sp|Q9SCY5|KINB2_ARATH ----> SNF1-related protein kinase regulatory subunit beta-2

Intron 1 GTATATATTT ... TTTCGGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.28	37	5	15
A2	16.42	28	2	9
A3	18.3	61	13.3	14
A4	24.73	35	2	21
A5	13.89	31	1	9
A6	18.9	462	68.3	147
A7	17.68	421.3	80	101
A8	17.43	341	52	92
A9	16.53	436	66.7	106
A10	14.79	312	42.3	66

>TRINITY_DN31478_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

CAGGATTTGAAAAATGGCCCCCACATACCAAAGCTGCGTCCTATACTTACTGATTTAGACTCAATGCTGACTTCTTATACTCATCTCTTTACTGGGCCCTTGCTTTACTTTTCGTGAAAAAAAATGGATAATTCCGGGCTTGCGTCATCTATCCATATCTGTATGAATGATTTATACAAATAGAAACTTTAAAAAGGAAT
CAGACGCAATTTTGAAGTCTTCATTCTTACTCTTCTGCTTCCCTTGTACGTTTGGATAATGTGGGGGAAGTTGTGTCAGGTCTATTTTAAAAGGAGAAATTTGACATGAGAATTTGCCAATGAATCTCTTTAGGAACCTGTCAAGCACTCTCCCTGTGTGTTGTTTGTTATATGTATGTTCTACCTTGCACACAATTTGT
ATTCTCACTGGGTTTGTTTTATATGAACCCTAAAAAGATCGAATACCAGCCTGGGTATTTAACATAATTATATAATTGTGTTTATAAATCATATGGATGCTATTGCATCCTCTCTTTTTGTATGCGAGCATCATCGAATCAGAGATCTGGGACTAGGGTTCTCTTCAAGATCGGGAAACGATAAGGTTTAGGCCAAGAAC
CAAAAACCTGGTTGATTTGCAGTCTTTTGAGGGTATGGGCAATGCAAATGTTAGAGAAGGCGGGGTTAAAATAGCTGAGGAGGAATCAGCGAGATCATATCCAGACCCCCATTCGGCTGCTAAACATGGTCATCCGGAGGAAGCAGGTCGGCTCAGCCATGGCGGATCTTCCGAGTCAATGGGGCATTCACCCCCGGACA
GCCCTGGTCGCTCCAGATCTCCTGTTATGTTTGCCTCTCAGGTTCCTGTCACTCCACTTCCAAATTCTACCGAAGGTGCACCTGTCCCAAACCAACCATGGGCATACAACTCAGCTGCTAATGAAGATATTTTTTATGAACGAGGCATTCCTACCATGATAACATGGAGCTATGGTGGCAATGATGTGGCAGTTGAAGGT
TCTTGGGATAATTGGACCTCAAGAAAACCTTTGCACAGAGCAGGAAAAGATTTCACTATTATGATGGTACTTCCATCAGGAGTATACCAGTACAAATTTATTGTCGACGGTGAATGGAGATACGTCCCCGATCTGCCATGGATAACTGATGAGACGGGAAATGTCAAGAATATCCTGGACGTGCAGGACTACGTTCCCGA
GAATTTGGAAAGCGTGGCCGAATTCGAACCTCCTCAATCGCCAGACTCAAGCTACAATGGTCCGTTTCCAGCCCCAGAAGACTTTGCTAAGGACCCCCCCGCAGTTCCACCTCATTTGCATTTGACACTGCTAAATGTTCCCCCTGCGGAAGTCCCAGGGGTCGCACCACGGCCTCAGCATGTGGTTCTGAACCATTTGT
ATGTGGGAAAAGAGAAAAGTTCGCAATCAGTGCTGGCGCTTGGCCTAACTCACCGTTTTCGCTCTAAATACGTCACTGTCGTTCTGTACAAGCCCCTCAAAGTAAAAGTGTGAACGGAGTGCAAATTTGGATGGATATTGCTTTTATGCTTTTCTAGGTACAACTTAATAACTTAGATAATAGTAAATACCCTATTGAAC
ACATAATTTAGTTAAGATTTAATATTCCACTTGTGCTTTACAAGCTGAAGGCAAGTCTTTGGTTTGTCAAATTTTCCCTCAAGTTTTGCCTTGTGCCTGGTGTAAAAGAAGTGATTGACTGATAAATTTTATTCCAAAGTTGATTACAAAATAAGTCTGTCCAAATTAATTTTCTCTGGAGCTGTGCTTCTCTGTTCCCT
ATTTAGATTAGATTCAACTTGTGAAACAACAGCTGGCTGTATCGAACTCATTTACAATTTTCTCATCCAAAATAAAAAGGGCAGTCTTTTGTCGCG

>TRINITY_DN31478_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAGGATTTGAAAAATGGCCCCCACATACCAAAGCTGCGTCCTATACTTACTGATTTAGACTCAATGCTGACTTCTTATACTCATCTCTTTACTGGGCCCTTGCTTTACTTTTCGTGAAAAAAAATGGATAATTCCGGGCTTGCGTCATCTATCCATATCTGTATGAATGATTTATACAAATAGAAACTTTAAAAAGGAAT
CAGACGCAATTTTGAAGTCTTCATTCTTACTCTTCTGCTTCCCTTGTACGTTTGGATAATGTGGGGGAAGTTGTGTCAGGTCTATTTTAAAAGGAGAAATTTGACATGAGAATTTGCCAATGAATCTCTTTAGGAACCTGTCAAGCACTCTCCCTGTGTGTTGTTTGTTATATGTATGTTCTACCTTGCACACAATTTGT
ATTCTCACTGGGTTTGTTTTATATGAACCCTAAAAAGATCGAATACCAGCCTGGGTATTTAACATAATTATATAATTGTGTTTATAAATCATATGGATGCTATTGCATCCTCTCTTTTTGTATGCGAGCATCATCGAATCAGAGATCTGGGACTAGGGTTCTCTTCAAGATCGGGAAACGATAAGGTTTAGGCCAAGAAC
CAAAAACCTGGTTGATTTGCAGTCTTTTGAGGGTATGGGCAATGCAAATGTTAGAGAAGGCGGGGTTAAAATAGCTGAGGAGGAATCAGCGAGATCATATCCAGACCCCCATTCGGCTGCTAAACATGGTCATCCGGAGGAAGCAGGTCGGCTCAGCCATGGCGGATCTTCCGAGTCAATGGGGCATTCACCCCCGGACA
GCCCTGGTCGCTCCAGATCTCCTGTTATGTTTGCCTCTCAGGTTCCTGTCACTCCACTTCCAAATTCTACCGAAGGTGCACCTGTCCCAAACCAACCATGGGCATACAACTCAGCTGCTAATGAAGATATTTTTTATGAACGAGGCATTCCTACCATGATAACATGGAGCTATGGTGGCAATGATGTGGCAGTTGAAGGT
TCTTGGGATAATTGGACCTCAAGAAAACCTTTGCACAGAGCAGGAAAAGATTTCACTATTATGATGGTACTTCCATCAGGAGTATACCAGTACAAATTTATTGTCGACGGTGAATGGAGATACGTCCCCGATCTGCCATGGATAACTGATGAGACGGGAAATGTCAAGAATATCCTGGACGTGCAGgtatatatttctcc
ttttttttcttttccctgaattgatcacacatcattatggttgagttttatgcttcctctggtgcgtttcggtcagGACTACGTTCCCGAGAATTTGGAAAGCGTGGCCGAATTCGAACCTCCTCAATCGCCAGACTCAAGCTACAATGGTCCGTTTCCAGCCCCAGAAGACTTTGCTAAGGACCCCCCCGCAGTTCCAC
CTCATTTGCATTTGACACTGCTAAATGTTCCCCCTGCGGAAGTCCCAGGGGTCGCACCACGGCCTCAGCATGTGGTTCTGAACCATTTGTATGTGGGAAAAGAGAAAAGTTCGCAATCAGTGCTGGCGCTTGGCCTAACTCACCGTTTTCGCTCTAAATACGTCACTGTCGTTCTGTACAAGCCCCTCAAAGTAAAAGTG
TGAACGGAGTGCAAATTTGGATGGATATTGCTTTTATGCTTTTCTAGGTACAACTTAATAACTTAGATAATAGTAAATACCCTATTGAACACATAATTTAGTTAAGATTTAATATTCCACTTGTGCTTTACAAGCTGAAGGCAAGTCTTTGGTTTGTCAAATTTTCCCTCAAGTTTTGCCTTGTGCCTGGTGTAAAAGAA
GTGATTGACTGATAAATTTTATTCCAAAGTTGATTACAAAATAAGTCTGTCCAAATTAATTTTCTCTGGAGCTGTGCTTCTCTGTTCCCTATTTAGATTAGATTCAACTTGTGAAACAACAGCTGGCTGTATCGAACTCATTTACAATTTTCTCATCCAAAATAAAAAGGGCAGTCTTTTGTCGCG

Intron 2 GTATGCTAAA ... TGTTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.68	82	1	13
A2	16.22	62	0	12
A3	18.52	66	1	15
A4	22.54	55	0	16
A5	17.02	39	0	8
A6	16.65	360.5	0	72
A7	18.01	291.5	0	64
A8	13.99	227.5	0	37
A9	8.22	335	1	30
A10	11.78	284.5	0	38

>TRINITY_DN112002_c4_g2_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

TCTAATATATTTTTTTAACTTGAAAGTTCTATGATAACTGGCCGCTTTTAGAAGTCTATTGCATCATTTTATGTGTAGTTTAGATGATTTCTCAGCATGCAAGTGTGAAATGTTTATGTTAGATTCTACTGCTTAGAAGCACATAACTGCTATATTACTGACAAATTTGCTTGTGTAGGTTCCTGTCACTCCACTTCCAA
ATTCTACCGAAGGTGCACCTGTCCCAAACCAACCATGGGCATACAACTCAGCTGCTAATGAAGATATTTTTTATGAACGAGGCATTCCTACCATGATAACATGGAGCTATGGTGGCAATGATGTGGCAGTTGAAGGTTCTTGGGATAATTGGACCTCAAGAAAACCTTTGCACAGAGCAGGAAAAGATTTCACTATTATG
ATGGTACTTCCATCAGGAGTATACCAGTACAAATTTATTGTCGACGGTGAATGGAGATACGTCCCCGATCTGCCATGGATAACTGATGAGACGGGAAATGTCAAGAATATCCTGGACGTGCAGGACTACGTTCCCGAGAATTTGGAAAGCGTGGCCGAATTCGAACCTCCTCAATCGCCAGACTCAAGCTACAATGGTCC
GTTTCCAGCCCCAGAAGACTTTGCTAAGGACCCCCCCGCAGTTCCACCTCATTTGCATTTGACACTGCTAAATGTTCCCCCTGCGGAAGTCCCAGGGGTCGCACCACGGCCTCAGCATGTGGTTCTGAACCATTTGTATGTGGGAAAAGAGAAAAGTTCGCAATCAGTGCTGGCGCTTGGCCTAACTCACCGTTTTCGCT
CTAAATACGTCACTGTCGTTCTGTACAAGCCCCTCAAAGTAAAAGTGTGAACGGAGTGCAAATTTGGATGGATATTGCTTTTATGCTTTTCTAGGTACAACTTAATAACTTAGATAATAGTAAATACCCTATTGAACACATAATTTAGTTAAGATTTAATATTCCACTTGTGCTTTACAAGCTGAAGGCAAGTCTTTGGT
TTGTCAAATTTTCCCTCAAGTTTTGCCTTGTGCCTGGTGTAAAAGAAGTGATTGACTGATAAATTTTATTCCAAAGTTGATTACAAAATAAGTCTGTCCAAATTAATTTTCTCTGGAGCTGTGCTTCTCTGTTCCCTATTTAGATTAGATTCAACTTGTGAAACAACAGCTGGCTGTATCGAACTCATTTACAATTTTCT
CATCCAAAATAAAAAGGGCAGTCTTTTGTCGCATTTTCTTTTGTAGAGTAATCTTTGCTGATGTCAGTCTATATTACAGTTACACTGCCCAAGTCACCTGGTTTGTGTTTGTGTTCGAATTTGGGGACAATGAAATTGAGAGAAAGTTACCAGGCCCCCCAAAATTGTAAAATTCGTTATAAAATTTGGCAAATTGACTT
TAAAATGCATACATAAAAACAAATCGAAAATTATTTTGACTTCAAATTTGACCCAAAAATAATCAATTATGTGAATTGTTTTATAAATTCATATATTCAAAATAAAACGA

>TRINITY_DN112002_c4_g2_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TCTTGGGATAATTGGACCTCAAGgtatgctaaagtatcgagatatttagtttgacagttggtcgttgacaatggtactgcattttttgagttcctgtcatgatcttctgtcctttctattgatatatactttactaaagagaaacagtagattgtcgccactgatcttaattgtttaacactatgtatatccatagggtc
acatttagggactgggatgcttgcattaaactatcggctatcattttctaatactaatctcaccatgaaaaagaaaccttcaaatggagttaattatttgttactcaacagatctatctcgttgattatatgtatgttctgcagAAAACCTTTGCACAGAGCAGGAAAAGATTTCACTATTATGATGGTACTTCCATCAG
GAGTATACCAGTACAAATTTATTGTCGACGGTGAATGGAGATACGTCCCCGATCTGCCATGGATAACTGATGAGACGGGAAATGTCAAGAATATCCTGGACGTGCAGGACTACGTTCCCGAGAATTTGGAAAGCGTGGCCGAATTCGAACCTCCTCAATCGCCAGACTCAAGCTACAATGGTCCGTTTCCAGCCCCAGAA
GACTTTGCTAAGGACCCCCCCGCAGTTCCACCTCATTTGCATTTGACACTGCTAAATGTTCCCCCTGCGGAAGTCCCAGGGGTCGCACCACGGCCTCAGCATGTGGTTCTGAACCATTTGTATGTGGGAAAAGAGAAAAGTTCGCAATCAGTGCTGGCGCTTGGCCTAACTCACCGTTTTCGCTCTAAATACGTCACTGT
CGTTCTGTACAAGCCCCTCAAAGTAAAAGTGTGAACGGAGTGCAAATTTGGATGGATATTGCTTTTATGCTTTTCTAGGTACAACTTAATAACTTAGATAATAGTAAATACCCTATTGAACACATAATTTAGTTAAGATTTAATATTCCACTTGTGCTTTACAAGCTGAAGGCAAGTCTTTGGTTTGTCAAATTTTCCCT
CAAGTTTTGCCTTGTGCCTGGTGTAAAAGAAGTGATTGACTGATAAATTTTATTCCAAAGTTGATTACAAAATAAGTCTGTCCAAATTAATTTTCTCTGGAGCTGTGCTTCTCTGTTCCCTATTTAGATTAGATTCAACTTGTGAAACAACAGCTGGCTGTATCGAACTCATTTACAATTTTCTCATCCAAAATAAAAAG
GGCAGTCTTTTGTCGCATTTTCTTTTGTAGAGTAATCTTTGCTGATGTCAGTCTATATTACAGTTACACTGCCCAAGTCACCTGGTTTGTGTTTGTGTTCGAATTTGGGGACAATGAAATTGAGAGAAAGTTACCAGGCCCCCCAAAATTGTAAAATTCGTTATAAAATTTGGCAAATTGACTTTAAAATGCATACATAA
AAACAAATCGAAAATTATTTTGACTTCAAATTTGACCCAAAAATAATCAATTATGTGAATTGTTTTATAAATTCATATATTCAAAATAAAACGA