NA ----> NA

Intron 1 GTAAGAGGCC ... TAAATAATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.69	22	21	28
A2	64.38	13	28	19
A3	38.46	20	12	13
A4	60	8	10	14
A5	55.56	6	8	7
A6	59.46	15	15	29
A7	40.78	53	33	40
A8	40.7	51	33	37
A9	30.59	59	20	32
A10	36.28	36	22	19

>TRINITY_DN34232_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

CTTCAAACCTGCATGCTCCAAAATCTGTTGACAAAGGTGTAGAAAGACATCAGGCAAGTGCCAAATTTTCCCATTCTGAAATTGATTTTGACAAGGGAAGACCCAGTGATTCAAAAGATAGAGAAATTAGAAGTAAGGGAAATGACAAACATGATATAAGAAAGGGTGCATCTGTAGTCAATTCTGAGCATGGGGAAATC
AAGAACAGAAAAGGAGATAACAAGCAACATGATTTGGTTCAACATAGAAAAGACGGGGAAAAGGAAAAGGAGAAGGAAAAGGAGAAGGATAGGGAGAGGGAGAGGGAGCGGGAAAAGGATAGGGAAAAGGTAAAGGAAAGAGAGAAACTCAGAGTTGGCGATAAGAAAAGGGATAAAATACATGATCAAGAAGGGAGAAA
GGGAAGGAAAGCTGACAAAATTGATGATGGTAAGAAAATTGATAAAGAGAGGGGTGAGAAAAATGGCAAAGGAAGACATAGAGATTCCAAGGATACGGGAAAGAACAGGAAACGCTCATCATCAGTTAGCAGTAGAGGTCGAAATGGCAAGGTTGATTCCTATGATAGTAATAATAGTAGTTCAGGTGCAGACGAAACTG
AGAATACGAAACGAAGGAGGGTGCACTCAAGCAGGCGCAGTTCATCGCCGTCACCTATTAGATCCAGAAAGAGACAAGTTTCGCGGTCTCGTTCTCCTTCTCGTTCATCACATGCCAGACATTCTCATCGCAGGCATTCCCCTTATCCTTCTAATGAGGGCAGGCACAAACAGTCACGGTCTAGATCACCTGTTCGAAGG
AGGAGGCGAAGCTGAATGCTGGATCTCAACGGAATTGCACCGTACTGAAAAATCAGATTACTGTAATCTCTTGATCAAAGAAAAGTTATGTATTGGAAATTACTTCAGTTCTTTATGATTCCACCATCTTGAAGAACAATACATAGCAAGGAACTTTGGTTTATGCTTTCTGTGGTAGCCTGCTCTATACATGTGGCAAT
GTTTCTCTGGCAGCAGAGGTAGTTGATTGGAAATCAAGAGGTACTATGGAAATTGAGGTTGGATTCAATGCTTCTTGTTCTTTCCGAACATGGCCATTATAATGGATGGACTTAACAGGTCAGGTTAATGTAATTTTTCCATGCATCATAATTCCATTAAAAAGGGCATTTGGCTTTGCAGTCCAGTGGCTTGGTGTTGC
ACAGGGGTTGTTGCACAGGAAAGAGACATGAATGTCTTGGGTCCATTAACATCTTCAGTTTCCTGATGTTGAAGATTTTGCTTGCTATGCTTGTTGCAAGACTTATAATTATACGACTGGAAGCCTTGTAAAAGCTTTGTAAGGTATTCTACGTAACTGATGTACTGGAAGGTATTCCATATCAATGTTGTTTGTTAAAG
ACTATTGTGAGCTCATCTTGCAGAGAGGTACACTTATGCCATTTTTAGTGGTCTTTGGAAAACGGGTTCTGTAAGAATTAAAGGTTTCTTAATCAAATCTGATTTGCTTAAATCAGATTATAGATTGATCTTTTGTTTCTTTATGTGCACGTGAAGAATCCGAATAAAATCTCGAAAACCCGAGCAGTGCATAAAATCAA
CACCATGTTTATAATGCTTTTATTTTTTCTTCTATGTTATGGTAACTTTACAATTTAAG

>TRINITY_DN34232_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTTCATAGTTATAATTTCTTTAATGGAAATTATTTCCATGAACTCTCTCTCATATCTTAGTTTTGGTGCTTGCCTCTGCCTGTTTTCATAGCATATTGGTTTAAGATTGGGCAACTTATGAAGTGTTCTCAATTCGAGAAGGAATAAGTTTTCCTGAATGTAGAAATAATTCGTACATGATAAAAATGATTGTGATTTTG
GTATTACCCAGCAGAAAATATTTTATCTCAACCATTTCTCTTTTCCGGCAAGTTATCTTAAAAATCATTTAGATTTAAAAGGGATAACAGCTGCTAATAAACATAATAAGCTGTTTTAGTGTTTCTTACAAGTTCTTGCTATAGAGGTAAAGGGTTGAATTAATAACAGCTTCTTGGATTCCTAGCTACTGCTGATAGCT
GTTAATGGGTTTATATTGGCACTGTCAGCCTTTCACAGCCTTGTGTTCAGATCTTTCAAGTCTAGTCCAGGCCTTTGTTTTGTTTATAAATCCTGATTAATTTACAGAGTATAGGCAACTTGGAATTAAGGCCTCTTTTAAATGTCTTACAGCTATCCATTTATGCATGATAATCTGCTTAGCAATCTCTGGAACGATAA
AAATATATTATTCATTCCCCAGCATGTAAAGATTGGCATCCAATGGGGTAGTATTTCTGGGTTTGTCTGTGGCATTATAATTCTATAATCTTTCAAGTCATATATGTGCAGGTCGCTGCTACTGGGGTAAGATGTTACTTCACAACTAAAAGTTAAAATTGATTTGTTTTTACTTACTGGATGAGTATGATCATGTGTTA
TTTCTAGACAAGTTTCGCGGTCTCGTTCTCCTTCTCGTTCATCACATGCCAGACATTCTCATCGCAGGCATTCCCCTTATCCTTCTAATGAGGGCAGgtaagaggccacctactttgacttgtcaaaatttgtaagatccacgccacattaacaataagatggatgatccttgcagtatattgtcaaaggtgagtttttt
tatttagagtattatgatttatgatgtcaatttttttaaataatagGCACAAACAGTCACGGTCTAGATCACCTGTTCGAAGGAGGAGGCGAAGCTGAATGCTGGATCTCAACGGAATTGCACCGTACTGAAAAATCAGATTACTGTAATCTCTTGATCAAAGAAAAGTTATGTATTGGAAATTACTTCAGTTCTTTATG
ATTCCACCATCTTGAAGAACAATACATAGCAAGGAACTTTGGTTTATGCTTTCTGTGGTAGCCTGCTCTATACATGTGGCAATGTTTCTCTGGCAGCAGAGGTAGTTGATTGGAAATCAAGAGGTACTATGGAAATTGAGGTTGGATTCAATGCTTCTTGTTCTTTCCGAACATGGCCATTATAATGGATGGACTTAACA
GGTCAGGTTAATGTAATTTTTCCATGCATCATAATTCCATTAAAAAGGGCATTTGGCTTTGCAGTCCAGTGGCTTGGTGTTGCACAGGGGTTGTTGCACAGGAAAGAGACATGAATGTCTTGGGTCCATTAACATCTTCAGTTTCCTGATGTTGAAGATTTTGCTTGCTATGCTTGTTGCAAGACTTATAATTATACGAC
TGGAAGCCTTGTAAAAGCTTTGTAAGGTATTCTACGTAACTGATGTACTGGAAGGTATTCCATATCAATGTTGTTTGTTAAAGACTATTGTGAGCTCATCTTGCAGAGAGGTACACTTATGCCATTTTTAGTGGTCTTTGGAAAACGGGTTCTGTAAGAATTAAAGGTTTCTTAATCAAATCTGATTTGCTTAAATCAGA
TTATAGATTGATCTTTTGTTTCTTTATGTGCACGTGAAGAATCCGAATAAAATCTCGAAAACCCGAGCAGTGCATAAAATCAACACCATGTTTATAATGCTTTTATTTTTTCTTCTATGTTATGGTAACTTTACAATTTAAG