sp|Q8H0U4|TNPO1_ARATH ----> Transportin-1
Intron 1 GTAATGATGG ... CTCTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.24 | 495 | 132 | 135 |
| A2 | 21.75 | 376 | 89 | 120 |
| A3 | 21.61 | 428 | 114 | 122 |
| A4 | 23.08 | 360 | 100 | 116 |
| A5 | 22.46 | 145 | 43 | 41 |
| A6 | 21.21 | 626 | 125 | 212 |
| A7 | 19.49 | 1159 | 180 | 381 |
| A8 | 20.97 | 1151 | 197 | 414 |
| A9 | 20.98 | 906 | 177 | 304 |
| A10 | 19.96 | 892 | 163 | 282 |
>TRINITY_DN44636_c1_g2_i3 from sample A8 / Example spliced isoformTTGAGAAGGGACTGGCTAACGGACGGGATCAGAACTATGTTAAGCAATTGTCAGATTATATCATACCTGCGTTGGTTGAGGCTTTGCATAAGGAACCTGAAACTGAAATATGTTCAAGCATGCTGGATGCATTGAATGAATGCATACAGATATCAGGTGTCTTGCTTGATCAAAGCCAAGTAAAGTCTATAGTGGATGAA
CTTAAACAAGTTATCACAGCAAGTGCAACTAGAAAGAGGGAACGGACAGAACGGACAACGGCAGAAGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAAATACTTCAAGAGGAAAATGAACAGGAAGAAGAAGTTTTTGATCAAGTTGGTGAATGCATAGGAACTCTCATTAAGACATTCAAGTCCTCATTCTTACCATTCTTTGATGA
GCTCTCGTCTTACATAACACCTATGTTGGGGAAAGATAAAACAACAGAAGAGAGACGAATTGCAATATGCATTTTTGATGATGTAGCTGAACAATGTCAAACAGCTGCTGTAAAATATTATGACACATTTCTACCTTTCTTGCTGGAAGCCTGCAATGATTCTAATGCAGATGTGCGGCAGGCTGCAGTTTATGGTATTG
GTGTTTGTGCTGAATTTGGTGGATCCAAATTCAAAACTCTTGTTGGTGAGGCACTTTCAAGGCTGAATTTTGTCATAAGTCAACCAAATGCAAGGGACTCCGATAATGTAATGGCAACTGATAATGCGATTTCTGCATTAGGAAAAATCTGCCAATTTCATCGTGACAGCATAGATGCACCGCATGTTGTTCCAGCCTGG
CTAAGTTGCTTGCCTATAAAAGGTGATTTAATTGAAGCTAAAATTGTTCATGAACAGTTGTGTTCCATGGTGGAGAGGTCTGATATGGAGCTTCTGGGTCCTAACAATCAATATTTACCTAAAATCGTTTCTGTATTTGCAGAGGTTTTATGTGCTGGAAAAGACCTTGCAACAGAGCAGACTATTGCACGGATGGTAAA
TCTCTTGAGACAGTTGCAGCAAACGCTTTCCCCATCAGCTCTTGCTTCTACATGGTCTTCCTTGCAACCTCAGCAGCAATTGGCATTGCAATCAATTTTGTCTTCATAAATGTATTAGTGCCTTGTTGAAATTATCTGTGGGCTTGTAGAGATGCATGAATTTCTACTATTGCTTCATTATTGGATTAATGTTGTTTGAC
TGGACTACTTAGTTGGGTGTCTTATTGTTCATTCTTTCATGTAGTCATTCATTTCTAGATGGTTTTCTGTAAGGCAGCTATGTATTTTTCAATGTGGAGAGTTTTGTCCATCGATCCATGTGGCCCATGGTGTCAAATGGGTTTTCCATAGTTTTAGATTATTGTATTATAGTCTGCTATTTAGCAGAGAAATGTAGATG
TCTCTGGTATGTGTGGCGATGTCAAAGTGCAGTGTGAAAGATTTTGCGAACTCATGAATCTGTATTTTTGTCTTGCATCTCTAGCTGGATACATAAAGCGGGTTGAATGCAGGAGGAAAAATGTCGTTGTGAAATGGCATGAGCTTCCTTATTTAACCAGCATTGTAGTGCACGAGGCACTATATTTATTCAAAAGAATT
TTATTAAAATCCACTTCTTGGCATGTTTTTTCTTAGTACTTGGATTTTGTTATAAAAACAAGACTTTGTTTCTATTCGCCATTCCACCTGAAAGTTCAATAATGTAACCTCAAATGTAAGAGGAGATATTTTACTGAGTCTGACTTCATCTGGCCATTGGGTTCTAGGATATATAAATTTGAAATTATCAAATCATATTC
TGGGATTATAAATTAATCCCCAGTGCTCATAGTTGGAAATATCGGAAGATTCTCTGGCCCCCTTTCATTCATTTTACATTTGTATAACAATACCGTAGATTATTTTTGATTGCTGGGCGGTCTTGCAATCTTTTGTAAACAGATTTTATCCGTGGGTTATCTTATGATGACCTCCTTGTGCAGCACTAACTATTCGCTGA
AGCACTTTCTTTGAAGTCTCTTTATTACTGTTTATATCGACTGTAGTGTGCTCC
>TRINITY_DN44636_c1_g2_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:TTGAGAAGGGACTGGCTAACGGACGGGATCAGAACTATGTTAAGCAATTGTCAGATTATATCATACCTGCGTTGGTTGAGGCTTTGCATAAGGAACCTGAAACTGAAATATGTTCAAGCATGCTGGATGCATTGAATGAATGCATACAGATATCAGGTGTCTTGCTTGATCAAAGCCAAGTAAAGTCTATAGTGGATGAA
CTTAAACAAGTTATCACAGCAAGTGCAACTAGAAAGAGGGAACGGACAGAACGGACAACGGCAGAAGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAAATACTTCAAGAGGAAAATGAACAGGAAGAAGAAGTTTTTGATCAAGTTGGTGAATGCATAGGAACTCTCATTAAGACATTCAAGTCCTCATTCTTACCATTCTTTGATGA
GCTCTCGTCTTACATAACACCTATGTTGGGGAAAGATAAAACAACAGAAGAGAGACGAATTGCAATATGCATTTTTGATGATGTAGCTGAACAATGTCAAACAGCTGCTGTAAAGTAAGGAGATATTCTACAGCTGTCATAGAGGAAGCAGGGAATCAGACTGGGCATATGAATTTTTAATCTTTTCACTAGTCATTAAT
GATTTCGGTTGTTTGTTACAGATATTATGACACATTTCTACCTTTCTTGCTGGAAGCCTGCAATGATTCTAATGCAGATGTGCGGCAGGCTGCAGTTTATGGTATTGGTGTTTGTGCTGAATTTGGTGGATCCAAATTCAAAACTCTTGTTGGTGgtaatgatggataacagattttcttgagttatagatgtattttat
ttatttattatgaaaagcagttgattcttcaatcttgaaattgtgtcatatgtgttgattattgtcactatggactctttgcagAGGCACTTTCAAGGCTGAATTTTGTCATAAGTCAACCAAATGCAAGGGACTCCGATAATGTAATGGCAACTGATAATGCGATTTCTGCATTAGGAAAAATCTGCCAATTTCATCGT
GACAGCATAGATGCACCGCATGTTGTTCCAGCCTGGCTAAGTTGCTTGCCTATAAAAGGTGATTTAATTGAAGCTAAAATTGTTCATGAACAGTTGTGTTCCATGGTGGAGAGGTCTGATATGGAGCTTCTGGGTCCTAACAATCAATATTTACCTAAAATCGTTTCTGTATTTGCAGAGGTTTTATGTGCTGGAAAAGA
CCTTGCAACAGAGCAGACTATTGCACGGATGGTAAATCTCTTGAGACAGTTGCAGCAAACGCTTTCCCCATCAGCTCTTGCTTCTACATGGTCTTCCTTGCAACCTCAGCAGCAATTGGCATTGCAATCAATTTTGTCTTCATAAATGTATTAGTGCCTTGTTGAAATTATCTGTGGGCTTGTAGAGATGCATGAATTTC
TACTATTGCTTCATTATTGGATTAATGTTGTTTGACTGGACTACTTAGTTGGGTGTCTTATTGTTCATTCTTTCATGTAGTCATTCATTTCTAGATGGTTTTCTGTAAGGCAGCTATGTATTTTTCAATGTGGAGAGTTTTGTCCATCGATCCATGTGGCCCATGGTGTCAAATGGGTTTTCCATAGTTTTAGATTATTG
TATTATAGTCTGCTATTTAGCAGAGAAATGTAGATGTCTCTGGTATGTGTGGCGATGTCAAAGTGCAGTGTGAAAGATTTTGCGAACTCATGAATCTGTATTTTTGTCTTGCATCTCTAGCTGGATACATAAAGCGGGTTGAATGCAGGAGGAAAAATGTCGTTGTGAAATGGCATGAGCTTCCTTATTTAACCAGCATT
GTAGTGCACGAGGCACTATATTTATTCAAAAGAATTTTATTAAAATCCACTTCTTGGCATGTTTTTTCTTAGTACTTGGATTTTGTTATAAAAACAAGACTTTGTTTCTATTCGCCATTCCACCTGAAAGTTCAATAATGTAACCTCAAATGTAAGAGGAGATATTTTACTGAGTCTGACTTCATCTGGCCATTGGGTTC
TAGGATATATAAATTTGAAATTATCAAATCATATTCTGGGATTATAAATTAATCCCCAGTGCTCATAGTTGGAAATATCGGAAGATTCTCTGGCCCCCTTTCATTCATTTTACATTTGTATAACAATACCGTAGATTATTTTTGATTGCTGGGCGGTCTTGCAATCTTTTGTAAACAGATTTTATCCGTGGGTTATCTTA
TGATGACCTCCTTGTGCAGCACTAACTATTCGCTGAAGCACTTTCTTTGAAGTCTCTTTATTACTGTTTATATCGACTGTAGTGTGCTCC
Intron 2 GTAAGGAGAT ... TTTGTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.29 | 684 | 223 | 147 |
| A2 | 21.03 | 522 | 166 | 112 |
| A3 | 19.62 | 543 | 148 | 117 |
| A4 | 20.84 | 547 | 165 | 123 |
| A5 | 18.76 | 223 | 54 | 49 |
| A6 | 19.54 | 626 | 152 | 152 |
| A7 | 20.75 | 1268 | 396 | 268 |
| A8 | 19.99 | 1141 | 322 | 248 |
| A9 | 20.37 | 981 | 314 | 188 |
| A10 | 19.43 | 968 | 268 | 199 |
>TRINITY_DN44636_c1_g2_i3 from sample A8 / Example spliced isoformTTGAGAAGGGACTGGCTAACGGACGGGATCAGAACTATGTTAAGCAATTGTCAGATTATATCATACCTGCGTTGGTTGAGGCTTTGCATAAGGAACCTGAAACTGAAATATGTTCAAGCATGCTGGATGCATTGAATGAATGCATACAGATATCAGGTGTCTTGCTTGATCAAAGCCAAGTAAAGTCTATAGTGGATGAA
CTTAAACAAGTTATCACAGCAAGTGCAACTAGAAAGAGGGAACGGACAGAACGGACAACGGCAGAAGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAAATACTTCAAGAGGAAAATGAACAGGAAGAAGAAGTTTTTGATCAAGTTGGTGAATGCATAGGAACTCTCATTAAGACATTCAAGTCCTCATTCTTACCATTCTTTGATGA
GCTCTCGTCTTACATAACACCTATGTTGGGGAAAGATAAAACAACAGAAGAGAGACGAATTGCAATATGCATTTTTGATGATGTAGCTGAACAATGTCAAACAGCTGCTGTAAAATATTATGACACATTTCTACCTTTCTTGCTGGAAGCCTGCAATGATTCTAATGCAGATGTGCGGCAGGCTGCAGTTTATGGTATTG
GTGTTTGTGCTGAATTTGGTGGATCCAAATTCAAAACTCTTGTTGGTGAGGCACTTTCAAGGCTGAATTTTGTCATAAGTCAACCAAATGCAAGGGACTCCGATAATGTAATGGCAACTGATAATGCGATTTCTGCATTAGGAAAAATCTGCCAATTTCATCGTGACAGCATAGATGCACCGCATGTTGTTCCAGCCTGG
CTAAGTTGCTTGCCTATAAAAGGTGATTTAATTGAAGCTAAAATTGTTCATGAACAGTTGTGTTCCATGGTGGAGAGGTCTGATATGGAGCTTCTGGGTCCTAACAATCAATATTTACCTAAAATCGTTTCTGTATTTGCAGAGGTTTTATGTGCTGGAAAAGACCTTGCAACAGAGCAGACTATTGCACGGATGGTAAA
TCTCTTGAGACAGTTGCAGCAAACGCTTTCCCCATCAGCTCTTGCTTCTACATGGTCTTCCTTGCAACCTCAGCAGCAATTGGCATTGCAATCAATTTTGTCTTCATAAATGTATTAGTGCCTTGTTGAAATTATCTGTGGGCTTGTAGAGATGCATGAATTTCTACTATTGCTTCATTATTGGATTAATGTTGTTTGAC
TGGACTACTTAGTTGGGTGTCTTATTGTTCATTCTTTCATGTAGTCATTCATTTCTAGATGGTTTTCTGTAAGGCAGCTATGTATTTTTCAATGTGGAGAGTTTTGTCCATCGATCCATGTGGCCCATGGTGTCAAATGGGTTTTCCATAGTTTTAGATTATTGTATTATAGTCTGCTATTTAGCAGAGAAATGTAGATG
TCTCTGGTATGTGTGGCGATGTCAAAGTGCAGTGTGAAAGATTTTGCGAACTCATGAATCTGTATTTTTGTCTTGCATCTCTAGCTGGATACATAAAGCGGGTTGAATGCAGGAGGAAAAATGTCGTTGTGAAATGGCATGAGCTTCCTTATTTAACCAGCATTGTAGTGCACGAGGCACTATATTTATTCAAAAGAATT
TTATTAAAATCCACTTCTTGGCATGTTTTTTCTTAGTACTTGGATTTTGTTATAAAAACAAGACTTTGTTTCTATTCGCCATTCCACCTGAAAGTTCAATAATGTAACCTCAAATGTAAGAGGAGATATTTTACTGAGTCTGACTTCATCTGGCCATTGGGTTCTAGGATATATAAATTTGAAATTATCAAATCATATTC
TGGGATTATAAATTAATCCCCAGTGCTCATAGTTGGAAATATCGGAAGATTCTCTGGCCCCCTTTCATTCATTTTACATTTGTATAACAATACCGTAGATTATTTTTGATTGCTGGGCGGTCTTGCAATCTTTTGTAAACAGATTTTATCCGTGGGTTATCTTATGATGACCTCCTTGTGCAGCACTAACTATTCGCTGA
AGCACTTTCTTTGAAGTCTCTTTATTACTGTTTATATCGACTGTAGTGTGCTCC
>TRINITY_DN44636_c1_g2_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:TTGAGAAGGGACTGGCTAACGGACGGGATCAGAACTATGTTAAGCAATTGTCAGATTATATCATACCTGCGTTGGTTGAGGCTTTGCATAAGGAACCTGAAACTGAAATATGTTCAAGCATGCTGGATGCATTGAATGAATGCATACAGATATCAGGTGTCTTGCTTGATCAAAGCCAAGTAAAGTCTATAGTGGATGAA
CTTAAACAAGTTATCACAGCAAGTGCAACTAGAAAGAGGGAACGGACAGAACGGACAACGGCAGAAGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAAATACTTCAAGAGGAAAATGAACAGGAAGAAGAAGTTTTTGATCAAGTTGGTGAATGCATAGGAACTCTCATTAAGACATTCAAGTCCTCATTCTTACCATTCTTTGATGA
GCTCTCGTCTTACATAACACCTATGTTGGGGAAAGATAAAACAACAGAAGAGAGACGAATTGCAATATGCATTTTTGATGATGTAGCTGAACAATGTCAAACAGCTGCTGTAAAgtaaggagatattctacagctgtcatagaggaagcagggaatcagactgggcatatgaatttttaatcttttcactagtcattaat
gatttcggttgtttgttacagATATTATGACACATTTCTACCTTTCTTGCTGGAAGCCTGCAATGATTCTAATGCAGATGTGCGGCAGGCTGCAGTTTATGGTATTGGTGTTTGTGCTGAATTTGGTGGATCCAAATTCAAAACTCTTGTTGGTGGTAATGATGGATAACAGATTTTCTTGAGTTATAGATGTATTTTAT
TTATTTATTATGAAAAGCAGTTGATTCTTCAATCTTGAAATTGTGTCATATGTGTTGATTATTGTCACTATGGACTCTTTGCAGAGGCACTTTCAAGGCTGAATTTTGTCATAAGTCAACCAAATGCAAGGGACTCCGATAATGTAATGGCAACTGATAATGCGATTTCTGCATTAGGAAAAATCTGCCAATTTCATCGT
GACAGCATAGATGCACCGCATGTTGTTCCAGCCTGGCTAAGTTGCTTGCCTATAAAAGGTGATTTAATTGAAGCTAAAATTGTTCATGAACAGTTGTGTTCCATGGTGGAGAGGTCTGATATGGAGCTTCTGGGTCCTAACAATCAATATTTACCTAAAATCGTTTCTGTATTTGCAGAGGTTTTATGTGCTGGAAAAGA
CCTTGCAACAGAGCAGACTATTGCACGGATGGTAAATCTCTTGAGACAGTTGCAGCAAACGCTTTCCCCATCAGCTCTTGCTTCTACATGGTCTTCCTTGCAACCTCAGCAGCAATTGGCATTGCAATCAATTTTGTCTTCATAAATGTATTAGTGCCTTGTTGAAATTATCTGTGGGCTTGTAGAGATGCATGAATTTC
TACTATTGCTTCATTATTGGATTAATGTTGTTTGACTGGACTACTTAGTTGGGTGTCTTATTGTTCATTCTTTCATGTAGTCATTCATTTCTAGATGGTTTTCTGTAAGGCAGCTATGTATTTTTCAATGTGGAGAGTTTTGTCCATCGATCCATGTGGCCCATGGTGTCAAATGGGTTTTCCATAGTTTTAGATTATTG
TATTATAGTCTGCTATTTAGCAGAGAAATGTAGATGTCTCTGGTATGTGTGGCGATGTCAAAGTGCAGTGTGAAAGATTTTGCGAACTCATGAATCTGTATTTTTGTCTTGCATCTCTAGCTGGATACATAAAGCGGGTTGAATGCAGGAGGAAAAATGTCGTTGTGAAATGGCATGAGCTTCCTTATTTAACCAGCATT
GTAGTGCACGAGGCACTATATTTATTCAAAAGAATTTTATTAAAATCCACTTCTTGGCATGTTTTTTCTTAGTACTTGGATTTTGTTATAAAAACAAGACTTTGTTTCTATTCGCCATTCCACCTGAAAGTTCAATAATGTAACCTCAAATGTAAGAGGAGATATTTTACTGAGTCTGACTTCATCTGGCCATTGGGTTC
TAGGATATATAAATTTGAAATTATCAAATCATATTCTGGGATTATAAATTAATCCCCAGTGCTCATAGTTGGAAATATCGGAAGATTCTCTGGCCCCCTTTCATTCATTTTACATTTGTATAACAATACCGTAGATTATTTTTGATTGCTGGGCGGTCTTGCAATCTTTTGTAAACAGATTTTATCCGTGGGTTATCTTA
TGATGACCTCCTTGTGCAGCACTAACTATTCGCTGAAGCACTTTCTTTGAAGTCTCTTTATTACTGTTTATATCGACTGTAGTGTGCTCC
Intron 3 GTATAATACC ... TCAATGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.64 | 585 | 13 | 143 |
| A2 | 20.11 | 417 | 1 | 105 |
| A3 | 20.61 | 493 | 6 | 128 |
| A4 | 15.44 | 438 | 3 | 80 |
| A5 | 18.99 | 209 | 0 | 49 |
| A6 | 17.94 | 581 | 0 | 127 |
| A7 | 20.47 | 1177 | 0 | 303 |
| A8 | 22.03 | 1058 | 0 | 299 |
| A9 | 21.94 | 893 | 0 | 251 |
| A10 | 21.54 | 929 | 0 | 255 |
>TRINITY_DN106143_c7_g1_i3 from sample A5 / Example spliced isoformGTCTATAGTGGATGAACTTAAACAAGTTATCACAGCAAGTGCAACTAGAAAGAGGGAACGGACAGAACGGACAACGGCAGAAGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAAATACTTCAAGAGGAAAATGAACAGGAAGAAGAAGTTTTTGATCAAGTTGGTGAATGCATAGGAACTCTCATTAAGACATTCAAGTCCTCATTCT
TACCATTCTTTGATGAGCTCTCGTCTTACATAACACCTATGTTGGGGAAAGATAAAACAACAGAAGAGAGACGAATTGCAATATGCATTTTTGATGATGTAGCTGAACAATGTCAAACAGCTGCTGTAAAATATTATGACACATTTCTACCTTTCTTGCTGGAAGCCTGCAATGATTCTAATGCAGATGTGCGGCAGGCT
GCAGTTTATGGTATTGGTGTTTGTGCTGAATTTGGTGGATCCAAATTCAAAACTCTTGTTGGTGAGGCACTTTCAAGGCTGAATTTTGTCATAAGTCAACCAAATGCAAGGGACTCCGATAATGTAATGGCAACTGATAATGCGATTTCTGCATTAGGAAAAATCTGCCAATTTCATCGTGACAGCATAGATGCACCGCA
TGTAAGTTTTGCTAGCTACTGTTGTGCCTGGATTGTTGTTTCACTTATTTTTTCCATTAGCTTTATTTTTCTTCTGACACAACTAATGCAAGAGATAAAGCTACCTGCTTGGATAATGAAGATCTTTCTTTTTTGTGGTTCCCCTTTGTTAATTTGTTATTTACCCTTTTAATAGTGTGGATTCTCGTCTTTCCTTTTCA
GGAGGTGTACCTAGGGTACCCCTGCATGTGATTGTCACTTGATGTGCTTTTGAGTTCCATTGACCCAATTTGGTTATTTGTTGATATTATTTTAATTTCATTCTATCTTTTTTAAAATTTTCTATGAATGTTAGTTACATTGCCCAGTGAATTGAGATGCATCACCTGTATTCTATTCTCCTTTGGATGAAATGATGCAT
TTGTAACAAAATATTAAGAGGTTATGCTGTGACATTGGGGTATGATATGCTAGTAGTTGTTTTCTTGATTTTGACTCTGGTATTTAAGTTTCTTCTTATTTTTCGAATGCTATTTATTCAAGATGATTCTCAGTTGGCAATTTTTTGCTCGTTCTTTTCTTGATTTTGACTGGTATTTAAATTCTTATTCTTCAAATGCT
ATCTATTCAAGATGATTCT
>TRINITY_DN106143_c7_g1_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:TTCTAATGCAGATGTGCGGCAGgtataataccggatcagttatttgttatccattgtggttcttttaattttttggtttaatattttctttcagtatgctaatttactagaaatttgtttcaatgtcagGCTGCAGTTTATGGTATTGGTGTTTGTGCTGAATTTGGTGGATCCAAATTCAAAACTCTTGTTGGTGAGGC
ACTTTCAAGGCTGAATTTTGTCATAAGTCAACCAAATGCAAGGGACTCCGATAATGTAATGGCAACTGATAATGCGATTTCTGCATTAGGAAAAATCTGCCAATTTCATCGTGACAGCATAGATGCACCGCATGTTGTTCCAGCCTGGCTAAGTTGCTTGCCTATAAAAGGTGATTTAATTGAAGCTAAAATTGTTCATG
AACAGTTGTGTTCCATGGTGGAGAGGTCTGATATGGAGCTTCTGGGTCCTAACAATCAATATTTACCTAAAATCGTTTCTGTATTTGCAGAGGTTTTATGTGCTGGAAAAGACCTTGCAACAGAGCAGACTATTGCACGGATGGTAAATCTCTTGAGACAGTTGCAGCAAACGCTATCCCCATCAGCTCTTGCTTCTACA
TGGTCTTCCTTGCAACCTCAGCAGCAATTGGCATTGCAATCAATTTTGTCTTCATAAATGTATTAGTGCCTTGTTGAAATTATCTGTGGGCTTGTAGAGATGCATGAATTTCTACTATTGCTTCATTATTGGATTAATGTTGTTTGACTGGACTACTTAGTTGGGTGTCTTATTGTTCATTCTTTCATGTAGTCATTCAT
TTCTAGATGGTTTTCTGTAAGGCAGCTATGTATTTTTCAATGTGGAGAGTTTTGTCCATCGATCCATGTGGCCCATGGCGTCAAATGGGTTTTCCATAGTTTTAGATTATTGTATTATAGTCTGCTATTTAGCAGAGAAATGTAGATGTCTCTGGTATGTGTGGCGATGTCAAAGTGCAGTGTGAAAGATTTTGCGAACT
CATGAATCTGTATTTTTGTCTTGCATCTCTAGCTGGATACATAAAGCGGGTTGAATGCAGGAGGAAAAATGTCGTTGTGAAATGGCATGAGCTTCCTTATTTAACCAGCATTGTAGTGCACGAGGCACTATATTTATTCAAAAGAATTTTATTAAAATCCACTTCTTGGCATGTTTTTTCTTAGTACTTGGATTTTGTTA
TAAAAACAAGACTTTGTTTCTATTCGCCATTCCACCTGAAAGTTCAATAATGTAACCTCAAATGTAAGAGGAGATATTTTACTGAGTCTGACTTCACCTGGCCATTGGGTTCTAGGA
Intron 4 GTAGGTAAAA ... TTTCTCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.26 | 463 | 1 | 125 |
| A2 | 24.59 | 368 | 3 | 120 |
| A3 | 21.65 | 275 | 0 | 76 |
| A4 | 22.17 | 316 | 4 | 90 |
| A5 | 23.27 | 155 | 1 | 47 |
| A6 | 24.58 | 853 | 0 | 278 |
| A7 | 25.49 | 1321 | 0 | 452 |
| A8 | 24.92 | 1729 | 0 | 574 |
| A9 | 27.28 | 1029 | 0 | 386 |
| A10 | 26.48 | 855 | 1 | 308 |
>TRINITY_DN44636_c1_g2_i1 from sample A8 / Example spliced isoformTTGAGAAGGGACTGGCTAACGGACGGGATCAGAACTATGTTAAGCAATTGTCAGATTATATCATACCTGCGTTGGTTGAGGCTTTGCATAAGGAACCTGAAACTGAAATATGTTCAAGCATGCTGGATGCATTGAATGAATGCATACAGATATCAGGTGTCTTGCTTGATCAAAGCCAAGTAAAGTCTATAGTGGATGAA
CTTAAACAAGTTATCACAGCAAGTGCAACTAGAAAGAGGGAACGGACAGAACGGACAACGGCAGAAGATTTTGATGCAGAGGAAGGGGAAATACTTCAAGAGGAAAATGAACAGGAAGAAGAAGTTTTTGATCAAGTTGGTGAATGCATAGGAACTCTCATTAAGACATTCAAGTCCTCATTCTTACCATTCTTTGATGA
GCTCTCGTCTTACATAACACCTATGTTGGGGAAAGATAAAACAACAGAAGAGAGACGAATTGCAATATGCATTTTTGATGATGTAGCTGAACAATGTCAAACAGCTGCTGTAAAGTAAGGAGATATTCTACAGCTGTCATAGAGGAAGCAGGGAATCAGACTGGGCATATGAATTTTTAATCTTTTCACTAGTCATTAAT
GATTTCGGTTGTTTGTTACAGATATTATGACACATTTCTACCTTTCTTGCTGGAAGCCTGCAATGATTCTAATGCAGATGTGCGGCAGGCTGCAGTTTATGGTATTGGTGTTTGTGCTGAATTTGGTGGATCCAAATTCAAAACTCTTGTTGGTGGTAATGATGGATAACAGATTTTCTTGAGTTATAGATGTATTTTAT
TTATTTATTATGAAAAGCAGTTGATTCTTCAATCTTGAAATTGTGTCATATGTGTTGATTATTGTCACTATGGACTCTTTGCAGAGGCACTTTCAAGGCTGAATTTTGTCATAAGTCAACCAAATGCAAGGGACTCCGATAATGTAATGGCAACTGATAATGCGATTTCTGCATTAGGAAAAATCTGCCAATTTCATCGT
GACAGCATAGATGCACCGCATGTTGTTCCAGCCTGGCTAAGTTGCTTGCCTATAAAAGGTGATTTAATTGAAGCTAAAATTGTTCATGAACAGTTGTGTTCCATGGTGGAGAGGTCTGATATGGAGCTTCTGGGTCCTAACAATCAATATTTACCTAAAATCGTTTCTGTATTTGCAGAGGTTTTATGTGCTGGAAAAGA
CCTTGCAACAGAGCAGACTATTGCACGGATGGTAAATCTCTTGAGACAGTTGCAGCAAACGCTTTCCCCATCAGCTCTTGCTTCTACATGGTCTTCCTTGCAACCTCAGCAGCAATTGGCATTGCAATCAATTTTGTCTTCATAAATGTATTAGTGCCTTGTTGAAATTATCTGTGGGCTTGTAGAGATGCATGAATTTC
TACTATTGCTTCATTATTGGATTAATGTTGTTTGACTGGACTACTTAGTTGGGTGTCTTATTGTTCATTCTTTCATGTAGTCATTCATTTCTAGATGGTTTTCTGTAAGGCAGCTATGTATTTTTCAATGTGGAGAGTTTTGTCCATCGATCCATGTGGCCCATGGTGTCAAATGGGTTTTCCATAGTTTTAGATTATTG
TATTATAGTCTGCTATTTAGCAGAGAAATGTAGATGTCTCTGGTATGTGTGGCGATGTCAAAGTGCAGTGTGAAAGATTTTGCGAACTCATGAATCTGTATTTTTGTCTTGCATCTCTAGCTGGATACATAAAGCGGGTTGAATGCAGGAGGAAAAATGTCGTTGTGAAATGGCATGAGCTTCCTTATTTAACCAGCATT
GTAGTGCACGAGGCACTATATTTATTCAAAAGAATTTTATTAAAATCCACTTCTTGGCATGTTTTTTCTTAGTACTTGGATTTTGTTATAAAAACAAGACTTTGTTTCTATTCGCCATTCCACCTGAAAGTTCAATAATGTAACCTCAAATGTAAGAGGAGATATTTTACTGAGTCTGACTTCATCTGGCCATTGGGTTC
TAGGATATATAAATTTGAAATTATCAAATCATATTCTGGGATTATAAATTAATCCCCAGTGCTCATAGTTGGAAATATCGGAAGATTCTCTGGCCCCCTTTCATTCATTTTACATTTGTATAACAATACCGTAGATTATTTTTGATTGCTGGGCGGTCTTGCAATCTTTTGTAAACAGATTTTATCCGTGGGTTATCTTA
TGATGACCTCCTTGTGCAGCACTAACTATTCGCTGAAGCACTTTCTTTGAAGTCTCTTTATTACTGTTTATATCGACTGTAGTGTGCTCC
>TRINITY_DN44636_c1_g2_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTTGTGTTCCATGGTGGAGAGgtaggtaaaatctttcaggttactagtaggttgaactttttcatttaccaaagttcactagttctcacaaaattaattctaacttgcttaacaccccgatatttctcagaattcaatgttaagatacctttttctctcagGTCTGATATGGAGCTTCTGGGTCCTAACAATCAATATTT
ACCTAAAATCGTTTCTGTATTTGCAGAGGTTTTATGTGCTGGAAAAGACCTTGCAACAGAGCAGACTATTGCACGGATGGTAAATCTCTTGAGACAGTTGCAGCAAACGCTTTCCCCATCAGCTCTTGCTTCTACATGGTCTTCCTTGCAACCTCAGCAGCAATTGGCATTGCAATCAATTTTGTCTTCATAAATGTATT
AGTGCCTTGTTGAAATTATCTGTGGGCTTGTAGAGATGCATGAATTTCTACTATTGCTTCATTATTGGATTAATGTTGTTTGACTGGACTACTTAGTTGGGTGTCTTATTGTTCATTCTTTCATGTAGTCATTCATTTCTAGATGGTTTTCTGTAAGGCAGCTATGTATTTTTCAATGTGGAGAGTTTTGTCCATCGATC
CATGTGGCCCATGGTGTCAAATGGGTTTTCCATAGTTTTAGATTATTGTATTATAGTCTGCTATTTAGCAGAGAAATGTAGATGTCTCTGGTATGTGTGGCGATGTCAAAGTGCAGTGTGAAAGATTTTGCGAACTCATGAATCTGTATTTTTGTCTTGCATCTCTAGCTGGATACATAAAGCGGGTTGAATGCAGGAGG
AAAAATGTCGTTGTGAAATGGCATGAGCTTCCTTATTTAACCAGCATTGTAGTGCACGAGGCACTATATTTATTCAAAAGAATTTTATTAAAATCCACTTCTTGGCATGTTTTTTCTTAGTACTTGGATTTTGTTATAAAAACAAGACTTTGTTTCTATTCGCCATTCCACCTGAAAGTTCAATAATGTAACCTCAAATG
TAAGAGGAGATATTTTACTGAGTCTGACTTCATCTGGCCATTGGGTTCTAGGATATATAAATTTGAAATTATCAAATCATATTCTGGGATTATAAATTAATCCCCAGTGCTCATAGTTGGAAATATCGGAAGATTCTCTGGCCCCCTTTCATTCATTTTACATTTGTATAACAATACCGTAGATTATTTTTGATTGCTGG
GCGGTCTTGCAATCTTTTGTAAACAGATTTTATCCGTGGGTTATCTTATGATGACCTCCTTGTGCAGCACTAACTATTCGCTGAAGCACTTTCTTTGAAGTCTCTTTATTACTGTTTATATCGACTGTAGTGTGCTCC