sp|Q940M2|AGT21_ARATH ----> Alanine--glyoxylate aminotransferase 2 homolog 1, mitochondrial

Intron 1 GTATGCTCAT ... TGTACTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.17	43.7	19	21
A2	29	41.2	13	18
A3	24.94	47.7	13.3	16
A4	33.48	25.8	10	14
A5	20.7	27	8	5
A6	24.35	235.7	66.7	76
A7	24.58	138	31	49
A8	24.64	165	40.3	59
A9	25.9	133.3	41.7	44
A10	21.5	104	27	25

>TRINITY_DN45330_c0_g2_i10 from sample A6 / Example spliced isoform

GGTAATAGTTTCTTGCATGGTGTCTCTATTTCAGGGTGTTGGTGGAGCAATAGAACTGGCACCTGGATACTTGCCAGCAGTTTATGATAGTGTCCGGAAGGCTGGAGGTGTTTGTATATCTGATGAGGTTCAGACAGGATTTGGTCGTATGGGAAGTCATTACTGGGGCTTTGAAACACAAGGTGTTATCCCCGACATTG
TAACTATGGCCAAGGGTATTGGTAATGGCCTCCCTCTTGGTGCTGTTGTAACAACTCCAGAAATTGCCCAAGTGCTAACACAACGATCTCACTGTGTTACTTTTGGTGGAAATCCAGTCTGTACTGCTGGTGGCCATGCCGTGCTAAAAGTTTTAGAGAAAGAAAAACGACAAGAACATTGTGCTGTCGTGGGCACTCAT
CTAATCAACCGTTTAAAAGAACTTCAAGACAAATATGAAATCATTGGAGATGTAAGGGGGAGAGGTCTAATGATTGGGGTTGAGCTTGTAACTGATCGAACTTCAAAAACACCAGCCAAAGAAGAGACTTCAATTGTATTTGAGAGGATGAAAGATTTGGGAGTGTTGGTTGGAAAAGGAGGAATGTATGGAAATGTCTT
CAGAATCAAGCCTCCAATGTGCTTCACAAAGGAAGATTCTGATTTTCTTGTGGATGTTATGGACTATTCACTGTCAA

>TRINITY_DN45330_c0_g2_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TAGCTGCAAAGATGCCTGGAAATCTTAAGGTAGTTTCCTTTGTAAATTCAGGTACAAAGGCAAATGAATTAGCTACAATGATGGCTCGCTTGTACACTGGTAACCATGATATGATTTCAGTGAGAAATGGATACCATGGAAATAGTGCTAACACAATGGGATTGACCAGTCAGAGCAAATGGAAATTTAACATTGTGCAG
AGTGGAGTGCATCACGCACTCAACCCTAACCCATATCGAGGGGTTTTTGGTTCTGATGGGCCACAATATGCTAAAGATGTTCAAGATATTATTGACTTTGGAACCACTGGGAGTGTTGCTGGATTTATTTCAGAAACTATACAGGGTGTTGGTGGAGCAATAGAACTGGCACCTGGATACTTGCCAGCAGTTTATGATAG
TGTCCGGAAGGCTGGAGGTGTTTGTATATCTGATGAGGTTCAGACAGGATTTGGTCGTATGGGAAGTCATTACTGGGGCTTTGAAACACAAGGTGTTATCCCCGACATTGTAACTATGGCCAAGGGTATTGGTAATGGCCTCCCTCTTGGTGCTGTTGTAACAACTCCAGAAATTGCCCAAGTGCTAACACAACGATCTC
ACTGTGTTACTTTTGGTGGAAATCCAGTCTGTACTGCTGGTGGCCATGCCGTGCTAAAAGTTTTAGAGAAAGAAAAACGACAAGAACATTGTGCTGTCGTGGGCACTCATCTAATCAACCGTTTAAAAGAACTTCAAGACAAATATGAAATCATTGGAGATGTAAGGGGGAGAGGTCTAATGATTGGGGTTGAGCTTGTA
ACTGATCGAACTTCAAAAACACCAGCCAAAGAAGAGACTTCAATTGTATTTGAGAGGATGAAAGATTTGGGAGTGTTGGTTGGAAAAGGAGGAATGTATGGAAATGTCTTCAGAATCAAGCCTCCAATGTGCTTCACAAAGGAAGATTCTGgtatgctcatctttgcgtttcttttactcttcatattattgcaatgaat
gtggctgtgagaattcagagtctgttatgtggtgggttgagaattcaagcttcctatattattgtgattgataacaaaagaccctgttttagtgtaaatgaagtagatgggaccattgacaatacttctcctttttgtactgcagATTTTCTTGTGGATGTTATGGACTATTCACTGTCAAAACTTTAATATACTTTTCA
CAGTTTGGAACAGGTCTGTACTTTGTTCCAATAAATTTGCAACTCCAATTGTTGCAGTAATATCTAAACTTTTTAGTGTATACGGACTCCAGAGTAGATGGGAGTTGCAGTAATACTTTCCCTTATTGCATTGTCAAAACTTTAATGTACTTTACATAGTTTGAAGTTCTGTATTTTGTTTCAATAAATTTGCAACTACA
ACTGTTGCAATAATATTTGAGTGCATGAGACACCACCTCGTTGTCTCTTCGTCTCAGCAAACTGTAGTAAATTCCTGTAAATCTTAGAATTTGATTATGTGATGATAACAACTGTGACTCTTATTGGTTTAATGTAGCTCTGTTATGATGATATCAATGACTGTTATGGGTTTTAATGTGATTATTTTACAATTGATGGG
TTCTTTGGATGGTGAATTTACCTAACATGTTGTATACAAACAAGCTTCACAGTTTATGGATGAAATGAAAAGATATCTTGTCTTTTTCATTCTAATGGTCAGGAGTATGAATCATGTGTGTGAACAGAGGATTTTAAAAAGAAGTTGATTTTTTGCTGCAAGCAGC

Intron 2 GTAGTTTACA ... TCTATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.75	43	9.4	22.1
A2	37.62	51	9.7	31
A3	31.95	30	5.1	14.2
A4	23.33	23	6.2	7
A5	39.88	20	10.3	13.3
A6	43.22	33	4.9	25.2
A7	42.48	54	10.8	39.9
A8	43.14	29	1.6	22
A9	34.73	43	7	22.9
A10	33.59	35	2.3	17.8

>TRINITY_DN121910_c0_g2_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

TTGGTAGGGAGTGCGATCAGGGATAACAAGAAGACAAGGATTGTGCCACGCCACATCCAGTTGGTCGTTTTAAACAATGAAGAACTTAGCAAGATTTTGGGGCTGTAACTATGGCTAGCGGTGGAGTTCTACCAAATATTTATAATATTCTTCTGCCTAAAAAGGGTGGAGTCTCTACAAAGGTTGTTGCCACCGAGGAG
AGCTAGATGAAATATTCAAGAACATGCCATGCTATCTTTACAACATTGTTTTAGCCTAAGATTTCAGAACGGTCCTTAACTCATTGGATATAAGGTAGTTTCCTTTGTAAATTCAGGTACAAAGGCAAATGAATTAGCTACAATGATGGCTCGCTTGTACACTGGTAACCATGATATGATTTCAGTGAGAAATGGATACC
ATGGAAATAGTGCTAACACAATGGGATTGACCAGTCAGAGCAAATGGAAATTTAACATTGTGCAGAGTGGAGTGCATCACGCACTCAACCCTAACCCATATCGAGGGGTTTTTGGTTCTGATGGGCCACAATATGCTAAAGATGTTCAAGATATTATTGACTTTGGAACCACTGGGAGTGTTGCTGGATTTATTTCAGAA
ACTATACAGGGTGTTGGTGGAGCAATAGAACTGGCACCTGGATACTTGCCAGCAGTTTATGATAGTGTCCGGAAGGCTGGAGGTGTTTGTATATCTGATGAGGTTCAGACAGGATTTGGTCGTATGGGAAGTCATTACTGGGGCTTTGAAACACAAGGTGTTATCCCCGACATTGTAACTATGGCCAAGGGTATTGGGAA
TGGCCTCCCTCTTGGTGCTGTTGTAACAACTCCAGAAATTGCCCAAGTGCTAACACAACGATCTCACTGTGTTACTTTTGGTGGAAATCCAGTCTGTACTGCTGGTGGCCATGCCGTGCTAAAAGTTTTAGAGAAAGAAAAA

>TRINITY_DN121910_c0_g2_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATAGGAATAGGAATTAACATTGTTTGTGCAAATGCTTGTGTGTTTTTGATTGGTGTGATCAGAGCCTTGTGTACAGAGGTCAAGCTTCATGTTCGACTGTTAGTTTCATTATGTCCTTGAAAATAAATTCAAAGTTATTAAAATTTGTGCAGAGTGGAGTGCATCATGCACTCAACCCTAACCCATATCGAGGGGTTTTT
GGTTCTGATGGGCCACAATATGCTAAAGATGTTCAAGATATTATTGACTTTGGAACCACTGGGAGTGTTGCTGGATTTATTTCAGAAACTATACAGgtagtttacatttccttgatgtgttacttctaatataaagacaagtttagggtttagaagtggaggttgctcaatctactatatagcttgtaaatggttatttt
cattgaagatatgtgaggtaatagttttttgcatggtgtctctatttcagGGTGTTGGTGGAGCAATAGAACTGGCACCTGGATACTTGCCAGCAGTTTATGATAGTGTCCGGAAGGCTGGAGGTGTTTGTATATCTGATGAGGTTCAGACAGGATTTGGTCGTATGGGAAGTCATTACTGGGGCTTTGAAACACAAGGT
GTTATCCCCGACATTGTAACTATGGCCAAG

Intron 3 GTTTGTAAAT ... AACTATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	46.15	35	17	43
A2	49.21	37.3	21.3	51
A3	55.26	17	12	30
A4	48.39	16	7	23
A5	52.17	11	4	20
A6	31.34	46	9	33
A7	39.23	55	17	54
A8	36.63	32	8	29
A9	44.85	38.3	19.3	43
A10	42.86	36	19	35

>TRINITY_DN48738_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

TTCAGAACGGTCCTTAACTCATTGGATATAAGGTAGTTTCCTTTGTAAATTCAGGTACAAAGGCAAATGAATTAGCTACAATGATGGCTCGCTTGTACACTGGTAACCATGATATGATTTCAGTGAGAAATGGATACCATGGAAATAGTGCTAACACAATGGGATTGACCAGTCAGAGCAAATGGAAATTTAACATTGTG
CAGGGTGTTGGTGGAGCAATCGAACTGGCACCTGGATACTTGCTAGCAATTTATGATAGTGTCCGGAAGGTTGGAGGTGTTTGTATATCTGATGAGGTTCAGACAGGATTTGGTCGTATGGGAAGTCATTACTGGGGCTTTGAAACACAAGGTGTTATCCCCGACATTGTAACTATGGCCAAG

>TRINITY_DN48738_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTCAGAACGGTCCTTAACTCATTGGATATAAGGTAGTTTCCTTTGTAAATTCAGGTACAAAGGCAAATGAATTAGCTACAATGATGGCTCGCTTGTACACTGGTAACCATGATATGATTTCAGTGAGAAATGGATACCATGGAAATAGTGCTAACACAATGGGATTGACCAGTCAGAGCAAATGGAAATTTAACATTGTG
CAGgtttgtaaattaaaacttcatatgtggaaacttctgttagagagcaaggagattagtgttccccatgggtatttgggcctccgagcggggagacagggattcaatacccataattcaacaatatgaagtaatgctaaatataggaataggaattaacattgtttgtgcaaatgcttgtgtgtttttgattggtgtga
tcagagccttgtgtacagaggtcaagcttcatgttcgactgttagtttcattatgtccttgaaaataaattcaaagttattaaaaattgtgcagagtggagtgcatcacgcactcaaccctaacccatatcgaggggtttttggttctgatgggccacaatatgctaaggatgttcaagatattattgattttggaacca
ctgggcgtgttgctggatttatttcagaaactatacagGGTGTTGGTGGAGCAATAGAACTGGCACCTGGATACTTGCCAGCAGTTTATGATAGTGTCCGGAAGGCTGGAGGTGTTTGTATATCTGATGAGGTTCAGACAGGATTTGGTCGTATGGGAAGTCATTACTGGGGCTTTGAAACACAAGGTGTTATCCCCGAC
ATTGTAACTATGGCCAAG

Intron 4 GTATGCTCAT ... TGTACTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.85	44	19	12
A2	27.16	41.5	15	8
A3	22.54	49	14	7.5
A4	27.56	26.8	10	8.5
A5	21.85	28.8	8	2
A6	21.95	239.5	66	36.5
A7	17.93	144.5	31	24.5
A8	20.09	167.3	41	28
A9	23.24	137.5	41	23.5
A10	21.09	109.5	29	12.5

>TRINITY_DN48738_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

TATTGATTGTGGTGTGGTAGTTGTACATTCTGAATAAAAATACGCAAGAAAGTTGGCACGGAAGCTCAATGTACTCTAATCGAAAGCAAAAGCATAGTCACGTGGAATCCACATCTGTCCTCCTATCTCTCTATAAATAGCTTAACATCTCACAGACAGAGGACATAACGGCCCTTCAGCTTCATCTCCATCTCCATCTG
AGTGTTTGGCTGGGCGATCAACATGATGTTGGGTATCAGGAGATTGGTGGGTGCCAATGGCAGTCAGAAGAGGATTGGATTTGGCATGAGGGCCATGGCTTCAATCTCTGCTGCTGAGAGCCATGATCCCTCTGTTGTCCTGCCTCGGATGCCCGCATTTGATTACAAGCCCCAGCCTTACACGGGTCCCTTGGCCGAGG
AGATATTGAAGAAGAGGAAGCAGTACCTCGGCCCTTCCAATTTTTATTTCTATGATAACCCTTTGAATATTGTTGAAGGGAAAATGCAATACTTGTTTGATGAAGATGGGCGTCGATACTTGGATGCTTTTGCAGGCATCGTGTGTATTTCCTGTGGGCACTGTCACCCTGAAGTTGTTGATACTATCATAAAGCAGACT
AAGCTGCTGCAGCATACTACCACAATATATCTTCATCATGCAGTTGGAGAGCTTGCAGAGGCATTAGCTGCAAAGATGCCTGGAAATCTTAAGGTAGTTTTCTTTGTAAATTCAGGTACAGAGGCAAATGAATTAGCTACAATGATGGCTCGCTTGTACACTGGTAACCATGATATGATTTCAGTGAGAAATGGATACCA
TGGAAATAGTGCTAACACAATGGGATTGACCAGTCAGAGCAAATGGAAATTTAACATTGTGCAGAGTGGAGTGCATCACGCACTCAACCCTAACCCATATCGAGGGGTTTTTGGTTCTGATGGGCCACAATATGCTAAAGATGTTCAAGATATTATTGACTTTGGAACCACTGGGAGTGTTGCTGGATTTATTTCAGAAA
CTATACAGGGTGTTGGTGGAGCAATAGAACTGGCACCTGGATACTTGCCAGCAGTTTATGATAGTGTCCGGAAGGCTGGAGGTGTTTGTATATCTGATGAGGTTCAGACAGGATTTGGTCGTATGGGAAGTCATTACTGGGGCTTTGAAACACAAGGTGTTATCCCCGACATTGTAACTATGGCCAAGGGTATTGGGAAT
GGCCTCCCTCTTGGTGCTGTTGTAACAACTCCAGAAATTGCCCAAGTGCTAACACAACGATCCCACTGTGTTACTTTTGGTGGAAATCCAGTCTGTACTGCTGGTGGCCATGCCGTGCTAAAAGTTTTAGAGAAAGAAAAATGACAAGAACATTGTGCTGTTGTGGGCACTCATCTAATCAACCGTTTAAAAGAACTTCA
AGACAAATATGAAATCATTGGAGATGTAAGGGGGAGAGGTCTAATGATTGGGGTTGAGCTTGTAACTGATCGAACTTCAAAAACACCAGCCAAAGAAGAGACTTCAATTGTATTTGAGAGGATGAAAGATTTGGGAGTGTTGGTTGGAAAAGGAGGAATGTATGGAAATGTCTTCAGAATCAAGCCTCCAATGTGCTTCA
CAAAGGAAGATTCTGATTTTCTTGTGGATGTTATGGACTATTCACTGTCAACTTTAATATACTTTTCACAGTTTGGAACAGGTCTGTACTTTGTTTCAATAAATTTGCAACTCCAATTGTTGCAGTAATATCTAAACTTTTTAGTGTATACAGACTCCAGAGTAGATGGGAATAATATCTAAACTTTTTAGTGTATACGG
ACTCCAGAGTAGATGGGAGTTGCAGTAATACTTTCCCTTATTGTATTGTCAAAACTTTAATGTACTTTACATAGTTTGAAGTTCTGTATTTTGTTTCAATAAATTTGCAACTACAACTGTTGCAATAGTATTTGAGCGCATGAGACACCACCTTGTTGTCTCTTCGTCTTAGCAAACTGTACTGAACTCTTGTAAATCTT
AGAATTTGATTATGTGATGATAACAACTGTGACTCTTATTGGTTTAATGTTGCTATGTTATGATGATATCAATGACTGTTATGAGTTTTAATGTGATTATTTTACAATTGATGGGTTCTTTGGATGGTGAATTTACCTAACATGTTGTATACAAACAAGCTTCACAGTTTATGGATGAAATGAAAAGATATCTTGTCTTT
TTCATTCTAATGGTCAGGAGTATGAATCATGTGTGTGAACAGAGGATTTTAAAAAGAAGTTGATTTTTTGCTGCAAGCAGAC

>TRINITY_DN48738_c0_g1_i12 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TATTGATTGTGGTGTGGTAGTTGTACATTCTGAATAAAAATACGCAAGAAAGTTGGCACGGAAGCTCAATGTACTCTAATCGAAAGCAAAAGCATAGTCACGTGGAATCCACATCTGTCCTCCTATCTCTCTATAAATAGCTTAACATCTCACAGACAGAGGACATAACGGCCCTTCAGCTTCATCTCCATCTCCATCTG
AGTGTTTGGCTGGGCGATCAACATGATGTTGGGTATCAGGAGATTGGTGGGTGCCAATGGCAGTCAGAAGAGGATTGGATTTGGCATGAGGGCCATGGCTTCAATCTCTGCTGCTGAGAGCCATGATCCCTCTGTTGTCCTGCCTCGGATGCCCGCATTTGATTACAAGCCCCAGCCTTACACGGGTCCCTTGGCCGAGG
AGATATTGAAGAAGAGGAAGCAGTACCTCGGCCCTTCCAATTTTTATTTCTATGATAACCCTTTGAATATTGTTGAAGGGAAAATGCAATACTTGTTTGATGAAGATGGGCGTCGATACTTGGATGCTTTTGCAGGCATCGTGTGTATTTCCTGTGGGCACTGTCACCCTGAAGTTGTTGATACTATCATAAAGCAGACT
AAGCTGCTGCAGCATACTACCACAATATATCTTCATCATGCAGTTGGAGAGCTTGCAGAGGCATTAGCTGCAAAGATGCCTGGAAATCTTAAGGTAGTTTTCTTTGTAAATTCAGGTACAGAGGCAAATGAATTAGCTACAATGATGGCTCGCTTGTACACTGGTAACCATGATATGATTTCAGTGAGAAATGGATACCA
TGGAAATAGTGCTAACACAATGGGATTGACCAGTCAGAGCAAATGGAAATTTAACATTGTGCAGAGTGGAGTGCATCACGCACTCAACCCTAACCCATATCGAGGGGTTTTTGGTTCTGATGGGCCACAATATGCTAAAGATGTTCAAGATATTATTGACTTTGGAACCACTGGGAGTGTTGCTGGATTTATTTCAGAAA
CTATACAGGGTGTTGGTGGAGCAATAGAACTGGCACCTGGATACTTGCCAGCAGTTTATGATAGTGTCCGGAAGGCTGGAGGTGTTTGTATATCTGATGAGGTTCAGACAGGATTTGGTCGTATGGGAAGTCATTACTGGGGCTTTGAAACACAAGGTGTTATCCCCGACATTGTAACTATGGCCAAGGGTATTGGGAAT
GGCCTCCCTCTTGGTGCTGTTGTAACAACTCCAGAAATTGCCCAAGTGCTAACACAACGATCCCACTGTGTTACTTTTGGTGGAAATCCAGTCTGTACTGCTGGTGGCCATGCCGTGCTAAAAGTTTTAGAGAAAGAAAAATGACAAGAACATTGTGCTGTTGTGGGCACTCATCTAATCAACCGTTTAAAAGAACTTCA
AGACAAATATGAAATCATTGGAGATGTAAGGGGGAGAGGTCTAATGATTGGGGTTGAGCTTGTAACTGATCGAACTTCAAAAACACCAGCCAAAGAAGAGACTTCAATTGTATTTGAGAGGATGAAAGATTTGGGAGTGTTGGTTGGAAAAGGAGGAATGTATGGAAATGTCTTCAGAATCAAGCCTCCAATGTGCTTCA
CAAAGGAAGATTCTGgtatgctcatctttgcgtttcttttactcttcatattattgcaatgaatgtggctgtgagaattcagagtctgttatgtggtggcttgagaattcaagcttcctatattattgtgattgataacaaaataccctgttttagtgtaaatgaagtaagatgggaccattgataatacttcttctttc
tgtactgcagATTTTCTTGTGGATGTTATGGACTATTCACTGTCAACTTTAATATACTTTTCACAGTTTGGAACAGGTCTGTACTTTGTTTCAATAAATTTGCAACTCCAATTGTTGCAGTAATATCTAAACTTTTTAGTGTATACAGACTCCAGAGTAGATGGGAATAATATCTAAACTTTTTAGTGTATACGGACTCC
AGAGTAGATGGGAGTTGCAGTAATACTTTCCCTTATTGTATTGTCAAAACTTTAATGTACTTTACATAGTTTGAAGTTCTGTATTTTGTTTCAATAAATTTGCAACTACAACTGTTGCAATAGTATTTGAGCGCATGAGACACCACCTTGTTGTCTCTTCGTCTTAGCAAACTGTACTGAACTCTTGTAAATCTTAGAAT
TTGATTATGTGATGATAACAACTGTGACTCTTATTGGTTTAATGTTGCTATGTTATGATGATATCAATGACTGTTATGAGTTTTAATGTGATTATTTTACAATTGATGGGTTCTTTGGATGGTGAATTTACCTAACATGTTGTATACAAACAAGCTTCACAGTTTATGGATGAAATGAAAAGATATCTTGTCTTTTTCAT
TCTAATGGTCAGGAGTATGAATCATGTGTGTGAACAGAGGATTTTAAAAAGAAGTTGATTTTTTGCTGCAAGCAGAC

Intron 5 GTTTGTAAAT ... TCTATTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.29	34.5	17	19
A2	39.03	37.5	21	27
A3	41.38	17	12	12
A4	30.43	16	7	7
A5	42.11	11	4	12
A6	25.81	46	9	23
A7	33.73	55	17	39
A8	31.91	32	8	22
A9	35.04	38	19	22
A10	32.71	36	19	16

>TRINITY_DN121070_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

CACGGTTAGTTCATCGCCAAATTCGCCAGGTTTTTGTCATCTTTCAGGAATCGCTGTTCATTTGTCTTTTCGGGAAGATTTTGTCAGAGCCCCGATCTTTTAGCATGTGCATTTGGCCATCCACAGCCTCGGCTCAGAGTGAGCATTTGAAATCCGTGGTCTGGCTCTCGGTTGGTTCAGGCATCTCTACGTTAACTGCT
TGCACCCTCTTCTCTCCGGAAACAATAACAGTTCTAAGAATTTGAAATCTGATTCATGATTCAGTATCCAAGGAGGTTTCATCTTCGTCTTCCTCTTCCTGTTATTTGGCGGTCACGTTTTTGTTGCCAATTTTGAAGTTGGTAGGGAGTGCGATCAGGGATAACAAGAAGACAAGGATTGTGCCACGCCACATCCAGTT
GGTCGTTTTAAACAATGAAGAACTTAGCAAGATTTTGGGGCTGTAACTATGGCTAGCGGTGGAGTTCTACCAAATATTTATAATATTCTTCTGCCTAAAAAGGGTGGAGTCTCTACAAAGGTTGTTGCCACCGAGGAGAGCTAGATGAAATATTCAAGAACATGCCATGCTATCTTTACAACATTGTTTTAGCCTAAGAT
TTCAGAACGGTCCTTAACTCATTGGATATAAGGTAGTTTCCTTTGTAAATTCAGGTACAGAGGCAAATGAATTAGCTACAATGATGGCTCGCTTGTACACTGGTAACCATGATATGATTTCAGTGAGAAATGGATACCATGGAAATAGTGCTAACACAATGGGATTGACCAGTCAGAGCAAATGGAAATTTAACATTGTG
CAGGGTGTTGGTGGAGCAATCGAACTGGCACCTGGATACTTGCTAGCAATTTATGATAGTGTCCGGAAGGTTGGAGGTGTTTGTATATCTGATGAGGTTCAGACAGGATTTGGTCGTATGGGAAGTCATTACTGGGGCTTTGAAACACAAGGTGTTATCCCCGACATTGTAACTATGGCCAAGTCATTGGAGATGTAAGG
GGGAGAGGTCTAATGATTGGGGTTGAGCTTGTAACTGATCGAACTTCAAAAACACCAGCCAAAGAAGAGACTTCAATTGTATTTGAGAGGATGAAAGACTTGGGAGTGTTGGCTGGAAAAGGAGGAATGTATGGAAATGTCTTCAGAATCAAGCCTCCAATGTGCTTCACAAAGGAAGATTCTGATTTTCTTGTGGATGT
TATGGACTATTCACTGTCAA

>TRINITY_DN121070_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AGCTTAACATCTCACAGACAGAGGACATAACGGCCCTTCAGCTTCATCTCCATCTCCATCTGAGTGTTTGGCTGGGCGATCAACATGATGTTGGGTATCAGGAGATTGGTGGGTGCCAATGGCAGTCAGAAGAGGATTGGATTTGGCATGAGGGCCATGGCTTCAATCTCTGCTGCTGAGAGCCATGATCCCTCTGTTGT
CCTGCCTCGGATGCCCGCATTTGATTACAAGCCCCAGCCTTACACGGGTCCCTTGGCCGAGGAGATATTGAAGAAGAGGAAGCAGTACCTCGGCCCTTCCAATTTTTATTTCTATGATAACCCTTTGAATATTGTTGAAGGGAAAATGCAATACTTGTTTGATGAAGATGGGCGTCGATACTTGGATGCTTTTGCAGGCA
TCGTGTGTATTTCCTGTGGGCACTGTCACCCTGAAGTTGTTGATACTATCATAAAGCAGACTAAGCTGCTGCAGCATACTACCACAATATATCTTCATCATGCAGTTGGAGAGCTTGCAGAGGCATTAGCTGCAAAGATGCCTGGAAATCTTAAGGTAGTTTTCTTTGTAAATTCAGGTACAGAGGCAAATGAATTAGCT
ACAATGATGGCTCGCTTGTACACTGGTAACCATGATATGATTTCAGTGAGAAATGGATACCATGGAAATAGTGCTAACACAATGGGATTGACCAGTCAGAGCAAATGGAAATTTAACATTGTGCAGgtttgtaaattaaaacctcatatgtggaaacttctgttagagagcaaggagattagtgttccccatgggtattt
gggcttctgagtggggagacagggattcaatacccacaattcaacaatatgaagtaatgctaaatataggaatagggattaacattgtctgtgcaaatgcttgtgtgttttttattggtacgatcagagccttgtgtacagaggtcaagcttcatgttcgactgttagtttcattatgtccttgaaaataaattcaaagt
tattaaaatttgtgcagagtggagtgcatcacgcactcaaccctaacccatatcgaggggtttttggttctgatgggccacaatatgctaaagatgttcaagatattattgactttggaaccactgggagtgttgctggatttatttcagaaactatacaggtagtttacatttccttgatgtgttacttctaatataaa
gacaagtttagggtttagaagtggaggttgctcaatctactatatagcttgtaaatggttattttcattgaagatatgtgaggtaatagttttttgcatggtgtctctattttagGGTGTTGGTGGAGCAATCGAACTGGCACCTGGATACTTGCTAGCAATTTATGATAGTGTCCGGAAGGTTGGAGGTGTTTGTATAT
CTGATGAGGTTCAGACAGGATTTGGTCGTATGGGAAGTCATTACTGGGGCTTTGAAACACAAGGTGTTATCCCCGACATTGTAACTATGGCCAAGGTTGTCTTTCTTTCTGTTTGCTTCCTTCTTTCGATTCTTTCATTTCTGGC

Intron 6 GTTTGTAAAT ... AATTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.36	39	17	21.8
A2	40.32	32	21.6	13.4
A3	34.29	23	12	7.5
A4	20.59	27	7	8.4
A5	26.67	11	4	7.4
A6	18.75	39	9	9.4
A7	30.91	38	17	18.1
A8	26.67	22	8	10.3
A9	35.92	35	19.6	12.6
A10	40.43	28	19	9.1

>TRINITY_DN121070_c0_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

AGCTTAACATCTCACAGACAGAGGACATAACGGCCCTTCAGCTTCATCTCCATCTCCATCTGAGTGTTTGGCTGGGCGATCAACATGATGTTGGGTATCAGGAGATTGGTGGGTGCCAATGGCAGTCAGAAGAGGATTGGATTTGGCATGAGGGCCATGGCTTCAATCTCTGCTGCTGAGAGCCATGATCCCTCTGTTGT
CCTGCCTCGGATGCCCGCATTTGATTACAAGCCCCAGCCTTACACGGGTCCCTTGGCCGAGGAGATATTGAAGAAGAGGAAGCAGTACCTCGGCCCTTCCAATTTTTATTTCTATGATAACCCTTTGAATATTGTTGAAGGGAAAATGCAATACTTGTTTGATGAAGATGGGCGTCGATACTTGGATGCTTTTGCAGGCA
TCGTGTGTATTTCCTGTGGGCACTGTCACCCTGAAGTTGTTGATACTATCATAAAGCAGACTAAGCTGCTGCAGCATACTACCACAATATATCTTCATCATGCAGTTGGAGAGCTTGCAGAGGCATTAGCTGCAAAGATGCCTGGAAATCTTAAGGTAGTTTTCTTTGTAAATTCAGGTACAGAGGCAAATGAATTAGCT
ACAATGATGGCTCGCTTGTACACTGGTAACCATGATATGATTTCAGTGAGAAATGGATACCATGGAAATAGTGCTAACACAATGGGATTGACCAGTCAGAGCAAATGGAAATTTAACATTGTGCAGAGTGGAGTGCATCACGCACTCAACCCTAACCCATATCGAGGGGTTTTTGGTTCTGATGGGCCACAATATGCTAA
AGATGTTCAAGATATTATTGACTTTGGAACCACTGGGAGTGTTGCTGGATTTATTTCAGAAACTATACAGGGTGTTGGTGGAGCAATAGAACTGGCACCTGGATACTTGCCAGCAGTTTATGATAGTGTCCGGAAGGCTGGAGGTGTTTGTATATCTGATGAGGTTCAGACAGGATTTGGTCGTATGGGAAGTCATTACT
GGGGCTTTGAAACACAAGGTGTTATCCCCGACATTGTAACTATGGCCAAGTCTGTACTCCTGGTGGCCATGCCGTGCTAAAAGTTTTAGAGAAAGAAAAATGACAAGAACATTGTGCTGTTGTGGGCACTCATCTAATCAACCGTTTAAAAGAACTTCAAGACAAATATGAAAGTAATTTTCTCACCAAATTTCATTCAG
CAATAAAACCAATGCTACCTTTTCTTTTTAGAAGTTGAAAGATCTCTTAAGCTAGAACATCTGCGGCTCTGCTGACTTCCATCAGACAAGTTTTCTTTCTGGAATTGAAGATCAGTAGTTTTTCAATAAGGAAAACGTTGTTATCTCATTCTATTTGTATGTTATGTTTTGCATTTGGATCTTCTTCTACATCTCTTTTC
TTTGTCTTATTGTTGTTATAATGAGAAAGAACTGGGCTAATTCCTTTTTTTCCCAGTCTAAGAACAACTAAGACATATTTCAAGCATAAACCTGAAACTTTGTGCCTTCTTTATAGTGAGTCATGTATTGAGAAAATATTCCATCAAAACAGATGATATCAACATTTCATTTCCTCTCAACATTGGTGAAATACTTGCAT
CTATAACTAACTAAAAGTTTGGTTTTGTCTCAGTCATTGGAGATGTAAGGGGGAGAGGTCTAATGATTGGGGTTGAGCTTGTAACTGATCGAACTTCAAAAACACCAGCCAAAGAAGAGACTTCAATTGTATTTGAGAGGATGAAAGACTTGGGAGTGTTGGCTGGAAAAGGAGGAATGTATGGAAATGTCTTCAGAATC
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>TRINITY_DN121070_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AGCTTAACATCTCACAGACAGAGGACATAACGGCCCTTCAGCTTCATCTCCATCTCCATCTGAGTGTTTGGCTGGGCGATCAACATGATGTTGGGTATCAGGAGATTGGTGGGTGCCAATGGCAGTCAGAAGAGGATTGGATTTGGCATGAGGGCCATGGCTTCAATCTCTGCTGCTGAGAGCCATGATCCCTCTGTTGT
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