NA ----> NA
Intron 1 GTGAGTATTG ... TATTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.09 | 132 | 34 | 0 |
| A2 | 18.23 | 77 | 16 | 2 |
| A3 | 15.93 | 107 | 19 | 8 |
| A4 | 22.45 | 109.5 | 30 | 2 |
| A5 | 30.11 | 45.5 | 19 | 0 |
| A6 | 19.73 | 770 | 181 | 4 |
| A7 | 20.66 | 518.5 | 129 | 2 |
| A8 | 23.38 | 557 | 162 | 12 |
| A9 | 19.29 | 508 | 115 | 0 |
| A10 | 19.84 | 402 | 94 | 3 |
>TRINITY_DN34698_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoformGCAAATGCGAGATTCGTATAATTTCCATCCAAATTCCTACATACGTGGAACACCTGATTTCTGTGTCCTGGTCTTCACATGGTCAAAATAAATAATGGAATCTCAACATCCCCGTGATCGTTCACAATAACAAACTAATTAAGCAACCTAAACTAACTAAACAATAAACAACAACGAACATTCCATAAGCAAAATTAGCA
ACAAAACCCAAAGCACAGAAGATTTGCAGAGATATGCAATTTTAAATCCCAGCTGCTAAATTCAGCGCCTTACAGCCTGTGGGTTGCTCAGAATTCACAGGATTACAGCCATCAACAATACCTTGACAGCCCAAATGCAATAAATTATTGCAATTTGAGATGTCTGGTGGTAGTGGTGGAGGAGCAGCAGCATTTGTGAG
ACAGCGCTACAATGTATCTGGATATTCGTCAAGCGGTGGAGAGGACTTAGAGGAGGACGATGCTTCAGGGCCTTCAATGGATTATCGTCCCCAATCCTCCAGACTTAATGGGTGGTACCGGCGATTTGAAACTCTCGTCTGGCTTGCTTCAGCTGTCTTCATCATCTACTGTGGGGATCTTCATTCCAATTTCTTGACAT
TGTTGCTCCGAGATGAACGTATCAAGAGAACAGCGTTGAATCTTGGGTTACTATGTGTCGCCTGCAACATTGGGATATTTTTATATCTATCCTTTTGGGTGAAGGATATGGCCAAAGTCGATGACAGATGGGAGATATTGTCTCCTGCTGCTATTCCCACAGCGACTGTAATTGGCCTCCTAGCATTTTTCCTGTTCTGC
TTGGCCTTGTGGCCAATATGGAGTTTCTTAACATTGCCTCTATTGGTAACATTTCTCCCAAACATTTGAGCTTGATTTAGAAATAAAGAGGAACTATTTAGGTGAACTTATGAAAAGGTCATCTCAGGCTTTTTCAGCTCACTGTTTTGACAATGCTTTTTGGAATATTTGTTAGAATTCCATGCATCTTACTCTGATTC
TTTTATTCTGTGACAGTTCACATTGTTTATGGCTTTTGTGGTTATATCTCCATATATTCCAGCATATGTAAAAATGAAACCAGATGCATACTTGCTCCGCTCGGATTGATGGAAACTTTTTAGTTGGAGTATGGAAAGGAAAGCAGCTTGAGAATTATTTTGGCTTATGTGCACAGGAAGGGAACAATAAGGTCAAGCAT
GTCTGATGGATGAGCCAAGGATTAATGCTGCCCACTATGGCTTCAAACCTATACTATTAGAGATTATAAACATGTGATCTTAGCTGCTAGTTGCAGTGGTCCATCTTTGCATCTGAGCAACAAGATGACAAAGGATCATTTTCTACAAAAGAAACTGGGAATACGTTGGCTTGATTTTCTTTTTGGGTATGCTGCAGTGA
TTATATTACATGTTTTTTGGATCTAATTTGATGCCTGTTGTCAATTAGAGATTTTTTTTTCTATTAAGCATGTGTTCCCTATATTACCAATTACTTTGTTACATTTTTGTATCCTTCTCATATATTATGTGATCGAGATTTATTTGGAAGACTGAATGATTACTGTTTACATTATTTAGCATTGTATATACCTTTCTTGG
ACTGAACACTTTGAGAGATGTTTTGGTTCCATGGCCACCTTTTTAATTTGATTTTGGTTCTGCGTGTAACAGTTGGC
>TRINITY_DN34698_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:GCAAATGCGAGATTCGTATAATTTCCATCCAAATTCCTACATACGTGGAACACCTGATTTCTGTGTCCTGGTCTTCACATGGTCAAAATAAATAATGGAATCTCAACATCCCCGTGATCGTTCACAATAACAAACTAATTAAGCAACCTAAACTAACTAAACAATAAACAACAACGAACATTCCATAAGCAAAATTAGCA
ACAAAACCCAAAGCACAGAAGATTTGCAGAGATATGCAATTTTAAATCCCAGCTGCTAAATTCAGCGCCTTACAGCCTGTGGGTTGCTCAGAATTCACAGGATTACAGCCATCAACAATACCTTGACAGCCCAAATGCAATAAATTATTGCAATTTGAGATGTCTGGTGGTAGTGGTGGAGGAGCAGCAGCATTTGTGAG
ACAGCGCTACAATGTATCTGGATATTCGTCAAGCGGTGGAGAGGACTTAGAGGAGGACGATGCTTCAGGGCCTTCAATGGATTATCGTCCCCAATCCTCCAGACTTAATGGGTGGTACCGGCGATTTGAAACTCTCGTCTGGCTTGCTTCAGCTGTCTTCATCATCTACTGTGGGGATCTTCATTCCAATTTCTTGACAT
TGTTGCTCCGAGATGAACGTATCAAGAGAACAGCGTTGAATCTTGGGTTACTATGTGTCGCCTGCAACATTGGGATATTTTTATATCTATCCTTTTGGGTGAAGGATATGGCCAAAGTCGATGACAGATGGGAGATATTGTCTCCTGCTGCTATTCCCACAGCGACTGTAATTGGCCTCCTAGCATTTTTCCTgtgagta
ttgtttatcctgtttatttctctagcattttgtttatgatatatgttcacattgtgcttcctagtatatgatttggttgtttgtatggtttgtcgaatttcagctgaataattatagtatctaagatttaaagttatgcattaatagaaattgattgttaagatgttatattctgcagGTTCTGCTTGGCCTTGTGGCCA
ATATGGAGTTTCTTAACATTGCCTCTATTGGTAACATTTCTCCCAAACATTTGAGCTTGATTTAGAAATAAAGAGGAACTATTTAGGTGAACTTATGAAAAGGTCATCTCAGGCTTTTTCAGCTCACTGTTTTGACAATGCTTTTTGGAATATTTGTTAGAATTCCATGCATCTTACTCTGATTCTTTTATTCTGTGACA
GTTCACATTGTTTATGGCTTTTGTGGTTATATCTCCATATATTCCAGCATATGTAAAAATGAAACCAGATGCATACTTGCTCCGCTCGGATTGATGGAAACTTTTTAGTTGGAGTATGGAAAGGAAAGCAGCTTGAGAATTATTTTGGCTTATGTGCACAGGAAGGGAACAATAAGGTCAAGCATGTCTGATGGATGAGC
CAAGGATTAATGCTGCCCACTATGGCTTCAAACCTATACTATTAGAGATTATAAACATGTGATCTTAGCTGCTAGTTGCAGTGGTCCATCTTTGCATCTGAGCAACAAGATGACAAAGGATCATTTTCTACAAAAGAAACTGGGAATACGTTGGCTTGATTTTCTTTTTGGGTATGCTGCAGTGATTATATTACATGTTT
TTTGGATCTAATTTGATGCCTGTTGTCAATTAGAGATTTTTTTTTCTATTAAGCATGTGTTCCCTATATTACCAATTACTTTGTTACATTTTTGTATCCTTCTCATATATTATGTGATCGAGATTTATTTGGAAGACTGAATGATTACTGTTTACATTATTTAGCATTGTATATACCTTTCTTGGACTGAACACTTTGAG
AGATGTTTTGGTTCCATGGCCACCTTTTTAATTTGATTTTGGTTCTGCGTGTAACAGTTGGC
Intron 2 GTAACATTTC ... TCTGTGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12.89 | 126 | 33.4 | 18.9 |
| A2 | 10.03 | 85 | 20.5 | 9.6 |
| A3 | 12.25 | 119 | 30.8 | 16.9 |
| A4 | 15.2 | 118 | 25.1 | 21.5 |
| A5 | 19.81 | 41 | 7 | 10.5 |
| A6 | 13.13 | 781 | 229.9 | 120 |
| A7 | 13.96 | 557.5 | 136.3 | 92.4 |
| A8 | 19.51 | 632 | 151 | 157.3 |
| A9 | 14.67 | 583 | 157.4 | 102.4 |
| A10 | 13.41 | 484.3 | 127 | 76.5 |
>TRINITY_DN95404_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformCTAAACTAACTAAACAATAAACAACAACGAACATTCCATAAGCAAAATTAGCAACAAAACCCAAAGCACAGAAGATTTGCAGAGATATGCAATTTTAAATCCCAGCTGCTAAATTCAGCGCCTTACAGCCTGTGGGTTGCTCAGAATTCACAGGATTACAGCCATCAACAATACCTTGACAGCCCAAATGCAATAAATTA
TTGCAATTTGAGATGTCTGGTGGTAGTGGTGGAGGAGCAGCAGCATTTGTGAGACAGCGCTACAATGTATCTGGATATTCGTCAAGCGGTGGAGAGGACTTAGAGGAGGACGATGCTTCAGGGCCTTCAATGGATTATCGTCCCCAATCCTCCAGACTTAATGGGTGGTACCGGCGATTTGAAACTCTCGTCTGGCTTGC
TTCAGCTGTCTTCATCATCTACTGTGGGGATCTTCATTCCAATTTCTTGACATTGTTGCTCCGAGATGAACGTATCAAGAGAACAGCGTTGAATCTTGGGTTACTATGTGTCGCCTGCAACATTGGGATATTTTTATATCTATCCTTTTGGGTGAAGGATATGGCCAAAGTCGATGACAGATGGGAGATATTGTCTCCTG
CTGCTATTCCCACAGCGACTGTAATTGGCCTCCTAGCATTTTTTCTGTTCTGCTTGGCCTTGTGGCCAATATGGAGTTTCTTAACATTGCCTCTATTGTTCACATTGTTTATGGCTTTTGTGGTTATATCTCCATATATTCCAGCATATGTAAAAATGAAACCAGATGCATACTTGCTCCGCTCGGATTGATGGAAACTT
TTTAGTTGGAGTATGGAAAGGAAAGCAGCTTGAGAATTATTTTGGCTTATGTGCACAGGAAGGGAACAATAAGGTCAAGCATGTCTGATGGATGAGCCAAGGATTAATGCTGCCCACTATGGCTTCAAACCTATACTATTAGAGATTATAAACATGTGATCTTAGCTGCTAGTTGCAGTGGTCCATCTTTGCATCTGAGC
AACAAGATGACAAAGGATCATTTTCTACAAAAGAAACTGGGAATACGTTGGCTTGATTTTCTTTTTGGGTATGCTGCAGTGATTATATTACATGTTTTTTGGATCTAATTTGATGCCTGTTGTCAATTAGAGATTTTTTTTTCTATTAAGCATGTGTTCCCTATATTACCAATTACTTTGTTACATTTTTGTATCCTTCT
CATATATTATGTGATCGAGATTTATTTGGAAGACTGAATGATTACTGTTTACATTATTTAGCATTGTATATACCTA
>TRINITY_DN95404_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:CTAAACTAACTAAACAATAAACAACAACGAACATTCCATAAGCAAAATTAGCAACAAAACCCAAAGCACAGAAGATTTGCAGAGATATGCAATTTTAAATCCCAGCTGCTAAATTCAGCGCCTTACAGCCTGTGGGTTGCTCAGAATTCACAGGATTACAGCCATCAACAATACCTTGACAGCCCAAATGCAATAAATTA
TTGCAATTTGAGATGTCTGGTGGTAGTGGTGGAGGAGCAGCAGCATTTGTGAGACAGCGCTACAATGTATCTGGATATTCGTCAAGCGGTGGAGAGGACTTAGAGGAGGACGATGCTTCAGGGCCTTCAATGGATTATCGTCCCCAATCCTCCAGACTTAATGGGTGGTACCGGCGATTTGAAACTCTCGTCTGGCTTGC
TTCAGCTGTCTTCATCATCTACTGTGGGGATCTTCATTCCAATTTCTTGACATTGTTGCTCCGAGATGAACGTATCAAGAGAACAGCGTTGAATCTTGGGTTACTATGTGTCGCCTGCAACATTGGGATATTTTTATATCTATCCTTTTGGGTGAAGGATATGGCCAAAGTCGATGACAGATGGGAGATATTGTCTCCTG
CTGCTATTCCCACAGCGACTGTAATTGGCCTCCTAGCATTTTTTCTGTTCTGCTTGGCCTTGTGGCCAATATGGAGTTTCTTAACATTGCCTCTATTGgtaacatttctcccaaacatttgagcttgatttagaaataaagaggaactatttaggtgaacttatgaaaaggtcatctcaggctttttcagctcactgttt
tgacaatgctttttggaatatttgttagaattccatgcatcttactctgattcttttattctgtgacagTTCACATTGTTTATGGCTTTTGTGGTTATATCTCCATATATTCCAGCATATGTAAAAATGAAACCAGATGCATACTTGCTCCGCTCGGATTGATGGAAACTTTTTAGTTGGAGTATGGAAAGGAAAGCAGC
TTGAGAATTATTTTGGCTTATGTGCACAGGAAGGGAACAATAAGGTCAAGCATGTCTGATGGATGAGCCAAGGATTAATGCTGCCCACTATGGCTTCAAACCTATACTATTAGAGATTATAAACATGTGATCTTAGCTGCTAGTTGCAGTGGTCCATCTTTGCATCTGAGCAACAAGATGACAAAGGATCATTTTCTACA
AAAGAAACTGGGAATACGTTGGCTTGATTTTCTTTTTGGGTATGCTGCAGTGATTATATTACATGTTTTTTGGATCTAATTTGATGCCTGTTGTCAATTAGAGATTTTTTTTTCTATTAAGCATGTGTTCCCTATATTACCAATTACTTTGTTACATTTTTGTATCCTTCTCATATATTATGTGATCGAGATTTATTTGG
AAGACTGAATGATTACTGTTTACATTATTTAGCATTGTATATACCTA