sp|Q9FJJ5|EB1B_ARATH ----> Microtubule-associated protein RP/EB family member 1B

Intron 1 GTTTGCTTTT ... TATTTATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.37	41	3.5	6.8
A2	6.74	70	10	5.5
A3	15.86	64	13.5	12.5
A4	8.6	31	5.5	3
A5	15.55	20	3.5	3.8
A6	5.59	140	10.3	9.5
A7	5.06	197	14.3	12.5
A8	7.6	120	6.8	11.3
A9	6.04	204	16	14.5
A10	5.38	189	12	12.5

>TRINITY_DN115049_c9_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

ATTCATTTCCCGAGCTTGTTGCTTTTCTTGATCTTATTGTTTGATGGTGTTTGATTTTGCCCTCTGCTAAATGATACCTGCCCTTGATTGATCACTGGGGTTGCTTTCCACATACCCTTTCACCCAAATCCACATATACATTCTAAGTGGGCTCTTGAGTGCATCTGAAGCAGGGCTGTACTCAGTCTTGCTTTCCTTGT
AATTCTGGATATATAGCTTTATCTGCTGCTTTTAACCTTCATACATTCTATATTGCATTGGGGATTATTGGGAGTTGGGAATCCTTGCAGAGGCACATACATTGTTGGGCATTCTTGCAGATAGAGATATACATTGTTGGGCATTCGAGATGGCCGCAGCAGCAAACATAGGGATGATGGACAGTGCCTATTTTGTAGGC
AGGAATGAGATTCTGTCATGGATCAACACTACTCTGCAACTCAACCTCGGCAAAGTGGAGGAGGCAGCTTCAGGTGCAGTTCAGTGCCAAATGATGGATATGATTCACCCAGGAGTTGTCCCTATGCACAAGGTGAATTTCGAAGCAAAGACAGAATACGATATGATCCAGAATTACAAATTGCTGCAAGAAGTATTTTC
AAAATTAAAAATAGAGAAGCATATAGAGGTTAATAAACTTGTTAAAGGTCGACCGTTGGACAATCTGGAACTTCTCCAGTGGTTGAAGCGGTACTGTGATTCTGCAACAGGTGGAATAATGAATAGCAATTATAATCCTGTGGAGAGAAGATGTAAAGGAGGAAAGGAAGTCCACAGAAAGGGAGTGTCTTCAATGCAAT
GCTTGTCCCAAAATAAGGGCATTGGAGGAATTTTAAAATCAGTTCAATCTAGCTCATCTTCAGCAATTCGACGTACAGATGGATCTGGGGCTGGTCCAAGTGGAATTAAGCAAGGGAAGCATGTTTCAGTGCCTCCTGGGTATGTTTCTGTAGAGCACGTTCAAGCTGTGAGTGAACAGGTTTCAGAATTAAAGCTTTCT
GTGAGCAATTTAGAGAAGGAAAGGGATTTCTACTTTGCTAAACTTCGAGATATAGAAATCCTCATTCAAAATGAGGAGTTGGAGCAGCTTCCAGTGGTAGCAGCCATTCAGAAAATTTTGTATGCTGTAGATGATAACGATTCAGTGATTGCTGATGCTCAGGCAATACTTGGCAAATCTCTGTTGCCTGAGAACGGGCC
AAAGGACACCAACGAAAAGGGTTCCTTCAACGAGAGAAGTGAGATGGATACCCTTGCACCAGTAGACAGATCTGAATCAGAAAGTGGGGGACAGACTAACCTTTCTCCACGAAAGCTTAGAAACTTATTTGTTTATTCTACCAGCAGTGGTGATCAAGTGCAGCCTGTTTCCCCTGTAAGTGTGCAATGATATAGCTGAT
CTACGTGGGTGTAAAAATACTACCACTGGAACTTTACTACAGATTGCACATAAACATGGTATATTCTTACTTGAGTAATGACTTTTCTGACAAAAGAAGACTATTAAGGGAACTCTTGCATGGACAAATTAACCAGCTGATAAAAGGCCTTTAATAGCCTGAGTTTTGTATCTAGTCCACAATGAAGTTATTTTCATTCT
TCTGGGCTATCAAAGGGTGTTCTGGAAGTTTGTAGATATGCTTAGCTACATTACGAAAAATAATCCTCAGCTACTGTGATATTTTCAAAAGCATTGATGTAACATAAAACTATTCAGTTTTGTTCCTCTGTTAAATTTTTGACATGCGAGAATATGATCTGGAAG

>TRINITY_DN115049_c9_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATTCATTTCCCGAGCTTGTTGCTTTTCTTGATCTTATTGTTTGATGGTGTTTGATTTTGCCCTCTGCTAAATGATACCTGCCCTTGATTGATCACTGGGGTTGCTTTCCACATACCCTTTCACCCAAATCCACATATACATTCTAAGTGGGCTCTTGAGTGCATCTGAAGCAGGGCTGTACTCAGTCTTGCTTTCCTTGT
AATTCTGGATATATAGCTTTATCTGCTGCTTTTAACCTTCATACATTCTATATTGCATTGGGGATTATTGGGAGTTGGGAATCCTTGCAGAGGCACATACATTGTTGGGCATTCTTGCAGATAGAGATATACATTGTTGGGCATTCGAGATGGCCGCAGCAGCAAACATAGGGATGATGGACAGTGCCTATTTTGTAGGC
AGGAATGAGATTCTGTCATGGATCAACACTACTCTGCAACTCAACCTCGGCAAAGTGGAGGAGGCAGCTTCAGGTGCAGTTCAGTGCCAAATGATGGATATGATTCACCCAGGAGTTGTCCCTATGCACAAGgtttgcttttctatattctagtgcttttaaggccatgccaaagagaatgaggtttggaagctgcgttt
ttggttggacagcttgaaagtttatgatttcccttgggtttctctgtgttcttctatttattagGTGAATTTCGAAGCAAAGACAGAATACGATATGATCCAGAATTACAAATTGCTGCAAGAAGTATTTTCAAAATTAAAAATAGAGAAGGTATGTTTAGCATTTTGCCTTTGATCTTTTGTATATACAGTGATAGAAG
ATAACATTTGTCTAATCATTATTCTGACCAATAAAATAGATCCAACTGCTACGATGAAGATATAAAAATGCACTAAAAAAGATGAGGAAATATGAC

Intron 2 GTATGAAACC ... TTGTTGTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.46	56	8	35
A2	43.18	50	10	38
A3	28.85	37	6	15
A4	43.12	62	10	47
A5	29.73	26	3	11
A6	30.47	194	9	85
A7	31.8	281	7	131
A8	29.07	205	11	84
A9	32.56	203	5	98
A10	26.69	206	8	75

>TRINITY_DN117700_c10_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

CCCGGAGGTTTTAGCTGTCATACATTTGTATGAGATTGGGCGTCAAATTTCAAGGAGAGTCTTTGAAATCCCATGTGGCATGCAATATTCTCGCTGCCCATTCCCCACCTAAAAGCATCGGGCAGTATAAAGTGCCCCATCACCTCAAACACTCAAAAAGAAATTCATTTCCCGAGCTTGTTGCTTTTCTTGATCTTATT
GTTTGATGGTGTTTGATTTTGCCCTCTGCTAAATGATACCTGCCCTTGATTGATCACTGGGGTTGCTTTCCACATACCCTTTCACCCAAATCCACATATACATTCTAAGTGGGCTCTTGAGTGCATCTGAAGCAGGGCTGTACTCAGTCTTGCTTTCCTTGTAATTCTGGATATATAGCTTTATCTGCTGCTTTTAACCT
TCATACATTCTATATTGCATTGGGGATTATTGGGAGTTGGGAATCCTTGCAGAGGCACATACATTGTTGGGCATTCTTGCAGATAGAGATATACATTGTTGGGCATTCGAGATGGCCGCAGCAGCAAACATAGGGATGATGGACAGTGCCTATTTTGTAGGCAGGAATGAGATTCTGTCATGGATCAACACTACTCTGCA
ACTCAACCTCGGCAAAGTGGAGGAGGCAGCTTCAGGTGCAGTTCAGTGCCAAATGATGGATATGATTCACCCAGGAGTTGTCCCTATGCACAAGGTGAATTTCGAAGCAAAGACAGAATACGATATGATCCAGAATTACAAATTGCTGCAAGAAGTATTTTCAAAATTAAAAATAGAGAAGCATATAGAGGTTAATAAAC
TTGTTAAAGGTCGACCGTTGGACAATCTGGAACTTCTCCAGTGGTTGAAGCGGTACTGTGATTCTGCAACAGGTGGAATAATGAATAGCAATTATAATCCTGTGGAGAGAAGATGTAAAGGAGGAAAGGAAGTCCACAGAAAGGGAGTGTCTTCAATGCAATGCTTGTCCCAAAATAAGGGCATTGGAGGAATTTTAAAA
TCAGTTCAATCTAGCTCATCTTCAGCAATTCGACGTACAGATGGATCTGGGGCTGGTCCAAGTGGAATTAAGCAAGGGAAGCATGTTTCAGTGCCTCCTGGGTATGTTTCTGTAGAGCACGTTCAAGCTGTGAGTGAACAGGTTTCAGAATTAAAGCTTTCTGTGAGCAATTTAGAGAAGGAAAGGGATTTCTACTTTGC
TAAACTTCGAGATATAGAAATCCTCATTCAAAATGAGGAGTTGGAGCAGCTTCCAGTGGTAGCAGCCATTCAGAAAATTTTGTATGCTGTAGATGATAACGATTCAGTGATTGCTGATGCTCAGGCAATACTTGGCAAATCTCTGTTGCCTGAGAACGGGCCAAAGGACACCAACGAAAAGGGTTCCTTCAACGAGAGAA
GTGAGATGGATACCCTTGCACCAGTAGACAGATCTGAATCAGAAAGTGGGGGACAGACTAACCTTTCTCCACGAAAGCTTAGAAACTTATTTGTTTATTCTACCAGCAGTGGTGATCAAGTGCAGCCTGTTTCCCCTGTAAGTGTGCAATGATATAGCTGATCTACGTGGGTGTAAAAATACTACCACTGGAACTTTACT
ACAGATTGCACATAAACATGGTATATTCTTACTTGAGTAATGACTTTTCTGACAAAAGAAGACTATTAAGGGAACTCTTGCATGGACAAATTAACCAGCTGATAAAAGGCCTTTAATAGCCTGAGTTTTGTATCTAGTCCACAATGAAGTTATTTTCATTCTTCTGGGCTATCAAAGGGTGTTCTGGAAGTTTGTAGATA
TGCTTAGCTACATTACGAAAAATAATCCTCAGCTACTGTGATATTTTCAAAAGCATTGATGTAACATAAAACTATTCAGTTTTGTTCCTCTGTTAAATTTTTGACATGCGAGAATATGATCTGGAAG

>TRINITY_DN117700_c10_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTCGAATGCCATTAATCACCACGGTCCAGACAATGGTATTCATTGCATTTTAAATACCCCCATTTATGTTCCAGTACAGACTACCTCGATTCATAATAACCAGAGTACTCGAACTACCCTTGATCATGAGGATGACATCGGCAATCCTGTGGCTCGCATCAGAGAAAGGACAAGGTGAAATCATGAGGTTTAATGCCCAA
AGGACTGCCTTTCTTGTGGATTATTTGGGCTTATGGAAGGATAATGCTATAAATGTAAGCCAACACTGTTGGCCTCTTCATCCGTTGACAAGATTTCTTCTTCAGTATCTTCTTAGTATTTCGTATTCTAGAGAGGGGTTCCAGACAAGCTTAGGAAGTTTTTCTATTTGTGTCGGGATGGCACCACGGAAACAACATGA
GAAGAAGGCTCGCCGTGACCCAAAAAAGGGGAAGGCACTTGTTAGGAGAGAACAACGTAAGGCCCTTGAGGCTGCATGCTTCTTCCGTGACCGCATCCGGGTGATCATTAAGGTTGAGTTGGAAAAAGTGGAACGTGATCTGTGGGCTCGAGTCAAGGCCATGGCGAATGATGATCTGAGAAATGAAGTTGTGGATTGGG
TGACAAACCCAGGCAATACCGTAGGTCGGTTCTCGGCCTACGAACGAATGCTGGCCACTTTCTGGGTCACCAAGGGTCTTTTGGCTAATGTTCTCATGGAACGGGAAAACAAAGTGGCTGGCGATTTGGAGCCGGTTCGTGCATGGAAGGTTCACAACTAGGAATGCTCACTCATCCACCAGAAGATCGACCGCATTGCT
GCAAAACTCGGCATTTCGCCTCCTCCTGCTCCTGGGTCGTCCATGGTTGGGTCTGATTGCCTTTCTCCGGGCCTGGCTGCTGCTGCTCCTCCTGGTTCGGCTCGTGTGCACTGTCCAATGCACGGCTCCGGTCCCAAGATGGATCCTGGAAGTTAAAGACTTTCTCGGTGATACTTTACTCTGTTTTCGTGTTTCTAAAA
GTTTTCCTCGTCTTTAAGGATAGTCGTCGAGTTTATGCAACTTTGATCTGTTCTGCCGGCTCTGTTATGCCGCATTTTGGTGTATGTAATTGGTTTTGTGTCTATGGGTCTTTTGGGGGTCAGCTGGTAGCTAGTTTCAAGAGTGGTTTTTCTGATCTTTGGATAAAAAGTCTGTTCTCTCTGTTCTCGGGTCTTGGTGT
AAGTCCTGTAATATGTAAGGGTGGGAATTTTGGTCGGCTGGTAGTGTCCTTCGTATTGGCCAGACCACCAGTTTTTGTAGCAATCTGTTGGGTTGGGGGAATTGTGATCGGCTGTTAGATCTTTCTTATCGACCAGACCACCAGTATTTTGTACGCAATGTAACTCGTTCTTAGTAATACAATTTCTTCCTTATAAAAAA
AATTCCTTATGAGTTACGACATACTTGGAGGTAAAGTAAAATATTAGAACGTCATTGCTTTCCATTTATGCAGACAACTGTTATTTATTTTATCCACAAAATCAGATAAACCTGTTCCAATCAATTTGATACTCTTCTTTGTCCTCTGGATGCTCTTCTTAAATGAGGTTTTATGGATCTTCAAGAACAGACACAGACTA
GAAGATCTTTATCTTAGTGTAACACACCATTTTATTGTAATCCAATGCTATTACTTTAATTTAAAAGGGTCATCATGCAAAGCTTTTGTGAAACTATTTTCCTGTCTCATAAGCCCAGATTCACGGTGATGTTCTATTTACTTATTTCAAGATTTAAGAAAGGGGGGATGCCTGCTGGGAAATGCCAGCAGAAGATTATT
ACTTGCAGACCGAATACTTTCCAAAGACTTTTGATCTATTCTTATGTGAGGAAGGCGTGGCAAAGTAATAAGGTTGTTGCTATTAAGAGCGCATAGCTTGTTACTTCACAGGATACCCTATAGTTGATCCATGTGTGTATTTGTCGATCAAGCTTAGCTGATCTTTGCCATGCTTGGATTTGTGTATTTTGACAATTGAC
ACTCATTTAGACTTTTTGGCTTGACTGTCATCATTGTTTTGTTTGATTAATTATATATAAAAATTGTCGGACATTCTGAATATCTTGCTTAGTCTATTTGATTCTTTTGTGGGCTATGCTTTTGCTAGTTGTTTATTTGTTCAAGGCACTGTTTGGACTAAAAGTTAATTATATTTACGTGTAAAATGCTGGCACACATT
GATTATGGAGCAGCATATAGAGGTTAATAAACTTGTTAAAGGTCGACCGTTGGACAATCTGGAACTTCTCCAGTGGTTGAAGCGGTACTGTGATTCTGCAACAGGTGGAATAATGAATAGgtatgaaacctagcttcactttcaactatttccttgtggagataacatgattcattcttacgagtattgtcatttatcaa
taatgtgttttgtgttcttgttgttagCAATTATAATCCTGTGGAGAGAAGATGTAAAGGAGGAAAGGAAGTCCACAGAAAGGGAGTGTCTTCAATGCAATGCTTGTCCCAAAATAAGGGCATTGGAGGAATTTTAAAATCAGTTCAATCTAGCTCATCTTCAGCAATTCGACGTACAGATGGATCTGGGGCTGGTCCAA
GTGGAATTAAGCAAGGGAAGCATGTTTCAGTGCCTCCTGGGTATGTTTCTGTAGAGCACGTTCAAGCTGTGAGTGAACAGGTTTCAGAATTAAAGCTTTCTGTGAGCAATTTAGAGAAGGAAAGGGATTTCTACTTTGCTAAACTTCGAGATATAGAAATCCTCATTCAAAATGAGGAGTTGGAGCAGCTTCCAGTGGTA
GCAGCCATTCAGAAAATTTTGTATGCTGTAGATGATAACGATTCAGTGATTGCTGATGCTCAGGCAATACTTGGCAAATCTCTGTTGCCTGAGAACGGGCCAAAGGACACCAACGAAAAGGGTTCCTTCAACGAGAGAAGTGAGATGGATACCCTTGCACCAGTAGACAGATCTGAATCAGAAAGTGGGGGACAGACTAA
CCTTTCTCCACGAAAGCTTAGAAACTTATTTGTTTATTCTACCAGCAGTGGTGATCAAGTGCAGCCTGTTTCCCCTGTAAGTGTGCAATGATATAGCTGATCTACGTGGGTGTAAAAATACTACCACTGGAACTTTACTACAGATTGCACATAAACATGGTATATTCTTACTTGAGTAATGACTTTTCTGACAAAAGAAG
ACTATTAAGGGAACTCTTGCATGGACAAATTAACCAGCTGATAAAAGGCCTTTAATAGCCTGAGTTTTGTATCTAGTCCACAATGAAGTTATTTTCATTCTTCTGGGCTATCAAAGGGTGTTCTGGAAGTTTGTAGATATGCTTAGCTACATTACGAAAAATAATCCTCAGCTACTGTGATATTTTCAAAAGCATTGATG
TAACATAAAACTATTCAGTTTTGTTCCTCTGTTAAATTTTTGACATGCGAGAATATGATCTGGAAG

Intron 3 GTATGTGCTG ... TCCTTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.66	54	20.8	27
A2	28.61	51	12.9	28
A3	18.09	50	16.1	6
A4	22.54	58	17.8	16
A5	20	18	2	7
A6	22.38	174	55.4	45
A7	25.4	221	73.5	77
A8	27.58	149	54.5	59
A9	19.18	180	44.5	41
A10	24.91	179	60.8	58

>TRINITY_DN40556_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GAGTATTGTCATTTATCAATAATGTGTTTTGTGTTCTTGTTGTTAGCAATTATAATCCTGTGGAGAGAAGATGTAAAGGAGGAAAGGAAGTCCACAGAAAGGGAGTGTCTTCAATGCAATGCTTGTCCCAAAATAAGGGCATTGGAGGAATTTTAAAATCAGTTCAATCTAGCTCATCTTCAGCAATTCGACGTACAGAT
GGATCTGGGGCTGGTCCAAGTGGAATTAAGCAAGGGAAGCATGTTTCAGTGCCTCCTGGGTATGTTTCTGTAGAGCACGTTCAAGCTGTGAGTGAACAGGTTTCAGAATTAAAGCTTTCTGTGAGCAATTTAGAGAAGGAAAGGGATTTCTACTTTGCTAAACTTCGAGATATAGAAATCCTCATTCAAAATGAGGAGTT
GGAGCAGCTTCCAGTGGTAGCAGCCATTCAGAAAATTTTGTATGCTGTAGATGATAACGATTCAGTGATTGCTGATGCTCAGGCAATACTTGGCAAATCTCTGTTGCCTGAGAACGGGCCAAAGGACACCAACGAAAAGGGTTCCTTCAACGAGAGAAGTGAGATGGATACCCTTGCACCAGTAGACAGATCTGAATCAG
AAAGTGGGGGACAGACTAACCTTTCTCCACGAAAGCTTAGAAACTTATTTGTTTATTCTACCAGCAGTGGTGATCAAGTGCAGCCTGTTTCCCCTGTAAGTGTGCAATGATATAGCTGATCTACGTGGGTGTAAAAATACTACCACTGGAACTTTACTACAGATTGCACATAAACATGGTATATTCTTACTTGAGTAATG
ACTTTTCTGACAAAAGAAGACTATTAAGGGAACTCTTGCATGGACAAATTAACCAGCTGATAAAAGGCCTTTAATAGCCTGAGTTTTGTATCTAGTCCACAATGAAGTTATTTTCATTCTTCTGGGCTATCAAAGGGTGTTCTGGAAGTTTGTAGATATGCTTAGCTACATTACGAAAAATAATCCTCAGCTACTGTGAT
ATTTACAAAAGCATTGATGTAACATAAAACTATTCAGTTTTGTTCCTCTGTTAAATTTTTGACATGCGAGAATATGATCTGGAAGGTTTTTTGTTGTCTTTGTTGTGTTTTTTACCGTTATATTTGTGCAGTACAAGGATTGTTTTGACACTAGTTAAGTGTGACACCATGGGTTCTGTGACAGAGGAAAGAAATCAGTC
ATTTTTTTCCTGTCTTATATGTTTGTTTGTATACTTTTGAATAAAGCAATGTGTATTTTTTGAAATCTGC

>TRINITY_DN40556_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAGTATTGTCATTTATCAATAATGTGTTTTGTGTTCTTGTTGTTAGCAATTATAATCCTGTGGAGAGAAGATGTAAAGGAGGAAAGGAAGTCCACAGAAAGGGAGTGTCTTCAATGCAATGCTTGTCCCAAAATAAGGGCATTGGAGGAATTTTAAAATCAGTTCAATCTAGCTCATCTTCAGCAATTCGACGTACAGAT
GGATCTGGGGCTGGTCCAAGTGGAATTAAGCAAGGGAAGCATGTTTCAGTGCCTCCTGGGTATGTTTCTGTAGAGCACGTTCAAGCTGTGAGTGAACAGGTTTCAGAATTAAAGCTTTCTGTGAGCAATTTAGAGAAGGAAAGGGATTTCTACTTTGCTAAACTTCGAGATATAGAAATCCTCATTCAAAATGAGGAGTT
GGAGCAGCTTCCAgtatgtgctgtatataatttaatgatatctttttgtagggttttggttgtttttgggattttgtttgataatatgaggtttgatattatttttccttagagaatgttggtggcgaataccataatctaaggggttagctcaacccgttcttgccaatgttgctgagcatttggctagttctgtgcca
gcaggtgcccattttgaatcaccttgggtgagatgccatccacgaatgtggggaagcatcccttcggttttcccaccaggttttcctggaaaaaaaggtagcaagtaccacaacattatttgctgtaagccatgagtactggacctagaagagcacctttcattttcaaagactctgaaaacaaatataattcaaaattt
cagggtgcaatttttatttttgaggcagaacgtcagatggggagataagctgagtggagtttgtaagatttacctgggatcccttagtatttgtaatttagcatatttctcttagaggaaagcatacctatggagatggtgtggtaatgggatgttcattgctccataagtgagctttctttctttagcgaatgtgcccc
tgcatcgaagggcatgaaggcagcatatttttcaaataccttgtagaccttcaatttaatttgaagttcagttccaccctgcttgtttccggtatggccatccaagggcatgaaggcaacatatttttaagacgccttcaaccttttcaatttcatttgaagttctgttccactctgcttgtttctaatgatctcaatgg
tcattaacaggaagcttttgttacccatcatttatgccatttggtaactggcaggcaatttcgagaagattgcacatctcaacaagtggtcttaattatctgattcttttggagagaccatgtcagtgtcaaggttgttctgcctttaagtcatctctgtctgtatctttcagcgtccagttaggatggtatccagtcat
aatgactctccaaaattgaacttttggaatcatccactttggtggacatctcctatgaaacattattggatgagataatgcctactccaatgaagcgtctgacatctataataaggtcatttcctttcttggtttaaaaatgttattcaaacaaacataaatctctcaaatacatccagccagttgcattcaggagggtt
ctggttcaacttttacaaagtcttgattaggccatggcaccatactacaaagcaggatgaagccatgcctatggccagtttctttatcacttggattaatattaacatcaaaaaatattgtggtagtgacattatgcaatattgctaaatatttgaaggcctatctaactccaccttggaaatcaagcccaattaagcca
ttttctaactatttcttgcaactgaaattggtgaaagattgtaaacaaagaaaacagaatagaaccaaattagatacaatgaaattcagcatacataatttgccagtttttatgcaaccagttaaactgtgagtgctataaacagctcaatggcgcatattggtaaattttcattgcaacagtattttctttttcagggt
cttgactgttttgaaatttgatgcccattccttcacagGTGGTAGCAGCCATTCAGAAAATTTTGTATGCTGTAGATGATAACGATTCAGTGATTGCTGATGCTCAGGCAATACTTGGCAAATCTCTGTTGCCTGAGAACGGGCCAAAGGACACCAACGAAAAGGGTTCCTTCAACGAGAGAAGTGAGATGGATACCCTT
GCACCAGTAGACAGATCTGAATCAGAAAGTGGGGGACAGACTAACCTTTCTCCACGAAAGCTTAGAAACTTATTTGTTTATTCTACCAGCAGTGGTGATCAAGTGCAGCCTGTTTCCCCTGTAAGTGTGCAATGATATAGCTGATCTACGTGGGTGTAAAAATACTACCACTGGAACTTTACTACAGATTGCACATAAAC
ATGGTATATTCTTACTTGAGTAATGACTTTTCTGACAAAAGAAGACTATTAAGGGAACTCTTGCATGGACAAATTAACCAGCTGATAAAAGGCCTTTAATAGCCTGAGTTTTGTATCTAGTCCACAATGAAGTTATTTTCATTCTTCTGGGCTATCAAAGGGTGTTCTGGAAGTTTGTAGATATGCTTAGCTACATTACG
AAAAATAATCCTCAGCTACTGTGATATTTACAAAAGCATTGATGTAACATAAAACTATTCAGTTTTGTTCCTCTGTTAAATTTTTGACATGCGAGAATATGATCTGGAAGGTTTTTTGTTGTCTTTGTTGTGTTTTTTACCGTTATATTTGTGCAGTACAAGGATTGTTTTGACACTAGTTAAGTGTGACACCATGGGTT
CTGTGACAGAGGAAAGAAATCAGTCATTTTTTTCCTGTCTTATATGTTTGTTTGTATACTTTTGAATAAAGCAATGTGTATTTTTTGAAATCTGC

Intron 4 GTTGGTTATA ... TTATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.23	80	27	11.1
A2	18.18	81	18	7.1
A3	22.58	72	21	4
A4	22.22	70	20	8.3
A5	23.08	50	15	2.9
A6	22.72	292.1	85.9	37.1
A7	22.57	343	100	39
A8	19.64	243.1	59.4	25.1
A9	23.59	285	88	27.6
A10	24.05	274.3	86.9	28

>TRINITY_DN106709_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

ATAAAGTGCCCCATCACCTCAAACACTCAAAAAGAAATTCATTTCCCGAGCTTGTTGCTTTTCTTGATCTTATTGTTTGATGGTGTTTGATTTTGCCCTCTGCTAAATGATACCTGCCCTTGATTGATCACTGGGGTTGCTTTCCACATACCCTTTCACCCAAATCCACATATACATTCTAAGTGGGCTCTTGAGTGCAT
CTGAAGCAGGGCTGTACTCAGTCTTGCTTTCCTTGTAATTCTGGATATATAGCTTTATCTGCTGCTTTTAACCTTCATACATTCTATATTGCATTGGGGATTATTGGGAGTTGGGAATCCTTGCAGAGGCACATACATTGTTGGGCATTCTTGCAGATAGAGATATACATTGTTGGGCATTCGAGATGGCCGCAGCAGCA
AACATAGGGATGATGGACAGTGCCTATTTTGTAGGCAGGAATGAGATTCTGTCATGGATCAACACTACTCTGCAACTCAACCTCGGCAAAGTGGAGGAGGCAGCTTCAGGTGCAGTTCAGTGCCAAATGATGGATATGATTCACCCAGGAGTTGTCCCTATGCACAAGGTGAATTTCGAAGCAAAGACAGAATACGATAT
GATCCAGAATTACAAATTGCTGCAAGAAGTATTTTCAAAATTAAAAATAGAGAAGCATATAGAGGTTAATAAACTTGTTAAAGGTCGACCGTTGGACAATCTGGAACTTCTCCAGTGGTTGAAGCGGTACTGTGATTCTGCAACAGGTGGAATAATGAATAGCAATTATAATCCTGTGGAGAGAAGATGTAAAGGAGGAA
AGGAAGTCCACAGAAAGGGAGTGTCTTCAATGCAATGCTTGTCCCAAAATAAGGGCATTGGAGGAATTTTAAAATCAGTTCAATCTAGCTCATCTTCAGCAATTCGACGTACAGATGGATCTGGGGCTGGTCCAAGTGGAATTAAGCAAGGGAAGCATGTTTCAGTGCCTCCTGGGTATGTTTCTGTAGAGCACGTTCAA
GCTGTGAGTGAACAGGTTTCAGAATTAAAGCTTTCTGTGAGCAATTTAGAGAAGGAAAGGGATTTCTACTTTGCTAAACTTCGAGATATAGAAATCCTCATTCAAAATGAGGAGTTGGAGCAGCTTCCAGTGGTAGCAGCCATTCAGAAAATTTTGTATGCTGTAGATGATAACGATTCAGTGATTGCTGATGCTCAGGC
AATACTTGGCAAATCTCTGTTGCCTGAGAACGGGCCAAAGGACACCAACGAAAAGGGTTCCTTCAACGAGAGAAGTGAGATGGATACCCTTGCACCAGTAGACAGATCTGAATCAGAAAGTGGGGGACAGACTAACCTTTCTCCACGAAAGCTTAGAAACTTATTTGTTTATTCTACCAGCAGTGGTGATCAAGTGCAGC
CTGTTTCCCCTGTAAGTGTGCAATGATATAGCTGATCTACGTGGGTGTAAAAATACTACCACTGGAACTTTACTACAGATTGCACATAAACATGGTATATTCTTACTTGAGTAATGACTTTTCTGACAAAAGAAGACTATTAAGGGAACTCTTGCATGGACAAATTAACCAGCTGATAAAAGGCCTTTAATAGCCTGAGT
TTTGTATCTAGTCCACAATGAAGTTATTTTCATTCTTCTGGGCTATCAAAGGGTGTTCTGGAAGTTTGTAGATATGCTTAGCTACATTACGAAAAATAATCCTCAGCTACTGTGATATTTACAAAAGCATTGATGTAACATAAAACTATTCAGTTTTGTTCCTCTGTTAAATTTTTGACATGCGAGAATATGATCTGGAA
A

>TRINITY_DN106709_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AATGAATAGGTATGAAACCTAGCTTCACTTTCAACTATTTCCTTGTGGAGATAACATGATTCATTCTTACGAGTATTGTCATTTATCAATAATGTGTTTTGTGTTCTTGTTGTTAGCAATTATAATCCTGTGGAGAGAAGATGTAAAGGAGGAAAGGAAGTCCACAGAAAGGGAGTGTCTTCAATGCAATGCTTGTCCCA
AAATAAGGGCATTGGAGGAATTTTAAAATCAGTTCAATCTAGCTCATCTTCAGCAATTCGACGTACAGATGGATCTGGGGCTGGTCCAAGTGgttggttatattttaactagaaacattctcattgccttgggtcaagagctcccattctgcagcatctattagtgagcagttctactgatctgaataattgaatttatc
ttttttaatttatttgcagGAATTAAGCAAGGGAAGCATGT