9	26.32	7	2	3
A10	26.67	11	5	3

>TRINITY_DN113907_c1_g2_i17 from sample A2 / Example spliced isoform

GGGATTGGTGCCATTGTGAATTTCATTTAATGCAATTTTCTATTCTGGAACATGTAGAAATTGTATTGGAACCAAATTACAGTCCTGAGAGAGATTCAAATTTTCTTAAATTATGTTATTAGATAATGGTTGACGGATATATGGTTTAGGTTACCTATTTCCTTTTAATATTATTTGTGCTAGAGAAGTTGTATGCTCCA
AGATTGGTCTTAGTTATAATTCAACAAACTTTGTTGTTTCTGGCAGGCCCGGGCAGAAGATGAGAGCTTACGTTTTGTACTCTCTGACCAGGCTATAAATTTTCTAGCAAAGGCAGTACCTACTACCCCAAAAAGGATTTATAGTACAATTTCTGCAGCTGATTCTATTGTGCAGTCTGTGGCTGAGTTTTCTTTCATGA
CACCAGTTCCTTCACCATCTCCCGTGGTGTATATGCACATTAATGATTTATGCAACCTCCTTAAAGAGGATGTTATCAACAAGAAAGGTAGTTTGCAAGAAGATATTGCATGTGTGGGAATTAAACAGGGTTATTATTATGGAAACATTCAAGCTAAAAACTTTGAGGAGCGCGCACCAGGAAAATCTTCCAGATTAAAT
TCAAAGAGGTTAATGTTCTCGGAGGGAAACCGAGGCAGAGTGTCAAAAAGGGGCAGTAAGGAAGCTTCACGTGCACAGTTTGTGCGGAAATTTTCATGCAAGTCACCTGTTTATCACAATTGTAGGATCTATGCCAGTGATGGTCGTCTTCTCTGTTATTGCGATCAGAGAAAGCTTGATTGGTATATTCGTCGGGATTT
GGCAGAACTTATAGAGGATGACCCTCCAGCTGTAAAACTTCTTTTTGAGCCCAAAGGTCGCCCTGAAGATGAAAACAATGAATTCTACATTCAAAGCAAAAAAAAACATGTGTGTTGGTTGTGGAGAGAGCAATCATTATTTACGCTACAGGATCATCCCGTCTTGCTATAGAATGCATTTTCCAGAGCATTTAAAGAGC
CACCGGTCACATGATATTGTTTTGCTTTGTGTTGACTGTCATGAAATTGCCCATTCTGCTGCTGAGAAGTATAAGAGACAAGTTGCTGCTAAATTTGGAATTCCTTTGTTTGCAAGAAAGGTAGTAGATTCTAGGAATAATCAGGGAGGAGTCAGTGGAGCTGAATTTGTTGCTGATGGTGGTGAAAGAGGTGTTTCTCC
TTTGCAATTGAGAATTGCAGCAATGGCACTCTTACGGCATGGATCCACAATGCCAAAGGAGCGGCGTGAAGAGCTTGAATTAGCCCGGGCAGAAGATGAGAGCTTACGTTTTGTACTCTCTGACCAGGCTATAAATTTTCTAGCAAAGGCAGTACCTACTACCCCAAAAAGGATTTATAGTACAATTTCTGCAGCTGATT
CTATTGTGCAGTCTGTGGCTGAGT

>TRINITY_DN113907_c1_g2_i14 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGGATTGGTGCCATTGTGAATTTCATTTAATGCAATTTTCTATTCTGGAACATGTAGAAATTGTATTGGAACCAAATTACAGTCCTGAGAGAGATTCAAATTTTCTTAAATTATGTTATTAGATAATGGTTGACGGATATATGGTTTAGGTTACCTATTTCCTTTTAATATTATTTGTGCTAGAGAAGTTGTATGCTCCA
AGATTGGTCTTAGTTATAATTCAACAAACTTTGTTGTTTCTGGCAGGCCCGGGCAGAAGATGAGAGCTTACGTTTTGTACTCTCTGACCAGGCTATAAATTTTCTAGCAAAGGCAGTACCTACTACCCCAAAAAGGATTTATAGTACAATTTCTGCAGCTGATTCTATTGTGCAGTCTGTGGCTGAGTTTTCTTTCATGA
CACCAGTTCCTTCACCATCTCCCGTGGTGTATATGCACATTAATGATTTATGCAACCTCCTTAAAGAGGATGTTATCAACAAGAAAGGTAGTTTGCAAGAAGATATTGCATGTGTGGGAATTAAACAGGGTTATTATTATGGAAACATTCAAGCTAAAAACTTTGAGGAGCGCGCACCAGGAAAATCTTCCAGATTAAAT
TCAAAGAGGTTAATGTTCTCGGAGGGAAACCGAGGCAGAGTGTCAAAAAGGGGCAGTAAGGAAGCTTCACGTGCACAGTTTGTGCGGAAATTTTCATGCAAGTCACCTGTTTATCACAATTGTAGGATCTATGCCAGTGATGGTCGTCTTCTCTGTTATTGCGATCAGAGAAAGCTTGATTGgttggacttcaattcttt
taattctatctatttactgatttggtttttagatttgtttaagataatgcaccaccgacaatgtttgactgttctaataaatgtgtaccttttcttcttcaagGTATATTCGTCGGGATTTGGCAGAACTTATAGAGGATGACCCTCCAGCTGTAAAACTTCTTTTTGAGCCCAAAGGTCGCCCTGAAGATGAAAACAAT
GAATTCTACATTCAAAGCAAAAAAAAACATGTGTGTTGGTTGTGGAGAGAGCAATCATTATTTACGCTACAGGATCATCCCGTCTTGCTATAGAATGCATTTTCCAGAGCATTTAAAGAGCCACCGGTCACATGATATTGTTTTGCTTTGTGTTGACTGTCATGAAATTGCCCATTCTGCTGCTGAGAAGTATAAGAGAC
AAGTTGCTGCTAAATTTGGAATTCCTTTGTTTGCAAGAAAGGTAGTAGATTCTAGGAATAATCAGGGAGGAGTCAGTGGAGCTGAATTTGTTGCTGATGGTGGTGAAAGAGGTGTTTCTCCTTTGCAATTGAGAATTGCAGCAATGGCACTCTTACGGCATGGATCCACAATGCCAAAGGAGCGGCGTGAAGAGCTTGAA
TTAGTAATAAAAAACTATTATGAAGGTAGGGATATTACTAGGGAAGACCTAGAGGCTGCCTTACTTGTTGGCATGGGTCCACGGGAGAAAAGGCGTTTAAGCAAGAAGAAAGGTTTGGTTTTCAAGCAGCTTGGCATAAATTCTAGTTTTATGGACAGTAGTGACTCTGGAGGCAACGATGTTGAGACCCCCCCACGGAG
AAGTACTTTGCATATGAAAAGAACAGATGGAGAAGTAATTTCACCAGCTGTTGTTGAAGATAATTTGCCAAATTTTGTAGAGTATGAAGATTTGTGTTTTAGTCAAGACAATAAAGAGACTAAAACTGTGGAAGCTTACACCAATGGAAGTACCACCATGGATGAAGAACTTGAGGATTCTTTGTTATCAGGTGTAAATG
ATGAGGTTGAAGAGTCAATTGATTGTTTCAATATAGAGTCAAATACTCTTTCAAATGGAACTGTTTGCATTGAAGGAGGTTTATATGACCAAAGAAAAGATGTGGTCAGGGTTGTTCATGCTGATAAAATGGGAATTGATACTATTGTAGAGGAGCAGTATAACAGCTTTCCAAGCTCTCTGAAGCTTAACCAAGCAGCT
GGATCAGATTATAATGGTGAAGCTTTTGTGGAACCAATCACAGGTGCATTGGAAACATCTAAGCGTGCAATGAAGATATCTTTATTAGGTCACGGGCCACATGGAAAAAGAGTAGTGGAGAACTTGTTGCAGGAGAATGGCGAAGATGGCATCCGCGAGTTTTGCCAACAATGGCGTGTAGTTTTTGTCGAAGCTGTTAA
ACCTTGCTTTTTACCTGCTGGGTGGGATATCCACCATAGGCATGTGATATTCTAGCGAAACCACAAAGGTCACTGGCATATTTGCTTCAAACATATTGTGGAATATCTTCAAATAAAGTCTTTCAGCGTGCAGATTGGCGATTGCGTCCTTTACCGGAGGCCATGGTCCAGTATGCACGTGCTGATGCACACTATCTACT
TTATATTGCAGACTGCCTTTCTGCTGAGCTTAATGAAAGTAAACATGGGTCAAATTTGTTTGAGGAGACCAGTCGGCGTTCTAATCTGATTACACTTCAATTGTATGAGAAGGAGGAGGCTTCTTCAGGGCAATCTGCTGCAACATCTATATTGTCACGCTATTACAGTAGTCAAGGAACGAGTTCAAGTAAATCTAGAG
AGTCAAAATTCAGAGATGATAGATTTGAGCAGCTTGTCAGGAAGCTGTGTATGTGGAGCA

Intron 2 GTATGCATCA ... TTCTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	7	0	7
A2	0	6	6	0
A3	50	4	2	4
A4	100	0	1	1
A5	46.15	7	2	6
A6	45.45	6	1	5
A7	33.33	20	0	10
A8	27.03	27	2	10
A9	33.33	14	3	7
A10	11.76	15	0	2

>TRINITY_DN42478_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

ACTGCCTTTCTGCTGAGCTTAATGAAAGTAAACATGGGTCAAATTTGTTTGAGGAGACCAGTCGGCGTTCTAATCTGATTACACTTCAATTGTATGAGAAGGAGGAGGCTTCTTCAGGGCAATCTGCTGCAACATCTATATTGTCACGCTATTACAGTAGTCAAGGAACGAGTTCTAGTAAATCTAGAGAGTCAAAATTC
AGAGATGATAGATTTGAGCAGCTTGTCAGGAAGCTGTGTATGTGGAGAGATTTTGTGGCCCGGGCAGAAGATGAGAGCTTACGTTTTGTACTCTCTGACCAGGCTATAAATTTTCTAGCAAAGGCAGTACCTACTACCCCAAAAAGGATTTATAGTACAATTTCTGCAGCTGATTCTATTGTGCAGTCTGTGGCTGAGTT
TTCTTTCATGACACCAGTTCCTTCACCATCTCCCGTGGTGTATATGCACATTAATGATTTATGCAACCTCCTTAAAGAGGATGTTATCAACAAGAAAGGTAGTTTGCAAGAAGATATTGCATGTGTGGGAATTAAACAGGGTTATTATTATGGAAACATTCAAGCTAAAAACTTTGAGGAGCGTGCACCAGGAAAATCTT
CCAGATTAAATTCAAAGAGGTTAATGTTCTCTGAGGGAAACCGAGGCAGAGTGTCAAAAAGGGGCAGTAAGGAAGCTTCACGTGCACAGTTTGTGCGGAAATTTTCATGCAAGTCACCTGTTTATCACAATTGTAGGATCTATGCCAGTGATGGTCGTCTTCTCTGTTATTGCGATCAGAGAAAGCTTGATTGGTATATT
CGTCGGGATTTGGCAGAACTTATAGAGGATGACCCTCCAGCTGTAAAACTTCTTTTTGAGCCCAAAGGTCGCCCTGAAGATGAAAACAATGAATTCTACATTCAAAGCAAAAAAAACATGTGTGTTGGTTGTGGAGAGAGCAATCATTATTTACGCTACAGGATCATCCCGTCTTGCTATAGAATGCATTTTCCAGAGCA
TTTAAAGAGCCACCGGTCACATGATATTGTTTTGCTTTGTGTTGACTGTCATGAAATTGCCCATTCTGCTGCTGAGAAGTATAAGAGACAAGTTGCTGCTAAATTTGGAATTCCTTTGTTTGCAAGAAAGGTAGTAGATTCTAGGAATAATCAGGGAGGAGTCAGTGGAGCTGAATTTGTTGCTGATGGTGGTGAAAGAG
GTGTTTCTCCTTTGCAATTGAGAATTGCAGCAATGGCACTCTTACGGCATGGATCCACAATGCCAAAGGAGCGGCGTGAAGAGCTTGAATTAGTAATAAAAAACTATTATGAAGGTAGGGATATTACTAGGGAAGACCTAGAGGCTGCCTTACTTGTTGGCATGGGTCCACGGGAGAAAAGGCGTTTAAGCAAGAAGAAA
GGTTTGGTTTTCAAGCAGCTTGGCATAAATTCTAGTTTTATGGACAGTAGTGACTCTGGAGGCAACGATGTTGAGACCCCCCCACGGAGAAGTACTTTGCATATGAAAAGAACAGATGGAGAAGTAATTTCACCAGCTGTTGTTGAAGATAATTTGCCAAATTTTGTAGAGTATGAAGATTTGTGTTTTAGTCAAGACAA
TAAAGAGACTAAAACTGTGGAAGCTTACACCAATGGAAGTAACACCATGGATGAAGAACTTGAGGATTCTTTGTTATCAGGTGTAAATGATGAGGTTGAAGAGTCAATTGATTGTTTCAATATAGAGTCAAATACTCTTTCAAATGGAACTGTTTGCATTGAAGGAGGTTTATATGACCAAAGAAAAGATGTGGTCAGGG
TTGTTCATGCTGATAAAATGGGAATTGATACTATTGTAGAGGAGCAGTATAACAGCTTTCCAAGCTCTCTGAAGCTTAACCAAGCAGCTGGATCAGATTATAATGGTGAAGCTTTTGTGGAACCAATCACAGGTGCATTGGAAACATCTAAGCGTGCAATGAAGATATCTTTATTAGGTCACGGGCCACATGGAAAAAGA
GTAGTGGAGAACTTGTTGCAGGAGAATGGCGAAGATGGCATCCGCGAGTTTTGCCAACAATGGCGTGTAGTTTTTGTCGAAGCTGTTAAACCTTGCTTTTTACCTGCTGGGTGGGATATCCACCATAGTGGACGGCGTGAATTTGGTGAATATAGTGTTTACAATGCTTCCAAGAAAAATAATGTGTCCAGTGAAATGTA
AATAGATCTGCCAGATATGATTTTGTAGGCAGTCATAGATTCAAATTTAAGGTACTGAAGCTAGATGTGATATAACACTGACTGCAAATTTCAAGAAGCAAACAGATGAATTCCTATTAGTCTGCAGTATGTTAGAACCAAAAATCCAGAGGTAGTCTTTGTATCAATGAACACGAGAGTTCAATTCATCTTTTACCCAG
TTTGAAGATTGTGAAGATGACCCAATTCTTTGAGCAGGGCAAAGGAATTCCTCATTTTGAATGCCCTCAATATTGTATCCTCAAGATAGGATACATGTATTATTCAAAATTGAAGTTTCTAAACGAGTTCTATCTATTTAAACAAAATGCATTCACTTGTAGCCGTTTCCATAAAGAAAATGTTTCCAGTACTCAAACAG
CAGTATGAAAATCGTTGAGAAATGTTTGGAAATGTTTCATAGACATTTCCCTTACAGAAATCTCATTTCCTTTTTTTTCGTAAAAAATCTTTATATTCCAGATAGTATAACGAATGTATAATTAACATTTACAGAAAAAAAGGATGACAGAGA

>TRINITY_DN42478_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTCTAAAAGTGTTTACACCATGCTTGGGGGCTTCATGTGATGTGGCACACATGGTGTGTTGTACTGTGATGGACATACACAATGGAGATAAGTTACTCATGGATTGCCTGGAATTATGGTTTTTAGTTGAGTTGGTTGAATCTCAAGCGAAGCCAATGCTACTTTAAGCTGCCTTGAATTATGGTTCCTTGTAGTTAGGC
ATGTAATTTTGGAATTGCTGCTGTGTTTTTCCTCCACAAGGCATTTGCAGTGATTGTTCTGTGCGTTTTAGTTTCAAGTGTACATCTCATGATATTTGAGTCAACAAAATCATTCAGCTTGAGACCATTCTTGCTTGTTCTTTCATTTATAACTCCACAAAATTCTTGAACATATCCATCTTTTTGCACTGTAGATAGAT
TATACATATGGAAATCTTCTTGAATGATACAAGTGCATATGATTTTGCAGTGGACGGCGTGAATTTGGTGAATATAGTGTTTACAATGCTTCCAAGAAAAATAATGTGTCCAGTGAAATGTAAATAGATCTGCCAGgtatgcatcaaaagtgcatggatttatgactattttctgacatatttatagcttgtcagttgtc
actgatcattgcttttcttttcagATATGATTTTGTAGGCAGTCATAGATTCAAATTTAAGGTACTGAAGCTAGATGTGATATAACACTGACTGCAAATTTCAAGAAGCAAACAGATGAATTCCTATTAGTCTGCAGTATGTTAGAACCAAAAATCCAGAGGTAGTCTTTGTATCAATGAACACGAGAGTTCAATTCATC
TTTTACCCAGTTTGAAGATTGTGAAGATGACCCAATTCTTTGAGCAGGGCAAAGGAATTCCTCATTTTGAATGCCCTCAATATTGTATCCTCAAGATAGGATACATGTATTATTCAAAATTGAAGTTTCTAAACGAGTTCTATCTATTTAAACAAAATGCATTCACTTGTAGCCGTTTCCATAAAGAAAATGTTTCCAGT
ACTCAAACAGCAGTATGAAAATCGTTGAGAAATGTTTGGAAATGTTTCATAGACATTTCCCTTACAGAAATCTCATTTCCTTTTTTTTCGTAAAAAATCTTTATATTCCAGATAGTATAACGAATGTATAATTAACATTTACAGAAAAAAAGGATGACAGAGA

Intron 3 GTGAGGAGCG ... TTTAGTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60.66	12	21	16
A2	71.01	10	27	22
A3	68.67	13	23	34
A4	71.52	11	29	26.3
A5	83.33	1	6	4
A6	100	0	8	12
A7	73.33	2	8	3
A8	100	0	0	4
A9	50	2	2	2
A10	52	6	5	8

>TRINITY_DN113907_c1_g2_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

ATTTACTTGGGTGTGTAAATGCAACCAGATACTACAACGGTTTCTCATCCATATGAAGACCAAATTCGCTTTTTGTTGGAGCATCCTCCACAGCCTCTGAAGTTCAGTCTAGCGAGTGAGCCATTGAGCATGGAGGGACCTTATACATGGATTGATAAAAGATCTGAGCTAGAGGCACTTTATCAGTTATTATATCTCAA
CTCAACAGGATGATTATCTACTGGACACTATTGCCCTGCATGACGACATGTGTCTACTGCGTCCAGTCTTTGCTAACCCTGCCATTTGCAAGGTCTTTCATGGAGCTGACAATGACATCCTTTGGCTTCAGCGGGACTTTCATATATATGTTGTAAATTTGTTTGACACTGCAAGAGTAAGTTACACTTTGACAACAAAT
ACAAATTTAGAATTTGAAACTATAATATTTAAGATGCCTAGAATGGTTTAGTGTTAGAGAGTACATGAAATTAGGTAATTTTTGAAAATCAAGAAACAGGAAAGTGCAATTACCACGCCCTTTTAAAACTTATTTGTAGGAAGTTCAACTCGATA

>TRINITY_DN113907_c1_g2_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATTTACTTGGGTGTGTAAATGCAACCAGATACTACAACGGTTTCTCATCCATATGAAGACCAAATTCGCTTTTTGTTGGAGCATCCTCCACAGCCTCTGAAGTTCAGTCTAGCGAGTGAGCCATTGAGCATGGAGGGACCTTATACATGGATTGATAAAAGATCTGAGCTAGAGGCACTTTATCAGTTATTATgtgagga
gcgtgtttttgccgttgatacagagcaccacagtttacgttcatttcttggttttactgctttagttcagATCTCAACTCAACAGGATGATTATCTACTGGACACTATTGCCCTGCATGACGACATGTGTCTACTGCGTCCAGTCTTTGCTAACCCTGCCATTTGCAAGGTCTTTCATGGAGCTGACAATGACATCCTTT
GGCTTCAGCGGGACTTTCATATATATGTTGTAAATTTGTTTGACACTGCAAGAGAAAGATCCTAGATATGGAGCAATGTACCAATTGGTGGATGCTCTGGGTAATGAAC