sp|O65639|CSP1_ARATH ----> Cold shock protein 1
Intron 1 GCAAGAAATA ... TTTGTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 57.32 | 35 | 11 | 47 |
| A2 | 69.09 | 17 | 12 | 38 |
| A3 | 77.14 | 16 | 13 | 54 |
| A4 | 46.88 | 34 | 14 | 30 |
| A5 | 64.29 | 25 | 10 | 45 |
| A6 | 57.14 | 108 | 28 | 144 |
| A7 | 56.13 | 68 | 15 | 87 |
| A8 | 60.95 | 41 | 25 | 64 |
| A9 | 59.32 | 48 | 17 | 70 |
| A10 | 47.92 | 50 | 12 | 46 |
>TRINITY_DN35555_c0_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoformCGACCGAGTTAGGATGAGTTAATGGAACATGGGTTCCCTACTTCATGTATAAAGAAACAAAAGCGCTAAAACAATTATAACCGTTAGCGGCTACGTTTTACCGTTTCATGTGAATACTCATACCCGCAAGCCGAGAGGACCTGTGGCTATAAGGATATTGTGTGATTTTAAACCCTACTTGGTGTATTCTCAGAGGTTGA
AGCTAAGGGCAGCGTCCGCTTAAGGTACGTGAAGCACGTACTCAGTGGCATTCGAACATTCGGCCTATACATCAGATTTCCCAGGAATTTTGTGTGAGACAATCTCAGACATAAATCTTCAATTGAAGACTGCGTTGGAGTTTAGTTGTATCAAGGCAGGAGCAGCAGCATCAGACGGTGGAGTTAGACTAAGCTTAGGT
CAACTGCAAATAAAGTTCCACAAATCCTAAATACTTGTGCAACAAAAAATTTATATCTGACACAATTGGGTTTGAGATTCTAGGTGGTATTTGACGGCATCCTGAAGCACTTTTTGAAGTGATTATCTCAGTTGCCTGCCGAGGTCTCTCAGGGTTGTTTTATTTATATTTGCAGAGGGTAAGTTATGGTTGGAGATTTT
TGTTGAATTCTGCGGTTGAAGTCAGAGGAAACTAAAGTGATCCTTGAATACAGGTAAGCATAAGGATGAGTTTTGACAATGAAGGACCACGGAGGGGACGACGCATTCAGAGTGATATAGTAGGGAGACGCACCTTTCGTCGCAGCGAGCCTTATAGACCATACACTAATGATAGGAATGGATATGGTCCCAGGTCTTCC
AGGCCCGTTGAGCTTTGTAACAACTGCAAACGGACAGGACACTATGCACGAGAGTGTCCAAATGCTTCTGTATGCAACAACTGCGGTGTTTCCGGGCACATTGCTTCAAAATGTCCAAAAGAGCAATTATGCAGGAATTGCAAGAAGCCTGGCCACCTTGCAGCTGACTGTCGCAATGAGCCTGTCTGTAACATGTGTGG
TAAAACAGGTCACATGGTAAAGGAATGTTCTGCTCATGAGCTAGGACTTCCGAAGTCTGCACTCTGTAAGAAGTGCTATTTACCTGGGCATATAATGGCAGACTGTCCTAATGATAAGGCCTGCAATAATTGTCGCCAGACTGGCCACTTGGCACGAGATTGTGTGAATAGCCCAGTTTGCAATGGCTGTGGTGAACCTG
GTCATCTTGTCAGGGACTGTCCTCGTGTTCAAAGCCCTCCTAGAAGCATGGCACCTCGTGGAGGGTATGACATGGGACTGCGTGGAGGGTATGACATGGCACCGCGTGGAGGATTTGACATGGCACCGCGTGGAGGGTTTGATGATTACAAGACAATTATATGCCGCGTATGTGGGGGTCGTGGACATCTAGCTGTAGAT
TGCCCTTCCGACCCTCTGTTTATGCGTGGTGGGTTCAGACATTGAGAAATTCTGGATTGTGTAGAAATTGGGGAGTCATAAGATGAAGATTAGTTTCAGTCACCAGGTGAAGTCGTGGTCTTAATTTTCAGAATTGATGTTATTGTCAGTTGATTGTTGTTTTACTTCAGTGCGAGTGTAAGACCAGTCTGTTAGTAAAT
GTCAGGAAATTAAACTATTTGAAAGTTTTCTGCCGGCTTCAAGCACATCGTATGAATTTTGATGATGATTCTGAACCCTTAAATTGAAAGCATAAACATTTTTAAATCTCGTAGATTCTGAGGTTTTCCACATAAAGCAAATCATTTATTGGTTCTGAATTTATACGGAATGCATGATATTCATTTTCAAGTTTTAAATT
CATGTGCTCCAAAGGTCTTGTTTGTAGAGTCAATGCCATATCGTTGGATCTCCTTTGCTTCTTGAGTGGTAAGAC
>TRINITY_DN35555_c0_g1_i6 from sample A10 / Example unspliced isoform:CGACCGAGTTAGGATGAGTTAATGGAACATGGGTTCCCTACTTCATGTATAAAGAAACAAAAGCGCTAAAACAATTATAACCGTTAGCGGCTACGTTTTACCGTTTCATGTGAATACTCATACCCGCAAGCCGAGAGGACCTGTGGCTATAAGGATATTGTGTGATTTTAAACCCTACTTGGTGTATTCTCAGAGGTTGA
AGCTAAGGGCAGCGTCCGCTTAAGGTACGTGAAGCACGTACTCAGTGGCATTCGAACATTCGGCCTATACATCAGATTTCCCAGGAATTTTGTGTGAGACAATCTCAGACATAAATCTTCAATTGAAGACTGCGTTGGAGTTTAGTTGTATCAAGGCAGGAGCAGCAGCATCAGACGGTGGAGTTAGACTAAGCTTAGGT
CAACTGCAAATAAAGTTCCACAAATCCTAAATACTTGTGCAACAAAAAATTTATATCTGACACAATTGGGTTTGAGATTCTAGGTGGTATTTGACGGCATCCTGAAGCACTTTTTGAAGTGATTATCTCAGTTGCCTGCCGAGGTCTCTCAGGGTTGTTTTATTTATATTTGCAGAGGGTAAGTTATGGTTGGAGATTTT
TGTTGAATTCTGCGGTTGAAGTCAGAGGAAACTAAAGgcaagaaatagtggtggaaaaatggaaggaatggtcctaactgctgtagatagtttggagaagtatttatgagctctttctgaaagtctggttttgtggcagTGATCCTTGAATACAGGTAAGCATAAGGATGAGTTTTGACAATGAAGGACCACGGAGGGGA
CGACGCATTCAGAGTGATATAGTAGGGAGACGCACCTTTCGTCGCAGCGAGCCTTATAGACCATACACTAATGATAGGAATGGATATGGTCCCAGGTCTTCCAGGCCCGTTGAGCTTTGTAACAACTGCAAACGGACAGGACACTATGCACGAGAGTGTCCAAATGCTTCTGTATGCAACAACTGCGGTGTTTCCGGGCA
CATTGCTTCAAAATGTCCAAAAGAGCAATTATGCAGGAATTGCAAGAAGCCTGGCCACCTTGCAGCTGACTGTCGCAATGAGCCTGTCTGTAACATGTGTGGTAAAACAGGTCACATGGTAAAGGAATGTTCTGCTCATGAGCTAGGACTTCCGAAGTCTGCACTCTGTAAGAAGTGCTATTTACCTGGGCATATAATGG
CAGACTGTCCTAATGATAAGGCCTGCAATAATTGTCGCCAGACTGGCCACTTGGCACGAGATTGTGTGAATAGCCCAGTTTGCAATGGCTGTGGTGAACCTGGTCATCTTGTCAGGGACTGTCCTCGTGTTCAAAGCCCTCCTAGAAGCATGGCACCTCGTGGAGGGTATGACATGGGACTGCGTGGAGGGTATGACATG
GCACCGCGTGGAGGATTTGACATGGCACCGCGTGGAGGGTTTGATGATTACAAGACAATTATATGCCGCGTATGTGGGGGTCGTGGACATCTAGCTGTAGATTGCCCTTCCGACCCTCTGTTTATGCGTGGTGGGTTCAGACATTGAGAAATTCTGGATTGTGTAGAAATTGGGGAGTCATAAGATGAAGATTAGTTTCA
GTCACCAGGTGAAGTCGTGGTCTTAATTTTCAGAATTGATGTTATTGTCAGTTGATTGTTGTTTTACTTCAGTGCGAGTGTAAGACCAGTCTGTTAGTAAATGTCAGGAAATTAAACTATTTGAAAGTTTTCTGCCGGCTTCAAGCACATCGTATGAATTTTGATGATGATTCTGAACCCTTAAATTGAAAGCATAAACA
TTTTTAAATCTCGTAGATTCTGAGGTTTTCCACATAAAGCAAATCATTTATTGGTTCTGAATTTATACGGAATGCATGATATTCATTTTCAAGTTTTAAATTCATGTGCTCCAAAGGTCTTGTTTGTAGAGTCAATGCCATATCGTTGGATCTCCTTTGCTTCTTGAGTGGTAAGAC
Intron 2 GTCAACTGCA ... GAGATTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50.65 | 68.7 | 70.9 | 70.5 |
| A2 | 59.29 | 47.3 | 61.8 | 76 |
| A3 | 48.43 | 71.2 | 58.9 | 75 |
| A4 | 58.42 | 41.5 | 60.8 | 55.5 |
| A5 | 45.19 | 41.8 | 32.9 | 36 |
| A6 | 59.56 | 153.8 | 206.5 | 245.5 |
| A7 | 53.59 | 125.6 | 126.6 | 163.5 |
| A8 | 59.59 | 56.3 | 79.8 | 86 |
| A9 | 62.28 | 87.9 | 125.8 | 164 |
| A10 | 55.52 | 74.8 | 81 | 105.5 |
>TRINITY_DN112834_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoformGCGGCTACGTTTTACCGTTTCATGTGAATACTCATACCCGCAAGCCGAGAGGACCTGTGGCTATAAGGATATTGTGTGATTTTAAACCCTACTTGGTGTATTCTCAGAGGTTGAAGCTAAGGGCAGCGTCCGCTTAAGGTACGTGAAGCACGTACTCAGTGGCATTCGAACATTCGGCCTATACATCAGATTTCCCAGGA
ATTTTGTGTGAGACAATCTCAGACATAAATCTTCAATTGAAGACTGCGTTGGAGTTTAGTTGTATCAAGGCAGGAGCAGCAGCATCAGACGGTGGAGTTAGACTAAGCTTAGGTGGTATTTGACGGCATCCTGAAGCACTTTTTGAAGTGATTATCTCAGTTGCCTGCCGAGGTCTCTCAGGGTTGTTTTATTTATATTT
GCAGAGGTGATCCTTGAATACAGGTAAGCGTAAGGATGAGTTTTGACAATGAAGGACCACGGAGGGGACGACGCATTCAGAGTGATATAGTAGGGAGACGCACCTTTCGTCGCAGCGAGCCTTATAGACCATACACTAATGATAGGAATGGATATGGTCCCAGGTCTTCCAGGCCCGTTGAGCTTTGTAACAACTGCAAA
CGGACAGGACACTATGCACGAGAGTGTCCAAATGCTTCTGTATGCAACAACTGCGGTGTTTCCGGGCACATTGCTTCAAAATGTCCAAAAGAGCAATTATGCAGGAATTGCAAGAAGCCTGGCCACCTTGCAGCTGACTGTCGCAATGAGCCTGTCTGTAACATGTGTGGTAAAACAGGTCACATGGTAAAGGAATGTTC
TGCTCATGAGCTAGGACTTCCGAAGTCTGCACTCTGTAAGAAGTGCTATTTACCTGGGCATATAATGGCAGACTGTCCTAATGATAAGGCCTGCAATAATTGTCGCCAGACTGGCCACTTGGCACGAGATTGTGTGAATAGCCCAGTTTGCAATGGCTGTGGTGAACCTGGTCATCTTGTCAGGGACTGTCCTCGTGTTC
AAAGCCCTCCTAGAAGCATGGCACCTCGTGGAGGGTATGACATGGGACTGCGTGGAGGGTATGACATGGCACCGCGTGGAGGATTTGACATGGCACCGCGTGGAGGGTTTGATGATTACAAGACAATTATATGCCGCGTATGTGGGGGTCGTGGACATCTAGCTGTAGATTGCCCTTCCGACCCTCTGTTTATGCGTGGT
GGGTTCAGACATTGAGAAATTCTGGATTGTGTAGAAATTGGGGAGTCATAAGATGAAGATTAGTTTCAGTCACCAGGTGAAGTCGTGGTCTTAATTTTCAGAATTGATGTTATTGTCAGTTGATTGTTGTTTTACTTCAGTGCGAGTGTAAGACCAGTCTGTTAGTAAATGTCAGGAAATTAAACTATTTGAAAGTTTTC
TGCCGGCTTCAAGCACATCGTATGAATTTTGATGATGATTCTGAACCCTTAAATTGAAAGCATAAACATTTTTAAATCTCGTAGATTCTGAGGTTTTCCACATAAAGCAAATCATTTATTGGTTCTGAATTTATACGGAATGCATGAA
>TRINITY_DN112834_c0_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCGGCTACGTTTTACCGTTTCATGTGAATACTCATACCCGCAAGCCGAGAGGACCTGTGGCTATAAGGATATTGTGTGATTTTAAACCCTACTTGGTGTATTCTCAGAGGTTGAAGCTAAGGGCAGCGTCCGCTTAAGGTACGTGAAGCACGTACTCAGTGGCATTCGAACATTCGGCCTATACATCAGATTTCCCAGGA
ATTTTGTGTGAGACAATCTCAGACATAAATCTTCAATTGAAGACTGCGTTGGAGTTTAGTTGTATCAAGGCAGGAGCAGCAGCATCAGACGGTGGAGTTAGACTAAGCTTAGgtcaactgcaaataaagttccacaaatcctaaatacttgtgcaacaaaaaatttatatctgacacaattgggtttgagattctagGTG
GTATTTGACGGCATCCTGAAGCACTTTTTGAAGTGATTATCTCAGTTGCCTGCCGAGGTCTCTCAGGGTTGTTTTATTTATATTTGCAGAGGGTAAGTTATGGTTGGAGATTTTTGTTGAATTCTGCGGTTGAAGTCAGAGGAAACTAAAGGCAAGAAATAGTGGTGGAAAAATGGAAGGAATGGTCCTAACTGCTGTAG
ATAGTTTGGAGAAGTATTTATGAGCTCTTTCTGAAAGTCTGGTTTTGTGGCAGTGATCCTTGAATACAGGTAAGCGTAAGGATGAGTTTTGACAATGAAGGACCACGGAGGGGACGACGCATTCAGAGTGATATAGTAGGGAGACGCACCTTTCGTCGCAGCGAGCCTTATAGACCATACACTAATGATAGGAATGGATA
TGGTCCCAGGTCTTCCAGGTGAACATTAAATTCCTCTAATATGCTGTGTAGAAAGAAGACGAGAGAATTTTAACTGAATGTGGAGGCCCGTTGAGCTTTGTAACAACTGCAAACGGACAGGACACTATGCACGAGAGTGTCCAAATGCTTCTGTATGCAACAACTGCGGTGTTTCCGGGCACATTGCTTCAAAATGTCCA
AAAGAGCAATTATGCAGGAATTGCAAGAAGCCTGGCCACCTTGCAGCTGACTGTCGCAATGAGCCTGTCTGTAACATGTGTGGTAAAACAGGTCACATGGTAAAGGAATGTTCTGCTCATGAGCTAGGACTTCCGAAGTCTGCACTCTGTAAGAAGTGCTATTTACCTGGGCATATAATGGCAGACTGTCCTAATGATAA
GGCCTGCAATAATTGTCGCCAGACTGGCCACTTGGCACGAGATTGTGTGAATAGCCCAGTTTGCAATGGCTGTGGTGAACCTGGTCATCTTGTCAGGGACTGTCCTCGTGTTCAAAGCCCTCCTAGAAGCATGGCACCTCGTGGAGGGTATGACATGGGACTGCGTGGAGGGTATGACATGGCACCGCGTGGAGGATTTG
ACATGGCACCGCGTGGAGGGTTTGATGATTACAAGACAATTATATGCCGCGTATGTGGGGGTCGTGGACATCTAGCTGTAGATTGCCCTTCCGACCCTCTGTTTATGCGTGGTGGGTTCAGACATTGAGAAATTCTGGATTGTGTAGAAATTGGGGAGTCATAAGATGAAGATTAGTTTCAGTCACCAGGTGAAGTCGTG
GTCTTAATTTTCAGAATTGATGTTATTGTCAGTTGATTGTTGTTTTACTTCAGTGCGAGTGTAAGACCAGTCTGTTAGTAAATGTCAGGAAATTAAACTATTTGAAAGTTTTCTGCCGGCTTCAAGCACATCGTATGAATTTTGATGATGATTCTGAACCCTTAAATTGAAAGCATAAACATTTTTAAATCTCGTAGATT
CTGAGGTTTTCCACATAAAGCAAATCATTTATTGGTTCTGAATTTATACGGAATGCATGAA
Intron 3 GTAAGTTATG ... GAAACTAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.51 | 125.5 | 22 | 35 |
| A2 | 15.14 | 101 | 19 | 17 |
| A3 | 16.75 | 104.5 | 26 | 16 |
| A4 | 28.34 | 78.5 | 28 | 34 |
| A5 | 21.74 | 63 | 10 | 25 |
| A6 | 19.02 | 360 | 61 | 108 |
| A7 | 18.95 | 252.5 | 50 | 68 |
| A8 | 15.48 | 161 | 18 | 41 |
| A9 | 18.03 | 179.5 | 31 | 48 |
| A10 | 21.07 | 155.5 | 33 | 50 |
>TRINITY_DN35555_c0_g1_i3 from sample A10 / Example spliced isoformCGACCGAGTTAGGATGAGTTAATGGAACATGGGTTCCCTACTTCATGTATAAAGAAACAAAAGCGCTAAAACAATTATAACCGTTAGCGGCTACGTTTTACCGTTTCATGTGAATACTCATACCCGCAAGCCGAGAGGACCTGTGGCTATAAGGATATTGTGTGATTTTAAACCCTACTTGGTGTATTCTCAGAGGTTGA
AGCTAAGGGCAGCGTCCGCTTAAGGTACGTGAAGCACGTACTCAGTGGCATTCGAACATTCGGCCTATACATCAGATTTCCCAGGAATTTTGTGTGAGACAATCTCAGACATAAATCTTCAATTGAAGACTGCGTTGGAGTTTAGTTGTATCAAGGCAGGAGCAGCAGCATCAGACGGTGGAGTTAGACTAAGCTTAGGT
GGTATTTGACGGCATCCTGAAGCACTTTTTGAAGTGATTATCTCAGTTGCCTGCCGAGGTCTCTCAGGGTTGTTTTATTTATATTTGCAGAGGTGATCCTTGAATACAGGTAAGCATAAGGATGAGTTTTGACAATGAAGGACCACGGAGGGGACGACGCATTCAGAGTGATATAGTAGGGAGACGCACCTTTCGTCGCA
GCGAGCCTTATAGACCATACACTAATGATAGGAATGGATATGGTCCCAGGTCTTCCAGG
>TRINITY_DN35555_c0_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:CGACCGAGTTAGGATGAGTTAATGGAACATGGGTTCCCTACTTCATGTATAAAGAAACAAAAGCGCTAAAACAATTATAACCGTTAGCGGCTACGTTTTACCGTTTCATGTGAATACTCATACCCGCAAGCCGAGAGGACCTGTGGCTATAAGGATATTGTGTGATTTTAAACCCTACTTGGTGTATTCTCAGAGGTTGA
AGCTAAGGGCAGCGTCCGCTTAAGGTACGTGAAGCACGTACTCAGTGGCATTCGAACATTCGGCCTATACATCAGATTTCCCAGGAATTTTGTGTGAGACAATCTCAGACATAAATCTTCAATTGAAGACTGCGTTGGAGTTTAGTTGTATCAAGGCAGGAGCAGCAGCATCAGACGGTGGAGTTAGACTAAGCTTAGGT
CAACTGCAAATAAAGTTCCACAAATCCTAAATACTTGTGCAACAAAAAATTTATATCTGACACAATTGGGTTTGAGATTCTAGGTGGTATTTGACGGCATCCTGAAGCACTTTTTGAAGTGATTATCTCAGTTGCCTGCCGAGGTCTCTCAGGGTTGTTTTATTTATATTTGCAGAGGgtaagttatggttggagatttt
tgttgaattctgcggttgaagtcagaggaaactaaagTGATCCTTGAATACAGGTAAGCATAAGGATGAGTTTTGACAATGAAGGACCACGGAGGGGACGACGCATTCAGAGTGATATAGTAGGGAGACGCACCTTTCGTCGCAGCGAGCCTTATAGACCATACACTAATGATAGGAATGGATATGGTCCCAGGTCTTCC
AGGCCCGTTGAGCTTTGTAACAACTGCAAACGGACAGGACACTATGCACGAGAGTGTCCAAATGCTTCTGTATGCAACAACTGCGGTGTTTCCGGGCACATTGCTTCAAAATGTCCAAAAGAGCAATTATGCAGGAATTGCAAGAAGCCTGGCCACCTTGCAGCTGACTGTCGCAATGAGCCTGTCTGTAACATGTGTGG
TAAAACAGGTCACATGGTAAAGGAATGTTCTGCTCATGAGCTAGGACTTCCGAAGTCTGCACTCTGTAAGAAGTGCTATTTACCTGGGCATATAATGGCAGACTGTCCTAATGATAAGGCCTGCAATAATTGTCGCCAGACTGGCCACTTGGCACGAGATTGTGTGAATAGCCCAGTTTGCAATGGCTGTGGTGAACCTG
GTCATCTTGTCAGGGACTGTCCTCGTGTTCAAAGCCCTCCTAGAAGCATGGCACCTCGTGGAGGGTATGACATGGGACTGCGTGGAGGGTATGACATGGCACCGCGTGGAGGATTTGACATGGCACCGCGTGGAGGGTTTGATGATTACAAGACAATTATATGCCGCGTATGTGGGGGTCGTGGACATCTAGCTGTAGAT
TGCCCTTCCGACCCTCTGTTTATGCGTGGTGGGTTCAGACATTGAGAAATTCTGGATTGTGTAGAAATTGGGGAGTCATAAGATGAAGATTAGTTTCAGTCACCAGGTGAAGTCGTGGTCTTAATTTTCAGAATTGATGTTATTGTCAGTTGATTGTTGTTTTACTTCAGTGCGAGTGTAAGACCAGTCTGTTAGTAAAT
GTCAGGAAATTAAACTATTTGAAAGTTTTCTGCCGGCTTCAAGCACATCGTATGAATTTTGATGATGATTCTGAACCCTTAAATTGAAAGCATAAACATTTTTAAATCTCGTAGATTCTGAGGTTTTCCACATAAAGCAAATCATTTATTGGTTCTGAATTTATACGGAATGCATGATATTCATTTTCAAGTTTTAAATT
CATGTGCTCCAAAGGTCTTGTTTGTAGAGTCAATGCCATATCGTTGGATCTCCTTTGCTTCTTGAGTGGTAAGAC
Intron 4 GTGAACATTA ... GAATGTGGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.41 | 82 | 17 | 20 |
| A2 | 17.58 | 75 | 11 | 21 |
| A3 | 23.72 | 82 | 22 | 29 |
| A4 | 19.84 | 101 | 9 | 41 |
| A5 | 17.65 | 63 | 15 | 12 |
| A6 | 19.02 | 396 | 52 | 134 |
| A7 | 19.47 | 261.5 | 42.5 | 84 |
| A8 | 21.32 | 179 | 33 | 64 |
| A9 | 18.26 | 188 | 30 | 54 |
| A10 | 21.1 | 172 | 46 | 46 |
>TRINITY_DN112834_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoformGCGGCTACGTTTTACCGTTTCATGTGAATACTCATACCCGCAAGCCGAGAGGACCTGTGGCTATAAGGATATTGTGTGATTTTAAACCCTACTTGGTGTATTCTCAGAGGTTGAAGCTAAGGGCAGCGTCCGCTTAAGGTACGTGAAGCACGTACTCAGTGGCATTCGAACATTCGGCCTATACATCAGATTTCCCAGGA
ATTTTGTGTGAGACAATCTCAGACATAAATCTTCAATTGAAGACTGCGTTGGAGTTTAGTTGTATCAAGGCAGGAGCAGCAGCATCAGACGGTGGAGTTAGACTAAGCTTAGGTCAACTGCAAATAAAGTTCCACAAATCCTAAATACTTGTGCAACAAAAAATTTATATCTGACACAATTGGGTTTGAGATTCTAGGTG
GTATTTGACGGCATCCTGAAGCACTTTTTGAAGTGATTATCTCAGTTGCCTGCCGAGGTCTCTCAGGGTTGTTTTATTTATATTTGCAGAGGTGATCCTTGAATACAGGTAAGCGTAAGGATGAGTTTTGACAATGAAGGACCACGGAGGGGACGACGCATTCAGAGTGATATAGTAGGGAGACGCACCTTTCGTCGCAG
CGAGCCTTATAGACCATACACTAATGATAGGAATGGATATGGTCCCAGGTCTTCCAGGCCCGTTGAGCTTTGTAACAACTGCAAACGGACAGGACACTATGCACGAGAGTGTCCAAATGCTTCTGTATGCAACAACTGCGGTGTTTCCGGGCACATTGCTTCAAAATGTCCAAAAGAGCAATTATGCAGGAATTGCAAGA
AGCCTGGCCACCTTGCAGCTGACTGTCGCAATGAGCCTGTCTGTAACATGTGTGGTAAAACAGGTCACATGGTAAAGGAATGTTCTGCTCATGAGCTAGGACTTCCGAAGTCTGCACTCTGTAAGAAGTGCTATTTACCTGGGCATATAATGGCAGACTGTCCTAATGATAAGGCCTGCAATAATTGTCGCCAGACTGGC
CACTTGGCACGAGATTGTGTGAATAGCCCAGTTTGCAATGGCTGTGGTGAACCTGGTCATCTTGTCAGGGACTGTCCTCGTGTTCAAAGCCCTCCTAGAAGCATGGCACCTCGTGGAGGGTATGACATGGGACTGCGTGGAGGGTATGACATGGCACCGCGTGGAGGATTTGACATGGCACCGCGTGGAGGGTTTGATGA
TTACAAGACAATTATATGCCGCGTATGTGGGGGTCGTGGACATCTAGCTGTAGATTGCCCTTCCGACCCTCTGTTTATGCGTGGTGGGTTCAGACATTGAGAAATTCTGGATTGTGTAGAAATTGGGGAGTCATAAGATGAAGATTAGTTTCAGTCACCAGGTGAAGTCGTGGTCTTAATTTTCAGAATTGATGTTATTG
TCAGTTGATTGTTGTTTTACTTCAGTGCGAGTGTAAGACCAGTCTGTTAGTAAATGTCAGGAAATTAAACTATTTGAAAGTTTTCTGCCGGCTTCAAGCACATCGTATGAATTTTGATGATGATTCTGAACCCTTAAATTGAAAGCATAAACATTTTTAAATCTCGTAGATTCTGAGGTTTTCCACATAAAGCAAATCAT
TTATTGGTTCTGAATTTATACGGAATGCATGAA
>TRINITY_DN112834_c0_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCGGCTACGTTTTACCGTTTCATGTGAATACTCATACCCGCAAGCCGAGAGGACCTGTGGCTATAAGGATATTGTGTGATTTTAAACCCTACTTGGTGTATTCTCAGAGGTTGAAGCTAAGGGCAGCGTCCGCTTAAGGTACGTGAAGCACGTACTCAGTGGCATTCGAACATTCGGCCTATACATCAGATTTCCCAGGA
ATTTTGTGTGAGACAATCTCAGACATAAATCTTCAATTGAAGACTGCGTTGGAGTTTAGTTGTATCAAGGCAGGAGCAGCAGCATCAGACGGTGGAGTTAGACTAAGCTTAGGTCAACTGCAAATAAAGTTCCACAAATCCTAAATACTTGTGCAACAAAAAATTTATATCTGACACAATTGGGTTTGAGATTCTAGGTG
GTATTTGACGGCATCCTGAAGCACTTTTTGAAGTGATTATCTCAGTTGCCTGCCGAGGTCTCTCAGGGTTGTTTTATTTATATTTGCAGAGGGTAAGTTATGGTTGGAGATTTTTGTTGAATTCTGCGGTTGAAGTCAGAGGAAACTAAAGGCAAGAAATAGTGGTGGAAAAATGGAAGGAATGGTCCTAACTGCTGTAG
ATAGTTTGGAGAAGTATTTATGAGCTCTTTCTGAAAGTCTGGTTTTGTGGCAGTGATCCTTGAATACAGGTAAGCGTAAGGATGAGTTTTGACAATGAAGGACCACGGAGGGGACGACGCATTCAGAGTGATATAGTAGGGAGACGCACCTTTCGTCGCAGCGAGCCTTATAGACCATACACTAATGATAGGAATGGATA
TGGTCCCAGGTCTTCCAGgtgaacattaaattcctctaatatgctgtgtagaaagaagacgagagaattttaactgaatgtggagGCCCGTTGAGCTTTGTAACAACTGCAAACGGACAGGACACTATGCACGAGAGTGTCCAAATGCTTCTGTATGCAACAACTGCGGTGTTTCCGGGCACATTGCTTCAAAATGTCCA
AAAGAGCAATTATGCAGGAATTGCAAGAAGCCTGGCCACCTTGCAGCTGACTGTCGCAATGAGCCTGTCTGTAACATGTGTGGTAAAACAGGTCACATGGTAAAGGAATGTTCTGCTCATGAGCTAGGACTTCCGAAGTCTGCACTCTGTAAGAAGTGCTATTTACCTGGGCATATAATGGCAGACTGTCCTAATGATAA
GGCCTGCAATAATTGTCGCCAGACTGGCCACTTGGCACGAGATTGTGTGAATAGCCCAGTTTGCAATGGCTGTGGTGAACCTGGTCATCTTGTCAGGGACTGTCCTCGTGTTCAAAGCCCTCCTAGAAGCATGGCACCTCGTGGAGGGTATGACATGGGACTGCGTGGAGGGTATGACATGGCACCGCGTGGAGGATTTG
ACATGGCACCGCGTGGAGGGTTTGATGATTACAAGACAATTATATGCCGCGTATGTGGGGGTCGTGGACATCTAGCTGTAGATTGCCCTTCCGACCCTCTGTTTATGCGTGGTGGGTTCAGACATTGAGAAATTCTGGATTGTGTAGAAATTGGGGAGTCATAAGATGAAGATTAGTTTCAGTCACCAGGTGAAGTCGTG
GTCTTAATTTTCAGAATTGATGTTATTGTCAGTTGATTGTTGTTTTACTTCAGTGCGAGTGTAAGACCAGTCTGTTAGTAAATGTCAGGAAATTAAACTATTTGAAAGTTTTCTGCCGGCTTCAAGCACATCGTATGAATTTTGATGATGATTCTGAACCCTTAAATTGAAAGCATAAACATTTTTAAATCTCGTAGATT
CTGAGGTTTTCCACATAAAGCAAATCATTTATTGGTTCTGAATTTATACGGAATGCATGAA
Intron 5 GTAAGTTATG ... TTTGTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.37 | 127.2 | 29.7 | 47.9 |
| A2 | 31 | 100.9 | 21.7 | 45.3 |
| A3 | 35.96 | 104.3 | 25.9 | 58.6 |
| A4 | 28.32 | 78.3 | 25.1 | 30.9 |
| A5 | 41.82 | 63.9 | 14.1 | 45.9 |
| A6 | 29.11 | 359.7 | 64.6 | 147.7 |
| A7 | 25.56 | 253.6 | 50.1 | 87 |
| A8 | 29.31 | 161 | 22.9 | 66.7 |
| A9 | 29.86 | 179.4 | 28.3 | 76.4 |
| A10 | 24.88 | 155.4 | 29.4 | 51.5 |
>TRINITY_DN112834_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoformGCGGCTACGTTTTACCGTTTCATGTGAATACTCATACCCGCAAGCCGAGAGGACCTGTGGCTATAAGGATATTGTGTGATTTTAAACCCTACTTGGTGTATTCTCAGAGGTTGAAGCTAAGGGCAGCGTCCGCTTAAGGTACGTGAAGCACGTACTCAGTGGCATTCGAACATTCGGCCTATACATCAGATTTCCCAGGA
ATTTTGTGTGAGACAATCTCAGACATAAATCTTCAATTGAAGACTGCGTTGGAGTTTAGTTGTATCAAGGCAGGAGCAGCAGCATCAGACGGTGGAGTTAGACTAAGCTTAGGTCAACTGCAAATAAAGTTCCACAAATCCTAAATACTTGTGCAACAAAAAATTTATATCTGACACAATTGGGTTTGAGATTCTAGGTG
GTATTTGACGGCATCCTGAAGCACTTTTTGAAGTGATTATCTCAGTTGCCTGCCGAGGTCTCTCAGGGTTGTTTTATTTATATTTGCAGAGGTGATCCTTGAATACAGGTAAGCGTAAGGATGAGTTTTGACAATGAAGGACCACGGAGGGGACGACGCATTCAGAGTGATATAGTAGGGAGACGCACCTTTCGTCGCAG
CGAGCCTTATAGACCATACACTAATGATAGGAATGGATATGGTCCCAGGTCTTCCAGGCCCGTTGAGCTTTGTAACAACTGCAAACGGACAGGACACTATGCACGAGAGTGTCCAAATGCTTCTGTATGCAACAACTGCGGTGTTTCCGGGCACATTGCTTCAAAATGTCCAAAAGAGCAATTATGCAGGAATTGCAAGA
AGCCTGGCCACCTTGCAGCTGACTGTCGCAATGAGCCTGTCTGTAACATGTGTGGTAAAACAGGTCACATGGTAAAGGAATGTTCTGCTCATGAGCTAGGACTTCCGAAGTCTGCACTCTGTAAGAAGTGCTATTTACCTGGGCATATAATGGCAGACTGTCCTAATGATAAGGCCTGCAATAATTGTCGCCAGACTGGC
CACTTGGCACGAGATTGTGTGAATAGCCCAGTTTGCAATGGCTGTGGTGAACCTGGTCATCTTGTCAGGGACTGTCCTCGTGTTCAAAGCCCTCCTAGAAGCATGGCACCTCGTGGAGGGTATGACATGGGACTGCGTGGAGGGTATGACATGGCACCGCGTGGAGGATTTGACATGGCACCGCGTGGAGGGTTTGATGA
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TCAGTTGATTGTTGTTTTACTTCAGTGCGAGTGTAAGACCAGTCTGTTAGTAAATGTCAGGAAATTAAACTATTTGAAAGTTTTCTGCCGGCTTCAAGCACATCGTATGAATTTTGATGATGATTCTGAACCCTTAAATTGAAAGCATAAACATTTTTAAATCTCGTAGATTCTGAGGTTTTCCACATAAAGCAAATCAT
TTATTGGTTCTGAATTTATACGGAATGCATGAA
>TRINITY_DN112834_c0_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCGGCTACGTTTTACCGTTTCATGTGAATACTCATACCCGCAAGCCGAGAGGACCTGTGGCTATAAGGATATTGTGTGATTTTAAACCCTACTTGGTGTATTCTCAGAGGTTGAAGCTAAGGGCAGCGTCCGCTTAAGGTACGTGAAGCACGTACTCAGTGGCATTCGAACATTCGGCCTATACATCAGATTTCCCAGGA
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GTATTTGACGGCATCCTGAAGCACTTTTTGAAGTGATTATCTCAGTTGCCTGCCGAGGTCTCTCAGGGTTGTTTTATTTATATTTGCAGAGGgtaagttatggttggagatttttgttgaattctgcggttgaagtcagaggaaactaaaggcaagaaatagtggtggaaaaatggaaggaatggtcctaactgctgtag
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GGCCTGCAATAATTGTCGCCAGACTGGCCACTTGGCACGAGATTGTGTGAATAGCCCAGTTTGCAATGGCTGTGGTGAACCTGGTCATCTTGTCAGGGACTGTCCTCGTGTTCAAAGCCCTCCTAGAAGCATGGCACCTCGTGGAGGGTATGACATGGGACTGCGTGGAGGGTATGACATGGCACCGCGTGGAGGATTTG
ACATGGCACCGCGTGGAGGGTTTGATGATTACAAGACAATTATATGCCGCGTATGTGGGGGTCGTGGACATCTAGCTGTAGATTGCCCTTCCGACCCTCTGTTTATGCGTGGTGGGTTCAGACATTGAGAAATTCTGGATTGTGTAGAAATTGGGGAGTCATAAGATGAAGATTAGTTTCAGTCACCAGGTGAAGTCGTG
GTCTTAATTTTCAGAATTGATGTTATTGTCAGTTGATTGTTGTTTTACTTCAGTGCGAGTGTAAGACCAGTCTGTTAGTAAATGTCAGGAAATTAAACTATTTGAAAGTTTTCTGCCGGCTTCAAGCACATCGTATGAATTTTGATGATGATTCTGAACCCTTAAATTGAAAGCATAAACATTTTTAAATCTCGTAGATT
CTGAGGTTTTCCACATAAAGCAAATCATTTATTGGTTCTGAATTTATACGGAATGCATGAA
Intron 6 GTGGAGCAAG ... TTGTAATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 83.33 | 1 | 4 | 6 |
| A2 | 100 | 0 | 3 | 2 |
| A3 | 73.33 | 2 | 2 | 9 |
| A4 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A5 | 100 | 0 | 2 | 2 |
| A6 | 50.94 | 13 | 16 | 11 |
| A7 | 33.33 | 13 | 9 | 4 |
| A8 | 42.86 | 14 | 17 | 4 |
| A9 | 37.5 | 10 | 10 | 2 |
| A10 | 26.83 | 15 | 6 | 5 |
>TRINITY_DN44657_c0_g6_i7 from sample A8 / Example spliced isoformCTTCATTGGAATAGTTGTTCCGACATTCCTTGGGAGGGTGGCTAGATAGCTTGCGATACAAAGGGAAACCCTTAAGTCGATTGCATATTCCCTTAATCTGTAGACGTGGAGGCTTGGGTCAGCCTCTCTATCTCCGTCTACATAGACGGATGTTGGACCGCATTTCCACATTCGTTTTCCTTCTATCCGCCGAAACAGAT
TGCACTCTAGTTACCAGAAAACCGTACCATGTGGCCTCTTATACGGATCCCACACCATTGATTACATCGAACAGTATCCGTGCGTCGATTGAAAGACATTTCAGGAATTCAGGCAGTCGCACAACAACTTTGATTATATTTTCCGTTTAACAATTATCCGCTTACCATGGGAGGGCAAGGGTTTTCGCTTGAGAAATGAT
GGCCCCTTCATATGGATGAGCTTCTATGCTGGTATGAATCCCGGGAATTAATGGATATGTGATAATATGGACTATATGGGTGCAAGGCTGTGGTAGGAGCATTCGCTGTTATCGTTTTGGATGGTTCCCCCTATACTGGCCCGCTTAATTTGCCTTTATTTCTTCCTCACAATAATGCAATAAAACTTCCTGCGGGATTC
TGGCTAATAAACAAGCTAAGACATAGTTCAATGAGGGTTTTTTATGTGGACAAGCTTTATTATCAAAGCCAAATCCCCTACAACAGAGATGGAGGGTTCTTCCGAAATTTCTCCATCGAAGGAAACCTTAGGGTGCAGAAGTTTCCTACACATTTAAGTTTGGCACATTTTCATTAGCAGTGGGAGCCATGGTTGGAATG
GAATATTGGGCTCACTGGGCTCACATAGCTCTTTGGCATGCCTACTTCTAGAATATGCATGATGTATAACTACCGTTTGCAAAAAAGGCTTCTAAGATTTTTGGGGTTTAGGAGTTCTGGAGTTCTAGGATTTTGGGGGTTTAATGGTTTTCGGGGTTTGCTCAAAAAAATTAAAGTTGGGTTGGTTTTTTTGGTTTATA
GCAACATGGATGAGAATTTACAGAGCCGTGTATGTGGGGGTTGTAGACATTTAGCTGTAGATTGCCCTTCCGAACCTCTGTTTATGTGTGGTGGGTTCATACATTGAGAAATCCTGGATTGTGTAGAAATTGGGAAGTCATAAGATGAAGATTAGTTTCAGTCATAAGGTGAATTCGTGGTCTTAATGCGTAGAATTTAT
GTTATTGTCAGTTGATTGTTTTATTAATTCAGTAAGGTGAAGTCGTGGGCTTAATTTGCAGAATTTATGTTATTGTCAGTTAATTGTTGTATTACTTCGGTAAGGTGAAGTCGTGGGCTTAATGCGTAGAATTTATGTTATTGTCAGTTGATTGTTGTATTACTTTGGTGCAAGTGTAAGATGAGTTTGCTATTAGAAGT
TGGGAAATTAAACTAGTCTGCTATGAGAAGTCGGGAAATTAAACTATTTGAAAGTTATGACGATTCTGAACCATTAAAGTGACAGAGCATAAGTATTTTTTAAATCTCGTAGATTCTGAGGTTTTCCACATAAAGCAAATCATTTATTGGTTCTGAATTTATACGGAATGCATGATATTCATTTTCAAGTTTTAAATTCA
TGTGCTCCAAAGGTCTTGTTTGTAGAGTCAATGCCATATCGTTGGATCTCCTTTGCTTCTTGAGTGGTAAGACAGTGATCAAAGCACATAATTCATGCTTTGCAGGAATTATAGACTGCTATTTCCTGAGAATTTCTCACAACTAGCACATATAGAGATTGACAATTTCAAAAATAGGCT
>TRINITY_DN44657_c0_g6_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:CTTCATTGGAATAGTTGTTCCGACATTCCTTGGGAGGGTGGCTAGATAGCTTGCGATACAAAGGGAAACCCTTAAGTCGATTGCATATTCCCTTAATCTGTAGACGTGGAGGCTTGGGTCAGCCTCTCTATCTCCGTCTACATAGACGGATGTTGGACCGCATTTCCACATTCGTTTTCCTTCTATCCGCCGAAACAGAT
TGCACTCTAGTTACCAGAAAACCGTACCATGTGGCCTCTTATACGGATCCCACACCATTGATTACATCGAACAGTATCCGTGCGTCGATTGAAAGACATTTCAGGAATTCAGGCAGTCGCACAACAACTTTGATTATATTTTCCGTTTAACAATTATCCGCTTACCATGGGAGGGCAAGGGTTTTCGCTTGAGAAATGAT
GGCCCCTTCATATGGATGAGCTTCTATGCTGGTATGAATCCCGGGAATTAATGGATATGTGATAATATGGACTATATGGGTGCAAGGCTGTGGTAGGAGCATTCGCTGTTATCGTTTTGGATGGTTCCCCCTATACTGGCCCGCTTAATTTGCCTTTATTTCTTCCTCACAATAATGCAATAAAACTTCCTGCGGGATTC
TGGCTAATAAACAAGCTAAGACATAGTTCAATGAGGGTTTTTTATGTGGACAAGCTTTATTATCAAAGCCAAATCCCCTACAACAGAGATGGAGGGTTCTTCCGAAATTTCTCCATCGAAGGAAACCTTAGGGTGCAGAAGTTTCCTACACATTTAAGTTTGGCACATTTTCATTAGCAGTGGGAGCCATGGTTGGAATG
GAATATTGGGCTCACTGGGCTCACATAGCTCTTTGGCATGCCTACTTCTAGAATATGCATGATGTATAACTACCGTTTGCAAAAAAGgtggagcaagagttagtagaaaaatctgtgacatagcagataggttttgtaatatgcattgtccttttgcttcattgatttcagtattgtacatatgttagttttatattcta
attgagaatccgctttttgtaatcagGCTTCTAAGATTTTTGGGGTTTAGGAGTTCTGGAGTTCTAGGATTTTGGGGGTTTAATGGTTTTCGGGGTTTGCTCAAAAAAATTAAAGTTGGGTTGGTTTTTTTGGTTTATAGCAACATGGATGAGAATTTACAGAGCCGTGTATGTGGGGGTTGTAGACATTTAGCTGTAGA
TTGCCCTTCCGAACCTCTGTTTATGTGTGGTGGGTTCATACATTGAGAAATCCTGGATTGTGTAGAAATTGGGAAGTCATAAGATGAAGATTAGTTTCAGTCATAAGGTGAATTCGTGGTCTTAATGCGTAGAATTTATGTTATTGTCAGTTGATTGTTTTATTAATTCAGTAAGGTGAAGTCGTGGGCTTAATTTGCAG
AATTTATGTTATTGTCAGTTAATTGTTGTATTACTTCGGTAAGGTGAAGTCGTGGGCTTAATGCGTAGAATTTATGTTATTGTCAGTTGATTGTTGTATTACTTTGGTGCAAGTGTAAGATGAGTTTGCTATTAGAAGTTGGGAAATTAAACTAGTCTGCTATGAGAAGTCGGGAAATTAAACTATTTGAAAGTTATGAC
GATTCTGAACCATTAAAGTGACAGAGCATAAGTATTTTTTAAATCTCGTAGATTCTGAGGTTTTCCACATAAAGCAAATCATTTATTGGTTCTGAATTTATACGGAATGCATGATATTCATTTTCAAGTTTTAAATTCATGTGCTCCAAAGGTCTTGTTTGTAGAGTCAATGCCATATCGTTGGATCTCCTTTGCTTCTT
GAGTGGTAAGACAGTGATCAAAGCACATAATTCATGCTTTGCAGGAATTATAGACTGCTATTTCCTGAGAATTTCTCACAACTAGCACATATAGAGATTGACAATTTCAAAAATAGGCT