sp|F6HDM2|NNRD_VITVI ----> ATP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase

Intron 1 GTAGGTAGTG ... ATTTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.03	20	17	1
A2	36.84	12	9	5
A3	35.29	11	10	2
A4	33.33	10	6	4
A5	0	1	0	0
A6	34.62	85	48	42
A7	28.57	95	42	34
A8	32.11	130	73	50
A9	30	63	36	18
A10	31.03	30	22	5

>TRINITY_DN41170_c0_g3_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

TGGAAAGCAACTCAGCCTTCAATATCAAATATTTTCCACGTGGCAATGGGAACTCAATTGTAAAGAAAACGAGTAAAGGTTCGGAGGTCACATATATCGCATTATTAGATGCTCTGGAGTTTGAGTTTGAGGATGGTGTTTCCGCTACTGCAGGGATTGAACAGAACAGTTTTTTCTCAGGTGGGCGTGCAGTCTTTTCT
GTTGAGGAAAGATAGCTGTTATTGGTGGTTGCCGTGAGTACACTGGGGCACCATATTTTGCAGCTATATCAGCCTTGAAAATAGGTGCAGATTTATCTCATGTTTTCTGTACTCAAGATGCATCAACAGTTATTAAGAGCTACAGCCCTGAGTTGATTGTGCATCCTGTTCTGGAAGAATCTTACAACATCAAATTTGAT
GAGAAAGAATCTGTCCGCAAGAAAGTGCTTGAAGATGTCAAAAAATGGATTGAACGGTTTGATTGTCTTGTTGTTGGGCCTGGACTTGGCAGGGATCCATTTCTTTTGGAATGCGTGGCAGACATTATACAACTTGCAAGGCAAGGCAACACTCCAATTGTTATTGATGGGGATGGACTATTTCTTGTTACTAACAATCC
TGAGCTGGTGTCTGGTTATCCTCTAGCCATCCTCACACCAAATGTAAATGAACACAAACGCCTAGTTCAAAAGGTGATGGAACAAGATCTGAATCTTGTAGGTGGAAAACAGGGAATAGATGATAAAGATGCTCCACAACAATTGCAAATTCTGGCTGGACGAATGGGAGGACTGACAATCTTGCAAAAGGGAAAAGTAG
ATCTTATCAGTGATGGAAACACAGTTTATGGTGTAAGTATGTTTGGATCTCCTCGTCGGTGTGGTGGTCAAGGTGACATCCTTTCAGGCAGTGTTGCAGTATTCTCGTCATGGGCTAGACAGGGAAGAGCATCTAACAAAGATGATAAGAAGTTCAGGTTTTCATCAAATCCAGTAATTTTGGGAGCTATTGCTGGTTCT
GTACTCATGAGGAAGGCAGCATCTCTAGCCTTTGAACAACACAAGCGTAGCACTGTTACAACAAATATCATAGAGGTGCTCGGAAATAGTATGGAGGATATTTGCCCAGTCCAGTGATAATGTCTATATGATGCCTCTTAACATGGCAGTTTCTTTAGGTTGTGGGGTTTTTCAGGATTCTGTGGAAACTATTGGCCCCT
GTAAGTATTTTTTAAATGTCAGAAGTTTGGCAGTCCAATTTTTATATGCTGCGTTTTATGATTTACCTGTATAGCTAGTTTGGCTAACAACCTATATAATAAAAGCTCAATTGACTTCCTTTGAGGATTAACACATGGTGGGTTAGACTTTGGACCTTTTGCTTGTCGTATGGAATAGATTTGAAAGCTTGATACACTAC
ATAAAGCACAATACTTATTCATTCTAAATTGGGAGATTCAAAGATAAATGTGAAGATAGATTTTACATGCTCATTTGGCAGTTCCTATCTGTTAAATCTGATTTCTTTGCATCATACACTAAGTACAAGGTTGCGATAAACTTTTAATGATATCTATGATACTGAGCATATGCCTATGATGGGATTTTGTTCCACATTAA
TACTCTGATTGTCCTTTGTTATAGAAAATGTTTTTCTTTGTCCAA

>TRINITY_DN41170_c0_g3_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGGAAAGCAACTCAGCCTTCAATATCAAATATTTTCCACGTGGCAATGGGAACTCAATTGTAAAGAAAACGAGTAAAGGTTCGGAGGTCACATATATCGCATTATTAGATGCTCTGGAGTTTGAGTTTGAGGATGGTGTTTCCGCTACTGCAGGGATTGAACAGAACAGTTTTTTCTCAGGTGGGCGTGCAGTCTTTTCT
GTTGAGCTGTTTGCAGGTCAGAGAAAAGCCCACTGCAGTGTTCTTACAATATTTGTAATCACGCCATAAGTCGTCATTGCACACATTACCAGTTTCTTCATTGTATACCCTACTCGAGCACTATACTCAGAAGGCAACGACTTATAATCAGCTGTGTTCAGCAAACATCAGGGAGTATTCGGGGACAAGCATCTGAATCA
AAATTTCTCATGGAGAGTCTTTCACAGGCTGATGCCTATCAAATAATAAATGCAATAACTCCACCGCTTGATCCAGGTCGTCACAAGGGTCAAGCAGGAAAGATAGCTGTTATTGGTGGTTGCCGTGAGTACACTGGGGCACCATATTTTGCAGCTATATCAGCCTTGAAAATAGGTGCAGATTTATCTCATGTTTTCTG
TACTCAAGATGCATCAACAGTTATTAAGAGCTACAGCCCTGAGTTGATTGTGCATCCTGTTCTGGAAGAATCTTACAACATCAAATTTGATGAGAAAGAATCTGTCCGCAAGAAAGTGCTTGAAGATGTCAAAAAATGGATTGAACGGTTTGATTGTCTTGTTGTTGGGCCTGGACTTGGCAGGGATCCATTTCTTTTGG
AATGCGTGGCAGACATTATACAACTTGCAAGGCAAGGCAACACTCCAATTGTTATTGATGGGGATGGACTATTTCTTGTTACTAACAATCCTGAGCTGGTGTCTGGTTATCCTCTAGCCATCCTCACACCAAATGTAAATGAACACAAACGCCTAGTTCAAAAGGTGATGGAACAAGATCTGAATCTTGTAGGTGGAAAA
CAGGGAATAGATGATAAAGATGCTCCACAACAATTGCAAATTCTGGCTGGACGAATGGGAGGACTGACAATCTTGCAAAAGGGAAAAGTAGATCTTATCAGTGATGGAAACACAGTTTATGGTGTAAGTATGTTTGGATCTCCTCGTCGGTGTGGTGGTCAAGGTGACATCCTTTCAGGCAGTGTTGCAGTATTCTCGTC
ATGGGCTAGACAGGGAAGAGCATCTAACAAAGATGATAAGAAGTTCAGGTTTTCATCAAATCCAGTAATTTTGGGAGCTATTGCTGGTTCTGTACTCATGAGGAAGGCAGCATCTCTAGCCTTTGAACAACACAAGCGTAGCACTGTTACAACAAATATCATAGAGGTGCTCGGAAATAGgtaggtagtgtcagtgtcct
tttcagtcttctagtcccaaccagaggaattgtattgttctccatgtggtatgatcatttaagccagacaaacaaaattaagaaaagaaagatcaaagatgtcttattttttttatccactcccattttatcatccaaatgaaagcatataactatattttgtcttcggacaaggagttcatatgctatatgactgaatg
aaatatttgtattaggtcagtggctcttggggtctacaatgagccatattgtaggatgtaatgaatgcaacagattaatctgcattcatggtgaaattgcaacagttgatcccaaggtgcattagctgttttgcaggtagcttggcaatttaccctattgctttatttgaggtacatgaagcatatgagtgtcaaaattc
tcactttacatcaacaggaattgttatctgtaggaaccacatgttctctgcatctacttcgctatgtgttttaacttttatcctattcagcctcttgctctttttctcttctttgtcatgttccttctgcctggacgacgctcatatcatgctggttaagaatgatatctatccttccccttacggtcatcctggctttc
atcttttctctattctcttcttaatcgtcctcttaatgcaacccaattgaattttgcatgttggtcttgataaaggaattggtttcaaaacctatataaatgtaaatgagttaattacatagtattcaagaaactgtttacatagatatgcatctcgttctggaatctgacttgtgattatttgcagggaaagaataaga
gaaacaaaagtttaattgccaagaatttgccatgatggttatttgtcaaggctttgccatgatctaacaagtttgagcttggattgtatttgtgcagTATGGAGGATATTTGCCCAGTCCAGTGATAATGTCTATATGATGCCTCTTAACATGGCAGTTTCTTTAGGTTGTGGGGTTTTTCAGGATTCTGTGGAAACTAT
TGGCCCCTGTAAGTATTTTTTAAATGTCAGAAGTTTGGCAGTCCAATTTTTATATGCTGCGTTTTATGATTTACCTGTATAGCTAGTTTGGCTAACAACCTATATAATAAAAGCTCAATTGACTTCCTTTGAGGATTAACACATGGTGGGTTAGACTTTGGACCTTTTGCTTGTCGTATGGAATAGATTTGAAAGCTTGA
TACACTACATAAAGCACAATACTTATTCATTCTAAATTGGGAGATTCAAAGATAAATGTGAAGATAGATTTTACATGCTCATTTGGCAGTTCCTATCTGTTAAATCTGATTTCTTTGCATCATACACTAAGTACAAGGTTGCGATAAACTTTTAATGATATCTATGATACTGAGCATATGCCTATGATGGGATTTTGTTC
CACATTAATACTCTGATTGTCCTTTGTTATAGAAAATGTTTTTCTTTGTCCAA

Intron 2 GTCAGAGAAA ... GGTCAAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	88.43	5.7	42	22.7
A2	95.09	1.6	31	9.9
A3	92.77	4	51	16.8
A4	85.73	5.8	34	27.8
A5	97.42	1	34	5
A6	90.3	9.1	85	41.8
A7	95.6	6.5	139	45.4
A8	76.61	16.4	52	37.3
A9	91.71	12.7	139	40.5
A10	91.05	12.6	127	32.4

>TRINITY_DN37694_c0_g1_i13 from sample A6 / Example spliced isoform

CTCTGGAGTTTGAGTGTGAGGATGGTGTTTCCGCTACTGCAGGGATTGAACAGAACAGTTTTTTCTCAGGTGGGCGTGCAGTCTTTTCTGTTGAGGAAAGATAGCTGTTATTGGTGGTTGCCGTGAGTACACTGGGGCACCATATTTTGCAGCTATATCAGCCTTGAAAATAGGTGCAGATTTATCTCATGTTTTCTGTA
CTCAAGATGCATCAACAGTTATTAAGAGCTACAGCCCTGAGTTGATTGTGCATCCTGTTCTGGAAGAATCTTACAACATCAAGAATGCGTGGCAGACATTATACAACTTGCAAGGCAAGGCAACACTCCAATTGTTATTGATGGGGATGGACTATTTCTTGTTACTAACAATCCTGAGCTGGTGTCTGGTTATCCTCTAG
CCATCCTCACACCAAATGTAAATGAACACAAACGCCTAGTTCAAAAGGTGATGGAACAAGATCTGAATCTTGTAGGTGGAAAACAGGGAATAGATGATAAAGATGCTCCACAACAATTGCAAATTCTGGCTGGACGAATGGGAGGACTGACAATCTTGCAAAAGGGAAAAGTAGATCTTATCAGTGATGGAAACACAGTT
TATGGTGTAAGTATGTTTGGATCTCCTCGTCGGTGTGGTGGTCAAGGTGACATCCTTTCAGGCAGTGTTGCAGTATTCTCGTCATGGGCTAGACAGGGAAGAGCATCTAACAAAGATGATAAGAAGTTCAGGTTTTCATCAAATCCAGTAATTTTGGGAGCTATTGCTGGTTCTGTACTCATGAGGAAGGCAGCATCTCT
AGCCTTTGAACAACACAAGCGTAGCACTGTTACAACAAATATCATAGAGGTGCTCGGAAATAGTATGGAGGATATTTGCCCAGTCCAGTGATAATGTCTATATGATGCCTCTTAACATGGCAGTTTCTTTAGGTTGTGGGGTTTTTCAGGATTCTGTGGAAACTATTGGCCCCTGTAAGTATTTTTTAAATGTCAGAAGT
TTGGCAGTCCAATTTTTATATGCTGCGTTTTATGATTTACCTGTATAGCTAGTTTGGCTAACAACCTATATAATAAAAGCTCAATTGACTTCCTTTGAGGATTAACACATGGTGGGTTAGACTTTGGACCTTTTGCTTGTCGTATGGAATAGATTTGAAAGCTTGATACACTACATAAAGCACAATACTTATTCATTCTA
AATTGGGAGATTCAAAGATAAATGTGAAGATAGATTTTACATGCT

>TRINITY_DN37694_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTCTGGAGTTTGAGTGTGAGGATGGTGTTTCCGCTACTGCAGGGATTGAACAGAACAGTTTTTTCTCAGGTGGGCGTGCAGTCTTTTCTGTTGAGgtcagagaaaagcccactgcagtgttcttacaatatttgtaatcacgccataagtcgtcattgcacacattaccagtttcttcattgtataccctactcgagcac
tatactcagaaggcaacgacttataatcagctgtgttcagcaaacatcagggagtattcggggacaagcatctgaatcaaaatttctcatggagagtctttcacaggctgatgcctatcaaataataaatgcaataactccaccgcttgatccaggtcgtcacaagggtcaagcagGAAAGATAGCTGTTATTGGTGGTT
GCCGTGAGTACACTGGGGCACCATATTTTGCAGCTATATCAGCCTTGAAAATAGGTGCAGATTTATCTCATGTTTTCTGTACTCAAGATGCATCAACAGTTATTAAGAGCTACAGCCCTGAGTTGATTGTGCATCCTGTTCTGGAAGAATCTTACAACATCAAATTTGATGAGAAAGAATCTGTCCGCAAGAAAGTGCTT
GAAGATGTCAAAAAATGGATTGAACGGTTTGATTGTCTTGTTGTTGGGCCTGGACTTGGCAGGGATCCATTTCTTTTGGAATGCGTGGCAGACATTATACAACTTGCAAGGCAAGGCAACACTCCAATTGTTATTGATGGGGATGGACTATTTCTTGTTACTAACAATCCTGAGCTGGTGTCTGGTTATCCTCTAGCCAT
CCTCACACCAAATGTAAATGAACACAAACGCCTAGTTCAAAAGGTGATGGAACAAGATCTGAATCTTGTAGGTGGAAAACAGGGAATAGATGATAAAGATGCTCCACAACAATTGCAAATTCTGGCTGGACGAATGGGAGGACTGACAATCTTGCAAAAGGGAAAAGTAGATCTTATCAGTGATGGAAACACAGTTTATG
GTGTAAGTATGTTTGGATCTCCTCGTCGGTGTGGTGGTCAAGGTGACATCCTTTCAGGCAGTGTTGCAGTATTCTCGTCATGGGCTAGACAGGGAAGAGCATCTAACAAAGATGATAAGAAGTTCAGGTTTTCATCAAATCCAGTAATTTTGGGAGCTATTGCTGGTTCTGTACTCATGAGGAAGGCAGCATCTCTAGCC
TTTGAACAACACAAGCGTAGCACTGTTACAACAAATATCATAGAGGTGCTCGGAAATAGTATGGAGGATATTTGCCCAGTCCAGTGATAATGTCTATATGATGCCTCTTAACATGGCAGTTTCTTTAGGTTGTGGGGTTTTTCAGGATTCTGTGGAAACTATTGGCCCCTGTAAGTATTTTTTAAATGTCAGAAGTTTGG
CAGTCCAATTTTTATATGCTGCGTTTTATGATTTACCTGTATAGCTAGTTTGGCTAACAACCTATATAATAAAAGCTCAATTGACTTCCTTTGAGGATTAACACATGGTGGGTTAGACTTTGGACCTTTTGCTTGTCGTATGGAATAGATTTGAAAGCTTGATACACTACATAAAGCACAATACTTATTCATTCTAAATT
GGGAGATTCAAAGATAAATGTGAAGATAGATTTTACATGCT

Intron 3 GTCAGTGGCT ... TGTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.78	14	14	3
A2	36.36	7	7	1
A3	44.44	5	4	4
A4	33.33	2	2	0
A5	50	1	0	2
A6	38.57	43	41	13
A7	40.35	34	36	10
A8	40.7	59	58	23
A9	41.18	20	22	6
A10	46.67	12	14	7

>TRINITY_DN41815_c0_g1_i8 from sample A9 / Example spliced isoform

GGAAAGCAACTCAGCCTTCAATATCAAATATTTTCCACGTGGCAATGGGAACTCAATTGTAAAGAAAACGAGTAAAGGTTCGGAGGTCACATATATCGCATTATTAGATGCTCTGGAGTTTGAGTGTGAGGATGGTGTTTCCGCTACTGCAGGGATTGAACAGAACAGTTTTTTCTCAGGTGGGCGTGCAGTCTTTTCTG
TTGAGGTCAGAGAAAAGCCCACTGCAGTGTTCTTACAATATTTGTAATCACGCCATAAGTCGTCATTGCACACATTACCAGTTTCTTCATTGTATACCCTACTCGAGCACTATACTCAGAAGGCAACGACTTATAATCAGCTGTGTTCAGCAAACATCAGGGAGTATTCGGGGACAAGCATCTGAATCAAAATTTCTCAT
GGAGAGTCTTTCACAGGCTGATGCCTATCAAATAATAAATGCAATAACTCCACCGCTTGATCCAGGTCGTCACAAGGGTCAAGCAGGAAAGATAGCTGTTATTGGTGGTTGCCGTGAGTACACTGGGGCACCATATTTTGCAGCTATATCAGCCTTGAAAATAGGTGCAGATTTATCTCATGTTTTCTGTACTCAAGATG
CATCAACAGTTATTAAGAGCTACAGCCCTGAGTTGATTGTGCATCCTGTTCTGGAAGAATCTTACAACATCAAATTTGATGAGAAAGAATCTGTCCGCAAGAAAGTGCTTGAAGATGTCAAAAAATGGATTGAACGGTTTGATTGTCTTGTTGTTGGGCCTGGACTTGGCAGGGATCCATTTCTTTTGGAATGCGTGGCA
GACATTATACAACTTGCAAGGCAAGGCAACACTCCAATTGTTATTGATGGGGATGGACTATTTCTTGTTACTAACAATCCTGAGCTGGTGTCTGGTTATCCTCTAGCCATCCTCACACCAAATGTAAATGAACACAAACGCCTAGTTCAAAAGGTGATGGAACAAGATCTGAATCTTGTAGGTGGAAAACAGGGAATAGA
TGATAAAGATGCTCCACAACAATTGCAAATTCTGGCTGGACGAATGGGAGGACTGACAATCTTGCAAAAGGGAAAAGTAGATCTTATCAGTGATGGAAACACAGTTTATGGTGTAAGTATGTTTGGATCTCCTCGTCGGTGTGGTGGTCAAGGTGACATCCTTTCAGGCAGTGTTGCAGTATTCTCGTCATGGGCTAGAC
AGGGAAGAGCATCTAACAAAGATGATAAGAAGTTCAGGTTTTCATCAAATCCAGTAATTTTGGGAGCTATTGCTGGTTCTGTACTCATGAGGAAGGCAGCATCTCTAGCCTTTGAACAACACAAGCGTAGCACTGTTACAACAAATATCATAGAGGTGCTCGGAAATAGGTAGCTTGGCAATTTACCCTATTGCTTTATT
TGAGGTACATGAAGCATATGAGTGTCAAATTCTCACTTTACATCAACAGGAATTGTTATCTGTAGGAACCACATGTTCTCTGCATCTACTTCGCTATGTGTTTTAACTTTTATCCTATTCAGCCTCTTGCTCTTTTTCTCTTCTTTGTCATGTTCCTTCTGCTTGGACGACACTCATATCATGCTGGTTAAGAATGATAT
CTATCCTTCCCCTTACGGTCATCCTGGCTTTCATCTTTTCTCTATTCTCTTCTTAATCGTCCTCTTAATGCAACCCAATTGAATTTTGCATGTTGGTCTTGATAAAGGAATTGGTTTCAAAACCTATATAAATGTAAATGAGTTAATTACATAGTATTCAAGAAACTGTTTACATAGATATGCATCTCGTTCTGGAATCT
GACTTGTGATTATTTGCAGGGAAAGAATAAGAGAAACAAAAGTTTAATTGCCAAGAATTTGCCATGATGGTTATTTGTCAAGGCTTTGCCATGATCTAACAAGTTTGAGCTTGGATTGTATTTGTGCAGTATGGAGGATATTTGCCCAGTCCAGTGATAATGTCTATATGATGCCTCTTAACATGGCAGTTTCTTTAGGT
TGTGGGGTTTTTCAGGATTCTGTGGAAACTATTGGCCCCTGTAAGTATTTTTTAAATGTCAGAAGTTTGGCAGTCCAATTTTTATATGCTGCGTTTTATGATTTACCTGTATAGCTAGTTTGGCTAACAACCTATATAATAAAAGCTCAATTGACTTCCTTTGAGGATTAACACATGGTGGGTTAGACTTTGGACCTTTT
GCTTGTCGTATGGAATAGATTTGAAAGCTTGATACACTACATAAAGCACAATACTTATTCATTCTAAATTGGGAGATTCAAAGATAAATGTGAAGATAGATTTTACATGCTCATTTGGCAGTTCCTATCTGTTAAATCTGATTTCTTTGCATCATACACTAAGTACAAGGTTGC

>TRINITY_DN41815_c0_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GGAAAGCAACTCAGCCTTCAATATCAAATATTTTCCACGTGGCAATGGGAACTCAATTGTAAAGAAAACGAGTAAAGGTTCGGAGGTCACATATATCGCATTATTAGATGCTCTGGAGTTTGAGTGTGAGGATGGTGTTTCCGCTACTGCAGGGATTGAACAGAACAGTTTTTTCTCAGGTGGGCGTGCAGTCTTTTCTG
TTGAGGTCAGAGAAAAGCCCACTGCAGTGTTCTTACAATATTTGTAATCACGCCATAAGTCGTCATTGCACACATTACCAGTTTCTTCATTGTATACCCTACTCGAGCACTATACTCAGAAGGCAACGACTTATAATCAGCTGTGTTCAGCAAACATCAGGGAGTATTCGGGGACAAGCATCTGAATCAAAATTTCTCAT
GGAGAGTCTTTCACAGGCTGATGCCTATCAAATAATAAATGCAATAACTCCACCGCTTGATCCAGGTCGTCACAAGGGTCAAGCAGGAAAGATAGCTGTTATTGGTGGTTGCCGTGAGTACACTGGGGCACCATATTTTGCAGCTATATCAGCCTTGAAAATAGGTGCAGATTTATCTCATGTTTTCTGTACTCAAGATG
CATCAACAGTTATTAAGAGCTACAGCCCTGAGTTGATTGTGCATCCTGTTCTGGAAGAATCTTACAACATCAAATTTGATGAGAAAGAATCTGTCCGCAAGAAAGTGCTTGAAGATGTCAAAAAATGGATTGAACGGTTTGATTGTCTTGTTGTTGGGCCTGGACTTGGCAGGGATCCATTTCTTTTGGAATGCGTGGCA
GACATTATACAACTTGCAAGGCAAGGCAACACTCCAATTGTTATTGATGGGGATGGACTATTTCTTGTTACTAACAATCCTGAGCTGGTGTCTGGTTATCCTCTAGCCATCCTCACACCAAATGTAAATGAACACAAACGCCTAGTTCAAAAGGTGATGGAACAAGATCTGAATCTTGTAGGTGGAAAACAGGGAATAGA
TGATAAAGATGCTCCACAACAATTGCAAATTCTGGCTGGACGAATGGGAGGACTGACAATCTTGCAAAAGGGAAAAGTAGATCTTATCAGTGATGGAAACACAGTTTATGGTGTAAGTATGTTTGGATCTCCTCGTCGGTGTGGTGGTCAAGGTGACATCCTTTCAGGCAGTGTTGCAGTATTCTCGTCATGGGCTAGAC
AGGGAAGAGCATCTAACAAAGATGATAAGAAGTTCAGGTTTTCATCAAATCCAGTAATTTTGGGAGCTATTGCTGGTTCTGTACTCATGAGGAAGGCAGCATCTCTAGCCTTTGAACAACACAAGCGTAGCACTGTTACAACAAATATCATAGAGGTGCTCGGAAATAGgtcagtggctcttggggtctacaatgagcca
tattgtaggatgtaatgaatgcaacagattaatctgcattcatggtgaaattgcaacagttgatcccaaggtgcattagctgttttgcagGTAGCTTGGCAATTTACCCTATTGCTTTATTTGAGGTACATGAAGCATATGAGTGTCAAATTCTCACTTTACATCAACAGGAATTGTTATCTGTAGGAACCACATGTTCT
CTGCATCTACTTCGCTATGTGTTTTAACTTTTATCCTATTCAGCCTCTTGCTCTTTTTCTCTTCTTTGTCATGTTCCTTCTGCTTGGACGACACTCATATCATGCTGGTTAAGAATGATATCTATCCTTCCCCTTACGGTCATCCTGGCTTTCATCTTTTCTCTATTCTCTTCTTAATCGTCCTCTTAATGCAACCCAAT
TGAATTTTGCATGTTGGTCTTGATAAAGGAATTGGTTTCAAAACCTATATAAATGTAAATGAGTTAATTACATAGTATTCAAGAAACTGTTTACATAGATATGCATCTCGTTCTGGAATCTGACTTGTGATTATTTGCAGGGAAAGAATAAGAGAAACAAAAGTTTAATTGCCAAGAATTTGCCATGATGGTTATTTGTC
AAGGCTTTGCCATGATCTAACAAGTTTGAGCTTGGATTGTATTTGTGCAGT

Intron 4 GTATGGTCTT ... ATTTGATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.15	14	13	3
A2	30.43	16	7	0
A3	32.14	19	9	4
A4	23.53	13	4	0
A5	0	6	0	0
A6	31.37	35	16	0
A7	16.88	64	13	0
A8	15.38	66	12	0
A9	21.27	53.7	14.5	1
A10	15.38	55	10	0

>TRINITY_DN123405_c14_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TTGAATTTCATACTTTCATTTCTATGGGCCCAGCCAAGCTATTTTCTCTTTGTGATTCCTTGCCTGTTTCAACAGGATGGACTATTTCTTGTTACTAACAATCCTGAGCTGGTGTCTGGTTATCCTCTAGCCATCCTCACACCAAATGTAAATGAACACAAACGCCTAGTTCAAAAGGTGATGGAACAAGATCTGAATCT
TGTAGGTGGAAAACAGGGAATAGATGATAAAGATGCTCCACAACAATTGCAAATTCTGGCTGGACGAATGGGAGGACTGACAATCTTGCAAAAGGGAAAAGTAGATCTTATCAGTGATGGAAACACAGTTTATGGTGTAAGTATGTTTGGATCTCCTCGTCGGTGTGGTGGTCAAGGTGACATCCTTTCAGGCAGTGTTG
CAGTATTCTCGTCATGGGCTAGACAGGGAAGAGCATCTAACAAAGATGATAAGAAGTTCAGGTTTTCATCAAATCCAGTAATTTTGGGAGCTATTGCTGGTTCTGTACTCATGAGGAAGGCAGCATCTCTAGCCTTTGAACAACACAAGCGTAGCACTGTTACAACAAATATCATAGAGGTGCTCGGAAATAGTATGGAG
GATATTTGCCCAGTCCAGTGATAATGTCTATATGATGCCTCTTAACATGGCAGTTTCTTTAGGTTGTGGGGTTTTTCAGGATTCTGTGGAAACTATTGGCCCCTGTAAGTATTTTTTAAATGTCAGAAGTTTGGCAGTCCAATTTTTATATGCTGCGTTTTATGATTTACCTGTATAGCTAGTTTGGCTAACAACCTATA
TAATAAAAGCTCAATTGACTTCCTTTGAGGATTAACACATGGTGGGTTAGACTTTGGACCTTTTGCTTGTCGTATGGAATAGATTTGAAAGCTTGATACACTACATAAAGC

>TRINITY_DN123405_c14_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTGAATTTCATACTTTCATTTCTATGGGCCCAGCCAAGCTATTTTCTCTTTGTGATTCCTTGCCTGTTTCAACAGGATGGACTATTTCTTGTTACTAACAATCCTGAGCTGGTGTCTGGTTATCCTCTAGCCATCCTCACACCAAATGTAAATGAACACAAACGCCTAGTTCAAAAGGTGATGGAACAAGATCTGAATCT
TGTAGGTGGAAAACAGGGAATAGATGATAAAGATGCTCCACAACAATTGCAAATTCTGGCTGGACGgtatggtcttcatggacactttgttaaacattcttttcatcacctctcttttacttatgtaggttctctgtcatgatttgattagAATGGGAGGACTGACAATCTTGCAAAAGGGAAAAGTAGATCTTATCAGT
GATGGAAACACAGGTATGAACAATGCTTAGTTGAGGAAACCCACTGAAATGCTTGCTGTCCAAGGTTTGGCCA

Intron 5 GTAGCTTGGC ... ATTTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.27	20	14	1
A2	33.33	12	7	5
A3	24.14	11	5	2
A4	23.08	10	2	4
A5	33.33	1	1	0
A6	33.33	85	43	42
A7	26.53	95	34.6	34
A8	29.54	130	59	50
A9	23.17	63	20	18
A10	22.08	30	12	5

>TRINITY_DN41170_c0_g3_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

TGGAAAGCAACTCAGCCTTCAATATCAAATATTTTCCACGTGGCAATGGGAACTCAATTGTAAAGAAAACGAGTAAAGGTTCGGAGGTCACATATATCGCATTATTAGATGCTCTGGAGTTTGAGTTTGAGGATGGTGTTTCCGCTACTGCAGGGATTGAACAGAACAGTTTTTTCTCAGGTGGGCGTGCAGTCTTTTCT
GTTGAGGAAAGATAGCTGTTATTGGTGGTTGCCGTGAGTACACTGGGGCACCATATTTTGCAGCTATATCAGCCTTGAAAATAGGTGCAGATTTATCTCATGTTTTCTGTACTCAAGATGCATCAACAGTTATTAAGAGCTACAGCCCTGAGTTGATTGTGCATCCTGTTCTGGAAGAATCTTACAACATCAAATTTGAT
GAGAAAGAATCTGTCCGCAAGAAAGTGCTTGAAGATGTCAAAAAATGGATTGAACGGTTTGATTGTCTTGTTGTTGGGCCTGGACTTGGCAGGGATCCATTTCTTTTGGAATGCGTGGCAGACATTATACAACTTGCAAGGCAAGGCAACACTCCAATTGTTATTGATGGGGATGGACTATTTCTTGTTACTAACAATCC
TGAGCTGGTGTCTGGTTATCCTCTAGCCATCCTCACACCAAATGTAAATGAACACAAACGCCTAGTTCAAAAGGTGATGGAACAAGATCTGAATCTTGTAGGTGGAAAACAGGGAATAGATGATAAAGATGCTCCACAACAATTGCAAATTCTGGCTGGACGAATGGGAGGACTGACAATCTTGCAAAAGGGAAAAGTAG
ATCTTATCAGTGATGGAAACACAGTTTATGGTGTAAGTATGTTTGGATCTCCTCGTCGGTGTGGTGGTCAAGGTGACATCCTTTCAGGCAGTGTTGCAGTATTCTCGTCATGGGCTAGACAGGGAAGAGCATCTAACAAAGATGATAAGAAGTTCAGGTTTTCATCAAATCCAGTAATTTTGGGAGCTATTGCTGGTTCT
GTACTCATGAGGAAGGCAGCATCTCTAGCCTTTGAACAACACAAGCGTAGCACTGTTACAACAAATATCATAGAGGTGCTCGGAAATAGTATGGAGGATATTTGCCCAGTCCAGTGATAATGTCTATATGATGCCTCTTAACATGGCAGTTTCTTTAGGTTGTGGGGTTTTTCAGGATTCTGTGGAAACTATTGGCCCCT
GTAAGTATTTTTTAAATGTCAGAAGTTTGGCAGTCCAATTTTTATATGCTGCGTTTTATGATTTACCTGTATAGCTAGTTTGGCTAACAACCTATATAATAAAAGCTCAATTGACTTCCTTTGAGGATTAACACATGGTGGGTTAGACTTTGGACCTTTTGCTTGTCGTATGGAATAGATTTGAAAGCTTGATACACTAC
ATAAAGCACAATACTTATTCATTCTAAATTGGGAGATTCAAAGATAAATGTGAAGATAGATTTTACATGCTCATTTGGCAGTTCCTATCTGTTAAATCTGATTTCTTTGCATCATACACTAAGTACAAGGTTGCGATAAACTTTTAATGATATCTATGATACTGAGCATATGCCTATGATGGGATTTTGTTCCACATTAA
TACTCTGATTGTCCTTTGTTATAGAAAATGTTTTTCTTTGTCCAA

>TRINITY_DN41170_c0_g3_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CAAAGATGATAAGAAGTTCAGGTGAATGGTTTACATCTAAATGTTGGGTTGATGGCAGTGTATCATTTGTTACAGAATAAAAGCTACTTACTCTTTGATTCCTCAAGTATGTTACATGTTTTCATCAAATCCAATAATTTTGGTAAATTGCAGGTTTTCATCAAATCCAGTAATTTTGGGAGCTATTGCTGGTTCTGTAC
TCATGAGGAAGGCAGCATCTCTAGCCTTTGAACAACACAAGCGTAGCACTGTTACAACAAATATCATAGAGGTGCTCGGAAATAGgtagcttggcaatttaccctattgctttatttgaggtacatgaagcatatgagtgtcaaattctcactttacatcaacaggaattgttatctgtaggaaccacatgttctctgca
tctacttcgctatgtgttttaacttttatcctattcagcctcttgctctttttctcttctttgtcatgttccttctgcctggacgacgctcatatcatgctggttaagaatgatatctatccttccccttacggtcatcctggctttcatcttttctctattctcttcttaatcgtcctcttaatgcaacccaattgaat
tttgcatgttggtcttgataaaggaattggtttcaaaacctatataaatgtaaatgagttaattacatagtattcaagaaactgtttacatagatatgcatctcgttctggaatctgacttgtgattatttgcagggaaagaataagagaaacaaaagtttaattgccaagaatttgccatgatggttatttgtcaaggc
tttgccatgatctaacaagtttgagcttggattgtatttgtgcagTATGGAGGATATTTGCCCAGTCCAGTGATAATGTCTATATGATGCCTCTTAACATGGCAGTTTCTTTAGGTTGTGGGGTTTTTCAGGATTCTGTGGAAACTATTGGCCCCTGTAAGTATTTTTTAAATGTCAGAAGTTTGGCAGTCCAATTTTTA
TATGCTGCGTTTTATGATTTACCTGTATAGCTAGTTTGGCTAACAACCTATATAATAAAAGCTCAATTGACTTCCTTTGAGGATTAACACATGGTGGGTTAGACTTTGGACCTTTTGCTTGTCGTATGGAATAGATTTGAAAGCTTGATACACTACATAAAGCACAATACTTATTCATTCTAAATTGGGAGATTCAAAGA
TAAATGTGAAGATAGATTTTACATGCTCATTTGGCAGTTCCTATCTGTTAAATCTGATTTCTTTGCATCATACACTAAGTACAAGGTTGCGATAAACTTTTAATGATATCTATGATACTGAGCATATGCCTATGATGGGATTTTGTTCCACATTAATACTCTGATTGTCCTTTGTTATAGAAAATGTTTTTCTTTGTCCA
A

Intron 6 GTTAAGTATC ... AATGTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.35	33	8	11
A2	3.42	14.3	1	0
A3	3.23	15	1	0
A4	11.94	14.8	3	1
A5	9.09	5	1	0
A6	12.43	38.8	5	6
A7	4.85	39.3	3	1
A8	7.5	37	4	2
A9	12.99	40.3	10	2
A10	4.09	35.3	1	2

>TRINITY_DN123405_c14_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

TGGGAACTCAATTGTAAAGAAAACGAGTAAAGGTTCGGAGGTCACATATATCGCATTATTAGATGCTCTGGAGTTTGAGTTTGAGGATGGTGTTTCCGCTACTGCAGGGATTGAACAGAACAGTTTTTTCTCAGGTGGGCGTGCAGTCTTTTCTGTTGAGGTCAGAGAAAAGCCCACTGCAGTGTTCTTACAATATTTGT
AATCACGCCATAAGTCGTCATTGCACACATTACCAGTTTCTTCATTGTATACCCTACTCGAGCACTATACTCAGAAGGCAACGACTTATAATCAGCTGTGTTCAGCAAACATCAGGGAGTATTCGGGGACAAGCATCTGAATCAAAATTTCTCATGGAGAGTCTTTCACAGGCTGATGCCTATCAAATAATAAATGCAAT
AACTCCACCGCTTGATCCAGGTCGTCACAAGGGTCAAGCAGGAAAGATAGCTGTTATTGGTGGTTGCCGTGAGTACACTGGGGCACCATATTTTGCAGCTATATCAGCCTTGAAAATAGGTGCAGATTTATCTCATGTTTTCTGTACTCAAGATGCATCAACAGTTATTAAGAGCTACAGCCCTGAGTTGATTGTGCATC
CTGTTCTGGAAGAATCTTACAACATCAAATTTGATGAGAAAGAATCTGTCCGCAAGAAAGTGCTTGAAGATGTCAAAAAATGGATTGAACGGTTTGATTGTCTTGTTGTTGGGCCTGGACTTGGCAGGGATCCATTTCTTTTGGAATGCGTGGCAGACATTATACAACTTGCAAGGCAAGGCAACACTCCAATTGTTATT
GATGGGGATGGACTATTTCTTGTTACTAACAATCCTGAGCTGGTGTCTGGTTATCCTCTAGCCATCCTCACACCAAATGTAAATGAACACAAACGCCTAGTTCAAAAGGTGATGGAACAAGATCTGAATCTTGTAGGTGGAAAACAGGGAATAGATGATAAAGATGCTCCACAACAATTGCAAATTCTGGCTGGACGGTA
TGGTCTTCATGGACACTTTGTTAAACATTCTTTTCATCACCTCTCTTTTACTTATGTAGGTTCTCTGTCATGATTTGATTAGAATGGGAGGACTGACAATCTTGCAAAAGGGAAAAGTAGATCTTATCAGTGATGGAAACACAGGTATGAACAATGCTTAGTTGAGGAAACCCACTGAAATGCTTGCTGTCCAAGGTTTG
GCCA

>TRINITY_DN123405_c14_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGGGAACTCAATTGTAAAGAAAACGAGTAAAGGTTCGGAGGTCACATATATCGCATTATTAGATGCTCTGGAGTTTGAGTTTGAGGATGGTGTTTCCGCTACTGCAGGGATTGAACAGAACAGTTTTTTCTCAGGTGGGCGTGCAGTCTTTTCTGTTGAGGTCAGAGAAAAGCCCACTGCAGTGTTCTTACAATATTTGT
AATCACGCCATAAGTCGTCATTGCACACATTACCAGTTTCTTCATTGTATACCCTACTCGAGCACTATACTCAGAAGGCAACGACTTATAATCAGCTGTGTTCAGCAAACATCAGGGAGTATTCGGGGACAAGCATCTGAATCAAAATTTCTCATGGAGAGTCTTTCACAGGCTGATGCCTATCAAATAATAAATGCAAT
AACTCCACCGCTTGATCCAGGTCGTCACAAGGGTCAAGCAGGAAAGATAGCTGTTATTGGTGGTTGCCGTGAGTACACTGGGGCACCATATTTTGCAGCTATATCAGCCTTGAAAATAgttaagtatctctagttataaatttccaaaaacttaaaaaaaaacttttttatatcaaaattggatggaagctcagttgtcg
gaatgtactgaacttatcagctgaagtacaaggattgatttaattgtctttggaattattttaagacatgttctgatagtcattatcctgatagagttatcacatattttctcttggttttgcaatgtcacagGGTGCAGATTTATCTCATGTTTTCTGTACTCAAGATGCATCAACAGTTATTAAGAGCTACAGCCCTG
AGTTGATTGTGCATCCTGTTCTGGAAGAATCTTACAACATCAAGTGTGTTCTTGGTGCCATATTTCTCTCTTCTGATGTCTAATTTTCATTTTTTTTTGCTATTCGTTTTCAATTCTACAAGCTTTCTCCGACTCTGGGATGGGATTTTTTGGCTTGTGCCAGCCCTGATTTTGTGTTTAACATTTGCTCATTAGGCTGC
GTTGACAGACCATATTTTTGCATAAAAGCTTTTACATATTGACTATTAAGAGAGTTTATATTTTAAAGGAAGCTTTATTCAAAATATACATGCATTGACATTCTAGGAGCAAATCTATGTCACAGGGTTCCCCAGATTTTAACCATGAGGTTCGAAATTCGGCGAACCTTTAAAAAAATTTGAGTTCGTTGGAATTCGTC
GGCTAGTTCGACTTCGAACCCGTTTTCTGCCCGTCGTGAGTCGTACCGGTGTGAACCCTGCTG

Intron 7 GTAGGTAGTG ... ATTTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.03	20	17	1
A2	36.84	12	9	5
A3	35.29	11	10	2
A4	33.33	10	6	4
A5	0	1	0	0
A6	34.62	85	48	42
A7	28.6	95	42.1	34
A8	32.11	130	73	50
A9	30	63	36	18
A10	31.03	30	22	5

>TRINITY_DN37694_c0_g1_i13 from sample A6 / Example spliced isoform

CTCTGGAGTTTGAGTGTGAGGATGGTGTTTCCGCTACTGCAGGGATTGAACAGAACAGTTTTTTCTCAGGTGGGCGTGCAGTCTTTTCTGTTGAGGAAAGATAGCTGTTATTGGTGGTTGCCGTGAGTACACTGGGGCACCATATTTTGCAGCTATATCAGCCTTGAAAATAGGTGCAGATTTATCTCATGTTTTCTGTA
CTCAAGATGCATCAACAGTTATTAAGAGCTACAGCCCTGAGTTGATTGTGCATCCTGTTCTGGAAGAATCTTACAACATCAAGAATGCGTGGCAGACATTATACAACTTGCAAGGCAAGGCAACACTCCAATTGTTATTGATGGGGATGGACTATTTCTTGTTACTAACAATCCTGAGCTGGTGTCTGGTTATCCTCTAG
CCATCCTCACACCAAATGTAAATGAACACAAACGCCTAGTTCAAAAGGTGATGGAACAAGATCTGAATCTTGTAGGTGGAAAACAGGGAATAGATGATAAAGATGCTCCACAACAATTGCAAATTCTGGCTGGACGAATGGGAGGACTGACAATCTTGCAAAAGGGAAAAGTAGATCTTATCAGTGATGGAAACACAGTT
TATGGTGTAAGTATGTTTGGATCTCCTCGTCGGTGTGGTGGTCAAGGTGACATCCTTTCAGGCAGTGTTGCAGTATTCTCGTCATGGGCTAGACAGGGAAGAGCATCTAACAAAGATGATAAGAAGTTCAGGTTTTCATCAAATCCAGTAATTTTGGGAGCTATTGCTGGTTCTGTACTCATGAGGAAGGCAGCATCTCT
AGCCTTTGAACAACACAAGCGTAGCACTGTTACAACAAATATCATAGAGGTGCTCGGAAATAGTATGGAGGATATTTGCCCAGTCCAGTGATAATGTCTATATGATGCCTCTTAACATGGCAGTTTCTTTAGGTTGTGGGGTTTTTCAGGATTCTGTGGAAACTATTGGCCCCTGTAAGTATTTTTTAAATGTCAGAAGT
TTGGCAGTCCAATTTTTATATGCTGCGTTTTATGATTTACCTGTATAGCTAGTTTGGCTAACAACCTATATAATAAAAGCTCAATTGACTTCCTTTGAGGATTAACACATGGTGGGTTAGACTTTGGACCTTTTGCTTGTCGTATGGAATAGATTTGAAAGCTTGATACACTACATAAAGCACAATACTTATTCATTCTA
AATTGGGAGATTCAAAGATAAATGTGAAGATAGATTTTACATGCT

>TRINITY_DN37694_c0_g1_i11 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTCTGGAGTTTGAGTGTGAGGATGGTGTTTCCGCTACTGCAGGGATTGAACAGAACAGTTTTTTCTCAGGTGGGCGTGCAGTCTTTTCTGTTGAGGTCAGAGAAAAGCCCACTGCAGTGTTCTTACAATATTTGTAATCACGCCATAAGTCGTCATTGCACACATTACCAGTTTCTTCATTGTATACCCTACTCGAGCAC
TATACTCAGAAGGCAACGACTTATAATCAGCTGTGTTCAGCAAACATCAGGGAGTATTCGGGGACAAGCATCTGAATCAAAATTTCTCATGGAGAGTCTTTCACAGGCTGATGCCTATCAAATAATAAATGCAATAACTCCACCGCTTGATCCAGGTCGTCACAAGGGTCAAGCAGGAAAGATAGCTGTTATTGGTGGTT
GCCGTGAGTACACTGGGGCACCATATTTTGCAGCTATATCAGCCTTGAAAATAATTTGATGAGAAAGAATCTGTCCGCAAGAAAGTGCTTGAAGATGTCAAAAAATGGATTGAACGGTTTGATTGTCTTGTTGTTGGGCCTGGACTTGGCAGGGATCCATTTCTTTTGGAATGCGTGGCAGACATTATACAACTTGCAAG
GCAAGGCAACACTCCAATTGTTATTGATGGGGATGGACTATTTCTTGTTACTAACAATCCTGAGCTGGTGTCTGGTTATCCTCTAGCCATCCTCACACCAAATGTAAATGAACACAAACGCCTAGTTCAAAAGGTGATGGAACAAGATCTGAATCTTGTAGGTGGAAAACAGGGAATAGATGATAAAGATGCTCCACAAC
AATTGCAAATTCTGGCTGGACGAATGGGAGGACTGACAATCTTGCAAAAGGGAAAAGTAGATCTTATCAGTGATGGAAACACAGTTTATGGTGTAAGTATGTTTGGATCTCCTCGTCGGTGTGGTGGTCAAGGTGACATCCTTTCAGGCAGTGTTGCAGTATTCTCGTCATGGGCTAGACAGGGAAGAGCATCTAACAAA
GATGATAAGAAGTTCAGGTTTTCATCAAATCCAGTAATTTTGGGAGCTATTGCTGGTTCTGTACTCATGAGGAAGGCAGCATCTCTAGCCTTTGAACAACACAAGCGTAGCACTGTTACAACAAATATCATAGAGGTGCTCGGAAATAGgtaggtagtgtcagtgtccttttcagtcttctagtcccaaccagaggaatt
gtattgttctccatgtggtatgatcatttaagccagacaaacaaaattaagaaaagaaagatcaaagatgtcttattttttttatccactcccattttatcatccaaatgaaagcatataactatattttgtcttcggacaaggagttcatatgctatatgactgaatgaaatatttgtattaggtcagtggctcttggg
gtctacaatgagccatattgtaggatgtaatgaatgcaacagattaatctgcattcatggtgaaattgcaacagttgatcccaaggtgcattagctgttttgcaggtagcttggcaatttaccctattgctttatttgaggtacatgaagcatatgagtgtcaaattctcactttacatcaacaggaattgttatctgta
ggaaccacatgttctctgcatctacttcgctatgtgttttaacttttatcctattcagcctcttgctctttttctcttctttgtcatgttccttctgcctggacgacactcttatcatgctggttaagaatgatatctatccttccccttacggtcatcctggctttcatcttttctctattctcttcttaatcgtcctc
ttaatgcaacccaattgaattttgcatgttggtcttgataaaggaattggtttcaaaacctatataaatgtaaatgagttaattacatagtattcaagaaactgtttacatagatatgcatctcgttctggaatctgacttgtgattatttgcagggaaagaataagagaaacaaaagtttaattgccaagaatttgcca
tgatggttatttgtcaaggctttgccatgatctaacaagtttgagcttggattgtatttgtgcagTATGGAGGATATTTGCCCAGTCCAGTGATAATGTCTATATGATGCCTCTTAACATGGCAGTTTCTTTAGGTTGTGGGGTTTTTCAGGATTCTGTGGAAACTATTGGCCCCTGTAAGTATTTTTTAAATGTCAGAA
GTTTGGCAGTCCAATTTTTATATGCTGCGTTTTATGATTTACCTGTATAGCTAGTTTGGCTAACAACCTATATAATAAAAGCTCAATTGACTTCCTTTGAGGATTAACACATGGTGGGTTAGACTTTGGACCTTTTGCTTGTCGTATGGAATAGATTTGAAAGCTTGATACACTACATAAAGCACAATACTTATTCATTC
TAAATTGGGAGATTCAAAGATAAATGTGAAGATAGATTTTACATGCT

Intron 8 GTAGGTAGTG ... TGTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.03	16.6	17	2.1
A2	50.51	9.1	9	0.6
A3	58.51	7.6	10	3.1
A4	58.93	5.4	6	0
A5	0	1	0	1.1
A6	45.61	61	48	8.7
A7	44.81	60.4	42.6	7.4
A8	47.01	89.4	73	14
A9	52.32	38.4	36	5.1
A10	55.11	19.7	22	5.3

>TRINITY_DN110606_c4_g3_i11 from sample A3 / Example spliced isoform

GTTTGAGTGTGAGGATGGTGTTTCCGCTACTGCAGGGATTGAACAGAACAGTTTTTTCTCAGGTGGGCGTGCAGTCTTTTCTGTTGAGGTCAGAGAAAAGCCCACTGCAGTGTTCTTACAATATTTGTAATCACGCCATAAGTCGTCATTGCACACATTACCAGTTTCTTCATTGTATACCCTACTCGAGCACTATACTC
AGAAGGCAACGACTTATAATCAGCTGTGTTCAGCAAACATCAGGGAGTATTCGGGGACAAGCATCTGAATCAAAATTTCTCATGGAGAGTCTTTCACAGGCTGATGCCTATCAAATAATAAATGCAATAACTCCACCGCTTGATCCAGGTCGTCACAAGGGTCAAGCAGGAAAGATAGCTGTTATTGGTGGTTGCCGTGA
GTACACTGGGGCACCATATTTTGCAGCTATATCAGCCTTGAAAATAGGTGCAGATTTATCTCATGTTTTCTGTACTCAAGATGCATCAACAGTTATTAAGAGCTACAGCCCTGAGTTGATTGTGCATCCTGTTCTGGAAGAATCTTACAACATCAAATTTGATGAGAAAGAATCTGTCCGCAAGAAAGTGCTTGAAGATG
TCAAAAAATGGATTGAACGGTTTGATTGTCTTGTTGTTGGGCCTGGACTTGGCAGGGATCCATTTCTTTTGGAATGCGTGGCAGACATTATACAACTTGCAAGGCAAGGCAACACTCCAATTGTTATTGATGGGGATGGACTATTTCTTGTTACTAACAATCCTGAGCTGGTGTCTGGTTATCCTCTAGCCATCCTCACA
CCAAATGTAAATGAACACAAACGCCTAGTTCAAAAGGTGATGGAACAAGATCTGAATCTTGTAGGTGGAAAACAGGGAATAGATGATAAAGATGCTCCACAACAATTGCAAATTCTGGCTGGACGAATGGGAGGACTGACAATCTTGCAAAAGGGAAAAGTAGATCTTATCAGTGATGGAAACACAGTTTATGGTGTAAG
TATGTTTGGATCTCCTCGTCGGTGTGGTGGTCAAGGTGACATCCTTTCAGGCAGTGTTGCAGTATTCTCGTCATGGGCTAGACAGGGAAGAGCATCTAACAAAGATGATAAGAAGTTCAGGTTTTCATCAAATCCAGTAATTTTGGGAGCTATTGCTGGTTCTGTACTCATGAGGAAGGCAGCATCTCTAGCCTTTGAAC
AACACAAGCGTAGCACTGTTACAACAAATATCATAGAGGTGCTCGGAAATAGTATGGAGGATATTTGCCCAGTCCAGTGATAATGTCTATATGATGCCTCTTAACATGGCAGTTTCTTTAGGTTGTGGGGTTTTTCAGGATTCTGTGGAAACTATTGGCCCCTGTAAGTATTTTTTAAATGTCAGAAGTTTGGCAGTCCA
ATTTTTATATGCTGCGTTTTATGATTTACCTGTATAGCTAGTTTGGCTAACAACCTATATAATAAAAGCTCAATTGACTTCCTTTGAGGATTAACACATGGTGGGTTAGACTTTGGAC

>TRINITY_DN110606_c4_g3_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GGACACTTTGTTAAACATTCTTTTCATCACCTCTCTTTTACTTATGTAGGTTCTCTGTCATGATTTGATTAGAATGGGAGGACTGACAATCTTGCAAAAGGGAAAAGTAGATCTTATCAGTGATGGAAACACAGTTTATGGTGTAAGTATGTTTGGATCTCCTCGTCGGTGTGGTGGTCAAGGTGACATCCTTTCAGGCA
GTGTTGCAGTATTCTCGTCATGGGCTAGACAGGGAAGAGCATCTAACAAAGATGATAAGAAGTTCAGGTTTTCATCAAATCCAGTAATTTTGGGAGCTATTGCTGGTTCTGTACTCATGAGGAAGGCAGCATCTCTAGCCTTTGAACAACACAAGCGTAGCACTGTTACAACAAATATCATAGAGGTGCTCGGAAATAGg
taggtagtgtcagtgtccttttcagtcttctagtcccaaccagaggaattgtattgttctccatgtggtatgatcatttaagccagacaaacaaaattaagaaaagaaagatcaaagatgtcttattttttttatccactcccattttatcatccaaatgaaagcatataactatattttgtcttcggacaaggagttca
tatgctatatgactgaatgaaatatttgtattaggtcagtggctcttggggtctacaatgagccatattgtaggatgtaatgaatgcaacagattaatctgcattcatggtgaaattgcaacagttgatcccaaggtgcattagctgttttgcagTATGGAGGATATTTGCC

Intron 9 GTAGGTAGTG ... TTTGTATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.86	14	17	4
A2	39.13	7	9	0
A3	66.67	4	10	6
A4	69.23	2	6	3
A5	100	0	0	2
A6	42.66	41	48	13
A7	46.87	36	42.5	21
A8	44.5	58	73	20
A9	59.63	22	36	29
A10	54.1	14	22	11

>TRINITY_DN41815_c0_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

GGAAAGCAACTCAGCCTTCAATATCAAATATTTTCCACGTGGCAATGGGAACTCAATTGTAAAGAAAACGAGTAAAGGTTCGGAGGTCACATATATCGCATTATTAGATGCTCTGGAGTTTGAGTGTGAGGATGGTGTTTCCGCTACTGCAGGGATTGAACAGAACAGTTTTTTCTCAGGTGGGCGTGCAGTCTTTTCTG
TTGAGGTCAGAGAAAAGCCCACTGCAGTGTTCTTACAATATTTGTAATCACGCCATAAGTCGTCATTGCACACATTACCAGTTTCTTCATTGTATACCCTACTCGAGCACTATACTCAGAAGGCAACGACTTATAATCAGCTGTGTTCAGCAAACATCAGGGAGTATTCGGGGACAAGCATCTGAATCAAAATTTCTCAT
GGAGAGTCTTTCACAGGCTGATGCCTATCAAATAATAAATGCAATAACTCCACCGCTTGATCCAGGTCGTCACAAGGGTCAAGCAGGAAAGATAGCTGTTATTGGTGGTTGCCGTGAGTACACTGGGGCACCATATTTTGCAGCTATATCAGCCTTGAAAATAGGTGCAGATTTATCTCATGTTTTCTGTACTCAAGATG
CATCAACAGTTATTAAGAGCTACAGCCCTGAGTTGATTGTGCATCCTGTTCTGGAAGAATCTTACAACATCAAATTTGATGAGAAAGAATCTGTCCGCAAGAAAGTGCTTGAAGATGTCAAAAAATGGATTGAACGGTTTGATTGTCTTGTTGTTGGGCCTGGACTTGGCAGGGATCCATTTCTTTTGGAATGCGTGGCA
GACATTATACAACTTGCAAGGCAAGGCAACACTCCAATTGTTATTGATGGGGATGGACTATTTCTTGTTACTAACAATCCTGAGCTGGTGTCTGGTTATCCTCTAGCCATCCTCACACCAAATGTAAATGAACACAAACGCCTAGTTCAAAAGGTGATGGAACAAGATCTGAATCTTGTAGGTGGAAAACAGGGAATAGA
TGATAAAGATGCTCCACAACAATTGCAAATTCTGGCTGGACGAATGGGAGGACTGACAATCTTGCAAAAGGGAAAAGTAGATCTTATCAGTGATGGAAACACAGTTTATGGTGTAAGTATGTTTGGATCTCCTCGTCGGTGTGGTGGTCAAGGTGACATCCTTTCAGGCAGTGTTGCAGTATTCTCGTCATGGGCTAGAC
AGGGAAGAGCATCTAACAAAGATGATAAGAAGTTCAGGTTTTCATCAAATCCAGTAATTTTGGGAGCTATTGCTGGTTCTGTACTCATGAGGAAGGCAGCATCTCTAGCCTTTGAACAACACAAGCGTAGCACTGTTACAACAAATATCATAGAGGTGCTCGGAAATAGGTCAGTGGCTCTTGGGGTCTACAATGAGCCA
TATTGTAGGATGTAATGAATGCAACAGATTAATCTGCATTCATGGTGAAATTGCAACAGTTGATCCCAAGGTGCATTAGCTGTTTTGCAGGTAGCTTGGCAATTTACCCTATTGCTTTATTTGAGGTACATGAAGCATATGAGTGTCAAATTCTCACTTTACATCAACAGGAATTGTTATCTGTAGGAACCACATGTTCT
CTGCATCTACTTCGCTATGTGTTTTAACTTTTATCCTATTCAGCCTCTTGCTCTTTTTCTCTTCTTTGTCATGTTCCTTCTGCTTGGACGACACTCATATCATGCTGGTTAAGAATGATATCTATCCTTCCCCTTACGGTCATCCTGGCTTTCATCTTTTCTCTATTCTCTTCTTAATCGTCCTCTTAATGCAACCCAAT
TGAATTTTGCATGTTGGTCTTGATAAAGGAATTGGTTTCAAAACCTATATAAATGTAAATGAGTTAATTACATAGTATTCAAGAAACTGTTTACATAGATATGCATCTCGTTCTGGAATCTGACTTGTGATTATTTGCAGGGAAAGAATAAGAGAAACAAAAGTTTAATTGCCAAGAATTTGCCATGATGGTTATTTGTC
AAGGCTTTGCCATGATCTAACAAGTTTGAGCTTGGATTGTATTTGTGCAGT

>TRINITY_DN41815_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GGGTATATTGTTTTTATTTTTAGAAAATAGATAAAGCAAGTTGACTTTTCATGTAGAAGTTGAATTTCATACTTTCATTTCTATGGGCCCAGCCAAGCTATTTTCTCTTTGTGATTCCTTGCCTGTTTCAACAGGATGGACTATTTCTTGTTACTAACAATCCTGAGCTGGTGTCTGGTTATCCTCTAGCCATCCTCACA
CCAAATGTAAATGAACACAAACGCCTAGTTCAAAAGGTGATGGAACAAGATCTGAATCTTGTAGGTGGAAAACAGGGAATAGATGATAAAGATGCTCCACAACAATTGCAAATTCTGGCTGGACGAATGGGAGGACTGACAATCTTGCAAAAGGGAAAAGTAGATCTTATCAGTGATGGAAACACAGTTTATGGTGTAAG
TATGTTTGGATCTCCTCGTCGGTGTGGTGGTCAAGGTGACATCCTTTCAGGCAGTGTTGCAGTATTCTCGTCATGGGCTAGACAGGGAAGAGCATCTAACAAAGATGATAAGAAGTTCAGGTTTTCATCAAATCCAGTAATTTTGGGAGCTATTGCTGGTTCTGTACTCATGAGGAAGGCAGCATCTCTAGCCTTTGAAC
AACACAAGCGTAGCACTGTTACAACAAATATCATAGAGGTGCTCGGAAATAGgtaggtagtgtcagtgtccttttcagtcttctagtcccaaccagaggaattgtattgttctccatgtggtatgatcatttaagccagacaaacaaaattaagaaaagaaagatcaaagatgtcttattttttttatccactcccattt
tatcatccaaatgaaagcatataactatattttgtcttcggacaaggagttcatatgctatatgactgaatgaaatatttgtattagGTCAGTGGCTCTTGGGGTCTACAATGAGCCATATTGTAGGATGTAATGAATGCAACAGATTAATCTGCATTCATGGTGAAATTGCAACAGTTGATCCCAAGGTGCATTAGCTG
TTTTGCAGGTAGCTTGGCAATTTACCCTATTGCTTTATTTGAGGTACATGAAGCATATGAGTGTCAAATTCTCACTTTACATCAACAGGAATTGTTATCTGTAGGAACCACATGTTCTCTGCATCTACTTCGCTATGTGTTTTAACTTTTATCCTATTCAGCCTCTTGCTCTTTTTCTCTTCTTTGTCATGTTCCTTCTG
CTTGGACGACACTCATATCATGCTGGTTAAGAATGATATCTATCCTTCCCCTTACGGTCATCCTGGCTTTCATCTTTTCTCTATTCTCTTCTTAATCGTCCTCTTAATGCAACCCAATTGAATTTTGCATGTTGGTCTTGATAAAGGAATTGGTTTCAAAACCTATATAAATGTAAATGAGTTAATTACATAGTATTCAA
GAAACTGTTTACATAGATATGCATCTCGTTCTGGAATCTGACTTGTGATTATTTGCAGGGAAAGAATAAGAGAAACAAAAGTTTAATTGCCAAGAATTTGCCATGATGGTTATTTGTCAAGGCTTTGCCATGATCTAACAAGTTTGAGCTTGGATTGTATTTGTGCAGTATGGAGGATATTTGCCCAGTCCAGTGATAAT
GTCTATATGATGCCTCTTAACATGGCAGTTTCTTTAGGTTGTGGGGTTTTTCAGGATTCTGTGGAAACTATTGGCCCCTGTAAGTATTTTTTAAATGTCAGAAGTTTGGCAGTCCAATTTTTATATGCTGCGTTTTATGATTTACCTGTATAGCTAGTTTGGCTAACAACCTATATAATAAAAGCTCAATTGACTTCCTT
TGAGGATTAACACATGGTGGGTTAGACTTTGGACCTTTTGCTTGTCGTATGGAATAGATTTGAAAGCTTGATACACTACATAAAGCACAATACTTATTCATTCTAAATTGGGAGATTCAAAGATAAATGTGAAGATAGATTTTACATGCTCATTTGGCAGTTCCTATCTGTTAAATCTGATTTCTTTGCATCATACACTA
AGTACAAGGTTGC

Intron 10 GTGAATGGTT ... TAAATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9	19	3.1	2.3
A2	5.63	17	1.3	1.1
A3	16.1	26	8.8	5.3
A4	16.36	17	3.1	3.5
A5	0	8	1.9	0
A6	9.42	104.1	13.8	13.1
A7	8.46	158	35	17.3
A8	9.15	161	28.1	19.5
A9	8.94	115	15	13.5
A10	4.37	91	25.6	4.5

>TRINITY_DN110606_c4_g3_i8 from sample A3 / Example spliced isoform

GGACACTTTGTTAAACATTCTTTTCATCACCTCTCTTTTACTTATGTAGGTTCTCTGTCATGATTTGATTAGAATGGGAGGACTGACAATCTTGCAAAAGGGAAAAGTAGATCTTATCAGTGATGGAAACACAGTTTATGGTGTAAGTATGTTTGGATCTCCTCGTCGGTGTGGTGGTCAAGGTGACATCCTTTCAGGCA
GTGTTGCAGTATTCTCGTCATGGGCTAGACAGGGAAGAGCATCTAACAAAGATGATAAGAAGTTCAGGTTTTCATCAAATCCAGTAATTTTGGGAGCTATTGCTGGTTCTGTACTCATGAGGAAGGCAGCATCTCTAGCCTTTGAACAACACAAGCGTAGCACTGTTACAACAAATATCATAGAGGTGCTCGGAAATAGG
TAGGTAGTGTCAGTGTCCTTTTCAGTCTTCTAGTCCCAACCAGAGGAATTGTATTGTTCTCCATGTGGTATGATCATTTAAGCCAGACAAACAAAATTAAGAAAAGAAAGATCAAAGATGTCTTATTTTTTTTATCCACTCCCATTTTATCATCCAAATGAAAGCATATAACTATATTTTGTCTTCGGACAAGGAGTTCA
TATGCTATATGACTGAATGAAATATTTGTATTAGGTCAGTGGCTCTTGGGGTCTACAATGAGCCATATTGTAGGATGTAATGAATGCAACAGATTAATCTGCATTCATGGTGAAATTGCAACAGTTGATCCCAAGGTGCATTAGCTGTTTTGCAGTATGGAGGATATTTGCC

>TRINITY_DN110606_c4_g3_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CTCGGTGATAAAAATAATAAATAATTTAAGTAATCTTGAAATTTCGTTGATCGATGTAGAAGGGAAAGGGTATTAAGTGGAAACAAATTTTAGATGTTGCACAAAATGGGTAAAAGATTTTATGTGCCAGAGAATTAACAATTTTAACATGATGGAGTTTTATTTCCACGCCATAGAATGTGTGTCATATATTCAAACTA
ACTTTTGTAGCATTTGATTATAGGAATGCGTGGCAGACATTATACAACTTGCAAGGCAAGGCAACACTCCAATTGTTATTGATGGGGATGGACTATTTCTTGTTACTAACAATCCTGAGCTGGTGTCTGGTTATCCTCTAGCCATCCTCACACCAAATGTAAATGAACACAAACGCCTAGTTCAAAAGGTGATGGAACAA
GATCTGAATCTTGTAGGTGGAAAACAGGGAATAGATGATAAAGATGCTCCACAACAATTGCAAATTCTGGCTGGACGAATGGGAGGACTGACAATCTTGCAAAAGGGAAAAGTAGATCTTATCAGTGATGGAAACACAGTTTATGGTGTAAGTATGTTTGGATCTCCTCGTCGGTGTGGTGGTCAAGGTGACATCCTTTC
AGGCAGTGTTGCAGTATTCTCGTCATGGGCTAGACAGGGAAGAGCATCTAACAAAGATGATAAGAAGTTCAGgtgaatggtttacatctaaatgttgggttgatggcagtgtatcatttgttacagaataaaagctacttactctttgattcctcaagtatgttacatgttttcatcaaatccaataattttggtaaatt
gcagGTTTTCATCAAATCCAG