sp|Q7XXR3|WDL1_ORYSJ ----> GDSL esterase/lipase WDL1
Intron 1 GCAGATATTC ... ATTTCCCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50 | 11 | 11 | 11 |
| A2 | 53.12 | 15 | 11 | 23 |
| A3 | 51.43 | 17 | 13 | 23 |
| A4 | 65.85 | 7 | 13 | 14 |
| A5 | 82.61 | 2 | 9 | 10 |
| A6 | 66.18 | 23 | 37 | 53 |
| A7 | 56.52 | 40 | 39 | 65 |
| A8 | 55.12 | 46 | 51 | 62 |
| A9 | 56.67 | 39 | 34 | 68 |
| A10 | 62.37 | 35 | 53 | 63 |
>TRINITY_DN40066_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoformATTTTGTTCTCTCTCATGGGAGTCCTTTGCCTAGGCGGCCCTGCTTGGTAGTCTGTATGACTGTAACCGGATGGAGTCCTTTGCCTAGGCGGCCCTTCTTGTTAGTCCCGCCTTCTTGTTAGTCTGTATGACTGTAAGCGGATGTATTCTGATTTCTTAGTATGGGAGATTTTCTATTGTTTTTTGGTATGTAATTCAGA
TGACACTTGATAGAGGTTGATGTAACTTTGATTCCAAAAAATAACAAGTTATGTTTTTGTTCGATTTGAAAAATTTGCAATAGTCCATGCCTGGGATTAATAAAACTTGAACCATGGTCCCTGTCAGCCTGAAGGCAGGTTGGCAGATCCATGGGTTGTTCTGGATAATGACCGATAGGATTCCATTTCCGATCATTGCT
ACGCATGAATATCGCTTGTACCAAAACAATTATGAAGTATAAAAAAATCATGGACAAAAAACCTCTTCCGGTGAAGTAGGTACTGAGCACTTATTACTGTACCAGATACCAATTAAATAACTAACTACTCAAAAAGAGGTTGTGGCATCTAATCTTGTTCACACATTTATTGTCGATCTGCATTTTTTTTATTGGCCACC
GTCCAGCGTTTTTCATCCCGCTCACTGGTACAGGAGTCTCTCTACTAGCACATATATACCTACATATTTTCACAGAAATTCTGTGTATTTGGGCATGCACAACCTCGCTTTTTGTCAGCTCTGAGCTCCAAAAGCTAAGCTTGGATTCACAATAGAGTGGAGAAGATATGGTTGGCCCACGTCGTCCATTGTTTGTTCTG
TTCGGTTCCTCGATTGTGCAGTATAGCTTTGCCAATGGTGGTTGGGGAGCTGCTCTTGCTGACATCTATTCACGCAAGGATGATAGTCAACAGCCCTCATTGATCATTGTGTACTTTGGTGGGAATGATTCTATTGGGCCCCACGCATCAGGCTTAGGTCCTCATGTACCTCTTTCTGAATACATTGACAACATAAGAAA
AATAGCCACTTATCTTCAGGACCTCTCAGAATCAACAAGGCTAATTTTTTTAAGCTGCCCACCTGTTAATGAAGATATGCTGAATACTGATTCAAGAAGCATTTTTAGCCACTTAGTACGAACCAATGAAGCATGCCGACATTATTCTGAAGCCTGTATACAGGTCTGCAAGGAGATGGATCTCAAAGTTGTAGATCTTT
GGTCAGCTATTCAAACAAGGCCAGATTGGCGAACATCCTGCTTCACAGATGGTATTCATTTCTCAGCAGAGGGTAGCATTATTGTCGTTGACCAAATTTTGAAAGTTCTAAAGGAGGCAGAATGGGAACCTTCTTTGCACTGGAAGAGTATACCAGCAGAATTTGGTGAATCATCACCCTATGATCTTGTTGCATCTGAC
AATGAGAGCACCATCAATGTTTCGGAGTTTACTTTTCACAGAGAGAAGCAATGGGATTAAATTATTGCCTCTTATTTATCTCATAGGATGTTTTACTAGGAATTCATTTTTATATGAATCATTCAGCCTCCTTTCTATAAATAATGGGTATTTTCGGAATGGCAGTATAGTAAGAACTTGATGATATAATTATCGATTAA
TTTCCTTGTAAAGAACAAATTCATGTTTTATCTAGGCTGTGTTGCATTGGAGCCCTCCTTCAGTTAATAAATAAATTCTGGAGATAAATTCATGCTTTATCTAGGCAGCGTGTCATTGGAAATTTCTTTCAGCTAATCTTTGCATTTGATAGATGTTCGACATCGTTCGACTGCTGGGTTGAAGTGGCATAGCTTTCTAG
AAATTTGAATGGGCCAACAAGAGATCTAGTTTCTAGTTACTAATGATTAGATGAAAATTTGATATCCTCATTCTACGTGTCTATCTGCATATTTAAGTTGAGATCTTAGCTTCTCAATGTTTAAAAA
>TRINITY_DN40066_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:ATTTTGTTCTCTCTCATGGGAGTCCTTTGCCTAGGCGGCCCTGCTTGGTAGTCTGTATGACTGTAACCGGATGGAGTCCTTTGCCTAGGCGGCCCTTCTTGTTAGTCCCGCCTTCTTGTTAGTCTGTATGACTGTAAGCGGATGTATTCTGATTTCTTAGTATGGGAGATTTTCTATTGTTTTTTGGTATGTAATTCAGA
TGACACTTGATAGAGGTTGATGTAACTTTGATTCCAAAAAATAACAAGTTATGTTTTTGTTCGATTTGAAAAATTTGCAATAGTCCATGCCTGGGATTAATAAAACTTGAACCATGGTCCCTGTCAGCCTGAAGGCAGGTTGGCAGATCCATGGGTTGTTCTGGATAATGACCGATAGGATTCCATTTCCGATCATTGCT
ACGCATGAATATCGCTTGTACCAAAACAATTATGAAGTATAAAAAAATCATGGACAAAAAACCTCTTCCGGTGAAGTAGGTACTGAGCACTTATTACTGTACCAGATACCAATTAAATAACTAACTACTCAAAAAGAGGTTGTGGCATCTAATCTTGTTCACACATTTATTGTCGATCTGCATTTTTTTTATTGGCCACC
GTCCAGCGTTTTTCATCCCGCTCACTGGTACAGGAGTCTCTCTACTAGCACATATATACCTACATATTTTCACAGAAATTCTGTGTATTTGGGCATGCACAACCTCGCTTTTTGTCAGCTCTGAGCTCCAAAAGCTAAGCTTGGATTCACAATAGAGTGGAGAAGATATGGTTGGCCCACGTCGTCCATTGTTTGTTCTG
TTCGGTTCCTCGATTGTGCAGTATAGCTTTGCCAATGGTGGTTGGGGAGCTGCTCTTGCTGACATCTATTCACGCAAGgcagatattctggtacgagggtattctggatggaactccaggcgggcactacaagtgatggatcaaatatttcccaagGATGATAGTCAACAGCCCTCATTGATCATTGTGTACTTTGGTGG
GAATGATTCTATTGGGCCCCACGCATCAGGCTTAGGTCCTCATGTACCTCTTTCTGAATACATTGACAACATAAGAAAAATAGCCACTTATCTTCAGGACCTCTCAGAATCAACAAGGCTAATTTTTTTAAGCTGCCCACCTGTTAATGAAGATATGCTGAATACTGATTCAAGAAGCATTTTTAGCCACTTAGTACGAA
CCAATGAAGCATGCCGACATTATTCTGAAGCCTGTATACAGGTCTGCAAGGAGATGGATCTCAAAGTTGTAGATCTTTGGTCAGCTATTCAAACAAGGCCAGATTGGCGAACATCCTGCTTCACAGATGGTATTCATTTCTCAGCAGAGGGTAGCATTATTGTCGTTGACCAAATTTTGAAAGTTCTAAAGGAGGCAGAA
TGGGAACCTTCTTTGCACTGGAAGAGTATACCAGCAGAATTTGGTGAATCATCACCCTATGATCTTGTTGCATCTGACAATGAGAGCACCATCAATGTTTCGGAGTTTACTTTTCACAGAGAGAAGCAATGGGATTAAATTATTGCCTCTTATTTATCTCATAGGATGTTTTACTAGGAATTCATTTTTATATGAATCAT
TCAGCCTCCTTTCTATAAATAATGGGTATTTTCGGAATGGCAGTATAGTAAGAACTTGATGATATAATTATCGATTAATTTCCTTGTAAAGAACAAATTCATGTTTTATCTAGGCTGTGTTGCATTGGAGCCCTCCTTCAGTTAATAAATAAATTCTGGAGATAAATTCATGCTTTATCTAGGCAGCGTGTCATTGGAAA
TTTCTTTCAGCTAATCTTTGCATTTGATAGATGTTCGACATCGTTCGACTGCTGGGTTGAAGTGGCATAGCTTTCTAGAAATTTGAATGGGCCAACAAGAGATCTAGTTTCTAGTTACTAATGATTAGATGAAAATTTGATATCCTCATTCTACGTGTCTATCTGCATATTTAAGTTGAGATCTTAGCTTCTCAATGTTT
AAAAA
Intron 2 GTACTGAGCA ... ACTGGTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60 | 3 | 3 | 6 |
| A2 | 50 | 2 | 0 | 4 |
| A3 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A4 | 100 | 0 | 3 | 5 |
| A5 | 66.67 | 1 | 2 | 2 |
| A6 | 51.52 | 8 | 4 | 13 |
| A7 | 47.83 | 6 | 2 | 9 |
| A8 | 80 | 2 | 6 | 10 |
| A9 | 38.1 | 13 | 3 | 13 |
| A10 | 37.93 | 9 | 3 | 8 |
>TRINITY_DN40597_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoformCTTTGCCTAGGCGGCCCTTCTTGTTAGTCTGTATGACTGTAAGCGGATGTATTCTGATTTGTTAGTATGGGAGATTTTCTATTGTTTTTTGGTATGTAATTCGGATGACACTTGATAGTGGTTAAGTATATGATGTAACTTTGATTCCAAAAAATAACAAGTTATGTTTTTTTCGATTTGAAAAATTTGCAATAGTCCAT
CCCTGGGATTAATAAAACTTGATCCATGGTCCCTGTCAGCCTGAAGGCAGGGATTAATAAAACTTGATCCATGATCCCTGTCAGCCTGTCAGCCTAAAGGCAGGTTGGCAGATCCATGGGTTGTTCTGGATAATGACCGATAGGATTCCATTTCCGATCATTGCTACGCATGAATATCGCTTGTACCAAAACAATTATGA
AGTATAAAAAAATCATGGACAAAAAACCTCTTCCGGTGAAGTAGGAGTCTCTCTACTAGCACATATATACCTACATATTTTCACAGAAATTCTGTGTATTTGGGCATGCACAACCTCGCTTTTTGTCAGCTCTGAGCTCCAAAAGCTAAGCTTGGATTCACAATAGAGTGGAGAAGATATGGTTGGCCCACGTCGTCCAT
TGTTTGTTCTGTTCGGTTCCTCGATTGTGCAGTATAGCTTTGCCAATGGTGGTTGGGGAGCTGCTCTTGCTGACATCTATTCACGCAAGGATGATAGTCAACAGCCCTCATTGATCATTGTGTACTTTGGTGGGAATGATTCTATTGGGCCCCACGCATCAGGCTTAGGTCCTCATGTACCTCTTTCTGAATACATTGAC
AACATAAGAAAAATAGCCACTTATCTTCAGGACCTCTCAGAATCAACAAGGCTAATTTTTTTAAGCTGCCCACCTGTTAATGAAGATATGCTGAATACTGATTCAAGAAGCATTTTTAGCCACTTAGTACGAACCAATGAAGCATGCCGACATTATTCTGAACCCTGTATACAGGTCTGCAAGGAGATGGATCTCAAAGT
TGTAGATCTTTGGTCAGCTATTCAAACAAGGCCAGATTGGCGAACATCCTGCTTCACAGATGGTATTCATTTCTCAGCAGAGGGTAGCATTATTGTCGTTGACCAAATTTTGAAAGTTCTAAAGGAGGCAGAATGGGAACCTTCTTTGCACTGGAAGAGTATACCAGCAGAATTTGGTGAATCATCACCCTATGATCTTG
TTGCATCTGACAATGAGAGCACCATCAATGTTTCGGAGTTTACTTTTCACAGAGAGAAGCAATGGGATTAAATTATTGCCTCTTATTTATCTCATAGGATGTTTTACTAGGAATTCATTTTTATATGAATCATTCAGCCTCCTTTCTATAAATAATGGGTATTTTCGGAATGGCAGTATAGTAAGAACTTGATGATATAA
TTATCGATTAATTTCCTTGTAAAGAACAAATTCATGTTTTATCTAGGCTGTGTTGCATTGGAGCCCTCCTTCAGTTAATAAATAAATTCTGGAGATAAATTCATGCTTTATCTAGGCAGCGTGTCATTGGAAATTTCTTTCAGCTAATCTTTGCATTTGATAGATGTTCGACATCGTTCGACTGCTGGGTTGAAGTGGCA
TAGCTTTCTAGAAATTTGAATGGCATTGCCAACAAGAGATCTAGTTTCTAGTTACTAATAATTAGATGAAAATTTGATATCCTCATTCTATGTGTCTATCTGCATATTTAAGTTGAGATCTTAGCTTCTCAATGTTTAAAAAGCGTTTTAAGTTGAGCTTGAGCGTATATGGAGTGTTTGTCTGTCAGTTGTTATCTGTG
ATGTCTGGTGTATACATGCGTCTTACGGATGGAGTAATCATTTGTTGCATCAGACGACAATCTGCACTTCTGCTGTTGTTTCCTTTTGAACAATTATACTTGGTTGAAGTCATGTGCAAATTATTATACGAAGGATCTTTTTTTTTATGTTTTGCATTCTCCGCAGGAGAGAAATGAATACTCACATTATTATGCG
>TRINITY_DN40597_c0_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:CTTTGCCTAGGCGGCCCTTCTTGTTAGTCTGTATGACTGTAAGCGGATGTATTCTGATTTGTTAGTATGGGAGATTTTCTATTGTTTTTTGGTATGTAATTCGGATGACACTTGATAGTGGTTAAGTATATGATGTAACTTTGATTCCAAAAAATAACAAGTTATGTTTTTTTCGATTTGAAAAATTTGCAATAGTCCAT
CCCTGGGATTAATAAAACTTGATCCATGGTCCCTGTCAGCCTGAAGGCAGGGATTAATAAAACTTGATCCATGATCCCTGTCAGCCTGTCAGCCTAAAGGCAGGTTGGCAGATCCATGGGTTGTTCTGGATAATGACCGATAGGATTCCATTTCCGATCATTGCTACGCATGAATATCGCTTGTACCAAAACAATTATGA
AGTATAAAAAAATCATGGACAAAAAACCTCTTCCGGTGAAGTAGgtactgagcacttattactgtaccagataccaattaaataaccaactactaaaatagaggttgtggcatctaatcttgttcacacatttattgtcgatctgcattttttttattggccaacgtccagcgtttttcatcccgctcactggtacagGA
GTCTCTCTACTAGCACATATATACCTACATATTTTCACAGAAATTCTGTGTATTTGGGCATGCACAACCTCGCTTTTTGTCAGCTCTGAGCTCCAAAAGCTAAGCTTGGATTCACAATAGAGTGGAGAAGATATGGTTGGCCCACGTCGTCCATTGTTTGTTCTGTTCGGTTCCTCGATTGTGCAGTATAGCTTTGCCAA
TGGTGGTTGGGGAGCTGCTCTTGCTGACATCTATTCACGCAAGGCAGATATTCTGGTACGAGGGTATTCTGGATGGAACTCCAGGCGGGCACTACAAGTGATGGATCAAATATTTCCCAAGGATGATAGTCAACAGCCCTCATTGATCATTGTGTACTTTGGTGGGAATGATTCTATTGGGCCCCACGCATCAGGCTTAG
GTCCTCATGTACCTCTTTCTGAATACATTGACAACATAAGAAAAATAGCCACTTATCTTCAGGACCTCTCAGAATCAACAAGGCTAATTTTTTTAAGCTGCCCACCTGTTAATGAAGATATGCTGAATACTGATTCAAGAAGCATTTTTAGCCACTTAGTACGAACCAATGAAGCATGCCGACATTATTCTGAACCCTGT
ATACAGGTCTGCAAGGAGATGGATCTCAAAGTTGTAGATCTTTGGTCAGCTATTCAAACAAGGCCAGATTGGCGAACATCCTGCTTCACAGATGGTATTCATTTCTCAGCAGAGGGTAGCATTATTGTCGTTGACCAAATTTTGAAAGTTCTAAAGGAGGCAGAATGGGAACCTTCTTTGCACTGGAAGAGTATACCAGC
AGAATTTGGTGAATCATCACCCTATGATCTTGTTGCATCTGACAATGAGAGCACCATCAATGTTTCGGAGTTTACTTTTCACAGAGAGAAGCAATGGGATTAAATTATTGCCTCTTATTTATCTCATAGGATGTTTTACTAGGAATTCATTTTTATATGAATCATTCAGCCTCCTTTCTATAAATAATGGGTATTTTCGG
AATGGCAGTATAGTAAGAACTTGATGATATAATTATCGATTAATTTCCTTGTAAAGAACAAATTCATGTTTTATCTAGGCTGTGTTGCATTGGAGCCCTCCTTCAGTTAATAAATAAATTCTGGAGATAAATTCATGCTTTATCTAGGCAGCGTGTCATTGGAAATTTCTTTCAGCTAATCTTTGCATTTGATAGATGTT
CGACATCGTTCGACTGCTGGGTTGAAGTGGCATAGCTTTCTAGAAATTTGAATGGCATTGCCAACAAGAGATCTAGTTTCTAGTTACTAATAATTAGATGAAAATTTGATATCCTCATTCTATGTGTCTATCTGCATATTTAAGTTGAGATCTTAGCTTCTCAATGTTTAAAAAGCGTTTTAAGTTGAGCTTGAGCGTAT
ATGGAGTGTTTGTCTGTCAGTTGTTATCTGTGATGTCTGGTGTATACATGCGTCTTACGGATGGAGTAATCATTTGTTGCATCAGACGACAATCTGCACTTCTGCTGTTGTTTCCTTTTGAACAATTATACTTGGTTGAAGTCATGTGCAAATTATTATACGAAGGATCTTTTTTTTTATGTTTTGCATTCTCCGCAGGA
GAGAAATGAATACTCACATTATTATGCG
Intron 3 GTGTTTGCTT ... AATGTCATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.11 | 11 | 10 | 6 |
| A2 | 46.34 | 11 | 9 | 10 |
| A3 | 33.33 | 13 | 6 | 7 |
| A4 | 43.48 | 13 | 10 | 10 |
| A5 | 47.06 | 9 | 7 | 9 |
| A6 | 45.59 | 37 | 29 | 33 |
| A7 | 43.88 | 39 | 28 | 33 |
| A8 | 46.03 | 51 | 46 | 41 |
| A9 | 46.03 | 34 | 30 | 28 |
| A10 | 44.21 | 53 | 38 | 46 |
>TRINITY_DN40066_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoformATTTTGTTCTCTCTCATGGGAGTCCTTTGCCTAGGCGGCCCTGCTTGGTAGTCTGTATGACTGTAACCGGATGGAGTCCTTTGCCTAGGCGGCCCTTCTTGTTAGTCCCGCCTTCTTGTTAGTCTGTATGACTGTAAGCGGATGTATTCTGATTTCTTAGTATGGGAGATTTTCTATTGTTTTTTGGTATGTAATTCAGA
TGACACTTGATAGAGGTTGATGTAACTTTGATTCCAAAAAATAACAAGTTATGTTTTTGTTCGATTTGAAAAATTTGCAATAGTCCATGCCTGGGATTAATAAAACTTGAACCATGGTCCCTGTCAGCCTGAAGGCAGGTTGGCAGATCCATGGGTTGTTCTGGATAATGACCGATAGGATTCCATTTCCGATCATTGCT
ACGCATGAATATCGCTTGTACCAAAACAATTATGAAGTATAAAAAAATCATGGACAAAAAACCTCTTCCGGTGAAGTAGGTACTGAGCACTTATTACTGTACCAGATACCAATTAAATAACTAACTACTCAAAAAGAGGTTGTGGCATCTAATCTTGTTCACACATTTATTGTCGATCTGCATTTTTTTTATTGGCCACC
GTCCAGCGTTTTTCATCCCGCTCACTGGTACAGGAGTCTCTCTACTAGCACATATATACCTACATATTTTCACAGAAATTCTGTGTATTTGGGCATGCACAACCTCGCTTTTTGTCAGCTCTGAGCTCCAAAAGCTAAGCTTGGATTCACAATAGAGTGGAGAAGATATGGTTGGCCCACGTCGTCCATTGTTTGTTCTG
TTCGGTTCCTCGATTGTGCAGTATAGCTTTGCCAATGGTGGTTGGGGAGCTGCTCTTGCTGACATCTATTCACGCAAGGCAGATATTCTGGTACGAGGGTATTCTGGATGGAACTCCAGGCGGGCACTACAAGTGATGGATCAAATATTTCCCAAGGATGATAGTCAACAGCCCTCATTGATCATTGTGTACTTTGGTGG
GAATGATTCTATTGGGCCCCACGCATCAGGCTTAGGTCCTCATGTACCTCTTTCTGAATACATTGACAACATAAGAAAAATAGCCACTTATCTTCAGGACCTCTCAGAATCAACAAGGCTAATTTTTTTAAGCTGCCCACCTGTTAATGAAGATATGCTGAATACTGATTCAAGAAGCATTTTTAGCCACTTAGTACGAA
CCAATGAAGCATGCCGACATTATTCTGAAGCCTGTATACAGGTCTGCAAGGAGATGGATCTCAAAGTTGTAGATCTTTGGTCAGCTATTCAAACAAGGCCAGATTGGCGAACATCCTGCTTCACAGATGGTATTCATTTCTCAGCAGAGGGTAGCATTATTGTCGTTGACCAAATTTTGAAAGTTCTAAAGGAGGCAGAA
TGGGAACCTTCTTTGCACTGGAAGAGTATACCAGCAGAATTTGGTGAATCATCACCCTATGATCTTGTTGCATCTGACAATGAGAGCACCATCAATGTTTCGGAGTTTACTTTTCACAGAGAGAAGCAATGGGATTAAATTATTGCCTCTTATTTATCTCATAGGATGTTTTACTAGGAATTCATTTTTATATGAATCAT
TCAGCCTCCTTTCTATAAATAATGGGTATTTTCGGAATGGCAGTATAGTAAGAACTTGATGATATAATTATCGATTAATTTCCTTGTAAAGAACAAATTCATGTTTTATCTAGGCTGTGTTGCATTGGAGCCCTCCTTCAGTTAATAAATAAATTCTGGAGATAAATTCATGCTTTATCTAGGCAGCGTGTCATTGGAAA
TTTCTTTCAGCTAATCTTTGCATTTGATAGATGTTCGACATCGTTCGACTGCTGGGTTGAAGTGGCATAGCTTTCTAGAAATTTGAATGGGCCAACAAGAGATCTAGTTTCTAGTTACTAATGATTAGATGAAAATTTGATATCCTCATTCTACGTGTCTATCTGCATATTTAAGTTGAGATCTTAGCTTCTCAATGTTT
AAAAA
>TRINITY_DN40066_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:ATTTTGTTCTCTCTCATGGGAGTCCTTTGCCTAGGCGGCCCTGCTTGGTAGTCTGTATGACTGTAACCGGATGGAGTCCTTTGCCTAGGCGGCCCTTCTTGTTAGTCCCGCCTTCTTGTTAGTCTGTATGACTGTAAGCGGATGTATTCTGATTTCTTAGTATGGGAGATTTTCTATTGTTTTTTGGTATGTAATTCAGA
TGACACTTGATAGAGGTTGATGTAACTTTGATTCCAAAAAATAACAAGTTATGTTTTTGTTCGATTTGAAAAATTTGCAATAGTCCATGCCTGGGATTAATAAAACTTGAACCATGGTCCCTGTCAGCCTGAAGGCAGGTTGGCAGATCCATGGGTTGTTCTGGATAATGACCGATAGGATTCCATTTCCGATCATTGCT
ACGCATGAATATCGCTTGTACCAAAACAATTATGAAGTATAAAAAAATCATGGACAAAAAACCTCTTCCGGTGAAGTAGGTACTGAGCACTTATTACTGTACCAGATACCAATTAAATAACTAACTACTCAAAAAGAGGTTGTGGCATCTAATCTTGTTCACACATTTATTGTCGATCTGCATTTTTTTTATTGGCCACC
GTCCAGCGTTTTTCATCCCGCTCACTGGTACAGGAGTCTCTCTACTAGCACATATATACCTACATATTTTCACAGAAATTCTGTGTATTTGGGCATGCACAACCTCGCTTTTTGTCAGCTCTGAGCTCCAAAAGCTAAGCTTGGATTCACAATAGAGTGGAGAAGATATGGTTGGCCCACGTCGTCCATTGTTTGTTCTG
TTCGGTTCCTCGATTGTGCAGTATAGCTTTGCCAATGGTGGTTGGGGAGCTGCTCTTGCTGACATCTATTCACGCAAGgtgtttgcttataatgtcatagGCAGATATTCTGGTACGAGGGTATTCTGGATGGAACTCCAGGCGGGCACTACAAGTGATGGATCAAATATTTCCCAAGGATGATAGTCAACAGCCCTCAT
TGATCATTGTGTACTTTGGTGGGAATGATTCTATTGGGCCCCACGCATCAGGCTTAGGTCCTCATGTACCTCTTTCTGAATACATTGACAACATAAGAAAAATAGCCACTTATCTTCAGGACCTCTCAGAATCAACAAGGCTAATTTTTTTAAGCTGCCCACCTGTTAATGAAGATATGCTGAATACTGATTCAAGAAGC
ATTTTTAGCCACTTAGTACGAACCAATGAAGCATGCCGACATTATTCTGAAGCCTGTATACAGGTCTGCAAGGAGATGGATCTCAAAGTTGTAGATCTTTGGTCAGCTATTCAAACAAGGCCAGATTGGCGAACATCCTGCTTCACAGATGGTATTCATTTCTCAGCAGAGGGTAGCATTATTGTCGTTGACCAAATTTT
GAAAGTTCTAAAGGAGGCAGAATGGGAACCTTCTTTGCACTGGAAGAGTATACCAGCAGAATTTGGTGAATCATCACCCTATGATCTTGTTGCATCTGACAATGAGAGCACCATCAATGTTTCGGAGTTTACTTTTCACAGAGAGAAGCAATGGGATTAAATTATTGCCTCTTATTTATCTCATAGGATGTTTTACTAGG
AATTCATTTTTATATGAATCATTCAGCCTCCTTTCTATAAATAATGGGTATTTTCGGAATGGCAGTATAGTAAGAACTTGATGATATAATTATCGATTAATTTCCTTGTAAAGAACAAATTCATGTTTTATCTAGGCTGTGTTGCATTGGAGCCCTCCTTCAGTTAATAAATAAATTCTGGAGATAAATTCATGCTTTAT
CTAGGCAGCGTGTCATTGGAAATTTCTTTCAGCTAATCTTTGCATTTGATAGATGTTCGACATCGTTCGACTGCTGGGTTGAAGTGGCATAGCTTTCTAGAAATTTGAATGGGCCAACAAGAGATCTAGTTTCTAGTTACTAATGATTAGATGAAAATTTGATATCCTCATTCTACGTGTCTATCTGCATATTTAAGTTG
AGATCTTAGCTTCTCAATGTTTAAAAA
Intron 4 GTGTTTGCTT ... ATTTCCCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 48.84 | 11 | 10 | 11 |
| A2 | 51.61 | 15 | 9 | 23 |
| A3 | 46.03 | 17 | 6 | 23 |
| A4 | 63.16 | 7 | 10 | 14 |
| A5 | 80.95 | 2 | 7 | 10 |
| A6 | 64.06 | 23 | 29 | 53 |
| A7 | 53.76 | 40 | 28 | 65 |
| A8 | 54 | 46 | 46 | 62 |
| A9 | 55.68 | 39 | 30 | 68 |
| A10 | 59.06 | 35 | 38 | 63 |
>TRINITY_DN40066_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoformATTTTGTTCTCTCTCATGGGAGTCCTTTGCCTAGGCGGCCCTGCTTGGTAGTCTGTATGACTGTAACCGGATGGAGTCCTTTGCCTAGGCGGCCCTTCTTGTTAGTCCCGCCTTCTTGTTAGTCTGTATGACTGTAAGCGGATGTATTCTGATTTCTTAGTATGGGAGATTTTCTATTGTTTTTTGGTATGTAATTCAGA
TGACACTTGATAGAGGTTGATGTAACTTTGATTCCAAAAAATAACAAGTTATGTTTTTGTTCGATTTGAAAAATTTGCAATAGTCCATGCCTGGGATTAATAAAACTTGAACCATGGTCCCTGTCAGCCTGAAGGCAGGTTGGCAGATCCATGGGTTGTTCTGGATAATGACCGATAGGATTCCATTTCCGATCATTGCT
ACGCATGAATATCGCTTGTACCAAAACAATTATGAAGTATAAAAAAATCATGGACAAAAAACCTCTTCCGGTGAAGTAGGTACTGAGCACTTATTACTGTACCAGATACCAATTAAATAACTAACTACTCAAAAAGAGGTTGTGGCATCTAATCTTGTTCACACATTTATTGTCGATCTGCATTTTTTTTATTGGCCACC
GTCCAGCGTTTTTCATCCCGCTCACTGGTACAGGAGTCTCTCTACTAGCACATATATACCTACATATTTTCACAGAAATTCTGTGTATTTGGGCATGCACAACCTCGCTTTTTGTCAGCTCTGAGCTCCAAAAGCTAAGCTTGGATTCACAATAGAGTGGAGAAGATATGGTTGGCCCACGTCGTCCATTGTTTGTTCTG
TTCGGTTCCTCGATTGTGCAGTATAGCTTTGCCAATGGTGGTTGGGGAGCTGCTCTTGCTGACATCTATTCACGCAAGGATGATAGTCAACAGCCCTCATTGATCATTGTGTACTTTGGTGGGAATGATTCTATTGGGCCCCACGCATCAGGCTTAGGTCCTCATGTACCTCTTTCTGAATACATTGACAACATAAGAAA
AATAGCCACTTATCTTCAGGACCTCTCAGAATCAACAAGGCTAATTTTTTTAAGCTGCCCACCTGTTAATGAAGATATGCTGAATACTGATTCAAGAAGCATTTTTAGCCACTTAGTACGAACCAATGAAGCATGCCGACATTATTCTGAAGCCTGTATACAGGTCTGCAAGGAGATGGATCTCAAAGTTGTAGATCTTT
GGTCAGCTATTCAAACAAGGCCAGATTGGCGAACATCCTGCTTCACAGATGGTATTCATTTCTCAGCAGAGGGTAGCATTATTGTCGTTGACCAAATTTTGAAAGTTCTAAAGGAGGCAGAATGGGAACCTTCTTTGCACTGGAAGAGTATACCAGCAGAATTTGGTGAATCATCACCCTATGATCTTGTTGCATCTGAC
AATGAGAGCACCATCAATGTTTCGGAGTTTACTTTTCACAGAGAGAAGCAATGGGATTAAATTATTGCCTCTTATTTATCTCATAGGATGTTTTACTAGGAATTCATTTTTATATGAATCATTCAGCCTCCTTTCTATAAATAATGGGTATTTTCGGAATGGCAGTATAGTAAGAACTTGATGATATAATTATCGATTAA
TTTCCTTGTAAAGAACAAATTCATGTTTTATCTAGGCTGTGTTGCATTGGAGCCCTCCTTCAGTTAATAAATAAATTCTGGAGATAAATTCATGCTTTATCTAGGCAGCGTGTCATTGGAAATTTCTTTCAGCTAATCTTTGCATTTGATAGATGTTCGACATCGTTCGACTGCTGGGTTGAAGTGGCATAGCTTTCTAG
AAATTTGAATGGGCCAACAAGAGATCTAGTTTCTAGTTACTAATGATTAGATGAAAATTTGATATCCTCATTCTACGTGTCTATCTGCATATTTAAGTTGAGATCTTAGCTTCTCAATGTTTAAAAA
>TRINITY_DN40066_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:ATTTTGTTCTCTCTCATGGGAGTCCTTTGCCTAGGCGGCCCTGCTTGGTAGTCTGTATGACTGTAACCGGATGGAGTCCTTTGCCTAGGCGGCCCTTCTTGTTAGTCCCGCCTTCTTGTTAGTCTGTATGACTGTAAGCGGATGTATTCTGATTTCTTAGTATGGGAGATTTTCTATTGTTTTTTGGTATGTAATTCAGA
TGACACTTGATAGAGGTTGATGTAACTTTGATTCCAAAAAATAACAAGTTATGTTTTTGTTCGATTTGAAAAATTTGCAATAGTCCATGCCTGGGATTAATAAAACTTGAACCATGGTCCCTGTCAGCCTGAAGGCAGGTTGGCAGATCCATGGGTTGTTCTGGATAATGACCGATAGGATTCCATTTCCGATCATTGCT
ACGCATGAATATCGCTTGTACCAAAACAATTATGAAGTATAAAAAAATCATGGACAAAAAACCTCTTCCGGTGAAGTAGGTACTGAGCACTTATTACTGTACCAGATACCAATTAAATAACTAACTACTCAAAAAGAGGTTGTGGCATCTAATCTTGTTCACACATTTATTGTCGATCTGCATTTTTTTTATTGGCCACC
GTCCAGCGTTTTTCATCCCGCTCACTGGTACAGGAGTCTCTCTACTAGCACATATATACCTACATATTTTCACAGAAATTCTGTGTATTTGGGCATGCACAACCTCGCTTTTTGTCAGCTCTGAGCTCCAAAAGCTAAGCTTGGATTCACAATAGAGTGGAGAAGATATGGTTGGCCCACGTCGTCCATTGTTTGTTCTG
TTCGGTTCCTCGATTGTGCAGTATAGCTTTGCCAATGGTGGTTGGGGAGCTGCTCTTGCTGACATCTATTCACGCAAGgtgtttgcttataatgtcataggcagatattctggtacgagggtattctggatggaactccaggcgggcactacaagtgatggatcaaatatttcccaagGATGATAGTCAACAGCCCTCAT
TGATCATTGTGTACTTTGGTGGGAATGATTCTATTGGGCCCCACGCATCAGGCTTAGGTCCTCATGTACCTCTTTCTGAATACATTGACAACATAAGAAAAATAGCCACTTATCTTCAGGACCTCTCAGAATCAACAAGGCTAATTTTTTTAAGCTGCCCACCTGTTAATGAAGATATGCTGAATACTGATTCAAGAAGC
ATTTTTAGCCACTTAGTACGAACCAATGAAGCATGCCGACATTATTCTGAAGCCTGTATACAGGTCTGCAAGGAGATGGATCTCAAAGTTGTAGATCTTTGGTCAGCTATTCAAACAAGGCCAGATTGGCGAACATCCTGCTTCACAGATGGTATTCATTTCTCAGCAGAGGGTAGCATTATTGTCGTTGACCAAATTTT
GAAAGTTCTAAAGGAGGCAGAATGGGAACCTTCTTTGCACTGGAAGAGTATACCAGCAGAATTTGGTGAATCATCACCCTATGATCTTGTTGCATCTGACAATGAGAGCACCATCAATGTTTCGGAGTTTACTTTTCACAGAGAGAAGCAATGGGATTAAATTATTGCCTCTTATTTATCTCATAGGATGTTTTACTAGG
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