sp|Q84TH4|SR45A_ARATH ----> Serine/arginine-rich splicing factor SR45a

Intron 1 GTAGGGATCT ... ATGTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.59	56.6	35	32.9
A2	13.93	49.2	22	8.7
A3	29.38	33.8	16	14
A4	42.89	21.4	27	12.9
A5	27.46	17.2	6	6
A6	13.91	244.4	51	45.3
A7	8	195.6	80	25.1
A8	16.63	199.2	58.9	42.8
A9	18.92	194.4	49	46
A10	15.13	146.6	32.6	28.3

>TRINITY_DN116642_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

TCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGACAGTAACGACCCTTCCCTGCAGCATGAAG
CTCTTAAGTTTTAGTGTCTGCATCGGCTTATAAGGAGTTTTCTCGAAAATCAATTGTCCACTCAATCAGCTGTATCGAGTTGCCAATGCAGAAATTATGGAGTGAATGCTTTCTATTTCGAATACAACCTTACGAATGATTGTTGTAAACGGGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGT
GTACGGGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGC
TTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTG
TAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCACCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTG
AATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCG

>TRINITY_DN116642_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGGTGAGTTGCCTCCATCATAGAGATGTTGAG
TAGTGAGTGGAAAATGGATATACATTGAAATTCATAACTTCTGCTAATTTAATTGGTTCATTTGGAGCGGTTGGACCTCCAGACAGTAACGACCCTTCCCTGCAGCATGAAGCTCTTAAGTTTTAGTGTCTGCATCGGCTTATAAGGAGTTTTCTCGAAAATCAATTGTCCACTCAATCAGCTGTATCGAGTTGCCAATG
CAGAAATTATGGAGTGAATGCTTTCTATTTCGAATACAACCTTACGAATGATTGTTGTAAACGGgtagggatctactacaacattaattctcagaacatcagcgccaatttcttatggaggtctaatatcctctttttgtttatttgtatcaaatttgattcaatttcaaccaacctggtaagcagtattgaattatttc
tatggctgcaactgtaactgcaacaactgtgttgcatgtttaatttaacagaattgctgtggatacaatttttatcatagaaacccagtgtatttcctgtattcatctgagttggaaatataatccaaattagggtgtgcatcatttgcttctgcctctagttatgggatgagtgaccagcgaccaccaatttttgtctg
tttataacctttgtaccagctgaatgatttattggtccgttagaaaaatcaataactatatttccagcctcactgacccataaagacttgttcctttttcaaccggggacatggaaaattttaggtctgcatataattccggaagtgtaggaacctttgtgaatctttgaatttggtaaatgtcaactatacgatttggt
gatacttatataaaattgtttaaaattacgaggattttacatattttggtgatttttaaaagaatttttttttattccatacaaatttggatgaatattaattttgtattggtaaatctctttgggaaaaaaatgaagaaaattaggtaaacgtggaatattggcccctattttttttggtgactggggtctatattttc
ctataggcattacttttttggtttgtggttaatgcttcttggacatttgcattatgtatgcagGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGGTTAGTATACTTACTGGAGCTCACACACATGCTTGTCATGCCACTAATAATGTGCTTGATTTACTTTCCTGCAAATTGTATG
TGCTGGTGATTTGTTGAAAAGTGTGGTGCTTGCTGCATCATTTTATTTCTATTAATAAAATGGTAATTGCCCTATGCTTTTCTATTTCAGTGGAGGGAAGAATTTCAAATAGGTGCGTATTAAAACATGTATGGCCATTTCTAATTTTTTAGTATTACAGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAG
CCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAAT
ATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGA
ACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCACCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGT
GTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCG

Intron 2 GTAGGGATCT ... ATGTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.93	53.5	35	37.8
A2	18.84	48	22	13.3
A3	35.28	32.8	16	19
A4	47.03	21	27	16.5
A5	33.29	16.8	6	8.5
A6	19.04	242.8	50.9	77
A7	13.62	195	80	50.3
A8	21.13	199	58.8	66.3
A9	23.7	192.3	49	71
A10	19.38	147.8	32.8	47.5

>TRINITY_DN43325_c0_g1_i10 from sample A7 / Example spliced isoform

CATGAAGCTCTTAAGTTTTAGTGTCTGCATCGGCTTATAAGGAGTTTTCTCGAAAATCAATTGTCCACTCAATCAGCTGTATCGAGTTGCCAATGCAGAAATTATGGAGTGAATGCTTTCTATTTCGAATACAACCTTACGAATGATTGTTGTAAACGGGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTA
CCTTGGTGTACGGGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGAT
AGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCTTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTT
GTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCGCCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGC
ATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCAAATTTTGATTTTGTGATAAATCAAAGAAAAGCATCTAATTCTGGGTTTATGGGCAGG

>TRINITY_DN43325_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AAATACCCTTCTTAAGTCCATTTCATGTGTCCACGCCCTTATAAGTAGGGCCTAACTCCACTCTTGAAAGGCCAGTGCCAATTGCCCAATCTCCCTCTCTTTCTCAAAACGAAACAACTACATTAAACAAGATTAGCGGAAGAAGTTGCAGAGGGTTTGAAGAAAATACAAACACTGAAATAGACCTGTCGGGATTCGAA
AGCGGAGCCTCTCAACCAACGAATACGACTGGCAATGGCGGATACTCCTAGACGAAGATATTCACGCTCTCCTTCACCTAGACGCAGATATGTGCGATCTCGCTCTTATTCTAGGTCGGCATCTCAGTCTCGATCCCCATCTCGGTCTCGTAGTCCTGTGAGGAGGGGTATTTCTTCGAGGGATGATGTGAATAACCCTG
GAAACAACTTATATGTCACTGGACTCTCAGCTCGTGTTGTAGAGGCTGATCTCGAAGAACTCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACA
CTTGAAGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGACAGTAACGACCCTTCCCTGCAGCATGAAGCTCTTAAGTTTTAGTGTCTGCATCGGCTTATAAGGAGTTTTCTCGAAAATCAATTGTCCACTCAATCAGCTGTATCGAGTTGCCAATGCAGAAATTATGGAGTGAATGCTTTCTATTTCGAATACAACCTTACGAATGAT
TGTTGTAAACGGgtagggatctactacaacattaattctcagaacagcagcgccaatttcttatggaggtctaatatcctctttttgtttatttgtatcaaatttgattcaatttcaaccaacctggtaagcaggtattgaattatttctatggctgcaactgtaactgcaacaactgtgttgcatgtttaatttaacag
aattgctgtggatacaatttttatcatagaaacccagtgtatttcctgtattcacctgagttggaaatataatccaaattagggtgtgcatcatttgcttctgcctctagttatgggatgagtgaccagcgaccaccaatttttgtctgtttataacctttgtaccagctgaatgatttattcgtccgttagaaaaatca
ataactatatttccagcctcactgacccataaagacttgttcctttttcaaccggggacatggaaaattttaggtctgcatataattccggaagtgtaggaacctttgtgaatctttgaatttggtaaatgtcaactatacgatttggtgatacttatataaaatttgtttaaaattacgaggattttacatattttggt
gatttttaaaagaatttttttttattccatacaaatttggatgaatattaattttgtattggtaaatctctttgggaaaaaaatgaagaaaattaggtaaacgtggaatattggcccctattttttttggtgactggggtctatattttcctataggcattacttttttggtttgtggttaatgcttcttggacatttgc
attatgtatgcagGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGGTTAGTATACTTACTGGAGCTCACACACATGCTTGTCATGCCACTAATAATGTGCTTGATTTACTTTCCTGCAAATTGTATGTGCTGGTGATTTGTTGAAAAGTGTGGTGCTTGCTGCATCATTTTATTTCT
ATTAATAAAATGGTAATTGCCCTATGCTTTTCTATTTCAGTGGAGGGAAGAATTTCAAATAGGTGCGTATTAAAACATGTATGGCCATTTCTAATTTTTTAGTATTACAGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAG
AACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGA
TTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCTTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCGCCACGAAAATGTCCTGAATTTCTA
ATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTT

Intron 3 GTTATTCATG ... CATGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.26	34	6	42
A2	55.71	31	6	39
A3	52.94	48	8	54
A4	54.88	37	6	45
A5	57.14	21	1	28
A6	55.2	155	0	191
A7	54.42	129	4	154
A8	52.59	64	4	71
A9	52.52	160	2	177
A10	51.26	135	0	142

>TRINITY_DN110319_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoform

TAGACGAAGGCGAGATGTGTCACCATTCCTGTTTGATAATGTGGCTTTAGTAATATTCACGCTCTCCTTCACCTAGACGCAGATATGTGCGATCTCGCTCTTATTCTAGGTCGGCATCTCAGTCTCGATCCCCATCTCGGTCTCGTAGTCCTGTGAGGAGGGGTATTTCTTCGAGGGATGATGTGAATAACCCTGGAAAC
AACTTATATGTCACTGGACTCTCAGCTCGTGTTGTAGAGGCTGATCTCGAAGAACTCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGA
AGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTT
ATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATAT
GATATCGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCACCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACAT
TTTCCACTGCATATTGTAGTTCTTGGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTA

>TRINITY_DN110319_c0_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TAGACGAAGGCGAGATGTGTCACCATTCCTGTTTGATAATGTGGCTTTAGTAgttattcatgttttcaaaccacatcttattgccattgaaaataaacttgtattttatgaaggacataaggatgctttgggaatgcgcatattctgctttgttgaaatcacaattctgcagttataaaaagtaattttattgctggaca
tgctgcagATATTCACGCTCTCCTTCGCCTAGGCGCAGATATGTGCGATCTCGCTCTTATTCTAGGTCGGCATCTCAGTCTCGATCCCCATCTCGGTCTCGTAGTCCTGTGAGGAGGGGTATTTCTTCGAGGGATGATGTGAATAACCCTGGAAACAACTTATATGTCACTGGACTCTCAGCTCGTGTTGTAGAGGCTGA
TCTCGAAGAACTCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGGCAAAGCGAAAGCGAGCAA
GGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCA
GAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAA
ATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCACCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTCCACTGCATATTGTAGTTCTTGGTGATATTTGTGCAGTAAA
TATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTA

Intron 4 GTTAGTATAC ... TCTATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.75	29.4	24.7	19
A2	47.84	19.6	12.3	18
A3	41.92	32.5	10.6	31
A4	27.35	24	7.8	5
A5	39.44	20.5	4.1	21
A6	21.61	173.4	29	56
A7	12.22	148.6	13.6	22
A8	19.85	134.1	25.2	34
A9	26.43	122.3	30.9	44
A10	21.36	119.3	16.2	44

>TRINITY_DN116642_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGGTGAGTTGCCTCCATCATAGAGATGTTGAG
TAGTGAGTGGAAAATGGATATACATTGAAATTCATAACTTCTGCTAATTTAATTGGTTCATTTGGAGCGGTTGGACCTCCAGACAGTAACGACCCTTCCCTGCAGCATGAAGCTCTTAAGTTTTAGTGTCTGCATCGGCTTATAAGGAGTTTTCTCGAAAATCAATTGTCCACTCAATCAGCTGTATCGAGTTGCCAATG
CAGAAATTATGGAGTGAATGCTTTCTATTTCGAATACAACCTTACGAATGATTGTTGTAAACGGGTAGGGATCTACTACAACATTAATTCTCAGAACATCAGCGCCAATTTCTTATGGAGGTCTAATATCCTCTTTTTGTTTATTTGTATCAAATTTGATTCAATTTCAACCAACCTGGTAAGCAGTATTGAATTATTTC
TATGGCTGCAACTGTAACTGCAACAACTGTGTTGCATGTTTAATTTAACAGAATTGCTGTGGATACAATTTTTATCATAGAAACCCAGTGTATTTCCTGTATTCATCTGAGTTGGAAATATAATCCAAATTAGGGTGTGCATCATTTGCTTCTGCCTCTAGTTATGGGATGAGTGACCAGCGACCACCAATTTTTGTCTG
TTTATAACCTTTGTACCAGCTGAATGATTTATTGGTCCGTTAGAAAAATCAATAACTATATTTCCAGCCTCACTGACCCATAAAGACTTGTTCCTTTTTCAACCGGGGACATGGAAAATTTTAGGTCTGCATATAATTCCGGAAGTGTAGGAACCTTTGTGAATCTTTGAATTTGGTAAATGTCAACTATACGATTTGGT
GATACTTATATAAAATTTGTTTAAAATTACGAGGATTTTACATATTTTGGTGATTTTTAAAAGAATTTTTTTTTATTCCATACAAATTTGGATGAATATTAATTTTGTATTGGTAAATCTCTTTGGGAAAAAAATGAAGAAAATTAGGTAAACGTGGAATATTGGCCCCTATTTTTTTTGGTGACTGGGGTCTATATTTT
CCTATAGGCATTACTTTTTTGGTTTGTGGTTAATGCTTCTTGGACATTTGCATTATGTATGCAGGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGTGGAGGGAAGAATTTCAAATAGGTGCGTATTAAAACATGTATGGCCATTTCTAATTTTTTAGTATTACAGCTACTGTTCGG
CCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTA
GAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAA
AGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCACCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGT
AATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCG

>TRINITY_DN116642_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGGTGAGTTGCCTCCATCATAGAGATGTTGAG
TAGTGAGTGGAAAATGGATATACATTGAAATTCATAACTTCTGCTAATTTAATTGGTTCATTTGGAGCGGTTGGACCTCCAGACAGTAACGACCCTTCCCTGCAGCATGAAGCTCTTAAGTTTTAGTGTCTGCATCGGCTTATAAGGAGTTTTCTCGAAAATCAATTGTCCACTCAATCAGCTGTATCGAGTTGCCAATG
CAGAAATTATGGAGTGAATGCTTTCTATTTCGAATACAACCTTACGAATGATTGTTGTAAACGGGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGgttagtatacttactggagctcacacacatgcttgtcatgccactaataatgtgcttgatttactttcctgcaaattgtat
gtgctggtgatttgttgaaaagtgtggtgcttgctgcatcattttatttctattaataaaatggtaattgccctatgcttttctatttcagTGGAGGGAAGAATTTCAAATAGGTGCGTATTAAAACATGTATGGCCATTTCTAATTTTTTAGTATTACAGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACA
GCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAA
TATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTG
AACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCACCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGG
TGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCG

Intron 5 GTGAGTTGCC ... ATGTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.41	140.7	69	34.8
A2	35.93	115.5	64	10.5
A3	34.62	154.2	80.7	16
A4	36.5	114.2	65	14.3
A5	32.06	49.7	23	7
A6	27.52	777	290	58
A7	27.18	609	223.3	35.2
A8	29.9	535.5	225.3	52.2
A9	26.25	596.2	207.3	56
A10	32.73	478.5	229.7	36

>TRINITY_DN116642_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

TCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACA
CCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGC
CTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCA
AGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCACCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCC
TAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCG

>TRINITY_DN116642_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGgtgagttgcctccatcatagagatgttgag
tagtgagtggaaaatggatatacattgaaattcataacttctgctaatttaattggttcatttggagcggttggacctccagacagtaacgacccttccctgcagcatgaagctcttaagttttagtgtctgcatcggcttataaggagttttctcgaaaatcaattgtccactcaatcagctgtatcgagttgccaatg
cagaaattatggagtgaatgctttctatttcgaatacaaccttacgaatgattgttgtaaacgggtagggatctactacaacattaattctcagaacatcagcgccaatttcttatggaggtctaatatcctctttttgtttatttgtatcaaatttgattcaatttcaaccaacctggtaagcagtattgaattatttc
tatggctgcaactgtaactgcaacaactgtgttgcatgtttaatttaacagaattgctgtggatacaatttttatcatagaaacccagtgtatttcctgtattcatctgagttggaaatataatccaaattagggtgtgcatcatttgcttctgcctctagttatgggatgagtgaccagcgaccaccaatttttgtctg
tttataacctttgtaccagctgaatgatttattggtccgttagaaaaatcaataactatatttccagcctcactgacccataaagacttgttcctttttcaaccggggacatggaaaattttaggtctgcatataattccggaagtgtaggaacctttgtgaatctttgaatttggtaaatgtcaactatacgatttggt
gatacttatataaaattgtttaaaattacgaggattttacatattttggtgatttttaaaagaatttttttttattccatacaaatttggatgaatattaattttgtattggtaaatctctttgggaaaaaaatgaagaaaattaggtaaacgtggaatattggcccctattttttttggtgactggggtctatattttc
ctataggcattacttttttggtttgtggttaatgcttcttggacatttgcattatgtatgcagGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGGTTAGTATACTTACTGGAGCTCACACACATGCTTGTCATGCCACTAATAATGTGCTTGATTTACTTTCCTGCAAATTGTATG
TGCTGGTGATTTGTTGAAAAGTGTGGTGCTTGCTGCATCATTTTATTTCTATTAATAAAATGGTAATTGCCCTATGCTTTTCTATTTCAGTGGAGGGAAGAATTTCAAATAGGTGCGTATTAAAACATGTATGGCCATTTCTAATTTTTTAGTATTACAGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAG
CCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAAT
ATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGA
ACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCACCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGT
GTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCG

Intron 6 GTGAGTTGCC ... ATGTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.05	121.8	69	17.8
A2	38.97	102.5	64	3.5
A3	37.55	137.8	81	8.8
A4	39.31	102.3	65	9
A5	35.85	42.8	23	2.8
A6	30.73	676.5	290	29.5
A7	30.46	529.8	224	12.8
A8	32.99	470.3	225	29.3
A9	29.68	512.3	207	26.5
A10	36.17	418	230	17.8

>TRINITY_DN116642_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

TCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACA
CCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGC
CTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCA
AGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCACCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCC
TAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCG

>TRINITY_DN116642_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGgtgagttgcctccatcatagagatgttgag
tagtgagtggaaaatggatatacattgaaattcataacttctgctaatttaattggttcatttggagcggttggacctccagacagtaacgacccttccctgcagcatgaagctcttaagttttagtgtctgcatcggcttataaggagttttctcgaaaatcaattgtccactcaatcagctgtatcgagttgccaatg
cagaaattatggagtgaatgctttctatttcgaatacaaccttacgaatgattgttgtaaacgggtagggatctactacaacattaattctcagaacatcagcgccaatttcttatggaggtctaatatcctctttttgtttatttgtatcaaatttgattcaatttcaaccaacctggtaagcagtattgaattatttc
tatggctgcaactgtaactgcaacaactgtgttgcatgtttaatttaacagaattgctgtggatacaatttttatcatagaaacccagtgtatttcctgtattcatctgagttggaaatataatccaaattagggtgtgcatcatttgcttctgcctctagttatgggatgagtgaccagcgaccaccaatttttgtctg
tttataacctttgtaccagctgaatgatttattggtccgttagaaaaatcaataactatatttccagcctcactgacccataaagacttgttcctttttcaaccggggacatggaaaattttaggtctgcatataattccggaagtgtaggaacctttgtgaatctttgaatttggtaaatgtcaactatacgatttggt
gatacttatataaaatttgtttaaaattacgaggattttacatattttggtgatttttaaaagaatttttttttattccatacaaatttggatgaatattaattttgtattggtaaatctctttgggaaaaaaatgaagaaaattaggtaaacgtggaatattggcccctattttttttggtgactggggtctatatttt
cctataggcattacttttttggtttgtggttaatgcttcttggacatttgcattatgtatgcagGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGTGGAGGGAAGAATTTCAAATAGGTGCGTATTAAAACATGTATGGCCATTTCTAATTTTTTAGTATTACAGCTACTGTTCGG
CCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTA
GAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAA
AGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCACCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGT
AATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCG

Intron 7 GTGAGTTGCC ... ATGTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.57	151	69	64
A2	29.48	122	64	38
A3	27.75	164	80	46
A4	29.62	120	65	36
A5	29.8	53	23	22
A6	24.63	823	290	248
A7	24.15	647	226	186
A8	26.92	566	224	193
A9	24.44	637	206	206
A10	27.35	506	230	151

>TRINITY_DN42359_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

CTCCACTCTTGAAAGGCCAGTGCCAATTGCCCAATCTCCCTCTCTTTCTCAAAACGAAACAAGTATATTCAACAAGATTAGCGGAAGAAGTTGCAGAGGGTTTGAAGAAAATACAAACACTGAAATAGACCTGTCGGGATTCGAAAGCGGAGCCTCTCAACCAACGAATACGACTGGCAATGGCGGATACTCCTAGACGA
AGATATTCACGCTCTCCTTCGCCTAGGCGCAGATATGTGCGATCTCGCTCTTATTCTAGGTCGGCATCTCAGTCTCGATCCCCATCTCGGTCTCGTAGTCCTGTGAGGAGGGGTATTTCTTCGAGGGATGATGTGAATAACCCTGGAAACAACTTATATGTCACTGGACTCTCAGCTCGTGTTGTAGAGGCTGATCTCGA
AGAACTCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTCGAGAAGGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACAC
CAACACCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATAT
TCAGCCTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCTTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCT
GACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCGCCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGA
TCTCCTAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCAAATTTTGATTTTGTGATAAATCAAAGAAAAGCATCTAATTCTGGGTTTATGGGCAGGACGGGT
GTACTTAACAAATTATTTAACAAAATGGGAATTTCAGATATATTTATTGTGGACGATATGAATCTTTTAGGTTATATATTTCAAAGTATCTCTCGTAAATGTGTAACTGAGAAAGATTGCATTTTTCTACGATAAAAATAG

>TRINITY_DN42359_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTCCACTCTTGAAAGGCCAGTGCCAATTGCCCAATCTCCCTCTCTTTCTCAAAACGAAACAAGTATATTCAACAAGATTAGCGGAAGAAGTTGCAGAGGGTTTGAAGAAAATACAAACACTGAAATAGACCTGTCGGGATTCGAAAGCGGAGCCTCTCAACCAACGAATACGACTGGCAATGGCGGATACTCCTAGACGA
AGATATTCACGCTCTCCTTCGCCTAGGCGCAGATATGTGCGATCTCGCTCTTATTCTAGGTCGGCATCTCAGTCTCGATCCCCATCTCGGTCTCGTAGTCCTGTGAGGAGGGGTATTTCTTCGAGGGATGATGTGAATAACCCTGGAAACAACTTATATGTCACTGGACTCTCAGCTCGTGTTGTAGAGGCTGATCTCGA
AGAACTCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTCGAGAAGgtgagttgcctccatcatagagatg
ttgagtagtgaatggaaaatggatataaattgaaattcataacttctgctaatttaattggttcatttggagcggttggacctccagacagtaacgacccttccctgcagcatgaagctcttaagttttattgtctgcatcggcttataaggagttttctcgaaaatcaattgtccactcaatcagctgtatcgagttgc
caatgcagaaattatggagtgaatgctttctatttcgaatacaaccttacgaatgattgttgtaaacgggtagggatctactacaacattaattctcagaacatcagcgccaatttcttatggaggtctaatatcctctttttgtttatttgtatcaaatttgattcaatttcaaccaacctggtaagcaggtattgaat
tatttctatggctgcaactgtaactgcaacaactgtgttgcatgtttaatttaacagaattgctgtggatacaatttttatcatagaaacccagtgtatttcctgtattcacctgagttggaaatataatccaaattagggtgtgcatcatttgcttctgcctctagttatgggatgagtgaccagcgaccaccaatttt
tgtctgtttataacctttgtaccagctgaatgatttattggtccgttagaaaaatcaataactatatttccagcctcactgacccataaagacttgttcctttttcaactggggacatggaaaattttagctctgcatataattccggaagtgtaggaacctttgtgaatctttgaattttttaaatgtcaactatacga
tttggtgatacttatataaaatttgtttaaaattacgaggattttacatattttggtgatttttaaaagaattttttttattccatacaaatttggatgaatattaattttgtattggtaaatctctttgggaaaaaaatgaagaaaattaggtaaacgtggaatattggcccccattttttttggtgactggggtctat
attttcctataggcattacttttttggtttgtggttaatgcttcttggacatttgcattatgtatgcagGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATA
TCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTG
AAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCTTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCGCCACGAAAAT
GTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAA
ATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCAAATTTTGATTTTGTGATAAATCAAAGAAAAGCATCTAATTCTGGGTTTATGGGCAGGACGGGTGTACTTAACAAATTATTTAACAAAATGGGAATTTCAGATATATTTATTGTGGACGATATGAATCTTTTAGGTTATATATTTCAAAGTATCTCTCGTAAATGTGTAA
CTGAGAAAGATTGCATTTTTCTACGATAAAAATAG

Intron 8 GTGAGTTGCC ... GGACCTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.07	74.5	69	38
A2	53.54	55.5	64	7
A3	49.23	83.5	80.9	33
A4	54.14	55.1	65	23
A5	49.43	23.5	23	7
A6	45.85	342.5	290	30
A7	48.25	240.1	223.8	30.3
A8	47.76	246.2	225.1	27.3
A9	46.12	241.9	207.1	23.3
A10	46.61	263.4	229.9	19.3

>TRINITY_DN116642_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

TCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGACAGTAACGACCCTTCCCTGCAGCATGAAG
CTCTTAAGTTTTAGTGTCTGCATCGGCTTATAAGGAGTTTTCTCGAAAATCAATTGTCCACTCAATCAGCTGTATCGAGTTGCCAATGCAGAAATTATGGAGTGAATGCTTTCTATTTCGAATACAACCTTACGAATGATTGTTGTAAACGGGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGT
GTACGGGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGC
TTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTG
TAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCACCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTG
AATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCG

>TRINITY_DN116642_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGgtgagttgcctccatcatagagatgttgag
tagtgagtggaaaatggatatacattgaaattcataacttctgctaatttaattggttcatttggagcggttggacctccagACAGTAACGACCCTTCCCTGCAGCATGAAGCTCTTAAGTTTTAGTGTCTGCATCGGCTTATAAGGAGTTTTCTCGAAAATCAATTGTCCACTCAATCAGCTGTATCGAGTTGCCAATG
CAGAAATTATGGAGTGAATGCTTTCTATTTCGAATACAACCTTACGAATGATTGTTGTAAACGGGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGGTTAGTATACTTACTGGAGCTCACACACATGCTTGTCATGCCACTAATAATGTGCTTGATTTACTTTCCTGCAAATTGTAT
GTGCTGGTGATTTGTTGAAAAGTGTGGTGCTTGCTGCATCATTTTATTTCTATTAATAAAATGGTAATTGCCCTATGCTTTTCTATTTCAGTGGAGGGAAGAATTTCAAATAGGTGCGTATTAAAACATGTATGGCCATTTCTAATTTTTTAGTATTACAGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACA
GCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAA
TATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTG
AACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCACCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGG
TGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCG

Intron 9 GTAAAGAATT ... TTTGTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.29	135	20	25
A2	23.08	145	47	40
A3	16.77	196	33	46
A4	15.2	173	40	22
A5	15.07	93	19	14
A6	16.32	736	117	170
A7	18.09	754	139	194
A8	15.31	451	67	96
A9	14.88	681	112	126
A10	16.06	596	93	135

>TRINITY_DN99608_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

CCAATTGCCCAATCTCCCTCTCTTTCTCAAAACGAAACAAGTATATTCAACAAGATTAGCGGAAGAAGTTGCAGAGGGTTTGAAGAAAATACAAACACTGAAATAGACCTGTCGGGATTCGAAAGCGGAGCCTCTCAACCAACGAATACGACTGGCAATGGCGGATACTCCTAGACGAAGATATTCACGCTCTCCTTCGC
CTAGGCGCAGATATGTGCGATCTCGCTCTTATTCTAGGTCGGCATCTCAGTCTCGATCCCCATCTCGGTCTCGTAGTCCTGTGAGGAGGGGTATTTCTTCGAGGGATGATGTGAATAACCCTGGAAACAACTTATATGTCACTGGACTCTCAGCTCGTGTTGTAGAGGCTGATCTCGAAGAACTCTTTTCCCAAGAAGGC
AAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTCGAGAAGGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGG
TGTACGGGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTG
CTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCTTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTT
GTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCGCCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGT
GAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCAAATTTTGATTTTGTGATAAATCAAAGAAAAGCATCTAATTCTGGGTTTATGGGCA

>TRINITY_DN99608_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CCAATTGCCCAATCTCCCTCTCTTTCTCAAAACGAAACAAGTATATTCAACAAGATTAGCGGAAGAAGTTGCAGAGGGTTTGAAGAAAATACAAACACTGAAATAGACCTGTCGGGATTCGAAAGCGGAGCCTCTCAACCAACGAATACGACTGGCAATGGCGGATACTCCTAGACGAAGATATTCACGCTCTCCTTCGC
CTAGGCGCAGATATGTGCGATCTCGCTCTTATTCTAGGTCGGCATCTCAGTCTCGATCCCCATCTCGGTCTCGTAGTCCTGTGAGGAGGGGTATTTCTTCGAGGGATGATGTGAATAACCCTGGAAACAACTTATATGTCACTGGACTCTCAGCTCGTGTTGTAGAGGCTGATCTCGAAGAACTCTTTTCCCAAGAAGGC
AAGgtaaagaattcacgacataacacaattaagtattttagcattttttgatatagctcgtctctcagaaataacaagaataacacgttatcaatttttgttgtggactgaatatgggatttacaagttccaattgatcaaaatttgaacatgttctttgattggatatggatgctgttagtatatatgtttgcaagtgg
aatattctgtcataattgggctcatgatgctcataagcatggacatgtcttcttgaagagggtgttttttctgacttttgtcaaaaacagctcagggaatggtaaggcatgcttgaattttgcatctttgatgaactagttgcttatcccataagaggcatttatgatttatcagtaagtcagagcatttctatgatcga
gggaggaaacttagaaaattgatgatggaaataactcaagcagtatgatttatcagtttagatgggagagcattatatgcttgaaggatgaaacttgggaagttaaatgatgtcaataactggaatgctatatatgtaaaatctccagggtgctattgctaatgtcaaattagggttagcaagattttgcagtcgatttc
tttagaactttgtcaatcggatttgtaaatgtccatcaaataaccacaaaagtaggtcgatgggactaacaggtacacccagtgtaaatacaatgtgggacttatattccacataccgagagtttggccatattgaatcattcaatttctccataatgcacaccagattttggccaatatattctgatggttgctatttt
cttttgcttttgactatgctatgctatattgattaggtccaacagccattctgccttttacaaagttttagcttttaatcctatggaatttttgattgtatgtcatactgcttagttgctgatttgactgttgataaggattgtagcattggtagtttgtttcttgtcgtccgaacaatttagggaatttatgttttgcc
ctaatggtattttgcagctactgaaggattcgattaggtttgttattcgaaatcagtagatacacagttttgtccatgctgcagaagcactgatattgcgtaaacagttaaactgtccttgctaacgagttgtttctatttcaatcatgactatatattatttaccaaacttatagtaaacgtcacttgttccagagaaa
ttattaggttgtcaagaagtgaggtgcttcctaaagtgtcccttgaaggatttggaagtgtctaaagattccactcatttatttagtctatttttattgtcttcccttcaatgtctctgtctcatacatacacatacacatggtaattgatttcctatatatgccgatattttgtattactgtctattttatgggttcaa
cactctttgtgacagGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGGTGAGTTGCCTCCATCATAGAGATGTTGAGTAGTG
AGTGGAAAATGGATATACATTGAAATTCATAACTTCTGCTAATTTAATTGGTTCATTTGGAGCGGTTGGACCTCCAGACAGTAACGACCCTTCCCTGCAGCATGAAGCTCTTAAGTTTTATTGTCTGCATCGGCTTATAAGGAGTTTTCTCGAAAATCAATTGTCCACTCAATCAGCTGTATCGAGTTGCCAATGCAGAA
ATTATGGAGTGAATGCTTTCTATTTCGAATACAACCTTACGAATGATTGTTGTAAACGGGTAGGGATCTACTACAACATTAATTCTCAGAACATCAGCGCCAATTTCTTATGGAGGTCTAATATCCTCTTTTTGTTTATTTGTATCAAATTTGATTCAATTTCAACCAACCTGGTAAGCAGTATTGAATTATTTCTATGG
CTGCAACTGTAACTGCAACAACTGTGTTGCATGTTTAATTTAACAGAATTGCTGTGGATACAATTTTTATCATAGAAACCCAGTGTATTTCCTGTATTCACCTGAGTTGGAAATATAATCCAAATTAGGGTGTGCATCATTTGCTTCTGCCTCTAGTTATGGGATGAGTGACCAGCGACCACCAATTTTTGTCTGTTTAT
AACCTTTGTACCAGCTGAATGATTTATTGGTCCGTTAGAAAAATCAATAACTATATTTCCAGCCTCACTGACCCATAAAGACTTGTTCCTTTTTCAACCGGGGACATGGAAAATTTTAGGTCTGCATATAATTCCGGAAGTGTAGGAACCTTTGTGAATCTTTGAATTTGGTAAATGTCAACTATACGATTTGGTGATAC
TTATATAAAATTTGTTTAAAATTACGAGGATTTTACATATTTTGGTGATTTTTAAAAGAATTTTTTTTTATTCCATACAAATTTGGATGAATATTAAT

Intron 10 GTGAGTTGCC ... TTCCCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.59	76	69	40
A2	52.89	57	64	8
A3	46.89	90.6	80	34
A4	53.72	56	65	23
A5	41.82	32	23	16
A6	45.68	344.8	290	51
A7	48.27	242.2	226	40.4
A8	47.88	243.8	224	40.4
A9	47.62	226.6	206	33.4
A10	46.84	261	230	33.4

>TRINITY_DN108664_c1_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

GGCATCTCTTCTAGTTTGACTTGGCTAAATAAGAGGCAAATACCCTTCTTAAGTCCATTTCATGTGTCCACGCCCTTATAAGTAGGGCCTAACTCCACTCTTGAAAGGCCAGTGCCAATTGCCCAATCTCCCTCTCTTTCTCAAAACGAAACAAGTATATTCAACAAGATTAGCGGAAGAAGTTGCAGAGGGTTTGAAGA
AAATACAAACACTGAAATAGACCTGTCGGGATTCGAAAGCGGAGCCTCTCAACCAACGAATACGACTGGCAATGGCGGATACTCCTAGACGAAGATATTCACGCTCTCCTTCGCCTAGGCGCAGATATGTGCGATCTCGCTCTTATTCTAGGTCGGCATCTCAGTCTCGATCCCCATCTCGGTCTCGTAGTCCTGTGAGG
AGGGGTATTTCTTCGAGGGATGATGTGAATAACCCTGGAAACAACTTATATGTCACTGGACTCTCAGCTCGTGTTGTAGAGGCTGATCTCGAAGAACTCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAA
TGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTCGAGAAGCATGAAGCTCTTAAGTTTTATTGTCTGCATCGGCTTATAAGGAGTTTTCTCGAAAATCAATTGTCCACTCAATCAGCTGTATCGAGTTGCCAATGCAGAAATTATGGAGTGAATGCTTTCTATTTCGAATACA
ACCTTACGAATGATTGTTGTAAACGGGTAGGGATCTACTACAACATTAATTCTCAGAACAGCAGCGCCAATTTCTTATGGAGGTCTAATATCCTCTTTTTGTTTATTTGTATCAAATTTGATTCAATTTCAACCAACCTGGTAAGCAGTATTGAATTATTTCTATGGCTGCAACTGTAACTGCAACAACTGTGTTGCATG
TTTAATTTAACAGAATTGCTGTGGATACAATTTTTATCATAGAAACCCAGTGTATTTCCTGTATTCACCTGAGTTGGAAATATAATCCAAATTAGGGTGTGCATCATTTGCTTCTGCCTCTAGTTATGGGATGAGTGACCAGCGACCACCAATTTTTGTCTGTTTATAACCTTTGTACCAGCTGAATGATTTATTCGTCC
GTTAGAAAAATCAATAACTATATTTCCAGCCTCACTGACCCATAAAGACTTGTTCCTTTTTCAACCGGGGACATGGAAAATTTTAGGTCTGCATATAATTCCGGAAGTGTAGGAACCTTTGTGAATCTTTGAATTTGGTAAATGTCAACTATACGATTTGGTGATACTTATATAAAATTTGTTTAAAATTACGAGGATTT
TACATATTTTGGTGATTTTTAAAAGAATTTTTTTTTATTCCATACAAATTTGGATGAATATTAATTTTGTATTGGTAAATCTCTTTGGGAAAAAAATGAAGAAAATTAGGTAAACGTGGAATATTGGCCCCCATTTTTTTTGGTGACTGGGGTCTATATTTTCCTATAGGCATTACTTTTTTGGTTTGTGGTTAATGCTT
CTTGGACATTTGCATTATGTATGCAGGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGGTTAGTATACTTACTGGAGCTCACACACATGCTTGTCATGCCACTAATAATGTGCTTGATTTACTTTCCTGCAAATTGTATGTGCTGGTGATTTGTTGAAAAGTGTGGTGCTTGCTGCA
TCATTTTATTTCTATTAATAAAATGGTAATTGCCCTATGCTTTTCTATTTCAGTGGAGGGAAGAATTTCAAATAGGTGCGTATTAAAACATGTATGGCCATTTCTAATTTTTTAGTATTACAGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATAT
CGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGA
AGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCGCCACGAAAATG
TCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTCCACTGCATATTGTAGTTCTTGGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGCG

>TRINITY_DN108664_c1_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GGCATCTCTTCTAGTTTGACTTGGCTAAATAAGAGGCAAATACCCTTCTTAAGTCCATTTCATGTGTCCACGCCCTTATAAGTAGGGCCTAACTCCACTCTTGAAAGGCCAGTGCCAATTGCCCAATCTCCCTCTCTTTCTCAAAACGAAACAAGTATATTCAACAAGATTAGCGGAAGAAGTTGCAGAGGGTTTGAAGA
AAATACAAACACTGAAATAGACCTGTCGGGATTCGAAAGCGGAGCCTCTCAACCAACGAATACGACTGGCAATGGCGGATACTCCTAGACGAAGATATTCACGCTCTCCTTCGCCTAGGCGCAGATATGTGCGATCTCGCTCTTATTCTAGGTCGGCATCTCAGTCTCGATCCCCATCTCGGTCTCGTAGTCCTGTGAGG
AGGGGTATTTCTTCGAGGGATGATGTGAATAACCCTGGAAACAACTTATATGTCACTGGACTCTCAGCTCGTGTTGTAGAGGCTGATCTCGAAGAACTCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAA
TGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTCGAGAAGgtgagttgcctccatcatagagatgttgagtagtgaatggaaaatggatataaattgaaattcataacttctgctaatttaattggttcatttggagcggttggacctccagacagtaacgacccttccctgc
agCATGAAGCTCTTAAGTTTTATTGTCTGCATCGGCTTATAAGGAGTTTTCTCGAAAATCAATTGTCCACTCAATCAGCTGTATCGAGTTGCCAATGCAGAAATTATGGAGTGAATGCTTTCTATTTCGAATACAACCTTACGAATGATTGTTGTAAACGGGTAGGGATCTACTACAACATTAATTCTCAGAACAGCAGC
GCCAATTTCTTATGGAGGTCTAATATCCTCTTTTTGTTTATTTGTATCAAATTTGATTCAATTTCAACCAACCTGGTAAGCAGTATTGAATTATTTCTATGGCTGCAACTGTAACTGCAACAACTGTGTTGCATGTTTAATTTAACAGAATTGCTGTGGATACAATTTTTATCATAGAAACCCAGTGTATTTCCTGTATT
CACCTGAGTTGGAAATATAATCCAAATTAGGGTGTGCATCATTTGCTTCTGCCTCTAGTTATGGGATGAGTGACCAGCGACCACCAATTTTTGTCTGTTTATAACCTTTGTACCAGCTGAATGATTTATTCGTCCGTTAGAAAAATCAATAACTATATTTCCAGCCTCACTGACCCATAAAGACTTGTTCCTTTTTCAAC
CGGGGACATGGAAAATTTTAGGTCTGCATATAATTCCGGAAGTGTAGGAACCTTTGTGAATCTTTGAATTTGGTAAATGTCAACTATACGATTTGGTGATACTTATATAAAATTTGTTTAAAATTACGAGGATTTTACATATTTTGGTGATTTTTAAAAGAATTTTTTTTTATTCCATACAAATTTGGATGAATATTAAT
TTTGTATTGGTAAATCTCTTTGGGAAAAAAATGAAGAAAATTAGGTAAACGTGGAATATTGGCCCCCATTTTTTTTGGTGACTGGGGTCTATATTTTCCTATAGGCATTACTTTTTTGGTTTGTGGTTAATGCTTCTTGGACATTTGCATTATGTATGCAGGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCT
TACCTTGGTGTACGGGGTTAGTATACTTACTGGAGCTCACACACATGCTTGTCATGCCACTAATAATGTGCTTGATTTACTTTCCTGCAAATTGTATGTGCTGGTGATTTGTTGAAAAGTGTGGTGCTTGCTGCATCATTTTATTTCTATTAATAAAATGGTAATTGCCCTATGCTTTTCTATTTCAGTGGAGGGAAGAA
TTTCAAATAGGTGCGTATTAAAACATGTATGGCCATTTCTAATTTTTTAGTATTACAGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCG
CCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCGTTTTATCTTCAAGAC
ATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCGCCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTCCACTGCATATTGTAGTTC
TTGGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGCG

Intron 11 GTTAGTATAC ... AGTATTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.64	116.2	24.7	53
A2	28.13	92.9	12.3	36
A3	34.07	105.9	10.7	53
A4	32.93	74.2	7.9	35
A5	37.29	54.1	4.1	32
A6	29.55	593.9	29.2	244
A7	30.81	489.4	13.9	212
A8	30.31	473	25.5	203
A9	30.41	495.8	31.3	212
A10	32.29	356	16.4	167

>TRINITY_DN116642_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

TCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACA
CCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGC
CTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCA
AGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCACCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCC
TAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCG

>TRINITY_DN116642_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGGTGAGTTGCCTCCATCATAGAGATGTTGAG
TAGTGAGTGGAAAATGGATATACATTGAAATTCATAACTTCTGCTAATTTAATTGGTTCATTTGGAGCGGTTGGACCTCCAGACAGTAACGACCCTTCCCTGCAGCATGAAGCTCTTAAGTTTTAGTGTCTGCATCGGCTTATAAGGAGTTTTCTCGAAAATCAATTGTCCACTCAATCAGCTGTATCGAGTTGCCAATG
CAGAAATTATGGAGTGAATGCTTTCTATTTCGAATACAACCTTACGAATGATTGTTGTAAACGGGTAGGGATCTACTACAACATTAATTCTCAGAACATCAGCGCCAATTTCTTATGGAGGTCTAATATCCTCTTTTTGTTTATTTGTATCAAATTTGATTCAATTTCAACCAACCTGGTAAGCAGTATTGAATTATTTC
TATGGCTGCAACTGTAACTGCAACAACTGTGTTGCATGTTTAATTTAACAGAATTGCTGTGGATACAATTTTTATCATAGAAACCCAGTGTATTTCCTGTATTCATCTGAGTTGGAAATATAATCCAAATTAGGGTGTGCATCATTTGCTTCTGCCTCTAGTTATGGGATGAGTGACCAGCGACCACCAATTTTTGTCTG
TTTATAACCTTTGTACCAGCTGAATGATTTATTGGTCCGTTAGAAAAATCAATAACTATATTTCCAGCCTCACTGACCCATAAAGACTTGTTCCTTTTTCAACCGGGGACATGGAAAATTTTAGGTCTGCATATAATTCCGGAAGTGTAGGAACCTTTGTGAATCTTTGAATTTGGTAAATGTCAACTATACGATTTGGT
GATACTTATATAAAATTGTTTAAAATTACGAGGATTTTACATATTTTGGTGATTTTTAAAAGAATTTTTTTTTATTCCATACAAATTTGGATGAATATTAATTTTGTATTGGTAAATCTCTTTGGGAAAAAAATGAAGAAAATTAGGTAAACGTGGAATATTGGCCCCTATTTTTTTTGGTGACTGGGGTCTATATTTTC
CTATAGGCATTACTTTTTTGGTTTGTGGTTAATGCTTCTTGGACATTTGCATTATGTATGCAGGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGgttagtatacttactggagctcacacacatgcttgtcatgccactaataatgtgcttgatttactttcctgcaaattgtatg
tgctggtgatttgttgaaaagtgtggtgcttgctgcatcattttatttctattaataaaatggtaattgccctatgcttttctatttcagtggagggaagaatttcaaataggtgcgtattaaaacatgtatggccatttctaattttttagtattacagCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAG
CCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAAT
ATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGA
ACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCACCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGT
GTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCG

Intron 12 GTGAGTTGCC ... ATGTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.52	120	69	29
A2	38.97	102.5	64	5
A3	37.12	138.5	80	10
A4	39.23	102.5	65	10
A5	35.66	43	23	4
A6	30.56	680	290	20
A7	30.49	532.5	226	5
A8	32.66	474	224	24
A9	29.5	513.5	206	26
A10	35.84	422.5	230	13

>TRINITY_DN40056_c3_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTGCCCAATCTCCCTCTCTTTCTCAAAACGAAACAAGTATATTCAACAAGATTAGCGGAAGAAGTTGCAGAGGGTTTGAAGAAAATACAAACACTGAAATAGACCTGTCGGGATTCGAAAGCGGAGCCTCTCAACCAACGAATACGACTGGCAATGGCGGATACTCCTAGACGAAGATATTCACGCTCTCCTTCGCCTA
GGCGCAGATATGTGCGATCTCGCTCTTATTCTAGGTCGGCATCTCAGTCTCGATCCCCATCTCGGTCTCGTAGTCCTGTGAGGAGGGGTATTTCTTCGAGGGATGATGTGAATAACCCTGGAAACAACTTATATGTCACTGGACTCTCAGCTCGTGTTGTAGAGGCTGATCTCGAAGAACTCTTTTCCCAAGAAGGCAAG
GTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTCGAGAAGGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGTGT
ACGGGTGGAGGGAAGAATTTCAAATAGGTGCGTATTAAAACATGTATGGCCATTTCTAATTTTTTAGTATTACAGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTAC
TCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATAT
CGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCGCCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTCC
ACTGCATATTGTAGTTCTTGGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCAAATTTTGATTTTGTGAT
AAATCAAAGAAAAGCATCTAATTCTGGGTTTATGGGCAGGACGGGTGTACTTAACAAATTATTTAACAAAATGGGAATTTCAGATATATTTATTGTGGACGATATGAATTTTTTAGGTTATATATTTCATAGTCTCTCTCGGAAATGTGTAACTGAGAAAGATTGCATTTTTCTACGATAAAAATAGGTATTTTTGTTTC
TCGTTTCGATTGATTATGAATTGAAAGACAGTAGCTTGTTGCTTTTGAAAGGCAATAAACTGGTACTCGTGGCTTTAATGGTCTGACAGAATTAAAGCTTAAGGCCC

>TRINITY_DN40056_c3_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATTGCCCAATCTCCCTCTCTTTCTCAAAACGAAACAAGTATATTCAACAAGATTAGCGGAAGAAGTTGCAGAGGGTTTGAAGAAAATACAAACACTGAAATAGACCTGTCGGGATTCGAAAGCGGAGCCTCTCAACCAACGAATACGACTGGCAATGGCGGATACTCCTAGACGAAGATATTCACGCTCTCCTTCGCCTA
GGCGCAGATATGTGCGATCTCGCTCTTATTCTAGGTCGGCATCTCAGTCTCGATCCCCATCTCGGTCTCGTAGTCCTGTGAGGAGGGGTATTTCTTCGAGGGATGATGTGAATAACCCTGGAAACAACTTATATGTCACTGGACTCTCAGCTCGTGTTGTAGAGGCTGATCTCGAAGAACTCTTTTCCCAAGAAGGCAAG
GTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTCGAGAAGgtgagttgcctccatcatagagatgttgagtagtgaatggaaaatggata
taaattgaaattcataacttctgctaatttaattggttcatttggagcggttggacctccagacagtaacgacccttccctgcagcatgaagctcttaagttttattgtctgcatcggcttataaggagttttctcgaaaatcaattgtccactcaatcagctgtatcgagttgccaatgcagaaattatggagtgaatg
ctttctatttcgaatacaaccttacgaatgattgttgtaaacgggtagggatctactacaacattaattctcagaacagcagcgccaatttcttatggaggtctaatatcctctttttgtttatttgtatcaaatttgattcaatttcaaccaacctggtaagcaggtattgaattatttctatggctgcaactgtaact
gcaacaactgtgttgcatgtttaatttaacagaattgctgtggatacaatttttatcatagaaacccagtgtatttcctgtattcatctgagttggaaatataatccaaattagggtgtgcatcatttgcttctgcctctagttatgggatgagtgaccagcgaccaccaatttttgtctgtttataacctttgtaccag
ctgaatgatttattcgtccgttagaaaaatcaataactatatttccagcctcactgacccataaagacttgttcctttttcaaccggggacatggaaaattttaggtctgcatataattccggaagtgtaggaacctttgtgaatctttgaatttggtaaatgtcaactatacgatttggtgatacttatataaaatttg
tttaaaattacgaggattttacatattttggtgatttttaaaagaatttttttttattccatacaaatttggatgaatattaattttgtattggtaaatctctttgggaaaaaaatgaagaaaattaggtaaacgtggaatattggcccccattttttttggtgactggggtctatattttcctataggcattacttttt
tggtttgtggttaatgcttcttggacatttgcattatgtatgcagGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGGTTAGTATACTTACTGGAGCTCACACACATGCTTGTCATGCCACTAATAATGTGCTTGATTTACTTTCCTGCAAATTGTATGTGCTGGTGATTTGTTGAA
AAGTGTGGTGCTTGCTGCATCATTTTATTTCTATTAATAAAATGGTAATTGCCCTATGCTTTTCTATTTCAGTGGAGGGAAGAATTTCAAATAGGTGCGTATTAAAACATGTATGGCCATTTCTAATTTTTTAGTATTACAGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTC
GCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTT
TGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACC
TAGGATCGCCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTCCACTGCATATTGTAGTTCTTGGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGT
TATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCAAATTTTGATTTTGTGATAAATCAAAGAAAAGCATCTAATTCTGGGTTTATGGGCAGGACGGGTGTACTTAACAAATTATTTAACAAAATGGGAATTTCAGATATATTTATTGTGGACGATATGAATTTTTTAGGTTATATATTTCATAGT
CTCTCTCGGAAATGTGTAACTGAGAAAGATTGCATTTTTCTACGATAAAAATAGGTATTTTTGTTTCTCGTTTCGATTGATTATGAATTGAAAGACAGTAGCTTGTTGCTTTTGAAAGGCAATAAACTGGTACTCGTGGCTTTAATGGTCTGACAGAATTAAAGCTTAAGGCCC

Intron 13 GTAGGGATCT ... ATGTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.14	61.2	35	27.3
A2	30.06	53.5	22	10.6
A3	31.43	37.2	16	16.1
A4	54.31	24.5	27	14.4
A5	26	19.3	6	6.5
A6	17.34	270.6	51	68.2
A7	28.61	216.7	80	43.7
A8	22.5	218.9	59	57.7
A9	20.25	216.2	49	59.4
A10	18.58	163.3	32.8	41.1

>TRINITY_DN116642_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

TCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGACAGTAACGACCCTTCCCTGCAGCATGAAG
CTCTTAAGTTTTAGTGTCTGCATCGGCTTATAAGGAGTTTTCTCGAAAATCAATTGTCCACTCAATCAGCTGTATCGAGTTGCCAATGCAGAAATTATGGAGTGAATGCTTTCTATTTCGAATACAACCTTACGAATGATTGTTGTAAACGGGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGT
GTACGGGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGC
TTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTG
TAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCACCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTG
AATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCG

>TRINITY_DN116642_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGGTGAGTTGCCTCCATCATAGAGATGTTGAG
TAGTGAGTGGAAAATGGATATACATTGAAATTCATAACTTCTGCTAATTTAATTGGTTCATTTGGAGCGGTTGGACCTCCAGACAGTAACGACCCTTCCCTGCAGCATGAAGCTCTTAAGTTTTAGTGTCTGCATCGGCTTATAAGGAGTTTTCTCGAAAATCAATTGTCCACTCAATCAGCTGTATCGAGTTGCCAATG
CAGAAATTATGGAGTGAATGCTTTCTATTTCGAATACAACCTTACGAATGATTGTTGTAAACGGgtagggatctactacaacattaattctcagaacatcagcgccaatttcttatggaggtctaatatcctctttttgtttatttgtatcaaatttgattcaatttcaaccaacctggtaagcagtattgaattatttc
tatggctgcaactgtaactgcaacaactgtgttgcatgtttaatttaacagaattgctgtggatacaatttttatcatagaaacccagtgtatttcctgtattcatctgagttggaaatataatccaaattagggtgtgcatcatttgcttctgcctctagttatgggatgagtgaccagcgaccaccaatttttgtctg
tttataacctttgtaccagctgaatgatttattggtccgttagaaaaatcaataactatatttccagcctcactgacccataaagacttgttcctttttcaaccggggacatggaaaattttaggtctgcatataattccggaagtgtaggaacctttgtgaatctttgaatttggtaaatgtcaactatacgatttggt
gatacttatataaaatttgtttaaaattacgaggattttacatattttggtgatttttaaaagaatttttttttattccatacaaatttggatgaatattaattttgtattggtaaatctctttgggaaaaaaatgaagaaaattaggtaaacgtggaatattggcccctattttttttggtgactggggtctatatttt
cctataggcattacttttttggtttgtggttaatgcttcttggacatttgcattatgtatgcagGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGTGGAGGGAAGAATTTCAAATAGGTGCGTATTAAAACATGTATGGCCATTTCTAATTTTTTAGTATTACAGCTACTGTTCGG
CCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTA
GAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCGTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAA
AGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCACCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGT
AATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCG

Intron 14 GTAGGGATCT ... ATGTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A6	13.87	223.5	51	39
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A8	16.73	184.2	58.6	38.1
A9	19.68	176.5	49	41
A10	14.88	134.7	32.6	24.5

>TRINITY_DN42359_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

CTCCACTCTTGAAAGGCCAGTGCCAATTGCCCAATCTCCCTCTCTTTCTCAAAACGAAACAAGTATATTCAACAAGATTAGCGGAAGAAGTTGCAGAGGGTTTGAAGAAAATACAAACACTGAAATAGACCTGTCGGGATTCGAAAGCGGAGCCTCTCAACCAACGAATACGACTGGCAATGGCGGATACTCCTAGACGA
AGATATTCACGCTCTCCTTCGCCTAGGCGCAGATATGTGCGATCTCGCTCTTATTCTAGGTCGGCATCTCAGTCTCGATCCCCATCTCGGTCTCGTAGTCCTGTGAGGAGGGGTATTTCTTCGAGGGATGATGTGAATAACCCTGGAAACAACTTATATGTCACTGGACTCTCAGCTCGTGTTGTAGAGGCTGATCTCGA
AGAACTCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTTGAGAAGACAGTAACGACCCTTCCCTGCAGCA
TGAAGCTCTTAAGTTTTAGTGTCTGCATCGGCTTATAAGGAGTTTTCTCGAAAATCAATTGTCCACTCAATCAGCTGTATCGAGTTGCCAATGCAGAAATTATGGAGTGAATGCTTTCTATTTCGAATACAACCTTACGAATGATTGTTGTAAACGGGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACC
TTGGTGTACGGGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATATTCAGCCTATCGGCGATAG
TGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCTTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGCTGACCAAGAGGTTAGTTGT
TTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCGCCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGGATCTCCTAGACTGGTGCAT
TTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCAAATTTTGATTTTGTGATAAATCAAAGAAAAGCATCTAATTCTGGGTTTATGGGCAGGACGGGTGTACTTAACAAATTATTT
AACAAAATGGGAATTTCAGATATATTTATTGTGGACGATATGAATCTTTTAGGTTATATATTTCAAAGTATCTCTCGTAAATGTGTAACTGAGAAAGATTGCATTTTTCTACGATAAAAATAG

>TRINITY_DN42359_c0_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTCCACTCTTGAAAGGCCAGTGCCAATTGCCCAATCTCCCTCTCTTTCTCAAAACGAAACAAGTATATTCAACAAGATTAGCGGAAGAAGTTGCAGAGGGTTTGAAGAAAATACAAACACTGAAATAGACCTGTCGGGATTCGAAAGCGGAGCCTCTCAACCAACGAATACGACTGGCAATGGCGGATACTCCTAGACGA
AGATATTCACGCTCTCCTTCGCCTAGGCGCAGATATGTGCGATCTCGCTCTTATTCTAGGTCGGCATCTCAGTCTCGATCCCCATCTCGGTCTCGTAGTCCTGTGAGGAGGGGTATTTCTTCGAGGGATGATGTGAATAACCCTGGAAACAACTTATATGTCACTGGACTCTCAGCTCGTGTTGTAGAGGCTGATCTCGA
AGAACTCTTTTCCCAAGAAGGCAAGGTAGTTGATTGCCGGATTGTGGTGGATCCAAGATCTCGTGAATCGAGAGGCTTTGCATTTGTGACCATGGATACTTTAGAGAATGCTGATCGCTGCGTCAAGTACTTGAACAGATCTACACTTGAAGGGCGTATCATCACAGTCGAGAAGCATGAAGCTCTTAAGTTTTATTGTC
TGCATCGGCTTATAAGGAGTTTTCTCGAAAATCAATTGTCCACTCAATCAGCTGTATCGAGTTGCCAATGCAGAAATTATGGAGTGAATGCTTTCTATTTCGAATACAACCTTACGAATGATTGTTGTAAACGGgtagggatctactacaacattaattctcagaacatcagcgccaatttcttatggaggtctaatatc
ctctttttgtttatttgtatcaaatttgattcaatttcaaccaacctggtaagcaggtattgaattatttctatggctgcaactgtaactgcaacaactgtgttgcatgtttaatttaacagaattgctgtggatacaatttttatcatagaaacccagtgtatttcctgtattcacctgagttggaaatataatccaaa
ttagggtgtgcatcatttgcttctgcctctagttatgggatgagtgaccagcgaccaccaatttttgtctgtttataacctttgtaccagctgaatgatttattggtccgttagaaaaatcaataactatatttccagcctcactgacccataaagacttgttcctttttcaactggggacatggaaaattttagctctg
catataattccggaagtgtaggaacctttgtgaatctttgaattttttaaatgtcaactatacgatttggtgatacttatataaaatttgtttaaaattacgaggattttacatattttggtgatttttaaaagaattttttttattccatacaaatttggatgaatattaattttgtattggtaaatctctttgggaaa
aaaatgaagaaaattaggtaaacgtggaatattggcccccattttttttggtgactggggtctatattttcctataggcattacttttttggtttgtggttaatgcttcttggacatttgcattatgtatgcagGCAAAGCGAAAGCGAGCAAGGACACCAACACCTGGTTCTTACCTTGGTGTACGGGGTTAGTATACT
TACTGGAGCTCACACACATGCTTGTCATGCCACTAATAATGTGCTTGATTTACTTTCCTGCAAATTGTATGTGCTGGTGATTTGTTGAAAAGTGTGGTGCTTGCTGCATCATTTTATTTCTATTAATAAAATGGTAATTGCCCTATGCTTTTCTATTTCAGTGGAGGGAAGAATTTCAAATAGGTGCGTATTAAAACATG
TATGGCCATTTCTAATTTTTTAGTATTACAGCTACTGTTCGGCCACGGTCTTATGGGAGACACAGAGACAGCCACAGCTCACGCCGGTCGCCTCAGTATTCACCATATCGTGGAAGTCGAGAACGGGATTACGATAGAGATCGTTCCCCTTATTACTCGGGTCCTAGCCATCGCCGGGAAAGGTCAAGGTCTCCAGAATA
TTCAGCCTATCGGCGATAGTGTGCTTTGATTTACCTGTTCTAGAGTTTTATCAGTAAACAGTGAACACAATATATATGATATTCTGTTTTGAGTGCTTCTCTATGTGAAGCTATGGATAGATTTAAAAGTATTAGAGATTGCATTCAATATGATATCTTTTTATCTTCAAGACATGTTTAAGAGCTTGATTACAAATTGC
TGACCAAGAGGTTAGTTGTTTTTGTAAATTGTTTGGTTCAAAAGGCGGTCTTGTCTAACTAAGAATATTGAACAGCAAGTCATGACACCTAGGATCGCCACGAAAATGTCCTGAATTTCTAATATCATGTTTTGTAGTTAGAGAGGAACATTTTACACTGCATATTGTAGTTCTTGTGATATTTGTGCAGTAAATATTGG
ATCTCCTAGACTGGTGCATTTGTGAATATTCCCATGGTTTGTAATAACACCAGAAAGGGGCCTTATGGGGTGTTTTGATTGTCTTTGTTATGGTTACGGAATAATAAATGTGGAAGGGTTGGTTTTGTGGTAAAGTCAAATTTTGATTTTGTGATAAATCAAAGAAAAGCATCTAATTCTGGGTTTATGGGCAGGACGGG
TGTACTTAACAAATTATTTAACAAAATGGGAATTTCAGATATATTTATTGTGGACGATATGAATCTTTTAGGTTATATATTTCAAAGTATCTCTCGTAAATGTGTAACTGAGAAAGATTGCATTTTTCTACGATAAAAATAG