sp|Q9SZD1|TCX5_ARATH ----> Protein tesmin/TSO1-like CXC 5
Intron 1 GTATATTATT ... TGTTGCTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.98 | 242.7 | 2 | 85 |
| A2 | 25.72 | 167.7 | 5 | 58 |
| A3 | 26.01 | 168 | 6 | 59 |
| A4 | 20.28 | 189.3 | 3 | 48 |
| A5 | 13.59 | 57.3 | 0 | 9 |
| A6 | 19.36 | 275.3 | 14 | 66 |
| A7 | 24.2 | 445.3 | 6 | 142 |
| A8 | 25.96 | 422.7 | 11 | 148 |
| A9 | 22.43 | 512.3 | 8 | 148 |
| A10 | 21.24 | 427.3 | 5 | 115 |
>TRINITY_DN45064_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoformGTGTACGTACGATGCACCTTATTGACGATTCTGGGCCGTCCACAAGATTGAATTGAATCGCGGGAGGTTGGAGGGTTTTAAGAGAAAACCAAAAGAATTTCCGGTCCCGCCATGCTTCTCGTCGCTGTTTCCGTTCCCTTCTTCAATGTCCGTCAATTTGGCTGCTTCATTCTGAAATCCGTCGCCCCGACTTCAAAGGC
CTCTGATGATTTCTGTCAGGAAGACAGGCATTCGCTGGAGTTTTTAACTATCTTCTAGAGAGAACTGGACTGACAGATCGATCGGCGGTGGTCGATGTTTCCTCAGCAAGGAGAAGGAAGAGCTGGAGGAGGAGGGGTGGTGTCCCCGCCTGGTGGAGGCGTTAAGCAGGAGCAGCAGGGGGACCTCCCTGCAAGGAAAT
CCGTCAGACAACTTGATTTCACCTCCACCTCCATGTATGGAGATTCCTCCACTTCTTCAGACACAGCCCTGCGTACATCTCAACAACCTTCTTCTATAAAGCAAGGATCTCCAAGAGGGTCATTCTCAGGACCACTAAGTGATTCAAAGGAAGGAACTCCAAAGAAATCAAGACAGTGCAATTGCAAAAATTCACGCTGC
CTGAAATTGTATTGTGAATGCTTCGCATCGGGGATATACTGTGATGGATGTAATTGTGTCAATTGTTATAACAATGTTGACCATGAAACTGTGAGACGGGAAGCTGTTGATGCAATACTTGAGCGTAATCCTAATGCATTTCGGCCTAAGATTGCAAGCAGTCCAACTGCTGTTCGAGATAACAGGGAAGATATGGGAGA
GCAACTTCTTCCAGCTAAACATAATAAAGGGTGCCATTGCAAGAAATCGGGATGTTTGAAGAAGTATTGTGAATGTTTCCAAGGAAATATTTTATGCTCTGAAAATTGCAAATGCATTGATTGCAAGAATTATGAAAACAGTGAAGAAAGAAGGGCTCTCTATCAAAGTGATATTACTGGAAGCTTAAACTATCCTCAGC
CTGTACCAAATGCTCCTATGTCTGTAACAACTGGACCTGTAGGTTATTCGTCTCCTTCACCTAGCAAAAGGAGGAAAACTCAGGAAGTCCTATTTAGTCAAGCACCAAAGGAACATGCTTCTCGCCAAACATCTCAAGCTCTACAGGGCAGTGCTCTGAAAAATATTTCCACAATGAATGCTTCAAATCCTCCCCTCTCA
ACAGTTAATGGAACTGGAGCTTTTGGGATTCCATCCTCTAAGCTTATTTACAGGTCTCTTTTGGCTGATGTGGTCCAGACAGACACTGTTAAAGGTCTCTGCGAACTTCTTGTCATTGCCTCCAGAGAAGCTGCAAATGGTTGTGGAGCTCAAACAAGTTTGGAAAGTGGGCCTTTGGATAAGCAAGCAGCCAAGGGAAG
CAGTTTGACAAATAACAAAGATTCCCCTGAATCATCAACTCAAAATGAGTTTCGTAATGAACAGATTCGAGATGATAGGTTGGAGAGTGATCGAGGGTACAAGGTTGCTGCTGGGGCATCATCTTCTAACTGTGCTGACGAGCCAGAATTTGATAGTGGTACCAATTCTTGTAAGCAAAGGGCCATGTCACCAGGTACTT
TAGCTCTGATGTGTGATGAACAAGATACTCTCTTTACAGCTCCATCTTCACCCTCAGGTGGTTGTAGAAGGCCTTGCAGTCATCATACAACACAAACGTTTGCCGAACAAGAGAGAATTATCTTGTCAGAATTTCGTGACTGTCTTCGGAGAATTATTGATGTAGGCAAGAAAAGAGCCACACAGTATTCGACAGAGGCA
GCAACGGCAATGAAAAGGAACCAGCAGCCTGAATTAAATCCTCATCTTAGCAGGCCTGTACATGTGAGCAAAACTGTTATTGTTCCTTCATCGGTGCCACTATCAGCTAGTTCAGGGGCCTTAATGACTGAGGTAAATGTCAGTTCTTCTGGATCGTTACGAAATGGAGACAAGTCTGATGCAGTGGTTACATGCCGACA
GCAATTATGACAAATGGTAATTGATATAGGGTTAGAAATATGTTCAGTTTCATTATGAATGGGAAATGATAATGATTACTTTCCAATTGGAAAATAATAAATGTTGTATAATTCACAACTGGAACAAGTAGTTTCTTTTAGCAGTCGTAATTAAATTTTAACAAGCTACGATTTTGACAGAAATAATTCTTTTTTGGAAT
GTTTTTTATGATATAAAGCCTTGTCATTTCTGTGCGACAGATTGGTTTGTCTTCTGACCTAAAGATAAGTGTTGGCCAAGTTTTTTGTGCCTTAGATCTGTGGAAACAGATGTTGACTAAATCCAGTAGTGCTGTTGCAATATATGGGCAGAATCCAGGGGATCAATTAGATGGCTTTTAGTGCAGAACTGATAGTTTCT
TTTAGTCTTTTCTGAATTCCTATGGTTCATATGTACTGTTTACTATTGTAAAGGAATTAACCCTTTTTCACATGGTTTGGATCTTCATCTCACTTCTTTTGAACTAGTTTCAAGTTGGGGATTATAGATGTTTATTAATGTTATTGTTCTTAGTTCAGAGTTTGATGCCTTGGACATTTCCATACAGAGAACATGGAATT
TGTTTCAGACAGCATCAATACCGCGATCATCGATTCGCGATTATTCATCTGTATTATACTGAAATTCGTCTTATTCAAAACCTGTCAATTGATTCCCTTTTACATAATTCTACCATTGAACCATGGATACGTAAATTTACC
>TRINITY_DN45064_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:TAGATGTTGAAATCTTGGTCCTTGTGCTTTCTATGGCTGTAGTTTTATCCACATACGAGGAAAGAAAAGTTTTGATTTGCTGCTGGTGTGAGTAATTTGATTTGACCTTGGAAACAGATGATTAATTGACAAGGCATACTGAACTTTGTAAATGGGTTATCTCAATGTGGAACTTTCTAGATTACGATCTTTATAGAATT
CATTGTATTATACATATAAGGTTATTTTAATGGAATTTAACAGGGCAGTGCTCTGAAAAATATTTCCACAATGAATGCTTCAAATCCTCCCCTCTCAACAGTTAATGGAACTGGAGCTTTTGGGATTCCATCCTCTAAGCTTATTTACAGgtatattattgtaaataataagcaccgtgtacattttgtctatttttttc
aatattttttgcatggagttatttttagtgccccttattgtgagagaagttatttgtttagtatattttaggaaagtttttttaaaggctgaagatcgaattttgtctttgatctccaattatgttattaattcatattaatattgagtaatgcaaagaaaactactttcaattagcaattctgcctctctcttttccta
gttattatgatcaacacgactaatagcagctgagaataagtgttgtcagtccacaatcctaacaaatataatattgttgcttagGTCTCTTTTGGCTGATGTGGTCCAGACAGACACTGTTAAAGGTCTCTGCGAACTTCTTGTCATTGCCTCCAGAGAAGCTGCAAATGGTTGTGGAGCTCAAACAAGTTTGGAAAGTG
GGCCTTTGGATAAGCAAGCAGCCAAGGGAAGCAGTTTGACAAATAACAAAGATTCCCCTGAATCATCAACTCAAAATGAGTTTCGTAATGAACAGATTCGAGATGATAGGTTGGAGAGTGATCGAGGGTACAAGGTTGCTGCTGGGGCATCATCTTCTAACTGTGCTGACGAGCCAGAATTTGATAGTGGTACCAATTCT
TGTAAGCAAAGGGCCATGTCACCAGGTACTTTAGCTCTGATGTGTGATGAACAAGATACTCTCTTTACAGCTCCATCTTCACCCTCAGGTGGTTGTAGAAGGCCTTGCAGTCATCATACAACACAAACGTTTGCCGAACAAGAGAGAATTATCTTGTCAGAATTTCGTGACTGTCTTCGGAGAATTATTGATGTAGGCAA
GAAAAGAGCCACACAGTATTCGACAGAGGCAGCAACGGCAATGAAAAGGAACCAGCAGCCTGAATTAAATCCTCATCTTAGCAGGCCTGTACATGTGAGCAAAACTGTTATTGTTCCTTCATCGGTGCCACTATCAGCTAGTTCAGGGGCCTTAATGACTGAGGTAAATGTCAGTTCTTCTGGATCGTTACGAAATGGAG
ACAAGTCTGATGCAGTGGTTACATGCCGACAGCAATTATGACAAATG
Intron 2 GTGATCCCAT ... TAATTAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.32 | 229.9 | 33.7 | 66 |
| A2 | 19.78 | 178.7 | 23.6 | 44 |
| A3 | 23.91 | 194.3 | 15.5 | 61 |
| A4 | 25.14 | 178.7 | 18.2 | 60 |
| A5 | 30.22 | 55.5 | 4.6 | 24 |
| A6 | 27.73 | 300 | 27.5 | 115 |
| A7 | 27.34 | 577.2 | 59.8 | 217 |
| A8 | 26.6 | 535.5 | 50.5 | 194 |
| A9 | 26.29 | 592.1 | 67.4 | 211 |
| A10 | 27.36 | 510.1 | 44.1 | 192 |
>TRINITY_DN118811_c3_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoformTAACTATAGTTATTTCACTGCATAAACAGAACAGATTTGTTTGGATTTCGTAGGTTGATCATTAAGTTGACAAGTAAGTAAATTTGTTCATTATTTATCACAGATTCTACTTGCTTTGGCATGCTGTTTCTTCTAACTCTTTTATTTTTTTAAATTTATCAGAAAGCAAGGATCTCCAAGAGGGTCATTCTCAGGACCAC
TAAGTGATTCAAAGGAAGGAACTCCAAAGAAATCAAGACAGTGCAATTGCAAAAATTCACGCTGCCTGAAATTGTAAGCTCTTTTGCCATGATATCATTACAAGTTGTGAATAAGATGCATTGTTTTACACTACCTTGTAATTTTGATTGGAGTCTTCAATCCATATTGTCCATTTAATTTGTTCATATAATATAATACT
AGTGTACATATTTTGAACTGTAAACTTCTTGTGAAATGCGTAACTTCCATGAATGTGCAAAACCAGTATATGACGAATTGCACAAGAATATGCAAGGTGAAATTGCCAATTCTATACTGGGCGTATTTTTGTGTTGCTTGTCTCCTGCCCTTTAAAATTTATTGATTACATCAGTTTTTTACCCTTTCTTTTTCTCTGTT
TGAAAAATGATGATATTATCATTAAGTCAGAAAAAGCACAATCATCCAATAAATGGTGCCCTTAAAGGGGCCTTCACCAAGCCCACACACCTAAGAGTTCCTTACCACATTGATATCTTTGCAAGTAGTCAAGACCAAAAACGATTAGTAGGTTGAAAAGGGGAATAAATGATACTGTGTACAATCATTCACCCTAATAG
AATTGTGGCAGGTGTATCCTTGATATATGGCAGGATAGGGGGTACTTATACCATACTCATCACTGAAAGATTGCAGCTCAGGTTTAGAAAACATGACTACACAAGAAGAACCGATGCTTAGGAAAAATGCCAACTTACAAAAGAATTCCTCGACAGAAAACAGTTACAAGGGCTGAAAACCGAGCACAAGCATCTTGGGC
ACATCCTTGTACATTCATCTTGCAAGGCCATTGCTAAAGTGTCAAAGATCACATCTCCAGAGAGATGGGCCTATAAACATCACAGAACGGGCTACCAATGCCTGACTGGCATAAAATTTCATGAGACACCACACTGCAATGGGTTCTTCAAGTGGTAATGATTGCAACCATGCCAAGGCAGCAGTGCTTTGGATCATCAT
ACAGACAAAAGAAATGTAAAACTACAGTTGCAGCTTGCAACACCCCAATTTCTGGGTGAAAAGGAACCTTCTGCAGCAACAGAAGACTCCTCTCACAACAGCCTGGAGCTACATAAGTAGAATTCCTTCCAAGTGATACTAACCCACAGCAACCCAGAATTCACGAAGTTGTAGCCTCTGCTCACATTTTGAACCATTAA
TCATAATTGAAATCCTTCACAGAGTAATCCCTGTCGACTCGTTGAGTAAAGGCACTGGAACATGATTTGCAACTTACAAAGCTGTTAACTTAGTTTAAAAACTTTAGACTTTTAACCAAACTGGATCACGAAAAGGCCTCAGTCGCCTCAGTCGTAGTTGAAGCAACTGAAATCACTATAACCAAACTTGAAGCCATAAA
GAGACAAACATATGTCTGCACTTAGTGATTATCCATTCATGCCAAGATTCTAGATGACTGTACCAGCCAGGATGAATGCAGTGTCTTGCATAACCCTGCACCTGTTATGATTTGGTGCAAAGGAGAAGGCTCTACAGGGGATCGAAGGTTCTATGCCATTTGCAGGTTCCATTTGAATTTGTTCATCATAAATTTGGTTC
TAGTAAATGCCTAAGTGTTTGACTTGCTCCCATAATAGAAATGATGCTTTCTATAATTGCTGAGCAGTTAAGTGATTTTACTCTTCTTCTAAATACCCACTGATCGTTGCTTATAATGTGAAGCCTATGTATTGGCAATGTTTGCTGAGCAGGTATTGTGAATGCTTCGCATCTGGGATATACTGTGATGGATGTAATTG
TGTCAATTGTTATAACAATGTTGACCATGAAACTGTGAGACGGGAAGCTGTTGATGCAATACTTGAGCGTAATCCTAATGCATTTCGGCCTAAGATTGCAAGCAGTCCAACTGCTGTTCGAGATAACAGGGAAGATATGGGAGAGCAACTTCTTCCAGCTAAACATAATAAAGGGTGCCATTGCAAGAAATCGGGATGTT
TGAAGAAGTATTGTGAATGTTTCCAAGGAAATATTTTATGCTCTGAAAATTGCAAATGCATTGATTGCAAGAATTATGAAAACAGTGAAGAAAGAAGGGCTCTCTATCAAAGTGATATTACTGGAAGCTTAAACTATCCTCAGCCTGTACCAAATGCTCCTATGTCTGTAACAACTGGACCTGTAGGTTATTCGTCTCCT
TCACCTAGCAAAAGGAGGAAAACTCAGGAAGTCCTATTTAGTCAAGCACCAAAGGAACATGCTTCTCGCCAAACATCTCAAGCTCTACAGGGCAGTGCTCTGAAAAATATTTCCACAATGAATGCTTCAAATCCTCCCCTCTCAACAGTTAATGGAACTGGAGCTTTTGGGATTCCATCCTCTAAGCTTATTTACAGGTC
TCTTTTGGCTGATGTGGTCCAGACAGACACTGTTAAAGGTCTCTGCGAACTTCTTGTCATTGCCTCCAGAGAAGCTGCAAATGGTTGTGGAGCTCAAACAAGTTTGGAAAGTGGGCCTTTGGATAAGCAAGCAGCCAAGGGAAGCAGTTTGACAAATAACAAAGATTCCCCTGAATCATCAACTCAAAATGAGTTTCGTA
ATGAACAGATTCGAGATGATAGGTTGGAGAGTGATCGAGGGTACAAGGTTGCTGCTGGGGCATCATCTTCTAACTGTGCTGACGAGCCAGAATTTGATAGTGGTACCAATTCTTGTAAGCAAAGGGCCATGTCACCAGGTACTTTAGCTCTGATGTGTGATGAACAAGATACTCTCTTTACAGCTCCATCTTCACCCTCA
GGTGGTTGTAGAAGGCCTTGCAGTCATCATACAACACAAACGTTTGCCGAACAAGAGAGAATTATCTTGTCAGAATTTCGTGACTGTCTTCGGAGAATTATTGATGTAGGCAAAAAAAGAGCCACACAGTATTCGACAGAGGCAGCAACGGCAATGAAAAGGAACCAGCAGCCTGAATTAAATCCTCATCTTAGCAGGCC
TGTACATGTGAGCAAAACTGTTATTGTTCCTTCATCGGTGCCACTATCAGCTAGTTCAGGGGCCTTAATGACTGAGGTAAATGTCAGTTCTTCTGGATCGTTACGAAATGGAGACAAGTCTGATGCAGTGGTTACATGCCGACAGCAATTATGACAAATGGTAATTGATATAGGGTTAGAAATATGTTCAGTTTCATTAT
GAATGGGAAATGATAATGATTACTTTCCAATTGGAAAATAATAAATGTTGTATAATTCACAACTGGAACAAGTAGTTTCTTTTAGCAGTCGTAATTAAATTTTAACAAGCTACGATTTTGACAGAAATAATTCTTTTTTGGAATGTTTTTTATGATATTAAGCCTTGTCATTTCTGTGCGACAGATTGGTTTGTCTTCTG
ACCTAAAGATAAGTGTTGGCCAAGTTTTTTGTGCCTTAGATCTGTGGAAACAGATGTTGACTAAATCCAGTAGTGCTGTTGCAATATATGGGCAGAATCCAGGGGATCAATTAGATGGCTTTTAGTGCAGAACTGATAGTTTCTTTTAGTCTTTTCTGAATTCCCATGGTTCATATGTACTGTTTACTATTGTAAAGGAA
TTAACCCTTTTTCACATGGTTTGGATCTTCATCTCACTTCTTTTGAACTAGTTTCAAGTTGGGGATTATAGATGTTTATTAATGTTATTGTTCTTAGTTCAGAGTTTGATGCCTTGGACATTTCCATACAGAGAACATGGAATTTGTTTCAGACAGCATCAATACCGCGATCATCGATTCGCGATTATTCATCTGTATTA
TACTGAAATTCGTCTTATTCAAAACCTGTCAATTGATTCCC
>TRINITY_DN118811_c3_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGAAGCTGCAAATGGTTGTGGAGgtgatcccatggttttcatttatacaaattactttaaaattagttgtgcttgatctaaattttcaaaagagctggatgccattctattgcttgctgtctaaactttagattggcgttagttgaaactccagatgtttttctgagaatgcatggatttatgtcctaaatataacttta
actgaattatattaagtttttgtctgttatagatttgatagagaatttacatctctgattttaattagcagCTCAAACAAGTTTGGAAAGTGGGCCTTTGGATAAGCAAGCAGCCAAGGGAAGCAGTTTGACAAATAACAAAGATTCCCCTGAATCATCAACTCAAAATGAGTTTCGTAATGAACAGATTCGAGATGATA
GGTTGGAGAGTGATCGAGGGTACAAGGTTGCTGCTGGGGCATCATCTTCTAACTGTGCTGACGAGCCAGAATTTGATAGTGGTACCAATTCTTGTAAGCAAAGGGCCATGTCACCAGGTACTTTAGCTCTGATGTGTGATGAACAAGATACTCTCTTTACAGCTCCATCTTCACCCTCAGGTGGTTGTAGAAGGCCTTGC
AGTCATCATACAACACAAACGTTTGCCGAACAAGAGAGAATTATCTTGTCAGAATTTCGTGACTGTCTTCGGAGAATTATTGATGTAGGCAAAAAAAGAGCCACACAGTATTCGACAGAGGCAGCAACGGCAATGAAAAGGAACCAGCAGCCTGAATTAAATCCTCATCTTAGCAGGCCTGTACCTGTGAGTAAAACTGT
TATTGTTCCTTCATCGGTGCCACTATCAGCTAGTTCAGGGGCCTTAATGACTGAGGTAAATGTCAGTTCTTCTGGATCGTTACGAAATGGAGACAAGTCTGATGCAGTGGTTACATGCCGACAGCAATTATGACAAATGGTAATTGATATAGGGTTAGAAATATGTTCAGTTTCATTATGAATGGGAAATGATAATGATT
ACTTTCCAATTGGAAAATAATAAATGTTGTATAATTCACAACTGGAACAAGTAGTTTCTTTTAGCAGTCGTAATTAAATTTTAACAAGCTACGATTTTGACAGAAATAATTCTTTTTTGGAATGTTTTTTATGATATTAAGCCTTGTCATTTCTGTGCGACAGATTGGTTTGTCTTCTGACCTAAAGATAAGTGTTGGCC
AAGTTTTTTGTGCCTTAGATCTGTGGAAACAGATGTTGACTAAATCCAGTAGTGCTGTTGCAATATATGGGCAGAATCCAGGGGATCAATTAGATGGCTTTTAGTGCAGAACTGATAGTTTCTTTTAGTCTTTTCTGAATTCCCATGGTTCATATGTACTGTTTACTATTGTAAAGGAATTAACCCTTTTTCACATGGTT
TGGATCTTCATCTCACTTCTTTTGAACTAGTTTCAAGTTGGGGATTATAGATGTTTATTAATGTTATTGTTCTTAGTTCAGAGTTTGATGCCTTGGACATTTCCATACAGAGAACATGGAATTTGTTTCAGACAGCATCAATACCGCGATCATCGATTCGCGATTATTCATCTGTATTATACTGAAATTCGTCTTATTCA
AAACCTGTCAATTGATTCCC
Intron 3 GTAATTGATA ... TGTGCGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 59.9 | 107.9 | 198 | 118 |
| A2 | 57.79 | 91.6 | 175 | 67.6 |
| A3 | 60.56 | 74.9 | 146 | 78 |
| A4 | 58.43 | 55.9 | 89 | 63 |
| A5 | 57.77 | 33.1 | 59 | 29 |
| A6 | 61.65 | 485.4 | 961 | 570.6 |
| A7 | 60.6 | 519.3 | 1020.3 | 545.6 |
| A8 | 60.28 | 1015.6 | 1983 | 1045.3 |
| A9 | 59.47 | 615.4 | 1086 | 694.9 |
| A10 | 59.65 | 329.1 | 636 | 317.6 |
>TRINITY_DN118811_c3_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCTTATTGACGATTCTGGGCCGTCCACAAGATTGAATTGAATCGCGGGAGGTTGGAGGGTTTTAAGAGAAAACCAAAAGAATTTCCGGTCCCGCCATGCTTCTCGTCGCTGTTTCCGTTCCCTTCTTCAATGTCCGTCAATTTGGCTGCTTCATTCTGAAATCCGTCGCCCCGACTTCAAAGGCCTCTGATGATTTCTGTC
AGGAAGACAGGCATTCGCTGGAGTTTTTAACTATCTTCTAGAGAGAACTGGACTGACAGATCGATCGGCGGTGGTCGATGTTTCCTCAGCAAGGAGAAGGAAGAGCTGGAGGAGGGGTGGTGTCCCCGCCTGGTGGAGGCGTTAAGCAGGAGCAGCAGGGGGACCTCCCTGCAAGGAAATCCGTCAGACAACTTGATTTC
ACCTCCACCTCCATGTATGGAGATTCCTCCACTTCTTCAGACACAGCCCTGCGCACATCTCAACAGCCTTCTTCTATAAAGCAAGGATCTCCAAGAGGGTCATTCTCAGGACCACTAAGTGATTCAAAGGAAGGAACTCCAAAGAAATCAAGACAGTGCAATTGCAAAAATTCACGCTGCCTGAAATTGTATTGTGAATG
CTTCGCATCTGGGATATACTGTGATGGATGTAATTGTGTCAATTGTTATAACAATGTTGACCATGAAACTGTGAGACGGGAAGCTGTTGATGCAATACTTGAGCGTAATCCTAATGCATTTCGGCCTAAGATTGCAAGCAGTCCAACTGCTGTTCGAGATAACAGGGAAGATATGGGAGAGCAACTTCTTCCAGCTAAAC
ATAATAAAGGGTGCCATTGCAAGAAATCGGGATGTTTGAAGAAGTATTGTGAATGTTTCCAAGGAAATATTTTATGCTCTGAAAATTGCAAATGCATTGATTGCAAGAATTATGAAAACAGTGAAGAAAGAAGGGCTCTCTATCAAAGTGATATTACTGGAAGCTTAAACTATCCTCAGCCTGTACCAAATGCTCCTATG
TCTGTAACAACTGGACCTGTAGGTTATTCGTCTCCTTCACCTAGCAAAAGGAGGAAAACTCAGGAAGTCCTATTTAGTCAAGCACCAAAGGAACATGCTTCTCGCCAAACATCTCAAGCTCTACAGGGCAGTGCTCTGAAAAATATTTCCACAATGAATGCTTCAAATCCTCCCCTCTCAACAGTTAATGGAACTGGAGC
TTTTGGGATTCCATCCTCTAAGCTTATTTACAGGTCTCTTTTGGCTGATGTGGTCCAGACAGACACTGTTAAAGGTCTCTGCGAACTTCTTGTCATTGCCTCCAGAGAAGCTGCAAATGGTTGTGGAGCTCAAACAAGTTTGGAAAGTGGGCCTTTGGATAAGCAAGCAGCCAAGGGAAGCAGTTTGACAAATAACAAAG
ATTCCCCTGAATCATCAACTCAAAATGAGTTTCGTAATGAACAGATTCGAGATGATAGGTTGGAGAGTGATCGAGGGTACAAGGTTGCTGCTGGGGCATCATCTTCTAACTGTGCTGACGAGCCAGAATTTGATAGTGGTACCAATTCTTGTAAGCAAAGGGCCATGTCACCAGGTACTTTAGCTCTGATGTGTGATGAA
CAAGATACTCTCTTTACAGCTCCATCTTCACCCTCAGGTGGTTGTAGAAGGCCTTGCAGTCATCATACAACACAAACGTTTGCCGAACAAGAGAGAATTATCTTGTCAGAATTTCGTGACTGTCTTCGGAGAATTATTGATGTAGGCAAAAAAAGAGCCACACAGTATTCGACAGAGGCAGCAACGGCAATGAAAAGGAA
CCAGCAGCCTGAATTAAATCCTCATCTTAGCAGGCCTGTACATGTGAGCAAAACTGTTATTGTTCCTTCATCGGTGCCACTATCAGCTAGTTCAGGGGCCTTAATGACTGAGGTAAATGTCAGTTCTTCTGGATCGTTACGAAATGGAGACAAGTCTGATGCAGTGGTTACATGCCGACAGCAATTATGACAAATGATTG
GTTTGTCTTCTGACCTAAAGATAAGTGTTGGCCAAGTTTTTTGTGCCTTAGATCTGTGGAAACAGATGTTGACTAAATCCAGTAGTGCTGTTGCAATATATGGGCAGAATCCAGGGGATCAATTAGATGGCTTTTAGTGCAGAACTGATAGTTTCTTTTAGTCTTTTCTGAATTCCCATGGTTCATATGTACTGTTTACT
ATTGTAAAGGAATTAACCCTTTTTCACATGGTTTGGATCTTCATCTCACTTCTTTTGAACTAGTTTCAAGTTGGGGATTATAGATGTTTATTAATGTTATTGTTCTTAGTTCAGAGTTTGATGCCTTGGACATTTCCATACAGAGAACATGGAATTTGTTTCAGACAGCATCAATACCGCGATCATCGATTCGCGATTAT
TCATCTGTATTATACTGAAATTCGTCTTATTCAAAACCTGTCAATTGATTCCC
>TRINITY_DN118811_c3_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGAAGCTGCAAATGGTTGTGGAGGTGATCCCATGGTTTTCATTTATACAAATTACTTTAAAATTAGTTGTGCTTGATCTAAATTTTCAAAAGAGCTGGATGCCATTCTATTGCTTGCTGTCTAAACTTTAGATTGGCGTTAGTTGAAACTCCAGATGTTTTTCTGAGAATGCATGGATTTATGTCCTAAATATAACTTTA
ACTGAATTATATTAAGTTTTTGTCTGTTATAGATTTGATAGAGAATTTACATCTCTGATTTTAATTAGCAGCTCAAACAAGTTTGGAAAGTGGGCCTTTGGATAAGCAAGCAGCCAAGGGAAGCAGTTTGACAAATAACAAAGATTCCCCTGAATCATCAACTCAAAATGAGTTTCGTAATGAACAGATTCGAGATGATA
GGTTGGAGAGTGATCGAGGGTACAAGGTTGCTGCTGGGGCATCATCTTCTAACTGTGCTGACGAGCCAGAATTTGATAGTGGTACCAATTCTTGTAAGCAAAGGGCCATGTCACCAGGTACTTTAGCTCTGATGTGTGATGAACAAGATACTCTCTTTACAGCTCCATCTTCACCCTCAGGTGGTTGTAGAAGGCCTTGC
AGTCATCATACAACACAAACGTTTGCCGAACAAGAGAGAATTATCTTGTCAGAATTTCGTGACTGTCTTCGGAGAATTATTGATGTAGGCAAAAAAAGAGCCACACAGTATTCGACAGAGGCAGCAACGGCAATGAAAAGGAACCAGCAGCCTGAATTAAATCCTCATCTTAGCAGGCCTGTACCTGTGAGTAAAACTGT
TATTGTTCCTTCATCGGTGCCACTATCAGCTAGTTCAGGGGCCTTAATGACTGAGGTAAATGTCAGTTCTTCTGGATCGTTACGAAATGGAGACAAGTCTGATGCAGTGGTTACATGCCGACAGCAATTATGACAAATGgtaattgatatagggttagaaatatgttcagtttcattatgaatgggaaatgataatgatt
actttccaattggaaaataataaatgttgtataattcacaactggaacaagtagtttcttttagcagtcgtaattaaattttaacaagctacgattttgacagaaataattcttttttggaatgttttttatgatattaagccttgtcatttctgtgcgacagATTGGTTTGTCTTCTGACCTAAAGATAAGTGTTGGCC
AAGTTTTTTGTGCCTTAGATCTGTGGAAACAGATGTTGACTAAATCCAGTAGTGCTGTTGCAATATATGGGCAGAATCCAGGGGATCAATTAGATGGCTTTTAGTGCAGAACTGATAGTTTCTTTTAGTCTTTTCTGAATTCCCATGGTTCATATGTACTGTTTACTATTGTAAAGGAATTAACCCTTTTTCACATGGTT
TGGATCTTCATCTCACTTCTTTTGAACTAGTTTCAAGTTGGGGATTATAGATGTTTATTAATGTTATTGTTCTTAGTTCAGAGTTTGATGCCTTGGACATTTCCATACAGAGAACATGGAATTTGTTTCAGACAGCATCAATACCGCGATCATCGATTCGCGATTATTCATCTGTATTATACTGAAATTCGTCTTATTCA
AAACCTGTCAATTGATTCCC
Intron 4 GTATAGTCAT ... AATTTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.62 | 292 | 50 | 34.2 |
| A2 | 19.82 | 182 | 45 | 15.8 |
| A3 | 19.05 | 221 | 52 | 25 |
| A4 | 16.99 | 215 | 44 | 30 |
| A5 | 12.5 | 91 | 13 | 10.8 |
| A6 | 18.9 | 296 | 69 | 35.6 |
| A7 | 20.33 | 666 | 170 | 64.6 |
| A8 | 17.63 | 500 | 107 | 61.2 |
| A9 | 16.36 | 593 | 116 | 65.6 |
| A10 | 17.37 | 566 | 119 | 65 |
>TRINITY_DN118811_c3_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoformTAACTATAGTTATTTCACTGCATAAACAGAACAGATTTGTTTGGATTTCGTAGGTTGATCATTAAGTTGACAAGTAAGTAAATTTGTTCATTATTTATCACAGATTCTACTTGCTTTGGCATGCTGTTTCTTCTAACTCTTTTATTTTTTTAAATTTATCAGAAAGCAAGGATCTCCAAGAGGGTCATTCTCAGGACCAC
TAAGTGATTCAAAGGAAGGAACTCCAAAGAAATCAAGACAGTGCAATTGCAAAAATTCACGCTGCCTGAAATTGTAAGCTCTTTTGCCATGATATCATTACAAGTTGTGAATAAGATGCATTGTTTTACACTACCTTGTAATTTTGATTGGAGTCTTCAATCCATATTGTCCATTTAATTTGTTCATATAATATAATACT
AGTGTACATATTTTGAACTGTAAACTTCTTGTGAAATGCGTAACTTCCATGAATGTGCAAAACCAGTATATGACGAATTGCACAAGAATATGCAAGGTGAAATTGCCAATTCTATACTGGGCGTATTTTTGTGTTGCTTGTCTCCTGCCCTTTAAAATTTATTGATTACATCAGTTTTTTACCCTTTCTTTTTCTCTGTT
TGAAAAATGATGATATTATCATTAAGTCAGAAAAAGCACAATCATCCAATAAATGGTGCCCTTAAAGGGGCCTTCACCAAGCCCACACACCTAAGAGTTCCTTACCACATTGATATCTTTGCAAGTAGTCAAGACCAAAAACGATTAGTAGGTTGAAAAGGGGAATAAATGATACTGTGTACAATCATTCACCCTAATAG
AATTGTGGCAGGTGTATCCTTGATATATGGCAGGATAGGGGGTACTTATACCATACTCATCACTGAAAGATTGCAGCTCAGGTTTAGAAAACATGACTACACAAGAAGAACCGATGCTTAGGAAAAATGCCAACTTACAAAAGAATTCCTCGACAGAAAACAGTTACAAGGGCTGAAAACCGAGCACAAGCATCTTGGGC
ACATCCTTGTACATTCATCTTGCAAGGCCATTGCTAAAGTGTCAAAGATCACATCTCCAGAGAGATGGGCCTATAAACATCACAGAACGGGCTACCAATGCCTGACTGGCATAAAATTTCATGAGACACCACACTGCAATGGGTTCTTCAAGTGGTAATGATTGCAACCATGCCAAGGCAGCAGTGCTTTGGATCATCAT
ACAGACAAAAGAAATGTAAAACTACAGTTGCAGCTTGCAACACCCCAATTTCTGGGTGAAAAGGAACCTTCTGCAGCAACAGAAGACTCCTCTCACAACAGCCTGGAGCTACATAAGTAGAATTCCTTCCAAGTGATACTAACCCACAGCAACCCAGAATTCACGAAGTTGTAGCCTCTGCTCACATTTTGAACCATTAA
TCATAATTGAAATCCTTCACAGAGTAATCCCTGTCGACTCGTTGAGTAAAGGCACTGGAACATGATTTGCAACTTACAAAGCTGTTAACTTAGTTTAAAAACTTTAGACTTTTAACCAAACTGGATCACGAAAAGGCCTCAGTCGCCTCAGTCGTAGTTGAAGCAACTGAAATCACTATAACCAAACTTGAAGCCATAAA
GAGACAAACATATGTCTGCACTTAGTGATTATCCATTCATGCCAAGATTCTAGATGACTGTACCAGCCAGGATGAATGCAGTGTCTTGCATAACCCTGCACCTGTTATGATTTGGTGCAAAGGAGAAGGCTCTACAGGGGATCGAAGGTTCTATGCCATTTGCAGGTTCCATTTGAATTTGTTCATCATAAATTTGGTTC
TAGTAAATGCCTAAGTGTTTGACTTGCTCCCATAATAGAAATGATGCTTTCTATAATTGCTGAGCAGTTAAGTGATTTTACTCTTCTTCTAAATACCCACTGATCGTTGCTTATAATGTGAAGCCTATGTATTGGCAATGTTTGCTGAGCAGGTATTGTGAATGCTTCGCATCTGGGATATACTGTGATGGATGTAATTG
TGTCAATTGTTATAACAATGTTGACCATGAAACTGTGAGACGGGAAGCTGTTGATGCAATACTTGAGCGTAATCCTAATGCATTTCGGCCTAAGATTGCAAGCAGTCCAACTGCTGTTCGAGATAACAGGGAAGATATGGGAGAGCAACTTCTTCCAGCTAAACATAATAAAGGGTGCCATTGCAAGAAATCGGGATGTT
TGAAGAAGTATTGTGAATGTTTCCAAGGAAATATTTTATGCTCTGAAAATTGCAAATGCATTGATTGCAAGAATTATGAAAACAGTGAAGAAAGAAGGGCTCTCTATCAAAGTGATATTACTGGAAGCTTAAACTATCCTCAGCCTGTACCAAATGCTCCTATGTCTGTAACAACTGGACCTGTAGGTTATTCGTCTCCT
TCACCTAGCAAAAGGAGGAAAACTCAGGAAGTCCTATTTAGTCAAGCACCAAAGGAACATGCTTCTCGCCAAACATCTCAAGCTCTACAGGGCAGTGCTCTGAAAAATATTTCCACAATGAATGCTTCAAATCCTCCCCTCTCAACAGTTAATGGAACTGGAGCTTTTGGGATTCCATCCTCTAAGCTTATTTACAGGTC
TCTTTTGGCTGATGTGGTCCAGACAGACACTGTTAAAGGTCTCTGCGAACTTCTTGTCATTGCCTCCAGAGAAGCTGCAAATGGTTGTGGAGCTCAAACAAGTTTGGAAAGTGGGCCTTTGGATAAGCAAGCAGCCAAGGGAAGCAGTTTGACAAATAACAAAGATTCCCCTGAATCATCAACTCAAAATGAGTTTCGTA
ATGAACAGATTCGAGATGATAGGTTGGAGAGTGATCGAGGGTACAAGGTTGCTGCTGGGGCATCATCTTCTAACTGTGCTGACGAGCCAGAATTTGATAGTGGTACCAATTCTTGTAAGCAAAGGGCCATGTCACCAGGTACTTTAGCTCTGATGTGTGATGAACAAGATACTCTCTTTACAGCTCCATCTTCACCCTCA
GGTGGTTGTAGAAGGCCTTGCAGTCATCATACAACACAAACGTTTGCCGAACAAGAGAGAATTATCTTGTCAGAATTTCGTGACTGTCTTCGGAGAATTATTGATGTAGGCAAAAAAAGAGCCACACAGTATTCGACAGAGGCAGCAACGGCAATGAAAAGGAACCAGCAGCCTGAATTAAATCCTCATCTTAGCAGGCC
TGTACATGTGAGCAAAACTGTTATTGTTCCTTCATCGGTGCCACTATCAGCTAGTTCAGGGGCCTTAATGACTGAGGTAAATGTCAGTTCTTCTGGATCGTTACGAAATGGAGACAAGTCTGATGCAGTGGTTACATGCCGACAGCAATTATGACAAATGGTAATTGATATAGGGTTAGAAATATGTTCAGTTTCATTAT
GAATGGGAAATGATAATGATTACTTTCCAATTGGAAAATAATAAATGTTGTATAATTCACAACTGGAACAAGTAGTTTCTTTTAGCAGTCGTAATTAAATTTTAACAAGCTACGATTTTGACAGAAATAATTCTTTTTTGGAATGTTTTTTATGATATTAAGCCTTGTCATTTCTGTGCGACAGATTGGTTTGTCTTCTG
ACCTAAAGATAAGTGTTGGCCAAGTTTTTTGTGCCTTAGATCTGTGGAAACAGATGTTGACTAAATCCAGTAGTGCTGTTGCAATATATGGGCAGAATCCAGGGGATCAATTAGATGGCTTTTAGTGCAGAACTGATAGTTTCTTTTAGTCTTTTCTGAATTCCCATGGTTCATATGTACTGTTTACTATTGTAAAGGAA
TTAACCCTTTTTCACATGGTTTGGATCTTCATCTCACTTCTTTTGAACTAGTTTCAAGTTGGGGATTATAGATGTTTATTAATGTTATTGTTCTTAGTTCAGAGTTTGATGCCTTGGACATTTCCATACAGAGAACATGGAATTTGTTTCAGACAGCATCAATACCGCGATCATCGATTCGCGATTATTCATCTGTATTA
TACTGAAATTCGTCTTATTCAAAACCTGTCAATTGATTCCC
>TRINITY_DN118811_c3_g2_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTTATTGACGATTCTGGGCCGTCCACAAGATTGAATTGAATCGCGGGAGGTTGGAGGGTTTTAAGAGAAAACCAAAAGAATTTCCGGTCCCGCCATGCTTCTCGTCGCTGTTTCCGTTCCCTTCTTCAATGTCCGTCAATTTGGCTGCTTCATTCTGAAATCCGTCGCCCCGACTTCAAAGGCCTCTGATGATTTCTGTC
AGGAAGACAGGCATTCGCTGGAGTTTTTAACTATCTTCTAGAGAGAACTGGACTGACAGATCGATCGGCGGTGGTCGATGTTTCCTCAGCAAGGAGAAGGAAGAGCTGGAGGAGGGGTGGTGTCCCCGCCTGGTGGAGGCGTTAAGCAGGAGCAGCAGGGGGACCTCCCTGCAAGGAAATCCGTCAGACAACTTGATTTC
ACCTCCACCTCCATGTATGGAGATTCCTCCACTTCTTCAGACACAGCCCTGCGCACATCTCAACAGCCTTCTTCTATAAAGCAAGGATCTCCAAGAGGGTCATTCTCAGGACCACTAAGTGATTCAAAGGAAGGAACTCCAAAGAAATCAAGACAGTGCAATTGCAAAAATTCACGCTGCCTGAAATTGTATTGTGAATG
CTTCGCATCTGGGATATACTGTGATGGATGTAATTGTGTCAATTGTTATAACAATGTTGACCATGAAACTGTGAGACGGGAAGCTGTTGATGCAATACTTGAGCGTAATCCTAATGCATTTCGGCCTAAGATTGCAAGCAGTCCAACTGCTGTTCGAGATAACAGGGAAGATATGGGAGAGCAACTTCTTCCAGCTAAAC
ATAATAAAGGGTGCCATTGCAAGAAATCGGGATGTTTGAAGAAGTATTGTGAATGTTTCCAAGGAAATATTTTATGCTCTGAAAATTGCAAATGCATTGATTGCAAGAATTATGAAAACAGTGAAGAAAGAAGGGCTCTCTATCAAAGTGATATTACTGGAAGCTTAAACTATCCTCAGCCTGTACCAAATGCTCCTATG
TCTGTAACAACTGGACCTGTAGGTTATTCGTCTCCTTCACCTAGCAAAAGGAGGAAAACTCAGGAAGTCCTATTTAGTCAAGCACCAAAGGAACATGCTTCTCGCCAAACATCTCAAGCTCTACAGgtatagtcatatagatgttgaaatcttggtccttgtgctttctatggctgtagttttatccacatacgaggaaa
gaaaagttttgatttgctgctggtgtgagtaatttgatttgaccttggaaacagatgattaattgacaaggcatactgaactttgtaaatgggttatctcaatgtggaactttctagattacgatctttatagaattcattgtattatacatataaggttattttaatggaatttaacagGGCAGTGCTCTGAAAAATAT
TTCCACAATGAATGCTTCAAATCCTCCCCTCTCAACAGTTAATGGAACTGGAGCTTTTGGGATTCCATCCTCTAAGCTTATTTACAGGTCTCTTTTGGCTGATGTGGTCCAGACAGACACTGTTAAAGGTCTCTGCGAACTTCTTGTCATTGCCTCCAGAGAAGCTGCAAATGGTTGTGG
Intron 5 GTTTGTATCT ... GTTTATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.6 | 149 | 0 | 54 |
| A2 | 24.06 | 101 | 0 | 32 |
| A3 | 23.11 | 163 | 2 | 49 |
| A4 | 32.86 | 94 | 0 | 46 |
| A5 | 26.26 | 73 | 0 | 26 |
| A6 | 25.85 | 548 | 0 | 191 |
| A7 | 26 | 663 | 0 | 233 |
| A8 | 26.23 | 872 | 0 | 310 |
| A9 | 26.22 | 771 | 0 | 274 |
| A10 | 27.54 | 550 | 1 | 209 |
>TRINITY_DN109312_c0_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoformTGTACGTACGATGCACCTTATTGACGATTCTGGGCCGTCCACAAGATTGAATTGAATCGCGGGAGGTTGGAGGGTTTTAAGAGAAAACCAAAAGAATTTCCGGTCCCGCCATGCTTCTCGTCGCTGTTTCCGTTCCCTTCTTCAATGTCCGTCAATTTGGCTGCTTCATTCTGAAATCCGTCGCCCCGACTTCAAAGGCC
TCTGATGATTTCTGTCAGGAAGACAGGCATTCGCTGGAGTTTTTAACTATCTTCTAGAGAGAACTGGACTGACAGATCGATCGGCGGTGGTCGATGTTTCCTCAGCAAGGAGAAGGAAGAGCTGGAGGAGGGGTGGTGTCCCCGCCTGGTGGAGGCGTTAAGCAGGAGCAGCAGGGGGACCTCCCTGCAAGGAAATCCGT
CAGACAACTTGATTTCACCTCCACCTCCATGTATGGAGATTCCTCCACTTCTTCAGACACAGCCCTGCGCACATCTCAACAGCCTTCTTCTATAAAGCAAGGATCTCCAAGAGGGTCATTCTCAGGACCACTAAGTGATTCAAAGGAAGGAACTCCAAAGAAATCAAGACAGTGCAATTGCAAAAATTCACGCTGCCTGA
AATTGTATTGTGAATGCTTCGCATCTGGGATATACTGTGATGGATGTAATTGTGTCAATTGTTATAACAATGTTGACCATGAAACTGTGAGACGGGAAGCTGTTGATGCAATACTTGAGCGTAATCCTAATGCATTTCGGCCTAAGATTGCAAGCAGTCCAACTGCTGTTCGAGATAACAGGGAAGATATGGGAGAGCAA
CTTCTTCCAGCTAAACATAATAAAGGGTGCCATTGCAAGAAATCGGGATGTTTGAAGAAGTATTGTGAATGTTTCCAAGGAAATATTTTATGCTCTGAAAATTGCAAATGCATTGATTGCAAGAATTATGAAAACAGTGAAGAAAGAAGGGCTCTCTATCAAAGTGATATTACTGGAAGCTTAAACTATCCTCAGCCTGT
ACCAAATGCTCCTATGTCTGTAACAACTGGACCTGTAGGTTATTCGTCTCCTTCACCTAGCAAAAGGAGGAAAACTCAGGAAGTCCTATTTAGTCAAGCACCAAAGGAACATGCTTCTCGCCAAACATCTCAAGCTCTACAGGGCAGTGCTCTGAAAAATATTTCCACAATGAATGCTTCAAATCCTCCCCTCTCAACAG
TTAATGGAACTGGAGCTTTTGGTATTCCATCCTCTAAGCTTATTTACAGGTCTCTTTTGGCTGATGTGGTCCAGACAGACACTGTTAAAGGTCTCTGCGAACTTCTTGTCATTGCCTCCAGAGAAGCTGCAAATGGTTGTGGAGCTCAAACAAGTTTGGAAAGTGGGCCTTTGGATAAGCAAGCAGCCAAGGGAAGCAGT
TTGACAAATAACAAAGATTCCCCTGAATCATCAACTCAAAATGAGTTTCGTAATGAACAGATTCGAGATGATAGGTTGGAGAGTGATCGAGGGTACAAGGTTGCTGCTGGGGCATCATCTTCTAACTGTGCTGACGAGCCAGAATTTGATAGTGGTACCAATTCTTGTAAGCAAAGGGCCATGTCACCAGGTACTTTAGC
TCTGATGTGTGATGAACAAGATACTCTCTTTACAGCTCCATCTTCACCCTCAGGTGGTTGTAGAAGGCCTTGCAGTCATCATACAACACAAACGTTTGCCGAACAAGAGAGAATTATCTTGTCAGAATTTCGTGACTGTCTTCGGAGAATTATTGATGTAGGCAAAAAAAGAGCCACACAGTATTCGACAGAGGCAGCAA
CGGCAATGAAAAGGAACCAGCAGCCTGAATTAAATCCTCATCTTAGCAGGCCTGTACCTGTGAGTAAAACTGTTATTGTTCCTTCATCGGTGCCACTATCAGCTAGTTCAGGGGCCTTAATGACTGAGGTAAATGTCAGTTCTTCTGGATCGTTACGAAATGGAGACAAGTCTGATGCAGTGGTTACATGCCGACAGCAA
TTATGACAAATGGTAATTGATATAGGGTTAGAAATATGTTCAGTTTCATTATGAATGGGAAATGATAATGATTACTTTCCAATTGGAAAATAATAAATGTTGTATAATTCACAACTGGAACAAGTAGTTTCTTTTAGCAGTCGTAATTAAATTTTAACAAGCTACGATTTTGACAGAAATAATTCTTTTTTGGAATGTTT
TTTATGATATAAAGCCTTGTCATTTCTGTGCGACAGATTGGTTTGTCTTCTGACCTAAAGATAAGTGTTGGCCAAGTTTTTTGTGCCTTAGATCTGTGGAAACAGATGTTGACTAAATCCAGTAGTGCTGTTGCAATATATGGGCAGAATCCAGGGGATCAATTAGATGGCTTTTAGTGCAGAACTGATAGTTTCTTTTA
GTCTTTTCTGAATTCCTATGGTTCATATGTACTGTTTACTATTGTAAAGGAATTAACCCTTTTTCACATGGTTTGGATCTTCATCTCACTTCTTTTGAACTAGTTTCAAGTTGGGGATTATAGATGTTTATTAATGTTATTGTTCTT
>TRINITY_DN109312_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:TATTGATGTAGGCAAAAAAAGAGgtttgtatctaatgattttcactagattgatttatggtcatgtaacatggtcatataacttgctatgtgagttcatttatttttctggaagagggtcttatgaagataatttttgtttatacagCCACACAGTATTCGACAGAGGCAGCAACGGCAATGAAAAGGAACCAGCAGCCT
GAATTAAATCCTCATCTTAGCAGGCCTGTACCTGTGAGTAAAACTGTTATTGTTCCTTCATCGGTGCCACTATCAGCTAGTTCAGGGGCCTTAATGACTGAGGTAAATGTCAGTTCTTCTGGATCGTTACGAAATGGAGACAAGTCTGATGCAGTGGTTACATGCCGACAGCAATTATGACAAATG
Intron 6 GTAAGCTCTT ... TGCTGAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.78 | 234 | 12 | 73 |
| A2 | 20.56 | 143 | 10 | 37 |
| A3 | 19.17 | 194 | 14 | 46 |
| A4 | 23.79 | 205 | 15 | 64 |
| A5 | 16.36 | 92 | 6 | 18 |
| A6 | 21.46 | 161 | 7 | 44 |
| A7 | 18.98 | 427 | 10 | 100 |
| A8 | 19.18 | 198 | 3 | 47 |
| A9 | 17.01 | 400 | 10 | 82 |
| A10 | 23.72 | 402 | 3 | 125 |
>TRINITY_DN118811_c3_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCTTATTGACGATTCTGGGCCGTCCACAAGATTGAATTGAATCGCGGGAGGTTGGAGGGTTTTAAGAGAAAACCAAAAGAATTTCCGGTCCCGCCATGCTTCTCGTCGCTGTTTCCGTTCCCTTCTTCAATGTCCGTCAATTTGGCTGCTTCATTCTGAAATCCGTCGCCCCGACTTCAAAGGCCTCTGATGATTTCTGTC
AGGAAGACAGGCATTCGCTGGAGTTTTTAACTATCTTCTAGAGAGAACTGGACTGACAGATCGATCGGCGGTGGTCGATGTTTCCTCAGCAAGGAGAAGGAAGAGCTGGAGGAGGGGTGGTGTCCCCGCCTGGTGGAGGCGTTAAGCAGGAGCAGCAGGGGGACCTCCCTGCAAGGAAATCCGTCAGACAACTTGATTTC
ACCTCCACCTCCATGTATGGAGATTCCTCCACTTCTTCAGACACAGCCCTGCGCACATCTCAACAGCCTTCTTCTATAAAGCAAGGATCTCCAAGAGGGTCATTCTCAGGACCACTAAGTGATTCAAAGGAAGGAACTCCAAAGAAATCAAGACAGTGCAATTGCAAAAATTCACGCTGCCTGAAATTGTATTGTGAATG
CTTCGCATCTGGGATATACTGTGATGGATGTAATTGTGTCAATTGTTATAACAATGTTGACCATGAAACTGTGAGACGGGAAGCTGTTGATGCAATACTTGAGCGTAATCCTAATGCATTTCGGCCTAAGATTGCAAGCAGTCCAACTGCTGTTCGAGATAACAGGGAAGATATGGGAGAGCAACTTCTTCCAGCTAAAC
ATAATAAAGGGTGCCATTGCAAGAAATCGGGATGTTTGAAGAAGTATTGTGAATGTTTCCAAGGAAATATTTTATGCTCTGAAAATTGCAAATGCATTGATTGCAAGAATTATGAAAACAGTGAAGAAAGAAGGGCTCTCTATCAAAGTGATATTACTGGAAGCTTAAACTATCCTCAGCCTGTACCAAATGCTCCTATG
TCTGTAACAACTGGACCTGTAGGTTATTCGTCTCCTTCACCTAGCAAAAGGAGGAAAACTCAGGAAGTCCTATTTAGTCAAGCACCAAAGGAACATGCTTCTCGCCAAACATCTCAAGCTCTACAGGGCAGTGCTCTGAAAAATATTTCCACAATGAATGCTTCAAATCCTCCCCTCTCAACAGTTAATGGAACTGGAGC
TTTTGGGATTCCATCCTCTAAGCTTATTTACAGGTCTCTTTTGGCTGATGTGGTCCAGACAGACACTGTTAAAGGTCTCTGCGAACTTCTTGTCATTGCCTCCAGAGAAGCTGCAAATGGTTGTGGAGCTCAAACAAGTTTGGAAAGTGGGCCTTTGGATAAGCAAGCAGCCAAGGGAAGCAGTTTGACAAATAACAAAG
ATTCCCCTGAATCATCAACTCAAAATGAGTTTCGTAATGAACAGATTCGAGATGATAGGTTGGAGAGTGATCGAGGGTACAAGGTTGCTGCTGGGGCATCATCTTCTAACTGTGCTGACGAGCCAGAATTTGATAGTGGTACCAATTCTTGTAAGCAAAGGGCCATGTCACCAGGTACTTTAGCTCTGATGTGTGATGAA
CAAGATACTCTCTTTACAGCTCCATCTTCACCCTCAGGTGGTTGTAGAAGGCCTTGCAGTCATCATACAACACAAACGTTTGCCGAACAAGAGAGAATTATCTTGTCAGAATTTCGTGACTGTCTTCGGAGAATTATTGATGTAGGCAAAAAAAGAGCCACACAGTATTCGACAGAGGCAGCAACGGCAATGAAAAGGAA
CCAGCAGCCTGAATTAAATCCTCATCTTAGCAGGCCTGTACATGTGAGCAAAACTGTTATTGTTCCTTCATCGGTGCCACTATCAGCTAGTTCAGGGGCCTTAATGACTGAGGTAAATGTCAGTTCTTCTGGATCGTTACGAAATGGAGACAAGTCTGATGCAGTGGTTACATGCCGACAGCAATTATGACAAATGATTG
GTTTGTCTTCTGACCTAAAGATAAGTGTTGGCCAAGTTTTTTGTGCCTTAGATCTGTGGAAACAGATGTTGACTAAATCCAGTAGTGCTGTTGCAATATATGGGCAGAATCCAGGGGATCAATTAGATGGCTTTTAGTGCAGAACTGATAGTTTCTTTTAGTCTTTTCTGAATTCCCATGGTTCATATGTACTGTTTACT
ATTGTAAAGGAATTAACCCTTTTTCACATGGTTTGGATCTTCATCTCACTTCTTTTGAACTAGTTTCAAGTTGGGGATTATAGATGTTTATTAATGTTATTGTTCTTAGTTCAGAGTTTGATGCCTTGGACATTTCCATACAGAGAACATGGAATTTGTTTCAGACAGCATCAATACCGCGATCATCGATTCGCGATTAT
TCATCTGTATTATACTGAAATTCGTCTTATTCAAAACCTGTCAATTGATTCCC
>TRINITY_DN118811_c3_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:TAACTATAGTTATTTCACTGCATAAACAGAACAGATTTGTTTGGATTTCGTAGGTTGATCATTAAGTTGACAAGTAAGTAAATTTGTTCATTATTTATCACAGATTCTACTTGCTTTGGCATGCTGTTTCTTCTAACTCTTTTATTTTTTTAAATTTATCAGAAAGCAAGGATCTCCAAGAGGGTCATTCTCAGGACCAC
TAAGTGATTCAAAGGAAGGAACTCCAAAGAAATCAAGACAGTGCAATTGCAAAAATTCACGCTGCCTGAAATTgtaagctcttttgccatgatatcattacaagttgtgaataagatgcattgttttacactaccttgtaattttgattggagtcttcaatccatattgtccatttaatttgttcatataatataatact
agtgtacatattttgaactgtaaacttcttgtgaaatgcgtaacttccatgaatgtgcaaaaccagtatatgacgaattgcacaagaatatgcaaggtgaaattgccaattctatactgggcgtatttttgtgttgcttgtctcctgccctttaaaatttattgattacatcagttttttaccctttctttttctctgtt
tgaaaaatgatgatattatcattaagtcagaaaaagcacaatcatccaataaatggtgcccttaaaggggccttcaccaagcccacacacctaagagttccttaccacattgatatctttgcaagtagtcaagaccaaaaacgattagtaggttgaaaaggggaataaatgatactgtgtacaatcattcaccctaatag
aattgtggcaggtgtatccttgatatatggcaggatagggggtacttataccatactcatcactgaaagattgcagctcaggtttagaaaacatgactacacaagaagaaccgatgcttaggaaaaatgccaacttacaaaagaattcctcgacagaaaacagttacaagggctgaaaaccgagcacaagcatcttgggc
acatccttgtacattcatcttgcaaggccattgctaaagtgtcaaagatcacatctccagagagatgggcctataaacatcacagaacgggctaccaatgcctgactggcataaaatttcatgagacaccacactgcaatgggttcttcaagtggtaatgattgcaaccatgccaaggcagcagtgctttggatcatcat
acagacaaaagaaatgtaaaactacagttgcagcttgcaacaccccaatttctgggtgaaaaggaaccttctgcagcaacagaagactcctctcacaacagcctggagctacataagtagaattccttccaagtgatactaacccacagcaacccagaattcacgaagttgtagcctctgctcacattttgaaccattaa
tcataattgaaatccttcacagagtaatccctgtcgactcgttgagtaaaggcactggaacatgatttgcaacttacaaagctgttaacttagtttaaaaactttagacttttaaccaaactggatcacgaaaaggcctcagtcgcctcagtcgtagttgaagcaactgaaatcactataaccaaacttgaagccataaa
gagacaaacatatgtctgcacttagtgattatccattcatgccaagattctagatgactgtaccagccaggatgaatgcagtgtcttgcataaccctgcacctgttatgatttggtgcaaaggagaaggctctacaggggatcgaaggttctatgccatttgcaggttccatttgaatttgttcatcataaatttggttc
tagtaaatgcctaagtgtttgacttgctcccataatagaaatgatgctttctataattgctgagcagttaagtgattttactcttcttctaaatacccactgatcgttgcttataatgtgaagcctatgtattggcaatgtttgctgagcagGTATTGTGAATGCTTCGCATCTGGGATATACTGTGATGGATGTAATTG
TGTCAATTGTTATAACAATGTTGACCATGAAACTGTGAGACGGGAAGCTGTTGATGCAATACTTGAGCGTAATCCTAATGCATTTCGGCCTAAGATTGCAAGCAGTCCAACTGCTGTTCGAGATAACAGGGAAGATATGGGAGAGCAACTTCTTCCAGCTAAACATAATAAAGGGTGCCATTGCAAGAAATCGGGATGTT
TGAAGAAGTATTGTGAATGTTTCCAAGGAAATATTTTATGCTCTGAAAATTGCAAATGCATTGATTGCAAGAATTATGAAAACAGTGAAGAAAGAAGGGCTCTCTATCAAAGTGATATTACTGGAAGCTTAAACTATCCTCAGCCTGTACCAAATGCTCCTATGTCTGTAACAACTGGACCTGTAGGTTATTCGTCTCCT
TCACCTAGCAAAAGGAGGAAAACTCAGGAAGTCCTATTTAGTCAAGCACCAAAGGAACATGCTTCTCGCCAAACATCTCAAGCTCTACAGGGCAGTGCTCTGAAAAATATTTCCACAATGAATGCTTCAAATCCTCCCCTCTCAACAGTTAATGGAACTGGAGCTTTTGGGATTCCATCCTCTAAGCTTATTTACAGGTC
TCTTTTGGCTGATGTGGTCCAGACAGACACTGTTAAAGGTCTCTGCGAACTTCTTGTCATTGCCTCCAGAGAAGCTGCAAATGGTTGTGGAGCTCAAACAAGTTTGGAAAGTGGGCCTTTGGATAAGCAAGCAGCCAAGGGAAGCAGTTTGACAAATAACAAAGATTCCCCTGAATCATCAACTCAAAATGAGTTTCGTA
ATGAACAGATTCGAGATGATAGGTTGGAGAGTGATCGAGGGTACAAGGTTGCTGCTGGGGCATCATCTTCTAACTGTGCTGACGAGCCAGAATTTGATAGTGGTACCAATTCTTGTAAGCAAAGGGCCATGTCACCAGGTACTTTAGCTCTGATGTGTGATGAACAAGATACTCTCTTTACAGCTCCATCTTCACCCTCA
GGTGGTTGTAGAAGGCCTTGCAGTCATCATACAACACAAACGTTTGCCGAACAAGAGAGAATTATCTTGTCAGAATTTCGTGACTGTCTTCGGAGAATTATTGATGTAGGCAAAAAAAGAGCCACACAGTATTCGACAGAGGCAGCAACGGCAATGAAAAGGAACCAGCAGCCTGAATTAAATCCTCATCTTAGCAGGCC
TGTACATGTGAGCAAAACTGTTATTGTTCCTTCATCGGTGCCACTATCAGCTAGTTCAGGGGCCTTAATGACTGAGGTAAATGTCAGTTCTTCTGGATCGTTACGAAATGGAGACAAGTCTGATGCAGTGGTTACATGCCGACAGCAATTATGACAAATGGTAATTGATATAGGGTTAGAAATATGTTCAGTTTCATTAT
GAATGGGAAATGATAATGATTACTTTCCAATTGGAAAATAATAAATGTTGTATAATTCACAACTGGAACAAGTAGTTTCTTTTAGCAGTCGTAATTAAATTTTAACAAGCTACGATTTTGACAGAAATAATTCTTTTTTGGAATGTTTTTTATGATATTAAGCCTTGTCATTTCTGTGCGACAGATTGGTTTGTCTTCTG
ACCTAAAGATAAGTGTTGGCCAAGTTTTTTGTGCCTTAGATCTGTGGAAACAGATGTTGACTAAATCCAGTAGTGCTGTTGCAATATATGGGCAGAATCCAGGGGATCAATTAGATGGCTTTTAGTGCAGAACTGATAGTTTCTTTTAGTCTTTTCTGAATTCCCATGGTTCATATGTACTGTTTACTATTGTAAAGGAA
TTAACCCTTTTTCACATGGTTTGGATCTTCATCTCACTTCTTTTGAACTAGTTTCAAGTTGGGGATTATAGATGTTTATTAATGTTATTGTTCTTAGTTCAGAGTTTGATGCCTTGGACATTTCCATACAGAGAACATGGAATTTGTTTCAGACAGCATCAATACCGCGATCATCGATTCGCGATTATTCATCTGTATTA
TACTGAAATTCGTCTTATTCAAAACCTGTCAATTGATTCCC