sp|F4I1G5|CRIM2_ARATH ----> Cold-regulated 413 inner membrane protein 2, chloroplastic

Intron 1 GTATATCAAA ... TGCTGATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25	6	1	3
A2	36	16	6	12
A3	0	4	0	0
A4	20	4	0	2
A5	-1	0	0	0
A6	20	20	1	9
A7	22.03	23	9	4
A8	5.88	8	1	0
A9	28.57	10	2	6
A10	33.33	8	3	5

>TRINITY_DN44819_c0_g1_i4 from sample A10 / Example spliced isoform

CTGGGACTCAACTCCATCGATCCCAGGATTTTGCTCGCTTCAGCGTCCCATTTTCTCTCTACTTCTTCTGCTTCAAGCCATTAATTCCTCAAATCATTGGTTACTAACTCTTTCGCAGGATCCTCTGTCATATAAATTTTGTGCAATATTGGTCAAAATGATGAGCATGGCAATAATGTATGGGGGAAGCGCGTCTGCGG
TGAATCCAAGGCCTTCGCTCTGCAAGGTTAATTCTTCTCTTGAACCCATTAGGAGGATTCGAAAGCAGTCACAGAAGATGACCAGTAATGCCCGTTTTACAACCCCTCCTATCTCTCTCAGATCCACTTCCTCATCCTTCATGAACTCGGGTTTACTGAGATTGGAAGTGAACAAGTTCACTCACAATATTGCAAGAAGC
AGCCATGGCGGTGCTCTCTCCACTGAATGCTCAGTTGCGCTCTCAACAGAAGCTTTGCGTTGGCTGTTCGGCGTTGCAGCCGTGGTTTTGATGTTATCAAAGCACACTGCCATGGACAAATCTTTTCTTGTCCCACTCTTGGCCTTAGAGGCACCCGGGGATGTCATTTCTTGGATCAGAGGTGATTATGGTTTGTGGAC
TGCCTTTTTGGTCTTCCTTGTTCGACTATTTTACTACATTCCAGGGGAATTGGAATTGCCATTTTTATTTGTGTTACTGGTGATTATTGCTCCTTATCAAGCCACGAACCTGAGAGGAACCCAAGCTGGCATGGTTATTTCCATAGCTGCTTCTGCATACTTGATCTATCAACACTTGACCAGGACAGGGGGGCTGAAAA
AGGCTTTTGATCAGGGGGTTGTTGTGCCCACCATTGCTGCTGCGTGCCTTATCATTGTACCGTGCGTGTTCCTCATTAAAGGGTTTATATTTTAATTTAACTAGGTTTCCTGCCTAAAACAGTGCCATCTCTGTAAAGCCATCTTGTTTCCCTTAAAATTTTCTCATTACTGTAGTGGAAAGTAGTTCATGTAAAACAGT
GCTATCTCTGTAAAGCCATCTTGGTTACCTTCTTAAAATTTTATCATTACTGTAGTGGAAAGTAGTACATGTAAGGTGGTGTGATGTAATAAAGTAAGATCTGACATATAAATAAGTATAAGCCCAACCAGTTGCATTGACTCCTTGGGAGCCGTAGCTGCATTTTTTGTGGCATGCCAATATATGTTAATTTGGACTGC
ATGAGAGATTGGTTGGGAAAATTAGATCGGCTCTTTCTAGACATGAAGAGGGTAGCTGGCTGGTTTGTTGGAAGCACTATTTTAGTCCATGGAGACGGAGAATTGTATGAATAATGTTTTAGGAAATACAAGGTTTTCTTCAGTTATCAAACCATGCCTCTTGTTCAAAATTGCAGATAGCAAACATGCAAAGGCATAAT
GCATTGATATTGCTCTACTTTAAAAAAACAAAGGATCCTATATTATGAGAGTATGCTGAGTTGGAGA

>TRINITY_DN44819_c0_g1_i7 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CTGGGACTCAACTCCATCGATCCCAGGATTTTGCTCGCTTCAGCGTCCCATTTTCTCTCTACTTCTTCTGCTTCAAGCCATTAATTCCTCAAATCATTGGTTACTAACTCTTTCGCAGgtatatcaaacattcccattcagatgagctcaacaatccaggcctgaaatcggtgttgttagtgtgatttatgtgtctcctc
cttccgatattatatgcatttccctcaatagttgaatcgaatccgttttgaaactttactttgctgatcagGATCCTCTGTCATATAAATTTTGTGCAATATTGGTCAAAATGATGAGCATGGCAATAATGTATGGGGGAAGCGCGTCTGCGGTGAATCCAAGGCCTTCGCTCTGCAAGGTTAATTCTTCTCTTGAACCC
ATTAGGAGGATTCGAAAGCAGTCACAGAAGATGACCAGTAATGCCCGTTTTACAACCCCTCCTATCTCTCTCAGATCCACTTCCTCATCCTTCATGAACTCGGGTTTACTGAGATTGGAAGTGAACAAGTTCACTCACAATATTGCAAGAAGCAGCCATGGCGGTGCTCTCTCCACTGAATGCTCAGTTGCGCTCTCAAC
AGAAGCTTTGCGTTGGCTGTTCGGCGTTGCAGCCGTGGTTTTGATGTTATCAAAGCACACTGCCATGGACAAATCTTTTCTTGTCCCACTCTTGGCCTTAGAGGCACCCGGGGATGTCATTTCTTGGATCAGAGGTGATTATGGTTTGTGGACTGCCTTTTTGGTCTTCCTTGTTCGACTATTTTACTACATTCCAGGGG
AATTGGAATTGCCATTTTTATTTGTGTTACTGGTGATTATTGCTCCTTATCAAGCCACGAACCTGAGAGGAACCCAAGCTGGCATGGTTATTTCCATAGCTGCTTCTGCATACTTGATCTATCAACACTTGACCAGGACAGGGGGGCTGAAAAAGGCTTTTGATCAGGGGGTTGTTGTGCCCACCATTGCTGCTGCGTGC
CTTATCATTGTACCGTGCGTGTTCCTCATTAAAGGGTTTATATTTTAATTTAACTAGGTTTCCTGCCTAAAACAGTGCCATCTCTGTAAAGCCATCTTGTTTCCCTTAAAATTTTCTCATTACTGTAGTGGAAAGTAGTTCATGTAAAACAGTGCTATCTCTGTAAAGCCATCTTGGTTACCTTCTTAAAATTTTATCAT
TACTGTAGTGGAAAGTAGTACATGTAAGGTGGTGTGATGTAATAAAGTAAGATCTGACATATAAATAAGTATAAGCCCAACCAGTTGCATTGACTCCTTGGGAGCCGTAGCTGCATTTTTTGTGGCATGCCAATATATGTTAATTTGGACTGCATGAGAGATTGGTTGGGAAAATTAGATCGGCTCTTTCTAGACATGAA
GAGGGTAGCTGGCTGGTTTGTTGGAAGCACTATTTTAGTCCATGGAGACGGAGAATTGTATGAATAATGTTTTAGGAAATACAAGGTTTTCTTCAGTTATCAAACCATGCCTCTTGTTCAAAATTGCAGATAGCAAACATGCAAAGGCATAATGCATTGATATTGCTCTACTTTAAAAAAACAAAGGATCCTATATTATG
AGAGTATGCTGAGTTGGAGA

Intron 2 GTGACCAGAT ... ATTATTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.5	14	2	0
A2	0	2	0	0
A3	0	3	0	0
A4	42.86	4	3	2
A5	0	2	0	0
A6	5.26	18	1	0
A7	4.35	22	1	0
A8	0	16	0	0
A9	0	21	0	0
A10	0	23	0	0

>TRINITY_DN91050_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform

TTAACTTTTATTTTAAACATATAGTGGTTCATAATTTAACTTTTATTCTTGGGACCCAACTAGTTGCTGAAGCAAAATTTGTTTCAATTATGGTGTTACAGGGTTTTGATGTTATCAAAGCACACTGCCATGGACAAATCTTTTCTTGTCCCACTCTTGGCCTTAGAGGCACCCGGGGATGTCATTTCTTGGATCAGAGG
TGATTATGGTTTGTGGACTGCCTTTTTGGTCTTCCTTGTTCGACTATTTTACTACATTCCAGGAGAATTGGAATTGCCATTTTTATTTGTGTTACTGGTGATTATTGCTCCTTATCAAGCCACGAACCTGAGGCAAGTTGTTATTTTCCTTAACAATTGATTGAATAGGTGTTTGTAAATGCAATATGGATGGTAGTTTA
TGGGATATTGTTGATTTGCAGAGGAACCCAAGCTGGCATGGTTATTTCCATAGCTGCTTCTGCATACTTGATCTATCAACACTTGACCAGGACAGGGGGGCTGAAAAAGGCTTTTGATCAGGGGGTTGTTGTGCCCACCATTGCTGCTGCGTGCCTTATCATTGTACCGTGCGTGTTCCTCATTAAAGGGTTTATATTTT
AATTTAACTAGGTTTCCTGCCTAAAACAGTGCCATCTCTGTAAAGCCATCTTGTTTCCCTTAAAATTTTCTCATTACTGTAGTGGAAAGTAGTTCATG

>TRINITY_DN91050_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TTAACTTTTATTTTAAACATATAGTGGTTCATAATTTAACTTTTATTCTTGGGACCCAACTAGTTGCTGAAGCAAAATTTGTTTCAATTATGGTGTTACAGGGTTTTGATGTTATCAAAGCACACTGCCATGGACAAATCTTTTCTTGTCCCACTCTTGGCCTTAGAGGCACCCGGGGATGTCATTTCTTGGATCAGgtg
accagatcattccagttgcaaaattatacagacttcactgaagtgaactgagactttaaacttgatcccaaaatttgttttgtttcctgacattgtatttgtttgtccacattattatagAGGTGATTATGGTTTGTGGACTGCCTTTTTGGTCTTCCTTGTTCGACTATTTTACTACATTCCAGGTGAGTCACAAGAAC
TCAAATACCATTTTATTTCATTTTACTTACTTGTCATTCTTTCCTGCACAGTATATTCAATTGCATGGCAAAACATTTTAGTGTTTTGATGACCTTAATTTGTTTGGATCAGGAGAATTGGAATTGCCATTTTTATTTGTGTTACTGGTGATTATTGCTCCTTATCAAGCCACGAACCTGAGAGGAACCCAAGCTGGCAT
GGTTATTTCCATAGCTGCTTCTGCATACTTGATCTATCAACACTTGACCAGGACAGGGGGGCTGAAAAAGGCTTTTGATCAGGGGGTTGTTGTGCCCACCATTGCTGCTGCGTGCCTTATCATTGTACCGTGCGTGTTCCTCATTAAAGGGTTTATATTTTAATTTAACTAGGTTTCCTGCCTAAAACAGTGCCATCTCT
GTAAAGCCATCTTGTTTCCCTTAAAATTTTCTCATTACTGTAGTGGAAAGTAGTTCATG

Intron 3 GCAAGTTGTT ... TGATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	41.43	11.4	2.7	8
A2	38.92	7.9	0.4	5
A3	17.15	9.7	1.3	2
A4	75.63	4	11.7	12.4
A5	0	3	0	0
A6	16.56	36	5.1	7
A7	0	29.9	6	0
A8	32.83	28.9	3.4	14
A9	24.02	33.4	7	10.4
A10	10.63	44.4	9.9	5

>TRINITY_DN112605_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

CTCAACTCCATCGATCCCAGGATTTTGCTCGCTTCAGCGTCCCATTTTCTCTCTACTTCTTCTGCTTCAAGCCATTAATTCCTCAAATCATTGGTTACCAACTCTTTCGCAGTCAAAATGATGAGCATGGCAATAATGTATGGGGGAAGCGCGTCTGCGGTGAATCCAAGGCCTTCGCTCTGCAAGGTTAATTCTTCTCT
TGAACCCATTAGGAGGATTCGAAAGCAGTCACAGAAGATGACCAGTAATGCCCGTTTTACAACCCCTCCTAGCTCTCTCAGATCCACTTCCTCATCCTTCATGAACTCGGGTTTACTGAGATTGGAAGTGAACAAGTTCACTCACAATATTGCAAGAAGCAGCCATGGCGGTGCTCTCTCCACTGAATGCTCAGTTGCGC
TCTCAACAGAAGCTTTGCGTTGGCTGTTCGGCGTTGCAGCCGTGGTTTTGATGTTATCAAAGCACACTGCCATGGACAAATCTTTTCTTGTCCCACTCTTGGCCTTAGAGGCACCCGGGGATGTCATTTCTTGGATCAGAGGTGATTATGGTTTGTGGACTGCCTTTTTGGTCTTCCTTGTTCGACTATTTTACTACATT
CCAGGAGAATTGGAATTGCCATTTTTATTTGTGTTACTGGTGATTATTGCTCCTTATCAAGCCACGAACCTGAGAGGAACCCAAGCTGGCATGGTTATTTCCATAGCTGCTTCTGCATACTTGATCTATCAACACTTGACCAGGACAGGGGGGCTGAAAAAGGCTTTTGATCAGGGGGTTGTTGTGCCCACCATTGCTGC
TGCGTGCCTTATCATTGTACCGTGCGTGTTCCTCATTAAAGGGTTTATATTTTAATTTAACTAGGTTTCCTGCCTAAAACAGTGCCATCTCTGTAAAGCCATCTTGGTTCCCTTAAAATTTTCTCTTTACTGTAGTGGAAAGTAGTACATGTAAAACAGTGCTATCTATGTAAAGCCATCTTGGTTACCTTCTTAAAATT
TTATCATTACTGTAGTGGAAAGTAGTACATGTAAGGTGGTGTGATGTAATAAAGTAAGATCTGACATATAAATAAGTATAAGCCCAACCAGTTGCATTGACTCCTTGGGAGCCGTAGCTGCATTTTTTGTGGCATGCCAATATATGTTAATTTGGACTGCATGAGAGATTGGTTGGGAAAACTAGATCGGCTCTTTCTAG
ACATGAAGAGGGTAGCTGGCTGGTTTGTTGGAAGCACTATTTTAGTCCATGGAGACGGAGA

>TRINITY_DN112605_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGGTGATTATGGTTTGTGGACTGCCTTTTTGGTCTTCCTTGTTCGACTATTTTACTACATTCCAGGAGAATTGGAATTGCCATTTTTATTTGTGTTACTGGTGATTATTGCTCCTTATCAAGCCACGAACCTGAGgcaagttgttattttccttaacaattgattgaataggtgtttgtaaatgcaatatggatggtagt
ttatgggatattgttgatttgcagAGGAACCCAAGCTGGCATGGTTATTTCCATAGCTGCTTCTGCATACTTGATCTATCAACACTTGACCAGGACAGGGGGGCTGAAAAAGGCTTTTGATCAGGGGGTTGTTGTGCCCACCATTGCTGCTGCGTGCCTTATCATTGTACCGTGCGTGTTCCTCATTAAAGGGTTTATAT
TTTAATTTAACTAGGTTTCCTGCCTAAAACAGTGCCATCTCTGTAAAGCCATCTTGTTTCCCTTAAAATTTTCTCATTACTGTAGTGGAAAGTAGTTCATGTAAAACAGTGCTATCTCTGTAAAGCCATCTTGGTTACCTTCTTAAAATTTTATCATTACTGTAGTGGAAAGTAGTACATGTAAGGTGGTGTGATGTAAT
AAAGTAAGATCTGACATATAAATAAGTATAAGCCCAACCAGTTGCATTGACTCCTTGGGAGCCGTAGCTGCATTTTTTGTGGCATGCCAATATATGTTAATTTGGACTGCATGAGAGATTGGTTGGGAAAACTAGATCGGCTCTTTCTAGACATGAAGAGGGTAGCTGGCTGGTTTGTTGGAAGCACTATTTTAGTCCAT
GGAGACGGAGA