sp|F4I171|MD15A_ARATH ----> Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15a

Intron 1 GTTTTAAGGA ... GAAAACTGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	89.09	3	36	13
A2	63.11	19	45	20
A3	62.03	15	32	17
A4	53.57	13	20	10
A5	60	9	22	5
A6	65.5	59	115	109
A7	67.42	86	178	178
A8	66.18	93	148	216
A9	66.74	79	166	151
A10	67.1	63	140	117

>TRINITY_DN41183_c3_g4_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

GCCCAACGTTTCAATGTTCTTATGGTGTTTTGATCTTATTTACGAGTCTCCATCGCGTCATCTTCACAGGCGATCACAAGTATGCCAGGGATGAGTCCGAGTGTAAGGTGGTTGAGCGGTTTCTGGAGAGCCATGCAGTGGAGTCTGTCAAGAGAGACAAAATACTGAGCATCATAAATAAAATGGGCTGGCAGAAGAAG
GGCAGAGAAGAGGCACAAATTTATGCAAGACTTTCTAACAGAGTTTTATGAAGAATGGGAGGGCAATTTGTGATTCGAAGTTTCTATTCTTGTGTTTATAGTGTTGATGAAAAGACAACATTTTTAGAAATTGTTTTAATTCAGGATTTTTATAAGCTGATAACTTATTTAATATGCCAAGGAGTTAGACAGAATTGATA
CTAGGATGCATTCATTTGTACTTCCGGTTTTTCTTTTGCAATGAGGATAATTAATATCAAAAGTATTGTTTCAGACAGATTTGTAAAGAATCAATCTGATTATTTATAGACAATGTTCACTTTGGATGATCATATTTTTTTGCGCCGAGAGGCGCTCTACAGCCCAGTATGAGGGAGATCTTGTAA

>TRINITY_DN41183_c3_g4_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAGGGATGAGTCCGAGTGTAAGGTGGTTGAGCGGTTTCTGGAGAGCCATGCAGTGGAGTCTGTCAAGAGAGACAAAATACTGAGCATCATAAATAAAATGGgttttaaggatgaattggcaggagttacagattgcgagtttacaccagagtttggtgtggttcaggatgctgatcgtcttgatgctattggggcaattg
gtatgtatatagtagcacatttttgcataggaattgctcgatgtctcacttttggtggaagtaggaatcgggtgctacatgatccagaggttaaagcacggataaatttatcaaaggaagagtatgtcaagcaagatggtaaacaaactacattgaatcacttccatgagaagcttctcaaactcaaagatctaatgaaa
actgagGCTGGCAGAAGAAGGGCAGAGAAGAGGCACAAATTTATGCAAGACTTTCTAACAGAGTTTTATGAAGAATGGGAGGGCAATTTGTGATTCGAAGTTTCTATTCTTGTGTTTATAGTGTTGATGAAAAGACAACATTTTTAGAAATTGTTTTAATTCAGGATTTTTATAAGCTGATAACTTATTTAATATGCCAA
GGAGTTAGACAGAATTGATACTAGGATGCATTCATTTGTACTTCCGGTTTTTCTTTTGCAATGAGGATAATTAATATCAAAAGTATTGTTTCAGACAGATTTGTAAAGAATCAATCTGATTATTTATAGACAATGTTCACTTTGGATGATCATATTTTTTTGCGCCGAGAGGCGCTCTACAGCCCAGTATGAGGGAGATC
TTGTAA

Intron 2 GTATGCCCTT ... GCTTTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.75	65	21	9
A2	24.32	70	28	17
A3	20.78	61	22	10
A4	22.55	91	30	23
A5	26.03	27	13	6
A6	21.95	160	54	36
A7	23.55	263	91	71
A8	23.23	195	66	52
A9	23.08	220	76	56
A10	23.83	163	59	43

>TRINITY_DN113669_c8_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

AACCTCCTTTGCTTGGTTGTAGCCCACCAAGCTAGCTATGCAACCTCCTTTGCTTGGTTGTAGCCCACCAAGCTAGCTATGCAACCTCCTTTGCTTGGTTGTAGCAGGATAAACCAGTTTTGTTTTGACGGGCCAATATTTAGCCGAGGTCATGAAGTAAGGATCCTGGTCTTAAAGTTGGGGGCGGGTCTTTCCAATAA
AAAAAAACCTGATCGTCGTCGCGGGCGAGAGAGACGTGTGGGCGCAAACACGGAATTGAAAATGAGGGAGGTGGTGAAAGATGCAGAGGAGCTTGTTAATTCTGTAATGGGCAAGTGGGACGCTTCTCACGATACATTCCACGCCCTTAGAGTTCGTAAGCTTGCACTCACTCTCGCTACCGAAGAACAATTGCCTCCCG
AGAGCATGGAAATTGTGGAGCTCGCATCCTTGTTACATGACATTGGCGATCACAAGTATGCCAGGGATGAGTCCGAGTGTAAGGTGGTTGAGCGGTTTCTGGAGAGCCATGCAGTGGAGTCTGTCAAGAGAGACAAAATACTGAGCATCATAAATAAAATGGGTTTTAAGGATGAATTGGCAGGAGTTACAGATTGCGAG
TTTACACCAGAGTTTGGTGTGGTTCAGGATGCTGATCGTCTTGATGCTATTGGGGCAATTGGTATGTATATAGTAGCACATTTTTGCATAGGTAAAGCCGTTCTTTGCTTTCTAATTTTTGTAGAAGAATTCTTCATCCTGTCATTGTTGTCCCATCCTTTTTGGCATTATTGATTTTAGTCCATGTTTTTATCATCAAA
TTTTGAACAGTCATTGCTACATTTTTGGTTTCTCTACGATACTTTTATGTTTTCCCATGTTCAAACTCTATTATCATATTCCCCTCTTATGAGGATTTGCCAAAATTATTACTAGGTGACATTTTACATATTAATGTTATAATGGAGGCACAATATTGTTAGATGCTAAAAGTAGTTGAATTCTAGAAAATGTAAAAACA
ACTTAAGTAATTTATCTATGTAGCACGGTGTTATCCACCTAAGTTGCACTTGGTTGGATTTCAAGTGAGACGGCAAAGTTTGAACAATGATACTTGTTCATGATCAAAGTTCAGAAGTCCTTCAGGCGCGGAGCATTACAAAATTCATA

>TRINITY_DN113669_c8_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AACCTCCTTTGCTTGGTTGTAGCCCACCAAGCTAGCTATGCAACCTCCTTTGCTTGGTTGTAGCCCACCAAGCTAGCTATGCAACCTCCTTTGCTTGGTTGTAGCAGGATAAACCAGTTTTGTTTTGACGGGCCAATATTTAGCCGAGGTCATGAAGTAAGGATCCTGGTCTTAAAGTTGGGGGCGGGTCTTTCCAATAA
AAAAAAACCTGATCGTCGTCGCGGGCGAGAGAGACGTGTGGGCGCAAACACGGAATTGAAAATGAGGGAGGTGGTGAAAGATGCAGAGGAGCTTGTTAATTCTGTAATGGGCAAGTGGGACGCTTCTCACGATACATTCCACGCCCTTAGAGTTCGTAAGCTTGCACTCACTCTCGCTACCGAAGAACAATTGCCTCCCG
AGAGCATGGAAATTgtatgcccttatttacttctcaactgcttctaatgcattttccttgtgttcctgtgacaactttaaacttttgtcaatgctttaacagGTGGAGCTCGCATCCTTGTTACATGACATTGGCGATCACAAGTATGCCAGGGATGAGTCCGAGTGTAAGGTGGTTGAGCGGTTTCTGGAGAGCCATGC
AGTGGAGTCTGTCAAGAGAGACAAAATACTGAGCATCATAAATAAAATGGGTTTTAAGGATGAATTGGCAGGAGTTACAGATTGCGAGTTTACACCAGAGTTTGGTGTGGTTCAGGATGCTGATCGTCTTGATGCTATTGGGGCAATTGGAATTGCTCGATGTCTCACTTTTGGTGGAAGTAGGAATCGGGTGCTACATG
ATCCAGAGGTTAAAGCACGGATAAATTTATCAAAGGAAGAGTATGTCAAGCAAGATGGTAAACAAACTACATTGAATCACTTCCATGAGAAGCTTCTCAAACTCAAAGATCTAATGAAAACTGAGGCTGGCAGAAGAAGGGCAGAGAAGAGGCACAAATTTATGCAAGACTTTCTAACAGAGTTTTATGAAGAATGGGAG
GGCAATTTGTGATTCGAAGTTTCTATTCTTGTGTTTATAGTGTTGATGAAAAGACAACATTTTTAGAAATTGTTTTAATTCAGGATTTTTATAAGCTGATAACTTATTTAATATGCCAAGGAGTTAGACAGAATTGATACTAGGATGCATTCATTTGTACTTCCGGTTTTTCTTTTGCAATGAGGATAATTAATATCAAA
AGTATTGTTTCAGACAGATTTGTAAAGAATCAATCTGATTATTTATAGACAATGTTCACTTTGGATGATCATATTTTTTTGCGCCGAGAGGCGCTCTACAGCCCAGTATGAGGGAGATCTTG

Intron 3 GTATGTATAT ... GAAAACTGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.17	11	7	13
A2	74.07	7	6	20
A3	57.64	12.5	8	17
A4	62.5	6	5	10
A5	45.45	6	3	5
A6	48.02	118	44	109
A7	61.38	112	55	178
A8	64.67	118	40	216
A9	54.71	125	64	151
A10	48.75	123	36	117

>TRINITY_DN41183_c3_g4_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

AACCTCCTTTGCTTGGTTGTAGCCCACCAAGCTAGCTATGCAACCTCCTTTGCTTGGTTGTAGCCCACCAAGCTAGCTATGCAACCTCCTTTGCTTGGTTGTAGCAGGATAAACCAGTTTTGTTTTGACGGGCCAATATTTAGCCGAGGTCATGAAGTAAGGATCCTGGTCTTAAAGTTGGGGGCGGGTCTTTCCAATAA
AAAAAAACCTGATCGTCGTCGCGGGCGAGAGAGACGTGTGGGCGCAAACACGGAATTGAAAATGAGGGAGGTGGTGAAAGATGCAGAGGAGCTTGTTAATTCTGTAATGGGCAAGTGGGACGCTTCTCACGATACATTCCACGCCCTTAGAGTTCGTAAGCTTGCACTCACTCTCGCTACCGAAGAACAATTGCCTCCCG
AGAGCATGGAAATTGTGGAGCTCGCATCCTTGTTACATGACATTGGCGATCACAAGTATGCCAGGGATGAGTCCGAGTGTAAGGTGGTTGAGCGGTTTCTGGAGAGCCATGCAGTGGAGTCTGTCAAGAGAGACAAAATACTGAGCATCATAAATAAAATGGGTTTTAAGGATGAATTGGCAGGAGTTACAGATTGCGAG
TTTACACCAGAGTTTGGTGTGGTTCAGGATGCTGATCGTCTTGATGCTATTGGGGCAATTGGCTGGCAGAAGAAGGGCAGAGAAGAGGCACAAATTTATGCAAGACTTTCTAACAGAGTTTTATGAAGAATGGGAGGGCAATTTGTGATTCGAAGTTTCTATTCTTGTGTTTATAGTGTTGATGAAAAGACAACATTTTT
AGAAATTGTTTTAATTCAGGATTTTTATAAGCTGATAACTTATTTAATATGCCAAGGAGTTAGACAGAATTGATACTAGGATGCATTCATTTGTACTTCCGGTTTTTCTTTTGCAATGAGGATAATTAATATCAAAAGTATTGTTTCAGACAGATTTGTAAAGAATCAATCTGATTATTTATAGACAATGTTCACTTTGG
ATGATCATATTTTTTTGCGCCGAGAGGCGCTCTACAGCCCAGTATGAGGGAGATCTTGTAA

>TRINITY_DN41183_c3_g4_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAGGGATGAGTCCGAGTGTAAGGTGGTTGAGCGGTTTCTGGAGAGCCATGCAGTGGAGTCTGTCAAGAGAGACAAAATACTGAGCATCATAAATAAAATGGGTTTTAAGGATGAATTGGCAGGAGTTACAGATTGCGAGTTTACACCAGAGTTTGGTGTGGTTCAGGATGCTGATCGTCTTGATGCTATTGGGGCAATTG


gtatgtatatagtagcacatttttgcataggaattgctcgatgtctcacttttggtggaagtaggaatcgggtgctacatgatccagaggttaaagcacggataaatttatcaaaggaagagtatgtcaagcaagatggtaaacaaactacattgaatcacttccatgagaagcttctcaaactcaaagatctaatgaaa
actgagGCTGGCAGAAGAAGGGCAGAGAAGAGGCACAAATTTATGCAAGACTTTCTAACAGAGTTTTATGAAGAATGGGAGGGCAATTTGTGATTCGAAGTTTCTATTCTTGTGTTTATAGTGTTGATGAAAAGACAACATTTTTAGAAATTGTTTTAATTCAGGATTTTTATAAGCTGATAACTTATTTAATATGCCAA
GGAGTTAGACAGAATTGATACTAGGATGCATTCATTTGTACTTCCGGTTTTTCTTTTGCAATGAGGATAATTAATATCAAAAGTATTGTTTCAGACAGATTTGTAAAGAATCAATCTGATTATTTATAGACAATGTTCACTTTGGATGATCATATTTTTTTGCGCCGAGAGGCGCTCTACAGCCCAGTATGAGGGAGATC
TTGTAA

Intron 4 GTTTTAAGGA ... GAAAACTGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	89.83	3	40	13
A2	65.76	19	53	20
A3	64.44	15	37.5	17
A4	59.36	13	28	10
A5	63.13	9	26	5
A6	67.22	59	133	109
A7	69.92	86	222	178
A8	67.81	93	176	216
A9	68.64	79	195	151
A10	69.69	63	173	117

>TRINITY_DN41183_c3_g4_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

GCCCAACGTTTCAATGTTCTTATGGTGTTTTGATCTTATTTACGAGTCTCCATCGCGTCATCTTCACAGGCGATCACAAGTATGCCAGGGATGAGTCCGAGTGTAAGGTGGTTGAGCGGTTTCTGGAGAGCCATGCAGTGGAGTCTGTCAAGAGAGACAAAATACTGAGCATCATAAATAAAATGGGCTGGCAGAAGAAG
GGCAGAGAAGAGGCACAAATTTATGCAAGACTTTCTAACAGAGTTTTATGAAGAATGGGAGGGCAATTTGTGATTCGAAGTTTCTATTCTTGTGTTTATAGTGTTGATGAAAAGACAACATTTTTAGAAATTGTTTTAATTCAGGATTTTTATAAGCTGATAACTTATTTAATATGCCAAGGAGTTAGACAGAATTGATA
CTAGGATGCATTCATTTGTACTTCCGGTTTTTCTTTTGCAATGAGGATAATTAATATCAAAAGTATTGTTTCAGACAGATTTGTAAAGAATCAATCTGATTATTTATAGACAATGTTCACTTTGGATGATCATATTTTTTTGCGCCGAGAGGCGCTCTACAGCCCAGTATGAGGGAGATCTTGTAA

>TRINITY_DN41183_c3_g4_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGGGAATATAACATGCGCACTGGATTTGTTCAAGGTTTAGGGTTTAGGGATTGATAGTCGATGTTCATTTGTGCAGGGATGAGTCCGAGTGTAAGGTGGTTGAGCGGTTTCTGGAGAGCCATGCAGTGGAGTCTGTCAAGAGAGACAAAATACTGAGCATCATAAATAAAATGGgttttaaggatgaattggcaggagtt
acagattgcgagtttacaccagagtttggtgtggttcaggatgctgatcgtcttgatgctattggggcaattggaattgctcgatgtctcacttttggtggaagtaggaatcgggtgctacatgatccagaggttaaagcacggataaatttatcaaaggaagagtatgtcaagcaagatggtaaacaaactacattgaa
tcacttccatgagaagcttctcaaactcaaagatctaatgaaaactgagGCTGGCAGAAGAAGGGCAGAGAAGAGGCACAAATTTATGCAAGACTTTCTAACAGAGTTTTATGAAGAATGGGAGGGCAATTTGTGATTCGAAGTTTCTATTCTTGTGTTTATAGTGTTGATGAAAAGACAACATTTTTAGAAATTGTTTT
AATTCAGGATTTTTATAAGCTGATAACTTATTTAATATGCCAAGGAGTTAGACAGAATTGATACTAGGATGCATTCATTTGTACTTCCGGTTTTTCTTTTGCAATGAGGATAATTAATATCAAAAGTATTGTTTCAGACAGATTTGTAAAGAATCAATCTGATTATTTATAGACAATGTTCACTTTGGATGATCATATTT
TTTTGCGCCGAGAGGCGCTCTACAGCCCAGTATGAGGGAGATCTTGTAA

Intron 5 GTATGTATAT ... TTTTGCATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.67	22	7	9
A2	23.64	21	6	7
A3	29.41	12	8	2
A4	20	16	5	3
A5	41.18	5	3	4
A6	23.51	109	44	23
A7	18.45	179	55	26
A8	19.61	164	40	40
A9	21.32	179	64	33
A10	17.11	109	36	9

>TRINITY_DN41183_c3_g4_i8 from sample A6 / Example spliced isoform

AGGGAATATAACATGCGCACTGGATTTGTTCAAGGTTTAGGGTTTAGGGATTGATAGTCGATGTTCATTTGTGCAGGGATGAGTCCGAGTGTAAGGTGGTTGAGCGGTTTCTGGAGAGCCATGCAGTGGAGTCTGTCAAGAGAGACAAAATACTGAGCATCATAAATAAAATGGGTTTTAAGGATGAATTGGCAGGAGTT
ACAGATTGCGAGTTTACACCAGAGTTTGGTGTGGTTCAGGATGCTGATCGTCTTGATGCTATTGGGGCAATTGGAATTGCTCGATGTCTCACTTTTGGTGGAAGTAGGAATCGGGTGCTACATGATCCAGAGGTTAAAGCACGGATAAATTTATCAAAGGAAGAGTATGTCAAGCAAGATGGTAAACAAACTACATTGAA
TCACTTCCATGAGAAGCTTCTCAAACTCAAAGATCTAATGAAAACTGAGGCTGGCAGAAGAAGGGCAGAGAAGAGGCACAAATTTATGCAAGACTTTCTAACAGAGTTTTATGAAGAATGGGAGGGCAATTTGTGATTCGAAGTTTCTATTCTTGTGTTTATAGTGTTGATGAAAAGACAACATTTTTAGAAATTGTTTT
AATTCAGGATTTTTATAAGCTGATAACTTATTTAATATGCCAAGGAGTTAGACAGAATTGATACTAGGATGCATTCATTTGTACTTCCGGTTTTTCTTTTGCAATGAGGATAATTAATATCAAAAGTATTGTTTCAGACAGATTTGTAAAGAATCAATCTGATTATTTATAGACAATGTTCACTTTGGATGATCATATTT
TTTTGCGCCGAGAGGCGCTCTACAGCCCAGTATGAGGGAGATCTTGTAA

>TRINITY_DN41183_c3_g4_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAGGGATGAGTCCGAGTGTAAGGTGGTTGAGCGGTTTCTGGAGAGCCATGCAGTGGAGTCTGTCAAGAGAGACAAAATACTGAGCATCATAAATAAAATGGGTTTTAAGGATGAATTGGCAGGAGTTACAGATTGCGAGTTTACACCAGAGTTTGGTGTGGTTCAGGATGCTGATCGTCTTGATGCTATTGGGGCAATTG


gtatgtatatagtagcacatttttgcatagGAATTGCTCGATGTCTCACTTTTGGTGGAAGTAGGAATCGGGTGCTACATGATCCAGAGGTTAAAGCACGGATAAATTTATCAAAGGAAGAGTATGTCAAGCAAGATGGTAAACAAACTACATTGAATCACTTCCATGAGAAGCTTCTCAAACTCAAAGATCTAATGAAA
ACTGAGGCTGGCAGAAGAAGGGCAGAGAAGAGGCACAAATTTATGCAAGACTTTCTAACAGAGTTTTATGAAGAATGGGAGGGCAATTTGTGATTCGAAGTTTCTATTCTTGTGTTTATAGTGTTGATGAAAAGACAACATTTTTAGAAATTGTTTTAATTCAGGATTTTTATAAGCTGATAACTTATTTAATATGCCAA
GGAGTTAGACAGAATTGATACTAGGATGCATTCATTTGTACTTCCGGTTTTTCTTTTGCAATGAGGATAATTAATATCAAAAGTATTGTTTCAGACAGATTTGTAAAGAATCAATCTGATTATTTATAGACAATGTTCACTTTGGATGATCATATTTTTTTGCGCCGAGAGGCGCTCTACAGCCCAGTATGAGGGAGATC
TTGTAA