NA ----> NA

Intron 1 GTATGTCTTC ... TGAATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	3	8.3	3
A2	75	6	7.3	18
A3	75	3	7	9
A4	66.67	4	6	8
A5	70	3	3	7
A6	38.71	38	8.3	24
A7	56.1	18	21.7	23
A8	56.1	18	6	23
A9	46.67	24	13.3	21
A10	53.85	18	2	21

>TRINITY_DN41212_c0_g1_i9 from sample A6 / Example spliced isoform

TGATCCAGCACCGAGCATTAAATGCAGTAATTCTTGGGGTTTTCACTCCATTGATTTGTTAAACTTACCATTCATTTCAAGAGTCGGTTCTTGTTGCGAGTCGGTGAAGAAACCAGTTGGGTTGTGACTGCTCGAAAACCAGCTAGGGTTGAGGATTTGGAAGTTTGAAGTTGATAAAGGAGAAATAAGTAGTTATTGAT
TTTTGATGGATGCTTGCTCTATGTTCAAGCTTCTGGAATGGGTTGTTTAAAGGGAAATTTACAGTTCAGAAGTCAGTTTTATGATGTAACCCGTTAACATTGGAAATATTCTTTTAAGACCTGTCTGAGAACTGTCAAATGTCTCCATTATTGTTCCTTACCTTTAATTTGTTGTATGCAATGCTTGTTACCTGCTTGAA
ATAAGTTGTGGATGAAAGAAAAATTGAAGAAACTGGGGTTTTTGGTGGACGTGTTGGATATACTATTCGGTTCCCAGACTTATAATTATTGTAGTTATTTTTTAAACATAAATTACTTGTCATTGTAATTGTTAACTTTTCTTTTATTATTTCGCCACCTGGGCATGTAAAACGAATAATTAGGGTATGTTCAAACGCCA
TATTCCAAAAACCCTAATTGAACTATTTGTTAAAGAAGAATCTCAATTTTTTCTCATTGAAGAAAATTATATGGAAGGTTTGGAGGAATAATATTA

>TRINITY_DN41212_c0_g1_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TGATCCAGCACCGAGCATTAAATGCAGTAATTCTTGGGGTTTTCACTCCATTGATTTGTTAAACTTACCATTCATTTCAAGAGTCGGTTCTTGTTGCGAGTCGGTGAAGAAACCAGTTGGGTTGTGACTGCTCGAAAACCAGCTAGGGTTGAGGATTTGGAAGgtatgtcttctacaacattacttttatcttactctga
acttgtaatagtttatatatggctcagttttatggtttgcatgcgtatttttcaatccctcccctgcttccaaaaataaatgtttcaggggttgaacgagacacagatcttcactgttatttaagcttgaactatattttcataaggtagattatatttgcgaaggtcacattatatataaactgttttttgaatttcag


TTTGAAGTTGATAAAGGAGAAATAAGTAGTTATTGATTTTTGATGGATGCTTGCTCTATGTTCAAGCTTCTGGAATGGGTTGTTTAAAGGGAAATTTACAGTTCAGAAGTCAGTTTTATGATGTAACCCGTTAACATTGGAAATATTCTTTTAAGACCTGTCTGAGAACTGTCAAATGTCTCCATTATTGTTCCTTACCT
TTAATTTGTTGTATGCAATGCTTGTTACCTGCTTGAAATAAGTTGTGGATGAAAGAAAAATTGAAGAAACTGGGGTTTTTGGTGGACGTGTTGGATATACTATTCGGTTCCCAGACTTATAATTATTGTAGTTATTTTTTAAACATAAATTACTTGTCATTGTAATTGTTAACTTTTCTTTTATTATTTCGCCACCTGGG
CATGTAAAACGAATAATTAGGGTATGTTCAAACGCCATATTCCAAAAACCCTAATTGAACTATTTGTTAAAGAAGAATCTCAATTTTTTCTCATTGAAGAAAATTATATGGAAGGTTTGGAGGAATAATATTA

Intron 2 GTAGGGAGAT ... TTTTGGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.64	8	14	0
A2	78.85	11	41	2
A3	73.53	9	25	0
A4	69.23	4	9	0
A5	62.96	10	17	3
A6	71.9	152	389	46
A7	74.44	102	297	27
A8	67.62	226	472	69
A9	70.94	154	376	35
A10	72.94	82	221	12

>TRINITY_DN41212_c0_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

TGATCCAGCACCGAGCATTAAATGCAGTAATTCTTGGGGTTTTCACTCCATTGATTTGTTAAACTTACCATTCATTTCAAGAGTCGGTTCTTGTTGCGAGTCGGTGAAGAAACCAGTTGGGTTGTGACTGCTCGAAAACCAGCTAGGGTTGAGGATTTGGAAGATGAGATTTTTTAGCAGAGGGGGCAGAAGAGGAAATA
GAGGATATAGAGGTAACAGAGGAAATGGAAATAGAGGCCAGCTTATGAATTGATATGTGGAAATGTGGGTGGCATGCACTATTTTGTATATTTTGTAAGTGTATTTTGATGATATATGTGTGTGTGCCCACAGGGTTTTTCAACGAAAATGACTAAATGATGTGAGATGCATGTTTTATTTAAATGAATGCCTACTTTTT
TCGAAGTAACAAGGAGTGGATGGCATAATTAAATATTGGGAAAGGGGTCCCACCTATTTAGTGCTCTTACTATTATTTTATTATTACTTATTACTCTTATTTTCGTGAAGAATAATTCCTTATTAACTAAATGTAGTTTTTAATACCACAACTTCCCAAAGAAAAGGATAAAGGAGGCACAAGGTGTGACGGGGTAAGAG
AGAAAAGGAAAACAATATTCTGATAAAAGGTAGCTCTTGATTCATCTTGAGATTTTTCTTATCATTCTTTCATCTCTAAGTTTCAACTAAAGGTTGAATATGATCTTGTTGGCATCAAAAGAGCATTGAAGGTGGCCTAAGAGGATCATGTGCATAATTATTATCCATGTTTAGAAGGTTGTTTCTTATCTGATAGTTGG
TTCCTTTCTTCTAGGATTTGAATTAGTTTTCAAGTACTAATAAGAATTGATATTGCATAATTTGGAAGTGGCATCCTCAAATATTTATTTGATCCAACAAACTTATGTCATGTTGTTTCTTGGAAAACATAATTCTTTGTATGAAGAATCCATAGCATCCTAGAGTTCTCAGTGTTCATTTGGTCCTCACTTTCGCAGAA
GTGTGAAAAAAAGTTTTCAGATTTGTAACTCATAGATCTATTAATAAAGTCTGCTTATTTGGTCTCAACTTTGAATCATGAAAAAAAGTTTTCAGATTTGTAACTCATAGATCTATTAATAAAGTCTGCTTATTTGGTCTCAACTTTGAATCATGAAAAAAAGTTTTCAGATTTGT

>TRINITY_DN41212_c0_g1_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TGATCCAGCACCGAGCATTAAATGCAGTAATTCTTGGGGTTTTCACTCCATTGATTTGTTAAACTTACCATTCATTTCAAGAGTCGGTTCTTGTTGCGAGTCGGTGAAGAAACCAGTTGGGTTGTGACTGCTCGAAAACCAGCTAGGGTTGAGGATTTGGAAGATGAGATTTTTTAGCAGAGGGGGCAGAAGAGGAAATA
GAGGATATAGAGGTAACAGAGGAAATGGAAATAGAGGCCAGCTTATGAATTGgtagggagatgggaacaataataaaagattgagattttctattcattttgatgctgagttgaatgaatttcaacagatattgcagtctggtattcttaatttaaataaaagattgagattttctattcattttgatgctgagttgaat
gaatttcaacagatattgcagtctggtattcttagttttggtggccaaatccagcaaccctctatccagtctatcatttttccaccacctgctcattctcggtctagcatcctcggggttccaattcccccacatgtctctatgcaacccgaaccaaatgattgatggaatcgggccctcccaggtcaaccatctggagt
taggggatggccttctatatcactatcactcccacctcttcctccattgaacaagcaatatgatcttccaatcccttcaaatgtttctcgtgttcaacctttacctgatatttctgatcaaagtccttcattagaaaccaaaggaaatagacctgctagagccctcagtcttgattcttcagaaggttcatctcattttg
taacttcccattatatcttggcctcaaaaaagactacccatgtagcagaagtatcaaccaatcaagtggtgcaatcgaacaagttggacagccttcgagtcaagtggtagataatgagagaaggattagcccttttcacctggcatactttacttgaaaagtgatttggtttttatctgatatttgttatataacaattt
atgttgagatctgattttacacatatactttcatttttggacagATATGTGGAAATGTGGGTGGCATGCACTATTTTGTATATTTTGTAAGTGTATTTTGATGATATATGTGTGTGTGCCCACAGGGTTTTTCAACGAAAATGACTAAATGATGTGAGATGCATGTTTTATTTAAATGAATGCCTACTTTTTTCGAAGTA
ACAAGGAGTGGATGGCATAATTAAATATTGGGAAAGGGGTCCCACCTATTTAGTGCTCTTACTATTATTTTATTATTACTTATTACTCTTATTTTCGTGAAGAATAATTCCTTATTAACTAAATGTAGTTTTTAATACCACAACTTCCCAAAGAAAAGGATAAAGGAGGCACAAGGTGTGACGGGGTAAGAGAGAAAAGG
AAAACAATATTCTGATAAAAGGTAGCTCTTGATTCATCTTGAGATTTTTCTTATCATTCTTTCATCTCTAAGTTTCAACTAAAGGTTGAATATGATCTTGTTGGCATCAAAAGAGCATTGAAGGTGGCCTAAGAGGATCATGTGCATAATTATTATCCATGTTTAGAAGGTTGTTTCTTATCTGATAGTTGGTTCCTTTC
TTCTAGGATTTGAATTAGTTTTCAAGTACTAATAAGAATTGATATTGCATAATTTGGAAGTGGCATCCTCAAATATTTATTTGATCCAACAAACTTATGTCATGTTGTTTCTTGGAAAACATAATTCTTTGTATGAAGAATCCATAGCATCCTAGAGTTCTCAGTGTTCATTTGGTCCTCACTTTCGCAGAAGTGTGAAA
AAAAGTTTTCAGATTTGTAACTCATAGATCTATTAATAAAGTCTGCTTATTTGGTCTCAACTTTGAATCATGAAAAAAAGTTTTCAGATTTGTAACTCATAGATCTATTAATAAAGTCTGCTTATTTGGTCTCAACTTTGAATCATGAAAAAAAGTTTTCAGATTTGT

Intron 3 GTATGTCTTC ... AATGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	90.91	1	10	10
A2	65.52	5	8	11
A3	61.9	4	7	6
A4	100	0	7	6
A5	100	0	3	6
A6	51.11	11	10	13
A7	85.96	4	26	23
A8	83.33	2	8	12
A9	60.87	9	18	10
A10	71.43	2	2	8

>TRINITY_DN40487_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

TGTTAACAAAAGATGAGTTTCTATTGGATAATGCAGTTGGGAGTTAAAGGTGTTGAACGTGGAAAAAGCACGATACACGCAGTAAATGATCCAGCACCGAGCATTAAATGCAGTAATTCTTGGGGTTTTCACTCCATTGATTTGTTAAACTTACCATTCATTTCAAGAGTCGGTTCTTGTTGCGAGTCGGTGAAGAAACC
AGTTGGGTTGTGACTGCTCGAAAACCAGCTAGGGTTGAGGATTTGGAAGGGGTTGAACGAGACACAGATCTTCACTGTTATTTAAGCTTGAACTATATTTTCATAAGGTAGATTATATTTGCGAAGGTCACATTATATATAAACTGTTTTTTGAATTTCAGTTTGAAGTTGATAAAGGAGAAATAAGTAGTTATTGATTT
TTGATGGATGCTTGCTCTATGTTCAAGCTTCTGGAATGGGTTGTTTAAAGGGAAATTTACAGTTCAGAAGTCAGTTTTATGATGTAACCCGTTAACATTGGAAATATTCTTTTAAGACCTGTCTGAGAACTGTCAAATGTCTCCATTATTGTTCCTTACCTTTAATTTGTTGTATGCAATGCTTGTTACCTGCTTGAAAT
AAGTTGTGGATGAAAGAAAAATTGAAGAAACTGGGGTTTTTGGTGGACGTGTTGGATATACTATTCGGTTCCCAGACTTATAATTATTGTAGTTATTTTTTAAACATAAATTACTTGTCATTGTAATTGTTAACTTTTCTTTTATTATTTCGCCACCTGGGCATGTAAAACGAATAATTAGGGTATGTTCAAACGCCATA
TTCCAAAAACCCTAATTGAACTATTTGTTAAAGAAGAATCTCAATTTTTTCTCATTGAAGAAAATTATATGGAAGGTTTGGAGGAATAATATTAACGCTTGGTTTAAGTTTAT

>TRINITY_DN40487_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGTTAACAAAAGATGAGTTTCTATTGGATAATGCAGTTGGGAGTTAAAGGTGTTGAACGTGGAAAAAGCACGATACACGCAGTAAATGATCCAGCACCGAGCATTAAATGCAGTAATTCTTGGGGTTTTCACTCCATTGATTTGTTAAACTTACCATTCATTTCAAGAGTCGGTTCTTGTTGCGAGTCGGTGAAGAAACC
AGTTGGGTTGTGACTGCTCGAAAACCAGCTAGGGTTGAGGATTTGGAAGgtatgtcttctacaacattacttttatcttactctgaacttgtaatagtttatatatggctcagttttatggtttgcatgcgtatttttcaatccctcccctgcttccaaaaataaatgtttcagGGGTTGAACGAGACACAGATCTTCAC
TGTTATTTAAGCTTGAACTATATTTTCATAAGGTAGATTATATTTGCGAAGGTCACATTATATATAAACTGTTTTTTGAATTTCAGTTTGAAGTTGATAAAGGAGAAATAAGTAGTTATTGATTTTTGATGGATGCTTGCTCTATGTTCAAGCTTCTGGAATGGGTTGTTTAAAGGGAAATTTACAGTTCAGAAGTCAGT
TTTATGATGTAACCCGTTAACATTGGAAATATTCTTTTAAGACCTGTCTGAGAACTGTCAAATGTCTCCATTATTGTTCCTTACCTTTAATTTGTTGTATGCAATGCTTGTTACCTGCTTGAAATAAGTTGTGGATGAAAGAAAAATTGAAGAAACTGGGGTTTTTGGTGGACGTGTTGGATATACTATTCGGTTCCCAG
ACTTATAATTATTGTAGTTATTTTTTAAACATAAATTACTTGTCATTGTAATTGTTAACTTTTCTTTTATTATTTCGCCACCTGGGCATGTAAAACGAATAATTAGGGTATGTTCAAACGCCATATTCCAAAAACCCTAATTGAACTATTTGTTAAAGAAGAATCTCAATTTTTTCTCATTGAAGAAAATTATATGGAAG
GTTTGGAGGAATAATATTAACGCTTGGTTTAAGTTTAT

Intron 4 GTAGGGAGAT ... ATTTCAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	43.59	22	14	20
A2	61.96	21	40.4	28
A3	53.97	31	24.7	48
A4	45.45	12	9	11
A5	57.18	10	17	9.7
A6	57.34	185	388.4	109
A7	60.8	144.9	297.3	152
A8	55.09	245	472	129
A9	56.64	204.6	375.4	159
A10	60.19	125	221	157

>TRINITY_DN107291_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTCATTTCAAGAGTCGGTTCTTGTTGCGAGTCGGTGAAGAAACCAGTTGGGTTGTGACTGCTCGAAAACCAGCTAGGGTTGAGGATTTGGAAGATGAGATTTTTTAGCAGAGGGGGCAGAAGAGGAAATAGAGGATATAGAGGTAACAGAGGAAATGGAAATAGAGGCCAGCTTATGAATTGATATTGCAGTCTGGTAT
TCTTAGTTTTGGTGGCCAAATCCAGCAACCCTCTATCCAGTCTATCATTTTTCCACCACCTGCTCATTCTCGGTCTAGCATCCTCGGGGTTCCAATTCCCCCACATGTCTCTATGCAACCCGAACCAAATGATTGATGGAATCGGGCCCTCCCAGGTCAACCATCTGGAGTTAGGGGATGGCCTTCTATATCACTATCAC
TCCCACCTCTTCCTCCATTGAACAAGCAATATGATCTTCCAATCCCTTCAAATGTTTCTCGTGTTCAACCTTTACCTGATATTTCTGATCAAAGTCCTTCATTAGAAACCAAAGGAAATAGACCTGCTAGAGCCCTCAGTCTTGATTCTTCAGAAGGTTCATCTCATTTTGTAACTTCCCATTATATCTTGGCCTCAAAA
AAGACTACCCATGTAGCAGAAGTATCAACCAATCAAGTGGTGCAATCGAACAAGTTGGACAGCCTTCGAGTCAAGTGGTAGATAATGAGAGAAGGATTAGCCCTTTTCACCTGGC

>TRINITY_DN107291_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTCATTTCAAGAGTCGGTTCTTGTTGCGAGTCGGTGAAGAAACCAGTTGGGTTGTGACTGCTCGAAAACCAGCTAGGGTTGAGGATTTGGAAGATGAGATTTTTTAGCAGAGGGGGCAGAAGAGGAAATAGAGGATATAGAGGTAACAGAGGAAATGGAAATAGAGGCCAGCTTATGAATTGgtagggagatgggaaca
ataataaaagattgagattttctattcattttgattctgagttgaatgaatttcaacagagattgcagtctggtattcttaatttaaataaaagattgagattttctattcattttgattctgagttgaatgaatttcaacagATATTGCAGTCTGGTATTCTTAGTTTTGGTGGCCAAATCCAGCAACCCTCTATCCAG
TCTATCATTTTTCCACCACCTGCTCATTCTCGGTCTAGCATCCTCGGGGTTCCAATTCCCCCACATGTCTCTATGCAACCCGAACCAAATGATTGATGGAATCGGGCCCTCCCAGGTCAACCATCTGGAGTTAGGGGATGGCCTTCTATATCACTATCACTCCCACCTCTTCCTCCATTGAACAAGCAATATGATCTTCC
AATCCCTTCAAATGTTTCTCGTGTTCAACCTTTACCTGATATTTCTGATCAAAGTCCTTCATTAGAAACCAAAGGAAATAGACCTGCTAGAGCCCTCAGTCTTGATTCTTCAGAAGGTTCATCTCATTTTGTAACTTCCCATTATATCTTGGCCTCAAAAAAGACTACCCATGTAGCAGAAGTATCAACCAATCAAGTGG
TGCAATCGAACAAGTTGGACAGCCTTCGAGTCAAGTGGTAGATAATGAGAGAAGGATTAGCCCTTTTCACCTGGC