sp|Q9C813|DEAHD_ARATH ----> ATP-dependent RNA helicase DEAH13
Intron 1 GTATGTTTCA ... TTCTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.58 | 46 | 13 | 8 |
| A2 | 25.42 | 22 | 3 | 12 |
| A3 | 19.63 | 43 | 10 | 11 |
| A4 | 14.29 | 21 | 4 | 3 |
| A5 | 23.81 | 8 | 4 | 1 |
| A6 | 13.68 | 123 | 15 | 24 |
| A7 | 15.52 | 117 | 20 | 23 |
| A8 | 15.82 | 133 | 20 | 30 |
| A9 | 14.81 | 69 | 13 | 11 |
| A10 | 18.92 | 60 | 17 | 11 |
>TRINITY_DN122959_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoformGATACCTCCTCGCAGGGGAAGCTGGAAGCGGCGAGAGGTAATTTCCGTGAACTGACGCCTCTATCGGATATTCTGCTCCCGTAGTCGTGTGATATCCAGGTAATAGAGAGACAGAGTGTTCCAACTGTTACAGACAAGACATACCTTCAGCGGGAGAGAGGGTTTCGTTTCAGGAAGAAACGAAGAGGAAGAAATAAAAA
ATTTAAAGCAAACAGGCGATCGATCGAAGGGAAGGGGGCAAAAGGCAAAGCCTTTATATTCGTATTCCGATCTTTGATAATCACACCACAGAGGAGCAGAGGGTTCATAATTTGCATTTATCCATAGGAATGCACATAATTCAGATTATTTTTTATCTCTCCTAAGAATTAGGTTGTAGGAAGAATAGAATCGAACTGAA
GGCCGACCAGGGAAAAATTGAATAAAATGTATAGAAGCGGCGCCGGCGCCGGCACCAGCATGGGCAATACGCGGGGTGGTTCTCCGACGGGCAATGACGGAGATGGAGATTATGCGGTGAAGCTTGAGCAGGTCCCTCGATGGATTGACGCAGAACAACATCGGTCTACGTCTTTGGACGGATCCGAAGACGCTTCGTTT
TCCGTTCTGTCTTTCTCCGACCCTCTAACGTCTGTTTCCCCGTCAGAAAACGGTCTCGACGGCACCACTTCCAGATTTCCAGTTGATCTCGAGATTAATTCCAAGGTTTATCTCTGGCGGGGTCATCCTTGGCATCTAGAAGTCGACGCCGTGGTTAATTCTACAAATGAGAATTTGGATGAGATGCACAGCAGCCCTGG
TTTGCATGAAGCTGCTGGTCCAGGACTCGTAGAAGAGTGCTCAACACTGGGTGGCTGTCGGACAGGGACGGCTAAAGTCACCAATGCATATGATCTACCCGCTAGGAGAGTGATACACACAGTTGGTCCAAAATATGCTTTAAAATACCATACTGCTGCGGAAAATGCATTAAGTCATTGCTATCGAGCTTGCCTTGAGG
TTTTGATTGAGCATGGGCTTCAGAGTATTGCTATGGGTTGTATTTACACTGAAGCAAAAAACTATCCACGGGAGCCAGCAGCACATGTTGCTATAAGAACTGTGCGAAGGTTTCTGGAGAAACACAAGGACAAAATTACTGCTGTTGTTTTCTGCACGAGTACAGCATCAGATACAGAAATATATAAAAGATTGCTCCCA
CTCTACTTCCCTAGGGACAAACATGAGGAGGAAATAGCAATATCGAAACTTCCTGCAGATGTTGGAGATGAAAATGGAGAGACTACAATTGATGAACGCAAAATTAGAATTACTGCTATACCTGCAGCTTCTGTTGCTTTTCCCAGCCCTCTATCAACATCTGAAGATGTTTCTGCTAACAATCTTGCTCTTACAATGAG
AAGGAAGAACTCTTATGTCGATTCATTGCTTGACCCATCCTTCATGTGTCTGAGCAAAGATCCTGATCAGAGGCGTAAAGAACAGTGGGAGAAAGTTGCGCAGGCACAAGCTGGTTGGAGCTGTGCTAAATGGCTGGGGCTAGGTGATCTTGGGGGTCCACCTTTGTCAGCTGCAGAGGAGTACTCACTTCATGCCAGAT
ACCTTGCAAGGGCAAATGCTCTGAATCTTACAGAAATTGCAGAGATGAAGATAGTATATCGTGGTGGTGTGGATAATGAGGGACGGCCGGTTATGGTTGTAGTTGGTGCACATTTTTTGCTACGATGCCTTGATCTGGAACGCTTTGTTCTTTATGTTGTCAAGGAATTCGAACCTTTGATACAGAGACCTTATACAATT
GTCTACTTTCACTCTGCAGCAGCTCTGGAACTGCAGCCTGACTTAGGATGGATGAAACGATTACAGCAAATACTTGGAAGAAAGCATAAGCGCAATTTACATGCTATATATGTTCTTCATCCAACTCTTGGGTTGAAAGCAACAATTTTTGCTCTGCAACTGCTTGTAGATGCAGAGGTTTGGCGAAAGGTGGTATATGT
AGAGAGGCTTTTGCAGCTGTTTAGATATGTACCAAGAGAACAACTTACTATTCCAGATTTTGTATTTCAGCATGATCTTGAAGTTAATGGCGGAAGGGGCCTTGTTGTTGATCCAAGAACAAAGTTTATAACCAATAGAACAACTTCTGCTCCACGATAGTGATTGTTTTGTTGTTTTGCCTATGTCATAAGCCTCTAGT
CTGTTTTTTGGTTATGGCGATTTTTTCTGGTTTTCCTTTGTGTCCCTAGCATTTTTTTATTTCAAATTAATTTCAAGAAATCACTTTAAATCAGAGTTAGATTGTTTCAGTGTTCTGGCTGGTTTCAACTTGGCAGCATTAGTGTCAGATCATCTAGATGGAACTACATTGCATTTTTGGGAACTTTTTCAGTGAAGATG
CAGACATAGGGGTATATTCTAGGGTTTATTATTTGGCAATTTCAAATAATGTAATGTGGTGTAATCATTTGTCCATTAAAACAAAGGAAGGCTTATCATCCTGAAGAGGGATTGAATTTGCCCTTCGGAAACAGTTAGATTTCAACTAGGTCTGTATTTTTTGGGGTCGTCTGCCTTCTCTTGTTAGTTTGTAGGGTGTA
AAGTTAACTGGTGCATTTTGGCAAAATTATTTGGGTTTATATTCTTTGCATTTCTTTAGCTTGTCAACATATAGTTGGCAGACGGGAATAGCAAACTTTGCAATACCATGATTCTGGTAGTAAATAGTCTGACCAACCATATAAGGTTATTTATTTGCTCATGTTCTGTCTTCATTATAACTGGTACTGTGTACAACTTG
TCAGAGATTGCTGTCTGTTTCATATCCTGTATATACTTGGTCAAGGTCGAGGGCACTCTTGCCAATTTCATAGCGT
>TRINITY_DN122959_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:GATACCTCCTCGCAGGGGAAGCTGGAAGCGGCGAGAGGTAATTTCCGTGAACTGACGCCTCTATCGGATATTCTGCTCCCGTAGTCGTGTGATATCCAGGTAATAGAGAGACAGAGTGTTCCAACTGTTACAGACAAGACATACCTTCAGCGGGAGAGAGGGTTTCGTTTCAGGAAGAAACGAAGAGGAAGAAATAAAAA
ATTTAAAGCAAACAGGCGATCGATCGAAGGGAAGGGGGCAAAAGGCAAAGCCTTTATATTCGTATTCCGATCTTTGATAATCACACCACAGAGGAGCAGAGGGTTCATAATTTGCATTTATCCATAGGAATGCACATAATTCAGATTATTTTTTATCTCTCCTAAGAATTAGGTTGTAGGAAGAATAGAATCGAACTGAA
GGCCGACCAGGGAAAAATTGAATAAAATGTATAGAAGCGGCGCCGGCGCCGGCACCAGCATGGGCAATACGCGGGGTGGTTCTCCGACGGGCAATGACGGAGATGGAGATTATGCGGTGAAGCTTGAGCAGGTCCCTCGATGGATTGACGCAGAACAACATCGGTCTACGTCTTTGGACGGATCCGAAGACGCTTCGTTT
TCCGTTCTGTCTTTCTCCGACCCTCTAACGTCTGTTTCCCCGTCAGAAAACGGTCTCGACGGCACCACTTCCAGATTTCCAGTTGATCTCGAGATTAATTCCAAGGTTTATCTCTGGCGGGGTCATCCTTGGCATCTAGAAGTCGACGCCGTGGTTAATTCTACAAATGAGAATTTGGATGAGATGCACAGCAGCCCTGG
TTTGCATGAAGCTGCTGGTCCAGGACTCGTAGAAGAGTGCTCAACACTGGGTGGCTGTCGGACAGGGACGGCTAAAGTCACCAATGCATATGATCTACCCGCTAGGAGAGTGATACACACAGTTGGTCCAAAATATGCTTTAAAATACCATACTGCTGCGGAAAATGCATTAAGTCATTGCTATCGAGCTTGCCTTGAGG
TTTTGATTGAGCATGGGCTTCAGAGTATTGCTATGGGTTGTATTTACACTGAAGCAAAAAACTATCCACGGGAGCCAGCAGCACATGTTGCTATAAGAACTGTGCGAAGGTTTCTGGAGAAACACAAGGACAAAATTACTGCTGTTGTTTTCTGCACGAGTACAGCATCAGATACAGAAATATATAAAAGATTGCTCCCA
CTCTACTTCCCTAGGGACAAACATGAGGAGGAAATAGCAATATCGAAACTTCCTGCAGATGTTGGAGATGAAAATGGAGAGACTACAATTGATGAACGCAAAATTAGAATTACTGCTATACCTGCAGCTTCTGTTGCTTTTCCCAGCCCTCTATCAACATCTGAAGATGTTTCTGCTAACAATCTTGCTCTTACAATGAG
AAGGAAGAACTCTTATGTCGATTCATTGCTTGACCCATCCTTCATGTGTCTGAGCAAAGATCCTGATCAGAGGCGTAAAGAACAGTGGGAGAAAGTTGCGCAGGCACAAGCTGGTTGGAGCTGTGCTAAATGGCTGGGGCTAGGTGATCTTGGGGGTCCACCTTTGTCAGCTGCAGAGGAGTACTCACTTCATGCCAGAT
ACCTTGCAAGGGCAAATGCTCTGAATCTTACAGAAATTGCAGAGATGAAGATAGTATATCGTGGTGGTGTGGATAATGAGGGACGGCCGGTTATGGTTGTAGTTGGTGCACATTTTTTGCTACGATGCCTTGATCTGGAACGCTTTGTTCTTTATGTTGTCAAGGAATTCGAACCTTTGATACAGAGACCTTATACAATT
GTCTACTTTCACTCTGCAGCAGCTCTGGAACTGCAGCCTGACTTAGGATGGATGAAACGATTACAGCAAATACTTGGAAGAAAGCATAAGCGCAATTTACATGCTATATATGTTCTTCATCCAACTCTTGGGTTGAAAGCAACAATTTTTGCTCTGCAACTGCTTGTAGATGCAGAGGTTTGGCGAAAGGTGGTATATGT
AGAGAGGCTTTTGCAGCTGTTTAGATATGTACCAAGAGAACAACTTACTATTCCAGATTTTGTATTTCAgtatgtttcattttttctttctacttctgttttaccttcctgattttacattctaatatatctacttgtttaagttccaagttgctcaatctttaatgcttctgtgcagGCATGATCTTGAAGTTAATGGC
GGAAGGGGCCTTGTTGTTGATCCAAGAACAAAGTTTATAACCAATAGAACAACTTCTGCTCCACGATAGTGATTGTTTTGTTGTTTTGCCTATGTCATAAGCCTCTAGTCTGTTTTTTGGTTATGGCGATTTTTTCTGGTTTTCCTTTGTGTCCCTAGCATTTTTTTATTTCAAATTAATTTCAAGAAATCACTTTAAAT
CAGAGTTAGATTGTTTCAGTGTTCTGGCTGGTTTCAACTTGGCAGCATTAGTGTCAGATCATCTAGATGGAACTACATTGCATTTTTGGGAACTTTTTCAGTGAAGATGCAGACATAGGGGTATATTCTAGGGTTTATTATTTGGCAATTTCAAATAATGTAATGTGGTGTAATCATTTGTCCATTAAAACAAAGGAAGG
CTTATCATCCTGAAGAGGGATTGAATTTGCCCTTCGGAAACAGTTAGATTTCAACTAGGTCTGTATTTTTTGGGGTCGTCTGCCTTCTCTTGTTAGTTTGTAGGGTGTAAAGTTAACTGGTGCATTTTGGCAAAATTATTTGGGTTTATATTCTTTGCATTTCTTTAGCTTGTCAACATATAGTTGGCAGACGGGAATAG
CAAACTTTGCAATACCATGATTCTGGTAGTAAATAGTCTGACCAACCATATAAGGTTATTTATTTGCTCATGTTCTGTCTTCATTATAACTGGTACTGTGTACAACTTGTCAGAGATTGCTGTCTGTTTCATATCCTGTATATACTTGGTCAAGGTCGAGGGCACTCTTGCCAATTTCATAGCGT
Intron 2 GCAGTGACAC ... TTGGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 70.37 | 8 | 19 | 13.5 |
| A2 | 70.59 | 10 | 24 | 13.3 |
| A3 | 46.67 | 16 | 14 | 8.5 |
| A4 | 71.43 | 6 | 15 | 7.8 |
| A5 | 60 | 12 | 18 | 4.5 |
| A6 | 55.65 | 55 | 69 | 17.3 |
| A7 | 48.54 | 53 | 50 | 31 |
| A8 | 52.66 | 80 | 89 | 22.3 |
| A9 | 65.38 | 36 | 68 | 23.5 |
| A10 | 56.82 | 19 | 25 | 12.8 |
>TRINITY_DN45738_c0_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoformCCGGGGGGGAGTACTAGAATGTTGGATCTTTGCGAGTAGGGAAGTTCGAGGATGGAGCTCAGTGGAGAGAAAACTCTGCGTTGAGCGTTATCGCTGGTTTGCGATCTGGAAATTATCTCTGCAAGTCAAATAAGTGCCACAACTTTATATCATGGAGCTTACTAGAGGATCTGAAGATGGGGATGCATGCAATGCACTTG
CCTTGCCTGGTAATCACAAGTCTAAGAAAAAGGATAAAAATAAGGCTGAGAAAGACAGGAAGAAAGGGTCTTTGTGCATGAGCAAGAATCAACAAAGAAAACTACGTCGGCTACAAGAAGAGAAGGATAAAAGGGCAAAGCGATCTAATGTTCTCGAAACACTGGAGAAGCACAGGCTTAGAGATGATGCACACGCTTTA
TTAAGTTCTTCTGGTAATATTGGACAGGTTGAAACTATGCGGGAGAAACTCTCTAGAGCAATGCGATTTCATAGAGCAGGATTGGAAGTTCCGTTGGATGTCCCACTTTTTCGTGAAAGAGTGACTGATCCAGTCTCAATAGAAAGTGAAAAATGTACTGATGAACTTTTGGCTGTCAAATGGAATCCAAAGAATAATAT
GCTGGAAGCTGGCCAGATGCAAGCAAAGAAAAGGAAACGGGCTGCTTTCCATGCATGTAATTCTGCAAATTTCAATGAAAGGTATTCAAAACCAGATAATATGATTGAAGAAGCAAGAAACAATGCCTCTACTGATGGAAAAATGAGAGCTGATAATACATCAATGGCAGGACTTAATATAGAGCAGAGTGACATTAATC
TGGACCATGATACAGGATCTTCCATACATATTTCAATGGATAGGTGTTCAAATGGAGGTGAACAGGATTTGGCTGTCACCAAAGTAATTGTTCCACACAGTAACCATGATAAGGCTTTGGCATCCTCACATCTTTTGGGTCTCGATAACCAAAGAGGCTCTGGTTCTGCTAGTTTGTCTCTAAAGGAGAACACAAAGCAG
ATTGTTAAACAAAATGAGTCAGTTGATGCGATTCAAGGAAGAAAGTACCAGGTTTCTGAAGAGGGGAGTGGAAAGGTAGATGCACAAACCAGTGGCACTTCAAAGGATTTTGAATGCGCTCCTTTAGGCACTAAATTTGTAGTTCATGTTTCAAGACCACCAGATGTTGAAGAAAGCAGAAAAAATCTTCCGATAATTAT
GATGGAGCAGGAGATTATGGAGGCCGTCAGTCATCATTCAGTAGTGATTATATGTGGGGAGACTGGATGCGGCAAGACTACTCAAGTTCCACAGTTTCTATTTGAAGCTGGATTTGGTTCAAGGAAGGGCAGAGAAAGAGCAGCAAACATAGGTGTCACTCAGCCTCGCCGGGTTGCAGTCCTTGCCACCACGAAAAGAG
TGGCTTATGAAATGTCATTTCAGTTGGGGAAGGAAGTTGGATTTCAGGTGCGGCATGATCGAAGAATAGGAGAGAACAGCTCCCTAAAATTTATGACGGATGGTATTTTGCTTCGTGAAGTGCAGTCGGATTTTTTGCTAAGGCGCTACTCAGTTATTGTACTAGATGAAGCTCATGAAAGGAGTTTGAATACAGACATT
CTCATCGGATTGCTTTCAAGGATCGTACCTCTACGTCAGAGTCTATATGATGAACAGCAGAGAAAAATATTGCATGGAGAAACAATCAGTCCCGAACATGTTGTTACACCATTAAAACTTGTTCTGATGAGTGCAACTTTGAGGATTGAAGATTTTGTTTCAAACAGGAAGTTATTTCCTACAAGTCCACCTGTAGTGGA
AGTGGCTACAAGACAGTTTCCTGTCACCATTCATTTCTCTGCAAAGACAGAACTGGTAGATTACTTGGGGAAGGCTCACAAAAAGGTCTTAGCTATTCACAAGAAGTTGCCACCTGGTGGCATACTCGTATTTGTTACAGGACAAAGGGAGGTGGAATTCTTATGTAGACAGTTGAGGAAAGCCTTTGTGAAAAGAAGCG
AAAACAATGATAAAATACAAGGTATTTCTCCAAAAAAAAAGGGTACTGTAGATATAAATTATGTTGCAAATGAACCCAATCTTGAGGGTATTGCACAAGCTGTGGATGGCACAGATGATAATGGGCAACACAAAGATGAAACTGACAGGTTTAACTCATTTGATGATGAGGGGTTTGAAGTTCTTTCAGAGGCAAACTCA
GTCTCCTCTGATGCTGAATTTGATTCAGATTCGGATATTGAAGAAGAGTGTCTTGACAGTGTTGGTGATAATACTCTGCAACAGAATAACTTGCTAAAAGATCCAGGGTGCCTGGAATCACTTAAGGCTGCTTTTGAAGCTCTAAATAGCGATAACAATTCTGGAAAACTTAATATAAATTCAGGTGAACAAATGGCTGC
AAATGTTGATAATGAAAAGCAGATAGACGAAAACAGTGATACAAGATTGAGAGAGCCAGGTCCTCTGTACGTTTTGCCTCTGTATGCAATGTTGCCTGCAGCAGCACAATTACGTGTATTTGCTGGAGTACCAGAGGGAGAAAGGCTTGTTGTTGTGGCTACAAATGTTGCAGAAACTTCCTTAACAATCCCTGGCATTA
AGTATGTTGTTGACTGTGGTCGAGCAAAGGTCAAAGACTACAACTGTTCAAGTGGGGTAGCAAAATATGAGATCCAATGGATTAGCAAAGCATCAGCTGCTCAGCGTGCTGGCAGAGCAGGAAGAACTGGACCAGGACATTGCTATCGTCTTTATTCTTCTGCAGTTTTCAACAACACATTTCCTGATTTTCCGGAACCT
GAAATATGCAAGGTTCCTATTGAGGGCATCGTACTTCTTCTGAAGTACATGGGTATCAATAAGGTAACCAACTTCCCTTTCCCTACCCCTCCTGACAGGGCAGCCTTAGTGGAAGCCGAACAATGCTTGAAATCTCTTTCAGCACTGGATCAAGCTACAGGAATGCTTATGCCAATTGGAGAAGCAATGGCATTATATCC
TATCAGTCCTCGTCATTCTCGTATGCTTTTAACTGTTTTTGAGACAGTAAGAAACTTGGAGGATTGGAAAGGAGCAAACTTGGTTTTAGCATTTGCCATAGCCATTGCTGCAGCATTGAGTATGGATAATCCGTTTCTCACACAATTTAGCTCAAATGCAGTACATGGCAGACAGGAAAATGATATGGGAGCCAATGCTC
TCAATGTGAAAGGCACTGAAGAACAAGAATATCTGCAAATAAAGAAGCAACGTGAAATGGCTAATGCTGCCCATAAGATGTTTGAAAATGTGAGCAGTGATGCATTAACAGTTGCAAATGCACTCCGTTCATTTGAGCTTGCAAGTAATCGAGGGGAGTTTTGTAAGAGTAATTCCTTACATCTTAAAACAATGGACGAA
ATGTCAAAGCTTCGAAAGCAGCTGCTTCAACTCATCTTTAACCAGAAAATGGAGAAAAAACTAAACCAGCATTTCACTTGGACTTTTGGAAATTTAGCAGATGTAGAGCTTGCTTGGAGGGAGTCTATTGACAAACCTCTTACATCAACTCAAGAAGATATACTGGGACAGGCAATCTGTGCAGGTTGGGCTGACAGAGT
TGCACGGCGTCTAAGATCCCATATGAGGATAAAAGCATTACCAGAAGGGCAAAGGCCTAAGGCAGTCAGATATCAAGCCTGTCCAATTGAAGAAAATGTATTTCTGCATCCTACATCTTCTGTTGCCAGACTGGCACCTGAGTTTGTTGTTTATAATGAACTTATTCAAACTTCAAGACCATACATGCGTGGTGTGACAA
GTGTGAAGGCAACTTGGCTTGTCTTACATGCAAGGGCTCTCTGCACATTTTCTAGGCCACTTGCAGATCCTCAACCTTACTATGACTGTTTATTGGATGAGGTATTTTGCTGGGTTTCTCCTACATTGGGGCCACATTTATGGGAACTTCCTCTGGACAGATCTCCTATGAAGAGTGGGAATCACCGGACAGCAGTGTTT
GCTTGTGCACTTCTTCAAGGAAAAGTTCTACCATGCTTGAAGCAGGTGGTGAATTTTCTGGCAGCTGATCCTTTAATGGTGCTAAAACCTGAGGCTGCAGCACACAAACGTGTCAGTAACATCCTTCACAGATTGAGTGTAGGGCTTGTTGATAGCCGTATAAAACTTAATTCTGTTTGGGATGCTGATCCAAAGTTCTT
GTATTTCGAAATATTATCATGGTTGCAGAGTAAATTTCATTGGAAGTTTGAAGAAATTTGGCAGCAAATGAAGCACGAAGCCCAGTTGGACTGTAAACAACTATTTCCAAAGAAACATAAGAAATGCAAGAGTGTAAAGCATAAGCTGAGGCAATGACCTATGAAAGTTGGTTAGCTTTAAGCTTCGGAATTGTTCAGCA
TTTATTCATCTGTATGATAAAAATCAGACTTGTGTTCCACAACAGTCACAAAACACTGAAAACAACATGATCCATAGAAATGGCTTTGCATGCATGTGCTGCGTGCAACCTCTGTTGTCAGATTTGTTGGCATCTACTATAATTCATTTCTCAATGCGTTCCCTACACAATTTAAGTCTTGTACTGTTTTGAATAAATGC
AGTTTTGACAGAATAGATTGCTCTCACTCTACTTCCCTAGGGACAAATATGAGGAGGAAATATCATTATTGAAACTTCCTGCAGATGTTGGAGATGAAAATGGAGACTACCATTGATGAATGGAAAATTAGAATTATTGCTTCCTATATCTCCAGTTTCATTTTCCAAGCCTCTATCAACATCTGAAAACTTCTCTGCTA
ACAATTTTGCTTTTATGATGAGAAGGTTGAGCCATAGTACAAATATTTTGATATTGGATGCAGAACTATTTTCCTAATCTAAAACTATTATGGACGTGAAGCATATAGAACTTGTTACACAATTTTCTTTTACCAGGCTAGATGTGAATCTTGATGTCACAACACTCTTCTCTGAAATAGAATGACTGGAGTACTCCAAT
ATTGTAAGTCTCTCGTGTTCAGTTTGATTAAAAAAGTCAGTGCCAACTTCCTTTTTTGCACAATGCTTCTGCTATTTCACATAAATTTGCAGTAAATTTTGATGTGATTAAAGTTCATTTATATGATCTGTCTGATTTTGATTCGGAGAAGAATTCTTGTTATGCTAGAAATTTGGAATCTTTCTTGACTTCAAATACTT
GAATTTCACATGCAGGAGATAAAATAGACTTTCCTCTAGAAATATCAAAT
>TRINITY_DN45738_c0_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTCATGGTTGCCAGGTTTCTGAAGAGGAGAGTGGAAAGTTAGATGCACAAACCAGTGGCACTTCAAAGGATTTTGAATGCGCTCCTTTAGGCACTAAATTTGTAGTTCATGTTTCAAGACCACCAGATGTTGAAGAAAGCAGAAAAAATCTTCCGATAATTATGATGGAGCAGGAGATTATGGAGGCCGTCAGTCATCAT
TCAGTAGTGATTATATGTGGGGAGACTGGATGCGGCAAGACTACTCAAGTTCCACAGTTTCTATTTGAAGCTGGATTTGGTTCAAGGAAGGGCAGAGAAAGAGCAGCAAACATAGGTGTCACTCAGCCTCGCCGGGTTGCAGTCCTTGCCACCACGAAAAGAGTGGCTTATGAAATGTCATTTCAGTTGGGGAAGGAAGT
TGGATTTCAGGTGCGGCATGATCGAAGAATAGGAGAGAACAGCTCCCTAAAATTTATGACGGATGGTATTTTGCTTCGTGAAGTGCAGTCGGATTTTTTGCTAAGGCGCTACTCAGTTATTGTACTAGATGAAGCTCATGAAAGGAGTTTGAATACAGACATTCTCATCGGATTGCTTTCAAGGATCGTACCTCTACGTC
AGAGTCTATATGATGAACAGCAGAGAAAAATATTGCATGGAGAAACAATCAGTCCCGAACATGTTGTTACACCATTAAAACTTGTTCTGATGAGTGCAACTTTGAGGATTGAAGATTTTGTTTCAAACAGGAAGTTATTTCCTACAAGTCCACCTGTAGTGGAAGTGGCTACAAGACAGTTTCCTGTCACCATTCATTTC
TCTGCAAAGACAGAACTGGTAGATTACTTGGGGAAGGCTCACAAAAAGGTCTTAGCTATTCACAAGAAGTTGCCACCTGGTGGCATACTCGTATTTGTTACAGGACAAAGGGAGGTGGAATTCTTATGTAGACAGTTGAGGAAAGCCTTTGTGAAAAGAAGCGAAAACAATGATAAAATACAAGGTATTTCTCCAAAAAA
AAAGGGTACTGTAGATATAAATTATGTTGCAAATGAACCCAATCTTGAGGGTATTGCACAAGCTGTGGATGGCACAGATGATAATGGGCAACACAAAGATGAAACTGACAGGTTTAACTCATTTGATGATGAGGGGTTTGAAGTTCTTTCAGAGGCAAACTCAGTCTCCTCTGATGCTGAATTTGATTCAGATTCGGATA
TTGAAGAAGAGTGTCTTGACAGTGTTGGTGATAATACTCTGCAACAGAATAACTTGCTAAAAGATCCAGGGTGCCTGGAATCACTTAAGGCTGCTTTTGAAGCTCTAAATAGCGATAACAATTCTGGAAAACTTAATATAAATTCAGGTGAACAAATGGCTGCAAATGTTGATAATGAAAAGCAGATAGACGAAAACAGT
GATACAAGATTGAGAGAGCCAGGTCCTCTGTACGTTTTGCCTCTGTATGCAATGTTGCCTGCAGCAGCACAATTACGTGTATTTGCTGGAGTACCAGAGGGAGAAAGGCTTGTTGTTGTGGCTACAAATGTTGCAGAAACTTCCTTAACAATCCCTGGCATTAAGTATGTTGTTGACTGTGGTCGAGCAAAGGTCAAAGA
CTACAACTGTTCAAGTGGGGTAGCAAAATATGAGATCCAATGGATTAGCAAAGCATCAGCTGCTCAGCGTGCTGGCAGAGCAGGAAGAACTGGACCAGGACATTGCTATCGTCTTTATTCTTCTGCAGTTTTCAACAACACATTTCCTGATTTTCCGGAACCTGAAATATGCAAGGTTCCTATTGAGGGCATCGTACTTC
TTCTGAAGTACATGGGTATCAATAAGGTAACCAACTTCCCTTTCCCTACCCCTCCTGACAGGGCAGCCTTAGTGGAAGCCGAACAATGCTTGAAATCTCTTTCAGCACTGGATCAAGCTACAGGAATGCTTATGCCAATTGGAGAAGCAATGGCATTATATCCTATCAGTCCTCGTCATTCTCGTATGCTTTTAACTGTT
TTTGAGACAGTAAGAAACTTGGAGGATTGGAAAGGAGCAAACTTGGTTTTAGCATTTGCCATAGCCATTGCTGCAGCATTGAGTATGGATAATCCGTTTCTCACACAATTTAGCTCAAATGCAGTACATGGCAGACAGGAAAATGATATGGGAGCCAATGCTCTCAATGTGAAAGGCACTGAAGAACAAGAATATCTGCA
AATAAAGAAGCAACGTGAAATGGCTAATGCTGCCCATAAGATGTTTGAAAATGTGAGCAGTGATGCATTAACAGTTGCAAATGCACTCCGTTCATTTGAGCTTGCAAGTAATCGAGGGGAGTTTTGTAAGAGTAATTCCTTACATCTTAAAACAATGGACGAAATGTCAAAGCTTCGAAAGCAGCTGCTTCAACTCATCT
TTAACCAGAAAATGGAGAAAAAACTAAACCAGCATTTCACTTGGACTTTTGGAAATTTAGCAGATGTAGAGCTTGCTTGGAGGGAGTCTATTGACAAACCTCTTACATCAACTCAAGAAGATATACTGGGACAGGCAATCTGTGCAGGTTGGGCTGACAGAGTTGCACGGCGTCTAAGATCCCATATGAGGATAAAAGCA
TTACCAGAAGGGCAAAGGCCTAAGGCAGTCAGATATCAAGCCTGTCCAATTGAAGAAAATGTATTTCTGCATCCTACATCTTCTGTTGCCAGACTGGCACCTGAGTTTGTTGTTTATAATGAACTTATTCAAACTTCAAGACCATACATGCGTGGTGTGACAAGTGTGAAGGCAACTTGGCTTGTCTTACATGCAAGGGC
TCTCTGCACATTTTCTAGGCCACTTGCAGATCCTCAACCTTACTATGACTGTTTATTGGATGAGGTATTTTGCTGGGTTTCTCCTACATTGGGGCCACATTTATGGGAACTTCCTCTGGACAGATCTCCTATGAAGAGTGGGAATCACCGGACAGCAGTGTTTGCTTGTGCACTTCTTCAAGGAAAAGTTCTACCATGCT
TGAAGCAGGTGGTGAATTTTCTGGCAGCTGATCCTTTAATGGTGCTAAAACCTGAGGCTGCAGCACACAAACGTGTCAGTAACATCCTTCACAGATTGAGTGTAGGGCTTGTTGATAGCCGTATAAAACTTAATTCTGTTTGGGATGCTGATCCAAAGTTCTTGTATTTCGAAATATTATCATGGTTGCAGAGTAAATTT
CATTGGAAGTATGAAGAAATTTGGCAGCAAATGAAGCACGAAGCCCAGTTGGACTGTAAACAACTATTTCCAAAGAAACATAAGAAATGCAAGAGTGTAAAGCATAAGCTGAGGCAATGACCTATGAAAGTTGGTTAGCTTTAAGCTTCGGAATTGTTCAGCATTTATTAATCTGTATGATAAAAATCAGACTTGTGTTC
CACAACAGTCACAAAACACTGAAAACAACATGATCCATAGAAATGGCTTTGCATGCATGTGCTGCGTGCAACCTCTGTTGTCAGATTTGTTGGCATCTACTATAATTCATTTCTCAATGCGTTCCCTACACAATTTAAGTCTTGTACTGTTTTGAATAAATGCAGTTTTGACAGAATAGgcagtgacaccactcttcaat
tttttcttttcttttaaatgattttattgattggattatttagctaattattgctatttatgttcaaattgttgtctatggtcattatttaaggatttcttttaatgtttttgacatttgtatttcatgtagaatcagatgttaagagtttttagtttgtacatggttcttgatacaatattcacttatcattgcttgga
tgcagATTGCTCTCACTCTACTTCCCTAGGGACAAATATGAGGAGGAAATATCATTATTGAAACTTCCTGCAGATGTTGGAGATGAAAATGGAGACTACCATTGATGAATGGAAAATTAGAATTATTGCTTCCTATATCTCCAGTTTCATTTTCCAAGCCTCTATCAACATCTGAAAACTTCTCTGCTAACAATTTTGCT
TTTATGATGAGAAGGTTGAGCCATAGTACAAATATTTTGATATTGGATGCAGAACTATTTTCCTAATCTAAAACTATTATGGACGTGAAGCATATAGAACTTGTTACACAATTTTCTTTTACCAGGCTAGATGTGAATCTTGATGTCACAACACTCTTCTCTGAAATAGAATGACTGGAGTACTCCAATATTGTAAGTCT
CTCGTGTTCAGTTTGATTAAAAAAGTCAGTGCCAACTTCCTTTTTTGCACAATGCTTCTGCTATTTCACATAAATTTGCAGTAAATTTTGATGTGATTAAAGTTCATTTATATGATCTGTCTGATTTTGATTCGGAGAAGAATTCTTGTTATGCTAGAAATTTGGAATCTTTCTTGACTTCAAATACTTGAATTTCACAT
GCAGGAGATAAAATAGACTTTCCTCTAGAAATATCAAAT
Intron 3 GTATGATAAA ... TTGGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 80 | 12 | 48 | 9 |
| A2 | 75 | 7 | 21 | 11 |
| A3 | 57.14 | 15 | 20 | 4 |
| A4 | 71.43 | 4 | 10 | 7 |
| A5 | 59.26 | 11 | 16 | 3 |
| A6 | 77.85 | 35 | 123 | 9 |
| A7 | 63.78 | 46 | 81 | 19 |
| A8 | 74.76 | 53 | 157 | 8 |
| A9 | 79.57 | 19 | 74 | 19 |
| A10 | 70.49 | 18 | 43 | 9 |
>TRINITY_DN45738_c0_g1_i10 from sample A8 / Example spliced isoformTAGATGCACAAACCAGTGGCACTTCAAAGGATTTTGAATGCGCTCCTTTAGGCACTAAATTTGTAGTTCATGTTTCAAGACCACCAGATGTTGAAGAAAGCAGAAAAAATCTTCCGATAATTATGATGGAGCAGGAGATTATGGAGGCCGTCAGTCATCATTCAGTAGTGATTATATGTGGGGAGACTGGATGCGGCAAG
ACTACTCAAGTTCCACAGTTTCTATTTGAAGCTGGATTTGGTTCAAGGAAGGGCAGAGAAAGAGCAGCAAACATAGGTGTCACTCAGCCTCGCCGGGTTGCAGTCCTTGCCACCACGAAAAGAGTGGCTTATGAAATGTCATTTCAGTTGGGGAAGGAAGTTGGATTTCAGGTGCGGCATGATCGAAGAATAGGAGAGAA
CAGCTCCCTAAAATTTATGACGGATGGTATTTTGCTTCGTGAAGTGCAGTCGGATTTTTTGCTAAGGCGCTACTCAGTTATTGTACTAGATGAAGCTCATGAAAGGAGTTTGAATACAGACATTCTCATCGGATTGCTTTCAAGGATCGTACCTCTACGTCAGAGTCTATATGATGAACAGCAGAGAAAAATATTGCATG
GAGAAACAATCAGTCCCGAACATGTTGTTACACCATTAAAACTTGTTCTGATGAGTGCAACTTTGAGGATTGAAGATTTTGTTTCAAACAGGAAGTTATTTCCTACAAGTCCACCTGTAGTGGAAGTGGCTACAAGACAGTTTCCTGTCACCATTCATTTCTCTGCAAAGACAGAACTGGTAGATTACTTGGGGAAGGCT
CACAAAAAGGTCTTAGCTATTCACAAGAAGTTGCCACCTGGTGGCATACTCGTATTTGTTACAGGACAAAGGGAGGTGGAATTCTTATGTAGACAGTTGAGGAAAGCCTTTGTGAAAAGAAGCGAAAACAATGATAAAATACAAGGTATTTCTCCAAAAAAAAAGGGTACTGTAGATATAAATTATGTTGCAAATGAACC
CAATCTTGAGGGTATTGCACAAGCTGTGGATGGCACAGATGATAATGGGCAACACAAAGATGAAACTGACAGGTTTAACTCATTTGATGATGAGGGGTTTGAAGTTCTTTCAGAGGCAAACTCAGTCTCCTCTGATGCTGAATTTGATTCAGATTCGGATATTGAAGAAGAGTGTCTTGACAGTGTTGGTGATAATACTC
TGCAACAGAATAACTTGCTAAAAGATCCAGGGTGCCTGGAATCACTTAAGGCTGCTTTTGAAGCTCTAAATAGCGATAACAATTCTGGAAAACTTAATATAAATTCAGGTGAACAAATGGCTGCAAATGTTGATAATGAAAAGCAGATAGACGAAAACAGTGATACAAGATTGAGAGAGCCAGGTCCTCTGTACGTTTTG
CCTCTGTATGCAATGTTGCCTGCAGCAGCACAATTACGTGTATTTGCTGGAGTACCAGAGGGAGAAAGGCTTGTTGTTGTGGCTACAAATGTTGCAGAAACTTCCTTAACAATCCCTGGCATTAAGTATGTTGTTGACTGTGGTCGAGCAAAGGTCAAAGACTACAACTGTTCAAGTGGGGTAGCAAAATATGAGATCCA
ATGGATTAGCAAAGCATCAGCTGCTCAGCGTGCTGGCAGAGCAGGAAGAACTGGACCAGGACATTGCTATCGTCTTTATTCTTCTGCAGTTTTCAACAACACATTTCCTGATTTTCCGGAACCTGAAATATGCAAGGTTCCTATTGAGGGCATCGTACTTCTTCTGAAGTACATGGGTATCAATAAGGTAACCAACTTCC
CTTTCCCTACCCCTCCTGACAGGGCAGCCTTAGTGGAAGCCGAACAATGCTTGAAATCTCTTTCAGCACTGGATCAAGCTACAGGAATGCTTATGCCAATTGGAGAAGCAATGGCATTATATCCTATCAGTCCTCGTCATTCTCGTATGCTTTTAACTGTTTTTGAGACAGTAAGAAACTTGGAGGATTGGAAAGGAGCA
AACTTGGTTTTAGCATTTGCCATAGCCATTGCTGCAGCATTGAGTATGGATAATCCGTTTCTCACACAATTTAGCTCAAATGCAGTACATGGCAGACAGGAAAATGATATGGGAGCCAATGCTCTCAATGTGAAAGGCACTGAAGAACAAGAATATCTGCAAATAAAGAAGCAACGTGAAATGGCTAATGCTGCCCATAA
GATGTTTGAAAATGTGAGCAGTGATGCATTAACAGTTGCAAATGCACTCCGTTCATTTGAGCTTGCAAGTAATCGAGGGGAGTTTTGTAAGAGTAATTCCTTACATCTTAAAACAATGGACGAAATGTCAAAGCTTCGAAAGCAGCTGCTTCAACTCATCTTTAACCAGAAAATGGAGAAAAAACTAAACCAGCATTTCA
CTTGGACTTTTGGAAATTTAGCAGATGTAGAGCTTGCTTGGAGGGAGTCTATTGACAAACCTCTTACATCAACTCAAGAAGATATACTGGGACAGGCAATCTGTGCAGGTTGGGCTGACAGAGTTGCACGGCGTCTAAGATCCCATATGAGGATAAAAGCATTACCAGAAGGGCAAAGGCCTAAGGCAGTCAGATATCAA
GCCTGTCCAATTGAAGAAAATGTATTTCTGCATCCTACATCTTCTGTTGCCAGACTGGCACCTGAGTTTGTTGTTTATAATGAACTTATTCAAACTTCAAGACCATACATGCGTGGTGTGACAAGTGTGAAGGCAACTTGGCTTGTCTTACATGCAAGGGCTCTCTGCACATTTTCTAGGCCACTTGCAGATCCTCAACC
TTACTATGACTGTTTATTGGATGAGGTATTTTGCTGGGTTTCTCCTACATTTGGGCCACATTTATGGGAACTTCCTCTGGACAGATCTCCTATGAAGAGTGGGAATCACCGGACAGCAGTGTTTGCTTGTGCACTTCTTCAAGGAAAAGTTCTACCATGCTTGAAGCAGGTGGTGAATTTTCTGGCAGCTGATCCTTTAA
TGGTGCTAAAACCTGAGGCTGCAGCACACAAACGTAGTAAATTTCATTGGAAGTTTGAAGAAATTTGGCAGCAAATGAAGCACGAAGCCCAGTTGGACTGTAAACAACTATTTCCAAAGAAACATAAGAAATGCAAGAGTGTAAAGCATAAGCTGAGGCAATGACCTATGAAAGTTGGTTAGCTTTAAGCTTCGGAATTG
TTCAGCATTTATTCATCTTTAAGTGCAAAGATTGCTCTCACTCTACTTCCCTAGGGACAAATATGAGGAGGAAATATCATTATTGAAACTTCCTGCAGATGTTGGAGATGAAAATGGAGAGACTACAATTGATGAACGCAAAATTAGAATTACTGCTATACCTGCAGCTTCTGTTGCTTTTCCCAGCCCTCTATCAACAT
CTGAAGATGTTTCTGCTAACAATCTTGCTCTTACAATGAGAAGGAAGAACTCTTATGTCGATTCATTGCTTGACCCATCCTTCATGTGTCTGAGCAAAGATCCTGATCAGAGGCGTAAAGAACAGTGGGAGAAAGTTGCGCAGGCACAAGCTGGTTGGAGCTGTGCTAAATGGCTGGGGCTAGGTGATCTTGGGGGTCCA
CCTTTGTCAGCTGCAGAGGAGTACTCACTTCATGCCAGATACCTTGCAAGGGCAAATGCTCTGAATCTTACAGAAATTGCAGAGATGAAGATAGTATATCGTGGTGGTGTGGATAATGAGGGACGGCCGGTTATGGTTGTAGTTGGTGCACATTTTTTGCTACGATGCCTTGATCTGGAACGCTTTGTTCTTTATGTTGT
CAAGGAATTCGAACCTTTGATACAGAGACCTTATACAATTGTCTACTTTCACTCTGCAGCAGCTCTGGAACTGCAGCCTGACTTAGGATGGATGAAACGATTACAGCAAATACTTGGAAGAAAGCATAAGCGCAATTTACATGCTATATATGTTCTTCATCCAACTCTTGGGTTGAAAGCAACAATTTTTGCTCTGCAAC
TGCTTGTAGATGCAGAGGTTTGGCGAAAGGTGGTATATGTAGAGAGGCTTTTGCAGCTGTTTAGATATGTACCAAGAGAACAACTTACTATTCCAGATTTTGTATTTCAGCATGATCTTGAAGTTAATGGCGGAAGGGGCCTTGTTGTTGATCCAAGAACAAAGTTTATAACCAATAGAACAACTTCTGCTCCACGATAG
TGATTGTTTTGTTGTTTTGCCTATGTCATAAGCCTCTAGTCTGTTTTTTGGTTATGGCGATTTTTTCTGGTTTTCCTTTGTGTCCCTAGCATTTTTTTATTTCAAATTAATTTCAAGAAATCACTTTAAATCAGAGTTAGATTGTTTCAGTGTTCTGGCTGGTTTCAACTTGGCAGCATTAGTGTCAGATCATCTAGATG
GAACTACATTGCATTTTTGGGAACTTTTTCAGTGAAGATGCAGACATAGGGGTATATTCTAGGGTTTATTATTTGGCAATTTCAAATAATGTAATGTGGTGTAATCATTTGTCCATTAAAACAAAGGAAGGCTTATCATCCTGAAGAGGGATTGAATTTGCCCTTCGGAAACAGTTAGATTTCAACTAGGTCTGTATTTT
TTGGGGTCGTCTGCCTTCTCTTGTTAGTTTGTAGGGTGTAAAGTTAACTGGTGCATTTTGGCAAAATTATTTGGGTTTATATTCTTTGCATTTCTTTAGCTTGTCAACATATAGTTGGCAGACGGGAATAGCAAACTTTGCAATACCATGATTCTGGTAGTAAATAGTCTGACCAACCATATAAGGTTATTTATTTGCTC
ATGTTTTGTCTTCATTATAACTGGTACTGTGTACAACTTGTCAGAGATTGCTGTCTGTTTCATATCCTGTATATACTTGGTCAAGGTCGAGGGCACTCTTGCCAATTTCATAGTGATGGATGGAGTAGTTTCGATTTGAGGTGGAGTTGATGTTTGTGAAATTTCACAATTTTATACTTGGCACAATTGTTTCAAAGGAA
ATATCCAACATTTTATATTTGTGACATAAATGAGGATTTTGACTTTTAGTAACCCTCTAGATGAGGGGATACTTGGATAAAGGTGATGGCCCTTTCTCTACACTGACATCAGTAAAGAATATGGAGCTAAAAGGATGAGGTCCTCTCTTATTACAGGTCTTACTTGAGAACCAAGAAGGATTTTATCAAAGCAAATGTTG
GAGAAATAGACATTCCGGAAAGGGCAAGCAGATACCTTTTACTCCGAAATGTAATTGGTACATCGATGTGTTTGGTTTCTCACATCAGTTATTTGATAACCGCCTGTTAAAAATTTCATTTGTAAGTTGGCCTTTTGCTCTTTTCAATAGAGCTTTTGCTACTAACCTGGTGCATACTGCAACTAAAATGAAAAGATAAT
GTTGAAATTGCTTAACATATGTTATTTGGAATGTATTCTGGAATTCTGAATATCGGTCTAAAAATAGTACAGATGTTTACCTTGTTCAATATGTGGTACGTAGAAATCTTCAGAGTGCTGTGCACACAACTGTGGCTTGCTTTTATAATGCCCACTTCACTTCTTTTTTAAGAGCTTCATATTTGCAAGTGATCACCTG
>TRINITY_DN45738_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGAAGAAATTTGGCAGCAAATGAAGCACGAAGCCCAGTTGGACTGTAAACAACTATTTCCAAAGAAACATAAGAAATGCAAGAGTGTAAAGCATAAGCTGAGGCAATGACCTATGAAAGTTGGTTAGCTTTAAGCTTCGGAATTGTTCAGCATTTATTCATCTTTAAGTGCAAAGgtatgataaaaatcagacttgtgtt
ccacaacagtcacaaaacactgaaaacaacatgatccatagaaatggctttgcatgcatgtgctgcgtgcaacctctgttgtcagatttgttggcatctactataattcatttctcaatgcgttccctacacaatttaagtcttgtactgttttgaataaatgcagttttgacagaataggcagtgacaccactcttcaa
ttttttcttttcttttaaatgattttattgattggattatttagctaattattgctatttatgttcaaattgttgtctatggtcattatttaaggatttcttttaatgtttttgacatttgtatttcatgtagaatcagatgttaagagtttttagtttgtacatggttcttgatacaatattcacttatcattgcttgg
atgcagATTGCTCTCACTCTACTTCCCTAGGGACAAATATGAGGAGGAAATATCATTATTGAAACTTCCTGCAGATGTTGGAGATGAAAATGGAGA
Intron 4 GTATGAGTGG ... GGTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.89 | 31 | 5 | 0 |
| A2 | 23.53 | 13 | 4 | 0 |
| A3 | 5.88 | 16 | 1 | 0 |
| A4 | 20 | 12 | 3 | 0 |
| A5 | 29.41 | 12 | 5 | 3 |
| A6 | 16.48 | 76 | 15 | 0 |
| A7 | 6.25 | 60 | 4 | 0 |
| A8 | 16.84 | 79 | 16 | 0 |
| A9 | 16.92 | 54 | 11 | 0 |
| A10 | 14.29 | 30 | 5 | 0 |
>TRINITY_DN111031_c0_g3_i2 from sample A5 / Example spliced isoformGATACCTCCTCGCAGGGGAAGCTGGAAGCGGCGAGAGGTAATTTCCGTGAACTGACGCCTCTATCGGATATTCTGCTCCCGTAGTCGTGTGATATCCAGGTAATAGAGAGACAGAGTGTTCCAACTGTTATAGACAAGACATACCTTCAGCGGGAGAGAGGGTTTCGTTTCAGGAAGAAACGAAGAGGAAGAAATAAAAA
ATTTAAAGCAAACAGGCGATCGATCGAAGGGAAGGGGGCAAAAGGCAAAGCCTTTATATTCGTATTCCGATCTTTGATAATCACACCACAGAGGAGCAGAGGGTTCATAATTTGCATTTATCCATAGGAATGCACATAATTCAGATTATTTTTTATCTCTCCTAAGAATTAGGTTGTAGGAAGAATAGAATCGAACTGAA
GGCCGACCAGGGAAAAATTGAATAAAATGTATAGAAGCGGCGCCGGCGCCGGCACCAGCATGGGCAATACGCGGGGTGGTTCTCCGACGGGCAATGACGGAGATGGAGATTATGCGGTGAAGCTTGAGCAGGTCCCTCGATGGATTGACGCAGAACAACATCGGTCTACGTCTTTGGACGGATCCGAAGACGCTTCGTTT
TCCGTTCTGTCTTTCTCCGACCCTCTAACGTCTGTTTCCCCGTCAGAAAACGGTCTCGACGGCACCACTTCCAGATTTCCAGTTGATCTCGAGATTAATTCCAAGGTTTATCTCTGGCGGGGTCATCCTTGGCATCTAGAAGTCGACGCCGTGGTTAATTCTACAAATGAGAATTTGGATGAGATGCACAGCAGCCCTGG
TTTGCATGAAGCTGCTGGTCCAGGACTTGTAGAAGAGTGCTCAACACTGGGTGGCTGTCGGACAGGGACGGCTAAAGTCACCAATGCATATGATCTACCCGCTAGGAGAGTGATACACACAGTTGGTCCAAAATATGCTTTAAAATACCATACTGCTGCGGAAAATGCATTAAGTCATTGCTATCGAGCTTGCCTTGAGG
TTTTGATTGAGCATGGGCTTCAGAGTATTGCTATGGGTTGTATTTACACTGAAGCAAAAAAACTATCCACGGGAGCCAGCAGCACATGTTGCTATAAGAACTGTGCGAAGGTTTCTGGAGAAACACAAGGACAAAATTACTGCTGTTGTTTTCTGCACGAGTACAGCATCAGATACAGAAATATATAAAAGATTGCTCCC
ACTCTACTTCCCTAGGGACAAACATGAGGAGGAAATAGCAATATCGAAACTTCCTGCAGATGTTGGAGATGAAAATGGAGAGACTACAATTGATGAACGCAAAATTAGAATTACTGCTATACCTGCAGCTTCTGTTGCTTTTCCCAGCCCTCTATCAACATCTGAAGATGTTTCTGCTAACAATCTTGCTCTTACAATGA
AAAGGAAGAACTCTTATGTCGATTCATTGCTTGACCCATCCTTCATGTGTCTGAGCAAAGATCCTGATCAGAGGCGTAAAGAACAGTGGGAGAAAGTTGCGCAGGCACAAGCTGGTTGGAGCTGTGCTAAATGGCTGGGGCTAGGTGATCTTGGGGGTCCACCTTTGTCAGCTGCAGAGGAGTACTCACTTCATGCCAGA
TACCTTGCAAGGGCAAATGCTCTGAATCTTACAGAGATTGCAGAGATGAAGATAGTATATCGTGGTGGTGTGGATAATGAGGGACGGCCGGTTATGGTTGTAGTTGGTGCACATTTTTTGCTACGATGCCTTGATCTGGAACGCTTTGTTCTTTATGTTGTCAAGGAATTCGAACCTTTGATACAGAGACCTTATACAAT
TGTCTACTTTCACTCTGCAGCAGCTCTGGAACTGCAGCCTGACTTAGGATGGATGAAACGATTACAGCAAATACTTGGAAGAAAGCATAAGCGCAATTTACATGCTATATATGTTCTTCATCCAACTCTTGGGTTGAAAGCAACAATTTTTGCTCTGCAACTGCTTGTAGATGCAGAGGTTTGGCGAAAGGTGGTATATG
TAGAGAGGCTTTTGCAGCTGTTTAGATATGTACCAAGAGAACAACTTACTATTCCAGATTTTGTATTTCAGCATGATCTTGAAGTTAATGGCGGAAGGGGCCTTGTTGTTGATCCAAGAACAAAGTTTATAACCAATAGAACAACTTCTGCTCCACGATAGTGATTGTTTTGTTGTTTTGCCTATGTCATAAGCCTCTAG
TCTGTTTTTTGGTTATGGCGATTTTTTCTGGTTTTCCTTTGTGTCCCTAGCATTTTTTTATTTCAAATTAATTTCAAGAAATCACTTTAAATCAGAGTTAGATTGTTTCAGTGTTCTGGCTGGTTTCAACTTGGCAGCATTAGTGTCAGAT
>TRINITY_DN111031_c0_g3_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:GATACCTCCTCGCAGGGGAAGCTGGAAGCGGCGAGAGGTAATTTCCGTGAACTGACGCCTCTATCGGATATTCTGCTCCCGTAGTCGTGTGATATCCAGGTAATAGAGAGACAGAGTGTTCCAACTGTTATAGACAAGACATACCTTCAGCGGGAGAGAGGGTTTCGTTTCAGGAAGAAACGAAGAGGAAGAAATAAAAA
ATTTAAAGCAAACAGGCGATCGATCGAAGGGAAGGGGGCAAAAGGCAAAGCCTTTATATTCGTATTCCGATCTTTGATAATCACACCACAGAGGAGCAGAGGGTTCATAATTTGCATTTATCCATAGGAATGCACATAATTCAGATTATTTTTTATCTCTCCTAAGAATTAGGTTGTAGGAAGAATAGAATCGAACTGAA
GGCCGACCAGGGAAAAATTGAATAAAATGTATAGAAGCGGCGCCGGCGCCGGCACCAGCATGGGCAATACGCGGGGTGGTTCTCCGACGGGCAATGACGGAGATGGAGATTATGCGGTGAAGCTTGAGCAGGTCCCTCGATGGATTGACGCAGAACAACATCGGTCTACGTCTTTGGACGGATCCGAAGACGCTTCGTTT
TCCGTTCTGTCTTTCTCCGACCCTCTAACGTCTGTTTCCCCGTCAGAAAACGGTCTCGACGGCACCACTTCCAGATTTCCAGTTGATCTCGAGATTAATTCCAAGGTTTATCTCTGGCGGGGTCATCCTTGGCATCTAGAAGTCGACGCCGTGGTTAATTCTACAAATGAGAATTTGGATGAGATGCACAGCAGCCCTGG
TTTGCATGAAGCTGCTGGTCCAGGACTTGTAGAAGAGTGCTCAACACTGGGTGGCTGTCGGACAGGGACGGCTAAAGTCACCAATGCATATGATCTACCCGCTAGGAGAGTGATACACACAGTTGGTCCAAAATATGCTTTAAAATACCATACTGCTGCGGAAAATGCATTAAGTCATTGCTATCGAGCTTGCCTTGAGG
TTTTGATTGAGCATGGGCTTCAGAGTATTGCTATGGGTTGTATTTACACTGAAGCAAAAAAACTATCCACGGGAGCCAGCAGCACATGTTGCTATAAGAACTGTGCGAAGGTTTCTGGAGAAACACAAGGACAAAATTACTGCTGTTGTTTTCTGCACGAGTACAGCATCAGATACAGAAATATATAAAAGATTGCTCCC
ACTCTACTTCCCTAGGGACAAACATGAGGAGGAAATAGCAATATCGAAACTTCCTGCAGATGTTGGAGATGAAAATGGAGAGACTACAATTGATGAACGCAAAATTAGAATTACTGCTATACCTGCAGCTTCTGTTGCTTTTCCCAGCCCTCTATCAACATCTGAAGATGTTTCTGCTAACAATCTTGCTCTTACAATGA
AAAGGAAGAACTCTTATGTCGATTCATTGCTTGACCCATCCTTCATGTGTCTGAGCAAAGATCCTGATCAGAGGCGTAAAGAACAGTGGGAGAAAGTTGCGCAGGCACAAGCTGGTTGGAGCTGTGCTAAATGGCTGGGGCTAGGTGATCTTGGGGGTCCACCTTTGTCAGCTGCAGAGGAGTACTCACTTCATGCCAGA
TACCTTGCAAGGGCAAATGCTCTGAATCTTACAGAGATTGCAGAGATGAAGATAGTATATCGTGGTGGTGTGGATAATGAGGGACGGCCGGTTATGGTTGTAGTTGGTGCACATTTTTTGCTACGATGCCTTGATCTGGAACGCTTTGTTCTTTATGTTGTCAAGGAATTCGAACCTTTGATACAGAGACCTTATACAAT
TGTCTACTTTCACTCTGCAGCAGCTCTGGAACTGCAGCCTGACTTAGGATGGATGAAACGATTACAGCAAATACTTGGAAGAAAGCATAAGCGCAATTTACATgtatgagtggtctggaatgcagatatatttggttatcatatatgattttttaaatgatttatgcctttctctaaagtacaattcatatctaatacca
aggcctttaagtaagcatgatgtgagcatattgaagctaaggtattgcactttccagacttaagatcaaaggtattcaaaggatttgtctcaccttgaaattgtggttttgcagGCTATATATGTTCTTCATCCAAC
Intron 5 GTCAGTAACA ... ATGGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 64.15 | 19 | 36 | 32 |
| A2 | 63.83 | 17 | 27 | 33 |
| A3 | 57.45 | 20 | 19 | 35 |
| A4 | 85.45 | 4 | 13 | 34 |
| A5 | 77.78 | 3 | 7 | 14 |
| A6 | 69.3 | 33 | 59 | 90 |
| A7 | 61.03 | 38 | 54 | 65 |
| A8 | 76.81 | 32 | 60 | 152 |
| A9 | 62.62 | 40 | 54 | 80 |
| A10 | 65.52 | 20 | 23 | 53 |
>TRINITY_DN45738_c0_g1_i10 from sample A8 / Example spliced isoformTAGATGCACAAACCAGTGGCACTTCAAAGGATTTTGAATGCGCTCCTTTAGGCACTAAATTTGTAGTTCATGTTTCAAGACCACCAGATGTTGAAGAAAGCAGAAAAAATCTTCCGATAATTATGATGGAGCAGGAGATTATGGAGGCCGTCAGTCATCATTCAGTAGTGATTATATGTGGGGAGACTGGATGCGGCAAG
ACTACTCAAGTTCCACAGTTTCTATTTGAAGCTGGATTTGGTTCAAGGAAGGGCAGAGAAAGAGCAGCAAACATAGGTGTCACTCAGCCTCGCCGGGTTGCAGTCCTTGCCACCACGAAAAGAGTGGCTTATGAAATGTCATTTCAGTTGGGGAAGGAAGTTGGATTTCAGGTGCGGCATGATCGAAGAATAGGAGAGAA
CAGCTCCCTAAAATTTATGACGGATGGTATTTTGCTTCGTGAAGTGCAGTCGGATTTTTTGCTAAGGCGCTACTCAGTTATTGTACTAGATGAAGCTCATGAAAGGAGTTTGAATACAGACATTCTCATCGGATTGCTTTCAAGGATCGTACCTCTACGTCAGAGTCTATATGATGAACAGCAGAGAAAAATATTGCATG
GAGAAACAATCAGTCCCGAACATGTTGTTACACCATTAAAACTTGTTCTGATGAGTGCAACTTTGAGGATTGAAGATTTTGTTTCAAACAGGAAGTTATTTCCTACAAGTCCACCTGTAGTGGAAGTGGCTACAAGACAGTTTCCTGTCACCATTCATTTCTCTGCAAAGACAGAACTGGTAGATTACTTGGGGAAGGCT
CACAAAAAGGTCTTAGCTATTCACAAGAAGTTGCCACCTGGTGGCATACTCGTATTTGTTACAGGACAAAGGGAGGTGGAATTCTTATGTAGACAGTTGAGGAAAGCCTTTGTGAAAAGAAGCGAAAACAATGATAAAATACAAGGTATTTCTCCAAAAAAAAAGGGTACTGTAGATATAAATTATGTTGCAAATGAACC
CAATCTTGAGGGTATTGCACAAGCTGTGGATGGCACAGATGATAATGGGCAACACAAAGATGAAACTGACAGGTTTAACTCATTTGATGATGAGGGGTTTGAAGTTCTTTCAGAGGCAAACTCAGTCTCCTCTGATGCTGAATTTGATTCAGATTCGGATATTGAAGAAGAGTGTCTTGACAGTGTTGGTGATAATACTC
TGCAACAGAATAACTTGCTAAAAGATCCAGGGTGCCTGGAATCACTTAAGGCTGCTTTTGAAGCTCTAAATAGCGATAACAATTCTGGAAAACTTAATATAAATTCAGGTGAACAAATGGCTGCAAATGTTGATAATGAAAAGCAGATAGACGAAAACAGTGATACAAGATTGAGAGAGCCAGGTCCTCTGTACGTTTTG
CCTCTGTATGCAATGTTGCCTGCAGCAGCACAATTACGTGTATTTGCTGGAGTACCAGAGGGAGAAAGGCTTGTTGTTGTGGCTACAAATGTTGCAGAAACTTCCTTAACAATCCCTGGCATTAAGTATGTTGTTGACTGTGGTCGAGCAAAGGTCAAAGACTACAACTGTTCAAGTGGGGTAGCAAAATATGAGATCCA
ATGGATTAGCAAAGCATCAGCTGCTCAGCGTGCTGGCAGAGCAGGAAGAACTGGACCAGGACATTGCTATCGTCTTTATTCTTCTGCAGTTTTCAACAACACATTTCCTGATTTTCCGGAACCTGAAATATGCAAGGTTCCTATTGAGGGCATCGTACTTCTTCTGAAGTACATGGGTATCAATAAGGTAACCAACTTCC
CTTTCCCTACCCCTCCTGACAGGGCAGCCTTAGTGGAAGCCGAACAATGCTTGAAATCTCTTTCAGCACTGGATCAAGCTACAGGAATGCTTATGCCAATTGGAGAAGCAATGGCATTATATCCTATCAGTCCTCGTCATTCTCGTATGCTTTTAACTGTTTTTGAGACAGTAAGAAACTTGGAGGATTGGAAAGGAGCA
AACTTGGTTTTAGCATTTGCCATAGCCATTGCTGCAGCATTGAGTATGGATAATCCGTTTCTCACACAATTTAGCTCAAATGCAGTACATGGCAGACAGGAAAATGATATGGGAGCCAATGCTCTCAATGTGAAAGGCACTGAAGAACAAGAATATCTGCAAATAAAGAAGCAACGTGAAATGGCTAATGCTGCCCATAA
GATGTTTGAAAATGTGAGCAGTGATGCATTAACAGTTGCAAATGCACTCCGTTCATTTGAGCTTGCAAGTAATCGAGGGGAGTTTTGTAAGAGTAATTCCTTACATCTTAAAACAATGGACGAAATGTCAAAGCTTCGAAAGCAGCTGCTTCAACTCATCTTTAACCAGAAAATGGAGAAAAAACTAAACCAGCATTTCA
CTTGGACTTTTGGAAATTTAGCAGATGTAGAGCTTGCTTGGAGGGAGTCTATTGACAAACCTCTTACATCAACTCAAGAAGATATACTGGGACAGGCAATCTGTGCAGGTTGGGCTGACAGAGTTGCACGGCGTCTAAGATCCCATATGAGGATAAAAGCATTACCAGAAGGGCAAAGGCCTAAGGCAGTCAGATATCAA
GCCTGTCCAATTGAAGAAAATGTATTTCTGCATCCTACATCTTCTGTTGCCAGACTGGCACCTGAGTTTGTTGTTTATAATGAACTTATTCAAACTTCAAGACCATACATGCGTGGTGTGACAAGTGTGAAGGCAACTTGGCTTGTCTTACATGCAAGGGCTCTCTGCACATTTTCTAGGCCACTTGCAGATCCTCAACC
TTACTATGACTGTTTATTGGATGAGGTATTTTGCTGGGTTTCTCCTACATTTGGGCCACATTTATGGGAACTTCCTCTGGACAGATCTCCTATGAAGAGTGGGAATCACCGGACAGCAGTGTTTGCTTGTGCACTTCTTCAAGGAAAAGTTCTACCATGCTTGAAGCAGGTGGTGAATTTTCTGGCAGCTGATCCTTTAA
TGGTGCTAAAACCTGAGGCTGCAGCACACAAACGTAGTAAATTTCATTGGAAGTTTGAAGAAATTTGGCAGCAAATGAAGCACGAAGCCCAGTTGGACTGTAAACAACTATTTCCAAAGAAACATAAGAAATGCAAGAGTGTAAAGCATAAGCTGAGGCAATGACCTATGAAAGTTGGTTAGCTTTAAGCTTCGGAATTG
TTCAGCATTTATTCATCTTTAAGTGCAAAGATTGCTCTCACTCTACTTCCCTAGGGACAAATATGAGGAGGAAATATCATTATTGAAACTTCCTGCAGATGTTGGAGATGAAAATGGAGAGACTACAATTGATGAACGCAAAATTAGAATTACTGCTATACCTGCAGCTTCTGTTGCTTTTCCCAGCCCTCTATCAACAT
CTGAAGATGTTTCTGCTAACAATCTTGCTCTTACAATGAGAAGGAAGAACTCTTATGTCGATTCATTGCTTGACCCATCCTTCATGTGTCTGAGCAAAGATCCTGATCAGAGGCGTAAAGAACAGTGGGAGAAAGTTGCGCAGGCACAAGCTGGTTGGAGCTGTGCTAAATGGCTGGGGCTAGGTGATCTTGGGGGTCCA
CCTTTGTCAGCTGCAGAGGAGTACTCACTTCATGCCAGATACCTTGCAAGGGCAAATGCTCTGAATCTTACAGAAATTGCAGAGATGAAGATAGTATATCGTGGTGGTGTGGATAATGAGGGACGGCCGGTTATGGTTGTAGTTGGTGCACATTTTTTGCTACGATGCCTTGATCTGGAACGCTTTGTTCTTTATGTTGT
CAAGGAATTCGAACCTTTGATACAGAGACCTTATACAATTGTCTACTTTCACTCTGCAGCAGCTCTGGAACTGCAGCCTGACTTAGGATGGATGAAACGATTACAGCAAATACTTGGAAGAAAGCATAAGCGCAATTTACATGCTATATATGTTCTTCATCCAACTCTTGGGTTGAAAGCAACAATTTTTGCTCTGCAAC
TGCTTGTAGATGCAGAGGTTTGGCGAAAGGTGGTATATGTAGAGAGGCTTTTGCAGCTGTTTAGATATGTACCAAGAGAACAACTTACTATTCCAGATTTTGTATTTCAGCATGATCTTGAAGTTAATGGCGGAAGGGGCCTTGTTGTTGATCCAAGAACAAAGTTTATAACCAATAGAACAACTTCTGCTCCACGATAG
TGATTGTTTTGTTGTTTTGCCTATGTCATAAGCCTCTAGTCTGTTTTTTGGTTATGGCGATTTTTTCTGGTTTTCCTTTGTGTCCCTAGCATTTTTTTATTTCAAATTAATTTCAAGAAATCACTTTAAATCAGAGTTAGATTGTTTCAGTGTTCTGGCTGGTTTCAACTTGGCAGCATTAGTGTCAGATCATCTAGATG
GAACTACATTGCATTTTTGGGAACTTTTTCAGTGAAGATGCAGACATAGGGGTATATTCTAGGGTTTATTATTTGGCAATTTCAAATAATGTAATGTGGTGTAATCATTTGTCCATTAAAACAAAGGAAGGCTTATCATCCTGAAGAGGGATTGAATTTGCCCTTCGGAAACAGTTAGATTTCAACTAGGTCTGTATTTT
TTGGGGTCGTCTGCCTTCTCTTGTTAGTTTGTAGGGTGTAAAGTTAACTGGTGCATTTTGGCAAAATTATTTGGGTTTATATTCTTTGCATTTCTTTAGCTTGTCAACATATAGTTGGCAGACGGGAATAGCAAACTTTGCAATACCATGATTCTGGTAGTAAATAGTCTGACCAACCATATAAGGTTATTTATTTGCTC
ATGTTTTGTCTTCATTATAACTGGTACTGTGTACAACTTGTCAGAGATTGCTGTCTGTTTCATATCCTGTATATACTTGGTCAAGGTCGAGGGCACTCTTGCCAATTTCATAGTGATGGATGGAGTAGTTTCGATTTGAGGTGGAGTTGATGTTTGTGAAATTTCACAATTTTATACTTGGCACAATTGTTTCAAAGGAA
ATATCCAACATTTTATATTTGTGACATAAATGAGGATTTTGACTTTTAGTAACCCTCTAGATGAGGGGATACTTGGATAAAGGTGATGGCCCTTTCTCTACACTGACATCAGTAAAGAATATGGAGCTAAAAGGATGAGGTCCTCTCTTATTACAGGTCTTACTTGAGAACCAAGAAGGATTTTATCAAAGCAAATGTTG
GAGAAATAGACATTCCGGAAAGGGCAAGCAGATACCTTTTACTCCGAAATGTAATTGGTACATCGATGTGTTTGGTTTCTCACATCAGTTATTTGATAACCGCCTGTTAAAAATTTCATTTGTAAGTTGGCCTTTTGCTCTTTTCAATAGAGCTTTTGCTACTAACCTGGTGCATACTGCAACTAAAATGAAAAGATAAT
GTTGAAATTGCTTAACATATGTTATTTGGAATGTATTCTGGAATTCTGAATATCGGTCTAAAAATAGTACAGATGTTTACCTTGTTCAATATGTGGTACGTAGAAATCTTCAGAGTGCTGTGCACACAACTGTGGCTTGCTTTTATAATGCCCACTTCACTTCTTTTTTAAGAGCTTCATATTTGCAAGTGATCACCTG
>TRINITY_DN45738_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:TAGATGCACAAACCAGTGGCACTTCAAAGGATTTTGAATGCGCTCCTTTAGGCACTAAATTTGTAGTTCATGTTTCAAGACCACCAGATGTTGAAGAAAGCAGAAAAAATCTTCCGATAATTATGATGGAGCAGGAGATTATGGAGGCCGTCAGTCATCATTCAGTAGTGATTATATGTGGGGAGACTGGATGCGGCAAG
ACTACTCAAGTTCCACAGTTTCTATTTGAAGCTGGATTTGGTTCAAGGAAGGGCAGAGAAAGAGCAGCAAACATAGGTGTCACTCAGCCTCGCCGGGTTGCAGTCCTTGCCACCACGAAAAGAGTGGCTTATGAAATGTCATTTCAGTTGGGGAAGGAAGTTGGATTTCAGGTGCGGCATGATCGAAGAATAGGAGAGAA
CAGCTCCCTAAAATTTATGACGGATGGTATTTTGCTTCGTGAAGTGCAGTCGGATTTTTTGCTAAGGCGCTACTCAGTTATTGTACTAGATGAAGCTCATGAAAGGAGTTTGAATACAGACATTCTCATCGGATTGCTTTCAAGGATCGTACCTCTACGTCAGAGTCTATATGATGAACAGCAGAGAAAAATATTGCATG
GAGAAACAATCAGTCCCGAACATGTTGTTACACCATTAAAACTTGTTCTGATGAGTGCAACTTTGAGGATTGAAGATTTTGTTTCAAACAGGAAGTTATTTCCTACAAGTCCACCTGTAGTGGAAGTGGCTACAAGACAGTTTCCTGTCACCATTCATTTCTCTGCAAAGACAGAACTGGTAGATTACTTGGGGAAGGCT
CACAAAAAGGTCTTAGCTATTCACAAGAAGTTGCCACCTGGTGGCATACTCGTATTTGTTACAGGACAAAGGGAGGTGGAATTCTTATGTAGACAGTTGAGGAAAGCCTTTGTGAAAAGAAGCGAAAACAATGATAAAATACAAGGTATTTCTCCAAAAAAAAAGGGTACTGTAGATATAAATTATGTTGCAAATGAACC
CAATCTTGAGGGTATTGCACAAGCTGTGGATGGCACAGATGATAATGGGCAACACAAAGATGAAACTGACAGGTTTAACTCATTTGATGATGAGGGGTTTGAAGTTCTTTCAGAGGCAAACTCAGTCTCCTCTGATGCTGAATTTGATTCAGATTCGGATATTGAAGAAGAGTGTCTTGACAGTGTTGGTGATAATACTC
TGCAACAGAATAACTTGCTAAAAGATCCAGGGTGCCTGGAATCACTTAAGGCTGCTTTTGAAGCTCTAAATAGCGATAACAATTCTGGAAAACTTAATATAAATTCAGGTGAACAAATGGCTGCAAATGTTGATAATGAAAAGCAGATAGACGAAAACAGTGATACAAGATTGAGAGAGCCAGGTCCTCTGTACGTTTTG
CCTCTGTATGCAATGTTGCCTGCAGCAGCACAATTACGTGTATTTGCTGGAGTACCAGAGGGAGAAAGGCTTGTTGTTGTGGCTACAAATGTTGCAGAAACTTCCTTAACAATCCCTGGCATTAAGTATGTTGTTGACTGTGGTCGAGCAAAGGTCAAAGACTACAACTGTTCAAGTGGGGTAGCAAAATATGAGATCCA
ATGGATTAGCAAAGCATCAGCTGCTCAGCGTGCTGGCAGAGCAGGAAGAACTGGACCAGGACATTGCTATCGTCTTTATTCTTCTGCAGTTTTCAACAACACATTTCCTGATTTTCCGGAACCTGAAATATGCAAGGTTCCTATTGAGGGCATCGTACTTCTTCTGAAGTACATGGGTATCAATAAGGTAACCAACTTCC
CTTTCCCTACCCCTCCTGACAGGGCAGCCTTAGTGGAAGCCGAACAATGCTTGAAATCTCTTTCAGCACTGGATCAAGCTACAGGAATGCTTATGCCAATTGGAGAAGCAATGGCATTATATCCTATCAGTCCTCGTCATTCTCGTATGCTTTTAACTGTTTTTGAGACAGTAAGAAACTTGGAGGATTGGAAAGGAGCA
AACTTGGTTTTAGCATTTGCCATAGCCATTGCTGCAGCATTGAGTATGGATAATCCGTTTCTCACACAATTTAGCTCAAATGCAGTACATGGCAGACAGGAAAATGATATGGGAGCCAATGCTCTCAATGTGAAAGGCACTGAAGAACAAGAATATCTGCAAATAAAGAAGCAACGTGAAATGGCTAATGCTGCCCATAA
GATGTTTGAAAATGTGAGCAGTGATGCATTAACAGTTGCAAATGCACTCCGTTCATTTGAGCTTGCAAGTAATCGAGGGGAGTTTTGTAAGAGTAATTCCTTACATCTTAAAACAATGGACGAAATGTCAAAGCTTCGAAAGCAGCTGCTTCAACTCATCTTTAACCAGAAAATGGAGAAAAAACTAAACCAGCATTTCA
CTTGGACTTTTGGAAATTTAGCAGATGTAGAGCTTGCTTGGAGGGAGTCTATTGACAAACCTCTTACATCAACTCAAGAAGATATACTGGGACAGGCAATCTGTGCAGGTTGGGCTGACAGAGTTGCACGGCGTCTAAGATCCCATATGAGGATAAAAGCATTACCAGAAGGGCAAAGGCCTAAGGCAGTCAGATATCAA
GCCTGTCCAATTGAAGAAAATGTATTTCTGCATCCTACATCTTCTGTTGCCAGACTGGCACCTGAGTTTGTTGTTTATAATGAACTTATTCAAACTTCAAGACCATACATGCGTGGTGTGACAAGTGTGAAGGCAACTTGGCTTGTCTTACATGCAAGGGCTCTCTGCACATTTTCTAGGCCACTTGCAGATCCTCAACC
TTACTATGACTGTTTATTGGATGAGGTATTTTGCTGGGTTTCTCCTACATTTGGGCCACATTTATGGGAACTTCCTCTGGACAGATCTCCTATGAAGAGTGGGAATCACCGGACAGCAGTGTTTGCTTGTGCACTTCTTCAAGGAAAAGTTCTACCATGCTTGAAGCAGGTGGTGAATTTTCTGGCAGCTGATCCTTTAA
TGGTGCTAAAACCTGAGGCTGCAGCACACAAACGTgtcagtaacatccttcacagattgagtgtagggcttgttgatagccgtataaaacttaattctgtttgggatgctgatccaaagttcttgtatttcgaaatattatcatggttgcagAGTAAATTTCATTGGAAGTTTGAAGAAATTTGGCAGCAAATGAAGCAC
GAAGCCCAGTTGGACTGTAAACAACTATTTCCAAAGAAACATAAGAAATGCAAGAGTGTAAAGCATAAGCTGAGGCAATGACCTATGAAAGTTGGTTAGCTTTAAGCTTCGGAATTGTTCAGCATTTATTCATCTTTAAGTGCAAAGGCAATCTCATTTAGCTTAATCTAGTTAATTATCTCTTTTGAAATGTCCCTAGA
GTTTACAGGGTCGTTTTTTTTTCTGGTTTTCTG
Intron 6 GCATGTGCTG ... GACAGAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 71.93 | 8 | 33 | 8 |
| A2 | 78.95 | 4 | 20 | 10 |
| A3 | 84.31 | 4 | 27 | 16 |
| A4 | 79.31 | 3 | 17 | 6 |
| A5 | 78.95 | 4 | 18 | 12 |
| A6 | 89.66 | 12 | 153 | 55 |
| A7 | 77.45 | 23 | 105 | 53 |
| A8 | 86.5 | 22 | 202 | 80 |
| A9 | 87.5 | 11 | 118 | 36 |
| A10 | 86.3 | 5 | 44 | 19 |
>TRINITY_DN45738_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoformTAGATGCACAAACCAGTGGCACTTCAAAGGATTTTGAATGCGCTCCTTTAGGCACTAAATTTGTAGTTCATGTTTCAAGACCACCAGATGTTGAAGAAAGCAGAAAAAATCTTCCGATAATTATGATGGAGCAGGAGATTATGGAGGCCGTCAGTCATCATTCAGTAGTGATTATATGTGGGGAGACTGGATGCGGCAAG
ACTACTCAAGTTCCACAGTTTCTATTTGAAGCTGGATTTGGTTCAAGGAAGGGCAGAGAAAGAGCAGCAAACATAGGTGTCACTCAGCCTCGCCGGGTTGCAGTCCTTGCCACCACGAAAAGAGTGGCTTATGAAATGTCATTTCAGTTGGGGAAGGAAGTTGGATTTCAGGTGCGGCATGATCGAAGAATAGGAGAGAA
CAGCTCCCTAAAATTTATGACGGATGGTATTTTGCTTCGTGAAGTGCAGTCGGATTTTTTGCTAAGGCGCTACTCAGTTATTGTACTAGATGAAGCTCATGAAAGGAGTTTGAATACAGACATTCTCATCGGATTGCTTTCAAGGATCGTACCTCTACGTCAGAGTCTATATGATGAACAGCAGAGAAAAATATTGCATG
GAGAAACAATCAGTCCCGAACATGTTGTTACACCATTAAAACTTGTTCTGATGAGTGCAACTTTGAGGATTGAAGATTTTGTTTCAAACAGGAAGTTATTTCCTACAAGTCCACCTGTAGTGGAAGTGGCTACAAGACAGTTTCCTGTCACCATTCATTTCTCTGCAAAGACAGAACTGGTAGATTACTTGGGGAAGGCT
CACAAAAAGGTCTTAGCTATTCACAAGAAGTTGCCACCTGGTGGCATACTCGTATTTGTTACAGGACAAAGGGAGGTGGAATTCTTATGTAGACAGTTGAGGAAAGCCTTTGTGAAAAGAAGCGAAAACAATGATAAAATACAAGGTATTTCTCCAAAAAAAAAGGGTACTGTAGATATAAATTATGTTGCAAATGAACC
CAATCTTGAGGGTATTGCACAAGCTGTGGATGGCACAGATGATAATGGGCAACACAAAGATGAAACTGACAGGTTTAACTCATTTGATGATGAGGGGTTTGAAGTTCTTTCAGAGGCAAACTCAGTCTCCTCTGATGCTGAATTTGATTCAGATTCGGATATTGAAGAAGAGTGTCTTGACAGTGTTGGTGATAATACTC
TGCAACAGAATAACTTGCTAAAAGATCCAGGGTGCCTGGAATCACTTAAGGCTGCTTTTGAAGCTCTAAATAGCGATAACAATTCTGGAAAACTTAATATAAATTCAGGTGAACAAATGGCTGCAAATGTTGATAATGAAAAGCAGATAGACGAAAACAGTGATACAAGATTGAGAGAGCCAGGTCCTCTGTACGTTTTG
CCTCTGTATGCAATGTTGCCTGCAGCAGCACAATTACGTGTATTTGCTGGAGTACCAGAGGGAGAAAGGCTTGTTGTTGTGGCTACAAATGTTGCAGAAACTTCCTTAACAATCCCTGGCATTAAGTATGTTGTTGACTGTGGTCGAGCAAAGGTCAAAGACTACAACTGTTCAAGTGGGGTAGCAAAATATGAGATCCA
ATGGATTAGCAAAGCATCAGCTGCTCAGCGTGCTGGCAGAGCAGGAAGAACTGGACCAGGACATTGCTATCGTCTTTATTCTTCTGCAGTTTTCAACAACACATTTCCTGATTTTCCGGAACCTGAAATATGCAAGGTTCCTATTGAGGGCATCGTACTTCTTCTGAAGTACATGGGTATCAATAAGGTAACCAACTTCC
CTTTCCCTACCCCTCCTGACAGGGCAGCCTTAGTGGAAGCCGAACAATGCTTGAAATCTCTTTCAGCACTGGATCAAGCTACAGGAATGCTTATGCCAATTGGAGAAGCAATGGCATTATATCCTATCAGTCCTCGTCATTCTCGTATGCTTTTAACTGTTTTTGAGACAGTAAGAAACTTGGAGGATTGGAAAGGAGCA
AACTTGGTTTTAGCATTTGCCATAGCCATTGCTGCAGCATTGAGTATGGATAATCCGTTTCTCACACAATTTAGCTCAAATGCAGTACATGGCAGACAGGAAAATGATATGGGAGCCAATGCTCTCAATGTGAAAGGCACTGAAGAACAAGAATATCTGCAAATAAAGAAGCAACGTGAAATGGCTAATGCTGCCCATAA
GATGTTTGAAAATGTGAGCAGTGATGCATTAACAGTTGCAAATGCACTCCGTTCATTTGAGCTTGCAAGTAATCGAGGGGAGTTTTGTAAGAGTAATTCCTTACATCTTAAAACAATGGACGAAATGTCAAAGCTTCGAAAGCAGCTGCTTCAACTCATCTTTAACCAGAAAATGGAGAAAAAACTAAACCAGCATTTCA
CTTGGACTTTTGGAAATTTAGCAGATGTAGAGCTTGCTTGGAGGGAGTCTATTGACAAACCTCTTACATCAACTCAAGAAGATATACTGGGACAGGCAATCTGTGCAGGTTGGGCTGACAGAGTTGCACGGCGTCTAAGATCCCATATGAGGATAAAAGCATTACCAGAAGGGCAAAGGCCTAAGGCAGTCAGATATCAA
GCCTGTCCAATTGAAGAAAATGTATTTCTGCATCCTACATCTTCTGTTGCCAGACTGGCACCTGAGTTTGTTGTTTATAATGAACTTATTCAAACTTCAAGACCATACATGCGTGGTGTGACAAGTGTGAAGGCAACTTGGCTTGTCTTACATGCAAGGGCTCTCTGCACATTTTCTAGGCCACTTGCAGATCCTCAACC
TTACTATGACTGTTTATTGGATGAGGTATTTTGCTGGGTTTCTCCTACATTTGGGCCACATTTATGGGAACTTCCTCTGGACAGATCTCCTATGAAGAGTGGGAATCACCGGACAGCAGTGTTTGCTTGTGCACTTCTTCAAGGAAAAGTTCTACCATGCTTGAAGCAGGTGGTGAATTTTCTGGCAGCTGATCCTTTAA
TGGTGCTAAAACCTGAGGCTGCAGCACACAAACGTGTCAGTAACATCCTTCACAGATTGAGTGTAGGGCTTGTTGATAGCCGTATAAAACTTAATTCTGTTTGGGATGCTGATCCAAAGTTCTTGTATTTCGAAATATTATCATGGTTGCAGAGTAAATTTCATTGGAAGTTTGAAGAAATTTGGCAGCAAATGAAGCAC
GAAGCCCAGTTGGACTGTAAACAACTATTTCCAAAGAAACATAAGAAATGCAAGAGTGTAAAGCATAAGCTGAGGCAATGACCTATGAAAGTTGGTTAGCTTTAAGCTTCGGAATTGTTCAGCATTTATTCATCTGTATGATAAAAATCAGACTTGTGTTCCACAACAGTCACAAAACACTGAAAACAACATGATCCATA
GAAATGGCTTTGCATATTGCTCTCACTCTACTTCCCTAGGGACAAATATGAGGAGGAAATATCATTATTGAAACTTCCTGCAGATGTTGGAGATGAAAATGGAGA
>TRINITY_DN45738_c0_g1_i13 from sample A8 / Example unspliced isoform:CCGGGGGGGAGTACTAGAATGTTGGATCTTTGCGAGTAGGGAAGTTCGAGGATGGAGCTCAGTGGAGAGAAAACTCTGCGTTGAGCGTTATCGCTGGTTTGCGATCTGGAAATTATCTCTGCAAGTCAAATAAGTGCCACAACTTTATATCATGGAGCTTACTAGAGGATCTGAAGATGGGGATGCATGCAATGCACTTG
CCTTGCCTGGTAATCACAAGTCTAAGAAAAAGGATAAAAATAAGGCTGAGAAAGACAGGAAGAAAGGGTCTTTGTGCATGAGCAAGAATCAACAAAGAAAACTACGTCGGCTACAAGAAGAGAAGGATAAAAGGGCAAAGCGATCTAATGTTCTCGAAACACTGGAGAAGCACAGGCTTAGAGATGATGCACACGCTTTA
TTAAGTTCTTCTGGTAATATTGGACAGGTTGAAACTATGCGGGAGAAACTCTCTAGAGCAATGCGATTTCATAGAGCAGGATTGGAAGTTCCGTTGGATGTCCCACTTTTTCGTGAAAGAGTGACTGATCCAGTCTCAATAGAAAGTGAAAAATGTACTGATGAACTTTTGGCTGTCAAATGGAATCCAAAGAATAATAT
GCTGGAAGCTGGCCAGATGCAAGCAAAGAAAAGGAAACGGGCTGCTTTCCATGCATGTAATTCTGCAAATTTCAATGAAAGGTATTCAAAACCAGATAATATGATTGAAGAAGCAAGAAACAATGCCTCTACTGATGGAAAAATGAGAGCTGATAATACATCAATGGCAGGACTTAATATAGAGCAGAGTGACATTAATC
TGGACCATGATACAGGATCTTCCATACATATTTCAATGGATAGGTGTTCAAATGGAGGTGAACAGGATTTGGCTGTCACCAAAGTAATTGTTCCACACAGTAACCATGATAAGGCTTTGGCATCCTCACATCTTTTGGGTCTCGATAACCAAAGAGGCTCTGGTTCTGCTAGTTTGTCTCTAAAGGAGAACACAAAGCAG
ATTGTTAAACAAAATGAGTCAGTTGATGCGATTCAAGGAAGAAAGTACCAGGTTTCTGAAGAGGGGAGTGGAAAGGTAGATGCACAAACCAGTGGCACTTCAAAGGATTTTGAATGCGCTCCTTTAGGCACTAAATTTGTAGTTCATGTTTCAAGACCACCAGATGTTGAAGAAAGCAGAAAAAATCTTCCGATAATTAT
GATGGAGCAGGAGATTATGGAGGCCGTCAGTCATCATTCAGTAGTGATTATATGTGGGGAGACTGGATGCGGCAAGACTACTCAAGTTCCACAGTTTCTATTTGAAGCTGGATTTGGTTCAAGGAAGGGCAGAGAAAGAGCAGCAAACATAGGTGTCACTCAGCCTCGCCGGGTTGCAGTCCTTGCCACCACGAAAAGAG
TGGCTTATGAAATGTCATTTCAGTTGGGGAAGGAAGTTGGATTTCAGGTGCGGCATGATCGAAGAATAGGAGAGAACAGCTCCCTAAAATTTATGACGGATGGTATTTTGCTTCGTGAAGTGCAGTCGGATTTTTTGCTAAGGCGCTACTCAGTTATTGTACTAGATGAAGCTCATGAAAGGAGTTTGAATACAGACATT
CTCATCGGATTGCTTTCAAGGATCGTACCTCTACGTCAGAGTCTATATGATGAACAGCAGAGAAAAATATTGCATGGAGAAACAATCAGTCCCGAACATGTTGTTACACCATTAAAACTTGTTCTGATGAGTGCAACTTTGAGGATTGAAGATTTTGTTTCAAACAGGAAGTTATTTCCTACAAGTCCACCTGTAGTGGA
AGTGGCTACAAGACAGTTTCCTGTCACCATTCATTTCTCTGCAAAGACAGAACTGGTAGATTACTTGGGGAAGGCTCACAAAAAGGTCTTAGCTATTCACAAGAAGTTGCCACCTGGTGGCATACTCGTATTTGTTACAGGACAAAGGGAGGTGGAATTCTTATGTAGACAGTTGAGGAAAGCCTTTGTGAAAAGAAGCG
AAAACAATGATAAAATACAAGGTATTTCTCCAAAAAAAAAGGGTACTGTAGATATAAATTATGTTGCAAATGAACCCAATCTTGAGGGTATTGCACAAGCTGTGGATGGCACAGATGATAATGGGCAACACAAAGATGAAACTGACAGGTTTAACTCATTTGATGATGAGGGGTTTGAAGTTCTTTCAGAGGCAAACTCA
GTCTCCTCTGATGCTGAATTTGATTCAGATTCGGATATTGAAGAAGAGTGTCTTGACAGTGTTGGTGATAATACTCTGCAACAGAATAACTTGCTAAAAGATCCAGGGTGCCTGGAATCACTTAAGGCTGCTTTTGAAGCTCTAAATAGCGATAACAATTCTGGAAAACTTAATATAAATTCAGGTGAACAAATGGCTGC
AAATGTTGATAATGAAAAGCAGATAGACGAAAACAGTGATACAAGATTGAGAGAGCCAGGTCCTCTGTACGTTTTGCCTCTGTATGCAATGTTGCCTGCAGCAGCACAATTACGTGTATTTGCTGGAGTACCAGAGGGAGAAAGGCTTGTTGTTGTGGCTACAAATGTTGCAGAAACTTCCTTAACAATCCCTGGCATTA
AGTATGTTGTTGACTGTGGTCGAGCAAAGGTCAAAGACTACAACTGTTCAAGTGGGGTAGCAAAATATGAGATCCAATGGATTAGCAAAGCATCAGCTGCTCAGCGTGCTGGCAGAGCAGGAAGAACTGGACCAGGACATTGCTATCGTCTTTATTCTTCTGCAGTTTTCAACAACACATTTCCTGATTTTCCGGAACCT
GAAATATGCAAGGTTCCTATTGAGGGCATCGTACTTCTTCTGAAGTACATGGGTATCAATAAGGTAACCAACTTCCCTTTCCCTACCCCTCCTGACAGGGCAGCCTTAGTGGAAGCCGAACAATGCTTGAAATCTCTTTCAGCACTGGATCAAGCTACAGGAATGCTTATGCCAATTGGAGAAGCAATGGCATTATATCC
TATCAGTCCTCGTCATTCTCGTATGCTTTTAACTGTTTTTGAGACAGTAAGAAACTTGGAGGATTGGAAAGGAGCAAACTTGGTTTTAGCATTTGCCATAGCCATTGCTGCAGCATTGAGTATGGATAATCCGTTTCTCACACAATTTAGCTCAAATGCAGTACATGGCAGACAGGAAAATGATATGGGAGCCAATGCTC
TCAATGTGAAAGGCACTGAAGAACAAGAATATCTGCAAATAAAGAAGCAACGTGAAATGGCTAATGCTGCCCATAAGATGTTTGAAAATGTGAGCAGTGATGCATTAACAGTTGCAAATGCACTCCGTTCATTTGAGCTTGCAAGTAATCGAGGGGAGTTTTGTAAGAGTAATTCCTTACATCTTAAAACAATGGACGAA
ATGTCAAAGCTTCGAAAGCAGCTGCTTCAACTCATCTTTAACCAGAAAATGGAGAAAAAACTAAACCAGCATTTCACTTGGACTTTTGGAAATTTAGCAGATGTAGAGCTTGCTTGGAGGGAGTCTATTGACAAACCTCTTACATCAACTCAAGAAGATATACTGGGACAGGCAATCTGTGCAGGTTGGGCTGACAGAGT
TGCACGGCGTCTAAGATCCCATATGAGGATAAAAGCATTACCAGAAGGGCAAAGGCCTAAGGCAGTCAGATATCAAGCCTGTCCAATTGAAGAAAATGTATTTCTGCATCCTACATCTTCTGTTGCCAGACTGGCACCTGAGTTTGTTGTTTATAATGAACTTATTCAAACTTCAAGACCATACATGCGTGGTGTGACAA
GTGTGAAGGCAACTTGGCTTGTCTTACATGCAAGGGCTCTCTGCACATTTTCTAGGCCACTTGCAGATCCTCAACCTTACTATGACTGTTTATTGGATGAGGTATTTTGCTGGGTTTCTCCTACATTGGGGCCACATTTATGGGAACTTCCTCTGGACAGATCTCCTATGAAGAGTGGGAATCACCGGACAGCAGTGTTT
GCTTGTGCACTTCTTCAAGGAAAAGTTCTACCATGCTTGAAGCAGGTGGTGAATTTTCTGGCAGCTGATCCTTTAATGGTGCTAAAACCTGAGGCTGCAGCACACAAACGTGTCAGTAACATCCTTCACAGATTGAGTGTAGGGCTTGTTGATAGCCGTATAAAACTTAATTCTGTTTGGGATGCTGATCCAAAGTTCTT
GTATTTCGAAATATTATCATGGTTGCAGAGTAAATTTCATTGGAAGTTTGAAGAAATTTGGCAGCAAATGAAGCACGAAGCCCAGTTGGACTGTAAACAACTATTTCCAAAGAAACATAAGAAATGCAAGAGTGTAAAGCATAAGCTGAGGCAATGACCTATGAAAGTTGGTTAGCTTTAAGCTTCGGAATTGTTCAGCA
TTTATTCATCTGTATGATAAAAATCAGACTTGTGTTCCACAACAGTCACAAAACACTGAAAACAACATGATCCATAGAAATGGCTTTGCATgcatgtgctgcgtgcaacctctgttgtcagatttgttggcatctactataattcatttctcaatgcgttccctacacaatttaagtcttgtactgttttgaataaatgc
agttttgacagaatagATTGCTCTCACTCTACTTCCCTAGGGACAAATATGAGGAGGAAATATCATTATTGAAACTTCCTGCAGATGTTGGAGATGAAAATGGAGACTACCATTGATGAATGGAAAATTAGAATTATTGCTTCCTATATCTCCAGTTTCATTTTCCAAGCCTCTATCAACATCTGAAAACTTCTCTGCTA
ACAATTTTGCTTTTATGATGAGAAGGTTGAGCCATAGTACAAATATTTTGATATTGGATGCAGAACTATTTTCCTAATCTAAAACTATTATGGACGTGAAGCATATAGAACTTGTTACACAATTTTCTTTTACCAGGCTAGATGTGAATCTTGATGTCACAACACTCTTCTCTGAAATAGAATGACTGGAGTACTCCAAT
ATTATTTGATATTCACTGAAAAAAAGCAAAGAGGGAGAGTGTACAGTTCCAACCAACAATATGCTTGCTCTGTATCAGCTCCTAAGACCGTTAAGTCGCCTACATAGACTCCTTCAAATTGACAAAGAGTTCAGAGCCCATAAGCTCCTTCGAATTGATGAAGAGTTCCAGAGATGAGGAAGCCTTTTACTTTATGCAAT
AAGCAACACCCAGAAGCAGTGGGTGTAAGGAGGTGGCCGTGGTGAACTAGAAGTGCTCAGCTATACTAATGTAGTATTAATTGGTTATGTCGGTAACCACTCTTCAGTTTGGTTATATATGTTCATGTATTTTTCTAATATATGATGCTTGTAGAACTAGCATAAGATTATGCCCAAATCCTTAATATTGCCTACAAATT
TAAGTATTTATTGGTGAGCTGCAATATCAAGAGAGACTGATCCTCGATTTTGACAACATTGACCCTCGATTTTGAAAACTCTGTTTACAGCCGTTTACAATATTACTAAAATAGTGTATATATTTGAACCTGTATATTAATGAGTTCAAATATTGATAGTAAATGATCCTCCTTGCTCAGAGCTCCGCTGTCTCGGCAAT
AAGACATGAAAGTCTATAGCCAGTACTGTTTCAAAG
Intron 7 GCATGTGCTG ... TTGGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 79.45 | 8 | 31 | 13.5 |
| A2 | 83.33 | 4 | 20 | 13.3 |
| A3 | 87.1 | 4 | 27 | 8.5 |
| A4 | 84.8 | 3 | 16.8 | 7.8 |
| A5 | 81.82 | 4 | 18 | 4.5 |
| A6 | 92.73 | 12 | 153 | 17.3 |
| A7 | 82.06 | 23 | 105.3 | 31 |
| A8 | 90.17 | 22 | 201.8 | 22.3 |
| A9 | 91.47 | 11 | 118 | 23.5 |
| A10 | 89.8 | 5 | 44 | 12.8 |
>TRINITY_DN45738_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoformTAGATGCACAAACCAGTGGCACTTCAAAGGATTTTGAATGCGCTCCTTTAGGCACTAAATTTGTAGTTCATGTTTCAAGACCACCAGATGTTGAAGAAAGCAGAAAAAATCTTCCGATAATTATGATGGAGCAGGAGATTATGGAGGCCGTCAGTCATCATTCAGTAGTGATTATATGTGGGGAGACTGGATGCGGCAAG
ACTACTCAAGTTCCACAGTTTCTATTTGAAGCTGGATTTGGTTCAAGGAAGGGCAGAGAAAGAGCAGCAAACATAGGTGTCACTCAGCCTCGCCGGGTTGCAGTCCTTGCCACCACGAAAAGAGTGGCTTATGAAATGTCATTTCAGTTGGGGAAGGAAGTTGGATTTCAGGTGCGGCATGATCGAAGAATAGGAGAGAA
CAGCTCCCTAAAATTTATGACGGATGGTATTTTGCTTCGTGAAGTGCAGTCGGATTTTTTGCTAAGGCGCTACTCAGTTATTGTACTAGATGAAGCTCATGAAAGGAGTTTGAATACAGACATTCTCATCGGATTGCTTTCAAGGATCGTACCTCTACGTCAGAGTCTATATGATGAACAGCAGAGAAAAATATTGCATG
GAGAAACAATCAGTCCCGAACATGTTGTTACACCATTAAAACTTGTTCTGATGAGTGCAACTTTGAGGATTGAAGATTTTGTTTCAAACAGGAAGTTATTTCCTACAAGTCCACCTGTAGTGGAAGTGGCTACAAGACAGTTTCCTGTCACCATTCATTTCTCTGCAAAGACAGAACTGGTAGATTACTTGGGGAAGGCT
CACAAAAAGGTCTTAGCTATTCACAAGAAGTTGCCACCTGGTGGCATACTCGTATTTGTTACAGGACAAAGGGAGGTGGAATTCTTATGTAGACAGTTGAGGAAAGCCTTTGTGAAAAGAAGCGAAAACAATGATAAAATACAAGGTATTTCTCCAAAAAAAAAGGGTACTGTAGATATAAATTATGTTGCAAATGAACC
CAATCTTGAGGGTATTGCACAAGCTGTGGATGGCACAGATGATAATGGGCAACACAAAGATGAAACTGACAGGTTTAACTCATTTGATGATGAGGGGTTTGAAGTTCTTTCAGAGGCAAACTCAGTCTCCTCTGATGCTGAATTTGATTCAGATTCGGATATTGAAGAAGAGTGTCTTGACAGTGTTGGTGATAATACTC
TGCAACAGAATAACTTGCTAAAAGATCCAGGGTGCCTGGAATCACTTAAGGCTGCTTTTGAAGCTCTAAATAGCGATAACAATTCTGGAAAACTTAATATAAATTCAGGTGAACAAATGGCTGCAAATGTTGATAATGAAAAGCAGATAGACGAAAACAGTGATACAAGATTGAGAGAGCCAGGTCCTCTGTACGTTTTG
CCTCTGTATGCAATGTTGCCTGCAGCAGCACAATTACGTGTATTTGCTGGAGTACCAGAGGGAGAAAGGCTTGTTGTTGTGGCTACAAATGTTGCAGAAACTTCCTTAACAATCCCTGGCATTAAGTATGTTGTTGACTGTGGTCGAGCAAAGGTCAAAGACTACAACTGTTCAAGTGGGGTAGCAAAATATGAGATCCA
ATGGATTAGCAAAGCATCAGCTGCTCAGCGTGCTGGCAGAGCAGGAAGAACTGGACCAGGACATTGCTATCGTCTTTATTCTTCTGCAGTTTTCAACAACACATTTCCTGATTTTCCGGAACCTGAAATATGCAAGGTTCCTATTGAGGGCATCGTACTTCTTCTGAAGTACATGGGTATCAATAAGGTAACCAACTTCC
CTTTCCCTACCCCTCCTGACAGGGCAGCCTTAGTGGAAGCCGAACAATGCTTGAAATCTCTTTCAGCACTGGATCAAGCTACAGGAATGCTTATGCCAATTGGAGAAGCAATGGCATTATATCCTATCAGTCCTCGTCATTCTCGTATGCTTTTAACTGTTTTTGAGACAGTAAGAAACTTGGAGGATTGGAAAGGAGCA
AACTTGGTTTTAGCATTTGCCATAGCCATTGCTGCAGCATTGAGTATGGATAATCCGTTTCTCACACAATTTAGCTCAAATGCAGTACATGGCAGACAGGAAAATGATATGGGAGCCAATGCTCTCAATGTGAAAGGCACTGAAGAACAAGAATATCTGCAAATAAAGAAGCAACGTGAAATGGCTAATGCTGCCCATAA
GATGTTTGAAAATGTGAGCAGTGATGCATTAACAGTTGCAAATGCACTCCGTTCATTTGAGCTTGCAAGTAATCGAGGGGAGTTTTGTAAGAGTAATTCCTTACATCTTAAAACAATGGACGAAATGTCAAAGCTTCGAAAGCAGCTGCTTCAACTCATCTTTAACCAGAAAATGGAGAAAAAACTAAACCAGCATTTCA
CTTGGACTTTTGGAAATTTAGCAGATGTAGAGCTTGCTTGGAGGGAGTCTATTGACAAACCTCTTACATCAACTCAAGAAGATATACTGGGACAGGCAATCTGTGCAGGTTGGGCTGACAGAGTTGCACGGCGTCTAAGATCCCATATGAGGATAAAAGCATTACCAGAAGGGCAAAGGCCTAAGGCAGTCAGATATCAA
GCCTGTCCAATTGAAGAAAATGTATTTCTGCATCCTACATCTTCTGTTGCCAGACTGGCACCTGAGTTTGTTGTTTATAATGAACTTATTCAAACTTCAAGACCATACATGCGTGGTGTGACAAGTGTGAAGGCAACTTGGCTTGTCTTACATGCAAGGGCTCTCTGCACATTTTCTAGGCCACTTGCAGATCCTCAACC
TTACTATGACTGTTTATTGGATGAGGTATTTTGCTGGGTTTCTCCTACATTTGGGCCACATTTATGGGAACTTCCTCTGGACAGATCTCCTATGAAGAGTGGGAATCACCGGACAGCAGTGTTTGCTTGTGCACTTCTTCAAGGAAAAGTTCTACCATGCTTGAAGCAGGTGGTGAATTTTCTGGCAGCTGATCCTTTAA
TGGTGCTAAAACCTGAGGCTGCAGCACACAAACGTGTCAGTAACATCCTTCACAGATTGAGTGTAGGGCTTGTTGATAGCCGTATAAAACTTAATTCTGTTTGGGATGCTGATCCAAAGTTCTTGTATTTCGAAATATTATCATGGTTGCAGAGTAAATTTCATTGGAAGTTTGAAGAAATTTGGCAGCAAATGAAGCAC
GAAGCCCAGTTGGACTGTAAACAACTATTTCCAAAGAAACATAAGAAATGCAAGAGTGTAAAGCATAAGCTGAGGCAATGACCTATGAAAGTTGGTTAGCTTTAAGCTTCGGAATTGTTCAGCATTTATTCATCTGTATGATAAAAATCAGACTTGTGTTCCACAACAGTCACAAAACACTGAAAACAACATGATCCATA
GAAATGGCTTTGCATATTGCTCTCACTCTACTTCCCTAGGGACAAATATGAGGAGGAAATATCATTATTGAAACTTCCTGCAGATGTTGGAGATGAAAATGGAGA
>TRINITY_DN45738_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTCATGGTTGCCAGGTTTCTGAAGAGGAGAGTGGAAAGTTAGATGCACAAACCAGTGGCACTTCAAAGGATTTTGAATGCGCTCCTTTAGGCACTAAATTTGTAGTTCATGTTTCAAGACCACCAGATGTTGAAGAAAGCAGAAAAAATCTTCCGATAATTATGATGGAGCAGGAGATTATGGAGGCCGTCAGTCATCAT
TCAGTAGTGATTATATGTGGGGAGACTGGATGCGGCAAGACTACTCAAGTTCCACAGTTTCTATTTGAAGCTGGATTTGGTTCAAGGAAGGGCAGAGAAAGAGCAGCAAACATAGGTGTCACTCAGCCTCGCCGGGTTGCAGTCCTTGCCACCACGAAAAGAGTGGCTTATGAAATGTCATTTCAGTTGGGGAAGGAAGT
TGGATTTCAGGTGCGGCATGATCGAAGAATAGGAGAGAACAGCTCCCTAAAATTTATGACGGATGGTATTTTGCTTCGTGAAGTGCAGTCGGATTTTTTGCTAAGGCGCTACTCAGTTATTGTACTAGATGAAGCTCATGAAAGGAGTTTGAATACAGACATTCTCATCGGATTGCTTTCAAGGATCGTACCTCTACGTC
AGAGTCTATATGATGAACAGCAGAGAAAAATATTGCATGGAGAAACAATCAGTCCCGAACATGTTGTTACACCATTAAAACTTGTTCTGATGAGTGCAACTTTGAGGATTGAAGATTTTGTTTCAAACAGGAAGTTATTTCCTACAAGTCCACCTGTAGTGGAAGTGGCTACAAGACAGTTTCCTGTCACCATTCATTTC
TCTGCAAAGACAGAACTGGTAGATTACTTGGGGAAGGCTCACAAAAAGGTCTTAGCTATTCACAAGAAGTTGCCACCTGGTGGCATACTCGTATTTGTTACAGGACAAAGGGAGGTGGAATTCTTATGTAGACAGTTGAGGAAAGCCTTTGTGAAAAGAAGCGAAAACAATGATAAAATACAAGGTATTTCTCCAAAAAA
AAAGGGTACTGTAGATATAAATTATGTTGCAAATGAACCCAATCTTGAGGGTATTGCACAAGCTGTGGATGGCACAGATGATAATGGGCAACACAAAGATGAAACTGACAGGTTTAACTCATTTGATGATGAGGGGTTTGAAGTTCTTTCAGAGGCAAACTCAGTCTCCTCTGATGCTGAATTTGATTCAGATTCGGATA
TTGAAGAAGAGTGTCTTGACAGTGTTGGTGATAATACTCTGCAACAGAATAACTTGCTAAAAGATCCAGGGTGCCTGGAATCACTTAAGGCTGCTTTTGAAGCTCTAAATAGCGATAACAATTCTGGAAAACTTAATATAAATTCAGGTGAACAAATGGCTGCAAATGTTGATAATGAAAAGCAGATAGACGAAAACAGT
GATACAAGATTGAGAGAGCCAGGTCCTCTGTACGTTTTGCCTCTGTATGCAATGTTGCCTGCAGCAGCACAATTACGTGTATTTGCTGGAGTACCAGAGGGAGAAAGGCTTGTTGTTGTGGCTACAAATGTTGCAGAAACTTCCTTAACAATCCCTGGCATTAAGTATGTTGTTGACTGTGGTCGAGCAAAGGTCAAAGA
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TTCTGAAGTACATGGGTATCAATAAGGTAACCAACTTCCCTTTCCCTACCCCTCCTGACAGGGCAGCCTTAGTGGAAGCCGAACAATGCTTGAAATCTCTTTCAGCACTGGATCAAGCTACAGGAATGCTTATGCCAATTGGAGAAGCAATGGCATTATATCCTATCAGTCCTCGTCATTCTCGTATGCTTTTAACTGTT
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