NA ----> NA

Intron 1 GTGTGTCTTC ... TGCATTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	0	1
A2	-1	0	0	0
A3	-1	0	0	0
A4	-1	0	0	0
A5	33.33	1	1	0
A6	20	4	0	2
A7	63.64	2	2	5
A8	50	7	6	8
A9	39.13	14	15	3
A10	81.82	1	7	2

>TRINITY_DN43151_c6_g4_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

ACGACATTCTCGATTGCGAGTTTCGATCGATCCAGCTCCCTTCCTTTCTTGAACTCTCGCTGAGAATTCCGATTATAGATGGATCCTTCCCTCCCTGGTTAATTCAGCATGGCGCCGTTATAGTAGCCGTTAGAGTCCCTGCCTCCCAACCTCTTCGATTAGTCTACTGTTACCATCGGGAATTGAGTCCTCCATTCACC
TTCGATTGGAAGGTATAGTTATCAGTTTAGTTCCTTGGCATCCAATACTTCGTGCACACAAATCTAACTATTGGTATTTTAGAGTTCTAGCTATTGGTATTTTAGAGTTCTGATTAACTTCGGTATGGTTCTTTCCGTAGAGTTCTAACTATTGGTCAGTATCCTTCCTTAGAGCCTCCACCTGCACCTAGATATCGCCT
GGTTAAGCGACCGATCCATTCTTCTAACGTCGATTCCGGTGGGCCCTAGCTAATCAATGACATGGGTCTTCACAAATTGTTGAAGCAAGAAGAGACATGGCGCCACATTCACGGTTAAGGATGCAACAAAGGATAGCTGACTCTGCCCATGTTGTCCTCCGTCCCATCCACATCTCTATACTTACAAGCAACTGTCTAGG
GTTAACAACTGTATGGGCTTGGAGTCGCGAGGTCACTTGTCTTTTTACTCTCTGTGGATGAATTTGTGATTCTATACCGGGTATATGGTGCAATCGTCTCTGAATTCGTTAGGAAGAACATAGACTCGAACCCATACCGGAAGGCTTAAAAAAGATATTTCATGTTTTTACATTCTCTGGCATGGACAGTGAAGAAACCC
TGTGCAAAGAAGTGAAGATAGGTAAAACCTTTAATCCACGGTGTTGAAGATATCCGTTTTCTGAGAATAAATTATGTTGACTAAACCCCTTTATATCGACTAATAACGGTATGGCTTTATTTTCTTGTGTTTTTTTGTTACTACCATATCACAAATAAGGGCATGGCTTTATTGATATCGCTGGATGATCCCACAGAACA
CGC

>TRINITY_DN43151_c6_g4_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ACGACATTCTCGATTGCGAGTTTCGATCGATCCAGCTCCCTTCCTTTCTTGAACTCTCGCTGAGAATTCCGATTATAGATGGATCCTTCCCTCCCTGGTTAATTCAGCATGGCGCCGTTATAGTAGCCGTTAGAGTCCCTGCCTCCCAACCTCTTCGATTAGTCTACTGTTACCATCGGGAATTGAGTCCTCCATTCACC
TTCGATTGGAAGAGCCTCCACCTGCACCTAGATATCGCCTGGTTAAGCGACCGATCCATTCTTCTAACGTCGATTCCGGTGGGCCCTAGCTAATCAATGACATGGGTCTTCACAAATTGTTGAAGCAAGAAGAGACATGGCGCCACATTCACGGTTAAGGATGCAACAAAGGATAGCTGACTCTGCCCATGTTGTCCTCC
GTCCCATCCACATCTCTATACTTACAAGCAACTGTCTAGGGTTAACAACTGTATGGGCTTGGAGTCGCGAGGTCACTTGTCTTTTTACTCTCTGTGGATGAATTTGTGATTCTATACCGGGTATATGGTGCAATCGTCTCTGgtgtgtcttcttcttaaaacgcaccaatgttttgtgctgagtgttttatttgaggtgg
actaatagttttatttgggtatggtaatggtagttgcatccattttagaatttatttatctttgttcaggtttcttgtgggttctaagttttataatattgtcattattgtgatcatcacaataagtaattgctgtagatattagtagatattttgataaatttcttttaagagtttcttatttgctgtataatctttgc
attccagAATTCGTTAGGAAGAACATAGACTCGAACCCATACCGGAAGGCTTAAAAAAGATATTTCATGTTTTTACATTCTCTGGCATGGACAGTGAAGAAACCCTGTGCAAAGAAGTGAAGATAGGTAAAACCTTTAATCCACGGTGTTGAAGATATCCGTTTTCTGAGAATAAATTATGTTGACTAAACCCCTTTATA
TCGACTAATAACGGTATGGCTTTATTTTCTTGTGTTTTTTTGTTACTACCATATCACAAATAAGGGCATGGCTTTATTGATATCGCTGGATGATCCCACAGAACACGC

Intron 2 GTATGGTAAT ... TGCATTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	0	1
A2	-1	0	0	0
A3	-1	0	0	0
A4	-1	0	0	0
A5	-1	0	0	0
A6	33.33	2	0	2
A7	55.56	2	0	5
A8	62.96	5	9	8
A9	80	2	13	3
A10	63.64	2	5	2

>TRINITY_DN39646_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

ACGACATTCTCGATTAGGAGTTTCGATCGATCCAGCTCCCTTCCTTTCTTGAACTCTCGCTGAGAATTCCGATTATAGATGGATCCTTCCCTCCCTGGTTAATTCAGCATGGCGCCGTTATAGTAGCCGTTAGAGTCCCTGCCTCCCAACCTCTTCGATTAGTCTACTGTTACCATCGGGAATTGAGTCCTCCATTCACC
TTCGGTTGGAAGGTATAGTTATCAGTTTAGTTCCTTGGCATCCAATACTTCGTGCACACAAATCTAACTATTGGTATTTTAGAGTTCTAGCTATTGGTATTTTAGAGTTCTGATTAACTTCGGTATGGTTCTTTCCGTAGAGTTCTAACTATTGGTCAGTATCCTTCCTTAGAGCCTCCACCTGCACCTAGATATTGCCT
GGTTAAGCGACCGATCCATTCTTCTAACGTCGATTCCGGTGGGCCCTAGCTAATCAATGACATGGGTCTTCACAAATTGTTGAAGCAAGAAGAGACATGGCGCCACATTCACGGTTAAGGATGCAACAAAGGATAGCTGACTCTGCCCATGTTGTCCTCCGTCCCATCCACATCTCTATACTTACAAGCAACTGTCTAGG
GTTAACAACTGTATGGGCTTGGAGTCGCGAGGTCACTTGTCTTTTTACTCTCTGTGGATGAATTTGTGATTCTATACCGGGTATATGGTGCAATCGTCTCTGGTGTGTCTTCTTCTTAAAACGCACCAATGTTTTGTGCTGAGTGTTTTATTTGAGGTGGACTAATAGTTTTATTTGGAATTCGTTAGGAAGAACATAGA
CTCGAACCCATACCGGAAGGCTTAAAAAAGATATTTCATGTTTTTACATTCTCTGGCATGGACAGTGAAGAAACCCTGTGCAAAGAAGTGAAGATAGG

>TRINITY_DN39646_c0_g1_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ACGACATTCTCGATTAGGAGTTTCGATCGATCCAGCTCCCTTCCTTTCTTGAACTCTCGCTGAGAATTCCGATTATAGATGGATCCTTCCCTCCCTGGTTAATTCAGCATGGCGCCGTTATAGTAGCCGTTAGAGTCCCTGCCTCCCAACCTCTTCGATTAGTCTACTGTTACCATCGGGAATTGAGTCCTCCATTCACC
TTCGATTGGAAGAGCCTCCACCTGCACCTAGATATTGCCTGGTTAAGCGACCGATCCATTCTTCTAACGTCGATTCCGGTGGGCCCTAGCTAATCAATGACATGGGTCTTCACAAATTGTTGAAGCAAGAAGAGACATGGCGCCACATTCACGGTTAAGGATGCAACAAAGGATAGCTGACTCTGCCCATGTTGTCCTCC
GTCCCATCCACATCTCTATACTTACAAGCAACTGTCTAGGGTTAACAACTGTATGGGCTTGGAGTCGCGAGGTCACTTGTCTTTTTACTCTCTGTGGATGAATTTGTGATTCTATACCGGGTATATGGTGCAATCGTCTCTGGTGTGTCTTCTTCTTAAAACGCACCAATGTTTTGTGCTGAGTGTTTTATTTGAGGTGG
ACTAATAGTTTTATTTGGgtatggtaatggtagttgcatccattttagaatttatttatctttgttcaggtttcttgtgggttctaagttttataatattgtcattattgtgatcatcacaataagtaattgctgtagatattagtagatattttgataaatttcttttaagagtttcttatttgctgtataatctttgc
attccagAATTCGTTAGGAAGAACATAGACTCGAACCCATACCGGAAGGCTTAAAAAAGATATTTCATGTTTTTACATTCTCTGGCATGGACAGTGAAGAAACCCTGTGCAAAGAAGTGAAGATAGGGCATGGCTTTATTGATATCGCTGGATGATCCCACAGAACACGCTTCTTTAAGTCTAAAACAAAAATAAACGGA
TGTCGGACCGATAAAGGTACATACATTTATCCATGATTTTTTTCTAGTTTCTCCAATACCAGTAATGAATGAAAAAAGGATTCAAAATAAATTTGATAGATTTTTTTGATGTAGTAAGAATGAATAAATTACTACATCAAAAATTGAGAGATTAAATTAAATTTGATAGATTAATTTTGTTGTATGTGTCTTGGTAGCAT
TTGTTTTTTTAAGGAAATGTTTATAGCAGAATGCTGATTGTCCAGAGAAAAAACAAAAGTTTAGGTAAGAAC

Intron 3 GTAAAACCTT ... CACAAATAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	1	0
A2	-1	0	0	0
A3	-1	0	0	0
A4	100	0	0	1
A5	100	0	1	0
A6	33.33	2	2	0
A7	42.86	4	6	0
A8	72.73	3	13	3
A9	90	1	11	7
A10	50	3	1	5

>TRINITY_DN39646_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

ACGACATTCTCGATTAGGAGTTTCGATCGATCCAGCTCCCTTCCTTTCTTGAACTCTCGCTGAGAATTCCGATTATAGATGGATCCTTCCCTCCCTGGTTAATTCAGCATGGCGCCGTTATAGTAGCCGTTAGAGTCCCTGCCTCCCAACCTCTTCGATTAGTCTACTGTTACCATCGGGAATTGAGTCCTCCATTCACC
TTCGATTGGAAGAGCCTCCACCTGCACCTAGATATTGCCTGGTTAAGCGACCGATCCATTCTTCTAACGTCGATTCCGGTGGGCCCTAGCTAATCAATGACATGGGTCTTCACAAATTGTTGAAGCAAGAAGAGACATGGCGCCACATTCACGGTTAAGGATGCAACAAAGGATAGCTGACTCTGCCCATGTTGTCCTCC
GTCCCATCCACATCTCTATACTTACAAGCAACTGTCTAGGGTTAACAACTGTATGGGCTTGGAGTCGCGAGGTCACTTGTCTTTTTACTCTCTGTGGATGAATTTGTGATTCTATACCGGGTATATGGTGCAATCGTCTCTGGTGTGTCTTCTTCTTAAAACGCACCAATGTTTTGTGCTGAGTGTTTTATTTGAGGTGG
ACTAATAGTTTTATTTGGGTATGGTAATGGTAGTTGCATCCATTTTAGAATTTATTTATCTTTGTTCAGGTTTCTTGTGGGTTCTAAGTTTTATAATATTGTCATTATTGTGATCATCACAATAAGTAATTGCTGTAGATATTAGTAGATATTTTGATAAATTTCTTTTAAGAGTTTCTTATTTGCTGTATAATCTTTGC
ATTCCAGAATTCGTTAGGAAGAACATAGACTCGAACCCATACCGGAAGGCTTAAAAAAGATATTTCATGTTTTTACATTCTCTGGCATGGACAGTGAAGAAACCCTGTGCAAAGAAGTGAAGATAGGGCATGGCTTTATTGATATCGCTGGATGATCCCACAGAACACGCTTCTTTAAGTCTAAAACAAAAATAAACGGA
TGTCGGACCGATAAAGGTACATACATTTATCCATGATTTTTTTCTAGTTTCTCCAATACCAGTAATGAATGAAAAAAGGATTCAAAATAAATTTGATAGATTTTTTTGATGTAGTAAGAATGAATAAATTACTACATCAAAAATTGAGAGATTAAATTAAATTTGATAGATTAATTTTGTTGTATGTGTCTTGGTAGCAT
TTGTTTTTTTAAGGAAATGTTTATAGCAGAATGCTGATTGTCCAGAGAAAAAACAAAAGTTTAGGTAAGAAC

>TRINITY_DN39646_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ACGACATTCTCGATTAGGAGTTTCGATCGATCCAGCTCCCTTCCTTTCTTGAACTCTCGCTGAGAATTCCGATTATAGATGGATCCTTCCCTCCCTGGTTAATTCAGCATGGCGCCGTTATAGTAGCCGTTAGAGTCCCTGCCTCCCAACCTCTTCGATTAGTCTACTGTTACCATCGGGAATTGAGTCCTCCATTCACC
TTCGGTTGGAAGGTATAGTTATCAGTTTAGTTCCTTGGCATCCAATACTTCGTGCACACAAATCTAACTATTGGTATTTTAGAGTTCTAGCTATTGGTATTTTAGAGTTCTGATTAACTTCGGTATGGTTCTTTCCGTAGAGTTCTAACTATTGGTCAGTATCCTTCCTTAGAGCCTCCACCTGCACCTAGATATTGCCT
GGTTAAGCGACCGATCCATTCTTCTAACGTCGATTCCGGTGGGCCCTAGCTAATCAATGACATGGGTCTTCACAAATTGTTGAAGCAAGAAGAGACATGGCGCCACATTCACGGTTAAGGATGCAACAAAGGATAGCTGACTCTGCCCATGTTGTCCTCCGTCCCATCCACATCTCTATACTTACAAGCAACTGTCTAGG
GTTAACAACTGTATGGGCTTGGAGTCGCGAGGTCACTTGTCTTTTTACTCTCTGTGGATGAATTTGTGATTCTATACCGGGTATATGGTGCAATCGTCTCTGAATTCGTTAGGAAGAACATAGACTCGAACCCATACCGGAAGGCTTAAAAAAGATATTTCATGTTTTTACATTCTCTGGCATGGACAGTGAAGAAACCC
TGTGCAAAGAAGTGAAGATAGgtaaaacctttaatccacggtgttgaagatatccgttttctgagaataaattatgttgactaaacccctttatatcgactaataacggtatggctttattttcttgtgtttttttgttactaccatatcacaaataagGGCATGGCTTTATTGATATCGCTGGATGATCCCACAGAACA
CGCTTCTTTAAGTCTAAAACAAAAATAAACGGATGTCGGACCGATAAAGGTACATACATTTATCCATGATTTTTTTCTAGTTTCTCCAATACCAGTAATGAATGAAAAAAGGATTCAAAATAAATTTGATAGATTTTTTTGATGTAGTAAGAATGAATAAATTACTACATCAAAAATTGAGAGATTAAATTAAATTTGAT
AGATTAATTTTGTTGTATGTGTCTTGGTAGCATTTGTTTTTTTAAGGAAATGTTTATAGCAGAATGCTGATTGTCCAGAGAAAAAACAAAAGTTTAGGTAAGAAC