sp|F4I9E1|NFD4_ARATH ----> Protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 4

Intron 1 GTTTAGCATC ... ATTTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.27	32	12	4
A2	27.27	24	9	5
A3	10.34	26	3	5
A4	3.33	29	1	1
A5	0	16	0	2
A6	23.53	26	8	0
A7	28.13	23	9	0
A8	0	26	0	0
A9	21.74	36	10	0
A10	22.73	51	15	0

>TRINITY_DN121984_c3_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

CGACTCTTAGGCCTTTCGAGTACGCGAGGAAAATGGTCGGTTTTGTCTACCTGGCCCAGCATCTCAAAGTGAAGATCTCCATGAATTTTCAGCCTTTTAAAATCGGGTCAACTTGCAATTCTTCACGTTATCCGAAGTCACATCGTCAAACGTGTTGCTGTCATCCTATACAGCAGGAGCGTATACACATTTTATATTCA
TGATATCTAGTTAGAAATGGATCCAGATCTGGTGGCATGGCATGGTTTCCGGGCAATTCTTCATCCAGGTTGGGAATTGAGCAAGAAAGCAAGCCCAGGCCAATTAGAATGCCATTTGAAGACAATACAATTTCCAGCTTTTTCGTTCCTGTGGATCTTCTCAACTACACATGAAAATGACGTTATCACCAAAGAAGAAA
GGAAATTTCATGAATGGTTTAAGAAGAAAAGGGCATTGCCTGCATTTCGATAGATGGCTTTCTCTGTCAGCGGCAATGATCATTATGGGATGCAGTGGGTTAACATACACTTATGCTGTTTATAGTGGGTATATAAAAATGAAGTTTCACTATACTCAAGAGCAGATTGACAATATTGGAGCTGCTAAAGACTTTGGAGC
TGTTGTTGCTCTGGCTTCTGGCTTCTTTTACAACTTTTACCCGCCATGGATCACTGTGTACATTGGGGCACTGCTGAGGATATTTGGCTATGGTCTGATGTGGATGACAATTACAGGCGACACTCCAAGATCTATATGGATGCTGTGCTTGTATGTGGCTTTGGGAACTGGTGGAGATGGTTGGGTTGACACAGCCTGCA
TGATGACCAGTGTGGAAAACTTTGATGATCATCGGGGCACAGCAATGGGTATATTGAAGTCTCAGCTTGGGTTGAGTGGTGCCATGTTTGTGACTATTTATCAAGCTTTTCTGCAGCCTGATGTAAATAAATTTCTCCTTTTGATAGCTGTTGTACCAACTGTTGTTTACTTACTGCTGGGATTTCTTATCAGCCCATCA
ACTCAAAATGAAAAGCACAAAGATATAAGAGGCACCATGATGCGGTTCAAAATTATATATGGCATGATTGTGCTCCTAGGTATTTTCCTTACGTTGTCAATGATTATTCAGGCCAAAGTTCATGCTGGAAATCATACCAGTGGTTTGTTCGCAATTCTCATGTTAATCATCATCTCTGTAATGTATGCAGTTCCGGTGGT
TCAAAAGCCCCTTGGTTCTGGAATATATGTTTCTTGTCCAAAGAATTCTCAAGTTCAGGAGATTGATCTCTTTCCAATTCCTGTGAGATCTCTTAATCACACAAAGTCTTTGGATGGAAAATCTGAATCACTTGCTGGAGATTGTGAAACAGAAATATTTCCTTTGAAGGGGGTTCCTGGGTTTATTGAAGAAGAATTGG
TGGAATCATCTGAGCCTCGTAATGTAAATGACCATAGTGAGGTCCAGAACATTGTTGATCTCACAGTTTGGGAATGTCTCGTTGCGGTTGACTTTTGGCTTGTCAATATTGTGGTTATGAGTGGTGGAGGTAGTGGGCTTGCTATCATAAATAATTTTGCTCAGATTGGAAGTGCTGCGAGAAGCGAAGAGATAGGCCTT
TATGTGGGAATAATTAGTGTTGGGAGCTGCTTTGGTCGAATAACATCTGGGTATGCTTCTGATTTTCTCATGAGGAGTGGGTATCCCCGCCCATTATGTCTGCTGATCACTCAAATCATAATGATGCTATCTTGTATACTTCTTGCTACTGGGGGTGTCTTTTTTCTTTACGTTGGTTCTGCCCTTATTGGTATGGCATA
TGGTGCATACTGGACTCTGGCCCCAGCTGTTCTATCAGAAATATTTGGAATGAAGCCCTTTGCAATATTGTACAAGATAATTGGGATATGTCCAACCATTGGTTCATATGTCCTTTCTGCAAAGATCCTAGGAGTTCTTTATGATAAACAGGCTGCTTTGTATCACCACAATTCTACAGAGGAGATCGTGCATGGAGAGG
AGAATACATGCTATGGCTGGCAATGCTTTGGTTTTGCTTTGCTTTATCTTTCTCTGATTTGCTTCATCGGTGGTTTGGCCTGTTTATGGTTGATGAAACGTACCC

>TRINITY_DN121984_c3_g1_i16 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGACTCTTAGGCCTTTCGAGTACGCGAGGAAAATGGTCGGTTTTGTCTACCTGGCCCAGCATCTCAAAGTGAAGATCTCCATGAATTTTCAGCCTTTTAAAATCGGGTCAACTTGCAATTCTTCACGTTATCCGAAGTCACATCGTCAAACGTGTTGCTGTCATCCTATACAGCAGGAGCGTATACACATTTTATATTCA
TGATATCTAGTTAGAAATGGATCCAGATCTGGTGGCATGGCATGGTTTCCGGGCAATTCTTCATCCAGCAAGCCCAGGCCAATTAGAATGCCATTTGAAGACAATACAATTTCCAGCTTTTTCGTTCCTGTGGATCTTCTCAACTACACATGAAAATGACGTTATCACCAAAGAAGAAAGGAAATTTCATGAATGGTTTA
AGAAGAAAAGGGCATTGCCTGCATTTCGATAGATGGCTTTCTCTGTCAGCGGCAATGATCATTATGGGATGCAGTGGGTTAACATACACTTATGCTGTTTATAGTGGGTATATAAAAATGAAGTTTCACTATACTCAAGAGCAGATTGACAATATTGGAGCTGCTAAAGACTTTGGAGCTGTTGTTGCTCTGGCTTCTGG
CTTCTTTTACAACTTTTACCCGCCATGGATCACTGTGTACATTGGGGCACTGCTGAGGATATTTGGCTATGGTCTGATGTGGATGACAATTACAGGCGACACTCCAAGATCTATATGGATGCTGTGCTTGTATGTGGCTTTGGGAACTGGTGGAGATGGTTGGGTTGACACAGCCTGCATGATGACCAGgtttagcatct
aacattatcttgagagcataagatgtctttgaagtttgaactaatataaaatttaaactaagaaaattgaatatctcaaattgtttattttgatgtggcaaagtaactgtttgtgttggtccttcatttttacagTGTGGAAAACTTTGATGATCATCGGGGCACAGCAATGGGTATATTGAAGTCTCAGCTTGGGTTGA
GTGGTGCCATGTTTGTGACTGTAAGTATATGTTCCTTTAGACAGGCTTGAATCATATGCTTTTAGAGAAGTGGCAAAAACTGGAAAGTCATATTTTCTCACAAAATTAAAGCCTAATATTAGAATTTGCACTGTATATCAGTAACATCAGGTTGAATTGTATTACTTTCATTGAATCCATTCATTATTTTTTTGGCCAAG
TGCTGTTTGGTCTTTAGCAATTCTGCTTTGGAATGGTTTTAGACAAATTGACTTTTCTTTTATCGTTGTTCCGTGGTTTAATCTTTGCCATTTGACAAATTTAACTCAGTTGATTCTCATCCTTTCCCATCTCTAAGATAAAAGATATAGTTCACGTGCTTTTGTATGCTCTCAGTTGAAGTTGCTCATGTTGATGTTCG
TCTGTAGGTGCTTAGATATTGATTTTCTTGCATTCTCTGGTGAAGTATGTATGATGAGGATTTGGTTCTACTTTGATGTAAAAGCTTACACTCCTTGTTTAATTTTCTGGATCCTAATAAGACATATGTTTTGC

Intron 2 GTAAGGGTTC ... CACTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25	12	6	2
A2	30.23	15	8	5
A3	21.43	11	4	2
A4	39.13	7	5	4
A5	30	14	5	7
A6	21.38	57	8	23
A7	15.11	59	5	16
A8	17.65	35	3	12
A9	18.7	50	6	17
A10	21.95	32	2	16

>TRINITY_DN98027_c0_g1_i14 from sample A4 / Example spliced isoform

AAGAATTTCTATCCCACGAGAAAAACGAGACCAAAATCGAAATGGGTAGGACAAAGGTTCACCTTCCATGAAATCAATACACGCCATCTGTATCAGGTGGCCCATTACTTTGTATTATGTTACTCTTTTCGCTGCGCGATGAAGACGTTGCTCCCGACTCTTAGGCCTTTCGAGTACGCGAGGAAAATGGTCGGTTTTGT
CTACCTGGCCCAGCATCTCAAAGTGAAGATCTCCATGAATTTTCAGCCTTTTAAAATCGGGTCAACTTGCAATTCTTCACGTTATCCGAAGTCACATCGTCAAACGTGTTGCTGTCATCCTATACAGCAGGAGCGTATACACATTTTATATTCATGATATCTAGTTAGAAATGGATCCAGATCTGGTGGCATGGCATGGT
TTCCGGGCAATTCTTCATCCAGGTTGGGAATTGAGCAAGAAAGCAAGCCCAGGCCAATTAGAATGCCATTTGAAGACAATACAATTTCCAGCTTTTTCGTTCCTGTGGATCTTCTCAACTACACATGAAAATGACGTTATCACCAAAGAAGAAAGGAAATTTCATGAATGGTTTAAGAAGAAAAGGGCATTGCCTGCATT
TCGATAGATGGCTTTCTCTGTCAGCGGCAATGATCATTATGGGATGCAGTGGGTTAACATACACTTATGCTGTTTATAGTGGGTATATAAAAATGAAGTTTCACTATACTCAAGAGCAGATTGACAATATTGGAGCTGCTAAAGACTTTGGAGCTGTTGTTGCTCTGGCTTCTGGCTTCTTTTACAACTTTTACCCGCCA
TGGATCACTGTGTACATTGGGGCACTGCTGAGGATATTTGGCTATGGTCTGATGTGGATGACAATTACAGGCGACACTCCAAGATCTATATGGATGCTGTGCTTGTATGTGGCTTTGGGAACTGGTGGAGATGGTTGGGTTGACACAGCCTGCATGATGACCAGTGTGGAAAACTTTGATGATCATCGGGGCACAGCAAT
GGGTATATTGAAGTCTCAGCTTGGGTTGAGTGGTGCCATGTTTGTGACTATTTATCAAGCTTTTCTGCAGCCTGATGTAAATAAATTTCTCCTTTTGATAGCTGTTGTACCAACTGTTGTTTACTTACTGCTGGGATTTCTTATCAGCCCATCAACTCAAAATGAAAAGCACAAAGATATAAGAGGCACCATGATGCGGT
TCAAAATTATATATGGCATGATTGTGCTCCTAGGTATTTTCCTTACGTTGTCAATGATTATTCAGGCTAAAGTTCATGCTGGAAATCATACCAGTGGTTTGTTTGCAATTCTCATGTTAATCATCATCTCTGTAATGTATGCAGTTCCGGTGGTTCAAAAGCCCCTTGGTTCTGGAATATATGTTTCTTGTCCAAAGAAT
TCTCAAGTTCAGGAGATTGATCTCTTTCCAATTCCTGTGAGATCTCTTAATCACACAAAGTCTTTGGATGGAAAATCTGAATCACTTGCTGGAGATTGTGAAACAGAAATATTTCCTTTGAAGGGGGTTCCTGGGTTTATTGAAGAAGAATTGGTGGAATCATCTGAGCCTCGTAATGTAAATGACCATAGTGAGGTCCA
GAACATTGTTGATCTCACAGTTTGGGAATGTCTCGTTGCGGTTGACTTTTGGCTTGTCAATATTGTGGTTATGAGTGGTGGAGGTAGTGGGCTTGCTATCATAAATAATTTTGCTCAGATTGGAAGTGCTGCGAGAAGCGAAGAGATAGGCCTTTATGTGGGAATAATTAGTGTTGGGAGCTGCTTTGGTCGAATAACAT
CTGGCAAGCCCAGGCCAATTAGAATGCCATTTGAAGACAATACAATTTCCAGCTTTTTCGTTCCTGTGGATCTTCTCAACTACACATGAAAATGACGTTATCACCAAAGAAGAAAGGAAATTTCATGAATGGTTTAAGAAGAAAAGGGCATTGCCTGCATTTCGATAGATGGCTTTCTCTGTCAGCGGCAATGATCATTA
TGGGTATGCTTCTGATTTTCTCATGAGGAGTGGGTATCCCCGCCCATTATGTCTGCTGATCACTCAAATCATAATGATGCTATCTTGTATACTTCTTGCTACTGGGGGTGTCTTTTTTCTTTACGTTGGTTCTGCCCTTATTGGTATGGCATATGGTGCATACTGGACTCTGGCCCCAGCTGTTCTATCAGAAATATTTG
GAATGAAGCCCTTTGCAATATTGTACAAGATAATTGGGATATGTCCAACCATTGGTTCATATGTCCTTTCTGCAAAGATCCTAGGAGTTCTTTATGATAAACAGGCTGCTTTGTATCACCACAATTCTACAGAGGAGATCGTGCATGGAGAGGAGAATACATGCTATGGCTGGCAATGCTTTGGTTTTGCTTTGCTTTAT
CTTTCTCTGATTTGCTTCATCGGTGGTTTGGCCTGTTTATGGTTGATGAAACGTACCCATATGTTGTATAGTAGAAGATATCAGCTTCTGTGCTCTTCAGCAGATTGAAGGCAGCTGTAATTTAGTTCTGTGTCAGTGACCTGACACACAAGGAGTAATTGTAACCTGTTGTAACCTATGCCTTTCATGGATATGAGCAT
AGGTATTTAACCTATGCCGTTCATGAATATGAGCATGGGTACATGGCAAACAATCATGG

>TRINITY_DN98027_c0_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GAGCGGATGAGGTAAATGATGGAAGAATATGAGTATTTTGATTTTGTTTTCATGTACATTTAGTGAAAGATATTTCTAACCTTATGAGTATTCAAGAATTTTCAGAAACTTGAGCATCTTTAAGAATTTTTTCATGTATGCAGGTGTCTTTTTTCTTTACGTTGGTTCTGCCCTTATTGGTATGGCATATGGTGCATACT
GGACTCTGGCCCCAGCTGTTCTATCAGAAATATTTGGAATGAAGCCCTTTGCAATATTGTACAAGATAATTGGgtaagggttcacattatcttgaactctaattttaatacaatgagttttgaagatactatcgaatttttgccaatgtttatttcacatttctctgaaaatttaaattgatgtttatgccatagacagc
attatagataaaacttgaaacttctaaagtatcaaatcaaacactctgcagGATATGTCCAACCATTGGTTCATATGTCCTTTCTGCAAAGATCCTAGGAGTTCTTTATGATAAACAGGCTGCTTTGTATCACCACAATTCTACAGAGGAGATCGTGCATGGAGAGGAGAATACATGCTATGGCTGGCAATGCTTTGGTT
TTGCTTTGCTTTATCTTTCTCTGATTTGCTTCATCGGTGGTTTGGCCTGTTTATGGTTGATGAAACGTACCCATATGTTGTATAGTAGAAGATATCAGCTTCTGTGCTCTTCAGCAGATTGAAGGCAGCTGTAATTTAGTTCTGTGTCAGTGACCTGACACACAAGGAGTAATTGTAACCTGTTGTAACCTATGCCTTTC
ATGGATATGAGCATAGGTATTTAACCTATGCCGTTCATGAATATGAGCATGGGTACATGGCAAACAATCATGG

Intron 3 GTAATCTGTC ... ATCCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.29	33	18	1
A2	34.09	29	15	2
A3	38.1	26	16	3
A4	23.53	26	8	3
A5	31.82	15	7	0
A6	16.67	30	6	1
A7	21.05	45	12	0
A8	19.51	33	8	0
A9	14.89	40	7	0
A10	20	24	6	0

>TRINITY_DN105361_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

CAAAGATATAAGAGGCACCATGATGCGGTTCAAAATTATATATGGCATGATTGTGCTCCTAGGTATTTTCCTTACGTTGTCAATGATTATTCAGGCCAAAGTTCATGCTGGAAATCATACCAGTGGTTTGTTCGCAATTCTCATGTTAATCATCATCTCTGTAATGTATGCAGTTCCGGTGGTTCAAAAGCCCCTTGGTT
CTGGAATATATGTTTCTTGTCCAAAGAATTCTCAAGTTCAGGAGATTGATCTCTTTCCAATTCCTGTGAGATCTCTTAATCACACAAAGTCTTTGGATGGAAAATCTGAATCACTTGCTGGAGATTGTGAAACAGAAATATTTCCTTTGAAGGGGGTTCCTGGGTTTATTGAAGAAGAATTGGTGGAATCATCTGAGCCT
CGTAATGTAAATGACCATAGTGAGGTCCAGAACATTGTTGATCTCACAGTTTGGGAATGTCTCGTTGCGGTTGACTTTTGGCTTGTCAATATTGTGGTTATGAGTGGTGGAGGTAGTGGGCTTGCTATCATAAATAATTTTGCTCAGATTGGAAGTGCTGCGAGAAGCGAAGAGATAGGCCTTTATGTGGGAATAATTAG
TGTTGGGAGCTGCTTTGGTCGAATAACATCTGGGTATGCTTCTGATTTTCTCATGAGGAGTGGGTATCCCCGCCCATTATGTCTGCTGATCACTCAAATCATAATGATGCTATCTTGTATACTTCTTGCTACTGGGGGTGTCTTTTTTCTTTACGTTGGTTCTGCCCTTATTGGTATGGCATATGGTGCATACTGGACTC
TGGCCCCAGCTGTTCTATCAGAAATATTTGGAATGAAGCCCTTTGCAATATTGTACAAGATAATTGGGATATGTCCAACCATTGGTTCATATGTCCTTTCTGCAAAGATCCTAGGAGTTCTTTATGATAAACAGGCTGCTTTGTATCACCACAATTCTACAGAGGAGATCGTGCATGGAGAGGAGAATACATGCTATGGC
TGGCAATGCTTTGGTTTTGCTTTGCTTTATCTTTCTCTGATTTGCTTCATCGGTGGTTTGGCCTGTTTATGGTTGATGAAACGTACCCATATGTTGTATAGTAGAAGATATCAGCTTCTGTGCTCTTCAGCAGATTGAAGGCAGCTGTAATTTAGTTCTGTGTCAGTGACCTGACACACAAGGAGTAATTGTAACCTGTT
GTAACCTATGCCTTTCATGGATATGAGCATAGGTATTTAACCTATGCCGTTCATGAATATGAGCATGGGTACATGGCAAACAATCATGGTACAGCGAGTTATTTATAGGTTTTGCCCAC

>TRINITY_DN105361_c0_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CAAAGATATAAGAGGCACCATGATGCGGTTCAAAATTATATATGGCATGATTGTGCTCCTAGGTATTTTCCTTACGTTGTCAATGATTATTCAGGCCAAAGTTCATGCTGGAAATCATACCAGTGGTTTGTTCGCAATTCTCATGTTAATCATCATCTCTGTAATGTATGCAGTTCCGGTGGTTCAAAAGCCCCTTGGTT
CTGGAATATATGTTTCTTGTCCAAAGAATTCTCAAGTTCAGGAGATTGATCTCTTTCCAATTCCTGTGAGATCTCTTAATCACACAAAGTCTTTGGATGGAAAATCTGAATCACTTGCTGGAGATTGTGAAACAGAAATATTTCCTTTGAAGGGGGTTCCTGGGTTTATTGAAGAAGAATTGGTGGAATCATCTGAGCCT
CGTAATGTAAATGACCATAGTGAGGTCCAGAACATTGTTGATCTCACAGTTTGGGAATGTCTCGTTGCGGTTGACTTTTGgtaatctgtcaatatttgctttttgtttacaagcaccagataaccagattgtttcatgctaaacatcatttggttcttctgtctttcaaacattaatattttaggtatacttagatcttt
cttagctactaatagtttcacctcttgttagtttgctggctctcatagcttctgttgatccttgcagGCTTGTCAATATTGTGGTTATGAGTGGTGGAGGTAGTGGGCTTGCTATCATAAATAATTTTGCTCAGGTTGGTAAAAGAATAATTTTTTTGTAGCTTTGCATGATTTCTTCTGAGACAAACTTTGTTGTGATA
AGAAAAAACTTTTAAACAAAATGCCTCAGGATAGACTTTTAAGCATTAAAAGTTGTGGAGCTTTCTTTAATTCCACCTATCATTTAGACTAACT