sp|Q9SI53|PP147_ARATH ----> Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial

Intron 1 GTAGTTCTAT ... TTTTTCCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.61	73	4	19
A2	14.5	112	5	33
A3	16.86	106	9	34
A4	16.51	91	13	23
A5	13.21	46	4	10
A6	13.86	1321	132	293
A7	13.09	770	62	170
A8	13.15	809	70	175
A9	12.73	980	66	220
A10	11.79	546	50	96

>TRINITY_DN38251_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

CCAAACTTAAGGGGAAAATCACACACACTATATCCCAAGGCAAGCTAACCTATTATCTCTTCCTTCAAATTGTGCAAAAAACTATCGCCTATATCCATTTTCTATTCTCTCCTCAGCATACTCTCAAATCCATTTTCTATTCTGCCTTCATAATATATTACTCTCCACAAACATGGAAAAGCTGCTTCTTTCTTCTCTTT
TATAGTCATCATTGTCTGGGCCTGTGCTGGCCGATTCTTTGCGACTCGAGAGCGGCGATCTCGATCAGGCCTGTGTATCACTCCAGCGTTGTTGTTGTTGCAAGAATGGGTGGGGGTGGAGCTCACGGAGGCCATCTCGAGGGGAAATACCCTGGTTACCCAACCAATGTATGGAGTTTAACTGGAGGATGGTTCTGTAG
ACCCAAGCATTGGAGGCGCAATACTGCCATTGCATTGGCTGGTATCTTTCTCGTTTGCATTCCCATTGCGGTCAAGTCGGCGGAGCTTGAGCAACGTCCGCATTATCCAGTCCACCCAATTCCATCTCAGAAGTGGTGCAAAAACTTCCCAGAGCCAGAGAAAAAATAAATATTACATGTTAAATGATATCTGCAAGACA
AGAAACATGGTTCTCAGAGATTTTAAAGGTTGGAATTTTTCAGCAATTGGGTTAATATTCTTTTCACCAGTCTTGGGATGTTAATACTCTTAGCAAGACTGACTTTTCATTGTTTTCTGATAGTAGCAATTGTGAAATGATGGATTCTCTGGCTCTGAAATAAATCTGGTAGTTCATAAGTTTGTACTGATCTTTTGATA
TTATACTAAATTGGACATTTTAGTGGATCTCTCCTTTTTCCTGTTTCTATCAGAAAAGAAAAATATGCTCAGACATGGTTGCAGGTATTTTACTGTTTTGGTCAGTGCACATTTCCATCAAGAAAGTTATTACTACTGTAGTGTTGTTGCATGGCTGCAGTTCGTCAGTTTGGTTGTTTTTATAGTAAAGTGGTCTGGAA
TGTTTTCTGATTCTTTAACACTCTGCTGCAGTGTACTGTCCAATAATTATAACTATGCCACTGATTGGTTTTTGATATTTCAACTAGGAGCTCTGTAACTAGAGTTTAGAAGCAGAGTATAAGATTACAATATAGAAGTTTTGTATGAGAATAGCCTAGCAGATTTTTGAC

>TRINITY_DN38251_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CCAAACTTAAGGGGAAAATCACACACACTATATCCCAAGGCAAGCTAACCTATTATCTCTTCCTTCAAATTGTGCAAAAAAACTATCGCCTATATCCATTTTCTATTCTCTCCTCAGCATACTCTCAAATCCATTTTCTATTCTGCCTTCATAATATATTACTCTCCACAAACATGGAAAAGCTGCTTCTTTCTTCTCTT
TTATAGTCATCATTGTCTGGGCCTGTGCTGGCCGATTCTTTGCGACTCGAGAGCGGCGATCTCGATCAGGCCTGTGTATCACTCCAGCGTTGTTGgtagttctatctgtgaaccctcttgcagttgtgcgatgcacccagttaaaaagggccacaaatttgaatcttcttcctcagtttttctctttccccccctttttc
ctagTTGTTGCAAGAATGGGTGGGGGTGGAGCTCACGGAGGCCATCTCGAGGGGAAATACCCTGGTTACCCAACCAATGTATGGAGTTTAACTGGAGGATGGTTCTGTAGACCCAAGCATTGGAGGCGCAATACTGCCATTGCATTGGCTGGTATCTTTCTCGTTTGCATTCCCATTGCGGTCAAGTCGGCGGAGCTTGA
GCAACGTCCGCATTATCCAGTCCACCCAATTCCATCTCAGAAGTGGTGCAAAAACTTCCCAGAGCCAGAGAAAAAATAAATATTACATGTTAAATGATATCTGCAAGACAAGAAACATGGTTCTCAGAGATTTTAAAGCACAAAAGCTGCAGTAGAAGTTGCATGCTCGACAATACTTGCAGAGACAAATGCCTGTCAGT
CTGAAGCAACCCCTTGCATCATGACAATCAAAGAATCTTGAAGATGGTTTGCCACTCGACGACAAAGCATGTAGAGATTCACCATTTCATTTGGAAGAAAGTTGAAAATAGGGAGATTGAATTGTTATATTGTTCTTTGGACAAATTAGCTCATGTAATTACGAAGCCTTTGTTAAATGATGTGTTAAGTTTTGCAACAA
GCTTGGTGTACAAATTAATTAATCAGTCAAATAGAATATAATGGCGAATGTTAACTTATGCATAATGTAATCAAGGTTGATAAGTAAATTACAT

Intron 2 GTATGTTATG ... CTTCCTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.64	4	7	11
A2	44.44	5	4	2
A3	50	9	9	1
A4	60.61	13	20	0
A5	42.86	4	3	0
A6	47.62	132	120	11
A7	50	62	62	1
A8	49.28	70	68	2
A9	49.23	66	64	2
A10	50	50	50	4

>TRINITY_DN38251_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

CCAAACTTAAGGGGAAAATCACACACACTATATCCCAAGGCAAGCTAACCTATTATCTCTTCCTTCAAATTGTGCAAAAAAACTATCGCCTATATCCATTTTCTATTCTCTCCTCAGCATACTCTCAAATCCATTTTCTATTCTGCCTTCATAATATATTACTCTCCACAAACATGGAAAAGCTGCTTCTTTCTTCTCTT
TTATAGTCATCATTGTCTGGGCCTGTGCTGGCCGATTCTTTGCGACTCGAGAGCGGCGATCTCGATCAGGCCTGTGTATCACTCCAGCGTTGTTGGTAGTTCTATCTGTGAACCCTCTTGCAGTTGTGCGATGCACCCAGTTAAAAAGGGCCACAAATTTGAATCTTCTTCCTCAGTTTTTCTCTTTCCCCCCCTTTTTC
CTAGTTGTTGCAAGAATGGGTGGGGGTGGAGCTCACGGAGGCCATCTCGAGGGGAAATACCCTGGTTACCCAACCAATGTATGGAGTTTAACTGGAGGATGGTTCTGTAGACCCAAGCATTGGAGGCGCAATACTGCCATTGCATTGGCTGGTATCTTTCTCGTTTGCATTCCCATTGCGGTCAAGTCGGCGGAGCTTGA
GCAACGTCCGCATTATCCAGTCCACCCAATTCCATCTCAGAAGTGGTGCAAAAACTTCCCAGAGCCAGAGAAAAAATAAATATTACATGTTAAATGATATCTGCAAGACAAGAAACATGGTTCTCAGAGATTTTAAAGCACAAAAGCTGCAGTAGAAGTTGCATGCTCGACAATACTTGCAGAGACAAATGCCTGTCAGT
CTGAAGCAACCCCTTGCATCATGACAATCAAAGAATCTTGAAGATGGTTTGCCACTCGACGACAAAGCATGTAGAGATTCACCATTTCATTTGGAAGAAAGTTGAAAATAGGGAGATTGAATTGTTATATTGTTCTTTGGACAAATTAGCTCATGTAATTACGAAGCCTTTGTTAAATGATGTGTTAAGTTTTGCAACAA
GCTTGGTGTACAAATTAATTAATCAGTCAAATAGAATATAATGGCGAATGTTAACTTATGCATAATGTAATCAAGGTTGATAAGTAAATTACAT

>TRINITY_DN38251_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CCAAACTTAAGGGGAAAATCACACACACTATATCCCAAGGCAAGCTAACCTATTATCTCTTCCTTCAAATTGTGCAAAAAACTATCGCCTATATCCATTTTCTATTCTCTCCTCAGCATACTCTCAAATCCATTTTCTATTCTGCCTTCATAATATATTACTCTCCACAAACATGGAAAAGCTGCTTCTTTCTTCTCTTT
TATAGTCATCATTGTCTGGGCCTGTGCTGGCCGATTCTTTGCGACTCGAGAGCGGCGATCTCGATCAGGCCTGTGTATCACTCCAGCGTTGTTGgtatgttatgcattttgtcttctctagtctcttctcttttactagttcatattcatattcatcagaatctgtcctttaatggatcatttccatccatgtaacccta
gacctgtttctccttcctttagGTAGTTCTATCTGTGAACCCTCTTGCAGTTGTGCGATGCACCCAGTTAAAAAGGGCCACAAATTTGAATCTTCTTCCTCAGTTTTTCTCTTTCCCCCCCTTTTTCCTAGGTATTTTTTAATCTTACGAGGTTTTTGTTGGTCGATTTTAACCCTTTGCCAGTTACAAGCACTGCCCTG
CTGAATGTGAATACCGGTTGAAATTCAGATATTTGACTTTAGTTTTTGGTGTCTGCATATCTTCATGTAGGTGAAAATGGTCACAATTTTTAATTTTTCTTCTTGGCATTGGGTAATCCTCGTGGAGTTTTTGTAGCATGATCCGTTTCAGTTTCTAAGCTCCTTGCCAGATATGGTTGTTAGCCAGTATAATTTGAATA
CATGTTCGACGTGGATTTATTAATTCTGATAAATCATGATTGATTTACCATGACATATCAGTTGTTGCAAGG

Intron 3 GTATTTTTTA ... CTTCATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	4	7
A2	53.85	3	3	4
A3	100	0	5	4
A4	100	0	7	2
A5	100	0	1	1
A6	90.48	1	13	6
A7	33.33	6	3	3
A8	50	5	1	9
A9	100	0	0	2
A10	66.67	2	4	4

>TRINITY_DN41601_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

TTGTCTTCTCTAGTCTCTTCTCTTTTACTAGTTCATATTCATATTCATCAGAATCTGTCCTTTAATGGATCATTTCCATCCATGTAACCCTAGACCTGTTTCTCCTTCCTTTAGGTAGTTCTATCTGTGAACCCTCTTGCAGTTGTGCGATGCACCCAGTTAAAAAGGGCCACAAATTTGAATCTTCTTCCTCAGTTTTT
CTCTTTCCCCCCCTTTTTCCTAGGTGAAAATGGTCACAATTTTTAATTTTTCTTCTTGGCATTGGGTAATCCTCGTGGAGTTTTTGTAGCATGATCCGTTTCAGTTTCTAAGCTCCTTGCCAGATATGGTTGTTAGCCAGTATAATTTGAATACATGTTCGACGTGGATTTATTAATTCTGATAAATCATGATTGATTTA
CCATGACATATCAGTTGTTGCAAGAATGGGTGGGGGTGGAGCTCACGGAGGCCATCTCGAGGGGAAATACCCTGGTTACCCAACCAATGTATGGAGTTTAACTGGAGGATGGTTCTGTAGACCCAAGCATTGGAGGCGCAATACTGCCATTGCATTGGCTGGTATCTTTCTCGTTTGCATTCCCATTGCGGTCAAGTCGG
CGGAGCTTGAGCAACGTCCGCATTATCCAGTCCACCCAATTCCATCTCAGAAGTGGTGCAAAAACTTCCCAGAGCCAGAGAAAAAATAAATATTACATGTTAAATGATATCTGCAAGACAAGAAACATGGTTCTCAGAGATTTTAAAGGTTGGAATTTTTCAGCAATTGGGTTAATATTCTTTTCACCAGTCTTGGGATG
TTAATACTCTTAGCAAGACTGACTTTTCATTGTTTTCTGATAGTAGCAATTGTGAAATGATGGATTCTCTGGCTCTGAAATAAATCTGGTAGTTCATAAGTTTGTACTGATCTTTTGATATTATACTAAATTGGACATTTTAGTGGATCTCTCCTTTTTCCTGTTTCTATCAGAAAAGAAAAATATGCTCAGACATGGTT
GCAGGTATTTTACTGTTTTGGTCAGTGCACATTTCCATCAAGAAAGTTATTACTACTGTAGTGTTGTTGCATGGCTGCAGTTCGTCAGTTTGGTTGTTTTTATAGTAAAGTGGTCTGGAATGTTTTCTGATTCTTTAACACTCTGCTGCAGTGTACTGTCCAATAATTATAACTATGCCACTGATTGGTTTTTGATATTT
CAACTAGGAGCTCTGTAACTAGAGTTTAGAAGCAGAGTATAAGATTACAATATAGAAGTTTTGTATGAGAATAGCCTAGCAGATTTTTGAC

>TRINITY_DN41601_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTGTCTTCTCTAGTCTCTTCTCTTTTACTAGTTCATATTCATATTCATCAGAATCTGTCCTTTAATGGATCATTTCCATCCATGTAACCCTAGACCTGTTTCTCCTTCCTTTAGGTAGTTCTATCTGTGAACCCTCTTGCAGTTGTGCGATGCACCCAGTTAAAAAGGGCCACAAATTTGAATCTTCTTCCTCAGTTTTT
CTCTTTCCCCCCCTTTTTCCTAGgtattttttaatcttacgaggtttttgttggtcgattttaaccctttgccagttacaagcactgccctgctgaatgtgaataccggttgaaattcagatatttgactttagtttttggtgtctgcatatcttcatgtagGTGAAAATGGTCACAATTTTTAATTTTTCTTCTTGGCA
TTGGGTAATCCTCGTGGAGTTTTTGTAGCATGATCCGTTTCAGTTTCTAAGCTCCTTGCCAGATATGGTTGTTAGCCAGTATAATTTGAATACATGTTCGACGTGGATTTATTAATTCTGATAAATCATGATTGATTTACCATGACATATCAGTTGTTGCAAGAATGGGTGGGGGTGGAGCTCACGGAGGCCATCTCGAG
GGGAAATACCCTGGTTACCCAACCAATGTATGGAGTTTAACTGGAGGATGGTTCTGTAGACCCAAGCATTGGAGGCGCAATACTGCCATTGCATTGGCTGGTATCTTTCTCGTTTGCATTCCCATTGCGGTCAAGTCGGCGGAGCTTGAGCAACGTCCGCATTATCCAGTCCACCCAATTCCATCTCAGAAGTGGTGCAA
AAACTTCCCAGAGCCAGAGAAAAAATAAATATTACATGTTAAATGATATCTGCAAGACAAGAAACATGGTTCTCAGAGATTTTAAAGGTTGGAATTTTTCAGCAATTGGGTTAATATTCTTTTCACCAGTCTTGGGATGTTAATACTCTTAGCAAGACTGACTTTTCATTGTTTTCTGATAGTAGCAATTGTGAAATGAT
GGATTCTCTGGCTCTGAAATAAATCTGGTAGTTCATAAGTTTGTACTGATCTTTTGATATTATACTAAATTGGACATTTTAGTGGATCTCTCCTTTTTCCTGTTTCTATCAGAAAAGAAAAATATGCTCAGACATGGTTGCAGGTATTTTACTGTTTTGGTCAGTGCACATTTCCATCAAGAAAGTTATTACTACTGTAG
TGTTGTTGCATGGCTGCAGTTCGTCAGTTTGGTTGTTTTTATAGTAAAGTGGTCTGGAATGTTTTCTGATTCTTTAACACTCTGCTGCAGTGTACTGTCCAATAATTATAACTATGCCACTGATTGGTTTTTGATATTTCAACTAGGAGCTCTGTAACTAGAGTTTAGAAGCAGAGTATAAGATTACAATATAGAAGTTT
TGTATGAGAATAGCCTAGCAGATTTTTGAC