NA ----> NA

Intron 1 GTAAGTGGTG ... ACTGCGATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.08	10	5	1
A2	80	1	6	2
A3	20	2	0	1
A4	-1	0	0	0
A5	33.33	1	1	0
A6	30.43	8	5	2
A7	37.5	5	2	4
A8	50	1	2	0
A9	40	6	6	2
A10	23.08	10	3	3

>TRINITY_DN37106_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

GTAGTGGAGCTTCGTCAGTAAGCAGTCCCATTTTTGTTGAAGTAGTATGTATGCCTCGAGACCACATGGGTTCCTCTGAAGCAATTCCGCCGCTGAGAACATGGGCTCGTGGAGTTACATCAAGCTCAAGTAAAATAAACAATGCCACGCTTCATCCAATAGCCCGGTTCTCAGGTTTTTAATCCAGTAATCATAATTGA
AAACCACCATTCTGGCCAGACATCTGCAAAATCAACCAGGTCCCTTTTTGCACAAAATGTCTACAACCGAAAAACATGTTCCTGCTTCTCAGTCACAATCTGTACATTCAGATCCAGATTCAGAGTTTGGATTCAAAATATTGAAGGAGGAACTTCGTTATTCTCGCTATCTGAATGTCTATAACCGTGTTGTCCAGTAT
CCACCGAGCAAGGAAGAAGTAGGAGATCCCGGCAAATGCGAGAGAAAAATTGTGGAGTATGATATTGTTGGTGCAAAAACTCGTTCCTTCCATTTTTGTGCTGTTTTCCCATATGACACCCTCACAAAATCTGTTACCATTATCAAAGAATATGCTCAGGGGGGAAATTGTTACATGTATGGAGTTCCTTGTGGTATGCT
GTCAGAAAAGCATCAGTCTTTAGAAGACTGTGTGAGAATGGAGCTTTCTGAAGAAGCACAACTGCAAGGAGGAAATCTAGTGAAGCTTATACCCGATGGCCATCCTGGACTCTTAGAGGTAAAATGGTCTCGTAACCGGTTCACTCCTTTTCTTGTGTTAGATCCTAAGAGTGATGCTAAGCCTCACCCAATGGATCCAG
AAGAGGTTATTGAAATATTGACAGTGGATATACCAACCTTGAAAGAGATTATGTATGGGGGCTACATGATGCTGCCTTCAGTCGTCACATGTACTATGGCTCTGAAGTACCTTCAGGATCAGGGCCTTCTCAAAGAATCCTAGTCTGAAGCTTCAAATGCTTCATCTCATGAGAAACAGAATGACTTCAAATTGGATTGC
ATTTCTCATCAAGAAAGCTAACAATCTGTCAACTAAATTTTTCTCACTTCGTTCTCCTCTTTCTGGATCAAATTCTTGGTCATAAATTAATTTGCCAATGTTCACGCCACAAGTTAAACTCTACGGGCTGGAGTTATTTGACTTGGATTTTCATTCTGCATAGTCATTTTTTTTCCTTTAGATTGCATTAATTAGAATTT
CTCTGGGAATTTTATTAAGTGCAGGTCTAATCTCTTAGATTGTTTGCTTAATCATAAGTGATCACTGATAAAGAGCTTTGGTCCAGCCAATGATGTGGATCTACTCTTTACAACTGGCAAGGAGAAGGTTTATGGTAAGAGTCATGATTCATCACAGCAATATATGTCAATGGAAGATTGAACTCATTTATTTGGCAAGG
AGAAGGTTTATGGTAAGAGTCATGATTCATCACAGCAATATATGTCAATGGAAGATTGAACTCATTTATTTGGCAAATAGTGTCTTTTTGCAACAGATATCTCTATTCTGTTGATGTATTTTCTGTCTACACTCTTACAAGGAATGGAATTATGACGATAGTTTATGTCTGATATTTTCACTGAAATTTCTGCTATGAAT
TGTGTTTGAGCTTGCTTATGATTGCAAGCTGTAGGTGAAGTGTTCTGGGGCAGAATTATGTCTGGT

>TRINITY_DN37106_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GTAGTGGAGCTTCGTCAGTAAGCAGTCCCATTTTTGTTGAAGTAGTATGTATGCCTCGAGACCACATGGGTTCCTCTGAAGCAATTCCGCCGCTGAGAACATGGGCTCGTGGAGTTACATCAAGCTCAAGTAAAATAAACAATGCCACGCTTCATCCAATgtaagtggtgaaccatgccccaccttaatgccattcgcaa
gcagttctaatgtatcaatcttcaaccaaattttaacatttcgtttctttcacggcccattaagtctcttcttgtaattacttatccacatgatattgatagactgcgatagAGCCCGGTTCTCAGGTTTTTAATCCAGTAATCATAATTGAAAACCACCATTCTGGCCAGACATCTGCAAAATCAACCAGGTCCCTTTT
TGCACAAAATGTCTACAACCGAAAAACATGTTCCTGCTTCTCAGTCACAATCTGTACATTCAGATCCAGATTCAGAGTTTGGATTCAAAATATTGAAGGAGGAACTTCGTTATTCTCGCTATCTGAATGTCTATAACCGTGTTGTCCAGTATCCACCGAGCAAGGAAGAAGTAGGAGATCCCGGCAAATGCGAGAGAAAA
ATTGTGGAGTATGATATTGTTGGTGCAAAAACTCGTTCCTTCCATTTTTGTGCTGTTTTCCCATATGACACCCTCACAAAATCTGTTACCATTATCAAAGAATATGCTCAGGGGGGAAATTGTTACATGTATGGAGTTCCTTGTGGTATGCTGTCAGAAAAGCATCAGTCTTTAGAAGACTGTGTGAGAATGGAGCTTTC
TGAAGAAGCACAACTGCAAGGAGGAAATCTAGTGAAGCTTATACCCGATGGCCATCCTGGACTCTTAGAGGTAAAATGGTCTCGTAACCGGTTCACTCCTTTTCTTGTGTTAGATCCTAAGAGTGATGCTAAGCCTCACCCAATGGATCCAGAAGAGGTTATTGAAATATTGACAGTGGATATACCAACCTTGAAAGAGA
TTATGTATGGGGGCTACATGATGCTGCCTTCAGTCGTCACATGTACTATGGCTCTGAAGTACCTTCAGGATCAGGGCCTTCTCAAAGAATCCTAGTCTGAAGCTTCAAATGCTTCATCTCATGAGAAACAGAATGACTTCAAATTGGATTGCATTTCTCATCAAGAAAGCTAACAATCTGTCAACTAAATTTTTCTCACT
TCGTTCTCCTCTTTCTGGATCAAATTCTTGGTCATAAATTAATTTGCCAATGTTCACGCCACAAGTTAAACTCTACGGGCTGGAGTTATTTGACTTGGATTTTCATTCTGCATAGTCATTTTTTTTCCTTTAGATTGCATTAATTAGAATTTCTCTGGGAATTTTATTAAGTGCAGGTCTAATCTCTTAGATTGTTTGCT
TAATCATAAGTGATCACTGATAAAGAGCTTTGGTCCAGCCAATGATGTGGATCTACTCTTTACAACTGGCAAGGAGAAGGTTTATGGTAAGAGTCATGATTCATCACAGCAATATATGTCAATGGAAGATTGAACTCATTTATTTGGCAAGGAGAAGGTTTATGGTAAGAGTCATGATTCATCACAGCAATATATGTCAA
TGGAAGATTGAACTCATTTATTTGGCAAATAGTGTCTTTTTGCAACAGATATCTCTATTCTGTTGATGTATTTTCTGTCTACACTCTTACAAGGAATGGAATTATGACGATAGTTTATGTCTGATATTTTCACTGAAATTTCTGCTATGAATTGTGTTTGAGCTTGCTTATGATTGCAAGCTGTAGGTGAAGTGTTCTGG
GGCAGAATTATGTCTGGT

Intron 2 GTAAAATGGT ... AGATCCTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80	2	7	9
A2	100	0	2	3
A3	39.13	7	5	4
A4	-1	0	0	0
A5	55.56	4	6	4
A6	60.66	12	18	19
A7	53.85	18	19	23
A8	55.56	8	10	10
A9	88.24	1	8	7
A10	71.43	3	6	9

>TRINITY_DN35350_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

TTTTTGTTGAAGTAGTATGTATGCCTCGAGACCACATGGGTTCCTCTGAAGCAATTCCGCCGCTGAGAACATGGGCTCGTGGAGTTACATCAAGCTCAAGTAAAATAAACAATGCCACGCTTCATCCAATGTTTTTAATCCAGTAATCATAATTGAAAACCACCATTCTGGCCAGACATCTGCAAAATCAACCAGGTCCC
TTTTTGCACAAAATGTCTACAACCGAAAAACATGTTCCTGCTTCTCAGTCACAATCTGTACATTCAGATCCAGATTCAGAGTTTGGATTCAAAATATTGAAGGAGGAACTTCGTTATTCTCGCTATCTGAATGTCTATAACCGTGTTGTCCAGTATCCACCGAGCAAGGAAGAAGTAGGAGATCCCGGCAAATGCGAGAG
AAAAATTGTGGAGTATGATATTGTTGGTGCAAAAACTCGTTCCTTCCATTTTTGTGCTGTTTTCCCATATGACACCCTCACAAAATCTGTTACCATTATCAAAGAATATGCTCAGGGGGGAAATTGTTACATGTATGGAGTTCCTTGTGGTATGCTGTCAGAAAAGCATCAGTCTTTAGAAGACTGTGTGAGAATGGAGC
TTTCTGAAGAAGCACAACTGCAAGGAGGAAATCTAGTGAAGCTTATACCCGATGGCCATCCTGGACTCTTAGAGAGTGATGCTAAGCCTCACCCAATGGATCCAGAAGAGGTTATTGAAATATTGACAGTGGATATACCAACCTTGAAAGAGATTATGTATGGGGGCTACATGATGCTGCCTTCAGTCGTCACATGTACT
ATGGCTCTGAAGTACCTTCAGGATCAGGGCCTTCTCAAAGAATCCTAGTCTGAAGCTTCAAATGCTTCATCTCATGAGAAACAGAATGACTTCAAATTGGATTGCATTTCTCATCAAGAAAGCTAACAATCTGTCAACTAAATTTTTCTCACTTCGTTCTCCTCTTTCTGGATCAAATTCTTGGTCATAAATTAATTTGC
CAATGTTCACGCCACAAGTTAAACTCTACGGGCTGGAGTTATTTGACTTGGATTTTCATTCTGCATAGTCATTTTTTTTCCTTTAGATTGCATTAATTAGAATTTCTCTGGGAATTTTATTAAGTGCAGGTCTAATCTCTTAGATTGTTTGCTTAATCATAAGTGATCACTGATAAAGAGCTTTGGTCCAGCCAATGATG
TGGATCTACTCTTTACAACTGGCAAGGAGAAGGTTTATGGTAAGAGTCATGATTCATCACAGCAATATATGTCAATGGAAGATTGAACTCATTTATTTGGCAAATAGTGTCTTTTTGCAACAGATATCTCTATTCTGTTGATGTATTTTCTGTCTACACTCTTACAAGGAATGGAATTATGACGATAGTTTATGTCTGAT
ATTTTCACTGAAATTTCTGCTATGAATTGTGTTTGAGCTTGCTTATGATTGCAAGCTGTAGGTGAAGTGTTCTGGGGCAGAATTATGTCTGGTTCTCTTGTTATATTTTCAAGGCTTTAGCACTTATTGCAACAATTGTACGCTTATTGTCTTATTTTTTGAAGATCTCGAAATGTGATTTTATGTAGAGATTTGGTTGA
TCAGTTTTAAATCTCACTTTAGTCGTCCATGCAAATTCACAATGCTTAATATATATGTCTGGGGATTAACTCTCAACTGTGGAGATTCTTGCATCCATAGAGATGACTTCTTCTTTGACACTGAGGATTTATTTATTCCTATAGTAATTTGGTGGGACTTGCTATGGATTCTAAATGCCAAATTTA

>TRINITY_DN35350_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTTTTGTTGAAGTAGTATGTATGCCTCGAGACCACATGGGTTCCTCTGAAGCAATTCCGCCGCTGAGAACATGGGCTCGTGGAGTTACATCAAGCTCAAGTAAAATAAACAATGCCACGCTTCATCCAATACATCTGCAAAATCAACCAGGTCCCTTTTTGCACAAAATGTCTACAACCGAAAAACATGTTCCTGCTTCT
CAGTCACAATCTGTACATTCAGATCCAGATTCAGAGTTTGGATTCAAAATATTGAAGGAGGAACTTCGTTATTCTCGCTATCTGAATGTCTATAACCGTGTTGTCCAGTATCCACCGAGCAAGGAAGAAGTAGGAGATCCCGGCAAATGCGAGAGAAAAATTGTGGAGTATGATATTGTTGGTGCAAAAACTCGTTCCTT
CCATTTTTGTGCTGTTTTCCCATATGACACCCTCACAAAATCTGTTACCATTATCAAAGAATATGCTCAGGGGGGAAATTGTTACATGTATGGAGTTCCTTGTGGTATGCTGTCAGAAAAGCATCAGTCTTTAGAAGACTGTGTGAGAATGGAGCTTTCTGAAGAAGCACAACTGCAAGGAGGAAATCTAGTGAAGCTTA
TACCCGATGGCCATCCTGGACTCTTAGAGgtaaaatggtctcgtaaccggttcactccttttcttgtgttagatcctaagAGTGATGCTAAGCCTCACCCAATGGATCCAGAAGAGGTTATTGAAATATTGACAGTGGATATACCAACCTTGAAAGAGATTATGTATGGGGGCTACATGATGCTGCCTTCAGTCGTCACA
TGTACTATGGCTCTGAAGTACCTTCAGGATCAGGGCCTTCTCAAAGAATCCTAGTCTGAAGCTTCAAATGCTTCATCTCATGAGAAACAGAATGACTTCAAATTGGATTGCATTTCTCATCAAGAAAGCTAACAATCTGTCAACTAAATTTTTCTCACTTCGTTCTCCTCTTTCTGGATCAAATTCTTGGTCATAAATTA
ATTTGCCAATGTTCACGCCACAAGTTAAACTCTACGGGCTGGAGTTATTTGACTTGGATTTTCATTCTGCATAGTCATTTTTTTTCCTTTAGATTGCATTAATTAGAATTTCTCTGGGAATTTTATTAAGTGCAGGTCTAATCTCTTAGATTGTTTGCTTAATCATAAGTGATCACTGATAAAGAGCTTTGGTCCAGCCA
ATGATGTGGATCTACTCTTTACAACTGGCAAGGAGAAGGTTTATGGTAAGAGTCATGATTCATCACAGCAATATATGTCAATGGAAGATTGAACTCATTTATTTGGCAAATAGTGTCTTTTTGCAACAGATATCTCTATTCTGTTGATGTATTTTCTGTCTACACTCTTACAAGGAATGGAATTATGACGATAGTTTATG
TCTGATATTTTCACTGAAATTTCTGCTATGAATTGTGTTTGAGCTTGCTTATGATTGCAAGCTGTAGGTGAAGTGTTCTGGGGCAGAATTATGTCTGGTTCTCTTGTTATATTTTCAAGGCTTTAGCACTTATTGCAACAATTGTACGCTTATTGTCTTATTTTTTGAAGATCTCGAAATGTGATTTTATGTAGAGATTT
GGTTGATCAGTTTTAAATCTCACTTTAGTCGTCCATGCAAATTCACAATGCTTAATATATATGTCTGGGGATTAACTCTCAACTGTGGAGATTCTTGCATCCATAGAGATGACTTCTTCTTTGACACTGAGGATTTATTTATTCCTATAGTAATTTGGTGGGACTTGCTATGGATTCTAAATGCCAAATTTA

Intron 3 GCACAACTGC ... ACTCTTAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	6	7
A2	38.46	4	3	2
A3	84.62	1	6	5
A4	100	0	3	0
A5	71.43	2	4	6
A6	68.18	7	12	18
A7	81.78	5.2	27	19
A8	88.89	1	6	10
A9	54.84	7	9	8
A10	63.64	4	8	6

>TRINITY_DN35350_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

TTTTTGTTGAAGTAGTATGTATGCCTCGAGACCACATGGGTTCCTCTGAAGCAATTCCGCCGCTGAGAACATGGGCTCGTGGAGTTACATCAAGCTCAAGTAAAATAAACAATGCCACGCTTCATCCAATGTTTTTAATCCAGTAATCATAATTGAAAACCACCATTCTGGCCAGACATCTGCAAAATCAACCAGGTCCC
TTTTTGCACAAAATGTCTACAACCGAAAAACATGTTCCTGCTTCTCAGTCACAATCTGTACATTCAGATCCAGATTCAGAGTTTGGATTCAAAATATTGAAGGAGGAACTTCGTTATTCTCGCTATCTGAATGTCTATAACCGTGTTGTCCAGTATCCACCGAGCAAGGAAGAAGTAGGAGATCCCGGCAAATGCGAGAG
AAAAATTGTGGAGTATGATATTGTTGGTGCAAAAACTCGTTCCTTCCATTTTTGTGCTGTTTTCCCATATGACACCCTCACAAAATCTGTTACCATTATCAAAGAATATGCTCAGGGGGGAAATTGTTACATGTATGGAGTTCCTTGTGGTATGCTGTCAGAAAAGCATCAGTCTTTAGAAGACTGTGTGAGAATGGAGC
TTTCTGAAGAAGTAAAATGGTCTCGTAACCGGTTCACTCCTTTTCTTGTGTTAGATCCTAAGAGTGATGCTAAGCCTCACCCAATGGATCCAGAAGAGGTTATTGAAATATTGACAGTGGATATACCAACCTTGAAAGAGATTATGTATGGGGGCTACATGATGCTGCCTTCAGTCGTCACATGTACTATGGCTCTGAAG
TACCTTCAGGATCAGGGCCTTCTCAAAGAATCCTAGTCTGAAGCTTCAAATGCTTCATCTCATGAGAAACAGAATGACTTCAAATTGGATTGCATTTCTCATCAAGAAAGCTAACAATCTGTCAACTAAATTTTTCTCACTTCGTTCTCCTCTTTCTGGATCAAATTCTTGGTCATAAATTAATTTGCCAATGTTCACGC
CACAAGTTAAACTCTACGGGCTGGAGTTATTTGACTTGGATTTTCATTCTGCATAGTCATTTTTTTTCCTTTAGATTGCATTAATTAGAATTTCTCTGGGAATTTTATTAAGTGCAGGTCTAATCTCTTAGATTGTTTGCTTAATCATAAGTGATCACTGATAAAGAGCTTTGGTCCAGCCAATGATGTGGATCTACTCT
TTACAACTGGCAAGGAGAAGGTTTATGGTAAGAGTCATGATTCATCACAGCAATATATGTCAATGGAAGATTGAACTCATTTATTTGGCAAATAGTGTCTTTTTGCAACAGATATCTCTATTCTGTTGATGTATTTTCTGTCTACACTCTTACAAGGAATGGAATTATGACGATAGTTTATGTCTGATATTTTCACTGAA
ATTTCTGCTATGAATTGTGTTTGAGCTTGCTTATGATTGCAAGCTGTAGGTGAAGTGTTCTGGGGCAGAATTATGTCTGGTTCTCTTGTTATATTTTCAAGGCTTTAGCACTTATTGCAACAATTGTACGCTTATTGTCTTATTTTTTGAAGATCTCGAAATGTGATTTTATGTAGAGATTTGGTTGATCAGTTTTAAAT
CTCACTTTAGTCGTCCATGCAAATTCACAATGCTTAATATATATGTCTGGGGATTAACTCTCAACTGTGGAGATTCTTGCATCCATAGAGATGACTTCTTCTTTGACACTGAGGATTTATTTATTCCTATAGTAATTTGGTGGGACTTGCTATGGATTCTAAATGCCAAATTTA

>TRINITY_DN35350_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTTTTGTTGAAGTAGTATGTATGCCTCGAGACCACATGGGTTCCTCTGAAGCAATTCCGCCGCTGAGAACATGGGCTCGTGGAGTTACATCAAGCTCAAGTAAAATAAACAATGCCACGCTTCATCCAATGTTTTTAATCCAGTAATCATAATTGAAAACCACCATTCTGGCCAGACATCTGCAAAATCAACCAGGTCCC
TTTTTGCACAAAATGTCTACAACCGAAAAACATGTTCCTGCTTCTCAGTCACAATCTGTACATTCAGATCCAGATTCAGAGTTTGGATTCAAAATATTGAAGGAGGAACTTCGTTATTCTCGCTATCTGAATGTCTATAACCGTGTTGTCCAGTATCCACCGAGCAAGGAAGAAGTAGGAGATCCCGGCAAATGCGAGAG
AAAAATTGTGGAGTATGATATTGTTGGTGCAAAAACTCGTTCCTTCCATTTTTGTGCTGTTTTCCCATATGACACCCTCACAAAATCTGTTACCATTATCAAAGAATATGCTCAGGGGGGAAATTGTTACATGTATGGAGTTCCTTGTGGTATGCTGTCAGAAAAGCATCAGTCTTTAGAAGACTGTGTGAGAATGGAGC
TTTCTGAAGAAgcacaactgcaaggaggaaatctagtgaagcttatacccgatggccatcctggactcttagagGTAAAATGGTCTCGTAACCGGTTCACTCCTTTTCTTGTGTTAGATCCTAAGAGTGATGCTAAGCCTCACCCAATGGATCCAGAAGAGGTTATTGAAATATTGACAGTGGATATACCAACCTTGAAA
GAGATTATGTATGGGGGCTACATGATGCTGCCTTCAGTCGTCACATGTACTATGGCTCTGAAGTACCTTCAGGATCAGGGCCTTCTCAAAGAATCCTAGTCTGAAGCTTCAAATGCTTCATCTCATGAGAAACAGAATGACTTCAAATTGGATTGCATTTCTCATCAAGAAAGCTAACAATCTGTCAACTAAATTTTTCT
CACTTCGTTCTCCTCTTTCTGGATCAAATTCTTGGTCATAAATTAATTTGCCAATGTTCACGCCACAAGTTAAACTCTACGGGCTGGAGTTATTTGACTTGGATTTTCATTCTGCATAGTCATTTTTTTTCCTTTAGATTGCATTAATTAGAATTTCTCTGGGAATTTTATTAAGTGCAGGTCTAATCTCTTAGATTGTT
TGCTTAATCATAAGTGATCACTGATAAAGAGCTTTGGTCCAGCCAATGATGTGGATCTACTCTTTACAACTGGCAAGGAGAAGGTTTATGGTAAGAGTCATGATTCATCACAGCAATATATGTCAATGGAAGATTGAACTCATTTATTTGGCAAATAGTGTCTTTTTGCAACAGATATCTCTATTCTGTTGATGTATTTT
CTGTCTACACTCTTACAAGGAATGGAATTATGACGATAGTTTATGTCTGATATTTTCACTGAAATTTCTGCTATGAATTGTGTTTGAGCTTGCTTATGATTGCAAGCTGTAGGTGAAGTGTTCTGGGGCAGAATTATGTCTGGTTCTCTTGTTATATTTTCAAGGCTTTAGCACTTATTGCAACAATTGTACGCTTATTG
TCTTATTTTTTGAAGATCTCGAAATGTGATTTTATGTAGAGATTTGGTTGATCAGTTTTAAATCTCACTTTAGTCGTCCATGCAAATTCACAATGCTTAATATATATGTCTGGGGATTAACTCTCAACTGTGGAGATTCTTGCATCCATAGAGATGACTTCTTCTTTGACACTGAGGATTTATTTATTCCTATAGTAATT
TGGTGGGACTTGCTATGGATTCTAAATGCCAAATTTA

Intron 4 GTAAGTGGTG ... TTCTGGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	41.18	5	5	2
A2	36.84	6	6	1
A3	60	1	0	3
A4	42.86	2	0	3
A5	33.33	2	1	1
A6	44	7	5	6
A7	39.53	13	2	15
A8	33.33	4	2	2
A9	51.35	9	6	13
A10	57.89	4	3	8

>TRINITY_DN38370_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

GTGGAGCTTCGTCAGTAAGCAGTCCCATTTTTGTTGAAGTAGTATGTATGCCTCGAGACCACATGGGTTCCTCTGAAGCAATTCCGCCGCTGAGAACATGGGCTCGTGGAGTTACATCAAGCTCAAGTAAAATAAACAATGCCACGCTTCATCCAATACATCTGCAAAATCAACCAGGTCCCTTTTTGCACAAAATGTCT
ACAACCGAAAAACATGTTCCTGCTTCTCAGTCACAATCTGTACATTCAGATCCAGATTCAGAGTTTGGATTCAAAATATTGAAGGAGGAACTTCGTTATTCTCGCTATCTGAATGTCTATAACCGTGTTGTCCAGTATCCACCGAGCAAGGAAGAAGTAGGAGATCCCGGCAAATGCGAGAGAAAAATTGTGGAGTATGA
TATTGTTGGTGCAAAAACTCGTTCCTTCCATTTTTGTGCTGTTTTCCCATATGACACCCTCACAAAATCTGTTACCATTATCAAAGAATATGCTCAGGGGGGAAATTGTTACATGTATGGAGTTCCTTGTGGTATGCTGTCAGAAAAGCATCAGTCTTTAGAAGACTGTGTGAGAATGGAGCTTTCTGAAGAAGCACAAC
TGCAAGGAGGAAATCTAGTGAAGCTTATACCCGATGGCCATCCTGGACTCTTAGAGGTAAAATGGTCTCGTAACCGGTTCACTCCTTTTCTTGTGTTAGATCCTAAGAGTGATGCTAAGCCTCACCCAATGGATCCAGAAGAGGTTATTGAAATATTGACAGTGGATATACCAACCTTGAAAGAGATTATGTATGGGGGC
TACATGATGCTGCCTTCAGTCGTCACATGTACTATGGCTCTGAAGTACCTTCAGGATCAGGGCCTTCTCAAAGAATCCTAGTCTGAAGCTTCAAATGCTTCATCTCATGAGAAACAGAATGACTTCAAATTGGATTGCATTTCTCATCAAGAAAGCTAACAATCTGTCAACTAAATTTTTCTCACTTCGTTCTCCTCTTT
CTGGATCAAATTCTTGGTCATAAATTAATTTGCCAATGTTCACGCCACAAGTTAAACTCTACGGGCTGGAGTTATTTGACTTGGATTTTCATTCTGCATAGTCATTTTTTTTCCTTTAGATTGCATTAATTAGAATTTCTCTGGGAATTTTATTAAGTGCAGGTCTAATCTCTTAGATTGTTTGCTTAATCATAAGTGAT
CACTGATAAAGAGCTTTGGTCCAGCCAATGATGTGGATCTACTCTTTACAACTGGCAAGGAGAAGGTTTATGGTAAGAGTCATGATTCATCACAGCAATATATGTCAATGGAAGATTGAACTCATTTATTTGGCAAATAGTGTCTTTTTGCAACAGATATCTCTATTCTGTTGATGTATTTTCTGTCTACACTCTTACAA
GGAATGGAATTATGACGATAGTTTATGTCTGATATTTTCACTGAAATTTCTGCTATGAATTGTGTTTGAGCTTGCTTATGATTGCAAGCTGTAGGTGAAGTGTTCTGGGGCAGAATTATGTCTGGTTCTCTTGTTATATTTTCAAGGCTTTAGCACTTATTGCAACAATTGTACGCTTATTGTCTTATTTTTTGAAGATC
TCGAAATGTGATTTTATGTAGAGATTTGGTTGATCAGTTTTAAATCTCAC

>TRINITY_DN38370_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTGGAGCTTCGTCAGTAAGCAGTCCCATTTTTGTTGAAGTAGTATGTATGCCTCGAGACCACATGGGTTCCTCTGAAGCAATTCCGCCGCTGAGAACATGGGCTCGTGGAGTTACATCAAGCTCAAGTAAAATAAACAATGCCACGCTTCATCCAATgtaagtggtgaaccatgccccaccttaatgccattcgcaagca
gttctaatgtatcaatcttcaaccaaattttaacatttcgtttctttcacggcccattaagtctcttcttgtaattacttatccacatgatattgatagactgcgatagagcccggttctcaggtttttaatccagtaatcataattgaaaaccaccattctggccagACATCTGCAAAATCAACCAGGTCCCTTTTTGC
ACAAAATGTCTACAACCGAAAAACATGTTCCTGCTTCTCAGTCACAATCTGTACATTCAGATCCAGATTCAGAGTTTGGATTCAAAATATTGAAGGAGGAACTTCGTTATTCTCGCTATCTGAATGTCTATAACCGTGTTGTCCAGTATCCACCGAGCAAGGAAGAAGTAGGAGATCCCGGCAAATGCGAGAGAAAAATT
GTGGAGTATGATATTGTTGGTGCAAAAACTCGTTCCTTCCATTTTTGTGCTGTTTTCCCATATGACACCCTCACAAAATCTGTTACCATTATCAAAGAATATGCTCAGGGGGGAAATTGTTACATGTATGGAGTTCCTTGTGGTATGCTGTCAGAAAAGCATCAGTCTTTAGAAGACTGTGTGAGAATGGAGCTTTCTGA
AGAAGCACAACTGCAAGGAGGAAATCTAGTGAAGCTTATACCCGATGGCCATCCTGGACTCTTAGAGGTAAAATGGTCTCGTAACCGGTTCACTCCTTTTCTTGTGTTAGATCCTAAGAGTGATGCTAAGCCTCACCCAATGGATCCAGAAGAGGTTATTGAAATATTGACAGTGGATATACCAACCTTGAAAGAGATTA
TGTATGGGGGCTACATGATGCTGCCTTCAGTCGTCACATGTACTATGGCTCTGAAGTACCTTCAGGATCAGGGCCTTCTCAAAGAATCCTAGTCTGAAGCTTCAAATGCTTCATCTCATGAGAAACAGAATGACTTCAAATTGGATTGCATTTCTCATCAAGAAAGCTAACAATCTGTCAACTAAATTTTTCTCACTTCG
TTCTCCTCTTTCTGGATCAAATTCTTGGTCATAAATTAATTTGCCAATGTTCACGCCACAAGTTAAACTCTACGGGCTGGAGTTATTTGACTTGGATTTTCATTCTGCATAGTCATTTTTTTTCCTTTAGATTGCATTAATTAGAATTTCTCTGGGAATTTTATTAAGTGCAGGTCTAATCTCTTAGATTGTTTGCTTAA
TCATAAGTGATCACTGATAAAGAGCTTTGGTCCAGCCAATGATGTGGATCTACTCTTTACAACTGGCAAGGAGAAGGTTTATGGTAAGAGTCATGATTCATCACAGCAATATATGTCAATGGAAGATTGAACTCATTTATTTGGCAAATAGTGTCTTTTTGCAACAGATATCTCTATTCTGTTGATGTATTTTCTGTCTA
CACTCTTACAAGGAATGGAATTATGACGATAGTTTATGTCTGATATTTTCACTGAAATTTCTGCTATGAATTGTGTTTGAGCTTGCTTATGATTGCAAGCTGTAGGTGAAGTGTTCTGGGGCAGAATTATGTCTGGTTCTCTTGTTATATTTTCAAGGCTTTAGCACTTATTGCAACAATTGTACGCTTATTGTCTTATT
TTTTGAAGATCTCGAAATGTGATTTTATGTAGAGATTTGGTTGATCAGTTTTAAATCTCAC

Intron 5 GTAAGTGGTG ... CGGTTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.08	10	5	1
A2	50	4	6	2
A3	20	2	0	1
A4	33.33	1	0	1
A5	33.33	1	1	0
A6	31.25	11	5	5
A7	36.84	6	2	5
A8	50	1	2	0
A9	37.5	10	6	6
A10	25	12	3	5

>TRINITY_DN38370_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GTGGAGCTTCGTCAGTAAGCAGTCCCATTTTTGTTGAAGTAGTATGTATGCCTCGAGACCACATGGGTTCCTCTGAAGCAATTCCGCCGCTGAGAACATGGGCTCGTGGAGTTACATCAAGCTCAAGTAAAATAAACAATGCCACGCTTCATCCAATGTTTTTAATCCAGTAATCATAATTGAAAACCACCATTCTGGCC
AGACATCTGCAAAATCAACCAGGTCCCTTTTTGCACAAAATGTCTACAACCGAAAAACATGTTCCTGCTTCTCAGTCACAATCTGTACATTCAGATCCAGATTCAGAGTTTGGATTCAAAATATTGAAGGAGGAACTTCGTTATTCTCGCTATCTGAATGTCTATAACCGTGTTGTCCAGTATCCACCGAGCAAGGAAGA
AGTAGGAGATCCCGGCAAATGCGAGAGAAAAATTGTGGAGTATGATATTGTTGGTGCAAAAACTCGTTCCTTCCATTTTTGTGCTGTTTTCCCATATGACACCCTCACAAAATCTGTTACCATTATCAAAGAATATGCTCAGGGGGGAAATTGTTACATGTATGGAGTTCCTTGTGGTATGCTGTCAGAAAAGCATCAGT
CTTTAGAAGACTGTGTGAGAATGGAGCTTTCTGAAGAAGCACAACTGCAAGGAGGAAATCTAGTGAAGCTTATACCCGATGGCCATCCTGGACTCTTAGAGGTAAAATGGTCTCGTAACCGGTTCACTCCTTTTCTTGTGTTAGATCCTAAGAGTGATGCTAAGCCTCACCCAATGGATCCAGAAGAGGTTATTGAAATA
TTGACAGTGGATATACCAACCTTGAAAGAGATTATGTATGGGGGCTACATGATGCTGCCTTCAGTCGTCACATGTACTATGGCTCTGAAGTACCTTCAGGATCAGGGCCTTCTCAAAGAATCCTAGTCTGAAGCTTCAAATGCTTCATCTCATGAGAAACAGAATGACTTCAAATTGGATTGCATTTCTCATCAAGAAAG
CTAACAATCTGTCAACTAAATTTTTCTCACTTCGTTCTCCTCTTTCTGGATCAAATTCTTGGTCATAAATTAATTTGCCAATGTTCACGCCACAAGTTAAACTCTACGGGCTGGAGTTATTTGACTTGGATTTTCATTCTGCATAGTCATTTTTTTTCCTTTAGATTGCATTAATTAGAATTTCTCTGGGAATTTTATTA
AGTGCAGGTCTAATCTCTTAGATTGTTTGCTTAATCATAAGTGATCACTGATAAAGAGCTTTGGTCCAGCCAATGATGTGGATCTACTCTTTACAACTGGCAAGGAGAAGGTTTATGGTAAGAGTCATGATTCATCACAGCAATATATGTCAATGGAAGATTGAACTCATTTATTTGGCAAATAGTGTCTTTTTGCAACA
GATATCTCTATTCTGTTGATGTATTTTCTGTCTACACTCTTACAAGGAATGGAATTATGACGATAGTTTATGTCTGATATTTTCACTGAAATTTCTGCTATGAATTGTGTTTGAGCTTGCTTATGATTGCAAGCTGTAGGTGAAGTGTTCTGGGGCAGAATTATGTCTGGTTCTCTTGTTATATTTTCAAGGCTTTAGCA
CTTATTGCAACAATTGTACGCTTATTGTCTTATTTTTTGAAGATCTCGAAATGTGATTTTATGTAGAGATTTGGTTGATCAGTTTTAAATCTCAC

>TRINITY_DN38370_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTGGAGCTTCGTCAGTAAGCAGTCCCATTTTTGTTGAAGTAGTATGTATGCCTCGAGACCACATGGGTTCCTCTGAAGCAATTCCGCCGCTGAGAACATGGGCTCGTGGAGTTACATCAAGCTCAAGTAAAATAAACAATGCCACGCTTCATCCAATgtaagtggtgaaccatgccccaccttaatgccattcgcaagca
gttctaatgtatcaatcttcaaccaaattttaacatttcgtttctttcacggcccattaagtctcttcttgtaattacttatccacatgatattgatagactgcgatagagcccggttctcagGTTTTTAATCCAGTAATCATAATTGAAAACCACCATTCTGGCCAGACATCTGCAAAATCAACCAGGTCCCTTTTTGC
ACAAAATGTCTACAACCGAAAAACATGTTCCTGCTTCTCAGTCACAATCTGTACATTCAGATCCAGATTCAGAGTTTGGATTCAAAATATTGAAGGAGGAACTTCGTTATTCTCGCTATCTGAATGTCTATAACCGTGTTGTCCAGTATCCACCGAGCAAGGAAGAAGTAGGAGATCCCGGCAAATGCGAGAGAAAAATT
GTGGAGTATGATATTGTTGGTGCAAAAACTCGTTCCTTCCATTTTTGTGCTGTTTTCCCATATGACACCCTCACAAAATCTGTTACCATTATCAAAGAATATGCTCAGGGGGGAAATTGTTACATGTATGGAGTTCCTTGTGGTATGCTGTCAGAAAAGCATCAGTCTTTAGAAGACTGTGTGAGAATGGAGCTTTCTGA
AGAAGCACAACTGCAAGGAGGAAATCTAGTGAAGCTTATACCCGATGGCCATCCTGGACTCTTAGAGGTAAAATGGTCTCGTAACCGGTTCACTCCTTTTCTTGTGTTAGATCCTAAGAGTGATGCTAAGCCTCACCCAATGGATCCAGAAGAGGTTATTGAAATATTGACAGTGGATATACCAACCTTGAAAGAGATTA
TGTATGGGGGCTACATGATGCTGCCTTCAGTCGTCACATGTACTATGGCTCTGAAGTACCTTCAGGATCAGGGCCTTCTCAAAGAATCCTAGTCTGAAGCTTCAAATGCTTCATCTCATGAGAAACAGAATGACTTCAAATTGGATTGCATTTCTCATCAAGAAAGCTAACAATCTGTCAACTAAATTTTTCTCACTTCG
TTCTCCTCTTTCTGGATCAAATTCTTGGTCATAAATTAATTTGCCAATGTTCACGCCACAAGTTAAACTCTACGGGCTGGAGTTATTTGACTTGGATTTTCATTCTGCATAGTCATTTTTTTTCCTTTAGATTGCATTAATTAGAATTTCTCTGGGAATTTTATTAAGTGCAGGTCTAATCTCTTAGATTGTTTGCTTAA
TCATAAGTGATCACTGATAAAGAGCTTTGGTCCAGCCAATGATGTGGATCTACTCTTTACAACTGGCAAGGAGAAGGTTTATGGTAAGAGTCATGATTCATCACAGCAATATATGTCAATGGAAGATTGAACTCATTTATTTGGCAAATAGTGTCTTTTTGCAACAGATATCTCTATTCTGTTGATGTATTTTCTGTCTA
CACTCTTACAAGGAATGGAATTATGACGATAGTTTATGTCTGATATTTTCACTGAAATTTCTGCTATGAATTGTGTTTGAGCTTGCTTATGATTGCAAGCTGTAGGTGAAGTGTTCTGGGGCAGAATTATGTCTGGTTCTCTTGTTATATTTTCAAGGCTTTAGCACTTATTGCAACAATTGTACGCTTATTGTCTTATT
TTTTGAAGATCTCGAAATGTGATTTTATGTAGAGATTTGGTTGATCAGTTTTAAATCTCAC

Intron 6 GTTTTTAATC ... TTCTGGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.54	5	10	6
A2	29.41	6	4	1
A3	71.43	1	2	3
A4	50	2	1	3
A5	33.33	2	1	1
A6	56.25	7	11	7
A7	44.68	13	6	15
A8	33.33	4	1	3
A9	57.14	9	10	14
A10	75	4	12	12

>TRINITY_DN38370_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

GTGGAGCTTCGTCAGTAAGCAGTCCCATTTTTGTTGAAGTAGTATGTATGCCTCGAGACCACATGGGTTCCTCTGAAGCAATTCCGCCGCTGAGAACATGGGCTCGTGGAGTTACATCAAGCTCAAGTAAAATAAACAATGCCACGCTTCATCCAATACATCTGCAAAATCAACCAGGTCCCTTTTTGCACAAAATGTCT
ACAACCGAAAAACATGTTCCTGCTTCTCAGTCACAATCTGTACATTCAGATCCAGATTCAGAGTTTGGATTCAAAATATTGAAGGAGGAACTTCGTTATTCTCGCTATCTGAATGTCTATAACCGTGTTGTCCAGTATCCACCGAGCAAGGAAGAAGTAGGAGATCCCGGCAAATGCGAGAGAAAAATTGTGGAGTATGA
TATTGTTGGTGCAAAAACTCGTTCCTTCCATTTTTGTGCTGTTTTCCCATATGACACCCTCACAAAATCTGTTACCATTATCAAAGAATATGCTCAGGGGGGAAATTGTTACATGTATGGAGTTCCTTGTGGTATGCTGTCAGAAAAGCATCAGTCTTTAGAAGACTGTGTGAGAATGGAGCTTTCTGAAGAAGCACAAC
TGCAAGGAGGAAATCTAGTGAAGCTTATACCCGATGGCCATCCTGGACTCTTAGAGGTAAAATGGTCTCGTAACCGGTTCACTCCTTTTCTTGTGTTAGATCCTAAGAGTGATGCTAAGCCTCACCCAATGGATCCAGAAGAGGTTATTGAAATATTGACAGTGGATATACCAACCTTGAAAGAGATTATGTATGGGGGC
TACATGATGCTGCCTTCAGTCGTCACATGTACTATGGCTCTGAAGTACCTTCAGGATCAGGGCCTTCTCAAAGAATCCTAGTCTGAAGCTTCAAATGCTTCATCTCATGAGAAACAGAATGACTTCAAATTGGATTGCATTTCTCATCAAGAAAGCTAACAATCTGTCAACTAAATTTTTCTCACTTCGTTCTCCTCTTT
CTGGATCAAATTCTTGGTCATAAATTAATTTGCCAATGTTCACGCCACAAGTTAAACTCTACGGGCTGGAGTTATTTGACTTGGATTTTCATTCTGCATAGTCATTTTTTTTCCTTTAGATTGCATTAATTAGAATTTCTCTGGGAATTTTATTAAGTGCAGGTCTAATCTCTTAGATTGTTTGCTTAATCATAAGTGAT
CACTGATAAAGAGCTTTGGTCCAGCCAATGATGTGGATCTACTCTTTACAACTGGCAAGGAGAAGGTTTATGGTAAGAGTCATGATTCATCACAGCAATATATGTCAATGGAAGATTGAACTCATTTATTTGGCAAATAGTGTCTTTTTGCAACAGATATCTCTATTCTGTTGATGTATTTTCTGTCTACACTCTTACAA
GGAATGGAATTATGACGATAGTTTATGTCTGATATTTTCACTGAAATTTCTGCTATGAATTGTGTTTGAGCTTGCTTATGATTGCAAGCTGTAGGTGAAGTGTTCTGGGGCAGAATTATGTCTGGTTCTCTTGTTATATTTTCAAGGCTTTAGCACTTATTGCAACAATTGTACGCTTATTGTCTTATTTTTTGAAGATC
TCGAAATGTGATTTTATGTAGAGATTTGGTTGATCAGTTTTAAATCTCAC

>TRINITY_DN38370_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTGGAGCTTCGTCAGTAAGCAGTCCCATTTTTGTTGAAGTAGTATGTATGCCTCGAGACCACATGGGTTCCTCTGAAGCAATTCCGCCGCTGAGAACATGGGCTCGTGGAGTTACATCAAGCTCAAGTAAAATAAACAATGCCACGCTTCATCCAATgtttttaatccagtaatcataattgaaaaccaccattctggcc
agACATCTGCAAAATCAACCAGGTCCCTTTTTGCACAAAATGTCTACAACCGAAAAACATGTTCCTGCTTCTCAGTCACAATCTGTACATTCAGATCCAGATTCAGAGTTTGGATTCAAAATATTGAAGGAGGAACTTCGTTATTCTCGCTATCTGAATGTCTATAACCGTGTTGTCCAGTATCCACCGAGCAAGGAAGA
AGTAGGAGATCCCGGCAAATGCGAGAGAAAAATTGTGGAGTATGATATTGTTGGTGCAAAAACTCGTTCCTTCCATTTTTGTGCTGTTTTCCCATATGACACCCTCACAAAATCTGTTACCATTATCAAAGAATATGCTCAGGGGGGAAATTGTTACATGTATGGAGTTCCTTGTGGTATGCTGTCAGAAAAGCATCAGT
CTTTAGAAGACTGTGTGAGAATGGAGCTTTCTGAAGAAGCACAACTGCAAGGAGGAAATCTAGTGAAGCTTATACCCGATGGCCATCCTGGACTCTTAGAGGTAAAATGGTCTCGTAACCGGTTCACTCCTTTTCTTGTGTTAGATCCTAAGAGTGATGCTAAGCCTCACCCAATGGATCCAGAAGAGGTTATTGAAATA
TTGACAGTGGATATACCAACCTTGAAAGAGATTATGTATGGGGGCTACATGATGCTGCCTTCAGTCGTCACATGTACTATGGCTCTGAAGTACCTTCAGGATCAGGGCCTTCTCAAAGAATCCTAGTCTGAAGCTTCAAATGCTTCATCTCATGAGAAACAGAATGACTTCAAATTGGATTGCATTTCTCATCAAGAAAG
CTAACAATCTGTCAACTAAATTTTTCTCACTTCGTTCTCCTCTTTCTGGATCAAATTCTTGGTCATAAATTAATTTGCCAATGTTCACGCCACAAGTTAAACTCTACGGGCTGGAGTTATTTGACTTGGATTTTCATTCTGCATAGTCATTTTTTTTCCTTTAGATTGCATTAATTAGAATTTCTCTGGGAATTTTATTA
AGTGCAGGTCTAATCTCTTAGATTGTTTGCTTAATCATAAGTGATCACTGATAAAGAGCTTTGGTCCAGCCAATGATGTGGATCTACTCTTTACAACTGGCAAGGAGAAGGTTTATGGTAAGAGTCATGATTCATCACAGCAATATATGTCAATGGAAGATTGAACTCATTTATTTGGCAAATAGTGTCTTTTTGCAACA
GATATCTCTATTCTGTTGATGTATTTTCTGTCTACACTCTTACAAGGAATGGAATTATGACGATAGTTTATGTCTGATATTTTCACTGAAATTTCTGCTATGAATTGTGTTTGAGCTTGCTTATGATTGCAAGCTGTAGGTGAAGTGTTCTGGGGCAGAATTATGTCTGGTTCTCTTGTTATATTTTCAAGGCTTTAGCA
CTTATTGCAACAATTGTACGCTTATTGTCTTATTTTTTGAAGATCTCGAAATGTGATTTTATGTAGAGATTTGGTTGATCAGTTTTAAATCTCAC