sp|Q9LQM7|HFA1D_ARATH ----> Heat stress transcription factor A-1d


Intron 1 GTCCGTGGAT ... TTGATGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A173.232.56.57
A227.27421
A355.519.51013
A492.310.58.52
A552.73222
A687.33.52127
A777.0238.511
A879.193.513.513
A973.913611
A1073.34262



>TRINITY_DN96367_c0_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform
CCAGGAGATGTTGATTTCTGTATAAACAAAGAGGAACCCAAATCAGTCCTGGGCTGTGAGATGAGTAATGATCCATTTTGGGATCAACTTTTTAGTGATAACCCTCAATCTATTCAATCAGGGGCTGACGGAGAAGGCGATTTTCCGGGGACTGGTATGCCAGGGCCAGAGGAAAGACCTGGAGCTGGGGAATGGTGGGA
GAGTGGACCTAACATGAATGATCTTGCAAACCAGATGGGACAGCTTGCCAAGGACCCTTCCAACTCTTGAGATTCCTCTGGCAAAGCAGAATTCATTAGATTGTGGGGCTCAATTTTGGAACAGCGTTATATGCACACTTCATTCAAATTTTCATTTAAAAGCTTCAACGATCTCCATGGAGATTAGCGTGTTCGTAATT
TAGTTCTTGGTGCTCAAGAAAGTGGATCCCATTGTTGCTGTGAGCAGACTTAGTTAGCTTGGTTAGCTGCAGCACATTTTGAGTTATTAAAATGAGAATGTGTCGATGGCTGTGCAGGAGTCTGAGTGCAGCATTCTGAGGTCCGTGGATCATTAGTGTCATCTTAACTTGCTACAGAACCCAATACAGGAAATTATCCA
TTCCCTTGATATGCATGCTGCTGCTGTTTTTGTGACAACCTGTTGTCCTGTGTATGATGATTGTGTTTTAAAAG


>TRINITY_DN96367_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:
CCAGGAGATGTTGATTTCTGTATAAACAAAGAGGAACCCAAATCAGTCCTGGGCTGTGAGATGAGTAATGATCCATTTTGGGATCAACTTTTTAGTGATAACCCTCAATCTATTCAATCAGGGGCTGACGGAGAAGGCGATTTTCCGGGGACTGGTATGCCAGGGCCAGAGGAAAGACCTGGAGCTGGGGAATGGTGGGA
GAGTGGACCTAACATGAATGATCTTGCAAACCAGATGGGACAGCTTGCCAAGGACCCTTCCAACTCTTGAGATTCCTCTGGCAAAGCAGAATTCATTAGATTGTGGGGCTCAATTTTGGAACAGCGTTATATGCACACTTCATTCAAATTTTCATTTAAAAGCTTCAACGATCTCCATGGAGATTAGCGTGTTCGTAATT
TAGTTCTTGGTGCTCAAGAAAGTGGATCCCATTGTTGCTGTGAGCAGACTTAGTTAGCTTGGTTAGCTGCAGCACATTTTGAGTTATTAAAATGAGAATGTGTCGATGGCTGTGCAGGAGTCTGAGgtccgtggatcattagttccttttataaattcctttagcatattttaagttattaaaatgagaagtgttgatgg
cag
TGCAGCATTCTGAGGTCCGTGGATCATTAGTGTCATCTTAACTTGCTACAGAACCCAATACAGGAAATTATCCATTCCCTTGATATGCATGCTGCTGCTGTTTTTGTGACAACCTGTTGTCCTGTGTATGATGATTGTGTTTTAAAAG




Intron 2 GTATGTAGTA ... GTCCTAGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A230742
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A926.9219140
A1033.624.7187



>TRINITY_DN41147_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform
AAAATATCCGTGCTCGTCTTCCCCCTCACCCGCCCCTGCACCTTCCTTAGCCTTTCCAATTTGGGCAAAAACTCTGAAATGAAAATCATGCGAGACTCTAGATATTTCTAGATACAGCGGGAGCGGGGCTTGCAGGCCAATAAAATCCCTTTAAAGGGATCACCTTTTTCCATGATCCCCCAATAAAATTCGGATAATTC
ATTTCAATCACATCTCATTCACTCAGAGGTTCTGCTGAGGTTTACCCAGATGGGTAATGGCGATAACCAACCGTATTGAACTCTGAATTCAATCTGAAAACTCGGTATCTCGAATACTGATTTCTTTTATTGATCCAGCGACGGTTTCTGAGTTGGCTTTGCCTCATTTTTTGGGGCAAAAACACCCCCTTAAACAAATA
TAAAGAAGACAAGGCACCGTCAGAAAATTACCGACAATGGCGACCTCCGGAGAAGGTTCAAGCTCCTCCCCCTTTGGTTTCGCAGATGAGTATTCGAAACAATTGCCTCCTGCCCCGCCCCAGCCCATGGAGGGATTGCAAAGCAGCGCCATTCCTCCGTTTCTCACCAAGACATACGATATGGTGGATGATCCCTCGAC
GGACGCAGTGGTTTCCTGGAGTAACGCGGGCAACAGTTTTATTGTGTGGAATCCTCCCGAGTTTTCTCAAAACCAGCTGCCCCGGTGTTTCAAGCACAACAATTTCTCTAGCTTCGTTCGCCAGCTTAATACTTATGGATTTCGGAAGGTTGACCCAGATCGTTGGGAGTTTGCAAATGAAGGGTTCTTACGTGGGCAGA
AGCATTTGTTAAAGAACATTCATCGCCGCAAGCCAGTTCAGATTCAGCAGTTGTCACCTTCTCTTGGGACCTGTGTCGAAGTTGGAAAATTTGGGCTAGAAGGTGAGGTGGAGAGATTAAAGCGTGATAAGAATGTATTAATGCTTGAGCTGGTTCGATTGCGGCAACAGCAACATAATACTGAATGTGAAATGCAAACA
ATGAACCAGCGTTTGCAGACTACAGAGCAGAGACACCAGCAGATGATGTCTTTTCTAGCTAAAGCTATGCAGAATCCCAGTTTCCTAGCACAGCTAGTTCAACAGAAGGAAAAAAAGCAACTGGCTGCAGCTAGAAAGAGAAAACGTTTGCCAACGCAGCAGCAGGCTCCGGAAGGGGACTTGGGGCCATCTAATGAGGG
ACAAATCATTAGATACCAGCCCAATCCAAGTGATAATACTGAGTCTTCCTTGATTGAAAAACTTGAACTTGAACTACCTTCCAGTCCTTTGAGAGCACTTTTTTGTGAGATTGGAAGTTCAGGAGAGAACATACAGGAGAGCAGCACATTGGCAGGAGAATCGATAGCTGTAAAGGGAATTGAGCAAGTGATTCAGGAAG
GTGTTCCAAACCCAGTTGCCATAGAAATCTCTGCAATGTCTCATTTGCAGCCTCCCTCCCTTTCAGCACTTGCCAAAGGTAAGCATGTGGAGAGCTGCCAACCTGAGGATGATCTGCAAGATGAGGAATATCTTGTTTCCTTTGGAGAGACTGTGTGCTCAGAAGAACAAAATACAGATCTGATAGGCTTAGAACTTGAC
CTGCCAGGAGATGTTGATTTCTGTATAAACAAAGAGGAACCCAAATCAGTCCTGGGCTGTGAGATGAGTAATGATCCATTTTGGGATCAACTTTTTAGTGATAACCCTCAATCTATTCAATCAGGGGCTGACGGAGAAGGCGATTTTCCGGGGACTGGTATGCCAGGGCCAGAGGAAAGACCTGGAGCTGGGGAATGGTG
GGAGAGTGGACCTAACATGAATGATCTTGCAAACCAGATGGGACAGCTTGCCAAGGACCCTTCCAACTCTTGAGATTCCTCTGGCAAAGCAGAATTCATTAGATTGTGGGGCTCAATTTTGGAACAGCGTTATATGCACACTTCATTCAAATTTTCATTTAAAAGCTTCAACGATCTCCATGGAGATTAGCGTGTTCGTA
ATTTAGTTCTTGGTGCTCAAGAAAGTGGATCCCATTGTTGCTGTGAGCAGACTTAGTTAGCTTGGTTAGCTGCAGCACATTTTGAGTTATTAAAATGAGAATGTGTCGATGGCTGTGCAGGAGTCTGAGACATTGGTGGCAGCTTTGTATCAGTTGCAATGTATATGGGAGCCACCTTTGTATAACTCTAGATTCTGGAT
TGTTGTCTCTGGAGTTCTTATCTGCGTACAATCCAACGATTGACATTATAAATGTTTTATACTTAATGACAATTGTGTCACTCTGAATCCTTAGAATACAATTCCGATCCGTACCCTGCCCGAAACAGATTGTCCCGAGCTTCCCATTAGTCACCTCAGTTACAGGAGAAAGTGAATGCTTTCTTTCTCACATCTTGCTA
TGTTCGGACTACCCAATTCTTTGGATTTTGATGCTGATGATTTTGTGTGAGTCAGTAAGATTGTAGGAATCTATGTAATCCATCTTTGAAAGCAAGCATGCTGCGTCCATTGAGTGGGCATAGGTCAGCATGCCATTGGAAGTGGTTCAGTATTCCATTCCAAAGAGAGCTTGATGGTTGAATTAATGTCGACAAATGCA
CACTTGTACACCAATTGGAAAGGCCACAATGTATCGAGTGTGAATCTGTTCTGTCATCTGTAAAATTATGTTGAATTGATAAAATAGGGGAGAAAAAGTGATTCATCCCTTTTGTTATAAGTATGAAAATTATATAGAAAATTGCAACCAGATTTGACACTAACTATTTATTTTTTTTGGATTGAATGTGATATTATAAA
TGTCCATGAAAGATACTAAACTTTCATGACAAGTTCATTGATGTTCCTTAAACACTAACAGTCACGATAATTAAATAATCTTTTATAAATAATGCATCTAGAGTTTGGC


>TRINITY_DN41147_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:
AAAATATCCGTGCTCGTCTTCCCCCTCACCCGCCCCTGCACCTTCCTTAGCCTTTCCAATTTGGGCAAAAACTCTGAAATGAAAATCATGCGAGACTCTAGATATTTCTAGATACAGCGGGAGCGGGGCTTGCAGGCCAATAAAATCCCTTTAAAGGGATCACCTTTTTCCATGATCCCCCAATAAAATTCGGATAATTC
ATTTCAATCACATCTCATTCACTCAGAGGTTCTGCTGAGGTTTACCCAGATGGGTAATGGCGATAACCAACCGTATTGAACTCTGAATTCAATCTGAAAACTCGGTATCTCGAATACTGATTTCTTTTATTGATCCAGCGACGGTTTCTGAGTTGGCTTTGCCTCATTTTTTGGGGCAAAAACACCCCCTTAAACAAATA
TAAAGAAGACAAGGCACCGTCAGAAAATTACCGACAATGGCGACCTCCGGAGAAGGTTCAAGCTCCTCCCCCTTTGGTTTCGCAGATGAGTATTCGAAACAATTGCCTCCTGCCCCGCCCCAGCCCATGGAGGGATTGCAAAGCAGCGCCATTCCTCCGTTTCTCACCAAGACATACGATATGGTGGATGATCCCTCGAC
GGACGCAGTGGTTTCCTGGAGTAACGCGGGCAACAGTTTTATTGTGTGGAATCCTCCCGAGTTTTCTCAAAACCAGCTGCCCCGGTGTTTCAAGCACAACAATTTCTCTAGCTTCGTTCGCCAGCTTAATACTTATGGATTTCGGAAGGTTGACCCAGATCGTTGGGAGTTTGCAAATGAAGGGTTCTTACGTGGGCAGA
AGCATTTGTTAAAGAACATTCATCGCCGCAAGCCAGTTCAGATTCAGCAGTTGTCACCTTCTCTTGGGACCTGTGTCGAAGTTGGAAAATTTGGGCTAGAAGGTGAGGTGGAGAGATTAAAGCGTGATAAGAATGTATTAATGCTTGAGCTGGTTCGATTGCGGCAACAGCAACATAATACTGAATGTGAAATGCAAACA
ATGAACCAGCGTTTGCAGACTACAGAGCAGAGACACCAGCAGATGATGTCTTTTCTAGCTAAAGCTATGCAGAATCCCAGTTTCCTAGCACAGCTAGTTCAACAGAAGGAAAAAAAGCAACTGGCTGCAGCTAGAAAGAGAAAACGTTTGCCAACGCAGCAGCAGGCTCCGGAAGGGGACTTGGGGCCATCTAATGAGGG
ACAAATCATTAGATACCAGCCCAATCCAAGTGATAATACTGAGTCTTCCTTGATTGAAAAACTTGAACTTGAACTACCTTCCAGTCCTTTGAGAGCACTTTTTTGTGAGATTGGAAGTTCAGGAGAGAACATACAGGAGAGCAGCACATTGGCAGGAGAATCGATAGCTGTAAAGGGAATTGAGCAAGTGATTCAGGAAG
GTGTTCCAAACCCAGTTGCCATAGAAATCTCTGCAATGTCTCATTTGCAGCCTCCCTCCCTTTCAGCACTTGCCAAAGGTAAGCATGTGGAGAGCTGCCAACCTGAGGATGATCTGCAAGATGAGGAATATCTTGTTTCCTTTGGAGAGACTGTGTGCTCAGAAGAACAAAATACAGATCTGATAGGCTTAGAACTTGAC
CTGCCAGGAGATGTTGATTTCTGTATAAACAAAGAGGAACCCAAATCAGTCCTGGGCTGTGAGATGAGTAATGATCCATTTTGGGATCAACTTTTTAGTGATAACCCTCAATCTATTCAATCAGGGGCTGACGGAGAAGGCGATTTTCCGGGGACTGGTATGCCAGGGCCAGAGGAAAGACCTGGAGCTGGGGAATGGTG
GGAGAGTGGACCTAACATGAATGATCTTGCAAACCAGATGGGACAGCTTGCCAAGGACCCTTCCAACTCTTGAGATTCCTCTGGCAAAGCAGAATTCATTAGATTGTGGGGCTCAATTTTGGAACAGCGTTATATGCACACTTCATTCAAATTTTCATTTAAAAGCTTCAACGATCTCCATGGAGATTAGCGTGTTCGTA
ATTTAGTTCTTGGTGCTCAAGAAAgtatgtagtaagatacctctctcttttatccacagtatatgggattccagttgttaggatgcttactgctcttttgtctgtcctagcagGTGGATCCCATTGTTGCTGTGAGCAGACTTAGTTAGCTTGGTTAGCTGCAGCACATTTTGAGTTATTAAAATGAGAATGTGTCGATG
GCTGTGCAGGAGTCTGAGGTCCGTGGATCATTAGTTCCTTTTATAAATTCCTTTAGCATATTTTAAGTTATTAAAATGAGAAGTGTTGATGGCAGTGCAGCATTCTGAGGTCCGTGGATCATTAGTGTCATCTTAACTTGCTACAGAACCCAATACAGGAAATTATCCATTCCCTTGATATGCATGCTGCTGCTGTTTTT
GTGACAACCTGTTGTCCTGTGTATGATGATTGTGTTTTAAAAGGTAGTATTGTATTGCATTCACAT




Intron 3 GTCCGTGGAT ... GGCAGTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A173.132.566.8
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A881.533.31312.8
A980.432.3610.3
A1046.974.86.32



>TRINITY_DN41147_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform
GGATCCCATTGTTGCTGTGAGCAGACTTAGTTAGCTTGGTTAGCTGCAGCACATTTTGAGTTATTAAAATGAGAATGTGTCGATGGCTGTGCAGGAGTCTGAGCATTCTGAGGTCCGTGGATCATTAGTGTCATCTTAACTTGCTACAGAACCCAATACAGGAAATTATCCATTCCCTTGATATGCATGCTGCTGCTGTT
TTTGTGACAACCTGTTGTCCTGTGTATGATGATTGTGTTTTAAAAGACATTGGTGGCAGCTTTGTATCAGTTGCAATGTATATGGGAGCCACCTTTGTATAACTCTAGATTCTGGATTGTTGTCTCTGGAGTTCTTATCTGCGTACAATCCAACGATTGACATTATAAATGTTTTATACTTAATGACAATTGTGTCACTC
TGAATCCTTAGAATACAATTCCGATCCGTACCCTGCCCGAAACAGATTGTCCCGAGCTTCCCATTAGTCACCTCAGTTACAGGAGAAAGTGAATGCTTTCTTTCTCACATCTTGCTATGTTCGGACTACCCAATTCTTTGGATTTTGATGCTGATGATTTTGTGTGAGTCAGTAAGATTGTAGGAATCTATGTAATCCAT
CTTTGAAAGCAAGCATGCTGCGTCCATTGAGTGGGCATAGGTCAGCATGCCATTGGAAGTGGTTCAGTATTCCATTCCAAAGAGAGCTTGATGGTTGAATTAATGTCGACAAATGCACACTTGTACACCAATTGGAAAGGCCACAATGTATCGAGTGTGAATCTGTTCTGTCATCTGTAAAATTATGTTGAATTGATAAA
ATAGGGGAGAAAAAGTGATTCATCCCTTTTGTTATAAGTATGAAAATTATATAGAAAATTGCAACCAGATTTGACACTAACTATTTATTTTTTTTGGATTGAATGTGATATTATAAATGTCCATGAAAGATACTAAACTTTCATGACAAGTTCATTGATGTTCCTTAAACACTAACAGTCACGATAATTAAATAATCTTT
TATAAATAATGCATCTAGAGTTTGGC


>TRINITY_DN41147_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:
AAAATATCCGTGCTCGTCTTCCCCCTCACCCGCCCCTGCACCTTCCTTAGCCTTTCCAATTTGGGCAAAAACTCTGAAATGAAAATCATGCGAGACTCTAGATATTTCTAGATACAGCGGGAGCGGGGCTTGCAGGCCAATAAAATCCCTTTAAAGGGATCACCTTTTTCCATGATCCCCCAATAAAATTCGGATAATTC
ATTTCAATCACATCTCATTCACTCAGAGGTTCTGCTGAGGTTTACCCAGATGGGTAATGGCGATAACCAACCGTATTGAACTCTGAATTCAATCTGAAAACTCGGTATCTCGAATACTGATTTCTTTTATTGATCCAGCGACGGTTTCTGAGTTGGCTTTGCCTCATTTTTTGGGGCAAAAACACCCCCTTAAACAAATA
TAAAGAAGACAAGGCACCGTCAGAAAATTACCGACAATGGCGACCTCCGGAGAAGGTTCAAGCTCCTCCCCCTTTGGTTTCGCAGATGAGTATTCGAAACAATTGCCTCCTGCCCCGCCCCAGCCCATGGAGGGATTGCAAAGCAGCGCCATTCCTCCGTTTCTCACCAAGACATACGATATGGTGGATGATCCCTCGAC
GGACGCAGTGGTTTCCTGGAGTAACGCGGGCAACAGTTTTATTGTGTGGAATCCTCCCGAGTTTTCTCAAAACCAGCTGCCCCGGTGTTTCAAGCACAACAATTTCTCTAGCTTCGTTCGCCAGCTTAATACTTATGGATTTCGGAAGGTTGACCCAGATCGTTGGGAGTTTGCAAATGAAGGGTTCTTACGTGGGCAGA
AGCATTTGTTAAAGAACATTCATCGCCGCAAGCCAGTTCAGATTCAGCAGTTGTCACCTTCTCTTGGGACCTGTGTCGAAGTTGGAAAATTTGGGCTAGAAGGTGAGGTGGAGAGATTAAAGCGTGATAAGAATGTATTAATGCTTGAGCTGGTTCGATTGCGGCAACAGCAACATAATACTGAATGTGAAATGCAAACA
ATGAACCAGCGTTTGCAGACTACAGAGCAGAGACACCAGCAGATGATGTCTTTTCTAGCTAAAGCTATGCAGAATCCCAGTTTCCTAGCACAGCTAGTTCAACAGAAGGAAAAAAAGCAACTGGCTGCAGCTAGAAAGAGAAAACGTTTGCCAACGCAGCAGCAGGCTCCGGAAGGGGACTTGGGGCCATCTAATGAGGG
ACAAATCATTAGATACCAGCCCAATCCAAGTGATAATACTGAGTCTTCCTTGATTGAAAAACTTGAACTTGAACTACCTTCCAGTCCTTTGAGAGCACTTTTTTGTGAGATTGGAAGTTCAGGAGAGAACATACAGGAGAGCAGCACATTGGCAGGAGAATCGATAGCTGTAAAGGGAATTGAGCAAGTGATTCAGGAAG
GTGTTCCAAACCCAGTTGCCATAGAAATCTCTGCAATGTCTCATTTGCAGCCTCCCTCCCTTTCAGCACTTGCCAAAGGTAAGCATGTGGAGAGCTGCCAACCTGAGGATGATCTGCAAGATGAGGAATATCTTGTTTCCTTTGGAGAGACTGTGTGCTCAGAAGAACAAAATACAGATCTGATAGGCTTAGAACTTGAC
CTGCCAGGAGATGTTGATTTCTGTATAAACAAAGAGGAACCCAAATCAGTCCTGGGCTGTGAGATGAGTAATGATCCATTTTGGGATCAACTTTTTAGTGATAACCCTCAATCTATTCAATCAGGGGCTGACGGAGAAGGCGATTTTCCGGGGACTGGTATGCCAGGGCCAGAGGAAAGACCTGGAGCTGGGGAATGGTG
GGAGAGTGGACCTAACATGAATGATCTTGCAAACCAGATGGGACAGCTTGCCAAGGACCCTTCCAACTCTTGAGATTCCTCTGGCAAAGCAGAATTCATTAGATTGTGGGGCTCAATTTTGGAACAGCGTTATATGCACACTTCATTCAAATTTTCATTTAAAAGCTTCAACGATCTCCATGGAGATTAGCGTGTTCGTA
ATTTAGTTCTTGGTGCTCAAGAAAGTATGTAGTAAGATACCTCTCTCTTTTATCCACAGTATATGGGATTCCAGTTGTTAGGATGCTTACTGCTCTTTTGTCTGTCCTAGCAGGTGGATCCCATTGTTGCTGTGAGCAGACTTAGTTAGCTTGGTTAGCTGCAGCACATTTTGAGTTATTAAAATGAGAATGTGTCGATG
GCTGTGCAGGAGTCTGAGgtccgtggatcattagttccttttataaattcctttagcatattttaagttattaaaatgagaagtgttgatggcagtgcagCATTCTGAGGTCCGTGGATCATTAGTGTCATCTTAACTTGCTACAGAACCCAATACAGGAAATTATCCATTCCCTTGATATGCATGCTGCTGCTGTTTTT
GTGACAACCTGTTGTCCTGTGTATGATGATTGTGTTTTAAAAGGTAGTATTGTATTGCATTCACAT




Intron 4 GTCCGTGGAT ... GTTTTAAAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A129.411264
A227.27421
A341.94985
A440.74883
A520210
A649.21162110
A737.781489
A830.1622136
A928.211465
A1023.531371



>TRINITY_DN44803_c0_g2_i1 from sample A7 / Example spliced isoform
CCTGCCCCTGCACCTTCCTTAGCCTTTCCAATTTGGGCAAAAACTCTGAAATGAAAATCATGCGAGACTCTAGATATTTCTAGATACAGCGGGAGCGGGGCTTGCAGGCCAATAAAATCCCTTTAAAGGGATCACCTTTTTCCATGATCCCCCAATAAAATTCGGATAATTCATTTCAATCACATCTCATTCACTCAGAG
GTTCTGCTGAGGTTTACCCAGATGGGTAATGGCGATAACCAACCGTATTGAACTCTGAATTCAATCTGAAAACTCGGTATCTCGAATACTGATTTCTTTTATTGATCCAGCGACGGTTTCTGAGTTGGCTTTGCCTCATTTTTTGGGGCAAAAACACCCCCTTAAACAAATATAAAGAAGACAAGGCACCGTCAGAAAAT
TACCGACAATGGCGACCTCCGGAGAAGGTTCAAGCTCCTCCCCCTTTGGTTTCGCAGATGAGTATTCGAAACAATTGCCTCCTGCCCCGCCCCAGCCCATGGAGGGATTGCAAAGCAGCGCCATTCCTCCGTTTCTCACCAAGACATACGATATGGTGGATGATCCCTCGACGGACGCAGTGGTTTCCTGGAGTAACGCG
GGCAACAGTTTTATTGTGTGGAATCCTCCCGAGTTTTCTCAAAACCAGCTGCCCCGGTGTTTCAAGCACAACAATTTCTCTAGCTTCGTTCGCCAGCTTAATACTTATGGATTTCGGAAGGTTGACCCAGATCGTTGGGAGTTTGCAAATGAAGGGTTCTTACGTGGGCAGAAGCATTTGTTAAAGAACATTCATCGCCG
CAAGCCAGTTCAGATTCAGCAGTTGTCACCTTCTCTTGGGACCTGTGTCGAAGTTGGAAAATTTGGGCTAGAAGGTGAGGTGGAGAGATTAAAGCGTGATAAGAATGTATTAATGCTTGAGCTGGTTCGATTGCGGCAACAGCAACATAATACTGAATGTGAAATGCAAACAATGAACCAGCGTTTGCAGACTACAGAGC
AGAGACACCAGCAGATGATGTCTTTTCTAGCTAAAGCTATGCAGAATCCCAGTTTCCTAGCACAGCTAGTTCAACAGAAGGAAAAAAAGCAACTGGCTGCAGCTAGAAAGAGAAAACGTTTGCCAACGCAGCAGCAGGCTCCGGAAGGGGACTTGGGGCCATCTAATGAGGGACAAATCATTAGATACCAGCCCAATCCA
AGTGATAATACTGAGTCTTCCTTGATTGAAAAACTTGAACTTGAACTACCTTCCAGTCCTTTGAGAGCACTTTTTTGTGAGATTGGAAGTTCAGGAGAGAACATACAGGAGAGCAGCACATTGGCAGGAGAATCGATAGCTGTAAAGGGAATTGAGCAAGTGATTCAGGAAGGTGTTCCAAACCCAGTTGCCATAGAAAT
CTCTGCAATGTCTCATTTGCAGCCTCCCTCCCTTTCAGCACTTGCCAAAGGTAAGCATGTGGAGAGCTGCCAACCTGAGGATGATCTGCAAGATGAGGAATATCTTGTTTCCTTTGGAGAGACTGTGTGCTCAGAAGAACAAAATACAGATCTGATAGGCTTAGAACTTGACCTGCCAGGAGATGTTGATTTCTGTATAA
ACAAAGAGGAACCCAAATCAGTCCTGGGCTGTGAGATGAGTAATGATCCATTTTGGGATCAACTTTTTAGTGATAACCCTCAATCTATTCAATCAGGGGCTGACGGAGAAGGCGATTTTCCGGGGACTGGTATGCCAGGGCCAGAGGAAAGACCTGGAGCTGGGGAATGGTGGGAGAGTGGACCTAACATGAATGATCTT
GCAAACCAGATGGGACAGCTTGCCAAGGACCCTTCCAACTCTTGAGATTCCTCTGGCAAAGCAGAATTCATTAGATTGTGGGGCTCAATTTTGGAACAGCGTTATATGCACACTTCATTCAAATTTTCATTTAAAAGCTTCAACGATCTCCATGGAGATTAGCGTGTTCGTAATTTAGTTCTTGGTGCTCAAGAAAGTGG
ATCCCATTGTTGCTGTGAGCAGACTTAGTTAGCTTGGTTAGCTGCAGCACATTTTGAGTTATTAAAATGAGAATGTGTCGATGGCTGTGCAGGAGTCTGAGACATTGGTGGCAGCTTTGTATCAGTTGCAATGTATATGGGAGCCACCTTTGTATAACTCTAGATTCTGGATTGTTGTCTCTGGAGTTCTTATCTGCGTA
CAATCCAACGATTGACATTATAAATGTTTTATACTTAATGACAATTGTGTCACTCTGAATCCTTAGAATACAATTCCGATCCGTACCCTGCCCGAAACAGATTGTCCCGAGCTTCCCATTAGTCACCTCAGTTACAGGAGAAAGTGAATGCTTTCTTTCTCACATCTTGCTATGTTCGGACTACCCAATTCTTTGGATTT
TGATGCTGATGATTTTGTGTGAGTCAGTAAGATTGTAGGAATCTATGTAATCCATCTTTGAAAGCAAGCATGCTGCGTCCATTGAGTGGGCATAGGTCAGCATGCCATTGGAAGTGGTTCAGTATTCCATTCCAAAGAGAGCTTGATGGTTGAATTAATGTCGACAAATGCACACTTGTACACCAATTGGAAAGGCCACA
ATGTATCGAGTGTGAATCTGTTCTGTCATCTGTAAAATTATGTTGAATTGATAAAATAGGGGAGAAAAAGTGATTCATCCCTTTTGTTATAAGTATGAAAATTATATAGAAAATTGCAACCAGATTTGACACTAACTATTTATTTTTTTTGGATTGAATGTGATATTATAAATGTCCATGAAAGATACTAAACTTTCATG
ACAAGTTCATTGATGTTCCTTAAACACTAACAGTCACGATAATTAAATAATCTTTTATAAATAATGCATCTAGAGTTTGGCCA


>TRINITY_DN44803_c0_g2_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:
CCTGCCCCTGCACCTTCCTTAGCCTTTCCAATTTGGGCAAAAACTCTGAAATGAAAATCATGCGAGACTCTAGATATTTCTAGATACAGCGGGAGCGGGGCTTGCAGGCCAATAAAATCCCTTTAAAGGGATCACCTTTTTCCATGATCCCCCAATAAAATTCGGATAATTCATTTCAATCACATCTCATTCACTCAGAG
GTTCTGCTGAGGTTTACCCAGATGGGTAATGGCGATAACCAACCGTATTGAACTCTGAATTCAATCTGAAAACTCGGTATCTCGAATACTGATTTCTTTTATTGATCCAGCGACGGTTTCTGAGTTGGCTTTGCCTCATTTTTTGGGGCAAAAACACCCCCTTAAACAAATATAAAGAAGACAAGGCACCGTCAGAAAAT
TACCGACAATGGCGACCTCCGGAGAAGGTTCAAGCTCCTCCCCCTTTGGTTTCGCAGATGAGTATTCGAAACAATTGCCTCCTGCCCCGCCCCAGCCCATGGAGGGATTGCAAAGCAGCGCCATTCCTCCGTTTCTCACCAAGACATACGATATGGTGGATGATCCCTCGACGGACGCAGTGGTTTCCTGGAGTAACGCG
GGCAACAGTTTTATTGTGTGGAATCCTCCCGAGTTTTCTCAAAACCAGCTGCCCCGGTGTTTCAAGCACAACAATTTCTCTAGCTTCGTTCGCCAGCTTAATACTTATGGATTTCGGAAGGTTGACCCAGATCGTTGGGAGTTTGCAAATGAAGGGTTCTTACGTGGGCAGAAGCATTTGTTAAAGAACATTCATCGCCG
CAAGCCAGTTCAGATTCAGCAGTTGTCACCTTCTCTTGGGACCTGTGTCGAAGTTGGAAAATTTGGGCTAGAAGGTGAGGTGGAGAGATTAAAGCGTGATAAGAATGTATTAATGCTTGAGCTGGTTCGATTGCGGCAACAGCAACATAATACTGAATGTGAAATGCAAACAATGAACCAGCGTTTGCAGACTACAGAGC
AGAGACACCAGCAGATGATGTCTTTTCTAGCTAAAGCTATGCAGAATCCCAGTTTCCTAGCACAGCTAGTTCAACAGAAGGAAAAAAAGCAACTGGCTGCAGCTAGAAAGAGAAAACGTTTGCCAACGCAGCAGCAGGCTCCGGAAGGGGACTTGGGGCCATCTAATGAGGGACAAATCATTAGATACCAGCCCAATCCA
AGTGATAATACTGAGTCTTCCTTGATTGAAAAACTTGAACTTGAACTACCTTCCAGTCCTTTGAGAGCACTTTTTTGTGAGATTGGAAGTTCAGGAGAGAACATACAGGAGAGCAGCACATTGGCAGGAGAATCGATAGCTGTAAAGGGAATTGAGCAAGTGATTCAGGAAGGTGTTCCAAACCCAGTTGCCATAGAAAT
CTCTGCAATGTCTCATTTGCAGCCTCCCTCCCTTTCAGCACTTGCCAAAGGTAAGCATGTGGAGAGCTGCCAACCTGAGGATGATCTGCAAGATGAGGAATATCTTGTTTCCTTTGGAGAGACTGTGTGCTCAGAAGAACAAAATACAGATCTGATAGGCTTAGAACTTGACCTGCCAGGAGATGTTGATTTCTGTATAA
ACAAAGAGGAACCCAAATCAGTCCTGGGCTGTGAGATGAGTAATGATCCATTTTGGGATCAACTTTTTAGTGATAACCCTCAATCTATTCAATCAGGGGCTGACGGAGAAGGCGATTTTCCGGGGACTGGTATGCCAGGGCCAGAGGAAAGACCTGGAGCTGGGGAATGGTGGGAGAGTGGACCTAACATGAATGATCTT
GCAAACCAGATGGGACAGCTTGCCAAGGACCCTTCCAACTCTTGAGATTCCTCTGGCAAAGCAGAATTCATTAGATTGTGGGGCTCAATTTTGGAACAGCGTTATATGCACACTTCATTCAAATTTTCATTTAAAAGCTTCAACGATCTCCATGGAGATTAGCGTGTTCGTAATTTAGTTCTTGGTGCTCAAGAAAGTAT
GTAGTAAGATACCTCTCTCTTTTATCCACAGTATATGGGATTCCAGTTGTTAGGATGCTTACTGCTCTTTTGTCTGTCCTAGCAGGTGGATCCCATTGTTGCTGTGAGCAGACTTAGTTAGCTTGGTTAGCTGCAGCACATTTTGAGTTATTAAAATGAGAATGTGTCGATGGCTGTGCAGGAGTCTGAGgtccgtggat
cattagttccttttataaattcctttagcatattttaagttattaaaatgagaagtgttgatggcagtgcagcattctgaggtccgtggatcattagtgtcatcttaacttgctacagaacccaatacaggaaattatccattcccttgatatgcatgctgctgctgtttttgtgacaacctgttgtcctgtgtatgatg
attgtgttttaaaag
ACATTGGTGGCAGCTTTGTATCAGTTGCAATGTATATGGGAGCCACCTTTGTATAACTCTAGATTCTGGATTGTTGTCTCTGGAGTTCTTATCTGCGTACAATCCAACGATTGACATTATAAATGTTTTATACTTAATGACAATTGTGTCACTCTGAATCCTTAGAATACAATTCCGATCCGTAC
CCTGCCCGAAACAGATTGTCCCGAGCTTCCCATTAGTCACCTCAGTTACAGGAGAAAGTGAATGCTTTCTTTCTCACATCTTGCTATGTTCGGACTACCCAATTCTTTGGATTTTGATGCTGATGATTTTGTGTGAGTCAGTAAGATTGTAGGAATCTATGTAATCCATCTTTGAAAGCAAGCATGCTGCGTCCATTGAG
TGGGCATAGGTCAGCATGCCATTGGAAGTGGTTCAGTATTCCATTCCAAAGAGAGCTTGATGGTTGAATTAATGTCGACAAATGCACACTTGTACACCAATTGGAAAGGCCACAATGTATCGAGTGTGAATCTGTTCTGTCATCTGTAAAATTATGTTGAATTGATAAAATAGGGGAGAAAAAGTGATTCATCCCTTTTG
TTATAAGTATGAAAATTATATAGAAAATTGCAACCAGATTTGACACTAACTATTTATTTTTTTTGGATTGAATGTGATATTATAAATGTCCATGAAAGATACTAAACTTTCATGACAAGTTCATTGATGTTCCTTAAACACTAACAGTCACGATAATTAAATAATCTTTTATAAATAATGCATCTAGAGTTTGGCCA




Intron 5 GTGAAGTTCC ... GAAAATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A126.3214100
A233.33624
A3251537
A454.55548
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A6202685
A724.3228135
A822.5836183
A926.58291011
A1021.051562



>TRINITY_DN36985_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform
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>TRINITY_DN36985_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:
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