sp|Q9LSZ9|LCB2A_ARATH ----> Long chain base biosynthesis protein 2a

Intron 1 GTACCATGCT ... TGTTCAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	87.09	6.7	46	26
A2	77.7	11.7	40	33
A3	86.55	6.7	36	32
A4	77.97	9.3	33	27
A5	87.88	2.7	22.3	6
A6	86.72	64.7	320	456
A7	85.35	33	148	207
A8	83.96	69	282	413
A9	83.04	48	183	260
A10	84.36	23	97	142

>TRINITY_DN30467_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

TCTTGTTATTACTGGCTTGACTGCTACCCTCAAACTTGTGCCTTGACTACATCTATTCCGGATCGTGTACCTGTATATATGCAGTTTTGACTGATTTATATTAACAGACTATGCATTTTAGGGTCTTGAATGAACATGTGATAGGAGTTTTTAATAAATTCGTGTGGAAGCTTCAATGTATAGTGTACCATGTTATGCTA
TAAGAGGAGAATACCGCTTTCATTTCTTCTGTCTTGTGTATTGTTTCATGAATTTTCTGTATGACCTTCAGAACATTTTTGGGTTTTGGAAAGGTGTAAACCATTTCTAGGTCTGTCATAAATACACTTTAATTAAATATAAAAGATGTGTGATAT

>TRINITY_DN30467_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GATGGATTCTTTGACCATTACATTTCCAATCCAAGTCATCAAATCTACTCTCGAATGGATTTGATTTACAAAATACCATTTGAAAATCCGCGTACTTTCCTAATCCAATGAGTCTTTCAGCCTCATGCTCTCCAGCCAACAATGAAAATATTACATGGTTAATATATTTAACTAAAATAGTAATTAGTAGTTTAACGTCT
TAACACAGAAGACAAACCCCATCCCATTTTATGAGAGTAGAAGACTAAGCGCGTTTGAAGTGGGGATGAAGAGGAGCAGACACTGCCGGTGAGGCCTCCAGCGCCTTCGTTGGCCCTCTCTTTTCCTCGATCCGCCAGATGATCAGTCAAGTTCTGCTAAATTCGTCATCAACGGCCTGCATTTCATATTTCTTCACCGC
CTTAAAACTCTGAATTTTGGCTATTTCCACTTAGATTCACTCCAATCTGATCGGGAATTTTTGTCATATGTTGGGGGTTTTCTGATCATTTTAGCAGATTCGTTGGGCTGTCTCTTCGCAGTGCAGGGAAAAGAGCCTCGATTCGTACAGATTGTAAAGACTGAGTGAGGGGGTTTTAGTTGCGGTATTGCATTTATCGT
CAACATGGTTACCATCCCTTATTTCACAGCTCTTACGACGTATTTCAGTTATGGATTGCTTTTTGTGTTTGGGCATATGCGGGATTTCTTTAGAAGCTTCTTCAAGTCGGATCAGTCCACGCCAGAGGGATATGCTCCACTCTGCAGGGACTTTGAGGACTTTTACACCCGTAGGCTGTATCATCGCATTCAGGATTGTT
TCAACAGGCCTATTGCAAGTGCACCAGATGCTTGGATAGACGTGACTGAACGTGCTTCAAATGACAACAATAAGACATTATTTCGAACTGGAAAGACACATAGGTGCTTAAACCTTGGTTCCTACAACTATCTTGGATTTGCTTCAGCAGATGAGTATTGCACTCCACGTGTGATTGAGTCACTTAAAAGGTTCTCTCCC
AGTACGTGCAGCAGTCGTGTTAATGCTGGTACTACTGTTTTGCATAAAGAACTTGAAGAGTTAGTTGCCAGCTTTGTTGGGAAGCCTGCTGCTATGGTTTATGGAATGGGGTTTGCAACAAACTCGACCACGATTCCAGCATTGATTGGGAAGGGTGGACTCATAGTAAGTGATTCCTTGAATCATTCTTCGATAGTTGC
TGGTGCTCGAGCATCTGGATCAAGAATTACTGTTTTTCAGCACAATACACCTTCACACTTGGAGGAAGTGCTTCGAGAAGCGATAGCAGAAGGTCAGCCTCGGACTCATAGACCTTGGAAGAAAATAATTGTTGTGGTGGAAGGGATTTACAGTATGGAGGGTGAATTATGCAAACTTCCAGAAATTGTAGCTGTCTGCA
AGAAGTACAAGGCTTATATATACTTGGATGAAGCGCATAGTATTGGAGCTGTTGGAAAAACAGGAAGGGGAATCTGTGAGCTTCTAGGAGTGGATACTTCTGATATTGATATTATGATGGGCACCTTCACAAAATCATTTGGATCATGTGGAGGTTACATTGCTGGATCCAAGGACCTCATTAAATACTTGAAGGCTGTC
AGTCCTGGTCACCTCTATGCAACAGCTATCTCTCCACCTGCTGTGCAGCAGGTCATATCAGCTGTGAAAGTGATTCTTGGTGAAGATGGTTCAAATCGAGGAGCTCAAAAGCTTGCACGCATTCGAGAAAATAGCAACTTTTTTCGTGCTGAGTTGAAGAAGATGGGATGCGAGGTTCTAGGAGACCATGATTCACCTGT
TATGCCAATAATGATCTATAACCCAGCAAAAATTCCCGCCTTCTCTAGAGAATGCTTCAAACGCGATATTGCAATGGTGACAGTTGCCTTTCCTGCGACACCTTTGCTATTAGCAAGGGCACGCATTTGCTTGTCTGCCTCACATACCAAGGAAGATCTGATGAAGGCATTGGAAGTAATTAGGGAGGTTGGTGATATGG
TTCAAATGAAATATTTTCCAAGGGAACCGGAGAAACAGCTTAAAGAGGAGCAATGGCAACAGTACGAGACGAAGAAGCTTTCTTAAACTCAATCTGAATCTTGTTATTACTGGCTTGACTGgtaccatgcttattgatgctgctgctgaagctttgtacttttgatgtgctttatcatttgtattgaagatatccagggg
agtgccttttgtaatgctattctgtttggtccttttttatggcaatttattgtgagacccaaaacaaattttatagtaattgtgtagattagcaaataagataattatttcttctgagactgtttgaatgtgttcaacagCTACCCTCAAACTTGTGCCTTGACTACATCTATTCCGGATCGTGTACCTGTATATATGCA
GTTTTGACTGATTTATATTAACAGACTATGCATTTTAGGGTCTTGAATGAACATGTGATAGGAGTTTTTAATAAATTCGTGTGGAAGCTTCAATGTATAGTGTACCATGTTATGCTATAAGAGGAGAATACCGCTTTCATTTCTTCTGTCTTGTGTATTGTTTCATGAATTTTCTGTATGACCTTCAGAACATTTTTGGG
TTTTGGAAAGGTGTAAACCATTTCTAGGTCTGTCATAAATACACTTTAATTAAATATAAAAGATGTGTGATAT

Intron 2 GTGAGGCCTC ... ATTTTAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84.62	11	52	69
A2	92.41	3	38	35
A3	87.16	7	54	41
A4	77.08	11	33	41
A5	87.34	5	41	28
A6	67.74	10	23	19
A7	75.61	15	49	44
A8	80.95	2	11	6
A9	76	12	42	34
A10	86.47	9	69	46

>TRINITY_DN36000_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

GCCTCATGCTCTCCAGCCAACAATGAAAATATTACATGGTTAATATATTTAACTAAAATAGTAATTAGTAGTTTAACGTCTTAACACAGAAGACAAACCCCATCCCATTTTATGAGAGTAGAAGACTAAGCGCGTTTGAAGTGGGGATGAAGAGGAGCAGACACTGCCGATTCGTTGGGCTGTCTCTTCGCAGTGCAGGG
AAAAGAGCCTCGATTCGTACAGATTGTAAAGACTGAGTGAGGGGGTTTTAGTTGCGGTATTGCATTTATCGTCAACATGGTTACCATCCCTTATTTCACAGCTCTTACGACGTATTTCAGTTATGGATTGCTTTTTGTGTTTGGGCATATGCGGGATTTCTTTAGAAGCTTCTTCAAGTCGGATCAGTCCACGCCAGAGG
GATATGCTCCACTCTGCAGGGACTTTGAGGACTTTTACACCCGTAGGCTGTATCATCGCATTCAGGATTGTTTCAACAGGCCTATTGCAAGTGCACCAGATGCTTGGATAGACGTGACTGAACGTGCTTCAAATGACAACAATAAGACATTATTTCGAACTGGAAAGACACATAGGTGCTTAAACCTTGGTTCCTACAAC
TATCTTGGATTTGCTTCAGCAGATGAGTATTGCACTCCACGTGTGATTGAGTCACTTAAAAGGTTCTCTCCCAGTACGTGCAGCAGTCGTGTTAATGCTGGTACTACTGTTTTGCATAAAGAACTTGAAGAGTTAGTTGCCAGCTTTGTTGGGAAGCCTGCTGCTATGGTTTATGGAATGGGGTTTGCAACAAACTCGAC
CACGATTCCAGCATTGATTGGGAAGGGTGGACTCATAGTAAGTGATTCCTTGAATCATTCTTCGATAGTTGCTGGTGCTCGAGCATCTGGATCAAGAATTACTGTTTTTCAGCACAATACACCTTCACACTTGGAGGAAGTGCTTCGAGAAGCGATAGCAGAAGGTCAGCCTCGGACTCATAGACCTTGGAAGAAAATAA
TTGTTGTGGTGGAAGGGATTTACAGTATGGAGGGTGAATTATGCAAACTTCCAGAAATTGTAGCTGTCTGCAAGAAGTACAAGGCTTATATATACTTGGATGAAGCGCATAGTATTGGAGCTGTTGGAAAAACAGGAAGGGGAATCTGTGAGCTTCTAGGAGTGGATACTTCTGATATTGATATTATGATGGGCACCTTC
ACAAAATCATTTGGATCATGTGGAGGTTACATTGCTGGATCCAAGGACCTCATTAAATACTTGAAGGCTGTCAGTCCTGGTCACCTCTATGCAACAGCTATCTCTCCACCTGCTGTGCAGCAGGTCATATCAGCTGTGAAAGTGATTCTTGGTGAAGATGGTTCAAATCGAGGAGCTCAAAAGCTTGCACGCATTCGAGA
AAATAGCAACTTTTTTCGTGCTGAGTTGAAGAAGATGGGATGCGAGGTTCTAGGAGACCATGATTCACCTGTTATGCCAATAATGATCTATAACCCAGCAAAAATTCCCGCCTTCTCTAGAGAATGCTTCAAACGCGATATTGCAATGGTGACAGTTGCCTTTCCTGCGACACCTTTGCTATTAGCAAGGGCACGCATTT
GCTTGTCTGCCTCACATACCAAGGAAGATCTGATGAAGGCATTGGAAGTAATTAGGGAGGTTGGTGATATGGTTCAAATGAAATATTTTCCAAGGGAACCGGAGAAACAGCTTAAAGAGGAGCAATGGCAACAGTACGAGACGAAGAAGCTTTCTTAAACTCAATCTGAATCTTGTTATTACTGGCTTGACTGGTACCAT
GCTTATTGATGCTGCTGCTGAAGCTTTGTACTTTTGATGTGCTTTATCATTTGTATTGAAGATATCCAGGGGAGTGCCTTTTGTAATGCTATTCTGTTTGGTCCTTTTTTATGGCAATTTATTGTGAGACCCAAAACAAATTTTATAGTAATTGTGTAGATTAGCAAATAAGATAATTATTTCTTCTGAGACTGTTTGAA
TGTGTTCAACAGCTACCCTCAAACTTGTGCCTTGACTACATCTATTCCGGATCGTGTACCTGTATATATGCAGTTTTGACTGATTTATATTAACAGACTATGCATTTTAGGGTCTTGAATGAACATGTGATAGGAGTTTTTAATAAATTCGTGTGGAAGCTTCAATGTATAGTGTACCATGTTATGCTATAAGAGGAGAA
TACCGCTTTCATTTCTTCTGTCTTGTGTATTGTTTCATGAATTTTCTGTATGACCTTCAGAACATTTTTGGGTTTTGGAAAGGTGTAAACCATTTCTAGGTCTGTCA

>TRINITY_DN36000_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCCTCATGCTCTCCAGCCAACAATGAAAATATTACATGGTTAATATATTTAACTAAAATAGTAATTAGTAGTTTAACGTCTTAACACAGAAGACAAACCCCATCCCATTTTATGAGAGTAGAAGACTAAGCGCGTTTGAAGTGGGGATGAAGAGGAGCAGACACTGCCGgtgaggcctccagcgccttcgttggccctct
cttttcctcgatccgccagatgatcagtcaagttctgctaaattcgtcatcaacggcctgcatttcatatttcttcaccgccttaaaactctgaattttggctatttccacttagattcactccaatctgatcgggaatttttgtcatatgttgggggttttctgatcattttagcagATTCGTTGGGCTGTCTCTTCGC
AGTGCAGGGAAAAGAGCCTCGATTCGTACAGATTGTAAAGACTGAGTGAGGGGGTTTTAGTTGCGGTATTGCATTTATCGTCAACATGGTTACCATCCCTTATTTCACAGCTCTTACGACGTATTTCAGTTATGGATTGCTTTTTGTGTTTGGGCATATGCGGGATTTCTTTAGAAGCTTCTTCAAGTCGGATCAGTCCA
CGCCAGAGGGATATGCTCCACTCTGCAGGGACTTTGAGGACTTTTACACCCGTAGGCTGTATCATCGCATTCAGGATTGTTTCAACAGGCCTATTGCAAGTGCACCAGATGCTTGGATAGACGTGACTGAACGTGCTTCAAATGACAACAATAAGACATTATTTCGAACTGGAAAGACACATAGGTGCTTAAACCTTGGT
TCCTACAACTATCTTGGATTTGCTTCAGCAGATGAGTATTGCACTCCACGTGTGATTGAGTCACTTAAAAGGTTCTCTCCCAGTACGTGCAGCAGTCGTGTTAATGCTGGTACTACTGTTTTGCATAAAGAACTTGAAGAGTTAGTTGCCAGCTTTGTTGGGAAGCCTGCTGCTATGGTTTATGGAATGGGGTTTGCAAC
AAACTCGACCACGATTCCAGCATTGATTGGGAAGGGTGGACTCATAGTAAGTGATTCCTTGAATCATTCTTCGATAGTTGCTGGTGCTCGAGCATCTGGATCAAGAATTACTGTTTTTCAGCACAATACACCTTCACACTTGGAGGAAGTGCTTCGAGAAGCGATAGCAGAAGGTCAGCCTCGGACTCATAGACCTTGGA
AGAAAATAATTGTTGTGGTGGAAGGGATTTACAGTATGGAGGGTGAATTATGCAAACTTCCAGAAATTGTAGCTGTCTGCAAGAAGTACAAGGCTTATATATACTTGGATGAAGCGCATAGTATTGGAGCTGTTGGAAAAACAGGAAGGGGAATCTGTGAGCTTCTAGGAGTGGATACTTCTGATATTGATATTATGATG
GGCACCTTCACAAAATCATTTGGATCATGTGGAGGTTACATTGCTGGATCCAAGGACCTCATTAAATACTTGAAGGCTGTCAGTCCTGGTCACCTCTATGCAACAGCTATCTCTCCACCTGCTGTGCAGCAGGTCATATCAGCTGTGAAAGTGATTCTTGGTGAAGATGGTTCAAATCGAGGAGCTCAAAAGCTTGCACG
CATTCGAGAAAATAGCAACTTTTTTCGTGCTGAGTTGAAGAAGATGGGATGCGAGGTTCTAGGAGACCATGATTCACCTGTTATGCCAATAATGATCTATAACCCAGCAAAAATTCCCGCCTTCTCTAGAGAATGCTTCAAACGCGATGTGAGGAAACCTTTTCTCCATTATCATGTAGATGATTGCAAAATAATGTGGA
CACTGGAAATAGCTTGTAGAACAGGAAATTGCGAGTATGTGTTGAAATGGTTCCTAGAATAGGTGAACAGTTCTGATTGCC