sp|Q941R4|GONS1_ARATH ----> GDP-mannose transporter GONST1

Intron 1 GTTTTTTTTA ... ATCCTCGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.91	8	12	27
A2	79.49	4	16	15
A3	74.55	7	13	28
A4	63.1	10	6.2	28
A5	65.52	5	7	12
A6	66.15	22	34	52
A7	66.67	24	52	44
A8	67.09	13	19	34
A9	67.44	14	25	33
A10	63.03	22	32	43

>TRINITY_DN44233_c0_g2_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

TTTTCATTCTCTAATCTTGGTTCACAAGAGGCCCTTGCCCTCGAGGATGGAAATCCAAAGTTCCCCGTACGAGGAGCTCCCCGTCCCTCCCGGCACAACGGCATTTGCCGACACAGTAACACGCTCTCTCCATCTATTCACACGCTTGGATTTTGGAGCTCCGGTTCCTCACACGCTTTAGCTCCTCTGATCCTCCCTTC
CCTTTGCGGGATTCGATTCTTTAACGCTCGAAGTAAAGGACGCGCATTTGGCAGCTGGACGTCTGTTGATTTCTTTATGCCCAGAGCTTCTTAGTCTTTAATGGAGAATGCGAGCAGATAATTGTACACTGTCTTCAATTTGAATTTGCAAACGGCCCGGCAAAGGGATGGCTTCCGCCAAATCATTGGCAGTAACACGA
ACTATGTCCAACGATAATACTGATTTAGAGGGTGGTGATGTGGAGAAAGATGTTGAAAGAACCATACGTGAGCATGGTTTCATTAAAATGCGGAATCAGTCTCTTCTGTCAGGAATAGCATATTGCCTTTCATCATGCAGCATGATTTTGCTGAATAAAGTTGTACTATCGGGTTTCAATTTTGATGCTGGAATATCACT
AATGTTATATCAGAATCTTGTGTCTGTAGTAATTGTCAGTGCTCTGAGCTTATTTGGAGTCATAACGACAGAACCACTTACTTGGAAGCTTATTCGAGTCTGGTTTCCTGTCAATGTTATATTTGTCGGGATGCTTGTTACAAGCATGTTTAGTTTGAAGTACATAAATGTGGCTATGGTGACGATTTTGAAGAATGTCA
CAAATATTATAACTGCTTTGGGAGAGATTTATCTTTTTAGTAAGCATCACAACAGCAAAGTCTGGGCTGCTCTCTTCTTGATGATTATATCTGCAATTTGTGGAGGAGTTACAGATCTTTCCTTTCATGCAGTGGGTTATGCCTGGCAAATTCTAAACTGTTTTCTTACGGCATCTTATTCGCTTACATTACGAAAGCTC
ATGGATGTAGCAAAGCATTCAACAAAATCTGGAAACTTGAATGAGTTTTCGATGGTTCTGCTCAACAATTTCCTGTCATTACCTTTGGGACTTCTACTTATATTTATTTTCAATGAGTGGCAGTACCTTTATACTACGCCAATAATCAGGTCACCTATGTTTTGGATTGTTACAACATCAAGTGGATTCCTGGGTCTTGC
CATAAGTTTCACATCAATGTGGTTCTTGCATCAGACTGGTCCTACAACATATAGTTTGGTGGGATCACTGAACAAGATTCCTCTATCATTAGCTGGAATCTTGCTATTCAAAGTACCGACCAGTTTTGAGAATCTGTTAAGCATACTTTTTGGTCTCTTTGCAGGGGTATTTTTTGCAAAAGCAAAAATGTCTGGATGAC
CGGCCTTGAAAAACTGAATTCTTGTAATTTCAATCTTACATGATTTCAGTAGAGGATTCAAGCTTAGTAGCATCTCCATTTGTTTATTTTGGGGTCCATCAATTTTATGATCCTTGGACTTATTAGAAATTCATGCACCGATCAGTATTAATTTTGTTTCCACAGAAAATTTAATATCCAATTTGTGAAGATTCCCATGA
CCTATGTTGTTAGTTAAAGCATCTGCTGAATGTGCTCTGGAGGCTCTTGGTTCTATGGGAAGCCTTATTTGGCATGCTAGTTCTTAGCGGAATCATGTACATTTTTAGCACAGAAGTTGTAAAGTCTTAGTTCCAGTTTTTATAGGTTCTACATGAAACATTCTCCCTGGAATGCCATACTGCTATTCAGCTTTCTGTCC
ATAAGGTTGAAGCTGTCTGCAATTTGGACCTTTGTAACACTGTAACATAAGGCTTCCAAATATTGGTCTGGTCTGTGCTTTTATGCAAGCCAGAGCTATTAGTGATTTTGAGTCACATGTTAAATTTGGTGTTTCTAAGACTTGGCTCATTATGTCTTTTTGGGATTTTTTCTTATAACCAATTTCTTAAAGGACTCAAA
TGCTAGCATCTCTAATCTGAGTGCCAA

>TRINITY_DN44233_c0_g2_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTTTCATTCTCTAATCTTGGTTCACAAGAGGCCCTTGCCCTCGAGGATGGAAATCCAAAGGCCCCCGTACGAGGAGCTCCCCGTCCCTCCCGGCACAACGGCATTTGCCGACACAGTAACACGCTCTCTCCATCTATTCACACGCTTGGATTTTGGAGCTCCGGTTCCTCACACGCTTTAGCTCCTCTGATCCTCCCTTC
CCTTTGCGgttttttttacttccagaagcatcatatgcgctgatttctctgcaaattaattttaataattcgtaaagaagcagaaacctgcagaaagtatctgtctcatcttgctgtttagtaatttaaaaacctaatttctgtgctttgcgtcttccatgaacacactgccgccttaaatattctctgaatttaaatcc
tcgaagGGATTCGATTCTTTAACGCTCGAAGTAAAGGACGCGCATTTGGCAGCTGGACGTCTGTTGATTTCTTTATGCCCAGAGCTTCTTAGTCTTTAATGGAGAATGCGAGCAGATAATTGTACACTGTCTTCAATTTGAATTTGCAAACGGCCCGGCAAAGGGATGGCTTCCGCCAAATCATTGGCAGTAACACGAAC
TATGTCCAACGATAATACTGATTTAGAGGGTGGTGATGTGGAGAAAGATGTTGAAAGAACCATACGTGAGCATGGTTTCATTAAAATGCGGAATCAGTCTCTTCTGTCAGGAATAGCATATTGCCTTTCATCATGCAGCATGATTTTGCTGAATAAAGTTGTACTATCGGGTTTCAATTTTGATGCTGGAATATCACTAA
TGTTATATCAGAATCTTGTGTCTGTAGTAATTGTCAGTGCTCTGAGCTTATTTGGAGTCATAACGACAGAACCACTTACTTGGAAGCTTATTCGAGTCTGGTTTCCTGTCAATGTTATATTTGTCGGGATGCTTGTTACAAGCATGTTTAGTTTGAAGTACATAAATGTGGCTATGGTGACGATTTTGAAGAATGTCACA
AATATTATAACTGCTTTGGGAGAGATTTATCTTTTTAGTAAGCATCACAACAGCAAAGTCTGGGCTGCTCTCTTCTTGATGATTATATCTGCAATTTGTGGAGGAGTTACAGATCTTTCCTTTCATGCAGTGGGTTATGCCTGGCAAATTCTAAACTGTTTTCTTACGGCATCTTATTCGCTTACATTACGAAAGCTCAT
GGATGTAGCAAAGCATTCAACAAAATCTGGAAACTTGAATGAGTTTTCGATGGTTCTGCTCAACAATTTCCTGTCATTACCTTTGGGACTTCTACTTATATTTATTTTCAATGAGTGGCAGTACCTTTATACTACGCCAATAATCAGGTCACCTATGTTTTGGATTGTTACAACATCAAGTGGATTCCTGGGTCTTGCCA
TAAGTTTCACATCAATGTGGTTCTTGCATCAGACTGGTCCTACAACATATAGTTTGGTGGGATCACTGAACAAGATTCCTCTATCATTAGCTGGAATCTTGCTATTCAAAGTACCGACCAGTTTTGAGAATCTGTTAAGCATACTTTTTGGTCTCTTTGCAGGGGTATTTTTTGCAAAAGCAAAAATGTCTGGATGACCG
GCCTTGAAAAACTGAATTCTTGTAATTTCAATCTTACATGATTTCAGTAGAGGATTCAAGCTTAGTAGCATCTCCATTTGTTTATTTTGGGGTCCATCAATTTTATGATCCTTGGACTTATTAGAAATTCATGCACCGATCAGTATTAATTTTGTTTCCACAGAAAATTTAATATCCAATTTGTGAAGATTCCCATGACC
TATGTTGTTAGTTAAAGCATCTGCTGAATGTGCTCTGGAGGCTCTTGGTTCTATGGGAAGCCTTATTTGGCATGCTAGTTCTTAGCGGAATCATGTACATTTTTAGCACAGAAGTTGTAAAGTCTTAGTTCCAGTTTTTATAGGTTCTACATGAAACATTCTCCCTGGAATGCCATACTGCTATTCAGCTTTCTGTCCAT
AAGGTTGAAGCTGTCTGCAATTTGGACCTTTGTAACACTGTAACATAAGGCTTCCAAATATTGGTCTGGTCTGTGCTTTTATGCAAGCCAGAGCTATTAGTGATTTTGAGTCACATGTTAAATTTGGTGTTTCTAAGACTTGGCTCATTATGTCTTTTTGGGATTTTTTCTTATAACCAATTTCTTAAAGGACTCAAATG
CTAGCATCTCTAATCTGAGTGCCAA

Intron 2 GTACTGTTCT ... TATTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.08	43.8	7	15
A2	21.15	41	6	16
A3	28.08	21.8	5	12
A4	32.56	29	21	7
A5	16.67	15	2	4
A6	14.53	50	6	11
A7	22.73	51	8	22
A8	18.18	36	9	7
A9	18.31	58	7	19
A10	24.14	44	10	18

>TRINITY_DN122311_c1_g2_i15 from sample A1 / Example spliced isoform

CAAGAGGCCCTTGCCCTCGAGGATGGAAATCCAAAGGCCCCCGTACGAGGAGCTCCCCGTCCCTCCCGGCACAATGGCATTTGCCGACACAGTAACACGCCCTCTCCATCTATTCACACGCTTGGATTTTGGAGCTCCGGTTCCTCACACGCTTTAGCTCCTCTGATCCTCCCTTCCCTTTGCGGTTTTTTTTACTTCCA
GAAGCATCATATGCTCTGATTTCTCTGCAAATTAATTTTAATAATTCGTAAAGAAGCAGAAACCTGCAGAAAGTATCTGTCTCATCTTGCTGTTTAGTAATTTAAAAACCTAATTTCTGTGCTTTGCGTCTTCCATGAACACACTGCCGCCTTAAATATTCTCTGAATTTAAATCCTCGAAGGGATTCGATTCTTTAACG
CTCGAAGTAAAGGACGCGCATTTGGCAGCTGGACGTCTGTTGATTTCTTTATGCCCAGAGCTTCTTAGTCTTTAATGGAGAATGCGAGCAGATAATTGTACACTGTCTTCAATTTGAATTTGCAAACGGCCAGGCAAAGGGATGGCTTCCGCCAAATCATTGGCAGTAACACGAACTATGTCCAACGATAATACTGATTT
AGAGGGTGGTGATGTGGAGAAAGATGTTGAAAGAACCATACGTGAGCATGGTTTCATTAAAATGCGGAATCAGTCTCTTCTGTCAGGAATAGCATATTGCCTTTCATCATGCAGCATGATTTTGCTGAATAAAGTTGTACTATCGGGTTTCAATTTTGATGCTGGAATATCACTAATGTTATATCAGAATCTTGTGTCTG
TAGTAATTGTCAGTGCTCTGAGCTTATTTGGAGTCATAACGACAGAACCACTTACTTGGAAGCTTATTCGAGTCTGGTTTCCTGTCAATGTTATATTTGTCGGGATGCTTGTTACAAGCATGTTTAGTTTGAAGTACATAAATGTGGCTATGGTGACGATTTTGAAGAATGTCACAAATATTATAACTGCTTTGGGAGAG
ATTTATCTTTTTAGTAAGCATCACAACAGCAAAGTCTGGGCTGCTCTCTTCTTGATGATTATATCTGCAATTTGTGGAGGAGTTACAGATCTTTCCTTTCATGCAGTGGGTTATGCCTGGCAAATTCTAAACTGTTTTCTTACGGCATCTTATTCGCTTACATTACGAAAGCTCATGGATGTAGCAAAGCATTCAACAAA
ATCTGGAAACTTGAATGAGTTTTCGATGGTTCTGCTCAACAATTTCCTGTCATTACCTTTGGGACTTCTACTTATATTTATTTTCAATGAGTGGCAGTACCTTTATACTACGCCAATAATCAGGTCACCTATGTTTTGGATTGTTACAACATCAAGTGGATTCCTGGGTCTTGCCATAAGTTTCACATCAATGTGGTTCT
TGCATCAGACTGGTCCTACAACATATAGTTTGGTGGGATCACTGAACAAGATTCCTCTATCATTAGCTGGAATCTTGCTATTCAAAGTACCGACCAGTTTTGAGAATCTGTTAAGCATACTTTTTGGTCTCTTTGCAGGGGTATTTTTTGCAAAAGCAAAAATGTCTGGATGACCGGCCTTGAAAAACTGAATTCTTGTA
ATTTCAATCTTACATGATTTCAGTAGAGGATTCAAGCTTAGTAGCATCTCCATTTGTTTATTTTGGGGTCCATCAATTTTATGATCCTTGGACTTATTAGAAATTCATGCACCGATCAGTATTAATTTTGTTTCCACAGAAAATTTAATATCCAATTTGTGAAGATTCCCATGACCTATGTTGTTAGTTAAAGCATCTGC
TGAATGTGCTCTGGAGGCTCTTGGTTCTATGGGAAGCCTTATTTGGCATGCTAGTTCTTAGCGGAATCATGTACATTTTTAGCACAGAAGTTGTAAAGTCTTAGTTCCAGTTTTTATAGGTTCTACATGAAACATTCTCCCTGGAATGCCATACTGCTATTCAGCTTTCTGTCCATAAGGTTGAAGCTGTCTGCAATTTG
GACCTTTGTAACACTGTAACATAAGGCTTCCAAATATTGGTCTGGTCTGTGCTTTTATGCAAGCCAGAGCTATTAGTGATTTTGAGTCACATGTTAAATTTGGTGTTTCTAAGACTTGGCTCATTATGTCTGTTTGGGATTTTTTCTTATAACCAATTTCTTAAAGGACTCAAATGCTAGCATCTCTAATCTGAGTGCCA
ATCACTCTTTTGAGATTA

>TRINITY_DN122311_c1_g2_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CCCCGTACGAGGAGCTCCCCGTCCCTCCCGGCACAATGGCATTTGCCGACACAGTAACACGCCCTCTCCATCTATTCACACGCTTGGATTTTGGAGCTCCGGTTCCTCACACGCTTTAGCTCCTCTGATCCTCCCTTCCCTTTGCGGTTTTTTTTACTTCCAGAAGCATCATATGCTCTGATTTCTCTGCAAATTAATTT
TAATAATTCGTAAAGAAGCAGAAACCTGCAGAAAGTATCTGTCTCATCTTGCTGTTTAGTAATTTAAAAACCTAATTTCTGTGCTTTGCGTCTTCCATGAACACACTGCCGCCTTAAATATTCTCTGAATTTAAATCCTCGAAGGGATTCGATTCTTTAACGCTCGAAGTAAAGGACGCGCATTTGGCAGCTGGACGTCT
GTTGATTTCTTTATGCCCAGAGCTTCTTAGTCTTTAATGGAGAATGCGAGCAGATAATTGTACACTGTCTTCAATTTGAATTTGCAAACGGCCAGGCAAAGGGATGGCTTCCGCCAAAGTTTTGCCTTTACAAATCTCAGTAGATGCAACTGAAAGTCAGACTCTTGATAAAGTTTCTTTGGAGGATTTCAGTAAGATAG
CTGTAAATGGACCATTGGATGAACTGATGAACAATGCTCTAAATGGAGCATTGGGTCAGGCTCCAAGTGTATCAATTTACAGTGCAGCAAGTGGTGGAAGAAGAGCTCTAAGTAGTAGATCATTGGCAGTAACACGAACTATGTCCAACGATAATACTGATTTAGAGGGTGGTGATGTGGAGAAAGATGTTGAAAGAACC
ATACGTGAGCATGGTTTCATTAAAATGCGGAATCAGTCTCTTCTGTCAGGAATAGCATATTGCCTTTCATCATGCAGCATGATTTTGCTGAATAAAGTTGTACTATCGGGTTTCAATTTTGATGCTGGAATATCACTAATGTTATATCAGgtactgttcttatgacaactggagttctacttgtcatattataaagtttg
ttcttcatctgtaggacaattttgtgcagatgtttcatcagatatcatttgaccttagtattattgttccaaaattcacttttatattttgcagAATCTTGTGTCTGTAGTAATTGTCAGTGCTCTGAGCTTATTTGGAGTCATAACGACAGAACCACTTACTTGGAAGCTTATTCGAGTCTGGTTTCCTGTCAATGTTA
TATTTGTCGGGATGCTTGTTACAAGCATGTTTAGGTATGCAATCTTATATTGGAATGTTATTCCTGTTCTCTATCTTTGTTTTTGACCGAGGTTACAAGTTGATATGGCGCATTGTTCTGTCAAGCAGAAGTTTATGAACCTCCTCAGAGTTGAATGCTTTTACCTAAAATTTATTGGCGAAGTGAATGATTTCTTGAAT
AAGTACACAATATATAGATCTTTTTATTATTGAAAATTGATGAAGAAAATAAGATGTTTTCCTGATAAGCCTTTTTTTGTTTGTAAACTGAGTCTTATATTATAAACAATAACACAAAATACATCAAAAA

Intron 3 GTAACACGCT ... ATCCTCGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80	6	21	27
A2	89.74	2	20	15
A3	69.25	9.8	16	28
A4	67.35	8	5	28
A5	69.23	4	6	12
A6	83.95	10	52.6	52
A7	69.49	27	79	44
A8	78.38	8	24	34
A9	72.97	15	48	33
A10	68.07	19	38	43

>TRINITY_DN44365_c0_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GCTAGGTTAGGCAATGAGATGGAGGAGTCCACGTGGCAAAGAGGCCCCGTTTGAAATCACGGGACATCCGGCGAGGCAGGATAAGGGACGGACAAACTATCTGAACTTTCATCGCCTTATTCGCCTGATTCGCCTTTTGTTTTCAATCTCTAATCTTGGTTCACAAGAGGCCCTCGCCCTCGAGGATGGAAATCCAAAGT
TCCCCGTACGAGGAGCTCCCCGTCCCTCCCGGCACAACGGCATTTGCCGACACAGGATTCGATTCTTTAACGCTCGAAGTAAAGGACGCGCATTTGGCAGCTGGACGTCTGTTGATTTCTTTATGCCCAGAGCTTCTTAGTCTTTAATGGAGAATGCGAGCAGATAATTGTACACTGTCTTCAATTTGAATTTGCAAACG
GCCCGGCAAAGGGATGGCTTCCGCCAAAGTTTTGCCTTTACAAATCTCAGTAGATGCAACTGAAAGTCAGACTCTTGATAAAGTTTCTTTGGAGGATTTCAGTAAGATAGCTGTAAATGGACCATTGGATGAACTGATGAACAATGCTCTAAATGGAGCATTGGGTCAGGCTCCAAGTGTATCAATTTACAGTGCAGCAA
GTGGTGGAAGAAGAGCTCTAAGTAGTAGATCATTGGCAGTAACACGAACTATGTCCAACGATAATACTGATTTAGAGGGTGGTGATGTGGAGAAAGATGTTGAAAGAACCATACGTGAGCATGGTTTCATTAAAATGCGGAATCAGTCTCTTCTGTCAGGAATAGCATATTGCCTTTCATCATGCAGCATGATTTTGCTG
AATAAAGTTGTACTATCGGGTTTCAATTTTGATGCTGGAATATCACTAATGTTATATCAGAATCTTGTGTCTGTAGTAATTGTCAGTGCTCTGAGCTTATTTGGAGTCATAACGACAGAACCACTTACTTGGAAGCTTATTCGAGTCTGGTTTCCTGTCAATGTTATATTTGTCGGGATGCTTGTTACAAGCATGTTTAG
TTTGAAGTACATAAATGTGGCTATGGTGACGATTTTGAAGAATGTCACAAATATTATAACTGCTTTGGGAGAGATTTATCTTTTTAGTAAGCATCACAACAGCAAAGTCTGGGCTGCTCTCTTCTTGATGATTATATCTGCAATTTGTGGAGGAGTTACAGATCTTTCCTTTCATGCAGTGGGTTATGCCTGGCAAATTC
TAAACTGTTTTCTTACGGCATCTTATTCGCTTACATTACGAAAGCTCATGGATGTAGCAAAGCATTCAACAAAATCTGGAAACTTGAATGAGTTTTCGATGGTTCTGCTCAACAATTTCCTGTCATTACCTTTGGGACTTCTACTTATATTTATTTTCAATGAGTGGCAGTACCTTTATACTACGCCAATAATCAGGTCA
CCTATGTTTTGGATTGTTACAACATCAAGTGGATTCCTGGGTCTTGCCATAAGTTTCACATCAATGTGGTTCTTGCATCAGACTGGTCCTACAACATATAGTTTGGTGGGATCACTGAACAAGATTCCTCTATCATTAGCTGGAATCTTGCTATTCAAAGTACCGACCAGTTTTGAGAATCTGTTAAGCATACTTTTTGG
TCTCTTTGCAGGGGTATTTTTTGCAAAAGCAAAAATGTCTGGATGACCGGCCTTGAAAAACTGAATTCTTGTAATTTCAATCTTACATGATTTCAGTAGAGGATTCAAGCTTAGTAGCATCTCCATTTGTTTATTTTGGGGTCCATCAATTTTATGATCCTTGGACTTATTAGAAATTCATGCACCGATCAGTATTAATT
TTGTTTCCACAGAAAATTTAATATCCAATTTGTGAAGATTCCCATGACCTATGTTGTTAGTTAAAGCATCTGCTGAATGTGCTCTGGAGGCTCTTGGTTCTATGGGAAGCCTTATTTGGCATGCTAGTTCTTAGCGGAATCATGTACATTTTTAGCACAGAAGTTGTAAAGTCTTAGTTCCAGTTTTTATAGGTTCTACA
TGAAACATTCTCCCTGGAATGCCATACTGCTATTCAGCTTTCTGTCCATAAGGTTGAAGCTGTCTGCAATTTGGACCTTTGTAACACTGTAACATAAGGCTTCCAAATATTGGTCTGGTCTGTGCTTTTATGCAAGCCAGAGCTATTAGTGATTTTGAGTCACATGTTAAATTTGGTGTTTCTAAGACTTGGCTCATTAT
GTCTTTTTGGGATTTTTTCTTATAACCAATTTCTTAAAGGACTCAAATGCTAGCATCTCTAATCTGAGTGCCAATCACTCTTTTGAGATTAAGGTTCTCTTTGCTTTACCTCTATGATGGAGTGGACTAGCAGTTGCCTGTAAATTG

>TRINITY_DN44365_c0_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GCTAGGTTAGGCAATGAGATGGAGGAGTCCACGTGGCAAAGAGGCCCCGTTTGAAATCACGGGACATCCGGCGAGGCAGGATAAGGGACGGACAAACTATCTGAACTTTCATCGCCTTATTCGCCTGATTCGCCTTTTGTTTTCAATCTCTAATCTTGGTTCACAAGAGGCCCTCGCCCTCGAGGATGGAAATCCAAAGT
TCCCCGTACGAGGAGCTCCCCGTCCCTCCCGGCACAATGGCATTTGCCGACACAgtaacacgccctctccatctattcacacgcttggattttggagctccggttcctcacacgctttagctcctctgatcctcccttccctttgcggttttttttacttccagaagcatcatatgcgctgatttctctgcaaattaatt
ttaataattcgtaaagaagcagaaacctgcagaaagtatctgtctcatcttgctgtttagtaatttaaaaacctaatttctgtgctttgcgtcttccatgaacacactgccgccttaaatattctctgaatttaaatcctcgaagGGATTCGATTCTTTAACGCTCGAAGTAAAGGACGCGCATTTGGCAGCTGGACGTC
TGTTGATTTCTTTATGCCCAGAGCTTCTTAGTCTTTAATGGAGAATGCGAGCAGATAATTGTACACTGTCTTCAATTTGAATTTGCAAACGGCCCGGCAAAGGGATGGCTTCCGCCAAAGTTTTGCCTTTACAAATCTCAGTAGATGCAACTGAAAGTCAGACTCTTGATAAAGTTTCTTTGGAGGATTTCAGTAAGATA
GCTGTAAATGGACCATTGGATGAACTGATGAACAATGCTCTAAATGGAGCATTGGGTCAGGCTCCAAGTGTATCAATTTACAGTGCAGCAAGTGGTGGAAGAAGAGCTCTAAGTAGTAGATCATTGGCAGTAACACGAACTATGTCCAACGATAATACTGATTTAGAGGGTGGTGATGTGGAGAAAGATGTTGAAAGAAC
CATACGTGAGCATGGTTTCATTAAAATGCGGAATCAGTCTCTTCTGTCAGGAATAGCATATTGCCTTTCATCATGCAGCATGATTTTGCTGAATAAAGTTGTACTATCGGGTTTCAATTTTGATGCTGGAATATCACTAATGTTATATCAGAATCTTGTGTCTGTAGTAATTGTCAGTGCTCTGAGCTTATTTGGAGTCA
TAACGACAGAACCACTTACTTGGAAGCTTATTCGAGTCTGGTTTCCTGTCAATGTTATATTTGTCGGGATGCTTGTTACAAGCATGTTTAGTTTGAAGTACATAAATGTGGCTATGGTGACGATTTTGAAGAATGTCACAAATATTATAACTGCTTTGGGAGAGATTTATCTTTTTAGTAAGCATCACAACAGCAAAGTC
TGGGCTGCTCTCTTCTTGATGATTATATCTGCAATTTGTGGAGGAGTTACAGATCTTTCCTTTCATGCAGTGGGTTATGCCTGGCAAATTCTAAACTGTTTTCTTACGGCATCTTATTCGCTTACATTACGAAAGCTCATGGATGTAGCAAAGCATTCAACAAAATCTGGAAACTTGAATGAGTTTTCGATGGTTCTGCT
CAACAATTTCCTGTCATTACCTTTGGGACTTCTACTTATATTTATTTTCAATGAGTGGCAGTACCTTTATACTACGCCAATAATCAGGTCACCTATGTTTTGGATTGTTACAACATCAAGTGGATTCCTGGGTCTTGCCATAAGTTTCACATCAATGTGGTTCTTGCATCAGACTGGTCCTACAACATATAGTTTGGTGG
GATCACTGAACAAGATTCCTCTATCATTAGCTGGAATCTTGCTATTCAAAGTACCGACCAGTTTTGAGAATCTGTTAAGCATACTTTTTGGTCTCTTTGCAGGGGTATTTTTTGCAAAAGCAAAAATGTCTGGATGACCGGCCTTGAAAAACTGAATTCTTGTAATTTCAATCTTACATGATTTCAGTAGAGGATTCAAG
CTTAGTAGCATCTCCATTTGTTTATTTTGGGGTCCATCAATTTTATGATCCTTGGACTTATTAGAAATTCATGCACCGATCAGTATTAATTTTGTTTCCACAGAAAATTTAATATCCAATTTGTGAAGATTCCCATGACCTATGTTGTTAGTTAAAGCATCTGCTGAATGTGCTCTGGAGGCTCTTGGTTCTATGGGAAG
CCTTATTTGGCATGCTAGTTCTTAGCGGAATCATGTACATTTTTAGCACAGAAGTTGTAAAGTCTTAGTTCCAGTTTTTATAGGTTCTACATGAAACATTCTCCCTGGAATGCCATACTGCTATTCAGCTTTCTGTCCATAAGGTTGAAGCTGTCTGCAATTTGGACCTTTGTAACACTGTAACATAAGGCTTCCAAATA
TTGGTCTGGTCTGTGCTTTTATGCAAGCCAGAGCTATTAGTGATTTTGAGTCACATGTTAAATTTGGTGTTTCTAAGACTTGGCTCATTATGTCTTTTTGGGATTTTTTCTTATAACCAATTTCTTAAAGGACTCAAATGCTAGCATCTCTAATCTGAGTGCCAATCACTCTTTTGAGATTAAGGTTCTCTTTGCTTTAC
CTCTATGATGGAGTGGACTAGCAGTTGCCTGTAAATTG

Intron 4 GTAGATCATT ... GCATGTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.96	20	49	22
A2	82.93	7	41	27
A3	88	3	26	18
A4	78.82	9	30	37
A5	61.54	10	12	20
A6	72.73	30	85	75
A7	74.49	25	103	43
A8	68.67	26	77	37
A9	72.41	24	76	50
A10	74.44	23	77	57

>TRINITY_DN44233_c0_g2_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GATTCGATTCTTTAACGCTCGAAGTAAAGGACGCGCATTTGGCAGCTGGACGTCTGTTGATTTCTTTATGCCCAGAGCTTCTTAGTCTTTAATGGAGAATGCGAGCAGATAATTGTACACTGTCTTCAATTTGAATTTGCAAACGGCCCGGCAAAGGGATGGCTTCCGCCAAAGTTTTGCCTTTACAAATCTCAGTAGAT
GCAACTGAAAGTCAGACTCTTGATAAAGTTTCTTTGGAGGATTTCAGTAAGATAGCTGTAAATGGACCATTGGATGAACTGATGAACAATGCTCTAAATGGAGCATTGGGTCAGGCTCCAAGTGTATCAATTTACAGTGCAGCAAGTGGTGGAAGAAGAGCTCTAAGTATTTGAAGTACATAAATGTGGCTATGGTGACG
ATTTTGAAGAATGTCACAAATATTATAACTGCTTTGGGAGAGATTTATCTTTTTAGTAAGCATCACAACAGCAAAGTCTGGGCTGCTCTCTTCTTGATGATTATATCTGCAATTTGTGGAGGAGTTACAGATCTTTCCTTTCATGCAGTGGGTTATGCCTGGCAAATTCTAAACTGTTTTCTTACGGCATCTTATTCGCT
TACATTACGAAAGCTCATGGATGTAGCAAAGCATTCAACAAAATCTGGAAACTTGAATGAGTTTTCGATGGTTCTGCTCAACAATTTCCTGTCATTACCTTTGGGACTTCTACTTATATTTATTTTCAATGAGTGGCAGTACCTTTATACTACGCCAATAATCAGGTCACCTATGTTTTGGATTGTTACAACATCAAGTG
GATTCCTGGGTCTTGCCATAAGTTTCACATCAATGTGGTTCTTGCATCAGACTGGTCCTACAACATATAGTTTGGTGGGATCACTGAACAAGATTCCTCTATCATTAGCTGGAATCTTGCTATTCAAAGTACCGACCAGTTTTGAGAATCTGTTAAGCATACTTTTTGGTCTCTTTGCAGGGGTATTTTTTGCAAAAGCA
AAAATGTCTGGATGACCGGCCTTGAAAAACTGAATTCTTGTAATTTCAATCTTACATGATTTCAGTAGAGGATTCAAGCTTAGTAGCATCTCCATTTGTTTATTTTGGGGTCCATCAATTTTATGATCCTTGGACTTATTAGAAATTCATGCACCGATCAGTATTAATTTTGTTTCCACAGAAAATTTAATATCCAATTT
GTGAAGATTCCCATGACCTATGTTGTTAGTTAAAGCATCTGCTGAATGTGCTCTGGAGGCTCTTGGTTCTATGGGAAGCCTTATTTGGCATGCTAGTTCTTAGCGGAATCATGTACATTTTTAGCACAGAAGTTGTAAAGTCTTAGTTCCAGTTTTTATAGGTTCTACATGAAACATTCTCCCTGGAATGCCATACTGCT
ATTCAGCTTTCTGTCCATAAGGTTGAAGCTGTCTGCAATTTGGACCTTTGTAACACTGTAACATAAGGCTTCCAAATATTGGTCTGGTCTGTGCTTTTATGCAAGCCAGAGCTATTAGTGATTTTGAGTCACATGTTAAATTTGGTGTTTCTAAGACTTGGCTCATTATGTCTTTTTGGGATTTTTTCTTATAACCAATT
TCTTAAAGGACTCAAATGCTAGCATCTCTAATCTGAGTGCCAA

>TRINITY_DN44233_c0_g2_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTTTCATTCTCTAATCTTGGTTCACAAGAGGCCCTTGCCCTCGAGGATGGAAATCCAAAGTTCCCCGTACGAGGAGCTCCCCGTCCCTCCCGGCACAACGGCATTTGCCGACACAGTAACACGCTCTCTCCATCTATTCACACGCTTGGATTTTGGAGCTCCGGTTCCTCACACGCTTTAGCTCCTCTGATCCTCCCTTC
CCTTTGCGGGATTCGATTCTTTAACGCTCGAAGTAAAGGACGCGCATTTGGCAGCTGGACGTCTGTTGATTTCTTTATGCCCAGAGCTTCTTAGTCTTTAATGGAGAATGCGAGCAGATAATTGTACACTGTCTTCAATTTGAATTTGCAAACGGCCCGGCAAAGGGATGGCTTCCGCCAAAGTTTTGCCTTTACAAATC
TCAGTAGATGCAACTGAAAGTCAGACTCTTGATAAAGTTTCTTTGGAGGATTTCAGTAAGATAGCTGTAAATGGACCATTGGATGAACTGATGAACAATGCTCTAAATGGAGCATTGGGTCAGGCTCCAAGTGTATCAATTTACAGTGCAGCAAGTGGTGGAAGAAGAGCTCTAAGTAgtagatcattggcagtaacacg
aactatgtccaacgataatactgatttagagggtggtgatgtggagaaagatgttgaaagaaccatacgtgagcatggtttcattaaaatgcggaatcagtctcttctgtcaggaatagcatattgcctttcatcatgcagcatgattttgctgaataaagttgtactatcgggtttcaattttgatgctggaatatcac
taatgttatatcagaatcttgtgtctgtagtaattgtcagtgctctgagcttatttggagtcataacgacagaaccacttacttggaagcttattcgagtctggtttcctgtcaatgttatatttgtcgggatgcttgttacaagcatgtttagTTTGAAGTACATAAATGTGGCTATGGTGACGATTTTGAAGAATGTC
ACAAATATTATAACTGCTTTGGGAGAGATTTATCTTTTTAGTAAGCATCACAACAGCAAAGTCTGGGCTGCTCTCTTCTTGATGATTATATCTGCAATTTGTGGAGGAGTTACAGATCTTTCCTTTCATGCAGTGGGTTATGCCTGGCAAATTCTAAACTGTTTTCTTACGGCATCTTATTCGCTTACATTACGAAAGCT
CATGGATGTAGCAAAGCATTCAACAAAATCTGGAAACTTGAATGAGTTTTCGATGGTTCTGCTCAACAATTTCCTGTCATTACCTTTGGGACTTCTACTTATATTTATTTTCAATGAGTGGCAGTACCTTTATACTACGCCAATAATCAGGTCACCTATGTTTTGGATTGTTACAACATCAAGTGGATTCCTGGGTCTTG
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