sp|Q9SY00|WDR5B_ARATH ----> COMPASS-like H3K4 histone methylase component WDR5B

Intron 1 GTTTACTTTT ... TATGCCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9.32	107	0	11
A2	7.69	60	0	5
A3	6.58	71	1	5
A4	17.11	63	1	13
A5	6.48	57.8	0	4
A6	9.64	75	0	8
A7	7.22	90	0	7
A8	4.62	62	0	3
A9	6.59	85	0	6
A10	9.68	84	0	9

>TRINITY_DN120862_c6_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

AGGGTTTTTAGAAACTTTGATCCCAACCTACATACTCAGGCAAGAGCTCAAGAATATGTTCGCGCTCTCAATGCAGCAAAATTAGACAAGATTTTTGTAAAACCCTTTCTGGCAGCAATGAGTGGTCACATTGATGGCATTTCTGCCATGTCAAAGAGTCCACGTCATTTGAAAAGCATATTTTCAGGTTCTATGGATGG
AGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGGTATGATCCCATGTTGATTAATTGATCTTCACGTGGTTGTAGATCACAGCATTTGTGTCATAGATCTTATGTTTTTTTTATAGGACTGAAAAGCATCTTGAATTATTTTGCATTTATTATCATTGATTGATTTCCATAGTAGACAAGGATAGAGAGTTGCTTTGCATTAT
AAACTAAGAGAGTGCTTTTTTTGGTTCTTAATGAATTAGTATTTATCTCTTGCAAGTTGCAACTGTATTTTAATATTGCATTCCCATTATAGCAGTATTCTTTGATTATAAACTTTATTTAGTTGTTGAAGGAACTGTGTTTTGAATCACCATATTACTATGTCTATTTCTGGTATATGCATACCATATTGGTAGCACAT
ACTTTGCATGTTTGTGATTTATAAGTAACTATGGATGTTTGTAAGTTAGGCGTACGATTCAACAATTTCCAGGTCATAGAGGAGCAGTGCGTGGTTTGACTGTGTCTACAGATGGAGAGCGACTTATTTCCTGTGGAGATGATTGCACAGTTAGACTATGGGATATCCCAGTTGCTGGCATCAGGGAATCAAGTGATGGC
TTGGAGAATGTTCAAAAGGCACTAGCAACCTATATGGGAAAAAATTCTTTCAGGGCTGTAGATTACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAATCAACAGTTTTGCTTGGGGGTCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAA
AGATATATTTGCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTATTGTTCTATATGACCTTCGCATGGCATCACCTCTGAACAAGCTAATAATGCAGGTTACATAATATATTCTTTTCTTTATGGATAGAAGCATACTTTTTGTTTATC

>TRINITY_DN120862_c6_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGGCTTGGAGAATGTTCAAAAGgtttacttttacgtgccctgcattttttatttagttgcagagttaaacctgtgtaaacgttcttagaagtaaacttacatgtgaaatttataagtaaagtccaagcgaaatctttaggtaactacactgacaaggttcgtttgtgtattttatgccacagGCACTAGCAACCTATATG
GGAAAAAATTCTTTCAGGGCTGTAGATTACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAATCAACAGTTTTGCTTGGGGGTCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAAAGATATATTTGCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTAT
TGTTCTATATGACCTTCGCATGGCATCACCTCTGAACAAGCTAATAATGCAGGTTACATAATATATTCTTTTCTTTATGGATAGAAGCATACTTTTTGTTTATC

Intron 2 GTAGAGTTGT ... TGGTAATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.1	86	3	19
A2	10.64	42	9	5
A3	12.5	70	0	10
A4	21.95	64	3	18
A5	26.32	28	2	10
A6	20	56	1	14
A7	12.28	50	0	7
A8	10.53	34	0	4
A9	18.68	74	0	17
A10	15.48	71	2	13

>TRINITY_DN119645_c6_g2_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

GGAAAACTGCAGACTAAAATGTCTTAATCTGTGGATATTTAAATTGTCGTATGTAGGGTTTTTCTAGGGTTTACATTGTTTAAATGTTGTATGGTGTCAATGATGGCTTGCCTGGTTGGTGGAAGCGGGTAGCTAATATAGCTCCACCAAGTTCAAATTAGTGGCGCTCACGCTTGTGGATGCCGCTAGCAGCTGGGGCC
AAGTGCAAGCCCTGGACGCCTTTGGCATGATAGATATCCCACTATTCGCTGCATACCTGAGGACATCAAAAAGGAAGGATGAAGACATAAAAAAAGACGGGTGCCAATGGTTACCCGTAATGCAAAATTTGGGCGTGTTTACTCCGTGATAAGAGAAAACCAGTTCAAAAAAAATTGTTGTATGAGACGGTTTTTGCTAG
AGTTTGCATCATTTAAATTGTTGTCTGGGTTTTTTCAGGGTTTGCATTCATCCATGTGAATAACTTAATAACTGTCCCTGGTGTGCACCTCTGAATTTTGTATTCAATTCTATAATCTGGTCCTTTTATATAACTAATTGTTGTCTGTTTAATACTTTTTAATGTGGATAGGGTTTTGTTGAGGTTGTGAAACAATGAAG
GTGAAGATGATATCACGTTCAACAGATGAATTTACGCGGGAACGAAGTAAAGATCTTCAGAGGGTTTTTAGAAACTTTGATCCCAACCTACATACTCAGGCAAGAGCTCAAGAATATGTTCGCGCTCTCAATGCAGCAAAATTAGACAAGATTTTTGCAAAACCCTTTCTGGCAGCAATGAGTGGTCACATTGATGGCAT
TTCTGCCATGTCAAAGAGTCCACGTCATTTGAAAAGCATATTTTCAGGTTCTATGGATGGAGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGGCGTACGATTCAACAATTTCCAGGTCATAGAGGAGCAGTGCGTGGTTTGACTGTGTCTACAGATGGAGAGCGACTTATTTCCTGTGGAGATGATTGCACAGTTAGACTAT
GGGATATCCCAGTTGCTGGCATCAGGGAATCAAGTGATGGCTTGGAGAATGTTCAAAAGGCACTAGCAACCTATATGGGAAAAAATTCTTTCAGGGCTGTAGATTACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAATCAACAGTTTTGCTTGGGGG
TCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAAAGATATATTTGCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTATTGTTCTATATGACCTTCGCATGGCATCACCTCTGAACAAGCTAATAATGCAGACAAGGAATAATGCCATCGCATGGAATCCAAGAGAACCTATGAATTTTACTGCAGCAAATGAAGATTGCAA
CTGCTATAGCTATGATATGAGGAGAATGAATATTTCAACTTGTGTGCACCAAGACCATGTTTCTGCTGTGTGAGTGTTCAGAATGACTATTTCCTTGCCGCAGCTTTATGGCATTTATAAGTTTGGTTATTTAAAAATTCTCCTTTTTTTGTAGGATGGATATTGACTATTCTCCGTCTGGTCGGGAGTTTGTTACTGGA
TCATATGATAGAACAGTAATTCTCTCGCACATGACATGCAATATCTCTCCTTTTCTACTAGCACAACAAAATTAGTCAAGTTTATGCCGTGCAGATATTTATGATAAAATGTATTACAAGTAATTATCTTCTAACTTCTGCAATAATGTCCTCCACAGGTGAGAATATTCCCCTATAATGCAGGTCACAGCAGAGAAATC
TACCATACTAAACGAATGCAAAGGGTGTTTTGTGTGAAATTTAGCGGTGATGCAACTTATGTTCTCTCAGGAAGTGATGACACTAATATTCGCCTGTGGAAAGCTAAAGCATCAGAGCAGTTAGGAGTGGTAGGCATCTTACCATTATATTTTGTCACCTTATTGTCTGTTCTAGATTTGTTTTATGTGTCCTTGTTGGA
AATCACACATTTTCAGTGTGCCAGGAAAACTCACTGTCAGACTTGTTCTTATTTGTTTCAAAAGACTACACTGAAAGGCAGATTGTTTCTTGTGCGGGGCATTGGAGACTCCCA

>TRINITY_DN119645_c6_g2_i17 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GAAGCCACTGTTGATGTAAATAGTATGGCCTTGACCGAGAATATAATTTTAAGTCAATGAAGCCACTGTTGATGTAAATAGACCTGATACAAAGTTTATCCCCAACAGGTGCCTGTAGAGCTGAAATATTTTCATAAATTTTCTTTCTGTAATTTTTGTGTTCAATCAATTTTCCTTAATTTACTTATGACAAAAGTTTG
AATTCTTATATATCTATTTGATGCTTGTTTATGTATAACAGAGGGTTTTTAGAAACTTTGATCCCAACCTACATACTCAGGCAAGAGCTCAAGAATATGTTCGCGCTCTCAATGCAGCAAAATTAGACAAGgtagagttgtgctttagaatttacaaaatttaatgctttcatcagttatgccatattgtcattggacac
tttgtgaccaggatgagctttaaggattctgagcaattgattattttctatttgtggccttcttggtaatcagATTTTTGCAAAACCCTTTCTGGCAGCAATGAGTGGTCACATTGATGGCATTTCTGCCATGTCAAAGAGTCCACGTCATTTGAAAAGCATATTTTCAGGTTCTATGGATGGAGATATCCGGCTCTGGG
ACATTGCTGCCAGG

Intron 3 GTATGTGTTC ... TTAACTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.53	49.8	10	4
A2	12.18	31.2	5	2
A3	13.14	36.2	8	2
A4	16.87	45	15	2
A5	8.12	16.8	0	2
A6	0	56.2	0	0
A7	1.51	75.2	0	2
A8	0	53.6	0	0
A9	1.51	70.2	0	2
A10	0	45.2	0	0

>TRINITY_DN104395_c3_g3_i3 from sample A4 / Example spliced isoform

TATCCCCAACAGGTGCCTGTAGAGCTGAAATATTTTCATAAATTTTCTTTCTGTAATTTTTGTGTTCAATCAATTTTCCTTAATTTACTTATGACAAAAGTTTGAATTCTTATATATCTATTTGATGCTTGTTTATGTATAACAGAGGGTTTTTAGAAACTTTGATCCCAACCTACATACTCAGGCAAGAGCTCAAGAAT
ATGTTCGCGCTCTCAATGCAGCAAAATTAGACAAGATTTTTGCAAAACCCTTTCTGGCAGCAATGAGTGGTCACATTGATGGCATTTCTGCCATGTCAAAGAGTCCACGTCATTTGAAAAGCATATTTTCAGGTTCTATGGATGGAGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGGCGTACGATTCAACAATTTCCAGGT
CATAGAGGAGCAGTGCGTGGTTTGACTGTGTCTACAGATGGAGAGCGACTTATTTCCTGTGGAGATGATTGCACAGTTAGACTATGGGATATCCCAGTTGCTGGCATCAGGGAATCAAGTGATGGCTTGGAGAATGTTCAAAAGGCACTAGCAACCTATATGGGAAAAAATTCTTTCAGGGCTGTAGATTACCAGTGGGA
CAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAATCAACAGTTTTGCTTGGGGGTCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAAAGATATATTTGCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTATTGTTCTATATGACCTTCGCATGGCATCACCTCTGAACA
AGCTAATAATGCAGACAAGGAATAATGCCATCGCATGGAATCCAAGAGAACCTATGAATTTTACTGCAGCAAATGAAGATTGCAACTGCTATAGCTATGATATGAGGAGAATGAATATTTCAACTTGTGTGCACCAAGACCATGTTTCTGCTGTGATGGATATTGACTATTCTCCGTCTGGTCGGGAGTTTGTTACTGGA
TCATATGATAGAACAGTGAGAATATTCCCCTATAATGCAGGTCACAGCAGAGAAATCTACCATACTAAACGAATGCAAAGGGTGTTTTGTGTGAAATTTAGCGGTGATGCAACTTATGTTCTCTCAGGAAGTGATGACACTAATATTCGCCTGTGGAAAGCTAAAGCATCAGAGCAGTTAGGAGTGCTTCTCCCGAGAGA
GCGTAAAAGGCATGATTATCTAGATGCTGTAAAGGAACGGTTTAAGCATCTTCCAGAAATTAAACGCATTGAGAGACATCGACACCTACCAAAGCCTATATACAAAGCAGCCCTTCTACGGCATACTGTAAATACGGCAGCAAAGAGGAAAGAGAATCGGAAGAGAGCGCACAGTGCTCCTGGATCTGTGGTCACTGCTC
CTCTTCGGAAACGGCGAATTGTAGCAGAATTAGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAGTTATGCCATGTATTCAACATTATGTTATTGGGCATTCGTTATTTCTTTTAAATATTGCCAGCTAACCCTCCATCAGTTTAGTCTAATTTTATGTCTGGAGCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGAAATGT
CGAATTGTAGCAGAATTGGATTGAACATCCAATTCTAGCGCAACATTTCAATGCAAGTTATACCATGTATTCGACATTATGTTATTGGGCATTCGTTATTGCTTTTAAATATTGCCCAATTCTGGCCAACCCTCCATCAGTTTAGTGTAATTTTATGTCTGGGTCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGGAACGACGAATTG
TAGCAGAATTGGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAAGTTATACCATGTATTCAGCATTATGTTAT

>TRINITY_DN104395_c3_g3_i14 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TGTTACTGTTTGTGGTGAAAGGTTCTTAGCATTATGGTAAAATTTGTGTTTCTGTTGTGTTGCAGACAAGGAATAATGCCATCGCATGGAATCCAAGAGAACCTATGAATTTTACTGCAgtatgtgttcctcattcaaactgatttgaattttatgagatttctactgtttgtttttgtataattatttctgcctggcaa
ttatttaaatttgttaagtactcagtgtaagtgtacttttttggtatcttgttcagagtccacttcattgtataggatggcgactttttgattatcctcgttctctagatagataaaaaaattatgctgtaaaatgatttttcatgttagtaaaataggcagtctaatttctgaggagcaaaacctaaacatttttaatg
ctatagtgtaagtttcttgtcttgtgctaggatcactacagtttgattctttttaactgcagGCAAATGAAGATTGCAACTGCTATAGCTATGATATGAGGAGAATGAATATTTCAACTTGTGTGCACCAAGACCATGTTTCTGCTGTGTGAGTGTTCAGAATGACTATTTCCTTGCCGCAGCTTTATGGCATTTATAAG
TTTGGTTATTTAAAAATTCTCCTTTTTTTGTAGGATGGATATTGACTATTCTCCGTCTGGTCGGGAGTTTGTTACTGGATCATATGATAGAACAGTAATTCTCTCGCACATGACATGCAATATCTCTCCTTTTCTACTAGCACAACAAAATTAGTCAAGTTTATGCCGTGCAGATATTTATGATAAAATGTATTACAAGT
AATTATCTTCTAACTTCTGCAATAATGTCCTCCACAGGTGAGAATATTCCCCTATAATGCAGGTCACAGCAGAGAAATCTACCATACTAAACGAATGCAAAGGGTGTTTTGTGTGAAATTTAGCGGTGATGCAACTTATGTTCTCTCAGGAAGTGATGACACTAATATTCGCCTGTGGAAAGCTAAAGCATCAGAGCAGT
TAGGAGTGCTTCTCCCGAGAGAGCGTAAAAGGCATGATTATCTAGATGCTGTAAAGGAACGGTTTAAGCATCTTCCAGAAATTAAACGCATTGAGAGACATCGACACCTACCAAAGCCTATATACAAAGCAGCCCTTCTACGGCATACTGTAAATACGGCAGCAAAGAGGAAAGAGAATCGGAAGAGAGCGCACAGTGCT
CCTGGATCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGAAACGGCGAATTGTAGCAGAATTAGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAGTTATGCCATGTATTCAACATTATGTTATTGGGCATTCGTTATTTCTTTTAAATATTGCCAGCTAACCCTCCATCAGTTTAGTCTAATTTTATGTCTGGAGCTGTGGT
CACTGCTCCTCTTCGGAAATGTCGAATTGTAGCAGAATTGGATTGAACATCCAATTCTAGCGCAACATTTCAATGCAAGTTATACCATGTATTCGACATTATGTTATTGGGCATTCGTTATTGCTTTTAAATATTGCCCAATTCTGGCCAACCCTCCATCAGTTTAGTGTAATTTTATGTCTGGGTCTGTGGTCACTGCT
CCTCTTCGGGAACGACGAATTGTAGCAGAATTGGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAAGTTATACCATGTATTCAGCATTATGTTAT

Intron 4 GTGAGTGTTC ... TTTTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.24	62.2	22	9.4
A2	19.05	44.9	11.1	6.5
A3	17.97	50.7	11.8	7.4
A4	38.69	32.6	21.8	12.8
A5	24.59	20.5	7.5	1
A6	16.29	81.6	17.3	7.8
A7	16.86	101.3	21.8	7
A8	12.52	112.8	17.3	8
A9	13.77	96.1	16.3	10.8
A10	14	51.3	9	6.9

>TRINITY_DN120862_c6_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

CTTATTGAAAGCAACAACATACAAAAACGTTGGGAAGCTTTAAGTTACAGGAGACTCTCAACAAAATGCCCGTGCTATTGAAAGTAATTGATTTCTCTTAAACGCGCGCAGATAAAACCCTCGCCAACCATTCCGTCCAGTAAGAGTTCATGAGCATATTGGGTAAAAAACCTGCTATCCAAAGGCATGCTTTCTCTTAA
ACCCACGTAACAATAAAACCCTTGCTAAGTTTTTTCACTAGGGCATAAGTGGAAGATTGTAGCAAGTGGGCACTTGTTCGTACAAACGTCAGTACATTGCTATCTTTCGCTACGACAAGGCTTCCTTAGCGATTCCAACCAGAATAAGGTAAAAACCATTTGCCAGCACGCTCACCTGAACAAGAGAAAAATCGTGATTC
AATTACCTTCTGATCAAGCTGCCCATAGCACACGAAATCTGCCGCCTGAAGTCAATCGAGCTTGACGGGTTTTGTTGAGGTTGTGAAACAATGAAGGTGAAGATGATATCACGTTCAACAGATGAATTTACGCGGGAACGAAGTAAAGATCTTCAGAGGGTTTTTAGAAACTTTGATCCCAACCTACATACTCAGGCAAG
AGCTCAAGAATATGTTCGCGCTCTCAATGCAGCAAAATTAGACAAGATTTTTGTAAAACCCTTTCTGGCAGCAATGAGTGGTCACATTGATGGCATTTCTGCCATGTCAAAGAGTCCACGTCATTTGAAAAGCATATTTTCAGGTTCTATGGATGGAGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGGCGTACGATTCAAC
AATTTCCAGGTCATAGAGGAGCAGTGCGTGGTTTGACTGTGTCTACAGATGGAGAGCGACTTATTTCCTGTGGAGATGATTGCACAGTTAGACTATGGGATATCCCAGTTGCTGGCATCAGGGAATCAAGTGATGGCTTGGAGAATGTTCAAAAGGCACTAGCAACCTATATGGGAAAAAATTCTTTCAGGGCTGTAGAT
TACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAATCAACAGTTTTGCTTGGGGGTCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAAAGATATATTTGCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTATTGTTCTATATGACCTTCGCATGGCATC
ACCTCTGAACAAGCTAATAATGCAGACAAGGAATAATGCCATCGCATGGAATCCAAGAGAACCTATGAATTTTACTGCAGCAAATGAAGATTGCAACTGCTATAGCTATGATATGAGGAGAATGAATATTTCAACTTGTGTGCACCAAGACCATGTTTCTGCTGTGATGGATATTGACTATTCTCCGTCTGGTCGGGAGT
TTGTTACTGGATCATATGATAGAACAGTGAGAATATTCCCCTATAATGCAGGTCACAGCAGAGAAATCTACCATACTAAACGAATGCAAAGGGTGTTTTGTGTGAAATTTAGCGGTGATGCAACTTATGTTCTCTCAGGAAGTGATGACACTAATATTCGCCTGTGGAAAGCTAAAGCATCAGAGCAGTTAGGAGTGCTT
CTCCCGAGAGAGCGTAAAAGGCATGATTATCTAGATGCTGTAAAGGAACGGTTTAAGCATCTTCCAGAAATTAAACGCATTGAGAGGTATGTTGCTAGATACAGTAAATCTTATGTCACAACTTGTTCTATGAGGGTTAGTACTAACAAGTAATTGACTTGGCAGACATCGACACCTACC

>TRINITY_DN120862_c6_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTATTGAAAGCAACAACATACAAAAACGTTGGGAAGCTTTAAGTTACAGGAGACTCTCAACAAAATGCCCGTGCTATTGAAAGTAATTGATTTCTCTTAAACGCGCGCAGATAAAACCCTCGCCAACCATTCCGTCCAGTAAGAGTTCATGAGCATATTGGGTAAAAAACCTGCTATCCAAAGGCATGCTTTCTCTTAA
ACCCACGTAACAATAAAACCCTTGCTAAGTTTTTTCACTAGGGCATAAGTGGAAGATTGTAGCAAGTGGGCACTTGTTCGTACAAACGTCAGTACATTGCTATCTTTCGCTACGACAAGGCTTCCTTAGCGATTCCAACCAGAATAAGGTAAAAACCATTTGCCAGCACGCTCACCTGAACAAGAGAAAAATCGTGATTC
AATTACCTTCTGATCAAGCTGCCCATAGCACACGAAATCTGCCGCCTGAAGTCAATCGAGCTTGACGGGTTTTGTTGAGGTTGTGAAACAATGAAGGTGAAGATGATATCACGTTCAACAGATGAATTTACGCGGGAACGAAGTAAAGATCTTCAGAGGGTTTTTAGAAACTTTGATCCCAACCTACATACTCAGGCAAG
AGCTCAAGAATATGTTCGCGCTCTCAATGCAGCAAAATTAGACAAGATTTTTGTAAAACCCTTTCTGGCAGCAATGAGTGGTCACATTGATGGCATTTCTGCCATGTCAAAGAGTCCACGTCATTTGAAAAGCATATTTTCAGGTTCTATGGATGGAGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGGCGTACGATTCAAC
AATTTCCAGGTCATAGAGGAGCAGTGCGTGGTTTGACTGTGTCTACAGATGGAGAGCGACTTATTTCCTGTGGAGATGATTGCACAGTTAGACTATGGGATATCCCAGTTGCTGGCATCAGGGAATCAAGTGATGGCTTGGAGAATGTTCAAAAGGCACTAGCAACCTATATGGGAAAAAATTCTTTCAGGGCTGTAGAT
TACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAATCAACAGTTTTGCTTGGGGGTCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAAAGATATATTTGCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTATTGTTCTATATGACCTTCGCATGGCATC
ACCTCTGAACAAGCTAATAATGCAGACAAGGAATAATGCCATCGCATGGAATCCAAGAGAACCTATGAATTTTACTGCAGCAAATGAAGATTGCAACTGCTATAGCTATGATATGAGGAGAATGAATATTTCAACTTGTGTGCACCAAGACCATGTTTCTGCTGTgtgagtgttcagaatgactatttccttgccgcagc
tttatggcatttataagtttggttatttaaaaattctcctttttttgtagGATGGATATTGACTATTCTCCGTCTGGTCGGGAGTTTGTTACTGGATCATATGATAGAACAGTGAGAATATTCCCCTATAATGCAGGTCACAGCAGAGAAATCTACCATACTAAACGAATGCAAAGGGTGTTTTGTGTGAAATTTAGCGG
TGATGCAACTTATGTTCTCTCAGGAAGTGATGACACTAATATTCGCCTGTGGAAAGCTAAAGCATCAGAGCAGTTAGGAGTGCTTCTCCCGAGAGAGCGTAAAAGGCATGATTATCTAGATGCTGTAAAGGAACGGTTTAAGCATCTTCCAGAAATTAAACGCATTGAGAGACATCGACACCTACCAAAGCCTATATACA
AAGCAGCCCTTCTACGGCATACTGTAAATACGGCAGCAAAGAGGAAAGAGAATCGGAAGAGAGCGCACAGTGCTCCTGGATCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGAAACGGCGAATTGTAGCAGAATTAGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAGTTATGCCATGTATTCAACATTATGTTATTGGGC
ATTCGTTATTTCTTTTAAATATTGCCAGCTAACCCTCTATCAGTTTAGTGTAATTTTATGTACCTTACTGTCTAGTAGCATAGCATTTTAATTTTCTTGTCATATGAAGAAGTTATTACACTGTAAATTAAAAAAACAAAAACAAGATTGAAGCG

Intron 5 GTAGGCATCT ... GGACCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.96	77	4	27
A2	17.91	55	5	12
A3	21.67	47	3	13
A4	20.69	46	2	12
A5	21.43	33	4	9
A6	23.14	186	3	56
A7	20.35	184	3	47
A8	20.53	209	6	54
A9	22.75	180	15	53
A10	18.59	162	5	37

>TRINITY_DN38779_c1_g1_i8 from sample A9 / Example spliced isoform

GTTTGGAGTTGGGCAAGGACTAATAATAAAGTTGAGATGCATGCAAAGTGGATCTTATTGAAAGCAACAACATACAAAAACGTTGGGAAGCTTTAAGTTACAGGAGACTCTCAACAAAATGCCCGTGCTATTGAAAGTAATTGATTTCTCTTAAACGCGCGCAGATAAAACCCTCGCCAACCATTCCGTCCAGTAAGAGT
TCATGAGCATATTGGGTAAAAAACCTGCTATCCAAAGGCATGCTTTCTCTTAAACCCACGTAACAATAAAACCCTTGCTAAGTTTTTTCACTAGGGCATAAGTGGAAGATTGTAGCAAGTGGGCACTTGTTCGTACAAACGTCAGTACATTGCTATCTTTCGCTACGACAAGGCTTCCTTAGCGATTCCAACCAGAATAA
GGTAAAAACCATTTGCCAGCACGCTCACCTGAACAAGAGAAAAATCGTGATTCAATTACCTTCTGATCAAGCTGCCCATAGCACACGAAATCTGCCGCCTGAAGTCAATCGAGCTTGACGGGTTTTGTTGAGGTTGTGAAACAATGAAGGTGAAGATGATATCACGTTCAACAGATGAATTTACGCGGGAACGAAGTAAA
GATCTTCAGAGGGTTTTTAGAAACTTTGATCCCAACCTACATACTCAGGCAAGAGCTCAAGAATATGTTCGCGCTCTCAATGCAGCAAAATTAGACAAGATTTTTGCAAAACCCTTTCTGGCAGCAATGAGTGGTCACATTGATGGCATTTCTGCCATGTCAAAGAGTCCACGTCATTTGAAAAGCATATTTTCAGGTTC
TATGGATGGAGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGGCGTACGATTCAACAATTTCCAGGTCATAGAGGAGCAGTGCGTGGTTTGACTGTGTCTACAGATGGAGAGCGACTTATTTCCTGTGGAGATGATTGCACAGTTAGACTATGGGATATCCCAGTTGCTGGCATCAGGGAATCAAGTGATGGCTTGGAGAATG
TTCAAAAGGCACTAGCAACCTATATGGGAAAAAATTCTTTCAGGGCTGTAGATTACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAATCAACAGTTTTGCTTGGGGGTCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAAAGATATATTT
GCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTATTGTTCTATATGACCTTCGCATGGCATCACCTCTGAACAAGCTAATAATGCAGACAAGGAATAATGCCATCGCATGGAATCCAAGAGAACCTATGAATTTTACTGCAGCAAATGAAGATTGCAACTGCTATAGCTATGATATGAGGAGAATGAATATTTCAACTTGTGTGCACCA
AGACCATGTTTCTGCTGTGATGGATATTGACTATTCTCCGTCTGGTCGGGAGTTTGTTACTGGATCATATGATAGAACAGTGAGAATATTCCCCTATAATGCAGGTCACAGCAGAGAAATCTACCATACTAAACGAATGCAAAGGGTGTTTTGTGTGAAATTTAGCGGTGATGCAACTTATGTTCTCTCAGGAAGTGATG
ACACTAATATTCGCCTGTGGAAAGCTAAAGCATCAGAGCAGTTAGGAGTGCTTCTCCCGAGAGAGCGTAAAAGGCATGATTATCTAGATGCTGTAAAGGAACGGTTTAAGCATCTTCCAGAAATTAAACGCATTGAGAGACATCGACACCTACCAAAGCCTATATACAAAGCAGCCCTTCTACGGCATACTGTAAATACG
GCAGCAAAGAGGAAAGAGAATCGGAAGAGAGCGCACAGTGCTCCTGGATCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGAAACGGCGAATTGTAGCAGAATTAGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAGTTATGCCATGTATTCAACATTATGTTATTGGGCATTCGTAACATTTCAATGCAAAGTTATACCAT
GTATTCAGCATTATGTTATTGAGCATTCGTTATTGCTTTTAAATATTGCCCAATTCTGGCCAACCCTCCATCAGTTTAGTGTAATTTTATGTCTGGGTCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGAAATGTCGAATTGTAGCAGAATTGGATTGAACATCCAATTCTAGCGCAACATTTCAATGCAAGTTATACCATGTATTCG
ACATTATGTTATTGGGCATTCGT

>TRINITY_DN38779_c1_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GCAATGATCTGACAGTGGATTTGGCTTGATGATGAGAACTTGGGTTTCTGAAAGTTGGAAGAATCCATTTTCTTGAGTGGGTGGGGCAAATTTTCGACCACCCTTCTTTTTCAATAACCAGGTCAGAATCTCATTGGGAGAAAGCCAAGGGTAAACCTTCTCATTCCTTGGATGCCATTCTTTTTACCCTGGCAGTGCTA
AGGCCAACCAGCAAGAGATGAACTTGTTCTCCGCGTGAGGACACTCTCCAACAACTTGGCCTGAACCTACAAAGAGAAAAAATAGAGGTACAAACTCAAAATACTCCTTCATAGAGGAATCCCACAGAAAACCAGCATGCCAAAGCCACCTACAGATGTGAAATCCAGATAAGAGGACTAGCCATTGCTGCTTAGGTCTG
AAGCCTGCTTACTCCATTGAGAGCCCCAGCTGCTTCCATCCATTCTTTATGGTCCTTGGTATATAATATAACATCAATTGAAGTTTCATGTATGTGTTCAATTTTGTTTCCATATTGTAAGTGCTACAAGCATTTTCTGGAAATGTAATGGCTGGCACATTCCCATTTCCTTTTAATGCTTGGGCAGTTTAAGTATTTGT
ACAGTAATTGTAAGGTAGATTTTACAGTTAGTAACTGAAGGCAGTTCAGGTCTATTGGATAAAAAGAAAATATGAAGTCTTCTGAAAACTTTTGGAAATATTTTCATCTTTTTAATGCTGACTTTTGGTTTATTATTTCAATTACTTATAAAATATGAAATGTTCGAGTTTAACATTCTTTTTGACTTGTCTATGGTTGC
ATTGGTATAAATAGGCAAGGATTATAATGCTTCATATTGAAAGTGAATACCGATCCTAAACACCTGTGACTTTCATTTGTTTGCATTTTGCAGGGTGTTTTGTGTGAAATTTAGCGGTGATGCAACTTATGTTCTCTCAGGAAGTGATGACACTAATATTCGCCTGTGGAAAGCTAAAGCATCAGAGCAGTTAGGAGTGg
taggcatcttaccattatattttgtcaccttattgtctgttctagatttgttttatgtgtccttgttggaaatcacacattttcagtgtgccaggaaaactcactgtcagacttgttcttatttgtttcaaaagactacactgaaaggcagattgtttcttgtgcggggcattggagactcccgaagacagtgtaaaaac
aaattagagtaatagcagacatacagtctgaacactgatcaagaaggtggaagttgacaatcacaaaatatattgaacaattttgaatatttgaatagataaaaaaggaacaagttttagaaaacgttgaataacatattttcccaacgcattttttaagctagatatacctcaaaatagctgtttaaatggtaaaaatc
aaatttcccaacgcattttttaagaatcgtaaaaagctaaaacaattaacacattatggaaatctgaggcaaataaagagaagaaaactgccatactatatgaactttagtaatccaagtacagaaccataagttcgtttggaatctgttattagctagaaaaagggaagaatattaacaaagggtcagaagacataatc
tttgtagaggagctgacgaacaaatccaaaatcttctgggaaagagtgcacatgcaaaatatgtagccagaatgttatacataatgaactgacatcataatttattatcttgctcaggacaacatttgatgcagtaacgagcatcagatgtgaccaactcaattcaacaacttggaaatttcataatgggaaattctaaa
ccacagaaaaaaattactgaaacagactagtcaaacttgaaaaggttggaatgcatgtgaagaaaaagccaaggaatgttgcgactctaggataccttgattcttatgatgttctgatatgcatagttgaagttgcgacctctcagcgaaaatgttttctgggtttttcctttcttttattattattatttctcgaaatt
catttttgtaaccaaggttggacattttcacatcatgaaattggacctgcagCTTCTCCCGAGAGAGCGTAAAAGGCATGATTATCTAGATGCTGTAAAGGAACGGTTTAAGCATCTTCCAGAAATTAAACGCATTGAGAGACATCGACACCTACCAAAGCCTATATACAAAGCAGCCCTTCTACGGCATACTGTAAATA
CGGCAGCAAAGAGGAAAGAGAATCGGAAGAGAGCGCACAGTGCTCCTGGATCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGAAACGGCGAATTGTAGCAGAATTAGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAGTTATGCCATGTATTCAACATTATGTTATTGGGCATTCGTTATTTCTTTTAAATATTGCCAGCT
AACCCTCCATCAGTTTAGTCTAATTTTATGTCTGGAGCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGAAATGTCGAATTGTAGCAGAATTGGATTGAACATCCAATTCTAGCGCAACATTTCAATGCAAGTTATACCATGTATTCGACATTATGTTATTGGGCATTCGTTATTGCTTTTAAATATTGCCCAATTCTGGCCAACCCTC
CATCAGTTTAGTGTAATTTTATGTCTGGGTCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGGAACGACGAATTGTAGCAGAATTGGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAAGTTATACCATGTATTCAGCATTATGTTATTGAGCATTCGTTATTGCTTTTAAATATTGCCCAATTCTGGCCAACCCTCCATCAG
TTTAGTGTAATTTTATGTCTGGGTCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGAAATGTCGAATTGTAGCAGAATTGGATTGAACATCCAATTCTAGCGCAACATTTCAATGCAAGTTATACCATGTATTCGACATTATGTTATTGGGCATTCGT

Intron 6 GTAATTCTCT ... TCCTCCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10.7	75.5	1.4	9.8
A2	22.56	47.9	5.3	14.6
A3	17.55	76	4.9	16.9
A4	24.38	33.8	10.6	11.3
A5	21.49	23.3	3.5	7.4
A6	12.97	134.5	2.5	22.8
A7	15.21	182	8.1	36.8
A8	15.27	156.2	7	30.5
A9	13.01	170.7	4.5	28.3
A10	12.7	128.6	3.5	20.7

>TRINITY_DN119645_c6_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GGAAAACTGCAGACTAAAATGTCTTAATCTGTGGATATTTAAATTGTCGTATGTAGGGTTTTTCTAGGGTTTACATTGTTTAAATGTTGTATGGTGTCAATGATGGCTTGCCTGGTTGGTGGAAGCGGGTAGCTAATATAGCTCCACCAAGTTCAAATTAGTGGCGCTCACGCTTGTGGATGCCGCTAGCAGCTGGGGCC
AAGTGCAAGCCCTGGACGCCTTTGGCATGATAGATATCCCACTATTCGCTGCATACCTGAGGACATCAAAAAGGAAGGATGAAGACATAAAAAAAGACGGGTGCCAATGGTTACCCGTAATGCAAAATTTGGGCGTGTTTACTCCGTGATAAGAGAAAACCAGTTCAAAAAAAATTGTTGTATGAGACGGTTTTTGCTAG
AGTTTGCATCATTTAAATTGTTGTCTGGGTTTTTTCAGGGTTTGCATTCATCCATGTGAATAACTTAATAACTGTCCCTGGTGTGCACCTCTGAATTTTGTATTCAATTCTATAATCTGGTCCTTTTATATAACTAATTGTTGTCTGTTTAATACTTTTTAATGTGGATAGGGTTTTGTTGAGGTTGTGAAACAATGAAG
GTGAAGATGATATCACGTTCAACAGATGAATTTACGCGGGAACGAAGTAAAGATCTTCAGAGGGTTTTTAGAAACTTTGATCCCAACCTACATACTCAGGCAAGAGCTCAAGAATATGTTCGCGCTCTCAATGCAGCAAAATTAGACAAGATTTTTGCAAAACCCTTTCTGGCAGCAATGAGTGGTCACATTGATGGCAT
TTCTGCCATGTCAAAGAGTCCACGTCATTTGAAAAGCATATTTTCAGGTTCTATGGATGGAGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGGCGTACGATTCAACAATTTCCAGGTCATAGAGGAGCAGTGCGTGGTTTGACTGTGTCTACAGATGGAGAGCGACTTATTTCCTGTGGAGATGATTGCACAGTTAGACTAT
GGGATATCCCAGTTGCTGGCATCAGGGAATCAAGTGATGGCTTGGAGAATGTTCAAAAGGCACTAGCAACCTATATGGGAAAAAATTCTTTCAGGGCTGTAGATTACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAATCAACAGTTTTGCTTGGGGG
TCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAAAGATATATTTGCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTATTGTTCTATATGACCTTCGCATGGCATCACCTCTGAACAAGCTAATAATGCAGACAAGGAATAATGCCATCGCATGGAATCCAAGAGAACCTATGAATTTTACTGCAGCAAATGAAGATTGCAA
CTGCTATAGCTATGATATGAGGAGAATGAATATTTCAACTTGTGTGCACCAAGACCATGTTTCTGCTGTGATGGATATTGACTATTCTCCGTCTGGTCGGGAGTTTGTTACTGGATCATATGATAGAACAGTGAGAATATTCCCCTATAATGCAGGTCACAGCAGAGAAATCTACCATACTAAACGAATGCAAAGGGTGT
TTTGTGTGAAATTTAGCGGTGATGCAACTTATGTTCTCTCAGGAAGTGATGACACTAATATTCGCCTGTGGAAAGCTAAAGCATCAGAGCAGTTAGGAGTGCTTCTCCCGAGAGAGCGTAAAAGGCATGATTATCTAGATGCTGTAAAGGAACGGTTTAAGCATCTTCCAGAAATTAAACGCATTGAGAGACATCGACAC
CTACCAAAGCCTATATACAAAGCAGCCCTTCTACGGCATACTGTAAATACGGCAGCAAAGAGGAAAGAGAATCGGAAGAGAGCGCACAGTGCTCCTGGATCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGAAACGGCGAATTGTAGCAGAATTAGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAGTTATGCCATGTATT
CAACATTATGTTATTGGGCATTCGTTATTTCTTTTAAATATTGCCAGCTAACCCTCCATCAGTTTAGTCTAATTTTATGTCTGGAGCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGAAATGTCGAATTGTAGCAGAATTGGATTGAACATCCAATTCTAGCGCAACATTTCAATGCAAGTTATACCATGTATTCGACATTATGTTAT
TGGGCATTCGTTATTGCTTTTAAATATTGCCCAATTCTGGCCAACCCTCCATCAGTTTAGTGTAATTTTATGTCTGGGTCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGGAACGACGAATTGTAGCAGAATTGGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAAGTTATACCATGTATTCAGCATTAC

>TRINITY_DN119645_c6_g2_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGAAAACTGCAGACTAAAATGTCTTAATCTGTGGATATTTAAATTGTCGTATGTAGGGTTTTTCTAGGGTTTACATTGTTTAAATGTTGTATGGTGTCAATGATGGCTTGCCTGGTTGGTGGAAGCGGGTAGCTAATATAGCTCCACCAAGTTCAAATTAGTGGCGCTCACGCTTGTGGATGCCGCTAGCAGCTGGGGCC
AAGTGCAAGCCCTGGACGCCTTTGGCATGATAGATATCCCACTATTCGCTGCATACCTGAGGACATCAAAAAGGAAGGATGAAGACATAAAAAAAGACGGGTGCCAATGGTTACCCGTAATGCAAAATTTGGGCGTGTTTACTCCGTGATAAGAGAAAACCAGTTCAAAAAAAATTGTTGTATGAGACGGTTTTTGCTAG
AGTTTGCATCATTTAAATTGTTGTCTGGGTTTTTTCAGGGTTTGCATTCATCCATGTGAATAACTTAATAACTGTCCCTGGTGTGCACCTCTGAATTTTGTATTCAATTCTATAATCTGGTCCTTTTATATAACTAATTGTTGTCTGTTTAATACTTTTTAATGTGGATAGGGTTTTGTTGAGGTTGTGAAACAATGAAG
GTGAAGATGATATCACGTTCAACAGATGAATTTACGCGGGAACGAAGTAAAGATCTTCAGAGGGTTTTTAGAAACTTTGATCCCAACCTACATACTCAGGCAAGAGCTCAAGAATATGTTCGCGCTCTCAATGCAGCAAAATTAGACAAGATTTTTGCAAAACCCTTTCTGGCAGCAATGAGTGGTCACATTGATGGCAT
TTCTGCCATGTCAAAGAGTCCACGTCATTTGAAAAGCATATTTTCAGGTTCTATGGATGGAGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGGCGTACGATTCAACAATTTCCAGGTCATAGAGGAGCAGTGCGTGGTTTGACTGTGTCTACAGATGGAGAGCGACTTATTTCCTGTGGAGATGATTGCACAGTTAGACTAT
GGGATATCCCAGTTGCTGGCATCAGGGAATCAAGTGATGGCTTGGAGAATGTTCAAAAGGCACTAGCAACCTATATGGGAAAAAATTCTTTCAGGGCTGTAGATTACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAATCAACAGTTTTGCTTGGGGG
TCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAAAGATATATTTGCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTATTGTTCTATATGACCTTCGCATGGCATCACCTCTGAACAAGCTAATAATGCAGACAAGGAATAATGCCATCGCATGGAATCCAAGAGAACCTATGAATTTTACTGCAGCAAATGAAGATTGCAA
CTGCTATAGCTATGATATGAGGAGAATGAATATTTCAACTTGTGTGCACCAAGACCATGTTTCTGCTGTGTGAGTGTTCAGAATGACTATTTCCTTGCCGCAGCTTTATGGCATTTATAAGTTTGGTTATTTAAAAATTCTCCTTTTTTTGTAGGATGGATATTGACTATTCTCCGTCTGGTCGGGAGTTTGTTACTGGA
TCATATGATAGAACAgtaattctctcgcacatgacatgcaatatctctccttttctactagcacaacaaaattagtcaagtttatgccgtgcagatatttatgataaaatgtattacaagtaattatcttctaacttctgcaataatgtcctccacagGTGAGAATATTCCCCTATAATGCAGGTCACAGCAGAGAAATC
TACCATACTAAACGAATGCAAAGGGTGTTTTGTGTGAAATTTAGCGGTGATGCAACTTATGTTCTCTCAGGAAGTGATGACACTAATATTCGCCTGTGGAAAGCTAAAGCATCAGAGCAGTTAGGAGTGGTAGGCATCTTACCATTATATTTTGTCACCTTATTGTCTGTTCTAGATTTGTTTTATGTGTCCTTGTTGGA
AATCACACATTTTCAGTGTGCCAGGAAAACTCACTGTCAGACTTGTTCTTATTTGTTTCAAAAGACTACACTGAAAGGCAGATTGTTTCTTGTGCGGGGCATTGGAGACTCCCA

Intron 7 GTATGATCCC ... TGTAAGTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.53	50	11	7.5
A2	42.41	24	16	19.5
A3	26.99	57	21	21.5
A4	14.41	71	11	13
A5	21.14	39	7	14
A6	9.82	63	1	13.5
A7	6.25	92	1	12
A8	6.4	61	4	4.5
A9	8.85	74	2	12.5
A10	5.55	72	0	9

>TRINITY_DN119645_c6_g2_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

GGAAAACTGCAGACTAAAATGTCTTAATCTGTGGATATTTAAATTGTCGTATGTAGGGTTTTTCTAGGGTTTACATTGTTTAAATGTTGTATGGTGTCAATGATGGCTTGCCTGGTTGGTGGAAGCGGGTAGCTAATATAGCTCCACCAAGTTCAAATTAGTGGCGCTCACGCTTGTGGATGCCGCTAGCAGCTGGGGCC
AAGTGCAAGCCCTGGACGCCTTTGGCATGATAGATATCCCACTATTCGCTGCATACCTGAGGACATCAAAAAGGAAGGATGAAGACATAAAAAAAGACGGGTGCCAATGGTTACCCGTAATGCAAAATTTGGGCGTGTTTACTCCGTGATAAGAGAAAACCAGTTCAAAAAAAATTGTTGTATGAGACGGTTTTTGCTAG
AGTTTGCATCATTTAAATTGTTGTCTGGGTTTTTTCAGGGTTTGCATTCATCCATGTGAATAACTTAATAACTGTCCCTGGTGTGCACCTCTGAATTTTGTATTCAATTCTATAATCTGGTCCTTTTATATAACTAATTGTTGTCTGTTTAATACTTTTTAATGTGGATAGGGTTTTGTTGAGGTTGTGAAACAATGAAG
GTGAAGATGATATCACGTTCAACAGATGAATTTACGCGGGAACGAAGTAAAGATCTTCAGAGGGTTTTTAGAAACTTTGATCCCAACCTACATACTCAGGCAAGAGCTCAAGAATATGTTCGCGCTCTCAATGCAGCAAAATTAGACAAGATTTTTGCAAAACCCTTTCTGGCAGCAATGAGTGGTCACATTGATGGCAT
TTCTGCCATGTCAAAGAGTCCACGTCATTTGAAAAGCATATTTTCAGGTTCTATGGATGGAGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGGCGTACGATTCAACAATTTCCAGGTCATAGAGGAGCAGTGCGTGGTTTGACTGTGTCTACAGATGGAGAGCGACTTATTTCCTGTGGAGATGATTGCACAGTTAGACTAT
GGGATATCCCAGTTGCTGGCATCAGGGAATCAAGTGATGGCTTGGAGAATGTTCAAAAGGCACTAGCAACCTATATGGGAAAAAATTCTTTCAGGGCTGTAGATTACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAATCAACAGTTTTGCTTGGGGG
TCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAAAGATATATTTGCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTATTGTTCTATATGACCTTCGCATGGCATCACCTCTGAACAAGCTAATAATGCAGACAAGGAATAATGCCATCGCATGGAATCCAAGAGAACCTATGAATTTTACTGCAGCAAATGAAGATTGCAA
CTGCTATAGCTATGATATGAGGAGAATGAATATTTCAACTTGTGTGCACCAAGACCATGTTTCTGCTGTGTGAGTGTTCAGAATGACTATTTCCTTGCCGCAGCTTTATGGCATTTATAAGTTTGGTTATTTAAAAATTCTCCTTTTTTTGTAGGATGGATATTGACTATTCTCCGTCTGGTCGGGAGTTTGTTACTGGA
TCATATGATAGAACAGTAATTCTCTCGCACATGACATGCAATATCTCTCCTTTTCTACTAGCACAACAAAATTAGTCAAGTTTATGCCGTGCAGATATTTATGATAAAATGTATTACAAGTAATTATCTTCTAACTTCTGCAATAATGTCCTCCACAGGTGAGAATATTCCCCTATAATGCAGGTCACAGCAGAGAAATC
TACCATACTAAACGAATGCAAAGGGTGTTTTGTGTGAAATTTAGCGGTGATGCAACTTATGTTCTCTCAGGAAGTGATGACACTAATATTCGCCTGTGGAAAGCTAAAGCATCAGAGCAGTTAGGAGTGGTAGGCATCTTACCATTATATTTTGTCACCTTATTGTCTGTTCTAGATTTGTTTTATGTGTCCTTGTTGGA
AATCACACATTTTCAGTGTGCCAGGAAAACTCACTGTCAGACTTGTTCTTATTTGTTTCAAAAGACTACACTGAAAGGCAGATTGTTTCTTGTGCGGGGCATTGGAGACTCCCA

>TRINITY_DN119645_c6_g2_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TACATGGGTTTCTTTTCTCGTGATTAGTTGCAGCTTGTATTTGTCTTTTACTTTGGACTTCTATAGCATGGCGCAGCACAGATTTTGTTGGTTCTGATTATTTTTGTTTCGAGATTTTCTTCTTTTGGATGGATTTATTTTTAGAGGTAGAATTATAATCTATTGTCAGGTTTTTTCTGTTTAACACTCTTTAGTCAAAG
GAATTAAGTGAAACTTTTTGTTTTCCTGATATGATGTCAGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGgtatgatcccatgttgattaattgatcttcacgtggttgtagatcacagcatttgtgtcatagatcttatgttttttttataggactgaaaagcatcttgaattattttgcatttattatcattgattgatt
tccatagtagacaaggatagagagttgctttgcattataaactaagagagtgcttttttttggttcttaatgaattagtatttatctcttgcaagttgcaactgtattttaatattgcattcccattatagcagtattctttgattataaactttatttagttgttgaaggaactgtgttttgaatcaccatattactat
gtctatttctggtatatgcataccatattggtagcacatactttgcatgtttgtgatttataagtaactaatggatgtttgtaagttagGCGTACGATTCAACAATTTCCAGGTCATAGAGGAGCAGTGCGTGGTTTGACTGTGTCTACAGATGGAGAGCGACTTATTTCCTGTGGAGATGATTGCACAGTTAGACTATG
GGATATCCCAGTTGCTGGCATCAGGGAATCAAGTGATGGCTTGGAGAATGTTCAAAAGGCACTAGCAACCTATATGGGAAAAAATTCTTTCAGGGCTGTAGATTACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAATCAACAGTTTTGCTTGGGGGT
CTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAAAGATATATTTGCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTATTGTTCTATATGACCTTCGCATGGCATCACCTCTGAACAAGCTAATAATGCAGACAAGGAATAATGCCATCGCATGGAATCCAAGAGAACCTATGAATTTTACTGCAGTATGTGTTCCTCATTCA
AACTGATTTGAATTTTATGAGATTTCTACTGTTTGTTTTTGTATAATTATTTCTGCCTGGCAATTATTTAAATTTGTTAAGTACTCAGTGTAAGTGTACTTTTTTGGTATCTTGTTCAGAGTCCACTTCATTGTATAGGATGGCGACG

Intron 8 GTATGATCCC ... TGTAAGTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.03	50	11	8.5
A2	40	24	16	19.8
A3	26.19	57	20.2	22.8
A4	13.41	71	11	13.3
A5	15.22	39	7	14.2
A6	1.56	63	1	18.9
A7	1.08	92	1	18.5
A8	6.15	61	4	6.9
A9	2.63	74	2	13.3
A10	0	72	0	13.8

>TRINITY_DN112240_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

ATTTCATGTACTTACCCAATGGAAAACTGCAGACTAAAATGTCTTAATCTGTGGATATTTAAATTGTCGTATGTAGGGTTTTTCTAGGGTTTACATTGTTTAAATGTTGTATGGTGTCAATGATGGCTTGCCTGGTTGGTGGAAGCGGGTAGCTAATATAGCTCCACCAAGTTCAAATTAGTGGCGCTCACGCTTGTGGA
TGCCGCTAGCAGCTGGGGCCAAGTGCAAGCCCTGGACGCCTTTGGCATGATAGATATCCCACTATTCGCTGCATACCTGAGGACATCAAAAAGGAAGGATGAAGACATAAAAAAAGACGGGTGCCAATGGTTACCCGTAATGCAAAATTTGGGCGTGTTTACTCCGTGATAAGAGAAAACCAGTTCAAAAAAAATTGTTG
TATGAGACGGTTTTTGCTAGAGTTTGCATCATTTAAATTGTTGTCTGGGTTTTTTCAGGGTTTGCATTCATCCATGTGAATAACTTAATAACTGTCCCTGGTGTGCACCTCTGAATTTTGTATTCAATTCTATAATCTGGTCCTTTTATATAACTAATTGTTGTCTGTTTAATACTTTTTAATGTGGATAGGGTTTTGTT
GAGGTTGTGAAACAATGAAGGTGAAGATGATATCACGTTCAACAGATGAATTTACGCGGGAACGAAGTAAAGATCTTCAGAGGGTTTTTAGAAACTTTGATCCCAACCTACATACTCAGGCAAGAGCTCAAGAATATGTTCGCGCTCTCAATGCAGCAAAATTAGACAAGATTTTTGCAAAACCCTTTCTGGCAGCAATG
AGTGGTCACATTGATGGCATTTCTGCCATGTCAAAGAGTCCACGTCATTTGAAAAGCATATTTTCAGGTTCTATGGATGGAGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGGCGTACGATTCAACAATTTCCAGGTCATAGAGGAGCAGTGCGTGGTTTGACTGTGTCTACAGATGGAGAGCGACTTATTTCCTGTGGAGA
TGATTGCACAGTTAGACTATGGGATATCCCAGTTGCTGGCATCAGGGAATCAAGTGATGGCTTGGAGAATGTTCAAAAGGCACTAGCAACCTATATGGGAAAAAATTCTTTCAGGGCTGTAGATTACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAA
TCAACAGTTTTGCTTGGGGGTCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAAAGATATATTTGCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTATTGTTCTATATGACCTTCGCATGGCATCACCTCTGAACAAGCTAATAATGCAGGTTACATAATATATTCTTTTCTTTATGGATAGAAGCATACTTTTTGTTTAT
CCTAGAATGTGTTGAAAGCAAATTTTGTCTCGTTTGCTATATAGTATGATTCACAAAAACTAAAATTCTATCAAGGTTGTTAGTCTAAACATCTAGGTGAAATCAGAACTAGTTGGATGAACAAGAAAGTAGTCTGGTATTCTACAAACTTGACTGAAATCCTGACTTTATTAAACCAACATGCTTGTTGAGATTCCAAG
AAGCCTCATTCAGAACCATTAGTGATACCACACTGTATGCTTAATCATTGGAGGAGACTGGTATGCTTTTAAAATTATCCATCAAAGAAAACAGCCCATGTTAGTGGGATAGAAAGAAC

>TRINITY_DN112240_c0_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AGTGCAACATAGATATAGTAAATTTGCAAGACGCTTCATTCAACATAATAATTGCTGCTTGCTTTTCTCTGTTATTGTTACATGGGTTTCTTTTCTCGTGATTAGTTGCAGCTTGTATTTGTCTTTTACTTTGGACTTCTATAGCATGGCGCAGCACAGATTTTGTTGGTTCTGATTATTTTTGTTTCGAGATTTTCTTC
TTTTGGATGGATTTATTTTTAGAGGTAGAATTATAATCTATTGTCAGGTTTTTTCTGTTTAACACTCTTTAGTCAAAGGAATTAAGTGAAACTTTTTGTTTTCCTGATATGATGTCAGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGgtatgatcccatgttgattaattgatcttcacgtggttgtagatcacagcattt
gtgtcatagatcttatgttttttttataggactgaaaagcatcttgaattattttgcatttattatcattgattgatttccatagtagacaaggatagagagttgctttgcattataaactaagagagtgctttttttggttcttaatgaattagtatttatctcttgcaagttgcaactgtattttaatattgcattcc
cattatagcagtattctttgattataaactttatttagttgttgaaggaactgtgttttgaatcaccatattactatgtctatttctggtatatgcataccatattggtagcacatactttgcatgtttgtgatttataagtaactaatggatgtttgtaagttagGCGTACGATTCAACAATTTCCAGGTCATAGAGGA
GCAGTGCGTGGTTTGACTGTGTCTACAGATGGAGAGCGACTTATTTCCTGTGGAGATGATTGCACAGTTAGACTATGGGATATCCCAGTTGCTGGCATCAGGGAATCAAGTGATGGCTTGGAGAATGTTCAAAAGGCACTAGCAACCTATATGGGAAAAAATTCTTTCAGGTACTTTCAGCCTTTTAAATGGCAACTCCT
TTGATGTCTATACATTTTCCATCCTAAAGAACTTCTCCTCATTGTAAAATATCTTGATTGTTTACCTTCACAAACTGTTTACCAACTATTCTAAGTACATATGTAACTGCACATTTGTTGTCGATGCTCTGCTTTTAATTTTCCTCGATGCTGATTGAAGTAGAGAAGGTGTGATTGTGAAGAACTAGAACTATTAGATA
AATAAGATGATTTTTATCAATGTCCAAAGAATGACCACAAAGTTGGTCAATGGGACTCAAAGTTATAGATGATGTGAATACACAGTGGGAGTGTGAAAACAGCCTCTATCACTGCTCCACTAAAAACGAAGGAAGAGCTAATTAACTGATCAATAGAAATATACTTAACCATAAAAAGAAGCGATGCAAATACAAATCCA
TGTCAAGCATATAAAGCAGATGTCAAGGCATGCTGGAACTAGAGGTAGAATAAGGAGAGAGGGGAATAAAAGGGTTCCCCATCAGAGTCATAAAGCACCGCAAAGTGCTTGATCTATTTCCTAGTGATGTCATCTGGAGAATATCTGGAGCCGAGGGGACCTGTTTGTGTAACCATGGGAGGAGCCCTGGATGGAAGGGG
GAAGAATCTCCAAATGGAAGACTTGTTGCTTGAGTGAACTTGGAGAGCAGTACTCTGTATAGAGTGAGTTAGGCATTGGGGTCTCTTAGCATGGGTTTACCTGTTGGCCTGGTGGGATCTGTAACTAGATCTCTTCAAAAGTCTCGTGGAAGTTGGTTGACCCATCATGGGGAGGG

Intron 9 GTGTCCCTTA ... TTGAAAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.16	67	10.9	12
A2	16.6	28.8	5.8	3
A3	11.77	50.8	6.8	4
A4	12.86	51.9	8.5	2
A5	17.38	40.8	8.8	2
A6	8.36	84.9	8.1	3
A7	2.71	110.8	3.2	0
A8	5.63	71.4	4.6	0
A9	3.04	84.3	2.8	0
A10	4.24	88.5	4.2	4

>TRINITY_DN120862_c6_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

AGGGTTTTTAGAAACTTTGATCCCAACCTACATACTCAGGCAAGAGCTCAAGAATATGTTCGCGCTCTCAATGCAGCAAAATTAGACAAGATTTTTGTAAAACCCTTTCTGGCAGCAATGAGTGGTCACATTGATGGCATTTCTGCCATGTCAAAGAGTCCACGTCATTTGAAAAGCATATTTTCAGGTTCTATGGATGG
AGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGGTATGATCCCATGTTGATTAATTGATCTTCACGTGGTTGTAGATCACAGCATTTGTGTCATAGATCTTATGTTTTTTTTATAGGACTGAAAAGCATCTTGAATTATTTTGCATTTATTATCATTGATTGATTTCCATAGTAGACAAGGATAGAGAGTTGCTTTGCATTAT
AAACTAAGAGAGTGCTTTTTTTGGTTCTTAATGAATTAGTATTTATCTCTTGCAAGTTGCAACTGTATTTTAATATTGCATTCCCATTATAGCAGTATTCTTTGATTATAAACTTTATTTAGTTGTTGAAGGAACTGTGTTTTGAATCACCATATTACTATGTCTATTTCTGGTATATGCATACCATATTGGTAGCACAT
ACTTTGCATGTTTGTGATTTATAAGTAACTATGGATGTTTGTAAGTTAGGCGTACGATTCAACAATTTCCAGGTCATAGAGGAGCAGTGCGTGGTTTGACTGTGTCTACAGATGGAGAGCGACTTATTTCCTGTGGAGATGATTGCACAGTTAGACTATGGGATATCCCAGTTGCTGGCATCAGGGAATCAAGTGATGGC
TTGGAGAATGTTCAAAAGGCACTAGCAACCTATATGGGAAAAAATTCTTTCAGGGCTGTAGATTACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAATCAACAGTTTTGCTTGGGGGTCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAA
AGATATATTTGCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTATTGTTCTATATGACCTTCGCATGGCATCACCTCTGAACAAGCTAATAATGCAGGTTACATAATATATTCTTTTCTTTATGGATAGAAGCATACTTTTTGTTTATC

>TRINITY_DN120862_c6_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATACGGATACCTTTTTCAACAATCAAGGCGTACTCATTATTAGTGGTAGGTGTAGAAGGAGAGGGAAATAGAAAGCTCTATAGGCACATCAAAAACAGATGTGGAAGTAGAGGAAGAAGAAGATGTCCCCACCAACCAGAAAGGAGGAGCAAATACACTGCCTGAAATATTCTTAGGGTAGAGTTGAAGGTTGAGAGGAC
CTTATTGTGCAACCCTGGGAGTGAATCAGTGGTGATCAACCGGGACTCTCAGACTCTAGGCCCTCAAAAAGAACCGAGTGATGAAAAACTGGTCTCTCGAGGGGAGCGGACAGCTGAACTATGCTGAGAATGGGAATTCCTAGAGCTCAAGCTTAAATGTAAGAATTGTTATTGAGACAGGGTGTGGGTAACTGAGTGTG
ACATCACTATGGGGCCAATAATTAGCTCAGTAAACACACTTAAATGGGCATGGAGGGTGTTGGGAGTTCTTATCTCTTATGTCATTTTCAATATTGTAAGATTTAAAAGTTAATCTCTGACATCCATTGCATCTGGAAGCTTATATATAGTTTTGTCCGAATTTTCTTTTGATTTTGCCTGATGACTATCTGGTAACTGG
AAGCAAAATGCTAGATCAGGTAATACATTTCCCCATGACTCTCTGGTGCTTGGAAGCAAAATGCTAGATCAGGTAGTACACTTACAAAATAAGGCCGATGTAGACCTTTCTTCCCTGAATCCACCATGTTTTAAAAATAGATTTACCTAGGAAATTTGTCTGTGCTATAATCTTTCTTAGCGTTTTAAGTTATTATTGTT
GGCATTTACATGTTTTCCAATAAAATGTCATAGCTCTGCATATTATTAAATTCTCTTGTTCCAATGTCTGTACAAAAATTTAAATATCAGAAGCACAACTCCTTTTTAAAAAATAGAACAGATCATTAGATTTCATACCATCATGGGCAAAAATATATGATTAACTTGTAATTGAAATTTAGCAGTGTTCTTACTCTTCT
ATAGAATTGTTTTATATGTATATATTTTTTCTTGGCCATTGACAGGGCTGTAGATTACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGgtgtcccttatcacaataattgtcattactgaattattttatttctaacctcgttctaactttaatcttttttcttgaaa
aaagGTCAGAACCAATCAACAGTTTTGCTTGGGGGTCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAAAGATATATTTGCAACAACTGCCAGGTATGCATGATATCTTACTTTATAATTTTACTTATTTTGTGGCTCGGTAATAGGTTGGACCTAAAATAAAAGCGAGGATTTCTTACATGCATTTTCTGAT
TTTAGAAAACCAAACATATATCACAGCAGAATTGAAAATTGAAATATTTTCTCTGAAATTCTCCAGTGAAATTTGATGCCATATGCAAATTTTTATAAGTAGATTCATTTTCATTTATGATTCAC

Intron 10 GTCATTGTAC ... CATTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9.38	87	20.5	9
A2	10.53	51	9.5	6
A3	14.29	66	19	11
A4	22.86	54	6	16
A5	15.15	28	2.5	5
A6	18.87	172	21.5	40
A7	13.78	194	21.5	31
A8	15.17	179	24	32
A9	14.85	195	31	34
A10	14.58	164	23.5	28

>TRINITY_DN37926_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

CTAAAGGGCTCTCCTCTTGGAGGTTATGACACTCCTAAGAAATTGTGGAAGTGTGGCTGAGGTGACATCGGGTCACACTCTCCTTTCATATGTGCTTATCGGACACTAGCCTGCTAGTTTGTCCGGTAACAGAGCACATATGCGAATTTGTACAATCTGAAGAGGAGTGGGCTTGAGCAGTCTAGAGTAGATACAACAAT
GTATGTGCACTCCAACCTCCGTCTAATTTATAGGCAGAGGGAAGAATGGTTGAAGGAAGACAAAGATGTGGATGTGTTTCTTGATGATATGGGTTTGGATAATAGTGTTGAATTGGCATTAGCCAACACCAATCTTAATGGACCAGTGCTAGAGGTGGTCACTTTTGATGATTGTGATCCTCTTGGGGGGTCATCATCCA
CATCAATAGATGCAGATCTTGGATTGGATATAGAGGAGGATGGAGGATAGAACAATGGCAGTGATGATGATTTTGATGTATCTGATATGGAGGAGGGCTATTGATAGTGATGAGCTATGGGATTCTTCCATCTTTGGTTCTAGTATGTACCCTATGTGTATTTTCCATTGGCATTCATACCTTTAGTATTATTGACTTGG
TATCTATGCAATACGTTTTGATTTTGATGGCTTAATGAGAAAAACTGCAGTTTATGGTTCTAACTTCAAAGTTCTAAACTTCTAGTTTATGGCATATGTGTTTTGAATTTTTGAATTTCTTCTGTGTTTGATTGCATTGATGTAGTAACTAGTTGTAAACTTGTGTCAATATGTAAATGTTCTAGACTTCTAGTTTCTAA
AAATATTAGATATTTATGTCTGTTTCATTTTGGCACACACACACACATATAATGTGTACCCATTGTCCAGTTTCTGGGGTCAACGTGTCCCATGTTAGATACTTATCCCCGTGTTCTCGTGTCATGTGACTTATGTACTGCATTTTTCATGTACAATTTCATTTGCATATTTACATTAGCAGACATGTATTTTGTTATCT
GAAAAGGGATTTGATTTTTTGAATGAAATGCTTCCTTTAAACTGTAGTAAAAACAATATCTACATGCATTTAAAGTAGCTGCCACAAGCAAAACCTAGCATCTACATATGCCCATGGGGCTATTTTAGAAAAGATAAAGACTCCATGCCCAAAGGGATTACAGATCCAAAAAGGAAGCAATCATATAGCCTAAGGCTAGA
CATCGGAAAGCAAATATCAATGGCCAGTTGGCCATAATGGAAACTGTCATAAAGATCAAGCAGCAGCAATAGATCCCATATTTGGAGGAGGGTCACTGTCATCAGGGTTTGGTCCCCATTTTTTAACTGATGGTGCATCGACAGGTGGGGAAGGGTCTCATCCATAACCATTCTGCTGCTCAGGGCCCTTATCCATCAAA
ATGGCCAGGTCAAGCCAAGGGAACTTGTCATTCTCAGGCTGAGGAGGTGGCATCCAACGCTGGTGCTCTTGGCTTCAACATTTATTGTGTAAACTGAGGCCTGCTGCCAGATCTGTGAGAGTGAGCCAAACTAGGTGGGGAATGAACCTCTAGGGGCCTCGTTTCATCATGCATGGTGCTAACCCAGTAGAAAGAGGATT
TGTCATGAAATATATGTCTATTTTCTTGTTAAATTTCAATTCTTTTTATGTTTTTTAGTATTCTAAGGTTTTATTGAGTTGCCAAGTGGCTAGTTGACTCTTATACTTTGGCCTGCTTAGTATATGTTGCGTGACATTGCCTCATGGGTTAGATAATTGATTTCAGTGCTGGACTGTAATACTCATGGATGGTTGGTGGA
TTATTGTGATTTTATAATTTCAATTTCAATATTTGAGTAGGTTGTAAATTGTCACTAATGTTGGTGTAAATTCTTGCAATTACTAATGATATTGCTACTATAGGCTACTTTGGTCCTTGCCATTACAAAAAGATATTTTGTTCTCTACTTCAATACTTCACTTATTGTTTGAAAATGTTTGTGGTATTGTTTATTTTGAT
GACATGGTAGAAGATGTTACTGTTTGTGGTGAAAGGTTCTTAGCATTATGGTAAAATTTGTGTTTCTGTTGTGTTGCAGACAAGGAATAATGCCATCGCATGGAATCCAAGAGAACCTATGAATTTTACTGCAGCAAATGAAGATTGCAACTGCTATAGCTATGATATGAGGAGAATGAATATTTCAACTTGTGTGCACC
AAGACCATGTTTCTGCTGTGATGGATATTGACTATTCTCCGTCTGGTCGGGAGTTTGTTACTGGATCATATGATAGAACAGTGAGAATATTCCCCTATAATGCAGGTCACAGCAGAGAAATCTACCATACTAAACGAATGCAAAGGGTGTTTTGTGTGAAATTTAGCGGTGATGCAACTTATGTTCTCTCAGGAAGTGAT
GACACTAATATTCGCCTGTGGAAAGCTAAAGCATCAGAGCAGTTAGGAGTGCTTCTCCCGAGAGAGCGTAAAAGGCATGATTATCTAGATGCTGTAAAGGAACGGTTTAAGCATCTTCCAGAAATTAAACGCATTGAGAGACATCGACACCTACCAAAGCCTATATACAAAGCAGCCCTTCTACGGCATACTGTAAATAC
GGCAGCAAAGAGGAAAGAGAATCGGAAGAGAGCGCACAGTGCTCCTGGATCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGAAACGGCGAATTGTAGCAGAATTAGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAGTTATGCCATGTATTCAACATTATGTTATTGGGCATTCGTTATTTCTTTTAAATATTGCCAGCTA
ACCCTCCATCAGTTTAGTCTAATTTTATGTCTGGAGCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGAAATGTCGAATTGTAGCAGAATTGGATTGAACATCCAATTCTAGCGCAACATTTCAATGCAAGTTATACCATGTATTCGACATTATGTTATTGGGCATTCGTTATTGCTTTTAAATATTGCCCAATTCTGGCCAACCCTCC
ATCAGTTTAGTGTAATTTTATGTCTGGGTCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGGAACGACGAATTGTAGCAGAATTGGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAAGTTATACCATGTATTCAGCATTATGTTATTGAGCATTCGTTATTGCTTTTAAATATTGCCAGCTAACCCTCCATCAGTTTAGTCT
AATTTTATGTCTGGAGCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGG

>TRINITY_DN37926_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GAAAGTAATTGATTTCTCTTAAACGCGCGCAGATAAAACCCTCGCCAACCATTCCGTCCAGTAAGAGTTCATGAGCATATTGGGTAAAAAACCTGCTATCCAAAGGCATGCTTTCTCTTAAACCCACGTAACAATAAAACCCTTGCTAAGTTTTTTCACTAGGGCATAAGTGGAAGATTGTAGCAAGTGGGCACTTGTTC
GTACAAACGTCAGTACATTGCTATCTTTCGCTACGACAAGGCTTCCTTAGCGATTCCAACCAGAATAAGGTAAAAACCATTTGCCAGCACGCTCACCTGAACAAGAGAAAAATCGTGATTCAATTACCTTCTGATCAAGCTGCCCATAGCACACGAAATCTGCCGCCTGAAGTCAATCGAGCTTGACGGGTTTTGTTGAG
GTTGTGAAACAATGAAGGTGAAGATGATATCACGTTCAACAGATGAATTTACGCGGGAACGAAGTAAAGATCTTCAGAGGGTTTTTAGAAACTTTGATCCCAACCTACATACTCAGGCAAGAGCTCAAGAATATGTTCGCGCTCTCAATGCAGCAAAATTAGACAAGATTTTTGCAAAACCCTTTCTGGCAGCAATGAGT
GGTCACATTGATGGCATTTCTGCCATGTCAAAGAGTCCACGTCATTTGAAAAGCATATTTTCAGGTTCTATGGATGGAGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGGCGTACGATTCAACAATTTCCAGGTCATAGAGGAGCAGTGCGTGGTTTGACTGTGTCTACAGATGGAGAGCGACTTATTTCCTGTGGAGATGA
TTGCACAGTTAGACTATGGGATATCCCAGTTGCTGGCATCAGGGAATCAAGTGATGGCTTGGAGAATGTTCAAAAGGCACTAGCAACCTATATGGGAAAAAATTCTTTCAGGGCTGTAGATTACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAATCA
ACAGTTTTGCTTGGGGGTCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAAAGATATATTTGCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTATTGTTCTATATGACCTTCGCATGGCATCACCTCTGAACAAGCTAATAATGCAGACAAGGAATAATGCCATCGCATGGAATCCAAGAGAACCTATGAATTTTACTGCA
GCAAATGAAGATTGCAACTGCTATAGCTATGATATGAGGAGAATGAATATTTCAACTTGTGTGCACCAAGACCATGTTTCTGCTGTGATGGATATTGACTATTCTCCGTCTGGTCGGGAGTTTGTTACTGGATCATATGATAGAACAGTGAGAATATTCCCCTATAATGCAGGTCACAGCAGAGAAATCTACCATACTAA
ACGAATGCAAAGgtcattgtacaaaacagtttcctgttatttttgtgttacttttttttatcattaaacatactttctatatggtttaaattagtgagctctgtactgtattttgaggccattagagaggagcccagaatgttcccaactaatttgggttccagatactgaagtttgctaatactcaataggtaaggttg
gtagccttatccatactggggctaaagaaggacagtctctgtgaggatgaaccctactgtccagtgctttataaactggtcatctcttcccatcatccaagaactccctttaaagtctatgacactgtctctgggatcataaagcaccaagaaataacttcttggcatttgttctaacaatcacactgttgaactttaca
gtcctttatccactctgctgttgtttctgctgaaggacgaatagcaatgatctgacagtggatttggcttgatgatgagaacttgggtttctgaaagttggaagaatccattttcttgagtgggtggggcaaattttcgaccacccttctttttcaataaccaggtcagaatctcattgggagaaagccaagggtaaacc
ttctcattccttggatgccattctttttaccctggcagtgctaaggccaaccagcaagagatgaacttgttctccgcgtgaggacactctccaacaacttggcctgaacctacaaagagaaaaaatagaggtacaaactcaaaatactccttcatagaggaatcccacagaaaaccagcatgccaaagccacctacagat
gtgaaatccagataagaggactagccattgctgcttaggtctgaagcctgcttactccattgagagccccagctgcttccatccattctttatggtccttggtatataatataacatcaattgaagtttcatgtatgtgttcaattttgtttccatattgtaagtgctacaagcattttctggaaatgtaatggctggca
cattcccatttccttttaatgcttgggcagtttaagtatttgtacagtaattgtaaggtagattttacagttagtaactgaaggcagttcaggtctattggataaaaagaaaatatgaagtcttctgaaaacttttggaaatattttcatctttttaatgctgacttttggtttattatttcaattacttataaaatatg
aaatgttcgagtttaacattctttttgacttgtctatggttgcattggtataaataggcaaggattataatgcttcatattgaaagtgaataccgatcctaaacacctgtgactttcatttgtttgcattttgcagGGTGTTTTGTGTGAAATTTAGCGGTGATGCAACTTATGTTCTCTCAGGAAGTGATGACACTAAT
ATTCGCCTGTGGAAAGCTAAAGCATCAGAGCAGTTAGGAGTGCTTCTCCCGAGAGAGCGTAAAAGGCATGATTATCTAGATGCTGTAAAGGAACGGTTTAAGCATCTTCCAGAAATTAAACGCATTGAGAGACATCGACACCTACCAAAGCCTATATACAAAGCAGCCCTTCTACGGCATACTGTAAATACGGCAGCAAA
GAGGAAAGAGAATCGGAAGAGAGCGCACAGTGCTCCTGGATCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGAAACGGCGAATTGTAGCAGAATTAGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAGTTATGCCATGTATTCAACATTATGTTATTGGGCATTCGTTATTTCTTTTAAATATTGCCAGCTAACCCTCCAT
CAGTTTAGTCTAATTTTATGTCTGGAGCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGAAATGTCGAATTGTAGCAGAATTGGATTGAACATCCAATTCTAGCGCAACATTTCAATGCAAGTTATACCATGTATTCGACATTATGTTATTGGGCATTCGTTATTGCTTTTAAATATTGCCCAATTCTGGCCAACCCTCCATCAGTTTA
GTGTAATTTTATGTCTGGGTCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGGAACGACGAATTGTAGCAGAATTGGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAAGTTATACCATGTATTCAGCATTATGTTATTGAGCATTCGTTATTGCTTTTAAATATTGCCAGCTAACCCTCCATCAGTTTAGTCTAATTTTATG
TCTGGAGCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGG

Intron 11 GTACCTCTTG ... ATGTGGATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.86	58	31	34.3
A2	35.74	61	26	42
A3	35.69	67	39	36.5
A4	35.33	52	27	30.3
A5	34.14	26	15	12
A6	21.7	47	11	15.3
A7	17.36	46	11	8.5
A8	19.51	41	10	10
A9	17.11	59	17	7.5
A10	10.83	77	7	12

>TRINITY_DN120862_c6_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

CTTATTGAAAGCAACAACATACAAAAACGTTGGGAAGCTTTAAGTTACAGGAGACTCTCAACAAAATGCCCGTGCTATTGAAAGTAATTGATTTCTCTTAAACGCGCGCAGATAAAACCCTCGCCAACCATTCCGTCCAGTAAGAGTTCATGAGCATATTGGGTAAAAAACCTGCTATCCAAAGGCATGCTTTCTCTTAA
ACCCACGTAACAATAAAACCCTTGCTAAGTTTTTTCACTAGGGCATAAGTGGAAGATTGTAGCAAGTGGGCACTTGTTCGTACAAACGTCAGTACATTGCTATCTTTCGCTACGACAAGGCTTCCTTAGCGATTCCAACCAGAATAAGGTAAAAACCATTTGCCAGCACGCTCACCTGAACAAGAGAAAAATCGTGATTC
AATTACCTTCTGATCAAGCTGCCCATAGCACACGAAATCTGCCGCCTGAAGTCAATCGAGCTTGACGGGTTTTGTTGAGGTTGTGAAACAATGAAGGTGAAGATGATATCACGTTCAACAGATGAATTTACGCGGGAACGAAGTAAAGATCTTCAGAGGGTTTTTAGAAACTTTGATCCCAACCTACATACTCAGGCAAG
AGCTCAAGAATATGTTCGCGCTCTCAATGCAGCAAAATTAGACAAGATTTTTGTAAAACCCTTTCTGGCAGCAATGAGTGGTCACATTGATGGCATTTCTGCCATGTCAAAGAGTCCACGTCATTTGAAAAGCATATTTTCAGGTTCTATGGATGGAGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGGCGTACGATTCAAC
AATTTCCAGGTCATAGAGGAGCAGTGCGTGGTTTGACTGTGTCTACAGATGGAGAGCGACTTATTTCCTGTGGAGATGATTGCACAGTTAGACTATGGGATATCCCAGTTGCTGGCATCAGGGAATCAAGTGATGGCTTGGAGAATGTTCAAAAGGCACTAGCAACCTATATGGGAAAAAATTCTTTCAGGGCTGTAGAT
TACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAATCAACAGTTTTGCTTGGGGGTCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAAAGATATATTTGCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTATTGTTCTATATGACCTTCGCATGGCATC
ACCTCTGAACAAGCTAATAATGCAGACAAGGAATAATGCCATCGCATGGAATCCAAGAGAACCTATGAATTTTACTGCAGCAAATGAAGATTGCAACTGCTATAGCTATGATATGAGGAGAATGAATATTTCAACTTGTGTGCACCAAGACCATGTTTCTGCTGTGATGGATATTGACTATTCTCCGTCTGGTCGGGAGT
TTGTTACTGGATCATATGATAGAACAGTGAGAATATTCCCCTATAATGCAGGTCACAGCAGAGAAATCTACCATACTAAACGAATGCAAAGGGTGTTTTGTGTGAAATTTAGCGGTGATGCAACTTATGTTCTCTCAGGAAGTGATGACACTAATATTCGCCTGTGGAAAGCTAAAGCATCAGAGCAGTTAGGAGTGCTT
CTCCCGAGAGAGCGTAAAAGGCATGATTATCTAGATGCTGTAAAGGAACGGTTTAAGCATCTTCCAGAAATTAAACGCATTGAGAGGTATGTTGCTAGATACAGTAAATCTTATGTCACAACTTGTTCTATGAGGGTTAGTACTAACAAGTAATTGACTTGGCAGACATCGACACCTACC

>TRINITY_DN120862_c6_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTATTGAAAGCAACAACATACAAAAACGTTGGGAAGCTTTAAGTTACAGGAGACTCTCAACAAAATGCCCGTGCTATTGAAAGTAATTGATTTCTCTTAAACGCGCGCAGATAAAACCCTCGCCAACCATTCCGTCCAGTAAGAGTTCATGAGCATATTGGGTAAAAAACCTGCTATCCAAAGGCATGCTTTCTCTTAA
ACCCACGTAACAATAAAACCCTTGCTAAGTTTTTTCACTAGGGCATAAGTGGAAGATTGTAGCAAGTGGGCACTTGTTCGTACAAACGTCAGTACATTGCTATCTTTCGCTACGACAAGGCTTCCTTAGCGATTCCAACCAGAATAAGGTAAAAACCATTTGCCAGCACGCTCACCTGAACAAGAGAAAAATCGTGATTC
AATTACCTTCTGATCAAGCTGCCCATAGCACACGAAATCTGCCGCCTGAAGTCAATCGAGCTTGACGgtacctcttgaattcgcctcctagttttatacgaacattgaagttagagggaacactacatgtttatgaggattcccttttggacttttgccgtatgttttagtcgtgtttgtgtctgttagagagatagtta
cctgtatgtttttgctctttgatacatgtagttcagtcgggttacgggttttagttcctctatgttttaattaatgcatgtaattttatcccctgcagatttgaatttcttgaacatgttgacaaattttatcaaatcccattcaaataggaaaacaagaatttcatgtatattccttttcaagaatttcatgtacttac
ccaatggaaaactgcagactaaaatgtcttaatctgtggatatttaaattgtcgtatgtagggtttttctagggtttacattgtttaaatgttgtatggtgtcaatgatggcttgcctggttggtggaagcgggtagctaatatagctccaccaagttcaaattagtggcgctcacgcttgtggatgccgctagcagctg
gggccaagtgcaagccctggacgcctttggcatgatagatatcccactattcgctgcatacctgaggacatcaaaaaggaaggatgaagacataaaaaaagacgggtgccaatggttacccgtaatgcaaaatttgggcgtgtttactccgtgataagagaaaaccagttcaaaaaaaattgttgtatgagacggttttt
gctagagtttgcatcatttaaattgttgtctgggttttttcagggtttgcattcatccatgtgaataacttaataactgtccctggtgtgcacctctgaattttgtattcaattctataatctggtccttttatataactaattgttgtctgtttaatactttttaatgtggatagGGTTTTGTTGAGGTTGTGAAACAA
TGAAGGTGAAGATGATATCACGTTCAACAGATGAATTTACGCGGGAACGAAGTAAAGATCTTCAGAGGGTTTTTAGAAACTTTGATCCCAACCTACATACTCAGGCAAGAGCTCAAGAATATGTTCGCGCTCTCAATGCAGCAAAATTAGACAAGATTTTTGTAAAACCCTTTCTGGCAGCAATGAGTGGTCACATTGAT
GGCATTTCTGCCATGTCAAAGAGTCCACGTCATTTGAAAAGCATATTTTCAGGTTCTATGGATGGAGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGGCGTACGATTCAACAATTTCCAGGTCATAGAGGAGCAGTGCGTGGTTTGACTGTGTCTACAGATGGAGAGCGACTTATTTCCTGTGGAGATGATTGCACAGTTAG
ACTATGGGATATCCCAGTTGCTGGCATCAGGGAATCAAGTGATGGCTTGGAGAATGTTCAAAAGGCACTAGCAACCTATATGGGAAAAAATTCTTTCAGGGCTGTAGATTACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAATCAACAGTTTTGCTT
GGGGGTCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAAAGATATATTTGCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTATTGTTCTATATGACCTTCGCATGGCATCACCTCTGAACAAGCTAATAATGCAGACAAGGAATAATGCCATCGCATGGAATCCAAGAGAACCTATGAATTTTACTGCAGCAAATGAAGAT
TGCAACTGCTATAGCTATGATATGAGGAGAATGAATATTTCAACTTGTGTGCACCAAGACCATGTTTCTGCTGTGATGGATATTGACTATTCTCCGTCTGGTCGGGAGTTTGTTACTGGATCATATGATAGAACAGTGAGAATATTCCCCTATAATGCAGGTCACAGCAGAGAAATCTACCATACTAAACGAATGCAAAG
GGTGTTTTGTGTGAAATTTAGCGGTGATGCAACTTATGTTCTCTCAGGAAGTGATGACACTAATATTCGCCTGTGGAAAGCTAAAGCATCAGAGCAGTTAGGAGTGCTTCTCCCGAGAGAGCGTAAAAGGCATGATTATCTAGATGCTGTAAAGGAACGGTTTAAGCATCTTCCAGAAATTAAACGCATTGAGAGACATC
GACACCTACCAAAGCCTATATACAAAGCAGCCCTTCTACGGCATACTGTAAATACGGCAGCAAAGAGGAAAGAGAATCGGAAGAGAGCGCACAGTGCTCCTGGATCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGAAACGGCGAATTGTAGCAGAATTAGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAGTTATGCCAT
GTATTCAACATTATGTTATTGGGCATTCGTTATTTCTTTTAAATATTGCCAGCTAACCCTCCATCAGTTTAGTCTAATTTTATGTCTGGAGCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGAAATGTCGAATTGTAGCAGAATTGGATTGAACATCCAATTCTAGCGCAACATTTCAATGCAAGTTATACCATGTATTCGACATTAT
GTTATTGGGCATTCGTTATTGCTTTTAAATATTGCCCAATTCTGGCCAACCCTCCATCAGTTTAGTGTAATTTTATGTCTGGGTCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGGAACGACGAATTGTAGCAGAATTGGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAAGTTATACCATGTATTCAGCATTATGTTATT
GAGCATTCGTTATTGCTTTTAAATA

Intron 12 GTATGTTGCT ... GACTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	4.82	77	8	4
A2	5.39	57	8.7	3.7
A3	5.66	44	6	3
A4	7.82	62	10	6.3
A5	5	17	6	1
A6	4.8	190	19.7	10.7
A7	4.56	208	26	11
A8	5.45	220	29	14.3
A9	3.77	184.2	29.7	7.7
A10	6.1	165	32.7	12

>TRINITY_DN120862_c6_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

CTTATTGAAAGCAACAACATACAAAAACGTTGGGAAGCTTTAAGTTACAGGAGACTCTCAACAAAATGCCCGTGCTATTGAAAGTAATTGATTTCTCTTAAACGCGCGCAGATAAAACCCTCGCCAACCATTCCGTCCAGTAAGAGTTCATGAGCATATTGGGTAAAAAACCTGCTATCCAAAGGCATGCTTTCTCTTAA
ACCCACGTAACAATAAAACCCTTGCTAAGTTTTTTCACTAGGGCATAAGTGGAAGATTGTAGCAAGTGGGCACTTGTTCGTACAAACGTCAGTACATTGCTATCTTTCGCTACGACAAGGCTTCCTTAGCGATTCCAACCAGAATAAGGTAAAAACCATTTGCCAGCACGCTCACCTGAACAAGAGAAAAATCGTGATTC
AATTACCTTCTGATCAAGCTGCCCATAGCACACGAAATCTGCCGCCTGAAGTCAATCGAGCTTGACGGGTTTTGTTGAGGTTGTGAAACAATGAAGGTGAAGATGATATCACGTTCAACAGATGAATTTACGCGGGAACGAAGTAAAGATCTTCAGAGGGTTTTTAGAAACTTTGATCCCAACCTACATACTCAGGCAAG
AGCTCAAGAATATGTTCGCGCTCTCAATGCAGCAAAATTAGACAAGATTTTTGTAAAACCCTTTCTGGCAGCAATGAGTGGTCACATTGATGGCATTTCTGCCATGTCAAAGAGTCCACGTCATTTGAAAAGCATATTTTCAGGTTCTATGGATGGAGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGGCGTACGATTCAAC
AATTTCCAGGTCATAGAGGAGCAGTGCGTGGTTTGACTGTGTCTACAGATGGAGAGCGACTTATTTCCTGTGGAGATGATTGCACAGTTAGACTATGGGATATCCCAGTTGCTGGCATCAGGGAATCAAGTGATGGCTTGGAGAATGTTCAAAAGGCACTAGCAACCTATATGGGAAAAAATTCTTTCAGGGCTGTAGAT
TACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAATCAACAGTTTTGCTTGGGGGTCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAAAGATATATTTGCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTATTGTTCTATATGACCTTCGCATGGCATC
ACCTCTGAACAAGCTAATAATGCAGACAAGGAATAATGCCATCGCATGGAATCCAAGAGAACCTATGAATTTTACTGCAGCAAATGAAGATTGCAACTGCTATAGCTATGATATGAGGAGAATGAATATTTCAACTTGTGTGCACCAAGACCATGTTTCTGCTGTGATGGATATTGACTATTCTCCGTCTGGTCGGGAGT
TTGTTACTGGATCATATGATAGAACAGTGAGAATATTCCCCTATAATGCAGGTCACAGCAGAGAAATCTACCATACTAAACGAATGCAAAGGGTGTTTTGTGTGAAATTTAGCGGTGATGCAACTTATGTTCTCTCAGGAAGTGATGACACTAATATTCGCCTGTGGAAAGCTAAAGCATCAGAGCAGTTAGGAGTGCTT
CTCCCGAGAGAGCGTAAAAGGCATGATTATCTAGATGCTGTAAAGGAACGGTTTAAGCATCTTCCAGAAATTAAACGCATTGAGAGACATCGACACCTACCAAAGCCTATATACAAAGCAGCCCTTCTACGGCATACTGTAAATACGGCAGCAAAGAGGAAAGAGAATCGGAAGAGAGCGCACAGTGCTCCTGGATCTGT
GGTCACTGCTCCTCTTCGGAAACGGCGAATTGTAGCAGAATTAGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAGTTATGCCATGTATTCAACATTATGTTATTGGGCATTCGTTATTTCTTTTAAATATTGCCAGCTAACCCTCCATCAGTTTAGTCTAATTTTATGTCTGGAGCTGTGGTCACTGCTCCTC
TTCGGAAATGTCGAATTGTAGCAGAATTGGATTGAACATCCAATTCTAGCGCAACATTTCAATGCAAGTTATACCATGTATTCGACATTATGTTATTGGGCATTCGTTATTGCTTTTAAATATTGCCCAATTCTGGCCAACCCTCCATCAGTTTAGTGTAATTTTATGTCTGGGTCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGGA
ACGACGAATTGTAGCAGAATTGGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAAGTTATACCATGTATTCAGCATTATGTTATTGAGCATTCGTTATTGCTTTTAAATA

>TRINITY_DN120862_c6_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTATTGAAAGCAACAACATACAAAAACGTTGGGAAGCTTTAAGTTACAGGAGACTCTCAACAAAATGCCCGTGCTATTGAAAGTAATTGATTTCTCTTAAACGCGCGCAGATAAAACCCTCGCCAACCATTCCGTCCAGTAAGAGTTCATGAGCATATTGGGTAAAAAACCTGCTATCCAAAGGCATGCTTTCTCTTAA
ACCCACGTAACAATAAAACCCTTGCTAAGTTTTTTCACTAGGGCATAAGTGGAAGATTGTAGCAAGTGGGCACTTGTTCGTACAAACGTCAGTACATTGCTATCTTTCGCTACGACAAGGCTTCCTTAGCGATTCCAACCAGAATAAGGTAAAAACCATTTGCCAGCACGCTCACCTGAACAAGAGAAAAATCGTGATTC
AATTACCTTCTGATCAAGCTGCCCATAGCACACGAAATCTGCCGCCTGAAGTCAATCGAGCTTGACGGGTTTTGTTGAGGTTGTGAAACAATGAAGGTGAAGATGATATCACGTTCAACAGATGAATTTACGCGGGAACGAAGTAAAGATCTTCAGAGGGTTTTTAGAAACTTTGATCCCAACCTACATACTCAGGCAAG
AGCTCAAGAATATGTTCGCGCTCTCAATGCAGCAAAATTAGACAAGATTTTTGTAAAACCCTTTCTGGCAGCAATGAGTGGTCACATTGATGGCATTTCTGCCATGTCAAAGAGTCCACGTCATTTGAAAAGCATATTTTCAGGTTCTATGGATGGAGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGGCGTACGATTCAAC
AATTTCCAGGTCATAGAGGAGCAGTGCGTGGTTTGACTGTGTCTACAGATGGAGAGCGACTTATTTCCTGTGGAGATGATTGCACAGTTAGACTATGGGATATCCCAGTTGCTGGCATCAGGGAATCAAGTGATGGCTTGGAGAATGTTCAAAAGGCACTAGCAACCTATATGGGAAAAAATTCTTTCAGGGCTGTAGAT
TACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAATCAACAGTTTTGCTTGGGGGTCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAAAGATATATTTGCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTATTGTTCTATATGACCTTCGCATGGCATC
ACCTCTGAACAAGCTAATAATGCAGACAAGGAATAATGCCATCGCATGGAATCCAAGAGAACCTATGAATTTTACTGCAGCAAATGAAGATTGCAACTGCTATAGCTATGATATGAGGAGAATGAATATTTCAACTTGTGTGCACCAAGACCATGTTTCTGCTGTGATGGATATTGACTATTCTCCGTCTGGTCGGGAGT
TTGTTACTGGATCATATGATAGAACAGTGAGAATATTCCCCTATAATGCAGGTCACAGCAGAGAAATCTACCATACTAAACGAATGCAAAGGGTGTTTTGTGTGAAATTTAGCGGTGATGCAACTTATGTTCTCTCAGGAAGTGATGACACTAATATTCGCCTGTGGAAAGCTAAAGCATCAGAGCAGTTAGGAGTGCTT
CTCCCGAGAGAGCGTAAAAGGCATGATTATCTAGATGCTGTAAAGGAACGGTTTAAGCATCTTCCAGAAATTAAACGCATTGAGAGgtatgttgctagatacagtaaatcttatgtcacaacttgttctatgagggttagtactaacaagtaattgacttggcagACATCGACACCTACC

Intron 13 GTATGATCCC ... TGTAAGTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.71	50	13.7	11
A2	44.62	24	15.7	23
A3	29.62	57	19	29
A4	18.16	71	14.7	17
A5	25.17	39	9.3	17
A6	18.12	63	4	24
A7	14.64	92	8	24
A8	11.11	61	6.3	9
A9	14.4	74	8.3	17
A10	13.77	72	5.3	18

>TRINITY_DN120862_c6_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

CTTATTGAAAGCAACAACATACAAAAACGTTGGGAAGCTTTAAGTTACAGGAGACTCTCAACAAAATGCCCGTGCTATTGAAAGTAATTGATTTCTCTTAAACGCGCGCAGATAAAACCCTCGCCAACCATTCCGTCCAGTAAGAGTTCATGAGCATATTGGGTAAAAAACCTGCTATCCAAAGGCATGCTTTCTCTTAA
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>TRINITY_DN120862_c6_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTTCAACAATTTAGTCAATGGCCAGTTCATCATGTATGTTCATTGTTTATTAAATTGTTACTTACATAAAATTTTACCTGTGCCATGTGTATCTTTTAAAATGCCTAGGTGGGTTTTGATGTTTTATGGATGTTTTTGATAATATTATTTTTTTAATATTCTTTTTGCTGCCCCTTACTCCAATGGAAATTTGGGGTACC
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ATTTTGTTGGTTCTGATTATTTTTGTTTCGAGATTTTCTTCTTTTGGATGGATTTATTTTTAGAGGTAGAATTATAATCTATTGTCAGGTTTTTTCTGTTTAACACTCTTTAGTCAAAGGAATTAAGTGAAACTTTTTGTTTTCCTGATATGATGTCAGATATCCGGCTCTGGGACATTGCTGCCAGgtatgatcccatg
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ATTCTTTCAGGGCTGTAGATTACCAGTGGGACAGTAATTTGTTTGCAACTGGTGGTGCTCAAGTTGACATTTGGGATCATGACAGGTCAGAACCAATCAACAGTTTTGCTTGGGGGTCTGATACTATCATTTCTATACGGTTTAATCCTGCAGAGAAAGATATATTTGCAACAACTGCCAGTGACCGCAGTATTGTTCTA
TATGACCTTCGCATGGCATCACCTCTGAACAAGCTAATAATGCAGACAAGGAATAATGCCATCGCATGGAATCCAAGAGAACCTATGAATTTTACTGCAGCAAATGAAGATTGCAACTGCTATAGCTATGATATGAGGAGAATGAATATTTCAACTTGTGTGCACCAAGACCATGTTTCTGCTGTGATGGATATTGACTA
TTCTCCGTCTGGTCGGGAGTTTGTTACTGGATCATATGATAGAACAGTGAGAATATTCCCCTATAATGCAGGTCACAGCAGAGAAATCTACCATACTAAACGAATGCAAAGGGTGTTTTGTGTGAAATTTAGCGGTGATGCAACTTATGTTCTCTCAGGAAGTGATGACACTAATATTCGCCTGTGGAAAGCTAAAGCAT
CAGAGCAGTTAGGAGTGCTTCTCCCGAGAGAGCGTAAAAGGCATGATTATCTAGATGCTGTAAAGGAACGGTTTAAGCATCTTCCAGAAATTAAACGCATTGAGAGACATCGACACCTACCAAAGCCTATATACAAAGCAGCCCTTCTACGGCATACTGTAAATACGGCAGCAAAGAGGAAAGAGAATCGGAAGAGAGCG
CACAGTGCTCCTGGATCTGTGGTCACTGCTCCTCTTCGGAAACGGCGAATTGTAGCAGAATTAGAGTGAACATCCAATTCTAGCACAACATTTCAATGCAAGTTATGCCATGTATTCAACATTATGTTATTGGGCATTCGTTATTTCTTTTAAATATTGCCAGCTAACCCTCTATCAGTTTAGTGTAATTTTATGTACCT
TACTGTCTAGTAGCATAGCATTTTAATTTTCTTGTCATATGAAGAAGTTATTACACTGTAAATTAAAAAAACAAAAACAAGATTGAAGCG