NA ----> NA
Intron 1 GTATGTAGTC ... GTTATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 45.45 | 12 | 10 | 1 |
| A2 | 38.1 | 13 | 8 | 4 |
| A3 | 65.22 | 8 | 15 | 0 |
| A4 | 50 | 2 | 2 | 2 |
| A5 | 50 | 9 | 9 | 0 |
| A6 | 72.22 | 5 | 13 | 0 |
| A7 | 50 | 22 | 22 | 0 |
| A8 | 63.16 | 21 | 36 | 1 |
| A9 | 45 | 22 | 18 | 0 |
| A10 | 55.56 | 12 | 15 | 0 |
>TRINITY_DN46211_c0_g3_i2 from sample A8 / Example spliced isoformAGTGCAGGAGGGTTGGATCTCTAGTTGCATTTGTCCAATGACTATCCATACCATTGTTGTAATGTTTGGTTTCACTCAAATGAGCAAAAGGAAATCATCAATGCATTCAACGGTCTAGTGCAGGAGGGTTGGATCTCTAGTTGCATTTGTCCAATGACTATCCATACCATTGTTGTAATGTTTGGTTTCACTCAAATGAG
CAAAAGGAAATCATCAATGCATTCAACGGTCTAGTGCAGGAGGGTTGGATCTCTA
>TRINITY_DN46211_c0_g3_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:GGTTAATAACTTAATTATATTGATGTTGATATAATTTGCGGAGCCATGTTTGGAATATATTTTTATCAGTTGTCAGTGTCATTATTGATATGTATGTTGTGAATTTGAATTGTGATATTACAAATGAGGCTGTATAAATAATTTGCAGAGCCATGTTTGGAATATATTTTTATCAGTTGTCAGTGTCATTATTGATATGT
ATGTTGTGAATTTGAATTGTGATATTACAAATGAGGCTGTTTATATAGTCAATTTCACATTCAACACTTGTCAGCTAGAGCATTTGTTCTGGCAACCAATTTCATAACAATGTTGCGAAATGTTTAGATAAACATTTTCAATATTGGTTCGTTGTAATACATATTTTCTAAGCTTTCCTTTTGATTTATTATTTCTATTG
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GCTTCTGCAGCAAGAGGTTGTTGAATAATTAGGAATACTGCTTCGGGGATTATTATTGGTAATGGATCTTTGAGAAGCTTCAGTTGTGACGCGGCAGCATTTCGTCAAAGTGCGTAACTTGGAAGTGAATCAGAATTCGAATTCTGAAACTTTAGGGGCATGAGGTTGCACAATTTTCAAGTGTCAGATAATCGCTACAG
GTCGCTGAGGAGAGTGAAAGGCCTAGAAGATGAAGCTCCAAGGGTAGTTTAATGGTCATGTTGCAGGGAAGCCAGGTTTAAATTTGGCTGGAAATACCAGTTACTGTTGTAGTTGGTGGTTGAACCATTCCCTTCCATCAGAATATTACAATAAAGGGAGGAGAGTTCTTATGAAGGTTTTTCTTAGAAATAGAAATGTC
CTAAAGATGAAACATAGTAGATTTTGCAGGGGTTAAAACCTCCTTCCAACCAAATATTCCAGGGATCCTTGAGGTTTTCCTTTGAAAAAAAACCTAGAAAATGAGCCAGAGAAGATTTTGCAGAGGGCATGTTTGAATCTGACAGGAAATAAGAGGTTAGTTTGTTCATTGCTTTTTAGGGAGAAGATAAACCAGAGAAG
ATTTTGCAGAGGGCAAAGTTGCTGTTTACCACTTGGCATGTTTGAATCTGACAGGAAATAAGAGGTTAGTTTGTTCATTGCTTTTTAGGGAGAAGATAAACCAGAGAAGATTTTGCAGAGGGCAAAGTTGCTGTTTACCACTTGGCATGTTTGAATCTGACAGGAAATAAGAGGTTAGTTTGTTCGTTGCTTTTTAGTGA
GAGAGAGAAAGACAGATTATGAACTAACATAAGTACTGTTTGGACAGTTTTGAGGGAAGCAAAAACAGCACTAAAAAGGAATGTGAAAGGCAGGGCAAAGTTTATAGAAGACGAGAAGATGCTGACTGCCACTTGGTGCAGAAAGAATGTGACATGCAATAGAATAAGCTTTTTGTTCTTTATTTTGTATGTAAACAGAG
AGAATGACAGATTCTGAAATGAGCGAATCCTTCAAACATATGTACTCTTGTGAAAAAGATTGTGATTTGCCGTGTAGTGTCTTGGTTTTCTGATGTTAGTGAGATCGGTTTCTGTGTTTTCTGCATTTCTATTGTTGCTGCCCATAGAAGCAGTGGAAAAGCTGGTTTCCATTACCTCTGCCTGGAGTTGTGTACATTGA
ACTTGATCAGTGAATATCAAAAGCTTGCAGTTACCTTGGATGGTAAATAGATAAGGTAGTTACCTCATGCTCAATAAATGAGTGATAACAGTGACAATGTGATTATATGTACTTGAGCCTTGAGGTAATATCTAATATTTATTATAGTCGGTGTGTCTATTTTGTGGATGTTTTGCTGATTTGTAAAATTTGTTGTGGGA
ACTAATATCTTATGTTTCTCTGTACTAAGGAAATTGATGGTCCTCTAGGGTCACCGATCGTGGAATGTTGTAAAGGAAAAAGTATCAGTATCATTAGGTAGAATGTTGTAAAGGAAAAAGTATGATTATAAATTTCTCTTTTCAGCTGATACGTTGTTTTTATTTTTTTGGTCTACGTTATTGCAGTGCAGGAGGGTTGG
ATCTCTAGTTGCATTTGTCCAATGACTATCCATACCATTGTTGTAATGTTTGGTTTCACTCAAATGAGCAAAAGGAAATCATCAATGCATTCAACGGTCTAGgtatgtagtcgaaaacatcaaggaaaatttctggattattgataattgcatatggagatttttctgcaagctcatatttactgttaattattgccata
caatgtaaatgatatttcaataaatgcctaagtgggatctaatttatgaaaccgaattttatatcaaattattcccgacatctttctcatttatgatgaaacggcgaggtagagtattttggggagaacgttgaggttatgtacatacatagatgttgtgtaaataagatgtaaaaccattgatttagaaatcaagctta
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