sp|Q6NPG7|Y5382_ARATH ----> Uncharacterized protein At5g43822

Intron 1 GTATATGGAA ... GGTCCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.32	16	34	35
A2	73.95	9.8	30.3	25
A3	87.1	4	26	28
A4	75.76	8	33	17
A5	100	0	13	9
A6	75.77	55	164	180
A7	79.29	44	142	195
A8	77.43	72	233	261
A9	80.26	45	178	188
A10	73.43	35.2	93.3	101

>TRINITY_DN44348_c1_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

TACCTTCTTAAAGTATCAATCATTTCAGCACTTTCATATGATTCAAGGGCTGGTGATGTGGCTGCATTACAAGTTGTTTTAGCAGATCAACCTAATATTCCTACAAGTGAAGTACAATTTATCTTTAACATCATATTTGCGGAGGAAATAAGTTAGAATTGGACTGGTGCTAATCTGATAAAGATGTCAGCCTGCTCTCG
GGACTCATTTACTGGGTGGCACAAGAGAAAACTTCAATGTTCAGACCTCAAACTACAAACCAATGAAGAGGAGGATTTTAAATAGATATCTATCTGTATGGTTGCAATGGATGCCACTTGAATCAGTTTACTGTAGATCTAATTTGGCTTCCACAATCAATGTATCACTTCGAAGCTACTTTGCCCACTCAATTGAATCT
AATCCTATCTAAATATCAACAGATGAAAGTTATCTATGTTCTTGTGCACAATTTAGCAGTTCGATTGATTCCTTTGGGACTGGCTAATTAAATCCAGTCTAATTATCCTGAATTCATCACCACTTTTTTTTTTCAGGTTTCCGAGGAAGATATGTAGATACAATGCTACAGCTTCTCGAATTTTTGCTGATAAGTTTTCA
TTGGAAGCAATTTTTTGAATGTTTTGTGAATATTACATTAAGACTCCATCATGGAATTTGTTTTGTGGAATGTACAACACTCAATTTCTATCCATTAGGAAGTGGGTCTTGACTGTGTCTGTCAGAGGAAGGAAAGGCAATTTAAGAAAGATGACCCAACAACATAAAGAAGACTCGAACAATTGCCTTTTTATTAATGC
TTTCACATATGGAACTAACAAAACAAAACCAAATGGAAGTATGTTAAGATCTTAACTTAGGAGCATGTTAATTATTGCATATACTTAAAAGTGGAATTGCCAATTTAAGATTTTGTGAGGAATTAGAAATGACCAAGTAATAATGAAAAGGACCGAAGGAGAACAAGAATAAAATGCTTCAATATATGCACGTGTCAACA
AAACTATGTGGGGAAGTTCTAAAATTGTAGCTATTATTTTTTAGTGGAAATTTAG

>TRINITY_DN44348_c1_g1_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TGGACGGATGCCAAGTTGCTACCAGACGTGATAGATTGCCCCCATAGTGAGACAGTTCATTTGTTAGTACACTTGCCCTGGGAACCCCAACCCCAGGAAGGACTATTTGTTGGGCCAAAACCCCAGCCGAACAGTACACGAGGGGCCTCCCCTGCTAACAACACTGCATGAGGGAACCCCCTGGCTTGACGAAGAAATCA
ATCGAGAGCTGGTCGAATACGAAGGCTGGTCCATTTGGCTATTTCGTTTGGCGAGAGGTTAAAACGATTAAAAAATAATTCTACAAGATCAACGGAGTAGAGGAAAGAGGATCTATCGTCCACGTGGCTGCATCTACACCGTCCACGTGTCATCAAGAGATTCGCCAAAGTCAAACCGGGTAAGTTTTCAAATTTCTTCG
TGTTTCAAAGGATCTGTCAAAAGCCATCTACCACGAATGTCTAAAAACACAGAGATTAAACCTGAACACGAGAATCCAGAATTAGACGACCTAATCTCTAGGGTCAAGAGATTAAGTTTGACGCGTGCAACTGTCCCGCCATCAAGGGACTGGTGACTTCAACCAGCAATATGCCAGAAATATAGTAAAGTGTCTCAACC
TGACGAGGTGGTCGAAGAGGCCTTTCTCAAGGTTATGGAAAGATTGGTGAAGAAGTATGAGCAAAAATATAGGAAGGCAAGAGAAGAAATGGACAAGTGGGATGCTCTTCAACTTCGACTTCTCAAACAATTTCAAAATGCAGCGGCCATCATAGACCGCTTGAAGGTATTGGGAGATAAAGAGAACTATGGAGTGTTGA
AAGGTTTTAGCCACATAACAAAGGAGCTTCCAGCGAAGCAAGTGGAATCTTTGGAAATCATTTTCATTTCTATGCGATCCAACCTGGATGAATTTAATAAGGTGGTTAAATCTCTTAAAAAGATCTGGCAAGATGGTTGCCACCTTTTGAAAGGAGAAACTCTACAACCAACTTTACAACAGATGCAGATGCGTGTTGGA
CTCAGACCAAGTTTAAGTGATTGCCTGGATGGTTTAAAAGCTCTTTATGAGATGCACCTTTCTGAGTACCTTCTTAAAGTATCAATCATTTCAGCACTTTCATATGATTCAAGGGCTGGTGATGTGGCTGCATTACAAGTTGTTTTAGCAGATCAACCTAATATTCCTACAAGTGAAGTACAATTTATCTTTAACATCAT
ATTTGCGGAGGAAATAAGTTAGAATTGGACTGGTGCTAATCTGATAAAGATGTCAGCCTGCTCTCAGGACTCATTTACTGGGTgtatatggaatttacgttgcaaccataagttggagaatactttattcaatcttgtcgcttcctttgggttgttgatatattgtcttggtccttcagGGCACAAGAGAAAACTTCAAT
GTTCAGACCTCAAACTACAAACCAATGAAGAGGAGGATTTTAAATAGATATCTATCTGTATGGTTGCAATGGATGCCACTTGAATCAGTTTACTGTAGATCTAATTTGGCTTCCACAATCAATGTATCACTTCGAAGCTACTTTGCCCACTCAATTGAATCTAATCCTATCTAAATATCAACAGATGAAAGTTATCTATG
TTCTTGTGCACAATTTAGCAGTTCGATTGATTCCTTTGGGACTGGCTAATTAAATCCAGTCTAATTATCCTGAATTCATCACCACTTTTTTTTTTCAGGTTTCCGAGGAAGATATGTAGATACAATGCTACAGCTTCTCGAATTTTTGCTGATAAGTTTTCATTGGAAGCAATTTTTTGAATGTTTTGTGAATATTACAT
TAAGACTCCATCATGGAATTTGTTTTGTGGAATGTACAACACTCAATTTCTATCCATTAGGAAGTGGGTCTTGACTGTGTCTGTCAGAGGAAGGAAAGGCAATTTAAGAAAGATGACCCAACAACATAAAGAAGACTCGAACAATTGCCTTTTTATTAATGCTTTCACATATGGAACTAACAAAACAAAACCAAATGGAA
GTATGTTAAGATCTTAACTTAGGAGCATGTTAATTATTGCATATACTTAAAAGTGGAATTGCCAATTTAAGATTTTGTGAGGAATTAGAAATGACCAAGTAATAATGAAAAGGACCGAAGGAGAACAAGAATAAAATGCTTCAATATATGCACGTGTCAACAAAACTATGTGGGGAAGTTCTAAAATTGTAGCTATTATT
TTTTAGTGGAAATTTAG

Intron 2 GTAAGTTTTC ... CTTTCTCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.45	21.4	16.8	51
A2	77.46	16	21.6	55
A3	59.96	25.4	17.8	38
A4	82.33	11.6	26	54
A5	67.12	6.4	17.6	13
A6	71.01	29.8	19.6	73
A7	64.52	70.4	33.2	128
A8	66.26	49.4	14.8	97
A9	72.06	50.4	32.6	130
A10	71.79	45.6	33.6	116

>TRINITY_DN106657_c0_g1_i16 from sample A3 / Example spliced isoform

GTTCATTTGTTAGTACACTTGCCCTGGGAACCCCAACCCCAGGAAGGACTATTTGTTGGGCCAAAACCCCAGCCGAACAGTACACGAGGGGCCTCCCCTGCTAACAACACTGCATGAGGGAACCCCCTGGCTTGACGAAGAAATCAATCGAGAGCTGGTCGAATACGAAGGCTGGTCCATTTGGCTATTTCGTTTGGCGA
GAGGTTAAAACGATTAAAAAGAATTCTACAAGATCAACGGAGTAGAGGAAAGAGGATCTATCGTCCACGTGGCTGCATCTACACCGTCCACGTGTCATCAAGAGATTCGCCGAAGTCAAACCGGGTTATGGAAAGATTGGTGAAGAAGTATGAGCAAAAATATAGGAAGGCAAGAGAAGAAATGGACAAGTGGGATGCTC
TTCAACTTCGACTTCTCAAACAATTTCAAAATGCAGCGGCCATCATAGACCGCTTGAAGGTATTGGGAGATAAAGAGAACTATGGAGTGTTGAAAGGTTTTAGCCACATAACAAAGGAGCTTCCAGCGAAGCAAGTGGAGTCTTTGGAAATCATTTTCATTTCTATGCGATCCAACCTGTACCTTCTTAAAGTATCAATC
ATTTCAGCACTTTCATATGATTCAAGGGCTGGTGATGTGGCTGCATTACAAGTTGTTTTAGCAGATCAACCTAATATTCCTACAAGTGAAGTACAATTTATCTTTAACATCATATTTGCGGAGGAAATAAGTTAGAATTGGACTGGTGCTAATCTGATAAAGATGTCAGCCTGCTCTCGGGACTCATTTACTGGGTGTAT
GTGGAATTTACATTGCAACCATAAGTTGGAGAATACTTTATTCAATCTTGTCGCTTCCTTTGGGTTGTTGATATATTGTCTTGGTCCTTCAGGGCACAAGAGAAAACTTCAATGTTCAGACCTCAAACTACAAACCAATGAAGAGGAGGATTTTAAATAGATATCTATCTGTATGGTTGCAATGGATGCCACTTGAATCA
GTTTACTGTAGATCTAATTTGGCTTCCACAATCAATGTATCACTTCGAAGCTACTTTGCCCACTCAATTGAATCTAATCCTATCTAAATATCAACAGATGAAAGTTATCTATGTTCTTGTGCACAATTTAGCAGTTTGATTGATTCCTTTGGGACTGGCTAATTAAATCCAGTCTAATTATCCTGAATTCATCACCACTT
TTTTTTTTCAGGTTTCCGAGGAAGATATGTAGATACAATGCTACAGCTTCTCGAATTTTTGCTGATAAGTTTTCATTGGAAGCAATTTTTTGAATGTTTTGTGAATATTACATTAAGACTCCATCATGGAATTTGTTTTGTGGAATGTACAACACCCAGTTTCTATCCATTAGGAAGTGGGTCTTGACTGTGTCTGTCAG
AGGAAGGAAAGGCAATTTAAGAAAGATGACCCAACAACATAAAGAAGACTCGAACAATTGCCTTTTTATTAATGCTTTCACATATGGAACTAACAAAACAAAACCAAATGGAAGTATGTTAAGA

>TRINITY_DN106657_c0_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TTCCGCGTTCTTTGAGAGATTGTGAGGACGGAAATCGATCACTGGAAGGATCGATTTCACAGAAGTCGTGTTAAGTGAGAAAACGCGAGGCGAAGAATAAATCCGGAAGAAGAATTCGAGACTGCGATTTTCTGTTAAGTTCGTGTTTCCGCCGTGTTAAAGTTCAGACTGGTTAATTGGGAATTGCCTTTGGTTCACAG
ATCAACGGAGTAGAGGAAAGAGGATCTATCGTCCACGTGGCTGCATCTACACCGTCCACGTGTCATCAAGAGATTCGCCGAAGTCAAACCGGgtaagttttcaaatttcttcgtgtttcaaaggatctgtcaaaagccatctaccacgaatgtctaaaaacacagagattaaacctgaacacgagaatccagaattagac
gacctaatctcaagggtcaagagattaagtttgacgcctgcaactgtcccgccatcaagggactggtgacttcaaccagcaatatgccagaaatatagtaaagtgtctcaacctgacgaggtggtcgaagaggcctttctcaagGTTATGGAAAGATTGGTGAAGAAGTATGAGCAAAAATATAGGAAGGCAAGAGAAGA
AATGGACAAGTGGGATGCTCTTCAACTTCGACTTCTCAAACAATTTCAAAATGCAGCGGCCATCATAGACCGCTTGAAGGTATTGGGAGATAAAGAGAACTATGGAGTGTTGAAAGGTTTTAGCCACATAACAAAGGAGCTTCCAGCGAAGCAAGTGGAGTCTTTGGAAATCATTTTCATTTCTATGCGATCCAACCTGG
ATGAATTTAATAAGGTGGTTAAATCTCTTAAAAAGATCTGGCAAGATGGTTGCCACCTTTTGAAAGGAGAAACTCTACAACCAACTTTACAACAGATGCAGATGCGTGTTGGACTCAGACCAAGTTTAAGTGATTGCCTGGATGGTTTAAAAGCTCTTTATGAGATGCACCTTTCTGAGTACCTTCTTAAAGTATCAATC
ATTTCAGCACTTTCATATGATTCAAGGGCTGGTGATGTGGCTGCATTACAAGTTGTTTTAGCAGATCAACCTAATATTCCTACAAGTGAAGTACAATTTATCTTTAACATCATATTTGCGGAGGAAATAAGTTAGAATTGGACTGGTGCTAATCTGATAAAGATGTCAGCCTGCTCTCGGGACTCATTTACTGGGTGTAT
GTGGAATTTACATTGCAACCATAAGTTGGAGAATACTTTATTCAATCTTGTCGCTTCCTTTGGGTTGTTGATATATTGTCTTGGTCCTTCAGGGCACAAGAGAAAACTTCAATGTTCAGACCTCAAACTACAAACCAATGAAGAGGAGGATTTTAAATAGATATCTATCTGTATGGTTGCAATGGATGCCACTTGAATCA
GTTTACTGTAGATCTAATTTGGCTTCCACAATCAATGTATCACTTCGAAGCTACTTTGCCCACTCAATTGAATCTAATCCTATCTAAATATCAACAGATGAAAGTTATCTATGTTCTTGTGCACAATTTAGCAGTTTGATTGATTCCTTTGGGACTGGCTAATTAAATCCAGTCTAATTATCCTGAATTCATCACCACTT
TTTTTTTTCAGGTTTCCGAGGAAGATATGTAGATACAATGCTACAGCTTCTCGAATTTTTGCTGATAAGTTTTCATTGGAAGCAATTTTTTGAATGTTTTGTGAATATTACATTAAGACTCCATCATGGAATTTGTTTTGTGGAATGTACAACACCCAGTTTCTATCCATTAGGAAGTGGGTCTTGACTGTGTCTGTCAG
AGGAAGGAAAGGCAATTTAAGAAAGATGACCCAACAACATAAAGAAGACTCGAACAATTGCCTTTTTATTAATGCTTTCACATATGGAACTAACAAAACAAAACCAAATGGAAGTATGTTAAGA

Intron 3 GTAAGTTTTC ... AAAAACACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.84	20.7	18	21
A2	52.12	24	22	30
A3	56.99	13.3	19	14
A4	57.02	23	26	34.7
A5	74.89	6.7	18	21
A6	53.61	20.7	20.7	26
A7	56.16	37.7	36	57
A8	41.62	23.3	16.7	15
A9	48.48	49	35.3	52
A10	51.41	39.3	35.3	45

>TRINITY_DN120754_c0_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

ATCTTCAGGGTAGACGTGGACGGATGCCAAGTTGCTACGAGACGTGATAGATTGCCCCCATCGTGAGACAGTTTAGTTGTTATTACACTTGCCCTGGGAACCCCAACCCCAGGAAGGACTATTTGTTGGGCCAAAACCCCAGCCGAACAGTACACGAGGGGCCTCCCCTGCTAACAACACTGCATGAGGGAACCCCCTGG
CTTGACGAAGAAATCAATCGAGAGCTGGTCGAATACGAAGGCTGGTCCATTTGGCTATTTCGTTTGGCGAGAGGTTAAAACGATTAAAAAATAATTCTACAAGATCAACGGAGTAGAGGAAAGAGGATCTATCGTCCACGTGGCTGCATCTACACCGTCCACGTGTCATCAAGAGATTCGCCAAAGTCAAACCGGAGATT
AAACCTGAACACGAGAATCCAGAATTAGACGACCTAATCTCTAGGGTCAAGAGATTAAGTTTGACGCGTGCAACTGTCCCGCCATCAAGGGACTGGTGACTTCAACCAGCAATATGCCAGAAATATAGTAAAGTGTCTCAACCTGACGAGGTGGTCGAAGAGGCCTTTCTCAAGGTTATGGAAAGATTGGTGAAGAAGTA
TGAGCAAAAATATAGGAAGGCAAGAGAAGAAATGGACAAGTGGGATGCTCTTCAACTTCGACTTCTCAAACAATTTCAAAATGCAGCGGCCATCATAGACCGCTTGAAGGTATTGGGAGATAAAGAGAACTATGGAGTGTTGAAAGGTTTTAGCCACATAACAAAGGAGCTTCCAGCGAAGCAAGTGGAATCTTTGGAAA
TCATTTTCATTTCTATGCGATCCAACCTGGATGAATTTAATAAGGTGGTTAAATCTCTTAAAAAGATCTGGCAAGATGGTTGCCACCTTTTGAAAGGAGAAACTCTACAACCAACTTTACAACAGATGCAGATGCGTGTTGGACTCAGACCAAGTTTAAGTGATTGCCTGGATGGTTTAAAAGCTCTTTATGAGATGCAC
CTTTCTGAGTACCTTCTTAAAGTATCAATCATTTCAGCACTTTCATATGATTCAAGGGCTGGTGATGTGGCTGCATTACAAGTTGTTTTAGCAGATCAACCTAATATTCCTACAAGTGAAGTACAATTTATCTTTAACATCATATTTGCGGAGGAAATAAGTTAGAATTGGACTGGTGCTAATCTGATAAAGATGTCAGC
CTGCTCTCAGGACTCATTTACTGGGTGTATATGGAATTTACGTTGCAACCATAAGTTGGAGAATACTTTATTCAATCTTGTCGCTTCCTTTGGGTTGTTGATATATTGTCTTGGTCCTTCAGGGCACAAGAGAAAACTTCAATGTTCAGACCTCAAACTACAAACCAATGAAGAGGAGGATTTTAAATAGATATCTATCT
GTATGGTTGCAATGGATGCCACTTGAATCAGTTTACTGTAGATCTAATTTGGCTTCCACAATCAATGTATCACTTCGAAGCTACTTTGCCCACTCAATTGAATCTAATCCTATCTAAATATCAACAGATGAAAGTTATCTATGTTCTTGTGCACAATTTAGCAGTTCGATTGATTCCTTTGGGACTGGCTAATTAAATCC
AGTCTAATTATCCTGAATTCATCACCACTTTTTTTTTTCAGGTTTCCGAGGAAGATATGTAGATACAATGCTACAGCTTCTCGAATTTTTGCTGATAAGTTTTCATTGGAAGCAATTTTTTGAATGTTTTGTGAATATTACATTAAGACTCCATCATGGAATTTGTTTTGTGGAATGTACAACACTCAATTTCTATCCAT
TAGGAAGTGGGTCTTGACTGTGTCTGTCAGAGGAAGGAAAGGCAATTTAAGAAAGATGACCCAACAACATAAAGAAGACTCGAACAATTGCCTTTTTATTAATGCTTTCACATATGGAACTAACAAAACAAAACCAAATGGAAGTATGTTAAGATCTTAACTTAGGAGCATGTTAATTATTGCATATACTTAAAAGTGG

>TRINITY_DN120754_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATCTTCAGGGTAGACGTGGACGGATGCCAAGTTGCTACGAGACGTGATAGATTGCCCCCATCGTGAGACAGTTTAGTTGTTATTACACTTGCCCTGGGAACCCCAACCCCAGGAAGGACTATTTGTTGGGCCAAAACCCCAGCCGAACAGTACACGAGGGGCCTCCCCTGCTAACAACACTGCATGAGGGAACCCCCTGG
CTTGACGAAGAAATCAATCGAGAGCTGGTCGAATACGAAGGCTGGTCCATTTGGCTATTTCGTTTGGCGAGAGGTTAAAACGATTAAAAAATAATTCTACAAGATCAACGGAGTAGAGGAAAGAGGATCTATCGTCCACGTGGCTGCATCTACACCGTCCACGTGTCATCAAGAGATTCGCCAAAGTCAAACCGGgtaag
ttttcaaatttcttcgtgtttcaaaggatctgtcaaaagccatctaccacgaatgtctaaaaacacagAGATTAAACCTGAACACGAGAATCCAGAATTAGACGACCTAATCTCTAGGGTCAAGAGATTAAGTTTGACGCGTGCAACTGTCCCGCCATCAAGGGACTGGTGACTTCAACCAGCAATATGCCAGAAATATA
GTAAAGTGTCTCAACCTGACGAGGTGGTCGAAGAGGCCTTTCTCAAGGTTATGGAAAGATTGGTGAAGAAGTATGAGCAAAAATATAGGAAGGCAAGAGAAGAAATGGACAAGTGGGATGCTCTTCAACTTCGACTTCTCAAACAATTTCAAAATGCAGCGGCCATCATAGACCGCTTGAAGGTATTGGGAGATAAAGAG
AACTATGGAGTGTTGAAAGGTTTTAGCCACATAACAAAGGAGCTTCCAGCGAAGCAAGTGGAATCTTTGGAAATCATTTTCATTTCTATGCGATCCAACCTGGATGAATTTAATAAGGTGGTTAAATCTCTTAAAAAGATCTGGCAAGATGGTTGCCACCTTTTGAAAGGAGAAACTCTACAACCAACTTTACAACAGAT
GCAGATGCGTGTTGGACTCAGACCAAGTTTAAGTGATTGCCTGGATGGTTTAAAAGCTCTTTATGAGATGCACCTTTCTGAGTACCTTCTTAAAGTATCAATCATTTCAGCACTTTCATATGATTCAAGGGCTGGTGATGTGGCTGCATTACAAGTTGTTTTAGCAGATCAACCTAATATTCCTACAAGTGAAGTACAAT
TTATCTTTAACATCATATTTGCGGAGGAAATAAGTTAGAATTGGACTGGTGCTAATCTGATAAAGATGTCAGCCTGCTCTCAGGACTCATTTACTGGGTGTATATGGAATTTACGTTGCAACCATAAGTTGGAGAATACTTTATTCAATCTTGTCGCTTCCTTTGGGTTGTTGATATATTGTCTTGGTCCTTCAGGGCAC
AAGAGAAAACTTCAATGTTCAGACCTCAAACTACAAACCAATGAAGAGGAGGATTTTAAATAGATATCTATCTGTATGGTTGCAATGGATGCCACTTGAATCAGTTTACTGTAGATCTAATTTGGCTTCCACAATCAATGTATCACTTCGAAGCTACTTTGCCCACTCAATTGAATCTAATCCTATCTAAATATCAACAG
ATGAAAGTTATCTATGTTCTTGTGCACAATTTAGCAGTTCGATTGATTCCTTTGGGACTGGCTAATTAAATCCAGTCTAATTATCCTGAATTCATCACCACTTTTTTTTTTCAGGTTTCCGAGGAAGATATGTAGATACAATGCTACAGCTTCTCGAATTTTTGCTGATAAGTTTTCATTGGAAGCAATTTTTTGAATGT
TTTGTGAATATTACATTAAGACTCCATCATGGAATTTGTTTTGTGGAATGTACAACACTCAATTTCTATCCATTAGGAAGTGGGTCTTGACTGTGTCTGTCAGAGGAAGGAAAGGCAATTTAAGAAAGATGACCCAACAACATAAAGAAGACTCGAACAATTGCCTTTTTATTAATGCTTTCACATATGGAACTAACAAA
ACAAAACCAAATGGAAGTATGTTAAGATCTTAACTTAGGAGCATGTTAATTATTGCATATACTTAAAAGTGG

Intron 4 GTAAACAGAT ... TGGTTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36.87	19.7	9	13.9
A2	36.72	16.6	6	12.9
A3	29.41	34.6	15	13.7
A4	40.44	12	6	10.2
A5	32.16	10.6	4	6
A6	38.99	24.3	22	9
A7	16.55	55.8	15	7.1
A8	18.26	51.5	14	9
A9	21.6	72.7	28	12.1
A10	27.29	59	29	15.2

>TRINITY_DN111748_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoform

ATGGGATTTAAACAAGTTCGGGATGTGGCCATCTTCAGGGTAGACGTGGACGGATGCCAAGTTGCTACCAGACGTGATAGATTGCCCCCATCGTGAGACAGTTTATTTGTTATTACACTTGCCCTGGGAACCCCAACCCCAGGAAGGACTATTTGTTGGGCCAAAACCCCAGCCGAACAGTACACGAGGGGCCTCCCCTG
CTAACAACACTGCATGAGGGAACCCCCTGGCTTGACGAAGAAATCAATCGAGAGCTGGTCGAATACGAAGGCTGGTCCATTTGGCTATTTCGTTTGGCGAGAGGTTAAAACGATTAAAAAATAATTCTACAAGATCAACGGAGTAGAGGAAAGAGGATCTATCGTCCACGTGGCTGCATCTACACCGTCCACGTGTCATC
AAGAGATTCGCCAAAGTCAAACCGGAATTAGACGACCTAATCTCTAGGGTCAAGAGATTAAGTTTGACGCCTGCAACTGTCCCGCCATCAAGGGACTGGTGACTTCAACCAGCAATATGCCAGAAATATAGTAAAGTGTCTCAACCTGACGAGGTGGTCGAAGAGGCCTTTCTCAAGGTTATGGAAAGATTGGTGAAGAA
GTATGAGCAAAAATATAGGAAGGCAAGAGAAGAAATGGACAAGTGGGATGCTCTTCAACTTCGACTTCTCAAACAATTTCAAAATGCAGCGGCCATCATAGACCGCTTGAAGGTATTGGGAGATAAAGAGAACTATGGAGTGTTGAAAGGTTTTAGCCACATAACAAAGGAGCTTCCAGCGAAGCAAGTGGAATCTTTGG
AAATCATTTTCATTTCTATGCGATCCAACCTGGATGAATTTAATAAGGTGGTTAAATCTCTTAAAAAGATCTGGCAAGATGGTTGCCACCTTTTGAAAGGAGAAACTCTACAACCAACTTTACAACAGATGCAGATGCGTGTTGGACTCAGACCAAGTTTAAGTGATTGCCTGGATGGTTTAAAAGCTCTTTATGAGATG
CACCTTTCTGAGTAATGCTTTTCTCATAATTAATCCTTTTTTTCCTGATCTTTATGTTCCATTTAATTGTGCTAATCAATTTAATACATATCATGTTTCTCCTGTGCTCTGCATACCTAGCAATGAAGAGGAGCAGTTTTCCTATCC

>TRINITY_DN111748_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATGGGATTTAAACAAGTTCGGGATGTGGCCATCTTCAGGGTAGACGTGGACGGATGCCAAGTTGCTACCAGACGTGATAGATTGCCCCCATCGTGAGACAGTTTATTTGTTATTACACTTGCCCTGGGAACCCCAACCCCAGGAAGGACTATTTGTTGGGCCAAAACCCCAGCCGAACAGTACACGAGGGGCCTCCCCTG
CTAACAACACTGCATGAGGGAACCCCCTGGCTTGACGAAGAAATCAATCGAGAGCTGGTCGAATACGAAGGCTGGTCCATTTGGCTATTTCGTTTGGCGAGAGGTTAAAACGATTAAAAAATAATTCTACAAGgtaaacagatacatatacataaacagatacagatactttctatagataaaaaaataaaatataggtt
tgaacgcttgtgtgcctgcttcctgaacaccaaaatgactgctcgaccaacccaaggatcgattcattcggggctaacaactgccccaaggatcgaaataaatagatgtgtgcctgttcagtaacgaatgggaaaaaaatgaaattgaaattttaattaattaagggttggattgaattggagagttgagaaattgacaa
atttgtactctgtgattttgtcttgaaatccccggaggttctaccttcgaatttcctgtaaattgaatgctgagtaactttgtagttcatctctgtaagtgaagtttatttaatttccgcgttctttgagagattgtgaggacggaaatcgatcactggaaggatcgatttcacagaagtcgtgttaagtgagaaaacgc
gaggcgaagaataaatccggaagaagaattcgagactgcgattttctgttaagttcgtgtttccgccgtgttaaagttcagactggttaattgggaattgcctttggttcacagATCAACGGAGTAGAGGAAAGAGGATCTATCGTCCACGTGGCTGCATCTACACCGTCCACGTGTCATCAAGAGATTCGCCAAAGTCA
AACCGGGTAAGTTTTCAAATTTCTTCGTGTTTCAAACGATCTGTCAAAAGCCATCTACCACGAATGTCTAAAAACACAGAGATTAAACCTGAACACGAGAATCCAGAATTAGACGACCTAATCTCTAGGGTCAAGAGATTAAGTTTGACGCCTGCAACTGTCCCGCCATCAAGGGACTGGTGACTTCAACCAGCAATATG
CCAGAAATATAGTAAAGTGTCTCAACCTGACGAGGTGGTCGAAGAGGCCTTTCTCAAGGTTATGGAAAGATTGGTGAAGAAGTATGAGCAAAAATATAGGAAGGCAAGAGAAGAAATGGACAAGTGGGATGCTCTTCAACTTCGACTTCTCAAACAATTTCAAAATGCAGCGGCCATCATAGACCGCTTGAAGGTATTGG
GAGATAAAGAGAACTATGGAGTGTTGAAAGGTTTTAGCCACATAACAAAGGAGCTTCCAGCGAAGCAAGTGGAATCTTTGGAAATCATTTTCATTTCTATGCGATCCAACCTGGATGAATTTAATAAGGTGGTTAAATCTCTTAAAAAGATCTGGCAAGATGGTTGCCACCTTTTGAAAGGAGAAACTCTACAACCAACT
TTACAACAGATGCAGATGCGTGTTGGACTCAGACCAAGTTTAAGTGATTGCCTGGATGGTTTAAAAGCTCTTTATGAGATGCACCTTTCTGAGTAATGCTTTTCTCATAATTAATCCTTTTTTTCCTGATCTTTATGTTCCATTTAATTGTGCTAATCAATTTAATACATATCATGTTTCTCCTGTGCTCTGCATACCTA
GCAATGAAGAGGAGCAGTTTTCCTATCC

Intron 5 GTAAGTTTTC ... GAGAATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	46.35	25.4	20	24
A2	63.43	16.3	22.7	34
A3	41.97	33.3	21.2	27
A4	49.83	31.3	25.9	36.3
A5	63.49	10.9	18.8	19
A6	45.3	40.6	22.3	45
A7	42.6	99.9	40.4	108
A8	31.54	68.1	18.9	44
A9	38.56	102.7	40.2	89
A10	40.21	71.6	38.4	58

>TRINITY_DN120754_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

ATCTTCAGGGTAGACGTGGACGGATGCCAAGTTGCTACGAGACGTGATAGATTGCCCCCATCGTGAGACAGTTTAGTTGTTATTACACTTGCCCTGGGAACCCCAACCCCAGGAAGGACTATTTGTTGGGCCAAAACCCCAGCCGAACAGTACACGAGGGGCCTCCCCTGCTAACAACACTGCATGAGGGAACCCCCTGG
CTTGACGAAGAAATCAATCGAGAGCTGGTCGAATACGAAGGCTGGTCCATTTGGCTATTTCGTTTGGCGAGAGGTTAAAACGATTAAAAAATAATTCTACAAGATCAACGGAGTAGAGGAAAGAGGATCTATCGTCCACGTGGCTGCATCTACACCGTCCACGTGTCATCAAGAGATTCGCCAAAGTCAAACCGGAATTA
GACGACCTAATCTCTAGGGTCAAGAGATTAAGTTTGACGCGTGCAACTGTCCCGCCATCAAGGGACTGGTGACTTCAACCAGCAATATGCCAGAAATATAGTAAAGTGTCTCAACCTGACGAGGTGGTCGAAGAGGCCTTTCTCAAGGTTATGGAAAGATTGGTGAAGAAGTATGAGCAAAAATATAGGAAGGCAAGAGA
AGAAATGGACAAGTGGGATGCTCTTCAACTTCGACTTCTCAAACAATTTCAAAATGCAGCGGCCATCATAGACCGCTTGAAGGTATTGGGAGATAAAGAGAACTATGGAGTGTTGAAAGGTTTTAGCCACATAACAAAGGAGCTTCCAGCGAAGCAAGTGGAATCTTTGGAAATCATTTTCATTTCTATGCGATCCAACC
TGGATGAATTTAATAAGGTGGTTAAATCTCTTAAAAAGATCTGGCAAGATGGTTGCCACCTTTTGAAAGGAGAAACTCTACAACCAACTTTACAACAGATGCAGATGCGTGTTGGACTCAGACCAAGTTTAAGTGATTGCCTGGATGGTTTAAAAGCTCTTTATGAGATGCACCTTTCTGAGTACCTTCTTAAAGTATCA
ATCATTTCAGCACTTTCATATGATTCAAGGGCTGGTGATGTGGCTGCATTACAAGTTGTTTTAGCAGATCAACCTAATATTCCTACAAGTGAAGTACAATTTATCTTTAACATCATATTTGCGGAGGAAATAAGTTAGAATTGGACTGGTGCTAATCTGATAAAGATGTCAGCCTGCTCTCAGGACTCATTTACTGGGTG
TATATGGAATTTACGTTGCAACCATAAGTTGGAGAATACTTTATTCAATCTTGTCGCTTCCTTTGGGTTGTTGATATATTGTCTTGGTCCTTCAGGGCACAAGAGAAAACTTCAATGTTCAGACCTCAAACTACAAACCAATGAAGAGGAGGATTTTAAATAGATATCTATCTGTATGGTTGCAATGGATGCCACTTGAA
TCAGTTTACTGTAGATCTAATTTGGCTTCCACAATCAATGTATCACTTCGAAGCTACTTTGCCCACTCAATTGAATCTAATCCTATCTAAATATCAACAGATGAAAGTTATCTATGTTCTTGTGCACAATTTAGCAGTTCGATTGATTCCTTTGGGACTGGCTAATTAAATCCAGTCTAATTATCCTGAATTCATCACCA
CTTTTTTTTTTCAGGTTTCCGAGGAAGATATGTAGATACAATGCTACAGCTTCTCGAATTTTTGCTGATAAGTTTTCATTGGAAGCAATTTTTTGAATGTTTTGTGAATATTACATTAAGACTCCATCATGGAATTTGTTTTGTGGAATGTACAACACTCAATTTCTATCCATTAGGAAGTGGGTCTTGACTGTGTCTGT
CAGAGGAAGGAAAGGCAATTTAAGAAAGATGACCCAACAACATAAAGAAGACTCGAACAATTGCCTTTTTATTAATGCTTTCACATATGGAACTAACAAAACAAAACCAAATGGAAGTATGTTAAGATCTTAACTTAGGAGCATGTTAATTATTGCATATACTTAAAAGTGG

>TRINITY_DN120754_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATCTTCAGGGTAGACGTGGACGGATGCCAAGTTGCTACGAGACGTGATAGATTGCCCCCATCGTGAGACAGTTTAGTTGTTATTACACTTGCCCTGGGAACCCCAACCCCAGGAAGGACTATTTGTTGGGCCAAAACCCCAGCCGAACAGTACACGAGGGGCCTCCCCTGCTAACAACACTGCATGAGGGAACCCCCTGG
CTTGACGAAGAAATCAATCGAGAGCTGGTCGAATACGAAGGCTGGTCCATTTGGCTATTTCGTTTGGCGAGAGGTTAAAACGATTAAAAAATAATTCTACAAGATCAACGGAGTAGAGGAAAGAGGATCTATCGTCCACGTGGCTGCATCTACACCGTCCACGTGTCATCAAGAGATTCGCCAAAGTCAAACCGGgtaag
ttttcaaatttcttcgtgtttcaaaggatctgtcaaaagccatctaccacgaatgtctaaaaacacagagattaaacctgaacacgagaatccagAATTAGACGACCTAATCTCTAGGGTCAAGAGATTAAGTTTGACGCGTGCAACTGTCCCGCCATCAAGGGACTGGTGACTTCAACCAGCAATATGCCAGAAATATA
GTAAAGTGTCTCAACCTGACGAGGTGGTCGAAGAGGCCTTTCTCAAGGTTATGGAAAGATTGGTGAAGAAGTATGAGCAAAAATATAGGAAGGCAAGAGAAGAAATGGACAAGTGGGATGCTCTTCAACTTCGACTTCTCAAACAATTTCAAAATGCAGCGGCCATCATAGACCGCTTGAAGGTATTGGGAGATAAAGAG
AACTATGGAGTGTTGAAAGGTTTTAGCCACATAACAAAGGAGCTTCCAGCGAAGCAAGTGGAATCTTTGGAAATCATTTTCATTTCTATGCGATCCAACCTGGATGAATTTAATAAGGTGGTTAAATCTCTTAAAAAGATCTGGCAAGATGGTTGCCACCTTTTGAAAGGAGAAACTCTACAACCAACTTTACAACAGAT
GCAGATGCGTGTTGGACTCAGACCAAGTTTAAGTGATTGCCTGGATGGTTTAAAAGCTCTTTATGAGATGCACCTTTCTGAGTACCTTCTTAAAGTATCAATCATTTCAGCACTTTCATATGATTCAAGGGCTGGTGATGTGGCTGCATTACAAGTTGTTTTAGCAGATCAACCTAATATTCCTACAAGTGAAGTACAAT
TTATCTTTAACATCATATTTGCGGAGGAAATAAGTTAGAATTGGACTGGTGCTAATCTGATAAAGATGTCAGCCTGCTCTCAGGACTCATTTACTGGGTGTATATGGAATTTACGTTGCAACCATAAGTTGGAGAATACTTTATTCAATCTTGTCGCTTCCTTTGGGTTGTTGATATATTGTCTTGGTCCTTCAGGGCAC
AAGAGAAAACTTCAATGTTCAGACCTCAAACTACAAACCAATGAAGAGGAGGATTTTAAATAGATATCTATCTGTATGGTTGCAATGGATGCCACTTGAATCAGTTTACTGTAGATCTAATTTGGCTTCCACAATCAATGTATCACTTCGAAGCTACTTTGCCCACTCAATTGAATCTAATCCTATCTAAATATCAACAG
ATGAAAGTTATCTATGTTCTTGTGCACAATTTAGCAGTTCGATTGATTCCTTTGGGACTGGCTAATTAAATCCAGTCTAATTATCCTGAATTCATCACCACTTTTTTTTTTCAGGTTTCCGAGGAAGATATGTAGATACAATGCTACAGCTTCTCGAATTTTTGCTGATAAGTTTTCATTGGAAGCAATTTTTTGAATGT
TTTGTGAATATTACATTAAGACTCCATCATGGAATTTGTTTTGTGGAATGTACAACACTCAATTTCTATCCATTAGGAAGTGGGTCTTGACTGTGTCTGTCAGAGGAAGGAAAGGCAATTTAAGAAAGATGACCCAACAACATAAAGAAGACTCGAACAATTGCCTTTTTATTAATGCTTTCACATATGGAACTAACAAA
ACAAAACCAAATGGAAGTATGTTAAGATCTTAACTTAGGAGCATGTTAATTATTGCATATACTTAAAAGTGG

Intron 6 GTAAGTTGAA ... ATGGTTTGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	28	0	14
A2	34.78	15	0	8
A3	32.26	21	0	10
A4	7.69	12	0	1
A5	40	9	0	6
A6	31.76	101	0	47
A7	25.17	113	0	38
A8	29.67	128	1	54
A9	25.4	94	1	32
A10	23.08	80	0	24

>TRINITY_DN41417_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

TGCAACTGTCCCGCCATCAAGGGACTGGTGACTTCAACCAGCAATATGCCAGAAATATAGTAAAGTGTCTCAACCTGACGAGGTGGTCGAAGAGGCCTTTCTCAAGGTTATGGAAAGATTGGTGAAGAAGTATGAGCAAAAATATAGGAAGGCAAGAGAAGAAATGGACAAGTGGGATGCTCTTCAACTTCGACTTCTCA
AACAATTTCAAAATGCAGCGGCCATCATAGACCGCTTGAAGGTATTGGGAGATAAAGAGAACTATGGAGTGTTGAAAGGTTTTAGCCACATAACAAAGGAGCTTCCAGCGAAGCAAGTGGAATCTTTGGAAATCATTTTCATTTCTATGCGATCCAACCTGTACCTTCTTAAAGTATCAATCATTTCAGCACTTTCATAT
GATTCAAGGGCTGGTGATGTGGCTGCATTACAAGTTGTTTTAGCAGATCAACCTAATATTCCTACAAGTGAAGTACAATTTATCTTTAACATCATATTTGCGGAGGAAATAAGTTAGAATTGGACTGGTGCTAATCTGATAAAGATGTCAGCCTGCTCTCGGGACTCATTTACTGGGTGGCACAAGAGAAAACTTCAATG
TTCAGACCTCAAACTACAAACCAATGAAGAGGAGGATTTTAAATAGATATCTATCTGTATGGTTGCAATGGATGCCACTTGAATCAGTTTACTGTAGATCTAATTTGGCTTCCACAATCAATGTATCACTTCGAAGCTACTTTGCCCACTCAATTGAATCTAATCCTATCTAAATATCAACAGATGAAAGTTATCTATGT
TCTTGTGCACAATTTAGCAGTTTGATTGATTCCTTTGGGACTGGCTAATTAAATCCAGTCTAATTATCCTGAATTCATCACCACTTTTTTTTTTCAGGTTTCCGAGGAAGATATGTAGATACAATGCTACAGCTTCTCGAATTTTTGCTGATAAGTTTTCATTGGAAGCAATTTTTTGAATGTTTTGTGAATATTACATT
AAGACTCCATCATGGAATTTGTTTTGTGGAATGTACAACACTCAATTTCTATCCATTAGGAAGTGGGTCTTGACTGTGTCTGTCAGAGGAAGGAAAGGCAATTTAAGAAAGATGACCCAACAACATAAAGAAGACTCGAACAATTGCCTTTTTATTAATGCTTTCACATATGGAACTAACAAAACAAAACCAAATGGAAG
TATGTTAAGATCTTAACTTAGGAGCATGTTAATTATTGCATATACTTAAAAGTGGAATTGCCAATTTAAGATTTTGTGAGGAATTAGAAATGACCAAGTAATAATGAAAAGGACCGAAGGAGAACAAGAATAAAATGCTTCAATATATGCACCTGTCAACAAAACCATGTGGGGAAGTTCTAAAATTGTAGCTATTATTT
TTTAGTGGAAATTTAGATCAAAGGAATTGGG

>TRINITY_DN41417_c0_g1_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CAGCACTTTCATATGATTCAAGgtaagttgaaaatttagatgatccagtttccaaaggtatcaacactttcatatggtttgagGGCTGGTGATGTGGCTGCATTACAAGTTGTTTTAGCAGATCAACCTAATATTCCTACAAGTGAAGTACAATTTATCTTTAACATCATATTTGCGGAGGAAATAAGTTAGAATTGGAC
TGGTGCTAATCTGATAAAGATGTCAGCCTGCTCTCAGGACTCATTTACTGGGTGTATATGGAATTTACGTTGCAACCATAAGTTGGAGAATACTTTATTCAATCTTGTCGCTTCCTTTGGGTTGTTGATATATTGTCTTGGTCCTTCAGGGCACAAGAGAAAACTTCAATGTTCAGACCTCAAACTACAAACCAATGAAG
AGGAGGATTTTAAATAGATATCTATCTGTATGGTTGCAATGGATGCCACTTGAATCAGTTTACTGTAGATCTAATTTGGCTTCCACAATCAATGTATCACTTCGAAGCTACTTTGCCCACTCAATTGAATCTAATCCTATCTAAATATCAACAGATGAAAGTTATCTATGTTCTTGTGCACAATTTAGCAGTTTGATTGA
TTCCTTTGGGACTGGCTAATTAAATCCAGTCCAATTGTCCTGAATTCATCACCACTTTTTTTTTCAGGTTTCCGAGGAAGATATGTAGATACAATGCTACAGCTTCTCGAATTTTTGCTGATAAGTTTTCATTGGAAGCAATTTTTTGAATGTTTTGTGAATATTACATTAAGACTCCATCATGGAATTTGTTTTGTGGA
ATGTACAACACTCAATTTCTATCCATTAGGAAGTGGGTCTTGACTGTGTCTGTCAGAGGAAGGAAAGGCAATTTAAGAAAGATGACCCAACAACATAAAGAAGACTCGAACAATTGCCTTTTTATTAATGCTTTCACATATGGAACTAACAAAACAAAACCAAATGGAAGTATGTTAAGATCTTAACTTAGGAGCATGTT
AATTATTGCATATACTTAAAAGTGGAATTGCCAATTTAAGATTTTGTGAGGAATTAGAAATGACCAAGTAATAATGAAAAGGACCGAAGGAGAACAAGAATAAAATGCTTCAATATATGCACCTGTCAACAAAACCATGTGGGGAAGTTCTAAAATTGTAGCTATTATTTTTTAGTGGAAATTTAGATCAAAGGAATTGG
G