sp|Q9C516|XLG3_ARATH ----> Extra-large guanine nucleotide-binding protein 3

Intron 1 ATGTGAATGG ... ACATCATAAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.57	28	69	72
A2	79.23	19	71	74
A3	71.83	20	50	52
A4	76.42	25	75	87
A5	76	6	20	18
A6	69.47	40	86	96
A7	77.58	38	136	127
A8	74.04	61	167	181
A9	75.84	36	115	111
A10	71.43	31	76	79

>TRINITY_DN114518_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

AGGAGACTTTCTACACAAGGTTCTTCGCTCGCAAATCTGAGCCATTCGTTGGGGAATTCTGGGATGGTTCACCTAAACTTCCATTGAATCTATACCGATCAACCTTTCTGGATTGAAGGTACGGTGTTCTTCATATCCTCTTTCCCACTACACATCTTCTCCTTTGACTGTAATTGGTCCATGGGACTCTGGGAGACCTC
CTCCTACTGTTTCAACTAATCCACTCCGCCGGCAATCAAAAGGAGGGCGCGTGATTCGAACTCGCTATCTGAGTCAAGTCAACTGCAATAAAATGTTTATTCAACATACCACCAACTGCATTGCAATTTCCAATCGATGATTGGAATTAAATACAGAATCATGGCAAGCCTTCGGGTTGTCTGCCGTATGAACATTCCGC
TGGCAAGCCATTCATTGTCAATGAACAGACGAAAAATTTCAATTTCAAACCCTAGATGCGGTTTAGGTTTTAGTGGGCCGACGCGCGTTTTGACTTACGGTAAGGCAATCAATTCTCGGAGGTGACCGGCTAAGACGCGTTAATACCGGCTGCTCCGGGGACACCTGTTAAACACCCCGCAATGGCGACGGCGGACGACG
GGCGGACTTTGTCCACCCATAACACTGTTAACAATATATTCAATTTCAGTGGATTTTATGCCCATATGGAGATGTCCAGAGAACTCCAGTTTCTTCGGGGTTCCAAATCCAAGGTCTTCTGTGCAGGTAATGCGAAGCTCTTAGCGTTTTTATAAGGTCTGGAGGCTTCAATTTGGAGGAATCGGAGACACCCACGCAGT
TTTCTGCTTCTGTAAATGAGGAAATTCAGTATCGGTTATGAGGAGAAATGTGGACAGAGTTTTGAATTTTGAATCATCCGTATCATGTGAGTTCTTAGAGTGACAGGATTCTCACAGTTATAGCTCTTCAGAACGGCAGGCTTGCTTAATTTTTAGAATCTGCAGGGCGAAATGTTTAGGGTTTCAAAATAAGCTAAGTT
GAAACCCCCATATATGTTTATTTTCCACCCATACGCTCAAGGTCTTTATTGATTCCCAGAACTTGCGATGTAAACATTAGCAGATGGTTGACATTTTGCTGCCAGTTGTGGAGTTCTCTGAGAATTGGGTTATATAAATCACAATTTATTTCTTCCAGGGAAAGCATGTTTTGAAGCCCTACGTTCTTGAGCGTGTATTC
GTTTGTATTTCAGATATTTTAGCGAAATCTCGGTTGGAATCCCTAATTTTTAAACCCTATTTTGGGAAAAAGGAGGTTGAGGTTAACTGGGAATTGGAAATGATGACAGACGATATGTCTATGGATGAGAAAGCGTGGCAGGATGTTCTGAGAAATATGCTGCCCCTTGGAGCCCGGATCCCTAGCCAGGACGAGCTCGA
TTACTCGTTTGCCATGGAGTATCAAGGTCCGGCCCTTTCTTACCAGGTCCCGAAAGTGGATCCGGTTGATGCAAATCAAATTCCCACTGCAGACATTGCACGGTCATTAACTTCTTTACCATCGTTGCCAGTTATCCAGCCGATTTCGTCGGCAGTCCTTGTGCAATCAATTCCCGCGGCAGCTGTCTTTCACCCTGGTA
GGCGTAATCTCCCTGCTGGGAAGGGCACTTCCGAAACAAGATTCAAACGGAAGCTCCGTGGTGTAGAAAGTCCTAAAAATGATTGTACCCAAATTGCGCACTCTGCAATTGCAGTGGACTCTTCGAACGATGTGTTGATACAAGGAAGGACACATGTCCTATCCTGTGACGACTCTGTACCTGAGAATGCAGATGGAGAT
GATTGCCCAACTTGCAGTGCCAGTATGATGCCTGGTAGCGACGAAATTGAAAACAAGGAATTTGACTCAGATAATGCCGAAGAAAGTATAGAGTTTCTTGGGAAAGCATCAATGGATCCGCGACCAGAATTTAATAGTGCTGAAGAAGGCAAAATTATTTCTAGCAAGCTTTCCTTGGAGAAAGTTCACCCACAATTGGA
ATCTGATTACGCTGGAGAAAGTATGGAATCTCATGATAAACTGCCTGACAGAGTCTCCCCACAATCAGAATCTGGCATTGCTGGAGAAGATTTAACGTCACTACAGAAACCATCCCTAGAGAGGGATCACTTTCGGCTAGAAAATGATCATGTAGGAGAGAGTATGGACCGTGCTCACCTAGAATCAGAAATTGATAATT
ATGTTAACTTAGAATCCAACGATGCGGGAGAAAGTGAGTCGGTATCCATTGAAGAAGGTTGTTTCCAGTCAGAATTTGGGAATGACGAGGACAATTCAAATGTATTGAATCCAGTCTTTCTGGAGTCAGAAGCAACATCGAATTCGAGAGCATTACAAAGTTCTTCACTTCCAGCAGACTCCACCAAGCCTTCTTCATCC
GAGTTAGATGAATCGACACCTCCTTCAATCTCACCCTCATTTCATTCTTCACCTCATGAAATGGTCAACCCACGTAATATTGGTCCAATACAATTAGCAGCAGCAACAAATCAGAATGTGGAAGATATGGATGATGAGGAAGCTGGTCCTTCCCAATCCAATTCTCCAGATCCTCCGTCGAGTCATATTGCATCAAATGG
TTTGGTCTCAAGCAAACCAGGGAATAAAGACAAAGGAGCTGGGCAGCGAAGGAAGAAAGGAATGTGTCATAGATGCCTGAAAAGTAATCGGTTGAAAGAGAAAGAAACTTGTCTGGTATGTAATGCTAAATACTGCAGCAACTGTGTACTCAGAGCAATGGGGTCAATGCCTGAAGGGCGCAAATGTGTAAGCTGCATTG
GCCAGCCTATCGAGGAATCAAAGCGGTCAAGTCTGGGTAAAAGCTCAAGAGTGTTGACCCATCTTCTAAGCCCCTTAGAGGTTCAACAAATCATGAAAGCTGAAAAAGAATGCCCAGCAAATCAACTGCGACCAGAACATCTGTCTGTGAATGGAAAGGCACTTTGGTCAGAAGAAATGGCTATTCTACTTGGTTGTTCT
AATCCACCCCGTAAATTGAAGCCCGGATGTTATTGGTATGATAAAGTATCTGGATTTTGGGGCATGGATGGTCAGAAGCCAAATCAGATCGTAAGTCCACACTTGAATGTAGGAGGGGATCTTCGAGCTGATGCGAGTAATGGCAAGACAAAGGTTTTTATTAATGGGCGCGAAATTACTAAAACAGAGCTCAAGATGCT
GAAGATGACAGGTGTGCAATGTGCAGGTGAATCACACTTTTGGGTTAATGCAGATGGTTCATATCAAGAGGAAGGTCACAATATCATTAGAGGAAATATATGGGGCAAGGCAACAACACGGCTGTTATGCACTTTACTATCATTGCCCACACCTCGTGGAAATTTGACTGGTGGGCCAGAAGATGTGAATAATCAGTCAA
ACAGATTGCTTCCTGAATACCTAGAGCCAAAGAAAGTTCAAAAGCTTTTATTGCTTGGATACGAAGGATCTGGTACCAGTACCATTTTTAAGCAGGCAAGAATTTTATATAAAGGTGACAAATTTTCAGAGGAAGAGCTGCAAAATATTAAGCTGTTGATACAGAGCAATCTATACAAATACCTTAGTATATTGCTAGAA
GCTCGTGAGCGTTTTGAGGAAGAAAGTTTGACAAAAAGAGATAACGATCCACAGGATCAACCAATTGCATCAGGCGAGAGTGACCAAGAAGCTGGTGTTCAAAGTGTTTATTCCATCAACCAGAGATTGAAGACGTTTTCTGACTGGCTTCTGAAAATTGTGGCAATGGGGGATTTTGATAACTTTTTCCCAGCTGCCAC
ACGTGAGTATGCACCAATGGTTGAGGAATTATGGAGGGATCCTGCAATTCAGGCGACATATAAAAGAAGAAATGAGCTGCACATGCTTCCCGATGTTGCTGCTTACTTCTTAGAGCGGGTTCTTGCAATAGCCAGCAATGAATATGAGCCTTCTGATGAAGACATTTTATATGCAGAAGGAGTGACTCAAAGTAATGGGT
TAGCTTTTTTTGAATTTTCAATGGATGACAGGAGCTCAAATTCAGAATTCTACCATGATAATGTTGATTACCAGAGTCCTCTTGTGAGGTACCAGCTTATCAGGCCAAATGCCAAAGGCTTGAATGAAGGCTGCAAATGGCTGGATATGTTTGAGGATGTGCGGGCCATAATCTTTTGCATTGGTCTCAGTGATTATGAC
CAGATGTGGGCTGAAGGTAATGGTCACCTCAGAAATAAGATGACCTTGAGCAAAGAGCTGTTTGAGAATGTGGTGAAGCACCGTTGTTTCAGAAATATGCCATTTGTGCTATTATTCAACAAATTTGATGTGTTTGAGGAGAAAATCAACAGAGTTCCTCTTACAACAATTCATCATTGGCTCATCAGGCATACTATTAC
GTTGCTATGAAATTCAAAATACTATTCACATCAATCAGCAATCGTAAGTTATTTGTAGGGCAAGTCAAGGCTCGAGATAGTGAGACTGTCGAGGAGTCTTTCAAATATATACGAGAGGTCCTGAAGTGGGATGAAGAAAAAGACTATTACAACCATCCAGATGACTCCTATTATACTGATGACACAAGTTCCTTTTCCCC
AAATATAAGGCAGGAGGATTGAATAATGTTTCCTTTATCTGTATTTAATTATGAGAAGGGGACAGGATGCCTGGTGATTCAACATGTAAAACTAGCATGAAGTCCTCACGGCCAATTATAAGACAGGAGGATTGTTTCCTAGTTGGTTCTAGTTTTGTAACATGGATTTTTAGAAGGGATGAAGATGTTGAGCATGTTGC
CTAAGCTGGATGAAAATTATGTTTGTAATAGATATACCGTGGCACCAAAGTCCATTGGTGGCCTGGTGTTGGCTTGGTTATTATTATTTGACGGTTTCTCTCTTGAACCCCACATTGTTTCCATCTATGCAGACATATTCACTGATTCTTGTACGACACTTGCCCTCCTGAGAATGCATGTGCTGAGTATGATATCCCCA
AGATCACCATCGTAGTATGCGTAAGCGATTGCTCCCATGAGTTGCTGATCAAAGCTGCCAACCCTTAAAAAGAAATGCCTCAGCCTCATATAGATATATCCATCTTCTGTCTGACTGCGGGAGTCCTAGCATCCTTTGCTGATGTTGCAGTTAAAAATGATACCGAGTGCTTTGAGGCAGTGAAAGTCAGCGTTCAGATA
ATCACTGAAATGATTTCTCTACTTGGCTTTGAAGGTCCTCTCTAGCTGTGTGTAACAGGGCATTGTTATTCTCCAGTTCATATTCTTTTGTTTGAAGAAAGAGTGGTAAAAGCCCATTAAAGACTATTAGTTATTCACGTCTGTGTGCCTAGAGGAGAGAGTAGGTCCCATCTCTATAGTTGTCGTCTCTTGGATGAATA
CTGGCAGTCTAATAATGGTTACTAAGAAACTAGAATATATGAGATTCAATAATTAATAGGATTAAATTTCATCTAAAATAATTAATATTTTATTCTTGGGTAAGTCTTGGGAAACTTTTCAAGATTTTTTGGGAATGGGCTTAATTATTGCAAGCCTCACAAATATATTTATTTAACATAGAGTGCAAAGATAACTTATA
TTGGTTGTCCATCGATTGAAATTCGTATAAAGGCATTGTCGTAAAT

>TRINITY_DN114518_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TGATAATACTTGTGAGCATTTTGATTTAAATGTGGTTATGCAGTGTTATGAAAGATTTTATCTTAATTTTATATAATAAAACTGCAGATGCCCTATTAGAAATAATGATGAAGATTGTATCTGACTATCGTGTGGATTTTATGACATAATAGGCGAGAGTGACCAAGAAGCTGGTGTTCAAAGTGTTTATTCCATCAACC
AGAGATTGAAGACGTTTTCTGACTGGCTTCTGAAAATTGTGGCAATGGGGGATTTTGATAACTTTTTCCCAGCTGCCACACGTGAGTATGCACCAATGGTTGAGGAATTATGGAGGGATCCTGCAATTCAGGCGACATATAAAAGAAGAAATGAGCTGCACATGCTTCCCGATGTTGCTGCTTACTTCTTAGAGCGGGTT
CTTGCAATAGCCAGCAATGAATATGAGCCTTCTGATGAAGACATTTTATATGCAGAAGGAGTGACTCAAAGTAATGGGTTAGCTTTTTTTGAATTTTCAATGGATGACAGGAGCTCAAATTCAGAATTCTACCATGATAATGTTGATTACCAGAGTCCTCTTGTGAGGTACCAGCTTATCAGGCCAAATGCCAAAGGCTT
GAATGAAGGCTGCAAATGGCTGGATATGTTTGAGGATGTGCGGGCCATAATCTTTTGCATTGGTCTCAGTGATTATGACCAGATGTGGGCTGAAGGTAATGGTCACCTCAGAAATAAGATGACCTTGAGCAAAGAGCTGTTTGAGAATGTGGTGAAGCACCGTTGTTTCAGAAATATGCCATTTGTGCTATTATTCAACA
AATTTGATGTGTTTGAGGAGAAAATCAACAGAGTTCCTCTTACAACatgtgaatggttcaaggatttcaatccagttaaggcacatcataacAATTCATCATTGGCTCATCAGGCATACTATTACGTTGCTATGAAATTCAAAATACTATTCACATCAATCAGCAATCGTAAGTTATTTGTAGGGCAAGTCAAGGCTCGA
GATAGTGAGACTGTCGAGGAGTCTTTCAAATATATACGAGAGGTCCTGAAGTGGGATGAAGAAAAAGACTATTACAACCATCCAGATGACTCCTATTATACTGATGACACAAGTTCCTTTTCCCCAAATATAAGGCAGGAGGATTGAATAATGTTTCCTTTATCTGTATTTAATTATGAGAAGGGGACAGGATGCCTGGT
GATTCAACATGTAAAACTAGCATGAAGTCCTCACGGCCAATTATAAGACAGGAGGATTGTTTCCTAGTTGGTTCTAGTTTTGTAACATGGATTTTTAGAAGGGATGAAGATGTTGAGCATGTTGCCTAAGCTGGATGAAAATTATGTTTGTAATAGATATACCGTGGCACCAAAGTCCATTGGTGGCCTGGTGTTGGCTT
GGTTATTATTATTTGACGGTTTCTCTCTTGAACCCCACATTGTTTCCATCTATGCAGACATATTCACTGATTCTTGTACGACACTTGCCCTCCTGAGAATGCATGTGCTGAGTATGATATCCCCAAGATCACCATCGTAGTATGCGTAAGCGATTGCTCCCATGAGTTGCTGATCAAAGCTGCCAACCCTTAAAAAGAAA
TGCCTCAGCCTCATATAGATATATCCATCTTCTGTCTGACTGCGGGAGTCCTAGCATCCTTTGCTGATGTTGCAGTTAAAAATGATACCGAGTGCTTTGAGGCAGTGAAAGTCAGCGTTCAGATAATCACTGAAATGATTTCTCTACTTGGCTTTGAAGGTCCTCTCTAGCTGTGTGTAACAGGGCATTGTTATTCTCCA
GTTCATATTCTTTTGTTTGAAGAAAGAGTGGTAAAAGCCCATTAAAGACTATTAGTTATTCACGTCTGTGTGCCTAGAGGAGAGAGTAGGTCCCATCTCTATAGTTGTCGTCTCTTGGATGAATACTGGCAGTCTAATAATGGTTACTAAGAAACTAGAATATATGAGATTCAATAATTAATAGGATTAAATTTCATCTA
AAATAATTAATATTTTATTCTTGGGTAAGTCTTGGGAAACTTTTCAAGATTTTTTGGGAATGGGCTTAATTATTGCAAGCCTCACAAATATATTTATTTAACATAGAGTGCAAAGATAACTTATATTGGTTGTCCATCGATTGAAATTCGTATAAAGGCATTGTCGTAAAT

Intron 2 GTAGTTGCGA ... TGCTAGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.14	67.5	2	24.8
A2	10.92	74.5	0	8.3
A3	10.79	80.3	0	8.6
A4	23.94	41.1	2	12
A5	6.62	33.5	0	2
A6	8.46	30.2	0	2.6
A7	9.45	100.5	0	9.6
A8	15.9	44.2	0	7.6
A9	17.11	78.2	0	15
A10	13.27	79.1	0	11

>TRINITY_DN120045_c9_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

GGAGACTTTCTACACAAGGTTCTTCGCTCGCAAATCTGAGCCATTCGTTGGGGAATTCTGGGATGGTTCACCTAAACTTCCATTGAATCTATACCGATCAACCTTTCTGGATTGAAGGTACGGTGTTCTTCATATCCTCTTTCCCACTACACATCTTCTCCTTTGACTGTAATTGGTCCATGGGACTCTGGGAGACCTCC
TCCTACTGTTTCAACTAATCCACTCCGCCGGCAATCAAAAGGAGGGCGCGTGATTCGAACTCGCTATCTGAGTCAAGTCAACTGCAATAAAATGTTTATTCAACATACCACCAACTGCATTGCAATTTCCAATCGATGATTGGAATTAAATACAGAATCATGGCAAGCCTTCGGGTTGTCTGCCGTATGAACATTCCGCT
GGCAAGCCATTCATTGTCAATGAACAGACGAAAAATTTCAATTTCAAACCCTAGATGCGGTTTAGGTTTTAGTGGGCCGACGCGCGTTTTGACTTACGGTAAGGCAATCAATTCTCGGAGGTGACCGGCTAAGACGCGTTAATACCGGCTGCTCCGGGGACACCTGTTAAACACCCCGCAATGGCGACGGCGGACGACGG
GCGGACTTTGTCCACCCATAACACTGTTAACAATATATTCAATTTCAGTGGATTTTATGCCCATATGGAGATGTCCAGAGAACTCCACTTTCTTCGGGGTTCCAAATCCAAGGTCTTCTGTGCAGGTAATGCGAAGCTCTTAGCGTTTTTATAAGGTCTGGAGGCTTCAATTTGGAGGAATCGGAGACACCCACGCAGTT
TTCTGCTTCTGTAAATGAGGAAATTCAGTATCGGTTATGAGGAGAAATGTGGACAGAGTTTTGAATTTTGAATCATCCGTATCATGTGAGTTCTTAGAGTGACAGGATTCTCACAGTTATAGCTCTTCAGAACGGCAGGCTTGCTTAATTTTTAGAATCTGCAGGGCGAAATGTTTAGGGTTTCAAAATAAGCTAAGTTG
AAACCCCCATATATGTTTATTTTCCACCCATACGCTCAAGGTCTTTATTGATTCCCAGAACTTGCGATGTAAACATTAGCAGATGGTTGACATTTTGCTGCCAGTTGTGGAGTTCTCTGAGAATTGGGTTATATAAATCACAATTTATTTCTTCCAGGGAAAGCATGTTTTGAAGCCCTACGTTCTTGAGCGTGTATTCG
TTTGTATTTCAGATATTTTAGCGAAATCTCGGTTGGAATCCCTAATTTTTAAACCCTATTTTGGGAAAAAGGAGGTTGAGGTTAACTGGGAATTGGAAATGATGACAGACGATATGTCTATGGATGAGAAAGCGTGGCAGGATGTTCTGAGAAATATGCTGCCCCTTGGAGCCCGGATCCCTAGCCAGGACGAGCTCGAT
TACTCGTTTGCCATGGAGTATCAAGGTCCGGCCCTTTCTTACCAGGTCCCGAAAGTGGATCCGGTTGATGCAAATCAAATTCCCACTGCAGACATTGCACGGTCATTAACTTCTTTACCATCGTTGCCAGTTATCCAGCCGATTTCGTCGGCAGTCCTTGTGCAATCAATTCCCGCGGCAGCTGTCTTTCACCCTGGTAG
GCGTAATCTCCCTGCTGGGAAGGGCACTTCCGAAACAAGATTCAAACGGAAGCTCCGTGGTGTAGAAAGTCCTAAAAATGATTGTACCCAAATTGCGCACTCTGCAATTGCAGTGGACTCTTCGAACGATGTGTTGATACAAGGAAGGACACATGTCCTATCCTGTGACGACTCTGTACCTGAGAATGCAGATGGAGATG
ATTGCCCAACTTGCAGTGCCAGTATGATGCCTGGTAGCGACGAAATTGAAAACAAGGAATTTGACTCAGATAATGCCGAAGAAAGTATAGAGTTTCTTGGGAAAGCATCAATGGATCCGCGACCAGAATTTAATAGTGCTGAAGAAGGCAAAATTATTTCTAGCAAGCTTTCCTTGGAGAAAGTTCACCCACAATTGGAA
TCTGATTACGCTGGAGAAAGTATGGAATCTCATGATAAACTGCCTGACAGAGTCTCCCCACAATCAGAATCTGGCATTGCTGGAGAAGATTTAACGTCACTACAGAAACCATCCCTAGAGAGGGATCACTTTCGGCTAGAAAATGATCATGTAGGAGAGAGTATGGACCGTGCTCACCTAGAATCAGAAATTGATAATTA
TGTTAACTTAGAATCCAACGATGCGGGAGAAAGTGAGTCGGTATCCATTGAAGAAGGTTGTTTCCAGTCAGAATTTGGGAATGACGAGGACAATTCAAATGTATTGAATCCAGTCTTTCTGGAGTCAGAAGCAACATCGAATTCGAGAGCATTACAAAGTTCTTCACTTCCAGCAGACTCCACCAAGCCTTCTTCATCCG
AGTTAGATGAATCGACACCTCCTTCAATCTCACCCTCATTTCATTCTTCACCTCATGAAATGGTCAACCCACGTAATATTGGTCCAATACAATTAGCAGCAGCAACAAATCAGAATGTGGAAGATATGGATGATGAGGAAGCTGGTCCTTCCCAATCCAATTCTCCAGATCCTCCGTCGAGTCATATTGCATCAAATGGT
TTGGTCTCAAGCAAACCAGGGAATAAAGACAAAGGAGCTGGGCAGCGAAGGAAGAAAGGAATGTGTCATAGATGCCTGAAAAGTAATCGGTTGAAAGAGAAAGAAACTTGTCTGGTATGTAATGCTAAATACTGCAGCAACTGTGTACTCAGAGCAATGGGGTCAATGCCTGAAGGGCGCAAATGTGTAAGCTGCATTGG
CCAGCCTATCGAGGAATCAAAGCGGTCAAGTCTGGGTAAAAGCTCAAGAGTGTTGACCCATCTTCTAAGCCCCTTAGAGGTTCAACAAATCATGAAAGCTGAAAAAGAATGCCCAGCAAATCAACTGCGACCAGAACATCTGTCTGTGAATGGAAAGGCACTTTGGTCAGAAGAAATGGCTATTCTACTTGGTTGTTCTA
ATCCACCCCGTAAATTGAAGCCCGGATGTTATTGGTATGATAAAGTATCTGGATTTTGGGGCATGGATGGTCAGAAGCCAAATCAGATCGTAAGTCCACACTTGAATGTAGGAGGGGATCTTCGAGCTGATGCGAGTAATGGCAAGACAAAGGTTTTTATTAATGGGCGCGAAATTACTAAAACAGAGCTCAAGATGCTG
AAGATGACAGGTGTGCAATGTGCAGGTGAATCACACTTTTGGGTTAATGCAGATGGTTCATATCAAGAGGAAGGTCACAATATCATTAGAGGAAATATATGGGGCAAGGCAACAACACGGCTGTTATGCACTTTACTATCATTGCCCACACCTCGTGGAAATTTGACTGGTGGGCCAGAAGATGTGAATAATCAGTCAAA
CAGATTGCTTCCTGAATACCTAGAGCCAAAGAAAGTTCAAAAGCTTTTATTGCTTGGATACGAAGGATCTGGTACCAGTACCATTTTTAAGCAGATGACAGGTGTGCAATGTGCAGGTGAATCACACTTTTGGGTTAATGCAGATGGTTCATATCAAGAGGAAGGTCACAATATCATTAGAGGAAATATATGGGGCAAGG
CAACAACACGGCTGTTATGCACTTTACTATCATTGCCCACACCTCGTGGAAATTTGACTGGTGGGCCAGAAGATGTGAATAATCAGTCAAACAGATTGCTTCCTGAATACCTAGAGCCAAAGAAAGTTCAAAAGCTTTTATTGCTTGGATACGAAGGATCTGGTACCAGTACCATTTTTAAGCAGGCGAGAGTGACCAAG
AAGCTGGTGTTCAAAGTGTTTATTCCATCAACCAGAGATTGAAGACGTTTTCTGACTGGCTTCTGAAAATTGTGGCAATGGGGGATTTTGATAACTTTTTCCCAGCTGCCACACGTGAGTATGCACCAATGGTTGAGGAATTATGGAGGGATCCTGCAATTCAGGCGACATATAAAAGAAGAAATGAGCTGCACATGCTT
CCCGATGTTGCTGCTTACTTCTTAGAGCGGGTTCTTGCAATAGCCAGCAATGAATATGAGCCTTCTGATGAAGACATTTTATATGCAGAAGGAGTGACTCAAAGTAATGGGTTAGCTTTTTTTGAATTTTCAATGGATGACAGGAGCTCAAATTCAGAATTCTACCATGATAATGTTGATTACCAGAGTCCTCTTGTGAG
GTACCAGCTTATCAGGCCAAATGCCAAAGGCTTGAATGAAGGCTGCAAATGGCTGGATATGTTTGAGGATGTGCGGGCCATAATCTTTTGCATTGGTCTCAGTGATTATGACCAGATGTGGGCTGAAGGTAATGGTCACCTCAGAAATAAGATGACCTTGAGCAAAGAGCTGTTTGAGAATGTGGTGAAGCACCGTTGTT
TCAGAAATATGCCATTTGTGCTATTATTCAACAAATTTGATGTGTTTGAGGAGAAAATCAACAGAGTTCCTCTTACAACATGTGAATGGTTCAAGGATTTCAATCCAGTTAAGGCACATCATAACAATTCATCATTGGCTCATCAGGCATACTATTACGTTGCTATGAAATTCAAAATACTATTCACATCAATCAGCAAT
CGTAAGTTATTTGTAGGGCAAGTCAAGGCTCGAGATAGTGAGACTGTCGAGGAGTCTTTCAAATATATACGAGAGGTCCTGAAGTGGGATGAAGAAAAAGACTATTACAACCATCCAGATGACTCCTATTATACTGATGACACAAGTTCCTTTTCCCCAAATATAAGGCAGGAGGATTGAATAATGTTTCCTTTATCTGT
ATTTAATTATGAGAAGGGGACAGGATGCCTGGTGATTCAACATGTAAAACTAGCATGAAGTCCTCACGGCCAATTATAAGACAGGAGGATTGTTTCCTAGTTGGTTCTAGTTTTGTAACATGGATTTTTAGAAGGGATGAAGATGTTGAGCATGTTGCCTAAGCTGGATGAAAATTATGTTTGTAATAGATATACCGTGG
CACCAAAGTCCATTGGTGGCCTGGTGTTGGCTTGGTTATTATTATTTGACGGTTTCTCTCTTGAACCCCACATTGTTTCCATCTATGCAGACATATTCACTGATTCTTGTACGACACTTGCCCTCCTGAGAATGCATGTGCTGAGTATGATATCCCCAAGATCACCATCGTAGTATGCGTAAGCGATTGCTCCCATGAGT
TGCTGATCAAAGCTGCCAACCCTTAAAAAGAAATGCCTCAGCCTCATATAGATATATCCATCTTCTGTCTGACTGCGGGAGTCCTAGCATCCTTTGCTGATGTTGCAGTTAAAAATGATACCGAGTGCTTTGAGGCAGTGAAAGTCAGCGTTCAGATAATCACTGAAATGATTTCTCTACTTGGCTTTGAAGGTCCTCTC
TAGCTGTGTGTAACAGGGCATTGTTATTCTCCAGTTCATATTCTTTTGTTTGAAGAAAGAGTGGTAAAAGCCCATTAAAGACTATTAGTTATTCACGTCTGTGTGCCTAGAGGAGAGAGTAGGTCCCATCTCTATAGTTGTCGTCTCTTGGATGAATACTGGCAGTCTAATAATGGTTACTAAGAAACTAGAATATATGA
GATTCAATAATTAATAGGATTAAATTTCATCTAAAATAATTAATATTTTATTCTTGGGTAAGTCTTGGGAAACTTTTCAAGATTTTTTGGGAATGGGCTTAATTATTGCAAGCCTCACAAATATATTTATTTAACATAGAGTGC

>TRINITY_DN120045_c9_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TAGAGGAAATATATGGGGCAAGgtagttgcgactctccaaggattttaacaatctttctgttttcagcttgcattcatttgggtgtgttgaaaggagtcttgacctgctttatagtatagatgcttactgtcttttgacctttgctagacagGCAACAACACGGCTGTTATGCACTTTACTATCATTGCCCACACCTCGT
GGAAATTTGACTGGTGGGCCAGAAGATGTGAATAATCAGTCAAACAGATTGCTTCCTGAATACCTAGAGCCAAAGAAAGTTCAAAAGCTTTTATTGCTTGGATACGAAGGATCTGGTACCAGTACCATTTTTAAGCAGATGACAGGTGTGCAATGTGCAGGTGAATCACACTTTTGGGTTAATGCAGATGGTTCATATCA
AGAGGAAGGTCACAATATCATTAGAGGAAATATATGGGGCAAGGCAACAACACGGCTGTTATGCACTTTACTATCATTGCCCACACCTCGTGGAAATTTGACTGGTGGGCCAGAAGATGTGAATAATCAGTCAAACAGATTGCTTCCTGAATACCTAGAGCCAAAGAAAGTTCAAAAGCTTTTATTGCTTGGATACGAAG
GATCTGGTACCAGTACCATTTTTAAGCAGGTAGCTGGCAATTCTTGCGAGAATCTTTCGATATGGTCTGATTGTTGATCTGTGCACATAGTTGAATTGAAATCTATGGATGACTTTATTTCAAACATTTATAGATGGCTTAGTGGAAATCTAAGGATTATTTTATAATTTTCTATATGGCTGCACCATTTAATTGTCTGG
CTGTATCATACCTATCATCAACCTAAATATTAGTGAAATATAGCTACCTAGTACCATGTGCAAGAATGCTGCAAGACTGTCCAGTATGCTGTTGATAATTATTCCTAGTTGCAGCTGAAAGCTTCTGCCAGCCAGTAGTATAACACTATTGAATTGATTTTCCC

Intron 3 GCAAGAATTT ... ATTGCATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.59	54.2	68	73
A2	51.72	57.2	65.7	56
A3	57.15	56.2	70.6	79
A4	55.38	45.9	55.9	58
A5	46.78	23.5	27.8	13
A6	55.32	20.2	17.9	32
A7	64.3	46.9	73.9	95
A8	58.55	42.2	49.2	70
A9	58.28	42.2	40.9	77
A10	67.05	33.9	47	91

>TRINITY_DN120045_c9_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

GGAGACTTTCTACACAAGGTTCTTCGCTCGCAAATCTGAGCCATTCGTTGGGGAATTCTGGGATGGTTCACCTAAACTTCCATTGAATCTATACCGATCAACCTTTCTGGATTGAAGGTACGGTGTTCTTCATATCCTCTTTCCCACTACACATCTTCTCCTTTGACTGTAATTGGTCCATGGGACTCTGGGAGACCTCC
TCCTACTGTTTCAACTAATCCACTCCGCCGGCAATCAAAAGGAGGGCGCGTGATTCGAACTCGCTATCTGAGTCAAGTCAACTGCAATAAAATGTTTATTCAACATACCACCAACTGCATTGCAATTTCCAATCGATGATTGGAATTAAATACAGAATCATGGCAAGCCTTCGGGTTGTCTGCCGTATGAACATTCCGCT
GGCAAGCCATTCATTGTCAATGAACAGACGAAAAATTTCAATTTCAAACCCTAGATGCGGTTTAGGTTTTAGTGGGCCGACGCGCGTTTTGACTTACGGTAAGGCAATCAATTCTCGGAGGTGACCGGCTAAGACGCGTTAATACCGGCTGCTCCGGGGACACCTGTTAAACACCCCGCAATGGCGACGGCGGACGACGG
GCGGACTTTGTCCACCCATAACACTGTTAACAATATATTCAATTTCAGTGGATTTTATGCCCATATGGAGATGTCCAGAGAACTCCACTTTCTTCGGGGTTCCAAATCCAAGGTCTTCTGTGCAGGTAATGCGAAGCTCTTAGCGTTTTTATAAGGTCTGGAGGCTTCAATTTGGAGGAATCGGAGACACCCACGCAGTT
TTCTGCTTCTGTAAATGAGGAAATTCAGTATCGGTTATGAGGAGAAATGTGGACAGAGTTTTGAATTTTGAATCATCCGTATCATGTGAGTTCTTAGAGTGACAGGATTCTCACAGTTATAGCTCTTCAGAACGGCAGGCTTGCTTAATTTTTAGAATCTGCAGGGCGAAATGTTTAGGGTTTCAAAATAAGCTAAGTTG
AAACCCCCATATATGTTTATTTTCCACCCATACGCTCAAGGTCTTTATTGATTCCCAGAACTTGCGATGTAAACATTAGCAGATGGTTGACATTTTGCTGCCAGTTGTGGAGTTCTCTGAGAATTGGGTTATATAAATCACAATTTATTTCTTCCAGGGAAAGCATGTTTTGAAGCCCTACGTTCTTGAGCGTGTATTCG
TTTGTATTTCAGATATTTTAGCGAAATCTCGGTTGGAATCCCTAATTTTTAAACCCTATTTTGGGAAAAAGGAGGTTGAGGTTAACTGGGAATTGGAAATGATGACAGACGATATGTCTATGGATGAGAAAGCGTGGCAGGATGTTCTGAGAAATATGCTGCCCCTTGGAGCCCGGATCCCTAGCCAGGACGAGCTCGAT
TACTCGTTTGCCATGGAGTATCAAGGTCCGGCCCTTTCTTACCAGGTCCCGAAAGTGGATCCGGTTGATGCAAATCAAATTCCCACTGCAGACATTGCACGGTCATTAACTTCTTTACCATCGTTGCCAGTTATCCAGCCGATTTCGTCGGCAGTCCTTGTGCAATCAATTCCCGCGGCAGCTGTCTTTCACCCTGGTAG
GCGTAATCTCCCTGCTGGGAAGGGCACTTCCGAAACAAGATTCAAACGGAAGCTCCGTGGTGTAGAAAGTCCTAAAAATGATTGTACCCAAATTGCGCACTCTGCAATTGCAGTGGACTCTTCGAACGATGTGTTGATACAAGGAAGGACACATGTCCTATCCTGTGACGACTCTGTACCTGAGAATGCAGATGGAGATG
ATTGCCCAACTTGCAGTGCCAGTATGATGCCTGGTAGCGACGAAATTGAAAACAAGGAATTTGACTCAGATAATGCCGAAGAAAGTATAGAGTTTCTTGGGAAAGCATCAATGGATCCGCGACCAGAATTTAATAGTGCTGAAGAAGGCAAAATTATTTCTAGCAAGCTTTCCTTGGAGAAAGTTCACCCACAATTGGAA
TCTGATTACGCTGGAGAAAGTATGGAATCTCATGATAAACTGCCTGACAGAGTCTCCCCACAATCAGAATCTGGCATTGCTGGAGAAGATTTAACGTCACTACAGAAACCATCCCTAGAGAGGGATCACTTTCGGCTAGAAAATGATCATGTAGGAGAGAGTATGGACCGTGCTCACCTAGAATCAGAAATTGATAATTA
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>TRINITY_DN120045_c9_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

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