NA ----> NA

Intron 1 GTATGATTTG ... TGGTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	91.3	2	21	29
A2	88	3	22	16
A3	85.71	4	24	23
A4	96.97	1	32	11
A5	52.94	8	9	13
A6	89.1	29	237	36
A7	90.33	26	243	69
A8	90.27	39	362	125
A9	90.72	32	313	90
A10	85.59	34	202	68

>TRINITY_DN45627_c2_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

GTGACAGGATTTGGATTTGCAACAAACTGATTGTACTCAGCAATTTTTGAAGAATGTTAACAAACGGAGAGAAAGTTTTTCCAGGTATCAAACACATTTTAAAGAGTAGTTCTACAGTTACATTGCATTTGGTTTATTGTTTTTTTAGGTATCAAACACTTTTTAAAGAGTGCTTCAGATTGCATTGCAATACATGGATT
GCATTAACACTTTTTAAAGAGTGGTTCAGATTGCATTGCAATACATGGATTGCATTAGAGTGTAATATTTTTAAAGGTA

>TRINITY_DN45627_c2_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TAAAGACAGACAATGCCATCGGACGCTTACAGCCAGAAAGTAAAGACAGACAATGCCATCGGATGCTTACAGCCAGTGACAGGATTTGGATTTGCAACAAACTGATTGTACTCAGCAATTTTTGAAGAATGTTAACAAACGGAGAGAAAGgtatgatttggtccttatgatattaaaaatcttttaaacattgtttcaaa
acatatatattggtgtgtaatttttaagatggttaataaaaaatagataaaaagtaattatcatcaattttttttttatgttttttaatatttgaagtaatatttatgtcttgaggggtaatgttcattaccattttcatgtttataatattaaataaaggacttgtttcatatttttttgttttgttattttttaggta
ttaaatattctatatatgaactgcattggataatttttaagaatgttaatgagtataggtaatgattattatctttttcaaagtaatatttttaaataaggatgtctcatatatgttttggtttgtagTTTTTCCAGGTATCAAACACATTTTAAAGAGTAGTTCTACAGTTACATTGCATTTGGTTTATTGTTTTTTTA
GGTATCAAACACTTTTTAAAGAGTGCTTCAGATTGCATTGCAATACATGGATTGCATTAACACTTTTTAAAGAGTGGTTCAGATTGCATTGCAATACATGGATTGCATTAGAGTGTAATATTTTTAAAGGTAATGATCATTATATTTTTCATGTTTTTATTTAAAGTAATATTTAAATAAGGGTGCATCTCATTTTTGTT
TTGGTTTGTTATCTTTTCAGGTATCAAGCATCATTTGAACATTGATTCAATGTTATTTGCAAGCATCCTTTGAACAATGATTCAATATTATTTACAAACAGGAGTTGC

Intron 2 GTATTAAACA ... ATGAGCATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	59.51	59.8	93	78.8
A2	55.5	53	81.2	50.6
A3	59.21	63.2	100.4	79.4
A4	56.24	40	68	33.8
A5	54.32	42	50.6	46.4
A6	59.63	85.6	131.8	116.4
A7	59.27	123.2	176.2	174.2
A8	62.58	177	267.6	303.2
A9	69.45	72	163.4	159
A10	66.34	60.4	118	116.6

>TRINITY_DN112789_c2_g2_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

AGAAATTAAAGACGGACAATGCCGTCGGACGCTTACAGCCAGAAATTAAAGATAGACAATGCCATCGGACGCTTACGGCCAGAAATTAAAGATAGACAATGCCATCGGATGCTTATAGCCAATGACAGGATTTGGATTTGCATCACACTGATTGCATTGCTCAGCAATTTTTGAAGAATGCTAACAAACGGAGAGAAAGT
TTTTATTCCTTTGGAAGATATTCAACAGTAACGATTCTCACTTAAGATCGTGTTCGAGGAAGTGTGACAAGTGAGAAACACCATCAACTCTTGCTACCTCGCATTTTTTCGCATTTTTTTATGAAGGATCTTCCAGTAAGGTATCGAACACTTTTTAAAGAGTGGTTCAGATTGCATTAGAGTGTAAGGTTTTTACAGGT
CATGATCATTATCTTTTTCATGTT

>TRINITY_DN112789_c2_g2_i17 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AGAAATTAAAGACGGACAATGCCGTCGGACGCTTACAGCCAGAAATTAAAGATAGACAATGCCATCGGACGCTTACGGCCAGAAATTAAAGATAGACAATGCCATCGGATGCTTATAGCCAATGACAGGATTTGGATTTGCATCACACTGATTGCATTGCTCAGCAATTTTTGAAGAATTGAAGAATGTTAACAAACGAA
GAGAAAGGTATTAAACATTCAACATATGAACACTGCATTTGGGTAATTTTTAAGAATGTTAATGAGTATAGGTAATGATTATTATCTTTTTCAAAGTAATATTTTGCTAACAAACGGAGAGAAAGTTTTTATTCCTTTGGAAGATATTCAACAGTAACGATTCTCACTTAAGATCGTGTTCGAGGAAGTGTGACAAGTGA
GAAACACCATCAACTCTTGCTACCTCGCATTTTTTCGCATTTTTTTATGAAGGATCTTCCAGTAAGgtattaaacattcaacatacattcaacatatgggtaatttttaagaatgttaatgagcatagGTATCGAACACTTTTTAAAGAGTGGTTCAGATTGCATTAGAGTGTAAGGTTTTTACAGGTCATGATCATTAT
CTTTTTCATGTT

Intron 3 GTAATGGTAA ... CCCTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.19	106	3	22
A2	18.18	90	2	20
A3	18.13	99.3	8	22
A4	17.59	89	7	19
A5	16.82	59.3	2	12
A6	14.75	156	0	27
A7	20.3	161	3	41
A8	20.23	209	6	53
A9	17.37	157	2	33
A10	12.99	134	13	20

>TRINITY_DN108176_c2_g1_i16 from sample A4 / Example spliced isoform

TAGCCAATGACAGGATTTGGATTTGCATCACACTGATTGCATTGCTCAGCAATTTTTGAAGAATGCTAACAAACGGAGAGAAAGTTTTTATTCCTTTGGAAGATATTCAACAGTAACGATTCTCACTTAAGATCATGTTCGAGGCAGTGTGACAAGTGAGAAACACCATCAACTCTTGCTACCTCGCATTTTTTTATGAA
GGATCTTCCAGTAAGGTATTAAACATTCAACATATATTCAACATATGGGTAATTTTTAAGAATGTTAATGAGCATAGGTATCGAACACTTTTTAAAGAGTGGTTCAGATTGCATTAGAGTGTAAGGTTTTTAAAGGTATCAAGCATCATTTAAATGTTGATTCAATGTTATTTACAATAATTTCAAGTGATATACCATGG
GCTTGTGTAGTTTATTATTTTTTAGAGTTTTGTAAATACAGAGACTTACAGACATATTATTCTTAATATAAATATTATTTTGGGGATGGGATTAAACCCATCCAAATGCTCTAGAGGGTGGGGCGCCCCATCATCTCTAGAGTAGTCTCTAATAGTGTTATGTATGTATTTTTCATATTCATTTTCCACTCATTGTCTTC
ACACAAACTAATTTTATAATTTCTCCAACACAAATAAATTTCATTTTTAACTTAATGTTTTCACACAAACTAATTTCATAATTTA

>TRINITY_DN108176_c2_g1_i17 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AGGATTGCATTGTTTTAAAAGTTGGTTTATGCACAGGATTTGGATTTGCAACAAACTGATTGCATTGCTCAGCAATTTTTGAAGAATGCTAACAAACGGAGAGAAAGgtaatggtaatggtcattatgatattaagaatcttttaaaactttgggctttcccttttgtccttaaactaatttaatcttattcacattttt
atcttatgtgccacctaggatctgccacatgtacaatttttacttttatgacacataagatgaccacatgccatgcttcccttttcagTTTTTATTCCTTTGGAAGATATTCAACAGTAACGATTCTCACTTAAGATCGTGTTCGAGGAAGTGTGACAAGTGAGAAACACCATCAACTCTTGCTACCTCGCATTTTTTCG
CATTTTTTTATGAAGGATCTTCCAGTAAGGTATTAAACATTCAACATATATTCAACATATGGGTAATTTTTAAGAATGTTAATGAGCATAGGTATCGAACACTTTTTAAAGAGTGGTTCAGATTGCATTAGAGTGTAAGGTTTTTAAAGGTATCAAGCATCATTTAAATGTTGATTCAATGTTATTTACAATAATTTCAA
GTGATATACCATGGGCTTGTGTAGTTTATTATTTTTTAGAGTTTTGTAAATACAGAGACTTACAGACATATTATTCTTAATATAAATATTATTTTGGGGATGGGATTAAACCCATCCAAATGCTCTAGAGGGTGGGGCGCCCCATCATCTCTAGAGTAGTCTCTAATAGTGTTATGTATGTATTTTTCATATTCATTTTC
CACTCATTGTCTTCACACAAACTAATTTTATAATTTCTCCAACACAAATAAATTTCATTTTTAACTTAATGTTTTCACACAAACTAATTTCATAATTTA

Intron 4 GTAATGATCA ... GTTATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.99	51	14	9.6
A2	36.78	46.4	12	11.8
A3	35.52	47.2	11.6	12.6
A4	35.37	37	8.4	12.2
A5	35.15	27	8.2	7.6
A6	14.85	484	30.4	18.2
A7	16.29	661.4	41.2	34.8
A8	18.06	893	72.4	50.6
A9	15.27	714.4	45.2	26.2
A10	17.41	492.2	41.6	25.8

>TRINITY_DN108411_c4_g1_i9 from sample A5 / Example spliced isoform

ATGCCATCCGATGCTTACATCCAATGACAGGATTTGGATTTGCATCACACTGATTGCATTGCTCAGCAATTTTTGAAGAATGTTAACAAACGGAGAGAAAGGTATCAAACACATTTTAAAGAGTGGTTCTACAGATTGCATTGCAATACATGGATTGCATTTGGTTTGTTGTTTTTTCAGGTATCAAACACTTTTTAAAG
AGGTTCAGATTGCATTGCAATACATGGATTGCATTAGAGTGTAATATTTTTAAAGGTATCAAGCATCATTTAAATGTTGATTCAATTTTATTTACAATAATTTGAAGTGATATAAGATGGACTTGTGTAGTTTACTATTTTTGAGAGTTCTGTAAATACATTACAAACATATTATTCTTAATATAAATAATTTTTTGGGG
GATGGGATTAAACCCATCCAAATGCTCTAGA

>TRINITY_DN108411_c4_g1_i12 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TATTAAGGATCTTTTAAACATTAATAAAAAAATGATAAAAATAATGATCATTAACTTTTTTTATGTTTTTTAATATTTGAAGTAATATTTATGTCTCTTATTGATGTGATGTGTAATTTTGAAAGAGGGGTAATGTTCATTACCATTTTGTATTTGTTAGTATTAAATAAAGGACTTGTTTTATATTTGTTTTGTTATCT
TTTCAGGTATTAAACATTTAACATATGAACTGTATTGATGGGTAATTTTTAAAAATGTTAATGAACATAGGTATCAAAAGAATGGTCCAGATTGCATTGCAATACATGGATTGCATTAGAGTGTAATATTTTTAAAGgtaatgattattatctttttcatgttttaatttaaaataatatttaaataaggatgtttctca
tatttgttttggtttgttatttcagGTATCAAGCATCATTTAAAT

Intron 5 GTATCAAACA ... GTTTTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	4.76	50	2	3
A2	3.23	45	1	2
A3	9.91	50	5	6
A4	2.13	46	1	1
A5	24.39	31	10	10
A6	4.45	740	39	30
A7	3.71	779	32	28
A8	4.38	1037	42	53
A9	4.16	933	39	42
A10	6.63	655	43	50

>TRINITY_DN45364_c1_g1_i31 from sample A6 / Example spliced isoform

CATCGGACGCTTACAGCCAGAAAGTAAAGACAGACAATGCGATCGGATGCTTACAGCCAATGACAGGATTTGGATTTGCAACATACTGATTGTACTCAGCAATTTTTGAAGAATGTTAACAAACGGAGAGAAAGGTATCAAACACTTTTTAAAGAGTGCTTCAGATTGCATTGCAATACATGGATTGCATTAGAGTGTAA
TATTTTTAAAGGTATCAAGCATCATTTAAATGTTTGATTCAATGTTATTTACAATAATTTGAAGTGATATATG

>TRINITY_DN45364_c1_g1_i30 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAACCAATGACAGGATTTGGATTTGCAACATACTGATTGTACTCAGCAATTTTTGAAGAATGTTAACAAACGGAGAGAAAGgtatcaaacacattttaaagagtagttctacagttacattgcatttggtttattgtttttttagGTATCAAACACTTTTTAAAGAGTGCTTCAGATTGCATTGCAATACATGGATTGCA
TTAGAGTGTAATATTTTTAAAGGTATCAAGCA

Intron 6 GTATTAAACA ... ATGAGTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.42	44	23	7
A2	42.37	34	34	16
A3	23.64	42	24	2
A4	28.57	25	9	11
A5	30.56	25	17	5
A6	24.23	563	218	142
A7	30.11	557	320	160
A8	28.95	757	377	240
A9	27.79	699	335	203
A10	37.57	521	399	228

>TRINITY_DN45364_c1_g1_i27 from sample A6 / Example spliced isoform

AGACGCTTACAGACAGAAATTAAAGACAGACAATGCCATCGGATGCTTACAGACCAATGACAGGATTTGGATTTGCAACATACTGATTGCATTGCTCAGCAATTTTTTTGAAGAATGTTAACAAACGAAGAGAAAGGTATCAAACATTTTTTAAAGAGTGGTTCAGATTGCATTGCAAAACATGGGCAAAACATGGATTG
CATTAGAGTGTAATATTTTTAAAGGTATCAAGCATCATTTAAATGTTTGATTCAATGTTATTTACAATAATTTGAAGTGATATATGATGGACTTGTGTAGTTTACTATTTTTTAGAGTTCTGTAAATACAGAGACCTATAAACATATTATTCTTAATATAAATAATTTTTTTGGGGATGGGATTAAACCC

>TRINITY_DN45364_c1_g1_i32 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAGAAAGTAAAGACAGACAATGCCATCGGATGCTTACAGACCAATGACAGGATTTGGATTTGCAACATACTGATTGCATTGCTCAGCAATTTTTTTGAAGAATGTTAACAAACGAAGAGAAAGgtattaaacatttaacatatcaacactgcattcgggtaatttttaagaatgttaatgagtatagGTATCAAACATTT
TTTAAAGAGTGGTTCAGATTGCATTGCAAAACATGGGCAAAACATGGATTGCATTAGAGTGTAATATTTTTAAAGGTATCAAGCATCATTTAAATGTTTGATTCAATGTTATTTACAATAATTTGAAGTGATATATGATGGACTTGTGTAGTTTACTATTTTTTAGAGTTCTGTAAATACAGAGACCTATAAACATATTA
TTCTTAATATAAATAATTTTTTTGGGGATGGGATTAAACCC

Intron 7 GTAATGATTA ... GTTTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	85.71	5	27	33
A2	46.15	14	13	11
A3	75.51	6	16	21
A4	55.56	12	6	24
A5	73.33	4	11	11
A6	48.17	85	52	106
A7	43.09	138	89	120
A8	49.11	172	150	182
A9	51.29	142	139	160
A10	34.75	169	93	87

>TRINITY_DN45627_c2_g1_i14 from sample A8 / Example spliced isoform

TAAAGACAGACAATGCCATCGGACGCTTACAGCCAGAAAGTAAAGACAGACAATGCCATCGGATGCTTACAGCCAATGACAGGATTTGGATTTGCAACAAACTGATTGCATTGCTCAGCAATTTTTTTGAAGAATGTTAACAAACAAAGAGAAAGGTATTAAACATTCAACATATGAACACTGCATTTGGGTAATTTTTA
AGAATGTTAATGAGTATAGGTATCAAACACTTTTTAAAGAGTGGTTCAGATTGCATTGCAATAACATGGATTGCATTAGAGTGTAATATTTTTAAAGGTA

>TRINITY_DN45627_c2_g1_i16 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TAAAGACAGACAATGCCATCGGACGCTTACAGCCAGAAAGTAAAGACAGACAATGCCATCGGATGCTTACAGCCAGTGACAGGATTTGGATTTGCAACAAACTGATTGCATTGCTCAGCAATTTTTTTGAAGAATGTTAACAAACGAAGAGAAAGGTATTAAACATTCAACATATGAACACTGTATTTGGGTAATTTTTA
AGAATGTTAATGAGTATAGgtaatgattattatctttttcaaagtaatatttttaaataaggatgtttcatatatattttggattgtagtttttccacgtatcaaacacattttaaagagtggttctacagattgcattgcaatacatggattgcatttggtttgttgttttttcagGTATCAAACACTTTTTAAAGAGT
GGTTCAGATTGCATTGCAATAACATGGATTGCATTAGAGTGTAATATTTTTAAAGGTAATGATCATTATCTTTTTCATGTTTTTATTTAAAATAATATTTAAATAAGGATGTCTCTCATATTTGTTTTGGTTTGTTATTTCAGGTATCAAGCATCATTTAAATGTTGATTCAATGTTATTTACAATAATTTCAAGTGATA
TACCATGGGCTTGTGTAGTTTATTATTTTTTAGAGTTTTGTAAATACAGAGATTTACAGACATATTATTCTTAATATAAATATTATTTTGGGGATGGGATTAAACCCATCCAAATGCTCTAGAGGGTGGGGCGCCCCATCATCTCTAGAGTAGTCTCTAATAGTGTTATGTATGTATTTTTCATATTCATTTTCCACTCA
TTGTCTTCACACAAACTAATTTTATAATTTCTCCAACACAAATAAATTTCATTTTTAACTTAATGTTTT