sp|Q94BS8|EF4L2_ARATH ----> Protein ELF4-LIKE 2

Intron 1 GTGGTAAAAT ... GAGGACAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	0	0
A2	100	0	1	0
A3	33.33	2	1	0
A4	0	2	0	5
A5	0	1	0	0
A6	43.33	34	26	0
A7	54.55	15	18	0
A8	45.45	18	15	0
A9	28.95	27	11	0
A10	50	10	10	0

>TRINITY_DN45178_c1_g2_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

AATTCTCCTCGTCTCTCAACACTGCCCGCCCCCCTTATTCTAAGGAAGGGCAGGGGATTCTTCTGTTCTCCAATTGACACAATCATTTATTTATTTATTTTTTAGTCCCTAAAAACATAAAAGTGGGTTCATCCGGTTCGGTTCCGAGCCTCGAGATTTCCCGAGCTTACCTGACACGTAGTGGTCTATGAAGTTGCGCA
ACAGATATTCAGAGTTTTTTAAACCTTTGACACTTTGGGGAATAGTTGTCGGAAGCAGAGTTGTCTGGCCTCTTTCGCACATTTTCCACAGAATTGACAATTCGGGGATTTCCTTGCGACGGTTTTTACCCTCCCCCAGCTTTCTACGTTGCCATCCAGGTGCAAAAGTCTTGCAGCATTGATGAGTAATTTCTGATCCT
TAGCCTGCAGACCCAGATCAGACGGTATTTTGTTTAGGTCGTGAAGGAGGTAAAGAAGAGGCCGGAACAGTACCCAGATGCTCAGATTTTAGATTATGAAACGAATCCAAGGTGCCTACGACGGGACAGCCTTCAAGCTCTTTCAGGTTGGTTCTCGTCGAAGGAATCATTTACATGAGGCTTGATGGGAGAGCACTGCA
TGTCCATCGGTAAGCCTCGGCGGTTCCTTACCTCGTTGGTTCACCTGGTTTAGTTGTGGTCAACGCTAGATGTTTGGAAATGTGTTGAAGTTTGGTTTTTGGCACGGCTTTTGTCAAGTGTTTGTAACTTTTGGGAACCATAGTGGAAATCCCAGCTGCTAAGATTCTTAGCTAGCCTAGTTACTACAGCGTCGATTGTA
ACTTTGGTTGGAAGTACCTTGTTTAAGATGTAATTGATAAGGGATAAACCCTCGTTCTTTTAAATGGAACATACAGTTTTTAAAACTGCAATTATTTACTGTCTAATGTTTGGAATCCAATTCGTCGATGTAGAATAATTAGTAACTGTTTTGGTAACAAGTCTTATGTTGTTGGTTGACTCATAATTGTGAAAAGTAGA
AATTTCGTGC

>TRINITY_DN45178_c1_g2_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AATTCTCCTCGTCTCTCAACACTGCCCGCCCCCCTTATTCTAAGGAAGGGCAGGGGATTCTTCTGTTCTCCAATTGACACAATCATTTATTTATTTATTTTTTAGTCCCTAAAAACATAAAAGTGGGTTCATCCGGTTCGGTTCCGAGCCTCGAGATTTCCCGAGCTTACCTGACACGTAGTGGTCTATGAAGTTGCGCA
ACAGATATTCAGAGTTTTTTAAACCTTTGACACTTTGGGGAATAGTTGTCGGAAGCAGAGTTGTCTGGCCTCTTTCGCACATTTTCCACAGAATTGACAATTCGGGGATTTCCTTGCGACGGTTTTTACCCTCCCCCAGCTTTCTACGTTGCCATCCAGGTGCAAAAGTCTTGCAGCATTGATGAGTAATTTCTGATCCT
TAGCCTGCAGACCCAGATCAGACGGTATTTTGTTTAGGTCGTGAAGGAGGTAAAGAAGAGGCCGGAACAGTACCCAGATGCTCAGATTTTAGATTATGAAACGAATCCAAGGTGCCTACGACGGGACAGCCTTCAAGCTCTTTCAgtggtaaaatatcgaccttagatctggaaccctctcttccatatgttggatggat
agcttcattggttatatttgcagaagtgtctcacgaaaaacgtaggtttaaatgcaacggatacggtgtagaattcgacaggtgggctgatgagtgcggggctgatgagtgcggattttgatgtgtctgaattgttttaaattggaatggcatattctgtggtttctttcttgataaattaaatttaatctgtggcagta
tgatattcctttacgtttgttgtgtttataagtttgtgaatacctgttggttttgaggattgagacacatgtcagtttgtccagtggaaggctggagggattaggaggacaaagGGTTGGTTCTCGTCGAAGGAATCATTTACATGAGGCTTGATGGGAGAGCACTGCAAGATTTGCCTTTGTTGCATTTAAAGATGGAG
GGGGATGCATATTCTATTCCTCGGAATGAAAATCAAATCGATGGTAAGGTCATGCAAACCTTCCAGCAAAATCTCGGTCAGGTACATGATATCTTAGACCGGAATCGGTTGCTTATTAAAGAGATAAATCAAAATCACGAATCCAAGATCTCAGATAATCTAACTAGAAATGTTGCCCTAATTCGAGAGCTCAACAACAA
CATCACCAGAGTGGTGGACCTCTATGCTGATTTGTCCACCTCATTCACAAAGGCAATAGAAACATCTTCAGAGGGAGATTCAGATGGGACGCTCAAATCTGTTGGGAATCCTACTGGTTCTTCGGGACAAAAGAGATTGCGACTTTAGTCTTGATGTTTTACGACTACAAATTTACCAATTCGTTTGTATGTTGAAAACC
TGTAGAAATGCTTGCGAGCCATGATTCGCAGGTTTAGGATATTTTGGGTTGAATTAGAGTCTACTAGATAGGTGTTACGAACCATCTCTTTTTCAGATGCGAAAGTGCTTGCAGTATAATTTTACTGATAAGACTTTGACCTAGAGTTTGGAGGGTATATTTTGGACTATAATATGATGTGTCTCAAAATTATACTTGGA
TTTTATTTTTC

Intron 2 GTATATGCTA ... TTCACTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	2	2
A2	75	2	1	11
A3	84.62	1	7	4
A4	100	0	2	2
A5	100	0	3	3
A6	65.1	26	54	43
A7	74.65	9	24	29
A8	72.48	15	33	46
A9	66.67	18	35	37
A10	71.01	10	21	28

>TRINITY_DN43357_c0_g4_i7 from sample A8 / Example spliced isoform

CAGACCCAGATCAGACGGTATTTTGTTTAGGTCGTGAAGGAGGTAAAGAAGAGGCCGGAACAGTACCCAGATGCTCAGATTTTAGATTATGAAACGAATCCAAGGTGCCTACGACGGGACAGCCTTCAAGCTCTTTCAGTTAAATGCAACGGATACGGTGTAGAATTCGACAGGTGGGCTGATGAGTGCGGGGCTGATGA
GTGCGGATTTTGATGTGTCTGAATTGTTTTAAATTGGAATGGCATATTCTGTGGTTTCTTTCTTGATAAATTAAATTTAATCTGTGGCAGTATGATATTCCTTTACGTTTGTTGTGTTTATAAGTTTGTGAATACCTGTTGGTTTTGAGGATTGAGACACATGTCAGTTTGTCCAGTGGAAGGCTGGAGGGATTAGGAGG
ACAAAGGGTAAGGCTCTCTTTCCTTTGCAAATGCTCTGTTTGATCAATTGCAGTATGCCCTTCTCTTTCCCTTTCTGCATATGGATGGGTTTAGTTTGTTTCTGTATTTTGATATTCTGTGGTAGTGATGGGCTCCATTGATTGAGAGTCGAGACTGTCAAGGGTAGTTTCATCATGTGGGATTACTGAAGAAGGACGCA
TTCATAAATTCTTTTTGGGAATTGATTGTGTGTAGCTTTTCTCTCTCTATCTGGGGAAAAGGGATTATAACATTTGATCAAATAGTAGAAGAACAAGAATAGTAACTGAATTTTTCTTCTGAATTTAAAGAGCAAAATATTGGTTACATCCAGGGTTATAATAGGGTCAAGGACAATACGTTTTTAGAACGCGAAGGACG
AACATAAATTTTCTGAAATGAATAATTCTGACTTTAACTGCTAGAAGAAACTGTATCACT

>TRINITY_DN43357_c0_g4_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGGGGTTCATCCGGTTCGGTTCCGAGCCTCGAGATTTCCCGAGCTTACCTGGCACGTAGTGGTCTAGAAAGTTGCGCAACAGATATTCAGAGTTTTTAAACCTTTGACACTTTGGGGAATAGTTGTCGGAAGCAGAGTTGTCTGGCCTCTTTCGCACATTTTCCACAAAATTGACAATTCAGGGATTTCCTTGCGACGGT
TTTTACCCTCCCCCAGCTTTCTACGTTGCCATCCAGGTGCAAAAGTCTTGCAGCATTGATGAGTAATTTCTGATCCTTAGCCTGCAGACCCAGATCAGACGGTATTTTGTTTAGGTCGTGAAGGAGGTAAAGAAGAGGCCGGAACAGTACCCAGATGCTCAGATTTTAGATTATGAAACGAATCCAAGGTGCCCACGAAG
GGACAGCCTTCAAGCTCTTTCAGgtatatgctactttttcatggtattctcacatccagtgaattttatctgctcaatggttaatcattcttgatatttgttccccttcattcgcccacctggattttgtaaagtgtaattcaagcctctaagattcaccttttctggtggtttatttcccccttttttgggatgtcttt
ggttcctctttcactgtagTTAAATGCAACGGATACGGTGTAGAATTCGACAGGTGGGCTGATGAGTGCGGGGCTGATGAGTGCGGATTTTGATGTGTCTGAATTGTTTTAAATTGGAATGGCATATTCTGTGGTTTCTTTCTTGATAAATTAAATTTAATCTGTGGCAGTATGATATTCCTTTACGTTTGTTGTGTTTA
TAAGTTTGTGAATACCTGTTGGTTTTGAGGATTGAGACACATGTCAGTTTGTCCAGTGGAAGGCTGGAGGGATTAGGAGGACAAAGGGTAAGGCTCTCTTTCCTTTGCAAATGCTCTGTTTGATCAATTGCAGTATGCCCTTCTCTTTCCCTTTCTGCATATGGATGGGTTTAGTTTGTTTCTGTATTTTGATATTCTGT
GGTAGTGATGGGCTCCATTGATTGAGAGTCGAGACTGTCAAGGGTAGTTTCATCATGTGGGATTACTGAAGAAGGACGCATTCATAAATTCTTTTTGGGAATTGATTGTGTGTAGCTTTTCTCTCTCTATCTGGGGAAAAGGGATTATAACATTTGATCAAATAGTAGAAGAACAAGAATAGTAACTGAATTTTTCTTCT
GAATTTAAAGAGCAAAATATTGGTTACATCCAGGGTTATAATAGGGTCAAGGACAATACGTTTTTAGAACGCGAAGGACGAACATAAATTTTCTGAAATGAATAATTCTGACTTTAACTGCTAGAAGAAACTGTATCACT