NA ----> NA

Intron 1 GTAAAGTCTG ... TCCATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.95	50	45	40
A2	37.99	102	75	50
A3	23.37	100	28	33
A4	35.23	57	36	26
A5	30.43	32	19	9
A6	13.63	757	114	125
A7	17.86	699	166	138
A8	19.05	650	173	133
A9	13.08	578	78	96
A10	15.41	472	109	63

>TRINITY_DN44110_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

CAGTGGCCTCAAGCCACAGCTGGCATGAGGGAAGGAATATCGCTTATGTCGAGGTCCAACCTGGCATCTAAGGAAACAGTACCAGTGGCCTCAAGCCACAGCTGGCATGAGGTAACAGCAAGGAGCAACACAAATGGACGAATTGTATCGATAAATGTTACAGTGGAGGATTTCGATGGAAAGGGATGGATGAATTGTAT
CGATAAATGCACCGTGAATATGATGCAGACCGAGAGTAGCAAACAAAGGTCTTTTCATGCAGAAACTACAGATATCTGAAATGCAGTTCGTTACCCAATTGCTTAATTGCTTTGGCTAGAGCTCTCAACATTTGCCCTTTTTTAACTTTACTATGATGGTTGCCTTGTAAATTTATGTGATTGCCTTGTGATAATATTCA
CATTTTAGTTGCAGAACTCCGAAGATCTGCACTAAGCGTTTCTTTCTTTCTTAAGGTAAACTTGTAAATCGTGGATTATGACAGCGACTTAAAGGGTAATTATTGTTGTCTTTGTTGTGCTTTCTCCTTATGCTATCTTAAGTATCATGATGCATACGATTTAGTACTCCACTCTTGTGAATATGACTAGCTACTCCACG
GAACAATCGGTAAGCGGAGGAACTTAGTAGCAGGAAATTTGATGATGATTTGCAAAGCTCTTTTCAATAATTTTCATCGTTAAAGTTGTACGAATGCCATTATCTCGTATTGATGCACAACTAGCATTAAAAGAACGATGAGAAAAATAAGATATCCTCGGTAAATAAATGCACAACTAG

>TRINITY_DN44110_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAGTGGCCTCAAGCCACAGCTGGCATGAGGGAAGGAATATCGCTTATGTCATGGACGAATTGTATCGATAAATGTTACAGTGGAGGATTTCGATGGAAAGGGATGGATGAATTGTATCGATAAATGCACCGTGAATATGATGCAGACCGAGAGTAGCAAACAAAGgtaaagtctggaagccattcatgacaagtggggaa
cgttatattctcgattttacatgaatagagataggtctaaattaacatttccgtgtgcatttctcgattttagttgaatagagataggtctaaattaacatttccgtgtgcatatgtaattttatttcttgatttagaagcatctaagtctattgatttgaagttgggaattctgatgggcctttaatcttagggttgct
accaaataaaatgacaatttcgtgtcttattttatacatccatttcagGTCTTTTCATGCAGAAACTACAGATATCTGAAATGCAGTTCGTTACCCAATTGCTTAATTGCTTTGGCTAGAGCTCTCAACATTTGCCCTTTTTTAACTTTACTATGATGGTTGCCTTGTAAATTTATGTGATTGCCTTGTGATAATATTCA
CATTTTAGTTGCAGAACTCCGAAGATCTGCACTAAGCGTTTCTTTCTTTCTTAAGGTAAACTTGTAAATCGTGGATTATGACAGCGACTTAAAGGGTAATTATTGTTGTCTTTGTTGTGCTTTCTCCTTATGCTATCTTAAGTATCATGATGCATACGATTTAGTACTCCACTCTTGTGAATATGACTAGCTACTCCACG
GAACAATCGGTAAGCGGAGGAACTTAGTAGCAGGAAATTTGATGATGATTTGCAAAGCTCTTTTCAATAATTTTCATCGTTAAAGTTGTACGAATGCCATTATCTCGTATTGATGCACAACTAGCATTAAAAGAACGATGAGAAAAATAAGATATCCTCGGTAAATAAATGCACAACTAG