sp|Q9T075|RMD5_ARATH ----> Protein RMD5 homolog

Intron 1 GTGAGTTGGA ... ACCTGGAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.51	592	175	189
A2	23.58	512	162	154
A3	24.29	575	177	192
A4	22.55	510	142	155
A5	22.51	327	95	95
A6	21.51	529	115	175
A7	21.46	1118	244	367
A8	20.39	410	80	130
A9	21.34	1012	189	360
A10	22.01	1185	259	410

>TRINITY_DN100454_c0_g1_i3 from sample A5 / Example spliced isoform

AACTGTTCCGGGCGGTCGCCCGGCCCTTGCGAGGCTTCCACGAAGAATCCAGAAAAGGTGAGGAGAAGATAAACGAGCGAGAGAGTTGCGGGGAGGAGAAAGAAGGAAAAAGCAAGACCACCTCAGCATTTTCCCGGCCACAGGGAAAATAAAAAGCTAAAGGAAAACCTCACTCCCTGGACTCGAACACGGAATCTCCA
ACAGCAGGAATCGTCTTGACTTCAGCTCTCAGGATTAACGGATAAACTTCTTTATAGCGGTATTTATCAGGTTGTTTGGGGATGCGCGATGGCGGTTAACGAAAGCAGGCTCTGGTTTTAGTCTCCTGTCTTTTTAATACTGGTTCTGGTGTGATATTGTGGGGTTACTAAGTGAATTATGGAGCTTAATACCATTAAGG
ATGCATTTGACCGAGTTTCCAAGAGGCAGAAGACATCATACACGAAGACTCAGGACATAATTGATTCGGTGGGAAAGGAAATTGAGATTGCTTTGAATAAACTTCTGAGTGCTTCAGAAAGTGGCTCTGGTATTGATCAGAATGCTGTTATTGCTGAGTTGAATGCAAAGTTGAACGAAATAGGGCCAACCAATCAACTG
GGAGGATCCCAAAAAGAACTGAATGTTGCTTTGAGTAAATATGGGAAAGTAGTTGATAAACATTTTTACCCTGATATAGCTAAGGCATACAGAGAAGTAGAATTTGATAGTCACATTATAAACATGATAATTGCATTACACTTTTACAGGCAAGGATTGTTTGAACTTGGAGATTGCTTCATAAGTGAGGCTAATGAACC
TGGGGCAGCTTCTTTGAAAGCCCCCTTTGTAGAGATGTATGAGATGCTTGAACAAATGAAGGCAAGGAATCTTCAGCCAGCTCTTGCATGGGCCAGTGCTCATAGTGATGAGCTTCGGCAGAAAGGATCTGCACTGGCATTTAAGTTGCATGCATTACAATACATGCAAATTCTAGAAAGGGGTATCCAAAAGGATGCTC
TGACTTTTGCAAGGAGTTCCTTTGCACCTTTTGCACCCCTTCATATGGAGGAAATACAAAAGCTTATGGGTTGCCTATTATGGATAGGTCGTCTTGAGAGCTCTCCTTACTCAGAATTGCTTTCATCTTCTCACTGGGATGCCCTTTCATTAGAATTGACACAAGAATGTTGCAGTCTCTTGGGTCAATCTTACAAGAGT
CCACTTCATGTAACTATTTCAGCAGGTTGTCAGGCCCTCCCCACATTACTGAAATTGTCCAATGTTATGGCCAACAAAAAGCAAGAGTGGCAAACCATGAGACAGTTGCCTGTGGAAATTGAGTTGGATAGGGAATTTCAATTCCATTCTATTTTTGCTTGTCCAGTGTCACGTGATCAAAGCACTGATGAAAATCCTCC
AATGTTGATGCCATGCGGTCATGTGCTTTGCAAGCAATCCATAGTAAAACTTTCAAAGAGCAACACACGAACTTTCAAGTGCCCCTACTGCCCTCTCGATGCAACTGTATCACAGTGTAGACAGCTTTACTTCTGAAAATTGTATGTACTTGGATTTAACACAAGTCAGAAGCTGTATTCTGTTGGCTGATTGATGCAGG
TGGCTTTCCTACCAAAAACAGGTGTAACAGGTTTGCAGGACTGATTTATTTTGTTTCATTGGAATTAACCATATTGCTGGGAGAAGGGGTTTAAAAATTCTGTAGATATTTCTTCATATCTTGAGCCAACTCTAATATTTGGTTATCTTGTCATTGGTCATTTCATGTAACATGATCAATCTCATGGAGCCTCTTTCTGA
TTGGGAAAGCCTGTGAATATTAAGTGTCCAAAAGAATCGTGGATTGCAACATCAATGTTTTGGTTCAAATTCGATTCGAAATGTTGTCACTAACTCAGTATTTCTGGATCTGCTTTTTATATCCAGTCAAAAGGAAGGAAAAGGGATTGTCTCATTTATATGATCCAGCTATTCAACTTTCTACACAATATCGTAAATAA
TTTGCATCATGCTACATATTGTTGATCTGTTGTTTATTTGTAACAGTGTCTAGTGAAATATGATGCATGTGAATTCCTTGTAAAGCTTTTTTATTGCTTAATAATCAATAGAAAACTTGCCCTTTTTCTTCTCTACTTGTGTAATATCTGACAGTAATGAATGGAATTTGGATTCCTTTCTAACCTAAGCAGCTCCCTGT
GGCTAAAACTATTGGTTCC

>TRINITY_DN100454_c0_g1_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:

AACTGTTCCGGGCGGTCGCCCGGCCCTTGCGAGGCTTCCACGAAGAATCCAGAAAAGGTGAGGAGAAGATAAACGAGCGAGAGAGTTGCGGGGAGGAGAAAGAAGGAAAAAGCAAGACCACCTCAGCATTTTCCCGGCCACAGGGAAAATAAAAAGCTAAAGGAAAACCTCACTCCCTGGACTCGAACACGGAATCTCCA
ACAGCAGGAATCGTCTTGACTTCAGCTCTCAGGATTAACGGATAAACTTCTTTATAGCGGTATTTATCAGGTTGTTTGGGGATGCGCGATGGCGGTTAACGAAAGCAGGCTCTGGTTTTAGTCTCCTGTCTTTTTAATACTGgtgagttggaaccatttttttcttcggttttgttctttctgtcaactggcggattata
gcaggtcggtgttttcggcacgatactatttctcgtcttctattgttatttttggttaaattttggtgttaaggctacgagggtttcagtggccaggggtttgtttgaggaaatcatggagttttattttattgggctccgtatcatcccccaaacttatgcatctacaacccaataactgatggatgaaagccatttat
gtttacatgctcggattgatggggtttgcgggttttcgatacaaaaagggttttggtgttgggtcatatttcgtgatcgtttgttcgattcccatggaatgcgccttgaaatcttattgtgaattttgctgatggctggtttttatatgttatggtgcctatagaccattttgtagggttgtttcgagtttgcttgatgc
cgcgcagctcagtttctggatgtaattttgatttggattatttttatcctacgaattacatcatttttaagatcatgttttggacatacagattgtgaactggaaccctctacacgttccgactatattggcattgctctgatttcggtgtaattaccttcggaccacctggaaagGTTCTGGTGTGATATTGTGGGGTT
ACTAAGTGAATTATGGAGCTTAATACCATTAAGGATGCATTTGACCGAGTTTCCAAGAGGCAGAAGACATCATACACGAAGACTCAGGACATAATTGATTCGGTGGGAAAGGAAATTGAGATTGCTTTGAATAAACTTCTGAGTGCTTCAGAAAGTGGCTCTGGTATTGATCAGAATGCTGTTATTGCTGAGTTGAATGC
AAAGTTGAACGAAATAGGGCCAACCAATCAACTGGGAGGATCCCAAAAAGAACTGAATGTTGCTTTGAGTAAATATGGGAAAGTAGTTGATAAACATTTTTACCCTGATATAGCTAAGGCATACAGAGAAGTAGAATTTGATAGTCACATTATAAACATGATAATTGCATTACACTTTTACAGGCAAGGATTGTTTGAAC
TTGGAGATTGCTTCATAAGTGAGGCTAATGAACCTGGGGCAGCTTCTTTGAAAGCCCCCTTTGTAGAGATGTATGAGATGCTTGAACAAATGAAGGCAAGGAATCTTCAGCCAGCTCTTGCATGGGCCAGTGCTCATAGTGATGAGCTTCGGCAGAAAGGATCTGCACTGGCATTTAAGTTGCATGCATTACAATACATG
CAAATTCTAGAAAGGGGTATCCAAAAGGATGCTCTGACTTTTGCAAGGAGTTCCTTTGCACCTTTTGCACCCCTTCATATGGAGGAAATACAAAAGCTTATGGGTTGCCTATTATGGATAGGTCGTCTTGAGAGCTCTCCTTACTCAGAATTGCTTTCATCTTCTCACTGGGATGCCCTTTCATTAGAATTGACACAAGA
ATGTTGCAGTCTCTTGGGTCAATCTTACAAGAGTCCACTTCATGTAACTATTTCAGCAGGTTGTCAGGCCCTCCCCACATTACTGAAATTGTCCAATGTTATGGCCAACAAAAAGCAAGAGTGGCAAACCATGAGACAGTTGCCTGTGGAAATTGAGTTGGATAGGGAATTTCAATTCCATTCTATTTTTGCTTGTCCAG
TGTCACGTGATCAAAGCACTGATGAAAATCCTCCAATGTTGATGCCATGCGGTCATGTGCTTTGCAAGCAATCCATAGTAAAACTTTCAAAGAGCAACACACGAACTTTCAAGTGCCCCTACTGCCCTCTCGATGCAACTGTATCACAGTGTAGACAGCTTTACTTCTGAAAATTGTATGTACTTGGATTTAACACAAGT
CAGAAGCTGTATTCTGTTGGCTGATTGATGCAGGTGGCTTTCCTACCAAAAACAGGTGTAACAGGTTTGCAGGACTGATTTATTTTGTTTCATTGGAATTAACCATATTGCTGGGAGAAGGGGTTTAAAAATTCTGTAGATATTTCTTCATATCTTGAGCCAACTCTAATATTTGGTTATCTTGTCATTGGTCATTTCAT
GTAACATGATCAATCTCATGGAGCCTCTTTCTGATTGGGAAAGCCTGTGAATATTAAGTGTCCAAAAGAATCGTGGATTGCAACATCAATGTTTTGGTTCAAATTCGATTCGAAATGTTGTCACTAACTCAGTATTTCTGGATCTGCTTTTTATATCCAGTCAAAAGGAAGGAAAAGGGATTGTCTCATTTATATGATCC
AGCTATTCAACTTTCTACACAATATCGTAAATAATTTGCATCATGCTACATATTGTTGATCTGTTGTTTATTTGTAACAGTGTCTAGTGAAATATGATGCATGTGAATTCCTTGTAAAGCTTTTTTATTGCTTAATAATCAATAGAAAACTTGCCCTTTTTCTTCTCTACTTGTGTAATATCTGACAGTAATGAATGGAA
TTTGGATTCCTTTCTAACCTAAGCAGCTCCCTGTGGCTAAAACTATTGGTTCC

Intron 2 GTGAGTTGGA ... ATTATAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.49	592	172	212
A2	24.54	512	161	172
A3	24.04	575	170	194
A4	23.13	510	137	170
A5	23.69	327	94	109
A6	22.21	529	115	187
A7	21.76	1118	245	377
A8	20.93	410	80	137
A9	21.94	1012	189	380
A10	22.61	1184	259	433

>TRINITY_DN96755_c0_g2_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

AATCCAGAAAAGGTGAGGAGAAGATAAACGAGCGAGAGAGTTGCGGGGAGGAGAAAGAAGGAAAAAGCAAGACCACCTCAGCATTTTCCCGGCCACAGGGAAAATAAAAAGCTAAAGGAAAACCTCACTCCCTGGACTCGAACACGGAATCTCCAACAGCAGGAATCGTCTTGACTTCAGCTCTCAGGATTAACGGATAA
ACTTCTTTATAGCGGTATTTATCAGGTTGTTTGGGGATGCGCGATGGCGGTTAACGAAAGCAGGCTCTGGTTTTAGTCTCCTGTCTTTTTAATACTGGTTCTGGTGTGATATTGTGGGGTTACTAAGTGAATTATGGAGCTTAATACCATTAAGGATGCATTTGACCGAGTTTCCAAGAGGCAGAAGACATCATACACGA
AGACTCAGGACATAATTGATTCGGTGGGAAAGGAAATTGAGATTGCTTTGAATAAACTTCTGAGTGCTTCAGAAAGTGGCTCTGGTATTGATCAGAATGCTGTTATTGCTGAGTTGAATGCAAAGTTGAACGAAATAGGGCCAACCAATCAACTGGGAGGATCCCAAAAAGAACTGAATGTTGCTTTGAGTAAATATGGG
AAAGTAGTTGATAAACATTTTTACCCTGATATAGCTAAGGCATACAGAGAAGTAGAATTTGATAGTCACATTATAAACATGATAATTGCATTACACTTTTACAGGCAAGGATTGTTTGAACTTGGAGATTGCTTCATAAGTGAGGCTAATGAACCTGGGGCAGCTTCTTTGAAAGCCCCCTTTGTAGAGATGTATGAGAT
GCTTGAACAAATGAAGGCAAGGAATCTTCAGCCAGCTCTTGCATGGGCCAGTGCTCATAGTGATGAGCTTCGGCAGAAAGGATCTGCACTGGCATTTAAGTTGCATGCATTACAATACATGCAAATTCTAGAAAGGGGTATCCAAAAGGATGCTCTGACTTTTGCAAGGAGTTCCTTTGCACCTTTTGCACCCCTTCATA
TGGAGGAAATACAAAAGCTTATGGGTTGCCTATTATGGATAGGTCGTCTTGAGAGCTCTCCTTACTCAGAATTGCTTTCATCTTCTCACTGGGATGCCCTTTCATTAGAATTGACACAAGAATGTTGCAGTCTCTTGGGTCAATCTTACAAGAGTCCACTTCATGTAACTATTTCAGCAGGTTGTCAGGCCCTCCCCACA
TTACTGAAATTGTCCAATGTTATGGCCAACAAAAAGCAAGAGTGGCAAACCATGAGACAGTTGCCTGTGGAAATTGAGTTGGATAGGGAATTTCAATTCCATTCTATTTTTGCTTGTCCAGTGTCACGTGATCAAAGCACTGATGAAAATCCTCCAATGTTGATGCCATGCGGTCATGTGCTTTGCAAGCAATCCATAGT
AAAACTTTCAAAGAGCAACACACGAACTTTCAAGTGCCCCTACTGCCCTCTCGATGCAACTGTATCACAGTGTAGACAGCTTTACTTCTGAAAATTGTATGTACTTGGATTTAACACAAGTCAGAAGCTGTATTCTGTTGGCTGATTGATGCAGGTGGCTTTCCTACCAAAAACAGGTGTAACAGGTTTGCAGGACTGAT
TTATTTTGTTTCATTGGAATTAACCATATTGCTGGGAGAAGGGGTTTAAAAATTCTGTAGATATTTCTTCATATCTTGAGCCAACTCTAATATTTGGTTATCTTGTCATTGGTCATTTCATGTAACATGATCAATCTCATGGAGCCTCTTTCTGATTGGGAAAGCCTGTGAATATTAAGTGTCCAAAAGAATCGTGGATT
GCAACATCAATGTTTTGGTTCAAATTCGATTCGAAATGTTGTCACTAACTCAGTATTTCTGGATCTGCTTTTTATATCCAGTCAAAAGGAAGGAAAAGGGATTGTCTCATTTATATGATCCAGCTATTCAACTTTCTACACAATATCGTAAATAATTTGCATCATGCTACATATTGTTGATCTGTTGTTTATTTGTAACA
GTGTCTAGTGAAATATGATGCATGTGAATTCCTTGTAAAGCTTTTTTATTGCTTAATAATCAATAGAAAACTTGCCCTTTTTCTTCTCTACTTGTGTAATATCTGACAGTAATGAATGGAATTTGGATTCCTTTCTAACCTAAGCAGCTCCCTGTGGCTAAAACTATTGGTTCCCATTTTTTTAATCCCAAGAAAGT

>TRINITY_DN96755_c0_g2_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AATCCAGAAAAGGTGAGGAGAAGATAAACGAGCGAGAGAGTTGCGGGGAGGAGAAAGAAGGAAAAAGCAAGACCACCTCAGCATTTTCCCGGCCACAGGGAAAATAAAAAGCTAAAGGAAAACCTCACTCCCTGGACTCGAACACGGAATCTCCAACAGCAGGAATCGTCTTGACTTCAGCTCTCAGGATTAACGGATAA
ACTTCTTTATAGCGGTATTTATCAGGTTGTTTGGGGATGCGCGATGGCGGTTAACGAAAGCAGGCTCTGGTTTTAGTCTCCTGTCTTTTTAATACTGgtgagttggaaccatttttttcttcggttttgttctttctgtcaactggcggattatagcagGTTCTGGTGTGATATTGTGGGGTTACTAAGTGAATTATGGA
GCTTAATACCATTAAGGATGCATTTGACCGAGTTTCCAAGAGGCAGAAGACATCATACACGAAGACTCAGGACATAATTGATTCGGTGGGAAAGGAAATTGAGATTGCTTTGAATAAACTTCTGAGTGCTTCAGAAAGTGGCTCTGGTATTGATCAGAATGCTGTTATTGCTGAGTTGAATGCAAAGTTGAACGAAATAG
GGCCAACCAATCAACTGGGAGGATCCCAAAAAGAACTGAATGTTGCTTTGAGTAAATATGGGAAAGTAGTTGATAAACATTTTTACCCTGATATAGCTAAGGCATACAGAGAAGTAGAATTTGATAGTCACATTATAAACATGATAATTGCATTACACTTTTACAGGCAAGGATTGTTTGAACTTGGAGATTGCTTCATA
AGTGAGGCTAATGAACCTGGGGCAGCTTCTTTGAAAGCCCCCTTTGTAGAGATGTATGAGATGCTTGAACAAATGAAGGCAAGGAATCTTCAGCCAGCTCTTGCATGGGCCAGTGCTCATAGTGATGAGCTTCGGCAGAAAGGATCTGCACTGGCATTTAAGTTGCATGCATTACAATACATGCAAATTCTAGAAAGGGG
TATCCAAAAGGATGCTCTGACTTTTGCAAGGAGTTCCTTTGCACCTTTTGCACCCCTTCATATGGAGGAAATACAAAAGCTTATGGGTTGCCTATTATGGATAGGTCGTCTTGAGAGCTCTCCTTACTCAGAATTGCTTTCATCTTCTCACTGGGATGCCCTTTCATTAGAATTGACACAAGAATGTTGCAGTCTCTTGG
GTCAATCTTACAAGAGTCCACTTCATGTAACTATTTCAGCAGGTTGTCAGGCCCTCCCCACATTACTGAAATTGTCCAATGTTATGGCCAACAAAAAGCAAGAGTGGCAAACCATGAGACAGTTGCCTGTGGAAATTGAGTTGGATAGGGAATTTCAATTCCATTCTATTTTTGCTTGTCCAGTGTCACGTGATCAAAGC
ACTGATGAAAATCCTCCAATGTTGATGCCATGCGGTCATGTGCTTTGCAAGCAATCCATAGTAAAACTTTCAAAGAGCAACACACGAACTTTCAAGTGCCCCTACTGCCCTCTCGATGCAACTGTATCACAGTGTAGACAGCTTTACTTCTGAAAATTGTATGTACTTGGATTTAACACAAGTCAGAAGCTGTATTCTGT
TGGCTGATTGATGCAGGTGGCTTTCCTACCAAAAACAGGTGTAACAGGTTTGCAGGACTGATTTATTTTGTTTCATTGGAATTAACCATATTGCTGGGAGAAGGGGTTTAAAAATTCTGTAGATATTTCTTCATATCTTGAGCCAACTCTAATATTTGGTTATCTTGTCATTGGTCATTTCATGTAACATGATCAATCTC
ATGGAGCCTCTTTCTGATTGGGAAAGCCTGTGAATATTAAGTGTCCAAAAGAATCGTGGATTGCAACATCAATGTTTTGGTTCAAATTCGATTCGAAATGTTGTCACTAACTCAGTATTTCTGGATCTGCTTTTTATATCCAGTCAAAAGGAAGGAAAAGGGATTGTCTCATTTATATGATCCAGCTATTCAACTTTCTA
CACAATATCGTAAATAATTTGCATCATGCTACATATTGTTGATCTGTTGTTTATTTGTAACAGTGTCTAGTGAAATATGATGCATGTGAATTCCTTGTAAAGCTTTTTTATTGCTTAATAATCAATAGAAAACTTGCCCTTTTTCTTCTCTACTTGTGTAATATCTGACAGTAATGAATGGAATTTGGATTCCTTTCTAA
CCTAAGCAGCTCCCTGTGGCTAAAACTATTGGTTCCCATTTTTTTAATCCCAAGAAAGT