sp|Q6NMQ7|GASA6_ARATH ----> Gibberellin-regulated protein 6

Intron 1 GTACCAATAT ... TTTGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.5	5	0	3
A2	43.75	4	0	3
A3	27.88	10.5	0.5	4
A4	28.57	5	0	2
A5	-1	0	0.5	0
A6	12.74	72	0	9
A7	21.09	23	0	6
A8	27.46	18.5	1.5	7
A9	9.54	38	1	4
A10	23.09	30	0.5	9

>TRINITY_DN40060_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

ACTGCCCCAACCGTCCCATACCCAGCCCTATTAATGAAACATGCCCAACGAATTTTTTTCTATATAACATCCCCAATTCCCCTTTCTTTAATATCTGAGTAGAAGCAGTGAAGTTAAGCGAGCAATGGCGAGGGCAGGACTGATACTGTTGATGGCTCTGGTGGCGTTTTTTGCAATCTTGTCTTCGCAAGAAAAGTTAA
TGGCCACAGGAGCTGAAGATCTGGTACGTCCAGAGTATCAAGTTGAGAAGGCAACAAATGGACAAGGCAGCCTGCACTCATCTCAATGCCCAAACGCTTGTACAAGGAGATGTTCTCAGACACAGTATCGAAAGCCATGTATGTTCTACTGCCAGAAGTGCTGCAAGAAATGCCTGTGCGTTCCCCCTGGTTATTACGGA
AACAAGCAGGTCTGTCCCTGTTATAATAACTGGAAGACAAAGCGAGGCGGCCCCAAATGCCCCTGATAGAATTCCCTGGAGCTCTCTGTTTCTATGTTTTAGTTTATATATTTCTATTTAGATCGTCGCTCAGTGTGGCAATCAGTTTATGGATTGCCTGCACTAGAAGCGCCATGTGGAGCTATTTGAATTTCATCGGA
ATATAACTAGTATTCAGTTCGCCCGTTAGTACTATTTTGGGTAATATATTGGCTTTTCTCAGTAATCTAATCTTGCAGCCATGGTTATTTTGTGTAATATATTGGCTTTTCTCAGTAATCTAATCTTGCAGCCATGGTTATTTTGTGTAATATATTGGCTTTTCTCAGT

>TRINITY_DN40060_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AAGAGTATCAAGTTGAGAAGgtaccaatattgattgttttaacttttccatatatacaatgatttgtttctttgatattgtaaattcctgttccttatatctctgtatttctgttctttttgtttcagGCAACAAATGGACAAGGCAGCCTGCACTCATCTCAATGCCCAAACGCTTGTACAAGGAGATGTTCTCAGACA
CAGTATCGAAAGCCATGTATGTTCTACTGCCAGAAGTGCTGCAAGAAATGCCTGTGCGTTCCCCCTGGTTATTACGGAAACAAGCAGGTCTGTCCCTGTTATAATAACTGGAAGACAAAGCGAGGCGGCCCCAAATGCCCCTGATAGAATTCCCTGGAGCTCTCTGTTTCTATGTTTTAGTTTATATATTTCTATTTAGA
TCGTCGCTCAGTGTGGCAATCAGTTTATGGATTGCCTGCACTAGAAGCGCCATGTGGAGCTATTTGAATTTCATCGGAATATAACTAGTATTCAGTTCGCCCGTTAGTACTATTTTGGGTAATATATTGGCTTTTCTCAGTAATCTAATCTTGCAGCCATGGTTATTTTGTGTAATATATTGGCTTTTCTCAGTAATCTA
ATCTTGCAGCCATGGTTATTTTGTGTAATATATTGGCTTTTCTCAGT

Intron 2 GTGAGTAATG ... GTGCCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	0	2	2	0
A2	0	2	0	0
A3	22.62	5	0	1.5
A4	-1	0	0	0
A5	-1	0	0	0.5
A6	8.51	78	2	8
A7	7.14	18	0	1.5
A8	34.88	10	2	5.5
A9	15.15	32	2.5	6.5
A10	17.5	18	1	4

>TRINITY_DN39288_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

GTCATAGACAGCAGACATGCTAATCCTCGAATTAATTCATCAATTCCAAACGAGTAACGGGACAAAATTTAATCTCAACCAGAACAGAGTATGAAGCCTCTTGTTGTCTTTTCACACTAATCGGGGCTGTCATGGAATCTTGATAATAGTGCCAATGGCTAATAGATTGCATCCTCTTGATAACAGTGCACTTTGCAAAC
CTAATCTGATAACTGTTACACAAATTGTTTTAATTATGGTGTATGTTTTGAAATCAGTAAAGAACTAATTATAAAACCAGTTAGATTTTAATTTTAGGGTTTTGAATCCATTCCAAATTTTCAAAAAATTTACCCTTAGAATTTTGAAATGTTCGAATTGCATCACCCAGACTTCTGCAAAAAGTTGCTTTATTTCTCTC
CAGTTTCCATCAGATCTGTGTCAGAAAAACTGTTTTATTTCTTTCCAATTTCCAATATATTTCTGCCTCAAAACTGTTCCATTTTATGATGTTTTTGAAATGAAGGGTTGAAATCGCTAGATTCTGAAATTTTAAATCGATTCAAAACATTCGAAAACTTTAAATTTGTATTGTCCATGATTAAGATTATAGTTTTGAAA
TATTTGAGTTGCAGTTCCTCAATTCCCAAAACTTTTAAAAAACAAAAACAAAAATATAATGCTTGCTTATTATCCTACGGCCCCACAGCAGCACGTACATCTGAAATATTAGCAGGCTTTGACCACTCTCCCCTCCCTCTCCCATGAGCCTTTATTAGGTTTTCACAGCTAGAAATCAAACACCAGATCTCTCTGGAATA
AAAAAATTAGAAGGGGCAATGATTTGTGTGCAATTAATATTTCTAAAACGGCGATTGCTGCAACATCACGTGACATGTCGGGTACTTTGCACAGAGGACAGGCAGGGTGTGTAGCTTTTTTCCATATGCCTTGGGTTCAGAAATCACATGCATCCTCTGTGCTGGATGCTCTGATACCAATGAATGAATAATGGCCTCGG
TCCTGGATTCAACTGCCCCAACCGTCCCATACCCAGCCCTATTAATGAAACATGCCCAACGAATTTTTTTCTATATAACATCCCCAATTCCCCTTTCTTTAATATCTGAGTAGAAGCAGTGAAGTTAAGCGAGCAATGGCGAGGGCAGGACTGATACTGTTGATGGCTCTGGTGGCGTTTTTTGCAATCTTGTCTTCGCA
AGAAAAGTTAATGGCCACAGGAGCTGAAGATCTGGTACGTCCAGAGTATCAAGTTGAGAAGGCAACAAATGGACAAGGCAGCCTGCACTCATCTCAATGCCCAAACGCTTGTACAAGGAGATGTTCTCAGACACAGTATCGAAAGCCATGTATGTTCTACTGCCAGAAGTGCTGCAAGAAATGCCTGTGCGTTCCCCCTG
GTTATTACGGAAACAAGCAGGTCTGTCCCTGTTATAATAACTGGAAGACAAAGCGAGGCGGCCCCAAATGCCCCTGATAGAATTCCCTGGAGCTCTCTGTTTCTATGTTTTAGTTTATATATTTCTATTTAGATCGTCGCTCAGTGTGGCAATCAGTTTATGGATTGCCTGCACTAGAAGCGCCATGTGGAGCTATTTGA
ATTTCATCGGAATATAACTAGTATTCAGTTCGCCCGTTAGTACTATTTTGGGTAATATATTGGCTTTTCTCAGTAATCTAATCTTGCAGCCATGGTTATTTTGTGTAATATATTGGCTTTTCTCAGTAATCTAATCTTGCAGACACGGTGAATTTGGG

>TRINITY_DN39288_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTCATAGACAGCAGACATGCTAATCCTCGAATTAATTCATCAATTCCAAACGAGTAACGGGACAAAATTTAATCTCAACCAGAACAGAGTATGAAGCCTCTTGTTGTCTTTTCACACTAATCGGGGCTGTCATGGAATCTTGATAATAGTGCCAATGGCTAATAGATTGCATCCTCTTGATAACAGTGCACTTTGCAAAC
CTAATCTGATAACTGTTACACAAATTGTTTTAATTATGGTGTATGTTTTGAAATCAGTAAAGAACTAATTATAAAACCAGTTAGATTTTAATTTTAGGGTTTTGAATCCATTCCAAATTTTCAAAAAATTTACCCTTAGAATTTTGAAATGTTCGAATTGCATCACCCAGACTTCTGCAAAAAGTTGCTTTATTTCTCTC
CAGTTTCCATCAGATCTGTGTCAGAAAAACTGTTTTATTTCTTTCCAATTTCCAATATATTTCTGCCTCAAAACTGTTCCATTTTATGATGTTTTTGAAATGAAGGGTTGAAATCGCTAGATTCTGAAATTTTAAATCGATTCAAAACATTCGAAAACTTTAAATTTGTATTGTCCATGATTAAGATTATAGTTTTGAAA
TATTTGAGTTGCAGTTCCTCAATTCCCAAAACTTTTAAAAAACAAAAACAAAAATATAATGCTTGCTTATTATCCTACGGCCCCACAGCAGCACGTACATCTGAAATATTAGCAGGCTTTGACCACTCTCCCCTCCCTCTCCCATGAGCCTTTATTAGGTTTTCACAGCTAGAAATCAAACACCAGATCTCTCTGGAATA
AAAAAATTAGAAGGGGCAATGATTTGTGTGCAATTAATATTTCTAAAACGGCGATTGCTGCAACATCACGTGACATGTCGGGTACTTTGCACAGAGGACAGGCAGGGTGTGTAGCTTTTTTCCATATGCCTTGGGTTCAGAAATCACATGCATCCTCTGTGCTGGATGCTCTGATACCAATGAATGAATAATGGCCTCGG
TCCTGGATTCAACTGCCCCAACCGTCCCATACCCAGCCCTATTAATGAAACATGCCCAACGAATTTTTTTCTATATAACATCCCCAATTCCCCTTTCTTTAATATCTGAGTAGAAGCAGTGAAGTTAAGCGAGCAATGGCGAGGGCAGGACTGATACTGTTGATGGCTCTGGTGGCGTTTTTTGCAATCTTGTCTTCGCA
AGAAAAGgtgagtaatgtgtcattaagctaccatctgatcaaaggcattaaagccctgaggtctcgaaaccctcttcaatgcctaattgaaattaatgagagaacaacattacagcattcatggcagttttatatctaatatgttgtgccttcagTTAATGGCCACAGGAGCTGAAGATCTGGTACGTCCAGAGTATCAA
GTTGAGAAGGTACCAATATTGATTGTTTTAACTTTTCCATATATACAATGATTTGTTTCTTTGATATTGTAAATTCCTGTTCCTTATATCTCTGTATTTCTGTTCTTTTTGTTTCAGGCAACAAATGGACAAGGCAGCCTGCACTCATCTCAATGCCCAAACGCTTGTACAAGGAGATGTTCTCAGACACAGTATCGAAA
GCCATGTATGTTCTACTGCCAGAAGTGCTGCAAGAAATGCCTGTGCGTTCCCCCTGGTTATTACGGAAACAAGCAGGTCTGTCCCTGTTATAATAACTGGAAGACAAAGCGAGGCGGCCCCAAATGCCCCTGATAGAATTCCCTGGAGCTCTCTGTTTCTATGTTTTAGTTTATATATTTCTATTTAGATCGTCGCTCAG
TGTGGCAATCAGTTTATGGATTGCCTGCACTAGAAGCGCCATGTGGAGCTATTTGAATTTCATCGGAATATAACTAGTATTCAGTTCGCCCGTTAGTACTATTTTGGGTAATATATTGGCTTTTCTCAGTAATCTAATCTTGCAGCCATGGTTATTTTGTGTAATATATTGGCTTTTCTCAGTAATCTAATCTTGCAGAC
ACGGTGAATTTGGG